35
Archived Theses
0
DOIs Assigned
0%
DOI Rate
Discipline
Tekrarlayan gebelik kaybı olan çiftlerde polimorfik varyant kabul edilen kromozom değişikliklerinin değerlendirilmesi
Abortus gebeliğin 20. haftasından önce embriyonun, uterustan spontan olarak atılmasıdır. Tekrarlayan gebelik kaybı (TGK) ard arda iki ya da daha fazla gebeliğin abortus ile sonuçlanmasıdır. Genel popülasyonda ilk trimester gebeliklerin yaklaşık %10-15'i spontan abortus ile sonuçlanır. Tekrarlayan gebelik kaybı ise %1-2 sıklıkla meydana gelir. Genel olarak TGK'nın etiyolojisinde %2-5 arasında genetik nedenler bulunmaktadır. İlk trimester TGK'nın %60'ı, 2. Trimester TGK'nın %10-15'i, 3. trimester ölü doğumların %5'inden kromozom anomalilerinin sorumlu olduğu bildirilmiştir. Retrospektif vaka taraması ve sağlıklı kontrol grubu ile yaptığımız çalışmamızda; 2007-2017 yılları arasında, tekrarlayan gebelik kaybı nedeniyle Afyon Kocatepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Genetik Anabilim Dalına başvuran bireylerde yapılan sitogenetik analizlerin değerlendirilmesi amaçlandı. İki ya da daha fazla tekrarlayan gebelik kaybı olan 1688 olgu klinik ve sitogenetik verileriyle birlikte değerlendirildi. Vaka grubu ile birlikte bilinen herhangi bir kalıtsal hastalığı olmayan, akraba evliliği yapmamış, sağlıklı çocuk sahibi olabilen, düşük ve/veya ölü doğum öyküsü bulunmayan 40 çiftin de sitogenetik analiz sonuçları değerlendirildi. Vaka grubunda 488 bireyin (%28.9), kontrol grubunda 13 bireyin (%16.2) polimorfik kromozom varyant taşıdığı gözlendi. Sonuçlarımız analiz edildiğinde tekrarlayan gebelik kaybı ile kromozom polimorfizmlerinin assosiasyon gösterdiği belirlenmiştir Tekrarlayan gebelik kaybı olan çiftlere karyotip analizinin yapılması çiftlerin sonraki gebeliklerinin prognozu açısından yol gösterici olacaktır.
Farklı evre kolorektal tümörlerde bazı genlerin ifadelenme düzeylerinin araştırılması
Kolorektal kanser dünyada en çok gözlenen kanserlerdendir. Dünya çapında tahmini 1.8 milyon yeni vaka ile önemli bir sağlık sorunudur. Kolorektal kanser, kolon, rektum ve/veya devamında kanserli büyümelerle tanımlanır. Kolorektal kanserin kaynağı, kolorektal epitelyumda adenom adı verilen, yavaş yavaş büyüyerek malign bir fenotipe dönüşene kadar hücre içi organizasyonunda gittikçe daha düzensiz hale gelen küçük, iyi huylu bir tümör veya poliptir. Kolon kanseri gelişimi sırasında çeşitli gen ekspresyonu farklılıklarının tespit edilebileceği iyi bilinmektedir. Tüm genom ekspresyon çalışmaları temelinde, klinik olarak kullanışlı biyobelirteçlerin tanımlanması ve daha sonra geliştirilerek tümör sınıflandırılmasında rutin teşhisin bir parçası olarak kullanılması amaçlanmaktadır. Çalışmamızda, CPEB4, APC, TRIP13, EIF2S3, EIF4A, IF , PIK3CA ve CTNNB1 genlerinin mRNA ekspresyon seviyeleri, kolorektal kanser tanısı alan 45 olgunun tümör dokuları ve periferik kan örnekleri ile 5 sağlıklı bireye ait kolon dokuları ile periferik kan örneklerinde belirlendi. Analizler için Eş-Zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu yöntemi kullanıldı. Elde edilen sonuçlar, REST 2009 software programıyla değerlendirilmiştir. Çalışmamızda tüm kolorektal tümör dokularında CPEB4 genininmRNA düzeyi kontrol grubu verilerine göre önemli derecede azalmışken (down regülasyon) (P0,05), kolorektal kanserli olgularınperiferik kanlarında önemli derecede artmıştı (up regülasyon) (P0,05). Evreler bakımından karşılaştırma yapıldığında da periferik kanda Evre I ve Evre II'de bu artış önemliyken (P0,05), evre I tümör dokularında azalma önemliydi (P0,001). Tüm kolorektal tümör dokularında APC genininmRNA düzeyi kontrol grubu verilerine göre önemli derecede azalmışken (P0,05), kolorektal kanserli olgularınperiferik kanlarında önemli derecede artmıştı (P0,05). Evreler bakımından karşılaştırma yapıldığında da Evre III periferik kanda bu artış önemliyken (P0,05), evre IV tümör dokularında azalma önemliydi (P0,05). TRIP13 mRNA düzeyi kontrol grubu verilerine göre hem kolorektal tümör dokuları ve hem de periferik kanda önemli seviyede artmıştır (P0,05). Özellikle periferik kanda evre I-II ve III'de bu artış önemlidir (P0,05). EIF2S3 mRNA düzeyi hem kolorektal tümör dokularında hem de periferal kanda kontrol grubu verilerine göre artmıştır. Bu artış sadece periferal kanda ifade (eksprese) edilen EIF2S3 düzeyi için önemlidir (P0,05). Evre I ve III periferal kanda da özellikle bu artış önemlidir (P0,05). PIK3CA mRNA düzeyi kolorektal kanser tümör dokularında kontrol grubu verilerine göre azalmışken, periferik kanda kontrole göre artmıştır. Ancak bu değişimler istatistiksel olarak önemli değildir (P0,05). Kolorektal kanser tümör dokularında EIF4A1 mRNA düzeyi kontrol grubu verilerine göre azalmışken (P0,05), periferik kanda kontrollere göre artmıştır (P0,05). Bu artış periferik kan Evre I ve III'de önemlidir (P0,05). CTNNB1 mRNA düzeyi tümör dokularında kontrol grubu verilerine göre azalmışken (P0,05), periferik kanda artmıştır (P0,05). Özellikle Evre I kolorektal kanser dokularında azalmışken (P0.05) periferik kan Evre I'de artmıştır (P0.05).IFmRNA düzeyi hem kolorektal kanser tümör dokularında hem de periferik kanda kontrol grubu verilerine göre artmıştır. Ancak bu artış önemli değildir (P0,05). Evreler bakımından değerlendirildiğinde de mRNA düzeylerinde farklı sonuçlar gözlenmiştir. Genel olarak sonuçlarımız değerlendirildiğinde ve literatürle karşılaştırıldığında, kolorektal kanserli olguların periferik kanında TRIP13 ve CPEB4 mRNA düzeylerindeki artışın, erken evre teşhisinde potansiyel bir bulgu olabileceğini düşünmekteyiz. Bu değerlendirmeye ek olarak, kolorektal kanserli olgularda EIF2S3 veEIF4A1 mRNA değişimleriyle ilgili fazla çalışma olmamasına rağmen, sonuçlarımız değerlendirildiğinde periferik kanda EIF4A1 mRNA artışı dikkat çekmektedir. Bu veriler yeni geniş kapsamlı çalışmalara ışık tutacaktır. Anahtar Kelimeler:Biyobelirteç, farklı evre, gen ekspresyonu, kolorektal tümör
Farklı evre ve derecelerdeki meme kanserli hastalarda PTEN geninin ifadelenme düzeylerinin araştırılması
Meme kanseri, kadınlarda en sık görülen ve ölümle sonuçlanmasına neden olan malignitedir. Günümüzde yeni yaklaşımlar ve yöntemler geliştirilmesine rağmen hastalığın insidansındaki artış meme kanserini çok önemli bir sağlık sorunu haline getirmiştir. Meme kanserinin gelişimine genetik ve çevresel faktörler etki etmektedir. Yapılan birçok çalışmada PTEN'in meme kanserleri içinde önemli bir tümör baskılayıcı gen olduğunu ve kaybının memede karsinogenezi indüklediği belirlenmiştir. Çalışmamızda PTEN geninin mRNA ekspresyon seviyeleri, meme kanseri tanısı alan 31 olgunun tümör dokuları ve periferik kan örnekleri ile 5 sağlıklı bireye ait meme dokuları ile periferik kan örneklerinde belirlendi. Analizler için Eş-Zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu yöntemi kullanıldı. Elde edilen sonuçlar, REST 2009 software programıyla değerlendirilmiştir. Çalışmamızda, meme kanserli hastaların tümör dokuları ve periferik kan örneklerinde PTEN gen ekspresyon değişimleri değerlendirildiğine toplam 31 hastanın 15'inde down regülasyon, 16'sında up regülasyon gözlenmiştir. Bu değişimlerin %32,3'ü istatistiksel olarak önemli seviyededir. Önemli seviyedeki bu değişimlerin %30'u down regülasyon %70'i up regülasyondur. Meme kanserli hastaların periferik kan örneklerinde PTEN gen ekspresyon değişimleri değerlendirildiğinde ise toplam 31 hastanın 23'ünde down regülasyon, 8'inde up regülasyon gözlenmiştir. Bu değişimlerin %58,1'i istatistiksel olarak önemli seviyededir. Önemli seviyedeki bu değişimlerin %83,3'ü down regülasyon, %16,7'si up regülasyondur. Kan ve doku arasında PTEN geni ekspresyon davranışları bakımından zıtlık söz konusudur. Bunun yanı sıra, meme kanseri Evre IIA'da bulunan olguların periferik kan örneklerinde analiz edilen PTEN gen ekspresyonundaki down regülasyon %92,9 oranıyla dikkat çekmektedir. Grad I-II-III'de bulunan meme kanserli hastalarda PTEN gen ekspresyonu değerlendirildiğinde her histolojik gradda tümör dokusunda PTEN geni up regüle iken periferik kanda down regüle olduğu öne çıkmaktadır. Genel olarak sonuçlarımız değerlendirildiğinde, meme kanserli olguların periferik kanında PTEN geninin mRNA düzeylerindeki azalmanın (down regülasyon), erken evre teşhisinde potansiyel bir bulgu olabileceğini düşünmekteyiz. Bu veriler yeni geniş kapsamlı çalışmalara ışık tutacaktır.
CUL4B geninin yaşa bağlı katarakt ile ilişkisinin incelenmesi
Yaşa Bağlı Katarakt, yaşlı nüfus arasında görüş kaybı ve bozukluğunun en yaygın nedeni olarak bilinmektedir. Lens epitel hücrelerinin apoptoza uğraması hücresel bazda kataraktın oluşumu için temel bir olaydır. CUL4B, cullin-RING E3 ligaz sisteminin temel bir bileşeni olarak hedef proteinlerin übikütinasyon ve proteozomal degredasyonlarını yürüterek birçok hücresel olayda görev yapar. CUL4B geninin Yaşa Bağlı Katarakt ile ilişkisi bilinmemektedir. Bu nedenle, Yaşa Bağlı Katarakt hastalarında ve HLE-B3 hücre hattındaki CUL4B gen ifadesini inceleyerek, apoptoz üzerindeki etkilerini araştırdık. Anteriör Lens Kapsülü örnekleri, oksidatif stresi taklit etmek için farklı konsantrasyonlarda H2O2 ile muamele edilmiş HLE-B3 hücre hattı örnekleri ile muamele edilmemiş kontrol örneklerinden total RNA izolasyonu gerçekleştirdik. CUL4B gen ifadesini kantitatif Real-Time PCR (RT-qPCR) yöntemi, testlerini WST-1 analizi ile yaptık. CUL4B genine özgü susturucu RNA (siRNA) kullanarak CUL4B gen ifadesini baskıladık. Deney gruplarında Bcl-2, Kaspaz 3, Bax ve Bid apoptotik markırlarının protein düzeyindeki ifadelerini Western blot analizi ile belirledik. CUL4B gen ifadesinin hem anteriör lens kapsül örneklerinde (p<0,0001) hem de H2O2 ile muamele edilmiş örneklerde, kontrole göre anlamlı düzeyde (p<0,05) azaldığını belirledik. H2O2 ile muamele edilmiş örneklerde CUL4B protein ifadesi kontrole göre anlamlı düzeyde azalmıştır (p<0,01). HLE-B3 hücre hattında siRNA aracılığıyla, CUL4B ifadesini hem mRNA (p<0,01) hem de protein düzeyinde (p <0,001) yüksek oranda inhibe ettik. CUL4B siRNA kullanılmış örneklerde, Bcl-2 ve Kaspaz 3 proteinlerinin ifadesi azalmıştır (p<0,01). Sonuç olarak, elde ettiğimiz bulgular CUL4B gen ifadesinin baskılanmasının lens epitel hücrelerinde apoptoza sebep olabileceğini göstermektedir. Yaşa Bağlı Katarakt gelişiminde ve tedavisinde CUL4B geninin etkilerinin anlaşılması için çalışma verilerimizin yapılacak yeni araştırmalara ışık tutacağını düşünmekteyiz.
