37
Arşivlenen Tez
0
DOI Atanmış
0%
DOI Oranı
Anabilim Dalı
Isolation and identification of the streptococcus pyogenes causing acute tonsillitis and detecting for some virulence factor by PCR
In this study, 100 samples were collected from tonsillitis patients of both genders aged 1- 40 years who applied to Al-Harith National Hospital in Salah al-Din Governorate of Iraq between 9/10/2021-30/01/2022. The isolates were diagnosed by bastracin susceptibility as well as microscopic and culture characteristics and biochemical tests, and the diagnosis was confirmed by the Vitek 2 system. The isolation rate was recorded as 10%, ie 10 isolates belonged to Streptococcus pyogenes. The results showed that the highest isolation rate was 76% in tonsil samples and the highest isolation rate was in the 1-10 age group. Some of the virulence factors of these bacteria were also examined and the results showed that all isolates have bacterial encapsulation and the ability to produce DNase and hemolysin enzymes in addition to their biofilm forming abilities. Drug susceptibility testing was performed for all isolates of 10 antibiotics. All isolated bacteria were highly sensitive to Amoxicillin clavulanic, Imipenem, Meropenem and Levofloxacin and highly resistant to Amoxicillin and Ampicillin. Some virulence factors were studied molecularly and using thermal polymerase PCR technique. Agarose gel electrophoresis results revealed that all isolates contained Emm, ScpA, Spe1 and GyrB genes
Türkiye'deki melez koyun ırklarında prion geni analizi
Scrapie koyun ve keçilerde görülen merkez sinir sistemine ait hücrelerin prion moleküllerini etkileyerek ölümle sonuçlanan bir bulaşıcı süngerimsi ensefalopati hastalığıdır. Hastalığın bulaşıcı olması ve hastalık etkeninin birçok dezenfektana dirençli olması engellenmesinin güç olmasına neden olmaktadır. Koyunda PrP genindeki polimorfizmler hayvanın hastalığa olan duyarlılığını belirler. Bu amaçla Avrupa Birliği Avrupa koyun ırkları için genotipleme ve seçici üreticilik programları oluşturmuştur. Türkiye'deki koyun ırkları için genotipleme çalışmaları ise yetersiz kalmıştır.Bu tezin amacı Türkiye'de bulunan ve Türk ırklarıyla yabancı ırkların melezlenmesiyle daha birçok iyi özelliği bünyesinde barındırması amaçlanan Siyah başlı Alman-Kıvırcık, Hampshire-Merinos ve Rambouillet-Dağlıç melezlerinin değerlendirilmesi ve risk gruplarının bulunmasıdır. Bu amaçla bu melez ırkların genotipleri PCR ve sekanslama ile belirlenmiştir.Çalışmamızda bulunan polimorfik alleller ARR, ARQ, ARK, ARL, TRR, TRQ, VRR ve 9 genotip ARR/ARR, ARQ/ARQ, ARR/ARQ, ARQ/TRQ, ARQ/ARL, ARR/VRR, ARR/TRR, ARK/ARK ve ARL/ARL'dur. Ayrıca PrP geni üzerinde M112T, K113N, A116E, A116D, M173V, S173N ve V179E ek polimorfizmleri bulunmuştur. Elde edilen veriler melez ırkların yüksek değişkenlikte ve dirençlilik açısından 1. ve 2. risk grubuna (dirençli) dahil olduğunu göstermiştir. Bu çalışma araştırılan koyunların klaisk scrapieye dayanıklılığının %100 düzeyde olmadığını göstermiştir.
Comparison of immunological, biochemical, hematological and molecular parameters according to age and gender in Covid 19 patients
The coronavirus-19 viral infection has rapidly spread geographically and has become a global pandemic, as declared by the World Health Organization in the first months of 2020. Respiratory infections caused by coronavirus disease 2 (SARS-CoV-2), commonly known as COVID-19, can lead to severe acute respiratory symptoms. The current study aims to detect the COVID-19 virus in patients with respiratory infections in Dhi Qar Province, southern Iraq. The study involved 100 samples collected from patients with COVID-19, of which 58 were male and 42 female; their ages ranged from 14 to 79 years. The samples were collected from the period December 2021 to June 2022 at Al-Hussein Teaching Hospital. The parameters were analyzed using the ELISA technique for IL-6 and TNF; a full automated coulter was used for a complete blood count; and other parameters were analyzed using Cobas. Also, the molecular study involved two genes, S and N, and analysis by both real-time PCR and conventional PCR and sequencing analysis was used for positive samples. In complete blood count, the results of the current study recorded a significant increase in the count of WBC (p<0.001), percent of monocytes (p<0.001), percent of lymphocytes (p<0.001), neutrophils (p<0.001), and count of PLT (p<0.001) compared with the control group. The count of RBC did not show a significant difference (p =0.819), level of Hb (p=0.118), and percentage of HCT (p=0.786) when compared with the control group. Regarding immunological parameters, the current study showed a significant increase in the concentration of all involved immunological parameters CRP, IgM, IgG, IL-6 and TNF (p<0.001) compared with the control group. In terms of biochemical parameters, ii the study revealed a significant increase in the concentration of ferritin (p<0.001) and D-dimer (P<0.001) in COVID-19 patients compared to the control group, while the concentration of vitamin D3 decreased significantly (p<0.001). The study also showed a non-significant difference in the concentration of biochemical and hematological parameters according to gender. However, in immunological parameters, the concentration of IgM increased significantly (p=0.011) in the female group compared to the male group, while TNF increased significantly in the male group compared to the female group (p<0.001). According to age groups, the study noted a non-significant difference in all involved parameters. In a molecular study, the present study noted the ORF1ab gene and N gene of COVID-19 increased significantly in male patients than female patients (p= 0.048 and 0.012, respectively), whereas both genes did not score a significant difference according to age groups (p=0.727 and 0.592, respectively).
Al Shatrah'ta hepatit B enfeksiyonlarının epidemiyolojik ve biyokimyasal çalışması
Hepatit B virüsü karaciğer hastalığı, siroz ve hepatoselüler karsinomun ana nedenidir. Hepatit B virüsü yılda yaklaşık 1 milyon ölümden veya her dakikada yaklaşık 2 ölümden sorumludur. Dünya Sağlık Örgütü verilerine göre, HIV/AIDS, alt solunum yolu enfeksiyonları, ishalli hastalıklar ve tüberküloz küresel ölçekte ölüme neden olan ilk dört bulaşıcı hastalıktır. Hepatit B virüsü ise beşinci sırada yer almaktadır. Bu çalışmada hasta serumunda hepatit B virüsünün varlığını saptamak için ELISA ve HBV DNA'nın varlığını saptamak için belirli primerler kullanılarak PTR kullanılmıştır. 2022 ve 2023 yılları arasında AL- Shatrah Eğitim Hastanesi ve AL-Shatrah City/Thi- Qar Province/Irak'taki Merkezi Sağlık Laboratuvarı'nda 95'i hepatit B virüsü (HBV) taşıyan, 35'i 13-95 yaş arası kadın ve 60'ı 1-73 yaş arası erkek olmak üzere 115 örnek ve kontrol grubu olarak 20 sağlıklı örnek toplanmıştır. Her hastadan 5 ml kan, 5 ml'lik steril bir şırınga kullanılarak ven ponksiyonu yoluyla alınmıştır. Kan steril tüplere konmuş ve kanın pıhtılaşması için 15 dakika oda sıcaklığında (18-25 °C) bekletilmiştir. Serumu kandan ayırmak için 3000 rpm'de 5 dakika santrifüj uygulandı ve daha sonra 300µl'lik alikotlara bölünerek kullanılıncaya kadar -20°C'de saklandı. ELISA bulguları, örneklerin %100'ünün HBSAg için pozitif olduğunu ortaya koymuştur. Bulgularımıza göre, erkek grubundaki enfekte erkek oranı en yüksek (%63,2), kadın grubundaki enfekte kadın oranı ise en düşüktür (%36,8). Erkek/kadın oranı (E/K) 1,63:1 idi. Sırasıyla, 41/50 yaş ve 21/30 yaş grupları bu hastaların en yüksek yüzdesine sahipken, bunu 31/40 yaş grubu (%20) takip etmektedir. 80 yaş grubu ise en küçük yüzdeyi (%1,05) oluşturmaktadır. Biyokimyasal testler için hepatit B virüsü ile enfekte 95 kişiden ve kontrol grubu olarak enfekte olmayan 20 kişiden sadece 40 örnek alınmıştır. Mevcut çalışmamızda elde ettiğimiz sonuçlar, Alanin Aminotransferaz (ALT) enziminin enfekte numuneler ve kontrol numunelerindeki seviyelerinde bir düşüş olduğunu göstermiştir. Araştırmamızda, analiz ettiğimiz örneklerde aspartat amino transferaz (ALT) olarak bilinen enzim konsantrasyonu seviyelerinin önemli miktarda düştüğünü ve çalışma örneklerindeki Alkalin Fosfataz (ALP) enzimi değerlerinde ılımlı bir düşüş olduğunu tespit ettik. 75 numune (%78,9) PCR yöntemi ve belirli primerler kullanılarak HBV DNA için pozitif bulunurken, 20 numune (%21,1) negatif olarak test edilmiştir.
Molecular diagnoses of the resistance of genes in Staphylococcus aureus to antibiotics in the diabetic foot infections
Methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) is a major nosocomial pathogen in Iraq and is emerging in the community and hospital. A total of 132 specimens were processed over a period of four months (1 January 2022-30 April 2022). S. aureus was identified using traditional biochemical tests and confirmed by the detected coagulase gene. MRSA isolates were characterized by seven conventional phenotypic methods using the methicillin resistance gene (mecA) detection test as a reference standard. Six phenotypic methods were used to identify β-lactamase production. The isolated MRSA were subjected to antibiotic susceptibility tests by seven methods. The MRSA isolates were subjected to staphylococcal chromosome cassette methicillin-resistance (SCCmec), by multiplex polymerase chain reaction (PCR). The presence of Panton-Valentine leucocidin (pvl) and toxic shock syndrome toxin (tst) genes was tested by monoplex PCR. The overall isolation rate of S. aureus was 17 (12.87%) isolates among various specimens. The mecA was recognized in 4 (23.52%) isolates (MRSA). Phenotypic methods including cefoxitin disc diffusion, chromogenic assay was highly effective for detecting MRSA. Biofilm forming by both MRSA strains indicates the high ability of these strains to persist in hospital environments which increases the risk of disease development in hospitalized patients. Additionally, resistance to antimicrobials in biofilm-forming isolates contribute to bacterial persistence which may lead to chronic infections and treatment problems.
