Anaerobik bakterilerin tanımlanmasında matriks aracılı lazer dezorpsiyon iyonizasyon uçuş zamanı kütle spektrometrisinin (maldi-tof MS) değerlendirilmesi

GİRİŞ VE AMAÇ: Bu çalışmada MALDI-TOF MS yöntemi kullanılarak hem koloniden hem de kan kültürü şişesinden direkt anaerop bakterilerin identifikasyonunun konvansiyonel ve otomatize ticari yöntemlerle karşılaştırılarak araştırılması amaçlanmıştır. GEREÇ VE YÖNTEM: Çalışmada 67 klinik izolat ve 2 standart suş incelenmiştir. Konvansiyonel yöntemler, Vitek 2 identifikasyon sistemi, üremiş kolonilerden ve direkt olarak kan kültür şişelerinden MALDI-TOF MS ile tanımlanmaları test edilmiştir. MALDI-TOF MS yöntemiyle direkt olarak kan kültürü şişelerinden tarafımızdan optimize edilen yöntemle bakteriler tanımlanmıştır. Bu yöntemde birkaç santrifüj ve ekstraksiyon işleminden sonra elde edilen süpernatant kısımdan alınan örnek MALDI-TOF MS cihazında okutulmuştur. BULGULAR: Toplam 69 anaerop bakteriden konvansiyonel yöntemlerle 6'sı (%8,7) tür düzeyinde, 49'u (%71) cins düzeyinde; Vitek 2 sistemiyle 36'sı (%52,1) tür düzeyinde, 54'ü (%78,2) ise cins düzeyinde; MALDI-TOF MS kullanılarak koloniden yapılan işlemle bakterilerin tamamı (%100) tür düzeyinde; MALDI-TOF MS kullanılarak direkt kan kültürü şişesinden 43'ü (%62,3) tür düzeyinde, 47'si (%68,1) cins düzeyinde doğru olarak tanımlanmışlardır. SONUÇ: Bu çalışmada MALDI-TOF MS yönteminin anaerop bakterilerin gerek koloniden gerekse de kan kültür şişesinden direkt olarak identifikasyonunda büyük başarıyla kullanılabileceği ve sonuç verme süresini oldukça kısalttığı tespit edilmiştir. Elde edilen sonuçlar, daha yüksek oranda gram negatif anaerop bakterilerde olmak üzere, konvansiyonel ve otomatize ticari yöntemlerle büyük ölçüde uyumludur. Ancak yöntem henüz tüm laboratuvarlarda kullanılabilecek şekilde standardize edilememiştir. Bu konuda daha detaylı ve kapsamlı çalışmalara ihtiyaç vardır.