Theses supervised by Prof. Dr. Mustafa Altındiş
20 theses · Afyon Kocatepe University, Sakarya University
Klinik örneklerden izole edilen streptococcus pneumoniae suşlarında antibiyogram direnci ve izolatların serotiplendirilmesi
.
Seftazidim dirençli Pseudomonas aeruginosa izolatlarında Beta laktamazların moleküler epidemiyolojisi
Pseudomonas aureginosa doğada çok yaygın olarak bulunur ve organik materyalin yeniden düzenlenmesinde, önemli rol oynar. Çoğu türler bitki ve hayvanlar için patojendir. P.aeruginosa fırsatçı patojen enfeksiyonlara neden olmaktadır. Sağlıklı kişilerde nadiren hastalığa sebep olur. Sağlıklı bireylerde perine, dış kulak yolu, aksilla, alt gastrointestinal sistem gibi nemli alanlarda kolonize olabilir. Mekanik ventilasyon altındaki erişkinler veya nötropenik hastalar, özellikle geniş spektrumlu antibiyotik tedavisi sırasında veya sonrasında P.aeruginosa?ya bağlı ventilatör kaynaklı veya diğer pnömoniler açısından büyük risk altındadırlar. Bu çalışmada, Afyon Kocatepe Üniversitesi Tıp Fakültesi hastanesinde yatmakta olan hastalardan izole edilen P.aeruginosa suşlarının antibiyotik duyarlılıklarının tespit edilmesi, PER, GES, KPC, VIM, IMP ve OXA gibi direnç enzimlerinin fenotipik ve genotipik olarak saptanması amaçlanmıştır. Çalışmaya alınan 195 P.aeruginosa örneğinin antibiyotik direnç oranları seftazidime %100, gentamisine %11,8, tobramisine %6,2, piperasilin %44,1, amikasine %8,7, aztroenama %60,5, sefepime %50,2, siprofloksasine %26,2, levofloksasine %31,3, imipeneme %48,2, meropeneme %47,2, tazobaktam-piperasiline %90,8 ve ofloksasine %47,2 şekilnde tespit edilmiştir. Çift disk indüksiyon yöntemi ile 195 suştan 174?inde indüklenebilir beta laktamaz tespit edilmiştir. Çift disk sinerji yöntemi ile taranan 195 örneğin 60?ında GSBL pozitifliği saptanmıştır. 52 suşta MBL E test ile metallo beta laktamaz enzimi fenotipik olarak tespit edilmiştir. Moleküler çalışmalar ve dizi analizlari sonucunda 5 izolatta OXA-10, 4 izolatta OXA-14, 4 izolatta VIM-2, 2 izolatta IMP-1, 26 izolotta GES-1 ve 87 izolatta ABC transporter permease geni saptanmıştır. PER ve KPC enzimlerine rastlanmamıştır. Antibiyotik direnci tüm dünyada olduğu gibi ülkemizde de ciddi bir sağlık sorunudur. Bu nedenle antibiyotik direnç mekanizmaları bilinmeli ve direnç gelişimi önlenmelidir. Beta laktamazların ve bu beta laktamazları kodlayan genleri taşıyan kökenlerin saptanması enfeksiyon hastalıklarının tedavisinde kullanılacak antibiyotiklerin seçiminde, tedavinin takibinde, enfeksiyon hastalıklarının önlenmesinde ve enfeksiyon kontrol programlarının geliştirilmesinde yol gösterici olacaktır.
Di̇yali̇z hastalarinda occult hepati̇t c'ni̇n araştirilmasi
7. ÖZET DİYALİZ HASTALARINDA OCCULT HEPATİT C'NİN ARAŞTIRILMASI Occult C Hepatit (OCH) karaciğer enzimleri yüksek veya normal olan, serumda anti-HCV ve serumda HCV RNA negatif saptanan hastalarda Periferik Kan Mononükleer Hücrelerde (PKMNH) HCV RNA'nın pozitif bulunması olarak tanımlanmaktadır. Bu çalışmada hemodiyaliz hastalarında OCH sıklığının araştırılması amaçlanmıştır. Çalışmaya rutin olarak hemodiyalize giren 18 yaşın üzerindeki kronik böbrek yetmezliği olan 60 hasta alınmıştır. Hastaların demografik verileri, HCV için olası bulaş yolları, hemodiyaliz süresi, karaciğer fonksiyon testleri, hepatit göstergeleri ile serumda ve PKMNH'de HCV RNA araştırılmıştır. Hepatit göstergeleri Enzyme İmmunoassay (EIA) (VITROS) yöntemi ile serum ve PKMNH'de HCV RNA ise Real Time PCR yöntemi (TaqMan 48, Roche) ile araştırılmıştır. PCR testinin ölçüm aralığı 15-1.7x108 IU/mL, hassasiyeti ise 15 IU/mL'dir. Hastaların yaş ortalaması 62.75±12.36 yıl, %60'ı erkek olup ortalama diyaliz süresi 8.41±3.99 (1-19) yıl olarak hesaplanmıştır. Çalşmaya alınan ALT değeri yüksek ya da normal, anti HCV'si negatif olgularda serumlarında ve PKMNH'de PCR yöntemi ile HCV RNA araştırılmış ve occult Hepatit C olgusuna rastlanmamıştır. Hemodiyaliz hastalarında HCV enfeksiyonunun sessiz seyretmesi hastalığın ilerlemesi ve virusun bulaşı açısından önemli bir risk oluşturur. PKMNH'de HCV RNA araştırılması occult enfeksiyonu saptamaya yardımcı olacak noninvaziv bir yöntemdir. Anahtar kelimeler: Diyaliz, Occult HCV , periferik kan mononükleer hücreleri.
Epstein barr virüs rekombinant proteinleri EBNA1 ve LMP1'in INS1-E (832/13) beta hücre kültüründe endoplasmik retikulum (ER) stres markırları, apoptoz ve hücre proliferasyonu üzerine etkisi
Diyabet prevalansı ve insidansı günümüz dünyasında her geçen gün artmakta olan bir sağlık sorunudur. Diyabetin humoral ve dokusal bulguları zengin olmasına rağmen komplikasyonlarının oldukça fazla olması diyabet tanı ve tedavisini önemli kılmaktadır. Bugün içerisinde diyabetinde sayıldığı bir çok hastalığın Endoplasmik Reticulum (ER) stresi ile indüklenen apoptozisle alakalı olduğu kanısı hakimdir. Nitekim yapılan çalışmalarda pankreatik beta hücrelerinde ER organelinin protein alım ve katlama kapasitesi arasındaki dengesizlikten doğan ER stresi ile indüklenen apoptozisin diyabete neden olduğu vurgulanmaktadır. Epstein-Barr Virüs(EBV); Lenfokriptovirüs bir virus olup, bu tür viruslerin genel olarak B lenfositlerde latent enfeksiyon yaptıkları dönemlerde hücre proliferasyonuna ve transformasyon sürecine katkıda bulundukları bilinmektedir. EBV'nin proliferatif etkinliği iki mediatör protein aracılığıyla(Epstein Bar Nuclear Antigen1-EBNA1 ve Latent Membrane Protein1-LMP1) gerçekleşmektedir. Tip 2 diyabet hastalarında uzun süren anti diyabetik tedaviler esnasında, pankreatik hücre kayıpları ve pankreatik kütlenin azalması sonucu eksojen insülin kullanımına geçilmektedir. Bu çalışmada pankreatik hücre kayıplarının rekombinant viral EBV protenleri uygulanarak tersine çevirmenin araştırılması amaçlanmıştır. Yanı sıra ilgili proteinlerin DNA hasarı, ER Stresi üzerine etkileri ve insülin sentez-salınımına nasıl katkıda bulunabilecekleri de araştırılmıştır. Bu amaçlar doğrultusunda ticari olarak elde edilen rekombinant EBNA1 ve LMP1 proteinlerinin Lethal Doz 50 çalışması sonrası her iki proteinin 0,1 ppm ve 0,5 ppm'lik dozlarının çalışma için kullanılmasına karar verilmiştir. Bu proteinlerin belirtilen dozları uygulandıktan sonra proliferasyonun bu durumdan ne derece etkilendiğinin tespit edilebilmesi için proliferasyondan sorumlu oldukları bilinen genlerin mRNA ekspresyon düzeyleri araştırılmıştır. Diğer taraftan DNA hasarı için Comet Assay ve ER stres için ilgili genlerin mRNA ekspresyon düzeyleri de test edilmiştir. RT-PCR çalışmaları neticesinde ER stres markerları olan AFT4, ATF6, PERK, GRP78 ve CHOP genlerinin mRNA ekspresyon düzeylerinde thapsigargin grubunda DMSO Kontrol grubuna göre sırasıyla; 10,62 kat, 19 kat, 15,03 kat, 6,63 kat ve 8,05 kat artışlar saptanmıştır. ER stres markerı olan genlerdeki bu yükselişin çalışmada kullanılan ilgili proteinler vasıtasıyla baskılandığı da belirlenmiştir. Çalışmada sonuç olarak; EBV rekombinant proteinleri LMP1 ve EBNA1'in proliferasyondan sorumlu genlerin ekspresyon düzeylerini artırdığı aynı zamanda ER stres markerı genlerin ekspresyon düzeylerini baskılayarak da ER stresinin neden olduğu beta hücre kayıplarının tersine döndürülmesinde avantaj sağlayabileceği ve bu bakımdan daha üst düzey çalışmalar ile desteklendiği takdirde antidiyabetik tedavilerde viroterapik ajanlar olarak kullanılabilmesinin yolunun açılması potansiyeli bulunduğu sonucuna varılmıştır.
