Genes
621 theses under this subject heading
Liraglutid'in fare pankreas beta hücrelerinde insülin salgısı ve beta hücre sağ kalımıyla ilişkili GPCR genlerinin ifadesine etkisinin belirlenmesi
Diyabet artan sıklığı ve hastalık yükü nedeniyle günümüzde önemli bir halk sağlığı sorunudur. Liraglutid, antihiperglisemik aktivite ile uzun etkili glukagon benzeri peptit yapıdaki bir ilaçtır. Bu ilaç, hücre zarında bulunan Glukagon Benzeri Peptit-1 Reseptörü'ne (GLP-1R) bağlanarak etki göstermektedir. G proteinine bağlı reseptörler (GPCR) hücre yüzeyinde önemli sinyal yollarına aracılık eden moleküllerdir. Pankreatik beta hücrelerinde belirli G proteinine bağlı reseptörler için insülin salgılama potansiyelinin araştırılmasına yönelik yapılan çalışmalar, pankreas beta hücre fonksiyonunun düzenlenmesinde GPCR'lerin rolünü kanıtlamıştır. Tez çalışmamız kapsamında birer GPCR olan GPR75, GPR56, GLP1R, M3R, CB1R genlerinin obez olmayan diyabetik NIT-1 fare pankreatik beta hücrelerinde liraglutid muamelesine bağlı olarak gen ifadesindeki değişimleri araştırılmıştır. NIT-1 fare pankreas beta hücreleri 10, 100, 1000 nM konsantrasyonlarda 30, 60, 120, 240 dakika sürelerde liraglutid ile muamele edilmiştir. GPCR genlerinin mRNA düzeyindeki gen ifadesi değişiklikleri qPCR yöntemiyle belirlenmiştir. 240 dakika liraglutid muamelesi NIT-1 hücre gelişimini olumsuz etkilediği için bu gruplardan kullanışlı bir veri elde edilememiştir. İn vitro koşullarda GLP1-R reseptör proteininde 1000 nM konsantrasyonda liraglutid muamelesine bağlı olarak test edilen tüm zamanlar için anlamlı bir değişim saptanmıştır. GPR75, GPR56, M3R, CB1R mRNA düzeylerinin 30. dakikada azaldığı, 60. dakikada istatistiksel olarak anlamlı düzeyde arttığı, 120. dakikada tekrar azaldığı gözlenmektedir. Liraglutid'in NIT-1 fare pankreatik beta hücrelerinde araştırılan genlerin ifadesi üzerinde geçici bir etkisi olduğu görülmekle birlikte GPR75, GPR56, M3R ve CB1R genlerinin liraglutidin beta hücresi üzerindeki etkilerine aracılık edebilecekleri düşünülmektedir. GPR75, GPR56, M3R ve CB1R genlerinin ifadesindeki değişimler bu genlerin ve ürünlerinin antidiyabetik ve antiobezitik tedavi için hedef moleküller olabileceklerini desteklemektedir. Anahtar Kelimeler: Diabetes Mellitus, GPCR, İnsülin Sekresyonu, Liraglutid
Sistemik skleroz hastalarında park-7 ekspresyonunun klinik parametrelerle korelasyonunun değerlendirilmesi
SSk etyopatogenezi tam açıklanamayan multisistemik tutulum gösteren otoimmün bir hastalıktır. PARK-7 birçok dokuda bulunan multifonksiyonel bir proteindir. Antioksidan, anti-apoptotik ve anti-inflamatuar yolakları regüle etmektedir. Başlangıçta onkoprotein olarak gösterilse de çalışmalarda parkinson, diyabet ve erkek infertilitesi, böbrek yetmezliği gibi hastalıkların patogenezinde ;sepsis ve ateroskleroz gibi immün ve inflamatuar bozukluklarda da rolü olduğu gösterilmiştir. Çalışmamıza Tekirdağ Namık Kemal Üniversite Hastanesi Romatoloji polikliniğine başvuran SSk tanılı 50 hasta, kontrol grubuna ise 30 sağlıklı kişi alındı. Hastaların demografik özellikleri, klinik bulguları, laboratuvar ve radyoloji sonuçları, SFT ve ekokardiyografi raporları, komorbid hastalıkları ve ilaç tedavilerine ilişkin verileri hasta dosyaları, hastane sistemi incelemeleri ve hastalar ile görüşmelerden elde edildi.Cilt fibrozisi mRCS kullanılarak değerlendirildi. İAH SFT ve HRCT bulgusu , PAH ise ortalama PAB'nin 25 mmHg üzerinde olması ile tanımlandı. Hastalık aktivitesi EScSG ve UK Fonksiyonel aktivite skorlama hesaplanarak kaydedildi.Tez çalışmasına katılan hastaların kan örneklerinde PARK-7 düzeyi ELISA yöntemi ile ölçüldü. Sonuç olarak SSk hastalarında PARK-7 düzeyi kontrol grubuyla karşılaştırıldığında daha yüksek bulundu ancak bu istatistiksel olarak anlamlı değildi (p=0,220 ). Korelasyon analizinde PARK-7 düzeyi ile hastaların aldığı tedaviler arasındaki ilişki incelendiğinde MMF, kortikosteroid ve PPİ kullanımı ile istatistiksel olarak anlamlı yüksek saptanmıştır (sırasıyla p= 0,037, 0,057 , 0,056 ). PARK-7 ile diğer klinik ve laboratuvar parametreleri arasında anlamlı ilişki bulunmadı. EScSG skorlamasına göre hastalık aktif kabul edilen grupta ve PAB artışı olan hastalarda PARK-7 düzeyi anlamlı yüksek bulundu (sırasıyla p=0.019 , 0.015). Araştırmamızın kesitsel olması nedeniyle PARK-7'nin hastalık progresyonu ,aktivite belirlenmesi ve tedavi seçeneği olarak geliştirilmesinde prospektif çalışmalara ihtiyaç duyulacaktır. Anahtar Kelimeler: Sistemik Skleroz, Skleroderma, PARK-7
Myxoma virüslerin multipl myelomda otofajik etkilerinin incelenmesi
MM (Multipl Myelom) tüm hematolojik maligniteler içinde ikinci sıklıkta rastlanan ve plazma hücrelerini etkileyen malign bir hastalıktır. MM un tedavisinde son yıllarda ortaya çıkan gelişmeler, yeni ilaç ve tedavi protokollerine yol açarak MM da küre yönelik tedavi araştırmaları son yıllarda hız kazanmıştır. Bu amaçla Multipl Myelomda etkinliği bilinen bir onkolitik virüs olan Myxomavirüslerin antimyelom etkinliklerinde Otofajin etkileri araştırılması amaçlanmıştır. Bununla birlikte özellikle kanserde birbirlerine etkileyen yolaklar olan otofaji ve Apoptoz ilişkisini değerlendirmek için apoptoz göstergesi olan Bcl-2 de yine farklı virüs dozlarında analiz edildi. Bu amaçla İnsan kökenli U-266 ve fare kökenli MOPC 315 Myelom hücre hatlarında MYXV'nin farklı dozları kullanılarak otofaji göstergeleri olarak Atg-5, p-62, Beclin-1, LC-IIIB kullanılırken ,apoptoz amacı ile Bcl-2'i inceledik. Bu tez çalışmasında hem U266 hem de MPOC hücre hatları kullanıldı. Analizler ELİZA ile değerlendirildi. Otofajide otofogozomların görüntülenmesi için Elektron Mikroskobu kullanıldı. Çalışmanın sonucunda özellikle 15 MOI gibi yüksek virüs içeren gruplarda ATG 5 ve Beclin-1 artışlarının otofajinin erken aşaması olan ilk 24 saatte U-266 ve MOPC-315 hücre hatlarında arttığını saptadık.Otofajiyi Elektron Mikroskobunda otofogozomlar olarak gösterdik. Otofajinin geç dönem göstergesi oln LCIIIB artışını da 48 saatte saptadık yine Elektron Mikroskopla geç otofaji döneminde otofogozomları tespit ettik. Apoptoz markeri olarak kullanılan Bcl-2 artışını hatlarda saptamadık. Bu marker apaptoz otofaji ilişkisi açısından incelendi. Ancak daha fazla apoptoz göstergesi kullanılarak bu ilişkinin farklı çalışmalarala değerlendirilmesi gerekebilir. Sonuç olarak MM da antimyelom etkinliği bilinen MYXV ile otofaji ilişkisi açısından yapılmış ilk çalışma olan bu tezde virüsün otofajiyi etkin şekilde kullandığını saptadık
