Theses supervised by Prof. Dr. Salih Kafkas
37 theses · Çukurova University
Antepfıstığında mikrosatellit primerlerin geliştirilmesi ve diğer Pistacia türlerinde kullanılma durumlarının belirlenmesi
Bu çalışmada Siirt çeşidi DNA'sı kullanılarak `CA', `GA', `AAC' ve `AAG' motifleri ile zenginleştirilmiş genomik kütüphaneler oluşturulmuştur. Her bir kütüphaneden 57 klon olmak üzere toplam 228 klonun sekansı yaptırılmıştır. Sekansı yapılan 228 klondan 68 adedinin duplike klonlar olduğu, geriye kalan 160 klondan da 94 adedinin tekrar dizisi içerdiği, bunlardan 5 adedinin ise 2 tekrar dizisi içerdiği saptanmıştır. Böylece 99 tekrar dizisinin bulunduğu bölgeler için primer dizaynı yapılmaya çalışılmış ve sonuçta 84 çift primer dizayn edilmiştir. Sonuç olarak sekansı yapılan 228 klonun %36.8'inin primere dönüştüğü tespit edilmiştir. Bant üretme bakımından test edilen 84 primerden de 59 adet primer çiftinin (%70.2) bant verdiği saptanmıştır. Geliştirilen 59 primer arasından 13 primer çifti 12 Pistacia türüne ait olan 46 genotipin karakterizasyonunda kullanılmıştır. Toplam 169 adet allel elde edilmiş ve bunların 165 adedi polimorfik bulunmuştur. Primer başına düşen toplam allel sayısı ortalaması 13.0, primer başına düşen polimorfik allel sayısı ortalaması ise 12.7 olarak bulunmuştur. 13 SSR primerinin ortalama polimorfizm bilgi içeriği (PBİ) 0.905, toplam ayırma gücü (AG) ise 5.39 olarak bulunmuştur. Pistacia genotipleri arasındaki Jaccard indeksine göre, antepfıstığı genotipleri arasındaki genetik benzerlik indeksi 0.08?0.98 arasında değişmiştir. 46 adet genotip arasında genetik benzerlik açısından birbirine en yakın çeşitlerin Ketengömlek ile Kırmızı (0.98) ve Hacireşo ile Siirt (0.98), en uzak genotiplerin ise PM-0104 ile Uzun (0.08), PM-0104 ile Ashoury (0.08) ve PTX-0292 ile Ashoury (0.08) olduğu belirlenmiştir.
Kendilenmiş monoik atlantik sakızı populasyonunda genetik haritalama için polimorfik yöntem ve primerlerin belirlenmesi
Bu çalışmada, AFLP yöntemi ve AFLP'den türemiş yöntemler olan SAMPL ve TE-AFLP yöntemleri ile kodominant markör yöntemi olan SSR yöntemi kullanılmış, kendilenmiş monoik atlantik sakızı populasyonunda genetik haritalama için polimorfik yöntem ve primerlerin belirlenmesi amaçlanmıştır. Çalışmada ebeveyn olarak monoik P. atlantica ve bu monoik bitkinin kendilenmesiyle elde edilmiş 10 adet yavru birey kullanılmıştır. AFLP yönteminde 96 adet EcoRI-MseI primer kombinasyonu, 603'ü polimorfik olan toplam 8177 bant, SAMPL yönteminde 96 adet SAMPL-MseI primer kombinasyonu 358'i polimorfik olan toplam 5952 bant, TE-AFLP yönteminde 8 adet Xba-BamHI primer kombinasyonu 36'sı polimorfik olan toplam 302 bant ve SSR yönteminde 33 primer çifti kullanılmış, 18'i polimorfik olan toplam 50 bant elde edilmiştir. Çalışma sonucunda, en fazla polimorfik bant veren yöntemin AFLP yöntemi olduğu ve genetik haritalama çalışması için AFLP yönteminin en uygun yöntem olduğu, AFLP yöntemiyle birlikte kodominant markör yöntemi olan SRR yönteminin kullanılmasının avantaj sağlayabileceği görülmüştür.
Bazı çilek çeşit ve genotiplerinin moleküler markör teknikleri ile karakterizasyonu
Bu çalışma Türk ve yabancı orijinli 34 çilek çeşit ve genotipi arasındaki genetik ilişkileri ortaya çıkarmak amacıyla CAPS ve SSR DNA moleküler markör teknikleri kullanılarak yapılmıştır. Çalışmada 17 adet CAPS primer enzim kombinasyonu ve 12 adet SSR primer çifti kullanılmıştır. CAPS primer-enzim kombinasyonları 52'si polimorfik olan toplam 60 adet bant üretmiştir. Kullanılan SSR primer çiftlerinden ise 145'i polimorfik olan toplam 150 adet allel elde edilmiştir. CAPS tekniğinde genetik benzerlik katsayısı 0.56?0.95 arasında değişmiştir. Call Giant-4 ile Festival'in (0.95) genetik olarak birbirlerine en yakın, Maya ile Whitney'in (0.56) genetik olarak birbirine en uzak genotipler olduğu belirlenmiştir. SSR tekniğinde elde edilen sonuçlara göre, genetik benzerlik katsayısı 0.55-0.94 arasında değişmiştir. Call Giant-2 ile Call Giant-3'ün (0.94) birbirine en yakın, 8 nolu genotip ile Call Giant-4'ün (0.55) ise en uzak genotipler olduğu tespit edilmiştir. CAPS ve SSR verilerinin birlikte analiz edilmesi sonucunda ise, genetik benzerlik katsayısı 0.59-0.91 arasında değişim göstermiştir. Call Giant-2 ile Call Giant-3 (0.91) en yakın, 8 nolu genotip ile Call Giant-4 (0.59) ise en uzak genotipler olarak bulunmuştur. Sonuç olarak, çilek çeşit ve genotiplerinin karakterizasyonunda, SSR yöntemi CAPS tekniğine göre polimorfizm oranı (PO) ve polimorfizm bilgi içeriği (PBİ) bakımından daha üstün bulunurken, CAPS tekniği ise ayırma gücü bakımından SSR yönteminden daha üstün bulunmuştur.
