Yeni nesil dizileme verileri kullanılarak biber koleksiyonunda genetik çeşitliliğin belirlenmesi

Biber bitkisi (Capsicum annuum L.), dünya genelinde yaygın olarak yetiştirilen ve tüketilen bir sebze olup yüksek verim, hastalıklara dayanıklılık ve iklim koşullarına adaptasyon gibi özelliklerin iyileştirilmesi amacıyla biber ıslah çalışmaları büyük önem taşımaktadır. Geniş bir coğrafyada üretimi yapılan ve talep gören biber bitkisinde ıslah çalışmalarının daha etkin olabilmesi adına genetik çeşitliliğin belirlenmesi ve güncel yenilikçi bilgiler ışığında karakterizasyonu oldukça önemlidir. Bu kapsamda ele alınan bu tez çalışmasında Akdeniz iklim kuşağında yetiştirilen biber koleksiyonunda yeni nesil dizileme verilerini kullanarak genetik çeşitliliğin ve popülasyon yapısının belirlenmesi amaçlanmıştır. Toplam 99 biber hattının yer aldığı koleksiyonda 21 adet Dolma tip, 19 adet Çarliston tip, 13 adet Kapya tip, 11 adet Kıl tip, 4 adet Üçburun tip, 5 adet Şili tip, 24 adet Sivri tip, 2 adet Jalapeno tipi biber bulunmaktadır. ddRADSeq yöntemi kullanılarak SNP seviyesinde karakterize edilen koleksiyonda toplam 318.76 milyon okuma ve ortalama %37.66 GC içeriği elde edilmiştir. Yürütülen biyoinformatik analizler sonrasında 8475 SNP popülasyon yapısını belirlemede kullanılmıştır. Hatlar arasında genetik çeşitliliği belirleme amacıyla filogenetik ağaç oluşturulmuş ve ticari tiplerine göre hatların kümelendiği belirlenmiştir. Yapılan STRUCTURE analizi ile koleksiyonda iki (K=2) belirgin alt grup tanımlarken, PCoA analizi sonrası ise biber hatlarının beş gruba ayrıldığı belirlenmiştir. Popülasyonda gözlenen homozigotluk (Ho) ve beklenen heterezigotluk (He) değerleri sırasıyla 0.493 ve 0.313 olarak kaydedilmiştir. Genetik olarak uzak olan hatların melezleme sonrası potansiyel heterosis etkisine sahip olduğu dikkate alınarak potansiyel ana-baba hatlar ortaya konulmuştur. Elde edilen bulguların Akdeniz iklimine uygun biber çeşitlerinin geliştirilmesine yönelik yeni ıslah stratejilerinin geliştirilmesine ışık tutması beklenmektedir.