Karbapenem dirençli enterik bakterilere yeni antibiyotiklerin in vitro etkinliği
GİRİŞ VE AMAÇ: Karbapenem dirençli Enterobacterales tedavisinde yeni ve etkili antibiyotiklere ihtiyaç duyulmaktadır. Bu çalışmada yeni bir siderofor sefalosporin olan sefiderokolün Klebsiella pneumoniae (K.pneumoniae) ve Escherichia coli (E.coli) suşlarına in vitro etkinliği araştırılmıştır. GEREÇ VE YÖNTEM: Daha önce klinik örneklerden izole edilmiş, Karbapenemazlardan OXA-48, NMD, KPC, VIM, IMP, (genişlemiş spektrumlu beta laktamaz (GSBL)'lardan CTX-M-1, CTX-M2, CTX-M9, CTX-M8/25, TEM, SHV, OXA-1-benzeri, PER, VEB, GES ve AmpC'lerden FOX, MOX, DHA, CIT, EBC, DHA enzimlerinin varlığı multipleks ve monopleks PZR temelli yöntemlerle, efluks-aracılı direnç ise karbonil siyanid m-klorofenil hidrazon (CCCP) yöntemiyle fenotipik olarak araştırılmıs, 50 E. coli ve 50 K. pneumoniae izolatı ve Gene-Xpert yapılarak karbapenem direnç genlerine (VIM, NDM, OXA-48, KPC, IMP) bakılmış ve boncuklu besiyerinde saklanmış 21 K. pneumoniae olmak üzere toplamda 121 suş çalışmaya dahil edilmiştir. Sefiderokol antimikrobiyal duyarlılık testinin sınuçları, EUCAST kılavuzuna göre değerlendirilmiştir. Antimikrobiyal duyarlılık testinin gerçekleştirildiği demir uzaklaştırılmış katyon ayarlı Mueller Hinton Broth besiyeri, CLSI önerileri doğrultusunda şelatlayıcı reçine ile manyetik karıştırıcıda 6 saat inkübe edilerek hazırlanmıştır. BULGULAR: Tüm izolatlarda karbapenemaz genleri mevcuttur. Çalışmaya dahil edilen toplam 121 izolatın 51'inde (% 42) sefiderokole direnç belirlenmiş olup karbapenem dirençli (KD) E. coli izolatlarının 25'i (% 50), KD K. pneumoniae izolatlarının ise 26'sı (% 36,61) sefiderokole dirençli bulunmuştur. Sefiderokol direnci E. coli izolatlarında K. pneumoniae izolatlarına göre daha yüksek saptanmıştır. SONUÇ: Sefiderokol, K. pneumoniae ve E. coli'ye tüm suşlar için toplamda % 57 (121/70) oranında etkilidir. Ancak CLSI kılavuzuna göre değerlendirildiğinde bu oran % 74'e yükselmektedir. Çalışmamızda bulunan suşlar birçok β- laktamaz genini de birlikte taşımaktadır. Bu nedenle KD suşların neden olduğu ciddi enfeksiyon durumlarında sefiderokolün önemli bir antimikrobiyal tedavi olabileceği yorumu yapılmıştır. Anahtar Kelimeler: Sefiderokol, K. pneumoniae, E. coli, Antibiyotik direnci, Siderofor
HBsAg pozitif kan donörlerinde hepatit delta varlığının değerlendirilmesi
İtalyan b3l3m 3nsanı Mar3a R3zzetto ve ek3b3 tarafından 1970'ler3n ortalarında keşfed3lm3ş olan Hepat3t Delta v3rüsü (HDV), 3nsanlara parenteral yolla bulaşan, Hepat3t B v3rüsü (HBV) varlığında Hepat3t B yüzey ant3jen3n3 (HBsAg) kullanarak karac3ğer hücreler3 3çer3s3nde çoğalab3len ve enfeks3yona neden olab3len küçük ve defekt3f b3r r3bonükle3k as3t (RNA) v3rüsüdür. İnsanlarda var olan HBV enfeks3yonu sonrası süperenfeks3yon veya HBV 3le aynı anda koenfeks3yon yaparak hastalık oluşmasına katkı sağlayab3l3r veya HBV'n3n oluşturduğu karac3ğer hasarını daha da ş3ddetlend3reb3l3r. Yapılmış olan bu çalışmada HBV varlığı HBsAg saptanması sonucu göster3lm3ş kan bağışçılarınının kanlarında HDV'n3n b3r bel3rtec3 olan Ant3-HDV'n3n taranması ve bu 3k3 v3rüsün b3rl3ktel3ğ3n3n araştırılması amaçlanmıştır. Çalışmaya Ş3şl3 Ham3d3ye Etfal Eğ3t3m ve Araştırma Hastanes3 Kan Merkez3'ne kan bağışı yapmış donörler arasından HBsAg poz3t3fl3ğ3 saptanmış olan 88 bağışçının kan örneğ3 dah3l ed3lm3ş ve yarışmacı ELISA prens3pl3 t3car3 test k3t3 3le Ant3-HDV taraması yapılmıştır. Ant3-HDV S/Co değer3 şüphel3 çıkan k3ş3lerde 3se doğrulama amaçlı olarak reverse transkr3ptaz pol3meraz z3nc3r tepk3mes3 (RT PCR) metoduyla HDV RNA araştırılmıştır. Uygulanan tarama test3 sonucu tüm kan örnekler3nde Ant3-HDV nonreakt 3f (negat3f) olarak saptanmıştır. Bu test sonrasında sonucu negat3f olarak yorumlansa da okuma değer3 poz3t3fl3k sınırına yaklaşmış olan değerler şüphel3 olarak kabul ed3lm3ş ve HDV RNA test3yle doğrulama 3şlem3ne tab3 tutulmuştur, fakat bu doğrulama test3nde de tüm örneklerden negat3f sonuç alınmıştır. Bu çalışmaya dah3l ed3len örneklerde tüm sonuçlar negat3f bulunsa da HDV'n3n kanla bulaşab3len b3r etken olduğunun göz önüne alınması ve özell3kle HBV poz3t3fl3ğ3 bulunmuş k3ş3lerde HDV taramasının da yapılmasının ülkem3zde endem3k b3r hastalık olan HDV'n3n seroprevalansında öneml3 b3r etk3s3 olacağı düşünülmekted3r. Anahtar Kelimeler: Hepatit B, Hepatit Delta, Kan Bankacılığı, Viral Hepatit
Karbapenemaz üreten klebsıella spp. suşlarında oxa-48-lıke genlerinin araştırılması
GİRİŞ VE AMAÇ: Son yıllarda karbapeneme dirençli Enterobacteriaceae izolatlarının dünya genelinde giderek arttığı bilinmektedir. Bu çalışmanın amacı, OXA-48 benzeri karbapenemaz üreten Klebsiella pneumoniae izolatlarında OXA-232, OXA-181, OXA-162, OXA-204, OXA-244, OXA-163, OXA-245 gen bölgelerini tespit etmektir. GEREÇ VE YÖNTEM: Çalışmamız için kullanılan izolatlar, SEAH Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarı kültür koleksiyonundan alınmıştır. İdentifikasyon ve antibiyotik duyarlılık analizleri VITEK 2 otomatize sistemi ile değerlendirilmiştir. Karbapeneme dirençli olan izolatların karbapenemaz üretimleri Modifiye Hodge Testi ile saptanmıştır. Her bir suşa ait MİK (Minimum İnhibitör Konsantrasyonu) değerleri sıvı mikrodilüsyon yöntemi ile belirlenmiştir. Daha sonra bu izolatlardan, Real time PCR (qPCR) yöntemi ile OXA-48 gen bölgesini içerenler tespit edilmiştir. Sonrasında High Resolution Melting