4.038
Arşivlenen Tez
2
DOI Atanmış
0%
DOI Oranı
Anabilim Dalı
Türkiye'de konakları saptanmış Braconidae (Hymenoptera) türleri
Bu çalışma, Türkiye'de saptanmış olan Braconidae (Hymenoptera) türlerini, saptanan şehirleri, bu parazitoidlerin varsa konaklarını, konakların beslendikleri bitkileri veya parazitoidin bulunduğu habitat bilgisini içeren bir çalışmadır. 1940-2023 yılları arasında Türkiye'de Braconidae (Hymenoptera) familyasına ait türleri içeren 235 literatür tespit edilmiş ve incelenmiştir. İncelenen literatürler, parazitoid – konak – bitki ilişkilerini içeren taksonomik, faunistik ve bitki koruma alanlarını kapsamaktadır. Çalışmada Türkiye'de konakları bilinen Braconidae tür sayısının 246 olduğu ortaya çıkarılmıştır. Bu çalışmanın Türkiye'de saptanmış Braconidae familyası türleri açısından bir rehber niteliği taşıması amaçlanmıştır.
Kırklareli ili odonata faunası
Trakya Bölgesi'nde yer alan Kırklareli İli'nin Odonata faunasını tespit etmek amacıyla yapılan bu çalışma, 2022 ve 2023 yıllarının ilkbahar, yaz ve sonbahar mevsimlerinde bölgedeki çeşitli sulak alanlarda belirlenen 58 farklı lokalitede sürdürülmüştür. Araştırma sonucunda, Zygoptera alttakımına ait; 16 tür, Anisoptera alttakımına ait; 27 tür/alttür kaydı verilerek çalışma alanından toplam olarak 43 Odonata türü/alttürü kaydedilmiştir. Bu türler içerisinden Cordulia aenea (Linnaeus, 1758), araştırma bölgesi için yeni olmakla birlikte Trakya Bölgesi için de yeni kayıt özelliği taşımaktadır. Trakya Bölgesi için 57 olarak bilinen tür sayısı bu kayıt ile 58'e çıkmıştır. Araştırma bölgesinde ilk defa kaydedilen diğer türler, Lestes dryas Kirby, 1890, Erythromma viridulum (Charpentier, 1840) ve Libellula quadrimaculata Linnaeus, 1758'dır. Kırklareli İli'nden daha önce bilinen Odonata tür listesine yeni türlerin ilavesi ile tür sayısı 50'ye yükselmiştir. Kırklareli İl sınırları içerisinde bulunan ve özel bir habitata sahip olan Longoz Ormanları'nın Odonata faunası günümüze kadar yapılan çalışmalar sonucunda 19 tür ile temsil edilirken, mevcut araştırma ile Calopteryx splendens (Harris, 1782), Calopteryx virgo (Linnaeus, 1758), Erythromma viridulum (Charpentier, 1840), Aeshna isoceles (Müller, 1767), Aeshna mixta Latreille, 1805, Crocothemis erythraea (Brullé, 1832), Orthetrum albistylum (Selys, 1848), Orthetrum brunneum (Fonscolombe, 1837), Orthetrum coerulescens (Fabricius, 1798) ve Selysiothemis nigra (Vander Linden, 1825) türleri de tür listesine ilave edilmiştir. Çalışma alanından elde edilen IUCN'in hem Dünya hem de Avrupa Odonatları Kırmızı Listesi'nde VU (Hassas) statüsünde değerlendirilen Somatochlora borisi Marinov, 2001, IUCN Avrupa Odonatları Kırmızı Listesinde VU (Hassas) statüsünde değerlendirilen Lindenia tetraphylla (Vander Linden, 1825) ve Cordulegaster picta Selys, 1854 ve EN (Tehlike altında) statüsünde değerlendirilen Cordulegaster insignis Schneider, 1845 taksonlarının kayıtları, bu türlerin Kırklareli İli sınırları içindeki dağılım verilerini arttırmakla birlikte, Trakya Bölgesi'nde nadir dağılımlı da olan bu türlerin bulundukları habitatların öncelikli olarak korunması gerektiğini de ortaya çıkarmaktadır.
Microcystis aeruginosa (Kützing) kützing 1846 metabolitleri ile farklı antibiyotik kombinasyonlarının sinerjik etkilerinin araştırılması
Bu çalışma kapsamında, farklı antibiyotiklerinin bir siyanobakteri türü olan Microcystis aeruginosa'nın metabolitleri ile meydana gelecek sinerjistik etkilerini tespit etmek amacıyla laboratuvar ortamında araştırmalar ve denemeler yapılmıştır. Bu amaç doğrultusunda, kültür gelişimine bağlı olarak M. aeruginosa'nın üssel üreme fazına 42. günde geçtiği tespit edilmiş ve deneyler kültür gelişimine göre planlanmıştır. 45, 60 ve 90 günlük kültürlerden ekstraktlar hazırlanıştır. Elde edilen ekstrakların antimikrobiyal etkinliklerini belirlemek için antimikrobiyal aktivite çalışmaları ve sinerji testleri yapılarak Minimum İnhibisyon Konsantrasyonu (MİK) değerleri tespit edilmiştir. Antimikrobiyal aktivite testleri, Klinik ve Laboratuvar Standartları Enstitüsünün CLSI M100-S28 ve M27-A3 önerileri doğrultusunda gerçekleştirilmiştir. Staphylococcus aureus ATCC 29213, Enterococcus faecalis ATCC 29212, Escherichia coli ATCC 25922, Pseudomonas aeruginosa ATCC 27853 ve Candida albicans ATCC 10231 standart suşları kullanılmıştır. Deney sonuçlarına göre 45 günlük kültür ekstreleri arasında Gram negatif bakterilerde bir fark gözlenmezken Gram pozitif bakterilerde aktivite derecesinde fark gözlenmiştir. Dama tahtası yöntemiyle yapılan sinerji testlerinde ise 60 günlük kültür ektresi ile gentamisin kombinasyonunda P. aeruginosa üzerine aditif etki bulunmuş ve MİK değerinde 3 kat azalma tespit edilmiştir.
Tekirdağ ilindeki sokak köpeklerinde görülen sindirim sistemi helmintleri ve yaygınlıkları
Bu çalışma, Tekirdağ yöresindeki köpeklerde sindirim sistemi helmintlerinin prevalansını belirlemek amacıyla Eylül 2023-Mayıs 2024 tarihleri arasında 150 köpek üzerinde gerçekleştirilmiştir. Köpeklerin rektumundan taze dışkı örnekleri alınmış ve bu örnekler dışkı kaplarına alınarak soğuk zincir altında laboratuvara ulaştırılmıştır. Sonrasında dışkı örnekleri önce makroskobik olarak muayene edilmis, daha sonra Fulleborn'un doymuş tuzlu su flotasyon yöntemi ile helmint yumurtaları yönünden incelenmiştir. Tekirdağ ilindeki sokak köpeklerinin dışkı analiz sonuçlarına göre, 150 köpekten %26.7'sinde (40/150) çeşitli helmint türleri tespit edilmiştir. Geriye kalan %73.3'ünde (110/150) ise herhangi bir helmint yumurtasına rastlanmamıştır. Köpeklerde en fazla karşılaşılan tür %14,66 oranıyla Ancylostoma caninum iken en az karşılaşılan tür %0,66 oranıyla Taenia spp. olmuştur. Ayrıca %10,66 Toxocara canis, %1,33 Dipylidium caninum, %1,33 Trichuris vulpis tespit edilmiştir. Yaş, cinsiyet, mevsim ve parazit türlerine göre enfeksiyon oranlarının karşılaştırılmasında Ki-kare testi ve Fischer Exact test kullanılarak, sonuçlar tablolarda belirtilmiştir. Sonuç olarak, Tekirdağ ilinde ilk defa yapılan bu çalışmada hem köpek hem de insan sağlığını etkileyen helmint türlerinin olduğu tespit edilmiştir. Bu bulgular doğrultusunda, insanların ve köpeklerin sağlığını korumak için gerekli önlemlerin alınmasının önemine vurgu yapılmıştır.
Edirne ilinde aktarlarda satılan bazı tıbbi bitkilerin ağır metal içeriklerinin belirlenmesi
Tıbbi bitkiler, sağlık açısından faydalı bileşenler içermekle birlikte, çevresel faktörler nedeniyle ağır metallerle kontamine olmaktadır. Bu çalışmada; Edirne aktarlarından satılan ve halk tarafından alınıp kullanılan bazı tıbbi bitkiler ağır metal içerikleri incelenmiştir. Urtica dioica, Hypericum perforatum, Salvia rosmarinus, Tilia platyphyllos, Matricaria chamomilla, Salvia fruticosa, Foeniculum vulgare, Helichrysum arenarium, Camellia sinensis, Lavandula officinalis, Olea europaea, Melissa officinalis, Persea americana olmak üzere 13 farklı tıbbi bitkiden alınan örnekler ICP-MS yöntemi ile analiz edilerek içlerindeki lityum, alüminyum, krom, demir, nikel, bakır, arsenik, kadmiyum, kalay ve kurşun elementlerinin konsantrasyonları belirlenmiştir. Çalışmada yapılan istatistiksel veriler SPSS 20 programında tek yönlü varyans analizi ANOVA kullanılarak analiz edilmiştir. Analiz sonucu elde edilen veriler Dünya Sağlık Örgütü'nün referans değerleri ile karşılaştırılmıştır. Analiz sonuçlarına göre, arsenik, kadmiyum, demir Hypericum perforatum bitkisinde, alüminyum ve krom Lavandula officinalis bitkisinde, kurşun Salvia rosmarinus bitkisinde, nikel Camellia sinensis bitkisinde, bakır ise en çok Olea europaea yaprağında tespit edilmiştir. Edirne aktarlarında satılan tıbbi bitkilerin ağır metal içerikleri ilk defa bu çalışmayla saptanmıştır. Bu metallerin yüksek düzeyde birikmesi, insan sağlığı açısından toksik etkiler oluşturabileceğinden, bu bitkilerin yetişme koşulları bilinen güvenilir kaynaklardan alınması önerilir.
Edirne'de satılan ekmeklerde tespit edilen patojen bakteri, maya ve küfler
Mikroorganizmalar yeryüzünün varoluşundan bugüne kadar bizlere çokça yararı ve zararı dokunan canlılardır. Besin döngüsünde önemli yere sahip olan bu canlılardan bazı bakteriler, maya ve küfler uygun şartlar oluştuğunda, çeşitli sebeplerle enfekte olan gıdalarda bu döngü işlemine hemen başlamakta ve istenmeyen renk, tat, görüntü vb. etkilere neden olmakta, insan sağlığını etkilemekte veya besinlerin bozularak israf edilmesine neden olmaktadır. Gıda bozulması adını verdiğimiz bu gibi durumlar, gıdaya ulaşmanın zor olduğu günümüzde çoğu toplumları açlık ve en kötüsü ölümle karşı karşıya getirmektedir. Ayrıca bazı bakteri, maya ve küflerin ürettiği toksin maddeler gıda zehirlenmelerine neden olarak akut ve pandemi olarak nitelendirebileceğimiz toplumsal sorunlara sebep olabilmektedir. Diğer toplumlarda olduğu gibi ülkemizde de ekmek tüketimi oldukça fazladır. Tüketiminin yanı sıra israf konusuda ayrı bir sorun olarak karşımıza çıkmaktadır. Ekmek üzerine yapılan çalışmalardan elde edinilen bilgiler ışığında ekmeğin doğal yapısı, mayalanma süreci, fırınlanması, su aktivitesinin düşük olması, üretim sürecinde geliştirilen yeni metotlar vb. nedenlerle patojen mikroorganizmaların görülebilirliği düşüktür. Genellikle evlerimizde en sık rastlanılan problem küflenme olarak karşımıza çıkmaktadır. Ayrıca çok sık olmamakla birlikte sünme bozunmasıda görülmektedir. Bu çalışmamızda Edirne ili ekmek fırınlarında üretilip fırın, zincir market ve büfelerde satılan ekmeklerde patojen bakteri, maya ve küf cinslerinin analizlerini gerçekleştirdik. Analiz işlemlerimizde ISO standartlarını uygulayarak çalışmalarımızı gerçekleştirdik. Sonuçta patojen bakteri tespit edemedik. İki numunemizde aerobik bakteri, bir numunemizde maya gelişimi söz konusu oldu. Küf bakımından gayet uygun sonuçlar elde ettik.
Melissa officinalis'in antioksidan özelliklerinin belirlenmesi
Fenolik bileşikler, aromatik halka ve hidroksil grupları içeren, bitkilerde çevresel streslere karşı koruma sağlayan ve yapısal bütünlüğü destekleyen; insan sağlığında ise güçlü antioksidan, anti inflamatuar ve antimikrobiyal etkileriyle öne çıkan, aromatik yapıda biyoaktif organik bileşiklerdir. Çeşitli çalışmalar, Melissa officinalis L'nin yüksek miktarda flavonoidler, rosmarik asit, gallik asit, fenolik içerikler içeren kimyasal bileşikleri sayesinde yüksek miktarda antioksidan aktiviteye sahip olduğunu ileri sürmektedir. M.officinalis L (Lamiaceae), halk arasında sindirim, gaz giderici, antispazmodik, yatıştırıcı, analjezik, tonik ve diüretik özelliklerinin yanı sıra fonksiyonel gastrointestinal bozukluklar için kullanılmaktadır. Bu tez, M. officinalis (oğul otu) bitkisinin antioksidan özelliklerinin belirlenmesi amacıyla gerçekleştirilmiştir. Bu çalışmada, Türkiye ve Kıbrıs'tan elde edilen örneklerin farklı çözücü ve ekstraksiyon yöntemleriyle ekstraktları elde edilerek antioksidan özellikleri çeşitli yöntemlerle belirlenmiştir. Antioksidan kapasiteyi belirlemek için 1,1-difenil-2-pikrilhidrazil (DPPH) ve 2,2'-azino-bis (3-etilbenztiazolin-6-sülfonik asit) (ABTS) radikallerini giderme etkisi incelenmiştir. Fenolik ve flavonoid bileşiklerin tayini spektofotometrik yöntemlerle toplam fenolik ve flavaonoid içerik olarak belirlenmiştir. Çalışma sonunda elde edilen bulgulara göre, toplam fenolik bileşik içeriği Kıbrıs ve Türkiye örneklerinde en çok etil asetat çözücüsüyle hazırlanan çalkalamalı su banyosu ekstraksiyon yönteminde verimli olmuştur (sırasıyla % 323,33 ± 6 GAE µg/mL ve % 513,16 ± 6,6 GAE µg/mL). Toplam flavonoid tayininde, elde edilen bulgulara göre geleneksel yöntem olan çalkalamalı su banyosu ekstraksiyon metodu, her iki örnek için ultrasonik destekli yönteme göre daha yüksek verimlilik göstermiştir. M. officinalis'in Kıbrıs örneklerinde metanol (712,95 ± 19,25 KE µg/mL), Türkiye örneklerinde ise etil asetat (1019,4 ±19,36 KE µg /mL) daha iyi çözücülük göstermiştir. DPPH radikallerini süpürme gücü tayininde çalkalamalı su banyosu yönteminin örnekler için daha verimli olduğu gözlenmiştir. 1000 µg/mL konsantrasyonunda hazırlanan Kıbrıs örneklerinde metanol çözücüsü (% 90,83 ± 0,21 µg/mL) daha verimli olurken Türkiye örneklerinde etil asetat çözücüsü (% 90,41 ± 0,14 µg/mL) daha yüksek aktivite göstermiştir. M. officinalis'in farklı yöntem ve çözücülerle 1000 µg/mL konsantrasyonunda hazırlanan tüm Türkiye ve Kıbrıs örnekleri çok yüksek ABTS radikali giderici özelliğe sahip olduğu belirlenmiştir. Elde edilen veriler Kıbrıs (% 92,5 ± 0,13 µg/mL) ve Türkiye (% 92,96 ± 0,26 µg/mL) örnekleri için hazırlanan metanol çözücüsü ve çalkalamalı su banyosu ekstraktlarının en yüksek aktiviteye sahip oldukları gözlendi. M. officinalis'in farklı yöntem ve çözücülerle hazırlanan ekstrakları LC-MS/MS cihazı ile çalışılarak içerdiği fenolik bileşiklerin türü ve miktar tayinleri yapıldı. Elde edilen sonuçlara göre M. officinalis bitkisinin yoğun olarak Protokateşuik Asit, Kafeik Asit, Siringik Asit ve Jaseosidin bileşiklerine sahip olduğu görüldü. Ayrıca iyi oranda jasmonik asit, salisilik asit, p-Kumarik asit ve trans-Ferulik asit içeriği tespit edildi.