Soya ve mısırda genetiği değiştirilmiş ürünlerin belirlenmesi
Bu çalışmada, ithal olarak temin edilen ve bölgemizde yetiştirilen soya ve mısır tohumları ile değişik marketlerden toplanan gıda ürünlerinde genetiği değiştirilmiş organizmaların kalitatif olarak PCR analizleri ile belirlenmesi amaçlanmıştır. DNA izolasyonları 45'i ithal ve 17'si bölgemizde yetiştirilen mısır çeşitlerine ait tohumlar olmak üzere toplam 62 mısır tohumu örneği ile 30'u ithal, 8'i bölgemizde yetiştirilen soya çeşitlerine ait tohumlar olmak üzere toplam 38 soya örneğinde ve 7 çeşit gıda ürününde 3 farklı izolasyon metodu (Wizard-promega food kit, Nucleospin food kit ve CTAB metodu) kullanılarak, en iyi izolasyon yöntemini belirlemek için yapılmıştır. Yapılan DNA izolasyonu sonuçlarına göre, en iyi sonucu Nucleospin food kit vermiştir. DNA'sı elde edilen gıda örneklerinde lektin/zein geninin PCR amplifikasyonunda, bir örneğin zein geni, iki örneğin ise lektin geni içerdiği belirlenmiştir. Daha sonra tüm örneklerde 35S promotör ve Nos terminatör taraması yapılarak pozitif sonuç veren örneklerde nested PCR ile spesifik GDO belirleme yapılmıştır. Tarama sonucunda gıda ürünlerinin ve yerel mısır ve soya tohum örneklerinin GDO içermediği, ithal soya ve mısır örneklerinin hepsinin de transgenik olduğu belirlenmiştir. Nested-PCR sonuçlarına göre, ithal soya örneklerinde Roundup Ready soya belirlenirken, ithal mısır örneklerinin tümü Bt11 içermiştir. Ayrıca, ithal mısır örneklerinin 5 tanesinin Bt11 ile birlikte MON810 ve iki tanesinin de Bt176 da içerdiği belirlenmiştir. Sonuç olarak, ithal edilen soya örneklerinin genetiği değiştirilmiş olduğu ve mutlaka gümrüklerde kontrollerin yapılması gerektiği sonucuna varılmıştır
Pistacia vera L. X Pistacia atlantica Desf. melez populasyonunda genetik haritalama
Bu çalışma ISSR, SRAP ve AFLP teknikleri kullanılarak antepfıstığının ilk genetik bağlantı haritasını oluşturmak amacıyla yapılmıştır. `Siirt' (Pistacia vera L.) çeşidi ile monoik `PA-18' genotipi (Pistacia atlantica Desf.) arasındaki melezlemeye ait 92 F1 bitkisi ile `double pseudo-testcross' haritalama metodu uygulanarak iki ayrı genetik bağlantı haritası oluşturulmuştur. Çalışmada uygulanan 16 ISSR primerinden açılım gösteren 19 markörün 9'u `Siirt' çeşidinde, 10'u ise `PA-18' genotipinde tespit edilmiştir. Ayrıca uygulanan 27 SRAP primer kombinasyonundan 96 markör açılım göstermiş olup bunların 49 adedi `Siirt' çeşidinde, 47 adedi `PA-18' genotipinde belirlenmiştir. Bununla birlikte, 27 AFLP primer kombinasyonuna ait açılım gösteren 206 markörden `Siirt' çeşidinde ve `PA-18' genotipinde sırasıyla 107 ve 99 markör olarak tespit edilmiştir. Bu çalışmada, `Siirt' çeşidinin haritasına ait toplam 165 markörün (9 ISSR, 49 SRAP, 107 AFLP) %87'si 1:1 ve %13'ü ise 3:1 açılım oranlarına sahip olmuş ve ortalama markör yoğunluğu ise 9.70 olarak belirlenmiştir. Diğer taraftan `PA-18' genotipinin haritasını oluşturan toplam 156 markörden (10 ISSR, 47 SRAP, 99 AFLP) %86'sı ve %14'ü sırasıyla 1:1 ve 3:1 açılım göstermiş olup bunlara ait markör yoğunluğu 8.21 olarak tespit edilmiştir. Bunlarla birlikte, 17 bağlantı grubuna sahip `Siirt' haritası toplam 1237.3 cM uzunluğunda olup iki markör arasındaki ortalama uzaklık ise 7.50 cM olarak hesaplanmıştır. `PA-18' genotipinin haritasını oluşturan 19 bağlantı grubunun toplam uzunluğu ise 1337.5 cM ve markörler arası ortalama uzaklık ise 8.57 cM olarak saptanmıştır. Sonuç olarak bu çalışmada antepfıstığının moleküler ıslaha geçiş için temel oluşturacak ilk genetik bağlantı haritası oluşturulmuştur. Gelecekte antepfıstığında yapılacak haritalama çalışmalarında daha fazla genom içeriğine sahip olmak ve daha yüksek yoğunluklu doymuş genetik haritalar elde etmek için daha fazla sayıda bitki analiz edilmeli ve daha fazla sayıda açılım gösteren dominant markörler ile birlikte SSR gibi kodominant markörler kullanılmalıdır.
Antep fıstığı SSR lokuslarından yeni ISSR primerlerinin geliştirilmesi
Bu çalışmada, antepfıstığında dört farklı motif ile zenginleştirilerek oluşturulan genomik kütüphanenin kullanılmasıyla ortaya çıkan SSR lokuslarından yeni ISSR primerlerinin antepfıstığı, ceviz, elma, kayısı ve kiraz türlerinde test edilmesi ile geliştirilmesi amaçlanmıştır. Çalışmada herbir türden sekiz çeşit veya genotip ile birlikte yeni dizayn edilen 137 adet ISSR primeri kullanılmştır. British Columbia üniversitesi tartafından geliştirilen 36 ISSR primeri de karşılaştırma amaçlı kullanılmıştır. Yeni geliştirilen ISSR primerleri ile antepfıstığında, 618'i polimorfik olmak üzere toplam 791 bant, cevizde 395'i polimorfik olmak üzere toplam 613 bant, elmada, 496'sı polimorfik olmak üzere toplam 696 bant, kayısıda, 429'u polimorfik olmak üzere toplam 666 ve kirazda ise 281'i polimorfik olmak üzere toplam 514 bant elde edilmiştir. Elden edilen toplam bant sayısı ve polimorfizm seviyesi bakımından yeni geliştirilen ISSR primerleri UBC primerleri ile benzer özellik göstermişlerdir. Sonuç olarak, bu çalışma yeni geliştirilen ISSR primerlerinin çeşit tanımlanmasında, genetik kaynakların karakterizasyonunda, markör geliştirmede ve genetik haritalamada kullanılabileceğini göstermiştir.