Analysis (HRMA) yöntemi ile OXA-48 varyantları olduğundan şüphelenilen suşlar hangi varyant olduğunu tespit etmek için Sanger dizi analizi yöntemi ile irdelenmiştir. BULGULAR: Karbapenemaz üreten K. pneumoniae suşlarında imipenem için VITEK 2 ve mikrodilüsyon yöntemi arasında %82, meropenem için %77, ertapenem için %90 uyum saptanmıştır. qPCR yöntemi ile 100 K. pneumoniae suşunun 45 tanesinde OXA-48 gen bölgesi pozitif olarak tespit edilmiştir. OXA-48 varyantlarını belirlemek için PCR ile pozitif bulunan 45 suş HRMA metodu ile yorumlanmıştır. Sonrasında dizi analizi ile 41 suşun OXA-48/OXA-245 gen bölgelerini içerdiği, 2 suşun OXA-181 ve 2 suşun da OXA-244 gen bölgelerini içerdiği tespit edilmiştir. SONUÇ: Çalışmamız sonucunda OXA-48 pozitifliği %45 olarak bulunmuştur. Bu suşların da %4.4'ünün OXA-181, %4.4'ünün de OXA-244 bölgelerini içerdiği bulunmuştur. Ülkemizde OXA-48 varyantlarının geniş kapsamlı olarak irdelendiği ilk çalışma olması, epidemiyolojik çalışmalara katkı sağlaması, karbapenemaz tespiti ile ilgili yerli tanı kitlerinin yapımına zemin oluşturması, kliniklere doğru ve etkin sonuçların iletilmesi nedeniyle çalışmamız önem arz etmektedir.
Karbapenemaz üreten enterobacterıaceae kökenlerinde çeşitli antibiyotik kombinasyonlarının in vitro etkinliklerinin araştırılması
Giriş ve Amaç: Karbapenemaz üreten Enterobacteriaceae kökenleri, karbapenem dirençli ve mortalitesi yüksek enfeksiyonlara neden olmakta ve her geçen gün bu bildirimlerin sayısı artmaktadır. Yeni antibiyotik çalışmalarının istenilen etkinlikte olmaması ve karbapenem gibi son seçenek ilaçlara karşı direnç gelişimi tedavideki alternatifleri oldukça daraltmıştır. Öyle ki endikasyon ve toksisite endişesi ile sık kullanılmayan tedavi rejimleri gündeme gelmiştir. Çalışmamızda, karbapenemaz üreten Enterobacteriaceae suşlarında etkili olabilecek antibiyotikler ve kombinasyonlarının in vitro etkinliği araştırılarak, tedavideki bu çıkmazlar için yol gösterici verilerin eldesi amaçlanmıştır. Bu doğrultuda karbapenemaz üreten Klebsiella pneumoniae suşlarında; aztreonam, avibaktam, apramisin, seftolozan/ tazobaktam ve kolistin gibi antibiyotikler ile bunların bazı kombinasyonlarının in vitro etkinliği araştırılmıştır. Gereç ve Yöntem: Sakarya Üniversitesi Eğitim ve Araştırma Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarı'nda yapılan rektal sürüntü tarama kültürlerinden ve çeşitli klinik örneklerden izole edilen suşlar içerisinden karbapenem dirençli olup karbapenemaz ürettiği saptanan ve yaygın ilaca dirençli olan Enterobacteriaceae ailesine ait 38 K. pneumoniae suşu çalışmaya dahil edildi. Bakteri tanımlama ve antibiyotik duyarlılık çalışmaları VITEK 2® (bioMerieux, Fransa) otomatize sistemi ve broth mikrodilusyon yöntemi ile yapıldı. Karbapenemaz üretimi, fenotipik olarak Modifiye Hodge Testi ile genotipik olarak da real-time Polimeraz Zincir Reaksiyonu yöntemi (Gene Xpert Carba-R kiti, Cepheid, ABD) ile belirlendi. Suşların tümünde aztreonam+avibaktam kombinasyonu ve kolistin dirençli 26 suşta ise kolistin/apramisin kombinasyonu checkerboard yöntemi ile çalışıldı. Seftolozan/tazobaktam kombinasyonunun etkinliği gradiyent strip test (Liofilchem®, İtalya) ile belirlendi. Bulgular: Aztreonam ve avibaktam, tek başlarına tüm suşlarda yüksek MİK değerlerine sahip olup, tüm suşlar aztreonama dirençli saptandı. Buna rağmen aztreonam-avibaktam kombinasyonunun tüm suşlarda sinerjik etkinliğinin olduğu belirlendi. Aynı zamanda aztreonamın kombinasyon MİK değerlerinin EUCAST sınır değerine göre %94.7 oranda duyarlılık sınır aralığında olduğu gözlendi. Seftolozan/tazobaktam kombinasyonuna karşı sadece 2 suş duyarlı iken 36 suş dirençli bulundu. Apramisin tek başına, suşların 30/38'unda (%79) etkili iken 8 suş (%21) dirençli bulundu. Kolistin dirençli 26 suşun Checkerboard yöntemi ile yapılan sinerji çalışmasında kolistin ve apramisin kombinasyonu, suşların 4'ünde sinerjik (%15.3), 8'inde antagonist (%30.7), 14'ünde ise aditif (%54) etkili olarak tespit edildi. Sonuç: Aztreonam-avibaktam kombinasyonunun, metallo-beta-laktamaz da dahil olmak üzere karbapenemaz üreten K. pneumoniae suşlarında in vitro sinerjik etkinliğinin yüksek ve tedavide oldukça umut vaadedici olduğu görülmüştür. Kolistin dirençli suşlarda denenen kolistin/apramisin kombinasyonunun sinerjik etkinliği düşük bulundu. Buna rağmen apramisinin tek başına bu suşlarda düşük MİK değerlerine sahip olması, klinik araştırmalar ve tedavi için potansiyel oluşturmaktadır. Bu ilaçlar, kısıtlı tedavi seçeneklerine sahip olduğumuz karbapenenemaz üreten Enterobacteriaceae suşlarında yeni tedavi seçenekleri olabilir. Anahtar Kelimeler: Karbapenemaz üreten Enterobacteriaceae, Klebsiella pneumoniae, aztreonam-avibaktam, seftolozan/tazobaktam, apramisin, kolistin
Rosacea hastalarında bağırsak mikrobiyomunun metagenomik DNA profili
