Tarımsal su kaynaklarından izole edilen escherichia coli suşlarının antimikrobiyal dirençliliklerinin ve plazmit içeriklerinin belirlenmesi

Bu çalışmanın amacı, Muş ilinde tarımsal sulamada kullanılan dört farklı su kaynağında Escherichia coli varlığının araştırılması ve suşlarının antimikrobiyal dirençliliklerinin ve plazmit içeriklerinin belirlenmesidir. Bu amaç doğrultusunda Murat Nehri (M), Karasu Çayı (K), Gölet Yurt (GY) ve Gölet Balık (GB) olarak belirlenen tarımsal sulama kaynağı olarak kullanılan su kaynaklarından "Su Kirliliği Kontrolü Yönetmeliği Numune Alma ve Analizi Metodları Tebliği" ne göre toplam 54 su numunesi alındı. Her bir su numunesi steril membran filtrasyon cihazında 0,45 µm' lik gözenek çaplı membran filtreden süzdürüldü, steril pens ile filtre kağıdı alınarak Chromogenic Coliform Agar (CCA) üzerine yerleştirildi. Petriler 37˚C' de 24 saat inkübe edildi. İnkübasyon sonunda koyu mavi-mor renkteki kolonilerden Eosine Methylene Blue Agar (EMB) besiyerine çizgi ekim yöntemi ile aktırıldı ve 35˚C' de 24 saat inkübe edildi. Elde edilen saf kolonilerin E. coli olduğunu PZR yöntemi ile doğrulamak için uidA gen bölgesine spesifik olarak tasarlanan UAL-1939 (5'-TATGGAATTTCGCCGATTTT-3') ve UAR-2105 (5'-TGTTTGCCTCCCTGCTGCGG-3') primerleri kullanıldı. Antibiyotik dirençliliğini belirlemek için izole edilen E. coli suşları Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI) belirtilen disk difüzyon yöntemine göre yapıldı. Çalışmamızda Ampisilin (AM, 10 μg), Gentamisin (CN, 10 μg), Kloramfenikol (C, 30 μg), Siprofloksasin (CIP, 5 μg), Eritromisin (E, 15 μg), Kanamisin (K, 30 μg), Rifampisin (RA, 5 μg), Sülfametoksazol (SMZ, 300 μg), Tetrasiklin (TE, 30 μg) ve Vankomisin (VA, 30 μg) antibiyotik diskleri kullanıdı. İzole edilen E. coli suşlarına ait plazmit içerikleri belirlendi. Ayrıca, izole edilen E. coli suşlarına ait DNA'lar 27 RAPD primeri kullanılarak akrabalık ilişkileri incelendi. Kullanılan RAPD primerlerinden OPA8 (5'-CCTGGGTGGA-3'), OPA29 (5'-AGGGCGTAAG-3'), OPA30 (5'-AAAACCGGGC-3') ve OPA1247 (5'-AAGAGCCCGT-3') RAPD primerlerinin kullanımı ile en uygun sonuçlar elde edildi. 54 su örneğinden izole edilen 34 adet E. coli suşu kullanılan yöntemlerle doğrulanmıştır. Bu suşların eritromisin ve rifanmisine karşı dirençli oldukları belirlendi. Yapılan RAPD analizi ve plazmit içerik analizleri sonucunda aynı bölgeden izole edilen suşların yüksek benzerlik özelliği gösterdiği tespit edildi. Sularda E. coli' nin bulunması halk sağlığı açısından ciddi bir tehlike oluşturmaktadır. Bu sebeple su ekosistemlerindeki E. coli suşlarının antibiyotik direnç profillerinin belirlenmesi büyük önem arz etmektedir.