Amasya elmasında SSR markörleri ile genetik haritalama
Amasya elması güzel koku ve aroması nedeniyle ülkemizin en önemli yerel elma çeşitlerinden biridir. Bu çalışmada ileride elmada yapılacak ıslah çalışmalarında erken seleksiyon sağlaması için Amasya elmasının genetik haritasının oluşturulması amaçlanmıştır. `Kaşel-37' x `Delbarestivale' melezlemesinden elde edilen 180 F1 bitkisi ile SSR markörleri genetik haritalamada kullanılmıştır. Double pseudo testcross stratejisi uygulanarak evebeynler için ayrı ayrı iki genetik harita oluşturulmuştur. Ayrıca ortak SSR markörleri ile ortak referans haritada da oluşturulmuştur. Bu araştırmada açılım gösteren 363 SSR primer çiftinden 388 markör haritalanmıştır. `Kaşel-37'çeşidi genetik haritası %93'ü kodominant ve %7'si dominant olmak üzere toplamda 299 SSR markörü içermiş ve her bir bağlantı grubu başına düşen ortalama markör sayısı 17.58 olmuştur. `Delbarestivale'çeşidi genetik haritası %93'ü kodominant ve %7'si dominant olmak üzere toplamda 273 SSR markörü içermiş ve her bir bağlantı grubu başına düşen ortalama markör sayısı 16.05 olmuştur. Referans harita ise 196 adet ortak SSR markörü içermiş ve her bir bağlantı grubu başına düşen ortalama markör sayısı 11.52 olmuştur. `Kaşel-37' genetik haritası toplamda 17 bağlantı grubunda 1397.9 cM uzunluğa ve 4.68 cM ortalama markör yoğunluğuna sahip olurken, `Delbarestivale' genetik haritası isetoplamda 1346.0 cM uzunluğa ve 4.93 cM ortalama markör yoğunluğuna sahip olmuştur. Referans genetik haritası ise 1269.5 cM uzunluğa ve 6.48 cM ortalama markör yoğunluğuna sahip olmuştur. Sonuç olarak, elmada SSR markörleri ile yapılan en yoğun haritalardan biri bu çalışmada oluşturulmuştur. Bundan sonraki genetik haritalama çalışmalarında farklı markör yöntemlerinden elde edilecek markörler haritaya yerleştirilerek Amasya elmasında daha yoğun bir genetik harita elde edilmelidir.
Genetiği değiştirilmiş ürünlerin çoklu real-time PCR ile belirlenmesi
Ticari değeri olan genetiği değiştirilmiş organizmaların (GDO) sayısı vebunları belirlemek için geliştirilen moleküler teknikler sürekli değişmektedir. Bununsonucunda GDO laboratuvarları ve gıda üretim endüstrisi ham materyallerde vekompleks işlenmiş gıda ürünlerinde güvenilir farklı yöntemleri uygulamayazorlanmaktadır. Bu çalışmada GDO analizlerinde çoğunlukla kullanılan 35S(karnabahar mozaik virüs promotörü), NOS (Agrobacterium tumefaciens'in nopalinsentez geni terminatörü), FMV (Sıracaotu mozaik virüsünün 35S promotörü) ve Bar(Streptomyces hygroscopicus toprak bakterisi) genlerini belirlemek için çoklu realtimePCR sistemlerinin geliştirilmesi amaçlanmıştır. Bunlara ek olarak, PCRreaksiyonlarında engelleyici bir maddenin olup olmadığını kontrol edebilmek içindahili pozitif kontrol (IPC) ve bitki DNA'sının olup olmadığını belirlemek için bitkispesifik (18sR) probları kullanılmıştır. Real-time PCR reaksiyonlarında üç adet 35S,üç adet NOS, bir adet FMV ve 1 adet Bar genlerinin TaqManTM problarınınkombinasyonları test edilmiştir. Sonuç olarak, ikili, üçlü ve dörtlü real-time PCRyöntemleri IPC ve 18sR genlerini içerecek şekilde geliştirilmiştir. Tümkombinasyonlar hem Applied Biosystem (ABI 7500) hem de Strategene (Mx3005P)firmalarının Real-time PCR cihazlarında yapılmıştır. Geliştirilen yöntemlerin GDOlaboratuvarlarında tarama için ucuz ve uygun olduğu bulunmuştur.Anahtar Kelimeler: Genetiği değiştirilmiş organizma (GDO), Real-Time PCR,Multipleks.
Antepfıstığında Siirt x bağyolu f1 populasyonu kullanılarak SSR markörleri ile genetik haritalama
Bu çalışmada SSR markör tekniği kullanılarak antepfıstığının genetik bağlantı haritasının oluşturulması amaçlanmıştır. `Siirt' x `Bağyolu' çeşitleri arasındaki melezlemeye ait 89 F1 bitkisi ile `double pseudo-testcross' haritalama metodu uygulanarak iki ayrı genetik bağlantı haritası oluşturulmuştur. Bu araştırmada açılım gösteren 105 SSR primer çiftinden 129 markör haritalanmıştır. `Siirt' çeşidi genetik haritası 70 SSR markörü içermiş ve her bir bağlantı grubu başına düşen ortalama markör sayısı 4.6 adet olmuştur. `Bağyolu' genotipi genetik haritası toplamda 85 SSR markörü içermiş ve her bir bağlantı grubu başına düşen ortalama markör sayısı 5.6 adet olmuştur. `Siirt' genetik haritası toplamda 15 bağlantı grubunda 671 cM uzunluğa ve 9.5 cM ortalama markör yoğunluğuna sahip olurken, `Bağyolu' genetik haritası ise toplamda 761.2 cM uzunluğa ve 8.9 cM ortalama markör yoğunluğuna sahip olmuştur. Sonuç olarak, bu çalışmada antepfıstığının SSR markörleri ile yapılan ilk genetik bağlantı haritası oluşturulmuştur. Bundan sonra yapılacak olan antepfıstığı genetik haritalama çalışmalarında daha fazla genom içeriğine sahip daha yüksek yoğunluklu doymuş genetik haritalar elde etmek için daha fazla sayıda açılım gösteren dominant ve kodominant markörler kullanılmalıdır.