Giriş ve Amaç: Yeni nesil sekans analiz sistemlerinin kullanıma girmesi ile bağırsak mikrobiyomunun hemen hemen tamanını tespit etme olanağı sağlandığı için, mikrobiyomun öneminin daha iyi anlaşılmasına olanak sağlanmıştır. Yapılan çalışmalarda bağırsak mikrobiyomu diyabet, hipertansiyon, depresyon gibi birçok hastalıkla ilişkilendirilmektedir. Aynı şekilde diğer vücut bölgeleri için de kullanılan bu ileri teknoloji akne vulgaris, sedef hastalığı ve atopik dermatit gibi bazı dermatolojik hastalıkların patogenezini ortaya koymak için de kullanılmıştır. Dermatolojik hastalık mekanizmaları sadece deri mikrobiyomundan değil, aynı zamanda bağırsak mikrobiyomundan da etkilenmektedir. Kronik inflamatuar bir dermatoz olan rosacea hastalığının patofizyolojisi tam olarak aydınlatılamamış olup, tanısı klinik olarak konulabilmektedir. Bu çalışmanın amacı; rosacea hastalığı ile bağırsak mikrobiyomu arasındaki ilişkileri belirleyerek rosacea patogenezine ışık tutmak, yeni tanı ve tedavi yaklaşımlarına yardımcı olmaktır. Gereç ve Yöntem: Bilinen bir sistemik ve / veya dermatolojik hastalığı olmayan, 18-49 yaş aralığında olan, en az 4 hafta ve daha kısa süre antibiyotik, proton pompası inhibitörü ve / veya probiyotik, prebiyotik kullanmamış olan 20 rosacea tanılı gönüllü hasta ve aynı şartları taşıyan 10 sağlıklı gönüllü bu çalışmaya dahil edilmiştir. Gönllülere ilaç kullanımı dışında beslenme alışkanlıkları, sigara, alkol kullanımı sorularını kapsayan mini bir anket uygulanmıştır. Hastalardan steril olan numune kapları ile, taze gaita örneği hastane şartlarında alınmıştır. Tüm örneklerde Bristol dışkı skorlaması yapılmıştır. Toplanan gaita örneklerinden indikatör şeritleri ile (Merck, NJ, ABD) pH ölçümleri sonrası hasta ve kontrol grubundan alınan yaklaşık 1gram gaita örnekleri, stabilizasyon tamponuna (DNA/RNA Shield™ Collection Tube, Zymo Research, CA, ABD) konularak -20°C'de birkaç gün saklanmıştır. Daha sonra nükleik asit izolasyonu (ZymoBIOMICS DNA Mini kiti, Zymo Research, CA, ABD) yapılmıştır. Bakteriyel 16S ribozomal RNA (rRNA) geni hedef dizilemesi, universal bakteri 16S primerleri 16S rRNA geninin V3-V4 bölgesini hedefleyen 341f (CCTACGGGNGGCWGCAG) ve 805r (GACTACHVGGGTATCTAATCC) kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Final kütüphane Illumina MiSeq ile oluşturulmuştur. Uygun amplikon dizi tanımları ve düzenlemeleri yapılarak takson ve numunelerin hiyerarşik kümelenmesiyle taksonomik haritalar hazırlanmıştır. Biyoinformatik işlemlerden sonra istatistiksel analizler yapılmıştır (LefSe). Varsayılan ayarlarla (p < 0.05 ve LDA etki boyutu > 2) gruplar arasında önemli farklılık gösteren taksonlar belirlenmiştir. Bulgular: Rosacea tanılı hastaların, kontrol grubu olan sağlıklı gönüllülere göre gaita pH ortalamaları ve Bristol skorları daha yüksek bulunmuştur. 16S rRNA sekans analizleri sonuçlarına göre rosacea tanılı hastalarda sağlıklı kontrol grubuna göre düşük alfa çeşitlilik ve beta çeşitlilikte farklılık görülmüştür. Metagenomik DNA analizleri sonuçlarına göre rosacea hastalarında; Lachnospira, Lachnoclostridium, Roseburia ve Roseburia intestinalis daha yüksek oranda, sağlıklı gönüllülerde ise Prevotellaceae, Prevotella copri, Coriobacteriaceae, Desulfovibrio, Ruminococcaceae, Ruminococcus, Clostridiales, Clostridiales Family 13, Selenomonadales, Succinivibrio, Hungatella, Mollicutes, Butyricimonas virosa, Alisitipes, Oscillospira ve Erysipelotrichaceae gibi cins, tür, aile, takım bazında etkenler istatistiki olarak daha yüksek oranda saptanmıştır. Sonuç: Rosacea hastalığı ile bağırsak disbiyozisi arasında ilişki olduğu saptanmıştır. Bu çalışmada sağlıklı gruba göre rosacea hastalarında; Lachnospira, Lachnoclostridium, Roseburia ve Roseburia intestinalis daha yüksek oranda, Prevotellaceae, Prevotella copri, Coriobacteriaceae, Desulfovibrio, Ruminococcaceae, Ruminococcus, Clostridiales, Clostridiales Family 13, Selenomonadales, Succinivibrio, Hungatella, Mollicutes, Butyricimonas virosa, Alisitipes, Oscillospira ve Erysipelotrichaceae daha düşük oranda içerdiği tespit edilmiştir. Ancak literatürde rosacea ve bağırsak mikrobiyomu ile yapılmış çok az çalışma (sadece bir çalışmaya ulaşılabilmiştir) olduğu için öne çıkan mikroorganizların anlamlandırılabilmesi için daha çok sayıda ve daha fazla örnekleme sahip çalışamalara ihtiyaç vardır. Anahtar Kelimeler: Rosacea, bağırsak mikrobiyomu, 16S rRNA, Roseburia, yeni nesil sekans
HIV pozitif hastalarda hepatit E seroprevalansı
Giriş ve amaç: Hepatit E virüsü (HEV) enfeksiyonu genellikle akut kendi kendini sınırlayan bir hastalıktır, hematolojik malignitesi olan, kemoterapi gerektiren hastalarda ve HIV'li bireylerde hızla ilerleyen siroza ve kronik enfeksiyona neden olur. Bu çalışmada ülkemiz için bir ilk olduğunu düşündüğümüz HIV pozitif hastalarda HEV seroprevelansının araştırılması amaçlanmıştır. Gereç ve yöntem: Çalışmada Ekim 2017-Aralık 2018 tarihleri arasında HIV pozitifliği nedeniyle Sakarya Üniversitesi Eğitim Araştırma Hastanesi Klinik Mikrobiyoloji laboratuvarına başvuran hastaların serum örnekleri Anti-HEV IgG ve IgM açısından değerlendirilmiştir. Çalışma grubunu HIV enfeksiyonu olan 126 hasta oluşmuştur. Hastaların serum örneklerine ulaşarak öncelikle Anti-HEV IgG antikorları, Anti-HEV IgG pozitif saptanan hastalarda da Anti-HEV IgM ELFA (enzyme linked fluorescent assay) kitleri ile (bioMerıeux, Fransa) araştırılmıştır. Ayrıca hastaların kayıtları taranarak ALT, AST, CD4, CD8, HIV RNA viral yük değerleri ve Anti-HCV, HBsAg ve VDRL sonuçları değerlendirilmiştir. Bulgular: Çalışma grubunun 114'ü (%90.5) erkek, 12'si (%9.5) kadın olup yaş ortalaması 38.11 ± 13.32 (min: 18, max: 80) yıl idi. Çalışmada HIV pozitif hastalardan 5'inde (%4.0) Anti-HEV IgG pozitif saptanmıştır. Anti-HEV IgG pozitif hastalardan 1'inde HIV tanısı yeni olup diğer 4 hastanın ise HIV pozitifliği nedeniyle takipte olduğu tespit edilmiştir. Anti-HEV IgM ise hiçbir hastada pozitif olarak saptanmamıştır. Anti-HEV IgG pozitifliği