4
Arşivlenen Tez
0
DOI Atanmış
0%
DOI Oranı
Anabilim Dalı
Primer trombositoz düşünülen çocuklarda jak2 mutasyon varlığının değerlendirilmesi
Trombositoz, primer (esansiyel) ve sekonder (reaktif) olmak üzere ikiye ayrılır. Primer trombositoz, hematopoietik kök hücrelerin monoklonal veya poliklonal anormalliklerinden veya TPO biyolojisindeki anormalliklerden kaynaklanan miyeloproliferatif bir hastalıktır. Bu çalışmada amacımız primer trombositoz düşünülen çocuklarda JAK2 mutasyon sıklığını belirlemektir. Adnan Menderes Üniversitesi Tıp Fakültesi Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Polikliniği'ne 01 Ocak 2017-31 Temmuz 2018 tarihleri arasında başvuran ve trombosit sayısı >500.000/μL olan 150 çocuğun ailesi telefonla aranarak kontrol değerlendirme için çağrıldı. Elli çocuk, kontrol değerlendirme için aileleri tarafından getirilmedi. Elli çocuk ise trombosit sayısı normal saptandığı, 20 çocuk demir eksikliği anemisi tanısı aldığı ve 9 çocuk enfeksiyon ya da enflamasyona sekonder trombositoz düşünüldüğü için çalışmaya alınmadı. Primer trombositoz düşünülen 13'ü erkek (%61,9), 21 olgu çalışmaya dahil edildi. Ayrıntılı öykü ve fiziksel incelemenin yanı sıra tüm hastalarda hemogram, ESR, CRP, fibrinojen ve ferritin düzeyleri, serum demiri ve total serum demir bağlama kapasitelerine bakıldı. JAK2 V617F mutasyon analizi, "İpsogen® JAK2 RGQ PCR Kiti" (Qiagen, Almanya) ile test edilerek, Real Time-PCR yöntemi ile gerçekleştirildi. Hastaların yaş ortalaması 6,76±2,94 yıl (dağılım 3-13 yıl) idi. Öykü, fiziksel muayene, hemogram ve periferik kan yayma incelemesinde miyeloproliferatif hastalık düşündürecek bulguya rastlanmadı. Ortalama ferritin düzeyi 28,38±11,48 ng/mL, serum demir düzeyi 67,52±22,62 μg/dL, serum demir bağlama kapasitesi 269,4±52,26 μg/dL, fibrinojen düzeyi 288,0±43,40 mg/dL olarak saptandı. Tüm hastalarda CRP negatif ve ESR normaldi. Hastaların ortalama hemoglobin düzeyi 12,28±0,95 gr/dL, ortalama lökosit sayısı 9,120±950/μL, ortalama trombosit sayısı 613,000±96,820/μL (dağılım 504-830,000/μL) olarak bulundu. JAK2 V617F mutasyonu hiçbir hastada saptanmadı. Miyeloproliferatif hastalık düşündürecek öykü, fiziksel muayene ve/veya tam kan sayımı ve periferik kan yayma bulgusu olmayan primer trombositozlu çocuklarda JAK2 mutasyonu bakılmasının gerekli olmadığını düşünüyoruz.
