Polymorphism-genetic
405 theses under this subject heading
Bronkopulmoner displazi ile ilişkilendirilen belirli genlerdeki polimorfizmlerin Türk populasyonu üzerinde incelenmesi
Bronkopulmoner displazi (BPD), preterm infantlarda en sık görülen kronik akciğer hastalıklarından biridir. Merkezlerin kronik akciğer hastalığı ve BPD tanımlarının farklılıklarından dolayı BPD insidansı da merkezlere göre değişkenlik gösterse de çoğu Avrupa ülkesine göre, hamileliğin 30. haftasından önce doğan preterm infantların %30'undan fazlasına BPD teşhisi konmaktadır. BPD geliştirme eğilimi olan preterm infantlar, akciğer gelişiminin geç kanaliküler veya erken sakküler evresinde doğarlar ve sonuçta alveol sayıları matür bebeklere göre daha az olur. Günümüzde enflamasyon ve özellikle prematürite ile birlikte alveol gelişimindeki duraklama, sürfaktan eksikliği ve göğüs duvarının olgunlaşmaması BPD'nin en önemli etiyolojik faktörleri olarak görülmektedirler. BPD, genetik ve çevresel faktörlerin (hiperoksi, invazif mekanik ventilasyon ve sepsis) karşılıklı etkileşimi sonucunda meydana gelmektedir. Literatürde BPD riskine etki eden genetik faktörler ikiz çalışmaları, ailesel birikim, genom çapında ilişkilendirme çalışmaları (genome wide association studies, GWAS) ve hedef genlerde tek nükleotid polimorfizmleri (single nucleotide polymorphism, SNP) gibi farklı yaklaşımlar ile araştırılmaktadır. Bu tez çalışmasında, dünyada farklı populasyonlar üzerinde yapılmış çalışmalarda bronkopulmoner displazi (BPD) ile ilişkilendirilmiş bazı SNP'ler seçilerek, Türk populasyonunda da bu SNP allel ve genotip frekanslarının görülüp görülmediğinin multipleks reaksiyonlar ve MALDI-TOF kütle spektrometrisi yöntemi ile belirlenmiştir. Elde edilen veriler ayrıca hastaların klinik ve demografik bilgileri ile de karşılaştırılarak anlamlı bir ilişki kurulmaya çalışılmış ve BPD'nin Türk toplumuna özgü genetik tabanının anlaşılabilmesine katkıda bulunulması amaçlanmıştır. 96'sı BPD hastası, toplam 192 prematüre infanttan toplanan kan örneklerinden genotiplenen 45 SNP bölgesi arasından rs11003125, rs2233406, rs3138053, rs55716084 ve rs62468577 polimorfizmlerinin allel düzeyinde; rs4883955, rs833061 ve rs9953270 polimorfizmlerinin ise hem allel hem de genotip düzeyinde Türk populasyonunda BPD insidansı ile istatistiksel olarak anlamlı bir ilişki içerisinde olduğu saptanmıştır. Bununla birlikte hastalardan toplanan klinik ve demografik verilerin araştırılan SNP'ler ile olan ilişkileri incelendiğinde ise pek çok polimorfizmin ailede görülen kronik akciğer, zatürre, BPD, RDS ve sigara kullanımı öyküsü ile anlamlı bir ilişki içerisinde olduğu bulunmuştur. Sonuç olarak bu tez çalışması ile toplumumuz için ilk kez BPD hastalığının genetik altyapısının araştırılması amacıyla çoklu polimorfizm bölgeleri yüksek doğruluk ile genotiplenerek BPD insidansı ile ilişkileri ortaya konmuştur.
Persistan atriyal fibrilasyon hastalarında başarılı direkt akım kardiyoversiyonu takiben rekürensin genetik belirleyicileri
Direkt akım elektriksel kardiyoversiyon (DAKV),semptomatik persistan atriyal fibrilasyon (AF) hastalarında uygulanan etkin bir tedavi yöntemidir. Bununla birlikte, başarılı DAKV'yi takiben hastaların yarısına yakın bir kısmında rekürens olabilmektedir. Bazı genom çapında ilişkilendirme çalışmaları diğer toplumlarda bazı tek nükleotid polimorfizmlerinin (TNP) başarılı DAKV sonrası rekürensle ilişkili olduğunu gösterse de bu konuda yeterli veri yoktur. Çalışmamızda, kendi toplumumuzda daha önceden AF ile ilişkili bulunmuş 11 adet TNP'nin persistan AF hastalarında başarılı DAKV sonrası rekürens için belirleyici olup olmadığını araştırmayı amaçladık. Çalışmamıza başarılı DAKV sonrası sinüs ritmi elde edilen 75 adet persistan AF hastasını aldık. Hastalar izlemde AF rekürensi gelişimi açısından prospektif olarak takip edildi. Temel klinik özellikler ve 11 adet AF ilişkili TNP AF rekürensi olan ve olmayan hastalar arasında karşılaştırıldı. TNP'ler ve AF rekürensi arasındaki ilişki aditif model (doğal tip/heterozigot varyant/homozigot varyant), dominant model (doğal tip /heterozigot ve homozigot varyant ), ve resesif model (doğal tip ve heterozigot varyant/homozigot varyant) ile değerlendirildi. Ortanca 17.0 (11.0-25.0) aylık takipte 38 hastada (%50.7) AF rekürensi gelişti. Aditif modelde, PITX2 gen lokusunda bir TNP (rs17570669_T için OR: 9.00, %95 GA: 1.28-63.02, p=0.027) ve ZFHX3 gen lokusunda bir TNP (rs2106261_T için OR: 8.96, %95 GA: 1.03-77.66, p=0.047) AF rekürensi ile anlamlı ilişki içindeydi. Çok değişkenli Cox regresyon analizi, bir TNP'nin (rs17570669_T) aditif modelde başarılı DAKV'yi takiben AF rekürensinin bağımsız belirleyicisi olduğunu gösterdi (HR: 3.59, %95 GA: 1.05-12.21, p=0.04). Sonuç olarak, PITX2 lokusunda bir TNP (rs17570669_T) persistan AF'si olan hastalarda başarılı DAKV sonrası uzun dönem AF rekürensinin bağımsız belirleyicisidir. Böyle bireyler, başarılı DAKV sonrası AF rekürensi gelişimi bakımından daha sıkı takip edilebilir. Anahtar Kelimeler: Kardiyoversiyon, atriyal fibrilasyon, tek nükleotid polimorfizmi
Prematür ovaryan yetmezlikle XPD ve XRCC1 DNA tamir gen polimorfizminin ilişkisi
Prematür ovaryan yetmezlik (POF), reprodüktif yaş grubundaki kadınların yaklaşık %1'ini etkileyen, 40 yaşın altında ovaryan fonksiyonların kesilmesine artmış gonadotropin ve düşük östrojen seviyelerinin eşlik ettiği heterojen bir tablodur. POF vakalarının %90'ında etiyolojik faktör belirlenememektedir. Kadınların tüm reprodüktif hayatları boyunca sahip oldukları yedi milyon oositten sadece 500'den azı ovule olabilmektedir. POF'un ovaryan gelişim sırasındaki folikül sayısının düşük olmasından ya da folikül kayıp hızındaki bir artıştan kaynaklanıyor olabileceği düşünülmektedir. Epidemiyolojik çalışmalarda DNA hasarlayıcı ajanlara maruziyetin fertilitede azalmaya ve folikül sayısında kayba neden olduğu gösterilmiştir. DNA tamir geni polimorfizmleri DNA tamir enzimlerinin fonksiyonlarını değiştirebilmekte ve tamir edilmeyen DNA hasarları apoptozisi tetikleyebilmektedir. Bu nedenle biz bu çalışmada, Türk toplumunda idiopatik POF ile XPD ve XRCC1 polimorfizmlerinin ilişkili olup olmadığını araştırdık. Bu amaçla POF ve kontrol grubunda XPD-Lys751Gln, XRCC1-Arg194Trp ve XRCC1-Arg399Gln polimorfizmlerinin sıklığı analiz edildi. Hasta grubu yaşları 17-39 arasında değişen 25 POF hastasından oluşturuldu. Yaşları 21-64 arasında olan, 40 yaşından sonra menapoza girmiş olan ya da halen düzenli adet gören 25 kadın kontrol grubuna dahil edildi. Standart metodlar kullanılarak periferik kandaki lökositlerden DNA analizi yapıldı. Polimorfizmlerin tespiti bir LightCycler-System ile floresan işaretli hibridizasyon probları kullanılarak erime eğrisi analizi ile yapıldı. Yaptığımız çalışmada araştırılan polimorfizmlerin genotip dağılımları ve allel frekansları açısından POF ve kontrol grupları arasında istatistiksel olarak anlamlı bir farklılık bulunmadı. XPD-Lys751Gln polimorfizmi için Gln/Gln+Lys/Gln genotipi sıklığı POF grubunda kontrol grubuna göre anlamlı ölçüde daha düşük bulundu. Bu çalışmada 751Gln allelinin POF'a karşı koruyucu bir rolü olduğu bulundu.
