9
Archived Theses
0
DOIs Assigned
0%
DOI Rate
Departman Tezleri
Süperparamanyetik demir oksit nanoparçacıkların biyoişlevselleştirilmesi
Magnetic resonance imaging (MRI) has attracted intensive interest due to its non-invasive monitoring capacity. Gadolinium based contrast agents, most widely used CA, suffer from high level of toxicity and high threshold of detection. Superparamagnetic iron oxide nanoparticles (SPION) based contrast agents (CA) are good alternatives for gadolinium based CAs, since they have extraordinary magnetic properties within nanometer size and relatively low toxicity. Surface active group of SPIONs are mostly responsible for these advantages. In this thesis, we studied biofunctionalization of iron oxide magnetic nanoparticles with variety of peptide molecules for the solubilization and biofunctionalization of SPIONs. Particle synthesis was carried out via two methods: co-precipitation and thermal decomposition and they were compared by means of size and stability. Several characterization methods, such as Fourier Transform Infrared Spectroscopy (FT-IR), Circular Dichroism (CD), Rheology, X-ray diffraction (XRD) X-ray photon spectroscopy (XPS), vibrating sample magnetometer (VSM), Magnetic resonance imaging (MRI), Atomic Force Microscopy (AFM), Scanning Electron Microscopy (SEM), Transmission Electron Microscopy (TEM) were used in order to fully characterized the SPIONs prepared.methods were used in order to fully characterize the SPIONs. Thermal decomposition is the best method to control the particle size and avoid aggregation problems. Peptide amphiphile molecules are used to non-covalently functionalize SPIONs synthesized by thermal decomposition method to provide water solubility and biocompatibility. Particles are found to be around 35 nm with r2 values of 100.4 and 93.7 s-1mM-1 which are comparable with commercially available SPIONs. In vitro cell culture experiments revealed that peptide-SPION complexes are biocompatible and are localized around the cells due to their peptide coating. Finally, SPIONs were evaluated in terms of their potential use as MRI contrast agent.
Coğrafi bilgi sistemleri kullanılarak Ankara ili Keçiören bölgesi mikrobölgeleme haritalarının oluşturulması.
Bu çalışma, Ankara ili Keçiören ilçesinde yapılmıştır. Çalışmanın amacı zemin etüd raporlarından yararlanarak Keçiören bölgesinin mikrozemin parametre haritalarını oluşturmaktır.Bu haritalar Keçiören ilçesinin bir bütün olarak zemin parametrelerini ve zemin sınıflandırmasını ortaya çıkarmak ve ileride yapılacak çalışmalara ışık tutmak amacıyla yapılmıştır. Bu amaca yönelik olarak 185 adet sondaj sonucu hazırlanan rapor, Coğrafi Bilgi Sistemleri'nden (CBS) yararlanılarak inceleme alanının zeminine ait mikrobölgeleme haritaları oluşturularak yorumlanmıştır.Yapılan incelemeler ve oluşturulan haritalara göre şu sonuçlar çıkarılmıştır;Çalışma alanı Miyosen yaşlı Mamak formasyonundan (aglomera, tüf ve andezit, bazalt bileşimli lavlardan) oluşmaktadır. Buradan çalışma alanının volkanik kayaçlar üzerine kurulu olduğu anlaşılmaktadır.Yapılan sorgulatma sonucunda, çalışma alanı genelinde Keçiören Bölgesi güvenli yapılaşmalar için uygundur. ZEG'nin 1 kg/cm2 olduğu kısımlar düzlük küçük alanlar olup derinliği 1,5-2 metreyi geçmeyen Alüvyonlarla kaplı olduğu düşünülmektedir. Bunun dışında kalan alanlarda aynı derinlikte daha sağlam ve daha yüksek ZEG değerleri görülmektedir.Anahtar Kelimeler: Mikrobölgeleme, Kuzey Anadolu Fay Zonu (KAFZ), Sorgulatma, Zemin Emniyet Gerilmesi (ZEG)
