24
Arşivlenen Tez
0
DOI Atanmış
0%
DOI Oranı
Anabilim Dalı
Küçük hücreli olmayan akciğer kanserlerinde HGF/c-met sinyal ileti yolağının rolü
Amaç: HGF ve c-Met'in, küçük hücreli olmayan akciğer kanserlerinde (küçük hücreli dışı akciğer kanserleri-KHDAK) ekspresyonları sıklıkla artmıştır, ancak tümör progresyonundaki rolü tam olarak bilinmemektedir. Bu çalışmanın amacı, HGF/ c-Met yolağının KHDAK'deki rolünün araştırılmasıdır.Gereç ve Yöntem: Dokuz Eylül Üniversitesi Tıp Fakültesi Patoloji arşivinden sağlanan 63 KHDAK olgusuna ait doku örneklerinde, HGF ve c-Met ekspresyonu immünhistokimyasal olarak belirlendi. Aynı dokulardan alınan kesitlerden elde edilen DNA' lar, c-Met reseptörünün transmembranal (ekzon 13), jukstamembranal (ekzon 14) ve sitoplazmik bölgelerini (15?21.ekzonlar) kodlayan tüm ekzonlara özgü primerler kullanılarak polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) yöntemi ile amplifiye edildi ve bu bölgelerin DNA dizi analizi gerçekleştirildi. HGF/c-Met yolağı aktivasyonunun KHDAK progresyonundaki rolünü araştırmak amacıyla HGF/c-Met tarafından uyarıldığı ve invazyon ve metastazda rol oynadığı düşünülen matriks metalloproteinaz proteinleri (MMP?2 ve MMP?9) ile metalloproteinaz doku inhibitörleri (TIMP?1 ve TIMP?3) ve RhoA' nın ekspresyonları immunhistokimyasal (IHK) olarak belirlendi ve HGF ve c-Met ekspresyonları ile ilişkileri araştırıldı. Ayrıca çalışılan tüm parametrelerin hastaların sağkalımı ve diğer klinik parametreleri ile ilişkisi araştırıldı.Bulgular: IHK analizler sonucunda KHDAK dokularının %81'inde c-Met, % 48'inde ise HGF ekspresyonunun arttığı belirlendi. c-Met ekspresyonundaki artış, skuamöz hücreli kanserde, adenokansere göre daha fazlaydı. Dizi analizleri sonrasında c-Met reseptörünün 13 -19 ekzonlarında mutasyon saptanmaz iken tirozin kinaz aktivitesi gösteren bölgeleri kodlayan 20 ve 21. ekzonlarda c1254 T-->C transisyonu (D1254D) ve g1339 A-->G transisyonu (A1339A) şeklinde iki adet amino asit değişikliğine yol açmayan sessiz mutasyon saptandı. IHK analizleri sonrasında MMP-2 %69, TIMP-1 %49, TIMP-3 %32 ve RhoA'da %8 oranında ekspresyon artışı bulunurken, MMP- 9 ekspresyonun da artış bulunmadı. TIMP-3 ve RhoA ekspresyonları, HGF güçlü ekspresyonu ve HGF/c-Met koekspresyonu olan olgularda anlamlı olarak artmış bulundu. HGF, c-Met, MMP-2, MMP-9, TIMP-1, TIMP-3 ve RhoA ekspresyonları ile, yaş, cinsiyet, sigara öyküsü, tümör boyutu, lenfatik metastaz ve nüks oranı arasında korelasyon gözlenmedi. HGF/c-Met ile lenf nodu metastazı, TIMP-3 güçlü ekspresyonu ile ileri evre, RhoA güçlü ekspresyonu ve c-Met'te iki mutasyonun birlikte bulunması ile sağkalım süreleri arasında korelasyon saptandı.Sonuç: IHK ve mutasyon analizleri, HGF/c-Met yolağı aktivasyonunun KHDAK gelişiminde ve/veya progresyonunda rol oynayabileceğini göstermektedir. Verilerimiz, HGF/c-Met güçlü ekspresyonunun, RhoA ve TIMP-3 aracılığıyla invazyon ve metastazı arttırabileceği, c-Met ekspresyonundaki artışın HGF' den bağımsız olabileceği görüşünü desteklemektedir. Bulgularımız, KHDAK tedavisinde, HGF/c-Met yolağının tek başına veya TIMP-3 ve RhoA `nın inhibisyonu ile birlikte blokajının yeni moleküler tedavi hedefleri olabileceğini düşündürmektedir.Anahtar kelimeler: HGF, c-Met, mutasyon, metastaz, RhoA, TIMP-3, KHDAK
P14arf metilasyonunun nöroblastom minimal rezidüel hastalıktaki rolü
Nöroblastom, primordial nöral krest hücrelerinden köken alan ve tüm çocukluk çağı kanserlerinin %8-10'unu oluşturan bir tümördür. Bir yaş altındaki çocukların en sık görülen tümörüdür. Tümörün biyolojik davranışındaki değişkenlik nedeniyle, nöroblastom spontan regresyonlar, benign transformasyon ya da agresif seyir gösterebilmekte, bu durum hastalığın prognozunu belirlemede ve tedavisinde sorunlara yol açmaktadır.Epigenetik değişiklikler, tümörün oluşumunda ve progresyonunda önemli rol oynamaktadır. Bu değişikliklerin sonucunda görülen malign hücre genomu, spesifik histon modifikasyonlarının azalması ve bazı genlerin metilasyonu veya demetilasyonu ile karakterizedir. p14ARF metilasyonunun oluşturduğu tümöral etki, N-Myc gibi onkogenler tarafından aktive olduktan sonra p53 tümör baskılayıcı gen ekspresyonunu bloke ederek hücre çoğalmasını negatif yönde düzenleyen faktörleri inhibe etmek şeklindedir.Bu çalışmada, Kelly (Nöroblastik, N-Myc +) ve SH-SY5Y (Nöroblastik, N-Myc -) insan nöroblastom hücre hatlarında p14ARF geni demetile edici bir ajan ile bloke edilerek Türk Pediatrik Onkoloji Grubu (TPOG) kemoterapi protokolünde kullanılan ilaçların tümör hücreleri üzerindeki sitotoksik etkileri değerlendirilmiştir. Ayrıca, p14ARF geninin N-Myc amplifikasyonu olan ve olmayan hücre hatlarındaki etkisi değerlendirilerek tümörün prognozunu ne yönde etkilediği ve sitotoksik etki değişikliği ile prognoz arasında bir ilişki bulunup bulunmadığı araştırılmıştır. İlaçların hücre canlılığı ve hücre hasarına etkisi tripan mavisi boyaması ile değerlendirilmiştir. Nöroblastom hücre hatlarında sitotoksik etki farklılığı saptanmış, bu etkinin mekanizmalarını incelemek için p14ARF geninin metilasyon ve ekspresyon düzeyleri ile birlikte N-Myc expresyon düzeyleri hedef olarak seçilmiştir. p14ARF ve N-Myc mRNA ekspresyonu real-time PCR ile, protein ekspresyonu ELISA yöntemi ile değerlendirilmiştir.Projemizde, nöroblastomdaki minimal rezidüel hastalık modelinde p14ARF geninin N-Myc amplifikasyonu ile olan ilişkisi ve bu ilişkinin rutin kemoterapi protokolünde kullanılan ilaçlarla olan etkileşiminde demetilasyonun rolü, bugüne kadar henüz incelenmeyen epigenetik tedavi yaklaşımı sınırlarında geniş kapsamlı olarak araştırılmış, metilasyon ilişkili tedavi ile tümörün prognozu arasında bir ilişki olup olmadığına dair önemli ipuçları elde edilmiş ve bu ilişkinin yönü ortaya konmuştur.Sonuç olarak, bu öncü çalışmada nöroblastomda minimal rezidüel hastalığın önlenmesinde; gerek tedavinin kesilmesinden sonra karşımıza çıkan erken ya da geç dönemdeki relapsların tedavisine yönelik yeni bir yaklaşım önerisi elde edilmiş, gerekse de rutin kemoterapi protokolünde kullanılan ilaçların p14ARF gen düzeyleri üzerindeki etkileri geniş bir perspektifte incelenmiştir. İleriye yönelik olarak, p14ARF gen düzeyleri ile ilişkili transkripsiyon faktörlerinin prognostik öneminin araştırılması uygun bir yaklaşım olacaktır. Yine ekspresyon düzeyinin yüksek olduğu hücre serilerinde bu faktörlere karşı geliştirilmiş inhibitörlerin etkinliği de tedavide bu ekspresyonların önemini ortaya koyacaktır.