Kraniyoservikal arter diseksiyonlu hastalarda anjiotensinojen M235T ve anjiotensin dönüştürücü enzim insersiyon/delesyon (I/D) gen polimorfizmlerinin risk faktörü olarak araştırılması
Amaç: Anjiotensinojen geni M235T ve ACE geni I/D polimorfizmlerinin hem iskemik hem hemorajik inmede bağımsız bir risk faktörü olduğu gösterilmiştir. Çalışmamızın amacı, genç erişkinlerde önemli bir inme nedeni olan kraniyoservikal arteriyel diseksiyonlu hastalarda anjiotensinojen geni M235T ve ACE geni I/D polimorfizmlerinin bir risk faktörü olup olmadığını araştırmaktır. Yöntem: Ocak 2000-Mayıs 2013 tarihleri arasında kliniğimizde tanısı kesin konulmuş, servikal veya intrakraniyal segmentlerde, karotis arter diseksiyonu veya vertebral arter diseksiyonu olan 63 hastanın anjiotensinojen geni M235T polimorfizm genotipleri olan MM, MT, TT ve ACE geni I/D polimorfizm II, ID, DD genotipleri, benzer yaş grubundaki 100 sağlıklı benzer yaş grubunda ve cinsiyette olan bireyin genotipleriyle karşılaştırıldı. Genotipleme için real-time PCR yöntemi kullanıldı. Sonuç: ACE genotip dağılımı hasta grubunda DD;%39.7 ID;%54, II;%6,3, kontrollerde DD;%20, ID; %29, II;%51 olarak bulundu. Hasta grubunda kontrol grubuna göre, DD ve ID genotip oranı istatistiksel olarak anlamlı yüksekti (p<0.05). Anjiotensinojen genotip dağılımı hastalarda MM; %12.7, MT; % 63.5, TT; %23.8 iken kontrollerde MM; %46, MT; %33, TT; %21 olarak bulundu. Hasta grubunda kontrol grubuna göre, MT genotip oranı istatistiksel olarak anlamlı yüksek bulundu. Buna karşılık MM genotipi kontrol grubunda daha yüksekti (p<0.05). Yorum: Çalışmamızın sonuçları ACE geni DD ve ID, anjiotensinojen geni MT genotipi taşıyıcılığının kraniyoservikal arter diseksiyon riskini artırabileceğini düşündürmektedir.
İndolamin 2, 3 dioksijenaz gen polimorfizminin behçet hastalığı ve kliniği üzerine etkisi
Behçet hastalığı (BH), oral ve genital aftlar, üveit ve cilt bulgularıyla karakterize multifaktöryel bir hastalıktır. Ailesel olguların sıklığı, coğrafi dağılım göstermesi ve HLA-B51 ile güçlü ilişkisinin olması etiyopatogenezde genetik faktörlerin rolünü desteklemektedir. İndolamin 2,3-dioksijenaz (İDO) triptofanın oksidatif katabolizmasında rol alan immün modülatuvar bir enzimdir. İDO efektör T hücrelerin inhibisyonu ile Treg farklılaşması ve aktivasyonunu stimüle eder. İDO gen ekspresyonundaki bireyler arası varyasyonların İDO aktivitesinde farklılıklarla sonuçlandığı bilinmektedir. Literatürde, BH ile İDO gen polimorfizmi arasındaki ilişkiyi araştıran bir çalışmaya rastlamadık. Bu çalışmada BH'de İDO serum düzeyleri, İDO genindeki belirlenen tek nükleotid polimorfizmlerinin (TNP) klinik bulgularla ilişkisinin araştırılması amaçlandı. Çalışmaya 90 Behçet hastası ve 52 sağlıklı gönüllü dahil edildi. İDO1 ve İDO2 için belirlenen gen bölgelerinde, 90 hasta 52 kontrol için TNP tespiti yapıldı. Serumda ELISA yöntemiyle İDO1 seviyeleri ölçüldü. Behçet hastalarında ve kontrol grubunda; İDO1 rs7820268, rs10108662 ile İDO2 rs4503083 geni polimorfizmleri ve allel frekansları açısından istatistiksel anlamlı farklılık saptanmadı. Serum İDO1 seviyesinin Behçet hastalarında kontrol grubuna kıyasla anlamlı olarak düşük olduğu görüldü. BH'de kontrol grubuna kıyasla İDO1 düzeyinin düşük olması, immünhemostazın sağlanmasına rol oynayan İDO1'in BH patogenezinde etkili olabileceğini düşündürmektedir. Klinik bulgularla İDO1 düzeyi arasında anlamlı bir korelasyon gösterilememiştir. Gen polimorfizmleri açısından iki grup arasında fark saptanmamıştır. Klinik bulgular açısından ise sadece İDO1 rs7820268 CT genotipinin Nörobehçet gelişimi açısından koruyucu olabileceği düşünülmüştür. Diğer klinik bulgularla çalışılan gen polimorfizmleri açısından anlamlı ilişki saptanamamıştır. Nadir klinik bulgular açısından yeterli sayıda hastanın dahil edildiği daha geniş çalışmalar bu bulgulara katkı sağlayabilir.