olan hiçbir hastada Anti-HCV ve HBsAg pozitifliği yoktu. Çalışmada 77 (%61.1) hastada Anti-HAV IgG pozitif olup AntiHAV IgM ise tüm hastalarda negatifti. Anti-HCV pozitifliği 2 (%1.6) hastada, HBsAg pozitifliği 8 (%6.3) hastada, VDRL pozitifliği ise 18 (%14.3) hastada saptanmıştır. Anti-HEV IgG pozitif olan bireylerde ALT, AST, CD4 ve CD8, HIV Viral yük değerleri açısından istatistiksel anlamlı bir fark saptanamadı (Her biri için p>0.05). Sonuç: Çalışmada HIV pozitif bireylerde Anti-HEV IgG pozitifliği %4 saptanmış olup HIV-HEV birlikteliği olan hiçbir hastada HCV ve HBV ko-enfeksiyonu belirlenmemiştir. HEV enfeksiyonları, HIV ile enfekte kişiler arasında öncelikli ortaya çıkmaz ancak, belirsiz etiyolojili karaciğer anormallikleri olan HIV'li bireylerde HEV de araştırılmalıdır. Anahtar kelimeler: Hepatit E, HIV enfeksiyonu, seroprevalans
Hemovijilans hemşireliği ve transfüzyon güvenliğine katkısı
GİRİŞ VE AMAÇ: Hemovijilans, kan ve ürünlerinin elde edilmesinden son alıcıların takibine kadar bütün transfüzyon basamaklarını eksiksiz izleme prosedürüdür. Hemovijilansın ana hedefi, transfüzyonun güvenliğini arttırmaktır. Bu çalışmada Sakarya Eğitim Araştırma Hastanesi sağlık personelinin transfüzyon güvenliği hakkında bilgi düzeyi, eğitim sonrası değerlendirmeler ve hemovijilans hemşireliğinin transfüzyon güvenliğine katkısının irdelenmesi amaçlanmıştır. GEREÇ VE YÖNTEM: Çalışma, gerekli etik ve yasal izinler sonrası, Ocak-Temmuz 2018 tarihlerinde Sakarya Eğitim Araştırma Hastanesi'nde çalışmakta olan ve araştırmaya katılmayı kabul eden 432 sağlık personeli ile gerçekleştirilmiştir. Katılımcılara, transfüzyon güvenliği eğitimi öncesi ve eğitimi sonrası durumu değerlendiren literatürden yararlanılarak oluşturulmuş 20 soruluk bir anket uygulanmıştır. Veriler SPSS 20.0 istatistik paket programı kullanılarak değerlendirilmiştir. BULGULAR: Çalışma grubunu oluşturanların 329'u (%76.2) kadın, 103'ü (%23.8) erkek olup yaş ortalaması 29.1±8.7 yıl idi. Katılımcıların meslek dağılımına bakıldığında 48'i (%11.1) doktor, 256'sı (%59.3) hemşire ve 128'i (%29.6) diğer yardımcı sağlık personeli idi. Çalışanların meslekteki çalışma yılı ortancası 5.5 (1-43 yıl) iken bulunduğu klinikte çalışma yılı ortancası 2.0 (1-42 yıl) olarak bulunmuştur. Çalışma grubunun bilgi sorularından aldığı puan 1 ile 19 arasında değişirken ortalaması 9.7±4.2 olarak hesaplanmıştır. Çalışmada cinsiyet ile bilgi puan ortalamaları arasında anlamlı bir fark bulunmamıştır. Eğitim sonrası test grubunun bilgi puan ortalaması 13.3±5.2 olup eğitim öncesine göre anlamlı düzeyde yüksektir (p<0.001). SONUÇLAR: Çalışmalarda eğitimin etkisi net bir şekilde görülmekte olup transfüzyon güvenliğinin sağlanması ve reaksiyonların azaltılmasında ilgili sağlık personelinin farkındalığının arttırmasının önemi yadsınamaz. Ayrıca bu tür çalışmalarla sağlık çalışanlarında hemovijilans takibi ve transfüzyon güvenliğinin hangi süreçlerinde aksama olduğunun tespit edilerek o konuya yönelik çalışmalar yapılması faydalı olacaktır. Anahtar Kelimeler: Hemovijilans Hemşireliği, Kan Transfüzyonu, Transfüzyon Reaksiyonu, Transfüzyon Eğitimi, Transfüzyon Bilgi Düzeyi
Donörlerde kan subgrupları dağılımı ve çoklu transfüzyon alanlarda alloimmünizasyon
GİRİŞ VE AMAÇ: Bu çalışmada, bölgemizin kan subgrupları profilinin çıkarılması, çoklu eritrosit transfüzyonu almak zorunda kalan hasta grubunda oto/alloimmün duyarlanma prevelansını ortaya konulmasıyla majör ve minör subgruplar taranarak duyarlanma profilinin belirlenmesi amaçlanmıştır. GEREÇ VE YÖNTEM: Çalışmada Sakarya Üniversitesi Sakarya Eğitim Araştırma Hastanesi (SEAH) Kan Bankasına gelen 100 donör kan torbasında, ABO ve Rh sistemi majör alt grup dağılımı ve SEAH Onkoloji, Hematoloji ve Çocuk Hematolojisi-Onkolojisi bölümüne başvuran en az 3 ve daha fazla eritrosit (RBC) transfüzyon almış 50 hastada, Rh sistemi majör alt grup ve Kell (Kel 1), Lewis (Lea, Leb), Duffy (Fya, Fyb), Kidd (Jka, Jkb), MNS (M, N, S, s) sistemi minör alt grupları dağılımı jel santrifügasyon (kolon aglütinasyon) yöntemli mikro kuyucuklu test kartlarıyla araştırılmıştır. Ayrıca hasta grubunda, alloimmünizasyon prevelansını belirlemek için İndirekt Antiglobülin testi (IAT) jel santrifügasyon ile çalışılmıştır. BULGULAR: Donörlerin ABO sistemine göre %35'i O, %33'ü A, %17'si AB ve %15'i B grubunda; Rh sistemine göre ise %75'i Dvı pozitif bulunmuştur. Rh sistemi majör alt gruplarında %99 oranla e (Rh5), %33 oranla E (Rh3) pozitif olup Kel 1 pozitifliği %8'dir. Hasta grubunda Rh kan grubuna göre %22 Dvı (-) saptanmıştır. Rh majör alt gruplarından, C (Rh 2) %68, E (Rh 3) %14, c (Rh 4) %76 ve e (Rh5)'de %100 oranında pozitiflik saptanmıştır. Kel 1 negatiflik oranı %96'dır. En yüksek negatiflik Lewis sisteminde %86 Lea antijeninde, MNS sisteminde %36 oranla S antijeninde, Duffy sisteminde %34 oranla Fyb antijeninde, Kidd sisteminde ise %24 oranla Jka antijeninde saptanmıştır. Rh sisteminde (E) %18, Kell sisteminde (Kel 1) %2, MNS sisteminde (S) %18, Duffy sisteminde (Fya) %8 ve Kidd sisteminde (Jkb) %22 çift popülasyon görülmüş olup hasta grubunun tamamında IAT negatiftir. SONUÇ: Hasta grubunun hepsinin IAT negatifliği, bize alloimmünizasyon gelişmediğini ancak çift popülasyon oranlarının yüksek olması, alloimmünizasyon riskinin yüksek olduğu fikrini düşündürmektedir. Anahtar Kelimeler: Transfüzyon Tıbbı, Donör, RBC antijenleri, Güvenli kan, Alloimmünizasyon.
