Molecular structure
106 theses under this subject heading
Erişkin tipi diffüz gliomların tiplendirilmesinde moleküler yöntemlere alternatif olarak immünhistokimyasal biyobelirteçlerin kullanımı
Erişkin tipi IDH (izositrat dehidrogenaz)-mutant difüz gliomlar, 1p/19q kodelesyonunun varlığı ya da yokluğuna göre astrositom, IDH-mutant ve oligodendrogliom, IDH-mutant ve 1p/19q kayıplı olarak iki gruba ayrılmaktadır. Astrositomların derecelendirmesinde 2021 Dünya Sağlık Örgütü (DSÖ) sınıflamasında yer alan değişikliğe göre CDKN2A/B homozigot delesyonu (HD) içeren tümörler, mikrovasküler proliferasyon ve/veya nekroz içermeseler dahi derece 4 olarak sınıflandırılmaktadır. Günümüzde IDH-mutant difüz gliomların tanısında ve derecelendirmesinde erişimi zor ve pahalı moleküler yöntemlerin kullanımı zorunlu hale gelmiştir. Biz bu çalışmada moleküler yöntemlere alternatif olabilecek erişimi daha kolay ve ucuz immünhistokimyasal (İHK) vekil biyobelirteçler bulmayı hedefledik. Hacettepe Üniversitesi Tıbbi Patoloji Anabilim Dalı'nda 2014-2021 yılları arasında tanı almış 93 astrositom ve 73 oligodendrogliom vakası kullanılarak doku mikrodizinleri hazırlanmıştır. Bunlardan elde edilen kesitlere 1p/19q ve CDKN2A FISH çalışmaları ile H3K27me3 ve MTAP İHK çalışmaları yapılmıştır ve boyamalar iki gözlemci tarafından değerlendirilmiştir. CDKN2A HD ile MTAP ekspresyon kaybı arasındaki ilişki ve 1p/19q kodelesyonu ile H3K27me3 ekspresyon kaybı arasındaki ilişki incelenmiştir. CDKN2A HD bakılan 161 tümörün 25'inde (%15,1) delesyon saptanmışken, birinci gözlemci 164 tümörün 30'unda (%18,1), ikinci gözlemci 29'unda (%17,5) MTAP kaybı saptamıştır. CDKN2A FISH'e alternatif olarak MTAP'ın sensitivitesi %88, spesifisitesi %95,52-96,27 olarak hesaplanmıştır. Oligodendrogliomların %67,1-68,5'inde, astrositomların ise %21,1-22,6'sinde H3K27me3 ekspresyon kaybı görülmüştür. 1p/19q FISH'e alternatif olarak H3K27me3'ün sensitivitesi %77,42-76,34, spesifisitesi %65,75-67,12 olarak hesaplanmıştır. Sonuç olarak, MTAP İHK çalışması CDKN2A FISH için güvenilir bir vekil biyobelirteç iken; H3K27me3 İHK çalışması 1p/19q FISH çalışmasına alternatif olabilecek sensitif ve spesifik bir belirteç değildir.
Klinik bacteroides fragilis grubu ı̇zolatlarda enterotoksin ve antibiyotik direnç genlerinin prevalansı ve moleküler tiplendirme
Bacteroides fragilis grubu (BFG) izolatları ile gelişen enfeksiyonların tedavisinde kullanılan antibiyotiklere dünya çapında artan direnç oranları bildirilmektedir. Direnç profilleri ülkeler, bölgeler ve hatta hastaneler arasında değiştiği için sürveyans önem arz etmektedir. Bu çalışmada hastanemizde BFG izolatlarında antibiyotik direnç prevalansının, direncin genetik mekanizmalarının belirlenmesi ve bu izolatların moleküler epidemiyolojisinin saptanması amaçlanmıştır. Antibiyotik duyarlılık testleri agar dilüsyon yöntemiyle, direnç genleri tespiti gerçek zamanlı PZR yöntemiyle, moleküler tiplendirme AP-PCR yöntemiyle yapılmıştır. BFG izolatlarının ampisilin, sefoksitin, piperasilin/tazobaktam, imipenem, meropenem, klindamisin, metronidazol ve tigesikline karşı direnç oranları sırasıyla %97.8, %28.3, %11.6, %7.9, %5.1, %47.8, %0 ve %4.3'tür. Tüm izolatlar içinde cepA, cfxA, cfiA, ermF, ermG, ermB, nim, linA, mefA, msrSA, tetQ, tetX, tetX1 ve bft geni sırasıyla %42.8, %44.9, %8.7, %44.2, %10.9, %2.2, %0.7, %29, %17.4, %7.2, %76.1, %8, %37.7 ve %16.7 oranlarında saptanmıştır. Klindamisin direnç genlerinin (ermF, ermG, ermB, mefA, msrSA, linA) BFG izolatlarında yaygın olduğu belirlenmiştir. Karbapenem direnç geni (cfiA) taşıyan 12 B. fragilis izolatının beşinde upstream bölgesinde IS [IS1187(n=3), ISBf6(n=1), IS612B(n=1)] saptanmıştır. Bu izolatlarda yüksek imipenemaz aktivitesi olduğu gözlenmiştir. Metronidazole azalmış duyarlılık saptanan bir izolatta nimE geni saptanmıştır. AP-PCR ile 101 farklı genotip saptanmış, BFG'de yüksek düzeyde genetik farklılık olduğu gözlenmiştir. Bu çalışmada, BFG izolatlarının antibiyotiklere direnç durumları ve direnç gelişiminde önemli role sahip direnç genlerine ait veri sağlanmıştır.
Şanlıurfa bölgesindeki evcil kanatlılardan mycoplasma gallisepticum izolasyonu ve moleküler karakterizasyonu
Bu çalışma, Şanlıurfa bölgesindeki evcil kanatlılarda yaygın olarak görülen kronik solunum yolu hastalığı (Chronic Respiratory Disease) (CRD)'nın etkeni olan Mycoplasma gallisepticum (M. gallisepticum) (MG)'un yerel suşlarını izole etmek, polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) ile etkeni moleküler olarak doğrulamak, izole edilen suşların amplifiye edilen mgc2 gen bölgelerine, sekanslama ve Restriction fragment length polymorphism (RFLP) ile filogenetik analiz yapmak, referans M. gallisepticum S6 suşu ve M. gallisepticum 6/85 aşı suşu ile, izole edilen saha suşları arasında protein profillerini karşılaştırmak ve hastalıkta oluşan antikorları saptamak amacı ile Western blot (WB) analizlerinin yapılması amacıyla yürütüldü. Çalışmada hayvan materyali olarak 120 evcil kanatlıya ait trakeal svab ve doku örnekleri etken izolasyonu için kullanıldı. İzolasyon çalışması sonucunda, 3 tanesi tavuklara, 4 tanesi ise hindilere ait olan toplam 120 örneğin 7'sinden (%5.8) M. gallisepticum izole edildi. PCR analizi sonucunda, 120 örneğin 65 (%54.2)'i M. gallisepticum yönünden pozitif bulundu. 62 tavuğun 30 (%48.3) 'unda ve 58 hindinin 35 (%60.3)'inde türe özgü DNA tespit edildi. Çalışmada kullanılan 84 trakeal svab örneklerinin 42 (%50)'sinde ve 36 doku homojenatı örneklerinin 23 (%63.9)'ünde türe özgü DNA tespit edildi. Mgc2F ve mgc2R hedef gen bölgelerinin 750-800 bp'de amplifiye edilen PCR ürünlerinin sekanslama sonucunda baz aralıkları (bp) MG4 714 bp, MG79 782 bp, MG9 721 bp, MG68 716 bp, MG95 716 bp, MG120 712 bp, MG66 782 bp, M. gallisepticum 6/85, 718 bp ve M. gallisepticum S6, 787 bp'de elde edildi ve kesim bölgeleri sekans baz aralıkları ile analiz edildi. Elde edilen PCR ürünlerinin AluI, HaeII, HinfI Restriksiyon enzimleri (RE) ile kesimleri sonucu 2 farklı PCR-RFLP tipi elde edildi. MG4, MG9, MG68, MG95, MG120 izolatlarının çoğu aynı PCR-RFLP profili gösterirken, MG66 ve MG79 izolatları ise farklı profil gösterdi. Çalışmada değerlendirilen M. gallisepticum 6/85 aşı suşu ise MG4, MG9, MG68, MG95, MG120 saha izolatlarına yüksek oranda benzer RFLP profilleri gösterdi. M. gallisepticum S6 suşu ise yüksek oranda farklı kesim profili şekillendirdi. İzolatların Mgc2 gen bölgesinin filogenetik analizi sonucu; birbirine yüksek oranda benzer 5 saha izolatı birinci grup (Grup 1: MG4, MG9, MG68, MG95, MG120), 2 saha izolatı ise benzer ikinci grup (Grup 2: MG66, MG79) şeklinde oluşturuldu. Grup 1 ve Grup 2' de yer alan saha izolatları, Güney Afrika ve Brezilya'da ki izolatlara %96-99, Hindistan, Amerika ve Avustralya 'da ki izolatlarla ise %96-100 arasında benzerlik gösterdi. Ayrıca Grup 1 ve Grup 2'de yer alan izolatlar, sırasıyla 6/85 aşı suşuna %99.5 ve %97.3 oranında, TS-11 aşı suşuna %89-90 ve %100, M. gallisepticum S6 suşuna ise %96-96.5 ve %97.2 oranında benzerlik gösterdi. Sadece M. gallisepticum 6/85 ve Grup 1'de yer alan saha izolatlarının mgc2 genine ait nükleotit baz dizisinde 63 nükleotidin delesyona uğradığı tespit edildi. Sodyum Dodesil Sülfat–Poliakrilamid Jel Elektroforez (SDS-PAGE) analizi sonucu Grup 1 ve Grup 2'de yer alan saha izolatlarının hepsinde belirgin olan 120, 100, 70, 64, 67, 56, 53, 45, 43, 26 kDa ağırlığında protein bantları gözlemlendi. MG68 ve MG95 ile Grup 2'de yer alan izolatlar, diğerlerinden farklı olarak 28 kDa'da bant oluşturdu. Grup 2'deki izolatlar da ayrıca 15 kDa ağırlığında bant oluşturdu. M. gallisepticum 6/85 aşı suşu ve standart M. gallisepticum S6 suşu'nda belirtilen tüm protein bantları şekillendi. M. gallisepticum türüne özgü proteinlere karşı oluşan antikorların WB analizi Grup 1 ve Grup 2'de yer alan saha izolatların hepsinde p200, p120, p100, p98, p67, p64, p40, p35, p26'ya karşı antikor şekillendi. Grup 1'de yer alan izolatlar da ayrıca p56 ya karşı antikor oluşturdu. WB analizi için poliklonal serum kullanılması ile, bazı M. gallisepticum izolatları arasında antijenik olarak farklılaşma gözlenebilse de, WB analizinde monoklonal antikorların kullanılmasının, antijenite ve immünojenisite açısından daha spesifik ayrım sağlayabileceği tahmin edilmiştir. Sonuç olarak bu çalışma ile, Şanlıurfa bölgesinde CRD yönünden şüpheli semptom gösteren evcil kanatlılardan patojenik M. gallisepticum etkeninin mevcudiyeti, ve infeksiyonun kanatlı türlerindeki yaygınlığı hakkında ön bilgiler edinildi, hastalık için epidemiyolojik açıdan bir farkındalık oluşturuldu. Kullanılan moleküler yöntemlerin epidemiyolojik yönden saha ve aşı suşlarını ayırt etmede kullanılabileceği, ayrıca bu yöntemlerle izolatlar arasında var olan farklılıkların saptanılabileceği gözlemlendi. Mevcut verilere dayalı olarak saha suşlarının daha fazla tanınması ve tanımlanması için farklı M. gallisepticum genleri üzerinde daha fazla çalışma yapılması gerekmektedir. Ayrıca bölgede bulunan sonuçların, M. gallisepticum infeksiyonu teşhis olasılığını artıracağı, yani aşı suşuna bağlı nihai hastalığı netleştirmede, aşılanmış sürüleri doğal olarak infekte olmuş sürülerden ayırt etmede ve mikoplazma infeksiyonlarının izlenmesi yönünde etkili olacağı düşülmektedir.