Arıt yöresindeki kayın, göknar, göknar-kayın meşcerelerinin yaprak alan indeksi, ölü örtü ve bazı toprak özelliklerinin incelenmesi
Yaprak alan indeksi (YAİ), fotosentez, intersepsiyon, evapotranspirasyon ve kirleticilerin depolanması gibi çok farklı süreçleri kontrol etmektedir. Yaprak alan indeksi, güneş ışınlarını bitkisel biyokütleye çeviren aktif yaprak yüzey alanının doğrudan bir ölçüsüdür. Bu nedenle YAİ önemli bir ekosistem karakteristiğidir ve bir çok karasal ekosistemde, verimlilik ile sıkı ilişki içerisindedir.Bu çalışmada, yarıküresel fotoğraflar yardımıyla farklı meşcerelerdeki (kayın, göknar ve göknar-kayın) yaprak alan indeksi değerleri araştırılmıştır. Bunun yanı sıra, incelenen meşcere tiplerine ait bazı toprak özellikleri (tekstür, pH, organik C, toplam N vb.) ve ölü örtü miktarları da belirlenmiştir. Bu amaçla, Arıt Beldesi Küredağları Milli Parkı tampon zonunda yer alan her bir meşcere tipinden 15 adet örnek alan seçilmiş ve her örnek alandan toprak ve ölü örtü örnekleri alınmıştır. Ayrıca balık gözü takılı fotoğraf makinesi ile toplam 90 adet fotoğraf çekilmiştir.Yaprak alan indeksi değerleri; kayın meşceresinde 3.36 m2 m-2, göknar meşceresinde 2.94 m2 m-2 ve göknar-kayın meşceresinde 3.96 m2 m-2 bulunmuştur. Yapılan varyans analizi sonucuna göre; meşcerelerin yaprak alan indeksi değerleri istatistiksel olarak anlamlı oranda (P<0.05) farklılık göstermektedir. Ayrıca, meşcerelere ait toprakların bazı özellikler (nem, organik C, Toz, pH, tane yoğunluğu ve Corg/Ntoplam oranı) bakımından %5 önem düzeyinde farklı olduğu belirlenmiştir.Araştırma sonuçları, aynı yetişme ortamı şartlarında, meşcere tipinin yaprak alan indeksi üzerinde etkili olduğunu ve böylece fotosentez, intersepsiyon, evaporasyon ve transpirasyon, gibi süreçleri de değiştirdiğini göstermektedir. Ayrıca, farklı meşcere tiplerine ait YAİ değerleri üzerinde ağaç türüne bağlı faktörlerin etkisinin toprak özelliklerinden daha önemli olduğunu göstermektedir.
Devrek-Akçasu yöresinde yapılan karaçam (Pinus nigra Arnold. ssp. pallasiana (Lamb.) holmboe) ve sarıçam (Pinus sylvestris L. ssp. Hamata (Steven) Fomin.) ağaçlandırmalarının büyüme yönünden değerlendirilmesi
Bu araştırma; Akçasu Orman İşletme Şefliği Akçasu serisi plan ünitesinde, 1975?1984 yılları arasında tür değişikliği yapılarak, karaçam ve sarıçam türleri ile tesis edilen, plantasyon alanlarında yürütülmüştür. Araştırmanın amacı, türlerin büyüme performansları ve adaptasyon yeteneklerini ortaya koymaktır. Bununla birlikte, yörede hâkim olan bazı yetişme ortamı faktörleri (ortalama sıcaklık ve yağış miktarı) ile türler arasındaki büyüme ilişkileri belirlenmeye çalışılmıştır. Bu amaçla, tesadüfî örnekleme yöntemine göre 8 bölmecikten iki yükselti basamağında 20 adet; 2 kontrol