Mikrosatellit markörleri ile Amasya elmasının genetik bağlantı gruplarının oluşturulması
Bu çalışmada Amasya elmasının SSR markörleri ile genetik bağlantı haritasının oluşturulması amaçlanmıştır. Bu amaçla Amasya elması içerisinden seçilen `Kaşel-41 çeşidi ile `Williams Pride çeşitlerinin melezlenmesinden oluşan F1 populasyonu çalışmanın materyalini oluşturmuştur. SSR primer çiftlerinin taranması sonucunda 702 primer çiftinden 381 adedi açılım göstermiş ve 96 melez bireyde analiz edilerek 396 SSR markörü haritalanmıştır. Herbir bağlantı grubu için 4 farklı harita oluşturulmuştur. Tüm markörlerle yapılan genetik haritada 396 markörün %89.9u kodominant, %10.1i dominant açılım göstermiş ve markör yoğunluğu 23.29 olarak belirlenmiştir. Bu harita 1476.4 cM uzunluğunda olup markörler arasındaki ortalama uzaklık ise 3.73 cM olarak hesaplanmıştır. `Kaşel-41 çeşidinin haritasında toplam 300 markör ile markör yoğunluğu 17.64 olarak belirlenmiştir. Bu çeşide ait harita uzunluğu 1424.9 cM, markörler arası ortalama uzaklık ise 4.75 olarak hesaplanmıştır. `Williams Pride çeşidinin haritası toplam 302 markör içermiş ve 1436.4 cM uzunluğa sahip olmuştur. İki markör arasındaki ortalama uzaklık ise 4.76 cM ve markör yoğunluğu 17.76 olarak hesaplanmıştır. Dördüncü harita ortak markörler ile yapılmış ve bu haritada 207 markör açılım göstermiş olup uzunluğu 1351 cM, markör yoğunluğu 12.17 ve markörler arası ortalama uzaklık ise 6.52 cM olarak saptanmıştır. Boylece elmada şimdiye kadarki en iyi referans harita bu çalışma ile oluşturulmuştur. Yeni SSR markörleri ve farklı markör yöntemlerinin kullanılması, ileriki zamanlarda yapılacak genetik haritalama çalışmalarında yüksek yoğunluklu harita elde edilmesinde fayda sağlayacaktır. Anahtar Kelimeler: Elma, SSR, Genetik haritalama
Ceviz (juglans regia l.) için mikrosatellit (ssr)primerlerin geliştirilmesi
Bu çalışmada daha önceki bir çalışmada J. nigra DNA'sı kullanılarak oluşturulan ve 'GA' ile 'AC' tekrar dizileri ile zenginleştirilen genomik kütüphanelerden dizayn edilen SSR primer çiftlerinin J. regia'da amplifikasyon ve polimorfizm bakımından test edilmesi amaçlanmıştır. Toplam olarak 'GA' ile zenginleştirilmiş kütüphanaden 99 adet SSR primer çifti test edilirken, 'AC' ile zenginleştirilmiş kütüphaneden ise 241 primer çifti test edilmiştir. 'GA' ile zenginleştirilmiş kütüphaneden geliştirilen SSR primer çiftlerinden 47 (%47.5) tanesi bant üretmiş ve 19 tanesi (%19.2) polimorfizm gösterirken, 'AC' ile zenginleştirilmiş genomik kütüphaneden geliştirilen SSR primer çiftlerinden 44 tanesi (%18.3) gradient PCR sonucu bant vermiş ve bunlardan 13 tanesi (%5.4) polimorfik bulunmuştur. 'GA' kütüphanesindeki 19 polimorfik SSR primerden 90 adet allel elde edilmiş ve bunların 66 tanesi (%73.4) polimorfizm gösterirken, 'AC' kütüphanesindeki 13 adet polimorfik SSR primer çifti 81 adet allel üretmiş ve bunlardan 32 tanesi (%39.5) polimorfizm göstermiştir. Özetle bu çalışmada 32 adet (%9.41) polimorfik SSR primer çifti geliştirilmiş ve bu primerlerin 20 ceviz çeşi/genotipinde analizinden 98 adet polimorfik allel elde edilmiştir. Bu polimorfik SSR primerleri açılım gösteren bir populasyonda da ('Maraş-12' X 'Kaplan-86') test edilmiş ve 13 tanesinin kodominant açılım gösterdiği belirlenmiştir. Sonuç olarak, bu çalışmada geliştirilen SSR primer çiftleri bundan sonra cevizde yapılacak genetik karakterizasyon, populasyon genetiği, genetik haritalama, çeşitlerin tanımlanması ve genetik kaynakların karakterizasyonu gibi genetik çalışmalarda kullanılabilir.
Developing and genetic mapping of simple sequence repeat (SSR) markers in walnut
There are not adequate number of published SSR (simple sequence repeat) markers, and there is no a SSR-based genetic linkage map for walnut in the literature. Therefore, the first objective of this study was to develop new SSR markers in walnut for further genetic studies. The second objective of this study was to construct a SSR-based genetic linkage map using Chandler x Kaplan-86 F1 population in walnut. A total of 558 bacterial artificial chromosome end sequences (BES-SSR) primer pairs from J. regia were designed and 507 primers (91%) had successfully amplification patterns. A total of 1097 alleles were generated from 307 polymorphic SSR primers, ranging from 2 to 11, with an average of 3.6 per locus. Polymorphism information contents (PIC) varied from 0.11 to 0.88 with an average of 0.46. Walnut consensus map was successfully constructed, and 285 SSR loci were mapped along with 16 linkage groups. The total map length was 1.320,2 cM, with a mean marker density of 4.63 cM. The LG length varied from 40.8 cM (LG16) to 143.6 cM (LG8). The average marker distance varied from 2.63 (LG10) to 8.38 (LG15). The number of markers changed between 6 (LG16) to 27 (LG3). In conclusion, the first SSR genetic linkage map of walnut was constructed with the new SSR markers developed in this study. However, more SSR markers are necessary to extent the short linkage groups and to fill gaps in the current map.
Genetic mapping in almond using 'Gülcan-2 x Lauranne' and 'Guara x Nurlu' F1 populations by SSR markers
There are several SSR (simple sequence reepat) based genetic linkage maps in almond in the literature. However, they have inadequate number of markers. The objective of this study was to construct well saturated, SSR-based genetic linkage maps using 'Gülcan-2 x Lauranne' and 'Guara x Nurlu' F1 populations in almond. A total of 275 SSR primer pairs selected from the previous studies from various Prunus species were tested in both populations. A total of 175 SSR loci segregated in 'Gülcan-2 x Lauranne' population and 162 SSR loci were mapped into eight linkage groups. The total map length was 514.6 cM, with an average marker density of 3.2 cM. The LG lengths varied from 40.1 cM (LG6) to 84.6 cM (LG1). The number of markers in eight LGs changed between 12 (LG6) and 29 (LG2). In 'Guara x Nurlu' population, 159 markers segregated and 153 SSR loci were mapped. The total map length was 493.9 cM with an average marker distance of 3.2 cM. The LG lengths varied from 49.8 cM (LG5) to 85.1 cM (LG1), and the average length was 64.1 cM. The number of markers changed between 15 (LG4) and 25 (LG2). In conclusion, individual parental maps and consensus SSR-based genetic linkage maps in almond were constructed in two F1 populations in this study. The maps can be used in QTL (Quantitative Trait Loci) analysis of economically important phenotypic characters in almond, and this may provide linked DNA markers for marker assisted selection (MAS) in cultivar breeding programs in the future.