Tekirdağ ilinde yayılış gösteren sığırkuyruğu (Verbascum L.) taksonları üzerine morfolojik, anatomik, palinolojik ve ekolojik çalışmalar
Verbascum L. cinsi, içerdiği takson sayısı bakımından Türkiye'nin en büyük cinslerinden biridir. Dünya genelinde 360 tür ile temsil edilmektedir. Flora of Turkey and the East Aegaen Islands 6. Cilt yayınlandıktan sonra yeni tanımlanan taksonlar ile birlikte Verbascum cinsi Türkiye'de 255 tür (413 takson) ve 106 melez ile temsil edilmektedir. Mevcut Verbascum taksonlarının 192'si (melezler ile birlikte 198) endemiktir. Verbascum cinsi ile ilgili yapılan çalışmalar daha çok bölgesel, endemik veya taksonomik anlamda birbiri ile yakın olan taksonları temel almaktadır. Bu tez çalışmasında ise Tekirdağ ilinde yayılış gösteren Verbascum taksonlarının yayılışları belirlenmiştir ve bu taksonlar üzerine morfolojik, anatomik, palinolojik ve ekolojik çalışmalar gerçekleştirilmiştir. Ayrıca IUCN tehlike kategorileri belirlenmiştir. Bu tez çalışmasından önce 10 taksonun Tekirdağ'da yayılış gösterdiği bilinmektedir. Ancak bu tez ile birlikte bu sayı 17 taksona yükselmiştir. Verbascum bombyciferum, V. thapsus ve V. vacillans taksonlarının hem Trakya bölgesinde hem de Tekirdağ ilindeki, V. banaticum, V. blattaria, V. densiflorum ve V. ovalifolium subsp. thracicum taksonlarının ise Tekirdağ ilindeki yayılışı ilk defa bu tez çalışması ile ortaya konulmuştur. Arazi çalışmaları boyunca, V. orientale subsp. orientale ve V. mucronatum taksonlarının, literatürde verilen yayılışlarından ve habitat bilgilerinden yararlanılsa da Tekirdağ ilinde mevcut yayılışları tespit edilememiştir.
HeLa hücre hattına uygulanan doksorubisin ve piperlongumin'in MMP9, PTEN ve NOTCH1 ifadelerine etkisinin araştırılması
Kanser, bulunduğumuz çağın en önemli sağlık sorunlarından biridir. Görülme sıklığı ve ölüm oranının yüksek olması nedeniyle de bir halk sağlığı sorunudur. Değişen yaşam ve beslenme şartları, yüksek radyasyon ve en büyük payı olan genetik yatkınlık kanser vakalarının nedenlerinden bazılarıdır. Kemoterapi, kanser tedavisinde kullanılan bir yöntemdir. Tümörün ilaçla tedavi edilmesi anlamına gelir ve kemoterapi; sınırsız bölünme yeteneği olan kanser hücrelerinin büyümesini ve çoğalmasını önleyerek onları hasara uğratır. Adriamisin ticari adı altında satılan Doksorubisin bir kemoterapötiktir. Bir antrasiklin türevi antibiyotik olan doksorubisin; etkisini diğer tüm antrasiklinler gibi DNA içine enterkalasyon yaparak gösterir. Doksorubisin'in tam etki mekanizması hâlâ tamamen anlaşılmamış olmakla beraber DNA ile enterkalasyonun replikasyonu durdurduğu bilinmektedir. DNA replikasyonu sırasında DNA çift sarmalının açılmasını sağlayan topoizomeraz II DNA kompleksini stabilize ederek replikasyonu inhibe eder. Doksorubisin hematolojik kanserler, çeşitli karsinoma tipleri ve yumuşak doku sarkomaları gibi çeşitli kanserlerin tedavisinde sıklıkla kullanılmaktadır. Piperlongumin, Piperlongum Linn bitki türlerinde bulunan ve kanserli hücre hatlarında ve hayvan modellerinde anti tümorojenik aktivite gösteren alkaloid yapıda doğal bir üründür. Yapılan birçok çalışma piperlonguminin kemopreventif bir ajan olabileceğini ileri sürmektedir. Anti-kanser etkisini GSTP1 ve/veya GSTO1 genlerini susturarak gerçekleştirdiğini ileri süren çalışmalar yanı sıra kanser hücre migrasyonu, dolayısı ile metastazı engellediğini öne süren çalışmalarda bulunmaktadır. Tamamlanan bu Yüksek Lisans Tez çalışması kapsamında doksorubisin ve piperlonguminin serviks kanser hücre hattı olan HeLa hücreleri üzerine etkileri MMP9, PTEN ve NOTCH1 gibi metastaz ve tümorogenez ile bağlantılı genlerin karşılaştırmalı ifade düzeyleri Gerçek Zamanlı PCR ve bu genlerin kodladığı proteinlerin ifadeleri Western-Blot yöntemi ile değerlendirilerek araştırılmıştır.
Onobrychis mill. (Fabaceae) cinsinin bazı türleri üzerinde palinolojik araştırmalar
Bu çalışmada, Onobrychis Mill. cinsinin uygulama alanında yetiştirilen 14 taksonunun (Onobrychis arenaria (Kit.) DC. subsp. arenaria, O. inermis Steven, O. petraea (M.Bieb.ex Willd.) Fisch., O. alba (Waldst. & Kit.) Desv. subsp. laconica (Boiss.) Hayek, O. megataphros Boiss., O. oxyodonta Boiss., O. cyri Grossh., O. biebersteinii Širj., O. vassilczenkoi Grossh., O. grandis Lipsky, O. hypargyrea Boiss., O. kemulariae Chinth., O. caput-galli (L.) Lam., O. viciifolia Scop.) polen morfolojisi ışık mikroskobu ile incelenmiştir. O. viciifolia'nın seçilmiş 20 genotipi üzerinde ayrıca polen canlılığı testi uygulanmıştır. Polen morfolojisi incelemesinde preparatlar Wodehouse'un gliserin-jelatin metoduna göre hazırlanmıştır. Polen canlılığı incelemesinde ise, Potasyum İyodür metodu kullanılmıştır. Polen taneleri bütün taksonlarda trikolpattır, radyal simetrik ve izopolardır. Polen şekli prolat ve boyutları ortadır. Kolpus uzunca dar yarık şeklindedir. Eksin ornamentasyonu retikulattır. Canlılık testlerinde canlılık oranının %32,6 ile %98,7 arasında olduğu belirlenmiştir. Anahtar Kelimeler: Onobrychis, korunga, polen, polen canlılığı
Türk toplumunda benign ve malign tiroit nodüllerinde mitokondriyal dna sık delesyon prevalansının belirlenmesi
mtDNA mutasyonlarının veya varyasyonlarının birçok multifaktöryel hastalıkta ve yaşlanma süreçlerinde rol oynadığına dair bilgi literatürde yer almaktadır. Literatürde 4977 baz çiftlik bir mtDNA delesyonu olan sık delesyonun tiroit, kolorektal, karaciğer, meme, kanserlerinde rol oynadığına bilgiler yer almaktadır. Yapılan bu çalışmanın amacı, Türk toplumunda, fonksiyonel ve fonksiyonel olmayan tiroit nodülleri ile papiller tiroit karsinomlarında (PTK) mitokondriyal DNA (mtDNA) sık delesyon prevalansının saptanması ve mitokondriyal DNA (mtDNA) sık delesyon varlığının PTK'lerinde ayırıcı tanıda kullanılabilme potansiyeli olup/olmadığının belirlenmesidir. Çalışmaya 105 benign ve 6 PTK hastasına ait toplam 285 dokudan daha önceki çalışmadan fenol-kloroform yöntemiyle elde edilen DNA örneği dahil edilmiştir mtDNA sık delesyon bölgesine ait 8470.-8484. nükleotidler ile 13459.- 13447. nükleotidler arasındaki mitokondriyal genom bölgesinin çoğaltılması Yuvalanmış PZR (Nested-PCR) metodu kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Toplam 104 hastadan alınan sıcak ve soğuk nodül dokularının 151'inde (%66,23) sık delesyon tespit edilmiştir. PTK tanısı konulan 6 hastaya ait 11 tümör dokusunun 10'unda (%90,9) sık delesyon tespit edilmiştir. Soğuk nodüller ve sıcak nodüller arasındaki sık delesyon dağılımı incelendiğinde, 107 sıcak nodülün 80'inde (%74,8), 80 soğuk nodülün ise 69'unda (%86,3) sık delesyon saptanmıştır (p 0,053). Sonuç olarak, istatistiksel olarak anlamlı olmamakla beraber sık delesyon prevalansı kanserleşme potansiyeli yüksek olan soğuk nodüllerde sıcak nodüllere göre daha yüksek tespit edilmiştir. Ancak soğuk tiroit nodüllerindeki sık delesyon prevalansının PTK tümör dokularıyla benzer olması nedeniyle PTK'lerinde ayırıcı tanıda kullanılabilme potansiyelinin olmadığı öngörülmektedir.
Türk toplumunda fonksiyonel ve nonfonksiyonel tiroit nodülleri ile papiller tiroit karsinomlarında mitokondriyal DNA kopya sayısının belirlenmesi
Tiroit nodülleri genel olarak benign yapıdadır ve toplam tiroit nodüllerinin %4-6,5'i malignite riski taşımaktadır. Tiroit nodüllerinin fonksiyonel özelliklerine göre yaklaşık %85'i soğuk, %10'u normal ve %5'i sıcak olmasına rağmen, prevalansı ortamdaki iyot kaynağı ve coğrafik konuma göre değişiklik gösterebilir. Sıcak tiroit nodüllerinde malignite potansiyeli yaklaşık %1 veya daha az iken soğuk tiroit nodüllerinde bu risk yaklaşık %5-%15 arasında değişmektedir. Bununla beraber, papiller tiroit kanseri (PTK) ise tiroit kanserleri arasında en sık görülen kanser türüdür ve tiroit kanseri vakalarının %80'den fazlasını kapsamaktadır. Diğer taraftan, her bir hücrede mtDNA'nın 103- 104 kopyası bulunmaktadır. Ayrıca, bir hücrede mitokondriyal DNA (mtDNA) kopya sayısı kesin olarak bilinmemektedir ve mtDNA kopya sayısı hücrelerin metabolik ihtiyaçlarına bağlı olarak her bir hücre tipi arasında değişiklik göstermektedir. Literatürde benign tiroit nodüller ile papiller tiroit kanserinin mtDNA kopya değişimlerinin saptanmasına ilişkin az sayıda yayın yer almaktadır. Yapılan bu çalışmanı amacı; Türk toplumunda, fonksiyonel ve nonfonksiyonel tiroit nodülleri ile PTK'lerinde mitokondriyal DNA (mtDNA) kopya sayısı değişimlerinin saptanması ve PTK'lerinin tümorogenezi ile mtDNA kopya sayısı değişimleri arasındaki ilişkinin belirlenmesidir. Toksik MNG, MNG veya PTK tanısı konulmuş hastalara ait 74 sıcak nodül, ve 64 soğuk nodül, ve 48 PTK tümör dokusu ile bu nodüllere yakın sağlıklı çevre doku örneklerinden elde edilen DNA örnekleri çalışmaya dahil edilmiştir. Ancak teknik ve maddi yetersizlikten dolayı 48 PTK hastasının sadece 5'ine ait 5 nodülde mtDNA kopya sayısı belirlenebilmiştir. mtDNA kopya sayısının belirlenmesi LightCycler 480 II gerçek zamanlı PZR cihazında SYBR green I floresan boyası kullanılarak rölatif kantifikasyon yöntemiyle gerçekleştirildi. Taranan 74 sıcak nodülün 49'unda (%66,2) mtDNA kopya sayısında artış gözlemlenirken 16 nodülde (%21,6) azalış, 9'unda (%12,2) ise herhangi bir değişim saptanmamıştır. Buna karşın, taranan 64 soğuk nodülün 22'sinde (%34,4) mtDNA kopya sayısında artış gözlemlenirken 21 nodülde (%32,8) azalış, 21'inde (%32,8) ise herhangi bir değişim saptanmamıştır (χ²: 15.098; p: 0.001). mtDNA kopya sayısı belirlenen 5 PTK dokusunun 2'sinde artış, 2'sinde azalış ve 1'inde mtDNA kopya sayısının değişmediği tespit edilmiştir. Bununla beraber, mevcut hasta popülasyonunda istatiksel analizler için mtDNA T16189C varyantına sahip vaka sayısının (toplam 3 birey) yetersiz olması nedeniyle mtDNA T16189C varyantının mtDNA kopya sayısı üzerine etkisi araştırılamamıştır. Sonuç olarak kanserleşme potansiyeli yüksek olan soğuk nodüllerde sıcak nodüllere göre mtDNA kopya sayısında daha fazla azalma görüldüğü tespit edilmiştir. Elde edilen bu bulgular, literatürde yer alan mtDNA kopya sayısındaki azalmanın insan kanserlerinde tümorogenez süreci ile ilişkili olduğuna dair bilgileri desteklemektedir.
The effects of kefir addition on fermentation characteristics, aerobic stability, and in vitro digestion properties of white clover silages
The aim of the present thesis was to examine the impact of kefir yeast on fermentation characteristics, aerobic stability, nutritive value, in vitro digestibility, some micro- and macronutrient concentration, and fatty acid composition of white clover silages. White clover silages were either uninoculated (Con) or inoculated with kefir yeast at the following application rates: 10 mg/kg (K10), 50 mg/kg (K50), 100 mg/kg (K100) on a fresh basis, and ensiled in laboratory-scale silos for 270 d, followed by 5 d of aerobic exposure. Changes in fermentation characteristics and nutritive value, in vitro digestibility and gas production, mineral concentrations, and fatty acid composition were assessed in terminal silages. The results showed that kefir yeast could effectively reduce neutral detergent fiber, hemicellulose, and ammonia-N contents. The increased acetic acid content of kefir yeast treated silages improved aerobic stability. Kefir yeast made no significant difference in cumulative gas production and estimated parameters except for 48 and 72 h. This study has also shown that kefir yeast reduced the potassium, sodium, selenium, and boron concentrations of white clover silages, whereas calcium, zinc, and iron concentration increased. In addition, kefir yeast significantly increased the proportion of saturated fatty acid in white clover silages, whereas the proportion of polyunsaturated fatty acid decreased. However, kefir yeast had no significant effect on the monounsaturated fatty acid proportion of white clover silages. Overall, it is concluded that adding 50-100 mg/kg of kefir yeast on a fresh basis is appropriate to improve the nutritional value of white clover silage.
