Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı

Hemodiyaliz, periton diyalizi ve prediyaliz hastalarda gizli hepatit B enfeksiyonunun polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) yöntemi ile araştırılması.

Serumda hepatit B yüzey antijeninin (HBsAg) negatif olduğu durumlarda, hepatit B virusu DNA (HBV-DNA)'sının varlığı gizli hepatit B olarak bilinmektedir. Gizli hepatit B'nin prevalansı tam olarak bilinmemesine rağmen, hemodiyaliz tedavisi uygulanan hastalarda daha sık olduğunu bildiren çok sayıda araştırma vardır. Bu çalışmada, hemodiyaliz ve periton diyalizi hastaları ile kronik böbrek yetersizliği olup henüz diyaliz tedavisi başlanmamış hastalarda gizli hepatit B prevalansı araştırıldı.Çalışmaya HBsAg-negatif olan toplam 174 hasta alındı. Polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) yöntemi ile hemodiyaliz hastalarının %2.6'sında, periton diyalizi hastalarının %1.8'inde HBV-DNA varlığı saptandı. Buna karşılık, henüz diyaliz tedavisine başlanmamış kronik böbrek yetersizliği olan hastalarda gizli hepatit B enfeksiyonu saptanmadı (%0). Gizli HBV enfeksiyonu sapatanan hastalarla diğer hastalar arasında karaciğer enzimlerinin yüksekliği ve serum CRP seviyesi yönünden anlamlı düzeyde farklılık saptanmadı (p>0.05).Sonuç olarak, çalışmamızda hemodiyaliz uygulanan hastalarda gizli HBV enfeksiyonu varlığının düşük sıklıkla olsa da görülebileceği saptanmıştır. Hem hemodiyaliz hem de periton diyalizi uygulanan hastalara cihaz kaynaklı HBV bulaşımını önlemek için sadece serolojik testlerle virüs varlığının araştırılmasının yeterli olamayacağı, dolayısıyla, PZR gibi duyarlılığı daha yüksek testlerle bu hastaların taranmasının uygun olabileceği düşünülmüştür.

Periodontitli hastalarda herpesvirüslerin görülme sıklığının pzr ile belirlenmesi

Yakın zamanlarda yapılan çalışmalarda herpesvirüslerle periodontitis şiddeti arasındaki ilişki ortaya konmuştur. Bu çalışmalar hastalığın etyopatogenezinin daha ayrıntılı olarak anlaşılması yönündeki çalışmalara katkı sağlamıştır. Mevcut çalışmada periodontitisli hastalardan alınan subgingival krevikular sıvı örneklerinde farklı herpesvirüslerin (herpes simpleks virüs tip 1 ve 2; HSV-1 ve HSV-2, Epstein?Barr virüs; EBV ve insan sitomegalovirüs; HCMV) varlığının araştırılması ve bu hastalardaki herpesvirüs sıklığı ile, periodontitisin seyrini belirlemede önemli olan, plak indeksi (Pİ), gingival indeks (Gİ) ve cep derinliği (CD) gibi parametreler arasında bir ilişki olup olmadığının belirlenmesi amaçlanmıştır.Bu amaçla, 2007 yılında Elazığ Diş Hastanesi Periodontoloji Kliniğine başvuran periodontitisli 52 hastadan ve periodontitis yönünden sağlıklı 20 bireyden paper pointler periodontal ceplere yerleştirilerek krevikular sıvı örnekleri alındı. Daha sonra, bu örneklerden DNA izolasyonları gerçekleştirildi. Elde edilen DNA'lar ve dört herpesvirüse özgül primerler kullanılarak polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) uygulandı.PZR sonuçlarına göre, 52 periodontitisli hasta örneğinin %61.5'inde EBV, %53.8'ünde CMV, %32.6'sında HSV-1 ve %25'inde HSV-2 pozitifliği tespit edildi. Sağlıklı kişilerde ise %20'sinde EBV, %10'unda CMV, %10'unda HSV-1 ve %5'inde ise HSV-2 pozitifliği belirlendi. EBV varlığı ile klinik parametler kıyaslandığında; hastaların Pİ, Gİ ve CD ile EBV varlığı arasında pozitif bir korelasyon tespit edildi (spearman's rho). Hastalıklı gruptaki CMV varlığı ile klinik parametreler kıyaslandığında CMV varlığı ile Pİ ve CD arasında pozitif bir korelasyon tespit edilirken gingival indeks ile bir korelasyona rastlanmadı. Hem HSV-1 hem de HSV-2 varlığı ile klinik parametreler arasında bir ilişki belirlenmedi.Sonuç olarak, periodontitisler ve bunların klinik seyirleri ile EBV ve CMV arasında kuvvetli, HSV'lar ile de zayıf bir etyolojik ilişkinin olduğu kanaatine varılmıştır.

Gram pozitif kokların invitro kinopristin/dalfopristin duyarlılıklarının araştırılması ve diğer bazı antibiyotiklerle karşılaştırılması

1. ÖZETGünümüzde enfeksiyon hastalıklarının tedavisinde kullanılan antibakteriyelilaçların tür ve sayısında artışlar olmasına rağmen, son yıllarda, birden fazla sayıda ilacadirençli stafilokok, enterokok ve diğer bazı Gram pozitif kokların neden olduğuenfeksiyonların sıklığında artış olmuştur. Bu mikroorganizmalar, yaygın olarakkullanılan antibiyotiklere karşı sıklıkla direnç geliştirmekte ve neden olduklarıenfeksiyonların tedavisinde sorunlarla karşılaşılmaktadır.Türkiye'de henüz kullanıma girmemiş olan kinopristin/dalfopristin,streptogramin grubundan parenteral uygulanabilen ilk antibiyotiktir. Her iki komponentde bakteriyel ribozomun 50S alt birimine geri dönüşümsüz bağlanarak etki gösterir.Bu çalışmada Haziran 2004 - Mart 2005 tarihleri arasında Fırat Üniversitesi TıpFakültesi Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Laboratuarı'nagönderilen örneklerden soyutlanan 300 Gram pozitif kokun invitrokinopristin/dalfopristin ve diğer yaygın kullanılan antibiyotiklere karşı duyarlılıklarınınbelirlenmesi amaçlandı. Klasik bakteriyolojik yöntemler kullanılarak tür düzeyindetanımlanan 41 52 17Staphylococcus aureus, Staphylococcus epidermidis,Staphylococcus saphrophyticus, 16 Staphylococcus hominis, 5 Staphylococcushaemolyticus, 3 Staphylococcus warneri, 2 Staphylococcus schleiferi, 5 Staphylococcuscaprae, 44 Enterococcus faecalis, 22 Enterococcus faecium, 5 Enterococcus avium, 3Enterococcus hiroe, 27 Streptococcus spp., 16 D grubu Streptokok, 6 A grubuStreptokok, 6 B grubu Streptokok ve 3 Streptococcus pneumonia suşu çalışmaya alındı.Bu suşların antibiyotik duyarlılıkları disk diffüzyon yöntemiyle araştırıldı.1Staphylococcus aureus ve koagülaz negatif stafilokok (KNS) suşlarının tamamı,E. faecalis suşlarının %14'ü ve E. faecium suşlarının %73'ü kinopristin/dalfopristineduyarlı bulundu. Yapılan duyarlılık testinde stafilokok suşlarının metisilin duyarlılığı%66.1, eritromisin duyarlılığı %62.2, siprofloksasin duyarlılığı %66.3, klindamisinduyarlılığı %89.1, rifampisin duyarlılığı %94.8 olarak; streptokok suşlarının eritromisinduyarlılığı %65.3, siprofloksasin duyarlılığı %45.9, kloramfenikol ve gentamisinduyarlılıkları sırasıyla %84.6, %85.2 olarak saptanmıştır.Yapılan bu çalışma ile henüz ülkemizde kullanıma girmemiş, ancak yakın birgelecekte enfeksiyon hastalıklarının tedavisinde sık başvurulması muhtemel birantibiyotik olan kinopristin/dalfopristin kombinasyonunun stafilokok ve streptokoksuşlarına karşı etkinliğinin test edilmesi amaçlandı. Çalışmaya alınan bakterilerin diğerbir çok antibiyotiğe duyarlılıkları eş zamanlı saptanarak bu yeni ilacın etkinliğinin,halen kullanımda olan diğer antibiyotiklerle karşılaştırılması sonucunda klinikuygulamalarda tedaviyi yönlendirici sonuçların elde edileceğini tahmin etmekteyiz.Anahtar Kelimeler: Kinopristin/dalfopristin, Staphylococcus aureus, Streptococcussspp., Enterococcus spp., KNS, disk diffüzyon.2

Deşik klinik örneklerden soyutlanan kandida türlerine virulans faktörlerinden proteinaz, fosfolipaz ve esteraz aktivitelerinin araştırılması

1.ÖZET Kandidalar doğada, insan ve hayvanların florasında bulunan maya morfolojisinde mikroorganizmalardır. Son yıllarda kanser, transplant ve immunsüpresif hastaların yaşam süreleri, gelişmiş tedavi protokolleri nedeniyle uzamış ve dolayısıyla bu hastalarda mantar enfeksiyonu görülme sıklığı artmıştır. Mantar enfeksiyonlarında Candida albicans dışında diğer kandida türlerinin izolasyonundaki artış, bu türlerin virülans faktörlerinin önemini arttırmıştır. Enfeksiyon oluşumunda konak faktörleri kadar kandidaların virülans faktörleri de önemli bir yer tutmaktadır. Bu çalışmada, çeşitli klinik örneklerden izole edilen 100 kandida susunun türleri belirlenmiş ve türlere göre proteinaz, fosfolipaz ve esteraz aktiviteler: araştırılmıştır. 100 kandida susunun; 58' i C. albicans,14' ü C. glabrata, 11' C. tropicalis, 52' i C.famata, 4' ü C. sake, 3' ü C. knısei, 2' si C guillermondii, V C. lusiianiaee, l'i C. pelliculose, 1' i C. curvata olarak adlandırılmıştır. Proteinaz enzim aktivitesi, Sığır Serum Albumin Agar'da, protein lizisine bağlı olarak şeffaf zonlann oluşup oluşmamasına göre değerlendirilmiştir. Proteinaz oram türlere göre; % 82.7 C albicans, % 72.7 C. tropicalis, % 40 C.famata, % 50 C guillermondii, % 100 C. lusitaniae, % 100 C. curvata olarak tespit edilmiştir. C sake, C. krusei ve C. pelliculose de proteinaz aktivitesi görülmemiştir. Proteniaz aktivitesinin kilinik örneklere göre dağılımı ise, dışkı, boğaz, balgam, yara % 100, kan % 83.3, vaginal akıntı % 57.9, idrar % 46.6 olarak değerlendirilmiştir. Fosfolipaz enzim aktivitesi, Yumurta Sanlı Agar besiyerinde değerlendirilmiştir. Koloni çapının, koloni ve presipitasyon zonunun uzunluğuna oranlanarak, l'-e eşit olanlar olumsuz, l'den küçük olanlar olumlu olarakdeğerlendirilmiş ve türlere göre C. albicans % 89.6, Ctropicalis % 72.7 olarak bulunmuştur. Diğer türlerde fosfolipaz aktivitesi görülmemiştir. Klinik örneklere göre ise, boğaz % 100, kan ve idrar % 66.6, vaginal akıntı % 59.4 oranında fosfolipaz aktivitesi tespit edilmiştir. Esteraz aktivitesi Tween 80 Ağarda, inokülasyon bölgesinin etrafında ışığı geçiren opak kristaller veya opak alan oluşumu gözlenenler olumlu, gözlenmeyenler olumsuz olarak değerlendirilmiştir. Türlere göre C. albicans %93.1, C. tropicalis % 100, C. glabrata % 7.1, C. famata %60, G guillermondii %50, C. curvata % 100, olarak tespit edilmiştir. Diğer türlerde esteraz aktivitesi gözlenmemiştir. Klinik örneklere göre esteraz aktivitesi, dışkı, boğaz, balgam ve yarada % 100, vaginal akıntıda % 73.9, kanda % 66.6, idrarda % 53.3 oranında tespit edilmiştir. Sonuç olarak, kandidalarda virülans faktörlerinden olan proteinaz,fosfolipaz ve esteraz üretimi sıklığı, çalışmamızda izole edilen suşlar arasında orta ve üst düzeyde saptanmış olup, kandida enfeksiyonlarında bu enzimlerin araştırılması, tedavinin planlanmasında yaralı olacaktır. Anahtar kelimeler : Kandida türleri, proteinaz, fosfolipaz, esteraz..

Pan-antibiyotik dirençli pseudomonas aeruginosa ve stenotrophomonas maltophilia suşlarına karşı son seçenek ajanlardan biri olan kolistinin invitro etkinliğinin araştırılması

Çoklu dirençli bakteriler, özellikle hastanede yatan ve genel durumu kötü hastalar için önemli bir saglık riski olusturmaktadır. Rasyonel olmayan antibiyotik kullanımı ve standart infeksiyon kontrol önlemlerinin yeterince uygulanmaması sonucu bu tür direnç fenotipleri hızlı bir yayılım göstermis ve Türkiye ile birlikte birçok ülkede ciddi bir tedavi sorunu olarak ortaya çıkmıstır. Gram negatif bakterilerde gelisen çoklu direnç fenotipleri nedeniyle polipeptit yapılı bir antibiyotik olan Kolistinin (Polymxin-E) önemi tekrar artmaya baslamıstır. Ancak, ülkemizde asırı dirençli suslara karsı bu antibiyotigin etkinligini birdiren çalısma sayısı oldukça kısıtlıdır. Bu çalısmada, Ocak 2004 ve Subat 2007 tarihleri arasında Fırat Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Laboratuarında soyutlanan ve Clinic Laboratory Standards Institute (CLSI) tarafından önerilen tüm antipseudomonal antibiyotiklere karsı disk difüzyon yöntemi ile yapılan antibiyogramda dirençli oldugu saptanan 57 Pseudomonas aeruginosa ve 10 Stenotrophomonas maltophilia susunun Kolistin duyarlılıgı Etest (AB Biodisk) yöntemi arastırılmıstır. Kolistinin P. aeruginosa ve S. maltophilia suslarına karsı etkinligi sırasıyla %56.1 ve %40 olarak saptanmıstır. P. aeruginosa suslarının Kolistin için ölçülen MİK50 ve MİK90 degerleri sırasıyla 2?g/ml ve 16 ?g/ml; S. maltophilia suslarının Kolistin için ölçülen MİK50 ve MİK90 degerleri ise 4 ?g/ml ve 256 ?g/ml olarak bulunmustur. Bu sonuçlar ısıgında; Kolistinin, çalısılan pseudomonas ve stenotrophomonas suslarına karsı etkinligi orta düzeyde oldugu görülmüstür. Bilimsel literatürle karsılastırıldıgında çalısmamızda daha yüksek direnç sıklıgı dikkati çekmektedir. Çalıstıgımız susların pan-antibiyotik dirençli olmaları nedeniyle çoklu direnç genlerini tasımaları, elde ettigimiz bu düsük duyarlılık sonuçlarının baslıca nedeni olarak düsünülmüstür. Ortaya çıkabilecek ciddi yan etkiler göz önüne alındıgında, pan-antibiyotik dirençli non-fermentatif ajanlara karsı Kolistinin kullanmı öncesi, in vitro etkinliginin saptanması faydalı olacaktır.

Üst solunum yolları malign lezyonlarında HPV tip 16, 18, 31 ve 33'ün araştırılması

Bu çalısmanın amacı, üst solunum yolları malign lezyonlarında Human papillomavirus (HPV) görülme sıklıgını ve tiplerini belirleyerek, HPV'nin bu kanserlerin gelismesindeki rolünün açıklanmasına katkıda bulunmaktır. Human papillomavirus varlıgının arastırılması için, üst solunum yolları kanseri tanısı konulmus olan 100 hasta ile kontrol grubu olarak üst solunum yolları benign lezyonu tanısı konulmus olan 25 hastaya ait arsivlenmis parafinize doku örnegi Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR) yöntemiyle analiz edilmistir. HPV tip 16, 18, 31 ve 33'ün saptanması ve tiplendirilmesi amacıyla, L1 ve E6 primerleri ve tipe özgül primerler kullanılarak nested PCR yapılmıstır. Örneklerden 25 tanesi yeterli DNA içermedigi için çalısmadan çıkarılmıstır. Yetmisbes üst solunum yolu kanseri örneginin 25 tanesi (%33) HPV DNA yönünden pozitif olarak bulunmus; HPV pozitif örneklerin 11 tanesinde (% 44) HPV 16 DNA, 8 tanesinde ise (% 32) HPV 18 DNA pozitif bulunmustur. Bir olguda HPV 16 ve HPV 18 birlikteligi tespit edilmistir. Sonuç olarak, HPV'nin, üst solunum yolları malign lezyonlarının birçogunda etiyolojik bir rol oynadıgı düsünülmektedir. Çalısmamızda elde edilen bulgular, HPV tip 16 ve 18'in üst solunum yolları malign lezyonlarındaki olası rolünü desteklemektedir. Türkiye'deki HPV infeksiyonlarının epidemiyolojisinin daha iyi aydınlatılabilmesi için daha kapsamlı çalısmalara ihtiyaç vardır. Anahtar Kelimeler: Human Papillomavirus (HPV), Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR), Üst Solunum Yolları Malign Lezyonları

Fonksiyonel endoskopik sinüs cerrahisi (FESC) uygulanan kronik sinüzitli hastaların sinüs materyallerinin bakteriyolojik yönden değerlendirilmesi