Biyobelirteçlerin yeni tanılı HIV (+) bireylerin prognozunu tahmin etmedeki rolü
Antiretroviral tedavi (ART), Human Immunodeficiency Virus (HIV) ile enfekte bireylerde viral yük ve immün sistem hücrelerini olumlu yönde etkileyerek yaşam beklentisini arttırmaktadır. Bu çalışmada yeni tanı almış HIV (+) hastalarda ART sonrası CD4 ve viral yük değişimleri ile PD-1 (Programmed death-1), IFN gama-induced protein 10'un (IP-10), interlökin 17 (IL-17) ve soluble cluster of differentiation 14 (sCD-14) molekül düzeylerinin irdelenmesi amaçlanmıştır. Çalışmamıza Sakarya Üniversitesi Eğitim Araştırma Hastanesi Enfeksiyon Hastalıkları Polikliniğine başvuran, başka bir kronik hastalığı olmayan, yeni tanı almış ve ilk kez bu çalışma ile tedavisine başlanacak olan 30 ardışık HIV hastası dahil edilmiştir. Tüm hastaların izlem ve tedavi takibinde, tedavi öncesi ve tedavinin ilerleyen dönemlerinde (1. ve 3. aylarda); kantitatif HIV RNA düzeyleri ve CD4 (+) ve CD8 (+) T hücre seviyeleri belirlenmiştir. Çalışmamızda değerlendirilecek olan biyobelirteçlerden CD4 (+) ve CD8 (+) T hücrelerinden eksprese edilen PD-1 düzeylerinin akım sitometrisi kullanılarak, serum IP-10, IL-17 ve sCD-14 düzeylerinin ise ELISA yöntemi kullanılarak belirlenmiştir. CD4T hücrelerinden eksprese edilen PD-1 oranı ile viral yük değerleri arasında pozitif yönlü, orta düzeyde korelasyon ve istatiksel olarak anlamlı bir ilişki (n=80, rs = 0.49614, p<0.001) bulunmuştur.CD8T'lerden eksprese edilen PD-1 oranı ile viral yük değerleri arasında pozitif yönlü, orta düzeyde korelasyon ve istatiksel olarak anlamlı bir ilişki (n=80, rs = 0.50954, p<0.001) bulunmuştur. Hastaların hem tedavi almadığı hem tedavi altında olduğu dönemlerdeki IP-10, sCD-14 ve IL-17 düzeylerinin viral yük ile korele olduğu tespit edilmiştir. Sonuç olarak PD-1'in viral yükün bir belirteci olabileceği; viremi ve tedavi yanıtındaki değişiklikleri izlemek için yararlı olabileceği sonucuna varılmıştır. IP-10, IL-17, sCD14'ün de viral yükün bir belirteci olabildiği ve viremideki değişiklikleri izlemek için yararlı olduğu düşünülmüştür.
Anaerobik bakterilerin tanımlanmasında matriks aracılı lazer dezorpsiyon iyonizasyon uçuş zamanı kütle spektrometrisinin (maldi-tof MS) değerlendirilmesi
GİRİŞ VE AMAÇ: Bu çalışmada MALDI-TOF MS yöntemi kullanılarak hem koloniden hem de kan kültürü şişesinden direkt anaerop bakterilerin identifikasyonunun konvansiyonel ve otomatize ticari yöntemlerle karşılaştırılarak araştırılması amaçlanmıştır. GEREÇ VE YÖNTEM: Çalışmada 67 klinik izolat ve 2 standart suş incelenmiştir. Konvansiyonel yöntemler, Vitek 2 identifikasyon sistemi, üremiş kolonilerden ve direkt olarak kan kültür şişelerinden MALDI-TOF MS ile tanımlanmaları test edilmiştir. MALDI-TOF MS yöntemiyle direkt olarak kan kültürü şişelerinden tarafımızdan optimize edilen yöntemle bakteriler tanımlanmıştır. Bu yöntemde birkaç santrifüj ve ekstraksiyon işleminden sonra elde edilen süpernatant kısımdan alınan örnek MALDI-TOF MS cihazında okutulmuştur. BULGULAR: Toplam 69 anaerop bakteriden konvansiyonel yöntemlerle 6'sı (%8,7) tür düzeyinde, 49'u (%71) cins düzeyinde; Vitek 2 sistemiyle 36'sı (%52,1) tür düzeyinde, 54'ü (%78,2) ise cins düzeyinde; MALDI-TOF MS kullanılarak koloniden yapılan işlemle bakterilerin tamamı (%100) tür düzeyinde; MALDI-TOF MS kullanılarak direkt kan kültürü şişesinden 43'ü (%62,3) tür düzeyinde, 47'si (%68,1) cins düzeyinde doğru olarak tanımlanmışlardır. SONUÇ: Bu çalışmada MALDI-TOF MS yönteminin anaerop bakterilerin gerek koloniden gerekse de kan kültür şişesinden direkt olarak identifikasyonunda büyük başarıyla kullanılabileceği ve sonuç verme süresini oldukça kısalttığı tespit edilmiştir. Elde edilen sonuçlar, daha yüksek oranda gram negatif anaerop bakterilerde olmak üzere, konvansiyonel ve otomatize ticari yöntemlerle büyük ölçüde uyumludur. Ancak yöntem henüz tüm laboratuvarlarda kullanılabilecek şekilde standardize edilememiştir. Bu konuda daha detaylı ve kapsamlı çalışmalara ihtiyaç vardır.