Hayvanlarda ovogenezde ovosit büyümesiyle ilgili mekanizmalar üzerine bir derleme
Bütün hayvan gruplarında yumurta hücresinin, ait olduğu organizmadaki somatik hücrelere göre çok daha büyük olması onun ayırt edici bir özelliğidir. Yumurta hücresinin bu büyüklüğü yumurta sarısı olarak isimlendirilen besin maddelerinin ovogenez sırasında sitoplazmada biriktirilmesinden dolayıdır. Hayvanlar, kısa sürede büyük hacimlere ulaşan ve çok sayıda olabilen yumurtalarını ovogenez sırasında bazı özel mekanizmalar kullanarak üretir. Bu mekanizmalar gen amplifikasyonu, diplotende bekleme, ovaryum dışı kaynakların katkısı ve yardımcı hücrelerin katkısı şeklinde gruplandırılmıştır. Türe göre bu mekanizmalardan biri veya birkaçı kullanılsa da bazı mekanizmalar farklı hayvan türlerinde ortaktır. Karşılaştırmalı ovogenez araştırmaları bir taksonun evrimi ve biyocoğrafyasıyla ilgili varsayımlar oluşturmada ve bu varsayımları sınayabilmede çok yararlı olabilir. Bu nedenle, hücre ve gelişim biyologlarının ovosit gelişimini hayvanlar aleminde daha geniş bir tür yelpazesinde araştırması bu süreçte yer alan mekanizmaları ve taksonların filogenetik ilişkilerini anlamamıza büyük katkı sağlayacaktır.
Protein-ligand kenetlenmesi sonuçlarının delaunay teselasyonu ile iyileştirilmesi üzerine bir yöntem geliştirilmesi
İlaç tasarımı çalışmalarında, protein-ligand etkileşimlerini değerlendirmek ve moleküler kenetlenme işlemleri için doğru pozları belirlemek amacıyla skorlama fonksiyonları kullanılmaktadır. Bu skorlama fonksiyonlarının doğal konformasyonları farklı bağlanma pozlarından ayırt edebilme yetenekleri son derece önemlidir. PDBbind veri tabanında Skorlama Fonksiyonlarının Karşılaştırmalı Değerlendirilmesi (CASF) çalışmasında kullanılan veri seti, bu skorlama fonksiyonlarını test etmek için bir referans oluşturmaktadır. CASF çalışmasında Vina skorlama fonksiyonu en başarılı olarak bulunmuştur. Bu değerlendirme seti, 57 farklı proteine ait yaklaşık 100 bağlanma pozunu içermektedir. Bu pozlar, CASF ekibi tarafından moleküler mekanik yöntemler kullanılarak elde edilmiştir. Bu çalışmada, protein ve ligandın arayüzündeki tetrahedronlar Delaunay teselasyonu ile atomların koordinatları kullanılarak oluşturuldu, görünüm oranlarının ortalamaları hesaplandı. Yüksek görünüm oranı ortalaması, tetrahedronların daha az düzensiz olduğu anlamına gelir ki, bu da atomların üç boyutta homojen olarak dağıldığını gösterebilir. Analizin sonuçlarına ve önceki çalışmalara dayanarak, bir sıfır hipotezi oluşturuldu. Bu hipoteze göre, doğal konformasyonun protein-ligand arayüzünde bulunan tetrahedronlarının ortalama görünüm oranının Vina tarafından tanımlanan en düşük enerjili iki pozun görünüm oranlarından daha yüksek olma olasılığı 1/3'tür. Bu hipotezi test etmek için, 48 protein, Vina skorlama fonksiyonu kullanılarak elde edilmiş olan bağlanma enerji değerleri ile bu çalışmada hesaplanan görünüm oranı ortalamaları analiz edildi. Bu şekilde oluşturulan sıfır hipotezi reddedildi (p-değeri 0.007). Bu bulgu, protein-ligand komplekslerinin arayüzündeki atomların homojen bir şekilde dağılmaya eğilimli olduğunu göstermektedir.
Trakya kaplumbağalarında kene enfestasyonunun mevsimsel prevalansının ve intensitesinin belirlenmesi
Kaplumbağa kenesi olarak bilinen Hyalomma aegyptium Türkiye, Balkanlar ve Kuzey Afrika'da görülen bir türdür. Türkiye'nin özellikle batı bölgesinde insanları tutan keneler arasında ilk ikide yer almaktadır. Her ne kadar H. aegyptium, medikal açıdan önemli bir tür olsa da, türün aylık veya mevsimsel dinamiği ile ilgili ne Türkiye'de ne de dünyada ayrıntılı veriler bulunmaktadır. Öte yandan, kendine has, diğer çoğu kene türünden farklı olarak soğukkanlı bir konağı olan ve kendine has bir biyolojisi bulunan bir türün kendine has bir mevsimsel dinamiğinin olması ve bu dinamiğin diğer kene türlerine bakarak ya da genel kene ekolojisi verilerinden yola çıkarak kestirilmesi zordur. Bu çalışma, kaplumbağa ve kaplumbağa populasyonu oldukça yüksek olan Trakya'daki kaplumbağalarda H. aegyptium'un mevsimsel prevalans ve intensite karakteristiğinin ortaya konması amacıyla gerçekleştirilmiştir. Çalışma 01.01.2021 – 31.01.2022 tarihleri arasında Tekirdağ İli Süleymanpaşa, Yeniçiftlik, Çorlu, Çerkezköy, Çeşmeli ve Seymen lokasyonlarında gerçekleşmiştir. Sonuç olarak, Mart ve Eylül ayları arasında 157 kaplumbağaya rastlanmış, bunlardan 148'inde kene tespit edilmiş, en düşük prevalans %85,7 ile Nisan ayında ve %87,2 ile Mayıs ayında görülmüştür. Diğer aylarda %100 prevalans tespit edilmiştir. Enfeste kaplumbağalarda hesaplanan kene intensitesi 18,4 olmuştur. Saptanan bütün kenelerin H. aegyptium türüne ait olduğu anlaşılmıştır. Çalışmada 939 larva, 435 nimf, 974 erkek ve 377 dişi kene belirlenmiştir. Anahtar Kelimeler: Hyalomma aegyptium, Kene, Testudo graeca, Pervalans, Intensite, Trakya
Ganos dağı (Tekirdağ) büyük memelilerinin fotokapan yöntemiyle tespit edilmesi
Günümüzde doğal yaşam küresel iklim değişikliği, kaçak avcılık, yoğun şehirleşme, tarım ve hayvancılık aktiviteleri benzeri antropojenik etkiler nedeniyle yoğun bir şekilde baskı altında bulunmaktadır. Büyük memeli türleri bu baskılardan birçok sebebin yanı sıra gerek vücut büyüklükleri ve gerekse ihtiyaç duydukları geniş yaşam alanları nedeniyle daha hızlı etkilenebilmektedirler. Ülkemiz jeolojik geçmişi ve konumu itibariyle canlı çeşitliliği açısından oldukça zengin hareketli bir alan olarak bilinmektedir. Her ne kadar ülkemizin güncel memeli tür listesi oldukça net şekilde bilinse de Trakya bölgesinde yapılan memeli sınıf ile ilgili çalışmaların özellikle küçük memeli gruplarına yoğunlaştığı ve büyük memelilere birkaç bilimsel çalışmada veya bazı fauna listelerinde değinildiği görülmektedir. Tekirdağ ili sınırlarında bazı fotoğraf ve gözlemler haricinde büyük memeli türleri ile ilgili yayınlanmış herhangi bir bilimsel çalışma şu ana kadar bulunmamaktadır. Bu çalışma Tekirdağ ilinde yer alan ve yaklaşık 350 km²'lik alan kaplayan Ganos dağında Mart 2021 – Haziran 2022 tarihleri arasında fotokapan yöntemiyle gerçekleştirilmiştir. Bu süre içerisinde toplam 4 adet fotokapan dönüşümlü olarak 20 istasyonda kullanılmış yapılmış bunlardan 12 istasyondan fotokapanlar ile 1.820 fotokapan gün değerine ulaşılmıştır. Çalışma sonucunda (Capreolus capreolus (karaca), Sus scrofa (yaban domuzu), Canis lupus (kurt), Canis aureus (çakal), Vulpes vulpes (kızıl tilki), Felis silvestris (yaban kedisi) ve Martes foina (kaya sansarı)) büyük boyutlu memeli türlerine ait 1.101 adet fotokapan kaydı elde edilmiştir. Elde edilen veriler ile Türkiye'de çalışma yapılmamış olan Ganos Dağı'nın büyük memelilerinin tespit edilmesi amacında öncül bir çalışma gerçekleştirilmiştir. Bu veriler ile özelde Tekirdağ ve Trakya, genelde ise Türkiye büyük boyutlu memeli hayvanların dağılımı ve çeşitliliği hakkındaki veri tabanına katkı sağlanmıştır.
Covıd-19 tedavisinde kullanılan ilaçların insan böbrek hücre hattı üzerine etkilerinin in vitro değerlendirilmesi
COVID-19 olarak adlandırılan ve 2019 yılı itibari ile tüm dünyayı etkileyen SARS-CoV-2"ye karşı özgül bir tedavinin bulunmaması, hali hazırda başka hastalıkların tedavisinde kullanılan bazı ilaçların kullanılmasını gündeme getirmiştir. Bu ilaçlardan hidroksiklorokin (HCQ), favipiravir (FVP) ve valproik asit (VPA) pandemi sırasında sıklıkla ve yüksek dozlarda reçete edilmiştir. Bu Yüksek Lisans Tez çalışmasında HEK293T hücrelerinde HCQ, FVP ve VPA uygulanmalarının hücre canlılığı, çoğalması ve morfolojisi üzerine etkileri MTT analizi ve AO/PI boyamaları kullanılarak, HDAC aktivitesindeki değişim ve bu değişimin anti-inflamatuar yanıt belirteçleri olan IL-6, IL-10 ve TNF-α ifadesine etkisi ELİSA yöntemi kullanılarak değerlendirilmiştir. VPA, HCQ ve FVP uygulanan kültürlerde hücre canlılığının devam ettiği herhangi bir hücre ölümü olmadığı gözlenmiştir. Yapılan MTT analizleri sonucunda VPA uygulanan kültürlerde hücre proliferasyonunun 24. ve 48. saatte ve HCQ uygulanan kültürlerde 48. saatte azaldığı, FVP uygulanan kültürlerde ise 24. saatte hücre proliferasyonunun azaldığı fakat 48. saatte tekrar artmış olduğu gözlenmiştir. Tüm deney gruplarında HDAC aktivitesinin artmış olduğu belirlenmiştir. VPA uygulanan kültürlerde 24. saatte %20,42 ve 48. saatte %5,77, HCQ uygulanan kültürlerde 24. saatte % 53,16 ve 48. saate %54,43 ve FVP uygulanan kültürlerde 24. saatte %164,22 ve 48. saatte % 198,16 artış gerçekleşmiştir. HCQ IL-10 ifadesinde artışa, FVP IL-10 ve IL-6 seviyesinde artışa ve VPA uygulaması özellikle TNF-α ifadesinde artışa neden olmuştur. Sonuç olarak HDAC aktivitesindeki artışın IL-10, IL-6 ve TNF-α değişimlerine neden olduğu, VPA uygulamasının TNF-α üzerindeki etkisinin HDAC ile ilişkili olabileceği ancak IL-10 ve IL-6 ifadesinden bağımsız farklı bir hücresel yolak ile ilişkili olabileceği gösterilmiş ve literatürde henüz yer almayan önemli bulgular raporlanmıştır.
Transplantasyon başarisinda etkili olan donöre özgün alloreaktif hafiza B hücre rezervinin değerlendirilmesi
Alloantikorlara ek olarak, alloreaktif hafıza B hücre (mBC) rezervi, transplantasyon süreçleri sırasında immünolojik risk değerlendirmesi için bir potansiyele sahiptir. Şu anda alloreaktif mBC değerlendirmesi için, HLA tetramer boyama kullanılarak doğrudan Akış Sitometrik (FC) analizi bir seçenektir. Poliklonal olarak uyarılmış alloreaktif mBC'ler tarafından üretilen alloantikorların in vitro kültür sisteminde değerlendirilmesi, başka bir yararlı yaklaşım gibi görünmektedir, ancak bunun daha fazla ek uygulaya ihtiyacı vardır. Bu çalışmada, mBC tespiti için in vitro poliklonal olarak aktive edilmiş mBC kültür süpernatanlarının ve potansiyel donörün lenfositlerinin kullanıldığı Akış Sitometrik Çapraz Eşleştirmenin (FCXM-süpernatant) yararlılığını araştırdık. Allosensitize edilmiş 10 böbrek nakli hastasından elde edilen poliklonal olarak aktive edilmiş mBC'lerin kültür süpernatanları ile bunların alloimmünize edilmemiş donörlerinin lenfositleri ve tam tersi olacak şekilde FCXM-süpernatant deneyleri yapıldı. HLA tiplemesi SSP yöntemi ile yapıldı. İn vitro aktifleştirilmiş alloreaktif mBC'ler tarafından üretilen anti-HLA antikorları da Luminex testleri ile değerlendirildi. mBC'lerin in vitro poliklonal aktivasyonunun başarısı, toplam IgG ELISA testi ve FC tarafından antikor salgılayan hücre analizleri ile değerlendirildi. Donöre özgü alloreaktif mBC'ler, allosensitize edilmiş 10 vakanın %45'inde FCXM-süpernatant tarafından tespit edildi. Güçlü allosensitize vakalarda tespit oranı %85 (7'de 6) idi. Allosensitizasyon olmayan kontrol vakalarında hiçbir alloreaktif mBC tespit edilmedi. Allosensitize vakaların FCXM süpernatant negatif sonuçları, süpernatanların toplam IgG antikor testleri ile değerlendirilen düşük düzeyde allosensitizasyon ve yetersiz poliklonal stimülasyon ile ilişkiliydi. Bu çalışmada, doku tipleme laboratuvarlarında gerçekleştirilen rutin bir teste kolayca dönüştürülebilmesi için FCXM-süpernatant testi kullanılarak donöre özel bir şekilde alloreaktif mBC tespiti için pratik bir metodoloji sunuyoruz.
