Tüberküloz tanısı ve ilaç direncinin gösterilmesine yönelik moleküler beacon esaslı gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyon kiti geliştirilmesi

Tüberküloz (TB), Mycobacterium tuberculosis bakterisinin neden olduğu antik çağlardan beri halk sağlığını tehdit eden ölümcül salgın hastalıklardan biridir. TB'nin tedavisi, M. tuberculosis bakterisinin ilaçlara direnç kazanarak Çok İlaca Dirençli (ÇİD) ve Yaygın İlaç Dirençli (YİD) suşlarının ortaya çıkmasıyla daha da zor bir hal almıştır. Hastalığın kontrol altına alınması için hızlıca tanı koyulması ve ilaç direncinin tespit edilmesi gerekmektedir. Bu tez çalışmasının amacı, klinik örneklerde M. tuberculosis varlığının gösterilmesi yanında RİF, INH ve linezolid direncine yol açan mutasyonların tespiti ile ÇİD-TB suşlarına tanı koyabilecek bir multipleks qPCR tanı kiti geliştirmektir. Geliştirilen kit, birinci PCR miksinde M. tuberculosis tespiti ile RİF direncini, ikinci PCR miksinde ise INH ve linezolid direncini tespit edecek şekilde tasarlanmıştır. Optimizasyon çalışmalarını takiben, kitin analitik duyarlılık/Limit of Detection (LOD), analitik özgüllük, tekrarlanabilirlik, doğruluk ve klinik örnekler üzerindeki etkinliği analiz edilmiştir. TB tanısında kitin LOD değeri 124 cfu/mL olarak saptanmıştır. Klinik örneklerle ile yapılan çalışmalarda RİF, INH ve linezolid direnci ≥ %99 duyarlılık ve özgüllükte tespit edilebilmiştir. Kitin doğruluk çalışmalarında hatalı pozitif ve negatif sonuç alınmamıştır. Deney içi, deney arası ve lotlar arası tekrarlanabilirlik çalışmalarında kitin varyasyon katsayısı %1'in altında hesaplanmıştır. Kullanılan primer/probların M. tuberculosis kompleks dışındaki mikroorganizmalarla çapraz reaksiyon vermediği tespit edilmiştir. Sonuç olarak geliştirilmiş olan kit, tüberkülozun erken tanısını sağlamakla beraber anti-TB ilaç direncini 2 saatten az bir sürede saptayarak TB'nin tedavi ve kontrolüne önemli katkı sağlayacaktır.