1. ÖZET Bu prospektif çalışma; Fırat Üniversitesi Fırat Tıp Fakültesi Kulak Burun Boğaz Anabilim Dalı'nda Ocak-1999 ile Temmuz-1999 tarihleri arasında kronik sinüzit tanısı almış fonksiyonel endoskopik sinüs cerrahisi (FESC) planlanan yaşlan 18 ile 65 arasında değişen 23'ü erkek, 8'i kadın 31 hastada, Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Laboratuarında yapıldı. Operasyon sırasında direkt olarak maksiller ve etmoid sinüs içinden alınan aspirasyon materyalinde, prospektif olarak bakteriyel patojenlerin belirlenmesi amaçlandı. Ayrıca bu çalışmada, maksiller ve etmoid sinüslerden alman örneklerin kültüründe üreyen mikroorganizmalar ile operasyondan önce boğazdan ve burundan alman sürüntülerde üreyen mikroorganizmalar arasında bir ilişki olup olmadığı incelendi. Kronik sinüzitin medikal veya cerrahi olarak en etkili olabilecek tedavi şekli henüz kesin bir şekilde ortaya konamamıştır. Bu hastalığın bakteriyolojisinin anlaşılması uygun tedavi stratejilerinin belirlenmesine yardımcı olacaktır Mikrobiyolojik değerlendirme için alınan örnekler; operasyondan önce boğaz, burun sürüntüsü ve operasyon sırasında (FESC) direkt olarak sinüslerin içinden nazal irrigasyon tüplerine alınan aspirasyon materyali idi. Aspirasyon materyalleri steril silgiçlerle kömürlü amies transport taşıma ortamına ve ayıraçlı tiyoglikolat ortamına alındılar. Tüm örnekler toplanmasını takiben 2 saat içerisinde mikrobiyoloji laboratuarına nakledildi. Mikrorganizmalar standart mikrobiyolojik metodlarla identifıye ve izole edildiler (7, 20, 52). Doyle ve Woodham'in (23) önerdiği şekilde izolasyonlar klasik ve nonklasik gruplara ayrıldılar. Çalışmayı oluşturan 31 kronik sinüzitli hastanın operasyon sırasında maksiller ve etmoid sinüslerinden direkt olarak alınan aspirasyon materyallerinin bakteriyolojik kültürlerinin %87.09'unda aerop bakteriler ürerken, %19.35'inde anaerop bakteriler izole edildi. Bu çalışmada izole edilen klasik patojenler arasında Anaerop bakteriler (n= 6), koagulaz pozitif stafilokok (n=5) ve Klebsiella pneumoniae (n=4) en fazla gözlenen bakteriler oldu. Ancak anaeroplar klasik patojenler arasında bulunmalarına rağmen, patojen deyimi bu mikroorganizmalar için hala tartışma konusudur. En sık izole edilen non-klasik patojenler; koagulaz negatif stafilokok (n= 9) ve viridans streptokok (n= 7) olaraktesbit edildi. Kronik sinüzitin patogenezinde non-klasik patojenlerin rolü halen açık değildir. Çalışmamızda Stafilokok'lar en sık izole edilen bakteriler olduğundan bu mikroorganizmalara yönelik ampirik antibiyotik tedavisinin yararlı olabileceği düşünüldü. Aynı zamanda izole edilen bütün mikroorganizmalar için antimikrobiyal duyarlılık testlerinin yapılmasının uygun tedavi rejimlerinin belirlenmesinde faydalı olacağına inanıyoruz. Kronik sinüzitin mikrobiyal etyolojisini inceleyen çalışmaların sonuçları akut enfeksiyonlara göre daha fazla çeşitlilik gösterir. Bu nedenle farklı çalışmaların sonuçlarım birbiriyle kıyaslamak oldukça zordur. Burada; örnekleme tekniklerinde değişiklikler, örnek transport metodu ve araçları, hastaların yaşlan, hastalığın süresi ve uzunluğu, operasyon öncesi antibiyotik tedavisi gibi faktörlerin rol oynayabileceği kanaatine varıldı. Çalışmamızda etmoid sinüslerden (n=ll) alman örneklerin hiçbirinde anaerop bakteri üremesi olmadı. İzole edilen bakteriler hemen hemen maksiller sinüslerden (n=20) izole edilenlerle benzerdi. Yapılan kültürlerin %3.22 'sinde (n=l) funguslar üretildiği halde, mikroskopik değerlendirmede invaziv fungal hasar saptanamadı ve klinikte fungal sinüzitli hiçbir hasta yoktu. Burun ve boğaz flora bakterilerinin, kronik olarak infekte sinüslerdeki bakterilerin değerlendirilmesinde, önemli bir faktör olmadıkları sonucuna varıldı. Anahtar Kelimeler: Kronik sinüzit, bakteriyoloji, fonksiyonel endoskopik sinüs cerrahisi

Çocuk aşırı duyarlılık tepkilerinde özgül İgE ve sitokin düzeyleri

İmmün reaksiyonlar, bazı durumlarda koruyucu ve iyileştirici olmaktan çıkarak, dokular ve organları hasara uğratıcı özellik kazanabilirler. Antijenlere karşı organizmanın hasarlayıcı düzeyde meydana getirdiği değişmiş reaktif immün cevaba "alerji" veya "hipersensitivite" denmektedir. Bunun yanında, alerji terimi daha çok İgE aracılığı ile oluşan anafilaktik hipersensitivite için kullanılmaktadır. Alerjenlere karşı oluşan antikorlar koruyucu değil, ancak duyarlandırıcı antikorlar olan, İgE sınıfı özgül antikorlardır. Bu antikorlar, deri ve diğer dokulardaki mast hücreleri ile bazofillere bağlanabilme yeteneği taşırlar. Alerjenler, mutad olarak solunum sistemi, deri, sindirim sistemi veya parenteral yolla organizmaya giriş yapabilirler. Şok organına göre de, lokal veya sistemik belirtiler ortaya çıkar. Th hücreleri ürettikleri lenfokin türlerine göre bazı alt kümelere ayrılırlar: ThO, Thl ve Th2. Thl klonları İFN-y ve İL-2 üretirler, fakat İL-4 ve İL-5 üretmezler. Buna karşın, Th2 hücreleri ÎL-4, İL-5 ve İL- 13 üretmelerine rağmen, İFN-y ve İL-2 sitokinleri üretmezler. ThO klonu ise her iki hücrenin sitokin profiline sahiptirler. Geniş açıdan ele alırsak, Thl hücrelerinin salgıladığı lenfokinler B hücrelerinin İgM ve İgG2 üretimine yol açarak ve makrofajları uyararak, hücresel immün sistemi harekete geçirirler. Böylece viral, bakteriyel, fungal ve protozoal enfeksiyonlara karşı savunma yaparlar. Sıvısal immüniteyi uyaran Th2 hücreleri ise özellikle, İgE ve İgG yanıtlan ile bazı helmint enfeksiyonlarına karşı savunma başlatırlar ve alerjiyi tetiklerler. Thl ve Th2 yönünde hücre gelişiminin hangi faktörler tarafından başlatıldığı tam olarak bilinmiyor. Thl ve Th2 hücrelerinin gelişimini birbirine zıt yönde polarize eden iki önemli sitokinin İL- 12 ve İL-4 olduğu bilinmektedir. Bu çalışmanın ana eksenini Thl ve Th2 hücrelerinin kutuplaşmasını yansıtan sitokinlerden olan İFN-y, İL-4 ve İL-13'ün rol aldığı alerjik mekanizmalar oluşturmuştur. Ayrıntılı bir anket uygulanarak ve fizik muayeneleri gerçekleştirilerek alerji ön tanısı düşünülen 77 çocuk olgu çalışmaya alınmıştır. Olguların anket ve fizik muayene sonuçlarına göre alerjik olgular 5 ayrı klinik tablonun yalnızca birini veya birkaçını bir arada sundu. Anaflaksi olgusu gözlenmedi ve alerjik astım olgusu 37, ürtiker ise 30 vakada tanımlandı. Kontrol grubu aynı yaş grubunda ve aynı bölgede yaşayan, aynı sosyoekonomik göstergelere sahip olan ve herhangi bir alerjik hastalığı bulunmayan ve klinik olarak tamamen sağlıklı kabul edilen gönüllü çocuklardan (n=30), ailelerinin onayı alınarak, rastgele seçim ile oluşturuldu. Total İgE ve özgül İgE düzeyleri serumda ELÎSA yöntemi ile üretici firmaların tarifi üzerine belirlendi (İgE; Int. Immuno-Diagnostics, USA, Özgül İgE; Dr. Fooke, Neuss, Germany). İFN-y, ÎL-4, İL- 13 (ELISA, CLB, Amsterdam, Netherlands) ELİSA yöntemi ile değerlendirilmiştir. İgG, İgA, îgM seviyeleri nefelometrik yöntemle ölçüldü (Beckman Array®360 Systems, Beckman, Kaliforniya, USA). Kortizol için Chiron Diagnostics Corp. (ACS 180®, Cedex, Fransa), DHEAS için ise DPC (Immulite®2000 Kaliforniya, ABD) kemilimmünisense kitleri kullanılarak, tetkikler üretici firmaların tarifi üzerine yapıldı. istatistiksel yöntemler olarak, bağımsız örneklerde student's t testi, Mann- Whitney U testi, korelasyon analizi (Spearman) ve multiple regresyon analizleri SPSS 6.0 for Windows 95 kullanılarak yapıldı. Tüm alerjik olgular ele alındıklarında Total İgE düzeyleri alerjili olgularda, kontrol grubunda.bulunan değerlerden anlamlı ölçüde farklı bulunmuştur. Alerjik olgularda ve sağlıklı bireylerin IgG, IgA, İgM ortalamaları karşılaştırıldığında istatistiki anlamlı bir fark gözlenememiştir. Sözü edilen İFN-y, İL-4, İL- 13 sitokinlerinin total İgE ile ilişkilerine bakıldığında İFN-y ve İL-4'ün total İgE ile bir korelasyon göstermediği İL-13'ün ise istatistiki açıdan negatif fakat istatistiki önemi olmayan bir korelasyon gösterdiği bulunmuştur. Bu bulgular Thl ve Th2 kutuplaşması bakımından sitokinlerin total İgE ile ilişkilerine bakılarak değerlendirilmesinin mümkün olmadığı fikrini vermektedir. Bu çalışmada, alerjik olgularda İFN-y kontrol grubuna göre düşmüş iken İL-4 yaklaşık olarak 10 kat ve İL- 13 ise yaklaşık olarak 7 kat artmıştır. Bu veriler, bu iki interlökinin İgE üretimine olan etkilerini in vivo olarak doğrulamıştır. İFN-y ve İL-4 arasında istatistiki açıdan önemli negatif korelasyon in vivo olarak bu çalışmada gösterilmiştir. Bu da Thl ve Th2 lenfosit alt gruplarının kutuplaşmasını açıklayan bir bulgudur. Aynı ilişkinin İFN-y ve ÎL-13 arasında gözlenmemiş olması İL- 13'ün başka hücre grupları tarafından da yoğun olarak salgılanmış olma ihtimalini kuvvetlendirmektedir. Bu çalışmada, hormonlardan DHEA ve kortizol düzeylerinin Thl/Th2 kutuplaşmasını gösteren İL-4, İL- 13 ve ÎFN-y sitokinlerle olan ilişkisi de incelenmiştir. Alerjik olguların tümü DHEA ve kortizol düzeyleri açısında karşılaştırıldığında alerjik olgularda kortizol düzeylerinin arttığı DHEA düzeylerinin ise değişmediği gözlenmiştir. Kortizol düzeylerinin artması Thl hücrelerini baskılayarak Th2 hücrelerin tetiklenmesine yol açabilir ve bu da alerjinin temel bir nedenini oluşturabilir. Diğer taraftan, ürtikerli olgularda serumda total igE düzeyleri kortizol ile istatistiki anlamlı negatif korelasyon göstermiştir. Ancak, bu döngünün tamamlanabilmesi için kortizolün İFN-y ile negatif, İL- 4 ile pozitif korelasyon göstermesi ve sitokinlerin total İgE ile korelasyonlarının tespit edilmesi gerekirdi. Astımlı ve ürtikerli olgular ayrı ayrı ele alındığında, kortizolün arttığı ve DHEA- S04'ün etkilenmediği gözlenmiştir. Alerjik astımlı olgulara bakıldığında, DHEA hormonu artışının İL-13 düzeylerindeki artışlarla istatistiki olarak anlamlı pozitif korelasyon göstermesi, benzer şekilde DHEA'nın Th2 hücre kutuplaşmasına yardım ettiği savını doğrulamaktadır. Ancak ürtikerli olgularda olduğu gibi diğer sitokinler ve İgE arasında korelasyon olmayışı ve İL-4 ve ÎFN-y'nın DHEA düzeylerinden etkilenmemesi, sözü edilen hipotetikal resmi tamamlamamıza imkan vermemektedir. Çalışmada, ürtikerli çocuk hasta grubunda kortizol ve total İgE düzeyleri arasında pozitif anlamlı bir ilişki gözlenmiştir. Aynı ilişki, tüm alerjik olgular veya astımlı olgular istatistiksel olarak ele alındığında bulunamamıştır. Sonuç olarak, bu çalışma alerjide Thl ve Th2 kutuplaşmasına in vivo olarak bir ışık tutabilmek için yapılmıştır. Bu çalışmalar temelinde, ÎL-4 ve ÎL-13 üretiminin baskılanması veya antikorlarla bloke edilmesi veya İFN-y uygulanması ile Thl baskınlığının temini yoluyla Th2 populasyonunun ve dolayısıyla salgıladıkları sitokinlerin düzeylerinin düşürülmesi gelecekte Tip I alerjilerin tedavisinde önemli bir yer alabilir.

Hepatit B virüsü HBcAg geninin klonlanması ve ökaryotik hücrelerde açıklanması

1. ÖZET Bu çalışmada, hepatit B virüsünün kor antijeni (HBcAg) geninin Escherichia coli (E. coli)' de klonlanması ve HBcAg proteinin ökaryotik hücrelerde açıklatılması rapor edilmiştir. Çalışmada, öncelikle, HBcAg geni, hepatit B virüsle infekte hasta serumundan izole edilen DNA' dan polimeraz zincir tepkimesiyle (PCR) çoğaltıldı ve pUC19 plazmitine yerleştirildi, Elde edilen rekombinant plazmit (pHBc-1) E. coli hücrelerinin transformasyonunda kullanıldı. pHBc-1 plazmiti içindeki HBcAg gerıinin varlığı PCR ve enzim sindirme deneyleri ile doğrulandı. Daha sonra, rekombinant plazmit klonlanndan EcoKL ve Hindül restriksiyon enzimleriyle uzaklaştınlan HBcAg geni, ökaryotik eksprasyon plazmiti olan, pcDNA3 içine yerleştirildi. Oluşturulan rekombinant plazmit, pcDNA-HBc, içindeki HBcAg geninin varlığı yine restriksiyon enzim sindirimi deneyi ile test edildi. Daha sonra, pcDNA-HBc, ökaryotik Vero hücrelerine transfekte edildi ve pcDNA-HBc plazmitini istikrarlı bir şekilde taşıyan hücre hatları, Vero-HBc, genetisin içeren kültür vasatında seçildi. Vero-HBc hücrelerinde HBcAg proteinin açıklanması Western Immunoblot deneyi ile test edildi. Immunoblotlamada Vero-HBc hücrelerinde 21 kilodalton (kDa) büyüklüğünde HBcAg proteini belirlendi. Sonuç olarak, bu çalışmada günümüzün en ciddi sağlık sorunlarından birini oluşturan hepatit B virüsün kor antijenini şifreleyen gen klonlanarak ökaryotik hücrelerde açıklatılmıştır. Bir viral proteini şifreleyen genin izolasyonundan eksprâsyöriunâ kadar olan aşamaları içeren çalışma, bu alanda ülkemizdeki ilklerden birini temsil etmektedir.

Hepatit B virüsünün HBsAg geninin polimeraz zincir reaksiyonu yöntemiyle gösterilmesi

1. ÖZET Bu çalışmada, Hepatit B virüsünün (HBV) yüzey antijeni geni (HBsAg), polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) yöntemiyle çoğaltıldı ve bir ekspresyon vektörü içine klonlandı. Öncelikle kronik HBV'li bir hastanın serumundan HBV DNA'sı elde edildi. Daha sonra, HBsAg geni pcDNA3.1/V5 His-TOPO vektörü içine yerleştirildi. Elde edilen rekombinant plazmit E.coli hücrelerinin transformasyonunda kullanıldı. Vektör içindeki HBsAg geninin varlığı polimeraz zincir reaksiyonu tarama deneyi (PZR-T) ile tespit edildi. Ayrıca, aynı amaç için restriksiyon enzim kesim deneyi yapıldı. Böylece HBV'nin HBsAg geni bir ekspresyon vektörü içine yerleştirildi. Rekombinant vektör, ilerde DNA immünizasyonu ve ELISA yapımı gibi farklı çalışmalar için kullanılabilecektir. Anahtar Kelimeler: Hepatit B virüsü, polimeraz zincir reaksiyonu, klonlama.

Mycobacterium türlerinin hsp65 ve gyrB gen bölgelerinin dizi analizi ile tanımlanması

Latent tüberküloz infeksiyonunun tanısında tüberkülin deri testi ile spesifik T hücre temelli bir test olan T-spot? .TB yönteminin karşılaştırılması

ÖZETTüberküloz infeksiyonun epidemiyolojisinde, LTBI' nun önemi çok büyüktür çünküLTBI' luların yaklaşık %10'unda hayatlarının bir döneminde aktif tüberküloz hastalığıgelişmektedir. Ancak; LTBI' nun tanısında, yüzyılı aşkın bir süredir kayda değer bir gelişmemeydana gelmemiştir. Tanıda duyarlılığı, özgüllüğü ve yorumlanması halen daha tartışmalıolan TDT kullanılmaktadır. Yakın zamanda tanımlanan, M. tuberculosis'in RD1 genbölgesinde kodlanan spesfik antijenlere karşı oluşan immun yanıt ile ilgili çalışmalarda umutverici sonuçlar elde edilmektedir.Çalışmamızda; RD1 gen bölgesinden elde edilen ESAT-6, CFP-10 proteinlerine karşıimmun yanıtla oluşan IFNγ, ELISPOT yöntemiyle araştırılmıştır. Bu amaçla, ?T-SPOT™.TB? (Oxford İmmunotec Ltd. Oxon/England) ticari kitleri kullanılmıştır. Elde edilensonuçlar aynı deneklere uygulanan TDT sonuçlarıyla kıyaslanmıştır.Çalışmamızda tüberküloz infeksiyonu tanısında, T-SPOT™.TB testinin TDT' denanlamlı olarak, daha duyarlı (%92.9, %78.6) ve özgül (%89.3, %46.4) olduğu saptandı. Riskgruplarında BCG ile TDT arasındaki uyum (%57.4), BCG ile T-SPOT™.TB arasındakiuyumdan (%27.0) daha yüksek bulundu. Testler arasındaki en yüksek uyum, aktif akciğertüberkülozlu olguların bulunduğu Grup 1'de %85.7 (K= 0.681, p<0.001)) olarak saptandı.Grup 3'te her iki testin arasında, düşük oranda (%63.6(K= 0.305, p=0.006)) uyum olmasınarağmen, Grup 2'den (%53.6 (K= 0.011, p>0.05)) anlamlı olarak daha yüksek olaraksaptandı.Sonuç olarak; ülkemizde olduğu gibi aşılamanın rutin olarak yapıldığı ülkelerde; TDTile birlikte ve/veya TDT' nin doğrulanması amacıyla uygulanabileceği, yüksek riskgruplarında TDT ile BCG arasındaki pozitif uyumun (%41.0) yüksek olması nedeniyle, T-SPOT™.TB testinin yapılmasının uygun olacağı, klinik olarak tüberküloz düşünülen ancakdirek mikrobiyolojik yöntemlerle (Direkt mikroskobi, kültür) tanı konulamayan vakalardayüksek duyarlılığı ve özgüllüğü nedeniyle tanıda faydalanılabileceği, düşünülmüştür.38