Larenks kanserlerinde anjiyogenetik ve hipoksik faktörlerin tümör davranışı üzerine etkileri
Amaç: Larenks kanserleri için "ideal" bir kanser biyobelirteçi bulunmamaktadır. Bu çalışmanın hedefi, larenks neoplazm olgularında hipoksi ve anjiyogenez ilişkili faktörlerin değerlendirilmesi ve tanısal, prediktif ve prognostik biyobelirteç adayı olarak rollerinin araştırılmasıdır. Yöntem: Çalışmaya larenks benign, premalign ve malign neoplazmı olan olgular alındı. Tüm hastalardan tedavi öncesi örnek kan alındı. Elde edilen serumlardan, Hipoksi indusibl faktör-1 (HİF-1),-2 (HİF-2),-3 (HİF-3), Vasküler endotelyal büyüme faktörü (VEBF) ve Osteopontin (OPN) ve Matriks metalloproteinaz-9 (MMP-9) değerleri ölçüldü. Tüm olguların sosyodemografik ve klinikopatolojik bilgileri, lokorejyonel rekürrens, uzak metastaz gelişimi ve sağkalım durumları kaydedildi. Çalışmayla ilgili tüm veriler SPSS for Mac programına kaydedilerek istatistiksel analizler yapıldı. Analizlerde p değerinin 0.05'ten küçük olması istatistiksel açıdan anlamlı olarak kabul edildi. Bulgular: Bu çalışmaya, 12 larenksin benign neoplazmı, 8 larenksin premalign neoplazmı ve 44 larenksin malign neoplazmı olgusu dahil edildi. Serum HİF-1, -2, -3, VEBF, OPN ve MMP- 9'un larenksin benign, premalign ve malign neoplazmları açısından tanısal biyobelirteç rolü gösterilemedi. Serum HİF-2 ve MMP-9 düzeyindeki artışın sağkalımı olumsuz etkilediği ortaya kondu. Ayrıca, Serum HİF-2 (2-yıllık genel sağkalım: HR:8.59, p=0.021; 2-yıllık hastalıksız sağkalım: HR:7.76, p=0.027; 2-yıllık uzak metastazsız sağkalım: HR:7.77, p=0.027; 2-yıllık lokorejyonel kontrol: HR:8.57, p=0.021) ve MMP-9'un (2-yıllık genel sağkalım: HR:7.46, p=0.023; 2-yıllık hastalıksız sağkalım: HR:7.02, p=0.026; 2-yıllık uzak metastazsız sağkalım: HR:7.04, p=0.026; 2-yıllık lokorejyonel kontrol: HR:7.44, p=0.023) bağımsız prognostik faktörler olduğu saptandı. Sonuç: Larenks kanserinde serum HİF-2 ve MMP-9, tedaviden bağımsız prognostik biyobelirteç adayı olarak kullanılabilir. Anahtar Sözcükler: Larenks kanseri, Hipoksi, Tümör mikroçevresi, Biyobelirteç, Prognoz, Sağkalım
Epstein barr virüs pozitif ve negatif pediatrik hodgkin ve nonhodgkin lenfomalarda hücre proliferasyonu ve apoptoz ilişkili faktörlerin prognoz ile ilişkisi
Pediatrik HL ve NHL patogenezinde apoptoz, proliferasyon, EBV iliskisi güncel arastırılmaktadır. Antiapoptotik Bcl-2, proapoptotik bax, apoptoz inhibitör protein survivin, ekstrensek apoptoz yolagı reseptörü fas, tümör süpresör p53 apoptoz iliskili faktörlerdir. C-myc hücre siklusunun G1-S faz geçisinde etkin bir onkogen, ki-67 G1-S-G2-M fazlarında eksprese olan proliferasyon belirleyicisidir. Bu çalısmanın amacı pediatrik HL ve NHL'da EBV, proliferasyon, apoptoz ve iliskili faktörlerin patogenez ve prognozdaki rolünü arastırmaktır. EBV-EBER, LMP-1, ki-67, bcl-2, bax, survivin, p53, c-myc, fas, in-situ TUNEL yöntemi ile apoptotik indeks(A) 63 HL, 70 NHL'da arastırılmıstır. Bulgularla klinik veriler Ki-kare, Mann Whitney U, Pearson korelasyon, Kaplan Meier sagkalım analizleriyle istatistiksel degerlendirilmistir. HL olgularının yas ortalaması 8.46'dır. Otuziki erken, 31 geç evre olguda dört exitus, altı rekürrens saptanmıstır. Genel sagkalım %94, olaysız sagkalım %83.6' dır. EBV %82.5, bax %74.6, bcl-2 %47.6, survivin %43, p53 %33.3, fas %54 ve c-myc %25.4 pozitiftir. A ortalama %18,22, proliferasyon indeksi %57,83'dür. EBV ile proliferasyon indeksi pozitif, A ters iliskili; bax, bcl-2, survivin, p53, fas, c-myc iliskisiz bulunmustur. Tüm parametreler sagkalım iliskisizdir. NHL olgularının yas ortalaması 7.16'dır. Erken evre yedi, ileri evre 63 olgunun, onunda exitus, dördünde rekürrens vardır. Genel sagkalım %82, olaysız sagkalım %75'tir. EBV %25.7, bax %40, bcl-2 %50, survivin %42,9, p53 %8,6, fas %18,6, c-myc %45,7 pozitiftir. A ortalama 131,29/5000 hücre, PI %55,97'dir. EBV fasla iliskili, bcl-2 ile ters iliskilidir. Diger faktörlerle iliskisizdir. Hiçbir faktör sagkalım belirleyicisi degildir. Sonuçlarımız EBV'nin pediatrik HL patogenezinde proliferatif aktiviteyi tetikleyip apoptozu önleyerek rol oynayabilecegi desteklemektedir, ancak prognoz belirleyici degildir. Pediatrik NHL serimizde bulgular EBV'nin patogenezde öncelikli etkili olmadıgını desteklemektedir.
Hepatoselüler kanser nedeniyle karaciğer nakli yapılan hastaların tümör dokularında kanser kök hücre yüzey belirteçlerinin araştırılması ve bu belirteçlerin prognoza etkisinin değerlendirilmesi
Hepatoselüler kanser (HSK) dünya çapında ölüme neden olan en sık kanserlerdendir. Günümüzde en etkin tedavi seçenekleri, tümörsüz cerrahi sınır elde edecek şekilde karaciğer rezeksiyonu ya da seçilmiş olgularda karaciğer naklidir. Ancak bu tedavilere rağmen HSK rekürrensi sıktır. Güncel çalışmalar HSK rekürrensinde kanser kök hücrelerinin (KKH) sorumlu olabileceğini göstermektedir. Rekürrensten sorumlu olduğu düşünülen HSK kök hücre yüzey belirteçlerinin hedef alınması temelli tedavilerin, rekürrensi önleyebileceği öngörülmektedir. Bu çalışmada kliniğimizde HSK nedeniyle karaciğer nakli uygulanan hastalar incelendi. Çalışmaya uygun olan olguların patolojik preparatlarında, immünohistokimyasal yöntem ile HSK kök hücre yüzey belirteçlerinden CD44, CD47, CD90, CD13 ve EpCAM varlığı değerlendirildi. Bu belirteçlerin varlığı ile hastalık nüksü ve mortalite arasındaki ilişki araştırıldı. Anahtar sözcükler: Hepatoselüler kanser, kanser kök hücre, immünohistokimya, hedef tedavi
SMAC mimetiklerinin nöroblastom hücreleri üzerinde apoptotik ve nekropitotik ölüm mekanizmalarına etkisi
SMAC proteinleri, hücre içerisindeki inhibitör apoptoz proteinlerine bağlanır ve onları ubikutinleyerek parçalanmasını sağlar veya direkt onları bloklarlar. Bu sayede hücre ölüm yanıtının başlatılmasına katkıda bulunurlar. SMAC mimetikleri, SMAC proteinlerinin 3 boyutlu yapısını taklit ederek geliştirilen kimyasal ajanlardır. Birçok farklı hematolojik veya solid kanser hücre hatlarında SMAC mimetiklerinin hücre ölümünü ve kemoterapi etkinliğini arttırdığı gösterilmiştir. Nöroblastom çocukluk çağının en sık görülen solid tümörüdür. Hastaların sağ kalım oranları farklılık göstermekle birlikte özellikle yüksek risk grubu hastaların sağ kalımları halen yüzde ellinin altındadır. Yüksek riskli hastalar için daha iyi tedavilerin geliştirilmesine ihtiyaç duyulmaktadır. Yapılan çalışmada SMAC mimetik çeşitlerinden biri olan LCL-161'in nöroblastom tedavisinde aday ajan olup olamayacağının araştırılması amaçlanmıştır. Çalışmada farklı prognostik fenotipleri yansıtan iki insan nöroblastom hücre hattı kullanılmıştır: MYCN- pozitif KELLY ve MYCN-negatif SH-SY5Y. LCL-161'in mono veya kombine ajan olarak Etoposid ve Cisplatin ilaçları ile hücre canlılığı ve apoptotik hücre ölümü üzerindeki etkisi incelenmiştir. KELLY hücrelerinin LCL-161'e ve uygulanan kemoterapi ajanlarına SH-SY5Y hücrelerine göre daha duyarlı olduğu saptanmıştır. Kombine kullanımda LCL-161, bu hücre hatlarında Cisplatin etkinliğini arttırırken Etoposid etkinliğini arttıramamıştır. Çalışmanın devamında, mono olarak LCL-161 uygulamasının total gen ekspresyonu değişimleri üzerindeki etkisi RNA sekanslama yöntemiyle, apoptotik, anti-apoptotik ve nekroptotik gen ekspresyonları üzerindeki etkisi eş-zamanlı kantitatif PCR yöntemleriyle incelenmiştir. RNA sekanslama sonuçlarında, LCL-161 uygulamasının hücrelerde endoplazmik retikulum stresi (ER) ile ilişkili genlerin ekspresyonunda önemli bir artışa yol açtığı gösterilmiştir. ER-stres ilişkili genlerin ekspresyonundaki artış PCR çalışmaları ile de doğrulanmıştır. Bunun haricinde LCL-161 uygulamasına bağlı olarak bazı apoptotik genlerde artış, bazı anti-apoptotik genler de azalış saptanırken, nekroptotik genler de ise herhangi bir değişim izlenmemiştir. Sonuç olarak, yapılan tez çalışmamızda ilk defa hücrelerde LCL-161 yanıtında ER-stres aracılıklı yolakların da yer aldığını ve bunun LCL-161 tarafından indüklenen apoptotik yanıtın regülasyonunda önemli bir rol üstlenebileceğini ortaya koyduk.
