Gene expression
470 theses under this subject heading
İki katmanlı entegrasyon mimarisiyle hastalığa özel birliktelik ağı çıkarımı
Hastalıklara neden olan biyolojik mekanizmaların moleküler seviyede keşfi son yıllarda üzerinde önemle durulan bir çalışma alanıdır. İnsan genom projesinin tamamlanması ve DNA dizileme tekniklerindeki ilerlemelerle hastalıklara neden olan süreçler ve bu süreçler altında yatan moleküler ilişkiler daha hızlı ve kolay bir şekilde belirlenmektedir. Gen birliktelik ağları farklı fenotiplere sahip örneklerde benzer örüntüler sergileyen genler arasındaki ilişkilerden oluşan moleküler ilişki ağlarıdır. Benzer örüntü sergileyen genlerin yapılan literatür çalışmalarında benzer biyolojik fonksiyonlara sahip olduğu ve benzer süreçlerde yer aldıkları anlaşılmıştır. Tez kapsamında mikrodizin gen ifadesi, RNA- Seq ve miRNA- hedef gen verileri üzerinde farklı gen ağı çıkarım algoritmaları kullanılarak gen birliktelik ağları elde edilmiştir. Literatürde farklı biyolojik veri kümeleri ve gen ağı çıkarım algoritmalarını aynı yapı içerisinde kullanarak hastalıklarla ilişkilendirilmiş kapsamlı ve doğruluklu gen birliktelik ağı çıkarımı gerçekleştiren çalışma sayısı kısıtlıdır. Tez kapsamında temel hedefimiz farklı gen ağı çıkarım algoritmaları ve biyolojik veri kümelerini birlikte kullanarak göğüs ve prostat kanseriyle ilgili yüksek doğruluklu ve kapsamlı gen birliktelik ağları oluşturmaktır. Bu hedefle kesişim, basit çoğunluk oyu ve birleşim gibi temel entegrasyon yöntemleriyle iki katmanlı bir yapı oluşturularak gen birliktelik ağlarının entegrasyonunu gerçekleştirilmiştir. İki katmanlı entegrasyon mimarisi ile aynı veri kümesi üzerinde farklı gen ağı çıkarım algoritmalarından elde edilen gen birliktelik ağlarının entegrasyonu birinci entegrasyon aşamasında, farklı biyolojik veri kümeleri kullanılarak elde edilen gen birliktelik ağlarının entegrasyonu ise ikinci entegrasyon aşamasında gerçeklenmiştir. Elde edilen gen birliktelik ağlarının performansı biyolojik ve topolojik özelliklerine göre değerlendirilmiştir. Bu iki değerlendirme kriterine ek olarak literatür verileri ile örtüşme analizi yapılmıştır. Sonuç olarak, sadece gen ağı çıkarım algoritmaları kullanılarak yapılan gen birliktelik ağı entegrasyonunun performans arttırımına etkisi kısıtlı iken, farklı biyolojik veri kümelerinden elde edilen gen birliktelik ağlarının entegrasyonunun performans artışı sağladığı gözlemlenmiştir. Çalışmamızda aynı zamanda daha önce miRNA- hedef gen verileri üzerinde gen birliktelik ağı çıkarımında hiç kullanılmamış hash tabanlı birliktelik kuralı algoritmasını uygulayarak ilgili veri kümelerinden teorik olarak 152 hastalıkla ilişkili GBA'lar elde edilmiş ve bu algoritma ARNetMiT R paketi halinde kullanıcılara sunulmuştur.
Streptozotosin ile deneysel diyabet oluşturulan sıçan karaciğer dokusunda Vasküler endotelyal büyüme faktör (VEGF) geninin ifadesi
Bu tezde deneysel diyabet oluşturulmuş sıçanların karaciğer dokusunda vasküler endotelyal büyüme faktörü'nün (VEGF) gen ifadesini araştırmak amacıyla 20 adet dişi Wistar cinsi sıçan kullanıldı. Sıçanlar, kontrol grubu ve deneysel diyabet grubu olmak üzere iki gruba ayrıldılar. Deneysel diyabet grubundaki sıçanlara kilogram vücut ağırlığı başına 50 mg streptozotosin (STZ), 0,01 M sitrat tamponu içerisinde (pH: 4,5) çözülerek karın içi uygulama yol ile tek doz verildi. Kontrol grubu sıçanlara ise STZ'nin çözüldüğü taşıt madde olan 0,01 M sitrat tamponu karın içi yolla tek doz uygulandı. STZ uygulamasının ardından 72 saat sonra sıçanların kuyruk veninden alınan kanlardan kan şeker ölçümü yapıldı ve açlık kan şekerleri 350 mg/dL ve üzerinde olanlar diyabetli kabul edildiler. STZ uygulamasından 21 gün sonra sıçanlar dekapite edilerek karaciğer dokuları alındı ve gerçek zamanlı PZR'de VEGF gen ifadesine bakıldı. Sonuçta diyabet ve kontrol grubu sıçanların karaciğer VEGF gen ifadesinde anlamlı bir fark bulunmadı.