Eksozomal inhibitörlerin epigenetik regülasyondaki rolü
DNA metilasyonu, epigenetik gen düzenlenmesinin temel mekanizmalarından biri olup en iyi bilinen epigenetik modifikasyondur. Bu epigenetik modifikasyon, DNA metiltransferazlar (DNMT'ler) tarafından katalize edilir ve işlevlerine göre iki gruba ayrılır: sürdürme DNMT (DNMT1) ve de novo DNMT'ler (DNMT 3A ve DNMT3B). DNA metilasyon aberasyonları, prostat kanserinde sıklıkla görülmekte ve bu durum DNMT enzim ifadelenmesinin artmasıyla ilişkilendirilmiştir. Eksozomlar, hücre-hücre iletişiminde anahtar mekanizmalarından biri olup sadece tümör progresyonunda değil, aynı zamanda alıcı hücrelerde mutasyonel olmayan epigenetik yeniden programlamada da önemli rol oynarlar. Bu bilgiler ışığında, öncelikle DNA metiltransferaz enzimlerinin prostat kanseri hücrelerinden derive eksozomal kargo molekülleri arasında transkripsiyonel ve translasyonel düzeyde yer alıp almadığını belirlemeyi, sonrasında eksozomal DNMT'lerin alıcı hücrelerde DNMT ifadelenmesini nasıl etkilediğini ve son olarak da spesifik eksozom inhibitörlerinin DNMT'lerin ifadelenmesi üzerindeki etkisini belirlemeyi amaçladık. Çalışmamızda DNMT genlerinin (DNMT1, DNMT3A ve DNMT3B) ifadelenmesi, qPCR ile analiz edildi. Protein ekspresyonu, immünblotlama yöntemi ile belirlendi. Eksozomlar ise 'exosome isolation reagent' kullanılarak izole edildi. Bu çalışma ile ilk kez, prostat kanseri-derive eksozomlarda DNMT mRNA'larının (DNMT1, DNMT3A ve DNMT3B) eksozomal kargo molekülleri arasında yer aldığını gösterdik. Sonrasında, konsantrasyon ve zamana bağlı olarak PC3 hücrelerinden derive eksozomlarla muamele edilen PC3 hücrelerinde DNMT mRNA seviyelerinde, özellikle de DNMT3A'da artış gözlemledik. Son olarak, dozdan bağımsız bir şekilde, spesifik eksozom inhibitörü GW4869'un, transkripsiyonel düzeyde eksozom içeren PC3 hücrelerinde DNMT'lerin ifadelenmesini azalttığını belirledik. Bununla birlikte, GW4869'un hem eksozom içeren hem de eksozom içermeyen PC3 hücrelerinde DNMT mRNA'larının ifadelenmesini önemli ölçüde azalttığını gözlemledik. Sonuç olarak elde ettiğimiz bulgular, DNMT mRNA'ları içeren prostat kanseri-derive eksozomların alıcı hücrelerde DNA metilasyonunun yeniden programlanmasına katkıda bulunabileceğini gösterdi. Biz de bu bulgulara dayanarak eksozom inhibitörlerinin yeni DNMT inhibitörleri olarak kullanılabileceğini önermekteyiz. Sonuçlarımızı desteklemek için bu konu ile ilgili daha fazla çalışma yapılmasına ihtiyaç vardır.
İntrauterin dönemde polihidroamniyoz saptanan olgularda genetik verilerin araştırılması
Amaç: Polihidroamniyoz, amniyotik sıvı hacminin artması (amniyotik sıvı indeksi [AFI]> 25 cm veya tek derin cep [SDP]> 8 cm) olarak tanımlanır. Yapılan çalışmalarda polihdroamniyozisin etiyolojik incelemelerinde genetik anomaliler % 8-%45 oldukça geniş bir aralıkta bildirilmiştir. Bu çalışmada amacımız, intrauterin dönemde polihidroamniyoz saptanan vakaların postnatal ve çocukluk dönemlerindeki gelişimleri, ek anomalilleri, klinik ve radyolojik bulguları ile genetik tabanlı kesin tanılı etiyolojilerini araştırmaktır. Materyal ve Yöntem: Afyonkarahisar Sağlık Bilimleri Üniversitesi Hastanesi Tıbbi Genetik Anabilim Dalına 2014 – 2021 yılları arasında başvuran hastalardan prenatal dönemde "Polihidromaniyozis" saptanan hastalar retrospektif olarak seçildi. Daha sonra bu hastalar içerisinden moleküler veya sitogenetik veya her ikisi birden genetik analiz yapılanlar toplandı. Bu analizler sonucunda hastalığın etiyolojisi genetik olarak kanıtlanmış 17 hasta seçildi. Bunlara ek olarak genetik analiz yapılmamış 8 hastaya Tüm Ekzom Dizileme analizi planlandı. Bulgular: Toplam 25 hasta çalışmaya dahil edilmiş olup hastaların 7 tanesinde karyotip analizi, 9 tanesinde Tüm Ekzom Dizileme analizi, 7 tanesinde spesifik bir tüm gen dizi analizi ve 4 hastada arrayCGH analizi ile tanı sağlanmaıştır (2 hastada 2 ayrı genetik hastalık mevcuttur). En sık saptanan hastalık grubu mental retasyon/nöromotor gerilik ile seyreden hastalık grubu (6 hsata), iskelet displazisi hastalık grubu (6 hasta) ve kromozomal anöpladi hastalık grubu (6 hasta) olarak saptandı. Bunları sırasıyla kromozomal yeniden düzenlenme hastalık grubu (4 hasta), rassotapi hastalık grubu (2 hasta), makrosefali ile seyreden hastalık grubu (1 tane) ve konjenital musküler distrofi grubu (1hasta) seyretti. Hastaların13 tanesinde nöromotor gelişim geriliği ve 10 hastada konuşmada gecikme saptanmıştır. Sonuç: Prenatal dönemde polihdroamniyozis genetik etiyolojisi olan hastalıklarda dikakt edilmesi ve sorgulanması gerekilen bir parametredir. Bu çalışmada özellikle kromozomal anöpladi, iskelet displazisi ve nöromotor gelişim geirliği ile seyreden hastalıklarda polihidrodroamniyozis önemli bir belirteç olarak sunulmuştur. Anahtar Kelimeler: Polihidroamniyoz, İskelet displazisi, Kromozomal anöploidi
Nöral tüp defekti olan hastalarda genetik verilerin araştırılması
Santral sinir sisteminin kompleks ve heterojen anomalilerinden biri olan nöral tüp defektleri (NTD), merkezi sinir sisteminin bozulmuş gelişimi ile karakterize, embriyoda nöral tüpün tam olarak kapanmaması sebebiyle meydana gelen anomalilerdir. Bu çalışmada, NTD tanısı almış dokuz olguda tüm ekzom dizileme (TED) verilerinin analizi ile genetik etiyolojilerinin araştırılması amaçlandı. İncelenen dokuz olguda NTD ve eşlik eden diğer patolojik fenotiplere neden olabileceği düşünülen toplam 30 varyantın fenotip korelasyonu değerlendirildi. Bu çalışma, NTD'nin multifaktöriyel doğası gereği katkılı birden fazla genin nöral tüpün oluşumundaki yolaklardan herhangi birisinde kesinti oluşturmasıyla meydana geldiği yargısını destekledi. Çalışmamız NTD'nin, ayırıcı tanısının geniş bir yelpazede değerlendirilmesi gerekliliğini ve WES gibi kapsamlı moleküler analizlerin ayırıcı tanıdaki katkısını gözler önüne sermektedir. NTD'nin etiyolojisini belirlemede WES analizinin etkinliğini değerlendirebilmek için daha büyük hasta gruplarında analizlerin ve fonksiyonel çalışmaların yapılmasına ihtiyaç vardır.
Multiple miyeloma'da toll like reseptörleri ve sinyal yolu bileşenlerinin hastalık patolojisiyle ilişkisinin incelenmesi
Multiple miyeloma (MM) genellikle 50 yaş üzerinde ortaya çıkmaktadır. Kemik lezyonları ile karakterize bir plazma hücre malignitesidir. Tedavi, kemoterapi ajanları, immünomodülatörler ve proteazom inhibitörleriyle (Pİ) yapılmaktadır. MM hücreleri tüm ökaryotik hücrelerde hayati öneme sahip proteazomun mutant bir formuna sahip olduğu için Pİ'ler tedavide oldukça etkili ve kullanışlıdır. Karfilzomib ve İxazomib, immünoproteazom üzerinde farklı etki mekanizmalarına sahip ikinci nesil Pİ'lerdir. Diğer taraftan, apoptozdan kurtulma terapide MM hücre sağ kalımının ana mekanizmalarından biri olarak öne çıkmaktadır. Venetoklaks, antiapoptotik proteinlere seçici olarak bağlanan ve proapoptotik proteinler üzerindeki aktivitelerini inhibe eden bir ajandır. Çeşitli hematolojik malignitelerin tedavisinde kullanımı onaylanmıştır. Günümüzde bu ajanların kombinasyonel kullanımıyla MM tedavisinde daha etkili ve düşük toksisiteli antitümör sistemlerinin geliştirilmesi hedeflenmektedir. Bunlara ek olarak MM tedavisinde farklı seçeneklerin üretilmesi araştırma konusudur. Toll like reseptörlerinin (TLR) fonksiyonunun deşifre edilmesi ve kanser tedavisinde kullanılabilecek mekanizmalardaki rolünün anlaşılması önemlidir. Bu nedenle MM hücrelerindeki TLR'lerin terapide ilaca duyarlılaştırma stratejisi olarak kullanımı yakın zamanda ön plana çıkmıştır. Bu bağlamda çalışmanın amacı, TLR1/2 agonisti, anti-apoptotik protein inhibitörü ve yeni nesil proteazom inhibitörlerinin kombinasyonel kullanımının antikanser etkinliğinde sinerjisini araştırmaktır. MM modeli olarak U266, RPMI 8226 ve NCI H929 hücre hatları kullanıldı. TLR1/2 agonisti Pam3CSK4, anti-apoptotik protein inhibitörü Venetoklaks, yeni nesil proteazom inhibitörleri Karfilzomib ve İksazomib ajanları ile deney uygulamaları yapıldı. Hücre proliferasyonları, gen ekspresyon profilleri, anti-apoptotik yanıtlar ve sitotoksik direnç mekanizmaları agonist ve inhibitör kombinasyonlarıyla analiz edildi. Proliferasyon, gen ekspresyonu ve protein kantitasyonu sırasıyla WST, RT-PCR ve Western Blot teknikleriyle incelendi. TLR1/2 ligandı Pam3CSK4 varlığında, 3 hücre hattında TLR sinyal yolunun aktivasyonu gerçekleşti. Anti-apoptotik protein inhibitörü verimli şekilde hücre ölümünü indükledi. Karfilzomib, İksazomib'e göre doza ve zamana bağlı olarak daha etkili inhibisyona ve apoptoza yol açtı. Proliferasyonun inhibitörler ve hücre hatları arasında heterojen olduğu gözlendi. Normal kültür koşullarında elde edilen IC50 değerlerinin TLR1/2 agonistli ve anti-apoptotik protein inhibitörlü kombinasyonlara göre daha düşük olduğu gözlendi. TLR1/2 sinyal yolunda görevli adaptör proteinlerin ve apoptoz ilişkili proteinlerin gen ekspresyonunda oldukça heterojen bir profili bulundu. Benzer şekilde TLR1/2 sinyal yoluna ve kemoterapik ajanlara bağlı gelişen apoptotik proteinlerin ekspresyonunda oldukça heterojen bir profil belirlendi. Bulgularımız, MM hücrelerinde proteazom inhibitörleri aracılığıyla oluşturulan stresin gerek apoptotik protein inhibitörleri gerekse TLR sinyal yolunu uyarıcı ligandlarla modülasyon potansiyelini gösterdi. Verilerimiz MM tedavisinde TLR agonistlerinin, yeni nesil proteazom inhibitörlerinin ve anti-apoptotik protein inhibitörlerinin kombinasyonlarının etkili olabileceği göstermektedir.
Bipolar hastalığı olan ailelerdeki genetik değişimlerin araştırılması
Bipolar bozukluk (BD), hastaların ve ailelerin yaşam kalitesini güçlü bir şekilde etkileyebilen duygudurum dalgalanmaları (depresif ve manik evreler) ile karakterize ciddi bir psikiyatrik bozukluktur. Genel popülâsyonda BD'nin yaşam boyu yaygınlığı %1 olarak bildirilmiştir. BD patogenezi bilinmemektedir; ancak kapsamlı epidemiyolojik araştırmalar, hem genetik hem de çevresel faktörlerin rol oynadığını göstermiştir. Mevcut proje kapsamında hastalığın ortaya çıkmasından sorumlu genetik değişimin tespiti ve genotip-fenotip korelasyonu yapılması amaçlanmaktadır. Bu amaçla bipolar hastalığı olan üç ailenin ailevi segregasyon gösteren altı bireyden oluşan hasta grubu ekzom dizileme yöntemi ile patojenik genler belirlenmiş ve genetik yatkınlık değerlendirilmiştir. BD ile muhtemel ilişkili olabilecek 16 varyant tespit edilmiştir. Bu varyantlardan BD'nin patogenezinde rolü olan novel gen (TMTC1, ITIH1) varyantları ve BD ile ilişkili olabileceği bildirilen aday gen (CACNA1C, DGKH) varyantları bulundu. Bu genlerin hastalığın etiyolojisindeki yeri ile tanı ve tedavisindeki potansiyel yerini belirlemek için daha büyük hasta gruplarında prospektif çalışmaların yapılmasına ihtiyaç vardır. Yürütülen bu tez çalışması bilgimize göre ülkemizde yapılan metodik açıdan kapsamlı ilk çalışma olup muhtemel BD ile ilişkili olabilecek genlerin belirlenmesine ve hastalığın etiyopatogenezine katkı sağlama potansiyeli taşımaktadır.