Kolistin dirençli karbapenemaz üreten klebsiella pneumonıae'da antibiyotiklerin sinerjistik aktivitelerinin MALDI-TOF MS ile belirlenmesi
GİRİŞ VE AMAÇ: Bu çalışmada karbapenemaz üreten Klebsiella pneumoniae izolatlarında matriks aracılı lazer dezorpsiyon/iyonizasyon uçuş zamanı kütle spektrometrisi (MALDI-TOF MS) kullanılarak meropenem, kolistin ve rifampisin antibiyotikleri için duyarlılık ve kombinasyon sinerjik etkilerinin Checkerboard mikrodilüsyon yöntemi ile karşılaştırılması ve ayrıca MALDI-TOF MS'in bir hızlı sinerji belirleme yöntemi potansiyelinin belirlenmesi amaçlanmıştır. GEREÇ VE YÖNTEM: : Sakarya Üniversitesi Eğitim ve Araştırma Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarı'nda 2014 ile 2020 yılları arasında izole edilen ve genotipik olarak da real-time Polimeraz Zincir Reaksiyonu yöntemi (Gene Xpert Carba-R kiti, Cepheid, ABD) ile belirlenmiş 20 adet kolistin dirençli K. pneumoniae izolatı çalışmaya alınmıştır. İn-vitro şartlarda her bir suşun kolistin+meropenem ve kolistin+rifampisin kombinasyonu, kalitatif sonuç veren checkerboard (dama tahtası) mikrodilüsyon ve kantitatif sonuç veren MALDI-TOF MS (bioMerieux, France) yöntemi ile sinerjik etki araştırılmıştır. Elde edilen verilere göre sinerjik etki gösteren izolatlar, referans yöntem olan Checkerboard mikrodilüsyon yöntemi sonuçları ile karşılaştırılmıştır. BULGULAR: Checkerboard yöntemi ile kolistin+meropenem kombinasyonunun etkinliğinin araştırıldığı 20 suşun 9'unda ve kolistin+rifampisin kombinasyonu için 20 suşun 17'sinde sinerjik etki saptanmıştır. MALDI-TOF MS yönteminde ise kolistin+meropenem kombinasyonu için 20 suşun 14'ünde ve kolistin+rifampisin kombinasyonu için 20 suşun 12'sinde sinerji tespit edilmiştir. SONUÇ: Dirençli suşlarda antibiyotik kombinasyonlarının sinerjik etkilerinin araştırıldığı MALDİ-TOF MS yöntemi ile referans olan Checkerboard mikrodilüsyon metodu karşılaştırıldığında, her iki sistemde kolistin+meropenem kombine ilaç etkileşiminde 9 suşun 6'sında (%66,6) sinerjik uyum gözlenirken, kolistin+rifampisin kombine ilaç etkileşiminde 17 suşun 12'sinde (%70,5) sinerji gözlenmiştir. Sinerji belirleme için MALDİ-TOF MS yöntemi hızlı ve güvenilir bir yöntem gibi görünmektedir. Daha ileri ve kapsamlı çalışmalara gereksinim vardır.
2019-2020 sezonunda solunumsal enfeksiyon etkeni virüslerin dağılımı ve saptanan influenza virüslerinin oseltamivir direncinin belirlenmesi
GİRİŞ VE AMAÇ: Bu çalışmada üst solunum yolu enfeksiyonu semptomlarıyla başvuran hastalardaki viral etkenlerin sezonal dağılımının multipleks PCR yöntemi ile irdelenmesi ve İnfluenza A (H1N1) pozitif bulunan örneklerde Oseltamivir ilaç direncinin araştırılması amaçlanmıştır. GEREÇ VE YÖNTEM: Sakarya Üniversitesi Sakarya Eğitim ve Araştırma Hastanesi'ne 12 Eylül 2019- 19 Şubat 2020 tarihleri arasında üst solunum yolu enfeksiyonu semptomları ile başvuran 0-94 yaş arasındaki 354 hastanın multipleks PCR yöntemiyle (Qiastat-Dx Respiratory panel-Qiagen, Almanya) çalışılmış nazofaringeal sürüntü ve bronkoalveoler lavaj örneklerinin verileri retrospektif olarak irdelenmiştir. Sonuçta, İnfluenza A (H1N1) pozitif örnekler arasından seçilen 11 numunede, Sağlık Bakanlığı Halk Sağlığı Genel Müdürlüğü Mikrobiyoloji Referans Laboratuvarları ve Biyolojik Ürünler Daire Başkanlığı, Ulusal Viroloji Referans Laboratuvarında Sanger sekans analizi ile Oseltamivir direnci araştırılmıştır. BULGULAR: İncelenen 354 örneğin 233'ünde bir ya da daha fazla solunum yolu viral etkeni tespit edilmiştir. Bunlardan 64'ü İnfluenza A/H1N1, 4 İnfluenza A/H3N2, 24 İnfluenza B, 64 Respiratuvar Sinsityal Virüs A/B (RSV A/B), 58 Rhinovirüs/Enterovirüs, 18 Adenovirüs, 12 Human Metapneumo Virüs (hMPV), 10 Bocavirüs, 4 Parainfluenza 1, 7 Parainfluenza 3, 3 Parainfluenza 4, 5 Coronavirüs HKU1 ve 13 Coronavirüs NL63 olarak bulunmuştur. İnfluenza A/H1N1 pozitif olan suşlardan seçilen 11 numunenin hiçbirinde Oseltamivir direnci saptanmamıştır. SONUÇ: Bu çalışmada incelenen İnfluenza A/H1N1 pozitif örneklerinde Oseltamivir direnci saptanmamıştır. İnfluenza A/H1N1 suşlarının Oseltamivir direnci açısından belirli aralıklarla analizinin yapılması ampirik tedavinin yönlendirilmesinde önemlidir. Anahtar Kelimeler: Solunum yolu virüsleri, İnfluenza, Oseltamivir, Direnç, Sekans.
2020-2021 kış sezonunda SARS COV-2 ve diğer solunumsal virüslerin sürveyansı
GİRİŞ VE AMAÇ: Bu çalışmada; küresel COVID-19 salgını yeni mutasyonları ile toplumu ciddi anlamda tehdit etmeye devam ederken Sakarya ili 2020-2021 kış sezonunda solunum yolu örneklerinde SARS CoV-2 ve diğer solunumsal virüslerin sürveyansının araştırılması amaçlanmıştır. GEREÇ VE YÖNTEM: Bu çalışma 2020-2021 kış sezonunda Sakarya Eğitim ve Araştırma Hastanesine ÜSYE veya ASYE semptomları nedeniyle başvuran hastaların saklanmış solunum yolu örneklerinden gerçekleştirilmiştir. Hastaların demografik bilgileri kayıtlardan ve bu çalışma için planlanmış veri toplama formundan elde edilmiştir. Çalışmaya alınan örnekler Influenza A/B, SARS CoV-2, RSV multiplex Real Time PCR kiti (Diagnovital, TR) ile BIO-RAD CFX-96 C1000 Touch Real-time system (Bio-Rad Laboratories) cihazında çalışılmıştır. BULGULAR: ÜSYE/ASYE tanıları konulan 200 hastanın 109'si (%54,5) erkek, 91'i (%45,5) kadındır. Örneklerin 57'sinde (%28,5) SARS CoV-2, 3'ünde (%1,5) RSV PCR pozitif bulunmuştur. Çalışmada Influenza A/B PCR pozitifliği tanımlanmamıştır. Hastalarda yapılan istatiksel analiz sonucuna göre anlamlı bulunan COVID-19 klinik bulguları sırasıyla en sık nefes darlığı 63 (%31,8), ateş 62 (%31,0) ve hapşırık 56 (35,9) olarak bulundu. SONUÇ: Çalışmada koşullar gereği sadece 3 ana viral etken araştırılabilmiştir. RSV sıklıkla çocuk hastaların önemli etkeni olarak belirlenmiş, influenza ise -alınan toplumsal ve bireysel önlemlerle (maske, mesafe, hijyen) ilintili olabilir- hiçbir örnekte saptanamamıştır. Verilerin ileri çalışmalar ile desteklenmesi anlamlı olacaktır. Anahtar Kelimeler: Solumumsal virüsler, SARS CoV-2, İnfluenza, RSV, PCR.