Ratlarda kronik böbrek yetmezliği modelinde kaveolin gen ekspresyonu
Bu tezde siklosporin A ile deneysel böbrek yetmezliği oluşturulmuş sıçanların böbrek dokusunda Kaveolin gen ifadesini, böbrek MDA ve serum BUN ve kreatinin değerlerini araştırmak amacıyla 20 adet Wistar cinsi dişi sıçan kullanıldı. Sıçanlar, kontrol grubu ve deneysel kronik böbrek yetmezliği grubu olmak üzere iki gruba ayrıldılar. Deney grubundaki sıçanlara kilogram vücut ağırlığı başına 30 mg siklosporin A deri altı uygulama yolu ile 28 gün boyunca verildi. Kontrol grubu sıçanlara ise Siklosporin A'nın çözüldüğü taşıt madde olan cremofor EL çözeltisi 28 gün boyunca deri altı yolla uygulandı. Deney sonunda gruplardan alınan böbrek dokularından kaveolin gen analizi ve MDA analizi yapıldı. Serumdan ise BUN ve kreatinin analizleri yapıldı. Kontrol grubu ile karşılaştırıldığında deney grubu kaveolin gen ifadesinde istatistiki anlamlı bir azalma bulunurken (P < 0,05), MDA seviyesinde ise anlamlı bir artış tespit edildi. (P < 0,05). Kontrol grubu ile karşılaştırıldığında deney grubu serum BUN ve kreatinin seviyesi anlamlı olarak yükselmişti (P < 0,05). Anahtar kelimeler: Kronik böbrek yetmezliği, kaveolin, siklosporin A, gen ekspresyonu, RT-PZT, rat
Gemsitabin ve cisplatin alan akciğer karsinomu olan hastalarda ERCC1 inprognoz ile ilişkisi
GİRİŞ VE AMAÇ: Akciğer kanseri tüm dünyada kadın ve erkeklerde kanserden ölümlerin en sık sebebidir. Küçük hücreli dışı akciğer kanserlerinde platin bazlı kemoterapiler standart tedavidir. Ancak her ilacın olduğu gibi platin bazlı kemoterapilerinde yararının yannda ciddi toksisite ve yan etkileri vardır. Hangi hastalarda hangi tür kemoterapi ajanlarının kullanılacağı, konusunda tedaviden maximum fayda ve minimum zarar elde etmek amacıyla bazı ipuçlarına ihtiyaç vardır. Enzyme repair cross- complementation group 1 (ERCC1) in akciğer kanserinde platin alan hastalarda prognoz üzerindeki etkisinin araştırılarak ileri dönemlerde yeni tedavi başlanacak hastalarda tedavi seçiminde etkili olup olmayacağı amacıyla bu çalışma hazırlanmıştır. Hastalar ve Yöntem: Çalışmaya İnönü Üniversitesi Tıbbi Onkoloji kliniğinde 2008?2012 tarihleri arasında sisplatin-gemsitabin kombinasyonu ile tedavi edilen 26 akciğer kanserli hasta alındı. Hastaların tıbbi kayıtları retrospektif olarak değerlendirildikten sonra immünhistokimyasal inceleme için doku örnekleri uygun olanlar çalışmaya dahil edildi. Tümoral dokuda ERCC1 ekspresyonu immünhistokimyasal boyama tekniği ile değerlendirildi. Bulgular: ERCC1 boyanma şiddeti ve dağılımına göre 4 gruba ayrıldı. 6 hastada 0, 8 hastada +1, 5 hastada +2, 7 hastada +3 bulundu. O ve +1 olanlar ERCC1 negatif kabul edilirken, +2 ve +3 olanlar ERCC1 pozitif kabul edildi.. Tedavi sonrası yapılan değerlendirmede 1 hastada iyi parsiyel cevap (%3,8) , 1 hastada parsiyel cevap (%7,7),5 hastada stabil hastalık (%19,2) ve 18 hastada progresyon (%69,2) gözlendi. Çalışmanın bittiği tarih itibariyle 13(%50) hasta exitus olmuşken 13(%50) hasta yaşıyordu. Hastaların genel sağkalımı ortalama 15 (3?44) ay olarak bulundu. progresyonsuz sağ kalımı ise 9(2?25) ay olarak bulundu. Çalışmamızda genel sağkalım ve hastalıksız sağkalım ile ERCC1 arasında anlamlı bir fark bulunamadı. Sonuç: : ERCC1 ile tedavi cevabı ve sağkalım arasındaki ilişki incelendiğinde genel olarak literatürle benzer sonuçlar bulunmuştur. Hasta sayısı az olmakla birlikte çalışmalardaki sonuçlar arasındaki farklılıklar da dikkate alındığında ERCC1 negatif VI ve pozitif gruplar arasındaki farkın istatistiksel anlamlılığa ulaşmamış olmasını tek başına buna bağlamamak gerekmektedir.