Farklı DNA markörleri kullanarak amasya elmasının doymuş genetik haritasının oluşturulması
Amasya elması kendine özgü hoş kokusu, aroması ve uzun süre bozulmadan depolanabilme özellikleri yönünden önemli bir yerel çeşidimizdir. Bu çalışmada, 'Kaşel-37' x 'Delbarestivale' melezlemesinden elde edilen 180 F1 bitkisi ile farklı DNA markör sistemleri kullanılarak Amasya elmasında doymuş bir genetik haritanın oluşturulması amaçlanmıştır. 'Kaşel-37' ve 'Delbarestivale' çeşitlerine ait iki ayrı genetik bağlantı haritaları SNP ve SilicoDArT, SSR, AFLP, E-STS, RGA ve diğer markörler ile 'double pseudo testcross' haritalama metodu kullanılarak oluşturulmuştur. 'Kaşel-37' çeşidinin genetik haritasında 17 bağlantı grubu üzerinde, 3,903 SNP ve SilicoDArT, 342 SSR, 210 AFLP, 8 adet E-STS, 1 RGA ve 4 adet farklı özellikler ile ilişkili markör olmak üzere toplam 4,468 markör yer almıştır. Ortalama markör sayısı 262.8 ve markörler arası ortalama uzaklık 0.51 cM olarak hesaplanmıştır. Toplam harita uzunluğu 2,284.7 cM, ortalama bağlantı grubu uzunluğu ise 134.4 cM olarak hesaplanmıştır. 'Delbarestivale' çeşidinin genetik haritasında 17 bağlantı grubu üzerinde, 3,527 SNP ve SilicoDArT, 340 SSR, 185 AFLP, 5 adet E-STS, 1 RGA ve 6 adet farklı özellikler ile ilişkili markör olmak üzere toplam 4,064 markör yer almıştır. Ortalama markör sayısı 239.1 ve markörler arası ortalama uzaklık 0.60 cM olarak hesaplanmıştır. Toplam harita uzunluğu 2,438.6 cM, ortalama bağlantı grubu uzunluğu ise 143.5 cM olarak hesaplanmıştır. Her iki çeşide ait doymuş genetik haritaların oluşturulması ve markörlerin kromozom üzerinde yerlerinin belirlenmiş olması, ileride bu F1 bitkilerden elde edilen fenotipik verilerin kullanılması ile birlikte QTL (Quantitative Trait Loci) analizleri gerçekleştirilecek ve yeni markörler de geliştirilebilecektir. Anahtar Kelimeler: Elma, Genetik harita, SNP, SSR, AFLP
Cevizde (Juglans regia L.) DNA markörleri ile genetik haritalama
Bu çalışmada cevizde moleküler ıslaha geçişte temel oluşturacak ilk yoğun genetik bağlantı haritasının oluşturulması amaçlanmıştır. Maraş-12 ve Kaplan-86 ceviz çeşitlerinin melezlenmesi sonucu elde edilen F1 bireylerde genetik haritalama double pseudo-testcross tekniği uygulanarak gerçekleştirilmiştir. Genetik haritalama çalışmasında AFLP, SRAP ve SSR yöntemleri kullanılmış olup sırasıyla 360, 240 ve 319 primer çifti taranmıştır. Bu primer kombinasyonlarından 45 AFLP, 40 SRAP ve 122 SSR primer çifti haritalamada kullanılmıştır. AFLP analizlerinden 452, SRAP analizlerinde 383, SSR analizlerinde 129 markör açılım göstermiştir. Açılım gösteren markörlerden 379 AFLP, 294 SRAP ve 96 SSR haritalanmıştır. Primer çifti başına düşen haritalanan markör sayısı sırasıyla 8.42 (AFLP), 7.35 (SRAP), 0.79 (SSR) olarak belirlenmiştir. Maraş-12 çeşidi genetik haritası 492 markör (68 SSR, 191 SRAP, 233 AFLP) içermiş ve 1407 cM uzunluğa sahip olmuştur. Kaplan-86 çeşidi genetik haritasında ise 461 markör (57 SSR, 191 SRAP, 213 AFLP) yer almış ve 1426 cM uzunluğa sahip olmuştur. Markör yoğunluğu Maraş-12 genetik haritasında 2.86 iken, Kaplan-86 çeşidi genetik haritasında ise 3.09 olmuştur. Elde edilen bulgular sonucunda cevizde yoğun genetik haritalar elde edilmiştir.