Sisplatin ototoksisitesinde gen değişimi düzeyinde yeni biyobelirteç geliştirme
Giriş: Sisplatin (CDDP), çocukluk çağı kanserlerinin tedavisinde kullanılan ve DNA platinizasyonu yoluyla etkili olan kemoterapötik bir ajandır. Bu alkilleyici ajanın en önemli yan etkileri nefrotoksisite, ototoksisite ve nörotoksisitedir. CDDP ototoksisitesi genellikle sensörinöraldir. Bilateral, geri dönüşü olmayan ve ilerleyici işitme kaybına neden olur. CDDP'ye bağlı işitme kaybı, özellikle küçük dil ediniminde, öğrenmede ve psikolojik gelişimde zorluklara neden olur ve çocukların hayatlarının geri kalanını da etkileyeceği düşünülür. Sosyal işlevsellikte azalmaya yol açması nedeniyle özellikle önemlidir. Bu çalışmanın amacı, çocukluk çağı kanserlerinde sisplatin ototoksisitesini önceden öngörmemizi sağlayabilecek olan biyobelirteçlerin araştırılmasıdır. Gereç-Yöntem: Öncelikle; ileri derecede işitme kaybı olan hastalar, aday mutasyon araştırması için karşılaştırmalı genomik hibridizasyon ile analiz edildi. İleri derecede işitme kaybı olan 5 hastada ADAM6, SIX3, GNAS, NDUFV1, H19, DEFA4, ZIM2 genlerinin mutant olduğunu tespit ettik. Bu veriler doğrultusunda sisplatin tedavisi alan daha geniş bir çocukluk çağı kanseri hasta popülasyonunda bu 7 genin mutasyon durumunu tespit etmeyi amaçladık. Rutin kontroller için gelen sisplatin tedavisi alan ya da almakta olan 82 hastanın periferik kanından ayrılan mononükleer hücrelerden DNA izole edildi. Daha sonra 7 gen için RT-PCR analizi yapıldı. Hastalar tanıları, kümülatif sisplatin dozlarıyla birlikte Brock ve Muenster skorlamaları ile ototoksisite açısından değerlendirildi. Bulgular: Çalışmaya dahil edilen 82 hastanın; 44'ü erkek, 38'i kız idi. Hastaların tanısal dağılımı: Nöroblastom %42,7, Santral Sinir Sistemi Tümörü %14,6, Germ Hücreli Tümör %11, Hepatoblastom %11, Nazofaringeal Karsinom %6,1, Osteosarkom %4,9, diğer tümörler %9,7 şeklinde idi. Ortanca kümülatif sisplatin dozu 400 mg/m2 (75-800 mg/m2) olarak hesaplandı. Tüm hastaların %28'inde işitme kaybı vardı. Bu hastaların işitme kaybı oranları ise %76,8'inde hafif işitme kaybı, %23,2'sinde ise ileri derecede işitme kaybı olarak görüldü. Ototoksisite varlığı ile ZIM2 geninin amplifikasyonu arasında korelasyon bulundu (korelasyon katsayısı 0,461, p=0,003). ZIM2 gen amplifikasyonu özellikle ileri derecede işitme kaybı olan hastalarda körele idi (korelasyon katsayısı 0,38, p=0,017). Sonuç: Sisplatin ototoksisitesini öngörmek için yeni biyobelirteçlere ihtiyaç vardır. Çalışmamız ZIM2 genini aday biyobelirteç olarak tanımladı. Anahtar Kelimeler: Nöroblastom, Sisplatin, Ototoksisite, Biyobelirteç
Hepatopankreatobiliyer kanserlerde büyüme faktörlerinin ve dolaşan kanser hücrelerinin prognozla ilişkisi
Hepatopankreatobiliyer kanserlerin prognozu kötüdür ve hastalık yönetiminde kullanılabilecek prognostik belirteçler kısıtlıdır. Bu çalışmada, hepatopankreatobiliyer kanserli hastalarda büyüme faktörlerinin ve dolaşan kanser hücrelerinin (CTCs) prognozla ilişkisinin incelenmesi amaçlandı. Vasküler endotelyal büyüme faktörü (VEGF) ve hepatosit büyüme faktörü (HGF) serum düzeyleri ELISA testiyle ölçüldü. Periferik kandan CTCs izolasyonu için OncoQuick® testiyle yoğunluk gradyanlı santrifüjleme yapıldı. Zenginleştirilmiş örneklere akış sitometri analizi yapıldı. CD45 negatif ve EPCAM pozitif hücreler CTCs olarak tanımlandı. Çalışmaya hepatopankreatobiliyer kanserli 74 hasta alındı. Medyan VEGF ve HGF düzeyleri sırasıyla, 22.26 ng/mL ve 329.79 ng/mL saptandı. Metastatik hastalardaki HGF düzeyi, operabl hastalara kıyasla anlamlı olarak yüksek bulundu (198.58 vs. 467.38, p=0.004). Pankreatobiliyer kanser alt grubundaki 62 hastanın medyan HGF düzeyi 329.1 ng/mL tespit edildi. Yüksek HGF grubunda, düşük HGF grubuna kıyasla, monosit, monosit/lenfosit oranı, C-reaktif protein (CRP) ve CRP/albümin oranının medyan değerleri belirgin şekilde yüksek bulundu (p<0.050). CTCs izolasyon ve tanımlaması yapılan pankreatobiliyer kanserli 21 hastanın medyan CTCs sayısı 15 saptandı. Cerrahi sınırı negatif olan hastaların %23.1'i yüksek CTC grubunda saptanırken, cerrahi sınırı pozitif hastaların %83.3'ü yüksek CTC grubunda tespit edildi (p=0.041). Medyan nötrofil/lenfosit oranı (NLR), düşük CTCs grubuna kıyasla, yüksek CTCs grubunda istatistiksel anlamlılığa yakın bir şekilde daha yüksek saptandı (2.37 vs. 1.41; p= 0.055). Metastaz varlığı ve serum HGF düzeyi arasında anlamlı ilişkinin gösterildiği bu çalışma, HGF/c-MET sinyal yolağının metastaz gelişimindeki önemini ortaya koymakta ve serum HGF düzeyinin hepatopankreatobiliyer kanserli hastalarda prognostik biyobelirteç olabileceğini düşündürmektedir. Pankreatobiliyer kanserli hastaların serum HGF düzeyleri ile sistemik inflamasyon belirteçleri arasındaki ilişki, literatürde ilk kez bu çalışmada tespit edildi. Bu ilişkinin, tümör mikroçevresindeki HGF ile inflamasyon arasındaki ilişkinin periferik kandaki yansıması olduğu düşünülmektedir. CTCs'in cerrahi sınır pozitifliği ile anlamlı ilişkisi olduğu ilk kez bu çalışmada tespit edildi, bu da preoperatif hastalarda periferik kandaki CTC sayısının pozitif cerrahi sınırı öngören bir biyobelirteç olabileceğini düşündürmektedir. CTCs ve NLR arasında anlamlılığa yakın ilişki saptayan bu çalışma, lenfositlerin CTCs klerensindeki olası rolü konusunda literatüre önemli ölçüde katkıda bulunmaktadır.
Hedgehog yolağında yer alan Smo inhibitörlerinin ptch1 inhibitörleri ile kombine kullanımının in vitro hücre proliferasyon ve invazyonuna etkisi
Kanser, dünya çapında en yüksek ölüm oranına ve insidansa sahip bir hastalıktır. Her ne kadar kanserin mekanizmaları gün geçtikçe aydınlatılsa da hastalık hakkında hala pek çok bilinmeyen vardır. Sinyal yollarının netleştirilmesi kanser hakkında bilgi birikimini artıracağı gibi kanser tanı ve tedavisinde yol gösterici olabilir. Hedgehog sinyal yolu insanda embriyogenez döneminde hücre proliferasyonu, hücre döngüsü, doku rejenerasyonu, yara iyileşmesi ve homeostazda yer alır. Yetişkinlikte anormal Sonic Hedgehog (Shh) aktivasyonunun neoplastik büyüme, kanser kök hücrelerinin gelişimi ve metastaza yol açan epitelyal-mezenkimal geçiş süreçlerinde önemli bir rol oynadığı gösterilmektedir. Hedgehog sinyalinin yokluğunda, 12-transmembran reseptör ailesinin bir üyesi olan Patched 1 (Ptch1), hücre zarına lokalizasyonunu önlemek için 7-transmembran protein Smoothened (Smo) aktivitesini inhibe etmek için katalitik olarak hareket eder. Hedgehog sinyal yolu aktivasyonu, hücre zarındaki sillerde değişikliklere neden olur. Ptch, Smo üzerindeki inhibisyonu ortadan kaldırır ve Smo sırayla fosforile edilir. Fosforilasyonlar sonrasında aktiflenen Gli1 transkripsiyon faktörünün hücre çekirdeğine translokasyonu gerçekleşir ve hedgehog sinyaline cevap verecek hedef genlerin transkripsiyonu yapılır. Gli1'in bu ifadesi doğrudan ve dolaylı yollarla hücre proliferasyonu ile ilgilidir. Hedgehog sinyal yolunun spesifik inhibitörler ve antagonistler ile inhibisyonu, kanser tedavisinin yenilikçi bir yolu olarak kabul edilir. Bu proje kapsamında yapılan çalışmalar ile ticari glioblastoma hücre hattı olan U87-MG'de hedgehog sinyal yolu varlığı gösterilmiş ve Ptch1 antagonisti olan Robotnikinin ve Smo inhibitörü olan Vismodegib'in kombine kullanımlarının hedgehog sinyal yolu üzerindeki etkisi incelenmiştir. Bu etkinin gözlenebilmesi için hücrede proliferasyon, migrasyon, invazyon analizleri gerçekleştirilmiştir. Bunlara ek olarak kullanılan antagonist ve inhibitörün in silico olarak karşılaştırmaları yapılmıştır ve robotnikininin ilaç benzeri molekül olabileceği sonucuna varılmıştır. In vitro çalışmalardan elde edilen sonuçlar kombine tedavi ile etkin sonuçlar kazanılabileceği yönündedir. Yapılan kombine tedavilerde ajanların birlikte kullanımının tek başlarına kullanımlarından daha etkili olduğu gözlenmiştir. Yapılan bu çalışma literatürde, Hh sinyal yolunun en önemli 2 proteinin olan Smo'nun inhibitörü vismodegib ve Ptch1'in inhibitörü robotnikininin kombine kullanımlarını içeren ilk çalışmadır.