Güneydoğu Anadolu bölgesi popülasyonunda Y kromozomu STR varyasyonlarının incelenmesi
Bu çalışmada, Güneydoğu Anadolu popülasyonunda 17 Y-STR lokusunun allel ve haplotip frekanslarının belirlenmesi ve Y Kromozom Haplotip Referans Veritabanı (YHRD) 'nda yer alan haplotip verilerinin analizi ile popülasyonlar arası genetik ilişkinin incelenmesi amaçlanmıştır. Y-STR lokusları periferik kandan izole edilen DNA örneklerinde AmpFlSTR® Yfiler? PCR kiti kullanılarak çoğaltılmış ve genotiplendirme ABI PRISM® 3130 Genetic Analyzer ile yapılmıştır. Verilerin analizi için ?GeneMapper Software v. 3.2? (Applied Biosystems, FosterCity, CA, USA) ve Arlequin (Versiyon 3.5) programları kullanılmıştır. Sonuç olarak, 86 bireyde 79 farklı haplotip gözlenmiş, tüm lokuslar için haplotip çeşitliliği ve ayrım gücü (DC) sırasıyla 0.99 ve 0.92 olarak hesaplanmıştır. YHRD' de yer alan farklı popülasyonlara ait haplotip verileri bu çalışmanın sonuçları ile birlikte analiz edilmiş ve en düşük genetik uzaklık değeri Güneydoğu Anadolu popülasyonu ile İran popülasyonları arasında bulunmuştur.Anahtar Kelimeler: Y-STR, Güneydoğu Anadolu, polimorfizm, genetik uzaklık
Farklı azot ve fosfor konsantrasyonlarının Acutodesmus deserticola türünün kültür büyümesi ve biyokimyasal kompozisyonu üzerine etkileri
Bu tez çalışmasında Acutodesmus. deserticola türü 5 farklı stres koşullarında bold basal ortamında (BBM) 24 gün boyunca kültür büyüme parametreleri açısından incelenmiş ve 24. günün sonunda, farklı kültür ortamlarında en yüksek hücre sayısı değeri K (6100x104) grubunda, en düşük hücre sayısı ise N- (405x104) grubunda; en yüksek kuru ağırlık değeri K (0,011 mg/L) grubunda, en düşük kuru ağırlık değeri N+(0,0047 mg/L) grubunda; en yüksek OD680 (optik yoğunluk) değeri K grubunda (2,139 abs) en düşük OD değeri N- (1,256 abs) grubunda; en yüksek klorofil-a değeri N+ (8,660 mg/L) en düşük klorofil a değeri ise N- (1,434 mg/L) grubunda tespit edilmiştir. Biyokimyasal analiz sonuçları değerlendirilirken N+ grubunun protein içeriği maksimum değerde (kuru biyokütlenin %8,517'si) görülmüştür. Amino asit sonuçları, Arg ve Lys amino asitleri hariç en yüksek değerler fosforca zengin (P+) grupta görülmüştür. Total yağ analizi sonuçlarına bakıldığında en yüksek değerlerin %7,1 ile yüksek azot içeren (N+) grupta olduğu gözlenmiştir. Yağ asitleri sonuçları incelendiğinde, azot bakımından kısıtlı grupta (N-) (%35,605) linoleik asit seviyesinin kontrol grubuna (%6,814) göre oldukça yüksek olduğu görülmektedir. Antioksidan aktivite sonuçları, uygulanan tüm stres parametreleri altında DPPH süpürme aktivitesi, 87-700 μg/mL konsantrasyon aralığında 37,61-75,83% scv süpürme aktivitesi gözlenmiştir. Yapılan çalışmanın sonuçları, A. deserticola türünün azot ve fosfor konsantrasyonu düşük olan ortamlarda hızlı bir şekilde çoğalabildiğini göstermektedir. Farklı ortamlardaki kültür büyüme parametrelerine bakıldığında klorofil a değeri dışındaki tüm parametreler kontrol grubunda daha yüksek sonuçlar vermiştir. Çalışmanın sonucunda azot ve fosforun ortamdaki varlığı ve yokluğu A. deserticola türünün kültür büyüme parametrelerine ve türün biyokimyasal kompozisyonu üzerine farklı etkilerinin olduğunu göstermektedir. Bu çalışmadan elde edilen bulgular, mikroalglerin biyoteknolojik uygulamalarda optimal kültür koşulları açısından yol gösterici olması düşünülmektedir
Bazı incir (Ficus carica L.) çeşitlerinin rakıma bağlı olarak antioksidan vitaminler, glutatyon ve malondialdehit düzeylerinin araştırılması
Aydın ilinin farklı rakımlarında toplanan taze incir (Ficus carica L.) varyetelerindeki A, E ve C vitaminleri ile Glutatyon ve Molondialdehit düzeyleri araştırılmıştır. Antioksidan vitaminler, Glutatyon ve Malondialdehit düzeyleri High Performance Liquid Chromatograpy (HPLC) ile tespit edilmiştir.Elde ettiğimiz sonuçlara göre yüksek rakımdan toplanan incir örneklerinden Akça (p<0,001), Sarı Zeybek (p<0,05), Kara Yaprak (p<0,001), A vitamini düzeyi bakımından 60 metrede yetişen aynı çeşit incirlere oranla daha yüksek olduğu; Kuşadası Bardakçı (p<0,001), Siyah Orak (p<0,001), Akça (p<0,05), Mor Güz (p<0,05), Sultan Selim (p<0,01), Kara Yaprak (p<0,01), çeşitlerinde saptanan vitamin E değerlerinin aynı çeşidin düşük rakımdan toplanan incirlere göre daha fazla miktarda olduğu; Kuşadası Bardakçı (p<0,05), Mor Güz (p<0,01), Sultan Selim (p<0,05), Siyah İncir 208 (p<0,05), Kara Yaprak (p<0,05) çeşidi incirlerde belirlenen vitamin C değerlerinin aynı çeşidin düşük rakımdan toplanan örneklerine göre daha fazla miktarda olduğu saptanmıştır. Glutatyon değeri açısından yüksek rakımdaki Akça (p<0,001) ve Mor Güz (p<0,001) çeşitlerinde rakım artışı ile birlikte bir artış saptanmış olup, okside glutatyonun artan rakımla beraber düşük rakımda yetişen çeşitlerine göre Siyah Orak (p<0,001), Akça (p<0,001), Gök Lop (p<0,01), Sarı Lop (p<0,01), Mor güz (p<0,05), Sarı Zeybek (p<0,05), Sultan Selim (p<0,001), Kara Yaprak (p<0,01), çeşitleri önemli bir fark yaratacak kadar yüksek olduğu tespit edilmiştir. Rakımın MDA düzeyi açısından etkili bir faktör olmadığı saptanmıştır. Bitkinin bu şekilde strese bağlı olarak artış gösteren serbest radikallere karşı antioksidan vitamin düzeyini artırarak mukavemet kazandığı sonucuna varılmıştır.
Atkestanesi özütünün kanser hücreleri üzerindeki antiproliferatif etkileri
Kanser, tüm dünyadaki insanlar için büyük sorun ihtiva eden hastalıkların başında gelmekte ve hücre büyüme ve bölünmesini kontrol eden genlerin hasar görmesiyle ortaya çıkan kompleks bir hastalık olarak tanımlanmaktadır. Kanser tıp alanındaki yapılan çalışmalar ve ilerlemelere rağmen önemini halen korumaktadır. Kanser çeşitlerinden biri olan prostat kanseri, prostat dokusunda gelişmeye başlayan kötü huylu (malign) hücrelerin sebep olduğu ölümlerde 2. sırada yerini korumaktadır. Vücudumuz kanser tedavilerinde kullanılan ajanlara karşı direnç gösterme eğilimindedir. Bu direnç sonucunda yeni ilaçlar ve yeni yöntemlere ihtiyaç duyulmaktadır. Escin (Aescin), Aesculus hippocastanum'un (atkestanesi ağacı) ana aktif bir bileşenidir. Yapılan çalışmalarda escinin yapısında %5-6 protein, %30-40 nişasta, %5.5-7.7 yağ, flavonlar, antioksidan maddeler, glikozitler(aesculin, esculin), saponinler(aescin, escin), B1, C ve K vitaminleri bulunduğu gösterilmiştir. Bu çalışmamızda prostat kanseri tedavisi için Du145 prostat kanseri hücreleri üzerinde escin ve yeni sentezlenen escin yüklü katı lipid nanopartiküllerin potansiyel apoptotik, sitotoksik, antiproliferatif etkileri ve sebep olduğu morfolojik değişiklikler konfokal mikroskobi ve akış sitometri yöntemleri kullanılarak araştırılmıştır.
