Gromacs tabanlı MD simülasyon hazırlığına yönelik arayüz geliştirilmesi

Moleküler dinamik (MD) simülasyon, biyolojik ve kimyasal süreçlerin atomik düzeyde anlaşılmasında kritik bir yöntemdir. Ancak bu simülasyon, özellikle GROMACS gibi yazılımlar kullanılarak yapıldığında hem yazılımsal bilgi ve beceri hem de yüksek hesaplama gücü içeren donanım gerektirir. Bu durum, birçok araştırmacı için erişim engeli oluşturmakta ve bilimsel süreçleri yavaşlatmaktadır. Bu çalışmada, GROMACS tabanlı simülasyon süreçlerini kullanıcı dostu bir web ve bulut tabanlı platform ile otomatize ederek, simülasyon erişimini kolaylaştırmayı ve kullanıcı dostu bir arayüzün üretilmesi sağlanmıştır. Sistem ile kullanıcıların protein ve ligand dosyalarını yükleyerek simülasyonu başlatmaları, sonuçları görselleştirmeleri ve elde edilen sonuçların paylaşımı mümkün kılınmıştır. Böylece hem yazılımsal uzmanlığı sınırlı kullanıcıların bu alana girmeleri teşvik edilmiş hem de deneyimli araştırmacıların verimliliği artırılmıştır. Proje, web arayüzü, lokal GROMACS sunucuları ve bulut tabanlı bir altyapıyı bir araya getiren bir yöntemle yürütülmüştür. Yazılım web arayüzüne yüklenen dosyalar, GROMACS sunucularına iletilerek internet üzerinden gerekli ek dosyaların indirilmesi ve standart GROMACS iş akışı yürütülmesi ile yürütülmüştür. Simülasyonun tamamlanmasının ardından, sistem otomatik olarak RMSD, enerji grafikleri ve atomik mesafe değişimleri gibi grafiksel çıktılar üretilmiştir. Bu çıktılar, bir bulut sunucusuna yüklenerek kullanıcıların sonuçlara kolayca erişimi hem web üzerinden hem de e posta yoluyla sağlanmıştır.