Suça sürüklenen çocuklarda suça eğilim ile triptofan hidroksilaz 2 ve SLC6A4 genleri arasındaki ilişkinin araştırılması
Her yıl milyonlarca çocuk suça sürüklenmektedir. Bu çocukların suça sürüklenmesine neden olan risk faktörlerini belirlemek, çocukların neden suça yöneldiğini anlamamıza yardımcı olacaktır. Bu risk faktörlerine yönelik koruyucu önlemlerin alınması, çocukların suç olgusundan uzak tutulabilmesine ve toplumsal barışa katkı sağlayacaktır. Suça sürüklenen çocuklarda suça eğilim ile Triptofan hidroksilaz 2 ve SLC6A4 genlerinin ekspresyonları arasındaki ilişkinin etkisi araştırılarak bu genlerin suçun oluşumuna katkısının olup olmadığı tespiti amaçlanmıştır. Gaziantep Üniversitesi Klinik Araştırmalar Etik Kurulundan gerekli izinler alındıktan sonra Gaziantep Üniversitesi hastanesine başvuran gerekli kriterleri sağlayan çocuklar çalışmamıza davet edilmiştir. Vaka ve kontrol gruplarımız 50'şer çocuktan oluşmaktadır. Bu çocuklardan kan örnekleri toplanmıştır. TPH2 ve SLC6A4 genlerinin ekspresyonlarını belirlemek için öncelikle toplanan kan örneklerinden genlerin mRNA'sı elde edilmiş ve bu elde edilen mRNA'ların kalitesi ve miktarı belirlenmiştir. Bu mRNA'lardan cDNA elde edilmiştir. Bu çocuklara ÇDŞG-ŞY DSM-V el kitabı ve sosyodemografik verileri içeren anket uygulanmıştır. Çalışmamıza katılan vaka grubu çocuklarının ΔCт medyan ortalaması SLC6A4 geni için 7.99, TPH 2 geni için 9.27, kontrol grubu çocuklarının ΔCт medyan ortalaması SLC6A4 geni için 5.59, TPH 2 geni için 5.35 olarak tespit edilmiştir. Vaka grubunun kontrol grubuna göre TPH 2 geninin ekspresyonunun 15,12 kat daha az olduğu ve 3,91 katlık bir kat değişimi olduğu, SLC6A4 geninin ekspresyonunun 7,06 kat daha az olduğu ve 2,82 katlık bir kat değişimi olduğu saptanmıştır. Ayrıca çalışmamızda suça sürüklenen çocuklarda kardeş sayısının çok olduğu, parçalanmış aile yapısının daha çok görüldüğü, ailelerinde daha önce suç işleyen kişilerinin varlığının daha fazla olduğu saptanmıştır. Bu çocuklarda kötü alışkanlık, şiddette maruz kalma ve silah taşıma oranlarının daha yüksek olduğu, babanın eğitim düzeyinin ve çocuğun eğitim hayatına devam etme oranlarının daha düşük olduğu, annenin eğitimi düzeyi ve ailenin gelir düzeyi arasında bir fark olmadığı saptanmıştır. Suça sürüklenen çocukların büyük çoğunluğunda aktif psikopatoloji olduğu saptanmıştır. Çalışmamızda hem THP2 hem de SLC6A4 genlerinin düşük ekspresyonu ile suça eğilim arasında istatistiksel olarak anlamlı fark saptanmıştır. Sosyodemografik verilere göre ve gen ekspresyon düzeylerine göre risk grubunu oluşturan çocukların tespit edilerek onlara yönelik özel rehabilitasyon programların düzenlenmesi suça sürüklenmenin önlenmesine çok önemli katkılar sunacaktır.
İyot refrakter tiroid karsinomunda refrakterliği belirleyen faktörlerin retrospektif olarak değerlendirilmesi
Giriş ve amaç: İyot refrakterliğe neden olan sebeplerin tespit edilmesi ve iyot alımında sorumlu olan NIS (Sodyum İyot Simportu) de oluşabilecek bozuklukların iyot refrakterliği ile ilişkili olabileceği düşünülerek kliniğimize başvuran iyot refrakter tiroid karsinomu tanılı hastaların klinik ve patolojik özelliklerini ve SLC5A5 NIS membran proteinini kodlayan gen ekspresyonunu değerlendirmeyi amaçladık. Materyal-Metod: Bu çalışma, 01/01/2013-15/09/2021 tarihleri arasında Gaziantep Üniversitesi, İç Hastalıkları Anabilim Dalı, Endokrinoloji ve Metabolizma polikliniğine başvuran iyot refrakter tiroid karsinom tanılı 32 hasta ve refrakter olmayan 51 hastanın biyokimyasal parametreleri, histopatolojik tipleri ve FDG-PET/BT, BT, MRG, USG görüntüleme bilgileri ve NIS protein SLC5A5 gen değerlendirilmesi incelendi. Bulgular: İyot refrakter tiroid karsinom grubundaki ortanca±SD yaş değeri 56,56 ± 15,22 iken kontrol grubunda 46,82 ± 12,43 idi ve hasta grubunun medyanı 55 (46,5 -70 ) iken kontrol grubunun ise medyanı 48 (38 -55) idi. Bazal Tg ortanca±SD değeri hasta grubunda 3588,11 ± 8975,48 iken kontrol grubunda 310,46 ± 1796,86 idi. Hasta grubunun medyan değeri 278 (65-724 ) iken 3,21 (0,66 -23,7) idi. Refrakter tiroid karsinomlu kemoterapi alan 13 hastanın ortalama yaşı 65,77 (standart sapma:12,58), kemoterapi almayan 19 hastanın ortalama yaşı 50,26 (standart sapma:13,80). Tedavi almayanların yaş ortalaması hasta grubundaki alanlara göre daha düşüktür. Tüm bu parametreler ve istatiksel olarak anlamlı saptanmıştır (p<0,05). SLC5A5 gen ekspresyonu iyot refrakter olmayan PTK grubunda azalmış, iyot refrakter PTK grubunda artmıştır. Sonuç: Diferansiye tiroid karsinomu hastalarında iyot refrakterliğinin gelişiminde ileri yaş (yaş>55) ve postoperatif tiroglobulin düzeyi yüksekliği (278 ng/ml) etkilidir. Ayrıca iyot refrakter tiroid karsinomu olan hastalarda ileri yaş varlığı, kemoterapi gerekliliği ile ilşkilidir. Radyoaktif iyot refrakter tiroid karsinomunda benign dokulara göre SLC5A5 gen ekspresyonu artarken radyoaktif iyot duyarlılığı durumunda azlmıştır. SLC5A5 gen ekspresyonununda ortaya çıkan farklı yöndeki ekspresyon değişimleri RAI refrakter hastalığın patofizyolojik mekanizmasını daha iyi anlayabilmek için yol gösterici olabilir Anahtar kelimeler: İyot Refrakter Tiroid Karsinomu, NIS (Sodyum İyot Simportu), SLC5A5.
