Solunum yolu örneklerinden izole edilen tüberküloz dışı mikobakterilerin PCR-RFLP yöntemi ile tanımlanması

Amaç: Mikobakterilerin tür düzeyinde hızlı ve doğru tanımlanması hastalığın etkene özgün tedavisi için önemlidir. Tanımlamada kullanılan konvansiyonel yöntemler uzun zaman alması, tartışmalı sonuçları ve mevcut olan 170 üzerindeki türü tanımlamadaki sınırlılıklarıyla günümüzde yerini moleküler yöntemlere bırakmıştır. Bu çalışmada Adıyaman Üniversitesi Eğitim ve Araştırma Hastanesi ile Atatürk Göğüs Hastalıkları ve Göğüs Cerrahisi Eğitim Araştırma Hastanesi'nden (Dr. İsmail Ceyhan) gönüllülük esasına dayalı olarak gönderilen solunum yolu örneklerinden soyutlanan 34 adet tüberküloz dışı mikobakteri (TDM) izolatının ve 14 adet referans suşun PCR-RFLP yöntemi ile tür düzeyinde tanımlanması amaçlanmıştır. Yöntem: Çalışmamızda Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Lenght Polymorphism (PCR-RFLP) yöntemi kullanılmıştır. Laboratuvarımıza gelen izolatların Löwenstein-Jensen besi yerlerine ekimi yapılarak üremeleri sağlanmıştır. Üreyen kültürlerden alınan örneklerin kaynatma yöntemiyle DNA izolasyonu yapıldıktan sonra hsp65 gen bölgesine özgün primerler kullanılarak, PCR ile amplifiye edilmiştir. Amplifikasyon sonrası PCR ürünleri BstEII ve HaEIII enzimleri ile bir gece bekletildikten sonra DNA fragmanları referans algoritmalar ile karşılaştırılarak değerlendirilmiştir. Bulgular: Çalışmamızda kullanılan 34 izolattan TDM'lerin tür dağılımı; %23,52(8/34) M. intracellulare, %17,64 (6/34) M. gordonae, %17,64 (6/34) M. abscessus, %17,64 (6/34) M. simiae, %5,88 (2/34) M. lentiflavum, %2,94 (1/34) M. kansasii, %2,94 (1/34) M. scrofulaceum olarak belirlendi. Örneklerden 4 tanesi değerlendirilemedi. Sonuç: Çalışmamızda kullanılan mikobakteri izolatlarından en yaygın olarak saptanan türlerin M. intracellulare, M. abscessus ve M. simiae olduğu tespit edilmiştir. Bu çalışmaya göre PCR-RFLP yöntemi mikobakterilerin tür düzeyinde tanımlanmasında konvansiyonel yöntemlere göre daha hızlı ve kesin tanı sağlayan faydalı bir yöntemdir. Ancak enzimle kesim işlemleri sonrasında oluşan DNA fragmanlarının değerlendirilmesi ve referans algoritmalar ile karşılaştırılması aşamalarının kritik önem taşıdığı görüldü. Özellikle görüntüleme işlemlerindeki standardizasyonun doğru türü belirlemede oldukça önemli olduğu sonucuna varıldı. Anahtar kelimeler: Tüberküloz dışı mikobakteri, PCR-RFLP, hsp65 gen