bölmeciğinden de 4 adet olmak üzere toplam 24 adet deneme alanı alınmıştır. Plantasyonun tesis aşaması, geniş bir zaman aralığını kapsadığı için türler ve bireyler arasında yaş farkı oluşmuştur. Bu nedenle en büyük ortak yaş olan 22'nci yıla ait gövde analizlerinden elde edilen büyüme değerleri, varyans analizine sokulmuştur. Buna göre tür ve yükselti basamakları arasında, tek ağaç gövde hacmi ve hacim artımı yönünden istatistiksel anlamda bir fark bulunamamıştır; ancak karaçam, her iki yükselti basamağında da sarıçama kıyasla daha yüksek hacim üretimi ve artımı yapmıştır. Buna göre karaçamın 22 yıl sonunda ortalama 0,067 m3 hacim ve 0,0031 m3 genel ortalama hacim artımı, sarıçamın ise ortalama 0,059 m3 hacim ve 0,0027 m3 genel ortalama hacim artımı yaptığı tespit edilmiştir.Yöredeki karaçam plantasyon alanlarında bu türün çap, boy ve hacim büyümesi bakımından tatmin edici düzeyde olduğu; ancak her iki türün de, yaşama yüzdesi bakımından başarısız olduğu görülmüştür. Ayrıca yapılan korelasyon analizlerine göre, karaçamın yörede büyüme yönünden sarıçama kıyasla klimatik değişimlere karşı daha duyarlı olduğu belirlenmiştir.Anahtar Sözcükler: Karaçam, sarıçam, ağaçlandırma, büyüme, iklim değişikliği, hacim, hacim artımı
İzmit-Kerpe araştırma ormanında duglas (Pseudotsuga menziesii (Mirb.) Franco)'ın 34 yıllık gelişme durumlarının incelenmesi
Bu çalışma İzmit Kerpe Araştırma Ormanı'nın da Kavak ve Hızlı Gelişen Orman Ağaçları Araştırma Müdürlüğü'nce 1974, 1975 yıllarında dört faklı bölmede, 31 hektarlık bir alanda üç farklı orijin ile demostratif amaçlı olarak yapılan duglas ağaçlandırmalarının 34 yıllık gelişme durumlarının incelenmesi amacıyla yapılmıştır.Araştırmada öncelikli olarak tam kapalı saf duglas alanları belirlenmiş ve bu nitelikte olmayan sahalar araştırma dışında bırakılmıştır. Denme alanların yer ve sayıları belirlendikten sonra, denem alanlarında çap ve boy ölçümleri yapılarak örnek ağaçlar tespit edilmiştir. 400 m2 büyüklüklerindeki 22 adet deneme alanından alınan 22 adet örnek ağaçlardan alınan seksiyonlarda yıllık halka kalınlıkları ölçülerek gövde analizleri yapılmış ve analizler sonucu orijinler itibarı ile büyüme ve artımlar ortaya konmuştur. Artım ve büyümelerdeki farklılık nedeniyle orijinlere varyans analizi ve duncan testi uygulanmıştır. Orijinler arasında farklılığa neden olan faktörler ve bunların etkileri üzerinde durulmuştur.Araştırmamızda Washington orijininin 19 cm çap, 20 metre boy, hektarda 357 m3 lük hacim ve hektarda 10.5 m3 lük yılık ortalama artım ile en iyi gelişme gösteren orijin durumda olduğu görülmüştür. 16.4 cm çap, 17 metre boy, hektarda 244 m3 lük hacim ve hektarda 7.1 m3 lük yıllık ortalama artım ile Calyfornia orijinin ikinci sırada yer aldığı, 16.1 cm çap, 14.4 metre boy, hektarda 196 m3 lük hacim ve hektarda 5.7 m3 lük yıllık ortalama artım ile Oregon orijini üçüncü sırayı aldığı görülmüştür.Orijinler arasındaki bu farklılaşmanın ana nedenin orijin farklılığından kaynaklandığı, bu çalışma ve duglas konusunda daha önce yapılmış çalışmalar göz önüne alındığında, Washington orijinin ülkemiz koşullarına en iyi uyum sağlayan orijin olduğu görülmüştür.