Retinitis pigmentoza ve bipolar bozukluk arasındaki ilişkinin incelenmesi
Retinitis pigmentoza (RP), fotoreseptör hücre ölümü ve retina pigment epitel atrofisinin neden olduğu görme kaybının ilerleyici bir formu olup, genetik olarak heterojen retinal distrofilerin en yaygın çeşitidir. RP'nin dünya çapındaki prevalansının %0,25 olduğu kabul edilmektedir. Bipolar bozukluk (BB) ise, beynin yapısal ve işlevsel değişiklikleri sonucu manik, hipomanik ve depresyon ataklarının dönüşümlü olarak seyrettiği kronik ve genetik heterojeniteye sahip duygudurum bozukluğudur. BB'nin dünya çapındaki prevelansı %0,1 olarak kabul edilmektedir. Bu iki hastalığında moleküler patolojisi henüz kesin olarak aydınlatılmamıştır. Retina ve beyin ortak embriyolojik kökene sahiptir. Literatürde retina dejenerasyonları ve farklı nörodejeneratif hastalıkların birbirleriyle ilişkili olabileceğini öne süren genom çapında ilişkilendirme çalışmaları (GWAS) bulunmaktadır. RP ve BB hastalıklarının her ikisini de bulunduran olguların varlığı nedeni ile bu hastalıklarının moleküler patolojilerinde ortaklaşan yolakların olabileceği akla gelmektedir. Çalışmamızda, hem RP hem de BB hastalıklarının etiyolojisinde etkisi olabilecek genetik alt yapının örtüştüğü olası genotipleri açığa çıkartabilmek amacıyla bu hastalıkların kümelendiği birbiriyle ilişkisiz üç aileden oluşturulan 10 kişilik örneklemde tüm ekzom dizileme (WES) yöntemi ile genotiplendirme yapılmıştır. WES analizi ile 15 varyant tanımlanarak genotip-fenotip korelasyonu yapılmıştır. Bu varyantların dördünün patojenik olduğu bilinmektedir. Patojenik varyantların biri RP fenotipi ile ilişkilendirilmiş olan RHO genindeki c.1033G>A varyantı, üçü daha önce farklı patolojik fenotipler ile ilişkilendirilmiş olan genlere ait KCNN2:c.2005C>T, PAH:c.782G>A, DMD:c.3G>A varyantlarıydı. Diğer 11 varyant veri tabanlarında VUS olarak değerlendirilmişti. Bu varyantların beşi novel olup, DCC, RP1L1, CACNA1C, TNNT3, CHM genlerinde tespit edildi. RP ve BB'ye aynı anda etki edebileceğini düşündüğümüz patojenik RHO:c.1033G>A:p.val345met varyantı çalışmamızın en önemli bulgusunu oluşturmaktadır. Çalışmamız RP ve BB hastalıklarının etiyolojisinde ortak bir genetik etken olup olmadığını WES analizi üzerinden değerlendiren ilk çalışmadır. Sonuçlarımız literatüre bu iki hastalığın genetik temelinin aydınlatılması ve bütünleştirici sağlık uygulamalarının oluşturulmasına katkı sağlayacak veriler sunmaktadır.
GBA1 (Glukozilseramidaz beta 1) geni varyantlarının parkinson hastalığı ile ilişkisinin retrospektif araştırması
Parkinson Hastalığı tremor, rijidite ve bradikinezi ile karakterize, ikinci sıklıkta görülen nörodejeneratif hastalık olup, 60-65 yaş prevalansı %0,5–1 iken; ≥80 yaş prevalansı ise %1-3'e çıkmaktadır. Erkeklerde daha sık gözlenmektedir. Hastalığın kardinal özellikleri nigrostriatal dopaminerjik nöronların kaybı ile ortaya çıkmaktadır. Kesin tanısı patolojik inceleme ile konurken, rutin tanıda klinik tanı kriterleri kullanılmaktadır. Etiyolojisinde çevresel ve genetik etkenlerin karmaşık etkileşimi söz konusudur. Büyük oranda idiopatik olmakla birlikte %10-15'ini ailesel, %5-10'unu da monogenik form oluşturmaktadır. En büyük genetik risk faktörünün GBA1 genindeki değişimler olduğu gösterilmiştir. Çalışmamızda 40 Parkinson hastasının klinik ve Yeni nesil dizileme ile elde edilen genotipik verileri retrospektif olarak incelenmiştir: 8 hastada (%20) 7 farklı GBA1 geni varyantı, 4 hastada (%10) Parkinson ilişkili diğer genlerde (PINK1, LRRK2, PRKN, PLA2G6) hastalık yapıcı değişimler saptanmıştır. Saptanan GBA1 geni varyantlarının 5'i (N409S, T408M, S310G, V499L, [D448H;H294Q]) literatürde daha önce Parkinson hastalarında bildirilirken; 2'si (A308T, c.533del) ilk defa çalışmamızda tespit edilmiştir. Hastalarımız arasında GBA1 varyantı taşıyan olgulardaki bilişsel bozukluk sıklığı (%50) taşımayanlara (%9,1) göre anlamlı derecede yüksek saptanırken (p=0,029); diğer klinik özellikler ve hastalık başlangıç yaşı açısından GBA1 varyantı taşımayan hastalarla benzer ortalamalara sahip oldukları gözlenmiştir. Parkinson hastalarında GBA1 geni varyantlarının tespiti ve genotip-fenotip ilişkilerinin aydınlatılması, hastaların klinik takibinde prognoz tahmini için önemli kazanımlar sağlayabilir; klinik çalışmaları devam eden hedefli tedaviler açısından da aday hastaların belirlenmesine katkıda bulunabilir. Bu çalışma, ülkemizde Parkinson hastalarında GBA1 geni varyantlarının incelendiği nadir çalışmalardan bir tanesidir ve örneklem boyutumuzun küçüklüğüne rağmen saptadığımız GBA1 geni varyantlarının çeşitliliği, Türk popülasyonunda bu alana yönelik daha fazla çalışmalar yapılması gerekliliğini ortaya koymaktadır.
İmmün olmayan hidrops fetalis olgularında tüm ekzom dizileme ile aday genlerin tespiti
İmmün-olmayan hidrops fetalis gebelik takiplerinde tespit edilen, sıklıkla letal seyreden önemli prenatal anomalilerden biridir. Ultrasonografik olarak tanı alan bu olguların etiyolojisinde birçok farklı genetik hastalık yer almaktadır. Rutin klinik uygulamalarında kullanılan prenatal karyotipleme ve kromozomal mikrodizileme yöntemleri ile olguların ortalama %25'ine tanı koyulabilmekte fakat etiyolojide yer aldığı bilinen tek gen hastalıklarının tespiti mümkün olmamaktadır. Bu çalışmada rutin takiplerinde fetal asit, plevral veya perikardiyal efüzyon, cilt ödemi, kistik higroma, artmış ense kalınlığı bulgularından bir veya daha fazlasına sahip açıklanamayan altı fetal örnek trio olarak tüm ekzom dizileme ile incelendi. Tespit edilen varyantlar birinci basamakta minör allel frekansları ve protein üzerindeki etkileri dikkate alınarak filtrelendi ve güncel ACMG kılavuzu kriterleri kullanılarak sınıflandırıldı. Tanısal varyant tespit edilemeyen olgulardaki varyantlar STRING, DAVID veri tabanları ve in-silico patojenisite skorları kullanılarak aday gen ve yolakların tanımlanması için incelendi. Yapılan çalışma ile immün-olmayan hidrops fetalis olgularında tek gen hastalıklarının etiyolojide oynadığı rolün aydınlatılması ve aday genlerin tanımlanması amaçlandı. Tüm ekzom dizileme sonucunda olgu başına ortalama 42.468 varyant analiz edildi. Birinci basamak filtreleme sonucunda iki olguda RIT1: c.297T>G ve RIT1: c.321G>C tanısal varyantları tespit edildi. Tanısal varyant tespit edilmeyen dört olguya yapılan in-silico fonksiyonel analizlerde toplam 66 aday varyant önerildi ek olarak iki olguda tanısal potansiyele sahip COL2A1: c.1300C>T ve SMARCC2: c.3128del genetik varyantları saptandı. Tanısal varyant tespit edilemeyen olgularda yapılan varyant yükü analizlerinde ortak hücresel yolak gözlemlenmedi. Olgular tek başlarına incelendiğinde pantotenat ve koenzim A biyosentez, tiroid hormon sentez yolaklarında anlamlı artmış varyant yükü saptandı. Yapılan çalışma ile kromozom analizleri normal tespit edilmiş immün-olmayan hidrops fetalis olgularında tüm ekzom dizilemenin klinik olarak fayda sağlayabileceği gösterilmiştir. Çalışma sonucunda iki olguda tanısal varyant tespit edilmiş ve iki olguda ise kliniği açıklayabilecek potansiyel varyant saptanmıştır. Tanısal varyant tespit edilemeyen olgularda yapılan in-silico analizler ile immün-olmayan hidrops fetalis kliniği ile ilişkili aday genler ve varyantlar belirlenmiştir. Bu varyantların fizyopatolojik etkilerinin kesinleştirilebilmesi için ek çalışmalara ihtiyaç duyulmaktadır. İmmün olmayan hidrops fetalis etiyolojisi hakkındaki bilgilerin artması ile bu olgularda tanı, tedavi, izlem ve önlem için yeni algoritmaların geliştirilmesi mümkün hale gelecektir.
Aritmojenik sağ ventrikül kardiyomiyopatisi (ARVC) hastalarında yeni nesil dizileme ve çoklu ligasyona bağlı prob amplifikasyonu yöntemleri ile mutasyonların saptanması ve olası fenotip ilişkisi
Aritmojenik sağ ventrikül kardiyomiyopatisi (ARVC), iyi karakterize edilmiş kalıtsal bir hastalıktır. Erişkin popülasyondaki prevelansı 1/2000-1/5000'dir. Hastalarda en sık PKP2, DSP ve DSG2 gen mutasyonları tespit edilmektedir. Ancak klinik tanı kriterini karşılayan hastaların yaklaşık %40-50'sinda genetik neden tespit edilememektedir. Mutasyon saptanmayan hastalarda, ARVC'den kopya sayısı değişikliklerinin veya henüz bilinmeyen gen mutasyonlarının sorumlu olabileceği düşünülmektedir. ARVC hastalarının ülkemizdeki durumu hakkındaki veriler ise çok kısıtlıdır. Bu tez çalışmasına ARVC tanısı ile yönlendirilen 24 hasta ve 10 aile yakını dahil edilmiştir. Hastaların 54 geni içeren Kardiyomiyopati Yeni Nesil Dizileme (YND) panel ve PKP2, DSG2, DSC2, JUP, DSP, TGFB3 ve RYR2 genleri çoklu ligasyona bağlı prob amplifikasyonu (MLPA) sonuçları ile klinik özellikleri retrospektif olarak incelenmiştir. Çalışma popülasyonunda YND analizi ile 3 patojenik, 6 olası patojenik ve 86 klinik önemi bilinmeyen değişiklik saptanmıştır. Buna göre 54 genden oluşan Kardiyomiyopati YND panel analizinin ARVC olgularında tanısal değeri %37,5 olarak bulunmuştur. En sık mutasyon saptanan gen PKP2 genidir. Varyantlardan PKP2 geni c.939delC ve c.713del ile DSP geni c.803del değişimleri daha önce bildirilmemiş yeni değişimlerdir. Saptanan PKP2 c.939delC değişimi birbiri ile ilişkisiz 3 olguda saptanmıştır ve bölgemiz için kurucu mutasyon olabileceği düşünülmüştür. Bu amaçla ileri tetkiklere ihtiyaç vardır. Olgularda MLPA analizi sonucunda delesyon ya da duplikasyon saptanmamıştır. Bu çalışma ülkemizde yapılmış YND ve MLPA yöntemlerini kullanan ilk ARVC olgu serisidir. ARVC'de genetik testler, saptanan patojenik sonuç ile aile taraması yapılmasına ve risk altındaki aile bireylerinin tespit edilebilmesine olanak sağlamaktadır. Çalışmalar arttıkça ARVC'nin genotip-fenotip ilişkisi daha iyi anlaşılacak ve klinikte kişiselleştirilmiş yaklaşımlar mümkün olacaktır.
