Hıyarda kök-ur nematodlarına karşı moleküler markırların geliştirilmesi

ÖZDOKTORA TEZİHIYARDA KÖK-UR NEMATODLARINA KARŞI MOLEKÜLERMARKIRLARIN GELİŞTİRİLMESİZübeyir DEVRANÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİFEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜBİTKİ KORUMA ANABİLİM DALIDanışman : Prof. Dr. İbrahim Halil ELEKÇİOĞLUYıl : 2006, Sayfa : 116Jüri : Prof. Dr. İbrahim Halil ELEKÇİOĞLUProf. Dr. Namık Kemal KOÇProf. Dr. Hüseyin Avni ÖKTEMProf. Dr. Nebahat SARIYrd. Doç. Dr. Galip KAŞKAVALCIBu çalışmada Kök-ur nematodlarına (M. arenaria ırk 1 ve ırk 2; M. javanica; M. hapla)dayanıklı olan Lucia, Shelby ve Manteo rekombinant inbred hatları ile duyarlı olan Batem1 veBatem2 saf hatları melezlenerek F1 bitkileri, F1'ler de kendilenerek F2 bitkileri elde edilmiştir.Ebeveynler, F1 ve F2 bitkileri M. javanica ırk 1 ile test edilerek dayanıklı ve duyarlı bireylerbelirlenmiştir. M. javanica ırk 1 ile test edilen F2 bireylerinin 3:1 (3 duyarlı, 1 dayanıklı) açılımgösterdiği ve dayanıklılığın resesif tek gen tarafından kontrol edildiği belirlenmiştir.Dayanıklılık sağlayan mj genine bağlı moleküler markır geliştirmek için, RAPD (37 adetprimer), SCAR (14 adet primer), SSR (23 adet primer), AFLP (100 adet EcoRI-MseI primer) veSRAP (112 adet primer) markırları kullanılmıştır. 37 adet RAPD primerinden 11 tanesinden PCRürünü elde edilmemiş, 26 tanesinden ise PCR ürünü elde edilmiş fakat ebeveynler arasındapolimorfizm belirlenememiştir. 14 adet SCAR primerinden 7 tanesinden PCR ürünü elde edilmişancak ebeveynler arasında polimorfizm gözlemlenmemiştir. 23 adet SSR primeri kullanılmış vebunlardan bir tanesi ebeveynler arasında polimorfizm vermiş fakat mj geni ile bağlantılı olmadığıbelirlenmiştir. 100 adet AFLP primerinden 92 tanesinde PCR ürünü elde edilmiş ve bunlardan 2 taneprimer kombinasyonu (E-ATT/M-CAA ve E-AAC/M-CTG) mj genine bağlı olduğu belirlenmiştir. Buiki DNA bandı poliakrilamid jelden kesilmiş, klonlanmış ve dizilim analizi yapılmıştır. Dizilimanalizleri kullanılarak geliştirilen primerler dayanıklı ve duyarlı ebeveynlerde PCR yapılmış fakatebeveynler arasında polimorfizm görülmemiştir. E-ATT/M-CAA AFLP primer kombinasyonudayanıklı ve duyarlı ebeveynler arasında dizilim farklılığı vermiştir. Bu dizilim farklılığı herhangi birenzim tanıma bölgesine sahip olmadığından CAPS'a çevrilememiş ve ebeveynler birbirlerindenayrılamamıştır.AFLP markır sistemiyle geliştirilen hıyar genomuna ait 4 adet seçici primer (D1F, D1R,D17F, D17R) SRAP forward ve reverse primerleriyle birlikte PCR yapılarak ebeveynler arasındafarklılık araştırılmıştır. 11 adet primer kombinasyonu ebeveynler arasında polimorfizm vermiş olupbunlar F2 bireylerinde taranmıştır. MAPMAKER/EXP Version 3.0 programı kullanılarak yapılananalizde bunlar içerisinden iki tane markırın mj genine 16.3 cM ve 19.3 cM uzaklıkta olduğubelirlenmiştir.Anahtar Kelimeler: Hıyar, Meloidogyne javanica ırk 1, dayanıklılık, mj geni, moleküler markırlarI