Kan kültüründe üreyen gram pozitif koklarda identifikasyon, mecA ve van genlerinin hızlı yöntemle belirlenmesi

Septisemik hastaların kan kültürlerinden bakteriyel izolatların tespiti diagnostik mikrobiyolojide hasta morbidite ve mortalitesi açısından önemli bir role sahiptir. Hastalardaki bakteriyel patojenlerin hızlı rapor edilmesinin sonuçlar ve hastane maliyetleri açısından pozitif etkisi önceden ifade edilmiştirŞu an kullandığımız otomatize kan kültür sistemleri bakterilerin tespit edilme zamanını kısaltmıştır. Ancak bununla birlikte optimum tedaviye yönlenmek için hızlı identifikasyon sistemleri gerekmektedirGenotype teknolojisi biotinlenmiş primerlerle DNA'nın multiplex amplifikasyonunu takiben membrana bağlı problar kullanılarak hibridizasyona dayalı, sepsisin hızlı tanısı için kullanılan hızlı bir genetik testtir. Çalışmamızda yeni Genotype® BC grampositive test kitleri (Hain Life Science, Germany) kullanılmıştır. Bu test 17 Gram pozitif bakteri türünün identifikasyonu yapmakta, aynı zamanda metisilin ve vankomisin direncini (mecA ve van genleri) belirleyebilmektedir. Vankomisin direncini kodlayan genler olan vanA, vanB, vanC1 ve vanC2/C3 genleri metisilin direncini kodlayan gen olan mecA geninde olduğu kadar iyi bir şekilde ve aynı basamakta tespit edilebilmektedirÇalışma BACTECTM Plus kan kültür şişeleri (aerobic ve pediatrik ) kullanılarak pozitif olan 55 kan kültüründe yapılmıştır. ilk olarak Gram boyama yapıldı ve Gram pozitif kok morfolojisi görülen şişelerden Genotype®BC grampositive test ile identifikasyon, aynı zamanda örneklerin subkültürleri yapılarak PHOENIX PMIC/ID Panel (Becton Dickinson Diagnostic Instrument Systems, Spark, Md, USA ) ile identifikasyon ve antibiyotik duyarlılıkları belirlenmiştir. Operasyon prosedürü gayet kolaydır ve küçük bir miktar başlangıç materyali gerektirmektedir (15 ?l kan kültürü). Sonuçlar mikroskobik analizden 4.5 saat sonra değerlendirilebilmiştir. Sonuçlar PHOENIX otomatize sistemindeki sonuçlarla karşılaştırıldığında genel olarak doğru bulunmuştur. İki Staphylococcus saprophyticus izolatı strip üzerindeki spesifik probların eksikliğinden dolayı identifiye edilememiştir. Ayrıca 5 örnekte otomatize sistemle tespit edilemeyen polimikrobiyal infeksiyonlar bu testle identifiye edilebilmektedir. Polimikrobiyal infeksiyonların tespitinde bu test üstün bulunmuştur. vanA geni taşıyan bir Enterococcus faecium izolatı bu testle doğru bir şekilde ayırt edilebilmiştirBu çalışma BACTEC kan kültür şişelerinden Genotype®BC grampositive test ile ilk değerlendirmeyi sağlamaktadır. Sonuç olarak değerlendirilen GenoType kan kültür testi, direk olarak pozitif kan kültür şişelerinden, en önemli Gram pozitif sepsis patojenlerini, mecA ve van genlerini hızlı ve güvenilir bir şekilde tespit ettiği ispat edilmiştir. Sonuçlarımıza dayanarak sepsis düşünülen hastalarda DNA strip teknolojisine dayalı bu testin kolay bir şekilde rutin tanıda kullanılabileceği kanısına vardık.

Mikrobiyoloji laboratuvarında izole edilen maya mantarlarının Vıtek 2 Compact System ile identifikasyonu ve antifungal duyarlılıklarının tespiti

Maya mantarları doğada yaygın olarak bulunurlar. İnsanlarda fırsatçı patojen olarak karşımıza çıkan maya mantarları arasından Candida türlerine sıklıkla rastlanmaktadır. Cryptococcoceae ailesi içinde yer alan Candida türleri vücutta gastrointestinal sistem başta olmak üzere mukokutanöz membranlarda bulunurlar. İmmün sistemi ya da anatomik engelleri yetersiz kılan durumlar, invaziv girişimler, sitotoksik kemoterapi gibi durumlar fırsatçı mikozların sıklığını arttırmıştır. Buna bağlı olarak ampirik antifungal tedavi uygulamalarının artmasıyla diençli Non-albicans türleri ortaya çıkmıştır. Bütün bunlar mayaların identifikasyon ve duyarlılık testlerinin önemini ortaya çıkarmıştır.İdentifikasyon ve duyarlılık tespitini otomatize olarak yapan VITEK 2 compact system konvansiyonel yöntemlere göre kullanım kolaylığı olan, kısa zamanda sonuç veren ve daha az ekipman gerektiren bir sitemdir. Çalışmamızda kullandığımız VITEK 2 compact system ile izole ettiğimiz 129 maya mantarının identifikasyon sonuçlarına göre türlerin %48.06 'sı C.albicans idi. En sık olarak tespit edilen C.albicans dışındaki türlerin %17.82'si C.glabrata, %11.62'si C.tropicalis, %7.75'i C.parapsilosis, %6.20'si C.kefry, %3.10'u C.lipolytica, %3.10'u C.dupliniensis ve %2.32'si C.krusei olarak tespit edildi. Tespit edilen antifungal duyarlılık durumlarına göre, Flukonazol' e %3.87 direnç, Vorikonazol'e %0.775 ve Amfoterisin B'ye %0.775 direnç tespit edilmiştir. Flusitozin %100 duyarlı bulunmuştur.Çalışma sonuçları literatürlerle uyumlu olup hastanemizdeki tür dağılımı ve direnç oranları konusunda fikir vermiştir. İdentifikasyon ve antifungal duyarlılık sonuçlarının tespiti sayesinde ülke ekonomisi ve üniversite kaynaklarının etkin ve sağlıklı kullanılmasına yardımcı olabileceği öngörülmektedir.

Tüberküloz tanısında LED floresan mikroskop yöntemi ve Ziehl-Neelsen yönteminin karşılaştırılması

Bu çalışmada Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji Laboratuvarına direk mikroskopi ve kültür işlemleri için gönderilen 758 klinik örnek alınmıştır. Bu örnekler EZN boyama yöntemi, Auramin-O boyama yöntemi, BACTEC MGIT sıvı besiyeri kültür sistemi ve Löwenstein-Jensen katı besiyeri kültür yöntemi ile çalışılmış; aside dirençli basilleri saptamada bu testlerin etkinliği araştırılmıştır. Çalışmada fluorokrom yöntem olarak tek bir aparat ile ışık mikroskobuna uygulanabilen LED-FM kullanılmıştır. İncelenen 758 klinik örneğin 102'si (%13.4) kültür pozitif olarak değerlendirilmiş ve bunun 50'si (%49) EZN ile, 66'sı (%64.7) Auramin-O ile pozitif olarak tespit edilmiştir. EZN yöntemi ile pozitif olarak bulunan 1 örnek, Auramin-O ile pozitif bulunan 24 örnek kültür negatif olarak belirlenmiştir. Boyama yöntemlerinin kültür yöntemleri referans test alınarak yapılan karşılaştırılmada, EZN boyama yöntemi için duyarlılık, özgüllük, pozitif prediktif değer ve negatif prediktif değer sırasıyla %49.02, %99.85, %98.08, % 92.64 olarak saptanmıştır. Auramin-O için duyarlılık, özgüllük, pozitif prediktif değer ve negatif prediktif değer sırasıyla %64.7, %96.3, %73.33, % 94.6 olarak saptanmıştır. Çalışmada LED-FM yönteminin EZN yöntemine göre sensitivitesi yüksek, spesifitesi düşük olarak değerlendirilmiştir. Sonuç olarak LED-FM, yüksek sensitivitesinden dolayı iş yükü fazla olan laboratuvarlarda EZN'ye alternatif olarak kullanılabilir ve aside dirençli basil şüphesi olan preparatların EZN ile doğrulanması gerekir. Anahtar sözcükler: Erlich-Ziehl-Neelsen, Auramin-O, LED-FM, MGIT, Löwenstein-Jensen.

Tüberküloz tanısında Erlich Ziehl-Neelsen, fluorokrom boyama yöntemleri ile Bactec ve Lowenstein-Jensen kültür yöntemlerinin sonuçlarının değerlendirilmesi

ÖZET Bu çalışmada 340 klinik örnek, tüberküloz yönünden Ziehl-Neelsen, fluorokrom boyama ve Bactec, Lowenstein-Jensen kültür yöntemleri ile incelenmiş ve fluorokrom yönteminin tanıdaki değeri araştırılmıştır. incelenen 340 klinik örneğin 34'ünden (%10) pozitif kültür sonucu alınmış ve 34 kültür pozitif örneğin 13'ü (%3,8) Ziehl-Neelsen ile; 18'i (%5.3) fluorokrom boyama yöntemi ile pozitif olarak bulunmuştur. Uygulanan NAP idantifikasyon deneyi sonucunda 34 susun 32 'si (94.1) M. tuberculosis kompleks, 2'si (%5.9) MOTT basilleri olarak tanımlanmıştır. İzole edilen 32 M. tuberculosis complex susunun streptomisin, INH, rifampin ve etambutole duyarlılıkları Bactec sistemi ile değerlendirilmiştir. Bu suşlann 4'ü (%12.5) streptomisine dirençli, 9'u (%28.1) INH'a dirençli,7'si (%21.8)rifampine dirençli 6'sı (%18.7) etambutole dirençli olarak bulunmuştur. Total ilaç direnci %43.7 olarak bulunmuştur.6 suş (%18.7) bir ilaca, 5 suş (% 15.6) iki ilaca, 2 suş (%6.2) üç ilaca ve 1suş (%3.1) dört ilaca dirençli bulunmuştur. 64

İnvitro Fe+2 (demir) sınırlandırılmasının bazı bakterilerin (S.aureus, S. epidermitis, E.coli, P.aeruginosa) üremeleri ve antibiyotik duyarlılıkları üzerine etkisi

Çalışmada S.aureııs, S.epidermidis, E.coli ve P. aeruginosa bakterilerinin değişik klinik materyallerden izole edilen 3 6' şar adet susu kullanıldı. Bu suşlarm EDDHA katılarak demir kısıtlanması oluşturulan MHA ile standart MHA'lı ortamın antibiyotikler üzerinde etkisini izlemek amacıyla zon çaplan istatistiksel olarak değerlendirildi. Çalışmamızda içerisine 50 ug/ml EDDHA ekleyerek demir sınırlanması yaratılan MHA ile standart MHA besiyerinde bakterilerin antibiyotiklerle olan etkileşimlerini inceledik. S.aureııs ve S.epidermidis için meropenem (10 ug), imipenem (10 ug), ceftriaxone (30 ug), piperacillin /tazobactam (75/10 ug), levofloxacin (5 ug) diskleri kullanıldı. E.coli ve P.aeruginosa için meropenem (10 ug), imipenem (10 ug), ceftriaxone (30 ug), piperacillin/tazobactam (75/10 ug), ofloxacin (10 ug) diskleri kullanıldı. S.aureus suşlannm imipenem, piperacillin/tazobactam ve levofloksasin için antibiyotik zon çaplan arasındaki fark istatistiksel olarak anlamlı bulunmuş, ceftriaxone ve meropenem için zon çaplan arasında farklılık olmadığı görülmüştür. S.epidermidis suşlannın meropenem, imipenem, ceftriaxone, piperacillin/tazobactam ve levofloksasin için antibiyotik zon çaplanndaki fark istatistiksel olarak önemli bulunmuştur. E.coli suşlannm ceftriaxone, piperacillin/tazobactam için istatistiksel olarak antibiyotik zon çaplan arasındaki fark önemli bulunmuş, meropenem, imipenem ve ofloxacin için ise antibiyotik zon çaplan arasında farklılık olmadığı görülmüştür. P, aeruginosa suşlannın karbapenem grubu antibiyotiklerden meropenem ve imipenem İçin istatistiksel olarak önemli bulunmuş, ceftriaxone, piperacillin/tazobactam, ofloxacin için ise antibiyotik zon çaplan arasında farklılık olmadığı görülmüştür.

Bactec kan kültür sistemi ile izole edilen aerop bakterilerin identifikasyonu ve antibiyotik duyarlılık sonuçlarının değerlendirilmesi

Bu çalışmada Mayıs 2003-Nisan 2004 tarihleri arasında Dicle Üniversitesi Merkez Laboratuvarı'na gelen kan kültürlerinin BACTEC 9050(Becton Dickinson ,Sparks, MD, USA) sistemi ile değerlendirilmesi amaçlandı.Üreyen aerop bakterilerin antibiyotik duyarlılıkları ve identifikasyonları Sceptor (Becton Dickinson ,Sparks, MD, USA) mikrodilüsyon sistemi ile yapıldı. Toplam 1366 kan kültür örneğinin 958'inde (%70.14) üreme olmazken,408'inde (%29.86) üreme saptandı. Üreyen etkenlerin %75.00'i gram-pozitif bakteri, %17.40'ı gram-negatif bakteri, %4.65'i maya ve %2.95'i kontaminasyon olarak kabul edildi. Gram-pozitif bakteriler içerisinde en sık olarak koagülaz negatif stafilokoklar (%74.50) ve S.aureus (% 17.64) izole edildi. S.aureus suşlarının %46'sı , koagülaz negatif stafilokok türlerinin ise %72'si metisiline dirençli olarak bulundu.Vankomisin ve teikoplanin stafilokoklar için en etkili antibiyotikler olarak saptandı. Gram-negatif mikroorganizmalar içerisinde ise E.coli (% 25.35) ,Klebsiella spp. (% 23.94) ve Acinetobacter spp. (%14.08) en sık olarak izole edilen etkenlerdir.Amikasin ve imipenem gram-negatif bakteriler için en etkili antibiyotikler olarak bulunurken , ampisilline karşı yüksek oranda direnç saptandı.

Koyun atık fetuslarından Campylobacter Spp. izolasyonu-identifikasyonu ve antibiyotiklere olan direnci

Bu çalışmada, Diyarbakır ve çevresinden temin edilen atık koyun fetuslarından Campylobacter spp.'nin izolasyonu ve identifikasyonu amaçlandı. Bakterinin izolasyonu için konvansiyonel yöntemler kullanıldı, izole edilen suşların identifikasyonu için ise bakterinin biyokimyasal, üreme ve tolerans özelliklerinden faydalanıldı. 25 farklı yerleşim biriminden getirilen 100 koyun atık fetusunun 10 adetinde (%10) Campylobacter spp. izole edildi. Bulunan mikroorganizmaların 7'si C. fetus subsp. fetus, 3'ü C. jejuni olarak identifiye edildi. Identifiye edilen suşlar üzerinde yapılan antibiyotik duyarlılık testlerinde tüm suşlar penisiline dirençli bulunurken, 9 suş streptomisine orta derecede duyarlı, 8 suş tetrasikline orta derecede duyarlı ve gentamisin ile neomisine duyarlı, 7 suş eritromisine duyarlı, tüm suşlar ise %100 oranında enrofloksasine duyarlı bulundu. Anahtar Kelimeler: Koyun, Atık, Campylobacter spp., Antibiyotik direnci.

Rose-bengal testi (+), serum tüp aglütinasyon testi (-) ve coombs testi (-) olan ve klinik olarak bruselloz şüpheli hastaların serumunda brucella DNA'nın real time PCR yöntemiyle aranması

ÖZETBrucella cinsi bakterilerin etkeni olduğu bruselloz; dünyada önemli halk sağlığıproblemi oluşturmaktadır. Hastalığın ciddiyeti ve insanlar için uygun aşının yokluğundandolayı biyoterörizm ajanı olarak kullanılabilmektedir.Brusellozda genel infeksiyon belirtilerinin yanında özgül klinik belirtilerininolmamasından dolayı laboratuvar tanı yöntemleri ön plana çıkmıştır. Bruselloz tanısında;mikroorganizmanın izolasyonundaki güçlüklerden dolayı serolojik yöntemlerden daha fazlayararlanılmaktadır. Serolojik testlerde endemik bölgelerde yaşayan sağlıklı kişilerde depozitiflik görülebilmekte ve ayrıca 1/20 ve 1/160 arasındaki titreleri yorumlamak güçolmaktadır. Ancak son yıllarda moleküler yöntemler hastalığın tanısında yaygın olarakkullanılmaya başlanmıştır.Bu çalışmada; Dicle üniversitesi Tıp Fakültesi klinik ve polikliniklerden brusellozön tanısı ile Merkez Laboratuvarına gönderilen hasta serum örneklerinden, Rose Bengal testipozitif, Standart Tüp Aglütinasyon testi titresi 1/160'tan düşük ve Coombs testi negatifolanlarda, Brucella DNA'nın real time PCR yöntemiyle aranması amaçlandı.Çalışmaya alınan RBT pozitif olan toplam 90 serum örneğinin 21 tanesi (%23.3)1/20 titrede, 41 tanesi (%45.5) 1/40 titrede ve 28 tanesi de (%31.1) 1/80 titrede pozitifbulunmuştur. real time PCR ile 90 serum örneğinde yapılan çalışmada ise 3 hastada (%3.3)Brucella DNA pozitif bulundu. Çalışmamızda saptadığımız pozitif PCR sonuçlarının;bölgemizde sık rastladığımız kronik veya tam tedavi görmemiş hastalara ait serumlarolduğunu düşünmekteyiz.40PCR testinin; duyarlılığının yüksek olması, hızlı olması, herhangi bir vücutdokusunda uygulanabilmesi, bulaştan 10 gün sonra bile pozitif sonuç vermesi, laboratuvardapersonele bulaş riskinin diğer yöntemlere göre az olmasından dolayı, yöntemin çalışmasındatam bir standardizasyon sağlandıktan sonra rutin laboratuvar tanısında kullanılması önemli birgelişme olarak kabul edilmektedir.41

İçme suyu pompalarında Escherichia coli'nin oluşturduğu biyofilm yapısının incelenmesi ve oluşmasının önlenmesi

Hücrelerin birbirlerine, canlı veya cansız yüzeylere yapışarak oluşturdukları mikroorganizma kümesine biyofilm denmektedir. Koli basili olarak bilinen Escherichia coli, memeli hayvanların kalın bağırsak florasını oluşturan bakteriler arasında yer almakla birlikte birçok hastalığa da sebep olmaktadır. Su arıtım tesislerinde E.coli su kirliliğinin "göstergeci" olarak kullanılmaktadır. Canlı ve cansız yüzeylerde biyofilm oluşturma yeteneğine sahiptir. Oluşturduğu biyofilm yapısıyla zorlu çevre koşullarına, antibiyotiklere ve dezenfektanlara dirençli hale gelir. Böylece hastalık oluşturma riski artmaktadır.Çalışmamızda, toplumda içme suyu olarak sıkça kullanılan damacanalardaki pompaların yüzeyinde deneysel olarak oluşturulan E.coli'nin biyofilm yapısı, taramalı elektron mikroskobu (TEM) ve kristal viyole ile boyama yöntemi kullanılarak birinci, dördüncü ve yedinci günlerde incelendi. Ayrıca halk sağlığını tehdit eden biyofilm yapısının giderimi için mekanik ve kimyasal dezenfeksiyon yöntemlerinin etkileri araştırıldı. Örnekler (n: 192) iki grupta incelendi. Doksan altı adet örnek sadece kimyasal olarak sodyum hipoklorit solüsyonu (n:48, 500 ppm ve n:48, 5000 ppm) ile dezenfekte edildi. Diğer 96 adet örnek ise önce mekanik olarak fırçalanıp daha sonra kimyasal olarak sodyum hipoklorit solüsyonu (n:48, 500 ppm ve n:48, 5000 ppm) ile dezenfekte edildi. Tüm örnekler; birinci ve dördüncü gün, taramalı elektron mikroskobu ve kristal viyole ile boyama yöntemi kullanılarak incelendi. Elde edilen sonuçlar istatistiksel olarak karşılaştırıldı.Sonuç olarak, E.coli'nin birinci gün biyofilm yapısını oluşturmaya başladığı, dördüncü gün en yoğun biyofilm yapısını oluşturduğu, yedinci gün yoğunluğun giderek azaldığı saptandı. Dezenfeksiyon uygulandığında ise, hem sadece kimyasal dezenfeksiyon uygulanan, hem de fiziksel ve kimyasal dezenfeksiyonun birlikte uygulandığı örneklerde bakteri saptanmadı. Ayrıca sodyum hipokloridin 500 ppm ve 5000 ppm'lik konsantrasyonları arasında da fark gözlenmedi. Bu sonuçlar ışığında, içme suyu damacanalarındaki su pompalarının dezenfeksiyonu için sodyum hipokloridin 500 ppm (%0,05)'lik konsantrasyonunun dört günde bir 20 dakika uygulanması önerilmektedir.