Kistik fibrozis hastalığında belirlenen aday miRNA'ların hasta nazal ve serum örneklerinde analizi
Kistik fibrozis transmembran regülatör (CFTR) genindeki mutasyonların sebep olduğu kistik fibrozis (KF), otozomal resesif kalıtılan ve yaygın görülen genetik bir hastalıktır. Bir klor kanalı olan CFTR proteini, cAMP ve protein kinaz A'ya bağımlı çalışmaktadır. Epitel yüzeyindeki sıvı homeostazisini sağlayan CFTR proteini, diğer klor kanallarının ve epitel sodyum kanallarının düzenlenmesinden sorumludur. Günümüze kadar yapılan çalışmalarda CFTR geninde 2100'den fazla mutasyon olduğu saptanmıştır. CFTR proteininin fonksiyonuna bağlı olarak sınıflandırılan mutasyonlar, CFTR proteininin sentezi, katlanması, taşınması, yerleşmesi ve doğru fonksiyon göstermesi gibi aşamalarına etki ederek hastalık ciddiyetinde önemli rol oynamaktadır. CFTR mutasyonlarının tanımlanması, hastalığın teşhis edilmesini sağlamakta ancak hastalık ciddiyeti, fenotipi ve ilerleyişi hakkında bilgi vermemektedir. Son yıllarda yapılan çalışmalar ile birlikte immün ve inflamatuar cevap, protein katlanması, iyon taşınımı ve oksidatif stres ile ilişkili genlerin ifadelerinin yanı sıra miRNA ifadelerinde gözlenen farklılıkların da hastalık patogenezini etkilediğine dair bulgular artmıştır. Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Biyoloji Anabilim Dalı ve Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Anabilim Dalı Göğüs Hastalıkları Ünitesi iş birliği ile gerçekleştirilen ön çalışmalar sonucunda, aynı mutasyonu taşımasına rağmen ağır ve hafif klinik ciddiyete sahip kardeşler saptanmıştır. F508del mutasyonuna sahip ağır (n=2) ve hafif (n=2) seyir gösteren hasta kardeşlerden nazal sürüntü örnekleri alınmıştır. Nazal epitel hücreler kullanılarak elde edilen RNA'lar ile miRNA Array yöntemi gerçekleştirilmiş ve elde edilen ham veriler Transcriptome Analysis Console (TAC) programı ile analiz edilmiştir. Yapılan analiz sonrası ifadesi 2 kat ve üzeri artan ya da 2 kat üzeri azalan ortak, miR-449c-5p, miR-34c-3p, miR-34c-5p ve miR-4793-3p olmak üzere 4 miRNA tanımlanmıştır. Önerilen tez çalışmasında amacımız; grubumuzun ön veri olarak elde ettiği 4 miRNA'nın F508del mutasyonuna sahip ağır ve hafif seyirli KF hastalarının serum ve nazal sürüntü örneklerinde valide edilmesi, ekspresyonlarının karşılaştırılması, valide edilen miRNA'ların hedef genlerinin belirlenmesi ve hedef genler ile ilişkili yolakların tanımlanmasıdır. Elde edilen veriler KF'de hastalık seyrinin erken dönemde belirlenmesine kolaylık sağlayacak prognostik miRNA'ların belirlenebilmesini sağlayacak ve KF patogenezi ile ilişkili olan yeni yolaklar aydınlatılabilecektir.
Klinik bacteroides fragilis grubu ı̇zolatlarda enterotoksin ve antibiyotik direnç genlerinin prevalansı ve moleküler tiplendirme
Bacteroides fragilis grubu (BFG) izolatları ile gelişen enfeksiyonların tedavisinde kullanılan antibiyotiklere dünya çapında artan direnç oranları bildirilmektedir. Direnç profilleri ülkeler, bölgeler ve hatta hastaneler arasında değiştiği için sürveyans önem arz etmektedir. Bu çalışmada hastanemizde BFG izolatlarında antibiyotik direnç prevalansının, direncin genetik mekanizmalarının belirlenmesi ve bu izolatların moleküler epidemiyolojisinin saptanması amaçlanmıştır. Antibiyotik duyarlılık testleri agar dilüsyon yöntemiyle, direnç genleri tespiti gerçek zamanlı PZR yöntemiyle, moleküler tiplendirme AP-PCR yöntemiyle yapılmıştır. BFG izolatlarının ampisilin, sefoksitin, piperasilin/tazobaktam, imipenem, meropenem, klindamisin, metronidazol ve tigesikline karşı direnç oranları sırasıyla %97.8, %28.3, %11.6, %7.9, %5.1, %47.8, %0 ve %4.3'tür. Tüm izolatlar içinde cepA, cfxA, cfiA, ermF, ermG, ermB, nim, linA, mefA, msrSA, tetQ, tetX, tetX1 ve bft geni sırasıyla %42.8, %44.9, %8.7, %44.2, %10.9, %2.2, %0.7, %29, %17.4, %7.2, %76.1, %8, %37.7 ve %16.7 oranlarında saptanmıştır. Klindamisin direnç genlerinin (ermF, ermG, ermB, mefA, msrSA, linA) BFG izolatlarında yaygın olduğu belirlenmiştir. Karbapenem direnç geni (cfiA) taşıyan 12 B. fragilis izolatının beşinde upstream bölgesinde IS [IS1187(n=3), ISBf6(n=1), IS612B(n=1)] saptanmıştır. Bu izolatlarda yüksek imipenemaz aktivitesi olduğu gözlenmiştir. Metronidazole azalmış duyarlılık saptanan bir izolatta nimE geni saptanmıştır. AP-PCR ile 101 farklı genotip saptanmış, BFG'de yüksek düzeyde genetik farklılık olduğu gözlenmiştir. Bu çalışmada, BFG izolatlarının antibiyotiklere direnç durumları ve direnç gelişiminde önemli role sahip direnç genlerine ait veri sağlanmıştır.
Streptococcus pneumonia, staphylococcus aureus ve pseudomonas aeruginosa ile invaziv bakteriyel enfeksiyon geçiren çocuklarda IRAK4 ve MYD88 genlerinde mutasyon varlığının aaraştırılması
İnvaziv bakteriyel enfeksiyonlar steril vücut sıvılarının bakteri ile enfekte olmasıdır. Menenjit, bakteriyemi, sepsis, septik artrit, osteomyelit, plevral ampiyem, derin doku ve organ abseleri invaziv bakteriyel enfeksiyonlar arasında yer almaktadır. IRAK4 ve MyD88 eksikliği olan hastalarda, Streptococcus pneumoniae ve Staphylococcus aureus ile invazif bakteriyel enfeksiyonlara karşı seçici yatkınlık oluşmaktadır. Bu çalışmada Streptococcus pneumonia, Staphylococcus aureus ile invaziv bakteriyel enfeksiyon geçiren hastalarda primer immün yetmezlik tarama testlerine ek olarak IRAK-4 ve MyD88 genlerinde mutasyon varlığınının araştırılması amaçlanmıştır. Karadeniz Teknik Üniversitesi Tıp Fakültesi Çocuk Enfeksiyon Servisinde izlenen 15 hasta çalışmaya dahil edildi. Hastaların yedisi (% 46,7) kızdı. Hastaların ortanca yaş değeri 48 ay (min-maks:2,5-130 ay) idi. Hastaların altısı (% 40) komplike parapnömonik efüzyon, dördü (% 26,7) septik artrit, biri (% 6,7) akut bakteriyel menenjit, dördü (% 26,7) kan akımı enfeksiyonu idi. İzole edilen etkenlerin 10' u (%66,7) S. pneumonia, beşi (%33,3) S. aureus idi. Çalışmaya dahil edilen hastaların yedisinde IRAK-4 geninde heterozigot varyant tespit edildi (c.1282 G>A heterozigot, rs4251545 exon 11 Ala428Thr; biri c.1172 G>A heterozigot rs55944915 exon 10 Arg391His), MyD 88 geninde mutasyon saptanmadı. IRAK-4 ve MyD88 eksiklikleri OR geçişli olmasına rağmen; heterozigot bireylerin de hastalık bulguları ortaya çıkarabileceğini ortaya koymak için daha ileri fonksiyonel ve genetik çalışmalara ihtiyaç vardır. İnvaziv pnömokokal ve stafilokokkal hastalığı olan çocuklar, altta yatan bir PİY için değerlendirilmelidir ve bu çocukların ayırıcı tanısında IRAK-4 ve MyD88 eksiklikleri göz önünde bulundurulmalıdır.