Hipoksi koşulları altındaki meme kanseri hücrelerinde hipertermi ve kurkuminin kanser kök hücre benzeri özelliklere ve epitelyal-mezenkimal dönüşüme etkilerinin incelenmesi
Meme kanserinin heterojen bir hastalık olduğu, hipoksinin invazyon ve metastazda etkin rol oynadığı ve kötü prognoz ile ilişkili olduğu bilinmektedir. Bu çalışmanın amacı hipoksi koşulu altında Hipertermi, 17-AAG ve Kurkumin üçlü tedavisinin meme kanseri hücre dizilerinde CSC ve EMT belirteçlerinin gen ifadeleri ve hücresel fonksiyonlar üzerindeki etkilerini incelemek ve araştırmaktır. Bu çalışmada ilk olarak hipoksi koşulu oluşturmak için meme kanseri hücre dizilerinde CoCl2'ün doza ve zamana bağlı qRT-PCR yöntemi ile HIF1A ifade düzeyleri araştırılmıştır. Bunun sonucunda MDA-MB-231 hücre dizisinin 3. saatte 25 µM, CRL-2329 hücre dizisinin ise 3. saatte 100 µM CoCl2 ile inkübasyonunun, en yüksek HIF1A gen ifade düzeyi gösterdiği bulunmuştur. Çalışmamızda hipoksi oluşturulmuş meme kanseri hücre dizilerinde 17-AAG ve kurkumin etken maddelerinin MTT deneyi ile 24. ve 48. saat IC50 dozları belirlenmiştir. Belirlenen bu dozlara bağlı olarak hipertermi ile beraber kombine gruplar oluşturulmuştur. Çalışmamızda hipoksi oluşturulmuş hücre dizilerine uygulanan HT + 17-AAG + Kurkumin üçlü tedavinin; hipoksi grubuna, sadece HT ve HT + 17-AAG uygulanan gruplara kıyasla kanser kök hücre belirteci ve epitelyal mezenkimal geçiş ile ilişkili belirteç genlerin mRNA ekspresyon düzeylerini anlamlı bir şekilde azalttığı görülmüştür. Ayrıca hücre migrasyonu deneyi ile elde edilen bulgulara göre de bu kombinasyonun hücreler üzerinde antiproliferatif ve antianjiyogenik etkiye sahip olduğu tespit edilmiştir. Bu veriler, CSC ve EMT belirteçlerini aşırı ifade eden hipoksik meme tümörlerinde oldukça iyi bir kombinasyon ajanı olabileceğine işaret etmektedir. Anahtar Kelimeler: Meme Kanseri, Hipoksi, Hipertermi, 17-AAG, Kurkumin, CSC, EMT
Sitagliptin tedavisi uygulanan deneysel obezite modelinde farklı dokularda GLP-1 gen ifadesinin analizi
Obezite dünya çapındaki hastalıklar arasında en büyük beşinci risk faktörü olup Türkiye, obezitenin en çok görüldüğü üçüncü ülkedir. Obeziteye eşlik eden birçok hastalık bulunmaktadır. Bu nedenle obeziteye neden olan ve obeziteyi geriye çevirecek olan moleküler ve genetik mekanizmalar ortaya konulmalıdır. Glukagon benzeri peptit 1 (GLP-1) ve glukozedine bağlı insülinotropik peptit (GIP), glikoz regülasyonunda yer alan başlıca inkretinler olup insülin salınımını uyarmak için salgılanır. GLP-1 glukagon seviyelerini baskılar, gastrik boşalmayı geciktirir ve tokluğu arttırır. GLP-1 ve GIP'in in vivo etkileri, bu hormonların dipeptidil peptidaz-4 (DPP-4) enzimi tarafından hızlı bozunması ve baskılanması nedeniyle kısa ömürlüdür. DPP-4 inhibitörleri olan vildagliptin ve sitagliptin şu anda çok sayıda ülkede tip 2 diyabet tedavisi için onaylanmış ve geliştirilmekte olan oral ajanlardır. Bu çalışmada kas, karaciğer ve yağ dokusunda insülin salınımının pozitif düzenleyicisi olan GLP-1 geninin ekpresyon düzeyleri; Obez, Obez + Sitagliptin Kontrol, Kontrol + Sitagliptin gruplarına ayrılan doku