Kronik ve epizodik migren hastalarında SCN9A ve SCN10A gen polimorfizmlerinin kronisite gelişimi üzerine etkilerinin retrospektif değerlendirilmesi
Migren; şiddetli, zonklayıcı karakterde, tek taraflı, ataklar şeklinde ortaya çıkan, sistemik semptomların eşlik ettiği poligenik primer baş ağrısı olarak tanımlanmaktadır. Migren; atak sıklığına göre epizodik ve kronik migren olarak iki alt tipe ayrılmaktadır. Bazı durumlarda migren; epizodik formdan kronik forma ilerlemektedir. Bu seyirde müdahale edilir ise kronikleşme sürecinin önüne geçilebilmektedir. Bu nedenle iki migren türü arasındaki geçişin aydınlatılması, hastalığın seyrinin kontrolünde büyük önem teşkil etmektedir. Voltaj kapılı sodyum kanalları, kortikal yayılan depresyona ve dural afferentlere karşı duyarlılığın değişmesine neden olarak migren patogenezinde görev almaktadır. Voltaj kapılı sodyum kanallarından olan Nav1.7 ve Nav1.8 nosiseptör duyarlılığının artmasında ve ağrının kronikleşmesinde rol oynamaktadır. Literatürde bu kanalları kodlayan SCN9A ve SCN10A genlerindeki polimorfizmlerin de kronik ağrıda ve ağrıya duyarlılığın değişmesinde etkili oldukları gösterilmiştir. Mevcut tezde; ağrı duyarlılığı ilişkili olduğu bilinen SCN9A rs7595255, rs12622743, rs11898284 ve SCN10A rs6795970, rs6801957 SNP'lerinin epizodik/kronik migren tanısında ve migren kronifikasyonundaki etkileri araştırılmıştır. Bu amaca yönelik 2014-2015 yılları arasında Bursa Uludağ Üniversitesi Tıp Fakültesi Nöroloji Anabilim Dalı'na başvuran, takipli 227 migren hastası çalışmaya dahil edildi ve bu hastalar ICHD-3 sınıflandırmasına göre 151'i epizodik 76'sı kronik migren olarak ayrıldı. Hastaların ortalama 96 ay takip sonucunda tekrar sınıflandırması yapıldı ve ilişkili polimorfizmler klinik tablo ile değerlendirildi. Literatürde daha önce bu konu ilişkili bir çalışma bulunmamakla birlikte, bu SNP'lerin epizodik/kronik migren tanısında ve kronifikasyonda istatiksel olarak anlamlı olmadığı görülmüştür. Sonuç olarak bu durum Türk popülasyonundaki değişken etnik kökenler, çalışma popülasyonlarındaki oran farklılığı ve örneklem büyüklüğünden kaynaklanabileceğinden, gelecekteki çalışmalarda bu polimorfizmlerle birlikte farklı SCN9A ve SCN10A polimorfizmlerinin de daha geniş popülasyonlarda değerlendirilmesi gerektiği düşünülmektedir. Anahtar sözcükler: SNP, SCN9A, SCN10A, Nav1.7, Nav1.8
Tamoksifen tedavisi alan meme kanserli hastalarda CYP2D6 gen polimorfizmlerinin araştırılması
Meme kanseri dünyada kadınlar arasında en sık görülen ve en sık ölüme neden olan kanserdir. Meme kanserlerinin yaklaşık %75-80'i hormon pozitiftir. Tamoksifen, hormon reseptörü pozitif meme kanseri hastalarında yüksek tedavi etkinliği olan bir seçici östrojen reseptör modülatörüdür. Bir ön ilaç olan Tamoksifen karaciğerde CYP2D6 enzimi ile en aktif metaboliti olan Endoksifen'e dönüştürülür. CYP2D6 genindeki polimorfizmler nedeniyle Tamoksifen'in farmakolojik aktivitesinde bireyler arası farklılıklar meydana gelir. CYP2D6 allelleri ve Tamoksifen tedavisinin etkinliğini değerlendiren çok sayıda çalışmalar yapılmışıtır. Yapılan çalışmalarda çelişkili sonuçlar elde edilmiştir. Bu çalışmada CYP2D6 genotiplemesi ve bunun Tamoksifen tedavisinde klinik etkisinin araştırılması planlanmıştır. Çalışmaya katılan 65 hastanın periferik venöz kan örneklerinden DNA izolasyonu yapıldı. CYP2D6 allellik varyantlarının (rs16947, rs35742686, rs3892097, rs5030655, rs5030656, rs1065852, rs28371706, rs28371725) belirlenmesi TaqMan® Universal PCR Master Mix ve TaqMan® Drug Metabolism Genotyping Assay Mix ile Gerçek Zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu (RT-PCR) uygulanarak gerçekleştirilmiştir. Genotip sonuçlarına göre metabolize edici gruplar belirlenerek, hastaların klinik, patolojik özellikleri ve sağkalım analizleri gruplar arasında karşılaştırılmıştır. Hastaların yaş ortalaması 40,71±7,68 yıl, ortalama takip süresi 84 ay±42,06 (6-243 ay) idi. Genotipleme sonucu 35(%53,8) hasta Normal Metabolizör ve 30(%46,2) hasta Orta Metabolizör olarak tespit edildi. Metabolizör gruplarla hastaların menopozal durumu, vücut kitle indeksleri, histopatolojik özellikleri arasında anlamlı fark saptanmadı. Gruplar arasında genel sağkalım, nüks ve ölüm açısından da anlamlı fark saptanmadı. Daha önce yapılan çalışmalarla uyumlu olarak, normal ve orta metabolizör gruplar arasında patolojik özellikler, nüks, ölüm ve genel sağkalım açısından anlamlı fark saptanmamıştır. Tamoksifen tedavisinin bireyselleştirilmesi ve optimizasyonu için örneklem ve incelenen allel sayısının artırılarak yapılacak prospektif çalışmalara ihtiyaç vardır.
Hipofiz adenomlu hastalarda matriks metalloproteinaz gen polimorfizmlerinin incelenmesi
Amaç: MMP' lerin doku rejenerasyonu, morfogenez, yara iyileşmesi ve normal gelişim evrelerindeki işlevlerine ek olarak tümörlerin hücre invazyonu, metastaz kabiliyetleri ve anjiyogenez gibi patolojik durumlarda da rolü bulunmaktadır.Bu çalışmada, hipofiz adenomlu hastalarda ve kontrol bireylerde MMP gen polimorfizmlerinin incelenmesi ile polimorfizm-hastalık ilişkisinin araştırılması amaçlanmıştır. Materyal ve Metod: Toplam 125 örnekte (75 hasta ve 50 kontrol) 2 polimorfizm MMP-1 (-519) VE MMP-12 (-82 A/G) (rs2276109) PCR-RFLP yöntemi kullanılarak analiz edilmiştir Bulgular: Çalışılan MMP gen polimorfizmlerinin hasta ve kontrol gruptaki genotip dağılımları arasında istatistiksel olarak anlamlı bir fark tespit edilememiştir (p>0.05). Sonuç: Sonuç olarak, bu çalışmanın sonuçlarına göre MMP genlerinin hipofiz adenomu gelişiminde etkili olmadığı söylenebilir. . Anahtar Kelimeler: hipofiz adenomu, MMP-1, MMP-12, Polimorfizm
SNP mikroarray yöntemi ile kalıtsal metabolik hastalıklardan sorumlu genlerin tanımlanması
Kalıtsal metabolik hastalıklar protein, karbonhidrat ve yağ asitlerinin sentez ya da yıkım yolaklarındaki bozukluklar sonucu ortaya çıkan kalıtsal tek gen bozukluklarıdır. Bu çalışmada, kompleks fenotip sergileyen ayrıntılı klinik ve laboratuar çalışması yapılmış ve otozomal çekinik kalıtım modeli gösteren metabolik/nörometabolik hastalık sahibi altı ailede genom boyu genotiplendirme ve homozigotluk haritalaması analizleri ile hastalıktan sorumlu gen lokusunun bulunması ve bu lokuslarda yer alan aday genlerdeki hastalık nedeni olan mutasyonun saptanması amaçlanmıştır. Çalışma kapsamında genom boyu genotiplendirme için etkin bir metot olan Affymetrix 250K SNP Mikroarray yöntemi kullanılmış olup, otozomal çekinik kalıtım modeli esas alınarak yapılan haplotip analizleri sonucunda metabolik/nörometabolik hastalığı olan ailelerde C19orf70, CLN8, COA7, HIKESHI, MAG ve SNX14 genleri hastalıktan sorumlu aday genler olarak belirlenmiştir. Belirlenen aday genlerin tüm ekzonları otomatik DNA dizi analizi yöntemi ile mutasyonlar açısından taranmıştır. Mutasyon analizleri sonucunda, SNX14 geninde c.1108+1181_2108-2342del, C19orf70 geninde IVS3-2A>G, HIKESHI geninde ise c.160G>C;p.Val54Leu mutasyonları olmak üzere daha önce tanımlanmış üç mutasyon, CLN8 geninde ise yeni bir mutasyon c.221G>A;p.Gly74Asp mutasyonu saptanmıştır. Çalışma kapsamına alınan aileler, konvansiyonel metotlar ile (metabolit tarama, enzim analizleri, radyolojik incelemeler ya da tek gen mutasyon taramaları) bilinen metabolik/nörometabolik hastalıkların disiplinler arası ayrıntılı çalışmalar ile dışlandığı, tanı konulamamış hastalardır. Bu çalışma ile yüksek ölçekli SNP çipleri kullanılarak ailelerde hastalıklardan sorumlu lokus ve genler başarılı bir şekilde belirlenmiştir. Homozigotluk haritalama yöntemi, özellikle etkilenmiş bir ya da iki hasta çocuğun olduğu çekirdek ailelerde hastalıktan sorumlu genlerin bulunması bakımından oldukça etkin bir şekilde kullanılmıştır. Anahtar Kelimeler: Genetik haritalama, kalıtsal metabolik hastalıklar, mikroarray, SNP