Periodontitise yatkınlıkta rol oynadığı düşünülen RSPO4 genine ait putatif bir düzenleyici bölgenin gen ifadesini hızlandırıcı etkisinin gösterilmesi
Periodontitis genetik, çevresel ve hayat tarzı faktörlerinin bir arada rol oynadığı, dişe özgü destek yapıların yıkımıyla karakterize kompleks hastalıklardan birisidir. Patogenezi ve yatkınlığı ile ilişkili genetik mekanizmalar henüz tam olarak aydınlatılamamıştır. RSPO4 özellikle tırnak ve ekstremite gelişimi ile ilişkili mekanizmalarda rolünün yanı sıra kemik oluşumu ve olgun iskelette görev alan bir gendir. Porphyromonas gingivalis (majör periodontopatojen) kaynaklı oral enfeksiyona direnç gösteren spesifik fare hatlarında RNA dizi analizi sonucu RSPO4 ifadesinin arttığını gösteren bulgular RSPO4 gen regülasyonunun periodontal yıkıma dirençte rol oynadığını düşündürmüştür. Genom boyu ilişkilendirme çalışmaları, ENCODE verileri ve çeşitli hücre tiplerinde ChIP-dizileme analizleri; RSPO4'ün 3'UTR bölgesinde yer alan, transkripsiyon faktörü bağlanma bölgeleri olan, H3K4Me1 ve H3K27Ac histon modifikasyonlarına ve DNAz I aşırı duyarlılığına sahip, güçlü linkage disequilibrium değeri gösteren tek nükleotit polimorfizmleri görülen bir haplotip bloğun aşağı yönünde gen ifadesini hızlandırıcı etkisi olduğunu düşündürmüştür. Bu bilgiler ışığında ilgili kromozom bölgesinin periodontitis etiyolojisinde işlevi olan düzenleyici elemanlar içerdiği düşünülmüştür. Araştırmanın amacı bu putatif düzenleyici elemanların gen ifadesini hızlandırdığını doğrulamaktır. Bu amaçla putatif gen ifadesini düzenleyen bölge amplifiye edilip DNA dizi analizi ile doğrulanmış, firefly luciferase reporter vektörü (pgl4.24) içerisine klonlanıp ardından kompetan bakteriler içerisinde yüksek düzeyde ifadesi sağlandıktan sonra RSPO4'ün güçlü bir şekilde ifade edildiği SaOs-2 hücrelerine transfeksiyonu gerçekleştirilmiş ve putatif dizinin promotör aktivitesine olan etkisi lusiferaz assay ile incelenmiştir. İnceleme sonucunda dizinin promotör aktivitesini azalttığı belirlenmiştir. Mevcut sonuçlar incelenen bölgenin gen ifadesini azaltıcı (repressör) bir bölge olduğunu ortaya koymuştur.
Hedef gen yeni nesil dizileme yöntemi ile Subakut sklerozan panensefalit (SSPE) hastalığı ilişkili gen mutasyonlarının tespiti
Subakut sklerozan panensefalit (SSPE) çocuk ve genç erişkinlerde kızamık infeksiyonu sonrası görülen ilerleyici nörodejeneratif hastalıktır. İlk bulgular bilişsel fonksiyonlarda kayıp, miyokloni ve davranış değişiklikleri şeklinde başlar. Daha sonra denge bozukluğu eklenerek hastalar yatağa bağımlı hale gelerek kaybedilir. Primer immün yetmezlik hastalıklarının her geçen gün farklı tabloları tanımlanmaktadır. Bu çalışmada SSPE'nin gelişiminde immünolojik mekanizmaların ortaya konulabilmesi için primer immün yetmezliklere yönelik olarak yeni nesil dizileme yapılması amaçlandı. Hacettepe Çocuk Nöroloji Bölümü'nde takip edilen 53 SSPE hastası çalışmaya dahil edildi. Tanıları klinik bulgulara, BOS kızamık indeksine ve EEG bulgularına göre konuldu. Dizileme işleminde Illumina 5 sistemi kullanıldı. Hastaların 42'si erkek, 11'i kadın olup ortalama yaş 16±3.2 yıldır. Hastalarda ortalama kızamık geçirme yaşı 24±18 aydır. Yapılan değerlendirmede 15 hastada hastalık yapıcı olduğu düşünülen varyant tespit edildi. MCM4 varyantı 5 hastada, TNFRSF13B varyantı 3 hastada, , IRF3 varyantı 2 hastada görüldü. Sadece bir hastada görülen varyantlar; SERPING1, TTC7A, DOCK8, LRBA, C1q, TYK2, LRRC8A mutasyonlarıdır. Çalışma sonucu bulunan varyantlar kızamık virüsü ile ilişkili olabilecek immün mekanizmaların belirlenmesinde yeni çalışmalara ışık tutacaktır.
Şanlıurfa şebap güvercinlerinin mtDNA analizi yoluyla genetik yönden karekterizasyonu
Şebap Güvercini Türkiye'nin Güneydoğu'sunda kaya güvercinden köken alan ve uzun yıllar hobi amaçlı yetiştirilen diğer bir çok güvercin ırkından bir tanesidir. Bölgenin kültür mirası olan Şebap güvercinlerinde bilinen 6 varyate tespit edilmiştir. Diğer güvercin türleri ve ırkları arasındaki akrabalık ilişkisini belirlemek kayıt altına almak için bu çalışmada tüm mtDNA'ya bakılmış ve mtDNA üzerinde bulunan Cyt-B ve D-loop bölgelerinde çalışma yapılmıştır. mtDNA kontrol bölgesi (D-loop) dizisinin polimeraz zincir reaksiyonu ile yükseltgenerek Yeni Nesil Dizileme dizi analizi ile barındırdığı polimorfizmin belirlenmesi hedeflenmiştir. Sunulan çalışma Şebap Güvercin mtDNA kontrol bölgesi dizisinin incelendiği ilk araştırmadır. Yapılan çalışmada Şebap Güvercini'nde toplam 17232 bç geninden meydana geldiği 13 protein kodlayan gen bölgesi, 22 adet tRNA geni, 2 adet ribozomal RNA ve D-loop gen bölgesinden oluştuğu görülmüştür. Bununla beraber D-loop bölgesinde 28 adet SNP bulunmuştur. Bulunan SNP'ler yapılan filogenetik ağaç ile son derece uyumlu olup Şebap Güvercinin evcil güvercinler ile aynı kümede yer aldığı gözlemlenmiştir.
Yüzmede farklı ısınma protokollerinin kulaç mekaniği, kan laktat düzeyleri ve performansa etkilerinin MCT1 geni ile ilişkilendirilmesi
Bu araştırmanın amacı; üç farklı ısınma protokolünün (kritik hız (KH); ayak, drill, yüzme (ADY); kritik hız, ayak, drill, yüzme (KHADY)) ve ısınma yapılmadan (IY) 4x50 metre (m) maksimal karışık yüzme testinde kulaç mekaniğine, kan laktat düzeylerine, performansa akut ile kronik etkilerinin incelenmesidir. Ayrıca kan laktat düzeylerinin ve bitiş sürelerinin monokarboksilat taşıyıcı 1 (MCT1) geni ile ilişkisinin değerlendirilmesidir. Araştırmaya 12-15 yaş grubunda olan (n=33 kız; 27 erkek) toplam 60 yüzücü gönüllü olarak katılmıştır. Araştırmanın başlangıcında ve sonunda araştırma grubunun antropometrik ölçümleri yapılmış, araştırma grubuna izokinetik omuz kuvveti testi uygulanmıştır. Sonrasında yüzücüler KH, ADY, KHADY, IY ısınmalarını ilgili antrenör eşliğinde uygulamışlardır. Suda yapılan ısınmanın ardından yüzücüler, 10 dk karada pasif olarak dinlendikten sonra yüzücülerden 4x50 m karışık maksimal yüzme performansını sergilemeleri istenmiştir. Yüzme performansı sırasında yüzücülerin kulaç mekaniği parametreleriyle sağ-sol omuz açıları hesaplanmıştır. Yüzücülerin her 50 m performansı sonrasında kalp atım sayısı Polar OH1 marka polar sensörlü kalp atım sayısı ölçer yardımıyla ölçülmüştür. Performans öncesi ve sonrasında yüzücülerin laktat değerleri parmak ucundan Lactate Scout+ marka laktat analiz cihazı ile alınmıştır. Test bitiminden hemen sonra yüzücülerin algılanan zorluk dereceleri kaydedilmiştir. MCT1 gen analizi için ağız içi epitel hücre örnekleri alınmıştır. Ön ölçümlerin ardından yüzücüler; üç gruba ayrıldıktan sonra 8 hafta boyunca istenilen KH, ADY, KHADY ısınma protokolünü antrenman başlangıcında uygulamışlardır. 8 haftanın sonunda araştırmanın başlangıcında yapılan test protokolleri tekrarlanmıştır. Araştırma, Haliç Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Koordinasyon Birimince desteklenmiştir (HBAP-III-3). Araştırmada verilerin analizi için IBM SPSS 24.0 programı kullanılmıştır. Verilerin normal dağılıma uygunluğu Skewness-Kurtosis değerleriyle ("-2,0" ile "+2,0") karar verilmiştir. Paired-Samples t test, Independent t test, One-Way ANOVA, Repeated Measures ANOVA, Ki-Kare testi kullanılmıştır. Güven aralığı p<0,05 olarak kabul edilmiştir. Araştırmada yüzücülerin müsabaka öncesinde uyguladıkları farklı su içi ısınma protokollerinin fizyolojik ve biyomekanik parametrelere akut etkisinin var olduğu kanıtlanmıştır. MCT1 baskın genotipinin LA ve bitiş süresi ile pozitif yönde ilişkisinin olduğu tespit edilmiştir. Anahtar Kelimeler: Yüzme, Isınma, Kulaç Mekaniği, Kan Laktat, MCT1.