gruplarında kantitatif real-time PCR yöntemi kullanılarak araştırıldı. Çalışmamızda 32 adet wistar albino sıçandan 24 'ünün dokuları kullanılmıştır. Doku örnekleri ile total RNA izolasyonu ve cDNA sentezi gerçekleştirilerek gen ekspresyon düzeyleri analiz edildi. Elde edilen sonuçlar qiagen veri analiz sistemi kullanılarak ve student t testi baz alınarak istatiksel olarak değerlendirildi. Araştırma sonuçlarımıza göre, karaciğer dokusunda obez grubuna göre obez+sitagliptin GLP-1 gen ekpresyon düzeyinin artmış olduğunu ve gözlenen bu farkın istatiksel olarak anlamlı olduğunu saptadık (p=0.02), yine karaciğer dokusunda K+Stg-Ob kıyaslandığında; GLP-1 gen ifadesinde 12.52 kat anlamlı bir artış saptadık (p=0.01) Kas ve yağ dokusu gruplarında gen ekspresyon düzeylerinde anlamlı bir farklılık saptanmamış olup nedeninin bireysel farklılıktan veya diğer etkenlerden kaynaklanabileceği düşünülmektedir. Sonuç olarak obezitede, sitagliptin tedavisi kullanılarak insülin salınımının uyarılma mekanizmasının transkripsiyonel düzenleyicisi olan GLP-1 geninin ekspresyon düzeyinin incelenmesi, obezitenin altında yatan olayların daha iyi anlaşılmasına ve obezitede sitagliptin tedavisinin nasıl hedeflenebileceğinin anlaşılması üzerine katkı sağlayacaktır.
Investigation of possible interaction between ARID3A, ARID3B, lncRNAs MALAT1 and NORAD in non-small cell lung cancer (NSCLC)
The most common cancer-related death with a poor prognosis is lung cancer. For attempts at survival, early diagnosis and effective treatment methods are crucial. Approximately 85% of lung cancers are non-small cell lung cancers (NSCLC). Long non-coding RNAs, also known as lncRNAs, are crucial to numerous biological processes. Their conflict causes carcinogenesis and may have an effect on the pathways that are considered important therapeutic targets in various cancers. The neoplastic initiation, progression, metastasis, tumor angiogenesis, chemoresistance, and genomic instability in NSCLC are caused by a lack of regulation of long non-coding RNAs, MALAT1 and NORAD, that are involved in metastasis. Both MALAT1 and NORAD are important for cell cycle progression as they directly regulate the expression of the transcription factor E2F1. It has been reported that the expression of p53 target genes is also affected by MALAT1 by repressing p53 promoter activity followed by cell cycle progression, and NORAD is indirectly regulated by p53. The AT-rich interaction domain (ARID) family of DNA-binding proteins, especially ARID3A and ARID3B are involved in various biological processes, including cell proliferation, differentiation, and development. ARID3A and ARID3B play important roles in E2F-dependent transcription and are transcriptional targets of p53. The pivotal function in promoting either cellular proliferation by pRB-E2F or growth arrest by p53 pathways implies a tight and finely tuned regulation. Both ARID3A, ARID3B and lncRNAs MALAT1, NORAD are involved in pRB-E2F and p53 pathways. In this study, we tried to find probable interactive and functional connectivity among ARID3A, ARID3B, lncRNAs MALAT1 and NORAD in NSCLC.