Hodgkin lenfoma ve non-hodgkin lenfoma hastalarında MYD88 ve CXCR4 gen polimorfizmlerinin hastalığın etyopatogenezindeki rolü, klinik parametreler ve prognozis ile ilişkisinin değerlendirilmesi
Amaç: Hodgkin (HL) ve Non-hodgkin lenfoma (NHL) tüm dünya genelinde her yıl yüz binlerce kişiye yeni tanı konulan yaygın bir hematopoetik malignite türleridir. Bu hastalıkların oluşumunda birçok neden rol almakla birlikte çevresel faktörlerin ve genetik nedenlerin oldukça etkili olduğu bilinmektedir. MYD88 ve CXCR4 genlerinin taşıdıkları mutasyonlar son yıllarda birçok solid organ ve hematolojik malignitelerde rol almaktadır ve bu çalışmalar yeni tedavi yaklaşımları için son derece önem taşımaktadır. Bu çalışmanın amacı; Hodgkin ve Non-hodgkin lenfoma hastalarında MYD88 ve CXCR4 gen polimorfizmlerinin etyopatogenezdeki rolünün ve tedaviye yanıtının değerlendirilmesi ve klinik parametrelerle ilişkisinin belirlenmesidir. Gereç ve Yöntem: Çalışmaya Gaziantep Üniversitesi, Şahinbey Eğitim ve Araştırma hastanesinde Hodgkin Lenfoma tanısı almış ve tedavi ve takibi yapılmış 70 hasta ve Non-Hodgkin lenfoma tanısı almış ve tedavi ve takibi yapılmış 70 hasta dahil edildi. Bu hastalardan alınan periferik kandan DNA izolasyonu yapıldı. Elde edilen genomik DNA'larda CXCR4 geni 2228014-rs SNP mutasyonu ve MYD88-L265P SNP mutasyonu yönünden Real-time PCR ve Dizi analizi (Sanger Sequence) yöntemi kullanılarak genotiplendirme yapıldı. Bulgular: CXCR4 rs2228014 SNP mutasyonu HL hastalarında 13 (%18,5) TT mutant ve 57 (%81,5) CC aleli wild tip, NHL hastalarının 11 (%15,7) TT mutant, 59 (%84.3) CC wild tip aleli olduğu tespit edilmiştir. Bu hastalıklar ile SNP arasında istatistiksel olarak anlamlı bir ilişki bulunmaktadır (p<0.05). MYD88 L265P SNP mutasyonu HL hastalarında 3 (%4,2) CC mutant ve 57 (%95,7) TT wild tip aleli NHL hastalarının 5 (%7,1) CC, 65 (%92,9) TT aleli olduğu tespit edilmiştir. Sonuç olarak, HL ve NHL hastalığının görülme riski ile CXCR4 rs2228014 SNP mutasyonu arasında istatistiksel olarak anlamlı bir ilişki bulunmaktadır (p<0.05). HL ve NHL hastalığının görülme riski ile MYD88 L265P SNP mutasyonu arasında istatistiksel olarak anlamlı bir ilişki bulunmaktadır (p<0.05) NHL hastalarında MYD88 L265P mutant CC aleli (χ²=11.748, p<0.001) ve CXCR4 (χ²=28.475, p<0.001) mutant TT aleli genleri ile progresyon durumları arasında anlamlı farklılık bulunmuştur. Bununla birlikte her iki gen için progresyon olma riski yüksektir. HL hastalarında MYD88 L265P mutant CC aleli (χ²=9.055, p=0.015) ve CXCR4 mutant TT aleli (χ²=10.736, p=0.003) genleri ile progresyon durumları arasında anlamlı farklılık gözlemlenmiştir. MYDX88 ve CXCR4 mutant grubunun progresyon riski wild grubundan yüksek olduğu görülmektedir. Sonuç: Çalışmamız HL ve NHL hastalarında MYD88 L265P ve CXCR4 rs2228014 mutasyon sıklığı klinik sonucu öngörmede kullanılabileceğini ve lenfoma patogenezinde rol oynayabileceğini göstermektedir. Ayrıca; hastaların prognozunu belirlemede genetik çalışmaların ne kadar önemli olduğunu ayrıca çalışmamızda; klinik parametreler arasından kemik iliği tutulumunun prognoz tayininde bağımsız bir risk faktörü olarak kullanılabileceği sonucuna varılmıştır. Bulgularımızı doğrulamak için whole genome analiz gibi daha ileri genetik analizlerle ve daha fazla hasta ile prospektif çalışmak gerekmektedir.
Akut lenfoblastik lösemili çocuklarda avasküler nekrozun vitamin D reseptör gen polimorfizmleriyle ilişkisi ve asemptomatik avasküler nekroz tanısındaki rolü
Amaç: Avasküler nekroz gelişiminin, akut lenfoblastik lösemili hastalarda tedavi boyunca oluşan önemli bir komplikasyon olduğu görülmüştür. Avasküler nekroz; lösemik sürecin kendisine ve kemoterapinin hücresel toksisite ve vasküler hasar oluşturmasına bağlı olarak gelişmektedir. Çalışmamızda, akut lenfoblastik lösemili hastalarda avasküler nekroz gelişiminin vitamin D reseptör gen polimorfizmleri ile ilişkisinin belirlenmesi; elde edilen sonuçlardan yeni tanı alan hastaların takip ve tedavi süresinde yararlanılabilmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Bezmi Alem Vakıf Üniversitesi Tıp Fakültesi ve İstanbul Üniversitesi Onkoloji Enstitüsü Çocuk Hematoloji-Onkoloji Bölümlerinde takipli akut lenfoblastik lösemi tanılı, tanı yaşları 0-18 yaş arasında olan 71 hasta çalışmaya dahil edildi. Alınan kanda; deoksiribo nukleik asit izolasyonu yapıldı ve vitamin D reseptör gen bölgeleri olan BsmI, ApaI ve TaqI polimorfizmleri polymerase chain reaction-Restriction fragment length polymorphism yöntemi ile çoğaltılarak değerlendirildi. Kalsiyum, fosfor, alkalen fosfataz, 25 Hidroksi Vitamin D, 1,25-Dihidroksi Vitamin D biyokimyasal parametreleri çalışıldı. Bulgular: 1. Akut lenfoblastik lösemi tanılı çocuk hastalarda avasküler nekroz gelişimi ile BsmI, ApaI, TaqI polimorfizmleri arasında istatistiksel açıdan anlamlı ilişki bulunmamıştır (sırasıyla p=0.819, p=0.731, p=0.623). 2. Akut lenfoblastik lösemi tanılı çocuklarda akut lenfoblastik lösemi tanı yaşının daha büyük olmasının avasküler nekroz gelişimi ile istatistiksel olarak anlamlı ilişkisi olduğu gösterilmiştir (p<0.001). 3. Akut lenfoblastik lösemi tanılı çocuklarda avasküler nekroz gelişme oranı kızlarda erkeklere göre istatiksel açıdan anlamlı olarak fazla bulunmuştur (p<0.05). 4. Avasküler nekroz tanılı hastalarda en sık kalça eklemi, ikinci sıklıkta diz eklemi, üçüncü sıklıkta ise ayak bileği eklemi tulumu olduğu görülmüştür. 5. Avasküler nekroz varlığı ile ortalama kalsiyum, fosfor, alkalen fosfataz, 25 Hidroksi Vitamin D, 1,25-Dihidroksi Vitamin D değerleri arasında anlamlı ilişki gösterilememiştir. 6. Avasküler nekroz tanısı alan grupta semptomatik avasküler nekroz tanısı almayan gruba kıyasla ortalama fosfor değeri anlamlı olarak daha düşük bulunmuştur (p=001). 7. Avasküler nekroz nedenli cerrahi uygulanan akut lenfoblastik lösemi hastaların hepsi kız hastaydı ve tamamında kalça eklem tutulumu mevcuttu. Sonuç: Çalışmamızda, akut lenfoblastik lösemi hastalarında bakılan vitamin D reseptör geninin BsmI, ApaI, TaqI polimorfizmleri ile avasküler nekroz gelişimi arasında anlamlı ilişki bulunmamıştır. Ancak avasküler nekroz gelişiminde belirti göstermeyen lezyonların oranı yüksektir ve bu nedenle erken teşhis ve tedavi büyük öneme sahiptir. Akut lenfoblastik lösemi tedavisinde bireysel yaklaşım önemlidir, bu hastalarda özellikle farmakogenetik risk faktörlerinin kapsamlı çalışmalarda prospektif olarak araştırılmasına ihtiyaç duyulmaktadır.