Van Belediye mezbahasında kesilen ruminantlarda paramphistomum SPP.'nin moleküler identifikasyonu
Paramphistomum türlerinin morfolojik olarak teşhisi mikroskobik yöntemlerle yetersiz olduğundan, kesin teşhis için moleküler yöntemlere ihtiyaç duyulmaktadır. Bu çalışma Mart 2018–Eylül 2018 tarihleri arasında Van Belediye mezbahasına kesime getirilen ruminantlarda bulunan Paramphistomum spp.'nin moleküler yöntemler ile identifikasyonu amaçlandı. Çalışma materyali, toplam 100 adet enfekte ruminantdan (50 sığır ve 50 koyun) toplanan ergin Paramphistomum spp.'lerden oluşmaktadır. Paramphistomum parazitlerinin DNA izolasyonları, ticari kit ile yapıldıktan sonra rDNA ITS2 gen bölgesi PCR ile çoğaltıldı. Elde edilen PCR ürünleri agaroz jelde yürütülerek 399 bp'lik bantlar elde edildi. Amplikonlar sekanslanmış ve BLAST ile Genbank'daki referans sekanslarla karşılaştırıldı. İzolatların genotipleri tam veya en yakın benzerliklerine göre belirlendi. Ayrıca, Neighbour-Joining Tree kullanılarak MEGA 7 program ile filogenetik ağaç oluşturuldu. Çalışmamızda elde edilen 10 adet PCR ürünününden çift yönlü sekans analizi yapıldı. Sekans analizi sonucu 5 koyun ve 3 sığırdan Paramphistomum leydeni, 2 adet sığırdan ise Calicophoron daubneyi identifiye edildi. Sonuç olarak, Türkiye'de daha önce morfolojik tanı yöntemleri ile varlığı bildirilen Calicophoron daubneyi'nin Van ilinde moleküler yöntemler ile varlığı kesinlik kazanmış olup, ayrıca daha önce Türkiye'de bildirilmeyen P. leydeni ise ilk defa moleküler yöntemlerle bu çalışma ile tespit edildi.
Van ili koyunlarında dictyocaulus filaria'nın moleküler karakterizasyonu
Bu çalışma, Van ili Belediye mezbahasına kesim için getirilen koyunlardan nekropsi muayenesi sonucu elde edilen akciğer kıl kurdu olarak bilinen Dictyocaulus filaria'nın moleküler karakterizasyonunun belirlenmesi amaçlanmıştır. Çalışmada materyal olarak kullanılan Dictyocaulus filaria türünün genomik DNA'sında 28S rRNA gen bölgesi PCR ile amplifiye edildi. Agaroz jelde, 28S rRNA gen bölgesine özgü 952 bç uzunluğunda amplikonlar tespit edildi. Daha sonra, bir PCR ürününden çift yönlü dizi analizinden elde edilen amplikon dizisi, BLAST ile Genbank'taki referans dizilerle karşılaştırıldı. İzolatdan elde edilen genotip tam veya en yakın benzerlikleri ile karşılaştırılarak MEGA 7 programı ile Neighbor-Joining yöntemi kullanılarak filogenetik ağaç oluşturuldu. Dizi analizi sonucunda koyunlardan elde edilen Dictyocaulus filaria'nın %100 benzerlik gösterdiği ortaya konuldu. Sonuç olarak, bu araştırma ile Van yöresi koyunlarında sıklıkla rastlanılan akciğer kıl kurdu türü olarak bilinen D. filaria'nın 28S rRNA gen bölgesi DNA dizileme analizi yapılarak moleküler karakterizasyonu ortaya konulmuştur.
Sağlıklı insan uyarılmış pluripotent kök hücrelerinden kortikal nöron elde edilmesi
Uyarılmış pluripotent kök hücreler kişiye özel tedavi olanağı sağlaması, hastalık modelleme ve ilaç denemeleri açısından benzersiz bir kaynaktır. Hastandan alınan kan veya fibroblast hücrelerinden çeşitli transkripsiyon faktörleriyle veya küçük moleküllerle hedef doku ve organ oluşumu sağlanabilir. Böbrek, kalp, karaciğer, beyin vb. doku ve organlara farklılaştırma imkânı bulunmaktadır. Bunların arasında en ilgi çekici olanı şüphesiz beyindir. Diğer doku ve/veya organların aksine biyopsi imkanının olmaması nedeniyle çalışılması zor bir bölgedir. Hastadan alınan kan ve/veya fibroblast örneğine Yamanaka faktörlerinin transferi ile pluripotentlik özellik kazandırılmasının ardından uygun farklılaşma protokolleri ile sinir hücrelerine veya organoide farklılaşma sağlanabilir. Bu tez çalışmasının amacı sağlıklı insan uyarılmış pluripotent kök hücrelerinden (uPKH) altı adet küçük molekül kullanarak 12-15 gün içerisinde kortikal nöron eldesini sağlamaktır. Bu kapsamda karakterizasyonu tamamlanmış olan sağlıklı insan uPKH'leri kültürde çoğaltılmıştır. Pluipotentsi belirteçlerini koruduğu kontrol etmek amacıyla qPCR ve immun floresan boyamalar ile teyit edilmiştir. Nöronal yönde farklılaşma deneyleri için hücrelere altı küçük molekülden oluşan kokteyller her gün farklı dozlarda uygulanmıştır. Hücrelerin morfolojik durumu her gün ışık mikroskobu altında izlenmiştir. Protokolün sonunda hücrelerden RNA toplanmış ve immun floresan boyamalar yapılmıştır. Yapılan qPCR deneylerinin sonucunda pozitif kontrole göre elde edilen hücrelerde kortikal nöron belirteçlerinden DCX , FOXG1 ve REELİN ifadelerinde anlamlı bir artış gözlenmiştir. İmmun floresans boyamalarda nöron belirteçleri olan MAP2 ve TUJ1 pozitif hücreler gözlemlenmiştir.
Galyum-68 (GA-68) işaretli, nanoboyutlu, PEG kaplı, tümöre hedeflendirilmiş, lipozomlar kullanılarak tümör görüntülenmesi üzerine çalışmalar
Tümörün henüz hücresel değişiklikler başlamadan önce ve moleküler düzeyde değişiklikler oluşmaya başladığı anda teşhisi kanserin yayılmadan önce tedaviye başlanmasını, dolayısıyla da kanserin tedavisinde başarı oranının önemli ölçüde artmasını sağlamaktadır. Bu yüzden, günümüzde, moleküler görüntüleme giderek artan bir önem kazanmış durumdadır. Kanser teşhisi ve görüntülemesinde kullanılan yöntemlerden biri olan PET, günümüzde kullanımı gittikçe yaygınlaşan ve kliniklerde kullanımı da buna bağlı olarak hızla artan bir radyonüklidik görüntüleme yöntemidir. Galyum-68 (Ga-68), PET' de yaygın olarak kullanılan pozitron yayan radyonüklidler arasından seçilmiştir. İlaç taşıyıcı sistemler olarak kullanılan lipozomlar, hem pasif hem de aktif hedefleme yöntemleri ile doku/organa ilaç ve/veya görüntüleme bileşiğini ulaştırabilmektedir. Bu çalışmada, Ga-68 işaretli, tümöre özgü, nano boyutta, yüzeyi PEG ile kaplı lipozomal taşıyıcı sistemler geliştirilmeye çalışılmıştır. In vitro hücre kültür çalışmalarında, yüzeyi folat ile modifiye edilmiş lipozomların, modiye edilmemiş lipozomlara göre hem HeLa hem de HT-29 tümör hücresinde daha fazla tutulum gösterdiği bulunmuştur. Radyoaktif işaretleme çalışmalarında, Ga-68 ile işaretleme için radyokimyasal saflık %85 civarında bulunmuştur. Biyodağılım sonuçlarında tümör dokusundaki tutulumun yüzeyi folat ile modifiye edilmiş lipozomlarda, yüzeyi modiye edilmemiş lipozomlara göre 30. dk.' da 2 kat 60. dk.' da 2,5 kat daha yüksek olduğu bulunmuştur. Ancak, PET görüntüleme çalışmalarında; tümörün belirgin olarak görüntülenmesi sağlanamamıştır. Hem işaretleme veriminin arttırılması hem de PET görüntülerinin iyileştirilmesi için ileriki çalışmalara ihtiyaç vardır.