Yeşil kahvenin A549 ve SPC-212 kanser hücreleri üzerindeki biyolojik etkileri
Kanserin önlenmesi ve tedavisi için araştırılan etken maddelerin sentetik kimyasallardan ziyade organik bileşenler olması tercih edilmektedir. Bu çalışmada, daha önce farklı yönlerden biyolojik aktiviteleri incelenmiş olan yeşil kahvenin ekstresi ve fraksiyonlarının A549 ve SPC-212 hücreleri üzerinde apoptotik etkileri araştırılmıştır. Yeşil kahve ekstre ve fraksiyonlarının sitotoksik etkileri MTT ve Nötral red boya alımı testleriyle belirlenmiş, hücre morfolojisindeki değişimler ise AO/EB çift boyama yöntemiyle floresan mikroskopta incelenmiş ve apoptotoik indeks hesaplanmıştır. Hücre zarında meydana gelen değişim ise Anneksin V/FITC-PI boyaması yapılarak flow sitometride incelenmiştir. Kaspaz enzim aktivasyonu ise kaspaz-3,-8,-9 kolorimetrik kit kullanılarak elizada ölçülmiştür. A549 hücre hattındaki IC50 değerleri; metanol ekstresinde 3 mg/ml, N-butanol, etil asetat ve sulu fraksiyonlarda, sırasıyla, 1, 0.45 ve 2.75 mg/ml ve demlenmiş yeşil kahvede ise 10 mg/ml dozlarında tespit edilmiştir. SPC-212 hücre hattında ise metanol ekstresinde 0.60 mg/ml, N-butanol, etil asetat ve sulu fraksiyonlarda yine sırasıyla, 0.30, 0.28 ve 0.80 mg/ml ve demlenmiş yeşil kahvede ise 5 mg/ml IC50 değerleri olarak belirlenmiştir. Morfolojik görüntülere göre belirlenen apoptotoik indeksler ise, etil asetat fraksiyonda, SPC-212'de % 25.20 ve A549'de, % 34.53'dir. Demlemede ise SPC-212'de % 19.40 ve A549'da % 36'dır. Anneksin V/FITC-PI boyaması sonucuna göree ise, A549 hücresinde etil asetat fraksiyonu ve demlemede sırasıyla % 28.7 ve % 32.4 oranında apoptotik hücre gözlemlenmiştir. SPC-212 hücrelerinde ise etil asetat fraksiyonunda %24.7, demlemede %31.2 oranında apoptotik hücrede gözlenmiştir. Kaspaz-8'in her iki hücrede de yaklaşık 1.5 katlık artışı dikkat çekmektedir. Yeşil kahvenin ekstre ve 3 fraksiyonunun, A549 ve SPC-212 hücrelerinin proliferasyonunda azalmaya ve apoptoza sebep olduğu gözlenmiştir. Her iki hücre hattında da etil asetat fraksiyonunun ve demlenmiş yeşil kahvenin apoptoza etkisinin, diğerlerine göre daha yüksek olduğu belirlenmiştir. İki hücre hattını karşılaştırdığımızda; SPC-212 hücrelerinin A549 hücrelerine göre sitotoksik ve apoptotic etkiler bakımından daha hassas olduğu görülmüştür. Anahtar Kelimeler: Sitotoksite, A549, SPC 212, Yeşil Kahve.
Omurgasızlarda yeni bulunan ATP bağımlı DNA Ligaz II ((LİGII) alt-ailesinin ilk üyesi tetrahymena thermophila TtLigII-1 enziminin hücresel görevinin tanımlanması
Genomların korunması, tamiri ve genetik çeşitliliğinde DNA Ligaz enzimleri görev alır. Omurgalı canlılarda ATP bağımlı DNA Ligaz I, III ve IV bulunurken mitokondriyal genom replikasyonu ve tamirinde görev alan Ligaz III omurgasız ökaryotlarda bulunmaz. Omurgasız ökaryot grubunda yer alan tek hücreli ve silli bir model organizma olan Tetrahymena thermophila kalıtımsal ve yaşamsal olayları yöneten mikroçekirdek (MİK) ve makroçekirdeğe (MAK) ile mitokondriyal genoma sahiptir. Eşeyli üremede yoğun genom düzenlenmesi ile MİK'den MAK oluşur. T. thermophila genomunda iki Ligaz I, bir Ligaz IV ile bir de hipotetik Ligaz geni bulunur. Bu tez kapsamında; hipotetik Ligaz geninin in silico, in vivo ve in vitro yöntemlerle ligasyon kabiliyeti, çekirdekte genom düzenlenmesi ile mitokondriyal genomun replikasyon ve tamirindeki olası görevlerinin araştırılması amaçlanmıştır. Filogenetik ağaç analizi; sadece omurgasız ökaryotik canlılarda bulunan bu çalışma ile Ligaz II adı verilen yeni bir ligaz alt ailesinin varlığını ve bu hipotetik ligaz enziminin (TtLigII) bu ailt ailenin üyesi olduğunu ortaya koymuştur. T. thermophila'da rekombinant üretilerek saflaştırılan TtLigII-6xHis enzimi in vitro DNA ligaz aktivite reaksiyonunda, yapışkan uçlu DNA parçalarını birleştirme aktivitesine sahiptir. TtLigII-sfGFP füzyon proteini mitokondrilerde ve konjugatif hücrelerin MİK ve MAK'larına lokalize olmuştur. Bu tez çalışması ile ökaryotik ATP bağımlı DNA Ligaz ailesinin LigI, LigIII ve LigIV alt aileleri yanında LigII alt ailesine de sahip olduğu; ilk üye TtLigII'nin ise çekirdek ile mitokondrilerde DNA tamirinde görev alabileceği sonucuna varılmıştır.
Ayçiçeği bitkisinde (Helianthus annuus L.) kombine uygulanan borik asit ve sıcaklık stresinin bazı ekolojik parametreler, antioksidan enzimler ve gen ifadeleri üzerine etkisi
Değişen iklim koşulları özellikle bitkilerin ekolojik, fizyolojik ve moleküler düzeydeki metabolik faaliyetleri üzerinde olumsuz etkiler oluşturmakta; bitki verimi, kalitesi ve üretimini olumsuz yönde etkilemektedir. Sıcaklığın yanı sıra bitkilerde abiyotik strese sebep olan bir diğer faktör ise toprakta bulunan makro ve mikro besin elementlerinin miktarlarıdır. Mikro besin elementleri içerisinde yer alan bor elementi, bitkilerin en fazla tepki gösterdiği elementler arasındadır. Bor elementi, bitkide zar geçirgenliği, kök büyümesi, nükleik asit ve ATP sentezi gibi önemli metabolik olaylarda etkilidir. Borun bitkiler üzerindeki bu etkileri, başka bir abiyotik stres faktörünün etkisini inhibe ya da teşvik edebileceğini düşündürmektedir. Bu çalışmada sıcaklık ve bor uygulamasının hem ayrı ayrı hem de kombine etkileri araştırılmıştır. 15, 25 ve 40°C'de yetiştirilen, 10 mM ve 25 mM borik asit uygulanan ayçiçeği bitkisinde kök ve gövde uzunluğu, kök ve gövde yaş-kuru ağırlığı, kök ve gövde biyokütlesi, borik asit tolerans indeksi, lipit peroksidasyonu, toplam protein miktarı, SOD, CAT, APX enzim aktiviteleri ve bu enzimlerin gen ekspresyon seviyelerindeki değişimleri belirlenmiştir. Sonuç olarak 25 ve 40°C'deki örneklerin artan borik asit konsantrasyonuna bağlı olarak kök ve gövdeye ait ekolojik parametrelerde azalmanın olduğu 15°C'deki örneklerde ise literatürde yer alan düşük sıcaklıkla ilgili çalışmaların aksine kök ve gövdeye ait ekolojik parametrelerin olumlu etkilendiği ve artış gösterdiği tespit edilmiştir. 40°C'deki kök ve yaprak örneklerinin antioksidan enzim aktiviteleri ve mRNA seviyelerinin arttığı belirlenmiştir. 15°C'de ise antioksidan enzim aktiviteleri ve mRNA seviyelerinin kök örneklerinde arttığı, yaprak örneklerinde azaldığı tespit edilmiştir. Ekolojik parametreler incelendiğinde düşük sıcaklıkta yüksek bor uygulamasının ilginç bir şekilde bitki büyümesini teşvik ettiği, antioksidan enzim aktiviteleri ve mRNA ekspresyon seviyeleri incelendiğinde ise bitkinin düşük sıcaklığı tolere etmesinde oldukça etkili olduğu ortaya konmuştur.
İmatinib dirençli K562R hücre hattında kemoterapötik ajanların oluşturduğu reaktif oksijen türlerinin sığla yağı ile ortadan kaldırılması
Sweetgum Oil (SO), Liquidambar orientalis'in yaralı gövdesinden elde edilen "Sığla Yağı" adıyla yerel olarak isimlendirilen reçineli bir eksüdattır. SO'nun antibakteriyel, antioksidan, antiseptik ve antienflamatuar özellikleri birçok çalışmada bildirilmiştir. Bu çalışmada dirençli K562R ve duyarlı K562S kronik myeloid lösemi hücre hatlarında ROS oluşumu üzerine farklılıkların belirlenmesi ve ROS'un otofaji üzerindeki etkilerinin gözlenmesi amacıyla sitotoksik dozda Tirozin Kinaz İnhibitörleri (TKİ) ile sığla yağı kombinasyonu hücre hatlarına uygulanmıştır. K562R ve K562S hücre hatlarında sitotoksisite, ROS oluşumu, DNA hasarı, otofaji ve otofaji ile ilişkili proteinlerden otofagozom oluşumunda rol oynayan LC3α/β proteini ile ROS oluşumuna bağlı olarak inaktif hale gelen Atg4A proteininin ekspresyon seviyelerine etkileri incelenmiştir. Sitotoksisite çalışmalarında sığla yağının K562R hücrelerinde IC50 değeri 250 μg/ml, K562S hücrelerinde IC50 değeri 150 μg/ml olarak belirlenmiştir. H2DCFDA boyama ile sığla yağı kullanımında oluşan ROS'un K562R hücrelerinde ponatinibe kıyasla %28,8 oranında, K562S hücrelerinde ise imatinibe göre %23,8 oranında daha az olduğu görülmüştür. Kombine uygulamalarında ise sığla yağının tekli uygulamalarına göre ROS'un K562R hücrelerinde %67,56 oranında, K562S hücrelerinde ise %60,9 oranında azaldığı görülmüştür. K562R hücrelerinde, K562S hücrelerine göre %21,9 daha fazla ROS gözlenmiştir. Oluşan ROS'a bağlı olarak tirozin kinaz inhibitörleri ile tedavi edilen hücrelerde sığla yağı ile tedavi edilen hücrelere göre daha fazla DNA hasarı meydana gelmiştir. K562R hücrelerinde sığla yağının otofaji aktivasyonunda azalmaya neden olduğu K562S hücrelerinde ise otofaji aktivasyonunda artış sağladığı floresan mikroskop ile gözlenmiştir. Western blot deneyinde sığla yağı uygulanmış hücrelerde Atg4A ekspresyonunun daha fazla olduğu ve ROS'un fazla olduğu diğer gruplarda ise Atg4A ekspresyonunun azaldığı görülmüştür. LC3-I ekspresyonu ise sığla yağı uygulandığında K562R hücrelerinde azalmış, K562S hücrelerinde ise artış göstermiştir.