Habituel spontan abortus ve kötü obstetrik anamnez olgularında kromozomal polimorfizm
ÖZET Habituel Spontan Abortus ve Kötü Obstetrik Anamnez Olgularında Kromozomal Polimorfizm Kromozomal polimorf izmin habituel spontan abortus (HSA) ve kötü obstetrik anamnez (KOA) denek gruplarında yeri ve önemini anlamak amacıyla yapılan bu çalışmada C- ve NOR-bantlama yöntemleri uygulandı. Denek ve kontrol grupları 30 'ar çiftten oluşturuldu (toplam 180 kişi). Her vakadan 20 metafaz plağı değerlendirildi. C-bantlama yönteminde kromozomların sentromer bölgeleri ile Y kromozomunda uzun kolun 1/2-1/3 distal kesimi koyu boya almaktadır. Özellikle 1,9,16 ve Y kromozomunda boyanan heterokromatin bölgeler polimorfizm göstermektedir. Çalışmamızda kromozomlardaki heterokromatin bölgelerin boyutları 5 puanlık sisteme göre değerlendirildi. Sonuçta, denek grupları (HSA ve KOA) ile kontrol arasındaki fark, Ki- kare yöntemine göre anlamlı bulundu. NOR-bantlama yönteminde akrosentrik kromozomların (13, 14, 15, 21, 22) kısa kolları koyu boyanmaktadır. NOR-bantlama yönteminde bant örüntüleri sayı ve boyut açısından polimorfizm göstermektedir. İnsanda görülen ortalama NOR sayısı 4 -10 'dur. Yapılan istatistiksel değerlendirme sonucu, HSA grubu kadınlarında 21., erkeklerinde ise 22. kromozom dışında aradaki fark anlamlı bulunmadı. Sonuç olarak; seçilen denek gruplarında G-bantlamanın yanı sıra NOR ve özellikle de C-bant yapılması uygun görülmektedir. Anahtar Sözcükler: Kromozom, Polimorfizm, C-bantlama, NOR- bantlama. VIII
COL4A2 gen polimorfizmleri ile nonarteritik anterior iskemik optik nöropati arasındaki ilişki
Amaç: COL4A2 gen polimorfizmlerinin, nonarteritik iskemik optik nöropatideki (NAION) potansiyel rolünü ve NAION kaynaklı oküler patolojiler ile ilişkisini aydınlatmaktır. Ayrıca bu çalışma serebral küçük damar hastalıkları ve laküner enfarktüs ile NAION ilişkisini değerlendirerek patofizyolojiye katkıda bulunmayı hedeflemektedir. Gereç ve Yöntem: Çalışmaya 51 NAION hastası ve yaş, cinsiyet uyumlu 57 sağlıklı kontrol alındı. Katılımcılara rutin oftalmolojik muayene, optik koherens tomografi görüntülemesi gerçekleştirildi. Periferik kan örnekleri alınarak genomik DNA izole edildi. COL4A2'nin dört tek nükleotid polimorfizminin (TNP) alelleri ve genotipleri polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ile araştırıldı. Lojistik regresyon analizi kullanılarak COL4A2 ile NAION ve oküler patolojiler arasındaki ilişki değerlendirildi. Son 6 ay içinde görüntülemesi olmayan hastalara kraniyal manyetik rezonans (MR) görüntülemesi yapıldı. NAION grubunda serebral küçük damar hastalığı bulguları ve laküner enfarktüs varlığı araştırıldı. Bulgular: Çalışmada 51 NAION hastası ile 57 sağlıklı birey yer almıştır. Hasta grubunda diyabetes mellitus (DM), hipertansiyon, hiperlipidemi, kardiyovasküler hastalık öyküsü kontrol grubuna göre önemli ölçüde daha yüksek izlendi (sırasıyla p=0.002, p<0.001, p<0.001, p<0.001). Serebrovasküler hastalık ve uyku apne sendromu öyküsü açısından gruplar arası anlamlı farklılık bulunamadı. COL4A2 rs76425569 allel ve genotip frekansları, NAION vakaları ve kontroller arasında önemli farklılıklar gösterdi (p=0.003). Ortak değişkenler için düzeltme yapıldıktan sonra, rs76425569 polimorfizminin AA genotipine sahip bireylerin, GG genotipine sahip olanlara kıyasla NAION geliştirme olasılığının daha yüksek olduğu tespit edildi (OR=2.451, %95 GA 1.086-5.659, p=0.033). COL4A2 polimorfizm genotipleri ile serebral küçük damar hastalığı ve laküner enfarktüs arasında istatistiksel anlamlı farklılık bulunamadı. Rs445348 ve rs76425569 gen polimorfizm birlikteliklerinde her iki gende veya birinde A allel varlığının NAION riskini, olmayanlara göre 5.6 kat arttırdığı gösterildi (OR=5.6, %95 GA 1.212-40.181, p=0.043). Her iki gen polimorfizm bölgesinden en az birinde AA genotipi taşıyan NAION gözlerin taşımayanlara göre ganglion hücre volümü ve son görme keskinliği daha iyi idi. (sırasıyla p=0.046, p=0.012). Sonuç: NAION'lu hastalarda COL4A2 rs76425569 geninin G/A polimorfizm varlığında artış izlendi. AA genotipinin popülasyonumuzda NAION gelişiminde önemli bir risk faktörü olabileceğini düşünmekteyiz. Verilerimiz, rs76425569 ve rs445348 gen polimorfizmlerinde AA genotipi varlığının NAION riskini arttırmasına rağmen daha selim bir tabloya neden olabileceğini düşündürmektedir. Bu çalışma, COL4A2 geninin NAION patogenezinde rol oynayabileceğini gösteren ilk çalışmadır. Anahtar kelimeler: COL4A2, Nonarteritik iskemik optik nöropati, Gen polimorfizm, Laküner enfarktüs, Serebral küçük damar hastalığı
Protein ve DNA polimorfizminin saptanmasında kullanılan istatistiki yöntemler ve elektroforesiz tekniği