Lizozomal depo hastalıklarının klinik, laboratuvar ve moleküler genetik özelliklerinin retrospektif olarak değerlendirilmesi
Bu çalışmada, LDH tanısı ile izlenen hastaların klinik, laboratuvar ve moleküler genetik özellikleri geriye dönük olarak incelendi, literatür ile karşılaştırıp, enzim tedavisi alan mukopolisakkaridoz ve Pompe hastalarının tedavi yanıtları değerlendirildi. Çalışmaya 1980-2020 yılları arasında LDH tanısı ve/veya ön tanısı ile izlenen toplam 480 hasta dahil edildi. Hastaların %76,9'u mukopolisakkaridoz, %7,3'ü mukolipidoz, %7,1'i sfingolipidoz, %5'i Pompe hastalığı, %1,3'ü oligosakkaridoz, %1'i sistinozis, %0,83'ü multipl sülfataz eksikliği ve %0,63'ü lipid depo hastalığı tanısı ile takip edilmiştir. Hastaların cinsiyet dağılımı %60,4 erkek, %39,6 kadın şeklindeydi. Tanı yaşı 0-55 yaş arasında değişmekte olup, ortanca 2,2 yıl, ortalama 4,4±7,3 yıl idi. Hastaların %77,4'ünde akrabalık ve %40,7'sinin ailesinde benzer veya başka bir metabolik hastalık öyküsü mevcuttu. Hastalar en sık gelişim geriliği (%30,8), ortopedik sorunlar (%23,7) ve aile öyküsü (%10,3) nedeniyle hasteneye başvurmuşlardı. Hastaların klinik ve laboratuvar değerlendirmelerinde kaba yüz görünümü (%81,2), gelişim geriliği/zihinsel yetersizlik (%63,4), valvüler kapak hastalığı (%58,5), işitme kaybı (%52,5), korneal opasiteler (%41,7), kraniyo-servikal bileşke darlığı (%39,8), tekrarlayan akciğer enfeksiyonları (%36), hepatomegali/splenomegali (%33,5), torakolomber kifoz (%28,5) en sık görülen bulgulardı. Son durum değerlendirildiğinde hastaların %60'ının vefat ettiği tespit edildi. Enzim tedavisi alan MPS'lerde osteoartiküler, kardiyovasküler, nörolojik ve solunum sistemi bulguları tedavi başlama yaşı ve tedavi süresi ile istatistiksel olarak karşılaştırıldığında sadece solunum sistemi bulguları arasında tedavi başlama yaşı açısından istatistiksel olarak negatif yönde anlamlı bir fark görüldü (p=0.035). Tedavi öncesi ve sonrası yürüme testi ortalamaları bakımından istatistiksel olarak anlamlı bir fark izlenmedi (p=0.185). Enzim tedavisi alan MPS hastalarında osteoartiküler bulgularında iyileşme bildirilmesine karşın boy ve kardiyak bulgularında kötüleşme olduğu görüldü. Pompe hastalarında osteoartiküler, kardiyovasküler, nörolojik ve solunum sistemi bulguları tedavi başlama yaşı ve tedavi süresi ile istatistiksel olarak karşılaştırıldığında anlamlı sonuçlar görülmedi. Enzim tedavisi alan Pompe hastalarında kas ve kalp bulgularında iyileşme görüldü. Sonuç olarak erken tanı ve erken enzim tedavisi başlanması MPS hastalarında solunum sistemi bulgularını ve yıllık boy uzama hızlarını, infantil Pompe hastalarında kas ve kalp bulgularını olumlu yönde etkileyebilir.
Mikrosatellit instabilitesi olan endometrium kanserli olguların klinik, patolojik ve genetik verilerinin değerlendirilmesi
En sık görülen jinekolojik kanser olan endometrium kanseri; 2013 yılında, Kanser Genom Atlası (TCGA) tarafından endometrial kanser gelişiminin moleküler genetik temelini analiz etmiş, mutasyon yükü ve kopya sayısı değişikliklerine dayalı olarak dört moleküler alt sınıf tanımlanmıştır. Bu alt gruplardaki moleküler belirteçlerin tümörün histo-patolojik özelliklerinden daha güçlü prognostik belirteçler olduğu yapılan çalışmalarda gösterilmiştir. Bu çalışma 1 Ocak 2019 – 30 Mart 2021 tarihleri arasında Hacettepe Üniversitesi Kadın Hastalıkları ve Doğum Anabilim Dalı'nda histerektomi ameliyatı olup patoloji sonucu endometrium kanseri gelen hastaların tümör dokularında MSI sıklığını belirlemek, MSI tümörü olan hastalarda uygulanan tedavilerin prognoza olan etkilerini incelemek; test kriterlerine uygun hastaları LS açısından değerlendirmek ve klinik, patolojik ve genetik verilerin birleştirilerek literatüre katkı sağlanması amaçlanmıştır. Çalışma grubunda toplamda 174 hasta vardı. Bu hastalardan 61 (%35,1) tanesinde MMR kaybı tespit edildi, 112 (%64,4) hastada ise kayıp izlenmedi. MMR'de kayıp olup olmamasının tedavi üzerindeki etkisine bakıldığında istatistiksel olarak anlamlı fark yaratan bağımsız bir değişken izlenmedi. Toplamda 4 hastada Lynch Sendromu tespit edildi. Bu hastalara genetik danışmanlık önerildi. Sonuç olarak önümüzdeki yıllarda moleküler sınıflandırma, moleküler alt gruba yönelik adjuvan tedavi yaklaşımlarının ve bireyselleştirilmiş tedavilerin temeli haline gelecektir. Anahtar Kelimeler: Endometrium Kanseri, Moleküler Sınıflama, Mismatch Repair, Lynch Sendromu
Molecular properties of crayfish potassium channels
Potassium channel family is the largest group in the ion channel superfamily. Family members are reported in all organisms ranging from bacteria to higher mammals. Potassium channels have important roles in cell growth, termination of action potential and determination of cell shape and resting membrane potential. Presence of crayfish potassium channels has been documented in previous functional studies. However, as the genome of the crayfish is not complete yet, there is limited information about the molecular properties of potassium channels. To reveal potassium channel coding genes in the crayfish, conventional cloning methods have been employed. As a result of the present study, gene sequences have been revealed for an Inward Rectifier Potassium Channel (Kir) and a Calcium-activated (KCa) type of Potassium Channel. Gene sequences show strong similarity to known potassium channels from closely related species and they share characteristic features of the potassium channel family. Revealed genes have been cloned to appropriate expression vectors. Crayfish Kir channel has been expressed in Xenopus oocytes and inward currents have been recorded via two electrode voltage clamp. Compiled data indicates that in crayfish genome are present multiple Potassium Channel genes which have been functionally expressed. It was identified that the cloned genes are belonging to two different potassium channels.
Klinik stenotrophomonas maltophilia kökenlerinin antibiyotik duyarlılıkları, genotipik profilleri ve biyofilm oluşturma yetenekleri
Nonfermentatif, gram-negatif basil, Stenotrophomonas maltophilia sıklıkla solunum sistemi, üriner sistem ve yara infeksiyonlarından izole edilen fırsatçı bir patojendir. Genellikle hastanelerin yoğun bakım ünitelerinde salgınlara yol açan S. maltophilia, biyofilm oluşturma yeteneği ve birçok antibiyotiğe doğal dirençli olma gibi özelliklerinin bir sonucu olarak tedavisi güç enfeksiyonlara neden olmaktadır. S. maltophilia enfeksiyonlarının tedavisinde trimetoprim-sulfametoksazol (TMP-SXT) ilk seçenek olmaktadır. Fakat son yıllarda az da olsa bu antibiyotiğe karşı gelişen direnç, diğer tedavi seçeneklerinin veya yeni antibiyotiklerin araştırılması konusunu gündeme getirmiştir. Bu çalışmada S. maltophilia izolatlarının antibiyotik duyarlılıkları, genotipik dağılımı ve biyofilm oluşturma kapasitelerinin araştırılması ve değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Bu çalışmada, rutin olarak test edilmiş en az bir antibiyotiğe karşı orta duyarlı veya dirençli bulunan 13 klinik S. maltophilia izolatı değerlendirildi. İzolatlar, 2015 yılında Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Bakteriyoloji Laboratuvarı kültür koleksiyonundan elde edildi. Bu izolatların siprofloksasin (CIP), levofloksasin (LEV) ve moksifloksasin (MOK) antibiyotiklerine karşı duyarlılıkları mikrodilüsyon yöntemiyle, biyofilm oluşturma yeteneği kristal viyole yöntemi ile araştırıldı. İzolatlar ayrıca M13 universal primerleri ile yapılan polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) sonucunda moleküler olarak tiplendirildi. Mikrodilüsyon testi sonuçlarına göre CIP, LEV ve MOK için sırasıyla minimum inhibitör konsantrasyon (MİK) aralıkları; 2-32 µg/ml, 0,5-16 µg/ml ve < 0,125-8 µg/ml, MİK50/MİK90 değerleri; 4-16 µg/ml; 2-8 µg/ml ve 0,125-4 µg/ml olarak bulundu. Kristal viyole testinin verilerine göre, 13 izolattan ikisinin orta düzey diğerlerinin güçlü biyofilm oluşturduğu tespit edildi. Moleküler tiplendirme sonucunda klonal yakınlığı olan üç temel grup ve alt gruplar tespit edildi. Ancak bu gruplar arasında antibiyotik duyarlılıkları ve biyofilm oluşturma özelliklerine göre sınıflama yapabilmeyi kolaylaştırabilecek ortak veya ayırt edici bir profil gözlenmedi. Bu çalışmadaki duyarlılık ile ilgili bulgular ve S. maltophilia izolatlarının yüksek düzey biyofilm oluşturma eğilimi olduğuna dair veriler Avrupa'da ve Türkiye'de yapılan diğer çalışmalardakilere benzemektedir. Sonuç olarak bu çalışmanın, S. maltophilia'nın direnç profili, yayılımı, epidemiyolojisi ve virulans özellikleri konusunda önemli bir veri kaynağı olacağı düşünülmektedir. Hastanedeki salgınların önlenmesi için nozokomiyal fırsatçı patojenlerin varlığı araştırılırken S. maltophilia'nın da etken olabileceği düşünülmelidir. S. maltophilia ile ilgili epidemiyoloji, virulans faktörleri ve direnç mekanizmaları konusundaki çalışmalar desteklenmelidir. Anahtar kelimeler: Stenotrophomonas maltophilia; biyofilm; antibiyotik direnci; moleküler tiplendirme
Nükleik asitler ve polipeptidlerin alt birimleri (MONO-tetramer) arasındaki etkileşimlerinin moleküler modelleme yoluyla incelenmesi
Transkripsiyon faktörleri (TF) birçok farklı amino asittin bir araya gelmesi ile meydana gelen proteinlerdir. Yapısında bulunan amino asit dizileri, dış çevrenin entalpi değeri ve birbirleri arasındaki kovalent olmayan etkileşimlere bağlı olarak bu proteinin üç boyutlu bir yapı kazanmasını sağlamaktadır. Transkripsiyon faktörlerinin işlev gösterebilmesi ve DNA'ya etkin bir şekilde bağlanabilmesi için bu yapıyı kazanması gerekmektedir. Bu çalışmada, RE-1 (Baskılayıcı Element-1) susturucu transkripsiyon faktörünün (REST) DNA bağlanma bölgesine ait üçlü serin yapısı ve REST'in etkin olarak bağlandığı bilinen tek iplikli DNA dizisi içerisindeki AG ve CC ikili nükleotid dizilerinin birbiri ile olan kovalent olmayan bağ etkileşimlerinin hesapsal moleküler yöntemler kullanılarak araştırılması amaçlanmıştır. Bunun için, üçlü serin molekülü yapıları, ikili nükleotid molekülü yapıları ve bu yapıların etkileşimlerine ait konfomer analizi Spartan'14 programı ile bulundu. Bulunan her bir konfomerin optimizasyon (opt) ve frekans (freq) hesaplamaları MOPAC2016 programı PM6-D3H4 yöntemi ve Gaussian09 programı B3LYP/6-311++G(d,p) ile sulu ortamda oldukları varsayılarak hesaplandı. Hesaplama sonrasında rölatif enerji değerleri hesaplanarak, etkileşime girmesi istenen en kararlı yapılar belirlendi. Moleküler yapıların gösterimi Discovery Studio Visualizer 2019 programı ile yapıldı. Sonuç olarak, REST proteininin DNA'ya bağlanan aktif bölgesi içerisindeki serin rezidülerinin DNA ile kovalent olmayan etkileşimler içerisinden hidrojen (–H) bağı oluşturabileceği fakat diğer kovalent olmayan etkileşimlerin gerçekleşmediği bulundu.