Gökçebağ ve çevresinin (Siirt) etnobotanik özellikleri
2019-2020 yılarında yapılan çalışma sonucunda Siirt ili Merkez'e bağlı Gökçebağ beldesi ve çevresindeki yerleşim yerlerinde yapılan anket ve yüz yüze çalışma sonucunda 33 familyaya ait toplam 87 taksonun gıda, tedavi, yakacak, hayvan yemi, süs bitkisi gibi farklı amaçlarla kullanıldığı tespit edilmiştir. Çalışma alanında bağ ve bahçe ile uğraşıp geçimini sağlayan çok sayıda ailenin bulunmasından dolayı birçok farklı kültür bitkisinin tarımı yapılmaktadır. Üretimi yapılan tarım ürünlerinin çoğunluğu her aile kendi ihtiyacını karşılamasına yöneliktir. Çalışma sonucunda kullanımı tespit edilen bitkilerden en fazla takson içeren ilk on familya sırasıyla Rosaceae (14), Asteraceae (10), Amaryllidaceae (5), Brassicacea (5), Lamiacea (5), Apiaceae (4), Moraceae (4), Polygonaceae (3), Amaranthaceae (3), Anacardiaceae (3) ve Cucurbitaceae (3)'dir. Bitkiler kullanım amaçlarına göre sırasıyla gıda (76), tedavi (37), hayvan yemi (7), yakacak (6), süs bitkisi (5) ve diğer amaçlar (boya, temizlik, aroma, kozmetik, çit bitkisi) için (5) kullanılmaktadır. Tespiti yapılan bitkilerden 22'si İran-Turan, 6 tanesi Akdeniz fitocoğrafik bölge elementi ve 59 takson ise herhangi bir fitocoğrafik bölgeye ait olmayan taksondan oluşmaktadır. Bitkilerin kullanılan kısımları ise sırasıyla yaprak (34 takson), meyve (29 takson), toprak üstü kısımlar (14 takson), tohum (8 takson), gövde (7 takson), tüm bitki (5 takson), yumru ve kök (her birinden 4'er takson) ve diğer organlar (18 takson) olarak tespit edilmiştir. Anahtar kelimeler: Etnobotanik, Gökçebağ, Siirt, Sistematik, Türkiye
Katı faz fermantasyonu ile α-amilaz üretimi ve bazı mantar ekstraktlarının antidiyabetik aktivitelerinin α-amilazın inhibisyonu ile araştırılması
Bu çalışmada Bitlis Budaklı Kaplıcalarından alınan çamur örneklerinden izole edilen termotolerant VO3 suşu biyolojik materyal olarak kullanıldı. Morfolojik ve biyokimyasal testler ile 16s rRNA gen dizisi analizi sonucu, izolatın Bacillus cinsine ait olduğu ve Bacillus pumilus ile yakından ilişkili olduğu belirlendi. İzolattan katı faz fermantasyon (KFF) yöntemiyle çeşitli tarımsal atıklar (pamuk sapı, mercimek kabuğu, pirinç kabuğu, mısır koçanı ve darı kabuğu) kullanılarak α-amilaz üretimi amaçlandı. İnkübasyon zamanı, sıcaklık, pH, inokülüm oranı, nem miktarı, karbon ve azot kaynakları gibi farklı parametlerin etkisi araştırıldı. Bacillus pumilus'ten α-amilaz üretimi için KFF'de uygun substratın pirinç kabuğu olduğu belirlendi. Ayrıca optimum inkübasyon zamanının 48 saat, inkübasyon sıcaklığının 45°C ve başlangıç pH'nın 7.0 olduğu belirlendi. Katı faz fermantasyon ortamına karbon kaynağı olarak nişasta eklendiğinde ve azot kaynağı olarak tripton eklendiğinde enzim üretiminin arttığı tespit edildi. Mantar ekstraktlarının antidiyabetik etkisini belirlemek amacıyla Coprinellus micaceus, Morchella tomentosa ve Helvella queleti'den elde edilen hekzan, metanol ve su ektraktları kullanılarak bu çalışmada üretilen amilaz enziminin inhibisyonu test edildi. En yüksek inhibisyon aktivitesi her üç mantarda da metanol ekstrelerinde görüldü. α-Amilaz inhibisyon deneylerinde metanol ekstrelerinden C. micaceus, M. tomentosa ve H. queletii'de sırasıyla %37.35, %33.51 ve %28.43 inhibisyon aktivitesi belirlendi.
Tillo (Siirt) ve çevresi etnobotanik özellikleri
2019-2021 yıllarında 2 yıllık çalışma sonucunda Siirt'e bağlı Tillo ilçesi, köyleri ve çevresindeki yerleşim yerlerinde yapılan anket ve röportaj çalışmaları sonucunda 49 familyaya ait toplam 151 takson tespit edilmiştir. Bu bitkilerin yer aldığı ilk beş familya sırasıyla Asteraceae (22 takson), Rosaceae (18 taksonun), Brassiscaceae-Fabaceae-Lamiaceae (7'şer takson), Amaryllidaceae-Apiaceae (6'şar takson) ve Cucurbitaceae-Iridaceae-Poaceae (5'er takson) familyalarıdır. Kullanımı tespit edilen taksonlardan 38'i İran-Turan, 9'u Akdeniz, 8'i Avrupa-Sibirya elementi ve 96'sı herhangi bir fitocoğrafik bölgeye ait olmayan taksonlardan oluşmaktadır. Çalışma alanında tespit edilen taksonlardan Gundelia siirtica CR (Kritik), Alkanna froedinii ve Alcea apterocarpa LC (Düşük riskli) tehlike kategorisinde değerlendirilmektedir. Çalışmada iki endemik takson (Gundelia siirtica ve Alkanna froedinii) tespit edilmiştir. Kullanımı tespit edilen örneklerin 99'u gıda, 88'i ilaç, 19'u boya, 17'si hayvan yemi, 15'i alet, 12'si süs, 9'u aroma, 7'si yakacak, 6'sı baharat, 3'ü kozmetik ve 1'i oyun amaçlı kullanılmaktadır. Kullanılan bitkilerden 59'unun toprak üstü, 39'unun meyvesi, 30'unun yaprağı, 19'unun gövdesi, 14'ünün tüm bitki kısımları, 12'sinin çiçeği, 9'unun tohumu, 7'sinin kökü, 2'sinin yumrusu ve reçine kısımları ile 1'inin başak kısmı kullanılmaktadır. Çalışma sonucunda 21 taksonun bu güne kadar bilinenden tamamen veya kısmen farklı amaçlar için kullanıldığı belirlenmiştir.
Lokal endemik Bellevalia koyuncui Karabacak & Yıldırım'ın morfolojik, palinolojik, anatomik özellikleri ve IUCN kategorisinin belirlenmesi
Bu çalışmada Bellevalia koyuncui'nin makro ve mikromorfolojik özellikleri ile IUCN tehlike kategorisi ve bitkinin doğal yaşam alanının toprak özellikleri (Fiziksel ve Kimyasal) incelenmiştir. Makromorfolojik olarak ilk betimlenmiş olduğu çalışma ile uyumluluk göstermiştir. Türün mikromorfolojik özellikleri detaylı olarak ilk defa bu çalışma ile belirlendi. Polen ve tohum yüzeyi özellikleri SEM ile elde edilen görüntüler üzerinden yorumlandı. Kök, skape ve yaprakların anatomik özellikleri mikroton ve elle alınan ince kesitlerin boyanmasıyla elde edeilen görüntüler üzerinden değerlendirildi. Türün yayılış alanı ve bu alanın toprak özellikleri detaylı olarak incelendi. Türün tehlike kategorisi ve koruma önerileri sunuldu.
Stratiomys (Diptera: Stratiomyidae) cinsine ait bazı türlerin moleküler filogenetik analizi
Bu çalışma, Türkiye'deki Stratiomys türlerinin morfolojik ve moleküler analizlerini içermektedir. Çalışmada, Selçuk Üniversitesi Fen Fakültesi Biyoloji Bölümü Entomoloji Laboratuvarı'nda bulunan Stratiomys cinsine ait koleksiyon örneklerinden yararlanılmıştır. Morfolojik analizde, toplam 25 bireyden (10 erkek ve 15 dişi) yüksek çözünürlüklü mikroskopla tüm vücut yapıları, kanat, abdomen ve anten gibi önemli morfolojik karakterler incelenmiştir. Ayrıca, şüphe uyandıran örnekler için genital organlar üzerinde diseksiyon yapılmış, genitaller temizlenerek gliserin içinde muhafaza edilmiştir. Moleküler analizde, türlerin DNA izolasyonu QIAGEN DNeasy kitleri ile gerçekleştirilmiş ve elde edilen DNA örnekleri PCR yöntemiyle mitokondriyal DNA'nın COI (Sitokrom C Oksidaz I) gen bölgesi amplifiye edilmiştir. PCR işlemi sırasında, uygun primerler kullanılarak istenilen gen bölgesi çoğaltılmıştır. Sonrasında, elektroforez yöntemiyle PCR ürünleri agaroz jel üzerinde ayrılmış ve UV ışığı altında görüntülenmiştir. Bu çalışmanın sonucunda, Stratiomys türlerinin morfolojik tanımlamaları detaylı bir şekilde yapılmış, aynı zamanda moleküler analizler ile türlerin genetik çeşitliliği hakkında bilgiler elde edilmiştir. Bu türlerin faunistik özellikleri Türkiye'nin biyolojik çeşitliliği açısından önemli bir yer tutmakta olup, elde edilen bulgular, gelecekte yapılacak taksonomik çalışmalar için referans teşkil edebilir.
Alg Ekstreleri ile Biyosentezlenen Nanopartiküllerin Antimikrobiyal ve Antioksidan Aktivitesinin Belirlenmesi
Bu çalışma, denizlerimizde yayılış gösterten üç farklı divizyoya (Chlorophyta, Rhodophyta ve Phaeophyta) ait makro alglerin ( Codium fragile , Amphiroa rigida ve Sargassum vulgare ) sulu ekstrelerinden biyosentez yoluyla nano parçacık sentezleyerek, sentezlenenen nanoparçacıkların başta sağlık olmak üzere diğer alanlarda kullanılabilirliğini tespit etmek amacıyla tasarlanmış ve bu amaç doğrultusunda, gümüş, demir oksit ve çinko oksit nanopartikülleri sentezlenmiştir. Çalışmada kullanılan algler, toksik kimyasallar kullanılmadan yeşil sentez yoluyla, alglerin nanoteknolojide sürdürülebilir bir kaynak olarak potansiyelini göstermiştir. Elde edilen nano parçacıklar UV-Vis, FTIR, SEM, FESEM ve EDS dahil olmak üzere çeşitli analitik ve mikroskobik karakterizasyon tekniklerine tabi tutulmuş ve sonuçlar, çoğunluğu 10 nm'den küçük olan ve alg özütlerindeki biyo-kompozitlerden kaynaklanan yüzey kümeleri ile düzgün dağılmış nanopartiküller görüntülenmiştir, bu durum partiküllerin biyolojik olarak sentezinin ve stabilizasyonunun etkinliğini göstermektedir.Tüm alg türleri tarafından biyosentezlenen gümüş nanopartiküller, geleneksel antibiyotiklere dirençli bakteriyel ve fungal suşların büyümesini engellemede çok yüksek etkinlik göstermiştir. Sargassum, Amphiroa ve Codium özütleriyle hazırlanan FeO nanopartikülleri antibiyotiğe dirençli bakteri ve mantarlara karşı güçlü aktivite gösterirken, tüm alg türlerinin ZnO nanopartikülleri bakteri ve mantar suşlarına karşı orta ila güçlü derecede aktiftir. Bu aktivite, metal çekirdek ile alg türevi yüzey aktif bileşikleri (örn. fenoller, polisakkaritler, proteinler) arasındaki aktif etkileşime bağlanmaktadır. DPPH, FRAP ve TPC gibi antioksidan analizleri, sentezlenen nanoparçacıkların belirgin bir şekilde oksidatif stresle mücadele edebildiğini ve serbest radikalleri etkili bir şekilde temizleyebildiğini ortaya koymuştur. Gümüş nanoparçacıklar, hem sentezlendikleri alg ekstraktılarına hem de kullanılan standart maddeye kıyasla serbest radikallere karşı çok daha yüksek bir antioksidan aktivite göstermiştir. Demir oksit nanoparçacıkları da kullanılan tüm alg türlerinde güçlü antioksidan etkiler sergilemiştir. Çinko oksit nanoparçacıkları ise Amphiroa rigida türünde çok yüksek, Codium fragile türünde orta düzeyde ve Sargassum vulgare türünde ise yüksek antioksidan etki göstermiştir. Bu sonuçlar, alg özütlerinde bulunan fenolik bileşiklerin nanopartikül yapısına başarılı bir şekilde dahil edildiğini ve bu bileşiklerin nanopartikülleri kapsülleyerek onlara güçlü antimikrobiyal ve antioksidan aktivite kazandırdığını göstermektedir. Bu sonuçlar, alg destekli yeşil sentezin sürdürülebilir, güvenli ve çevre dostu bir şekilde çok işlevli nanopartiküller üretmek için umut verici bir biyoteknolojik yöntem olduğunu ve antimikrobiyal direnç ve antioksidan gibi tıbbi uygulamalarda yaygın kullanım potansiyelini ortaya koymaktadır. Anahtar Kelimeler: Biyosentez (Yeşil Sentez), Nanopartiküller, Algler, Antimikrobiyaller, Antioksidanlar, Nanopartiküllerin Karakterizasyonu
Farklı kanser hücre hatlarında array karşılaştırmalı genomik hibridizasyon (array CGH) analizi
Son yıllarda genomik instabilitenin kanser gelişimindeki önemi daha iyi anlaşılmış ve buna bağlı olarak tümörlerdeki yapısal genetik değişimlerin detaylı biçimde incelenmesine yönelik ilgi artmıştır. Array Karşılaştırmalı Genomik Hibridizasyon (Array CGH) yöntemi, tüm genom düzeyinde yüksek çözünürlükte kopya sayısı değişimlerini (CNV) tespit edebilen, invazif olmayan bir moleküler analiz tekniği olarak öne çıkmaktadır. Bu tez çalışmasının temel amacı, genetik varyasyonların kanserin doku spesifisitesine göre nasıl farklılık gösterdiğini ortaya koymak ve bu doğrultuda kanser biyolojisinde rol oynayan kritik CNV'lerin tanımlanmasıdır. Çalışmada, farklı doku kökenlerine sahip K562 (kronik miyeloid lösemi), MCF7 (meme kanseri) ve HeLa (servikal kanser) hücre hatları karşılaştırmalı olarak analiz edilmiştir. Agilent SurePrint G3 Human CGH Microarray platformu kullanılarak yapılan analizler sonucunda, her üç hücre hattında da belirgin yapısal genetik değişiklikler saptanmıştır. K562 hücre hattında, kan hücrelerine özgü bölgelerde anlamlı kazanım ve kayıplar tespit edilmiştir. MCF7 hücre hattında, meme kanserine özgü bazı önemli gen bölgelerinde CNV'ler gözlenmiş ve bu değişimlerin hastalığın moleküler alt tipleriyle ilişkili olabileceği değerlendirilmiştir. HeLa hücre hattında ise çok sayıda yapısal bozukluk bulunmasına rağmen, bu değişimlerin servikal kanserle doğrudan ilişkisi saptanamamıştır. Elde edilen bulgular, kopya sayısı değişimlerinin kanserin doku kökenine göre farklılık gösterebildiğini ve bazı varyasyonların potansiyel biyobelirteçler olarak değerlendirilebileceğini ortaya koymaktadır. Gelecek çalışmalar kapsamında bu verilerin primer tümör dokularıyla karşılaştırmalı olarak analiz edilmesi ve gen ekspresyon profilleriyle entegre edilmesi, varyantların fonksiyonel ve klinik etkilerinin daha derinlemesine anlaşılmasına katkı sağlayacaktır. Ayrıca, belirlenen aday bölgelerin qPCR veya RNA sekanslama gibi ileri düzey moleküler analizlerle doğrulanması, bulguların biyolojik geçerliliğini artıracaktır.