Alzheimer hayvan modelinde cucurbitacin E ve I'nin TAU fibrillerinin birikimine neden olan oksidatif mekanizmadaki enzimlerin inhibe edilmesinde kullanılması, ilgili genlerin ekspresyonunun ölçülerek hafıza kaybına etkisinin incelenmesi
Bu çalışmada, Alzheimer hayvan modelinde Cucurbitacin E ve I'nın TAU fibrillerinin birikimine neden olan oksidatif mekanizmadaki enzimlerin inhibe edilmesinde kullanılması, ilgili genlerin ekspresyonunun ölçülerek hafıza kazanımına etkisinin incelenmesi amaçlanmıştır. Alzheimer hastalığı ortalama yaşam ömrünün uzamasıyla yaşlı popülasyonda sıklıkla görülen, nedenleri tam anlaşılamamış ve tedavisi bulunmayan progresif nörodejeneratif hastalıktır. Alzheimer hastalığının moleküler patolojisine baktığımız zaman karşımıza amiloid plak ve nörofibril yumaklar çıkmaktadır. Hastalığın şiddetinin arttığı dönemlerde ise bu iki patoloji içinde TAU proteinleri açısından zengin olan nörofibril yumakların daha fazla tespit edildiği gözükmektedir. Bu yüzden bu çalışmada, Cucurbitacin E (CuE) ve I (CuI)'nın Alzheimer hastalığının taklit edildiği hayvan modelinde TAU protein birikimimin engellenmesi veya yavaşlatılmasına katkısının araştırılması ve bilişsel testlerle desteklemek üzere Alzheimer hastalığının tedavi edilmesi amaçlandı. Bu amaçla fizyolojik ve morfolojik olarak insan genetiğine daha yakın olan Sprague Dawley dişi sıçanlar seçildi (225-250 gr). Hayvanlar her grupta 6 hayvan olmak üzere rastgele 6 gruba ayrıldı (N= 36). Gruplar;1- Kontrol, 2- Stereotaksik, 3- Stereotaksik+aCSF (yapay beyin omurilik sıvısı), 4- Stereotaksik+Okadaik asit (OKA), 5- Stereotaksik+OKA+CuE+I (düşük doz), 6- Stereotaksik+OKA+CuE+I (yüksek doz) Motor fonksiyonarı için rotarod testi, bilişsel geri kazanımın tespitinde morris su labirenti ve anksiyete durumunun belirlenmesinde yükseltilmiş artı labirent testi kullanıldı. Hipokampus dokusu çıkarıldı ve TAU protein birikimindeki değişiklikler immünohistokimyasal olarak tespit edildi. COX1, COX2 ve TAU protein seviyeleri western blot ile gösterildi. COX1 ve COX2' nin gen ekspresyon seviyeleri ise kantitatif Real-Time PCR ile belirlendi (qPCR). İstatistiksel olarak karşılaştırmalar tek yönlü ANOVA ile post-hoc analizler Tukey testi kullanılarak yapıldı. Sonuçlar CuE+I'nın Alzheimer TAU patolojisini düzenleyerek hafızanın geri kazanımında etkili olabileceğini ve tedavi amaçlı kullanılabileceğini göstermiştir.
The use of cucurbitacin I in the inhibition of enzymes in the inflammatory mechanism that causes the accumulation of tau fibrils in an alzheimer animal model, and the investigation of its effect on memory acquisition by measuring the expression of the relevant genes
Alzheimer's disease (AD) is a progressive neurodegenerative disease. Phytochemicals have potential effective in the treatment of neurological diseases. Neurofibrils cause neuronal losses and contribution to the inflammation process in AD. In this thesis, the effect of cucurbitacin I (CuI) on hippocampal TAU accumulation, TDO2, and Nf-B genes expressions and gain of cognitive functions were investigated in an okadaic acid-induced AD rat model. 36 Sprague Dawley female rats (200-250 g) were divided into 6 groups (6 animals in each group). Groups; Control, artificial cerebrospinal fluid (aCSF), stereotaxic, stereotaxic+aCSF, stereotaxic+aCSF+CuI (2mg/kg), stereotaxic+aCSF+CuI (4mg/kg). Morris water maze (MWM) and the elevated plus maze test (EPM) were used for cognitive and anxiety analysis. Detection of hippocampal deposition of TAU fibrils was performed by immunohistochemical analysis. Expressions of two genes were analyzed by quantitative real-time PCR (qPCR) and protein expressions by western blotting. One-way ANOVA was used for statistical analyses. The results suggest that CuI may have therapeutic potential in the hippocampal reduction of TAU with the contribution of TDO2 and NF-B genes and acquisition of cognitive functions.
İyot refrakter papiller tiroid karsinomunda PTTG-1 (Pituitary tumor transforming gene 1) gen ekspresyonunun değerlendirilmesi
Papiller tiroid kanseri (PTK), tiroid kanserlerinin en yaygın görülen türüdür. PTK'nın prognozu genellikle iyi olmakla beraber radyoaktif iyot (RAİ) tedavisine yanıt alınamayan refrakter (RAİ-R) hastaların prognozu oldukça kötüdür. PTK patogenezinde son yıllarda moleküler mekanizmalar üzerinde durulmaktadır. Pituitary Tumor Transforming Gene-1 (PTTG-1), bazı çalışmalarda tiroid kanserleri ile ilişkili saptanmış bir proto-onkogendir. Çalışmamıza 26 RAİ-R PTK, 15 klasik PTK, 12 multinodüler guatr (MNG) tanılı kontrol hastası olmak üzere toplam 53 kişi dahil edildi. Çalışmamızda RAİ-R PTK'da PTK'na göre PTTG-1 gen ekspresyonu kat değişimlerinin istatistiksel olarak anlamlı olmasa da daha yüksek olduğu görülmüştür (1.99 vs 1.73, p= 0.751). Bu durum RAİ-R PTK'ların daha az iyot tutmasına ve RAİ ablasyon tedavisine cevabının daha kötü olmasına katkıda bulunuyor olabilir. RAİ-R PTK hastalarında PTTG-1 gen ekspresyon düzeyi ile TG, anti-TG, NLR, yaş, metastaz çapı, tümör yarılanma zamanı, suvmax değerleri ve cinsiyet arasında anlamlı bir ilişki bulunmadı (p>0.05). PTTG-1'in PTK'daki rolünü daha iyi anlayabilmek için gelecekte MNG yerine sağlıklı kontrol grubu kullanılarak, daha fazla sayıda hastada ve sadece tümöral doku elde etmek için yapılmış mikroskobik örnekler kullanılarak PTTG-1 geni çalışılan ileri çalışmalar gerekmektedir.