Antepfıstığından geliştirilen EST-SSR markörler ile pistacia türlerinin filogenetik analizi
Bu çalışmanın amacı, yeni genik basit dizi tekrar (EST-SSR) markörleri gelirtirmek ve Pistacia türleri arasındaki filogenetik ilişkileri belirlemektir. RNA sekanslaması P. vera türüne ait Siirt ve Atlı çeşitlerinin farklı organlarından alınan örneklerden yapılmıştır. Birleştirme analizi sonucunda yaklaşık 37.5 Mb veri birleştirilmiştir. Toplam 98,831 contig ve unigen elde edilmiştir. N50 değeri 1,333 olarak hesaplanmıştır. Ayrıca toplam 14,308 di-, tri-, tetra-, penta- and hekza-nükleotit SSR motif belirlenmiş ve en yoğun bulunan SSR motif tekrarları tri-nükleotit (%29.54), di-nükleotit (%24.06), hekza-nükleotit (%20.67), penta-nükleotit (%18.88) and tetra-nükleotit (%6.85) olarak belirlenmiştir. Toplam 250 adet primer çifti dizayn edilmiş ve 8 Pistacia türünde test edilmiş ve 233 genik SSR lokusu en az bir adet Pistacia türünde bant vermiştir. Toplam 233 EST-SSR primeri toplam 10 adet Pistacia türüne ait 11 adet P. vera çeşidi ve 78 adet yabani Pistacia genotipinin kapiler elektroforezi yapılmış ve tüm türlerde amplifiye olan polimorfik 82 adet EST-SSR lokusu belirlenmiştir. Bant veren polimorfik EST-SSR lokusları içerisinden kolay skorlanabilen toplam 55 adet EST-SSR lokusu seçilmiş ve 10 türe ait (P. vera, P. khinjuk, P. eurycarpa, P. atlantica, P. mutica, P.integerrima, P. chinensis, P. terebinthus, P. palaestina ve P. lentiscus) 89 genotipte ilk kez karakterizasyonu yapılmıştır. Toplam 89 genotipin genetik çeşitlilik, kümeleme (UPGMA) ve yapısal (STRUCTURE) genetik analizleri yapılmıştır. Genetik çeşitlilik analiz sonucunda 434 allel elde edilmiş ve ortalama allel sayısı Na=7.89 olmuştur. Tüm Pistacia genotipleri için ortalama etkili allel sayısı Ne=3.40 olarak hesaplamıştır. Ortalama gözlenen heterozigotluk Ho=0.39, ortalama beklenen heterozigotluk He=0.65 ve polimorfizm bilgi içeriği PIC=0.61 olarak saptanmıştır. Soyağacı ve yapısal genetik analizleri sonucunda 7 alt grup oluşmuş ve P. vera'ya en yakın tür P. khinjuk olmuştur. P. eurycarpa ise P. atlantica'ya daha yakın bulunmuştur. P. atlantica-P. mutica ve P. terebinthus-P. palaestina türleri türleri arasında net bir ayrım olmamış ve bu nedenle aynı tür oldukları belirlenmiştir. Bu çalışmada EST-SSR markörlerinin Pistacia tür ve çeşitlerinin karakterizasyonu ile genetik haritalama ve QTL çalışmalarında kullanılabileceği belirlenmiştir.
Antepfıstığında yeni nesil sekanslama teknolojisi kullanılarak ssr markörlerin geliştirilmesi ve referans genetik haritanın oluşturulması
Pistacia türleri için literatürde sınırlı sayıda SSR markörleri vardır. Bu nedenle, bu çalışmada yeni nesil sekanslama (NGS) yöntemi ile in silico olarak yeni polimorfik SSR markörler geliştirilmesi ve antepfıstığında ilk SSR tabanlı genetik bağlantı haritalarının oluşturulması amaçlanmıştır. Üç Pistacia vera L. çeşidinden (Siirt, Ohadi ve Bağyolu) ve bir monoik P. atlantica Desf (Pa-18) genotipinden yaklaşık 10x yoğunluğunda elde edilen Illumina sekanslarından polimorfik SSR lokusları elde edilmiştir. Toplam 750 polimorfik SSR lokusu dizayn edilmiş ve 79 adedi (%10.5) yapılan PCR reaksiyonlarında amplifiye olmamıştır. Geri kalan markörler altı P. atlantica genotipi ve 18 P. vera çeşidinde kapiler elektroforez ile polimorfizm bakımından test edilmiştir. Kopleks bant üreten 53 SSR lokusu çalışma kapsamından çıkarılmıştır. Skorlanabilir bant veren toplam 618 SSR primer çiftinden 625 SSR lokusu elde edilmiştir. Gerek bu çalışmadaki gerekse literatürdeki SSR'lar ile Siirt x Bağyolu F1 populasyonu kullanılarak antepfıstığında SSR tabanlı ilk genetik bağlantı haritasını oluşturmak için kullanılmıştır. Ebeveynler, birleştirilmiş ve referans genetik haritalar ayrı ayrı oluşturulmuştur. Birleştirilmiş haritada %70.9'u ortak markör olmak üzere 15 bağlantı grubunda toplam 385 adet markör yer almıştır. Bağlantı gruplarının uzunluğu 61.3 cM (LG8) ile 131.0 cM (LG12) arasında değişmiş ve toplamda 1,511.2 cM uzunluğunda genetik harita elde edilmiştir. Markörler arasındaki uzaklık 3.9 cM ve markör yoğunluğu ise 0.25 olarak hesaplanmıştır. Bu çalışmada geliştirilen yeni SSR markörleri ve oluşturulan genetik haritalar bundan sonra antepfıstığında yapılacak genetik haritalama ve genetik karakterizasyon gibi çalışmalar için referans olacaktır.
Development of SSR markers by next generation sequencing in pistacia, genetic linkage mapping and QTL analysis using an inter-specific F1 population
Pistachio (Pistacia vera L.) is one of the most important nut crops in the world. There are about 11 wild species in the genus Pistacia. Genome survey sequences of pistachio was obtained at 40x depth by next generation sequencing to understand genome structure. The assembly of 26.77 Gb Illumina data produced 27,069 scaffolds in the P. vera cv. Siirt genome. A total of 59,280 SSR motifs were detected with a frequency of 8.67 kb. A total of 206 SSRs were used to characterize 24 pistachio cultivars and 20 wild Pistacia genotypes. The novel SSR loci developed from cultivated pistachio were highly transferable to wild Pistacia species. The SSR-based genetic linkage map was constructed using an inter-specific F1 population derived from P. vera L. 'Siirt' and monoecious Pistacia atlantica Desf. (Pa-18 genotype). A total of 388 SSR markers were mapped. The length of consensus map was 1,492 cM along with 15 linkage groups with an average marker distance of 3.7 cM. Sex-linked markers in the literature were also mapped with the SSR markers in LG1. Phenotypic data were collected during 2015 and 2016 growing season for five traits: leaf length (LL), leaf width (LW), number of leaflet (NLF), young shoot color (YSC), and leaf color (LC). QTL analysis were performed for the five traits using the the 'Siirt' and 'Pa-18' SSR-based genetic maps and 17 QTLs were identified. The novel SSR markers, linkage maps, and QTLs reported in this study will be useful resources for future genetic linkage maps and QTL analysis, and for identification of important genes in Pistacia as well as genome sequencing projects.
