Tıbbi Parazitoloji Anabilim Dalı

Pneumocystis jirovecii isolatlarındaki genotipik varyasyonların ve sülfonamid ilaç direncinin araştırılması

İnsana özgü bir tür olan Pneumocystis jirovecii (P. jirovecii), immun sistemi zayıflamış kişilerde Pnemocystis jirovecii pnömonisi (PCP) olarak bilinen, ölümle sonuçlanabilen ciddi interstisyel pnömonilere neden olabilmektedir. Organizmanın tanısında direkt mikroskobi altın standarttır. Düşük organizma yükünün gözlendiği durumlarda PCR gibi moleküler yöntemlere de ihtiyaç duyulmaktadır. Çalışmamızda İzmir ili ve çevresinden elde edilen P. jirovecii isolatlarındaki mtLSU-rRNA ve DHPS gen polimorfizmi araştırıldı. Bu amaçla hastane kökenli hastaların bronkoalveolar lavaj (BAL) örnekleri ve otopsi vakalarının akciğer doku örneklerinden elde edilen toplam 157 P. jirovecii isolatı incelendi. Nested PCR sonrasında Sanger sekanslama ile mtLSU-rRNA genotiplendirmesi yapılırken, RFLP yöntemiyle DHPS polimorfizmi değerlendirildi. mtLSU-rRNA genotiplendirmesi yapılabilen 138 P. jirovecii isolatı arasında genotip 2, %58 ile en sık karşılaşılan genotip olarak bulundu. Genotip 2' den sonra en sık saptanan genotipler sırasıyla genotip 3 (13%), genotip 1 (11,6%) ve genotip 4; (5,1%) olarak bulunurken genotip 5 (0.7%) sadece bir otopsi örneğinde saptandı. Bunun yanısıra 16 (%11,6) olguda ikili veya üçlü koenfeksiyonlar mevcuttu. Yaş, cinsiyet, immun durum ve PCP/kolonizasyon farklılığı gibi özelliklerin genotip dağılımında etkili olmadığı gözlenirken; solid organ tümörlerindeki genotip 2 baskınlığı ve akciğer hastalığı olanlardaki miks enfeksiyon yüksekliği istatistiksel olarak anlamlıydı. DHPS geni, çalışmaya alınan 157 örneğin 137 (%87.3)'sinde çoğaltılabildi. RFLP sonucunda 135 örnekte herhangi bir mutasyona rastlanmazken (vahşi tip); hastane kökenli iki (%1.5) örnekte vahşi tip ve 57. kodon mutasyonun birlikte olduğu miks enfeksiyon (vahşi tip + mut 57) saptandı. Bu çalışmada ilaç direnci ile ilişkilendirilmiş olan DHPS gen mutasyonlarının toplumumuzda bulunabildiği gösterilirken; mtLSU-rRNA genotiplerinin dağılımı ile ilgili önemli epidemiyolojik veriler elde edilmiş oldu. Öte yandan çalışmamız real-time PCR'ın P. jirovecii laboratuvar tanısında etkili bir yöntem olduğunu ortaya koymuştur. Konvansiyonel n-PCR yönteminin çok düşük yoğunluktaki etken varlığında real-time PCR'a göre daha başarısız olduğu gösterilmiştir.