Meme MRG'de saptanan kitlesel olmayan parlaklaşmaların histopatolojik korelasyonu
MEME MRG'DE SAPTANAN KİTLESEL OLMAYAN PARLAKLAŞMALARIN HİSTOPATOLOJİK KORELASYONU Amaç: Retrospektif özellikteki bu çalışmanın amacı, meme manyetik rezonans görüntülemede (MRG) saptanan kitlesel olmayan parlaklaşma bulgusunun; dağılım paterni, morfolojik özellikleri, iç kontrastlanma ve kinetik özellikleri ile lezyonların histopatolojik tanılarının korele edilerek değerlendirilmesidir. Ayrıca malignite saptanan olgularda histopatolojik tanı ve moleküler alt tipler göz önüne alınarak, meme MRG'de kitlesel olmayan parlaklaşma bulgusunun dağılım paterni ve iç kontrastlanma şeklinin kanser subtipleri ile ilişkili olabilecek sıklığı araştırılmıştır. Gereç ve Yöntem: Çalışmamızda Ocak 2013- Kasım 2015 tarihleri arasında Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Radyoloji Anabilim Dalında yapılan dinamik meme MRG tetkikinde kitlesel olmayan parlaklaşma saptanan 104 olgu retrospektif olarak değerlendirildi. Ege Üniversitesi Hastanesi Bilgi Sisteminde histopatolojik tanısı mevcut olmayan 25 olgu ve MRG'de kitlesel olmayan parlaklaşmaya eşlik eden kitle saptanan 18 olgu çalışma kapsamından çıkarıldı. Çalışmaya dahil olan 61 olgunun yaşları 13 ile 75 arasında değişmekteydi. Yaş ortalaması 48 idi. Altmış bir olguda 62 izole kitlesel olmayan patolojik kontrastlanma saptandı. Lezyonlar morfolojik özellikleri, dağılım ve kontrastlanma paternine, kontrastlanma kinetiğine, arka plan parlaklaşması durumuna ve ek bulgu varlığına göre sınıflandırıldı. 62 lezyonun histopatolojik sonuçları; 39'u malign (%62.9), 18'i benign (%29), 5'i yüksek riskli lezyon (%8.1) idi. Görüntülemeler Siemens (Symphony Vision) marka 1,5T MRG cihazı ve Siemens (Verio) marka 3T MRG cihazı ile gerçekleştirildi. İncelemelerde konvansiyonel sekanslar ve kontrastlı dinamik görüntüler elde olundu. Kitlesel olmayan parlaklaşma bulgusu dağılım şekli, iç kontrastlanma paternleri, kontrastlanma kinetikleri ve değerlendirmeleri Amerikan Radyoloji Koleji (ACR) tarafından 2013 yılında basılan (5.Baskı) BI-RADS MRG Atlası'ndaki standart terminoloji kullanılarak yapıldı. Çalışmaya dahil olan hastaların verileri istatistiksel değerlendirmeye alındı. İstatistiksel veriler IBM SPSS V.21 istatistik programı ile analiz edildi. İstatistik analizi, Ege Üniversitesi İstatistik Bölümü tarafından yapıldı. Analizlere ilişkin karar; veri setinde yer alan değişkenlerin ölçüm düzeyleri, sınıflama düzeyinde olmasından dolayı ilişkinlerin tespiti çapraz tablo kullanımlı ki-kare testi ile yapıldı. Bu testlerden Pearson ki kare ve Fisher ki kare sonuçları üzerinden değerlendirildi. Sonuçlar %95 güven düzeyinde (α yanılgı payı %0.05) dikkate alınarak değerlendirildi. Bulgular: MRG'de saptanan kitlesel olmayan parlaklaşma bulgularına dağılım açısından bakıldığında; sırasıyla fokal (%25.8), segmental (%22.6), multirejyonal (%22.6), rejyonal (%14.5), lineer (%8.1) ve diffüz (%6.5) tipler gözlendi. Çalışmamızda literatüre benzer şekilde (farklı çalışmalarda değişken oranlarda da olsa); fokal dağılım paterni gösteren parlaklaşmalarda daha çok benign; segmental ya da rejyonal dağılım paterni gösteren lezyonlarda ise malign histopatolojik sonuçlar izlendi. Lezyonların iç kontrastlanması ise en sık heterojen tipte (%50) izlenirken, homojen (%19.4), kümeleşen halkasal (%16.1) ve küme (%14.5) şeklinde kontrastlanma yaklaşık benzer sıklıktaydı. Çalışmamızda hem malign olgularda hem de benign olgularda heterojen iç kontrastlanma en sık görülen iç kontrastlanma şekli idi. İç kontrastlanma özellikleri ile histopatoloji sonuçları arasında istatistiksel olarak anlamlı bir ilişki saptanmadı. Çalışmamızda dağılım paternleri arasında diffüz (%100), multirejyonal (%95.2) ve segmental (%90.5) tipler yüksek spesifite göstermekteydi. İç kontrastlanma tiplerinde ise kümeleşen halkasal (%95.2) ve küme tipinde (%90.5) yüksek spesifite saptandı. Kümeleşen halkasal kontrastlanmada %90, kümede %77 pozitif prediktif değerine ulaşıldı. Arka plan parlaklaşmasına bakıldığında en sık 'minimal' (%50) daha sonra sırasıyla 'belirgin'(%19.3), 'ılımlı'(%17.8) ve 'hafif'(%12.9) boyanma saptandı. Arka plan parlaklaşması ile lezyonun malign olması arasında anlamlı ilişki saptandı. Bu durum özellikle 'belirgin' ve 'asimetrik' arka plan parlaklaşmasında öne çıkmaktaydı. Kitlesel olmayan parlaklaşma bulgusuna eşlik edebilen diğer bulgular incelendiğinde; meme başı çekintisi, cilt kalınlaşması ve invazyonu, ödem, yapısal distorsiyon, aksillar lenfadenopati, göğüs duvarı invazyonu gibi ek bulguların varlığı histopatolojik sonucun malign olacağını öngörmesi açısından anlamlı bulundu. Kontrastlanma kinetiği açısından çalışmamızda hem benign hem malign lezyonlarda daha çok tip 2 ve 3 kontrastlanma kinetiğine rastlandı. Malign lezyonlarda tip 3 kontrastlanma kinetiği sıklığı daha fazla olsa da malign/benign lezyon ayrımında istatistiksel olarak anlamlı ilişki saptanmadı. Çalışmamızda literatürle uyumlu olarak, meme MRG'de kitlesel olmayan parlaklaşma gösteren alandan yapılan doku örneklenmesinin histopatolojik olarak nasıl sonuçlanacağını öngörmemize kinetik parametrelerin hiçbir katkısının olmadığı saptandı. İmmünohistokimyasal belirteçlere (ER, PR, HER-2, Ki-67) dayanılarak yapılan meme karsinomu sınıflaması luminal A, luminal B, HER-2 ve triple negatif şeklinde idi. Çalışmamızda gerek kitlesel olmayan parlaklaşmanın dağılım paterni gerekse iç kontrastlanma özellikleri ile moleküler alt gruplar arasında anlamlı ilişki saptanmadı. Olguların Ki-67 indeksleri <%10, %10-30, >%30 şeklinde kategorize edildi. Çalışmamızda fokal dağılım gösteren kitlesel olmayan malign lezyonların tamamında Ki-67 indeksi %10'un altında olduğunu saptandı. Diğer dağılım paternlerinde ise indeks %10-30 aralığında ve %30'un üzerinde bulundu. Bu nedenle mitotik indeksin lezyonların dağılım morfolojilerini ve paternlerini etkileyebileceği düşünüldü. Sonuç: Meme karsinomu kendine özgü klinik, histopatolojik ve moleküler özelliklere sahip farklı biyolojik davranışlar sergileyen heterojen bir tümördür. Memede manyetik rezonans görüntülemenin lezyon saptayabilme yeteneği ve problem çözücü yönü ile kullanım sıklığı ise gün geçtikçe artmaktadır. MRG'de kitlesel olmayan lezyonları tanımlamada ve değerlendirmede dağılım paterni, iç kontrastlanması, arka plan parlaklaşması ve ek bulgu özellikleri önemlidir. Histopatolojik olarak benign veya malign tanıyı öngörmede bu morfolojik özellikler fikir verebilir. Moleküler özellikler tümör davranışını belirlemesinin yanında morfolojisini ve görüntüleme özelliklerini de etkilemektedir, ancak alt tip ayrımında altın standart histopatolojik incelemedir. Özellikle görüntüleme rehberliğindeki biyopsi yöntemlerinin arttığı günümüzde, histopatolojik korelasyonda, MRG'de kitlesel olmayan kontrastlanmanın dağılım patern özelliği ile oluşan malign-benign öngörümüzü histopatolojik sonuçlar ile karşılaştırarak, biyopsinin tekrarı ya da izlem protokolüne ilişkin kararımız tekrar değerlendirilmelidir.
Ruminant parapox virus arşiv materyallerinde ORFV011 (B2L), ORFV059 (F1L), ORFV020 (VIR), ORFV127 (VIL-10) genlerinin moleküler tekniklerle araştırılması
Poxviridae ailesinin Parapoxvirus genusunda yer alan ve ruminantları enfekte eden viral etkenler, aynı zamanda zoonotik öneme sahiptirler. Parapoxvirus genusu üyeleri; koyun ve keçiler başta olmak üzere, sığır ve diğer ruminant türlerinde de enfeksiyon meydana getirmeleri yanısıra, çiftçiler, hayvan bakıcıları, veteriner hekimler gibi hayvanlarla çalışan insanlar için de risk oluşturmaktadır. Bu yüksek lisans tezinde, arşiv materyallerinde Poxviridae ailesinin Parapoxvirus genusunda bulunan viral etkenlerin, nükleik asit temelli PCR tekniği kullanılarak araştırılması hedeflenmiş olup, bu amaçla Parapoxvirusların 4 adet gen bölgesine (ORFV011-B2L, ORFV059-F1L, ORFV020-VIR ve ORFV127-vIL-10) spesifik primerler kullanılarak arşiv materyalleri (n=10) PCR ile araştırılmıştır. Tüm pozitif örnekler ilgili gen bölgelerine yönelik olarak dizin analizine tabi tutulmuştur. Yapılan filogenetik analizler ile GenBank veri tabanında bulunan hem cinsleri ile yakınlık ve uzaklıkları belirlenmiştir. Bu retrospektif çalışma sayesinde 2003 ila 2021 yılları arasında sirküle olan saha viruslarının değişimleri araştırılmıştır. Bu tez çıktılarının, Türkiye'de sirküle olan saha viruslarının yaklaşık 20 yıllık geçmişine ışık tutucu verilerinin; parapoxvirusların mücadelesinde kullanılabilecek programlara hizmet edeceği kanaatindeyiz.