Gerilim tipi baş ağrısı hastalarında WNT-РСР sinyal yolağı genlerinin metilasyon analizi
Gerilim tipi baş ağrısı e toplumda çok yaygın görülen (%30-78) başta yaygın bastırıcı sıkıştırıcı tarzda olup fazla analjezik kullanımına ve iş gücü kaybına yol açan bütün toplumlarda en sık görülen üçüncü hastalık olup tedavi edilmesi önem teşkil eder. Etyopatogenezi üzerine genetik, periferik ve santral ağrıya duyarlılaşmanın rol oynadığı düşünülmekle beraber kesin bir şey söylemek henüz mümkün değildir. Wnt proteinleri birkaç farklı β-katenin bağımlıve bağımsız sinyal yolunu aktive ettiğinden, bu çalışma kanonik olmayan Wnt/Par/aPKC düzlemselhücre polaritesi (PCP) yolundaki bazı genlerin metilasyonunun ve ekspresyonunun Gerilim tipi başağrısı patolojisine katkısını ortaya koymak üzere planlanmıştır. Bu çalışmaya Gaziantep Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Nöroloji kliniğin başvuran 130 Gerilim tipi baş ağrısı hastası ve 118 Gerilim tipi baş ağrısı olmayan sağlıklı gönüllü dahil edildi. Tıbbi Biyoloji Anabilim Dalı labaratuvarında örneklerden alınan periferik kanda WNT5A ve FZD3 genlerinin ekspresyonu ve metilasyonu analiz edildi. GTBA hastalarında sağlıklı kontrol bireylere göre bakıldığında genlerin ifade zamanlamasının değiştiği izlenmektedir. Bu çalışma gen ekspresyonunun ve metilasyonunun terapötik uygulamalar ve tanı konulmasında potansiyel bir biomarker olması bakımından hedef potansiyeline sahip olduğu için değerlidir.
Obezitede Sitagliptin tedavisinin farklı dokularda LPIN 2 ve SIRT 6 gen ifadesinin analizi
Obezite en riskli hastalıklar arasında beşinci sıradadır. Tip 2 diyabet ve insülin direncine bağlı, bozulmuş glikoz toleransıyla bağlantılıdır. Pankreastaki beta hücrelerinin hasarı; iskelet kası, karaciğer ve yağ dokuları tarafından kullanılan glikozu etkileyen insülin eksikliğine yol açar. LPIN 2, hücresel lipid metabolizmasını, doğal bağışıklığı, serebellum fonksiyonunu ve bağırsak lipoprotein mekanızmasındaki fosfatidik asit fosfatazları etkileyen LPIN protein ailesinin bir üyesidir. LPIN 2 böbrek gastrointestinal kanallarında, akciğer, eritrositler, tükürük bezleri, adipoz doku ve lenfoid hücrelerinde bulunmaktadır. SIRT 6 ise DNA onarımı, telomerlerde, glikoz ve lipid metabolizmasını düzenleyerek hücresel homeostazı etkiler, böylece diyabet, obezite, kalp hastalığı, kanser gibi hastalıkları ve ayrıca enfeksiyon da dahil olmak üzere yaşlılıkla ilgili birçok metabolik yolu etkiler. Sitagliptin; DPP-4 inhibitörü olarak diyabet tedavisinde kullanılan antidiyabetik bir ilaçtır. Çalışmamızda deneysel hayvan modelleri oluşturarak Tip 2 diyabette kullanılan sitagliptini, obezite tedavisinde kullanarak farklı tedavi yöntemleri geliştirme amaçlandı. 32 wistar albino sıçanın, 16 tanesi normal yem ile beslenip 8 tanesine sitagliptin verildi, 16 tanesi yüksek yağlı diyetle obez yapılıdı ve obez yapılan sıçanların 8 tanesine sitagliptin verildi. Hayvanlar; Kontrol, Kontrol + Sitagliptin, Obez, Obez + Sitagliptin gruplarına ayrıldı. 32 wistar albino sıçanın 24'ünün karaciğer kas ve yağ dokularında LPIN 2 ve SIRT 6 genlerinin mRNA düzeylerine RT-PCR yöntemi ile bakıldı ve istatiksel olarak değerlendirldi.