COVID-19 hastalarında sars COV-2 virüs saçılımı ve nötralizan antikor düzeyleri
GİRİŞ VE AMAÇ: Bu çalışmada COVID-19 hastalarından alınan çeşitli klinik örneklerde SARS CoV-2 RNA'sının varlığı, virüsün saçılım profili ve enfeksiyonu geçiren hastalarda anti SARS CoV-2 IgG ve nötralizan antikor yanıtlarının araştırılması amaçlanmıştır. YÖNTEM: Çalışmaya toplumdan 47 COVID-19 hastası (TCH, Mayıs-Haziran 2020) ve 30 sağlık çalışanı COVID-19 hastası (SCH, Kasım-Aralık 2020) dahil edildi. SARS CoV-2 RNA'sının araştrılması için TCH grubundan 0, 3, 7, 14 ve 28. günlerde orofareks, nazofarenks, balgam, kan, dışkı ve idrar örnekleri alındı. Anti SARS CoV-2 IgG ve nötralizan antikorların (NAb) belirlenmesi için TCH ve SCH grubundan ardışık günlerde serum örnekleri alındı. Virüsün RNA'sı; RT-PCR, anti SARS CoV-2 IgG antikor düzeyleri; ELISA, NAb düzeyleri; hücre kültürü ve temsili nötralizasyon testi yöntemleri ile belirlendi. BULGULAR: SARS CoV-2, en yüksek oranda sırasıyla nazofarenks (%100), dışkı (%65,8), balgam (%45,7), orofarenks (%41,3), kan (%5,3) ve idrar (%2,2) örneklerinde saptanmıştır. Viral saçılımın solunum yolu örneklerinde 14 gün, dışkı örneklerinde 60 güne kadar devam ettiği gözlenmiş, kan örneklerinde 3. günden sonra virüs saptanmamıştır. Viral yükün solunum yolu örneklerinde tanı anında en yüksek düzeyde olduğu, dışkı örneklerinde 7. günde pik yaptığı görülmüştür. Dördüncü ayda TCH grubu hastaların tümünde IgG pozitifliği bulunmuş, SCH grubu hastaların sadece %82,1'inde seropozitiflik saptanmıştır. İlk ay sonunda TCH grubu hastaların tümünde (%100) NAb tespit edilmiştir. NAb titrelerinin 28. günde pik yaptığı ve sonrasında düşüş gösterdiği belirlenmiştir. SCH grubu hastaların %26,1'nin düşük, %47,8'inin orta, %26,1'nin yüksek titrede temsili NAb oluşturduğu belirlenmiştir. SONUÇ: Sonuç olarak; balgam, dışkı, kan ve idrar gibi birçok örnekte SARS CoV-2 RNA'sı saptanmış, dışkı örneklerinde viral saçılımın aylarca devam edebildiği gözlenmiştir. Hastalarda büyük oranda 4. ayda anti SARS CoV-2 IgG antikor pozitifliği gözlenmiştir. Koruyucu antikor düzeylerinin hastalığın geçirildiği ilk ayda en yüksek düzeye ulaştığı belirlenmiştir. Bu bulgular, aşılama stratejileri ve pandemi ile mücadelede önemlidir. Ancak, virüs saçılım ve antikor titre çalışmaları için daha detaylı ve kapsamlı araştırmalara ihtiyaç vardır.
Ambulans hijyeni; mevcut durum ve olması gerekenler
GİRİŞ VE AMAÇ: Ambulans personelinin ve taşınan hastanın herhangi bir sağlık uygulaması sırasında her türlü enfeksiyon etkeni ile karşılaşma olasılığı vardır. Alanında ilklerden olan bu araştırma ile, Sakarya il merkezi ve ilçelerinde acil hizmeti veren ambulanslarda ve acil müdahaleler sırasında kullanılan aletlerde, enfeksiyon kaynağı olabilecek MRSA ve Karbapenemaz dirençli Enterobacteriae varlığının araştırılması ve bu ambulanslarda görevli personelin, ambulans hizmeti sırasında ve sonrasındaki hijyen uygulamalarına yönelik bilgi tutum ve davranışlarının değerlendirilmesi amaçlanmıştır. GEREÇ VE YÖNTEM: Araştırmaya Sakarya Bölgesinde acil hizmeti veren 25 ambulans ve 104 ambulans çalışanı dahil edilmiştir. Katılımcılara 30 sorudan oluşan anket uygulanmış, belirlenen riskli bölgelerden sürüntü örnekleri alınarak, tarama kültürlerinde, hastaların ve ambulans personelinin maruz kalabileceği etkenler değerlendirilmiştir. Örnekler Kanlı Agar, Eozin Metilen Blue, Çikolata Agar ve Saboraud Dextroz Agar besiyerlerine ekilerek 35-37°C'de inkübe edilmiştir. Üreyen bakterilerin tanımlanması ve antimikrobiyal duyarlılıkları otomatize sistem ile yapılmıştır. Karbapenem dirençli Enterobacteriacea izolatlarında karbapenemaz varlığı fenotipik ve moleküler testlerle, izole edilen stafilokoklarda direnç geni varlığı moleküler ticari test ile araştırılmıştır. BULGULAR: Çalışmada, metisilin dirençli stafilokoklar, fenotipik olarak karbapenemaz üreten karbapenem dirençli Klebsiella suşları ve hastane enfeksiyonlarına neden olabilen Sphingomonas paucimobilis izole edilmiştir. Yapılan anket sonucunda ise ambulans çalışanlarının %36.5'inin ambulans hijyeni konusunda eğitime ihtiyaç duyduğu belirlenmiştir. SONUÇ: Ambulanslarda kontaminasyonun önlenmesi için enfeksiyon kontrolü ve izleme protokolleri uygulanmalı, eksikliklerin giderilmesi ve farkındalık oluşumuna yönelik eğitimler düzenlenmelidir. Anahtar Kelimeler: Ambulans, hastane enfeksiyonları, karbapenemaz, , sürüntü örnekleri
HIV pozitif olgularda immün yetmezlik süreçlerini öngörü testleri
Kazanılmış immun yetmezlik sendromuna (AIDS) neden olan HIV (Human immunodeficiency virus) günümüzde dünya genelinde en önemli sağlık problemlerinden birisidir. Akut enfeksiyondaki sitokin fırtınası esnasında üretilen bazı sitokinler, sonraki klinik gelişme için biomarker adayları olarak görülebilir. IFN-γ inducible protein 10'un (IP-10), enfeksiyon başlangıcından 2 yıl sonraki düşük CD4 hücre sayıları ile güçlü ilişki göstermesi hastalık seyri açısından kullanışlı bir akut faz biomarker'ı olabileceğini düşündürmektedir. Bu çalışmada, IP-10, tedavi öncesi ve/veya tedavinin ilerleyen dönemlerinde, rutin kontrollerde izlenerek CD4 hücre sayısı ve viral yük ile korelasyonunun değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Bilgilendirilmiş Gönüllü Olur Formunu okuyup imzalayan 30 hastadan (0-3-6. aylarda) ve 20 sağlıklı gönüllüden alınan venöz kan numuneleri, flow sitometri, nükleik asit testleri (NAT) ve ELISA testi çalışmaları için Sakarya Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarına gönderilerek çalışmaya alınmış, veriler SPSS programı ile analiz edilmiştir. Hastaların IP-10 konsantrasyonu ortalaması 344 ng/mL olarak hesaplanmıştır. Tedavi almamış olan grup ve tedavi alan gruplara ait IP-10 değerleri ortalaması sırasıyla 422 ng/mL ve 210 ng/mL, kontrol grubunun IP-10 değerleri ortalması ise 68 ng/mL olarak belirlenmiştir. Hasta ve kontrol grubu IP-10 değerleri arasında istatistiksel olarak anlamlı fark bulunmuştur (p=0.006). IP-10 ile viral yük değerleri arasında pozitif yönlü, orta düzeyde (r= 0.59, p<0.001); IP-10 ile CD4 hücre sayısı karşılaştırıldığında negatif yönlü, orta düzeyde (r= -51, p<0.001) anlamlı bir ilişki saptanmıştır. Yapılan yayınlarda, erken dönem HIV-1 hastalarındaki IP-10 düzeylerinin, CD4 düzeyleri ve viral replikasyon ile yakından ilişkili olduğu bildirilmiştir. Viremideki değişiklikler ve antiretroviral tedaviye yanıtı izlemde daha pahalı viral yük ölüçümlerine bir alternatif ya da destek olabileceği düşünülmektedir.