Escherichia coli W3110'un porin protein mutantlarında biyofilm ile ilgili genlerin ifadelerinin araştırılması
Biyofilm oluşumu, birçok farklı mekanizmanın ve düzenleyici genlerin dahil olduğu oldukça kapsamlı ve çok hücreli bir oluşumdur. Bu oluşum, besin varlığı, sıcaklık, nem ve pH gibi birçok faktörün varlığından etkilenmektedir. Bu çalışmamızda, Escherichia coli'nin sahip olduğu dış zar proteinlerinden ompA, ompC ve lamB porin mutantlarında, biyofilm oluşumunda rol alan genlerin ifade düzeylerindeki değişim araştırılmıştır. Çalışmamızda kullandığımız yabani tip E. coli W3110 suşu ve bu suşun phoE mutantı, denediğimiz hiçbir koşulda biyofilm oluşturmamakla birlikte, bu suşun ompA ve ompC mutantları pH 6, 7 ve 8'de, lamB mutantı ise sadece pH 7'de biyofilm oluşturmuştur. Mutantlardaki biyofilm mekanizmasının aydınlatılması için pH 6, 7 ve 8'de büyütülen yabani tip E. coli W3110 ve porin mutantlarının, biyofilmle ilişkili olan genlerinin (csgD, csrA, rcsB, pgaC, qseB, qseC, sdiA) ekspresyon seviyelerindeki değişimler incelenmiştir. Buna göre, çalışılan her pH değerinde ompA ve ompC mutantlarında, csrA ve rcsB genlerinin azalış gösterdiği, csgD, pgaC ve sdiA genlerinin ise, yabani tipe göre artış gösterdiği belirlenmiştir. Aynı zamanda, ompA ve ompC mutantlarında, flagellar genlerin düzenleyicisi qseB ve qseC'nin pH 6 hariç, diğer pH'larda azalış gösterdiği tespit edilmiştir. qseB geni pH 6'da her iki mutantta da bir miktar artış gösterirken, qseC geni, ompA mutantında artış gösterip, ompC mutantında azalış göstermiştir. Fazla ekspresyonu biyofilm oluşumunu olumsuz etkileyebilen qseB ve qseC genlerinin, pH 6'da biraz artış göstermesi, ompA ve ompC porin mutantlarında biyofilm oluşumunun pH 7 ve 8'e göre biraz azalmasına sebebiyet vermiştir. pH 7'de diğer mutantlarla benzer gen ekspresyonları veren lamB mutantında, qseBC genlerinin pH 6'da aşırı eksprese olduğu ve pH 8'de ise csgD geninin düşük eksprese olduğu tespit edilmiştir. Bu durumların lamB mutantında biyofilm oluşumunu inhibe ettiği belirlenmiştir. Elde edilen ekspresyon verilerinin ışığında, mutantları biyofilm oluşumuna götüren mekanizmalar hakkında görüşler ortaya koyulmuştur. Bu görüşlere göre, ompA, ompC ve lamB mutantlarının biyofilm oluşturmasında biyofilm ile ilişkili genlerin ekspresyonlarının biyofilm oluşturmaya uygun şekilde artış ve azalış gösterdiği belirlenmiştir. Ancak bu verilerden biyofilm oluşumunu porinlerin mutant olmasının nasıl indüklediği hususunda henüz bir bilgi elde edinilememiştir.
Kurşun ve bakır uygulamasının Cucurbita moschata Duch.'nın bazı ekofizyolojik parametreleri ve antioksidan savunma sistemi üzerine etkileri
Jeolojik etmenler, antropojenik faaliyetler, madencilik ve tarımsal uygulamalar tüm dünyada önemli bir ekolojik bir sorun haline gelen ağır metal kirliliğine sebep olmaktadır. Sesil doğaları gereği bu abiyotik stresten en fazla bitkiler etkilenmektedir. Ağır metal stresine maruz kalan bitkilerin ürünlerinde kalite kaybı ve verimliliklerinde azalma görülmektedir. Bu nedenle bitkiler, ağır metallerle kontamine olmuş topraklarda yaşayabilmek için ekolojik, fizyolojik ve moleküler düzeyde çeşitli mekanizmalar geliştirmişlerdir. Bu çalışmada, iki farklı konsantrasyonda kurşun (25 mM ve 50 mM) ve bakır (50 mM ve 100 mM) uygulamalarının bal kabağı bitkisi üzerindeki etkileri araştırılmıştır. Kurşun ve bakıra maruz bırakılan bal kabağı örneklerinde kök ve gövde uzunluğu, kök ve gövde yaş-kuru ağırlığı, kök ve gövde biyokütlesi, kurşun ve bakır tolerans indeksi, klorofil a, b ve toplam klorofil miktarı, lipid peroksidasyonu, toplam protein miktarı, SOD, CAT, APX enzim aktiviteleri ve bu enzimlerin gen ekspresyon seviyelerindeki değişimler belirlenmiştir. Sonuç olarak, kurşun ve bakır stresinin bal kabağında gövdeye ait ekolojik parametreleri olumlu, köke ait ekolojik parametreleri ise negatif şekilde etkilediği belirlenmiştir. Her iki metal uygulamasının da klorofil a, b ve toplam klorofil miktarlarını artırdığı ancak sadece yüksek konsantrasyonlarda metal uygulamalarının (50 mM Pb ve 100 mM Cu) MDA içeriğini artırdığı tespit edilmiştir. Kurşun ve bakır uygulanan tüm deney gruplarında SOD ve CAT enzimlerinin aktivitelerinin ve gen ifadelerinin artış gösterdiği, APX aktivitesinin ve gen ifadesinin ise 50 mM Pb ve 100 mM Cu konsantrasyonlarında arttığı tespit edilmiştir. Elde edilen ekolojik, fizyolojik ve moleküler parametreler incelendiğinde bal kabağı bitkisinin yüksek bir antioksidan savunma gücüne sahip olduğu, uygulanan kurşun ve bakır konsantrasyonlarına ise oldukça yüksek bir tolerans gösterdiği ortaya konmuştur.
Tuz stresine maruz bırakılan Helianthus annuus L. ve Brassica napus L.'ta sükroz uygulamasının antioksidan savunma sistemi, prolin içerikleri ve büyüme parametreleri üzerine etkisi
Tuz stresi, bitkilerin büyümesini ve mahsul verimliliğini sınırlayarak dünya çapında her geçen gün artan bir tehdit haline gelmektedir. Küresel bir sorun olan tuzluluk, bitkilerin ozmotik ve iyonik dengelerini bozarak nihayetinde bitkinin ölümüyle sonuçlanabilen ozmotik stres, iyonik stres ve besin dengesizliklerine yol açmaktadır. Bitkiler, tuzun zararlı etkileriyle başa çıkmak için tuza tolerans düzeylerini artırabilen ekolojik, fizyolojik ve moleküler mekanizmalarını harekete geçirmektedir. Bitkilerin tuzluluğa toleranslarının artırılması amacıyla uygulanan sükroz, trehaloz, glisin betain, prolin gibi çeşitli ozmoprotektanların ekzojen takviyeleri de, bitkilerde tuz stresinden kaynaklanan olumsuz etkilerin iyileştirilmesinde son derece etkili rol oynamaktadır. Bu çalışmada, iki farklı konsantrasyonda tuz uygulamasının (75 ve 150 mM NaCl) ve bu konsantrasyonlarla birlikte uygulanan ekzojen sükrozun (75 mM NaCl+Sükroz ve 150 mM NaCl+Sükroz) ayçiçeği ve kanola bitkileri üzerindeki etkileri incelenmiştir. Tuz ve ekzojen sükroz uygulanan ayçiçeği ve kanola bitkilerinin kök ve gövde uzunlukları, kök ve gövde yaş-kuru ağırlıkları, kök ve gövde biyokütleleri, tolerans indeksleri, klorofil miktarları, lipid peroksidasyonları, prolin içerikleri, toplam protein miktarları, SOD, CAT, APX enzim aktiviteleri ve antioksidanların gen ekspresyon seviyesindeki değişimleri belirlenmiştir. Sonuç olarak, tuz stresinin her iki bitki türünde de büyüme parametrelerini olumsuz etkilediği, klorofil miktarlarını azalttığı, MDA, prolin ve toplam protein miktarlarını ise artan tuz konsantrasyonuna bağlı olarak artırdığı belirlenmiştir. Tuz uygulanan ayçiçeği ve kanola örneklerinde kontrole göre SOD aktivitesinin arttığı, CAT aktivitesinin azaldığı, APX aktivitesinin ise önemli bir değişime uğramadığı tespit edilmiştir. Antioksidanlara ait P5CS, SOD-Mn ve APX gen ifadelerinin arttığı, CAT gen ifadesinin ise anlamlı düzeyde değişmediği kaydedilmiştir. Ayçiçeği ve kanola bitkilerine uygulanan ekzojen sükroz takviyesinin ise, tuz stresine maruz kalan örneklerin ekolojik parametrelerini iyileştirdiği, klorofil miktarlarını artırdığı, MDA, prolin ve toplam protein miktarlarını ise azalttığı tespit edilmiştir. Ekzojen sükroz uygulamasının, sadece tuz uygulanan örneklere kıyasla bitkilerin SOD aktivitesini azaltırken, CAT ve APX aktivitelerini artırdığı gözlenmiştir. Tuz stresi altında sükrozun, ayçiçeğinde antioksidanlara ait gen ifadelerini farklı şekilde etkilerken, kanolada antioksidanların mRNA ekspresyon seviyelerini artırdığı saptanmıştır. Bitkilerin tuzluluğa gösterdikleri toleranslar çok farklı olmasa da ayçiçeğinde büyümeye bağlı tuz toleransının nispeten kanoladan daha fazla olduğu gözlenmiştir. Ekzojen sükrozun da tuz toleransını ayçiçeğinde kanolaya göre daha fazla artırdığı ortaya konmuştur. Ekofizyolojik ve moleküler düzeyde elde edilen sonuçlar doğrultusunda, ekzojen sükrozun hem ayçiçeği hem de kanolada tuz stresinin olumsuz etkilerini hafifleterek iyileştirici bir etki oluşturduğu tespit edilmiştir.