Hepatit C virüs zarf glikoproteininin saflaştırılarak elde edilmesi

Hepatit C Virüsü (HCV) enfeksiyonu önemli bir halk sağlığı sorunudur. HCV kronikleşmeye eğilim gösterir ve ilerleyen dönemde siroz ile hepatosellüler karsinoma gibi ağır klinik tablolar gelişebilir. Virüs populasyonunun türümsü oluşumuna yatkın doğası sayesinde konak bağışık yanıtından kaçabilen varyantların seçilmesi kronik enfeksiyona gidişin göstergelerinden biridir. Zarf glikoproteinlerinin (E1 ve E2) sürekli şeçilim baskısı altında olması antikor yanıtından kaçabilen seçilmiş viral varyantların ortaya çıkmasıyla sonuçlanır. E1 proteini, hedef hücrelere virüsün bağlanması ve girişi yanı sıra konak immün yanıtının modülasyonunda da önemli rol oynar. Bu çalışmada, genotip 1b'ye ait bir HCV E1 molekülünün klonlanması ve prokaryotik sistemde ifade ettirilmesini raporladık.HCV E1 proteininin E. coli içinde ifadesi için, 1b genotipindeki bir klinik izolattan tam uzunlukta ve C-terminali kesilmiş E1 dizileri PZT yoluyla amplifiye edilmiştir. Elde edilen ürünler pQE30 vektörüne takılıp klonlandıktan sonra His-etiketlenmiş proteinler olarak E. coli içinde ifade edilmiştir. E1 proteinleri SDS-PAGE ile karakterize edildikten sonra proteinlerin immün reaktivitesi anti-HCV pozitif serum örnekleri kullanarak Western Blot (WB) analizi ile değerlendirilmiştir. Tam uzunlukta ve kesilmiş C-terminal E1 hexa-histidin-etiketli rekombinant füzyon proteinleri olarak prokaryotik sistemde başarıyla ifade edilmiştir. Rekombinant E1 proteinlerinde, HCV ile enfekte hastaların poliklonal serumLarı kullanılarak immünolojik reaksiyon belirlenmiştir.Tam uzunlukta viral zarf proteinlerinin prokaryotik ifadesi zor olabilir. Bu çalışmada Türkiye'de ilk kez, immünolojik reaktif olan tam uzunlukta ve kesilmiş E1 proteinlerin başarılı ifadesi raporlanmıştır. Bu çalışmada elde edilen rE1 proteinleri tanısal ve immünolojik ileri çalışmalarda önemli araçlardan olabilir.Anahtar kelimeler : HCV zarf proteini 1; Rekombinant proteinler; Escherichia coli

Kan dışı örneklerde hepatit C virus RNA'sının araştırılması

Hepatit C virus (HCV) enfeksiyonu kronik hepatit, karaciğer sirozu ve hepatoselüler karsinomun en önemli nedenlerinden biridir. Hepatit C, yüksek oranda (%70-80) kronikleşen ve yıllarca asemptomatik seyreden bir enfeksiyondur.Kronik hepatit C enfeksiyonunda patogenez ve interferon+ribavirin tedavisinde yanıtsızlığa yol açan etkenler net olarak ortaya konamamıştır. Ekstrahepatik hepatit C virusu (HCV) replikasyonun bulaşmada, bağışık yanıttan kaçışta ve tedavi başarısızlğında yol oynayabileceğine ilişkin çelişkili veriler bulunmaktadır. Bu alandaki verilere katkı yapmak amacı ile planlanan çalışmada, kronik HCV hastalarından alınan farklı örneklerde (idrar, tükürük, dışkı), HCV RNA varlığı araştırıldı, pozitif bulunması durumunda kantitasyon ve HCV genotipi açısından aynı hastaya ait plazma örneğinden elde edilen sonuçlar ile karşılaştırıldı. Araştırmanın hipotezi; Hepatit C ile enfekte hastalarda vücudun farklı kompartmanlarında Hepatit C virusunun bulunduğu ve bu kompartmanlardaki viral yükler arasında bir fark olmadığıdır.On beş adet kronik hepatit C enfeksiyonu olan kişiden alınan plazma, tükürük, idrar ve dışkı örnekleri kantitatif izlenebilir (?real-time?) ters transkriptaz polimeraz zincir tepkimesi (RT-PZT) yöntemi kullanılarak HCV RNA açısından incelendi. Nükleik asit ekstraksiyonu QIAamp® Viral RNA Mini Kit (Qiagen, Almanya) ile yapıldı. Plazma dışı örneklerde farklı modifikasyonlar ile duyarlılığı en iyi yöntem araştırıldı. RT-PZT işlemi artus HCV RG RT-PCR Kit (Qiagen, Almanya) kullanılarak, Rotor-Gene 3000 (Corbett Research, Avusturalya) cihazında gerçekleştirildi. Aynı hastaya ait olan plazma ve plazma dışı örneklerde pozitiflik saptanması durumunda, restriksiyon enzim analizi yöntemi kullanılarak viral genotip belirlendi.İncelenen on beş hasta plazmasından on tanesinde HCV RNA pozitif olarak saptandı. Plazmasında viral RNA saptanan hastalardan birinde tükürük, birinde idrar ve bir diğerinde dışkı örneğinde plazma viral yüküne eşdeğer veya daha düşük miktarda HCV RNA saptandı. Plazma örneklerindeki virus, genotip 1 olarak belirlendi. Tükürük, idrar ve dışkı örneklerinin genotiplendirmesi düşük virus miktarı nedeniyle gerçekleştirilemedi. Sonuç olarak, HCV RNA serum dışındaki örneklerde de bulunmakta ve saptanabilmektedir.Anahtar Kelimeler: Hepatit C Virusu, Polimeraz Zincir Tepkimesi, Genotipleme

Türkiye Batı bölgelerinde hantavirus araştırılması: Trakya bölgesi kemiricilerinde hantavirus varlığının polimeraz zincir tepkimesi ile araştırılması

Hantaviruslar, üç segmentli genomları negatif iplikli olan RNA viruslarıdır. İnsanlarda iki önemli sendroma sebep olurlar. Birincisi Asya ve Avrupa? da görülen renal sendromlu kanamalı ateş (HFRS), diğeri ise Amerika? da hantavirus pulmoner sendromudur (HPS). Hantaviruslar, kemirici türleri tarafından taşınırlar ve her bir kemirici türü bir hantavirus türüne spesifiktir. Hantavirus tanısı için serolojik ve moleküler yöntemler kullanılır. Serolojik yöntemlerde en çok; IFAT, ELISA, Fokus Redüksiyon Nötralizasyon Testi ve Strip İmmunoblot yöntemi kullanılırken epidemiyolojik çalışmalarda ise IFAT ve ELISA özellikle yüksek aviditedeki IgG antikorlarını tespit etmeye yönelik kullanılır. Moleküler yöntemler ise hantavirus enfeksiyonlarının 12 ile 24 saat içinde ölüme gidebilen tablosundan ötürü hızlı tanıda önem kazanmaktadır. İnsan ve rodent doku örneklerindeki viral RNA? nın düşük seviyelerde bulunmasından ötürü, yüksek homolojiye sahip bölgeler için seçilmiş primerler kullanılarak gerçekleştirilen yuvalanmış ters transkripsiyon polimeraz zincir tepkimesine (nested-RT-PCR) gerek duyulmaktadır. Bu çalışmada, Trakya Bölgesi? nden toplanan kemiriciler optimize ettiğimiz yuvalanmış-RT-PCR yöntemi kullanılarak Dobrava, Saarema ve Puumala virüs varlığı açısından taranmıştır. Optimizasyon çalışması öncesi her üç türe özgü öncüller tasarlanmış ve sentezlettirilmiştir. Rodent dokuları ekstraksiyon kiti üreticisinin talimatlarına göre RNA ekstraksiyon işlemine tabi tutulmuş ve RNA? lardan cDNA sentezlettirilerek, sentezlenen cDNA?lar PZT ile taranmasına kadar -80 0C? de saklanmışlardır. PZT tepkimesinin yuvalı olmasına literatürler ışığında karar verilmiş ve Dobrava virüs için sırasıyla MgCl2 konsantrasyonu, cDNA konsantrasyonu, DMSO konsantrasyonu, öncül konsantrasyonu, ürün konsantrasyonu ve Tm optimizasyonu yapılmış ve bu koşullar Saaremaa ve Puumala için de denenerek üç virüs için de yöntem optimizasyonu oturtulmuştur. Daha sonra ise dokulardan ekstrakte edilen RNA? lardan elde edilen cDNA?lar üç virusun varlığı açısından ayrı ayrı taranmıştır. Tarama sonucunda üç serotip için de pozitif sonuç bulunamamıştır. Bu çalışmada optimize edilen PZT yöntemi, tanısal ve immünolojik ileriki çalışmalarda da kullanılabilir. Anahtar Kelimeler: Hantavirus, nested RT-PCR, optimizasyon

Hastane infeksiyonu etkeni olan metisilin dirençli staphylococcus aureus suşlarının antibiyotik hassasiyet testleri, plazmid profil analizi ve polimeraz zincir reaksiyonu ile tiplendirilerek epidemik suşların belirlenmesi

Hepatit C Virusu'na ait rekombinant NS3 proteininin saflaştırılarak oluşturduğu IFN-?, IL-10 ve IL-4 yanıtlarının araştırılması

Dünya çapında yaygın bir infeksiyon etkeni olarak görülen hepatit C virus (HCV) önemli bir halk sağlığı sorunudur. Dünya üzerinde halen yaklaşık olarak 180 milyon insanın HCV ile infekte olduğu öngörülmektedir. İnfekte hastaların %80 kadarının kronikleşmesi ve bunun zemininde zamanla önce siroz daha sonra da hepatoselüler karsinom (HCC) gelişme oranlarının HCV ile infekte olmayan insanlara göre çok yüksek olması dikkat çekicidir. HCV 11 farklı protein ürünü oluşturan yaklaşık 3011 aa'lik tek bir poliproteini kodlar. Bu poli proteinin çeşitli proteazlar tarafından kesilerek işlemlenmesi sonucunda ortaya çıkan NS3 (non-structural protein 3) proteini serin proteaz, NTPaz/helikaz işlevlerine sahip 631aa'lik en büyük proteinlerinden biridir. HCV NS3 proteininin hücre içi yolakların inhibisyonuna katılması ve immun sistemden kaçışta oynadığı rolün araştırılması ile ilgili çok sayıda çalışma bulunmasına karşın NS3'e karşı oluşan immun yanıtlarla ilgili veriler yetersizdir.Bu çalışmada Türkiye'de ilk kez yerel bir HCV kökenine ait NS3 proteininin saflaştırılması ve bu proteinin NS3'e karşı sitokin yanıtı çalışmalarında kullanılabilirliğinin gösterilmesi amaçlanmıştır. Bunun için Dokuz Eylül Üniversitesi Hastanesi Merkez Laboratuvarı'ndan tanısal araştırma amacıyla elde edilmiş HCV genotip 1 taşıdığı bilinen hastadan izole edilen HCV RNA kalıp olarak kullanılmıştır. HCV-RNA'nın NS3 kodlayan bölgesi RT-PZT ile çoğaltıldıktan sonra bir ekspresyon vektörü aracılığı ile klonlanmış ve tam uzunlukta HCV NS3 proteini Escherichia coli M15 hücrelerinde eksprese edilmiştir. Ekspresyon vektörü olarak 6x His-tag dizisi içeren pQE30 plazmiti kullanılmıştır. Rekombinant protein nikel?nitrilotriasetik asit (Ni?NTA) agaroz afinite kromatografisi ile denatüre edici şartlarda saflaştırılmıştır. Sitokin yanıtı çalışmaları için sağlıklı 4 erkek ve 3 kadından oluşan çalışma grubunun tam kan ve periferik kan mononükleer hücreleri rekombinant NS3 ile uyarılmıştır. Uyarılan hücrelerin ve kontrollerin bulunduğu ortam süpernatanlarında IFN?, IL-4, IL-10 sitokin yanıtları kantitatif ELISA yöntemi ile değerlendirilmiştir. Rekombinant NS3 proteinine karşı uyarım sonrası yanıtlar değerlendirildiğinde özellikle uyarılan tam kan örneklerinde belirgin bir IL-10 yanıtı ortaya çıktığı gözlenirken IFN? ve IL-4 için aynı durum gözlenmemiştir. Sonuç olarak şimdiye dek ülkemizde ve uluslar arası literatürde yayınlanmış veriler üzerinde yaptığımız taramalarda ilk kez ülkemizden bir HCV genotip 1b kökenine ait NS3 proteini saflaştırılmış olup sitokin yanıtları ile ilgili optimizasyon ve standardizasyon çalışmaları devam etmektedir.

Diyareli hastalarda campylobacter spp. ve enterohemorajik escherichia coli sıklığının araştırılması

Amaç: Dokuz Eylül Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi ve Behçet Uz Çocuk Hastalıkları Eğitim ve Araştırma Hastanesi mikrobiyoloji laboratuvarlarına diyare öntanısı ile gönderilen dışkı örneklerinde, Campylobacter spp. ve Enterohemorajik Escherichia coli'nin prevalansını belirlemek ve üreyen izolatların antibiyotik duyarlılıklarını incelemektir.Yöntem: Çalışmamızda, Haziran 2007- Mayıs 2008 tarihleri arasında, 775 dışkı örneğinden m CCDA besiyeri ve hipurat hidrolizi testi kullanılarak 85 adet Campylobacter jejuni ve 12 adet Campylobacter coli izole edildi. Moleküler tanımlama için PZR ile Campylobacter spp. 16S rRNA geni ile hipurikaz geni varlığı araştırıldı. Ayrıca, hipurat negatif izolatlar ile hipurat testi pozitif olan 5 izolatın tür tanımlanması ApiCampy ile de doğrulandı. İzolatların antibiyotik duyarlılıklarının saptanması için; E-Test yöntemi ile meropenem, gentamisin, doksisiklin, eritromisin ve siprofloksasin duyarlılıklarına bakıldı. Çalışmanın EHEC izolasyonunu kapsayan ikinci kısmında, akut ishal yakınması ile başvuran ve yapılan dışkı kültürlerinde herhangi bir patojen bakteri (Salmonella, Shigella, Campylobacter vb.) üremediği halde E. coli üremesi olan toplam 171 örnek işleme alındı.Sonuç: Çalışma süresince toplam 97 Campylobacter spp. üretildi ve tanımlama protokolü rutin laboratuara yerleştirildi. C. jejuni'lerde eritromisin ve doksisikline % 11.8, gentamisine % 4.7, siprofloksasine % 51.8 oranında direnç tespit edildi. İzolatların tümü meropeneme duyarlı idi. C. coli izolatlarında ise, meropenem, gentamisin ve doksisikline direnç saptanmazken, eritromisine % 17 ve siprofloksasine % 50 oranında direnç tespit edildi. EHEC saptanmasında; üreyen 171 E. coli'den beş tanesi O:157-H7 antiserumu ile reaksiyon verdi ve Enterohemorajik Escherichia coli olarak adlandırıldı. Escherichia coli'lerin tamamı stx-1 ve stx-2 genleri açısından PZR ile incelendi ve hiçbir suşta stx-1 ve/veya stx-2 geni saptanamadı. Tartışma: Bu verilere göre bölgemizde Enterohemorajik E. coli O:157-H7 serotip dışında diğer serotiplerin diyare etkeni olması sözkonusu olabilir. Bu nedenle, diğer E. coli`nin serotiplerinin de araştırılması uygun olacaktır. Diyare etkenleri arasında önemli bir ajan olduğu anlaşılan Campylobacter spp.'nin laboratuar tanısı bölgemizdeki sıklığı ve antimikrobiyal duyarlılığının tespiti büyük önem taşımaktadır.