Marmara, Ege ve Karadeniz'den çıkartılan kara midyesi ve kum midyelerindeki vibrio parahaemolyticus izolatlarının moleküler karakterizasyonu, antibiyotik direnç profili ve biyofilm oluşturma kapasitesi
Son yıllarda Türkiye'de tüketici alışkanlıklarının değişmesi ile başta çift kabuklu deniz ürünleri olmak üzere balık dışındaki diğer deniz ürünlerinin tüketim miktarlarında büyük bir artış görülmektedir. Çift kabuklu deniz ürünleri, besleyici değerinin yanı sıra salgınlarla ilişkili gıdalar içerisinde yer alarak halk sağlığı açısından da oldukça önem taşımaktadır. Deniz ürünleri kaynaklı gastroenteritlerin dünyada en önde gelen nedeni olarak kabul edilen Vibrio parahaemolyticus için iyi bir rezervuar olan midyeler, potansiyel kontaminasyon kaynakları olarak değerlendirilerek tüketiciler için risk oluşturmaktadır. Bu kapsamda bu tez çalışmasında Mayıs 2021 – Mayıs 2022 döneminde Ege, Marmara ve Karadeniz'in 14 farklı bölgesinden çıkartılan 135 kara midyesi (Mytilus galloprovincialis) ve farklı türlere ait 120 kum midyesi (Chamelea gallina, Ruditapes philippinarum ve Donax trunculus) olmak üzere toplam 255 örnek balıkçılardan temin edilmiştir. Bu örneklerden V. parahaemolyticus izolasyonu ve identifikasyonu ISO 21872-1:2017 standardına göre klasik kültür metoduyla yapılmış, şüpheli izolatlardaki V. parahaemolyticus varlığı toxR geni esas alınarak konvansiyonel PCR ile doğrulanmıştır. Enteropatojen suşların belirlenmesi amacıyla, konfirme edilmiş V. parahaemolyticus izolatlarının moleküler karakterizasyonu yapılarak başlıca virülens genleri olan tdh ve trh gen bölgelerinin varlığına bakılmıştır. Ardından V. parahaemolyticus olarak belirlenen izolatların, antimikrobiyal direnç profilleri Kirby-Bauer disk difüzyon yöntemi kullanılarak belirlenmiş, daha sonra patojen ve patojen olmayan suşlardan seçilen izolatların 3 farklı sıcaklık derecesi (10°C, 25°C ve 37°C) ve 2 farklı inkübasyon süresinde (24 ve 48 saat) biyofilm oluşturma kapasitesi araştırılmıştır. Çalışmada elde edilen sonuçlara göre toplanan 255 örneğin %32,2'si V. parahaemolyticus olarak konfirme edilmiş olup, bunların %30,8'i kum midyesinden; %33,3'ü ise kara midyesinden izole edilmiştir. İzolatların görülme sıklığı denizlere göre sırasıyla Karadeniz (%52,5), Marmara Denizi (%34,8) ve Ege Denizi (%3,6) şeklinde olup, denizler arasındaki fark istatistiksel olarak anlamlı bulunmuştur (p<0,05). Mevsimlere göre sonuçlarda en yüksek pozitiflik oranının yaz mevsiminde toplanan örneklerde (%60) olduğu, ilkbahar örneklerinin ise en düşük orana (%15,9) sahip olduğu belirlenmiştir. Toplanan 255 örnekten izole edilen izolatların %5,9'u patojen olarak tespit edilmiştir. Patojen izolatların %73,3'ü kum midyesinden; %26,7'si ise kara midyesinden izole edilmiş olup, patojen izolat açısından midyeler arasındaki fark istatistiksel olarak anlamlı bulunmuştur (p<0,05). Patojen izolatların %60'ının Karadeniz, %40'ının ise Marmara Denizi'nde yer aldığı, Ege Denizi'nde ise hiçbir patojen izolat bulunmadığı dikkat çekmektedir. Ayrıca patojen izolatların çoğunun (%46,7) kış mevsiminde izole edildiği belirlenmiştir. Midye örneklerinden izole edilen toplam 82 V. parahaemolyticus suşunun antimikrobiyal direnç profilleri araştırılarak MAR indeks değeri ortalama 0,67 olarak belirlenmiştir. Elde edilen izolatların ikisinin test edilen dokuz antibiyotiğin tamamına direnç göstermesi ve izolatların tamamında en az üç antibiyotik grubuna karşı direnç belirlenmesi ile çoklu antibiyotik direnci tespit edilmiş, bu durum Türkiye sularındaki yüksek kontaminasyon riskini göstermiştir. Ayrıca çalışmada en fazla dirençli izolatın tespit edildiği antibiyotiklerin 101 piperasilin ve tetrasiklin olduğu, 82 izolatın tamamının (%100) bu antibiyotiklere karşı direnç oluşturduğu belirlenmiştir. Biyofilm oluşturma kapasitelerinde patojen suşlarla patojen olmayan suşlar arasında bir fark belirlenemezken, izolatların 48 saatlik inkübasyon süresinde 24 saatlik inkübasyon süresine göre, 25°C sıcaklık derecesinde ise 10°C ve 37°C sıcaklık derecelerine göre daha iyi biyofilm oluşturdukları tespit edilmiştir. Suşların hiçbirinde güçlü biyofilm oluşumu gözlenmezken, orta derecede biyofilm oluşumu sadece kum midyelerinden izole edilen suşlarda (%7,1) gözlenmiştir. Deniz ürünleri kaynaklı gastroenterit vakalarının en önemli sebeplerinden biri olan Vibrio türlerinin yaygınlığının ve patojen suşların varlığının belirlenmesi, bu vakaların tedavi, koruma ve kontrol stratejilerinin geliştirilmesi için ilk adım niteliği taşımaktadır. Bu çalışma Türkiye'nin üç farklı denizinden (Ege, Marmara ve Karadeniz) elde edilen kara ve kum midyelerindeki Vibrio parahaemolyticus varlığının ve patojen suşlarının belirlendiği, midye örneklerinde antibiyotik direnç profillerinin ortaya konduğu ve suşların biyofilm oluşturma kapasitelerinin araştırıldığı ilk kapsamlı araştırma olması özelliğiyle önem taşımaktadır.
Kanatlı orijinli Salmonella infantis suşlarında CRISPR analizi
Salmonella enfeksiyonları dünyada yaygın olup gıda kaynaklı enfeksiyonlar arasında ilk sıralarda yer almaktadır. Bu nedenle hızlı ve doğru teşhisi önem kazanmaktadır. Bu tez çalışması ile Salmonella Infantis suşlarının CRISPR bölge analizinin yapılıp coğrafi ve yetiştirme tipine göre farklılıkların ortaya konularak bu dizilerin tiplendirmede kullanılabilirliği ile ilgili bilgi sağlamak amaçlanmıştır. Çalışma için Ankara Üniversitesi Veteriner Fakültesi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Kültür Koleksiyonu'nda bulunan Marmara, Ege ve Doğu Karadeniz bölgesindeki işletmelerden 2018-2020 yıllarında izole ve identifiye edilmiş 60 adet broiler, 30 adet yumurtacı, 10 adet hindi kaynaklı olmak üzere toplamda 100 adet Salmonella Infantis suşu kullanıldı. Uygun primerler kullanılarak CRISPR dizileri PCR ile çoğaltılıp bant elde edilen suşlar dizi analizine gönderildi. CRISPR bölge analizi, NCBI-Blast ve CRISPRCasFinder veritabanları kullanılarak gerçekleştirildi. CRISPRCasFinder programına CRISPR1 ve CRISPR2 gen bölgelerinin analizi için yüklenen dizilerden 17 adet CRISPR1 ve 12 adet CRISPR2 bölgesi tespit edildi. Broiler izolatlara ait CRISPR1 gen bölgesinde 118 aralık dizisi, yumurtacı izolatlara ait CRISPR1 gen bölgesinde 44 aralık dizisi mevcut olup toplamda bu tez çalışmasında CRISPR1'de 162 aralık tespit edildi. CRISPR2 gen bölgesinde ise broiler izolatlarda toplamda 43, yumurtacı izolatlarda ise 27 olmak üzere toplam 70 adet aralık dizisi belirlendi. CRISPR dizileri orantısal olarak karşılaştırıldığında broilerlerde CRISPR1 bulunma oranı %21,6, yumurtacılarda ise CRISPR1 %13,3 iken broilerlerde CRISPR2 bulunma oranı ise %11,6 oranında bulunurken yumurtacı izolatlarda %16,6 oranında bulundu. Hindi suşlarında CRISPR dizisi saptanamadı. Çoğu CRISPR1 gen bölgelerinde korunmuş tekrar dizisi 5'-CGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACAC-3' olarak 29 bp uzunluğunda belirlendi. CRISPR1 içeren 6 suştae tek nükleotid farklılığı mevcut olduğu saptandı. CRISPR2 de ise korunmuş tekrar dizisi 5'-CGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACAC-3' içeren tek izolat olup diğerleri 23 ile 31 bp arasında değişti. Yapılan bu tez çalışmasında faj ve plazmid ile uyumlu çok sayıda aralık dizisi tespit edildi. Bu çalışma sonucunda elde edilen veriler ışığında S. Infantis CRISPR dizilerinde görülen polimorfizmlerin değerlendirilerek tiplendirme çalışmalarında kullanılabileceği ayrıca aralık dizisi analiz sonuçlarına göre bakterilerin maruz kaldıkları faj, plazmid ve diğer genetik elementler hakkında bilgi sahibi olunabileceği görülmüştür. S. Infantis izolatların CRISPR bölgelerinin daha iyi anlaşılabilmesi amacıyla farklı coğrafik bölgelerden ve farklı yetiştirme tipine dayalı daha fazla örnekle çeşitliliğe devam edilerek izlenmesi yararlı olacaktır. Ayrıca Salmonella CRISPR dizilerinin Cas genleriyle birlikte değerlendirilmesi daha iyi anlaşılabilmesini sağlayacaktır. Anahtar Sözcükler: CRISPR, Kanatlı, Moleküler Tiplendirme, PCR, Salmonella Infantis
Türkiye'de etçi piliçlerden izole edilen Fowl Aviadenovirusların moleküler epidemiyolojisin belirlenmesi