Lentınula edodes'in misel gelişimine bazı ağaçlardan elde edilen odun tozunun etkilerinin araştırılması
Makrofunguslar, gözle görülebilen fruktifikasyon organlarına sahip olan, mantarlar aleminin Ascomycota ve Basidiomycota bölümlerinde yer alan canlılardır. Orman ekosistemlerinde oldukça önemli bir rol oynarlar. Artık organik maddeyi parçalayarak, besin döngüsünü destekler, karbon ve azot döngüsünde rol oynar ve bitki gelişimini mikorizal ilişkiler yoluyla desteklerler. Makrofunguslar, dökülen odun, yapraklar ve diğer organik atıkları ayrıştırarak toprağa temel besin maddelerini geri kazandırır, bu da biyolojik çeşitliliği sürdürmek ve ormanların direncini artırmak için önemlidir. Bunun yanı sıra, birçok makrofungus türü bitkilerle simbiyotik ilişkiler kurarak onların besin alımını ve stres direncini artırır, bu da orman sağlığını korumada kritik bir rol oynar. Ekolojik işlevlerinin ötesinde, makrofunguslar gıda, eczacılık ve biyoteknoloji gibi çeşitli sektörlerde de büyük öneme sahiptir. Geleneksel tıpta ve modern farmakolojide kullanılan makrofunguslar, besin değerleri ve biyolojik aktif bileşenleri nedeniyle geniş bir kullanım alanı bulmaktadır. Özellikle Lentinula edodes (Berk.) Pegler (Şitake) ve Ganoderma lucidum (Curtis) P. Karst. (reyşi) gibi türler, antioksidan, anti-enflamatuvar ve bağışıklık güçlendirici etkileriyle bilinir. Beta-glukanlar ve triterpenoidler gibi bileşikler, kanser ve kardiyovasküler hastalıkların tedavisinde potansiyel terapötik faydaları nedeniyle kapsamlı olarak incelenmektedir. Bu nedenle, makrofungusların incelenmesi ve kültürü, sadece besin ve tıbbi uygulamalar açısından değil, aynı zamanda sürdürülebilir tarım uygulamaları ve yeni biyoteknolojik çözümler geliştirilmesi açısından da giderek önem kazanmaktadır. Makrofungusların büyüme ve dağılımını etkileyen faktörlerin incelenmesi, bu organizmaların çeşitliliği ve işlevlerini anlamak açısından kritik öneme sahiptir. Bu çalışmada Ceviz (Juglans regia L.), Gürgen (Carpinus betulus L.), Karadut (Morus nigra L.), Kayın (Fagus orientalis Lipsky ), Saçlı Meşe(Quercus cerris L.), ağaçlarından yüksek hızlı laboratuvar değirmeninde elde edilen odun tozunun Patates Dekstroz Agar (PDA) besiyerine belirli oranlarda ilave edilerek L. edodes'in misel gelişmesine etkisi araştırılmıştır. Kontrol grubunda ise hiçbir ekleme yapılmadan miselyum ekimi yapılmamıştır. Denemelerde dokuz cm çapındaki petri kapları kullanılmıştır. Misel gelişimi, Fiji yazılımı kullanılarak periyodik olarak ölçülerek ve alansal olarak belirlenmiştir. Deneyler üç tekrarlı olarak gerçekleştirilmiştir. Elde edilen veriler SPSS programları ile varyans analizi ve ANOVA testi kullanılarak değerlendirilmiştir. Veriler, SPSS programı kullanılarak varyans analizi (Two-Way ANOVA) yöntemiyle analiz edilmiş; bu analizlerde hem ana faktörler (ağaç türü ve gram konsantrasyonu) hem de bu iki faktörün etkileşim etkisi incelenmiştir. Gruplar arasındaki anlamlı farkları belirlemek amacıyla Tukey HSD çoklu karşılaştırma testi uygulanmıştır. Varyans analizine ilişkin varsayımlar kapsamında, varyansların homojenliği Levene testi ile değerlendirilmiş; normal dağılım varsayımı ise Monte Carlo simülasyonu (n = 10.000) destekli Kolmogorov-Smirnov testi ile test edilmiştir. Çalışma sonunda kullanılan odun tozlarını tamamında kontrol grubuna göre olumlu etki görülmüştür. En iyi gelişme meşe odun tozu ilave edilmiş grupta gerçekleşmiştir. Meşe odun tozu ilavesini sırasıyla Ceviz, Kayın, Karadut ve Gürgen odun tozu ilaveleri izlemiştir. Sonuç olarak besiyerine meşe odun tozu ilavesinin misel gelişmesinde kullanılabileceği tespit edilmiştir. Anahtar Kelimeler: Şitake, Saf Kültür, Patates Dekstroz Agar, Odun tozu
Monosodyum Glutamatın Olası Genotoksik Etkilerinin Tavuk Yumurtası Mikronükleus Testiyle (HET-MN) Belirlenmesi
Günümüzde hızla gelişmekte olan gıda teknolojisinde gıda katkı maddelerinin (GKM) kullanımı oldukça yaygındır. Monosodyum glutamat (MSG) oldukça fazla kullanılan ve tercih edilen bir gıda katkı maddesi olup günümüzde kullanımının güvenirliği ile ilgili net bir görüş bütünlüğü bulunmamaktadır. Yapılan bu çalışmanın amacı MSG'nin olası genotoksik etkisini tavuk yumurtası mikronükleus testi (HET-MN) metoduyla tespit etmektir. MSG'nin üç farklı dozu (0,75, 0,38 ve 0,10 µg/g yumurta) kuluçkanın sekizinci gününde tavuk yumurtalarının hava boşluğundan enjekte edilmiştir. Pozitif kontrol grubunda siklofosfamid (CP) tercih edilmiştir ve 0,85 µg/g yumurta dozunda enjekte edilmiştir. Kuluçkanın 11. gününde embriyolardan kan alınarak frotiler hazırlanmıştır. Hazırlanan frotiler modifiye May Grünwald-Giemsa boyama metoduyla boyanmıştır. Preparatlardaki eritrositler ışık mikroskobu altında incelenmiştir. Eritrositlerdeki mikronükleus ve nükleer anormalliklerin oranları tespit edilmiştir. İstatistiksel analiz sonuçlarına göre MSG'nin test edilen üç dozunda da genotoksik etki görülmemiştir. Test edilen dozlarda MSG herhangi bir teratojenik etkiye de sebep olmamıştır. Bununla birlikte MSG'nin en yüksek dozunda (0,75 µg/g yumurta) istatistiksel olarak embriyonik ölüm oranında önemli düzeyde artış, canlı ve rölatif embriyo ağırlıklarında önemli düzeyde düşüş gözlenmiştir. Bu veriler ise MSG'nin tavuk embriyolarında embriyotoksik etkiye sebep olabileceğine işaret etmektedir. Anahtar Kelimeler: civciv embriyosu, genotoksisite, gıda katkı maddeleri, siklofosfamit
Meme kanserinin immünopatogenezinde immünobiyobelirteç (inflamatuar kemokin) olan CCL2, CCL5 VE CXCL10un immünomoleküler tayini ve rolü
Meme kanseri, meme dokusundaki hücrelerin kontrolsüz bir şekilde büyümesi ve çoğalması sonucu oluşan bir kanser türüdür. Meme kanseri, dünya genelinde kadınlar arasında en sık görülen malignite olup, kansere bağlı ölümlerin önde gelen nedenlerinden biridir. Sitokinler meme kanseri ile ilişkili inflamatuar yanıtlarda önemli bir rol oynar. Meme kanserine katkıda bulunan çeşitli kemokinlerin ve kemokin reseptörleri tanıdaki ve tedavideki rolü için dinamik mekanizma hakkındaki bilgilere dayanarak; CCL2, CCL5, ve CXCL10 gibi kemokinlerin anormal koşullar ve patolojik yolaklar altında meme kanseri hastalarında salgılandığı belirlenmiştir. Bu çalışmada, Irak'ın Kerkük Şehrinde bulunan Kerkük Onkoloji ve Hematoloji Hastanesi'nde Aralık 2022 – Mayıs 2023 tarihleri arasında meme kanserli kadın hastaların demografik ve klinik özeliklerinin, ve bu üç kemokininin kandaki konsantrasyonlarının belirlenmesi, kemokin genlerinin PCR ile çoğaltarak dizi analizlerinin NCBI ile karşılaştırılması amaçlanmıştır. Çalışma materyalini 100 meme kanserli hasta ve kontrol grubu olarak herhangi bir sağlık sorunu olmayan 100 sağlıklı birey oluşturmuştur. Hasta ve kontrol grubu bireylerin onam formları sayesinde klinik ve demografik özellikler belirlenmiştir. İstatistiksel analizler Microsoft Excel ve JMP Pro yazılımları kullanılarak yapılmıştır. Kanda kemokinlerin konsantrasyonları Elisa tekniği ile belirlenmiştir. Kandan DNA izolasyonu yapılarak spesifik primerler ile kemokin genleri amplifiye edilmiş ve dizi analizi yapılmıştır. Hastaların %33'ü 50–59 yaş aralığındaydı ve %93'ü evliydi. Cerrahi müdahale (mastektomi) uygulanan hasta oranı %78, kemoterapi alan hasta oranı %95 idi. %36 iv hastada metastaz tespit edildi. Evre IV'teki hasta oranının %30 ile en yüksek düzeyde olduğu saptandı. CCL2, CCL5 ve CXCL10 düzeyleri yaş gruplarına göre değişiklik göstermiş olup, her üç kemokinde de 50-59 yaş grubunda en yüksek konsantrasyonlar tespşt edildi. Amplifiye edilen genlerinin büyüklüğü: CCL2 490 bp, CCL5 481 bp ve CXCL10 310 bp olarak belirlenmiştir. Irak populasyonuna ait kemokin genlerinin dizileri GeneBank veritabanındaki (NCBI) genleri ile karşılaştırıldı. CCL2 ve CXCL10 gen dizileri diğer populasyonlarla %100 benzerlik gösterirken CCL5 geni %99 oranında benzerlik göstermiştir. Çalışmada, bu kemokinlerin özellikle ileri evre (Evre IV) hastaların kanlarında yüksek konsantrasyonlarda olduğunun belirlenmesi, CCL2, CCL5 ve CXCL10'un meme kanserinin önemli belirteci olabileceğini göstermiştir. Bu veriler Kerkük bölgesinde meme kanserli kadınların çoğunlukla geç evrede teşhis edildiğini ve klinik müdahelelerin genellikle ileri evrelerde uygulandığını göstermiştir. Gelecekte bölge halkı için erken tanıya yönelik toplumsal farkındalık çalışmaları artırılmalıdır. Kemokin temelli biyobelirteçlerin, tanı ve tedavi süreçlerine katkı sağlayacağı düşünülmektedir. İleri moleküler düzeyde yapılacak geniş örneklemli çalışmalar, bu kemokinlerin terapötik hedef potansiyelini daha net ortaya koyacaktır.
Kızıldağ yeniyapan ve bazlamaç köylerinin (Mucur/Kırşehir) etnobotanik özellikleri
Bu çalışma 2023-2024 yılları arası Kızıldağ Yeniyapan ve Bazlamaç Köylerinin (Mucur/Kırşehir) etnobotanik özellikleri göz önüne alınarak hazırlanmıştır. Kızıldağ Yeniyapan ve Bazlamaç köyleri Grid kareleme sistemine göre B5 karesinde yer almaktadır. Çalışmada yörede bilinen ve kullanılan bitkiler ile ilgili 64 kişi ile görüşülmüştür. Bu kişilere bitkilerin yerel isimleri, kullanım alanları, nasıl kullanıldıkları, kullanılan kısımları gibi sorular sorulmuştur. Araştırma alanındaki bitkilerden toplamda 38 familyaya ait 137 taksondan 76'sı çiğ veya pişmiş şekilde gıda, 68' si tıbbi, 15' i hayvan yemi, 20' si eşya, 1'i süs bitkisi, 2'si boya bitkisi, 3' u çay, 4' ü baharat olarak kullanıldığı tespit edilmiştir. Çalışma alanından toplanan taksonlara ait örneklerin fitocoğrafik bölgelere göre dağılımı şöyledir: 17 takson Iran-Turan elementi, 6 takson Akdeniz elementi 5 takson Avrupa-Sibirya elementi ve 111 takson da geniş yayılışlıdır. Çalışma alanından 4 endemik takson tespit edilmiştir. Ayrıca 24 takson da kültür bitkisidir.