Dna konformasyonel değişikliklerin rodentlerde yaşam uzunluğu ve kanser direnci üzerine etkilerinin incelenmesi
Günümüzde güncel araştırmalar, DNA genetik kodunun ötesine geçerek kanser, kalıtsal hastalıklar, yaşlanma süreci ve gen ekspresyonunu önemli ölçüde etkileyen yapısal varyasyonlara odaklanmaktadır. DNA'nın B formundan A veya Z formuna geçişi gibi konformasyonel değişiklikler, molekülün esnekliği, stabilitesi ve hasara karşı direnci üzerinde belirleyici rol oynar. Şeker halkası büzülmeleri ve DNA metilasyonu gibi moleküler faktörler bu yapısal dönüşümlerde etkili olmaktadır. Bu çalışma, iki farklı kemirgen türünde DNA konformasyonel değişiklikleri ile yaşam süresi ve kanser direnci arasındaki olası ilişkileri inceleyen ilk çalışmadır. Uzun ömürlü ve doğal kanser direnci yüksek Nannospalax xanthodon ile nispeten daha kısa ömürlü ve kanser duyarlılığı daha fazla olan Rattus rattus'a ait karaciğer DNA örnekleri, kızılötesi spektroskopisi ve temel bileşen analizi (PCA) ile değerlendirilmiştir. Analizler, N. xanthodon'da DNA'nın A formundan B ve Z formlarına geçişlerin daha yaygın olduğunu, her iki türde de baskın formun B formu olduğunu göstermiştir. N-tipi (C3-endo) şeker büzülmeleri N. xanthodon'da belirgin şekilde fazla iken, B tipi DNA'ya özgü S-tipi büzülmeler bu türde daha düşük düzeylerde saptanmıştır. Ayrıca, nükleobaz metilasyonuna bağlı yapısal modifikasyonlardaki türler arası varyasyonlar nicel olarak ortaya konmuştur. Elde edilen bulgular, N. xanthodon'un uzun ömürlülüğü ve kanser direnci ile sahip olduğu DNA yapısal özellikleri arasında anlamlı bir ilişki olabileceğini desteklemekte; farklı DNA konformasyonları ile omurga ve baz-şeker bileşenlerinin, yaşlanma ve kanser gelişimini baskılama süreçlerinde önemli roller oynayabileceğine dair yeni ipuçları sunmaktadır.
Adli tıpta kullanılan moleküler genetik yöntemler ve uygulamaları
Adli Tıpta ebeveyn tayini, kimlik tespiti, cinayet ve tecavüz vakalarında suçluların tespiti gibi çalışmalarda ve daha birçok alanda DNA temeline dayalı pek çok moleküler genetik yöntem ve yeni teknolojiler kullanılmaktadır. Bu çalışmanın amacı yaygın olarak kullanılan moleküler yöntemlerin adli kullanımlarını değerlendirmektir. Türkiye'nin çeşitli bölgelerinden İstanbul Adli Tıp Kurumu Başkanlığı Biyoloji İhtisas Dairesi'ne gelen adli örneklerden manuel ve M48 biorobot izolasyon protokollerine uygun olarak DNA izolasyonu yapıldı. Ancak değerlendirmeler otomatik izolasyon sonuçlarına göre yapılmıştır. Elde edilen DNA izolatları, Qigen marka izolasyon kit'i kullanılarak touch down PCR protokolü'ne göre çoğaltılmıştır. Tipleme ABI Prism 3130x cihazında kapiller elektroforez yöntemi ile yapılmıştır. Değerlendirme adli vakalarda talep edilen analize bağlı olarak RFLP ( Restriction Fragment Lentht Polymorphism), PCR(Polymerase Chain Reaction ), VNTR ( Variable Number Tandem of Repeat Polymorphism), ASO ( Allel Specific Oligonücleotid Reverse Dot Blot Analysis ), STR (Short Tandem Repeat Polymorphism), X-STR, Y-STR yöntemleri baz alınarak yapılmıştır. Bu çalışmada intikal eden vakaların büyük çoğunluğunda olay yeri materyali ile şüpheliye ait örneklerden elde edilen kapiller elektroforez görüntülerinin birebir örtüştüğü bulunmuştur. Adli Tıp'ta identifikasyon uygulamalarında PCR, STR, X-STR, Y-STR yöntemlerinin diğer yöntemlere göre daha çok kullanıldığı sonucuna varılmıştır.Anahtar Kelimeler: Moleküler Genetik Yöntemler, PCR, RFLP, VNTR, ASO, STR,X-STR, Y-STR,
Ağrı yöresel beyaz peynirlerden laktik asit bakterilerinin izolasyon ve karakterizasyonu
Laktik asit bakterileri genelde besin değeri yüksek olan et, sebze ve süt ürünlerinde bulunan ve çevrelerin mevcut karbohidratları kullanarak fermente ürünlerin oluşmasını sağlayan önemli mikroorganizmalardır. Bu mikroorganizmalar laktik, asetik ve sitrik asit gibi özel bileşikler üreterek hem fermente ürünleri korur hem de daha sağlıklı ve uzun ömürlü olmasını sağlar. Bu bilgiler ışığında, bu çalışmada Ağrı İli'ni temsil eden 7 farklı bölgeden toplanan 14 yerel beyaz peynir örneğinden 55 bakteri izolatı elde edilmiştir. Bu izolatların tanımlanması için morfolojik, fizyolojik ve biyokimyasal testlerin yanı sıra, safra tuzu toleransı, antibiyotik duyarlılık ve antagonistik aktivite parametreleri de yapılmıştır. Moleküler testler kapsamında 55 izolatın DNA izolasyonu, 16S rDNA gen bölgesinin amplifikasyonu ve 16S rDNA gen bölgesinin dizi analizi yapılmıştır. 16S rDNA gen bölgesinin dizi analizine göre beş farklı cinse (Streptococcus, Enterococcus, Lactococcus, Leuconostoc ve Lactobacillus) ait izolatlar LAB olarak tanımlandı. Ayrıca peynir yapım süreçlerinden geçebilecek on farklı bakteri cinsi de (Staphylococcus, Microbacterium, Phyllobacterium, Micrococcus, Hafnia, Shigella, Serratia, Leifsonia, Stenotrophomonas ve Paenibacillus) belirlenmiştir.
Yeni sentezlenmiş aril (3-metil-benzofuran-2-il) keton türevlerinin ve vulpinik asitin sitotoksik ve apoptotik etkisinin normal ve kanserli hücrelerde ın vıtro araştırılması
Benzofuranlar pek çok doğal bileşende yaygın olarak bulunduğu için ilgi toplamış bileşiklerdendir. Vulpinik asit biyolojik etkisi olduğu bilinen liken metabolitlerindendir. Bu tezde yeni sentezlenmiş üç aril (3-metil-benzofuran-2-il) keton türevlerinin HepG2 ve F2408 hücreleri üzerine sitotoksik, apoptotik ve bazı mikroorganizmalar üzerinde antimikrobiyal etkisi araştırıldı. Sonuçta hücre canlılığını azaltıcı, mikroorganizmal büyümeyi inhibe edici etki gözlenmedi. Vulpinik asitin aynı hücre hatları üzerine sitotoksik, apoptotik ve apoptoz yolağı ile ilgili 84 genin anlatımına olan etkisi araştırıldı. Sonuçta vulpinik asitin her iki hücre hattı üzerinde zamana ve doza bağlı toksik etki gösterdiği bulundu. Hücrelerin 48 saat 200 µM vulpinik asitle muamelesinin AO/EB ikili boyamasıyla belirlenen apoptotik hücre oranını anlamlı düzeyde artırdığı gözlendi. Ayrıca vulpinik asitin HepG2?lerde TP53, TNFRSF21, TRAF4, RIPK2, BIRC2, TNFRSF10B genleri anlatımını kontrol grubuna göre 2 ile 4 kat artırdığı BAK1 geni anlatımını ise yarıdan daha az seviyeye düşürdüğü bulundu. Bu bulgular vulpinik asitin TP53 geni anlatımını artırarak hücrelerde apoptoza neden olduğunu düşündürmektedir.
Tek veya ikili patojen ilişkili moleküler kalıplarla yüklü lipozomal aşıların in vivo uygulamaları
Nucleic acid-based pattern recognition receptor (PRR) agonists are promising adjuvants and immunotherapeutic agents. Combination of PRR ligands potentiates immune response by providing synergistic immune activity via triggering different signaling pathways and may impact antigen dependent T-cell immune memory. However, the duration of short circulation due to nuclease attacks is hampering their clinical performance. Liposomes enable protein and nucleic acid based compounds to have high encapsulation efficiency. Herein, we aimed to develop liposomal carrier systems that co-encapsulating single TLR9 or combinations with TLR3 or STING ligands and assess their potential as adjuvants and immunostimulatory agents in in vivo applications. Liposomal dual nucleic acid formulations induced synergistic innate immune activation, enhanced cytokine production along with internalization capacity of ligands. In anti-cancer vaccine study, CpG ODN and poly(I:C) co-encapsulation significantly increased OVA-specific Th1-biased immune even after eight months post-booster injection. Challenge with OVA-expressing tumor cell line, E.G7, demonstrated that mice immunized with liposomes co-encapsulating CpG ODN and poly(I:C) had significantly slower tumor progression dependent on OVA-specific cytotoxic memory T-cells. In our second in vivo application, liposomal CDN and TLR9 therapy led to 80% remission of established melanoma tumor. Increased IgG2c/IgG1 ratio in mice treated with liposomal formulations indicating the development of antigen specific Th1-biased immunity was observed. Furthermore, along with the treatment, IFN-γ producing CD8+ T-cells significantly increased and M2-type macrophages decreased at the tumor bed. In conclusion, co-encapsulating dual ligands into liposomes enhanced the anti-tumor activity of single ligands. In the third part, immunization with CpG ODN loaded liposomal formulations together with antigens increased antigen-specific humoral response against FMDV and Helicobacter. In addition, the liposomal CpG ODN reduced bacterial gastric colonization by antigen-dependent Th1 and Th17 immune responses after helicobacter challenging.
