Nöroblastom hücre hatlarında epigenetik değişiklikleri düzenleyen genlerin ifade örüntüsünün araştırılması

Nöroblastom (NB) sempatik sinir sistemine farklılaşan nöral krest hücrelerinden köken alan embriyonik bir tümördür. Spontan remisyondan hızlı metastatik progresyona kadar varan farklı klinik davranışlar gösterir. NB, karyotipik açıdan segmental kromozom aberasyonları ile karakterizedir. Sık gözlenen reküran kromozom anomalileri 1 no?lu kromozomun kısa kolunda (1p) ve 11 no?lu kromozomun uzun kolunda (11q) gözlenen kayıplar; 17 no?lu kromozomun uzun kolundaki (17q) kazanımlardır. NB olgularının % 22?sinde MYCN geni amplifikasyonu ileri hastalık evresi, metastatik hastalık ve agresif klinik seyirle birliktelik göstermektedir. Ayrıca, 1p, 11q delesyonları ve 17q duplikasyonu kötü prognozla ilişkilendirilmiştir. Buna karşın, söz konusu kromozom segmentlerinde, NB patogenezinde rol oynayan gen ya da genler bugüne kadar tanımlanamamıştır. Erişkin tümörlerinde gözlenen kanser genleri de NB tümörlerinde tutulum göstermemektedir. Bu çalışmanın çıkış noktası NB?deki bu prognostik faktörlerin sitogenetik anomaliler haricinde başka etmenlere dayandırılabileceği düşüncesidir. Günümüzde kanser üzerine yapılan araştırmalarda karsinogenez sürecinde epigenetik faktörlerin de rol oynadığının bulunması ve NB tümörlerinde bu tarz çalışmaların fazla olmaması, NB tümör fenotipindeki bu çeşitliliğe epigenetik faktörlerin neden olabileceği sorusunu doğurmuştur. DNA metilasyonu normal gelişim sürecinde rol oynayan bir epigenetik faktördür ve metilasyon örüntünün bozulması karsinogenezde doğrudan rol oynamaktadır. Buna ek olarak histon modifikasyonlarının, protein komplekslerinin DNA?ya bağlanma sürecini olumlu ve olumsuz yönde etkiledikleri, bu sebeple genom üzerinde belirli bölgelerin gen ifadesinde arttırıcı veya susturucu etkisi olduğu bilinmektedir. Proje kapsamında epigenetik değişikliklere yol açan 84 tane genin ifade değişimleri gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu analizleri ile belirlenmiştir. Analiz sırasında MYCN amplifikasyonu görülmeyen iki (2) adet NB hücre hattı kontrol grubu olarak kullanılmış ve MYCN amplifikasyonu gözlenen beş (5) adet NB hücre hattı üzerinde ilgili genlerin ifade değişimleri saptanmıştır. ??Ct formülü kullanılarak yapılan hesaplama sonucunda, hedef grup ile kontrol grubu karşılaştırıldığında AURKB geninin ifadesinde 6.45 kat, ESCO2 geninin ifadesinde 6.75 kat, HDAC2 geninin ifadesinde 5.41 kat, PRMT8 geninin ifadesinde 5.80 kat ve RNF2 geninin ifadesinde 4.12 kat artış gözlenmiştir. Aynı şekilde yapılan karşılaştırma sonucunda HDAC9 geninin ifadesinde 4.51 ve NEK6 geninin ifadesinde ise 4.66 kat azalış gözlenmiştir.