Türkiye şeker pancarı üretim alanlarında Beet vırus Q'nun belirlenmesi ve Polymyxa betae ile taşınan toprak kökenli virüslerin moleküler karakterizasyonu

Şeker pancarı üretim alanlarında Beet necrotic yellow vein virus (BNYVV), Beet soil-borne virus (BSBV) ve Beet virus Q (BVQ)'nun en sıklıkla rastlanan toprak kökenli viral etmenler oldukları bilinmektedir. Bu virüsler protozoa vektör Polymyxa betae tarafından taşınmaktadır. Bu çalışmada, Türkiye'nin şeker pancarı alanlarına ait 31 ilden elde edilmiş olan ve BNYVV ve/ya da BSBV ile bulaşık olduğu bilinen 82 ve sadece vektör P. betae ile bulaşık 21 olmak üzere toplam 103 toprak örneği kullanılmıştır. Tuzak bitki testini takiben, RT-PCR çalışmaları ile incelenen örneklerin %89.3'ünün BVQ ile bulaşık olduğu saptanmıştır. Ayrıca bu çalışmada, iki BVQ izolatının konukçu çevresi de araştırılmıştır. BVQ'nun mekanik olarak bulaştırıldığı Beta macrocarpa, Nicotiana benthamiana, N. rustica, Patellifolia patellaris ve Spinacia oleracea'da sistemik enfeksiyon oluşturduğu RT-PCR ve sekans analizi çalışmaları ile ortaya konulmuştur. Bu sonuçlar ile Türkiye'de BVQ ilk defa rapor edilmiştir. Bu çalışmada, coğrafik orjinlerine göre seçilen 15 BVQ, 16 BNYVV ve 10 BSBV izolatının kılıf protein (CP) gen bölgelerinin nükleotit (nt) ve amino asit (aa) dizileri elde edilmiştir. Bu çalışmaya ait 15 BVQ izolatının CP bölgesi bakımından en yüksek aa benzerliğini (%98.80) Fransa'dan FP71 izolatı ile gösterdikleri saptanmıştır. Çalışmada incelenen 10 BSBV izolatından, 9'unun CP bölgelerinin aa dizisi bakımından kendi aralarında %100 benzer oldukları, YZT-355S izolatının ise 92., 121. ve 122. pozisyonlardaki aa'lerin diğer Türkiye ve dünya izolatlarından farklılık gösterdiği saptanmıştır. Türkiye'ye ait 9 BSBV izolatı aa yönünden Çin'e ait pBSBV-cp061027-1 izolatı ile %100 benzer bulunurken; YZT-355S izolatının Çin, Polonya ve Türkiye'ye ait BSBV izolatları ile en yüksek genetik benzerlik gösterdiği (%98.17) belirlenmiştir. BNYVV izolatlarının CP bölgesi aa dizileri incelendiğinde, 14 izolatın CP bölgesinin A-tip; IGR-9 ve ERC-52 izolatlarının ise A (P)-tip karakterde olduğu saptanmıştır. Ayrıca, A (P)-tip CP'ye sahip BNYVV izolatlarının diğer RNA'larına (RNA-3, RNA-4, RNA-5) ait gen bölgeleri (P25, P31, P26) bu çalışmada incelenmiştir. Sonuçta bu izolatların oldukça agresif oldukları ve farklı dayanıklılık genleri (Rz1, Rz1+Rz2 ve Rz1+C48+minör genler) içeren şeker pancarı genotiplerini enfekte edebildikleri görülmüştür. İlaveten, sadece BNYVV ile enfekteli KNY-359 izolatının test bitkilerinde oluşturduğu reaksiyonlar incelenmiştir.