Antosiyaninin kolorektal kanserin biyolojik davranışı üzerine etkisi
Cerrahi operasyon, radyoterapi ve kemoterapi kolorektal kanserin standart tedavi yöntemlerindendir. Bu tedavi yöntemleri kanserin türüne, evresine, moleküler karakteristiğine ve hastanın durumuna göre tek veya kombinasyon şeklinde uygulanabilir. Kemoterapötik tedaviler sitotoksik ajanlar ve biyolojik ajanlar olarak sınıflandırılıp hücre proliferasyonunu, apoptozu veya metastazı gibi çeşitli biyolojik ve biyokimyasal yolları hedeflerler. Fakat kanser hastaları uygulanan bu tedaviye karşı direnç gösterebilirler. ATP-bağlayıcı kaset proteinleri gibi taşıyıcı proteinlerin ekspresyonundaki artış, DNA tamir mekanizmalarının artışı, apoptozun inhibisyonu ve EMT'nin artışı tedaviye karşı gelişen ilaç direncinin başlıca sebepleri arasında gösterilebilir. Literatürde çok az çalışma kolorektal kanserde, artan ROS miktarının EMT'yi indükleyerek hücrenin ilaca karşı direnç geliştirdiğini göstermiştir. Bu çalışmanın amacı HCT-116 kolorektal kanseri hücre hattında oksaliplatine karşı oluşan kemoterapötik direncin sebep olduğu ROS artışının EMT oluşum sürecindeki etkisinin anti-oksidan ve anti-kanser özelliklere sahip olan siyanidin-3-O-glikozit (C3G) tarafından inhibisyonunun araştırılmasıdır. İlaç direnci geliştirme deneyi için hücreler oksaliplatine artan dozlarda maruz bırakıldı. Hücrelerin uygulanan dozda proliferasyon hızının ölüm hızından yüksek olduğu dozda direnç geliştirme deneyi sonlandırıldı. Dirençli hücrelerde artan ROS miktarı ROS Detection Assay Kit ile, EMT biyobelirteçleri qRT-PCR yöntemi ve immunofloresans boyama yöntemiyle, migratif özellikleri yara iyileşmesi yöntemiyle ve dirençli hücrede ilaca karşı azalan hassasiyet ise WST-1 proliferasyon ajanı ile belirlenmiştir. Oksaliplatin direnci geliştirildikten sonra HCT-116 ve HCT-116-ROx arasında ilaç direncinin geliştiğini kanıtlamak amacıyla karakterizasyon deneyleri yapıldı. Dirençli hücrenin migratif özelliği, vimentin ve N-kaderin miktarları parent hücreden daha fazla bulundu. Hücre içi ROS miktarı hem dirençli hem de C3G ile muamele edilen dirençli hücrelerde azalmıştır. Aynı zamanda dirençli hücrelerin oksaliplatine olan hassasiyeti azalmıştır. Deney aşamasında C3G ile muamele edilen dirençli hücrelerin migratif özelliği azalmış, epitelyal biyobelirteci olan E-kaderin miktarı artmış, vimentin ile N-kaderin miktarı azalmıştır. Sonuç olarak, oksaliplatin ilacına karşı gelişen ilaç direnci ROS ile doğrudan ilişkili olmadan EMT yolağı üzerinden gelişebileceği gösterilmiştir. Aynı zamanda C3G'nin EMT sürecini tersine çevirerek ilaç direnci oluşmasını engelleyebilecek bir molekül olarak kullanılabilirliği araştırıldı.
Açık kaynaklı klinik kanser verilerinin R-Shiny uygulaması ile yapay zeka tabanlı web arayüzü destek sisteminin geliştirilmesi
Kanser hastalarında hastalığın prognozu, sınıflandırılması, tedavi stratejilerinin optimizasyonu ve klinik çalışmaların tasarımı için önemlidir. Bu çalışma, kolon kanseri tanısı alan hastalarda hastaya ait sağkalımın sınıflandırmaya dayalı makine öğrenmesi teknikleri kullanılarak tahminlenebilmesi amacıyla yapıldı. Çalışmaya NCI'nın açık erişimli GDC portalındaki "TCGA-COAD" projesinden alınan 454 hastaya ait klinik ve genomik verileri dahil edildi. Klinik verilere uygulanan Kaplan-Meier sağkalım analizi sonucunda anlamlı çıkan parametrelerle gen ekspresyon verilerinin analizi sonucunda sağkalımla anlamlı ilişki içerisinde olduğu görülen dokuz farklı gen risk grubu olarak kullanıldı. Analizler R dilinde yazılan kodlarla gerçekleştirildi. R dilinde yazılan kodları geliştirme aracı olarak RStudio kullanıldı. Risk grupları sınıf etiketi olarak kullanılarak tahminler gerçekleştirildi. Seçilen klinik ve genomik parametreler; Naive Bayes, Destek Vektör Makinesi, Rastgele Orman ve C4.5 Karar Ağacı makine öğrenmesi algoritmalarıyla değerlendirildi. 10 kat çapraz doğrulama yöntemiyle test verisetleri oluşturularak model değerlendirmesi yapıldı. Tahminleme modeli Shiny aracılığıyla web arayüzü kullanılarak kamuya açık yapay zeka tabanlı klinik karar desteği sistemine dönüştürüldü. Çalışmanın sonuçlarına göre; en doğru sağkalım tahmininde bulunan makine öğrenmesi algoritma modelinin Rastgele Orman algoritması olduğu, klinik ve genomik verilerin birlikte kullanılmasının algoritma performansını arttırdığı (%76,2) görüldü. Onkoloji alanında prognoz ve sağkalım sonucuna odaklanan yapay zeka temelli klinik karar destek sistemi modelleri; hasta yaşam kalitesini ciddi anlamda etkileyebilecek kemoterapi tedavilerine başvurulmadan önce tedavinin uygulanmaya değer olup olmadığı konusunda hekim, hasta ve hasta yakınları için bir öngörü olması bakımından önemlidir. Prognoz ve sağkalım analizi yapabilen buna benzer sistemlerin geliştirilip iyileştirilmesi hastalığın yönetimini daha kolay hale getirecek ve hasta için daha doğru kararlar alınmasında yardımcı olacaktır.
Pankreatikobiliyer sistem tümörlerinin moleküler ayırıcı tanısı ve mevcut tedavilerin etkinliğini predikte edebilecek belirteçler
Pankreas ve biliyer sistem tümörleri güncel tedavi protokollerine rağmen sağkalımları kısa ve kötü prognozla seyreden tümörlerdir. Bu bölge tümörlerinde ayırıcı tanıda zaman zaman zorluklarla karşılaşılmaktadır. Özellikle ampulla tümörlerinde tümörün kökenini saptamak çoğu zaman mümkün olamamaktadır. Tedavi seçiminde bu ayrımın yapılabilmesi büyük önem taşımaktadır. Ampuller kanserlerin tedavisinde mevcut tedavilerinin etkinliğini predikte edebilecek veya kanserin prognozunu belirleyebilecek herhangi bir belirteç henüz mevcut değildir. Hangi hastaların hangi kemoterapi protokollerinden daha fazla fayda göreceğini bilmek hem tedavinin etkinliğini arttıracak hem de ciddi toksisitelerin önünü kesecektir. Dolayısıyla bu çalışmanın amacı pankreatikobiliyer sistem tümörlerinden ampulla bölgesi tümörlerinde tümörün köken aldığı dokunun (duodenal duktus, pankreatik duktus veya biliyer duktus) ayırıcı tanısını moleküler yöntemlerle yapmak ve ayrıca bu sistem tümörlerinin tedavisinde kullanılan tedavi protokollerinin etkinliğini predikte edecek belirteçler bulmaktır.Çalışmamızda İzmir Kâtip Çelebi Üniversitesi Atatürk Eğitim Araştırma Hastanesi Tıbbi Onkoloji Kliniğinde 2006-2016 yılları arasında tanısı konmuş ampulla kanserli hastaların parafin blokları temin edilecek ve bu dokulardan immünohistokimyasal olarak, MUC1, MUC2, MUC5AC, CDX2, Sitokeratin 7, Sitokeratin 20, PD-1, PD-L1 ve PCR ile EGFR için analiz yapılacaktır. Verilerine eksiksiz ulaşılan hastaların çalışmaya dahil edilmesi planlanmıştır. Bu belirteçlerin hastaların sağkalımlarını ve verilen tedavilerin etkinliğini predikte edip etmediği değerlendirilecektir. Çalışmamıza katılan olguların medyan yaşı 61 (39-79) 'dir. Altmış hastanın 48'i (%57,8) erkek, 35'si (%42,2) kadın idi. Hastaların evreleri sırasıyla Evre IA için 2 hasta (%2,4), Evre IB için 19 hasta (%22,9), Evre IIA için 17 hasta (%20,5), Evre IIB için 5 hasta (%6,0), Evre IIIA için 28 hasta (%33,7) ve Evre IIIB için 12 hasta (%14,5) olarak bulunmuştur. Hematoksilen eozin ve CAP ikili/üçlü sistem değerlendirmemize göre 27 tümör dokusunun pankreatikobiliyer ve 56'sının ise intestinal tip olduğuna karar verilmiştir. PDL1 ve PD1 İHK boyanması açısından karşılaştırdığımızda sırasıyla intestinal tip tümörlerde %19,6 (n:11), %26,7 (n:15) ve pankreatikobiliyer tip tümörlerde %25,9 (n:7), %29,6 (n:8) pozitif olarak bulunmuştur. EGFR mutasyonu toplam 6 hastada saptanmıştır ve bu 6 mutasyonun 5'i intestinal tip ve 1 tanesi de pankreatikobiliyer tip tümörde görülmüştür. İntestinal tip adenokarsinomu olan hastaların medyan OS'si 23 ay iken, pankreatikobiliyer tip adenokarsinomu olan hastaların medyan sağkalımı 76 aydır (p:0.201). PD1 pozitif, PDL1 pozitif olan hastalarla ve PD1 negatif, PDL1 negatif hastaların sağkalımları karşılaştırıldığında anlamlı fark bulunamamıştır (p:0,118; p:0,884). EGFR mutasyonu olan hastaların sağkalımları olmayanlarla karşılaştırıldığında hem OS hem de DFS açısından anlamlı fark saptanmıştır (p:0,08; p:0,010). Adjuvan tedavinin hastaların medyan sağkalımına herhangi bir katkı sağlamadığını (p:0,741) fakat birinci basamak kemoterapinin hastaların sağkalımını anlamlı bir şekilde uzattığı görülmüştür (p:0,000). Çalışmamızda ampuller adenokanserin intestinal ve pankreatikobiliyer alt tiplerinin farklı klinik seyirleri ve prognozları olduğunu biz de teyit ettik. EGFR mutasyonunun prognostik rolü olabileceğini saptadık. Adjuvan değil ama metastatik dönemde kemoterapinin hastaların sağkalımına katkı sağladığını gördük. Fakat yine de bu nadir tümörlerle ilgili sınırlı sayıda klinik çalışmanın olduğu düşünüldüğünde alt tiplerinin hem ayırıcı tanısı hem de tedavisi açısından birçok çalışma gerekliliği olduğu ortadadır.