Fetal dönemde kontraktürlerle seyreden sendromların moleküler etiyopatogenezinin yeni nesil dizileme yöntemleri ile araştırılması
Çoklu konjenital kontraktürler (multiple congenital contractures, MCC); diğer adıyla Artrogripozis multipleks konjenita, iki veya daha fazla vücut bölgesinde bulunan konjenital kontraktürleri niteleyen fenotipik bir tanımlamadır. Tüm ekzom dizileme (TED), bu tip genetik ve fenotipik heterojenite gösteren hastalık gruplarının moleküler etiyolojisinin aydınlatılmasında etkin bir yaklaşım haline gelmiştir. Araştırmamızda, letal MCC spektrumunda değerlendirilen olgularda tüm ekzom dizileme (TED) ile moleküler etiyolojinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Çalışmamıza 11 aileden 15 etkilenmiş fetus dahil edildi. Array-CGH analizi normal sonuçlanmış 11 indeks olguda TED analizi yapıldı. Bütün varyantlar Sanger sekanslama ile doğrulandıktan sonra ailevi segregasyon analizleri gerçekleştirildi. Sekiz ailede COG6, NEB, RAPSN, KIAA1109, DOK7, HSPG2 ve PSAT1 genlerinde bilinen veya novel nitelikte patojenik/olası patojenik varyantlar saptandı. Etiyopatogenezin aydınlatıldığı üç olguda biallelik VPS13B, DNAH9 ve USH2A değişimlerinin saptanması ile olguların ikinci bir tek gen hastalığından etkilendiği gösterildi. Ayrıca, aynı aileden üç benzer etkilenmiş fetusta USP14 geninde çerçeve kaymasına neden olan homozigot bir varyant saptandı. Olgulardaki fenotipin literatürdeki Usp14-mutant fare modelleri ile benzerliği ve çalışmamız kapsamında yapılan RT-qPZR deneyleri, saptadığımız varyantın yeni bir MCC fenotipi ile ilişkisini güçlü bir şekilde destekledi. Böylelikle TED analizi ile kohortun %81,8'inde moleküler etiyoloji belirlenmiş oldu. Çalışmamız, tamamı fetal olgulardan oluşan ilk MCC kohort çalışmasıdır. Elde edilen veriler ile; letal MCC fenotiplerinde klinik ve moleküler spektrum genişletilmiş, genotip-fenotip korelasyonuna katkıda bulunulmuş ve USP14-ilişkili ilk insan fenotipi tanımlanmıştır.
Sebebi açıklanamayan erkek infertilitesinin açıklanmasına tüm ekzom analizlerinin katkısı
Amaç: Tekrarlayan gebelik kaybı öykülü (≥2) veya sekonder infertil olan çiftlerde kromozom ve Y mikrodelesyon anomalisi taşımayan erkek faktörün genetik etiyolojisinin yeni nesil dizileme yöntemiyle araştırılması amaçlanmaktadır. Yöntem: İstanbul Üniversitesi, İstanbul Tıp Fakültesi, Tıbbi Genetik Anabilim Dalı'na 2014-2020 yılları arasında başvuran primer/sekonder infertilite ile tekrarlayan gebelik kaybı yaşayan çiftlerden tanıya katkının arttırılması için 34 anne adayına daha önceden Dr. Ezgi Gizem Berkay'ın doktora tezi kapsamında tüm ekzom dizi analizi yapılmış olup bu çiftler arasından etiyogenezi aydınlatılamayan 10 baba adayı seçildi Bulgular: Çalışma kapsamında, 8 olguda fenotip ile ilişkili olabilecek genlerde 14 varyant tespit edildi. İki olguda infertilite/TGK ile ilişkilendirilmiş aday genlerde herhangi bir varyant saptanmadı. Bir olguda TCC21B geninde saptanan patojenik bir varyant ile (Olgu 1) (%10) etiyoloji aydınlatıldı. Dört olguda CFTR geni ilişkili (%40), patojenik olarak tanımlanmış veya veritabanlarında patojenitesi henüz tam olarak aydınlatılamamış taşıyıcılık saptandı. Yedi olguda infertilite ve TGK kliniği ile ilişkisi net olarak açıklanamamış ancak aday genler arasında yer alan varyantlar saptandı (%70). Serimizde 2 olguda direkt infertilite ile ilişkili olmayan 2 gende patojenik varyant saptandı (%20). Bu hasatlıklardan biri dermatolojik (iktiyozis vulgaris), diğeri ise BMD ile ilişkiliydi. Sonuç: İnfertilite/TGK ile ilişkilendirilmiş aday genlerin saptanması bu genlerin fenotip-genotip ilişkisini güçlendirmiştir. 2 olguda araştırma amacı dışında klinik durumların saptanması tanı veya araştırma amaçlı TED analizi yapılacak olgularda genetik danışmanın önemini göstermektedir. Anahtar kelimeler: tekrarlayan gebelik kaybı, infertilite, yeni nesil dizileme Bu çalışma, İstanbul Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi tarafından desteklenmiştir. Proje No: 36968
Pre-perinatal dönemde ayırıcı tanıda osteogenezis imperfekta düşünülen olgularda yeni nesil dizilemenin kesin tanıya katkıs
Giriş: Osteogenezis İmperfekta, ISDS sınıflamasında 'azalmış kemik dansitesi' grubunda yer alan ve sıklığı 1/10,000-20,000 arasında bildirilen, şiddeti ve başlama yaşı perinatal letal formlardan, ilerleyen yaşlarda saptanan hafif formlara kadar değişkenlik gösteren bir hastalıktır. Major bulguları, azalan kemik kitlesi, kemik kırılganlığında artış, mavi sklera, dentinogenezis imperfekta, işitme kaybı, laksite, artmış eklem hareketliliği, kısa boy, kolay morarma, göz, kardiyo-pulmoner ve nörolojik anomalilerdir. Olguların %85'i Tip-1 kollajeni kodlayan genlerin dominant mutasyonlarıyla ilişkili olup, son 15 yılda sentez, katlanma, posttranslasyonel modifikasyonlar, şaperon fonksiyonları ve osteoblastik aktivite gibi farklı görevlere sahip proteinlerin resesif mutasyonlarıyla da ilişkilendirilmiştir. Yöntemler: Bu çalışmada, İstanbul Tıp Fakültesi, Tıbbi Genetik AD polikliniğinde, 2000- 2019 tarihleri arasında pre/perinatal dönemde ayırıcı tanıda OI tanısı alan 26 fetal olguda, Ion Torrent platformunda özgün tasarlanan OI ve azalmış mineralizasyon ilişkili 26 geni kapsayan panel-gen testinde, yeni nesil dizileme tekniğiyle (YND) elde edilen varyantlar değerlendirildi. Sonuçlar: ACMG kriterleri baz alınarak değerlendirilen 26 olguda 4 farklı gende (COL1A1, COL1A2, IFITM5, P3H1), toplam 17 varyant saptandı (tanı, %65,3). Olası patojenik varyantlar Sanger dizi ile doğrulandı, uygun ailelerde segregasyon analizi yapıldı. Patojenik varyant saptanmayan olgularda, MLPA analiziyle COL1A1 genindeki olası delesyon/duplikasyonlar dışlandı. Tüm olgu grubunda YND sonuçlarında kopya sayısı varyant (KSV) analiz programı kullanılarak büyük delesyon ve duplikasyonlar dışlandı. Tartışma: Bu çalışmada, tasarlanan panel-gen testinin OI'nın moleküler tanısındaki etkinliği, olası genotip-fenotip korelasyonu ve letal iskelet displazilerinde genetik danışmanın önemi vurgulandı. Anahtar Kelimeler: OI, YND, genetik danışma, letal
Klasik galaktozemi'de GALT geni mutasyon spektrumu ve genotip-fenotip ilişkisinin araştırılması
Amaçlar: Klasik galaktozemi, galaktoz-1-fosfat üridiltransferaz enzim eksikliği nedeniyle ortaya çıkan, otozomal resesif bir hastalıktır. İlişkili genetik varyantlar 11 ekzonlu GALT geninde DNA dizi analizi ile saptanabilen küçük mustasyonlar olmasına rağmen %1 oranında büyük delesyonlar da bildirilmektedir. Bu çalışmada, klasik galaktozemi klinik tanısı alan olgularda genetik etiyolojinin açıklanması, genotip-fenotip ilişkisinin araştırılması, toplumumuzdaki GALT geni mutasyon spektrumunun belirlenerek moleküler genetik analiz için uygun yaklaşımın kararlaştırılması amaçlandı. Gereç ve Yöntemler: Çalışmaya, klinik ve biyokimyasal bulgularla klasik galaktozemi tanısı alan 90 olgu dâhil edildi. Olgularda ilk aşamada GALT geninde Sanger dizi analizi ile küçük varyantlar, kalıtım modeli ile uyumlu varyant saptanmayanlarda ikinci aşamada MLPA tekniği ile büyük mutasyonlar araştırıldı. Bulgular: Olguların %90'ında dizi analiz yöntemi ile 17'si daha önce tanımlanmış dördü novel (p.R67Pfs*19, p.S236Rfs*30, p.S156*, p.V243I) varyant saptandı, MLPA analizi ile herhangi bir delesyon/duplikasyon saptanmadı. Olgu grubumuzda en sık (%42) ekzon 6'da p.Q188R, ardından ekzon 10'da p.E340* (%15) ve p.R67Pfs*19 (%8) saptandı. Tartışma: Toplumumuzdaki p.Q188R sıklığı Avrupa sonuçları ile uyumluydu. Literatürde Türkiye polülasyonuna özgün olduğu bildirilen p.E340*, çalışmamızda en sık saptanan ikinci varyant oldu. Üçüncü sıklıkla saptadığımız p.R67Pfs*19 ise novel değişimdi. Bu sonuçlarla, GALT geninde sadece ekzon 6 ve 10'un dizilenmesi ile olguların yaklaşık %65'ine moleküler tanı verilebileceği gösterildi. Çalışmamızda MLPA analizinde büyük mutasyon saptanmaması, olgulardaki ön tanıdan daha sonra uzaklaşılmış olması ile açıklanabilir. Klinik olarak galaktozemi ön tanısı alan ve GALT geninde dizi analizinde patojenik varyant saptanmayan olguların MLPA analizi öncesinde klinik açıdan yeniden değerlendirilmesinin uygun olacağı düşünüldü.
MEFV geninde "mutasyon saptanamayan veya tek mutasyon saptanan" ailesel Akdeniz ateşi olgularında, farklı gen varyantlarının araştırılması
Ailevi Akdeniz Ateşi (FMF); kendini sınırlayan ateş atakları ve beraberinde seröz zarların inflamasyonu ile seyreden bir otoinflamatuar hastalıktır. Ülkemizde en sık görülen genetik hastalıklardan biridir ve otozomal resesif kalıtımlı olduğu kabul edilmektedir. MEFV geni biallelik mutasyonları ile ilişkilendirilmesine karşın olguların yaklaşık %25-30'unda sadece tek mutasyon saptanmaktadır veya hiç mutasyon saptanmamaktadır. Bu çalışmada 2019 yılı içerisinde Tel-Hashomer kriterleri doğrultusunda kesin tanı konulan, kolşisin tedavisine olumlu yanıt vermiş fakat genetik incelemede biallelik MEFV mutasyonu saptanmayan 5 indeks olgu ve birinci derece akrabaları olmak üzere toplam 17 bireyde tüm ekzom dizileme çalışılmıştır. MEFV harici genlerde kliniğe sebep olan yeni varyantların ortaya çıkarılması amaçlanmıştır. Tüm ekzom dizileme sonucu olgularda kişi başına saptanan ortalama 33.474 varyant minör allel frekansları ve protein üzerindeki etkileri temel alınarak filtrelenmiş ve güncel kılavuzlara göre analiz edilmiştir. Beş indeks olgunun tamamında ortak olarak bulunan bir genetik değişim saptanmamıştır. Varyantların ilişkili bulundukları hücresel yolaklar belirlenerek karşılaştırılmış fakat ortak olarak etkilenmiş bir yolak tespit edilmemiştir. Olgular bireysel olarak incelendiğinde immunite ilişkili yolaklarda bir olguda BIRC2 geninde, bir başka olguda ise BCL10 geninde de novo varyantlar saptanmıştır. Bu varyantların fizyopatolojik ilişkisinin kesinleştirilebilmesi için ek çalışmalara ihtiyaç duyulmaktadır. Bu çalışma; monoallelik MEFV mutasyonlu FMF olgularında yapılan literatürdeki en geniş çaplı etyolojik araştırma özelliği taşımaktadır. Olguların tamamında genotip-fenotip korelasyonu kurulmasını sağlayacak tek bir nadir varyant bulunmadığı gösterilmiştir. Söz konusu olgularda geniş serilerde poligenik/multifaktöryel etkenlerin araştırılması gerekliliği ortaya konmuştur. FMF genetiği hakkındaki bilgilerin artmasıyla gelecekte doğru tanı, tedavi ve izlem algoritmaları geliştirilebilecektir.