Fowl Aviadenovirus'lar (FAdV), kanatlı hayvanları etkileyen adenoviruslar içerisinde bulunan ve etçi piliç yetiştiriciliğinde önemli ekonomik kayıplara neden olan viral etkenlerdir. Vertikal ve horizontal olarak bulaşabilmeleri nedeniyle damızlık ve etçi piliç kümeslerinde FAdV kökenli hastalıkların kontrol altına alınmasında etkenlerin epidemiyolojik özelliklerinin belirlenmesi oldukça önemlidir. FAdV'ler etçi piliçlerde %80'lere kadar ulaşabilen değişen mortalitelerde İnklüzyon Cisimcikli Hepatitis (IBH), Hepatitis Hidroperikardiyum Sendrom (HHS) ve Adenoviral Taşlık Erozyonu (AGE) hastalıklarına neden olmaktadır. FAdV'ler çoğunlukla genç yaştaki etçi piliçleri etkilemektedir. FAdV'lerin farklı coğrafik bölgelerde farklı genotiplerinin baskın olması nedeniyle koruma-kontrol programlarında genotip hedefli çalışmaların sürdürülmesi gerekmektedir. Bu tez çalışmasında, Türkiye'de etçi piliç yetiştiriciliğinin yoğun olduğu bölgelerde dolaşımda olan FAdV saha serotiplerin belirlenerek baskın genotiplerin ve moleküler epidemiyolojilerinin ortaya konulması amaçlanmıştır. Bu amaç doğrultusunda, damızlık aşı durumları, yaş ve bulaşma yolları gibi epidemiyolojik olarak önem arz eden parametreler göz önünde bulundurularak örneklemeler yapılmıştır. Karaciğer ve kloakal sıvap örneklerinden elde edilen viral DNA'lar, PCR yöntemi ile hekzon loop-1 gen bölgesini hedef alan primerler kullanılarak FAdV teşhisi sağlanmıştır. Aşısız kümeslerin (20/40) %50'si aşılı kümeslerin ise (4/40) %10'u, toplamda ise iki yetiştirme döneminde kümeslerin %30'unun FAdV pozitif olduğu görülmüştür. FAdV yönünden pozitif çıkan kümeslerde dolaşımda olan serotiplerin belirlenmesi amacıyla hekzon geni dizi analizi gerçekleştirilmiştir. Dizi analizi sonucunda hem karaciğer hem de kloakal sıvaplardan teşhis edilen FAdV'lerin hepsinin FAdV-8b serotipi ile benzediği görülmüştür. Ayrıca saptanan tüm FAdV-8b'lerin kendi aralarında %100 homolojiye sahip olduğu belirlenmiştir. Damızlık aşı durumuna göre seçilen kümeslerin aşısız damızlıklardan elde edilen yavru hatlarında, aşılı kümeslere göre FAdV teşhisinin 5 kat fazla olduğu görülmüştür. Elde edilen hekzon loop-1 gen bölgesi dizileri GenBank veri bankasına girilerek erişim numaraları alınmıştır. Hekzon loop-1 gen bölgesinin Türkiye ve dünyadan çeşitli hekzon gen bölgesi dizileri ile filogenetik analizi gerçekleştirilmiş ve Endonezya (%100) ile Türkiye'den (%96,72-%96,48) daha önce bildirilen FAdV-8b serotipleri ile ile yüksek homoloji gösterdiği tespit edilmiştir. FAdV-8b'lerin filogenetik bağlantıların daha iyi anlaşılabilmesi ve moleküler epidemiyolojisi hakkında daha derin bilgilere sahip olmak amacıyla pozitif örnekler içerisinden rastgele bir tane seçilerek tüm genom dizileme analizi gerçekleştirilmiştir. Sonuç olarak 45.995 bç uzunluğunda bir consensus genom elde edilmiştir. Türkiye'den ilk defa bu tez çalışmasından elde edilen bir FAdV tüm genom dizisinin SUB14015087 erişim kodu ile GenBank veri bankasına girişi gerçekleştirilmiştir. Tüm genom dizilemesi sonucunda elde edilen consensus genom FAdV'lerin genetik yapısının daha iyi anlaşılabilmesi için geniş bir veri çıktısı sunmuştur. Sonuç olarak bu tez çalışması, moleküler yöntemlerle elde edilen verilerin çeşitli filogenetik analizlerle incelenerek FAdV'lerin epidemiyolojisi hakkında geniş çaplı bilgilere ulaşılmasını sağlamıştır. Ayrıca, elde edilen hekzon gen bölgesi dizileri ile tüm genom dizilerinin GenBank veri tabanına girişlerinin yapılması, gelecekte yapılacak çalışmalara kaynak oluşturacak önemli bir adımdır. Bu tez çalışması, FAdV kaynaklı hastalıkların korunma ve kontrol çalışmalarının düzenlenmesinde kullanılabilecek değerli moleküler epidemiyolojik bilgiler sunarak, ekonomik kayıpların önüne geçilebilmesi ve koruma kontrol çalışmalarının etkin bir şekilde yürütülebilmesi için FAdV'lerin moleküler epidemiyolojisinin anlaşılmasının önemine vurgu yapmaktadır.
Karbapenem dirençli enterobacteriaceae ilişkili kan dolaşımı infeksiyonlarının moleküler epidemiyolojisi ve risk faktörlerinin değerlendirilmesi
Karbapenem dirençli Enterobacteriaceae (KDE) ilişkili infeksiyonlar son yıllarda giderek artmaktadır. Sınırlı tedavi seçeneği bulunan bu infeksiyonlar yüksek oranda mortaliteye neden olmaktadır. Erken tanı ve tedavi planlamasının yapılması ve etkin infeksiyon kontrol önlemlerinin alınması bu infeksiyonların yayılımının önlenmesine ve hastalarda mortalitenin azalmasına önemli katkı sağlayacaktır. Yerel insidans ve mevcut karbapenemaz direnç genlerinin bilinmesi, infekte hastalarda risk faktörlerinin belirlenmesi hastane temelli tedavi politikalarının geliştirilmesinde, etkin ve hızlı kontrol önlemlerinin alınmasında, yol gösterici olacaktır. Bu çalışmada Pamukkale Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi yataklı servislerinde ve yoğun bakım ünitelerinde takip edilen ve Enterobacteriaceae ilişkili kan dolaşımı infeksiyonu saptanan hastalarda karbapenem direnci ve mortalite gelişimi için risk faktörlerinin belirlenmesi ve karbapenemaz gen epidemiyolojisinin araştırılması amaçlandı. Ekim 2021-Şubat 2023 tarihleri arasında 17 aylık süreçte Enterobacteriaceae ilişkili kan dolaşımı infeksiyonu saptanan ve prospektif olarak izlenen 177 hasta çalışmaya dahil edildi. Enterobacteriaceae aile tanımlamasında yapılan değişiklik nedeniyle sınıf dışı kalan türlerin izole edildiği hastalar ve polimikrobiyal üremesi olanlar değerlendirme dışı bırakılarak, geri kalan 148 hastada karbapenem direnci ve mortalite ilişkili risk faktörleri belirlendi. Elde edilen KDE izolatlarında Real-time Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) moleküler testi kullanılarak karbapenemaz genleri araştırıldı. Hastalar, demografik özellikler, takip edildikleri klinikler, infeksiyon gelişimi öncesi antibiyotik kullanımı, altta yatan hastalıklar, invaziv işlem veya operasyon geçirme öyküsü ve yoğun bakım ünitesinde yatış öyküsü gibi karbapenem direnci ve mortaliteye neden olabilecek faktörler açısından değerlendirildi. KDE ilişkili kan dolaşımı infeksiyonu olan hastalar ile karbapenem duyarlı Enterobacteriaceae ilişkili kan dolaşımı infeksiyonu saptanan hastalar istatistiksel olarak karşılaştırıldı. Gastroenteroloji servisinde takip edilme, kronik böbrek yetmezliği (KBY) varlığı, karbapenem ve/veya glikopeptit sınıfı antibiyotiklerin kullanımı ve invaziv işlem geçirme öyküsünün olması KDE ilişkili kan dolaşımı infeksiyonu açısından istatistiksel olarak anlamlı bulundu (p<0,05). Çok değişkenli lojistik regresyon analizinde ise, KBY varlığı (p=0,035), karbapenem sınıfı antibiyotiklerin kullanımı (p<0,001) ve invaziv işlem geçirme öyküsü (p=0,01) KDE ile kan dolaşımı infeksiyonu gelişimi açısından bağımsız risk faktörleri olarak saptandı. Enterobacteriaceae ilişkili kan dolaşımı infeksiyonu olan hastalar, kan kültürü örneklerinin alımı sonrası 14 ve 28 günlük mortalite gelişimi açısından takip edildi. Yirmi sekiz gün sonunda ölen hastalar mortaliteyi artıran risk faktörleri açısından değerlendirildi. KDE ilişkili kan dolaşımı infeksiyonu, erkek cinsiyet, yoğun bakım ünitesinde yatış ve yatış süresinin uzaması, glikopeptit sınıfı antibiyotiklerin kullanımı, üriner katater varlığı, mekanik ventilasyon desteği, parenteral beslenme ve etken izolasyonu sonrası ilk üç gün içerisinde etkin tedavi başlanmaması mortalite gelişimi açısından anlamlı faktörler olarak belirlendi (p<0,05). Mortal seyreden hastalarda Glaskow koma skoru (GKS) anlamlı oranda düşük, Ardışık Organ Yetmezliği Değerlendirme Skoru (SOFA), Pitt bakteriyemi ve Akut Fizyoloji ve Kronik Sağlık Değerlendirme (APACHEII) skoru anlamlı oranda yüksekti (p<0,05). Çok değişkenli lojistik regresyon analizinde Enterobacteriaceae ilişkili kan dolaşımı infeksiyonlarında mortalite gelişimi açısından tek bağımsız risk faktörü yüksek SOFA skoru (p<0,001) olarak saptandı. Kan kültürlerinden izole edilen Enterobacteriaceae izolatlarında karbapenem direnç oranı %46 olarak görüldü. Karbapenem dirençli izolatlar arasında en yaygın görülen tür K. pneumoniae (%71,9) idi. KDE izolatlarında beta-laktamaz kodlayan gen (bla) OXA-48 ve bla NDM-1 genleri Real-time PCR ile araştırıldı. Suşların %35,4 (29) 'ünde tek başına bla OXA-48, %15,9 (13) 'unda tek başına bla NDM-1 ve %30,5 (25)'inde her iki gen birlikte pozitif saptandı. Sonuç olarak bu çalışma Türkiye'de KDE türlerinde en yaygın görülen karbapenemaz enzimlerinin halen OXA-48 olduğunu bununla birlikte NDM-1 enzimi ve OXA-48 ile NDM-1 enzimlerinin birlikte görülme oranlarının daha önce yapılan çalışmalara göre arttığını göstermiştir. Bu çalışma Türkiye'de yayılım sıklığı değişen karbapenemaz genlerinin kontrolünün sağlanmasında ve gen epidemiyolojisine göre tedavi stratejilerinin belirlenmesinde yol gösterici olacaktır. Karbapenem direnci ve mortalite gelişimi açısından risk faktörlerinin önceden bilinmesi ise ampirik antibiyotik tedavi seçiminde ve hastaların takibinde fayda sağlayacaktır.