Kemik kanserlerinde kullanılan kemo- immünoterapinin ve greft materyallerinin mikroçevre ilişkisi
Osteosarkom malign osteoblastların proliferasyonu ile karakterizedir. Osteosarkom tedavisinde kullanılan neo-adjuvan kemoterapilerin iyi sonuçlarına karşın post-operatif gelişen rekürrensler ortak bir sorun olarak varlığını sürdürmektedir. Post-operatif hastalarda rekürrensi önleyecek yeni yaklaşım arayışları önem taşımaktadır. Çalışmanın amacı in vitro olarak ve rekürrensleri önlemede bu bölgeye uygulanacak sement içine emdirilmiş kemoterapötik ve immunoterapötik ajanların in vivo deney hayvanda mikroçevre ile ilişkisinin değerlendirilmesidir. Osteosarkom K7M2 hücreleri kültüre edildikten sonra mifamurtid ve ifosfamid'in in vitro deneylerle uygun dozları saptanmıştır. Kontrol, sement+SF, sement+ifosfamid, sement+mifamurtid ve sement+ifosfamid+mifamurtid olacak şekilde 5 grup (7 hayvan/grup) oluşturulmuştur. K7M2 hücreleri Balb/c farelerin sağ gluteal bölgesine verilerek tümör oluşumu ardından ve ilgili gruplar uygulanmıştır. Ayrıca atimik nude farelere de sement+SF, sement+ifosfamid, IP ifosfamid uygulanmıştır. Yedi günlük sonra sakrifikasyon yapılıp immunohistokimyasal olarak ile mikroçevre ilişkili CD4, CD8, CD20, CD64, FAPA, NCR1 düzeyleri değerlendirilmiştir. Kruskal Wallis ve Mann-Whitney U testi parametrik olmayan testler ve ki kare testleriyle değerlendirilmiştir. P<0,05 istatiksel olarak anlamlı kabul edilmiştir. İn vitro deneyler sonrasında ifosfamid ve mifamurtid ile hazırlanmış sementin osteosarkom hücre hattı olan K7M2 ile etkileşimleri incelenip uygun doz hesaplanmıştır. Ardından çalışmanın in vivo basamığına geçilmiştir.2 farklı hayvan türünde (balb/c ve nüde mice) çalışılmıştır. Balb/c farelerde tümör oluşumu gözlenmediği için tümör hücrelerinin verildiği bölgeye ifosfamid ve mifamurtid ile hazırlanan sement cerrahi işlem ile implante edilmiştir. İfosfamid ve mifamurtid ile hazırlanan sementin tümör mikroçevresinde etkileşimleri görülmüştür. Nüde farelerde ise subkutan enjeksiyon sonrası bir ay içinde tümör oluşmuştur. İmmün yanıtı olmayan bu hayvanlarda ifosfamidin sement ile hazırlanıp implante edilen grubun IP olarak verilen gruba göre daha efektif bulgular elde edilmiştir. Bulgularımız, kemik çimentosu içinde lokal ifosfamid ve mifamurtid uygulamasının cerrahi sonrası osteosarkomun lokal tedavisine katkıda bulunabileceğini desteklemektedir. Postoperatif biyomalzemeler içinde lokal tedavi, osteosarkomda rekürrensi önlemede katkı tedavi seçeneği olabilir. Anahtar Kelimeler: Osteosarkom, Mifamurtid, ifosfamid, kemik greft materyali
Kemoradyoterapiye bağlı ototoksisite ve darbepoetinin etkisi
Bu çalışmada Wistar türü sıçanlarda Darbepoetin (DPO) uygulamasının sisplatine bağlı ototoksik etkiyi önleyici rolü olup olmadığının değerlendirilmesi amaçlandı. DPO nun ototoksisiteye karşı olası koruyucu rolü nuclear factor (erythroid-derived 2)- like 2 (Nrf-2) ve hedef genleri, ve apoptoz üzerinden incelendi. Çalışmada; kontrol, sisplatin(CDDP) (16mg/kg IP tek doz), DPO (25 μg/kg intraperitoneal (IP), sisplatinden önce DPO (25 μg/kg (IP) uygulanan gruplar oluşturulması amacıyla 28 adet wistar albino rat kullanıldı. Deneyin yedinci gününde işitme ölçümleri sonrasında ratlar sakrifiye edildi. Apoptotik hücre ölümü kulak dokusunda in-situ hibridizasyonla TUNEL analizi ile; kaspaz 3, 8, 9 ve Nrf-2 ve Hem oksijenaz-1, NQQ1 gibi Nrf-2 ilişkili antioksidan ve iNOS, nNOS düzeyleri immünohistokimyasal yöntemle, protein ekspresyon düzeyleri dokuda immunohistokimyasal yöntem ile çalışıldı. Her bir grup kendi içinde karşılaştırılarak değerlendirildi. İstatitistiksel olarak p<0.05 düzeyinde anlamlılık kabul edildi.Sisplatin uygulaması ile işitme ölçümlerinde kontrol grubuna göre ototoksik etkileri gösteren tüm frekanslarda işitme kaybı saptandı. İmmunohistokimyasal doku düzeyinde gerçekleştirilen incelemelerde siplatin uygulanan grupta iç kulakta strüktürel değişiklikler, beyin ve sinir dokularında nekroz ve nekroptoz saptandı. Darbopeotin hem sisplatinin ortaya çıkardığı iç kulak ve beyin hasarlarını önlediği hem apoptotik protein ekspresyonları hem de oksidatif stres ileşikili belirteçler olan Nrf-2 ve ilişkili Hem oksijenaz-1, NQO1 üzerinden gösterirken nitrik oksit sistemi proteinleri üzerinden etkileri de saptandı. Bu çalışmada sisplatinin oluşurduğu ototoksisite fonksiyonel düzeyde gösterilmiştir. Darbopoetinin sisplatine bağlı gelişen iç kulak ve beyin hasarına karşı koruyucu olduğu apoptozun azaltılması, antioksidan Nrf-2 ve hedef protein düzeylerinin artışı ile oksidatif stresin önlenerek geliştiği gösterilmiştir.
Akciğer kanseri radyoterapisinde hasta solunum hareketlerinin doz dağılımına etkisinin farklı tedavi planlama teknikleri için araştırılması
Akciğer kanseri, dünyada en çok ölüme neden olan kanser türüdür. Teşhis konan hastaların ilk ve kesin tedavi şekli cerrahi olmasına rağmen, hastaların fiziksel durumları gibi etkenlerden dolayı cerrahi uygulanamamaktadır. Radyoterapi, inopere hastalarda sıklıkla kemoterapi ile kombine şekilde uygulanan önemli bir tedavi yöntemidir. Radyoterapi'de karşılaşılan en önemli problemlerden organ hareketliliği, hedefin planlandığı gibi ışınlanamamasına,dokuların yüksek dozlara maruz kalmasına ve tedavinin doğru uygulanamamasına neden olur.Aktif solunum kontrolü uygulaması, solunumun neden olduğu hareketi azaltıp tümördeki yer değişimini minimuma indirir ve tedavilerin daha hassasiyetle ve doğru olarak uygulanmasını sağlayabilmektedir. Çalışmamızda akciğer kanserinin serbest solunum ve derin inspirasyon olmak üzere 2 faz ile yapılan aktif solunum kontrollü radyoterapisinde solunum hareketlerinin doz dağılımına etkisinin 3-boyutlu konformal (3B-KRT) ve volümetrik ark (VMAT) tedavi teknikleriyle tedavi planları oluşturulup, hedef hacmin aldığı doz dağılımı, kritik organ dozlarının ve tedavi tekniklerinin birbirlerine karşı üstünlüklerinin karşılaştırılması amaçlandı. Tez çalışmamızda,akciğer kanseri tanısı konmuş 10 hastanın 2 farklı solunum fazı ile bilgisayarlı tomografi (BT) görüntüleri çekilerek,her iki fazda da BT görüntüleri üzerinden hedef hacimler (PTV) ve riskli organlar kontürlenmiştir.Hastalara en uygun tedavi planları oluşturulup, planların konformite ve homojenite indeksleri (KI-HI) hesaplanıp,PTV ve kritik organların aldığı doz değerleriyle tedavi süreleri karşılaştırılmıştır. Çalışmamızın sonunda,akciğer ışınlamalarında kullanılan radyoterapi tekniğinden bağımsız olarak,derin inspirasyon yöntemi ile kritik organ dozlarının azaldığı görülmüştür.Torasik yerleşimli akciğer kanseri tanılı ve solunum kontrol sistemleriyle koopere olabilecek hastaların tedavilerinde derin inspirasyon solunum yöntemi güvenilir bir teknik olarak görülebilir.VMAT tedavi tekniği 3B-KRT tekniğine göre yüksek doz konformite-homojenitesi sağlaması ve kritik organ dozlarının düşürülmesinde daha başarılı olması nedeniyle akciğer kanseri ışınlamalarında tercih edilebilir bir radyoterapi tekniğidir.