Metisiline dirençli Staphylococcus aureus izolatlarının ?Staphylococcal Cassette Chromosome mec?(SCCmec) analizi ile moleküler tiplendirilmesi

Amaç: Staphylococcus aureus, gerek virulans mekanizmaları gerekse antimikrobiyal ajanlara karşı hızla direnç kazanma yeteneğinde olması nedeniyle yaşamı tehdit eden ciddi enfeksiyonlara yol açabilen bir mikroorganizmadır. Metisiline dirençli Staphylococcus aureus (MRSA) suşları birçok ülkede hastane enfeksiyonlarının başlıca sebebidir. MRSA klonlarının sınır tanımadan yayılma özelliğinden dolayı bu klonların genotipik özelliklerinin ve evrimsel gelişiminin, farklı coğrafik bölgelerden izole edilen suşların genetik ve evrimsel ilişkilerinin araştırılması önem kazanmıştır. Bu çalışmada, 2006-2009 yıllarında Dokuz Eylül Üniversitesi, İstanbul Üniversitesi İstanbul Tıp Fakültesi, Marmara Üniversitesi ve Hacettepe Üniversitesi (Çocuk) Hastanelerinde çeşitli klinik örneklerden izole edilmiş MRSA izolatlarının ?Stafilokok Kaset Kromozom mec? (Staphylococcal Casette Chromosome (SCC) mec) tiplerinin belirlenmesi,?Panton-Valentine Lökosidin? (pvl) gen varlığının araştırılması, aynı merkez ve farklı merkezlerdeki moleküler epidemiyolojik ilişkilerin makrorestriksiyon analiz yöntemi ile saptanması amaçlanmıştır.Yöntem: Çalışmaya, Dokuz Eylül Üniversitesi Hastanesi'nden 100 izolat, İstanbul Üniversitesi İstanbul Tıp Fakültesi Hastanesi'nden 21 izolat, Marmara Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi'nden 34 izolat ve Hacettepe Üniversitesi Çocuk Hastanesi'nden 52 izolat olmak üzere, her hastadan tek bir izolat olacak şekilde, toplam 207 izolat dahil edilmiştir. İzolatların identifikasyonu, her merkezin kendi mikrobiyoloji laboratuarlarında yapılmıştır. Tüm izolatların metisilin direnci ?CLSI? (Clinical and Laboratory Standarts Institute) önerilerine uygun olarak merkezimizde tekrar çalışılmıştır. SCCmec tipleri ve PVL varlığı iki farklı multipleks polimeraz zincir tepkimesi (PZT) kullanılarak araştırıldı. İzolatlar arasındaki klonal ilişki ve merkezlerin kendi içlerindeki moleküler epidemiyolojik durumu SmaI enzimi ile restriksiyonu takiben PFGE yöntemi ile belirlenmiştir.Bulgular: Çalışmaya alınan izolatların 1'i (%0.5) SCCmec tip II, 7'si (%3.4) SCCmec tip III, 179' u (%86.5) SCCmec tip III varyantı, 14' ü (% 6.7) SCCmec tip IV ve 6' sı (% 2.9) SCCmec tip IVE olarak saptanmıştır. İzolatların 5'inde (% 2.4) pvl gen varlığı tespit edilmiştir. PVL pozitif suşların tümü tip IV SCCmec elemanı taşımaktadır. Ancak tüm SCCmec tip IV/IVE' lerin tümü pvl geni taşımamaktadır. Tip IV dışındaki diğer SCCmec tiplerinde pvl geni bulunmamıştır. PFGE paternlerine göre izolatların, 13 farklı pulsotipe ayrıldığı saptanmıştır. İzolatların tümü değerlendirildiğinde %87.4' ünün dominant bir klona (A klonuna) ait olduğu belirlenmiştir. Bu durum özellikle SCCmec tip III varyantı taşıyan izolatlar için geçerlidir. Buna karşın, tip IV/IVE SCCmec elemanı taşıyan suşların hiçbirinin bu klona ait olmadığı saptamıştır. SCCmec tip IV/IVE taşıyan izolatların %55'inin K pulsotipi içerisinde yer aldığı belirlenmiştir.Sonuç: Farklı merkezlerden izole edilen MRSA izolatlarının büyük bir çoğunluğunun SCCmec tip III varyantı taşıdığını saptadığımız çalışmamızda, SCCmec tip IV/IVE taşıyan izolatların tespit edilmesi ve bu izolatların sadece bir kısmının pvl geni taşıması çalışmamızın dikkat çekilmesi gereken noktalarıdır. Hastane kökenli MRSA'larda, toplum kökenli MRSA SCCmec tipi olarak bilinen tip IV/IVE SCCmec elemanın bulunması, MRSA epidemiyolojisindeki değişimi yansıtmaktadır. SCCmec tip IV MRSA izolatlarının virülans faktörü olan pvl geninin, izolatların bazılarında tespit edilmemesi de SCCmec tip IV ile PVL arasındaki bağlantının kesinliğinin sorgulanması gerektiğini göstermektedir.

Staphylococcus aureus üzerine Vankomisinin subminimal inhibitör konsantrasyon ve minimal inhibitör konsantrasyonlarda virulansa etkisi

Amaç vankomisinin Staphylococcus aureus ATCC 25923'ün virulansını nasıl etkilediğini gözlemlemektir. Virulans faktörleri değerlendirilirken vankomisinin minimum inhibitör konsantrasyonun (MİK) üst değerleri (supra-MİK), MİK değerleri ve sub-MİK değerlerinde, yumurtalı besiyeriyle lipaz, yağsız süt tozlu besiyeriyle proteaz, %5 koyun kanlı besiyeriyle hemoliz özellikleri incelenmiştir. Tüp koagülaz yöntemiyle salınan koagülaz, lam koagülaz yöntemiyle bağlı koagülaza ve lateks aglutinasyon ile protein A ve kümeleştirici faktörün (?clumping factor?) varlığına bakılmıştır. Biyofilm oluşumu kristal viyole yöntemi ile incelenmiştir.Mikrodilusyon yöntemi ile Staphylococcus aureus ATCC 25923 için vankomisinin en düşük baskılayıcı yoğunluğu (MİK'i, minimal inhibisyon konsantrasyonu) 1µg/ml bulunmuştur. . Proteaz supra-MİK, MİK ve sub-MİK'lerde pozitif gözlenmiştir. Hemoliz supra-MİK, MİK ve sub-MİK'lerde pozitif gözlenmiştir. Lam koagülaz vankomisinin MİK(1µg/ml), %50 MİK (0,5 µg/ml), %25 MİK (0,25 µg/ml) ve %12,5 MİK (0,125 µg/ml) değerlerinde pozitif bulunmuştur. Lateks aglutinasyon %50 MİK (0,5 µg/ml), %25 MİK (0,25 µg/ml) ve %12,5 MİK (0,125 µg/ml) değerlerinde pozitif bulunmuştur. Tüp koagulaz %50 MİK (0,5 µg/ml), %25 MİK (0,25 µg/ml) ve %12,5 MİK (0,125 µg/ml) değerlerinde 2. saatten itibaren pozitif bulunmuştur. Biyofilm %50 MİK (0,5 µg/ml), %25 MİK (0,25 µg/ml) ve %12,5 MİK (0,125 µg/ml) değerlerinde pozitif bulunmuştur.Çalışmamızda, Staphylococcus aureus'un mikroçevre koşullarını oluşturan vankomisinin varlığında, bakterinin davranışlarının (fizyopatolojisinin) değişmediği gözlemlenmiştir. Vankomisinin kullanmanın ?son çare olduğu? klinik durumlarda vankomisin konsantrasyonlarında Staphylococcus aureus' un üremesi, bakteri virülansının etkilenmeyeceğini göstermektedir. Buna bağlı olarak vankomisinin bakterinin davranışlarını genotipik ve fenotipik olarak etkilemediğini söylemek mümkündür.Anahtar kelimeler: Staphylococcus aureus, vankomisin, eksoenzimler, yüzey proteinleri, biyofilm

Capd peritoniti olgularında etkenlerin belirlenmesi

Akdeniz Üniversitesi Tıp Fakültesi hastanesinde yatan hastalardan izole edilen pseudomonas aeruginosa`nın antibyotiklere direnç özellikleri

Hemodiyaliz hastalarında legionella pneumonphila antikorlarının araştırılması

Klinik örneklerden izole edilen enterokok türlerinin identifikasyonu, antibiyotiklere duyarlılıkları, yüksek düzey gentamisis direnç özelliklerinin ve beta laktamoz aktivitelerinin araştırılması

Riskli gebelerde sitomegalovirüs infeksiyonlarının serolojik ve moleküler yöntemlerle araştırılması

Amaç ve Hipotez: Sitomegalovirüs viral intrauterin infeksiyonların en sık sebebidir. Gebelerdeki primer ve rekürren CMV infeksiyonları, anne ve bebeğinde ciddi sonuçlara neden olabileceğinden iyi tanımlanması ve buna göre korunma ve tedavi şekillerinin belirlenmesi önem taşımaktadır. Bu çalışmada riskli gebelerde sitomegalovirüs IgG ve IgM antikorlarının seropozitiflik oranlarını belirlemek ve amniyon sıvısında CMV-DNA varlığını tespit etmek amaçlanmıştır.Yöntem: Bu çalışma Mart 2006-Aralık 2008 tarihleri arasında Adnan Menderes Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı laboratuvarında yapılmıştır. Çeşitli obstetrik nedenlerden dolayı amniyosentez yapılan 100 gebenin kan ve amniyon sıvı örnekleri incelenmiştir. Kan örneklerinde CMV IgG ve IgM antikorlarının varlığı CMV IgM ?-capture ve IgG ELISA (Meddens Diagnostics BV) testi ile, avidite indeksi, CMV IgG avidite ELISA (Radim SpA, Pomezia-Roma-İtalya) testi ile araştırılmıştır. Gebeler CMV IgM antikor varlığına göre seropozitif ya da seronegatif ve avidite indeksine göre primer ya da rekürren infeksiyon olarak gruplandırılmıştır. Kan ve amniyon sıvı örneklerinde CMV DNA varlığı ?RoboGene Human Cytomegalovirus (HCMV) Quantification Kit? (RoboGene®AJ Roboscreen GmbH, Germany) ile ?ABI PRISM 7000?(Applied Biosystems, USA) cihazında real-time PZR yöntemi ile araştırılmıştır.Bulgular: Gebelerde seropozitiflik oranı %95, seronegatiflik oranı ise %5 olarak bulunmuştur. Fetal infeksiyon oranı %1 oranında saptanmıştır. Bir gebenin amniyon sıvı örneğinde PZR yöntemi ile CMV DNA tespit edilmiş, bu gebenin ve bebeğinin ve ayrıca CMV IgM pozitifliği olan diğer gebenin kan örneklerine yapılan CMV IgG avidite testinde, avidite indeksleri yüksek bulunmuştur. Kan örneklerinin hiçbirinde CMV DNA tespit edilememiştir.Sonuç: Bölgemizde seropozitiflik oranının yüksek olması nedeniyle fetal infeksiyon oranı düşük bulunmuştur. Gebelikte serokonversiyon geliştiğinde ya da CMV IgM antikor pozitifliği saptandığında, gebelerin CMV açısından serolojik yönden taranmalı ve sonuçlar avidite testi ile desteklenmelidir. Akut infeksiyon durumunda, 21-22 gebelik haftasında amniyon sıvısından yapılacak CMV PZR testi ve/veya kültür uygulanabilir. Sonuç olarak riskli gebeler CMV infeksiyonu yönünden taranmalıdır. Riskli gebeliklerde 21-22. haftadan önce alınan amniyon sıvısında CMV DNA'nın negatif saptanabileceği akılda tutulmalıdır.Yazışma Adresi: Dr. Gonca EVCİLAdnan Menderes Üniversitesi Tıp FakültesiMikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim DalıTel: (+90) (256) 444 12 56 / 517E-posta: goncaevcil@mynet.com

Servikal örneklerde chlamydia trachomatis infeksiyonlarının polimeraz zincir reaksiyonu ve direkt floresan antikor yöntemleri ile araştırılması

ÖZETServikal Örneklerde Chlamydia trachomatis nfeksiyonlarının Polimeraz ZincirReaksiyonu ve Direkt Floresan Antikor Yöntemleri le Araştırılması(Dr. Alper KAPDAĞLI)Klamidya infeksiyonları, en sık görülen bakteriyel infeksiyonlardandır ve dünyaekonomisine önemli bir yük getirmektedir. Bunu önlemek amacı ile birçok ülkede riskgrupları dikkate alınarak ulusal tarama programları geliştirilmiştir. Mukopürülan akıntısıolan doğurganlık çağındaki kadınlarla, genelev çalışanları bu risk gruplarından ikisidir.Çalışmamızda Aydın yöresindeki Chlamydia trachomatis infeksiyonu açısından riskgruplarında çalışma yapıp, bu bölgedeki prevalans değerleri hakkında veri elde etmek veileride daha kapsamlı çalışmalar için zemin oluşturmak amaçlanmıştır.Çalışmamıza Aydın genelevinde kayıtlı 49 genelev kadınının yanısıra ADÜ TıpFakültesi Kadın Hastalıkları ve Doğum Anabilimdalı polikliniğine ve Kadın-doğumhastanesi polikliniğine gelen, mukopürülan akıntısı olan 47 ve kontrol grubu olarakmukopürülan akıntısı olmayan 44 olmak üzere, 15-45 yaş arası 91 hasta dahil edildi. Buçalışma gruplarından alınan endoservikal örneklerde C. trachomatis tanısı amacı ilePolimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ve direkt floresan antikor (DFA) testleri çalışıldı.Aynı hastaların serviks ağzından alınan örneklerin kanlı agar, Eozin metylene Blue(EMB), çukulatamsı agar ve Sabouraud dextrose agar (SDA)'da kültürleri değerlendirildive Gram boyama ile direkt mikroskobik bakıları yapıldı. Ayrıca iki ayrı eküvyon ile arkaforniks'den örnekler alınıp biri ile hasta başında indikatör şeritler kullanılarak pHölçüldü, diğeri ile servikal direkt mikroskobik bakı yapıldı ve Whiff testi uygulandı.Polimeraz zincir reaksiyonu testi, 1 kişinin endoservikal örneğinde pozitif sonuçvermiş olup prevalans %0.7 (n=140) olarak belirlendi. Direkt floresan antikor testindecut-off değeri her alanda 10'un üzerinde elementer cisimciğinin (EB) görülmesi kabuledildiğinde, 127 örneğin hepsi negatif olarak değerlendirildi. Buna karşın her alanda 6-10EB'nin görülmesi pozitiflik kabul edildiğinde prevalans oranı % 7,1, 2-5 EB'ningörülmesinde ise %16 olarak bulundu.Kültür bakılarında; 140 örneğin 100 (%71.4)'ünde normal vajen floraelemanlarına rastlandı, 19'unda (%13.5) üreme görülmedi. Kültürlerin 8'inde (%5.7)2Gardnerella vaginalis, 3'ünde (%2.1) Streptococcus agalactiae, 7'sinde (%5) Candidaalbicans, 3'ünde (%2.1) Escherichia coli, birinde (%0.7) Neisseriae gonorrhoeae üredi.Onbeş (%10.7) hastanın örneklerinden yapılan testlerde bakteriyel vajinoz teşhisi kondu.Üç hastanın (%2.1) direkt mikroskobisinde Trichomonas vaginalis trofozoitlerinerastlandı.Bölgemizde genelev çalışanlarının yanısıra mukopürülan akıntısı olan kadınlardaC. trachomatis görülme oranı yönteme ve cut-off değerine bağlı olarak farklı değerlerdesaptanmıştır. Daha sağlıklı verilere ulaşmak için çok daha kapsamlı çalışmalarınyapılması gerektiği düşünülmektedir.

Dışkı örneklerinde gastroenterit etkenlerinin araştırılması

Amaç ve Hipotez: Gastroenterit; tüm dünyada oldukça sık görülen, önemli bir halk sağlığı sorunudur. Gastroenteritlerde etkenin belirlenmesi ve tedavinin antibiyotik duyarlılık testi sonucuna göre belirlenmesi, mortalite ve morbiditeyi azaltmasının yanı sıra antibiyotik kullanım politikasını belirleyeceğinden önem taşımaktadır. Bu çalışmada hastanemize başvuran olgularda akut gastroenterit nedeni olan başlıca bakteriyel ve viral etkenlerin sıklığının, yaş ve aylara göre dağılımının, antibiyotiklere direnç durumunun saptanması, bölgemizdeki gastroenteritli hastalara yaklaşımda yol gösterecek verilerin elde edilmesi amaçlanmıştır.Yöntem: Bu çalışma 1 Ocak 2007-15 Şubat 2008 tarihleri arasında Adnan Menderes Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Laboratuvarında yapılmıştır. Gastroenterit semptomları bulunan 200 olgu ve kontrol grubunu oluşturmak üzere semptomsuz hastalardan alınan 80 dışkı örneği incelenmiştir. Alınan örneklerde kültür ile Campylobacter türleri, Aeromonas türleri, Yersinia enterocolitica, EHEC, V. cholerae, Shigella türleri, Salmonella türleri, immünokromatografik yöntem ile rotavirüs ve adenovirüs antijenleri (VIKIA Rota-Adeno, BioMérieux) araştırılmıştır. Campylobacter kökenleri klasik yöntemler, API Campy (BioMérieux) ticari kiti ve polimeraz zincir reaksiyonu ile tanımlanmıştır.Bulgular: Gastroenterit ön tanılı olgulardan alınan dışkı örneklerinin kültüründe dokuz (% 4,5) Campylobacter jejuni, beş (% 2,5) Salmonella spp. saptanmış, Aeromonas spp., Yersinia enterocolitica, enterohemorajik Escherichia coli, Vibrio cholerae üretilmemiştir. Bu grupta 22 (% 11) örnekte rotavirüs, üç (% 1,5) örnekte adenovirüs antijeni saptanmıştır. Kontrol grubunu oluşturan 80 olguda aranılan patojenlerin hiçbirine rastlanmamıştır. Campylobacter jejuni kökenlerinde E-test yöntemi ile ofloksasine direnç % 56 oranında tespit edilirken, test edilen diğer antibiyotiklere (trimetoprim-sülfametoksazol, tetrasiklin, eritromisin) dirençli köken saptanmamıştır.Sonuç: Çalışmamızda araştırılan gastroenterit etkenleri arasında ilk sırayı alan rotavirüsler, çocukların yanı sıra erişkinlerde de en sık görülen etken olmuştur. Campylobacter jejuni'nin en sık saptanan bakteriyel etken olması nedeni ile bölgemizde rutin dışkı kültüründe bu bakterinin de araştırılması gerektiği düşünülmektedir.Anahtar Kelimeler: Campylobacter türleri, Gastroenterit, Salmonella türleri, rotavirüs, PZR.

