Asmada (Vitis vinifera L.) LEA2 ve WOX genlerinin biyoinformatik analizleri

Üzüm (Vitis vinifera L.) tüm dünyada yetiştirilen önemli bir meyve türüdür. Kuraklık ve tuzluluk gibi abiyotik stres faktörlerihem verimi hem de tane kalitesini olumsuz etkileme potansiyeline sahiptir. LEA gen ailesinin stres toleransı ile ilişkili olduğu ve bu genlerin manipülasyonunun stres toleransını artırabileceğini göstermektedir. WOX genlerinin bazı bitkilerde somatik embriyogenezin anahtar düzenleyicileri olduğu görülmüştür. Bu çalışmanın amacı üzümde LEA2 ve WOX genlerinin biyoinformatik analizleriyle tanımlanması ve abiyotik stres koşulları altında olası fonksiyonlarının araştırılmasıdır. Elde edilen bulgular incelendiğinde, LEA2'ye ait 36 gen bulunmuş ve WOX'ye ait 31 gen bulunmuştur. Filogenetik ağaçlar incelendiğinde; LEA2 proteinlerinin 3 ana kola ayrıldığı görülmüştür. WOX'ın ise filogenetik ağaçta 3 ana kola ayrıldığı belirlenmiştir. LEA2 genlerinin çoğunlukla ekzondan oluştuğu görülmüştür. Filogenetik ağaç ile benzerlik gösteren WOX ekzon-intron bölgeleri, motif kalıpları ile de uyuşmaktadır. LEA2 proteinleri 6 lokalizasyonda görülmüştür. En çok (21 tanesi) Hücre zarında bulunmuştur. WOX'e bakıldığında ise; 3 lokalizasyonda görülmüştür. En çok (29 tanesi) Çekirdekte yer almıştır. 34 farklı üzüm LEA2 geninin 151 farklı miRNA'lar tarafından hedeflendiği, 31 farklı üzüm WOX geninin 205 farklı miRNA'lar tarafından hedeflendiği belirlenmiştir. LEA2 ve WOX genlerinin de potansiyel cis düzenleyici elementlere sahip olduğu ortaya çıkmıştır. Sonuç olarak, LEA2 ve WOX proteinleri strese dayanıklı bitkiler geliştirmek üzere kullanılabilecek etkili proteinler olabilirler. LEA2 ve WOX genlerini kullanarak strese dayanıklı bitkileri etkili bir şekilde yetiştirmek için in vivo çalışmalar yapılmalıdır. Ayrıca bu çalışma, LEA2 ve WOX genlerinin, abiyotik stres toleransı açısından özgül işlevlerinin daha fazla araştırılması için bir temel oluşturmaktadır.