Uzun dönem rektum kanseri radyoterapisinde kemik iliği dozlarının farklı tedavi teknikleriyle karşılaştırılması
Kolorektal kanserler dünyada ve ülkemizde en sık görülen kanserler arasındadır. Lokal ileri rektum kanserinin standart tedavi şekli preoperatif kemoradyoterapi ardından cerrahidir. Fakat, kemoradyoterapinin yan etkisi miyolesüpresyon hematolojik toksiteye neden olmaktadır. Hematolojik toksitite tedaviyi kesintiye uğratabilmekte, tedavi süresini uzatabilmekte ve tedavinin başarısız olmasına neden olabilmektedir. Kemoradyoterapi sonrası başarılı bir cerrahi operasyon geçirebilmesi ve cerrahi sonrası hematolojik komplikasyon riskinin azaltılması adına hematolojik toksititenin azaltılması önemlidir. İnsan vücudunda en önemli hematolojik yapı olan kemik iliği radyasyona karşı aşırı duyarlıdır. Rektum kanseri radyoterapisinde ışınlanacak hedef hacmin komşuluğunda bulunan pelvik kemik iliklerinin aldığı dozlar, hastalarda tedavi sonrası oluşabilecek hematolojik komplikasyonları azaltmak adına büyük önem taşımaktadır. Günümüzde rektum kanseri radyoterapisinde genellikle YART (Yoğunluk Ayarlı Radyoterapi) ve YAAT (Yoğunluk Ayarlı Ark Terapi) teknikleri kullanılmaktadır. Kemik iliği oluşturulan planlarda genellikle plan optimizasyonuna katılmamaktadır. YART ve YAAT teknikleri ile konvansiyonel tekniklere kıyasla hedef hacimde daha konformal bir doz dağılımı sağlanırken riskli organların daha iyi korunabildiği bilinmektedir. Çalışmamızda 100 rektum kanseri hastasının YART ve YAAT teknikleri (7 alan YART ve 2 ark YAAT) ile tedavi planları oluşturulmuştur. Hedef hacmin (PTV) %95'inin 45 Gy doz alması hedeflenmiştir. Oluşturulan planlarda PTV, Pelvik kemik iliği (PKİ) ve alt bölümlerinin (Sakrum, Koksal, Pubis Simfizis) dozları araştırılacaktır. Çalışmanın sonucunda YAAT tekniği ile YART tekniğine kıyasla anlamlı bir şekilde daha düşük PKİ dozları elde edilmiştir.Tedavi sürelerinin daha az olması da dikkate alındığında YAAT tekniğinin rektum kanserinde tercih edilebilir olduğu görülmektedir. Rektum kanseri ışınlamalarında hangi teknik tercih edilirse edilsin (YART veya YAAT) pelvik kemik yapılarının tedavi optimizasyonuna katılması(özellikle aktif kısımları) tedavi sonrası oluşabilecek hematolojik risklerin azalmasını sağlayacaktır.
Veri madenciliği ile yeni ilaç hedeflerinin saptanmasına yönelik interaktomikler: İn silico bir senaryo
Kanserin oluşumu sadece genetik mutasyonların oluşumuna bağlı olmayan kapsamlı bir süreçtir. Genellikle karmaşık hücresel ağlardaki (protein-protein etkileşim, transkripsyonel düzenleyici ve metabolik ağlar gibi) bozulmalar sonucunda meydana gelirler. Kanser gibi karmaşık hastalıklar benzer bir fenotip gösterseler de izledikleri yollar her hastada farklılık göstermektedir. Bu çalışmada transkriptom analizi öncesinde ham halde bulunan RNA sekans verilerine ön işleme adımları gerçekleştirildi. Kolorektal kanserinin moleküler mekanizmaları hakkında detaylı bilgi sunan in silico analizler kullanıldı. Analiz edilebilir hale gelen RNA sekans veri üzerinde ekspresyon düzeylerine bakıldı ve istatistiksel olarak anlamlılık gösteren transkriptom analiz sonuçları ile hedef molekül ve yolak analizleri gerçekleştirildi. Potansiyel moleküller üzerinde protein-protein etkileşim ağları oluşturuldu. Analizler sonucunda kolorektal kanserinde hedef olabilecek yolaklar belirlenerek potansiyel ilaç hedefleri ve biyobelirteçler gösterildi. Ksenobiyotik glukuronidasyon mekanizmaları, UDP-glukuronosiltransferaz enzimleri, ilaç direnç mekanizmaları metastatik kolorektal kanseri ile ilişkili bulunmuştur. İlaç direnç metabolizmalarında özellikle UGT1A ailesi ve PPI ağına bağlı olarak CYP3A4 ilişkili bulunmuştur. CD44 ise KRK için aday ilaç hedefi olarak bulunmaktadır. Hastalığa özgü yeni ilaç hedefleri ve biyobelirteçlerin belirlenmesini sağlayan in silico yaklaşımı kolorektal kanserlerine yönelik yeni tanı ve kişiselleştirilmiş tıp tedavi yöntemlerinin tasarlanmasına olanak sağlayacaktır.
İn vivo nöroblastom tümör modelinde sisplatin ve lipoplatinin sitotoksik, nefrotoksik ve ototoksik etkilerinin karşılaştırılması
Amaç: Bu araştırmada subkutan ksenograft nude fare nöroblastom tümör modelinde lipoplatin (LİPO) uygulamasının sisplatin (CDDP) uygulamasına göre sitotoksik, sitostatik, ototoksik ve nefrotoksik etkilerinin karşılaştırılması amaçlanmıştır. Yöntem: Deneysel olarak planlanan bu çalışmada 20 gr olan, 5-6 haftalık 21 adet erkek nude fareye subkutan yolla C1300 nöroblastom hücreleri verilmiştir. Tümör oluşup 150 mm3 çapa eriştiğinde intraperitonel yolla kontrol grubuna 20mg/ kg serum fizyolojik, CDDP 20 mg/kg ve LİPO 20 mg/kg verilmiştir. Ajanlar verilmeden önce (bazal) ve sonra (72. saat) işitsel fonksiyon testleri yapılmıştır. 72 saat sonunda hayvanlar sakrifiye edilerek tümör ve koklea çıkarılmıştır. İdrar örneklerinde kreatinin değerlendirilmiştir. Parafine gömülen doku örneklerinde TUNEL ile apoptoz ve nekroz, immünohistokimya ile de COX2, SOD2 ve INOS anti-oksidan ve anti-inflamatuar ilişkili protein düzeyleri tespit edilmiştir. Elde edilen veriler gruplar arasında SPSS 22.0 versiyonu ile karşılaştırılmıştır. P değeri 0,05 'den küçük ise anlamlı kabul edilmiştir. Bulgular: Tümörde apoptoz ve nekroz oranları LİPO grubunda CDDP'ye göre daha fazladır (p=0,035 ve p=0,010). Spiral ganglionda apoptoz ve nekroz LİPO grubunda, CDDP'ye göre daha düşüktür (p=0,002 ve p=0,002). Kokleada LİPO ve kontrol grubunda pozitif COX2 paterni mevcut iken CDDP'de negatiftir (p=0,001). SOD2 ve INOS2 gruplar arası fark göstermemiştir (p>0,05). İşitsel fonksiyonlar bazal değerlerde benzer olup, LİPO grubunda CDDP'ye göre kısmen daha iyi işitme eşiklerine sahiptir. Sonuç: Nöroblastom tedavisinde, CDDP'nin doz sınırlayıcı yan etkilerini gidermek üzere LİPO kullanımı yararlı gözükmektedir. Ayrıca LİPO, aynı dozda CDDP 'den daha yüksek anti-tümor etkiye sahiptir. İlerleyen çalışmalarda LİPO'nun bu üstün özelliklerinin mekanizmasının tümör mikroçevresi dahilinde de değerlendirilmesi önerilmektedir. Anahtar Kelimeler: Nöroblastom, Lipoplatin, Sisplatin, Ototoksisite, Sitotoksisite
Rosiglatazonun minimal rezidüel hastalık modelinde nöronal kök hücre diferansiasyonu üzerine etkisi
Nöroblastom (NB) nöral krestten köken alan embriyonik bir tümördür.Klinik remisyon elde edilen ileri evre hastalıkta en büyük sorun minimal rezidüel hastalığın (MRH) varlığıdır. Peroksizom proliferatör-aktive edici reseptör nükleer transkripsiyon faktörü olup hücre çoğalması ve diferansiasyonu regüle etmektedir.Rosiglatazon (RZG) peroksizom proliferatör- aktive edici reseptör agonisti antidiyabetik bir ajandır. Bu çalışmada amacımız; Nöroblastom Minimal rezidüel hastalık hücre modeli oluşturmak ve rosiglatozonun (RZG) minimal rezidüel hastalık modelinde (MRH) nöronal kök hücre diferansiasyonu üzerinde etkili olup olmadığının belirlenmesiydi. Çalışmada N-Myc pozitif KELLY ve N-Myc negatif hücre hattı SH-SY5Y kullanılmıştır.Hücrelerin canlılıkları WST-1 ile analiz edilerek IC50 dozları belirlendi.NB hücrelerine tekrarlı sisplatin (CDDP) uygulamaları ile arta kalan hücrelere dayalı MRH modeli oluşturuldu.PHOX2B gen ekspresyonunun 2 kat ve daha fazla artış/azalışı hücrelerin MRH modelinin oluşmasının bir göstergesi olarak kullanıldı.PHOX2B gen ekspresyonu RT-PCR yöntemi ile belirlendi.MRH modeli oluşturulan NB hücrelerinde CDDP ve RZG hücre canlılığı,apoptoz,nöronal