Adıyaman ilinde akut koroner sendrom olgularında miRNA ekspresyon düzeylerinin belirlenmesi
Koroner Arter Hastalığı (KAH) zemininde gelişen Akut Koroner Sendrom (AKS) tüm dünyada ve ülkemizde ölüm ve iş göremezliğin başlıca nedenidir. KAH ve AKS etiyolojisinde geleneksel olarak bilinen risk faktörleri ve yeni tanımlanmış diğer risk faktörlerinin dışında genetik temelli nedenler de önemli bir rol oynamaktadır. KAH gelişiminden sorumlu olan aterosklerozun patofizyolojisinde çevresel faktörler tarafından modifiye edilen ve genler tarafından kodlanan birçok enzim, reseptör, taşıyıcı, ligand, protein, belirteç ve bunların birbiri ile etkileşim içinde olduğu birçok yolak yer almaktadır. Gen ekspresyonunda ve regülasyonunda etkileri olduğu son yıllarda anlaşılan kısa kodlanmayan RNA'ların önemli bir üyesi olan Mikro RNA'ların dolaşımda bulunduğunun tespit edilmesinden sonra özellikle de akut miyokart enfarktüsü ve kalp yetmezliğinde yeni belirteçler olarak araştırılmaya başlanmıştır. Çalışmamızda Adıyaman ilinde KAH ve AKS nedeniyle tanı ve tedavi amaçlı koroner anjiyografi yapılan olguların serum miRNA ekspresyon düzeyleri ölçüldü. Bu amaçla koroner anjiyografisi normal olan (<%50 darlık, non-obstrüktif ) 45 olgu, koroner arterlerinde kritik darlık saptanıp ( ≥%50 darlık, obstrüktif ) KAH tanısı alan 45 olgu, koroner arterlerinde tam tıkanıklık saptanıp akut MI tanısı alan 45 olgu olmak üzere üç ayrı grupta toplam 135 olgu çalışmaya dahil edildi. Serum örneklerden RNA eldesi ve cDNA dönüşümünün ardından hsa-miR-128-3p, hsa-miR-196a-5p, hsa-miR-373-3p ve hsa-miR-375 için kantitatif real time polimeraz zincir reaksiyonu (qRT-PCR) metoduyla miRNA ekspresyon düzeyleri çalışıldı. 2−ΔCt formülü kullanılarak qRT-PCR sonuçları istatiksel olarak analiz edildi. Gruplar arasındaki miRNA ekspresyon düzeylerinin karşılaştırılmasında Wilcoxon testi, demografik özellikler ve klinik bulgulara göre miRNA ekspresyon ilişkisinin istatiksel olarak değerlendirilmesinde One-Way ANOVA testi kullanıldı. Çalışılan dört aday miRNA için de ( hsa-miR-128-3p, hsa-miR-196a-5p, hsa-miR-373-3p ve hsa-miR-375 ) ekspresyon sonuçlarında farklı gruplar arasında (koroner arterlerinde tam darlık olan hasta grubu, koroner arterlerinde kritik darlık olan hasta grubu ve koroner arterlerinde darlık olmayan grup) istatiksel olarak anlamlı miRNA ifade farklılıkları bulundu (p<0.05 ve p<0.01). Ayrıca hsa-miR-373-3p ve hsa-miR-375 için yapılan ekspresyon çalışmaları sonucunda 60 yaş üstünde olanlarda, erkek cinsiyette, hipertansiyonu olanlarda ve pozitif aile öyküsü bulunanlarda da farklı hasta grupları arasında istatiksel olarak anlamlı miRNA ifade farklılıkları bulundu (p<0.05 ve p<0.01). Ekspresyon farklılıkları tespit edilen bu miRNA'ların anjiyogeneziste belirgin rolleri olan genleri (KLF4, HOXA5, SIRT1, PTPN1) hedefledikleri deneysel olarak bilinmektedir. Hasta gruplarında farklı ekspresyon düzeylerini saptadığımız bu miRNA'ların KAH ve AKS gelişiminde rolleri olduğunu ve ayrıca bu hastalıklar için bir biyobelirteç adayı ve muhtemel tedavi hedefi olabileceğini düşünmekteyiz. Çalışma sonuçlarının KAH ve AKS olgularının yönetiminde ve vasküler kaynaklı patolojileri değerlendirmede özellikle anjiyogenezis ile ilişkili mekanizmalara dikkat çekerek farklı bir bakış açısı ile katkı sunacağı düşünülmektedir.
Bilişsel yetersizlik etyolojisinde genetik tanı yöntemlerinin değerlendirilmesi
Amaç: Bu çalışmanın amacı bilişsel yetersizlik hastalarının en önemli etyolojisi olan genetik nedenlere tanısal yaklaşımı ve kullanılan tanı yöntemlerinin değerlendirilmesidir. Yöntem: Bilişsel yetersizlik nedeniyle takibi yapılan; hipoksi, travma gibi çevresel etkenlere maruz kalmamış olan, 18 yaşın altındaki 328 hasta çalışmaya dahil edildi. Hastaların prenatal-natal-postnatal öyküleri, soyağaçları, hangi durumlarda hangi genetik tanı yönteminin uygulandığı retrospektif olarak incelendi. Elde edilen veriler, güncel literatürdeki veriler ile kıyaslandı. Bulgular: Takibi yapılan 328 hastanın 179 tanesi erkek (%54.5), 149 tanesi kız (%46.5) hastaydı. Klinik olarak; Williams-Beuren Sendromu düşündüren 7 hastanın 2 tanesinde 7q11.23 delesyonu, Frajil X Sendromu düşündüren 48 hastanın 4 tanesinde FMR1 geninin 5'UTR bölgesindeki CGG tekrarı 200'ün üzerinde, Rett Sendromu düşünülen 19 hastanın 5 tanesinde MECP2 geninde mutasyon, Prader Willi-Angelman Sendromu düşünülen 67 hastanın 8 tanesinde 15q11.2 delesyonu tespit edildi. Tanısı bu testlerle konamayan ve kliniği bu hastalıkları düşündürmeyen toplam 309 hastaya yapılan Array CGH çalışmasında 50 hastanın kliniğini açıklayan bir değişiklik tespit edildi. Yapılan diğer testler ile tanısı konamayan ve takibine devam eden 101 hastaya tüm ekzom dizileme(WES) çalışması yapıldı. WES çalışılan hastalardan 34 tanesinde hastanın kliniğini açıklayan mutasyon tespit edildi. Sonuç: Bu çalışma bilişsel yetersizlik tanısıyla takibi yapılan hastalara hangi durumda hangi genetik tanı testinin uygulandığı ve uygulanan tanı yöntemlerinin tanı koymadaki başarısının güncel literatür ile kıyasını ortaya koymaktadır. Genotip-fenotip heterojenitesi yüksek olan bilişsel yetersizlik etyolojisini ortaya koymada array CGH, WES gibi genom çapında değerlendirme imkanı sunan yöntemler tanıda yüksek fayda sağlamaktadır. Spesifik kliniği bulunmayan hastalarda bu tanı yöntemlerinin uygulanması; etyolojiyi en kısa sürede ortaya koyarak hastanın tedavisine yön verebilir, ortaya çıkabilecek komplikasyonları azaltma imkanı tanıyabilir, hasta ile çevresine olan maddi-manevi etkisi asgari düzeye indirilebilir ve ailenin sonraki dönemde sağlıklı çocuk sahibi olabilmesinin önünü açılabilir. Anahtar Kelimeler: Bilişsel yetersizlik, Etyoloji, Tanı Yöntemleri, Array CGH, WES
Adıyaman ilinde koroner arter hastalığının erken tanısında kandaki uzun kodlamayan RNA'lar (lncRNA'lar) (MEG3, malat1, MIAT, MCM3AP-AS1): Erken biyobelirteç olabilir mi?
En yaygın kalp hastalığı formu olan ve ateroskleroz zemininde gelişen Koroner Arter Hastalığı (KAH), ülkemizde ve tüm dünyada ölüm nedenleri arasında birinci sırada yer almaktadır. KAH etiyolojisinde geleneksel ve yeni tanımlanmış risk faktörleri ile birlikte genetik temelli nedenlerde oldukça önemli rol oynamaktadır. Poligenik bir hastalık olan KAH patofizyolojisinde çevresel faktörler ve çok sayıda genin birlikte rol aldığı birçok yolak bulunmaktadır. Epigenetik faktörlerin KAH gelişimine katkıda bulunduğu ve önemli epigenetik düzenleyicilerden olan uzun kodlamayan RNA (lncRNA)'ların hastalık gelişiminde rol oynadığı gösterilmiştir. lncRNA'lar plazma ve diğer vücut sıvılarında stabil olmaları nedeni ile kardiyovasküler hastalıklarda özellikle KAH tanı ve prognozuna yönelik yeni bir biyobelirteç ve tedavi hedefi olarak araştırılmaya başlanmıştır. Çalışmamızda Adıyaman ilinde KAH şüphesi ile tanı veya tedavi amaçlı koroner anjioygrafi yapılan olguların periferik tam kan örneklerinden lncRNA ekspresyon düzeyleri ölçüldü. Bu amaçla koroner anjiyografisi normal olan (<%50 darlık, non-obstrüktif) 45 olgu ve koroner arterlerinde kritik darlık saptanarak (>%50 darlık, obstrüktif) KAH tanısı alan 45 olgu olmak üzere toplam 90 olgu çalışmaya dahil edilmiştir. Periferik tam kan örneklerinden total RNA eldesi ve cDNA dönüşümü sonrasında MEG3, MALAT1, MIAT ve MCM3AP-AS1 için kantitatif real time polimeraz zincir reaksiyonu (qRT-PCR) metodu ile lncRNA ekspresyon düzeyleri araştırıldı. 2-ΔCt formülü kullanılarak qRT-PCR sonuçları istatistiksel olarak analiz edildi. lncRNA ekspresyon düzeylerinin karşılaştırılmasında Mann Whitney U testi, demografik özellikler ve klinik bulgulara göre lncRNA ekspresyon ilişkisinin istatistiksel olarak değerlendirilmesinde χ 2 (ki-kare) testi kullanıldı. Araştırılan dört aday lncRNA arasındaki MEG3, MIAT için gruplar arasında istatistiksel olarak anlamlı ifade farklılıkları tespit edildi (p<0.02 ve p<0.0003). Ayrıca MEG3 ekspresyon çalışmaları sonucu Diabetes Mellitus (DM) ve hiperetansiyon (HT) aile öyküsü bulunmayan hastalarda ve erkek hastalarda istatistiksel anlamlı ifade farklılıkları bulundu. MIAT ekspresyon çalışmaları sonucu ise DM olmayan ve HT öyküsü bulunan hastalarda ve erkek hastalarda istatistiksel anlamlı ifade farklılıkları tespit edildi. Ekspresyon farklılıkları tespit edilen lncRNA'ların deneysel çalışmalarda ateroskleroz ve anjiyogenezde belirgin rolleri olan genleri (MEG3 için VEGFR2, ve NLRP3 geni ile MIAT için VEGF geni) hedefledikleri bilinmektedir. Hasta gruplarında farklı ekspresyon düzeylerini tespit ettiğimiz bu lncRNA'ların KAH patogenezinde rol alarak hastalık gelişimine katkı sağladığını ve bu hastalık için bir biyobelirteç adayı ve muhtemel tedavi hedefi olabileceğini düşünmekteyiz. Çalışma sonuçlarının KAH olgularının yönetiminde ve özellikle ateroskleroz ve anjiyogenez ile ilişkili mekanizmalara farklı bakış açısı ile katkı sağlayacağı düşünülmektedir. Anahtar kelimeler: Koroner arter hastalığı, lncRNA, aterosklerozis, anjiyogenezis, MEG3, MIAT
Antalya'da beta talasemi majör hastalarında gamma globin promotor bölge mutasyonları ve hb F ilişkisinin araştırılması
Amaç: Beta talasemi otozomal resesif kalıtılan tek gen hastalıklarından olup, dünyada, ülkemizde ve Antalya'da en yaygın görülen hemoglobinopatilerden biridir. Bu çalışmamızın amacı; Antalya'da yaygın olan beta talasemi majör hastalarında, yetişkin dönemde mutant formda iken bazı transkripsiyon faktörlerinin bağlanmasını sağlayarak, HbF'in yükselmesine neden olduğu düşünülen ve HbF yapısında yer alan G-gamma ve A-gamma globin genlerinin promotorundaki mutasyonları taramak ve HbF yüksekliği ile ilişkini ortaya çıkarmaktır. Yöntem: Çalışmada HbF'i yüksek olan 30 beta-talasemi majör hastasında ve talasemik olmayan 30 sağlıklı bireyde periferik kandan DNA eldesini takiben, hedefi tanıyan primerlerin kullanıldığı polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) ile G-gamma ve A-gamma promotor bölgesi amplifiye edildi. PZR ürünleri Sanger DNA ile dizilenerek, mutasyonlar için tarandı. Bulgular yüzde olarak değerlendirildi. Bulgular: Çalışmaya alınan HbF'i yüksek 30 beta-talasemi majör hastasının 27'inde başarılı sonuç alındığından, sonuç alınamayan 3 hasta hesaplamalara dahil edilmedi. Hastalar içerisinde beta globin geni mutant allel dağılımı bakımından en sık görülen allelin %75,92 sıklıkla IVS.I.110 (G>A), genotipin ise 17 hastada IVS.I.110 (G>A)/IVS.I.110 (G>A) homozigot genotip olduğu görüldü. Hem hastaların hem de 30 sağlıklı kontrol bireyinin G-Gamma ve A-Gamma promotor bölgeleri normal genotipte olduğu bulundu. Sonuç: Çalışmamızda, Türkiye'de Antalya İlinde ilk defa HbF'i yüksek olan beta talasemi majör hastalarında, G-Gamma ve A-Gamma promotor bölgeleri mutasyonlar bakımından taranmış ve normal genotipte oldukları bulunmuştur. Bu promotor bölgeleri, HbF'in düzenlenmesinde TAL1 başta olmak üzere, birçok transkripsiyon faktörünün hedefindeki dizi motiflerini içermektedir. Bu bölgelerin normal olmasına karşın, hastalardaki HbF yüksekliğinde, TAL1 ile birlikte hareket eden diğer faktörlerin yeni hedefi olması bakımından önemli bir bulgu olarak değerlendirildi. Anahtar Kelimeler: Talasemi major, Hb F yüksekliği, gamma globin, promotor bölge, mutasyon
Distrofinopatili ailelerde genotip ve fenotip ilişkisinin ayrıntılandırılması