Doğal populasyonlarda genetik varyasyonun büyük kısmı generasyonlar boyunca korunur. DNA düzeyindeki genetik varyasyonun veya DNA polimorfizminin mekanizmasını anlayabilmek için öncellikle genetik varyasyonun ne düzeyde olduğunu belirlemek gerekmektedir. DNA polimorfizminin miktarı bir çok faktör ile belirlenebilmektedir. Bu faktörleri; mutasyon, doğal seleksiyon, populasyon büyüklüğü, populasyon yapısı ve göç şeklinde sıralamak mümkündür. Bunlar aynı zamanda populasyonlardaki genetik varasyonun kaynağıdır. Bu çalışmada, DNA polimorfizminin miktarını tahmin etmek için iki ölçüm üzerinde durulmuştur. Bu ölçümler, nükleotid çiftlerinin ortalama sayısı ve DNA dizilerinin bir örneğindeki ayrılma konumlarının sayısıdır. Nötral mutasyon random-drift hipotezi (nötral teori), bu ölçümler kullanılarak test edilir. Nötral mutasyon hipotezi, bir DNA dizisinin herhangi bir konumunda bir mutasyon meydana geliyorsa, başka bir mutasyonun, başka bir konumda tarafsız olarak meydana gelebileceğini ifade etmekte olup, mutasyonlarında bu şekilde tarafsız olduğunu varsaymaktadır. DNA polimorfizminin miktarının beklenen değeri; populasyon büyüklüğündeki değişim, populasyonun alt bölümleri içermesi ve doğal seleksiyon gibi farklı koşullar altında çalışılabilmektedir. Anahtar Kelimeler: Polimorfism, DNA Polimorfism, Nötral mutasyon
Studying the IL10 (1082 A/G) gene polymorphism and serum fetuin-A levels in patients with COVID-19 in Iraq
The recently discovered novel coronavirus, "severe acute respiratory syndrome coronavirus-2 (SARS-CoV-2)," caused coronavirus disease 2019 (COVID-19). The virus was first detected in Wuhan, China, in December 2019, and spread rapidly throughout the world before being declared a global pandemic by the World Health Organization (WHO) on March 11, 2020. In the study, we estimate the serum Fetuin-A levels and serum Interleukin-10 in patients with COVID-19. This study included a total of (100) patients with COVID-19 infection. The patients' ages ranged from 30 to 70. Between January and March 2022, these patients were admitted to Al-Shefa hospital in Kirkuk, Iraq. In addition, 50 healthy people were included as a control group in this investigation. The current results showed that IL-10 (1082 A/G) in the patient group was very statistically significant at (p-value ≤0.01) in comparison with control groups. Fetuin-A in the patient group was statistically very important at (p-value ≤0.01) in comparison with control groups. The relationship between the genotype of the IL-10 gene and Fetuin-A in the patient group was much more measurably binding than in the control groups (p-value 0.01).
Türkiye'deki melez koyun ırklarında prion geni analizi
Scrapie koyun ve keçilerde görülen merkez sinir sistemine ait hücrelerin prion moleküllerini etkileyerek ölümle sonuçlanan bir bulaşıcı süngerimsi ensefalopati hastalığıdır. Hastalığın bulaşıcı olması ve hastalık etkeninin birçok dezenfektana dirençli olması engellenmesinin güç olmasına neden olmaktadır. Koyunda PrP genindeki polimorfizmler hayvanın hastalığa olan duyarlılığını belirler. Bu amaçla Avrupa Birliği Avrupa koyun ırkları için genotipleme ve seçici üreticilik programları oluşturmuştur. Türkiye'deki koyun ırkları için genotipleme çalışmaları ise yetersiz kalmıştır.Bu tezin amacı Türkiye'de bulunan ve Türk ırklarıyla yabancı ırkların melezlenmesiyle daha birçok iyi özelliği bünyesinde barındırması amaçlanan Siyah başlı Alman-Kıvırcık, Hampshire-Merinos ve Rambouillet-Dağlıç melezlerinin değerlendirilmesi ve risk gruplarının bulunmasıdır. Bu amaçla bu melez ırkların genotipleri PCR ve sekanslama ile belirlenmiştir.Çalışmamızda bulunan polimorfik alleller ARR, ARQ, ARK, ARL, TRR, TRQ, VRR ve 9 genotip ARR/ARR, ARQ/ARQ, ARR/ARQ, ARQ/TRQ, ARQ/ARL, ARR/VRR, ARR/TRR, ARK/ARK ve ARL/ARL'dur. Ayrıca PrP geni üzerinde M112T, K113N, A116E, A116D, M173V, S173N ve V179E ek polimorfizmleri bulunmuştur. Elde edilen veriler melez ırkların yüksek değişkenlikte ve dirençlilik açısından 1. ve 2. risk grubuna (dirençli) dahil olduğunu göstermiştir. Bu çalışma araştırılan koyunların klaisk scrapieye dayanıklılığının %100 düzeyde olmadığını göstermiştir.
Meme kanserli hastalarda CYP19 geni kodon 39 trp/arg polimorfizminin ve genotip dağılımının araştırılması
Meme kanseri, meme hücrelerinin anormal çoğalma gösterdikleri genetik bir hastalıktır. Meme kanseri için risk faktörlerinin çoğu östrojen seviyesindeki artışa ya da östrojene uzun süre maruz kalma ile ilişkilidir. Östrojen biyosentezinde ve östrojenin metabolitlerine ve ürünlerine dönüşümünde rol alan polimorfik genler, sporadik meme kanseri gelişiminde önemli rol oynamaktadırlar. 15q21.2'de lokalize olmuş CYP19 geni, östrojen biyosentezinde önemli rolü olan, androjenlerin östrojenlere dönüşümünü katalizleyen, aromataz enzimini kodlar. Bu gendeki herhangi bir genetik değişiklik, aromataz aktivitesinde ve östrojen seviyesinde değişikliğe yol açabilir. CYP19 geninde meme kanseriyle ilişkili olduğu düşünülen pek çok polimorfizm araştırılmaktadır. Bu çalışma meme kanseri riski ile CYP19 geni Kodon 39 Trp/Arg polimorfizmi arasındaki ilişkiyi araştırmak üzere planlanmıştır. Çalışmamızda meme kanseri tanısı konularak ameliyat edilmiş olan hastalar deney grubunu, kanser tanısı almamış olanlar kontrol grubunu oluşturmuştur. Bu kişilerin kanlarından DNA izole edildikten sonra bir çifti C (Arg) alleli için diğer çifti T (Trp) alleli için olmak üzere 2 çift primer ile PCR gerçekleştirilmiş ve genotipleme yapılmıştır. Japon kadınlarda yapılan çalışmada varyant Arg allelinin homozigot ve heterozigot taşıyıcılarının özellikle premenapozal kadınlar arasında önemli oranda artmış meme kanseri riski sergiledikleri bildirilmiştir. Ancak çalışmamızda hem kontrol grubunda hem de hasta grubunda ve özellikle aile öyküsü olan hastalarda da TT genotipi gözlenmektedir.