Yoğun bakımdan izole edilen MRSA suşlarında Meca geni varlığının konvansiyonel, otomatize ve PCR yöntemi ile tespiti
Metisiline dirençli S. aureus MRSA suslarının hastane ve toplum kökenli infeksiyon etkeni olarak günümüzdeki önemi artmaktadır. Bu çalışmanın amacı, S. aureus suşlarında metisilin direncinin belirlenmesi için kullanılan farklı yöntemler ile genotipik bir yöntem olan mecA geni varlığının kıyaslanması amaçlanmıştır. Çalışmaya 2010-2016 yılları arasında Yüzüncü Yıl Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji laboratuvarına gelen çeşitli örneklerden (yara, kan, balgam, solunum, balgam, apse, osteomiyelit vs.) izole edilmiş 50 adet MRSA suşları belirlenerek çalışmaya dâhil edilmiştir. Her hastadan tek bir izolat alınmıştır. Çalısmamızda, MRSA suşlarinda mecA geni varliğinin konvansiyonel, otomatize ve PCR yöntemi ile araştırılmıştır. İncelenen MRSA suşlarında mecA geni varlığının tespitinde Oksasilin E-test yöntemi ile incelenen 50 adet MRSA suşlarının 49'unda mecA geni varlığına rastlanırken (MİK>2), 1 örnekte (MİK ≤ 2) mecA geni varlığına rastlanmamıştır. Sefoksitin E–test yöntemi ile incelenen örneklerin tamamında mecA geni varlığı tespit edilmiştir (MIC>4). Vitek 2 Otomatize yöntemi ile incelenen örneklerin tamamında mecA geni varlığı tespit edilmiştir. PCR yöntemi ile incelenen örneklerin tamamı pozitif, yani mecA geni varlığı tespit edilmiştir. Oksasilin E-test yöntemi ile incelenen suşların duyarlılık oranı %98 iken, Sefoksitin, Vitek 2 Otomotize ve PCR yöntemleri ile incelenen suşların duyarlılık oranı %100 olarak tespit edilmiştir. MRSA oranın yüksek olduğu hastanelerde gereken önlemlerin alınması açısından mecA araştırılması doğru sonuca ulaşmada büyük bir önem arz etmektedir. Çalışmada üç yöntemin sonuçları hemen hemen birbirlerine yakın olduğu için, doğru tespit yapmak için üç yöntem de kullanılabilir.
Solunum yollarından izole edilen mannheimia haemolytica suşlarının tiplendirilmesi, bazı virulens genleri ile antimikrobiyal maddelere duyarlılıklarının araştırılması
Bu çalışmada, hasta ve sağlıklı sığır ve koyunların solunum yollarından izole edilen Mannheimia (M.) haemolytica izolatlarının biyokimyasal özellikleri, önemli virülens genlerinin dağılımı, antimikrobiyal maddelere duyarlılıkları ve direnç genlerinin tespit edilmesi amaçlandı. Nazo-farengiyal ve trake-bronşiyal sıvap örneklerinden kültürü yapılan M. haemolytica şüpheli 55 izolatın 48 (%87.3)'i Real Time PCR ile M. haemolytica olarak identifiye edildi. İncelenen izolatlarda, hastalık ve virülens genleri ile ilişkili biyokimyasal özelliklerin arginin-arginin ve sorbitol testlerindeki farklılıklara göre 4 farklı biyokimyasal profil belirlendi. Real Time-PCR yöntemiyle virülens genleri incelenen izolatlarda 3 virülens gen profili tespit edildi. İzolatların %37.5'i I, %33.3'ü III ve %12.5'i II olarak belirlendi. Virülens gen profil II'ye sahip izolatlarda virülens ile ilişkili genlerin tamamı belirlenirken, profil I'e sahip izolatlarda nmaA, profil III'e sahip izolatlarda ise nmaA ve tbpB genlerinin bulunmadığı tespit edildi. Bununla birlikte biyokimyasal profil II'nin hastalık olguları ile ilişkili ve bunun arginin-arginin negatiflik ile ilişkili olduğu belirlendi. Ayrıca virülens gen profil I özelliğine sahip izolatların sadece biyokimyasal profil I ile ilişkili olduğu ve bunun arginin-arginin negatiflikten kaynaklandığı belirlenirken, arginin-arginin pozitif izolatlar ile virülens gen profil III arasındaki ilişkinin önemli olduğu gözlendi. Ayrıca, epsilometer test (E-test) ile antimikrobiyal duyarlılıkları ve minimal inhibitör konsantrasyon (MİK) değerleri incelenen izolatların 9 (%18.75)'unda antimikrobiyal direnç belirlendi. E test ile dirençli bulunan izolatların 1'i sadece eritromisine, 2'si sadece penisiline, 1'i tilmikosin ve penisiline, 1'i tilmikosin, streptomisin ve penisiline, 1'i eritromisin, tilmikosin, streptomisin ve tetrasikline, 3'ü eritromisin, tilmikosin, streptomisin, tetrasiklin, penisilin ve ampisiline dirençli olduğu tespit edildi. Dirençli bulunan izolatların büyük çoğunluğunda (%66.6) çoklu direnç olduğu gözlendi. E test ile dirençli olduğu belirlenen 9 izolatın 6 (%66.6)'sında makrolid erm42, mphE, msrE genleri ve bu izolatların da 5 (%55.5)'inde aminoglikozid direnç geni strA tespit edildi. Sonuç olarak; arginin-arginin negatiflik ile gcp, gs60, tbpB, lktC, adh pozitif, nmaA negatif izolatların kommensal ve patojen M. haemolytica izolatlarının ayrımında kullanılabilecek epidemiyolojik kriter olabileceği ve konu ile ilgili yeni çalışmaların yapılması gerektiği, ayrıca M. haemolytica izolatlarında erm42, mphE, msrE genlerinin makrolid, strA geninin de aminoglikozid direncinden sorumlu genler olduğu ve total DNA'da tespit edilebildiği, tetH ve blaROB-1 genlerinin total DNA'da tespit edilemediği ve bu genlerin plazmid ve transpozon gibi ekstrakromozamal DNA'da belirlenebileceği, bundan dolayı antimikrobiyal direnç geni ile ilgili başka mekanizmaların araştırılmasına yönelik yeni çalışmaların yapılması gerekliliği sonucuna varıldı.