WNT inhibitörü PRI-724'ün pankreas kanseri kök hücreleri üzerine etkilerinin in vitro araştırılması
Amaç: Bu araştırmada, Wnt inhibitörü PRI-724'ün pankreas kanseri kök hücreleri üzerine etkisinin değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Araştırmamız Adnan Menderes Üniversitesi Temel Tıp Bilimleri Laboratuvarında yapılmıştır. Araştırmamız Aralık 2020 tarihinde literatür taramasıyla başlamıştır. Nisan 2021- Eylül 2021 tarihinde deney grupları oluşturulmuş olup elde edilen hücrelerle MTS/PMS doz belirleme, Flow Sitometri ve Klonojenik deney yapılmıştır. Bulgular: PRI-724, Gemcitabine ve Kombine (Gem+PRI-724) gruplarının IC50 değerini belirlemek için doz belirleme deneyi yapıldı. Bu deney sonucunda PRI-724'ün IC50 değeri 45 µM, Gemcitabinin IC50 değeri 4 mg/ml, kombine (Gem+PRI-724) grubunun IC50 değeri 4mg/ml+45 µM olarak belirlendi. Akım (Flow) Sitometri deneyinde kontrol, Gemcitabine, PRI-724 ve Kombine (Gem+PRI-724) grupları oluşturuldu. Her bir gruba CD44, CD133 ve CD24 antikorları eklenerek saçılım grafikleri elde edildi ve daha sonra saçılım grafiklerinin değerlendirilmeleri yapıldı. Klonojenik deneyde ise kontrol, gemcitabine, PRI-724 ve kombine (Gem+PRI-724) grupları oluşturuldu. Kontrol grubunda hücrelerin koloni oluşturulduğu gözlemlenirken, ilaç uygulanan diğer gruplarda koloni oluşturmadığı gözlemlenmiştir. Sonuç: Yaptığımız çalışmanın sonucuna göre Wnt ihibitörü PRI-724'ün pankreas kanser kök hücrelerini inhibe ederek pankreas kanser hücrelerini azalttığı gözlemlenmiştir. Bu çalışmanın pankreas kanseri tedavisi için gelecekte umut olabileceği ve klinik çalışmalara öncülük edebileceği beklenmektedir. Anahtar Kelimeler: Kök Hücre, Pankreas Kanser Kök Hücresi, PRI-724, Wnt Sinyal Yolağı.
Erkek germline kök hücre-benzeri hücrelerin olgun sperme ın vitro farklılaşması ve ın vivo spermatogenez restorasyonuna etkisi
Germline kök hücresi (GKH), germ hattı gelişimi sırasında kendini yenileyerek veya farklı evre/alt tipte kök hücrelere dönüşerek daha fazla kök hücre üreten ve yavru oluşturmak için spermatozoa ve ovaya farklılaşan benzersiz bir hücre türüdür. Testis biyopsisinden elde edilen spermatogonyal kök hücreler (SKH)/GKH'ler veya yetişkin dokulardan elde edilen uPKH'lerden türetilen primordiyal germ hücresi-benzeri hücreler (PGHBH), Klinefelter sendromu gibi genetik hastalıklara veya başka nedenlere bağlı non-obstrüktif azoospermik yetişkin erkeklerde ve radyoterapi/kemoterapi alacak kanser teşhisi konmuş prepubertal erkek çocuklarında spermatogenez restorasyonu amacıyla otolog transplantasyon için veya in vitro spermatogenez için kullanılabilirler. Gen mutasyonları taşıyan hastaların GKH'leri veya PGHBH'leri, CRISPR/CAS9 teknolojisi kullanılarak transplantasyondan önce düzeltilebilir. Bununla birlikte, uPKH'lerin in vitro gametogenez alanına katkısı hafife alınamasa da, yeniden programlama ile ilişkili epigenetik modifikasyonlar açısından güvenliği ile ilgili kaygılar bulunmaktadır. Bu çalışmada ilk kez CD49f+ GKH'lerin GDNF, EGF, bFGF, IGF2, SCF ve mLIF varlığında pluripotensi belirteçlerinin ifadelerinde anlamlı artış ve alkalen fosfataz aktivitesi gösteren GKHBH'lere dönüşebileceğini gösterdik; özellikle, bu AP+CD49f+ GKHBH kolonileri, >%95 GATA4+ testiküler somatik hücre (TSH) besleyici tabakası üzerinde iki aydan uzun bir süre çoğaltılabildi. AP+CD49f+ GKHBH'ler, TGF-β/Aktivin/Nodal yolu inhibitörü, SB431542 ve ardından retinoik asit uygulandığında in vitro ortamda mayozu tamamladı ve kuyruk gelişimi olan sperm-benzeri hücrelere farklılaştı. SB431542 ön aşamasından sonra leptoten spermatositler gözlenmiş olsa da, retinoik asidin kombine etkisi üzerine mayozun daha ileri aşamasındaki pakiten ve diploten spermatositler ile sperm-benzeri hücrelerin bir arada bulunduğu heterojen bir popülasyon saptandı. Elde edilen sperm-benzeri