Türkiye'de yayılış gösteren bazı aethıonema (Brassıcaceae) taksonlarının dna içeriklerinin ve ploidi seviyelerinin flow sitometri yöntemiyle belirlenmesi
Brassicaceae familyası, Aethionemoideae alt familyası, Aethionemeae oymağında sınıflandırılan Aethionema Aiton cinsi dünyada yaklaşık 70 kadar türle temsil edilir ve türlerin büyük çoğunluğu Iran-Turan ve Akdeniz bitki coğrafyasında yayılış gösterir. Türkiye (Anadolu diyagonali boyunca) sadece cins için gen merkezi olmakla kalmayıp, İran'la birlikte bu cinsin en önemli farklılaşma merkezidir. Aethionema cinsi son düzenlemelere göre Türkiye Florasında 51 türle temsil edilmektedir. Türlerin 33'ü endemiktir, endemizm oranı ise %65'dır. Aethionema cinsi, taksonomik açıdan Türkiye'deki en karmaşık cinslerden birisidir. Aethionema türlerinde teşhis için olgun meyve gereksiniminden dolayı pek çok herbaryum materyali teşhis edilememiş veya yanlış adlandırılmıştır. Bu cinsle ilgili yayımlanmış kromozom çalışmaları yok denecek kadar azdır. Yapılan sayımlar türün temel kromozom sayısını belirlemek için yeterli değildir. Ayrıca Aethionema cinsinde yapılan kromozom sayımı çalışmalarında kromozomların oldukça küçük olduğu, bu nedenle kromozom morfolojilerinin belirlenmesinde zorluklar yaşandığı belirtilmiştir. Çalışma kapsamında Türkiye'de doğal olarak yetişen Aethionema taksonlarına ait popülasyonlarda farklı rakım ve coğrafi bölgelerden toplanan toplam 41 taksona ait 160 aksesyonun nükleer DNA içerikleri ve piloidi seviyeleri flow sitometri yöntemi kullanılarak belirlenmiştir. Aethionema taksonlarının DNA içeriği analizlerinde referans bitki olarak Vicia sativa L. (2C=3,65) ve floresan boya olarak Propidium İyödür (PI) kullanılmış ve 2C değerleri pik bazında hesaplanmıştır. Bu çalışma kapsamında, 49 aksesyonda diploid (2n=2x=24), 57 aksesyonda triploid (2n=3x=36), 53 aksesyonda tetraploid (2n=4x=48) ve üç aksesyonda ise pentaploid (2n=5x=60) ploidi düzeylerine karşılık gelen DNA miktarları ilk kez rapor edilmiştir. Kromozom sayıları bilinmeyen taksonlar için kromozom sayılarını tahmin etmek amacıyla önceki çalışmalardan referans alınarak, R programı ve bu çalışmada geliştirilen istatistiksel model kullanılarak toplam 49 aksesyoniçin kromozom sayıları tahmin edilmiştir. Ayrıca mevcut çalışmadan elde edilen sonuçlara dayanarak Aethionema cinsi taksonlarında önceden gözlemlenen kromozom sayıları ve DNA miktarları mukayese edilerek teyit edilmiştir. İncelenen örnekler içinde en büyük 1C değeri 0,54 pg ile Aethionema compactum (Hartvig & Strid) Yild., en düşük 1C değeri ise 0,22 pg ile Aethionema spicatum Post türünde görülmüştür. Çalışma sonunda Aethionema taksonlarına ait çekirdek DNA miktarları ve belirlenen ploidi seviyelerini kullanarak cinsin taksonomisine katkı sağlamak amacıyla bazal grup olarak konumu vurgulanmış ve bu cins için önceden rapor edilen (1C=0,71 pg) ortalama DNA miktarlarından daha düşük bir DNA miktarı (1C=0,37 pg) tespit edilmiştir. Anahtar Kelimeler: Aethionema, Brassicaceae, Sitogenomik, C-Değeri, Ploidi seviyeleri
Karaman ili meyve sinekleri (dıptera: tephrıtıdae) faunası ve sistematiği
Bu tez çalışmasında, Karaman ilinin Tephritidae (Diptera) familyasına ait tür çeşitliliğinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Meyve sinekleri olarak bilinen Tephritidae türleri, ekonomik değeri yüksek tarım ürünlerine verdikleri zararların yanı sıra, bazı türlerin biyolojik mücadelede kullanılabilmesi nedeniyle tarımsal ve ekolojik açıdan büyük önem taşımaktadır Ancak, Türkiye'nin birçok bölgesinde olduğu gibi Karaman'da da bu familyaya ait faunistik veriler yetersizdir. Bu nedenle Karaman ilinin Tephritidae faunasının araştırılması, hem bölgesel biyoçeşitliliğin tespiti hem de ülke genelindeki tür dağılımının anlaşılması açısından önemlidir. Arazi çalışmaları 2023–2024 yıllarında Karaman ilinin çeşitli ilçelerinde ve farklı habitatlarda (step, tarım alanı, orman açıklığı, halofitik bölgeler vb.) yürütülmüştür. Örnekler, atrap kullanılarak arazi koşullarında toplanmış, etil asetat buharı ile öldürülerek laboratuvar ortamında entomolojik koleksiyon standartlarına uygun şekilde müze materyali haline getirilmiştir. Tür teşhisleri stereo mikroskop altında kanat deseni, setal formasyonlar, genital yapılar gibi morfolojik özelliklere dayanılarak yapılmıştır. Tespit edilen türler mevcut literatürle karşılaştırılarak Karaman için yeni kayıtlar belirlenmiştir. Karaman ilinde Tephritidae familyasına ait 2 alt familya (Tephritinae, Trypetinae), 8 tribüs, 17 cinse dahil olmak üzere toplam 48 tür belirlenmiştir. Tephritinae alt familyasında 16 cinse ait 47 tür tespit edilirken, Trypetinae alt familyasında yalnızca Carpomya schineri türü bulunmuştur. Bu çalışma kapsamında Türkiye faunası için Acanthiophilus lugubris, Acanthiophilus minor, Terellia whitei ve Xyphosia laticauda olmak üzere 4 tür ilk kez kaydedilmiştir. Tespit edilen toplam 48 türün, Türkiye için yeni kayıt olan 4 tür de dahil olmak üzere 31'i Karaman ili için ilk kez raporlanmıştır. Türler genellikle 900–1600 m rakımlar arasında, kurak ve yarı-kurak habitatlarda bulunmuştur. Ayrıca, birçok türün konukçu bitkilerinin Centaurea, Cirsium ve Carduus cinslerinden olduğu tespit edilmiştir. Bu çalışma, Karaman ilinin Tephritidae faunasını ilk defa kapsamlı şekilde ortaya koymuş, 31 türü bölge için yeni kayıt olarak sunmuştur. Bulgular, Karaman'ın zengin ve çeşitli habitatlara sahip olduğunu ve Tephritidae tür çeşitliliği açısından önemli bir merkez olduğunu göstermektedir. Ayrıca, elde edilen veriler bölgedeki meyve sineği tür kompozisyonunun daha iyi anlaşılmasına, tarımsal ekosistemlerin yönetimine ve biyolojik çeşitliliğin korunmasına katkı sağlayacaktır. Karaman gibi yeterince araştırılmamış bölgelerde yapılacak benzer çalışmalar, Türkiye'nin Tephritidae biyocoğrafyasının tamamlanmasına önemli katsetaar sunacaktır. Anahtar Kelimeler: Diptera, Tephritidae, Meyve sineği, Biyoçeşitlilik, Karaman, Yeni kayıtlar
Noktalı inci balığı, alburnoides kosswigi (cypriniformes, leuciscidae)'nin moleküler sitogenetik özellikleri
Türkiye'nin tatlı su kütlelerinde balık bilimi alanındaki son gelişmeler, 2017 yılında yeni bir tatlı su balığı türü olan Alburnoides kosswigi'nin tanımlanmasına yol açmıştır. A. kosswigi, Türkiye'nin orta kesimindeki Sakarya Nehri drenajında yayılış gösteren endemik bir türdür. Bu temele dayanarak, bu çalışma Konya iline bağlı Ilgın Gölü havzasından elde edilen A. kosswigi örneklerinin sitogenetik özelliklerini hem geleneksel hem de moleküler yaklaşımlarla analiz etmeyi amaçlamıştır. Konvansiyonel Giemsa boyama sonuçları, her iki cinsiyette de diploid kromozom sayısının 2n = 50 olduğunu ortaya koymuş ve karyotip formülü (12M + 24Sm + 8St + 6A) ile Leuciscinae alt familyasında gözlenen muhafazakâr karyotip yapısını doğrulamıştır. Ayrıca, iki çift subtelosentrik kromozomun kısa kolunun (p) terminal bölgelerinde dört adet Ag-NOR sinyali gözlemlenmiştir. C-bantlama analizi, tüm kromozomların sentromerik ve perisentromerik bölgelerinde konstitütif heterokromatin bloklarının bulunduğunu ve ayrıca 23 nolu akrosentrik kromozomda telomerik C-band yer aldığını göstermiştir. FISH analizleri, 5S ve 18S ribozomal RNA genleri (rDNA), U1 ve U2 snDNA ile telomerik tekrarlar (TTAGGG)n bakımından A. kosswigi'nin özgün sitogenetik özelliklerini ortaya koymuştur. Altı çift kromozomda on iki 5S rDNA lokusu tespit edilirken, 18S rDNA sinyalleri iki kromozom çiftinde dört lokus olarak belirlenmiştir ve ayrıca bir başka tek subtelosentrik çift, tek bir eş-yerleşik U1/U2 snDNA bölgesini taşıyordu. Elde edilen bulgular, Alburnoides cinsinde tür içi ve türler arası kromozomal evrimin anlaşılabilmesi için daha geniş kapsamlı moleküler sitogenetik çalışmaların gerekliliğini vurgulamaktadır.
Arum rupicola var. rupicola (Araceae)'dan elde edilen ekstraktların biyolojik aktivitlerinin belirlenmesi
Günümüzde kanser ve antimikrobiyal direnç gibi küresel sağlık sorunlarına karşı yeni tedavi ajanlarının keşfi büyük önem taşımaktadır. Tıbbi bitkiler, zengin biyoaktif bileşik içerikleriyle bu keşif sürecinde değerli bir kaynak oluşturmaktadır. Bu tez çalışması ile ülkemizde doğal olarak yetişen Arum rupicola var. rupicola (Araceae)'nin farklı kısımlarından elde edilen ekstraktlar ile biyoaktivite çalışmaları yapılmıştır. Ayrıca analitik teknikler kullanılarak fitokimyasal profilleme yapılmış ve in silico yöntem olan moleküler kenetlenme ile deneysel veriler de bilgisayar destekli olarak yorumlanmıştır. Biyoaktivite çalışmaları kapsamında antioksidan, antimikrobiyal ve sitotoksisite çalışmaları yapılmıştır. Fitokimyasal profilleme ile tespit edilen bileşiklerle de kanser yolaklarında görev alan ve mikroorganizma yaşamında önemli hücresel mekanizmalarla ilişkili hedef proteinlere karşı bağlanma afiniteleri moleküler kenetlenme yöntemiyle araştırılmıştır. Sonuçlar, bitkinin farklı kısımlarının fitokimyasal profillerinde farklılıklar olduğunu ve buna bağlı olarak ekstraktların değişken biyoaktivitelere sahip olduğunu göstermiştir. Elde edilen veriler doğrultusunda Arum ekstraktlarının çeşitli biyoaktivitelerinin ortaya konmuş olması, bundan sonra yapılacak biyolojik/farmakolojik etkinlik çalışmalarına katkı sağlayacaktır. Bu çalışma ile bitkisel preparatların ve/veya ekstraktların potansiyellerinin önemi bir kez daha ortaya konmuştur.
Helleborus orientalis ekstraktlarının antimikrobiyal ve anti-MRSA aktivitesinin belirlenmesi
Bu çalışmanın amacı Helleborus orientalis bitkisine ait etanol ve su ekstraktlarının patojen standart mikroorganizmalara karşı antimikrobiyal ve klinik kaynaklı Metisilin dirençli Staphylococcus aureus (MRSA) suşlarına karşı anti-MRSA aktivitesinin belirlenmesidir. Antimikrobiyal aktiviteyi belirlemek için sıvı mikrodilüsyon metodu kullanılmıştır. Kullanılan suşlar ekstraktların 12,5-0,006 mg/mL arasındaki konsantrasyonlarına maruz bırakılmıştır. Etanol ekstraktının kullanılan standart bakteri suşlarından Gram pozitif Staphylococcus aureus ve Sarcina lutea'ya karşı 3,12 mg/mL dozunda antibakteriyel aktiviteye sahip olduğu tespit edilirken, en etkili olduğu suşun ise Gram pozitif Bacillus cereus (Minimum İnhibisyon Konsantrasyonu; MİK 0,78 mg/mL) olduğu tespit edilmiştir. Gram negatif Escherichia coli, Pseudomonas aeruginosa, Klebsiella pneumoniae ve Salmonella enteritidis bakterilerine karşı aktivite tespit edilmemiştir. Candida albicans maya suşuna karşı da antifungal bir etkiye sahip olmadığı görülmüştür. Çalışılan tüm MRSA suşlarına karşı (MRSA suşu 6 hariç MİK 6,25 mg/mL) 3,12 mg/mL konsantrasyonda anti-MRSA aktivitesi gösterdiği belirlenmiştir. Su ekstraktının ise çalışılan tüm standart bakteri suşlarına ve maya suşuna karşı herhangi bir antibakteriyel ve antifungal aktiviteye sahip olmadığı tespit edilmiş olup benzer şekilde çalışılan tüm MRSA suşlarına karşı da anti-MRSA aktivitesi göstermediği kaydedilmiştir. Bitkinin etanol ekstraktının su ekstraktına göre daha etkili olduğu ve ayrıca etanol ekstraktının Gram negatif bakterilerden ziyade Gram pozitif bakteriler üzerine etkili olduğu söylenebilir.
Kriyojel ve transwell sisteminde üç boyutlu (3B) plasenta modelinin oluşturulması ve etkinliğinin araştırılması
Son yıllarda gebelik boyunca kimyasal madde ve ilaç kullanımında yaşanan artışa yönelik olarak güncel plasenta bariyer modelleri ve plasental sistemler oluşturularak yapılacak olan çalışmalara ihtiyaç oldukça artmış olup bugüne kadar yapılan in vitro çalışmalar ile standart olarak kabul edilen bir plasenta bariyer modeli henüz bulunmamaktadır. Bu tezde, insan plasental sitotrofoblast hücresi (BeWo) ve insan göbek kordunu veni makrovasküler endotel hücrelerinin (HUVEC) birarada kullanıldığı kriyojel ve transwell sistem kullanılmıştır. Bu iki hücreye ilave olarak ortama gerekli hormon desteğini sağlamak amacıyla adrenal bez adenokarsinom hücre hattı (H295R) eklenerek in vivo ortamı taklit eden daha etkin bir 3B sistem oluşturulmuştur. Gebelikteki kullanımı ile ilgili literatürde yeterli bir bilgiye rastlanmamış bir antidepresan etken maddesi olan vortioksetinin, 3B kriyojel ve transwell ortak-kültür sistemine uygulaması yapılarak etkinliğinin araştırılması sağlanmıştır. Daha önceki çalışmalarla optimize edilmiş kriyojeller hücrelerle birlikte kullanılarak transwell insert sistemine eklenerek, etkinlikleri karşılaştırılmış, vortioksetinin toksisitesi değerlendirilmiştir. Kriyojellere folik asit, tip IV kolajen bağlanarak hücrelerin tutunabileceği hücre dışı maddeyi (HDM) taklit eden ortamlar hazırlanmış ve daha sonra BeWo ve HUVEC hücreleri ile ortak kültürü yapılmıştır. Tez çalışması kapsamında, optimize edilmiş bu sistem üzerine transwell insert üzerinde kültüre edilmiş H295R hücreleri kullanılarak literatürde ilk defa üçlü ortak kültür sistemi oluşturulmuştur. Oluşturulan sistemin vortioksetin etken maddesine verdiği yanıt hücre canlılık analizi ile değerlendirilmiştir. Ayrıca grupların taramalı elektron mikroskobunda (SEM) morfolojik görüntüleri incelenmiştir. HDM bileşenlerini taşıyan kriyojeller üzerinde maternal kısmı temsil eden BeWo ve HUVEC hücreleri ile fetal kısmı temsil eden H295R hücreleri transwell sisteminde bir araya getirilmiş ve hormon metabolizmasındaki değişiklikler insan koryonik gonadotropin (β-hCG), progesteron, dehidroepiandrosteron (DHEA), östriol ve östradiol hormon seviyeleri ölçülerek tespit edilmiştir. Uygun istatistiksel analizler yapılarak plasental hücrelerle oluşturulan kriyojel ve transwell insert içeren 3B ortak-kültür sistemi üzerindeki etkileri incelenmiştir. 3B kriyojel ortak kültür sistemine 30 µM vortioksetin dozu uygulaması sonucunda ortak kültürün hücre canlılığında anlamlı bir azalma görülmemiştir. İkili ve Üçlü ortak kültür grubunda β-hCG, östriol, östradiol, progesteron, DHEA hormon miktarı ölçülmüştür. PHEMA+Tip IV Kol+FA kriyojel grubunda PHEMA kriyojel grubuna kıyasla BeWo hücrelerinden sentezlendiği bilinen β-hCG hormonu miktarında artış gözlenmiştir. Çoğu grupta MTT analizi ve hormon sonuçlarına göre vortioksetin doz uygulamasına bağlı olarak anlamlı azalma görülmüştür. SEM görüntülemesi sonuçlarına göre, PHEMA Tip IV Kol+FA grubunda PHEMA grubuna kıyasla hücrelerin proliferasyonu, yayılımı ve yerleşimi bakımında daha iyi uyum sağladığı gösterilmiştir. Bu tez çalışmasında, PHEMA ve PHEMA kriyojele Tip IV Kolajen ve Folik Asit bağlanarak kriyojel grupları oluşturulmuştur. Plasental trofoblast hücre hattı BeWo, endoteliyal hücre hattı HUVEC ve adrenokortikal hücre hattı H295R hücreleri, ortak kültür ortamında ilk kez PHEMA ve Tip IV Kolajen ve Folik Asit ile kaplanmış kriyojel ve transwell bulunan sistemde üretilmiştir. Oluşturulan 3B kriyojel ve transwell içeren sistem ile gebelikte kullanılan vortioksetin antidepresan etken maddesinin toksisitesi değerlendirilmiştir. Sonuçlar kriyojel ve transwell sisteminin ortak kültürler için biyolojik olarak uyumlu olduğunu göstermiştir. Bu 3B kriyojel sistemi yeni ilaç, doku mühendisliği, kozmetik madde, gıda toksisitesi gibi alanlarda in vivoyu yansıtan ve in vivoya oldukça benzer cevaplar veren bir sistem olarak kullanılabileceğini göstermiştir.