Duchenne musküler distrofi (DMD; OMIM#310200) ve Becker musküler distrofi (BMD; OMIM #300376) distrofin genindeki mutasyonların neden olduğu X'e bağımlı kalıtılan allelik kas hastalıklardır. Ayrıca DMD olgularının yaklaşık 1/3'ünde zihinsel yetersizlik olmakla beraber dikkat eksikliği/hiperaktivite bozukluğu (DEHB) gibi nörogelişimsel hastalıkların daha yüksek oranda gözlendiğine dair çalışmalar mevcuttur. Bu çalışmada tarafımızca genetik tanı sağlanan distrofinopatili olguların genotipik özelliklerini ortaya koymayı, klinik bulgularıyla genotipik özellikleri arasındaki ilişkiyi incelemeyi ve literatürdeki verilerle kendi verilerimizi karşılaştırmayı amaçladık. 2007 Ocak-2018 Temmuz arasında genetik tanısını sağladığımız tüm olgular çalışmaya dahil edilmiş olup, olgulara ait klinik ve genetik test verilerine Tıbbi Genetik Anabilim Dalı dosyalarına ek olarak Pediatrik Nöroloji Bilim Dalı'nın dosya ve medikal kayıt sistemini tarayarak ulaştık. Ayrıca takip olgularımızdan çalışmayı kabul eden 29 olgumuzun IQ değerleri ölçülüp, psikiyatrik değerlendirmesi yapılmıştır. Mutasyon tespit edilen 347 D/BMD olgusuna ait verileri paylaştık. Bir ya da daha fazla ekzon içeren 293 delesyon, 41 duplikasyon saptadık. Delesyon oranımızı %87,7, duplikasyon oranımızı ise %12,3 olarak bulduk. On üç olgumuzda 7'si novel, nokta mutasyonu tespit ettik. DMD olgularının %93,9'u (9/147) okuma çerçevesi kuramına uyarken, BMD olgularında bu oran %89,7 (70/78) olarak tespit edildi. Zihinsel yetersizlik ve DEHB oranını DMD grubunda sırasıyla %35 ve %26,3 olarak tespit ettik. Bu çalışma Türkiye'de D/BMD olgularına ait Çoklu Ligasyon Bağımlı Prob Amplifikasyon (MLPA) yöntemi ile elde edilen genotip verilerinin incelendiği en büyük olgu gruplu çalışmadır. Genotip ve fenotip ilişkisini ortaya koyan çalışmalar hem klinik hem de temel bilimler için önemli veriler sunmaktadır. Bu anlamda çalışmamız distrofinopatilerin mekanizmalarına yönelik literatüre katkı sağlayacaktır. Anahtar Kelimeler: DMD geni, Duchenne musküler distrofi, Becker musküler distrofi, MLPA, Türk populasyonu
Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Genetik Anabilim Dalında 2017-2020 yılları arasında tüm ekzom dizileme (WES) analizi yapılmış epilepsi ve/veya nöbetsiz EEG anomalisi bulunan hastaların retrospektif analizi
Epilepsi, beyin hücrelerinde ortaya çıkan anormal elektriksel aktiviteye bağlı epileptik nöbetlerle karakterize kronik nörolojik bir hastalık olup etiyolojisinde genetik faktörler ağırlıklı olarak rol oynamaktadır. NGS teknolojileri, epilepsi genetik etiyolojisini aydınlatmada kullanılan kuvvetli tanı araçlarıdır. NGS'in yaygın kullanımı sayesinde çoğu az sayıda hastada tanımlanmış yüzlerce epilepsi geni bulunmuştur. Vaka sayısının az olması sebebiyle bu genlerle ilişkili hastalıkların bulgularının çeşitliliği hakkında kısıtlı veri bulunmaktadır ve tanımlanacak her vakanın bulgu spektrumuna önemli katkılar yapması beklenmektedir. Mevcut çalışmada, Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Genetik Anabilim Dalı WES arşivinde 2017-2020 yılları arasında yer alan epilepsili veya nöbetsiz EEG anomalili 102 hasta, klinik bulguları ve epilepsi türlerine göre farklı fenotipik alt gruplara ayrılmış ve demografik, klinik ve moleküler genetik sonuçları ile birlikte değerlendirilmiştir. Çalışmadaki hastaların %37'sinde ebeveyn akrabalığı ve yaklaşık dörtte birinde benzer şekilde etkilenmiş akraba öyküsü bulunduğu saptanmıştır. WES analizi ile hastaların %45'ine tanı konulmuş olmakla beraber fenotipik alt gruplarda tanı oranlarının değişikenlik gösterdiği tespit edilmiştir. Mevcut sonuçlar epilepsi ilişkili hastalıklarının kalıtılabilirliğinin yüksek olduğunu göstermenin yanı sıra, WES analizinin epilepsi genetik tanısında kuvvetli bir tanı aracı olduğunu vurgulamaktadır. Çalışma alt grupları arasında farklı tanı oranları saptanmış olup, etiyolojilerinde WES ile tespit edilemeyecek alternatif genetik mekanizmaların farklı oranlarda bulunabileceğini düşündürmektedir. Birçok hastada konulan moleküler tanılar; tedavi seçeneği, prognoz, tekrarlama riski gibi genetik danışmanlık bilgilerinin yanı sıra, etkilenmiş aile bireylerinin de tanı almasını sağlamış ve tekrarlama riski yüksek durumlarda prenatal tanı seçeneği sunmuştur. Bu durum, WES analizinin genetik etiyoloji düşünülen epilepsilerde hasta yönetiminin önemli bir parçası olması gerektiğini göstermektedir. Anahtar Kelimeler: Epilepsi, WES, Arşiv Çalışması
Epilepsi tanılı çocuk hastalarda genetik etiyolojinin hedeflenmiş yeni nesil dizi analizi verilerine dayanarak retrospektif olarak araştırılması
Amaç: Epilepsi çocukların %0,5 ile %1'ini etkileyen tekrarlayan nöbetlerle karakterize multifaktöriyel bir hastalıktır. Etiyolojisinde çeşitli faktörler bulunmakla birlikte genetik faktörler etiyolojinin %40-50'sinde yer almaktadır. Son zamanlarda yeni nesil dizileme teknolojilerindeki gelişmeler sayesinde, epilepsili hastalarda etiyolojide çok sayıda moleküler değişik saptanmıştır. Bu da epilepsi hastalarında kesin etiyolojinin belirlenerek kişiselleştirilmiş tedavilerin önünü açmıştır. Bu tez çalışmasında epilepsi tanılı çocuk hastalarda hedeflenmiş NGS verileri retrospektif olarak incelenerek, epilepsi panelinin klinik karar verme üzerindeki etkisinin incelenmesi ve NGS sisteminin pediatrik epilepsi hastalarındaki tanı değerinin saptanması amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Bu tez çalışmasına İnönü Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Genetik Polikliniği'nde 2018-2021 tarihleri arasında epilepsi tanısı ile değerlendirilen ve tanı testi olarak hedefli NGS analizleri yapılmış 107 çocuk hasta(0-18 yaş) dahil edildi. Çalışmada patojenik, muhtemel patojenik ve VUS varyantlar yer aldı. Elde edilen nedensel varyantlar ile NGS panelinin tanı değeri hesaplandı. Bulgular: Çalışmada 20 patojenik, 5 muhtemel patojenik ve 49 klinik önemi bilinmeyen olmak üzere 74 varyant saptandı. VUS varyantlar yeniden analiz edildikten sonra 15'i benign, 15'i muhtemel benign, 5'i muhtemel patojenik, 1'i patojenik olmak üzere 36 varyantın ACMG sınıflandırması tekrar belirlendi. Buna göre toplamda 31 patojenik-muhtemel patojenik (P, LP) ve 13 VUS varyant tespit edildi. Bu çalışmada, 110 epilepsi geni içeren NGS panelinin prediktif değeri %28 olarak hesaplandı. Sonuç: Çalışmamızda, epilepsi hastalarındaki hedefli yeni NGS analizinin tanısal değeri güncel literatür verileriyle uyumlu olarak tespit edilmiştir. Olgularda NGS ile genetik etiyolojinin belirlenmesi prognozun tahmin edilmesi ve uygun tedavinin seçilmesine olanak sağlamaktadır. Anahtar Kelimeler: Epilepsi, gen paneli, yeni nesil dizileme
Marfanoid habitusa sahip olgularda YND çoklu gen panelinin tani sürecindeki öneminin retrospektif olarak değerlendirilmesi
Amaç: Marfanoid habitus karakteristik olarak Marfan sendromunda izlenir. Ancak farklı derecelerde (tamamen veya kısmen) eşlik ettiği sendromlar da vardır. Loeys- Dietz sendromu, Homosistinüri, Ehlers-Danlos sendromu klasik tip, klasik benzeri tip, artrokalazya tip, vasküler tip, kifoskolyotik tip, spondilodisplastik tip, periodontal tip gibi bazı fenotipleri, COL1A1 ve CO1A2 geni ilişkili sendromlar, bazı Kutis laksa sendromu alt tipleri, Stickler sendromu, WeillMarchesani sendromu, Arteriel tortuosite sendromu, Konjenital kontraktürel araknodaktili (Beals sendromu), Lujan-Fryns sendromu, Camurati-Engelmann hastalığı, Multiple Endokrin Neoplazi tip 2b (MEN 2B), Cold induced sweating sendromu, Shprintzen-Goldberg sendromu, X'e bağlı mental retardasyon sendromları, Ailesel torasik aort anevrizma sendromları gibi birden çok sendrom da marfanoid özellikleri çeşitli derecelerde fenotipik olarak gösterirler. Marfan sendromu ile ayırıcı tanıya girmektedirler. Marfanoid habitus paylaşan OMIM veritabanı ilişkili sendromlardan genotipi bilinenlerden dizayn ettiğimiz yeni nesil dizileme (YND) çoklu gen panelinin 62 vakalık olgu serimizde sonuçları ve başarı oranı retrospektif olarak değerlendirildi ve benzer çalışmalarla karşılaştırıldı. Gereç ve Yöntem: 2016-2022 yılları arasında Tıbbi Genetik polikliniğine marfanoid görünüm nedeniyle yönlendirilen 62 vakalık olgu serimizin marfanoid habitus YND çoklu gen paneli sonuçları, laboratuvar sonuçları, demografik verileri ve fotoğrafları retrospektif olarak incelendi. Bulgular: YND gen paneli sonuçlarında panele alınan 51 olgunun 4'ünde FBN1 geninde olmak üzere toplamda 16 olguda klinik olarak kesin tanı, 2 olguda yüksek olasılıkla klinik tanı ve 10 olguda klinik şüpheli olmak üzere 28 olgumuzda varyant tespit edilmiştir. Panelin başarı oranı klinik olarak kesin, yüksek olasılıklı ve şüpheli varyantlar özelinde değerlendirildiğinde yaklaşık olarak %54.9 olarak saptandı. Klinik değerlendirme ve moleküler analiz sonuçlarına göre kesin tanılı olan olgular özelinde değerlendirildiğinde ise panel başarı oranı %31.3'dür. Panel testi sonucunda varyant saptanmayan olgulara çalışılan Tüm ekzom dizi analizi (TED) analizinde sadece 6 farklı gende 7 farklı varyant saptanmıştır. Sonuçlar: Marfanoid habitusa sahip olgularda çalışmamız da belirttiğimiz şekilde tanı süreci bazen uzayabilmektedir ve olguların tanısı eksik kalabilmektedir. İlgili sendrom grubu açısından olguların morbidite ve mortalitesinin azaltılabilmesi, etyolojinin ortaya konulması ile viii uygun genetik danışmanlık alabilmesi, ailelerin üzerinde yanlış ön tanının oluşturduğu kaygının ortadan kaldırabilmesi, risk altındaki aile üyelerinin değerlendirilmesi, sonraki kuşaklar için tekrar riskinin değerlendirilmesi gibi hususlarda genotipik değişikliğin aydınlatılabilmesi çok önemlidir. Çalışmamızdaki başarı oranı ile birlikte değerlendirildiğinde marfanoid habitus YND gen panelimiz oldukça başarılı görünmektedir ve benzer sendrom gruplarında YND analizi tanıda oldukça önemli bir yere sahiptir. İlgili fenotipi gösteren olgularda kardiyovasküler ve oküler sistem bulguları ağır seyredebileceği için klinisyenlere zaman ve maliyet tasarrufu sağlayabilecek tanı testi sunulması amaçlandı. Anahtar kelimeler: marfanoid habitus, YND, çoklu gen paneli
Rasopati tanısı alan olgularda moleküler analiz sonuçlarının retrospektif olarak incelenmesi
Amaç: Rasopati grubu hastalıklar en sık rastlanan genetik sendrom gruplarından biridir. Klinik bulgular bazı durumlarda iç içe geçmiş şekilde olabilmektedir ve moleküler tanı bu amaçla büyük öneme sahiptir. Bu amaçla oluşturulmuş hedefli gen panelleri hızlı ve ucuz tanı yöntemi olarak oldukça önem arz etmektedir. Bu tez çalışmasında Rasopati grubu sendromların hedefli yeni nesil dizi analizi verilerine göre retrospektif olarak araştırılarak, sendrom sıklıkları ile mutasyon türlerinin belirlenmesi ve sonuçların genotip-fenotip korelasyonuyla yorumlanması amaçlanmıştır. Materyal ve Metot: Bu tez çalışması için 2016-2021 yılları arasında İnönü Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Genetik polikliniğine başvuran ve Rasopati moleküler tanısı alan 61 olgu retrospektif olarak incelenmiş, klinik bulguları, olgulara ait demografik bilgiler ve laboratuvar sonuçları taranarak saptanan mutasyonlar ile olguların klinikleri karşılaştırılmıştır. Çalışma verileri için tanımlayıcı istatistiksel metodlar kullanılmıştır. Bulgular: Çalışma kapsamında ACMG kriterlerine göre 41 patojenik, 17 muhtemel patojenik ve 3 VUS varyant saptanmıştır. 20 tane daha önce literatürde bildirilmemiş yeni varyant saptanmış, bunların 19 tanesi NF1 geninde bulunmuştur. Toplamda 41 varyant ise daha önce literatürde bildirilmiştir. İndeks olguların 42 tanesinde NF1 geninde varyant saptanırken 9 olguda PTPN11, 3 olguda RAF1, 3 olguda SOS1 ve birer olguda KRAS, NRAS, SOS2 ve RIT1 genlerinde klinik ile ilişkili varyant mevcuttu. Sonuç: Çalışmamızda Rasopati moleküler tanısı almış olgular retrospektif olarak incelenmiş ve klinik korelasyonları açısından değerlendirilmiştir. Rasopati sendromlarının kendi içinde dağılım oranları açısından en sık NF1, 2. sıklıkla Noonan sendromu büyük çoğunluğu oluşturmuştur. Klinik olarak Rasopati sendromları arasında ayırıcı tanı yapılamayan durumlarda moleküler analiz oldukça önemlidir. Tasarlanmış hedefli Rasopati panel genleri zamansal ve maddi açıdan kazanç sağlanmakta olup tanıyı kolaylaştırmaktadır.