ROBO2?ye bağlı hücresel fenotipe özel odakla SLIT-ROBO yolağı üyelerinin hepatoselüler karsinom tanı ve takibinde araç olarak analizi
Hepatocellular carcinoma is the sixth most common cancer in the world, with an annual incidence exceeding half a million. It is associated mainly with hepatitis B and C viral infections; and is the main cause of death among cirrhotic patients. Aflatoxin B1 exposure, chronic alcohol consumption and virtually all cirrhosis-inducing conditions are of the other etiologies. For early diagnosis of HCC, surveillance of the risk groups is a crucial task requiring the development of novel markers for HCC with stronger sensitivity and specificity. In addition, description of biomarkers specific to hepatocellular carcinoma subtypes could identify novel targets for therapy. In this study, we analyzed members of the SLIT-ROBO gene families as novel diagnostic and prognostic markers in hepatocellular carcinoma. Wedefined an expression signature for members of the SLIT-ROBO gene families in HCC cell lines and tissues by real-time quantitative RT-PCR analysis. We showed that ROBO1 was overexpressed as stage and differentiation of the HCC proceeds. Furthermore, ROBO4 downregulation and SLIT2 overexpression marked late stage and poorly differentiated HCCs. Our results suggest that the expression of ROBO1 and ROBO4 can be used in early diagnosis of HCC. As another focus, we stably knockdowned ROBO2 expression in a model AFP positive cell line Huh7 and characterized the associated cellular phenotype. ROBO2 downregulation caused a significant decrease in proliferation rate whereas in wound-healingassay no significant difference in migration rate was observed. In addition, we performed a microarray experiment and found the differentially expressed genes between stable ROBO2 knockdown and negative clones. In this analysis, we found an overexpression of CK19, CD44, ABCG2/ BCRP1 hepatic progenitor cell markers and CD133 that is also a putative cancer stem cell marker of HCC, in stable ROBO2 knockdown clones. In addition KLF4 expression was augmented in these ROBO2 knockdown clones. We propose a genetic association between SLIT-ROBO pathway and CD133 at transcriptional level.
Wnt/β-katenin sinyal yolağının zebrabalığı modeli kullanılarak beyin rejenerasyonundaki rolünün araştırılması
Regeneration ability is highly limited in the mammalian central nervous system. On the contrary, one of the teleost models zebrafish has enormous brain regeneration capacity among vertebrates. Taking the brain regeneration ability of adult zebrafish as an advantage, elucidation of molecular mechanisms of brain regeneration has a pivotal role for regenerative medicine research. Wnt signaling is one of the tightly regulated signaling pathways that involve in organ regeneration and tissue homeostasis. Dysregulation and certain mutation in both components and downstream targets of Wnt signaling lead to improper tissue regeneration and cancer. Identification of novel Wnt modulators paves the way for the treatment of various Wnt signaling dependent diseases. In the scope of this thesis, traumatic brain injury model was performed in the adult zebrafish telencephalon. Reporter activity was measured by q-PCR in both injured and uninjured hemispheres of the telencephalon in Wnt reporter line at two separate stages; early-stage and proliferative stage. In addition, localization of Wnt signaling was detected in the regions of telencephalon by immunohistochemistry staining. RNA Sequencing was also performed to identify Wnt modulators which involve in brain regeneration. In conclusion, novel Wnt modulators and their potential interactors have been identified at two crucial stages of brain regeneration.
Tam reseptör tirozin kinaz ailesinin farklı ligandlara karşı seçiciliği
TAM (Tyro3, Axl, Mer) proteins belong to the receptor tyrosine kinase family. One of the prominent TAM activation pathways involves the interaction of TAM's extracellular Ig domains with a ligand. The most commonly studied TAM ligands are two paralogous Vitamin K-dependent proteins, i.e. Gas6 and Pros1. Although Gas6 and Pros1 sequences are significantly similar, Gas6 can bind to all TAM receptors (with the highest affinity towards Axl) while Pros1 can interact only with Tyro3 and Mer (with little or no affinity towards Axl). Expanding on this knowledge, in this thesis, we aim at characterizing the molecular grounds of Axl's ligand selectivity through a structure-based approach. For this, we modeled the complex structures of all possible TAM-ligand interactions, by using the available Axl-Gas6 complex structure as a template. This process was followed by refinement of each complex with HADDOCK. Strikingly, HADDOCK score of each complex, obtained at the end of each refinement session, correlated very well with the observed experimental binding affinities. In order to have a deeper understanding of Axl-ligand selectivity, we later focused on two extremities: the best binder, i.e. Axl-Gas6 and the worst one, i.e. Axl-Pros1. To that end, we run four parallel 200 ns molecular dynamics simulations yielding 800 ns ensembles of Axl-Gas6 and Axl-Pros1. Detailed interaction analyses of these pairs highlighted that electrostatic interactions are dominating Axl's partner selection, which disappear in the case of Axl-Pros1. By combining these results with the conservation and comparative analysis, we identified three specificity determining positions directing Axl's ligand selectivity, i.e. ARG 48Axl, GLU 70Axl and GLU 83Axl.
Bolu'da tüketime sunulan balık ve kıymalarda hareketli Aeromonas türlerinin varlığının ve bazı patojenite kriterlerinin belirlenmesi
Motile Aeromonas species, A. hydrophila, A. caviae and A. veronii biovar sobria were found among the bacteria causing foodborne gastroenteritis. They are recognized as potential foodborne pathogens because of their wide spread in the environment. They have been frequently isolated from foods such as seafood and food of animal origin. In the present study, the presence and incidence of motile Aeromonas species were investigated in fish and ground beef. Motile Aeromonas spp. were isolated from 49 (44.1 %) of the 111 samples tested. Other Aeromonas spp. were also isolated from 89 (80.1 %) out of the 111 samples. In general, among motile Aeromonas spp., A. caviae was detected in 31 (27.9%) of the samples, followed by A. hydrophila in 9 (8.1%) and A. veronii biovar sobria in 9 (8.1%). In this research, the 138 isolated Aeromonas spp. were examined for extracellular enzyme activities, virulence characteristics and antimicrobial resistance. Lecithinase, protease on calcium caseinate and skim milk agar, lipase, DNase, hemolysin, siderophore and slime activity were found in 85.8%, 96%, 75.5%, 100%, 96%, 53.1%, 30.6%, and 93.9% of motile Aeromonas isolates, respectively. The activities of lecithinase, protease on calcium caseinate and skim milk agar, lipase, DNase, hemolysin, and siderophore and slime production were common among other Aeromonas spp. Besides all motile Aeromonas isolates showed 100% of resistance to ampicillin. In addition, the highest resistances encountered were 91.8% to vancomycin. In contrast, more than 90% of the isolates were susceptible to ceftriaxone, cefotaxime, piperacillin/tazobactam, piperacillin, imipenem, chloramphenicol, enrofloxacin, amikacin, gentamicin, polymyxin B, and ciprofloxacin. In general, all 138 Aeromonas isolates showed high levels of the resistance to ampicillin (94.9%) and vancomycin (88.4%). Multi-drug resistance pattern was shown in 63% of the 138 Aeromonas isolates to at least three or more antimicrobial agents. In this study, Aeromonas spp., exhibiting the extracellular enzymes and virulence factors which play role in the pathogenicity and antimicrobial resistance, were isolated mainly from fish and ground beef. The presence of Aeromonas spp. from these sources may be a health threat for consumers.
Nükleik asit temelli yanal akış testi (LFT) ile COVID-19 teşhisi
The new coronavirus, official name was determined by the WHO as SARS-CoV-2, is thought to have first appeared in the seafood market in Wuhan, China, in late December 2019. The virus is highly contagious and fatal, especially older age groups. Many studies continue to be developed for viral diagnosis. The most common and reliable one is the RT PCR recommended by WHO, and it is especially aimed at the N gene regions. This region has been important in molecular diagnosis as it is the most conserved and specific region. However, rapid tests have an important place in relieving laboratory and controlling antibody development. Among rapid tests, LFTs are the most common and practical. In long time, there will always be the possibility of viral contamination and the need for practical diagnostic tests will continue. For this purpose, our study aimed to identify the N gene regions specific to SARS-CoV-2 with a LFT platform. The LFT platform is designed on the basis of hybridization with sandwich model based on Gold nanoparticles (AuNP). The designed LFT platform was designed specifically for the conserved regions of the N gene. AuNP was conjugated with DNA oligonucleotides complementary to N gene. Sequences that will hybridize to this conjugation product were drawn on the nitrocellulose membrane as test lines. The sample containing the target sequence hybridizes with the sequences in the test lines based on the capillary flow principle when applied to the sample pad. A red color formation from AuNP can be seen with the naked eye. According to the research findings, the designed LFT specifically recognized the SARS-CoV-2 N gene regions and it was revealed that it could be an alternative to molecular diagnosis.
Soğuk stresi ve diyete bağlı olarak bazı sıçan dokularında vasküler endotelial büyüme faktörü ve endostatin düzeylerinin araştırılması
Çağımızın hastalığı olan obezite, vücutta fazla miktarda yağ dokusu olması ile ortaya çıkan bir durumdur. Obezite sadece basitçe kilo artışı ile ilgili endişeli bir durum değildir. Kalp hastalığı, diyabet, yüksek tansiyon ve bazı kanserler gibi diğer hastalık ve sağlık sorunları riskini artıran tıbbi bir sorundur. Bu tezde soğuk stresi, yüksek yağlı diyet ve propolisin vasküler endotelyal büyüme faktörü (VEGF) ve endostatin düzeylerine etkisi araştırıldı. Yapılan çalışmada İnönü Üniversitesi Deney Hayvanları Üretim ve Araştırma Merkezi'nde üretilen 3 aylık 36 adet Wistar dişi sıçan kullanıldı. Çalışmada her grupta altı sıçan olmak üzere altı gruba ayrıldı. Propolis uygulaması, suda çözünmüş propolis iki hafta boyunca her gün 2 mL gavaj yoluyla sıçanlara verildi. Sıçan ağırlıklarında %20 artış olduğunda ötenazi yapılarak kalp, karaciğer, akciğer, kahverengi ve beyaz yağ dokuları alındı. Dokular homojenize edildikten sonra enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) yöntemiyle endostatin ve vasküler endotelyal büyüme faktörü (VEGF) seviyeleri ölçüldü. Çalışmada kahverengi yağ dokusunda VEGF düzeyi artarken endostatin düzeyleri azalmıştır. Kalp ve beyaz yağ dokusunda endostatin düzeylerinde artarken akciğer ve karaciğer dokusunda azalma saptanmıştır. VEGF düzeyleri ise kalp dokusu hariç diğer dokularda artış gösterdiği bulunmuştur.