PANDAS'lı hastalarda TNF-? gen polimorfizmi
PANDAS (Streptokok enfeksiyonuna bağlı olarak çocukluk çağında meydana gelen nöropsikiyatrik hastalık) nöropsikiyatride yeni tanımlanan bir hastalıktır. A grubu Beta hemolitik streptokok enfeksiyonu sonrasında gelişen otoimmünite mekanizmasıyla meydana gelmektedir. Streptokok enfeksiyonu, obsesif kompulsif bozukluğa veya tik bozukluğuna yol açmaktadır. İmmün sistemde streptokokların ürettiği M antijenlerine karşı duyarlı olan B lenfositler ilk aşamada bunları yok ederler. Duyarlı hale gelmiş T ve B lenfosit hücrelerinden bazıları kan-beyin bariyerini aşarak; moleküler mimikri ile, duyarlı konağın bazal gangliasındaki nöron hücre membranında bulunan epitoplara çapraz reaksiyon vererek bağlanır ve onların apoptoza sürüklenmesine neden olur. Hareketin koordinasyonu, dikkat ve faal bellek işlevleri gibi görevleri olan bazal gangliyon bölgesinde apoptozla meydana gelen hücre kayıpları telafi edilemez ve nöropsikiyatrik belirtiler kaçınılmazdırOtoimmün hastalıkların apoptoz mekanizmasında rol alan tümör nekroz faktör aynı zamanda önemli bir sitokin grubu olup, TNF-? geni tarafından üretilmektedir. Çalışmamızın amacı, TNF-? geninin promotor bölgesindeki -308 G/A ve -850 C/T polimorfizmlerinin PANDAS hastalığı ile ilişkisini belirlemektir. Çalışmamızda EDTA'lı tüplere alınan 3-4 cc kanların DNA izolasyonları yapıldı. Daha sonra PCR amplifikasyonu ve parça uzunluk kesim polimorfizmi (RFLP) metodu ile kesim reaksiyonu uygulandı ve PAGE (Poliakrilamid Jel Elektroforezi) ile görüntülenerek polimorfizmler saptandı. Çalışmamızın sonucunda elde ettiğimiz istatistiksel verilere göre, -308 G/A ve -850 C/T polimorfizmlerinin hastalıkla ilişkilerinin pozitif olarak anlamlı olduğu saptanmıştır.
Detection of clock genes polymorphism that associated with recurrent spontaneous abortion in Iraq population
CLOCK gene dysfunction has been associated with different abortions and often leads to function loss or mutations in this gene as many pregnant women suffer from recurrent abortions. The current study included 84 women. The samples were divided into two groups, the control group and the other women with recurrent abortions. The genetic variation of the clock gene was also identified at the sites rs6850524 and rs119325955 and the nucleotide sequence. The results of genetic variation in the two sites rs6850524 and rs11932595 in women with recurrent abortion showed that the frequency of a GG mutation is 35% higher in women with recurrent abortions compared to the excess genetic pattern in the control group by 5%. The proportion of natural genetic pattern AA was the lowest in women with recurrent abortion. As for the recurrence of alleles, the results showed that the G - intake was (92%) higher in the women than in the control group (4%). The results also showed a relationship between recurrent abortions and the genetic variation of clock gene on site rs11932595. As a result of PCR interaction shows the appearance of genetic variation of the gene in the three genetic patterns GG, AG, AA, and in different percentages. The results of antiphospholipid and cardiolipin syndromes showed that the tests were negative, within the allowable limit for the presence of antibodies for the antibody IgG and it is negative for the antibody IgM. The results of female hormones also showed that the concentration of the positive samples for progesterone was 70% and for the hormone prolactin was 90%, which were also positive.
Tip II Irak diyabetik hastalarda rs7903146 ve rs12255372 gibi transkripsiyon faktörü 7'nin rolü ve seçici biyokimyasal testler
Recent studies have related to see whether the TCF7L2 gene polymorphisms rs7903146 (C/T) and rs12255372 (G/T) are linked to the risk of developing T2DM in the Iraqi population. In this study, biochemical and genetic parameters. Real-time PCR was used to genotype the samples. In both patients and controls, the frequency of genotypes, alleles, anthropometric measurements, glycemia, and glycated hemoglobin (HbA1c) was measured. As result, The TCF7L2 SNPs rs7903146 and rs12255372 had genotyping success rates of 98.55 and 97.42 percent, respectively. For both SNPs, the allele and genotype frequencies were in Hardy-Weinberg equilibrium. Between patients and controls, the genotype and allele frequencies for (TCF7L2 SNP rs7903146) allele were not substantially different. The frequency of the (rs7903146 T) allele in the controls was 29 percent, whereas it was 28 percent in the patients (P = 0.61). The TCF7L2 SNP rs12255372 genotypic and allelic frequencies did not vary substantially between patients and controls. In controls, (rs12255372 T) allele frequency was 21%, but in patients, it was 27% (P = 0.42).
Molecular study the INF–Ɣ(+874A/T) polymorphism and some biochemicaltest in patient with breast cancer
The current work aimed to study the correlation of IFN-γ(+874A/ T) polymorphism with Breast cancer and estimate the liver functions and the renal functions. This study included a total of (80) women with breast cancer. The patients' ages ranged from 25 to 70. Between January to March 2022, these patients were admitted to Kirkuk Oncology center, Iraq (2022). In addition, (50) healthy people were included as a control group in this investigation. The results of the current study demonstrated significant differences between studied groups. Whereas, creatinine and urea level in patients was showed significant increase compare with control group. Whereas, ALT level in patients was showed non-significant (P≤0.05) increase compare with control group. While, ALP level in patients was showed significant (P≤0.05) increase compare with control group. Finally, Our results showed that patients with the IFN-γ +874 A/T AT genotype were much more likely to advance to a malignant stage, and that there was a statistically significant relationship between genotype frequency and BC. As a result, possessing the AA genotype is associated with a better prognosis for the condition.
Sistemik sklerozda Endotelin-1 düzeyi ve endotelin reseptör polimorfizminin hemodinamik ve klinik parametrelere etkilerinin araştırılması