kök hücre farklılaşması ile ilişkili S-100,Oct-3,Nestin,Sox2 ve CD133 protein ekspresyonları aracılığı ile farklılaşma üzerine etkisi değerlendirildi. Bulguların,SPSS22 programında non-parametrik Mann-Whitney-U testi ile istatistik analizi yapılmıştır.p<0,05 değeri istatistiksel anlamlı kabul edilmiştir. SH-SY5Y ve KELLY hücrelerinde RZG IC50 dozları;50,100µM, CDDP IC90 dozları KELLY'de 80µM,SH-SY5Y'de 50µM olarak belirlenmiştir.400µM CDDP ve CDDP+RGZ kombinasyonları NB hücre hatlarında hücre canlılıklarını azaltmış ve hücreleri apoptoza sürüklemiştir.Hücre siklusunda hücrelerin büyük kısmı SubG1'de tutuklanmıştır. Dirençli-MRH gelişmiş hücrelerde CD133+ gözlenmemiştir.Dirençli-MRH gelişmiş KELLY ve SH-SY5Y hücresinin kontrole göre;CDDP+RGZ kombinasyonlarında PHOX2B gen ve OCT3-4 ekspresyonu artmış,Sox2 ekspresyonu azalmıştır. MRH modeli oluşturulan SH-SY5Y hücrelerinde CDDP+RZG kombinasyonu CDDP'e göre daha fazla apoptotik etki oluştururken farklılaşma belirteçlerinin azalması, KELLY hücrelerinde tersi durum gözlenmesi ve RZG etkisinin nöronal farklılaşma ile ilişkili olarak da gerçekleştiğini göstermiştir. Dirençli-MRH gelişmiş SH-SY5Y hücrelerinde CD133+ hücre sayılarının dirençsizlere göre artması CDDP direnci ve MRH modelinde CD133+ kanser kök hücrelerinin de rolü olduğunu göstermiştir.N-MYC(-) ve (+) NB hücrelerinde farklı CD133 hücre oranlarının ortaya çıkması nöroblastomun heterojen tümör olduğunu ve bu heterojenitenin kök hücre profiliyle de karşımıza çıktığını desteklemiştir. RZG, nöroblastom ana tedavi ajanı CDDP ile birlikte nöroblastomun MRH modelinde PPRgama reseptörü olan tümörlerde tedaviyi destekleyecek bir ajan olarak in-vivo NB modellerinde değerlendirilmesi gerekmektedir.
Mesane kanserinde immunoterapiye yanıtta kanser kök hücrelerinin rolü
Mesane kanseri mesanenin en içte bulunan tabakasından köken alır. Sık rekürrenslerle karakterizedir. Rekürrenslerin ana kaynaklarından biri olarak CD44+ kanser kök hücreleri (KKH) düşünülebilir. Bacillus calmette guerin (BCG) mesane kanserlerinin tedavisinde altın standart haline gelmiş bir immunoterapi çeşidi olmasına karşın rekürrensler ile oldukça sık karşılaşılmaktadır. Bu bilgilerden yola çıkarak bu çalışmanın amacı mesane kanseri hücre kültürlerinde BCG tedavisi ile mesane kanseri kök hücreleri arasındaki ilişkiyi araştırmaktır. Bu çalışmada, farklı karakteristiklerdeki (T24, 5637 ve CLS439) insan mesane kanseri hücre hatları ve manyetik boncuk izolasyon yöntemi ile (Miltenyl Magtech) izole edilmiş, CD44+ fenotipindeki KKH 'leri kullanılmıştır. Mesane kanseri hücre hatları ve bunlardan izole edilmiş KKH'leri, 37 °C sıcaklıkta %5 CO2 içeren nemli ortamda komplet DMEM ve RPMI 1640 ortamlarında üretildikten sonra BCG, interferon alfa, interlökin 2 , mononükleer hücre ve kombinasyonları 24, 48 ve 72 saat süre ile uygulanmıştır. İlaç ve kontrol gruplarındaki apoptotik ve nekrotik hücre oranları tayin etmek için Anneksin V-PI testi uygulanmıştır. Uygulamalardan sonra RNA izolasyonu yapılarak, cDNA ya çevrim yapılıp Real Time PCR ile immün yanıtta görevli olan inflamatuar sitokinler ve reseptörleri PCR array yöntemi ile değerlendirilmiştir. Kantitatif olarak kat değişimleri değerlendirilmiştir. Genlerin ekspresyonlarının kat değişimleri gruplar arasında karşılaştırılmıştır. Sitokin ve kemokin standart array (Biorad) de 84 gen RT-PCR ile kantitatif olarak analiz edildi. 7,32 mikrogram/ml dozda BCG ile IL-2 (1000IU/ml) ve mononükleer hücre (1000 hücre/ml) mesane kanseri hücrelerine en etkili olarak saptandı. Her üç hücre hattına ait KKH'lerine BCG ve kombinasyonlar uygulandığında, BCG tedavisi kanser hücreleri yanında KKH'lerine de sitotoksik etkili bulundu. Kanser hücreleri ile karşılaştırıldığında üç hücre hattına ait KKHlerinde CXCL5, CCL8 CNTF, CSF yüksek bulunmuştur. KKH ile karşılaştırıldığında kanser hücrelerinde, IL6, TNSFF11, FASLG, CXCL9 yüksek bulunmuştur. Tüm hücre hatlarında, BCG uygulaması CXCL5 ve LTB ifadeleri arttarken; CCL20 ve IL6 azalmıştır. BCG; IL2 ve MNH ile birlikte uygulandığında, CXCL10, CXCL5, IFNG artmış; ve CXCL12, IL6, TNSF11 azalmıştır. KKH üzerine BCG uygulaması ADIPOQ, CXCL10, XCL1 de artışa ve CCL8 de azalışa sebep olmuştur. BCG ile IL2 ve MNH kombinasyonu, bir çok kemokin ve sitokinin ifadesini azaltmıştır. BCG uygulaması mesane kanserinde bir çok sitokin ve kemokin ifadesini değiştirmektedir. Üç hücre hattında ve onların KKH' ları arasında ekspresyonlar farklıdır. Her olgunun immune modülasyonu kendi aralarında farklılıklar göstermektedir. Mesane KKH üzerine BCG temelli immünoterapinin etkinliğini MNH ve IL2 kombinasyonları azaltabilecektir. Bulgularımız, mesane kanserinde BCG tedavisi sonrasında rekürrenslerin nedeninin temel olarak KKH hipotezi ile açıklanamayacağını göstermektedir. Mesane kanseri yüzey epitelinin farklı loküslerinden gelişen sistemik bir hastalık olarak düşünülebilir. Bundan sonraki hedefimiz hastalardan elde edilen kanser hücreleri üzerinde BCG etkisini ex vivo değerlendirmektir. Anahtar Kelimeler: Mesane Kanseri, Basil Kalmet Guerin, Kanser Kök Hücreleri
Kolorektal kanserlerde metastazı kontrol eden post-genomik süreçler
Kanserin oluşumu ve metastatik fenotip kazanarak ilerlemesi, sadece genetik mutasyonların oluşumuna bağlı olmayan kompleks bir süreçtir. Peritoneal sıvı akışları, sıvı gerilimleri, mikroçevrenin asiditesi veya aşırı proliferasyon gösteren tümör kitlesinin etkisiyle değişen anormal intertisyel sıvı paternleri gibi tümör mikroçevresinin fiziksel özellikleri, kanser hücresinin proliferasyonu, immün sistemden kaçışı, epitelyal-mezenşimal transisyon ve metastaz gibi patofizyolojik fonksiyonları etkilemektedir. Tümör mikroçevresinin fiziksel parametreleri ile değişiklik gösteren fenotipik değişiklikler mikrofluidik sistemler ile hedeflenebilmektedir. Bu araştırmanın amacı, mikrofludik kültür teknikleri kullanarak vücuttaki sürekli sıvı akışının ve sıvı geriliminin kolorektal kanserin metastatik davranışı üzerine olan etkisini post-genomik düzeyde anlamaktır. Çalışmada, sürekli sıvı akışına maruz kalan kolorektal kanser hücreleri (HCT-116 ve HT-29) üzerinde E-kaderin, N-kaderin ve vimentin belirteçlerine ait boyamalar ile epitelyal ve mezenşimal fenotipler karakterize edildi. Sürekli sıvı akışının etkisiyle istatistiksel olarak anlamlılık göstren transkriptom ve miRNA analiz sonuçları ile hedef molekül ve yolak analizleri gerçekleştirildi. Sürekli sıvı akışına maruz kalan kolorektal kanser hücrelerinde, E-kaderin ekpresyonundaki azalma, N-kaderin ve vimentin ekpresyonundaki artış (p 0.05) ile EMT-benzeri fenotip gösterildi. Sürekli sıvı akışının ve sıvı gerilimin etkisiyle değişim gösteren miRNA ve mRNA ekspresyon profilleriyle gerçekleştirilen gen ontolojianalizlerinde, anjiyogenez, apoptoz ve antijen sunumu proseslerinin EMT ile indüklenen metastazı destekleyecek şekilde değiştiği saptandı. Sürekli sıvı akımıyla dinamizm kazanan mikroçevre, epitelyal-mezenşimal transisyon, anjiyogenez, apoptozun düzenlenmesi ve antijen sunumu gibi kanserin ilerlemesini sağlayan fonksiyonları etkilemektedir. Hücrenin biyolojik süreçlerine etki ederek terapötik sonuçları da etkileyebilme yetisi olan intertisyel sıvı akışı ve sıvı gerilimin her kanser tipine bağlı olarak sebep olduğu değişiklikler ve bunlara at moleküler mekanizmalarının açığa çıkarılması ile potansiyel terapötik hedeflerin oluşması söz konusudur.