Küçük hücreli dışı akciğer kanserlerinde immünhistokimyasal ve moleküler yöntem ile ntrk füzyonu
Küçük hücreli dışı akciğer karsinomları akciğer kanserlerinin en sık rastlanan tipidir. Küçük hücreli dışı akciğer karsinomlarının büyük bir kısmını skuamöz hücreli karsinom, adenokarsinom ve büyük hücreli karsinom oluşturmaktadır. Daha seyrek olarak diğer tipler görülmektedir. Küçük hücreli dışı akciğer karsinomlarında prognoz ve tedavideki en önemli parametre hastalığın evresidir. Erken evre tümörlerde cerrahi rezeksiyon önerilirken, ileri evre tümörlerde ise kemoradyoterapi tedavisine ek olarak özellikle son yıllarda immünoterapi ve sürücü onkogenin hedeflendiği tedaviler öne çıkmaktadır. Küçük hücreli dışı akciğer karsinomlarında terapötik ajanlara uygun hedeflenebilir spesifik genetik değişikliklerin keşfedilmesi, rutin uygulamada bu genetik değişiklikleri saptayan moleküler tanı testlerinin önemini artırmıştır. EGFR, ALK, ROS1, RET, BRAF V600E, MET Ekson 14 ve NTRK genetik değişikliklerini hedefleyen tirozin kinaz inhibitörleri küçük hücreli dışı akciğer karsinomlarının bazı alt tipleri için onay almıştır. NTRK genleri sırasıyla TrkA, TrkB ve TrkC proteinlerini kodlayan NTRK1, NTRK2 ve NTRK3'den oluşan bir gen ailesidir. Trk proteinleri fizyolojik olarak nöronal gelişim ve bazı bilişsel fonksiyonların düzenlenmesinde görev alır. Ayrıca bazı tümörlerde temel genetik değişiklik olarak NTRK gen füzyonları tespit edilmiştir. Memenin sekretuar karsinomu, tükürük bezinin meme analoğu sekretuar karsinomu, infantil fibrosarkom ve konjenital mezoblastik nefroma gibi nadir görülen tümörlerde NTRK füzyonuna sık rastlanır. Küçük hücreli dışı akciğer karsinomları, kolorektal karsinomlar, papiller tiroid karsinomları gibi daha sık karşılaşılan tümörlerde de nadiren NTRK füzyonları bildirilmiştir. Yakın zamanda onay alan entrectinib ve larotectinib gibi tirozin kinaz inhibitörlerinin NTRK füzyon pozitif tümörlerde belirgin yanıt sağlaması NTRK füzyonunun saptanmasının önemini arttırmıştır. NTRK füzyon tespiti için immünhistokimyasal yöntemler yanı sıra moleküler olarak floresan in situ hibridizasyon, reverse transkriptaz polimeraz zincir reaksiyonu ve yeni nesil sekanslama testleri kullanılmaktadır. Bu çalışmaya kurumumuzda tanı almış 295 küçük hücreli dışı akciğer karsinom olgusu alındı. Olguların 148 (%50,2)'inin biyopsi, 147 (%49,8)'sinin ise rezeksiyon materyali mevcuttu. Tüm olguların 188 (%63,7)'i skuamöz hücreli karsinom, 85 (%28,8)'i adenokarsinom, 9 (%3,1)'u küçük hücreli dışı karsinom, 10 (%3,4)'u sarkomatoid karsinom, 3 (%1,0)'ü ise büyük hücreli karsinom tanılıydı. Olguların tümü Pan-TRK immünhistokimyasal ekspresyonu, klinikopatolojik parametreler ve prognoz açısından incelendi. İmmünhistokimyasal Pan-TRK pozitifliği reverse transkriptaz polimeraz zincir reaksiyonu yöntemi ile doğrulandı. Reverse transkriptaz polimeraz zincir reaksiyonu ile NTRK füzyonu saptanan olgularda NTRK füzyonu floresan in situ hibridizasyon yöntemi ile tekrar doğrulandı. Klinikopatolojik verilerden tümör çapı, tümör evresi, lenf nodu metastazı evresi ve uzak metastaz evresi ile olguların total sağkalım süresi arasında istatistiksel olarak anlamlı fark saptandı (p<0,05). Tümör çapı arttıkça, tümör evresi artmakta, lenf nodu metastazı evresi ve uzak metastaz evresi ilerledikçe total sağkalım süresi azalmaktaydı. İmmünhistokimyasal olarak Pan-TRK (EPR17341 klonu) ekspresyonu 24 (%8,1) olguda izlendi. Dört (%1,4) olguda sitoplazmik, 10 (%3,4) olguda fokal sitoplazmik, 10 (%3,4) olguda fokal nükleer ekspresyon saptandı. Skuamöz hücreli karsinom tanılı 18 (%9,6), adenokarsinom tanılı 3 (%3,5), küçük hücreli dışı akciğer karsinomu, NOS tanılı 2 (%22,2), sarkomatoid karsinom tanılı 1 (%10,0) olguda Pan-TRK ekspresyonu saptanırken, büyük hücreli karsinom olgularının 3 (%100)'ünde de Pan-TRK ile herhangi bir ekspresyon görülmedi. Pan-TRK ekspresyonu açısından cinsiyet, yaş, tümör odak sayısı, tümör çapı, tümör tipleri, tümör alt tipleri, anjiolenfatik invazyon durumu, perinöral invazyon durumu, tümör stroması, tümör evresi, lenf nodu metastazı, uzak metastaz ve nüks durumuna göre gruplar arasında istatistiksel olarak anlamlı bir fark izlenmedi (p>0,05). Pan-TRK pozitif ve negatif olgular arasında hastalıksız yaşam süresi ve total yaşam süresi açısından istatistiksel olarak anlamlı fark bulunmadı (p>0,05). İmmünhistokimyasal olarak pozitif saptanan 24 olguya reverse transkriptaz polimeraz zincir reaksiyonu testi uygulandı. Yirmi dört olgudan 3 (%12,5)'ünde NTRK3 füzyonu tespit edildi. NTRK füzyon pozitif 2 (%67) olgu skuamöz hücreli karsinom, bir (%33) olgu ise adenokarsinomdu. İki olguda ise numune yetersiz olduğu için test uygulanamadı. Sonuç olarak biz bu çalışmada küçük hücreli dışı akciğer karsinomlarının %8,1'inde literatüre benzer şekilde immünhistokimyasal olarak Pan-TRK ekspresyonu saptadık. İmmünhistokimyasal olarak pozitif olgularımızın %12,5'unda ise revers transkriptaz polimeraz zincir reaksiyonu ile NTRK3 füzyonu saptadık ve floresan in situ hibridizasyon ile bulgularımızı konfirme ettik. Bulgularımız deneyimli patologlar tarafından titiz bir inceleme yapılırsa, moleküler testlerin bulunmadığı ortamlarda immünhistokimyanın tarama testi olarak kullanılabileceğini ancak mutlaka moleküler doğrulama gerektirdiğini göstermektedir. Olgularımızın çoğunluğunu oluşturan kısıtlı tedavi seçeneklerine sahip skuamöz hücreli karsinomlarda NTRK3 füzyonu bulgumuz, bu genin sürücü fonksiyonun bu grupta daha etkili olabileceğini düşündürmüştür. Daha geniş seriler ile bulgumuzun desteklenebileceğini düşünmekteyiz.
Prostat kanserinde kanserinde prognozu öngörmede immünohistokimyasal ve moleküler belirteçlerin katkısı
Prostat kanseri dünyada erkeklerde akciğer kanserinden sonra en sık görülen malignitedir. Amerikan Kanser Komitesi (AJCC)'nin verilerine göre metastatik prostat kanserli kişilerde 5 yıllık sağkalım oranı %31'dir. Prostat kanserine bağlı ölümün birincil nedeni, mevcut tedavi rejimlerine dirençli olması ve metastatik hastalığın ortaya çıkmasıdır. Transmembran proteaz serin 2 (TMPRSS2), transmembran serin proteaz ailesinin bir üyesidir. ETS ilişkili gen (ERG), tümör patogenezinde önemli rol oynayan onkogendir. TMPRSS2-ERG füzyonu sonucunda ERG'nin artan anormal ekspresyonu prostatik epitel farklılaşması, invazyon ve metastazda etkilidir. ERG ekspresyonunun inhibisyonu, hücre büyümesini durdurması nedeniyle prostat kanseri tedavisinde potansiyel bir hedeftir. Protein tirozin fosfataz ve tensin homoloğu (PTEN) ise tümör süpresör bir gendir. PTEN ekspresyon kaybı sonrasında, mammalian target of the rapamycin (mTOR) yolağının aktive olması, mTOR'a yönelik hedef tedaviler açısından önem kazanmıştır. Marker Of Proliferation Ki-67 (Ki-67) proliferasyon indeksi prostat kanserinde rutinde kullanılmayan, birçok kanserde agresifliğin ve prognozun belirleyicilerden biridir. Apparent Coefficient Diffusion (ADC) tümör değeri birçok organ kanserinde agresiflik belirteci olarak değerlendirilmektedir. ADC tümör değeri ve ADC oran değeri ile prostat kanseri agresifliği arasındaki korelasyon, literatürde birçok çalışmada analiz edilmiştir. Çalışmadaki amacımız, transrektal iğne biyopsi (TRİB) materyali ile sonrasındaki radikal prostatektomi (RP) materyalindeki Gleason skor (GS)'unu, agresifliği ve prognozu öngörmemizi sağlayabilecek immünohistokimya (İHK)'sal ve moleküler parametreleri değerlendirerek aktif izleme alınacak hastaları seçimine ve uygun tedavinin planlanmasına katkı sağlamaktır. Çalışmaya 2011 ve 2022 yılları arasında Pamukkale Üniversitesi Tıp Fakültesi Patoloji Anabilim Dalı'nda prostat adenokarsinomu tanısı almış 150 hasta dahil edildi. Her hasta için TRİB ve RP örneklerinden 2'şer kor çalışmaya dahil edildi. Klinik veriler ve laboratuar bulguları hastane bilgi yönetim sisteminden elde edilmiştir. floresan insitu hibridizasyon (FISH) inceleme ile TMPRSS2-ERG füzyonu değerlendirildi. İHK'sal incelemede PTEN'de (Klon D4.3); ERG(Klon EPR3864) ve Ki-67 (Klon 30-9) antikorları kullanılmıştır. 