Bazı domates alanlarında insektisidal Bacillus thuringensis izalasyonu ve tanımlanması
Bu çalışmada; domates bitkisinde zarara neden olan domates güvesi zararları üzerine Bacillus thuringiensis bakterilerin izolasyonu ve karakterizasyonu için Ankara ilinin farklı domates ekim alanlarından alınan toprak, zarar görmüs dal yaprak ve meyve (domates) örneklerinden gerçekleştirildi. Toplanan örneklerden Nutrient Agar büyüme ortamında sporlanma özelliği olan 11 Gram-pozitif bakteri izolasyonları yapıldı. Kolorimetrik ve mikroskopik identifikasyon neticesinde morfolojik, fizyolojik ve biyokimyasal özellikleri (Gram +/-, hemoliz, indol, katalaz, oksidaz vb.) tanımlanarak Bacillus cinsine ait izolatlar belirlendi. Bakteri tanımlama sonunda 7 Bt izolatımızın domates ekim alanlarında güve ile biyolojik mücadelede kullanılabilir entomopatojen Bacillus türü izolatlar olabileceği gözlendi.
Multipl skleroz hastalarından ve sağlıklı bireylerden uyarılmış pluripotent kök hücre hatlarının üretimi ve karakterizasyonu
Multiple Sclerosis (MS) is an autoimmune disease characterized by inflammation, demyelination, and axonal damage resulting in neurodegeneration in the central nervous system (CNS). Relapsing-remitting MS (RRMS) is the most common form of the disease known to affect more than 2 million individuals globally, and the prevalence of the disease is increasing worldwide. As a chronic condition without a cure, RRMS manifests in a relapsing-remitting form with sporadic attacks suddenly appearing, causing neurological dysfunction to proceed by a recovery phase where all symptoms suddenly disappear. Although the factors causing or contributing to MS initiation/progression are not well understood, previous literature has implicated many potential risk factors for the etiology of the disease, including Epstein-Barr virus, smoking, and Vitamin D deficiency. Another potential risk factor implicated in RRMS is sex. Epidemiological studies strongly suggest that MS is a sexually biased disease that is more common in females. Moreover, the disease progression and severity appear to be sexually dimorphic since the progression and the symptoms are worse in males; however, more inflammatory in females. Importantly, research suggests that biological sex differences beyond gender-related factors may be crucial in RRMS; however, how biological sex differences affect the disease initiation or progression remain unknown. The hallmark of MS is demyelination, which is the loss of the myelin sheath around axons in the CNS. Oligodendrocytes are the glial cells generating myelin sheath to axons in CNS. It is well established that autoimmune response in MS leads to damage and potentially loss of oligodendrocytes, eventually leading to neurodegeneration. Current therapeutic approaches for MS are only limited to eliminating the symptoms caused by the autoimmune attacks. While such disease-modifying therapies help suppress autoimmune attacks and eventually lower the frequency of attacks, there are no available therapeutics to induce remyelination. Clearly, there is a need for more advanced approaches in MS that would induce remyelination besides immunosuppression. To develop effective therapeutic options that can induce remyelination to complement existing immunosuppressive drugs, a better understanding of cellular processes in remyelination is needed. To facilitate such studies, reliable model systems are necessary for mechanism and drug discovery studies. Human induced pluripotent stem cells (iPSCs) based approaches can provide such systems. Due to their nature and ability to form every possible cell type from the three embryonic germ layers, they can now be easily generated from patients' somatic cells to generate patient-specific cell types. iPSCs can be utilized to obtain cell types that are normally very hard to obtain on a large scale, especially for CNS disease modeling. Indeed, numerous studies have demonstrated that iPSCs can be successfully differentiated to neuronal and glial cells, and importantly such cells exhibit disease-specific phenotypes in culture. MS iPSCs have also been generated by various groups, and cells differentiated from the iPSCs exhibit disease characteristics, suggesting that these cells can be utilized for MS studies. The main goal in this thesis was to generate and fully characterize iPSC lines from male and female patients and matched controls to facilitate future studies. Towards this goal, blood samples were obtained from age, and sex-matched RRMS patients (3 females and 3 males) and 6 healthy individuals (3 females and 3 males) and Peripheral Blood Mononuclear Cells (PBMCs) were isolated. Following, the PBMCs were reprogrammed using Sendai virus-based reprogramming method, and a total of 12 iPSC lines were established, and their pluripotent characteristics were experimentally characterized. The established iPSC lines will serve as excellent tools for modeling RRMS, enabling us to test multiple approaches to understand the mechanisms governing sex-specific differences and remyelination.
Trabzon ve Giresun illerindeki çeşitli hastanelerde izole edilen Klebsiella pneumoniae suşlarında antibiyotik direnç profillerinin belirlenmesi ve beta-laktamaz genlerinin araştırılması
Antibiyotiklerin klinik kullanıma girmesinin ardından kullanıma bağlı olarak zaman içerisinde bakterilerde antibiyotiklere karşı direnç meydana gelmiştir. Bunların içerisinde en yaygın olan grup beta laktamazlardır. Bu çalışma da Trabzon ve Giresun illerindeki hastalardan izole edilen Klebsiella pneumoniae suşlarının antibiyotik direnç profillerinin belirlenmesi ve bu iki ildeki betalaktamaz genlerinin çeşitlerinin ve sıklığının araştırılması amaçlanmıştır. Bu çalışmada, 2013-2014 yılları arasında Akçabat Haçkalı Baba Devlet Hastanesi ve Giresun Devlet Hastanesi'nin çeşitli kliniklerinden RTEÜ Fen Ed. Fak. Biyoloji Bölümü Moleküler Biyoloji Laboratuvarı'na gönderilen örneklerden izole edilen 81 adet Klebsiella pneumoniae suşları 16S rRNA gen sekansı ile doğtulandıktan sonra PZR yöntemi ile betalaktamaz genleri tespit edildi. Klonlama sonucu elde edilen plazmitler sekans için Macrogen'e gönderildi ve sekans sonuçları değerlendirildi. Akçaabat Haçkalı Baba Devlet Hastanesinde çalışılan 26 örneğin Ampisilin-sulbaktam ve trimetoprim-sulfometaxazol antibiyotiklerine yüksek oranda dirençlilik gösterdiği, imipenem ve meropenem antibiyotiklerine karşı oldukça duyarlı olduğu gözlendi. Giresun Devlet hastanesi'nde çalışılan 55 örneğin seftazidim ve sefazoline dirençlilik gösterdiği ayrıca Akçaabat Haçkalı Baba Devlet Hastanesinde çalışılan örneklerle benzer olarak imipenem ve meropenem antibiyotiklerine karşı duyarlı olduğu saptandı. Ayrıca yapılan çalışma sonunda blaIMP, blaOXA-48, blaOXA-58, blaPER-2, blaGES, blaVIM, blaVEB, blaNDM-1 direnç genleri tespit edilemezken, 40 suşta blaSHV, 10 suşta blaTEM,10 suşta blaCTX-M1,1 suşta blaCTX-M2,9 suşta blaOXA-23, 2 suşta bla0XA-24 ve 2 suşta blaOXA-51 saptandı.
Rize ili'ndeki çeşitli hastanelerden izole edilen Klebsiella pneumoniae suşlarında antibiyotik direnç profilerinin belirlenmesi ve beta- laktamaz genlerinin araştırılması
Bu çalışma Rize Devlet Hastanesi ve Recep Tayyip Erdoğan Üniversitesi Eğitim ve Araştırma Hstanesi'ndeki hastalardan alınan örneklerin beta-laktamaz varlığını araştırmak amacıyla E testi yöntemiyle belirlenmiştir. Recep Tayyip Erdoğan Üniversitesi Eğitim ve Araştırma Hastanesi ve Rize Devlet Hastanesi 2011-2013 yılları arasında 121 hastaya ait 121 örnekte hastane enfeksiyonu kökenli Klebsiella pneumoniae izole edilmiştir. Recep Tayyip Erdoğan Üniversitesi Fen Edebiyat Fakültesi Biyoloji Bölümü Moleküler Biyoloji Laboratuvarı'na gönderilen örnekler PZR yöntemi ile beta-laktamaz genleri tespit edildi. Klonlama sonucu elde edilen plazmitler DNA dizi analizi için Macrogen'e gönderildi ve sekans sonuçları değerlendirildi. Rize'deki hastanelerden izole edilen 121 örneklerden bir kısmında meropenem ve imipenem antibiyotiklerine duyarlılık gösterirken ampisiline yüksek oranda dirençlilik gösterdiği saptandı. Yapılan PZR çalışmaları sonunda blaIMP, blaOXA-48, blaOXA-58, blaPER-2, blaGES, blaVIM, blaVEB, blaNDM-1 direnç genleri tespit edilemezken 42 suşta blaSHV, 19 suşta blaTEM, 9 suşta blaCTX-M1, 2 suşta blaCTX-M2, 25 suşta blaOXA-23 ve 10 suşta blaOXA-51 saptanmıştır
Generation of bone-cartilage interface in microfluidic system
Bone-cartilage interface is one of the most affected areas in bone and cartilage disorders. In this regard, tissue engineering approaches have been extensively utilized to regenerate the damaged skeletal tissues. Despite the significant progress in clinics, there is still unmet need for in vitro osteo-chondral models to study the mechanisms of these diseases. In their native environments, cells are spatially organized within complex structures known as the extracellular matrix. Current in vitro 2D culture platforms have limited capacity to recapitulate physiological clues. Bioengineered systems with 3D cell culture potential provide new venues for generating in vitro disease models. Microfluidic systems enable scientists to mimic native niche of organ and tissues in microscale. Such engineered systems are perfect platforms to examine the natural responses of the tissues, like their native microenvironments. Some of advantages using tissue and organ models as, i) minimizing the number of animals used in research, ii) identification novel therapeutics, iii) defining the drug administration techniques. This study, aims to generate a novel in vitro disease model for bone-cartilage defects by combining 3D cell culture systems with stem cell technologies. Here, we design a microfluidic system that allows for the direct differentiation of ADMSCs in hydrogel-based 3D micro environment. The capacity of the novel microfluidic system provides simultaneous formation of osteogenic and chondrogenic tissues in the same microenvironment.