Amaç: Skleroderma (SSc) ciltte ekstrasellüler matriks artışı, damar hasarı, immunulojik anormallikler ve fibrozisle giden sistemik bir hastalıktır. Endotelin-1 SSc etyolojisinde, hastalığın klinik bulgularının ortaya çıkmasında ve progresinde önemli bir role sahiptir. Yapılan çalışmalar yeni tedavi stratejilerinin gelişmesine neden olmuştur. Endotelin-1 düzeyi ve reseptör polimorfizmleri hastalığın kliniği ve tedavi yaklaşımını etkiliyor gözükmektedir. Çukurova Bölgesindeki skleroderma hastalarında plazma ET-1 düzeyinin hemodinamik ve klinik bulgularla ilişkisini incelemek, ET reseptör B G57S ve ET reseptör A -231G>A polimorfizmlerinin sıklığı ve bu polimorfizmlerin hemodinamik ve klinik bulguları ile olan ilişkisini araştırmakGereç ve yöntem: Skleroderma tanısı alan 43 (2/41, E/K) hasta ve 42 (0/42, E/K) sağlıklı kontrol grubu çalışmaya alındı. Plazma ET-1 düzeyine ELİSA yöntemiyle bakıldı. ET reseptör B G57S ve ET reseptör A -231G>A polimorfizmlerinin belirlenmesinde PCR-RFLP tekniği uygulandı. Kardiyak bulguları transtorasik ekokardiyografi ile değerlendirildi. 24 saatlik Holter ile nabız, sistolik ve diastolik kan basınçları ölçüldü. Akciğer bulguları solunum fonksiyon testleri ve bilgisayarlı tomografi ile değerlendirildiBulgular: Skleroderma hastalarında plazma ET-1 düzeyi 7,23±2.15 fmol/ml (ortalama±SS) iken, kontrol grubunda 4,10±1,06 fmol/ml (ortalama±SS) bulundu. Hasta grubunda kontrol grubuna göre istatitiksel olarak anlamlı oranda yüksek bulundu (p<0,001). Plazma ET-1 düzeyi ile, hemodinamik parametreler, klinik bulgular arasında korelasyon gözlenmedi. Hasta ve kontrol grubunda 24 saatlik Holter ile ölçülen nabız, sistolik ve diastolik kan basıncı arasında istatistiksel olarak anlamlı bir fark bulunmadı. Hasta ve kontrol grubunda ET reseptör A -231G>A polimorfizmleri arasında istatistiksel olarak anlamlı fark bulundu (5/43, 0/42) (p=0,023). ET reseptör A -231G>A polimorfizmleri ile plazma ET-1 düzeyi, hemodinamik parametreler, klinik bulgular arasında korelasyon gözlenmedi. Hasta ve kontrol grubunda ET reseptör B G57S polimorfizmi gözlenmediSonuç: Skleroderma hasta grubunda kontrol grubuna göre plazma ET-1 düzeyi ve ET reseptör A -231G>A polimorfizmleri arasında istatistiksel olarak anlamlı fark bulundu. Plazma ET-1 düzeyi ve ET reseptör A -231G>A polimorfizmlerinin hemodinamik ve klinik bulgularla ilişkisi saptanmadı. ET reseptör polimorfizmleri ile hastalık bulguları arasında ilişki gösterilememesine karşın, daha geniş hasta populasyonu ile çok merkezli çalışmalara ihtiyaç olduğu düşünüldü.Anahtar Kelimeler:Skleroderma, endotelin-1, endotelin reseptör A -231G>A polimorfizmi, endotelin reseptör B G57S polimorfizmi, Holter, ekokardiyografi, kan basıncı, pulmoner arter basıncı
Östrojen reseptör alfa geni Xba I ve Pvu II polimorfizmlerinin postmenopozal osteoporozlu hastalarda incelenmesi
Östrojen Reseptör Alfa Geni Xba I ve Pvu II Polimorfizmlerinin Postmenopozal Osteoporozlu Hastalarda İncelenmesi Osteoporoz, kemik mineral yoğunluğunun (KMY) azalması ve kemik dokunun mikromimari yapısının bozulması ile karakterize multifaktöriyel bir hastalıktır. Kemik mineral yoğunluğunu etkileyen birçok çevresel faktör, genetik yapı ve osteoporoz patogenezi arasındaki ilişki incelenmiş ve birçok aday genin varlığı rapor edilmiştir. Ancak bu genlerin kemik kütlesi üzerine olan etkisi ile birbirleri ve çevresel etkenlerle olan etkileşimleri halen net değildir.Bu çalışmada, 107 postmenopozal kemik mineral yoğunluğu açısından 73 normal ve 34 osteoporotik kadında osteoporozla ilgili kriterler, lomber omurga ve femur boynu KMY değerleri ile ER? geni XbaI, PvuII polimorfizmleri arasındaki ilişki araştırılmıştır. Ayrıca çalışmamızda bu polimorfizmlere ait genotip ve allel frekanslarının normal ve osteoporotik olgulardaki dağılımı incelenmiştir.Çalışma sonuçlarımıza göre osteoporotik ve normal kadınlar genotip ve haplotip frekansları bakımından karşılaştırıldığında anlamlı bir fark belirlenememiştir. ER? geni, Xba I polimorfizmi bakımından osteoporotik bireylerde; xx genotipine sahip olguların neck BMD değeri, Xx genotipine sahip bireylerden daha yüksek olduğu saptanmış (p=0,05) (XX genotipine rastlanmamıştır), Pvu II polimorfizmi ile neck ve lomber KMY arasında ise bir ilişki saptanamamıştır. Kontrollerde Xba I ve Pvu II polimorfizmleri ile neck ve lomber KMY arasında bir ilişki bulunamamıştır. Xba I polimorfizminde kontrollerde minor allel X alleli (G nükleotiti) (MAF=0,457) iken hastalarda ?x? alleli (A nükleotiti) (MAF=0,467) olmuş, Pvu II polimorfizminde kontrolde minor allel ?P? (C nükleotiti) (MAF=0,485) iken hastalarda minor allel ?p? alleli (T nükleotiti) (MAF=0,418) olmuştur. Xba I polimorfizmi genotipleri bakımından hasta ve kontroller arasındaki fark anlamlı olmasa bile, yüksek KMY değeri ile ilişkili olan ?x? allelinin hastalarda düşük kontrollerde yüksek olmasının önemli olduğu düşünülmüştür. PP, Pp ve pp genotipleri arasında kontrol grubunda önemli bir fark yok iken, hasta bireylerde pp genotipine sahip olan bireylerde anlamlı oranda aile osteoporoz öyküsünün daha az olduğu saptanmıştır (p=0,037). Hasta grubunda; Xxpp genotipine sahip olan bireylerden, günde 15 dakika ve üzeri güneşe maruz kalanların, gün içinde hiç güneşe maruz kalmayanlara göre lomber KMY değerlerinin yüksek olduğu saptanmıştır (p=0,008), kontrol grubunda ise bir fark bulunmamıştır.Osteoporozla ilgili incelenen diğer kriterlerin hiçbirisi ile XbaI, PvuII polimorfizmleri arasında ilişki bulunamamıştır.Anahtar Sözcükler: Osteoporoz, Östrojen Reseptör Alfa Geni (ESR alfa), Xba I, PvuII
Kronik hepatit C enfeksiyonunda mannoz bağlayan lektin düzeylerinin ve mannoz bağlayan lektin polimorfizmlerinin tedavi cevabına etkisi
Amaç: Hepatit C virüsü kronik karaciğer hastalığının en sık nedenidir. Dünyada yaklaşık 170 milyon kişinin hepatit C virüsü ile enfekte olduğu tahmin edilmektedir. Hepatit C enfeksiyonunun doğal seyir ve klinik gidişi virüs ve konağın immün cevabının etkileşimi ile ilişkilidir. Bağışıklık sisteminin önemli bir öğesi olan mannoz bağlayan lektin genetik polimorfizme sahiptir ve belirli genotiplere sahip bireylerin daha ciddi ve uzun süreli enfeksiyonlara yatkınlığı bilinmektedir. Mannoz bağlayan lektinin hepatit C virüsü enfeksiyonundaki rolü mannoz bağlayan lektin seviyeleri ve polimorfizmlerinin hastalık seyiri ve tedavi cevabını inceleyen az sayıda çalışmada gösterilmiştir. Biz bu çalışmada mannoz bağlayıcı lektin düzeyi ve mannoz bağlayan lektin geni polimorfizmleri ile tedavi cevabı arasındaki ilişkiyi ortaya koymayı amaçladık.Gereç ve Yöntem: Bu çalışmada kronik hepatit C hastaları ve kontrol grubunda serum mannoz bağlayan lektin düzeyleri ELİSA yöntemi ölçüldü ve kodon 54 mutasyon varlığı PCR-RFLP tekniği ile araştırıldı. Çalışmaya pegile interferon ve ribavirin kombinasyonu ile tedavi edilmiş 50 kronik hepatit C hastası ve 75 sağlıklı kontrol alındı.Bulgular: Kodon 54 mutasyonu hepatit C hastalarında kontrol grubuna oranla daha sıktı fakat aralarındaki fark istatistiksel olarak anlamlı değildi. Hasta ve kontrol gruplarında kodon 54 mutasyonu olanlarda serum mannoz bağlayan lektin düzeyleri belirgin olarak düşük bulundu. Hepatit C hastalarında mannoz bağlayan lektin düzeyi kontrol grubuna göre daha düşük olmakla birlikte iki grup arasında istatistiksel olarak anlamlı fark saptanmadı. Ayrıca tedavi yanıtı saptanan ve saptanmayan hastalarda serum mannoz bağlayıcı serum düzeyleri ve mutasyon sıklığı oranları benzerdi.Sonuç: Düşük mannoz bağlayan lektin düzeyleri hepatit C enfeksiyonuna duyarlılığı artırmamaktadır ve mannoz bağlayan lektin düzeyinin hastalığın seyiri ve tedavi cevabı üzerine belirgin bir etkisi saptanmamış olmakla birlikte daha net sonuçlar ortaya koyabilmak için daha geniş hasta gruplarını içeren çalışmalara ihtiyaç vardır.