Trabzon Fatih Devlet hastanesinde izole edilen klebsiella pneumoniae genomunun biyoinformatik analizi

Son yıllarda antimikrobiyal direnç küresel ölçekte hızlı bir şekilde artmakta ve bir ülkeden diğerine yayılmaktadır. Son 80 yılda antibiyotiklerin yaygın ve yanlış kullanımı antimikrobiyal direncin oluşmasına neden olmuştur. Klebsiella pneumoniae (K. pneumoniae) ciddi enfeksiyonlara neden olan bir patojendir. K. pneumoniae kaynaklı en sık rastlanan enfeksiyon üriner sistem enfeksiyonlarıdır. K. pneumoniae yayılımı temel sağlık problemi haline gelmiştir. K. pneumoniae'nın sebep olduğu enfeksiyonlarda çoklu antibiyotik direnci nedeniyle tedavi seçeneklerinin kısıtlı olması enfeksiyonun yayılmasına ve ölüme yol açar. Bu yüzden K. pneumoniae izolatlarının genomik analizleri, direnç mekanizmalarının aydınlatılması ve etkili kontrol stratejilerinin geliştirilmesi açısından kritik bir öneme sahiptir. Bu tezde Trabzon Fatih Devlet Hastanesinden temin edilen K. pneumoniae K102 suşu kullanıldı. Suşun tüm genom dizilemesi (WGS) gerçekleştirildi ve antimikrobiyal dirençlilikle ilişkili kromozomal ve genetik elementler araştırıldı. K102 suşunun antibiogramı, EUCAST Fenotipik 2017 programı kullanılarak elde edildi. K. pneumoniae K102 suşunda; ampisilin, seftriakson, sefepim, ertapenem, meropenem, siprofloksasin, kolistin, trimetoprin, sefuroksim aksetil, piperasilin/tazobaktam, sefazolin, sefuroksim, sefoksitin ve seftazidime karşı dirençli; amikasin ve gentamisine duyarlı; tigesikline ise orta duyarlı bulundu. Ayrıca suşta metiltransferaz, kapsül, faj, pili, flagella, fimbria, beta-laktamaz ve virülans faktörleri genleri tespit edildi. Bu araştırmada suşun tüm genom analizi MLST analizi, PlasmidFinder 2.1, ISFinder, BRIG, PHAST, ResFinder 3.2 ve VFDB programları kullanılarak gerçekleştirildi.