Mitokondriyal toksin etidyum bromür'ün hücre çekirdeği üzerindeki etkisi
Mitochondria take part in many cellular events, such as ATP generation by oxidative phosphorylation, cellular signaling, and apoptosis. These organelles contain a genome (mtDNA), inherited from a bacterial progenitor, which plays a major role in mitochondrial function. Damage to mtDNA can cause disease and may play a causal role in aging. In this thesis, we have engaged in two studies related to the study of mtDNA using the budding yeast Saccharomyces cerevisiae. Our major focus was on the cellular effects of the mitochondrial toxin ethidium bromide (EtBr). EtBr rapidly causes the destruction of mtDNA in S. cerevisiae and also engenders mtDNA loss in other organisms. For nearly fifty years, it has been suggested that EtBr solely affects mtDNA, leaving the nuclear DNA unscathed. However, we have now demonstrated that the effects of EtBr are, in fact, not limited to that organelle. We found that mutants lacking the ability to repair double-stranded DNA breaks in the nucleus are acutely sensitive to EtBr, even when mtDNA products or mtDNA itself are already lacking. We demonstrated that this toxic effect of EtBr in the nucleus causes an increase in nuclear genomic instability as measured by a novel assay of gene conversion. Our findings will have a major impact on the interpretation and design of experiments using this commonly used reagent. In additional studies, we are seeking new proteins involved in mitochondrial division. Mitochondria constantly fuse and divide, and mutations perturbing mitochondrial dynamics affect the segregation and maintenance of mtDNA. We created a yeast strain that is inviable when mitochondria are able to divide. Subsequently, we are seeking genes that when overexpressed would potentially alter the stoichiometry or regulation of complexes involved in mitochondrial division, leading to a block in this process. I will discuss our progress so far in seeking novel mitochondrial division components.
Tilia cordata'nın alerjen proteinlerinin tanımlanması
Polen, mantar sporları, ev tozu akarları, evcil hayvan tüyleri, bazı yiyecek ve içecekler bir çok kişi için zararsız olmasına rağmen bazı kişiler için aşırı duyarlılık meydana getirebilir. Bu duyarlılık alerji olarak adlandırılmıştır. Alerjenler genellikle protein yapıda olup 1873 yılında Charles Blackey' in polenlerin alerjik hastalıklara neden olduğu keşfinden sonra, alerjik hastalıklarda polenlerin önemli rolü olduğu belirlenmiştir. Polenlerin alerjen özellikleri ekzin ve intin tabakalarında bulunan glikoprotein, lipoprotein, polisakkarit ve proteinlerden kaynaklanmaktadır. Bu çalışmada, Gaziantep bölgesinden toplanan Tilia cordata (küçük yapraklı ıhlamur) polenlerinin alerjenik etkisinden sorumlu olan proteinler araştırılmıştır. T.cordata'nın polenleri disseminasyon döneminde Gaziantep Üniversitesi yerleşkesinden toplanarak kurutulmuştur. T. cordata'nın polen morfolojisini belirlemek için Wodehouse yöntemi ile hazırlanan preparatlar, mikroskop altında incelenerek polenler fotoğraflanmıştır. T. cordata'nın polen ekstresi hazırlandıktan sonra alerjen proteinlerinin total konsantrasyonunu saptamak amacı ile BCA yöntemi kullanılmıştır. Ayrıca T. cordata'nın moleküler ağırlıklarına ayırmak amacı ile SDS-page yöntemi kullanılmış ve proteinler gümüş boyama ile görünür hale getirilmiştir. Yapılan çalışmalarda T. cordata'nın farklı ağırlıklarda 5 adet alerjen proteine sahip olduğu görülmüştür. Bu sonuçlar ışığında T. cordata'nın alerjik reaksiyonlara neden olabileceğini ve daha kapsamlı araştırmalara ihtiyaç duyulduğunu desteklemektedir. Alerjen proteinlerin tayini, alerjik hastalıklarda tanı ve tedavinin ilk basamağını oluşturması doğru tehşis yapılması açısındanda oldukça önem arz etmektedir. Anahtar Kelimeler: Alerji, Alerjen, Polen, T. cordata, Polen Alerjisi
Altın (AU) nano-parçacıkların sentezi tanımlanması, meme kanserine etkisi ve antimikrobiyal aktivitesinin araştırılması
Son yıllarda, nanopartiküller (NP) tıpta, veterinerlikte ve endüstrilerde olağanüstü tıbbi ve sosyal ilgi çekmektedir, ancak NP'lerin kullanımının güvenliği belirsizliğini korumaktadır. Bu bağlamda, bu çalışma, çeşitli antibiyotik bazlı altın nanopartiküllerin (AuNP) sentezini ve karakterizasyonunu ve ayrıca meme kanseri hücreleri ve inek sütü örneklerinde ilaca dirençli bakteriler için nanotıp şeklinde biyolojik uygulamaları ortaya koymaktadır. Çalışmada, metal öncülü ve antibiyotiklerle indirgeyici/kaplayıcı ajanlar olarak AuNP'ler hazırlanmıştır. AuNP'lerin oluşumu UV-Vis absorpsiyon spektroskopisi kullanılarak izlenmiştir. TEM ve XRD analizlerinden elde edilen kristal (11+3 nm) ve partikül boyutu (9,2+1,8 nm) birbiriyle örtüşmüştür. Bu AuNP'lere yanıt olarak, CRL-4010 hücrelerine kıyasla SKBR3 meme kanseri hücrelerinde aynı anda kaspaz (3, 8 ve 9), TLR'ler ve TRP'lerin seviyelerinin değiştiği, p53'ün aktive olduğu ve NF-κB'nin inhibe olduğu gözlemlendi. Ayrıca kaspazların gen ve protein ekspresyonları da verileri destekledi. Au(0)NP'lerle tedavi edilen meme kanseri hücrelerinde p53 ve NF-κB arasındaki ters ilişki bulundu. Dahası, bu Au(0)NP'ler inek sütü örneklerinde bulunan Staphylococcus aureus ATCC 2985 (24±1,5 mm), Salmonella typhi ATCC 6539 (15±2,2 mm), Escherichia coli ATCC 25922 (13±1,2 mm) ve Aspergillus flavus ATCC 9643 (15±1,3 mm) mantar ve bakterileri gibi ilaca dirençli mikroorganizmaları karşı kullanıldı. Çalışmanın sonunda, çalışmanın bu AuNP'lerin yeni olduğunu, yakın gelecekte SKBR3 meme kanseri hücrelerine ve ilaca dirençli bakterilere karşı alternatif bir nanotıp uygulaması olarak kullanılabileceğini ve benzer şekilde diğer indirgenebilir kontaminasyon kaynaklarının kontrolü gibi daha geniş bir uygulama alanında kullanılabileceğini kanıtladığı sonucuna varılmıştır. Anahtar Kelimeler: Nanotıp, Karakterizasyon, Meme kanseri, Antibakteriyel
Kırmızı toprak solucanı Eisenia fetida'dan elde edilen sölom sıvısının özelliklerinin araştırılması
Toprak solucanları toprak ekosistemi için kritik öneme sahiptir ve toprak yapısını, üretimini geliştirdiğinden ekosistem mühendisleri olarak adlandırılırlar. Kırmızı Kaliforniya solucanı adıyla da bilinen Eisenia fetida kültür solucanları hızlı çoğalmaları, üretimlerinin kolay olmasından dolayı, solucan gübresi üretimi için en uygun solucanlardır. Salgıladıkları sölomik sıvı fizyolojik aktivitelerine yardımcı olmaktadır. Stres sırasında serbest bıraktıkları bu sıvı, toprak sağlığı ve ekotoksisite üzerinde de önemli bir etkiye sahiptir. Bu çalışmada, E. fetida'dan elde edilen sölomik sıvının bazı biyolojik özellikleri araştırılmıştır. Bu amaçla sölomik sıvıdan izole edilen bakteriler arasından 3 bakteri seçilmiş, 16S rRNA dizilimine göre tanımlanmış ve bunlardan 2 tanesi Bacillus cereus ve 1 tanesi Bacillus thuringiensis ile benzerlik göstermiştir. Sölomik sıvıdaki enzimatik aktiviteler kontrol edildiğinde lipaz, selülaz, amilaz, proteaz, fitaz ve arilsülfataz aktivitelerinin varlığı tespit edilmiştir. Sölomik sıvının antibakteriyel etkileri E. feacalis, E. coli, S. epidermidis, S. aureus, K. pneumonia, S. typhimurium, Y. enterocolitica ve P. Aeruginosa'ya karşı araştırılmıştır. Sonuçlara göre sölom bakterileri üzerinde inhibitör etkiler göstermiştir. Buna ek olarak, İnce Tabaka Kromatografisi sonuçları ise sölomik sıvıda glikoz ve maltoz varlığını göstermiştir. Sıvının protein paterni, 17-46 kDa aralığında beş açık protein bandı göstermiştir. Bu çalışma ile sölomik sıvının bazı biyolojik özellikleri ortaya konulmuş olup, bundan sonraki çalışmalara ışık tutacaktır.
Gıda boyalarının bağırsak florası üzerine etkileri ve LacZ gen ekspresyonunun araştırılması
Beslenme, insanın hayatının devamı için en temel ihtiyaçlarından biridir. Elli yıl öncesiyle kıyasladığımızda beslenme alışkanlıklarımızın neredeyse tamamen değiştiğini söyleyebiliriz. Günümüzde çekici görüntüleri nedeniyle, üzerinde çok da fazla düşünmeden tükettiğimiz hazır yiyeceklerle, doğal besinlerden hızla uzaklaşıyoruz. Hazır yiyeceklerin raf ömrünü uzatmak, bozulmaya neden olacak patojenlerden korumak ve renk vermek için gıda katkı maddeleri kullanılmaktadır. Sentetik gıda boyaları kimyasal yapıları itibariyle doğada bulunmayan ama kimyasal sentez yoluyla üretilebilen gıda renk maddeleridir. Çalışmamızda Brilliant Blue ve Dark Green gıda boyalarının bağırsak florasının bir parçası olan Escherichia coli üzerindeki etkisi araştırılmıştır. Her gıda boyasının 3 farklı konsantrasyonu çalışılmıştır.20 gün boyunca muamele edilmiş ve günlük bakteri sayımları yapılarak bakteri gelişimi üzerine etkileri ve Lac Z ekspresyonu real time PCR ile araştırılmıştır. Özellikle 12. günden sonra kontrol grubuna kıyasla Brilliant Blue ve Dark Green uygulanan bakteri gruplarında bakteri büyümesinin azaldığı saptanmıştır. Her iki gıda boyasının E. coli jenerasyonları lacZ gen bölgesinin ekspresyonu üzerine anlamlı bir etki etmediği saptanmıştır.