150 hasta içeren çalışmamızda teknik işlemler sonrasında örneklerin bir kısmında doku kaybı olmuştur ve RP örneklerinde 105 hastanın 61'inde (%58,1); TRİB örneklerinde 49 hastanın 18'inde (%36,7) ERG füzyonu saptanmıştır. Füzyonlardan yalnızca 2 vakada delesyon yoluyla füzyon görülmüştür, diğer vakaların tümünde füzyon ayrılma yoluyla meydana gelmiştir. RP örneklerinde TMPRSS2-ERG gen füzyonu pozitif prostat kanserlerinin %9.5'i GS 6 ve %48.6'sı GS 7'dir. GS 7 olan hastaların primer ve sekonder paternleri ile füzyon varlığı arasında istatistiksel olarak anlamlı ilişki saptanmıştır (sırasıyla p<0,04, p<0,01). RP materyallerinde GS artan hasta grubunda ERG füzyon oranında istatistiksel olarak anlamlı artış mevcuttur (p=0,026). Füzyon durumu ile uzak metastaz, cerrahi sınır pozitifliği, perinöral invazyon (PNİ) ve biyokimyasal nüks arasında istatistiksel olarak anlamlı ilişki bulunmamıştır (p>0,05). ERG değerlendirilmesinde eşik değer 150 kabul ediğinde TRİB örneklerinde ERG ekspresyonu %19.5 oranında, RP örneklerinde %10,6 oranında; değerlendirme nükleer ekspresyon varlığı/yokluğu şeklinde kabul edildiğinde TRİB örneklerinde ERG ekspresyonu %42.2 oranında, RP örneklerinde %40,4 oranında tespit edilmiştir. RP örneklerinde her iki algoritmada tespit edilen ERG ekspresyon varlığı ve FISH yöntemi ile tespit edilen füzyon varlığı arasında istatistiksel olarak anlamlı korelasyon saptanmıştır (sırasıyla p=0,0001, p=0,023). RP örneklerinde ERG değerlendirme algoritmasının her ikisinde de, ekspresyon olmayan hastalarda PNİ görülme oranında artış ve yüksek dereceli prostatik intraepitelyal neoplazi (HGPIN) görülme oranında azalma statiksel olarak anlamlı bulunmuştur (sırasıyla p=0,014 ve p=0,032). TRİB materyallerinde ERG ekspresyon yokluğunda aynı hastanın TRİB materyalinde PTEN ekspresyon kaybı artışında istatistiksel açıdan anlamlı farklılık bulunmuştur (p=0,013). TRİB materyallerinde ERG ekspresyonu olmayan hastaların yine TRİB materyallerinde ve RP materyalinde PTEN ekspresyon kaybı artışında istatistiksel açıdan anlamlı farklılık bulunmuştur (p=0,042). TRİB ve RP örneklerinde GS ve GG'lerine göre gruplandırılma yapıldığında PTEN ekspresyon kaybı ile bu gruplar arasında istatistiksel olarak anlamlı ilişki bulunmamıştır (p>0,05). Ki-67 proliferasyon indeksi eşik değeri %1 olarak alındığında TRİB örneklerinde GG 2 ve GG 3 olanlarda istatistiksel olarak anlamlı farklılık saptanmıştır (p=0,01). Ki-67 proliferasyon indeksi ile PSA dansitesi ve tümör boyutu arasında istatistiksel olarak pozitif yönde anlamlı farklılık saptanmıştır (p=0,001). TRİB ve RP örneklerinde eşik değerler ≤1 ve ≥3 alındığında Ki-67 proliferasyon indeksi ile diğer klinikopatolojik parametreler arasında istatistiksel açıdan anlamlı ilişki saptanmamıştır (p>0,05). RP örneklerinde ise her iki değerlendirme algoritmasıyla Ki-67 proliferasyon indeksi ile GG arasında istatistiksel olarak anlamlı ilişki saptanmamıştır (p>0,05). MRG'de birçok farklı kanser tipinde tümörün ADC değeri, tanıda ve tümörün agresifliğinin değerlendirilmesinde belirteç olarak kullanılmaktadır. Çalışmamızda GG 2 ve GG 3 (GS7) olan gruplarda GG 1 (GS 6) olan gruba kıyasla ADC tümör değeri ile istatistiksel olarak anlamlı düşük bulunmuştur (p=0,01). ADC oran değeri ile GS ve GG arasında istatistiksel olarak anlamlı farklılık saptanmamıştır (p>0,05). TRİB ve RP örneklerinde PTEN kaybı olanlarda, PTEN korunmuş olanlara göre ADC tümör değeri daha düşük gözlemlenmiştir. Ancak bu farklılık istatistiksel olarak anlamlı saptanmamıştır (p>0,05). FISH inceleme ile RP materyallerinde ERG füzyonu olan hastalarda, füzyon olmayan hastalara kıyasla ADC değerleri rölatif olarak düşük saptanmıştır. Ancak bu farklılık istatistiksel olarak anlamlı değildir (p>0,05). Çalışmamız FISH ve İHK yöntemi kullanılarak değerlendirilen ERG ve ADC değerlerini karşılaştıran literatürdeki ilk çalışma olacaktır. Bu konuda rutine katkı sunacak verilerin elde edilmesi için daha geniş hasta serilerinde çalışmalar yapılmasına ihtiyaç vardır.
Modeling the degradation of organic pollutants and the solubility of drug-like molecules
In this doctoral thesis, three different subjects were investıgated with hybrid computational methods. The first part dealing with environmental chemistry covers the removal of pharmaceutical raw materials and personal care products (PPCPs) that pollute freshwater. In this section, the formation of possible intermediates detected during the removal processes of salicylic acid, methylparaben and caffeine by advanced oxidation techniques is modeled by the density functional theory. It is important to understand the removal mechanisms of these chemicals, as they have the potential to destroy the entire aquatic ecosystems. The second part of the thesis focuses on the determination of the potential of drug-like molecules to penetrate the cells by determining the hydrophilic/hydrophobic properties of the organic molecules that make up the drug raw material. In this section, inferences were made about the calculation methods of the dissociation constants (pKa) of 11 protein kinase inhibitor molecules with the potential to become drugs. In addition, in the continuation of the study, the water/octanol dissociation constants (LogP) of 22 molecules were calculated and their dissociation abilities in water and organic solvent were determined. In the third part of the thesis, the method that can best reflect the dissociation constants of thiazol-2- imine derivatives dissolved in organic solvent was determined. These molecules have been synthesized in the Chemistry Department of Bogazici University.
Oksazolo (4,5-6) piridin türevlerinin asitlik sabitlerinin hesaplanması ve değerlendirilmesi
iv ÖZET -Bazı oksazoloj 4,5-b|piridin türevlerinin birinci ve i- kinci pro t unlanmaları için asitlik sabitleri "pK_" saptandı. Sübstitüent olarak amino grubu içeren II'nolu türev hariç, diğer moleküllerin birinci protonlanma için Hammett bazı o larak davrandıkları gözlendi. Deneysel ve teorik olarak piridin halkasındaki azotun, oksazol halkasmdakine oranla daha kolay protonlandığı bulun du. Brotonlanmış ve protonlanmamış haldeki U.Y. spektrumla rının çakışmaları nedeni ile nitro grubu içeren molekül X ve ikinci protonlanma için amino grubu içeren molekül II bu teknikle çalışılamadı. Ancak bu moleküller için pK& değerle ri ekstrapolasyonla bulundu. Asitlik sabitleri ve "Modifiye Hammett" eşitliği kul lanılarak sübstitüentler için A sabitleri hesaplandı.
Levrek ve çipuralardan izole edilen photobacterium damselae suşlarının moleküler karakterizasyonlarının ve antimikrobiyal duyarlılıklarının belirlenmesi
Amaç: Bu çalışmada çipura ve levrek yetiştiriciliği için önemli bir tehdit olan Photobacterium damselae ve alt türlerinin moleküler yöntemlerle teşhisi ve antibiyotiklere karşı duyarlılıklarının ortaya koyulması amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Araştırma materyalini Photobacterium damselae şüpheli 100'er adet ölü çipura (Sparus aurata) ve levrek (Dicentrarchus labrax) oluşturmuştur. Balık örneklerinin iç organlarından konvansiyonel, hızlı teşhis ve moleküler yöntemlerle P. damselae izolasyonu yapılmış ve izolatların antibiyotiklere karşı duyarlılıkları disk difüzyon yöntemi ile araştırılmıştır. Bulgular: Çipura örneklerinin iç organlarından 26 (%26) Photobacterium damselae izolatı izole edilirken, levrek örneklerinden izolasyon yapılamamıştır. Çipura örneklerinden izole edilen 26 (%26) P. damselae izolatı BD-Phoenix tanı cihazı ile identifiye edilmiştir. İdentife edilen 26 (%26) P. damselae izolatı 16S rRNA PCR ile doğrulanmış ve CPS ile URE C genleri kullanılarak yapılan PCR ile alt tür ayrımına gidilmiştir. Sonuçta P. damselae suşlarından 18 adedi (%69,23) P. damselae subsp. piscicida ve geri kalan 8 adedi (%30,77) de P. damselae subsp. damselae olarak tiplendirilmiştir. P. damselae subsp. piscicida izolatlarının tamamı gentamisine (10 µg) karşı %100 oranında, diğer yandan hem P. damselae subsp. piscicida hem de P. damselae subsp. damselae izolatları siprofloksasine (5 µg) karşı %100 duyarlı bulunmuştur. Sonuç: Bu araştırma ile deniz akuakültüründe çipura ve levrek için önemli hastalık etkeni olan P. damselae subsp. piscicida ve P. damselae subsp. damselae'nın tür spesifik genler ile moleküler teşhisi ve bazı antibiyotiklere karşı duyarlılığı ortaya koyulmuştur.
Levreklerden (Dicentrarchus labrax) izole edilen vibrio türlerinin moleküler tiplendirilmesi ve antibiyotik dirençliliklerinin belirlenmesi
Amaç: Bu araştırma levreklerden izole edilen Vibrio türlerinin moleküler yöntemlerle identifikasyonunun yapılması ve antibiyotik dirençliliklerinin belirlenmesi amacı ile yapıldı. Gereç ve Yöntem: Araştırma, Mayıs-Eylül 2021 tarihleri arasında, Ege bölgesi balık çiftliklerinden alının 100 levrek örneği ile gerçekleştirilmiştir. Örneklerden elde edilen izolatlar fenotipik ve genotipik olarak identifiye edildikten sonra antibiyotik dirençliliği disk diffüzyon yöntemi ve antibiyotik direnç genlerinin multipleks PCR ile tespitiyle yapılmıştır. Bulgular: Araştırmada 100 levrek örneğinden konvansiyonel ve biyokimyasal yöntemle 46 (%46) Vibrio spp. izolatı elde edilmiştir. Elde edilen 46 izolatın16S rRNA PCR ile Vibrio spp. olduğu doğrulanmıştır. Multipleks PCR ile 22 (47,8) izolatın V. alginolyticus, 13 (%28,2) izolatın V. harveyi, 3 (%6,5) izolatın V. parahaemolyticus, 1 (%2) izolatın V. vulnificus, 7 (%15) izolatın Vibrio spp. olduğu belirlenmiştir. Antibiyogramda en yüksek direncin ampisiline (%84,8) karşı geliştiği belirlenirken tüm izolatların enrofloksasin ve sulfametoksazol-trimetoprime (%100) duyarlı olduğu tespit edilmiştir. İzolatlarda en yüksek direnç geninin trimetoprim direnç geni (%63), en düşük direnç geninin ise florokinolon direnç geni (%6,5) bulunmuştur. Sonuç: Bu çalışmada Vibrio türlerinin balık hastalıklarda primer erken olarak önemli bir rolü olduğu ve identifikasyonda moleküler yöntemlerin daha güvenilir sonuç verdiği, izolatlar arasında tekli ve çoklu antibiyotik direnci bulunduğu tespit edilmiştir.