Sığır sütlerinden izole edilen koagulaz negatif stafilokoklarda makrolid-linkosamid direnci ve direnç ile ilişkili genlerin araştırılması
Bu araştırmada, sığırlarda mastitis olgularından izole edilen koagulaz negatif stafilokoklarda Makrolid-Linkosamid grubu antimikrobiyal maddelere duyarlılığın ve direnç genlerinin belirlenmesi amaçlandı. Bu amaçla sığır sütlerinden elde edilen 52 adet KNS izolatı kullanıldı. İzolatlarda; 15'i Staphylococcus capitis, 8'i S. equorum, 8'i S. haemolyticus, 5'i S. epidermidis, 4'ü S. pettenkoferi, 3'ü S. lugdunensis, 2'si S. warneri ve her birinde 1'er izolat olmak üzere, S. cohnii, S. pasteuri, S. vitulinus, S. hominis, S. xylosus, S. chromogenes ve S. kloosi olmak üzere 14 KNS türü identifiye edildi. 52 KNS izolatının 4'ü erythromycin; 1'i clindamycin, 4'ü azithromycin, 1'i spiramycin, 1'i tylosin, 7'sinin tulathromycine dirençli olduğu belirlenirken, 2'si clindamycin, 1'si azithromycin, 6'sının spiramycin, 5'inin tylosin ve 8'inin de tulathromisin'e orta dirençli olduğu tespit edildi. Eritromisin dirençli bulunan 4 izolatın 3'ünde indüklenebilir klindamisin direnci, eritromisine duyarlı diğer 2 izolatın 1'inde yapısal, diğerinde klindamisine orta direnç belirlendi. Erythromycin dirençli, ancak indüklenebilir klindamisin direnci bulunmayan 1 Staphylococcus capitis izolatında msrA ve msrB genleri ile birlikte mphA geni; erythromycin duyarlı, spiramisin, tylosin ve tulatromisine orta dirençli 1 S. capitis izolatında ise sadece mphA geni; erythromycin ve indüklenebilir klindamisin direnci bulunan 1 S. haemolyticus izolatında ermC geni ile birlikte mphA geni, 1 S. epidermidis izolatında ise sadece ermC geni; klindamisine orta dirençli 1 Staphylococcus epidermidis izolatında da mphA ve InuA geni belirlendi. Tylosin veya tulathromisine orta dirençli 2 S. haemolyticus ve tulathromisine orta dirençli 1 S. epidermidis ile tulathromisin dirençli 1 S. chromogenes izolatında mphA geni bulunurken, klindamisine dirençli S. hominis ve tulathromisin-tylosin dirençli Staphylococcus xylosus izolatında belirlenmedi. S. pasteuri izolatında ermC, mphA veya InuA genleri bulunmadı. Sonuç olarak; KNS izolatlarında belirlenen ML grubu antimikrobiyal direnç ve direnç ile ilişkili genlerin varlığının sığırlarda mastitiste önemli rol oynayabileceği kanaatine varılmıştır.
Nörometabolik hastalık nedeni olan mutasyonların drosophila melanogasterda modellenmesi ve sinaps fonksiyonu üzerine etkilerinin araştırılması
Sinaptopatiler nadir metabolik hastalıklar içerisinde önemli bir yer tutmasına rağmen, sinaptik disfonksiyona sebep olan mekanizmaların bilinmemesi teşhis ve tedaviyi zorlaştırmaktadır. Grubumuz tarafından son yıllarda sinaptopati ile ilişkilendirilebilecek UNC79 ve MBOAT7 gibi patojenik olduğu değerlendirilen yeni varyantlar saptanmıştır. UNC79 geni, NALCN ve UNC80 proteinleri ile birleşerek NALCN sızıntı kanalı olarak isimlendirilen bir kanalı oluşturmaktadır. Ekzom dizi analizi yaptığımız bir ailede UNC79 geninde patojenik olduğu değerlendirilen bir varyant saptanmıştır. UNC79 geninde varyasyon saptanan hastada gözlenen sinaptopatinin NALCN kanalının disfonksiyonuna bağlı olarak sinaptik iletimde meydana gelen disfonksiyon ile alakalı olabileceği düşünülmektedir. Fakat literatürde UNC79 geninin sinaps fonksiyonu üzerine etkilerini inceleyen veya UNC79 genini sinaptopati ile ilişkilendiren bir çalışma mevcut değildir. Yine aynı şekilde, NALCN kanalının diğer bileşenleri olan NALCN ve UNC80 genlerinde patojenik varyant saptanan hastalar literatürde mevcut olmasına ve benzer patofizyoloji göstermelerine rağmen bahsi geçen proteinlerin susturulması sonucu sinaptik proteinlerin miktarının değişip değişmediği ve sinaptik iletimin gerçekleştiği yerler olan aktif zonların sayısının nasıl değiştiği bilinmemektedir. MBOAT7 geni ise Lands lipid modelleme yolağında yer alan önemli enzimlerden biridir. Memelilerde fosfoinositidlerin sn-2 konumuna arakidonik asid takılmasından sorumlu oldugu bilinmektedir. Memeli beynindeki fosfolipidlerin sn-2 pozisyonunda çogunlukla arakidonik asit bulunduğu için, enzim beyinde daha önemli hale gelmektedir. Yukarıda verilen bilgiler ışığında UNC79 geni ve etkileşim içerisinde olduğu NALCN kanal bileşenlerinin (UNC80 ve NALCN) ve MBOAT7 geninin sinaps fonksiyonu ve sinaptik iletimde önemli rolleri olabileceği fikri güçlenmektedir. Fakat, proteinlerin yokluğunda sinaptik iletim, sinaps büyüklüğü ve şeklinin nasıl etkilendiği bilinmemektedir. Bu soruların cevaplanabilmesi için ilgili genler Drosophila melanogaster'de motor nöronlarında ve tüm beyinde doku bazlı susturulmuştur. Bahsi geçen genlerin moto-nöronal ve pan-nöronal olarak susturulması sonucunda Drosophila 3. instar larva nöromüsküler kavşağında bulunan brp ve glutamat reseptör miktarlarının kontrol grubuna göre arttığı/azaldığı yani sabit olmadığı gözlenmiştir. Sonucun sirkadiyen ritim ile ilişkili olup olmadığının anlaşılması için yabanıl tip sinek larvasının zamana baglı olarak disekte edilmesi sonucunda brp ve glutamat reseptörünün zamana baglı olarak osile ettiği ve bu osilasyon paterninin literatürde bahsi geçen sinek lokomotor aktivitesine benzediği gözlenmiştir. Son olarak NALCN Drosophila ortoloğu na motonöronal olarak susturulup zamana bağlı brp ve glutamat reseptör miktarı incelendiğinde proteinlerin zamana bağlı olarak osile ettiği, fakat osilasyonun kontrol grubuna göre kaydığı gözlenmiştir
Zayıflama diyeti alan metabolik sendrom hastalarında biyokimyasal ve antropometrik değişkenler ile CD36 düzeyi arasındaki ilişki
Bu çalışma zayıflama diyetine başlayan, yeni tanılı 80 metabolik sendromlu (MetS) hasta üzerinde, zayıflama diyetinin biyokimyasal ve antropometrik değişkenler ile CD36 düzeyine etkisini değerlendirmek amacı ile planlanmıştır. Çalışma, Ordu Üniversitesi Eğitim Araştırma Hastanesi Dahiliye Polikliniğine başvuran yeni tanı MetS'li yaş ortalaması 44,27±10,80 yıl olan 49'u kadın, 16'sı erkek toplam 65 birey ile tamamlanmıştır. Çalışmaya katılan bireylere çalışma başında enerji ve besin öğesi gereksinimleri ve yaşam tarzlarına uygun, 8 haftada en az %5 ağırlık kaybedecekleri bir tıbbi beslenme tedavisi (TBT) verilmiş ve düzenli aralıklarla hastalar takip edilmiştir. Diyet tedavisi öncesi bireylerin genel özellikleri ve beslenme alışkanlıklarına yönelik bilgiler araştırmacı tarafından yüz yüze alınmış; diyet tedavisi öncesi ve 8. haftanın sonunda bireylerin 24 saatlik geriye dönük besin tüketim kaydı ve antropometrik ölçümleri araştırmacı tarafından yapılmış, biyokimyasal ölçümleri hasta dosyasından kaydedilmiş, kan basıncı ölçümleri hekim tarafından yapılmış ve CD36 düzeylerinin belirlenmesi için bir tüp açlık kanı alınıp analiz edilinceye dek -80°C'de saklanmıştır. Çalışma sonunda MetS'li 32 kişi verilen TBT'yi sıkı bir şekilde uygulayarak kadınlar (n=23) -8,85 ± 2,45, erkekler (n=9) -12,34 ± 3,86 kg ağırlık kaybetmiş ve TBT'ye uymayanlara (n=33) kıyasla açlık kan glukoz, LDL, VLDL, total kolesterol, trigliserit, CRP, insülin, Homa-IR, AST, ALT düzeylerinde ve sistolik kan basıncında azalmalar gözlenmiştir (p<0,05). CD36 düzeyleri ile diyetteki yağdan gelen enerji yüzdesinde zayıf düzeyde negatif yönde bir ilişki saptanmıştır (r=-0,358, p<0,05). CD36 düzeyleri ile açlık kan glukozu (r=0,390, p<0,05) arasında zayıf düzeyde; CD36 ile ALT (r=0,402, p<0,05) ve CRP (r=-0,455, p<0,05) arasında ise orta düzeyde pozitif yönde bir ilişki saptanmıştır (p<0,05). CD36 düzeyleri ile vücut ağırlığı, BKİ, kalça çevresi, bel/kalça oranı, vücut yağ kütlesi ve yüzdesi arasında negatif yönlü; yağsız vücut kütlesi ve yüzdesi ile pozitif yönlü bir ilişki saptanmıştır (p<0,05). Öte yandan çalışma sonunda gruplar arasında CD36 düzeyi açısından bir fark bulunmamıştır (p>0,05). Sonuç olarak; CD36'nın MetS için önemli bir parametre olduğu ancak ağırlık kaybının CD36 düzeylerini etkilemediği söylenebilir.