Hepatit B virus DNA polimeraz geni mutasyonlarının saptanması

HBV, dünya nüfusunun üçte birinin karşılaştığı ve 350 milyondan fazla taşıyıcısı olan önemli bir sağlık sorunu etkenidir. Kronik B hepatiti, siroz ve hepatosellüler karsinomaya ilerleme potansiyeli nedeniyle tedavi edilmesi gereken ciddi bir hastalıktır. Tedavide interferon ve nükleozit analogları kullanılmaktadır. Nükleozit analogları arasında, etkinliği yüksek, iyi tolere edilen, ciddi yan etkisi olmayan ve diğer ilaçlara göre daha ucuz olan lamivudin (LAM), sık tercih edilen bir ilaçtır. LAM tedavisi sırasında ortaya çıkan ve dirence yol açan mutasyonlar, genellikle tedavinin 6-8. ayından sonra görülmeye başlanmakta ve ilacın kullanıldığı süreyle orantılı olarak yıllar içerisinde artış göstermektedir. Tedavi başarısını izlemek ve başarısızlık halinde alternatif ilaçlarla tedaviye devam edebilmek için lamivudine karşı direnç gelişiminin saptanması önemlidir.Tedavi sırasında HBV pol geninde saptanan değişikliklerin izlenmesi ve bildirilmesi, yeni ilaç direnç paternlerinin ve klinik sonuçlarının tanımlanmasını sağlayacaktır. Bu bilgilerden yola çıkarak planladığımız çalışmamızda,1) LAM direnç mutasyonlarının gelişme sıklığının ve zamanının belirlenmesi,2) HBV polimeraz geninde oluşan YMDD motif mutasyonlarının saptanması için dizi analizi (DA), restriksiyon enzim analizi (REA) ve strip hibridizasyon (LiPA) yöntemlerinin karşılaştırılması,3) LAM direnç mutasyonu saptanan olgularda, mutasyonun saptanma zamanı ile viral yük / ALT değerlerindeki artış arasındaki ilişkinin belirlenmesi,4) LAM direnç mutasyonları ile çakışan bölgedeki S mutasyonlarının incelenmesi,5) HBV-DNA polimeraz geninde oluşan diğer sekans değişikliklerinin belirlenmesi6) Olguların viral genotip ve subtiplerinin belirlenmesi amaçlanmıştır.Çalışma grubumuz, Dokuz Eylül Üniversitesi Tıp Fakültesi Gastroenteroloji Bilim Dalı'nın izlediği kronik B hepatiti nedeniyle lamivudin tedavisi başlanan olgulardan oluşturulmuş ve iki alt grupta değerlendirilmiştir.·Grup A: En az bir yıl izlenen, tedavi öncesi ve tedavinin 3, 6, 9, 12. ayına ait seri serum örneği bulunan 30 olgu ve·Grup B: Seri örnekleri olmayan ancak tedavinin farklı zamanlarına ait serumları bulunan 16 olgu. Bu gruptaki 11 olgunun 12. ay, 14 olgunun 24. ay ve 9 olgunun 36. ay serum örneği vardı.Grup A'da yıllar içinde dizi analizi yöntemi ile YMDD mutantı gelişme oranları değerlendirildi. YMDD mutantı saptanan olgu sayısı, tedavinin birinci yılında 6/30 (%20), ikinci yılında 8/20 (%40), üçüncü yılında 4/10 (%40) idi. Grup A ve Grup B olgularının tümü için dizi analizi ve LiPA yöntemleri ile saptanmış olan YMDD mutantlı olguların oranı lamivudin tedavisinin birinci yılı sonunda %23.1 (9/39 olgu), 2. yılı sonunda %36.4 (12/33 olgu), 3. yılı sonunda %35.0 (7/20 olgu) idi.Lamivudin tedavisi alan olguların izlemi ile elde edilen ve tedavinin farklı basamaklarına ait (tedavi öncesinde, sırasında ve sonrasında) toplam 123 serum örneğinin dizi analizi sonuçları, LiPA ve REA yöntemlerinin sonuçları ile karşılaştırıldı. Varyantları saptamada LiPA testinin, DA ve REA'dan daha başarılı olduğu gözlendi. LiPA testi kodon 204 için minör viral populasyonları saptamada, DA'ne göre 4/123 örnekte (%3,25) daha duyarlıydı. LiPA testi, REA'ya göre, kodon 180 için 64/123 örnekte (%52), kodon 204 için 63/123 örnekte (%51,2) daha duyarlı bulundu. DA ve LiPA sonuçları, kodon 180 için %99,9 (122/123 örnek), kodon 204 için %94,3 (116/123 örnek) oranında birbiriyle uyumlu saptandı. LiPA testi, genellikle minor popülasyonları yakalamada daha başarılı olmakla birlikte, kodon 180 için bir, kodon 204 için bir olmak üzere toplam iki örnekte, karışık viral populasyonlardan birini saptayamadı. Bir hastanın iki örneğinde ise DA ile rtM204I mutasyonu belirlenirken, LiPA ile 204. kodona ait yabanıl ve mutant diziye özgü problardan hiçbirinde hibridizasyon bandı oluşmamıştı.REA yönteminin 103 kopya/ml'nin altındaki HBV DNA düzeylerinde sonuç veremediği saptandı ve 62 örneğin (%50.4) sonucu elde edilemedi. DA yönteminin karışık viral populasyona sahip örnekleri saptamada, REA ile karşılaştırıldığında, kodon 180 için %52.0 (64/123 örnek), kodon 204 için %52.8 (65/123 örnek) oranında daha duyarlı olduğu saptandı. Bu örneklerde REA yöntemi ile ya viral yüke bağlı olarak hiç sonuç alınamamış veya karışık viral populasyonlu örneklerdeki minör tipler saptanamamıştı. Çalışmamızda REA yönteminin, DA'ne göre kodon 204 için sadece bir örnekte, LiPA'ya göre kodon 180 için 1, kodon 204 için 1 örnekte karışık viral populasyonları tanımlamada daha başarılı olduğu saptandı.Çalışmamızda, hasta grubunun %50'sinde YMDD mutantı saptanırken, YMDD mutantına sahip olguların %80'inde (12/15 olgu) viral direnç geliştiği gözlendi. YMDD mutantı gelişen olgularda, mutasyonlar ortalama 18,8. ayda belirlendi. Mutasyonlar en erken (bir olguda) tedavinin 3. ayında saptandı. YMDD mutantlarının saptanmasından ortalama 5 ay sonra viral yükte anlamlı artış olduğu görüldü. ALT yükselmesi, genellikle (11 olgu) viral yük artışından sonra gelişti ve tedavinin ortalama 26. ayından sonra saptandı.Lamivudin tedavisinden önce Grup A' ya ait 30 olgudan sadece 1'inde (%3.3) dizi analizi (DA) ve LiPA yöntemleri ile YMDD mutantı saptandı. Örnekte, rtM204I mutasyonu, minör populasyonu oluşturmaktaydı ve baskın yabanıl tip ile birlikteydi. Tedaviden önce saptanan YIDD mutantının, tedavinin başlamasıyla kaybolduğu, tedavinin 30. ayında DA ve LiPA yöntemleri ile tekrar saptandığı görüldü. Tedavi öncesi örnekte, DA ve LiPA yöntemleri ile saptanmış olan YMDD ve YIDD dizili viral populasyonların varlığı, klonal analiz ile doğrulandı. Tedavinin 9. ayındaki serum örneğinden yapılan klonal analizde ise elde edilen yedi klonun tümünün YMDD dizisi taşıdığı saptandı.Çalışmamızda, A grubu olgularda lamivudin tedavisi sırasında ilk gözlenen YMDD mutasyonları sıklık sırasıyla, YIDD (6 olgu), YMDD+YIDD (4 olgu), YMDD+YIDD+YVDD (3 olgu), YIDD+YVDD (1 olgu), YVDD (1 olgu) olarak belirlendi. Mutasyon saptanan beş olgunun izleminde, mutasyonlardaki ardışık değişiklikler benzer bir patern gösteriyordu. Bu olgularda yabanıl tip viruslar yerini öncelikle YIDD mutantlarına bırakıyor, bir süre sonra YIDD mutantlarından YVDD mutantlarına geçiş gözleniyordu. Olgularımızda, kompansatuar rt L180M mutasyonu, YVDD/YIDD mutasyonu ile aynı zamanda veya daha sonra saptandı. On iki olguya ait 16 örnekte saptanan rtL80I/V mutasyonlarının 13'ünde YIDD, üçünde YIDD + YVDD bulunuyordu.Lamivudin tedavisine direnç geliştiren olgularımızda rtM204I, rtM204V, rtV173L polimeraz mutasyonlarının, S bölgesinde sırasıyla W196L/S, I195M, E164D mutasyonlarına yol açtığı saptandı.Lamivudin direnç mutasyonu saptanan olgularda; HBV DNA pol/rt geninde dizi analizi yöntemi ile N76D (3 olgu), R110G (2 olgu), L115Y, S117Y, N123D, G127R, T128N (2 olgu), T128I, N139K, L144C, L145M, T184I, V214E, S219A, F221Y, T225N L229W, L231V, P237H, N238H, Y245H, K270R değişiklikleri gözlendi.30 olgunun serum örneğinde, dizi analizi yöntemi kullanılarak HBV genotipleri değerlendirildi. Filogenetik analiz sonucu; tüm olgulara ait dizilerin, Genotip D dizileriyle birlikte kümelendiği görüldü. Olgulardan 7'sinin (%23,3) ayw3, 23'ünün (%76,7) ayw2 subtipi ile infekte olduğu belirlendi.

Pseudomonas aeruginosa enfeksiyonu gelişiminde, etken-konak etkileşiminin karşılıklı kinetiği

Biyotik ve abiyotik yüzeylere yerleşebilen ve fırsatçı bir patojen olan Pseudomonas aeruginosa; dünyada olduğu kadar ülkemizde de hastane infeksiyonlarının önemli bir kaynağıdır.Mikroorganizmaların kendi aralarında haberleşme sistemleri olan Çoğunluğu Algılama (ÇA; Quorum Sensing), virulans etkenlerinin üretiminin yeniden düzenlenmesinde de etkin olmaktadır. Bakteriler, hücre dışı sinyal molekülleri ile çalışan bu sistemleri lokal yoğunluklarını belirlemek amacı ile de kullanırlar.Konak (in vitro sistem) ve değişik antibiyotik konsantrasyonları (subminimal inhibitör konsatrasyonlar =sub-MİK) ile karşılaşmış Pseudomonas arasındaki ilişkinin tanımlanması sağaltımın planlanmasında önem kazanmaktadır.Günümüzde Pseudomonas enfeksiyonlarının sağaltımında antibakteriyeller yanı sıra, bakterinin genotipik ve fenotipik tiplendirilmesinin de büyük önemi olduğu düşünülmektedir.Bu çalışmada; minimum inhibitör konsantrasyonları (MİK) belirlendikten sonra gentamisin, netilmisin ve amikasinin MİK ve sub-MİK konsantrasyonları ile karşılaşmış biri ÇA olumlu, diğeri ÇA olumsuz iki klinik Pseudomonas aeruginosa ve standart Pseudomonas aeruginosa ATCC 27853 (ÇA olumlu) suşlarının ÇA sistemleri, biyofilm oluşumu, alkalen proteaz, jelatinaz, oksidaz, katalaz üretimi, kinetikleri belirlenen zaman aralıklarında değerlendirilmiştir.Sonuç olarak Pseudomonas sağaltımında ÇA' nın yeni, olası ?sağaltım hedefleri? deki rolünün anlaşılmasında; ÇA olumlu ve ÇA olumsuz Pseudomonas aeruginosa suşları ile konak arasındaki ilişki, ÇA sistemlerinin patojenite üzerine olası etkileri, bu etkilerin zamanlamalarının saptanması gibi birçok etmenin yer aldığı kanısına varılmıştır.Anahtar kelimeler: Pseudomonas aeruginosa, ?Quorum Sensing?, subminimal konsantrasyonları,

Dispeptik hastalarda ELISA ve Western blot yöntemleri ile Helicobacter pylori'nin antijenik varyasyonlarının araştırılması

Helicobacter pylori (H. pylori) gastrik mukozada kolonize olan spiral, mikroaerofilik, Gram-negatif bir bakteridir. H. pylori enfeksiyonu gelişmiş ülkelerde nüfusun % 20-50'inde, gelişmekte olan ülkelerde nüfusun % 80-90'nında ortaya çıkan en yaygın kronik bakteriyel enfeksiyondur. H. pylori kronik gastrit, duodenal ve gastrik ülser, gastrik adenokarsinoma mukoza ilişkili lenfoid doku (MALT) lenfoma gibi birçok üst gastrointestinal sistem hastalıklarıyla ilişkilidir ve sınıf 1 karsinojeni olarak sınıflandırılmıştır. Dispeptik hasta serum ve idrar örneklerinde anti-H. pylori antikor (IgG, IgA/IgG, CagA IgG) varlığı Enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA), Western blot, URINELISA ve RAPIRUN yöntemleri ile araştırıldı. Ayrıca anti-H. pylori pozitif hasta serumlarında Western blot yöntemi ile saptanan virülans faktörlerinden sitotoksin ile ilişkili gen A (CagA), vakuol oluşturucu sitotoksin A (VacA) ve diğer H. pylori antijenlerine karşı oluşan antikorların görülme sıklığı ve bu antijenlere karşı oluşan antikorların histopatoloji bulguları ile ilişkisi karşılaştırıldı. Bu hasta grubunda antijenik varyasyonun moleküler düzeyde belirlenmesinde ileri araştırmalar yapılabilmesi amacıyla da altın standart yöntem olan H. pylori kültür optimizasyonu yapıldı.Nisan 2006 ve Temmuz 2008 tarihleri arasında dispeptik yakınmaları nedeniyle Dokuz Eylül Üniversitesi Tıp Fakültesi Gastroenteroloji Polikliniği'ne başvuran ve endoskopi endikasyonu konulan 136 olgu (102 kadın, 34 erkek yaş ortalaması 46.57 ± 12.63 standart deviasyonu (SD); yaş aralığı 21-78) çalışmaya alındı. Hastalardan alınan dört biyopsi örneğine (iki antrum, iki korpus) hızlı üreaz testi (HUT) ve histopatolojik inceleme uygulandı.H. pylori enfeksiyonu histopatoloji ve/veya hızlı üreaz testi olumluluğu, H. pylori enfeksiyonu negatifliği ise her iki testin olumsuzluğu ile belirlendi. Morfolojik olarak ?Helicobacter-like organisms (HLO)?, gastrik aktivite ve H. pylori bakteriyal dansitesi yönünden Güncelleştirilmiş Sydney Sistemine göre değerlendirildi.Serum ve idrar örneklerinde H. pylori antikorları; anti-H. pylori IgG ELISA, anti-H. pylori CagA IgG ELISA (EUROIMMUN Medizinische Labordiagnostika, Lübeck), H. pylori IgA/IgG ELISA (BIOHIT, Finland), anti-H. pylori IgG Western blot (EUROIMMUN Medizinische Labordiagnostika, Lübeck), anti-H. pylori IgG URINELISA ve RAPIRUN (Otsuka Pharmacautical, Tokyo, Japan) testleri kullanılarak araştırıldı.Toplam 136 hastanın; 103'ü (% 75.7) altın standart yöntemlere göre H. pylori enfeksiyonu olumlu, 33'ü (%24.3) olumsuz bulundu. 115'i (% 84.5) anti-H. pylori IgG ELISA testi ile olumlu, 21'i (% 15.5) olumsuz saptandı. Duyarlılık % 91.1; seçicilik % 34.3, olabilirlik oranı (LR) 0.77, olumlu öngörü değeri (PPV) % 80, olumsuz öngörü değeri (NPV) ise % 57.2 olup, altın standart yöntemler ile istatistiksel anlamlı fark gözlendi (p=0.02). 47'si (% 34.6) anti-H. pylori CagA IgG ELISA testi ile olumlu, 89'u (% 65.4) olumsuz saptandı. Duyarlılık % 35.6; seçicilik % 65.7, LR 0.44, PPV % 76.6, NPV ise % 25.9 olup, altın standart yöntemler ile istatistiksel anlamlı fark gözlendi (p=0.00). 100' ü (% 73.5) H. pylori IgA/IgG ELISA testi ile olumlu, 36' sı (% 26.5) olumsuz saptandı. Duyarlılık % 85.2; seçicilik % 60, LR 0.89, PPV % 86, NPV ise % 58.3 olup, altın standart yöntemler ile istatistiksel anlamlı fark gözlenmedi (p=1). 72' si (% 52.9) anti-H. pylori IgG URINELISA testi ile olumlu, 64' ü (% 47.1) olumsuz saptandı. Duyarlılık % 66.3; seçicilik % 85.7, LR 0.71, PPV % 93.1, NPV ise % 46.9 olup, altın standart yöntemler ile istatistiksel anlamlı fark gözlendi (p=0.00). 70' i (% 51.4) RAPIRUN testi ile olumlu, 66' sı (% 48.6) olumsuz saptandı. Duyarlılık % 65.4; seçicilik % 82.9, LR 0.69, PPV % 91.6, NPV ise % 45.3 olup, altın standart yöntemler ile istatistiksel anlamlı fark gözlendi (p=0.00).Anti-H. pylori IgG Western blot testi ile 95'i (% 69.8) olumlu, 25'i (% 18.4) olumsuz, 16' sı (% 11.8) belirsiz olarak saptandı. Belirsiz sonuçlar dahil edilmediğinde; duyarlılık % 85.7; seçicilik % 44.8, LR 0.76, PPV % 82.9, NPV ise % 50 bulundu.H. pylori enfeksiyonu tanısında altın standart yöntem kültürün, H. pylori standart suş NCTC 11637 kullanılarak %10 insan serumlu Columbia agar, %7 at kanlı Columbia agar, %7 koyun kanlı Columbia agar besiyerlerinde optimizasyonu gerçekleştirilmiş ve ileri araştırmalar için deoksiribonükleik asit (DNA) ekstraksiyonu da yapılmıştır.Çalışmamızda anti-H. pylori IgG ELISA testlerinin karşılaştırılmasında duyarlılığın literatür ile uyumlu, seçiciliğin düşük bulunması ve dünyanın farklı bölgelerindeki H. pylori izolatlarının antijenik yapıları bölgesel farklılık gösterdiği için serolojik testlerin populasyonların antijenik özelliklerine göre uyarlanmasının önerilmesi gerektiği sonucuna varıldı.Anahtar kelimeler: Helicobacter pylori, ELISA, Western blot, kültür

Mycobacterium tuberculosis suşlarının MIRU-VNTR ve ETR-VNTR yöntemiyle moleküler tiplendirmesi

