Covid-19 tedavisinde kullanılan bazı yardımcı ilaçlarının kuantum kimyasal hesaplamaları ve moleküler kenetleme analizleri

2019 yılının sonlarında Çin'in Vuhan Eyaleti'nde solunum yolu hastalığı belirtileriyle ortaya çıkan Covid-19 tüm dünyaya yayılıp hayatı durdurmasıyla 2020 yılı ve sonrasına damgasını vurmuştur. Bu tez çalışmasında Covid-19 tedavisinde kullanılan bazı yardımcı ilaç etken maddelerinin kuantum kimyasal hesaplamaları ve moleküler kenetleme analizleri gerçekleştirildi. İlaç etken maddelerinin deneysel karakterizasyon analizleri FTIR spektroskopisi, RAMAN spektroskopisi ve UV-Görünür bölge spektrofotometresi kullanılmıştır. Kuantum kimyasal hesaplamalar için Gaussian09 paket programı DFT/B3LYP/6311G(d,p) temel seti kullanılmıştır. Moleküllerin optimize geometrik parametreleri, titreşim modları, moleküler elektrostatik potansiyel (MEP) yüzey haritaları bu temel set kullanılarak hesaplanmıştır. HOMOLUMO enerjileri için TD-DFT/B3LYP/6311G(d,p) temel seti tercih edilmiştir. Elde edilen deneysel ve teorik veriler karşılaştırıldığında birbirleriyle uyumlu oldukları gözlemlenmiştir. Bu tez çalışmasında Covid-19 tedavisinde kullanılan yardımcı ilaçların Covid-19 proteini (PDB ID:6M03) üzerindeki etkinliğini değerlendirebilmek için moleküler kenetleme analizi yapılmıştır. Moleküler kenetleme çalışmaları AutoDockVina programı kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Moleküler kenetleme analiz sonuçlarından 6M03 proteininin bronkodilatör ilaç grubundan indakaterole en iyi bağlanma afinitesi gösterdiği belirlenmiştir. Tüm veriler değerlendirildiğinde bir molekülün yapısı, içerdiği atomlar, kimyasal kararlılığı gibi özelliklerin moleküler kenetleme skorunu etkilediği belirlenmiştir.