Sisplatin ototoksisitesi ve polimorfizm ilişkisi
Amaç: Sisplatin birçok çocukluk çağı kanserinin tedavisinde yaygın bir biçimde kullanılan antineoplastik bir ajandır. Ototoksisite, nörototoksisite, nefrototoksisite gibi yan etkileri yüksek dozlarda kullanımını engellemektedir. Değişik risk faktörlerinin sisplatin ototoksisitesi gelişiminde rolü olabileceği düşünülmektedir. Bu çalışmanın amacı sisplatin ototoksistesine yol açan genetik ve non genetik risk faktörlerinin değerlendirilmesidir. Gereç ve Yöntem: Dokuz Eylül Üniversitesi Tıp Fakültesi ve Dr Behçet Uz Çocuk Hastalıkları Hastanesi pediatrik Onkoloji kliniklerinde çocukluk çağı tümörleri nedeni ile sisplatin tedavisi alan yetmiş iki çocuk çalışmaya dahil edildi. Tüm çocukların odyolojik değerlendirmeleri tedavi öncesinde ve tedaviden en az 3 ay sonra saf ses odyometrisi, distorsiyon ürünü otoakustik emisyon ve işitsel uyarılmış beyinsapı potansiyelleri testleri ile yapıldı. Ototoksisite Brock ve Muenster sınıflamaları kullanılarak değerlendirildi. Altı farklı tek nükleotid polimorfizmi ERCC1, GSTP1 Ala114Val, GSTP1 IIe105Val, Megalin, TPMT, COMT gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) yöntemi ile değerlendirildi. Baş boyun bölgesine alınan radyoterapi, kümülatif sisplatin dozu, yaş, cinsiyet, furosemid, karboplatin, aminoglikozidler gibi başka ototoksik ilaç kullanımı, tedavinin süresi, veriliş şekli gibi başka non genetik risk faktörleri de değerlendirmeye alındı. Ki- kare testi ve Fischer kesin testi kullanılarak tüm genetik ve non genetik risk faktörleri her 2 ototoksisite sınıflaması ile eşleştirildi. Yapılan bu univaryant analizler sonucunda ototoksisite gelişimi açısından riskli bulunan faktörler kullanılarak logistik regresyon modeli oluşturuldu. Bulgular: 72 hasta içinde Brock sınıflamasına göre 24 Muenster sınıflamasına göre ise 30 hasta da ototoksisite saptandı. Univaryant analizler sonucunda erkek cinsiyet, eş zamanlı aminoglikozid kullanımı ve GSTP1 IIe105Val mutant genotip ile sisplatin ototoksisitesi arasında istatistiksel olarak anlamlı bir ilişki bulundu ( p<0,05). Bu 3 risk faktörü kullanılarak yapılan logistik regresyon modeli sonucunda erkek cinsiyet ve eş zamanlı aminoglikozid kullanımı ile sisplatin ototoksisitesi arasında istatistiksel olarak anlamlı bir ilişki mevcuttu. Diğer taraftan sisplatin ototoksisitesi ile GSTP1 IIe105Val mutant genotype arasındaki ilişki istatistiksel olarak anlamlı değildi ancak istatistiksel anlamlılığa oldukça yakındı. Sonuç: Çalışmamız sonucunda erkek cinsiyet ve eş zamanlı aminoglikozid kullanımı çocuk hastalarda sisplatin ototoksisitesi gelişmesi için önemli bir risk faktörüdür. GSTP1 IIe105Val mutant genotipe sahip olan hastaların ototoksisite gelişimi için dikkatle izlenmesi ve daha geniş serilerde tekrar değerlendirilmesi gerekmektedir.
Over kanserlerinde peritoneal metastaz sürecinde mezenkimal-epitelyal tranzisyonun moleküler mekanizması
Over kanseri, jinekolojik kanserler arasında en ölümcül olanıdır. Bunlar içerisinde yüksek dereceli seröz epitelyal over tümörleri, hem tanı anında büyük oranda metastatik olma hem de erken nüks etme özellikleri nedeni ile en problemli grubu oluşturmaktadır. Bu çalışmada, seröz epitelyal over karsinomu olgularında, primer tümör dokusu, buradan asit sıvısına geçen malign hücre grubu ve periton üzerinde implante olmuş metastatik tümör dokularında transgenomik mRNA ekspresyonları değerlendirilmiş; böylece epitelyal fenotipten mezenkimal fenotipe, ardından tekrar epitelyal fenotipe dönüşen hücrelerdeki genetik değişiklikler gen ekspresyonu düzeyinde ortaya konulmaya çalışılmıştır. Primer tümör dokusu ile metastaz dokusu arasında 7 gende; primer tümör dokusu ile asit sıvısından elde edilen hücreler arasında 1041 gende; metastaz dokusu ile asit sıvısından elde edilen hücreler arasında 648 gende istatistiksel olarak anlamlı değişim gözlenmiştir (p değeri ≤ 0,05). Bu bağlamda, kanser hücresinin ardıl EMT- MET dönüşümleri ile ilk baştaki epitelyal fenotipine geri dönerek metastatik odakları oluşturması, primer tümör ile metastatik tümör arasındaki ekspresyon değişikliklerinin az olmasına açıklık getirmektedir. Primer tümör ile metastaz dokusundan elde edilen tümör hücreleri arasında apoptozun inhibisyonunda etkili olan VTRNA1-1 ve over kanserlerinde kötü prognostik etki gösteren MCAM ekspresyonlarında belirgin artışlar saptanmıştır. Primer tümör ile asit sıvısından elde edilen tümör hücreleri arasında da SNORD gen ailesi üyelerinde, over kanserinde proliferasyon ve metastazda etkili olduğu gösterilen MALAT1, hücresel transformasyon ve tümörojenisitede etkili olan MUC1 genlerinde belirgin ekspresyon artışları saptanmıştır (p değeri ≤ 0,05). Metastaz sürecinde etkili olduğu ortaya konulan genlerin ve bunlarla ilişkili moleküler mekanizmaların, yolakların ortaya konulması, biyobelirteç teminini ve terapötik hedeflerin aydınlatılmasını sağlayacaktır.
Kronik myeloid lösemi kök hücre hattı üretimi
BCR/ABL füzyon proteiniyle karakterize Kronik myeloid lösemi (KML), pluripotent hematopoetik kök hücrelerin malign transformasyonu sonucu gelişen klonal bir lösemi kök hücre (LKH) hastalığıdır. Bu projenin amacı, KML LKH'lerinin kültür ortamında birçok tümör serilerine farklılaşma mekanizmalarına karşı kuvvetli bir protokol geliştirerek gelecekteki çalışmalar için uygun kalite ve standartlarda in-vitro KML LKH hattı üretimidir.Bu çalışmada, K562 ve K562/IMA-3 (imatinibe dirençli) insan KML hücrelerinde, FACS ve MACS yöntemleriyle CD34+/CD38-/CD123+ and CD34+/CD38- LKH altpopülasyonlarının izolasyonu sonrasında LKH'lerin davranışları, farklı kültür şartlarına maruz bırakılarak gözlemlendi. LKH'leri, akış sitometriyle hücre siklusu; tümörojeniteyle tümör oluşturma potansiyeli; kantitatif gerçek-zamanlı PCR'la telomeraz aktivitesinin ve BCR/ABL'ın ekspresyon düzeyleri; alkalen fosfataz (AF) boyamayla farklılaşma; ve mikoplazma testiyle kontaminasyon varlığı incelenmiştir. Ayrıca, CD paneli (CD34+, CD38+, CD34+/CD38-, CD34+/CD38/CD123+ altpopülasyonları), KML hücrelerinde, LKH'lerinde ve farklılaşmış LKH'lerinde akış sitometriyle incelenmiştir.K562 ve K562/IMA-3 lösemi hücrelerinin, sırasıyla % 0,4 ve % 5,3 oranlarında LKH'leri içerdiklerini bulduk. Diferansiye etmeyen ortamda LKH'lerin çoğalmaksızın fenotipini koruduğu ve LKH ekspanse edici ortamda LKH'lerin çoğunluğunun LKH olarak çoğaldığı gözlemlendi. Bununla beraber, diferansiye edici ve RPMI-1640 ortamlarında LKH'lerinin, lösemi hücrelerine dönüşerek çoğaldığı gözlemlendi. K562/IMA-3 LKH'lerinin daha hızlı tümör oluşumuna neden olmasının yanı sıra, her iki hücre hattının LKH'leri, atimik nude farelerde tümör oluşturdu. Her iki hücre hattının LKH'lerinde AF pozitif bulundu. Telomeraz aktivitesi ekspresyon düzeyi, K562/IMA-3 LKH'lerinde artmış bulunurken, K562 LKH'lerinde azalmış bulundu. BCR-ABL ekspresyon düzeyi her iki hücre hattının LKH'lerinde azalmış olmakla birlikte korunmuştur. LKH'lerde mikoplazma kontaminasyonu görülmedi. CD panelinde tüm popülasyonların en yüksek seviyeleri, LKH'lerinde görüldü.Bu çalışma sonucunda KML LKH hattı üretiminin zor, ama olası olduğu saptandı.