Cevizde yeni SSR primerlerinin geliştirilmesi

Cevizde referans genetik harita oluşturmak için çok sayıda basit dizi tekrarlarından (SSR) elde edilmiş polimorfik primerlere gereksinim vardır. Ancak literatürde yayımlanan SSR sayısı yeterli değildir. Bu nedenle, bu çalışmanın amacı, ileride cevizde genetik haritalama çalışmalarında kullanmak üzere yeni SSR primerleri geliştirmektir. Bu çalışma kapsamında gen bankasındaki Juglans regia'ya ait yapay bakteriyel kromozom dizilerindeki tekrar bölgelerden (BES-SSR) 200 adet SSR primer çifti dizayn edilmiştir. Tüm SSR primerleri 16 adet yerli ve yabancı ceviz çeşitlerinde hem bant üretme hem de polimorfizm bakımından analiz edilmiştir. Bunlardan 190 adet SSR primer çifti (%95) başarılı olarak amplifiye olmuş ve 92 adet primer çifti ise polimorfik bulunmuştur. Polimorfik 92 SSR primer çifti 2 ile 11 arasında, toplamda 324 ve lokus başına ortalama 3.6 adet allel üretmiştir. Polimorfizim bilgi içeriği (PBİ) değeri 0.11 ile 0.88 arasında değişmiş ve ortalama 0.46 olarak belirlenmiştir. Elde edilen soyağacı yerli ve yabancı ceviz çeşitlerini iki gruba ayırmıştır. Sonuç olarak, bu çalışmada kapsamında cevizde ileride genetik çalışmalarda kullanılmak üzere 92 adet yeni polimorfik SSR primer geliştirilmiştir. Anahtar Kelimeler: Ceviz, J. regia, SSR, mikrosatellit