Investigation of antimicrobial activities of some fluorinated benzaldehyde derivative schiff base compounds
Multidrug resistant bacteria are a serious problem that has grown alarmingly in recent decades. There is an urgent need to identify ways to treat bacterial resistance because the emergence of resistant diseases caused by these germs has led to death and morbidity. In our study, we aimed to discover and find new antimicrobial drugs against microbes to resolve resistance and to evaluate the potential and efficacy of some fluorinated Schiff base compounds derived from benzaldehyde as antibacterial agents on the standard strains of Staphylococcus aureus Pseudomonas aeruginosa and Escherichia coli. At the beginning all of the bacterial strains have been reactivated in nutrient broth medium at 37 °C and for 24 h and all of the Schiff base compounds (C1-6) have been added into culture plates (96-well) in triplicate order at: 1, 10, 100 to 1000 μM doses. Reactivated Bacterial number adjusted at 0.5 McFarland standards, and then 100 μl added into each culture plate well, then was incubated at 37 °C and for 18 h after incubation, 10 μl of MTT dye (300 μM/ml concentration) have been added to each well and was incubated for 4 h eventually, 100 μl of dimethyl sulfoxide was added to each well, in order to dissolve formazan crystals. The optical density (OD) values for each well were recorded by an microplate reader at 570 nm and MIC50 value of any compound have been calculated through linear regression analysis. Gentamicin's MIC50 for E. coli, S. aureus and P. aeruginosa were found (2.14, 2.21, 2.19 μM, respectively). We found among six fluorinated phenylhydrazıne benzaldehyde compounds, C3 has most effective against E. coli (MIC50 value was 3.81 μM) C4 has most effective against S. aureus (MIC50 value was 3.45 μM) C6 has most effective against P. aeruginosa (MIC50 value was 3.31 μM).Our study could lead to the discovery of new antibacterial agent candidates which will benefit our country's drug industry and human health care. We believe that further testing of C3 for E. coli, C4 for S. aureus, and C6 for P. aeruginosa infections may result in important data for new drug research.
Yüzey aktif madde üreten bakterilerin denizel çevrelerden izolasyonu ve moleküler tanılaması
Mersin ili kıyı şeridindeki farklı lokasyonlardan toplanan deniz suyu örnekleri yüzey aktif madde üreten bakterilerin elde edilmesi için ön zenginleştirme ve izolasyona tabi tutulmuştur. Toplamda 52 bakteri izole edilmiştir. Saf kültürler biyosürfaktan üretim ortamında büyütülmüş ve tarama testlerinde kullanılmak üzere hücresiz kültür sıvıları elde edilmiştir. Kültür sıvıları ile drop collapse testi, parafilm M testi, CTAB-metilen mavisi agar testi ve yağ yer değiştirme testleri uygulanarak biyosürfaktan varlığı değerlendirilmiştir. İlave olarak, hücresiz kültür sıvılarının siklohegzan, benzen, toluen ve ksileni emülsifiye etme kapasitesiteleri emülsifikasyon indeksinin hesaplanmasi ile belirlenmiştir. 16S rDNA sekans analizine dayalı moleküler tanılamaları sonucunda etkin yüzey ve arayüzey aktivitesi gösteren biyosürfactant üreticisi bakterileri izolatlarının Pseudomonas, Enterobacter, Staphylococcus ve Klebsiella cinlerine üye olduğu tespit edilmiştir. Pseudomonas sp. HYN-8 suşu tarafından üretilen anyonik karakterdeki biyosürfaktan, 40 mm yağ yer değiştirme çapı ile en etkili biyosürfaktan olduğu belirlenmiştir.
Detection of trigonella taxa of North Iraq, phytochemical analysis and physiological activity of some species of trigonella
Trigonella is one of the most important and oldest known medicinal plants in the world. It is used in treating many diseases due to its various effective compounds. Trigonella strangulata Boiss., Trigonella filipes Boiss. and Trigonella uninata Banks & Sol. are three widely used species that grow well in the northern suburbs of Iraq and are highly used in oral consumption and folk medicine. Therefore, the present study was designed to evaluate and identify the effective compounds of these plant species and to investigate their physiological and biochemical effects on biochemical and hematological parameters in rats treated with alcohol and cholesterole. Phytochemical analysis of the seeds and leaves of these three plant species were performed by GC-MS, and their morphological evaluation was performed by SEM electron microscopy. For macro elements, nitrogen (N), phosphorus (P), Potassium (K), Calcium (Ca) and Magnesium (Mg) concentrations of three species were evaluated. The nitrogen and potassium concentration of T. filipes were higher (2.93% and 1.98%, respectively) than two other species. However, the phosphorus and calcium concentration of T. strangulata was higher (0.93% and 3.58%, respectively) than others. Also, the concentration of Magnesium in T. uncinata was the highest (0.96 %). For micro elements, iron (Fe), zinc (Zn), manganese (Mn), and copper (Cu) were evaluated in the studied species. The concentration of iron in T. filipes was the highest (197.5 mg/kg). Zinc concentration was the highest in T. uncinata (18.9 mg/kg), and the concentration of manganese and copper was the highest in T. strangulata (341.2 and 29.1 mg/kg, respectively). The oxidative stress index (OSI), total oxidant status (TOS), and total antioxidant status (TAS) of plant extracts were measured. Cytotoxic activities of Trigonella filipes, Trigonella strangulata, and Trigonella uncinata plants' extracts on 3 different cell lines in different concentrations (1-10-100-1000 µg/mL) after 24 hour of incubation were studied using MTT cytotoxicity assay. DNA-protecting activity of those plants also were studied. Hematological and biochemical variables such as hepatic enzyme activity, glucose, lipid profile, ESR, CRP, renal function tests, and oxidative biomarkers were measured. Histological evaluation was also performed. Among the hematological parameters in the treated groups with different species of Trigonella, only lymphocytes showed a significant change in the treated group with T. uncinata. The levels of liver enzymes, lipid profile, and glucose in the positive group increased significantly compared to the control, while in the groups treated with these three taxa, these parameters were significantly improved. In the positive group, renal function and oxidative indices with ESR showed a significant increase, and treatment with these three taxa was able to improve these parameters. These results were also supported by histological findings. It can be concluded that these three plant taxa have high phytochemical compounds that have physiological effects such as improving the immune status, improving the function of liver and kidney function, and antioxidants effect against induced hepatotoxicity.
Anti-D antibody isolation and identification from fetuses and neonates with hemolytic disease in the erbil city
Rhesus D (Rh⁃D) antigen alloimmunization has been a focus of concern for hematologists and obstetricians. It contributes to perinatal morbidity and mortality. In this study, it was aimed to design a geographic data profile for mothers who are Rh(D) negative and produced Anti-D antibody at Erbil-city. In our study, we collected 1028 (blood samples) from Mothers who is Rh(D) negative and Fathers who are Rh(D) positive. We performed ABO and RhD typing tests for all samples (Fathers and Mothers), then tested all mother samples for Du test and performed antibody screening for all mothers sample. All the mothers' blood samples have been divided into five different Age category 20-25: 35 (7%), 26-30: 165 (32%), 31-35: 191 (37%), 36-40: 112 (22%), and over 40: 11 (2%), Age groups. The most common blood type among Rh-negative mothers was Group O which was (42.4%), followed by A, B and AB groups which were 27.6%, 26.7% and 3.7%, respectively. The highest percentage of Anti-D positive antibody was in (36-40) age category which was 44%, followed by 22% in both (26-30) and (31-35) and 11% in (over 40) Age category, and there was not any positive case inside (20-25) Age category. Haemolytic illness brought on by ABO incompatibility and other alloantibodies have thus become the main cause of hemolytic disease of the fetus and newborn. It is important to provide this data to prevent negative effects on newborns and to provide antigen-negative blood urgently
Endemik Cousinia birecikensis ve Hypericum salsolifolium'dan elde edilen farklı ekstrelerin fitokimyasal analizi ve biyolojik aktivitelerinin incelenmesi
Doğa her zaman insan sağlığına faydalı gıda ve bileşenlerin kaynağı olmuştur ve olmaya da devam etmektedir. Tıbbi bitkiler ve onların biyoaktif molekülleri doğanın ayrılmaz bileşenleridir ve binlerce yıldır insanların sağlığını desteklemiş ve desteklemeye devam etmektedir. Günümüzde bitki özlerinin, antimikrobiyal, antioksidan ve antikanser aktiviteye sahip polifenoller ve karotenoidler gibi biyoaktif bileşikler içermeleri nedeniyle sağlık sektöründe önemi giderek artmaktadır. Bu çalışmanın amacı; endemik Cousinia birecikensis ve Hypericum salsolifolium bitkilerinin antikanser, antioksidan ve takviye edici gıda ürünü olarak kullanım potansiyelini araştırmaktır. Çalışmada; toz haline getirilen bitkilerin farklı polariteye sahip çözücüler (hekzan, diklorometan, metanol ve su) ile bitki ekstreleri hazırlandı. Elde edilen ekstrelerin TPC, TFC ve antioksidan aktivitesi faklı metodlarla (DPPH, ABTS, FRAP, CUPRAC) analiz edildi. Antioksidan aktivitesi yüksek olan bitki ekstresinin fenolik bileşen analizi LC-MS/MS ile, eser element analizi Icp ile analiz edildi. Antikanser aktivitesi; akciğer kanser hücresi (A549) ve prostat kanser hücresi (DU-145), normal akciğer hücresi (BEAS-2B), normal prostat hücresi (PNT-1A) üzerinde antikanser aktivitesi incelendi. Sitotoksik etki MTT ile apoptotik etki annexin-V ve akridin orange yöntemiyle, hücre döngüsü üzerindeki etkisi cell cycle yöntemiyle incelendi. Serbest amino asit ve karnitin profili LC-MS/MS yöntemiyle incelendi. Her iki bitki türünün toplam fenolik ve flavonoid madde metanol ekstresinde yüksek olduğu tespit edildi. Bitki ekstrelerinin antioksidan aktiviteleri metanollü ve sulu ekstrelerde diğer çözücülü ekstrelere göre daha yüksek çıktığı saptanmıştır. Fenolik bileşik olarak H. salsolifolium ekstresinde başlıca siringik asit ve vanilik asit yüksek bulunurken C. birecikensis ekstresinde fumarik asit ve vanilik asit daha yüksek bulunmuştur. Element içerik analizinde başlıca kalsiyum, potasyum, sodyum ve magnezyum değerleri yüksek bulunmuştur. Serbest amino asit profilinde ise; H. salsolifolium ekstresinde glutamin ve valin miktarı çok yüksekken, C. birecikensis ekstresinde prolin ve alanin miktarı yüksek bulunmuştur. Çalışmamızda her iki bitki ekstresinde serbest karnitin ve asetil karnitin miktar olarak en fazla karnitin çeşidi çıkmıştır. Her iki bitkinin metanol ekstrelerinin akciğer kanseri üzerinde sitotoksik etki gösterirken normal akciğer hücreleri üzerindeki sitotoksik etkisinin düşük olduğu tespit edildi. Metanol ekstresinin akciğer kanser hücerelerinde apoptotik etki gösterdiği, hücre döngüsünü G0/G1 fazında durdurarak antikanser aktivite gösterdiği tespit edildi. Yapılan çalışma sonucunda H. salsolifolium ve C. birecikensis endemik bitkilerinin antioksidan ve antikanser potasiyeline sahip olduğu tespit edildiğinden dolayı bu bitkiler ile ilgili ayrıntılı analizlerin yapılması sonucunda insan sağlığına katkı sunacak fitoterapik ürünlere dönüşme potansiyeli olduğu tespit edilmiştir.
Kanserde geleneksel halk ilacı olarak kullanılan bazı bitkilerdeki aktif fenolik bileşiklerin fitokimyasal ve kemoterapötik aktivitelerinin meta analizi
Bu çalışmanın amacı, dünya çapında prevalansı günden güne artan ve çok yüksek bir mortalite oranına sahip olan kansere karşı kemoterapötik ajan tespiti yapmaktır. Bitkilerde aktif bileşiklerin önemli bir grubunu meydana getiren fenolik bileşikler, en aktif antioksidan türevleri olarak yer alırlar ve antikanser ajan olarak da farklı kanser hücreleri üzerinde antikanser etkilere sahiptirler. Bu çalışmaya dahil edilen bitkilerin belirlenmesinde etnobotanik çalışmalardan yararlanılmıştır. Buna göre, kanserde geleneksel halk ilacı olarak kullanıldığı kayıt altına alınmış bazı bitkiler (Malva neglecta, Nerium oleander, Quercus brantii, Rosa canina, Rubus sanctus, Urtica dioica subsp. dioica, Urtica pilulifera ve Vitis vinifera), 24 fenolik bileşik açısından fitokimyasal olarak araştırılmıştır. Veriler, SPSS 27 ve R 4.3.1 istatistik programlarında analiz edilmiştir. İstatistiksel olarak, 15 fenolik bileşiğin bitkilerin kimyasal kompozisyonu içerisinde çok önemli (p<0.01) derecede yer tuttuğu görülmüş ve bu bileşiklerin etki büyüklüğü (η2) belirlenmiştir. Bitkilerin, large etki büyüklüğünde (0.14≤η2) potansiyel aktiviteye sahip 9 başlıca fenolik bileşik içerdiği tespit edilmiştir. Bu bileşiklerin kemoterapötik aktiviteleri, meta analiz ile belirlenmiştir. Bitkilerin, 13 kanser türü üzerinde antikanser aktivite potansiyeline sahip olduğu saptanmıştır. Kanser türleri üzerinde en yüksek düzeyde antikanser aktivite potansiyeli gösteren bitkiler şu şekildedir: Akciğer kanseri; Q. brantii, U. pilulifera ve V. vinifera, Cilt kanseri; U. pilulifera, Endometriyal kanser; U. pilulifera, Glioblastoma Multiforme; Q. brantii, Karaciğer kanseri; M. neglecta, U. pilulifera ve V. vinifera, Kolorektal kanser; Q. brantii, R. canina, U. pilulifera ve V. vinifera, Kronik Myeloid Lösemi; N. oleander, Meme kanseri; N. oleander, Q. brantii, R. canina ve V. vinifera, Mesane kanseri; R. canina, Mezotelyoma; Q. brantii, Prostat kanseri; Q. brantii ve U. pilulifera, Rahim ağzı kanseri; Q. brantii ve R. canina, Yumurtalık kanseri; V. vinifera. Ayrıca kanser türleri üzerinde başlıca fenolik bileşik seviyesinde 6 farklı kemoterapötik ajan içeriği ile R. canina'nın ve U. pilulifera'nın fitokimyasal açıdan en zengin bitkiler olduğu tespit edilmiştir.