Chandler ceviz çeşidi DNA dizilerini kullanarak polimorfik mikrosatellit markörlerin geliştirilmesi
Juglans cinsi içerisinde Juglans regia L. ticari olarak yetiştirilen tek türdür. Bitkilerde genetik haritalama çalışmalarında bağlantı gruplarının oluşturulmasında SSR markörleri kullanılmaktadır. Literatürde cevizde geliştirilen SSR sayısı genetik harita oluşturmak için yeterli değildir. Bu çalışmada Chandler ceviz çeşidi DNA dizileri kullanılarak 800 primer çifti dizayn edilmiştir. Elde edilen sonuçlara göre, 551 (%68.9) SSR primeri polimorfik bulunmuştur. Geri kalan primerden 88 (%11) tanesi çalışmamış ve 161 (%20.1) tanesi ise monomorfik bulunmuştur. 16 ceviz çeşidinde (Chandler, Franquette, Hartley, Fernor, Fernette, Serr, Pedro, Midland, Kaplan-86, Maraş-12, Sütyemez-1, Sütyemez-2, Şebin, Kaman-1, Yalova-1 ve Bilecik) 551 SSR markörü test edilerek toplam 2,696 allel elde edilmiştir. Polimorfik 551 SSR primer çifti 2 ile 14 arasında allel sayısı ve lokus başına ortalama 4.89 adet allel elde edilmiştir. Polimorfizim bilgi içeriği (PBİ) değeri 0.21 ile 0.89 arasında değişmiş ve ortalama 0.62 olarak belirlenmiştir. Elde edilen soyağacına göre, yerli ve yabancı ceviz çeşitleri 2 farklı grupta toplanmıştır. Ceviz çeşitleri arasındaki arasındaki genetik benzerlik katsayıları 0.424 - 0.771 arasında bulunmuştur. Genetik benzerlik katsayısına göre Kaman-1 ve Fernor en uzak, Fernor ve Franquette'nin ise en yakın çeşitler olduğu belirlenmiştir. Sonuç olarak, bu çalşmada ceviz için çok sayıda polimorfik SSR lokusu geliştirilmiş ve bundan sonra cevizde yapılacak genetik haritalama, ebeveyn belirleme, populasyon genetiği ve filogenetik araştırmaların altyapısı oluşturulmuştur.
Cevizde yeni SSR primerlerinin geliştirilmesi
Cevizde referans genetik harita oluşturmak için çok sayıda basit dizi tekrarlarından (SSR) elde edilmiş polimorfik primerlere gereksinim vardır. Ancak literatürde yayımlanan SSR sayısı yeterli değildir. Bu nedenle, bu çalışmanın amacı, ileride cevizde genetik haritalama çalışmalarında kullanmak üzere yeni SSR primerleri geliştirmektir. Bu çalışma kapsamında gen bankasındaki Juglans regia'ya ait yapay bakteriyel kromozom dizilerindeki tekrar bölgelerden (BES-SSR) 200 adet SSR primer çifti dizayn edilmiştir. Tüm SSR primerleri 16 adet yerli ve yabancı ceviz çeşitlerinde hem bant üretme hem de polimorfizm bakımından analiz edilmiştir. Bunlardan 190 adet SSR primer çifti (%95) başarılı olarak amplifiye olmuş ve 92 adet primer çifti ise polimorfik bulunmuştur. Polimorfik 92 SSR primer çifti 2 ile 11 arasında, toplamda 324 ve lokus başına ortalama 3.6 adet allel üretmiştir. Polimorfizim bilgi içeriği (PBİ) değeri 0.11 ile 0.88 arasında değişmiş ve ortalama 0.46 olarak belirlenmiştir. Elde edilen soyağacı yerli ve yabancı ceviz çeşitlerini iki gruba ayırmıştır. Sonuç olarak, bu çalışmada kapsamında cevizde ileride genetik çalışmalarda kullanılmak üzere 92 adet yeni polimorfik SSR primer geliştirilmiştir. Anahtar Kelimeler: Ceviz, J. regia, SSR, mikrosatellit
Antepfistığı (Pistacia vera L.) çeşitlerinin genomik-SSR and EST-SSR markörleri ile karakterizasyonu
Bu çalışmada farklı orijinli antepfıstığı (Pistacia vera L.) çeşit ve genotiplerinin moleküler olarak karakterize edilmesi amaçlanmıştır. Karakterizasyon çalışmasında antepfıstığı çeşitlerinden elde edilen transkriptom dizileri kullanılarak SSR primerleri dizayn edilmiştir. Dizayn edilen 100 adet genik SSR'lar arasından polimorfik olan 18 adet primer bu çalışma kapsamında geliştirilmiştir. Geliştirilen genik SSR ile daha önceden geliştirilen 18 adet genomik SSR primerleri toplam 72 adet antepfıstığının karakterizasyonunda kullanılmıştır. Elde edilen sonuçlara göre, toplam 192 allel elde edilmiş ve ortalama allel sayısı 5.3 olarak hesaplanmıştır. Polimorfizm bilgi içeriği (PIC) 0.07 ile 0.79 arasında değişim göstermiş ve ortalaması 0.52 olmuştur. Ortalama gözlenen ve beklenen heterozigotluk değerleri sırasıyla 0.51 ve 0.57 olarak hesaplanmıştır. Filogenetik analiz sonuçlarına göre, antepfıstığı çeşit ve genotipleri temelde İran ve Akdeniz ülkeleri çeşitleri olmak üzere iki ana grubta toplamıştır. Bu iki grup arasında ise Siirt grubu yer almıştır. Bu çalışma sonucunda geliştiirlen EST-SSR primerleri ile çeşitlerin karakterizasyonu sonucu elde edilen veriler antepfıstığında bundan sonra yapılacak çeşit tanımlama, genetik kaynakların karakterizasyonu, markör destekli seleksyon ve ıslah programları gibi çalışmalarda kullanılabilecektir.