Otozomal dominant polikistik böbrek hastalığı tanılı olgularda yeni nesil dizileme ile saptanan PKD1 ve PKD2 gen varyantlarının retrospektif araştırılması
Amaç: Otozomal Dominant Polikistik Böbrek Hastalığı, progresif böbrek kistleri ve böbrek yetmezliği ile karakterize multisistemik, klinik ve genetik olarak heterojen bir hastalıktır. Prevelansı 1/1000-1/2500'dür. Çoğunlukla PKD1 ve PKD2 genlerinde meydana gelen mutasyonlarla ortaya çıkmaktadır. Genetik testler ile erken dönemde hastalığın tanısının konması, hastaların prognozunu tahmin etmede, ileride gelişebilecek komplikasyonların önlenmesinde ve üreme danışmanlığı açısından oldukça önemlidir. Bu tez çalışmasında amaç ODPBH ön tanısı konulan hastalarda yeni nesil dizileme verileri retrospektif olarak incelenerek saptanan varyantları araştırmak, sınıflandırmak, yeni varyantları literatüre kazandırmak ve PKD1 ve PKD2 dizi analizinin tanısal değerini ortaya koymaktır. Böylece hastalık patofizyolojisinin altında yatan genetik çeşitliği ortaya koymak ve hasta yönetimini geliştirmek planlanmaktadır. Materyal metot: Bu çalışmaya İnönü Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Genetik Polikliniği'nde 2017-2022 tarihleri arasında ODPBH açısından YND ile PKD1 ve PKD2 dizi analizi çalışılmış 48 hasta ve farklı nedenlerle aynı YND testi çalışılmış 48 benzer yaşta kontrol dahil edildi. Hastaların ve kontrollerin demografik özellikleri, aile öyküsü ve YND verileri retrospektif olarak incelendi. Patojenik, muhtemel patojenik ve klinik önemi bilinmeyen varyantlar ile tanı oranı hesaplandı. Bulgular: PKD1'de 85, PKD2'de 12 varyant saptandı. Bunların 63'ü Benign, Muhtemel Benign olarak sınıflandırıldı. 34 mutasyonun 11'i patojenik, 11'i muhtemel patojenik, 12'si klinik önemi bilinmeyendir. En sık rastlanan mutasyonlar PKD1-missense (%38,8), PKD1-nonsense (%26,4) ve PKD1-frameshifttir (%17,6). Kontrol grubunda 67 varyant saptandı. Toplamda PKD1'de 12 yeni varyant görüldü. 27 hastada (%56,25) patojenik+muhtemel patojenik 8 hastada VUS varyant saptandı. Nedensel mutasyon görülen 35 hastanın (%72,9), 26'sında (%74,2) PKD1, 9'unda (%25,7) PKD2 mutasyonu mevcuttu. Sonuç: Bu çalışmayla Türk popülasyonunda ODPBH altında yatan genetik çeşitliliği gösterdik. Anahtar Kelimeler: Otozomal Dominant polikistik böbrek hastalığı, ODPBH, PKD1, PKD2, yeni nesil dizileme
Büyüme hormonunun parkinson hücre modellemesi üzerinde terapötik ve koruyucu etkisinin incelenmesi
Amaç: Parkinson hastalığı beyinde basal gangliyo ve elemanlarındaki dopamin miktarında azalma ve substantia nigradaki hücrelerin ölümü ile ortaya çıkan dünyada en sık karşılaşılan nörodejenarasyon rahatsızlıklarından birisidir. Büyüme hormonuyla ilgili yapılan çalışmalar BH'nin apoptoz karşıtı bir protein olmasına ek olarak BH'nin nöron hücrelerini yeniledigi ve dopamin miktarını artırdığını göstermiştir. Bu tezde BH'nin 6-OHDA ile in-vitro Parkinson hastalığı modellemesi yapılmış SH-SY5Y hücre hattı üzerinde nöron koruyucu etkisinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Gereç ve yöntem: 6-OHDA nın öldürücü dozu olan 100um /ml ile 1000ng-ml BH birlikte verilerek hücrelerdeki değişim gözlemlendi. Hücre hayatta kalımı mts ve boyayarak canlı hücre sayımı ile hesaplandı, ayrıca hücrelerden RNA izole edilerek qPCR ile ilgili genlerin ifade miktarına bakıldı ve böylece BH'nin olası etkileri genomik olarak da incelendi. Bulgular: Büyüme Hormonunun oksidatif stresi önleyici ve nöron hücrelerinde 6OHDA kaynaklı oluşan mitokondriyal disfonksiyonu ve oksidatif stres kaynaklı hücre ölümünü durdurabileceği ve hücreleri bunun etkisinden koruyabileceği ortaya konuldu. Sonuç: Bu çalışma BH'nin 6-OHDA'lı parkinson hücre modellemesinde apoptozu önleyip proliferatif etki gösterebileceğini ortaya koyan ilk çalışmadır. Çalışmadan elde edilen bulgular ışığında BH'nin parkinson hastalığı için potansiyel bir nöroprotektif veya teröpotik bir ajan olabileceğini düşünüyoruz.
Decidual ve plazma kompleman düzenleyici genlerin ekspresyon düzeyleri ile maternal serum anti-trophoblastik antikor (ATA) düzeylerinin idiyopatik tekrarlayan ve spontan abortlarda araştırılması
Amaç Tekrarlayan gebelik kaybı, yirminci gebelik haftası öncesi, iki ya da daha fazla gebelik kaybı olarak tanımlanır. Bu komplikasyon, multifaktöriyel patogenezi nedeniyle bazı durumlarda tam olarak açıklanamamaktadır. Bu çalışmada, patogenezde etkili kompleman gen ekspresyonu ve C3a, C5a kompleman ürünlerin araştırılması amaçlanmıştır. Ayrıca antikor aracılı reaksiyon gelişiminin tespiti için anti-HLA ve ATA serum faktörlerine bakılması planlanmıştır. Gereç ve yöntem Spontan düşüğü olanlar (n=9), kontrol grubu olarak, tekrarlayan gebelik kaybı olanlar (n=16) hasta grubu olarak kullanılmıştır. Doku CD55, CD46 ve CD59 ekspresyon düzeyleri, eş zamanlı PZR yöntemiyle çalışılmıştır. Fetüs survisi için önemli olan C3a, C5a ve anti-trophoblastik antikor ise ELISA yöntemi ile analiz edilmiştir. Bulgular Çalışmamızda hasta grubunda, kontrol grubuna kıyasla CD55 ekspresyon seviyesi yüksek, serum C3a düzeyi düşük saptandı (p<0,05). CD46 ekspresyon seviyeleri ise iki grup arasında farklı olmasına rağmen, CD55 ekspresyon artışı kadar dikkat çekici bulunmadı (p>0,05). Analiz edilen hastaların eşlerine karşı HLA açısından duyarlılaşma reaksiyonu saptanmadı. Sonuç Sonuç olarak çalışmamızda vaka grubunda kontrollere kıyasla görülen yüksek CD55 ekspresyonu, kompleman aracılı doku hasarına işaret etmektedir. Tekrarlayan düşüklerin gerçekleşmeden öngörülebilmesi, erken ve uygun tedavi ile önlenebilmesi için kompleman sistemi düzenleyicilerin, özellikle CD55'in ve C3a'nın potansiyel bir biyobelirteç olabileceği düşünülebilir. Anahtar kelimeler Tekrarlayan gebelik kaybı, desidual CD59/CD55/CD46 ekspresyonu, kompleman aktivasyonu
Okuloaurikulovertebral spektrum etyolojisinde genetik nedenlerin araştırılması
Okulo-aurikulo-vertebral spektrum (OAVS) birinci ve ikinci farengeal arkların gelişimsel defektleri sonucunda oluşan genetik ve fenotipik heterojenite gösteren nadir bir hastalıktır. Bu çalışmada çeşitli klinik bulgulara sahip 23 OAVS hastasında genetik etyoloji araştırılmıştır. İlk basamakta kopya sayısı değişikliklerini saptamaya yönelik Affymetrix CytoScan Optima platformunda mikrodizin analizleri yapılmıştır. Sonra ABI Prism 3500 cihazında Sanger dizileme yöntemi ile MYT1 geni dizi analizleri tamamlanmıştır. Ek olarak; iki hastada tüm ekzom dizileme gerçekleştirilmiştir. Bu yaklaşımlar sonucunda; üç hastada 8., 15., ve 16. kromozomlarda kopya sayısı değişiklikleri gösterilmiştir. İlgili değişikliklerin klinik ilişkisi inkomplet penetrans ve monoalelik ekspresyon çerçevesinde tartışılmıştır. Ayrıca 8. kromozomdaki delesyonun genom mimarisini değiştirerek klinik ile ilişkili olacağı düşünülmüştür. Ek olarak; hastaların bir tanesinde periferik kandan yapılan kromozom analizi sonucunda X ve 4. kromozomlar arasında de novo dengesiz translokasyon gösterilmiş ve patojenik olarak değerlendirilmiştir. MYT1 geni dizi analizi sonucunda klinik anlamlı bir değişiklik bulunmamıştır. Tüm ekzom dizileme analizi sonucunda ise; hastaların birinde OAVS ile örtüşen klinik bulgular görülen Mandibulofasiyal Dizostozis ve Mikrosefali birlikteliğinden sorumlu EFTUD2 geninde novel heterozigot mutasyon saptanmıştır. Tüm ekzom dizileme yapılan diğer hastada; OAVS aday geni olarak nitelendirilen RNF213 geninde novel missense bir mutasyon gözlenmiştir. 16p13.11 bölgesi duplikasyonu, X kromozomu anöploidileri ve EFTUD2 genindeki değişiklikler önceki çalışmalarda da OAVS moleküler etyolojisinde tanımlanmış durumdadır. Hastalarda farklı kromozomlarda kopya sayısı değişikliklerinin yanı sıra tek gen değişikliklerinin gösterilmesi spektrumdaki geniş genetik heterojeniteyi desteklemektedir. Bu çalışma; OAVS benzeri kompleks fenotipik bulgulara sahip hastalıklarda genetik etyolojinin tanımlanmasında mikrodizin analizi ve tüm ekzom dizileme gibi genom boyu ölçeğinde gerçekleştirilen yöntemlerin önemini ortaya koymaktadır. Anahtar Kelimeler: OAVS, mikrodizin analizi, 16p13.11, EFTUD2, RNF213
Ailevi Aakdeniz ateşi hastalarında mitokondriyal DNA kopya sayısı değişikliklerinin amiloidozis gelişimi riski ile ilişkisinin değerlendirilmesi
Ailevi Akdeniz Ateşi (AAA) hastalığı Akdeniz kuşağındaki toplumlarda sık olarak görülen otozomal resesif geçişli otoinflamatuar bir tek gen hastalığıdır. AAA Fenotip tip I, tekrarlayan ateş ve seröz zarların inflamasyonu (peritonitis, sinovitis veya plöritis) ile karakterize iken, fenotip II tanımı ise, tekrarlayan inflamasyon ve ateş öyküsü olmayan bir hastada, ilk bulgu olarak amiloidoz ortaya çıkması halinde kullanılmaktadır. AAA tanısının konmasında klinik bulgular, aile öyküsü, biyokimyasal testler ve genetik laboratuvar verileri kullanılmaktadır. AAA atak ve komplikasyonlarından korunmak için tek terapötik seçenek kolşisin molekülüdür. Günümüzde AAA tanısının geç konması, hastanın kolşisin kullanımını aksatması veya kolşisine dirençli olmasından dolayı kronik böbrek yetmezliği sebebiyle genç yaşta rutin hemodiyaliz endikasyonu olan oldukça fazla miktarda hasta birey mevcuttur. Romatizmal bir hastalık olan AAA hastalığında mitokondriyal DNA'daki kopya sayısı değişiklikleri ile mitokondriyal disfonksiyon zemininde bir fizyopatolojik temel olduğu düşünülmektedir. AAA gibi sınırlı biyobelirteçleri olan ve amiloidoz sonucunda kronik böbrek yetmezliği gibi sık ve önemli bir komplikasyonu olan bu hastalıkta, farklı klinik gruplarda saptanacak farklı mitokondriyal DNA kopya sayısı değişimlerinin, hastalığın tanı, takip ve komplikasyonlarının engellenmesinde önemli bir parametre olacağı düşünülmektedir. Çalışmamızda 50 kişilik AAA ile takipli, MEFV geninde M694V homozigot mutasyonunu taşıyan, amiloidozis geliştirmiş hasta grubu ve AAA klinik bulguları ve MEFV gen mutasyonları açısından negatif 50 kişilik kontrol grubu arasındaki mitokondriyal DNA kopya sayısı değişiklikleri incelenmiştir. Sonuç olarak, amiloidozis geliştirmiş, M694V homozigot mutasyon taşıyıcısı AAA hastalarında, kontrol grubuna göre anlamlı düzeyde mitokondriyal DNA miktarında azalış tespit edilmiştir (p<0.001). Bu çalışma ile daha önce birçok hastalıkta mitokondriyal genomdaki değişiklikler üzerinden tespit edilmiş olan mitokondri disfonksiyonu, AAA hastalığı için de lökosit hücrelerinde mitokondriyal DNA kopya sayısının azaldığı gösterilerek tespit edilmiştir. Hastalığın kendi içerisindeki farklı klinik gruplar arasında mitokondriyal disfonksiyon şiddetinin değişimini anlayabilmek için farklı çalışma gruplarında yeni araştırmalara ihtiyaç vardır.
