SNP moleküler işaretlerine dayalı havuç genetik haritasının geliştirilmesi

Bu araştırmada, havuç bitkisinin Yeni Nesil Sekanslama ile DNA dizilemesi sonrası SNP moleküler işaretleyicilerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Araştırmada, 2 havuç ıslah hattının melezi sonucu oluşan F1 bitkisinin kendilenmesiyle 94 adet F2 bitkisi kullanılmıştır. Wisconsin Üniversitesi Biyoteknoloji Laboratuvarı'nda Illumina HiSeq 2000 sisteminde GBS yöntemi ile ApeKI enzimi kullanılarak üretilen her bir F2 bitkisine ait DNA parçaları STACKS bilgisayar yazılımı ile analiz edilmiştir. Analiz sonucunda oluşan genotipler Joinmap 4.0 programına aktarılarak Genetik Bağlantı Haritası oluşturulmuştur. 13 adet Bağlantı Grubu (LG) oluşturulmuş, sayıları 54 ve 215 arasında değişen toplam 1 464 adet SNP moleküler işaretleyicisi harita üzerine yerleştirilmiştir. Bağlantı gruplarının toplam uzunluğu 793,4 cM olarak belirlenmiştir. Haritanın bütünü ele alındığında moleküler işaretleyiciler arası maksimum mesafe 9,5 cM, her bir moleküler işaretleyici arasındaki ortalama mesafe 0,54 cM olarak belirlenmiştir. Havuç genomunda GBS yöntemi ile SNP keşfi açısından dünyada yapılan ikinci araştırma bu tez çalışması olmuştur. Yapılan bu harita ile önemli ekonomik karakterlerin belirlenmesi amacıyla yapılacak QTL çalışmalarına katkıda bulunulacaktır.