Antepfıstığında (P. vera L.) anaç cinsiyetinin çöğür büyümesi ve gelişmesi üzerine etkisinin belirlenmesi
Antepfıstığı (Pistacia vera L.) dioik bir bitki türüdür ve anaç cinsiyetinin kalem üzerine etkisi henüz bilinmemektedir. Bu nedenle, bu çalışmada farklı antepfıstığı çeşitlerine ait çöğürlerin cinsiyetinin çöğür gelişimi üzerine etkileri araştırılmıştır. Bu çalışmada materyal olarak sekiz adet antepfıstığı çeşidinin açık tozlanan ağaçlarından toplanan meyveleri kullanılmıştır. Çeşitlere ait tohumlar katlamadan sonra çimlendirilmiştir. En iyi çimlenmenin Siirt çeşidinde (%90.5) olduğu ve en düşük çimlenmenin ise Ashoury çeşidinde (%57.0) olduğu belirlenmiştir. DNA analizleri ile çöğürlerin cinsiyetleri belirlenmiştir. Çöğürlerde Mart, Nisan, Mayıs ve Haziran aylarında gövde uzunluğu ve gövde çapı ölçümleri yapılmıştır. Çeşitlere ait gövde uzunluğu ölçümlerinde en iyi gelişimin 44.49 cm ve çap gelişiminin 3.97 mm ile Ohadi çeşidinde olduğu tespit edilmiştir. En yüksek gövde çapı Halebi çeşidinin erkek bireylerinde (4,06 mm) belirlenirken en düşük gövde çapı ise Kırmızı çeşidinin dişi (3.33 mm) bireylerinde (3.39 mm) ölçülmüştür. Gövde uzunluğu ise en yüksek Ohadi çeşidi çöğürlerinin dişi (43.10 cm) ve erkek bireylerinde (45.88 cm) ölçülürken en düşük verilerin Uzun çeşidinin çöğürlerine ait dişi (28.71 cm) ve erkek bireylerinde (28.92 cm) olduğu belirlenmiştir. Cinsiyetler arası yapılan karşılaştırmada ise dişi bireylerin ortalama çap değeri 3.66 mm iken erkek bireylere ait ortalama çap değeri ise 3.67 mm olduğu belirtilmiştir. Dişi bitkilerin gövde uzunluğu değeri 33.70 cm bulunurken erkek bitkilerin gövde uzunluğu değeri 34.74 cm bulunmuştur. Sonuç olarak, antepfıstığında çöğürlerin fidanlıktaki ilk yılında anaç cinsiyetinin çöğürlerin büyüme ve gelişmesi üzerine etkisinin olmadığı belirlenmiştir.
Bazı yerli ve yabancı badem çeşitlerinin SSR markör teknikleri ile karakterizasyonu
Badem, Prunus L. cinsi içerisinde yer alan sert kabuklu ılıman iklim meyve türüdür. Karakterizasyon çalışmalarda en sık kullanılan markör yöntemlerinden biri SSR (Simple Sequence Repeats) moleküler yöntemidir. Bu çalışma bazı yerli ve yabancı badem çeşitleri arasındaki genetik ilişkileri ve varyasyonu belirlemek amacıyla yapılmıştır. Bu çalışmada toplam 22 adet badem çeşidi kullanılarak 28 adet SSR primer çifti ile moleküler karakterizasyon yapılmıştır. Toplamda 28 adet SSR lokusundan ortalama allel sayısı 9.46 olan, allel sayısı 2 ile 14 arasında değişen toplam 265 adet allel elde edilmiştir. Ayrıca toplam 22 adet badem çeşidinde alleller 94 bç ile 273 bç aralığında değişmiştir. Genetik çeşitlilik sonucunda ortalama etkili allel sayısı (Ne) 5.85, ortalama gözlenen heterozigotluk (Ho) 0.75 ve beklenen heterozigotluk (He) ise 0.76 olarak hesaplanmıştır. En yüksek allel sayısı 14 adet allel ile CPDCT042 lokusunda tespit edilmiştir. Bununla birlikte, en yüksek He değeri 0.90 ile CPDCT042 ve UDAp-439 primerlerinde belirlenirken, en yüksek polimorfizm bilgi içeriği 0.89 ile CPDCT042 primerinde belirlenmiştir. Elde edilen toplam 265 allel kullanılarak 22 adet badem çeşidinin UPGMA analizi yapılarak soyağacı oluşturulmuştur. Soyağacına göre çeşitler 'Türk' ve 'Yabancı' olmak üzere iki ana gruba ayrılmıştır. Çeşitler arasında genetik benzerlik katsayısına göre birbirine en uzak çeşitler 'Akbadem' yerli badem çeşidi ile 'Nikitsky' yabancı badem çeşidi arasında belirlenmiştir. Sonuç olarak, bu çalışmadan elde dilen sonuçlar bundan sonra bademde yapılacak ıslah ve genetik çalışmaların alt yapısını oluşturacaktır. Anahtar Kelimeler: Badem, SSR, Prunus, genetik benzerlik, karakterizasyon
Antepfıstığı çiçek tomurcuklarında erkek ve dişi organlarının gelişiminde etkili olan miRNA'ların belirlenmesi ve ekspiresyonu
Çiçek açan bitkilerin büyük çoğunluğu hermafrodit çiçeklere sahip iken çok az bir kısmı ayrı ayrı erkek ve dişi bitkilere sahip olan dioik türleri içerir. Antepfıstığı (Pistacia vera L.) dioik bir türdür ve rüzgârla tozlanır. Bu çalışmanın amacı, antepfıstığı dişi ve erkek çiçek tomurcukları içerisindeki cinsiyet organlarının büyüme ve gelişmelerini taramalı elektron mikroskobu (SEM) ile izlemek ve cinsiyet organlarının gelişmesinde etkili olan miRNA'ları ve bunların hedeflediği genleri küçük RNA (sRNA) sekanslaması ile belirlemektir. SEM analizleri ve sRNA sekanslaması için ilkbaharda çiçek tomurcuklarının gelişmeye başlamasından itibaren bir sonraki yıl çiçek açıncaya kadar haftalık olarak örnekler alınmıştır. SEM analizleri sonucunda hem dişi hem de erkek çiçek tomurcuklarının gelişimlerinin ilk aşamalarında her iki cinsiyete ait organların oluştuğu ancak haziran ayı sonundan itibaren karşı cinsiyet organ gelişminin durduğu belirlenmiştir. İlkbaharda tomurcuk gelişiminin ilk aşamalarını kapsayan 10 dönemde ve çiçeklenme öncesi 3 dönemde alınan örneklerde sRNA sekanslaması yapılmıştır. Sekanslama soucunda dişi çiçek tomurcuklarından 159 ile 181 arasında bilinen ve 289 ile 360 arasında değişen sayılarda yeni mikroRNA (miRNA) belirlenmiştir. Erkek çiçek tomurcuklarında ise 134 ile 174 arası bilinen ve 224 ile 335 arasında değişen sayılarda yeni miRNA belirlenmiştir. Dişi ve erkek örnekler arasında 18 tanesi dişilerde ve 7 tanesi ise erkeklerde yüksek seviyede farklı ekspirese olan toplamda 25 adet miRNA belirlenmiş ve bunlar qRT-PCR ile valide edilmiştir. Farklı ekspirese olan miRNA'lardan 11 tanesinin Siirt çeşidi genomunda 78 adet ve Bağyolu genomunda 157 adet geni hedeflediği tespit edilmiştir. Hedeflenen genlerin bir kısmının farklı bitki türlerinde çiçek organlarının gelişmesinden sorumlu genler olduğu belirlenmiştir.