Molecular identification and phylogenetic analysis of some important viruses infecting potato fields in Afyon, Bolu and Nevsehir provinces of Turkey

Patates, dünyada en önemli tarımsal ürünler arasında yer alır ve doğal koşullarda 40'dan fazla virüs türüne hasssas bir bitki türüdür. Bu araştırmada, daha önceki bir çalışmada Afyon, Nevşehir ve Bolu illerinde patates üretiminin yoğun olarak yapıldığı alanlardan toplanan 298 yaprak örneği, bölgede patates üretimini etkileyen virüslerin belirlenmesi için kullanılmıştır. Virüs simptomu sergileyen patates bitkilerinin yaprakları, Potato leafroll virus (PLRV), Potato virus A (PVA), Potato virus X (PVX) ve Potato virus M (PVM)'nin varlığını tespit etmek amacıyla, virüs-spesifik primerler kullanılarak RT-PCR testine tabi tutulmuştur. Test edilen 298 tane yaprak örneğinin 46'sında (%15.43), bir veya birden fazla virüs tespit edilmiştir. Çalışma sonucunda, test edilen örneklerin 43'ü ise PLRV (%14.42), 3'ü PVX (%1) ile enfekteli bulunmuştur. Afyon, Nevşehir ve Bolu Merkez bölgelerinden toplanan bitki örneklerinde en yaygın virüsün PLRV, ardından PVX olduğu belirlendi. Örneklerde PVA ve PVM tespit edilmemiştir. PLRV ile enfekteli olan bazı izolatların elde edilen sekans verilerinin GenBank'a kayıtlı izolatlarla karşılaştırılması yapılarak filogenetik ilişkileri belirlenmiştir. Filogenetik analize göre, Türkiye PLRV izolatları Sırbistan, Kanada ve Pakistan izolatları ile birlikte Grup 2'de kümelenmiştir.