Biyokontrol ajanı olarak Trichoderma mikropropagüllerinin katı kültür ve statik kültür koşullarında biyoreaktör üretimlerinin incelenmesi
Bu çalışmada, Ege Üniversitesi Biyomühendislik Bölümü Endüstriyel Mikrobiyoloji laboratuvarında izole edilip geliştirilen Trichoderma harzianum EGE-K38 suşu kullanılarak katı kültür fermentasyonu ile ağırlıkça 3:2 oranında buğday kepeği - malt çimi karışımından oluşan besi ortamında, tasarımı tarafımızdan yapılmış olan ve ülkemiz koşullarında imal edilen yatay karıştırmalı biyoreaktörde ve yüzeyden havalandırılan tepsili biyoreaktörde mikropropagül üretimi için ortam koşulları optimize edilmiştir. Ayrıca yüzeyden havalandırılan tepsili biyoreaktörde, 8 g/L glukoz içeren Modifiye Czapek Ortamı (MCM)' nda statik sıvı kültürde de mikropropagül üretimi için ortam koşullarının optimizasyonu gerçekleştirilmiştir. Optimizasyon çalışmalarında katı kültür fermentasyonu için besi ortamı nem içeriği, üretim ortamının sıcaklığı, havalandırma debisi, inokulumdaki spor konsantrasyonu, inokulum hacmi, substrat yatak kalınlığı, aşı olarak spor ya da misel kullanımının etkileri, basınç uygulamanın etkileri ve sterilizasyonun üretime etkileri, statik sıvı kültürde ise sıcaklık, hava debisi aşı olarak spor ya da misel kullanımının etkileri, inokulum spor konsantrasyonu, inokulum hacmi, besi ortamı hacmi, basınç uygulamanın etkileri ve de sterilizasyonun üretime etkileri ayrı ayrı incelenmiştir. En yüksek mikropropagül sayıları katı kültür fermentasyonuyla yatay karıştırmalı biyoreaktörde 1.1±0.1×109 kob/mL, yüzeyden havalandırılan tepsili biyorektörde ise 3.0±0.6×109 kob/mL bulunmuştur. Statik sıvı kültürde ise 5.2±0.2×109 kob/mL olarak elde edilmiştir. Çalışmada daha sonra, üretilen mikropropagüllerin yüzeyden havalandırılan tepsili biyoreaktörde farklı sıcaklıklarda kurutulması işlemi gerçekleştirilmiştir ve kurutma sonunda katı kültür fermentasyonunda % 40 verimle, statik sıvı kültürde ise % 23.3 verimle toz formülasyon elde edilmiştir. Anahtar Kelimeler: Biyokontrol, Trichoderma, optimizasyon, katı ve statik sıvı kültür fermentasyonu, tepsili ve yatay karıştırmalı biyoreaktör
Yeni nitridoboratlar: M2[BN2]Br (M = Ca, Sr, Eu), Eu3[B3N6] and Li0.42Eu3[B3N6]: Sentezi, kristal yapıları ve fiziksel özellikleri
The isostructural compound series M2[BN2]Br (M = Ca, Sr, Eu) crystallize in the rhombohedral space group R3m (Pearson code hR6; Z = 3) with a = 3.86897(7)Å, c =25.8135(6)Å for Ca2[BN2]Br, a = 4.117 Å, c = 26.487 for Sr2[BN2]Br and a = 4.0728 Å,c = 26.5890 Å for Eu2[BN2]Br. The crystal structure can be interpreted as a as a filled variant of anti-NaCrS2 type of structure in which M at S positions, Br at Cr positions and B at Na positions. The structure is characterized by slabs of edge-sharing [N-B-N]@M6 and [Br]@M6 trigonal antiprisms which are alternately packed along [001]. The bond lengths for the strictly linear [BN2]3? anions vary only marginal: d(B-N) = 1.353(7) ? 1.355(4) Å and are directly comparable with those of the other well-known dinitrido borates and halides. Unlike the isostoichiometric dinitridoborate bromide series, Eu2[BN2]I crystallizes monoclinic (space group: P21/m (No:11) with a = 10.2548 Å, b = 4.1587 Å, c = 13.1234 Å, = 91.21, Z =4 , V = 559.54 Å3) and is isotypic to Sr2[BN2]I. The crystal structure consists of slightly corrugated layers of condensed I@Eu6 octahedra which are separated by isolated [BN2]3? anions. The bond lengths for the crystallographically distinct [BN2]3? moieties are: d(B1?N3) = 1.301(39) Å, d(B1?N4) = 1.352(36) Å, d(B2?N1) = 1.302(49) Å and d(B2?N2) = 1.348(48) Å, respectively. The bond angles differ significantly from the linearity: ?(N3?B1?N4) = 178.92(3)° and ?(N1?B2?N2) = 172.90°(4). Vibrational Spectra confirm the presence of the [N-B-N]3? units in all four nitridoborate halides. According to the magnetic susceptibility measurements the oxidation state of Eu in Eu2[BN2]X (X = Br, I) is +2. Eu3[B3N6] and Li0.42Eu3[B3N6] crystallize in the trigonal space group R3c (No:167) with a = 11.9559(2) Å, c = 6.814(2) Å and Z = 6 for Eu3[B3N6] and a = 12.0225(2) Å, c = 6.8556(2) Å and Z = 6 for Li0.42Eu3[B3N6]. Partial anionic structures are built up by isolated, planar cyclic [B3N6]9? units (d(B?N)exo = 1.466(2), d(B?N)endo = 1.475(4) ) which are surrounded by bi capped polyhedra of trivalent Eu for Eu3[B3N6] and mixed valent Eu3+/Eu2+ for Li0.42Eu3[B3N6], respectively. In Li0.42Eu3[B3N6], Li+ occupies statistically (42%) the sites 36f and is sandwiched between the [B3N6]9? anions. The oxidation state +3 for Eu in Eu3[B3N6] and mixed valance state (+2/+3) in Li0.42Eu3[B3N6] are verified by magnetic measurements, ESR and Mössbauer Spectroscopy.