hücreler, intrasitoplazmik enjeksiyondan sonra blastokist oluşumunu tetikleyebildi. GKHBH'lerin ve Sertoli hücrelerince zengin TSH'lerin germ hücre ablasyonu yapılmış fare testislerine ko-transplantasyonunun ardından, tübül başına düşen DDX4+SYCP3+ hücreler, yalnızca TSH transplante edilenlerden daha yüksekti. Sonuç olarak, TSH'ler bozulmuş nişi yeniden oluşturarak endojen spermatogenezi yeniden başlatabilirken, eksojen GKHBH'ler sağlıklı niş hücreleri varlığında başarılı bir şekilde spermatogenezi tamamlayabildi. Genel olarak yaklaşımımız, tanımlanmış kültür koşulları altında GKH'lerin fonksiyonunu ve canlılığını kaybetmeden sayıca arttırılabileceğini ve GKH-GKHBH hücre dönüştürme yöntemimizin, Oct4a, Sox2, Nanog, SSEA-1 pluripotensi belirteçlerinin ekspresyonunu upregüle edebileceğini, GKHBH'lerin in vitro olarak fonksiyonel sperm-benzeri hücrelere farklılaşabileceğini ve somatik niş hücresi desteğiyle de in vivo spermatogenezi yeniden başlatabileceğini göstermektedir.
Generation of patient specific iPSC-derived healthy organoids from primary colorectal cancer patients with/without metastasis and transcriptome analysis
Cancer is a multifactorial disease with high mortality and incidence rate. Colorectal cancer (CRC) is a type of gastrointestinal cancer and causes about 700,000 deaths worldwide every year. Although CRC propagation mechanisms are partially explained by genetic factors, a clear cancer initiation mechanism has not been revealed. Age and environmental factors are particularly prominent in non-hereditary (sporadic) CRC formation, but it is still unknown how and why certain colon cells are affected by such factors. Early diagnosis is vital for CRC, as in other types of cancer. The most reliable diagnostic method is the pathological examination of suspicious tissue biopsies taken during colonoscopy in the distal colon and rectum. However, since the perceptible symptoms of CRC patients are usually at more advanced stages, it is not practical to apply such an invasive method for early diagnosis to individuals who do not yet have any complaints. For this reason, it is very important to develop new methods for the early diagnosis of sporadic CRC development. Induced pluripotent stem cells (iPSCs) are formed by transferring certain pluripotent transcription factors (Oct4, Sox2, Klf4, c-Myc) into somatic cells. The most basic feature of iPSCs, which are reprogrammed to the embryonic stem cell stage, is their ability to differentiate into cell types of three germ layers. The fact that the cell models currently used in cancer studies simulate the final stages of cancer limits in vitro studies from being able to study cancer initiation and development. In particular, iPSCs show promise for early diagnosis and determination of appropriate treatment. In this thesis study, we reprogrammed erythroid progenitor cells from peripheral blood of CRC patients into iPSCs by using the Sendai viral system. After that, we differentiated iPSCs into colon organoids. Following the development of healthy colon organoids of CRC patients, transcriptome analysis was done by RNA sequencing. Whether there were transcriptomic patterns that may cause susceptibility to cancer formation in individuals who develop CRC. In this way, it was assessed to see if there were any trends at the transcriptome level in people who had CRC that would indicate a susceptibility to cancer. After this thesis was successfully completed, it was discovered that the pathways already linked to cancer were expressed differently in healthy colon organoids from CRC patients in comparison with the donors without a history of cancer. Also, it was shown that the expression of gene clusters linked to the epithelial-mesenchymal transition shifted between healthy colon organoids from patients with and without metastases.