Dünyada Mycobacterium tuberculosis suşlarının epidemiyolojisi ile ilgili yaygın şekilde araştırmalar yapılmasına karşın, ülkemizde bu konuda yeterli veri bulunmamaktadır. Moleküler tiplendirme yöntemleri M. tuberculosis suşlarının epidemiyolojik çalışmalarında önemli yer tutmaktadır. Birçok moleküler tiplendirme yöntemi bulunmasına karşılık son yıllarda yapılan çalışmaların sonuçlarına göre Mycobacterial Interspersed Repetitive Unit (MIRU) - Variable Number Tandem Repeats (VNTR) yöntemi; ayrım gücü ile tekrarlanabilirliği yüksek, uygulaması kolay, çok merkezli çalışmalara uygun ve otomatize edilebilir bir yöntemdir. MIRU-VNTR yönteminin tüberkülozla ilişkili moleküler epidemiyolojik çalışmalarda kullanımı giderek artmakta, yakın gelecekte diğer yöntemlerin yerine geçeceği düşünülmektedir. Ülkemizdeki diğer moleküler yöntemlerde olduğu gibi MIRU-VNTR profilleri konusunda da yeterli veri bulunmamaktadır. Bu çalışmada, bölgemizden soyutlanan 152 M. tuberculosis izolatının MIRU-VNTR yanısıra ETR-VNTR yönteminin de kullanılarak tiplendirilmesi amaçlanmış ve ETR gen bölgesi primerlerinin çalışmaya eklenmesinin, sadece MIRU gen bölgesi primerleri kullanılarak ortaya çıkan ayrım gücüne etkisi araştırıldı.QBASIC 4.5 programlama diliyle bu çalışma için hazırlanmış bir bilgisayar programı yardımıyla 152 MIRU-VNTR ve ETR-VNTR sonucu retrospektif olarak analiz edildi. Bu program aracılığıyla, 12 MIRU ve 3 ETR gen bölgesinin her primerinin ve primer kombinasyonlarının ayrım gücü yanı sıra oluşan küme sayıları ve tek izolatlar belirlendi.Elde edilen sonuçlara göre primer setleri tek başlarına değerlendirildiklerinde en yüksek ayrım gücü MIRU 26 primeriyle saptanırken, en düşük ayrım MIRU 39 primeriyle elde edildi. 12 MIRU gen bölgesi primerine 3 ETR gen bölgesi primeri eklendiğinde ortaya çıkan küme sayısının 111 den 122 ye çıktığını ve ETR gen bölgesi primerlerinin ayrıma önemli katkı sağladığı görülmektedir. 12 MIRU gen bölgesi primerlerinin kullanımıyla ek olarak 3 ETR gen bölgesi primerlerinin kullanımı yani 15 primerin toplu kullanımı karşılaştırıldığında; ilk dört sırada tercih edilen primerlerde (MIRU 26, MIRU 40, MIRU 16 ve MIRU 10) değişiklik olmadığı saptandı (Tablo 4-5). Fakat gerekli ayrımı sağlamak için kullanılması gereken 5. primer olan MIRU 23'ün yerini ETR-A gen bölgesinin aldığı belirlendi.Bir tiplendirme yönteminin ayrımı güçlü bir şekilde yapmasının yanında hızlı sonuç vermesi ve ekonomik olması da önemlidir. M. tuberculosis'in moleküler olarak tiplendirilmesi gerektiğinde ve epidemiyolojik çalışmalarda yöntemin daha hızlı sonuç vermesi ve ekonomik olması için MIRU ve ETR gen bölgeleri primerlerinin kademeli bir şekilde kullanılması gerektiği sonucuna varıldı.Anahtar Sözcükler: Mycobacterium tuberculosis, moleküler tiplendirme, MIRU-VNTR, ETR-VNTR

Staphylococcus aureus suşlarında panton valentin lökosidin (PVL) varlığının polimeraz zincir tepkimesi ile araştırılması

Staphylococcus aureus, virulans faktörlerine bağlı olarak insanda deri infeksiyonlarından septisemiye kadar değişen pek çok infeksiyona yol açabililen bir patojendir. S. aureus'un virulans faktörlerinden Panton-Valentin lökosidin (PVL), doku nekrozuna yol açan bir sitotoksindir. PVL aynı zamanda son yıllarda çeşitli ülkelerde ortaya çıkan toplum kökenli MRSA (metisiline dirençli S. aureus) suşlarının önemli bir virulans faktörüdür. Bu suşlar, sağlıklı çocuklar ve genç erişkinlerde nekroz ile seyreden yumuşak doku ve akciğer infeksiyonları oluşturma özelliğindedir. Bu tip infeksiyonlardaki doku nekrozunun PVL salınımının bir sonucu olduğu bildirilmektedir. Bu çalışmada amacımız farklı şehirlerde (İzmir, Ankara, İstanbul) üretilmiş klinik izolatlarda, pvl genine ait 433 bp uzunluktaki, bir bölgeye özgü primerler kullanılarak ilgili genin varlığını araştırmak ve PVL-pozitif bulunan suşların klonal ilişkilerini ?pulsed-field gel electrophoresis? (PFGE) tekniği ile değerlendirmektir.Çalışmamızda, luk-PV-1 ve luk-PV-2 primerleri ile S. aureus'a özgü DNAaz genine ait nuc-1 ve nuc-2 primerleri kullanılarak nuc ve pvl genlerini eş zamanlı olarak saptayan bir multipleks PZT yöntemi uygulanmıştır. Dokuz Eylül Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi, Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Çocuk Hastanesi ve İstanbul Üniversitesi Çapa Tıp Fakültesi Hastanesi'nden 2005-2007 yıllarında klinik örneklerden izole edilen toplam 299 Staphylococcus aureus suşu (99 MRSA 200 MSSA) bu yöntemle incelenmiştir. Ayrıca PVL üreten izolatların genellikle kısa süreli klonal ilişkilerin ortaya konmasında ?altın standart? olarak kabul edilen PFGE yöntemi ile klonal ilişkileri araştırılmıştır.Çalışmaya alınan 299 izolatın 11'i (1 MRSA, 10 MSSA) (% 3.67) PVL-pozitif olarak saptanmıştır. Metisiline heterorezistan izolatların rutin duyarlılık testlerinde saptanmalarında güçlük olabildiği için PVL-pozitif izolatların tümüne aynı zamanda 16S/mec/nuc multipleks PZT uygulanmış ve metisilin direnci değerlendirilmiştir. Bunun sonucunda Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Çocuk Hastanesi'nden MSSA olarak gönderilmiş bir izolatın mec geni taşıdığı yani MRSA olduğu saptanmıştır. MRSA izolatları arasındaki oran % 1 (1/99), MSSA izolatları arasındaki oran % 5 (10/200)`tir. PVL-pozitif tek MRSA izolatı Hacettepe Üniversitesi Çocuk Hastanesi'nden gelen bir kan örneğinden üretilmiştir. PVL-pozitif MSSA izolatlarının merkezlere göre dağılımı; Dokuz Eylül Üniversitesi Tıp Fakültesi hastanesi'nden 6 izolat, Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Çocuk Hastanesi'nden 3 izolat, İstanbul Üniversitesi Çapa Tıp Fakültesi Hastanesi'nden 1 izolat şeklindedir. Gönderilen MSSA suş sayısına göre oranlar; Dokuz Eylül Üniversitesi Tıp Fakültesi'nde % 10 (6/59), Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Çocuk Hastanesi'nde MSSA için % 4.8 (3/62) ve MRSA için % 2.6 (1/38), İstanbul Üniversitesi Çapa Tıp Fakültesi Hastanesi'nde % 1.25 (1/79) olarak belirtilmiştirPVL-pozitif izolatların % 18'i (2/11) kandan (1 MSSA, 1MRSA), % 82'si (9/11) yara kültürlerinden izole edilmiştir. Dokuz Eylül Üniversitesi PVL-pozitif izolatlarının kliniklere göre dağılımı % 50 (3/6)'si Kadın Hastalıkları ve Doğum, % 16.6 (1/6)'sı Kulak Burun Boğaz, % 16.6 (1/6)'sı Beyin Cerrahisi ve % 16.6 (1/6)'sı Plastik Cerrahi servislerindendirPVL-pozitif izolatların PFGE ile klonal ilişkileri incelenmiştir. Dokuz Eylül Üniversitesi izolatlarının dördü birbiri ile ilşkili bulunmuştur. Bu izolatların makrorestriksiyon paternleri ikili gruplar halinde birbirleri ile identiktir. Her iki grup arasında da bir bant fark bulunmaktadır. İdentik izolatlardan ikisi iki aylık bir süre içerisinde farklı servislerden izole edilmiştir. Hacettepe Üniversitesi izolatlarından birinin makrorestriksiyon paterni de bu gruplar ile benzerdir. Diğer izolatlar tamamen farklı suşlar olarak değerlendirilmiştirSonuç olarak; özellikle toplum kökenli metisiline dirençli Staphylococcus aureus (CA-MRSA) suşlarının bir göstergesi olan Panton-Valentin lökosidin (PVL)'in, farklı merkezlerden toplanan MSSA ve MRSA izolatlarındaki oranları sırasıyla % 1.3-10 ve % 0-2 olarak bulunmuştur. Bu oranlar yüksek olmamakla birlikte; klonal olarak birbirleriyle ilişkili izolatların saptanması PVL-pozitif suşların yayılma potansiyelinin bir göstergesi olabilir. Metisilin direncinin rutin yöntemlerle gösterilmesi zor olabileceği için PVL-pozitif izolatlarda mecA genine yönelik moleküler yöntemlerin uygulanması toplum kökenli MRSA suşlarının tanımlanmasında yardımcı olmaktadır.Anahtar Kelimeler: Panton-Valentin Lökosidin (PVL), metisiline dirençli Staphylococcus aureus (MRSA), metisiline duyarlı S. aureus (MSSA), pulsed field gel electrophoresis (PFGE)

Kan bankası donörlerinde tekrarlayan sifiliz pozitifliğinin değerlendirilmesi

Kan merkezlerinde güvenli kan transfüzyonu için sifiliz enfeksiyonunun uygun test yöntemiyle doğru ve hızlı olarak tanımlanabilmesi gerekmektedir. Kan merkezleri için önerilen algoritmalarda tarama testlerinde saptanan pozitifliklerin ileri inceleme yöntemleri ile doğrulanması önerilmektedir. Bu çalışmanın temel amacı, yöntem olarak CMIA teknolojisini kullanan ?Architect® Syphilis TP? testi için doğrulama testlerine olan gereksinimi ortadan kaldıran indeks S/Co değerini saptamaktır. İkincil amaçlar ise ?Architect® Syphilis TP? testi ile pozitif saptanan örneklerin RPR test sonuçlarının değerlendirilmesi ve referans yöntemde kullanılan treponemal antijenlere (TpN15, TpN17, TpN47 ve TmpA) verilen antikor yanıtlarının analizini yapmaktır. Elde edilen veriler doğrultusunda kan merkezlerinde ?Architect® Syphilis TP? testi ile sifiliz taraması için uygulanabilecek bir algoritma önerisi hazırlanmıştır.Çalışmada, 20.07.2006/10.11.2008 tarihleri arasında ?Architect® Syphilis TP? testiyle tekrarlayan pozitif bulunan toplam 177 serum örneğinde WB IgG/IgM ve RPR testleri çalışıldı. Sonuçlar ROC analizi ile değerlendirilerek indeks S/Co değeri belirlendi.ROC analizinde indeks olarak 7.19 S/Co değeri saptandı. Çalışma sonuçlarına göre, örneklerin 107'sinin (% 60.5) S/Co değerleri ?<7.19? un altında bulundu. Bu örneklerin yalnızca 3 tanesi (%. 4.6) doğrulandı, geriye kalan 104 örnekte (% 92.9) EIA'nın yalancı pozitif sonuç verdiği düşünüldü. S/Co değeri ??7.19? olan örneklerin ise % 95.4'ü doğrulandı. WB testi ile pozitif bulunan örneklerin % 69.8'inde dört antijen bölgesinin tümünde reaktiflik saptandı. Reaktiflik en sık TpN47, en az da TmpA antijen bölgelerinde gözlendi. RPR testi ile toplam 39 (%22) serum örneğinde pozitiflik saptandı. S/Co indeks değerine göre pozitifliklerin 7'si (% 18) ?<7.19? S/Co grubunda bulundu ve bu örneklerin hiçbiri WB testi ile doğrulanmadı. RPR testi ile pozitif bulunan ??7.19? grubundaki 32 (% 82) örneğin ise 31'inde (% 96.8) WB testleri de pozitifti. Tüm serum örnekleri değerlendirildiğinde RPR testi WB G/M testleri ile pozitif bulunan örneklerin yalnızca 31'inde (% 48) pozitif sonuç vermiştir.Sonuç olarak ?Architect® Syphilis TP? testi için saptanan ?7.19? S/Co indeks değerine göre bir tanı algoritması önerildi. RPR testinin tarama testi olarak kullanılmasının özellikle kan merkezleri için donör taramasında uygun olmadığı düşünüldü.

Serumda hepatit B virus DNA kantitasyonu için ?real-time? PCR testi geliştirilmesi

Hepatit B virusu, dünyada iki milyar kişinin karşılaştığı, bunların 400 milyonunda kronik enfeksiyona yol açmış önemli bir enfeksiyon etkenidir. Ülkemiz, ortalama %5'lik (bölgelere göre %1 - 14,3 arasında değişmektedir) HBsAg pozitifliği ile orta endemisite ülkeleri arasında yer almaktadır.HBV infeksiyonunun virolojik tanısı ve izlenmesi, özgül antikorların, antijenlerin ve nükleik asidin saptanması ve nükleik asitin kantitasyonu ile yapılmaktadır. HBV DNA'nın kanda gösterilmesi aktif HBV infeksiyonunun güvenilir bir göstergesidir ve infeksiyon tanısında, evrelendirilmesinde, tedaviye karar vermede ve tedavi başarısının izlenmesinde önemli rol oynamaktadır. HBV DNA, HBsAg'den 3-5 hafta önce kanda saptanabildiği için erken tanıda önemli bir parametredir ve kan bankacılığında, donor taramasında kullanımı gündeme gelmiştir.Günümüzde HBV DNA saptamada, sıklıkla, nükleik asit amplifikasyon testlerinden olan PZT esaslı testler kullanılmaktadır. Kalitatif konvansiyonel PZT testlerine bakıldığında, duyarlılıklarının yüksek olması, tekrarlanabilirliklerinin düşük olması, ?carryover? kontaminasyon oranlarının yüksek olması gibi nedenlerle kullanımları sınırlıdır. Gerçek zamanlı PZT yönteminde amplifikasyon sırasında saptama yapıldığından kontaminasyon riski, klasik PZT yöntemine göre daha azdır. Ayrıca amplifikasyon sırasında her döngüde prob sinyali ölçülerek, eşik değeri aşan döngüye (ct) göre kantitatif değer belirlendiğinden, gerçek zamanlı PZT yöntemiyle, klasik PZT yöntemine göre daha doğru kantitatif sonuçlar elde edilebilmektedir. Dinamik aralığının geniş olması da gerçek zamanlı PZT yönteminin avantajlı yönlerindendir. Böylece kanda geniş bir aralıkta saptanabilen HBV DNA'nın (> 9 logaritma) takibi yapılabilmektedir.Bu çalışmada, rutin hasta hizmetinde kullanılabilecek, maliyeti ticari testlerden daha düşük, gerçek zamanlı PZT yöntemiyle HBV DNA kantitasyonu yapabilen, internal kontrol içeren, tüm HBV genotiplerini saptayabilen ve ticari kitlerin performansına sahip bir test geliştirilmesi hedeflenmiştir.Çalışmamızda internal kontrol olarak, insanlarda enfeksiyon yapmayan, zarflı bir DNA virusu olan, hücre kültüründe üretilmiş bovin herpes virus tip 1 (BHV-1) kullanılmış ve örneğe ekstraksiyondan önce eklenmiştir. Böylece yalancı negatifliğe yol açabilecek ekstraksiyon ve amplifikasyon basamaklarındaki sorunlar izlenebilmiştir.Standart olarak kullanılmak üzere, tez primerleriyle elde edilen ürünü taşıyan plazmid oluşturulmuş ve Escherichiae coli' de çoğaltılmıştır. Absolü kantitasyon yöntemi kullanılan testte, her çalışmaya alınan beş adet plazmid dilüsyonu ile elde edilen standart eğri kullanılmıştır.Yeni testin dinamik aralığı 5x101 - 5x1010 IU/ml ve en düşük saptama sınırı 48 IU/ml (32 ? 129) olarak saptanmıştır. Bu parametreler, HBV infeksiyonu tanısı ve izlemi için uygun bulunmuştur.Testin tekrarlanabilirliği sonuçların güvenilirliği ve hasta izleminde anlam ifade edecek değişiklik miktarının belirlenmesinde önemlidir. Ct değerleri üzerinden yapılan değerlendirmede, yeni testte % CV değerleri, test içi değerlendirmede % 0,7 - % 4,1; testler arası değerlendirmede % 0,3 - % 1,9 olarak saptanmıştır. Bu değerler ticari testlerle karşılaştırıldığında kabul edilebilir sınırlar içindedir.A, B, C, D, E, G genotiplerini içeren genotip panelindeki tüm örnekler yeni testle saptanmıştır. Ancak genotip B ve C içeren panel üyelerinde beklenen değerin yaklaşık iki logaritma altında kantitatif sonuçlar elde edilmiştir. Bu sorunun nedeni tez süresi sonlandığından aydınlatılamamıştır. Ülkemizdeki çalışmalarda sadece genotip D saptanmaktadır. Bu nedenle yeni testin genotip B ve C'deki kısmi kantitasyon sorununun rutin hizmette soruna yol açmayacağı varsayılabilir.Doğruluk çalışmasında 2007 HBV DNA dış kalite kontrol panelinin (QCMD, İngiltere) yeni testle çalışılması ile elde edilen sonuçlar, beklenen değerlerle uyumlu olarak saptanmıştır (R2 = 0.92).Ticari testle HBV DNA pozitif saptanan 180 adet, HBV DNA negatif saptanan 80 adet plazma örneği yeni testle de çalışılmıştır ve her iki test arasındaki uyum değerlendirilmiştir. Kalitatif değerlendirmede, ticari test altın standart olarak alındığında yeni testin duyarlılığı % 99, özğüllüğü % 94 olarak saptanmıştır. Her iki testle de HBV DNA pozitif saptanan örneklerde iki testin uyumu lineer regresyon analizi ile değerlendirilmiş, aralarında güçlü ve anlamlı bir korelasyon olduğu saptanmıştır (r= 0.86, p=0.000, R2= 0.74).Yalancı pozitiflik olasılığını değerlendirmek için HCV RNA pozitif, HBsAg negatif 26 örnek yeni test ile çalışılmıştır. Tümü HBV DNA negatif saptanmıştır.Maliyet analizine göre yeni test, ticari teste göre, test başına 45 TL daha ucuzdur. Laboratuvarımızda yılda yaklaşık 1500 HBV DNA testi yapıldığı göz önüne alındığında, yeni testin rutinde kullanılması durumunda elde edilecek yararın yaklaşık 67500 TL/yıl olacağı hesaplanmıştır.Sonuç olarak, gerçek zamanlı PZT yöntemini kullanan, internal kontrol içeren kantitatif bir HBV DNA testi geliştirilmiştir. Testin duyarlılık, özgüllük, tekrarlanabilirilik ve doğruluk çalışmalarında elde edilen başarılı sonuçlar ve taşıdığı maliyet avantajı, rutinde kullanıma uygun olduğunu göstermiştir.

