Tomato brown rugose fruit virus (ToBRFV) İzolatlarının Moleküler Karakterizasyonu ve Bazı Domates Savunma Genlerinin Virüs Enfeksiyonuna Karşı Tepkilerinin Belirlenmesi

Tomato brown rugose fruit virus (ToBRFV) 2019 yılından bu yana ülkemizde bulunan ve önemli ekonomik kayıplara neden olan bir virüstür. Tezin ilk aşamasında ülkemizin en önemli domates üretim bölgesi Antalya'da ToBRFV'nin tespiti yapılarak elde edilen izolatların moleküler karakterizasyonları yapılmıştır. Bu amaçla Antalya ilinde önemli domates üretim bölgelerinden 172 örnek toplanmış ve real-time RT-PCR yöntemleriyle virüsün varlığı ve yaygınlığı tespit edilmiştir. İzolatlardan 10 tanesi seçilerek kılıf protein (CP) geni RT-PCR ile çoğaltılarak klonlanmıştır. Klonlanan CP genlerinin dizilimi belirlenerek nükleotid ve amino asit dizileri birbirleriyle ve uluslararası izolatlarla karşılaştırılıp ToBRFV izolatları arasındaki genetik çeşitlilik ve filogenetik ilişkiler belirlenmiştir. Bu izolatlardan biri seçilerek tüm genomu 6 parça şeklinde çoğaltılıp klonlandıktan sonra tüm genomu dizilenerek analiz edilmiştir. Tezin ikinci aşamasında ToBRFV enfeksiyonu sırasında domates savunma genlerinin ekspresyon analizleri yapılarak ToBRFV-domates etkileşimleri moleküler düzeyde araştırılmıştır. Öncelikle beş tane Tm-2² geni içeren Torry ve içermeyen Ofri domates çeşidinin fidelerine ToBRFV enfekte edilmiş ve beş tanesi ise virüs içermeyen yalancı inokülasyon yapılarak kontrol olarak kullanılmıştır. Bu bitkilerden enfeksiyondan 1, 7, 14 ve 21 gün sonra yaprak örnekleri alınmıştır. Seçilen 12 domates savunma geninin ekspresyonu enfekteli ve kontrol bitkilerinde analiz edilerek ToBRFV enfeksiyonu sırasında uyarılan ve/veya baskılanan savunma genleri belirlenmiştir. Analizler sonucunda ROS eliminasyonunda görev alan CAT ve POX genleri, patogenezle ilgili PR5 ve PR6 genleri ile salisilik asitle uyarılan NPR1 geni ve jasmonik asit ile uyarılan JAZ geninin ve ARF8 ve SCL genlerinin ekspresyonlarının uyarıldığı belirlenmiştir. ToBRFV enfeksiyonu sırasında savunma genlerinin ekspresyonunu düzenleyen transkripsiyon faktörlerini kodlayan ve gen susturmada görev alan AGO1 geninin ekspresyonu önemli ölçüde artmıştır.