Erken başlangıçlı inflamatuvar bağırsak hastalığı ve inflamatuvar bağırsak hastalığı benzeri kronik ishali olan çocukların sorumlu genler açısından araştırılması
İnflamatuvar bağırsak hastalığı (İBH), gastrointestinal sistemin kronik inflamatuvar bir hastalığıdır. Altı yaşından önce başlayan İBH çok erken başlangıçlı İBH, on yaşından önce başlayan İBH erken başlangıçlı İBH olarak sınıflandırılır. Özellikle çok erken başlangıçlı İBH'de genetik yatkınlığın önemli olduğu bilinmektedir. Erken başlangıçlı İBH ve benzeri hastalıkların patogenezinde monogenik nedenlerin daha sık olduğu düşünülmektedir. Çalışmamızın amacı, erken başlangıçlı İBH ve İBH benzeri kronik ishal patogenezinde rol alan sorumlu genleri araştırmaktır. Çalışmaya, Hacettepe Üniversitesi Çocuk Gastroenteroloji, Hepatoloji ve Beslenme Ünitesi'nde erken başlangıçlı İBH veya İBH benzeri kronik ishal nedeniyle izlenmekte olan 0-18 yaş arasındaki hastalar dahil edildi. Çalışma başlamadan önce klasik Sanger dizileme çalışması ve yeni nesil dizileme ile monogenik hastalık tanısı almayan hastalara tüm ekzom dizi analizi yapıldı. Çalışmaya 47 hasta [14 kız (%29,8), 33 erkek (%70,2)] dahil edildi. Semptomların başlama yaşı ortancası 36 ay (IQR 10-72) ve İBH tanı yaşı ortancası 3,7 yıldı (IQR 1,5-7,6). Yirmi beş hastada (%53,2) Crohn hastalığı, 18 hastada (%38,3) ülseratif kolit ve dört hastada (%8,5) indetermine kolit vardı. Dokuz hasta Ailevi Akdeniz Ateşi, iki hasta glikojen depo hastalığı tip 1b, bir hasta XIAP defekti, bir hasta kronik granülomatöz hastalık, bir hasta DOCK8 defekti, bir hasta IL10 reseptör alfa defekti, bir hasta LRBA eksikliği ve bir hasta NFKB2 eksikliği tanısı aldı. Çalışmamızda on yedi hastada (%36,2), erken başlangıçlı İBH'ye neden olabilecek monogenik neden saptandı. Otuz altı hastada (%76,6) SLC29A3 geninde varyant saptanmış olup; daha önce İBH ile ilişkili literatürde yer almamıştır. Bu varyantın İBH'li hastalarda önemli olabileceği düşünülmüştür. Çalışmada bulunan diğer varyantların İBH'ye yatkınlık yaratabileceği düşünülebilir.
ADAM19, FAM13A, IREB2 genleri yaygın varyantlarının KOAH yatkınlığı ve şiddeti ile ilişkisi
Kronik obstrüktif akciğer hastalığı (KOAH), kalıcı hava akımı kısıtlaması ile karakterize, çevresel etkenler ile genetik yatkınlık neticesinde gelişen, heterojen bir hastalıktır. Bu çalışmada KOAH ile güçlü seviyede ilişkilendirilmiş genler olan; IREB2, FAM13A, ADAM19 yaygın polimorfizmleri ile KOAH yatkınlığı ve şiddeti ile ilişkisini incelemeyi amaçladık. İlk olarak GOLD'un KOAH tanımlamasına uygun olarak persistan hava akımı kısıtlaması olan toplam 110 hastanın klinik verileri elde edildi. Periferik kandan elde edilen DNA ve spesifik primerler ile PCR yapıldı ve sonrasında ABI Prism 3500 cihazında Sanger dizileme yöntemi ile ADAM19, FAM13A, IREB2 genleri dizi analizleri tamamlandı. IREB2 rs2568494 GA genotipi ile KOAH hastalık yatkınlığı arasında anlamlı ilişki saptandı. FAM13A rs2869967 TC genotipi olanlarda solunum yetmezliği görülmesi riski 3.758 kat, mMRC 2 olma riski 2.359, daha fazla olduğu görüldü. FAM13A TC olan hastalarda GOLD B+D oranı (%74,4), FAM13A TC olmayanlara göre (%55,2) anlamlı derecede yüksekti. ADAM19 AG varyantı olanlarda istatistiksel anlamlı olarak FEV1 değerinin daha düşük seyrettiği, veriler değerlendirildiğinde IREB2 heterozigot varyantın KOAH hastalığı ile ilişkisi olabileceği görüldü. FAM13A TC varyanta sahip bireylerde KOAH gelişmesi halinde daha semptomatik seyredebileceği görüldü. Benzer şekilde ADAM19 rs1422795 AG genotipi ile hastalığa yatkınlık arasında ilişkisi saptanmadı ancak FEV1 değerlerinin hastalarda daha düşük olduğu tespit edildi. Bu çalışma sonucunda ADAM19, FAM13A, IREB2 genlerinin KOAH patofizyolojisinde yer alabileceği gösterildi. Çalışmamızda gösterilen farklı yolaklardaki ilişkiler, KOAH heterojenitesini yansıtan yeni yolakları belirlemek için çok önemlidir.