İshalli dışkılarda Microsporidium spp. ve Cryptosporidium spp.'nin saptanması,PCR yöntemi ile tür tayininin yapılması

Amaç: Ülkemizde boyama yöntemi ile tespiti henüz standardize edilememiş olan Microsporidium spp.'nin Weber'in trichrome boyama yöntemi ile saptanması, ishalli dışkılarda Microsporidium spp. ve Cryptosporidium spp.'nin tanısında mikroskobi ve PCR yöntemlerinin karşılaştırılması ve her iki parazitin tür ayrımının yapılmasını hedefledik.Gereç-Yöntem: Ekim 2005- Ocak 2009 tarihleri arasında, Dokuz Eylül Üniversitesi Tıp Fakültesi'nin çeşitli kliniklerine başvuran ve İzmir'in Buca ilçesine ait bir köyde saptanan ishal salgınından elde edilen 162 ishalli dışkı örneği çalışma kapsamına alındı. Tüm örnekler Cryptosporidium spp.'nin saptanması için Kinyoun acid fast ve Microsporidium spp.'nin saptanması için Weber'in trichrome boya yöntemleri ile mikroskobik olarak değerlendirildi. Ayrıca PCR yönteminin geçerliliğinin belirlenebilmesi için her iki parazite bu yöntem uygulandı. Bir sonraki aşamada Cryptosporidium ve Microspordium spp'nin tür ayrımlarının yapılabilmesi için RFLP yöntemi uygulandı.Bulgular: Kinyoun acid fast boya yöntemi ile 18 olgunun dışkı örneğinde Cryptosporidium spp. ookistleri saptandı. PCR yöntemi ile bu 18 olgudan 15'inde ve boya yöntemi ile negatif olarak değerlendirilen 6 olguda Cryptosporidium spp.'ye özgü bant saptandı. PCR ile parazit saptanan olgulara RFLP yöntemi uygulandı. Olgulardan birinde Cryptosporidium meleagridis'e, 20 olgunun dışkı örneğinde ise Cryptosporidium parvum'a özgü bantlar saptandı.Weber'in trichrome boya yöntemi ile 4 olgunun dışkı örneğinde Microsporidium spp. sporları saptandı. PCR yöntemi ile bu olgulardan sadece birinde Microsporidium spp.'ye özgü bantlar saptandı. PCR amplifikasyonunda tüm türlere yönelik primerler olan ?panmicrosporidian primerler? kullanılarak tür ayrımı yapıldı. PCR ile parazit saptanan olgunun dışkı örneğinde Encephalitozoon intestinalis'e özgü bantlar saptandı.Sonuç: Cryptosporidium spp.'nin tanısında PCR yönteminin önemli bir yeri olduğuna, özellikle parazitin yoğun olduğu dışkılarda paraziti saptama gücünün yüksek olduğuna karar verildi. Microsporidium spp.'nin saptanmasında ise boya yönteminin tanıda geçerliliğini koruduğu, uygun DNA ekstraksiyon prosedürünün oluşturulmasına yönelik moleküler çalışmaların yapılması gerektiği düşünüldü.Anahtar kelimeler: Cryptosporidium spp., Microsporidium spp., Kinyoun acid fast, Weber'in trichrome boyası, PCR-RFLP.

AKÜ Ahmet Necdet Sezer Araştırma ve Uygulama Hastanesinde yoğun bakımdan izole edilen bakterilerde GSBL oranının yıllara göre dağılımı

Yoğun bakım üniteleri genellikle altta yatan ağır hastalığı bulunan hastaların yatırıldığı, invaziv girişimlerin sıkça uygulandığı birimlerdir. Yoğun bakım ünitelerinde infeksiyon hızının yüksek olmasının sebepleri arasında, sıklıkla uygulanan invaziv girişimler ve hastane infeksiyonları ile alet kullanım oranları arasında pozitif bir korelasyon olması yer alır.Bu çalışmanın amacı; yoğun bakım ünitelerinde karşılaşılan direnç sorunlarının ve GSBL pozitifliğinin hastanemizde yıllara göre saptanma oranını belirlemek ve gerekli önlemlerin alınmasına yardımcı olmaktır. Antibiyotik duyarlılıklarını belirlemek için Kirby Bauer Disk Diffüzyon Tekniği ile CLSI kriterleri esas alınarak incelenmiştir. GSBL pozitifliğini anlamak amacıyla ise Çift Disk Sinerji Testi uygulanmıştır.Bizim yaptığımız 5 yıllık çalışma periyodunda yoğun bakım ünitelerinden 629 suş saptanmıştır. Saptanan bu suşların %15.2'si kan, %28.5'i trakeal aspirat, %23.7'si idrar, %24.1'i yara yeri, %1.7'si balgam, %4.8'i kateter, %2'si de sonda ucu kültürlerinden izole edilmiştir. Örneklerin servislere göre oranları ise; %35.1'i anestezi, %23.5'i dahiliye, %10.8'i kalp-damar, %2.5'i beyin cerrahisi, %16.7'si genel cerrahi, %10.2'si göğüs, %1'i çocuk servisi şeklindedir.Çalışmamızda GSBL dağılımı (Toplam 629 suş için) yıllara göre 2004 %17, 2005 %21.8, 2006 %27.3, 2007 %18, 2008 %16.5 oranında gerçekleşti. Etkene göre dağılımı ise E.coli %13.3, Klebsiella %1.5, Enterobacter %0.4 ve Pseudomonas %3.8 oranında saptanmıştır.Çalışmamızda; 2006 yılındaki GSBL artış sebebinin o yıl hastanede yapılan onarımdan kaynaklandığı sonucuna varılmıştır. 2007 ve 2008 yıllarındaki artışların sebebi ise hastanemizdeki yatak sayısının üç katına çıkmış olmasıdır. Yoğun bakım ünitelerindeki GSBL oranlarının düşürülmesi ve kontrol altına alınabilmesi için Hastane Enfeksiyon Kontrol Komitesinin daha etkin çalışması, kontrol periyotlarının sıklaştırılması gerektiği kanısına varılmıştır.Anahtar kelimeler: GSBL, bakteri direnci, antibiyogram, yoğun bakım.

Akut ishal yakınmalı çocuklarda rotavirus, enterik adenovirus ve nörovirus sıklığı

Giriş ve amaç: Enterik virüsler (özellikle Rotavirüs, norovirus ve adenovirüs) bakteriyel olmayan akut gastroenteritlerin en sık nedeni olarak bildirilmiştir. Bu çalışmada gastroenteritli çocuklarda neden olan viruslerin sıklığının belirlenmesi amaçlanmıştır.Yöntem: Çalışma, Afyon ilindeki ishal etkeni virüsleri belirlemek üzere Ocak ve Aralık 2009 tarihleri arasında toparlanan örneklerde gerçekleştirilmiştir. Altı yaş altında (yaş ortalaması 2.18 ± 1.64 yıl) 150 çocuktan alınan dışkı örnekleri standart kültür yöntemleri ile patojen bakteriler ekarte edildikten sonra ELISA ile rotavirus / adenovirus ve norovirus (Ridascreen ve Biomeriux) açısından test edilmiş, yine 95 hasta örneği de RT PCR ile rotavirus açısından değerlendirilmiştir.Bulgular: 2009 yılında Afyonkarahisar ilinde gastroenterit nedeniyle hastaneye getirilen 6 yaş altı 150 çocuğun %40'ında rotavirus, 92 çocuğun %22.8'inde norovirus ELISA ile pozitif saptanmış, rotavirusun RT PCR ile araştırıldığı 95 olgunun da %15.8'inde pozitiflik belirlenmiştir. Viral gastroenterit ile gelen çocukların % 6.5'unda da karışık norovirus-rotavirüs enfeksiyonu gözlenmiştir. Çalışılan 122 hastanın altısında adenovirus pozitif bulunmuştur(%4.91). Adenovirus, Rotavirus birlikte pozitifliği 1 örnekte, Rotavirus, Nörovirus beraberliği 4 örnekte bulunmuştur.Tartışma: Rotavirus, gastroenteritlerin halen en sık etkendir. Norovirus kusmanın ön planda olduğu olgularda daha sık etken olabilmektedir. Norovirus için enfeksiyonun şiddeti düşük olmakla beraber rotavirus ile ortak enfeksiyonda artış gözlenmektedir.

Enterokoklarda antibiyotik direnç profilinin belirlenmesi

Bu çalışmada Şubat 2009-Mayıs 2010 tarihleri arasında Ahmet Necdet Sezer Araştırma ve Uygulama Hastanesi Mikrobiyoloji laboratuarımıza gönderilen çeşitli klinik örneklerden izole edilen 100 enterokok suşunun antibiyotik direnç profilleri çalışmada incelenmiştir.Bu suşların türleri Vıtek2(Biomeriux, Fr) otomatize cihaz ile belirlenmiş daha sonra E-test metodu ile tekrar çalışılmış direnç profilleri ve antibiyotik duyarlılıkları saptanmıştır. İzole edilen 100 enterokok suşunun 56'sı E.fecalis, 40'ı E.faceum, ikisi E.casseliflavus, biri E.gallinarum, biri E.avium olarak belirlenmiştir.Enterokok İzole edilen hastaların 77(%77) yatan hasta 23(%23) ayaktan poliklinik hastası idi. Suşların 43'ü idrar, 25'i yara, 26`sı kan, 6'sı periton mayi, biri vajen mataryelinden izole edilmiştir. Suşlardan yirmisi yoğunbakım, ondokuzu genel cerrahi, onbeşi çocuk hastalıkları, onikisi dâhiliye, onu enfeksiyon, beşi göğüs hastalıkları, üçü kardiyoloji, üçü kalp damar cerrahisi, biri kadın hastalıkları ve doğum kliniklerinde izlenen hastalardan izole edilmiştir.İncelenen antibiyotiklerden AMP, CN, IPM, CIP, MOX, E, CL, TEC, LZD, VA, TE ait direnç profili ve antibiyotik duyarlılıkları Vıtek2 cihazı ile incelendi. Yanısıra AMP, CN, İMP, P, CİP, VA, LZD, TEC, MIC değerleri E ?test ile belirlendi; direnç dağılımı ise söyle sıralanıyordu: %60 P, %58 AMP, %56 CN, %49 IPM, %47 CİP. Buna karşın VA, LZD ve TEC ise direnç görülmemiştir.Enterokokların önemli nozokomiyal patojenler den biri olduğu göz önüne alındığında tür tayininin, antibiyotik duyarlılığının, araştırılması gerektiği açıktır. Sonuçlardan orta duyarlı veya dirençli suşlar saptandığında MIC değerlerinin belirlenmesinin mutlaka gerekli olduğu belirtilmiştir. Hastanemiz verilerindeki yüksek direnç oranları da bu duruma işaret etmektedir.Anahtar kelimeler: E.fecalis, E.faceum, Vitek2, E-test, Glikopeptit direnci.

Klinik Acinetobacter baumannii izolatlarında direnç genlerinin moleküler yöntemlerle araştırılması

Karbapenemleride içeren çok geniş bir spektrumda birçok antimikrobiyal ajana genellikle dirençli olan Acinetobacter baumannii önemli nozokomiyal infeksiyon etkenlerindendir. Karbapenemler çoklu ilaç direncine (ÇİD) sahip suşlar ile oluşan Acinetobacter infeksiyonlarının tedavisinde önemli bir seçenek olarak kabul edilirler ve genişlemiş spektrumlu ß-laktamazlar gibi ß-laktamaz enzimlerinin çoğundan etkilenmezler. Bununla birlikte oksasilinazlar (OXA) gibi karbapenem hidrolize eden enzimlerin görülmesiyle etkinlikleri giderek azalmaya başlamıştır. Acinetobacter türlerinde karbapenem direncinin temel sebebi OXA-türü ß-laktamazlardır ve bunlardan OXA-51 türevleri, OXA-58 ve OXA-23 en çok görülenidir. Özellikle bu enzimlerin birden fazlasının bir arada olması ÇİD fenotipinin ortaya çıkmasına neden olur.Bu çalışmada, bir yıllık süreçte hastanemizde toplanan A. baumannii suşlarının antimikrobiyal duyarlılıkları ve karbapenem dirençli suşların epidemiyolojisi değerlendirilmiş yanısıra bu dirençten sorumlu olası mekanizmalardan biri olan OXA türü karbapenemazların varlığı araştırılmıştır.Temmuz 2008 - Haziran 2009 tarihleri arasında Afyon Kocatepe Üniversitesi Araştırma Uygulama Hastanesinde, farklı kliniklerden gönderilen çeşitli örneklerden izole edilen 121 A. baumannii suşu bu çalışmaya alınmıştır. İzolatların tümü konvansiyonel yöntemlerle tanımlanmış, otomatize sistemlerle doğrulanmıştır. Antibiyogram duyarlılık testleri Kirby-Bauer disk difüzyon yöntemi ve otomatize sistemlerle birlikte gerçekleştirilmiştir.Bakterinin DNA'sı iki farklı yöntemle izole edilmiş, öncelikle konvansiyonel PCR ile blaOXA genleri için optimizasyon çalışmaları yapılmıştır. Optimizasyonu takiben real time PCR ile OXA karbapenamaz enzimlerinden 4 gruba ait (blaOXA-23, blaOXA-24, blaOXA-51 ve blaOXA-58) genlerin varlığı araştırılmıştır.Duyarlılık testleri sonucunda, izolatların çoğu kolistin ve tigesiklin dışındaki birçok antimikrobiyal ajana dirençli bulunmuştur. ÇİD suşlarla oluşan infeksiyonlarda genellikle tercih edilen karbapenem grubu antibiyotiklere direnç oranlarının da oldukça yüksek olduğu gözlenmiştir. Karbapenem direncinden sorumlu OXA türü enzimlerden tür spesifik blaOXA-51 geni izolatların tümünde, yanısıra blaOXA-58 geni izolatların %19, blaOXA-23 genide izolatların %17,4 kadarında saptanmıştır.Sonuç olarak, bu suşlarda yaygın klinik kullanıma sahip olan antibiyotiklere direnç oranlarının oldukça yüksek olduğu gözlenmiş, karbapenem direncinin temel nedeni olarak blaOXA genlerinin varlığı gösterilmiştir. Bu çalışma hastanemizdeki ilk çalışma olup A. baumannii izolatlarında karbapenem direnci ve epidemiyolojisi ile ilgili yapılacak diğer çalışmaların öncüsü niteliğindedir.

Klinik örneklerden izole edilen klebsiella suşlarının antibiyotiklere duyarlılıkları

Klebsiella pneumoniae izolatlaı ; üriner sistem enfeksiyonları, üst solunum yolu enfeksiyonları ve hastane enfeksiyonlarının önemli bir ajanıdır. Çalısmamızda; Şubat 2010 ? Aralık 2010 tarihleri arasında, Afyonkocatepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji Laboratuarı Bakteriyoloji Bölümüne çeşitli kliniklerden gönderilen ve enfeksiyon süpheli hastalardan alınan idrar.balgam.trekeal aspirat,katater ucu ve yara örneklerinden toplam 98 adet K. Pneumoniae ve 2 K.oxytoca suşu izole edilmis ve bazı antibiyotiklere karsı direnç durumları ve Genişlemiş Spektrumlu Beta Laktamaz (GSBL) üreten suş sayıları belirlenmiştir.İncelenen tüm suşlar ticarcillin (%100) ve Piperacilline (%92.5) dirençli bulunmuştur.Aminoglikozid grubu antibiyotiklerden Amikacine GSBL üreten suşlarda %2 direnç gözlenmiş, GSBL üretmeyen suşlarda ise direnç gözlenmemiştir, Tobramycine GSBL üreten suşlar %58 oranında dirençli iken GSBL üretmeyen suşlarda direnç gözlenmemiştir ve Gentamicine GSBL üreten suşların %45, GSBL üretmeyen suşların ise %13 oranında dirençli oldukları görülmüstür.Sefalosporin grubu antibiyotiklerden Ceftazidime GSBL üreten suşların %83,GSBL üretmeyen suşların %20, Ceftriaxona GSBL üreten suşların %90 GSBL üretmeyen suşların %23 oranında dirençli oldukları görülmüstür.Karbepenem grubu antibiyotiklerden Ertapeneme GSBL üreten suşlarda %46,GSBL üretmeyen suşlarda %15, İmipenem ve Meropeneme GSBL üreten suşların % 34 , GSBL üretmeyen suşların %9 oranında dirençli oldukları görülmüştür.Çalışmamızda incelenen Klebsiella suşlarının % 55 oranında GSBL varlığı tespit edilmiştir. En fazla örnek Anestezi Yoğun Bakım Ünitesinden (%44) gelmiş, en fazla GSBL pozitifliği ise Göğüs Hastalıkları servisi ve Beyin Cerrahisinden (%71) gelen örenklerde tespit edilmiştir.En yüksek GSBL tespit ettiğimiz klinik örnek ise trakeal aspirat olmuştur.GSBL üreten suşlarda diğer antibiyotiklere direnç oranındada artış olduğu sonucuna varılmıştır. Dolayısıyla bu tip suşların özellikle yoğun bakım ünitelerinde düzenli izlenmesi ve kontrol önlemlerinin alınması gerekmektedir.

Klinik örneklerden izole edilen pseudomonas aerugınosa suşlarının antimikrobiyal ajanlara direnci

P. aeruginosa hastane infeksiyonuna neden olan önemli bir etkendir ve çoklu direnç gösteren izolat sıklığı giderek artmaktadır. Çalışmamızın amacı, klinik örneklerden izole edilen P.aeruginosa suşlarının çeşitli antibiyotiklere direncinin belirlenmesidir.Yapmış olduğumuz çalışmada Afyon Kocatepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Araştırma ve Uygulama Hastenesinde çeşitli servislerden gelen örneklerden Ocak 2010 ve Eylül 2011 tarihleri arasında izole edilen P. aeruginosa suşlarının çeşitli antibiyotiklere karşı duyarlılık durumları incelenmiştir. Bakterilerin izolasyonu için konvansiyonel biyokimyasal test prosedürleri kullanılmıştır. Tüm izolatların antimikrobiyal direnç durumları CLSI önerilerine uygun olarak Mueller-Hinton besiyerinde disk difüzyon yöntemiyle ve VITEK 2 Compact ile değerlendirilmiştir.Toplam 218 P. aeruginosa suşu idrar, balgam, trakeal aspirat, kateter, yara yeri ve diğer örneklerden izole edilmiştir. İncelenen suşların duyarlılık oranları aşağıdaki gibidir; Amikasin %85,8, Gentamisin %86,2, Siprofloksasin %74,8, Levofloksasin %59,6, Meropenem %61, İmipenem %61,9, Seftriakson %3,2, Sefotaksim %3,2, Seftazidim %5, Trimetroprim/Sulfametoksazol %4,6, Sefoprerazon/Sulbactam %9,2, Piperasilin/Tazobaktam %8,7, Amoksisilin/Klavulanat %4,6, Sefepim %44 ve Tetrasiklin %4,1.Bu duyarlılık oranlarının, önceki yıllara göre gösterdiği değişim, en uygun tedaviyi planlamak ve dirençli suşların seleksiyonunu önlemek için antibiyotik duyarlılık testlerinin sonuçları mutlaka göz önünde bulundurulması gerektiğine işaret etmektedir.Anahtar Kelimeler : P. aeruginosa, antibiyotik direnci.