Protein ikincil yapılarını optimal olarak katlayan amino asit çiftleri arasındaki potensiyellerin hesaplanması
We present a method to calculate the pair potentials for folding of protein secondary structures. In the first part of the method necessary training data are generated to compute the potentials. For this purpose a Go-type model and dynamic optimization is used to compute the optimal folding trajectories. A coarse-grained model for a helix and a beta sheet, each consisting of 12 residues has been constructed by representing each amino acid as a bead. The dynamic optimization gives the total optimal force acting on each residue (bead) to fold the protein from an initial configuration to its native state. Next, forces between pairs of residues are derived from this data. This is done by first projecting the optimal residue forces onto the pair-wise directions between residues and expressing these mean forces as (nonlinear) functions of pair-wise distances. We show how to compute the forces between pairs from the mean forces. We next incorporate the derived pair forces into the dynamic model. Thus, for new initial conditions folding is achieved in a predictive way by simulating this model without any need for optimization. We further show that the folding pathways obtained by such ?simple? simulation are similar to folding pathways which can be obtained by the rigorous dynamic optimization. To measure similarity between folds we use MPCA (Multi-way Principal Component Analysis). In addition, mean forces between pairs are presented and analyze
Afet sonrasında ihtiyaç duyulacak yardım malzemesi için stoklama kararları
Natural disasters are unexpected crisis events causing devastating human and financial losses. These events trigger a critical need for effective preparedness, mitigation, response and recovery operations to reduce the impact of the disasters.Humanitarian relief agencies participate in massive relief efforts to provide life-supporting resources, such as food, water, sanitation, emergency care, shelter and other essential non-food items; to distribute supplies and to coordinate international aid after a disaster. The success of such large scale and time-critical operations require effective pre-disaster planning.In this thesis, we consider stocking decisions for humanitarian relief agencies that provide emergency relief items to people affected by natural disasters. We present a mathematical model to determine the optimum stocking quantity for one type of relief commodity. The proposed model is an extension of the well-studied newsvendor model that incorporates the disaster risk. The probability that a disaster takes place within the lifetime of the stocked commodity and the demand distribution for this commodity under such a disaster are taken into consideration in the model. We extend our model to determine the optimum stocking quantities for two agencies that stock the same commodity at different locations prone to differing disaster risk, and that work in full cooperation, just like the case of the Turkish Red Crescent and the International Federation of Red Cross and Red Crescent agencies. An equilibrium solution to the model that can be calculated numerically is derived. We investigate the characteristics of the solution under various parameter settings and identify cases where cooperation is beneficial to one or both of the agencies. We analyze the case for Istanbul to demonstrate the use of this modeling approach. The probability of a major earthquake occurrence in Istanbul and the potential demand for relief commodities throughout the city are estimated and used as inputs of the model. A numerical analysis gives insights to the potential benefits arising from cooperation of an agency in Istanbul with an outside agency. Our analysis with respect to realistic scenarios and parameter estimations provides useful guidelines for the relief agencies in Istanbul.