Kök hücre ilişkili faktörlerin insan kolon kanseri oluşumundaki rollerinin araştırılması
Kolon kanseri (KK), dünyada kanser ölümlerinin en sık üçüncü sebebini oluşturmaktadır. Çoğunlukla kolon poliplerinden köken alan KK, etiyolojisi en çok aydınlatılmış kanserlerden biri olmasına rağmen; KK'ın yılda yaklaşık bir milyon yeni vakaya ve beş yüz bin üzerinde ölüme sebep olması bu konunun daha iyi aydınlatılması gerektiğini gözler önüne sermektedir. Dolayısıyla bu süreçte tanı, tedavi ve prognoza yönelik yeni çalışmalara ihtiyaç vardır. Kolon kanserlerinin çoğu neoplastik (adenomatöz) poliplerden (NP) kaynaklanır. NP histopatolojik olarak tübüler, villöz ve tübülovillöz olmak üzere üçe ayrılır. Polipin invazif karsinoma dönüşmesi histopatolojik tipi ve boyutu ile ilişkilidir. Bütün adenomlar belli derecelerde, anormal bez yapısı ve hücre içi yapısal hasarla kendini gösteren, displazi sergilerler. Displazinin derecesi de adenomun kansere dönüşümünü belirler. Yüksek dereceli displazilerin (HGD) kansere dönüşme riski düşük dereceli displazilere (LGD) göre daha fazladır. Adenomdan karsinoma dönüş sadece belirli genlerdeki mutasyonlarla açıklanamadığından, epigenetik değişikliklerle birlikte düşünmek gerekmektedir. Kanser oluşumundaki en önemli faktörlerden biri de tümör başlatan hücreler ya da kanser kök hücreleridir (KKH). KKH birçok kanserde tümörün başlangıcından, farklılaşmadan, invazyondan, metastazdan, tekrar ortaya çıkmasından, tedavi direncinden, sorumlu tutulan; kendi kendini yenileyebilme özelliği taşıyan hücrelerdir. Kanser dokusunda çok küçük miktarda olmalarına rağmen kanser tedavisindeki başarısızlığın en önemli sebeplerinden biri olarak görülmektedirler. Çalışmamızda her biri parafinize, normal kolon dokusu, hiperplastik polipler, histopatolojik (HGD ve LGD) olarak evrelenmiş tübüler, tübülovillöz ve villöz polipler ve kolon kanseri doku örnekleri kullanılmıştır. Belirlenen dokulardan ekspresyonları ölçülmek üzere; hem embriyonik kök hücreleriyle, indüklenmiş pluripotent kök hücreleriyle ve hem de KKH ile ilişkili olan trankskripsiyon faktör genleri (OCT4, KLF4, SOX2, MYC, NANOG ve REX1) ve hücre yüzey belirteçleri (CD133, LGR5) seçilmiştir. Projenin amacı, kolon kanserinin oluşum mekanizmalarının aydınlatılabilmesi ve kolon kanserinin tanı ve tedavisinde kök hücre ilişkili faktörlerin (KİF) etkin kullanımına katkı sağlamak için; histopatolojik olarak evrelenmiş normal kolon dokusu, kolon polipleri ve kanserinde KİF ekspresyonlarını karşılaştırmak ve kolon kanseri oluşumunda KİF'in rollerini açıklamaktır. Parafinize dokulardan total RNA izolasyonları yapıldıktan sonra, KİF ekspresyonları RT-qPCR yöntemiyle ölçüldü. Normal kolon-polip-kanser dönüşümünde KİF ekspresyon farlılıkları belirlendi. Kolon kanserinde yapılan KİF ekspresyon çalışmaları yetersiz, birbirleriyle tutarsız ve genellikle KK ve normal dokuları kapsamaktadır. Bu çalışmamızda özellikle histopatolojik olarak derecelendirilmiş (HGD-LGD) normal kolon-polip-kanser dokularında KİF ekspresyon seviyeleri belirlenerek kanser oluşumundaki etkili faktörlerin belirlenmesi amaçlanmıştır. KK oluşumundaki KİF ekspresyon farklılıklarının belirlenmesinin KK tanı, tedavi ve prognozuna katkıda bulunabileceğini düşünmekteyiz. Bu çalışma kanser KİF ekspresyon artışının HGD ve villöz özelliklerle birlikte ortaya çıktığını göstermektedir. Villöz ve özellikle HGD sergileyen poliplerin neden kansere dönüşme yatkınlıklarının fazla olduğunu desteklemektedir. LGR5, PROM1 ve MYC'in HGD ve kanserli dokulardaki artmış ekspresyon seviyeleri kötü prognozu desteklemektedir ve bunların tanı ve prognozu değerlendirmek için kullanılabileceğini göstermektedir. LGR5 ve PROM1 ekspresyonları tümör başlatacak hücrelerin varlığını, kök hücre ilişkili faktörlerin birlikte artmış ekspresyonları ise kanser kök hücrelerinin varlığını ve kötü prognozu göstermektedir. Dokuya özgü KİF ekspresyonlarının tanımlanması, kolonik neoplazinin gelişimini ve ilerlemesini kontrol etmek için gen terapileri tasarlamaya yardımcı olacaktır.
FMR1 geninde CGG tekrar sayısı 40 ve üzeri olan hastaların genotip profili ve genotip-fenotip ilişkisi: Ondokuz Mayıs Üniversitesi deneyimi
AMAÇ: Frajil X sendromu (FXS) kalıtılabilir zihinsel yetersizliğin (ZY) en sık nedenidir. X'e bağlı kalıtım paterni gösterir. Erkeklerde kadınlara göre daha sık görülür. Full mutant (FM) hastalardaki ZY'ye ek olarak premutasyon taşıyıcılarında prematür ovaryan yetmezlik (POY), Frajil X ilişkili tremor ataksi sendromu (FXTAS) gibi hastalıklar açısından artmış risk görülür. Bu çalışmada TP PCR testi ile FMR1 geninde CGG tekrar sayısı 40 ve üzeri olan hastaların genotip profili, fenotip-genotip ilişkisinin açıklanması amaçlandı. GEREÇ VE YÖNTEM: 130 hasta çalışmaya dahil edildi. Hastalara ait örneklerden genomik DNA izolasyonu yapıldı. TP PCR testi ile CGG ve AGG sayıları belirlendi. Hastalar, CGG tekrar sayıları ile Amerikan Tıbbi Genetik Koleji klavuzuna göre FM, premutant (PM), gri zon ve normal alel olarak 4 gruba ayrıldı. BULGULAR: 74 kadın, 56 erkek hasta vardı. 34 hasta FM, 43 hasta PM, 15 hasta gri zon ve 38 hasta normal alel aralığındaydı. 44 hastada size mozaisizmi saptandı. Bu hastaların 16'sı FM, 28'i PM'ydi. Hastalarda en sık 2 AGG, en az 4 AGG kesintisi vardı. Anneden oğula CGG aktarımlarında genellikle ekpansiyon, babadan kız çocuğa CGG aktarımlarında ise genellikle kontraksiyon saptandı. FM erkek hastaların %100'ünde ZY vardı. 34 hastada dikkat eksikliği hiperaktivite bozukluğu, 32 hastada otizm spekturum bozukluğu vardı. Bu hastaların çoğunluğu FM'ydi. 23 hastada POY vardı. PM hastalardaki POY oranı diğer üç grupta bulunan hastalardaki POY oranına göre anlamlı derecede fazlaydı. 48 hastanın ailesinde erken menapoz öyküsü vardı ve bu hastaların %85'i FM ve PM hastalardan oluşuyordu. 2 hasta FXTAS ile uyumlu bulgulara sahipti. TARTIŞMA VE SONUÇ: FXS FM hastalarda ZY, PM hastalarda POY ve ek komorbid hastalıklar açısından risk oluşturmaktadır. CGG tekrarları mitotik ve mayotik instabiliteye sahiptir. Bu nedenle hastalar mitotik instabilitenin başladığı 40 ve üzeri CGG tekrar sayısından itibaren nesiller boyu aktarım ve ek hastalıklar açısından takip edilmelidir. Frajil X sendromu, ZY, POY, mitotik instabilite
Obstrüktif olmayan azospermi hastalarında genetik etiyolojilerin araştırılması
Giriş ve Amaç: Azospermi santrifüje edilmiş semen pelleti dahil ejekülatta hiç sperm olmamasıdır ve erkek infertilitesinin sık sebeplerinden olup olguların %10-15'ini oluşturur. Azospermiye eşlik eden küçük testis hacmi, normal semen hacmi ve yüksek FSH varlığında non-obstrüktif azospermiden (NOA) şüphelenilir. NOA'nın rutin genetik değerlendirilmesinde kromozom analizi ve Y kromozomu mikrodelesyon (YKM) analizi yapılmaktadır. Son 20 yılda gelişen dizileme teknolojileri erkek infertilitesi alanında da genetik sebepleri ortaya çıkarmaya katkı sağlamıştır. Bu çalışmada NOA hastalarında yeni genetik nedenler araştırmayı amaçladık. Yöntem: 2022 kasım-2024 haziran tarihleri arasında KTÜ Farabi hastanesi tıbbi genetik polikliniğine NOA bulgusu nedeniyle başvurmuş 31 yetişkin erkek çalışmaya dahil edildi. Azospermiye sebep olabilecek sekonder sebepleri olan olgular çalışmaya dahil edilmedi. 31 hastanın tamamına öncelikle kromozom analizi ve YKM analizi yapıldı. Azospermiyi açıklayacak sebep saptanmayan 25 hastaya Tüm Ekzom Dizileme (TED) testi yapıldı. Bulgular: Toplam olguların genetik değerlendirme başvuru yaşı medianı 31 (22-46) yıldı. Olguların %61'inde ailesinde infertilite, %55'inde ebeveynler arasında akrabalık öyküsü vardı. Toplam 31 NOA olgusunun %16,1'inde kromozomal hastalıklar (47, XXY (3 olgu), 45,X/46,X,del(Y)(q11.23) (1 olgu), 46,X,der(Y) t(Y;?)(q12;p13) (1 olgu)) ve %3,2'sinde YKM (AZFc delesyonu) (1 olgu) saptandı. TED yapılan 25 NOA olgusunun %16'sında MSH4 (2 olgu), STAG3 (1 olgu) ve NR5A1 (1 olgu) genlerinde kliniği açıklayabilecek neden saptandı. MSH4 geninde novel c.2639_2640del, p.Pro880ArgfsTer14 varyasyonu iki farklı aileden iki ilişkisiz olguda homozigot olarak saptandı. STAG3 geninde novel c.671C>G, p.Ser224Ter varyasyonu homozigot olarak ve NR5A1 geni c.251G>T, p.Arg84Leu varyasyonu heterozigot olarak saptandı. Sonuç: NOA olgularında TED'nin kullanımı son yıllarda yaygınlaşmıştır. Bu çalışmada kromozom analizi, YKM ve TED ile NOA olgularında genetik tanı başarısı %32,2 (10/31) olmuştur. TED'in NOA olgularında kullanılması genetik tanı başarısını arttırmakta ve infertil çiftlere gebelik planı sürecinde yardımcı olmaktadır.