BRCA gen mutasyonu nedeniyle profilaktik jinekolojik cerrahi uygulanan olguların değerlendirilmesi
BRCA gen mutasyonu ve farkındalığı yıllar içerisinde jinekoloji polikliniklerinde artan başvuru sebeplerinden biridir. BRCA gen mutasyonu diğer herediter kanser genlerinde olduğu gibi genel topluma göre erken yaşta başta meme ve over olmak üzere prostat, pankreas, melanom ve nadiren başka lokasyonlarda da kanser sebebi olabilmektedir. Bu retrospektif klinik çalışmada amaç, 2016-2021 yılları arasında BRCA gen mutasyonu nedeniyle jinekoloji polikliniğimize başvuran ve profilaktik jinekolojik cerrahi yapılan hastaların tanıdan tedaviye giden süreçte karar mekanizmasına etki edebilecek parametreleri belirlemek, bu parametrelerin post operatif patoloji sonuçlarını öngörebilme değerlerini karşılaştırmak ve demografik özelliklerini belirlemektir. Çalışma popülasyonu 12 BRCA1, 19 BRCA2 gen mutasyonu olan 31 hastadan oluştu. Hastaların çoğunluğunun (%80,6) meme kanseri öyküsü sonrası tarafımıza başvurduğu görüldü. Hastaların post operatif patoloji sonuçlarına bakıldığında malign öncülü lezyona rastlanmadı, 16 (%51,6) hastada benign patolojiler izlenirken 15 (%48,4) hastada herhangi bir lezyona rastlanmadı. Ortalama 35,3 ± 22,9 aylık takip süresi boyunca peritoneal kansere rastlanmadı. Meme kanseri öyküsü olan hasta grubunda östrojen reseptör durumu BRCA1 mutasyonlu olgularda BRCA2 mutasyonlulara göre ağırlıklı olarak negatif izlendi (p=0,02). Cerrahi sırasında postmenopozal hasta grubunun premenopozal hasta grubuna göre profilaktik jinekolojik cerrahiyi daha hızlı tercih ettiği izlendi (p=0,014). Soygeçmişinde, 1. veya 2. Derece yakınlarında meme ya da over kanser öyküsü bulunan hastaların daha erken yaşta meme kanserine yakalandığı (p=0,037), daha erken BRCA gen mutasyonu tanısı aldığı (p=0,021) ve de daha erken profilaktik cerrahi geçirdiği (p=0,020) izlendi. Sonuç olarak BRCA gen mutasyonlu hastalarda profilaktik jinekolojik cerrahi, kanser gelişme riskini azaltan etkin bir klinik yaklaşım olarak görülmektedir. Anahtar Kelimeler: BRCA, Herediter Meme ve Over Kanseri, Profilaktik Cerrahi
Mikrodizi gen ifade verilerinde farklı öznitelik seçim yöntemleri ile sınıflama yöntemlerinin performanslarının değerlendirilmesi
İstatistik, biyoloji, bilgisayar, matematik ve genetik bilimlerini bir arada kullanan disiplinler arası bir bilim dalı olan biyoinformatik sayesinde, hangi hastalığa hangi anormalliklerin neden olduğu gösterilebilmektedir. Çağımızın hastalığı olan kanser de ne kadar erken fark edilirse iyileşme ihtimali o kadar yüksektir. Kanser hastalığında mikrodizi gen ifade verileri ile yapılan teşhis, sınıflama işlemleri, kanserin yapısında etkili olan genlerin belirlenmesi erken teşhiste önemlidir. Tez çalışmasında da akciğer, lenfoma, rahim ağzı, prostat, meme ve lösemi kanser türlerine ait mikrodizi gen ifade verileri üzerinde çalışılmıştır. Verilerin öznitelik sayısı fazla olduğu için daha az sayıda öznitelik ile çalışmak amacıyla varFilter, nsFilter, rf, lasso, rfe ve limma öznitelik seçim yöntemleri ele alınmıştır. Filtrelenmiş veri setlerinde Naive Bayes, Destek Vektör Makineleri, k-En Yakın Komşu ve Yapay Sinir Ağları sınıflama yöntemleri ile son yıllarda popülerlik kazanan Derin Öğrenme yöntemi ile sınıflama modelleri oluşturulmuştur. Veri setlerinde, ele alınan öznitelik seçim yöntemlerinin hangi sınıflama yöntemlerinde daha iyi olduğunu göstermek ve oluşturulan sınıflama modellerinin performanslarını karşılaştırmak için doğruluk, duyarlılık, seçicilik ve ROC eğrisi altında kalan alan değerleri elde edilmiştir. Genellikle lasso ve limma öznitelik seçim yöntemlerinde oluşturulan sınıflama modelleri diğer öznitelik seçim yöntemlerinde oluşturulan modellere göre daha başarılıdır. Derin Öğrenme yöntemi de klasik veri madenciliği sınıflama yöntemlerine göre çoğunlukla daha iyi performans göstermiştir. Yapay Sinir Ağları yöntemi ise diğer sınıflama yöntemlerine göre düşük performansa sahiptir. Veri setleri üzerinde öznitelik seçim yöntemi uygulamadan Derin Öğrenme sınıflama modelleri de elde edilmiştir. Öznitelik seçim yöntemlerini uygulayarak ve uygulamadan elde edilen Derin Öğrenme modellerinin performansları da karşılaştırıldı. Ayrıca benzetim çalışması yapılmıştır ve gerçek veri setlerine benzer sonuçlar elde edilmiştir.
Kistik fibrozis hastalarında fenotipik ciddiyeti etkileyen genlerin ve ilişkili yolakların araştırılması
Otozomal resesif kalıtılan hastalıklar arasında en sık görülen kistik fibrozis, Cystic Fibrosis Transmembrane Conductance Regulator (CFTR) genindeki mutasyonlar sonucu oluşmaktadır. Hastalık ciddiyetinin belirlenmesinde CFTR mutasyonlarının yanı sıra ciddiyeti modifiye eden genler ve çevresel faktörler rol oynamaktadır. İlginç bir bulgu olarak, aynı CFTR mutasyonuna sahip olmalarına rağmen farklı klinik ciddiyete sahip hastalar da bulunmaktadır. Ciddiyetin hastalarda heterojenlik göstermesi ve genotip-fenotip korelasyonunun kurulamaması tedavi yaklaşımlarını oldukça zorlaştırmaktadır. Tez çalışması kapsamına; Sınıf II grubunda yer alan, F508del/F508del ve F508del/G85E mutasyonlarını içeren iki hasta kardeşten oluşan iki aile, Sınıf IV grubunda yer alan I1234V/I1234V mutasyonunu içeren üç hasta kardeşten oluşan bir aile ve kronik hastalık öyküsü olmayan üç sağlıklı kontrol dahil edilmiştir. Klinik seyirleri farklı olan (ağır/ hafif) hasta kardeşler arasında ifade farklılığı gösteren genler gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu prensibine dayalı kistik fibrozis PCR array yöntemiyle saptanmış ve bu genlerle ilişkili yolaklar tanımlanmıştır. Sınıf II grubunda yer alan ağır seyirli hastalarda, inflamasyon ve immün cevapta görevli IL-17(CXCL1, CXCL2), NF kappa B (TNFRSF11A), TNF, sitokin-sitokin etkileşimi, araşidonik asit, nekroptozis, SNARE etkileşim (STX1A) ve sodyum iyonunun geri emilim (SLC9A3R2) yolakları saptanmıştır. Sınıf IV'e özgü olarak AGE-RAGE, TLR sinyal yolakları bulunmuştur. Tüm hastaların birlikte değerlendirilerek kontrol grubu ile karşılaştırıldığında ifade farklılığı anlamlı genler ICAM1, EZR, TNFRSF1A ve HSP70 olarak belirlenmiştir. Ek olarak, hastalarda ifade farklılığı gösteren genler ile karaciğer tutulum bulguları arasında korelasyon saptanarak bu genlerin AGE-RAGE, sitokin-sitokin etkileşim ve insülin direnci sinyal yolaklarında yer aldıkları gösterilmiştir. Bu çalışma ile, aynı sınıf mutasyona sahip ağır ve hafif seyir gösteren hasta kardeşler arasında fenotipik ciddiyeti etkileyebilecek genler ve ilişkili yolaklar aydınlatılmıştır. Tez çalışması, ileri dönemde tedavi için yeni hedef moleküllerin geliştirilmesine olanak sağlayabilecektir. Anahtar Kelimeler: Kistik fibrozis, CFTR, modifiye edici genler,genotip-fenotip ilişkisi
AEBP1/ACLP'nin protein etkileşim ağının proteomik ve biyoinformatik yöntemlerle araştırılması
Hücre dışı matriks (ECM) yapısı hücreleri mekanik kuvvetlere karşı bir arada tutarak dokulara yapısal destek kazandırır. Doku hasarı sonucunda ECM'de başta kolajenler olmak üzere geri dönüşüşüz yapısal protein birikimi gözlenen patoloji fibrozis olarak isimlendirilir. Fibrozisin iskelet kası veya çeşitli diğer organlarda gerçekleşmesi geri dönüşümsüz işlev kaybına yol açmaktadır. Fibrozis sürecinde görev alan düzenleyici proteinlerin aydınlatılması, bu patolojik sürecin yavaşlatılmasına yönelik önemli hedefler ortaya koyabileceği düşünülmektedir. Adipocyte Enhencer Binding Protein 1 / Aortic Carboxypeptidase Like Protein (AEBP1/ACLP) mutasyonları insanlarda daha esnek ve hasara açık bağ dokusu ile karakterize Ehlers-Danlos Sendromu ile ilişkisi bulunmuş ve bu proteininin kolajen organizasyonu ile ilişkili olabileceği düşünülmüştür. Hücre farklıaşması ve fibrozis sürecinde ifadesinin arttığı bilinen AEBP1/ACLP'nin ECM olgunlaşması sürecinin bir düzenleyicisi olabileceği düşünülmektedir. İşlevi tam olarak bilinmeyen AEBP1/ACLP proteinin işlevsel ortaklıkları hakkında bilgiler de sınırlıdır. Protein-protein etkileşimlerinin yüksek ölçekli genom bilim araçları ve biyoinformatik analizlerle aydınlatılması proteinlere işlev atfetmek için önemli bir yaklaşımdır. Bu tez çalışmasında protein-protein etkileşimlerinin keşfi için kullanılan "Proximity-Proteomics" teknolojisi için gerekli deneysel araçların üretilmesi ve biyoinformatik yöntemlerle iskelet kasına ait transkriptom ve proteom verilerinde AEBP1/ACLP proteinini ifadesine yönelik veri madenciliği çalışmalarının yapılması planlanmıştır. Yapılan çalışmalar sonucunda AEBP1/ACLP'nin çevresindeki proteinlere kimyasal etiket ekleyebileceği deneysel araçlar hazırlanmıştır. Biyoinformatik analizlerle in vitro ve in vivo deneylerde matrizom proteinlerinin ifadesi transkriptom ve proteom düzeylerinde incelenmiştir. Farklı hücre gruplarında ve doku hasarlarında üretilen matrizom, kolajenler başta olmak üzere karşılaştırmalı şekilde analiz edilmiş, ifadesi ortak ve ayrılan gen listeleri elde edilmiştir
Improvement of germ stem cell pool by leptin supplementation and gene editing for male infertility
Infertility affects up to 12-15% of sexually active couples, and male factors contribute about 30-55% of these cases. Infertility can be caused by injuries, genetic factors, exposure to toxicants, immune-suppressive and anti-cancer treatments, but a large number are unexplained (idiopathic). Impairment of fertility is a major concern for the pediatric cancer survivors (PCSs). Freezing of testicular tissue containing spermatogonial stem cell (SSCs) is the only option to preserve the fertility. Sperm collection or culture of SSCs are not available in azoospermic patients with MCM8 gene disorders. For these infertile men, somatic cells can be reprogrammed into induced pluripotent stem cells (iPSCs) and differentiated into germ cells after correction of mutation via gene editing. Culture is critical to expand the number SSCs from small biopsies obtained from the testes of prepubertal patients prior to transplantation and to enable gene editing if SSCs or iPSCs for patients with genetic infertility. We tested the hypothesis that leptin supplementation may induce proliferation of neonatal mouse SSCs in vitro via ERK and/or STAT3 pathways. We also hypothesized that Mcm8 mutation may be corrected by CRISPR/Cas9 to produce gene edited primordial germ cells like cells (PGCLCs) that could be transplanted to restore fertility in Mcm8-/- infertile mouse. C57BL/6 neonatal SSCs were cultured and treated with leptin (0-200 ng/ml). 100 ng/ml leptin supplementation enhances proliferation SSC cultures via ERK and STAT3 pathways. Two novel Mcm8-/- mouse iPSC lines (591 and 574) were generated from Mcm8-/- mice fibroblasts. A validated Mcm8-/- iPSC (591-14) clone was gene-edited via CRISPR/Cas9 and identified with one Mcm8 allele corrected back to the wild type by DNA sequencing. Gene-corrected (Mcm8gc/-) clone 14 was differentiated to PGCLCs that exhibited a SSEA1+/CD61+ phenotype. These studies may allow the expansion of SSC pool, in vitro, prior to auto-transplantation to regenerate spermatogenesis in cancer survivors and correction of single gene mutation causing infertility by CRISPR/Cas9 tool in infertile male.