Mersin'deki eczanelerde ve aktarlarda fitoterepide kullanılan bitkiler
Bu araştırmada 2023 senesinde Mersin kentindeki eczane ve aktarlarda fitoterapi hedefli satışa sunulan bitkisel ürünlerin varlığını tespit etmek için yapılmıştır. Son yıllarda modern tıptaki ilerlemenin olmasına rağmen devam etmekte olan geleneksel tıp uygulama alanları süreç olarak devam etmektedir. Hasta insanların geneli aktarda satılan bitkilerden kendi ilacını hazırlayıp, kullanmaktadır. Birçok bitki türlerinin doğadan elde edilmekte olup, buna ek ilave olarak aktar, internet ve medya sanal alanlarından elde edilebilmektedir. Aktarlar ziyareti sonucunda elde edilen numuneler stereo mikroskop altında gözlemlenip incelenmesi, gerekli teşhisleri elde edilmiş ve bitkilerin nerelerinin kullanıldığı tespit edilmiştir. Satışa sunulan numuneler arasında en fazla romatizma, diyabet, kalp hastalıkları, boşaltım sistemi hastalıkları, kanser tedavisi sürecinde tercih edildiği gözlemlenmiştir. Mersin yöre halkı aktarlardan en çok zayıflamak ve kış aylarında soğuk algınlığına iyi gelen bitkileri tercih etmektedir. Bu çalışmada Mezitli, Merkez, Çamlıyayla, Erdemli ve Tarsus gibi ilçelerindeki aktar ve eczanelerde fitoterapi amaçlı satışa sunulan bitkiler hakkında araştırma yapılmış ve 41 kaynak kişi ile görüşmeler sağlanmıştır. Etnobotanik özelliklere sahip çalışmada ortalama 23 eczane ve 18 aktar ziyaret edilmiştir. Yapılan çalışmalar sonucunda 58 familyanın yer aldığı 122 türde 105 taksonun yer aldığı tespit edilmiştir. Merkez ve Tarsus'taki eczanelerde ve aktarlarda satılan bitki türlerinin benzerlik oranının fazla olduğu tespit edilmiştir. Ziyareti yapılan aktar ve eczanelerde en sık tercih edilen ürünler arasında zayıflama, saç bakım yağları, baş ağrısı, soğuk algınlığı, grip, cilt problemler, sindirim problemleri, kalp damar rahatsızlıkları ilk sırada satışa sunulmaktadır. Soğuk kış aylarının vazgeçilmez fitoterapi bitkileri arasında Tilia (ıhlamur), Salvia officinalis (ada çayı), Curcuma longa (zerdeçal), Zea Mays (mısır püskülü), Zingiber officinale (zencefil), Althaea officinalis L. (hatmi çiçeği), Mentha Piperita (nane limon) ilk sıralarda yer almaktadır. Sıcak mevsimi olan yaz aylarında zayıflamak veya mide rahatsızlıkları için bitkilerden faydalanılmaktadır. Özellikle yaz aylarında Stipites Cerasarum (kiraz sapı), Ilex paraguariensis (mate yaprağı), Salvia hispania L. (chia tohumu), Cassia (açlık otu), Rosmarinus officinalis L. (biberiye) satışı en çok olan bitkiler arasında yer almaktadır. ANAHTAR KELİMELER: Mersin, Aktar, Fitoterapi, Bitkisel Droglar, Tedavi
Sıvı yosun gübresinin farklı dozlarının tuz stresi koşullarında arpa gelişimi ve rizosferdeki bazı biyolojik özelliklere etkisi
Bu çalışmada, arpa gelişimi ve rizosferdeki bazı mikrobiyolojik özellikler üzerine sıvı deniz yosunu gübresinin tuz stres koşullarındaki etkisini belirlemek amaçlanmıştır. Deneme serada yapılmıştır. Denemede ticari olarak satılan yosun gübresi kullanılmıştır. Sıvı deniz yosun gübresi ekimle birlikte topraklara dozda (% 0, % 0.4, % 0.8, % 1 ve % 2 yosun gübresi) uygulanmıştır. Tuz ise 3 dozda (0 mM, 75 mM ve 150 mM) uygulanmıştır. Bitkiler ekimden 12 hafta sonra hasat edilmiştir. Arpa bitki boyu, yeşil aksam ve kök yaş ve kuru ağırlıkları, kök uzunluğu, yaprakların klorofil içerikleri, kök bölgesi β-glukosidaz ve alkalin fosfataz enzim aktiviteleri gibi bazı toprak biyolojik özellikleri incelenmiştir. Elde edilen veriler ile uygulamalar arasındaki farklılık istatistik analiz ile ortaya konulmuştur.
Pistacia vera L. kabuklarının soya (Glicine max L.) nın büyüme ve gelişimine etkisi
Bu tez çalışmasında baklagiller familyasından olan soya dünyada en önemli endüstri bitkilerindendir. Soya farklı endüstri kolları için hammadde sağlamasının yanında, değişik şekillerde insan ve hayvan beslenmesinde önemli rol oynamaktadır. Soya ve soya yağı insana faydalı yağ asitlerini içermesinden dolayı şeker, koroner kalp ve damar sertliği gibi hastalıkları olan kişilere önerilmektedir. Soya bitkisinin ana vatanı uzak doğu iken ekonomik olması bakımından başka ülkelerde de yetiştirilmeye başlamış bir bitkidir. Bitkisel proteini yüksek, unundan ekmek yapılabilen, sütünden faydalanılabilen, yemeklik yağı olan endüstriyel bir bitkidir. Yukarıda bahsedilen bilgiler ışığında bu tez çalışmasında hormon etkisi yapan Pistacia vera L. yumuşak dış kabuklarının soya (Glicine max L.) bitkisinin yetiştirilmesi amaçlanmaktadır. Soya yağlı bir bitki olduğundan sıcaklık şartlarına adaptasyonu önemlidir. Daha önce tarafımızdan yapılan birçok araştırmada soyanın tolerans sınırı artırılmaya çalışılacaktır. Bu çalışmada ise önceki deneyimlerimize ve literatüre kazandırılan bilgiler ışığında ekonomik değeri olan soya bitkisinin bölgeye adaptasyonu akımından yetiştirilmesi için önemli bir çalışma olacaktır.
Farklı ışık şiddetlerinde yetiştirilen soya (Glycıne max L.) bitkisinde bazı enzim miktarının belirlenmesi
Bu çalışmada bitkiler âleminde zengin içeriğiyle öne çıkan soya (Glycine max L.) bitkisi kullanılmıştır. Soya bitkisinin varlığı insanlar tarafından 3-4 bin yıl öncesine kadar bilinmektedir. Protein bakımından oldukça zengin olan soya bitkisinden, süt, yağ, un üretilmekte artan küspesinden bile hayvan yemi olarak kullanılmaktadır. Hem endüstriyel hem de ekonomik değeri olan soya bitkisi 28 gün boyunca, laboratuvar ortamında farklı dalga boylarındaki yedi renk (mor, mavi, mavi yeşil, yeşil, sarı, turuncu ve kırmızı) altında yetiştirilmiştir. 28. günün sonunda hasat edilen örneklerde klorofil, MDA, antosiyanin ve bazı enzim aktivite miktarları ölçülmüştür. Bitkide olumsuz etmenlere karşı belirleyici parametre olarak yer alan klorofil, antosiyanin ve MDA, bitki gelişiminde birbirlerini destekler yönde etkilenmiştir. Bitkide tolerans belirleyici olarak bulunan enzim aktiviteleri de diğer parametreleri destekler miktarda bulunmuştur. Buna göre birim alandan verimli ürünler alabilmek için ışık kalitesi, dayanıklı bitki türleri gibi faktörler bitkinin yetişmesi ve verimli ürün elde edilmesi için önem arz etmektedir. Sonuç olarak kırmızı, turuncu ve sarı renklerin bitki büyüme gelişme ve enzim aktivitelerinde belirleyici tolerans artırıcı etki yaptığı anlaşılmıştır.
Cladophora sp. ve Microcystis sp. alglerinin biyolojik gübre olarak, oğul otu (Melissa officinalis L.) bitkisinin gelişimi ve büyümesi üzerine etkisi
Bu çalışma oğul otu (Melissa officinalis L.) türünün en uygun yetiştirme ortamlarının geliştirilmesi ve belirlenmesi amacıyla, Cladophora sp. ve Microcystis sp. alg gübrelerinin altı farklı kuru dozu (Kontrol, %0.2; %0.4; %0.6; %0.8; %1) ve karışımları ise (%50+%50 olarak) toprağa sıvı olarak üç defa uygulanmıştır. Deneme üç tekerrürlü olarak 13.10.2022 ile 12.06.2023 tarihleri arasında Biyoloji Bölümü Serası'nda 7 litrelik saksılarda yapılmıştır. Araştırma sırasında oğul otu kalitesinin bazı ayırt edici özelliklerinden olan; en kısa ve en uzun dal uzunluğu, yaş ve kuru aksam ağırlığı, yaş ve kuru kök ağırlığı, yaprak sayısı, ortalama dal sayısı, klorofil verimi gibi kıstaslar incelenmiştir. Elde edilen sonuçlar istatistiki olarak değerlendirilmiştir. ANAHTAR KELİMELER: Bitki gelişimi, Cladophora sp, Microcystis sp., Karışık alg kültürü, Oğul otu (Melissa officinalis L.)
Karkamış Baraj Gölünde yetiştirilen alabalıklardan aeromonas bakterilerinin izolasyonu ve litik bakteriyofajlarının araştırılması
Bu tez çalışmasında amaç, Karkamış Baraj Gölü'nde yetiştirilen ve hastalık semptomları göstererek ölen alabalıklardan Aeromonas türlerini izole etmek ve çevresel örneklerden bu türlere spesifik litik bakteriyofaj varlığını araştırmaktır. Bu çalışmada Şanlıurfa iline bağlı farklı konumlardaki 4 farklı çiftlikten farklı zaman periyotlarında, bakteriyel izolasyon için toplam 96 ölü gökkuşağı alabalığı ile bakteriyofaj izolasyonu için su ve bentos örnekleri toplandı. Balıklara uygulanan nekropsi sonrasında, deri lezyonları ve balıkların çeşitli organlarına ait 138 inceleme örneğinden klasik bakteriyel izolasyon ve identifikasyon yöntemiyle Aeromonas'ların izolasyonu için ekimler yapıldı. Elde edilen izolatların doğrulama analizleri MALDİ-TOF ile gerçekleştirildi. Balıklardan 18 adet Aeromonas etkeni izole edildi. Bu etkenlerin altısının Aeromonas veronii, dördünün Aeromonas hydrophila, dördünün Aeromonas sobria, ikisinin Aeromonas ichthiosmia, birinin Aeromonas caviae ve birinin de Aeromonas bestiarum olduğu tespit edildi. Bakteriyofajların tespiti için alınan su ve bentos örneklerine ön zenginleştirme işlemi uygulanarak şüpheli süspansiyonlar hazırlandı. Bu süspansiyonlardan elde edilen izolatlar ile spot-test yapılarak bakteriyofaj içeriği yönünden araştırıldı. Bir adet çiftlikten elde edilen Aeromonas hydrophila bakterisine karşı litik aktivite gösteren 1 adet faj belirlenerek izole edildi. İzole edilen faj çift tabaka agar yöntemiyle saflaştırıldı, besiyerinde konakçısıyla çoğaltıldıktan sonra faj titresi 6.40 x 108 Pfu/ml olarak belirlendi. Optimal MOI değeri 0.1 bulundu. Faj, pH 3-11 ve sıcaklık 4-60°C aralıklarında test edildi. Fajın pH 5-9 ve sıcaklığın 4-40°C arasındaki test ortamlarında stabil olduğu tespit edildi. Bakteriyofaj morfolojik inceleme amacıyla geçirimli elektron mikroskobunda (TEM) görüntülendi. Fajın Siphoviridae familyasına ait olabileceği morfolojik olarak belirlendi. Fajın moleküler analiziyle, daha önce tanımlanarak gen banka bilgileri girilen Aeromonas'ların T7-Ah ve PZL-Ah152 fajlarına genetik olarak çok yakın bir faj olduğu görüldü. Sonuç olarak Şanlıurfa bölgesinde Karkamış barajında üretim faaliyetleri gösteren balık çiftliklerinde Aeromonas etkenlerinin enfeksiyonlara sebep olduğu, etkenlerle birlikte bakteriyofajlarının da izole edilebileceği görüldü. Hastalıklardan korunma için gerekli tedbirlerin alınabileceği ve bakteriyofajların koruma ve tedavide kullanılabilirliğiyle ilgili ileri çalışmaların yapılması gerektiği kanaatine varıldı. ANAHTAR KELİMELER: izolasyon, enfeksiyon, Aeromonas, bakteriyofaj, balık
Antimicrobial effects of fluor bearing schiff base derivatives and their metal complexes on Streptococcus pyogenes, Proteus mirabilis and Klebsiella pneumoniae
The development of resistance in pathogens to existing drugs is one of the world's biggest health problems. In this study, in order to contribute to new antibacterial drug research, two fluorophenyl-butylsalicysyl aldimine Schiff base ligands and their antibacterial activities on Klebsiella pneumoniae, Proteus mirabilis and Streptococcus pyogenes containing copper and palladium complexes were investigated by MTT analysis. Chemicals and positive control (gentamicin) were seeded on microplates in triple order as 1μM, 10μM, 100μM and 1000μM, and bacterial strains were added at a dose of 0.5 McFarland. After 18 h incubation, dimethyl sulfoxide was used as a solvent to dissolve formazan crystals after applying MTT dye as a viability indicator to determine the MIC50 values of each of the compounds. OD values obtained with a microplate reader at 570 nm wavelength for each well were used to calculate the MIC50 of each chemical. Gentamicin MIC50 values were determined to be 2.09, 1.873, and 1.68 µM for K. pneumoniae, P. mirabilis, and S. pyogenes, respectively, and the strongest MIC50 values against K. pneumoniae and P. mirabilis were 6 by C1 and C4, respectively. It was determined as .06 and 5.314 µM. While S. pyogenes exhibited strong activity against almost all compounds, the most effective MIC50 value was determined as 3.728 µM with C3. In our study, we think that the strong antibacterial effect of Schiff base copper complex on S. pyogenes is particularly noteworthy.
Phenotypic and genotypic detection of clinical staphylococcus aureus isolates and their ability to form biofilm under different antibiotics
Staphylococcus aureus is the main pathogen, which can harm tissues, causing severe chronic, and recurrent infections that need extended antimicrobial therapy. Methicillin-resistant S. aureus's (MRSA) ability to produce biofilm is promoting the bacteria's spread and making it difficult to treat. Bacterial biofilm formation is frequently enhanced in the existence of antibiotics with sub-minimum inhibition concentrations (sub –MICs). The study aimed to evaluate the effectiveness of sub-inhibitory concentrations of antibiotics on biofilm formation. In a cross-sectional plan, a total of 40 S. aureus were isolated in Erbil hospitals from July to November 2023. Identification of isolates was carried out by the standard methods, the Vitek®2 system, the nuc gene, and 16S rRNA with specific primers. All isolates were tested for sensitivity toward 18 antibiotics using the common disc diffusion technique and Vitek®2 system. Biofilm formation by all the isolates was estimated by tube adherent and micro plate methods. The induction of biofilm by 1/2 and 1/4 MIC of four antibiotics were determined by a crystal violet assay. All the obtained data were statistically analyzed by GraphPad prism and SPSS programs. The study revealed that S. aureus had a high resistance to benzylpenicillin (90%), cefoxitin (75%), oxacillin (67.5%), erythromycin (52.5%), and clindamycin (50%). Screening for MRSA showed that 75% of the isolates were MRSA. For biofilm production (40%), (32.5%), and (12.5%) of isolates were strongly, moderately, and weakly positive, respectively, and (15%) didn't show biofilm formation. In the selected 10 strains, biofilm formation increased in an average from 35% to 55% by using 1/2 MIC and 1/4 MIC of the antibiotics. Our findings concluded that the effect of sub-MICs of various antibiotics on biofilm formation may make treatment difficult and lead to the creation of chronic infections.