Kistik fibrozis patogenezinde aday miRNA ve hedef genlerinin biyoinformatik araçlarla tanımlanması
Kistik fibrozis transmembran regülatör (CFTR) genindeki mutasyonların sebep olduğu kistik fibrozis (KF) otozomal resesif kalıtılan oldukça yaygın görülen genetik bir hastalıktır. Hastalık ciddiyeti mutasyonların CFTR proteini üzerindeki etkisiyle ilişkilendirilse de aynı mutasyonu taşıyan hastalarda hastalık ciddiyetini epigenetik faktörlerin de etkilediği bilinmektedir. Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Biyoloji Anabilim Dalı ve Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Anabilim Dalı Göğüs Hastalıkları Ünitesi iş birliği ile gerçekleştirdiğimiz ön çalışmalar sonucunda aynı mutasyonu taşımasına rağmen hastalık ciddiyeti farklı seyreden kardeşler saptanmıştır. Gerçekleştirdiğimiz ön çalışmalarda hasta kardeşlerden elde ettiğimiz nazal sürüntüler kullanılarak; hedeflenmiş transkriptomik Kistik Fibrozis PCR Array yöntemi ile ifade farklılığı gösteren genler ve yolaklar saptanmıştır. Bu tez çalışmasında amacımız, aynı CFTR mutasyonuna sahip olmalarına rağmen farklı klinik ciddiyete sahip hasta kardeşlerde ifade değişikliği gösteren, fenotipik farklılığı açıklamaya yönelik ortak miRNA'ların ve hedef genlerinin tanımlanmasıdır. Bu amaç ile Hacettepe Üniversitesi Kapsamlı Araştırma Projesinde (TSA 201816629) gerçekleştirilmiş olan miRNA array ham verisi farklı biyoinformatik araçlarla tanımlanmış, kardeşler arasında klinik heterojeniteye sebep olabilecek aday miRNA'lar ve hedefleriyle ilişkili yolaklar saptanmıştır. BRB-ArrayTool, TAC 4.0 ve MeV programları kullanılarak Affymetrix miRNA 4.0 Array mikrodizin sonuçlarının ham verileri analiz edilmiş ve aday miRNA'lar seçilmiştir. Analizler sonucunda ağır seyirli hastalarda hafif seyirli hastalara göre ve Sınıf IV hasta grubunda ağır seyirli hastada hafif seyirli hastalara göre ifadesi artan miR-145-5p saptanmıştır. miR-145-5p'nin hedef genlerine ait yolak analizleri sonucunda miRWalk ve miRNET programlarında ortak ErbB sinyal yolağı elde edilmiştir. Ön çalışmamızın çıktılarında yer alan aday genlerin miRNA hedefleri olma durumu da araştırılmıştır. KF patolojisi ile uyumlu ve p değeri en yüksek IL-17 sinyal yolağı miR-145-5p için tanımlanmıştır. Ayrıca hastalarda kontrol bireylere göre ifadesi artan miR-92a-3p tanımlanmıştır. miR-92a-3p'nin hedef genlerine ait yolak analizleri sonucunda miRWalk ve miRNET programlarında en çok hedef geni içeren endositoz yolağı elde edilmiştir. Bu çalışma ile KF hastalarının klinik seyrini ve KF'ye eşlik eden diğer hastalıkların erken dönemde saptanmasını kolaylaştıracak, prognostik bir miRNA imzası tanımlanabilecek ve hastalık patogenezi ile ilişkili yeni yolaklar aydınlatılabilecektir.
Yüksek dereceli endometrial stromal sarkom olgularının morfolojik, immünohistokimyasal, moleküler ve klinikopatolojik özelliklerinin değerlendirilmesi
Yüksek dereceli endometrial stromal sarkomlar (ESS) YWHAE-NUTM2 füzyonu gösteren uterin malign mezenkimal tümörlerdir. Son yıllarda literatürde BCOR gen değişiklikleri gösteren yüksek dereceli ESS olguları bildirilmiştir. Bu çalışma ile arşivimizdeki YWHAE veya BCOR gen translokasyonu içeren ESS'lerin saptanması, bu tümörlerin morfolojik, immünohistokimyasal ve klinik özelliklerini değerlendirilmesi ve BCOR'un immünohistokimyasal olarak düşük ve yüksek dereceli ESS'lerdeki tanısal değerinin sorgulanması amaçlanmıştır. 2000-2019 yılları arasında tanı almış 194 uterin sarkom arasından uygun kriterleri sağlayan 39 olgu seçildi. YWHAE ve BCOR floresan in situ hibridizasyon (FISH) ve BCOR, CD99 ve CD56 İHK çalışmaları yapıldı. Ayrıca karakteristik özeliklere sahip 20 leiomyosarkoma BCOR immünohistokimyası uygulandı. Altı olguda YWHAE veya BCOR translokasyonları saptandı. Beş olgu yüksek dereceli morfoloji ve YWHAE translokasyonu sergilemekteydi. Bir olguda belirgin mikzoid stroma ve BCOR translokasyonu saptandı. İmmünohistokimyasal çalışmalarda YWHAE translokasyonu içeren olguların biri hariç hepsi BCOR, CD99 ve CD56 pozitifliği gösterirken, BCOR translokasyonu içeren olgu BCOR ve CD56 ile negatifti. Üç olguda radyolojik incelemelerde akciğer veya karaciğer metastazı ve uterus dışı yayılım izlendi. Takibine ulaşılabilen dört olgu postoperatif 34, 20, 18 ve 4 aylarda eksitus olmuştur. Sonuç olarak, yüksek dereceli ESS'ler kötü klinik gidişe sahip agresif tümörlerdir. YWHAE translokasyonu gösteren yüksek dereceli ESS tanısında BCOR İHK'sı yararlı bir belirteçtir ancak farklı tümörlerde de pozitif olabildiğinden kesin tanı için FISH gibi moleküler çalışmalar gereklidir. Mikzoid stroma varlığı ve moleküler çalışmaların BCOR translokasyonu gösteren yüksek dereceli ESS'lerin tanısında önemli olduğu, BCOR İHK'sının tanıda yeterli olmayabileceği görülmüştür.