İnsan aortasında transient reseptör potansiyeli (TRP) kanalları ile hipertansiyon arasındaki ilişkinin araştırılması
Yüksek prevalansa sahip olan arteriyel hipertansiyon (HT), kardiyovasküler hastalıkların gelişimi için önemli bir risk faktörüdür. HT hastalarının büyük çoğunluğunu oluşturan primer HT patogenezi halen büyük ölçüde aydınlatılamadığından tedavi hedefleri de araştırmalara açık bir alandır. Transient reseptör potansiyeli (TRP) kanalları, membran potansiyelini veya hücre içi kalsiyum konsantrasyonunu değiştirerek sinyal transdüksiyonunda önemli rol oynayan bir katyonik kanal sınıfıdır. Hücre kültürü ve deneysel hayvan modellerinde yapılan çalışmalarda TRP kanallarının HT'da rolü olabileceği ileri sürülmüştür. Bu çalışma, TRP kanallarının HT patogenezindeki rolünü ve tedavideki potansiyel yerini araştırmayı hedefleyen, insan vasküler dokusunda yapılan ilk çalışmadır. Çalışmamızda, koroner arter hastalığı nedeniyle koroner arter bypass greft cerrahisi yapılan kronik HT hastaları (n=59) ile HT öyküsü olmayan normotansif (n=22) hastalardan, santral kan basıncını en iyi yansıtan vasküler yapı olan asendan aorta doku örnekleri toplanarak TRP kanallarının mRNA seviyeleri kantitatif gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu ile analiz edilmiştir. Grupların demografik özellikleri, biyokimyasal parametreleri ve kullandıkları antihipertansif ilaç sayıları ve sınıfları ile eş zamanlı kardiyometabolik hastalıkları açısından alt grup analizleri yapılarak gen ekspresyon seviyeleri bu faktörlere göre değerlendirilmiştir. Çalışmada, TRPC1 ve TRPV3 mRNA ekspresyon seviyeleri açısından HT grubu ile kontrol grubu arasında farklılık bulunmazken, HT hastalarının TRPC6, TRPV1, TRPV2, TRPV4, TRPM8 mRNA ekspresyon seviyelerinin normotansif kontrol grubuna göre daha düşük olduğu tespit edilmiştir (sırasıyla; 0.2'ye karşı 1.05, 0.17'ye karşı 1.05, 0.31'e karşı 0.97, 0.29'a karşı 1.05, 0.35'e karşı 1.19). Sonuç olarak; TRP kanalları, HT patogenezinin aydınlatılması ve potansiyel bir tedavi hedefi olarak değerlendirilmesi daha etkili tedavi yaklaşımlarının geliştirilmesine olanak sağlayabilir.
Mikro ribonükleik asitlerin meme kanserinde multisentrisiteyi öngörmedeki yeri
Klinik ve histopatolojik olarak heterojen özelliklere sahip meme kanserinin tanı ve tedavisinde genetik faktörlerin rolü son dönemlerde ön plana çıkmıştır. Özellikle miRNA'ların ekspresyon profillerinin farklı kanser tiplerinde farklılıklar gösterdiği; mRNA ekspresyonunu regüle ettikleri, ya da translasyonu inhibe edici rolleri ile meme kanseri hücrelerinin progresyon, invazyon ve metastaz yapmasında etkin olabilecekleri gösterilmektedir. Multisentrik olarak saptanan meme kanserli vakaların tedavi planında meme koruyucu cerrahinin lokal rekürrens ve survival üzerine etkisi halen tartışmalıdır. Çalışmamızda, meme kanserlerinde expresyon farklılığı bildirilmiş olan 84 miRNA geninin multisentrisiteyi öngörmedeki etkinliklerinin değerlendirilmesi amaçlandı. Bezmialem Vakıf Üniversitesi Tıp Fakültesi Genel Cerrahi ABD Meme Hastalıkları Polikliniği'ne başvuran, cerrahi tedavi öncesinde kemoterapi / kemoradyoterapi almamış ve daha önce kanser anamnezi olmayan 31 unifokal-26 multisentrik meme kanseri tanılı bayan hasta çalışmaya dahil edildi. Hastaların operasyonları sırasında tümörlü dokular ve cerrahi sınırlar dışındaki sağlam meme dokularından alınan parçalar " RNA later solüsyonu " içinde -80°C'de muhafaza edildi. İÜ İTF İç Hastalıkları AD, Tıbbi Genetik BD, Moleküler Genetik Laboratuvarı'nda tüm dokularda "Human Breast Cancer miRNA PCR Array" kit ile 84 miRNA çalışıldı. Çalışmanın etik ilkelere uygunluğu Bezmialem Vakıf Üniversitesi Tıp Fakültesi Etik Kurulu tarafından değerlendirilerek etik onam alındı. Çalışmamızda fold change cut off değeri 4 olarak kabul edildi. Unifokal grupta 13 adet upregüle, 5 adet downregüle, multisentrik grupta 3 adet upregüle 7 adet downregüle miRNA tespit edildi.
Helicobacter pylorı ve epstein barr virüsü ilişkili gastrik karsinomların P73 ekspresyon profili ve klinikopatolojik parametrelerle ilişkisi
Mide kanseri dünyada en sık görülen kanserlerden biri olup kanserle ilişkili ölümlerde üçüncü sırada yer almaktadır. Dünya Sağlık Örgütü (WHO) gastrik adenokarsinomun birincil nedeni olarak Helicobacter pylori (H.pylori) enfeksiyonunu göstermiştir. Epidemiyolojik çalışmalar ve bir çok meta analiz H.pylori enfeksiyonu ile mide kanseri arasında güçlü bir korelasyon saptamıştır. Yine yapılan çalışmalarda Epstein Barr virüsü (EBV) ilişkili gastrik karsinomlar %5-10 arasında bulunmuştur. P73 tümör baskılayıcı aday bir gen olduğu üzerinde durulmaktadır. Bu çalışmada; gastrik kanserli hastalarda, H. pylori ve EBV pozitif ve negatif tümör dokuları arasında p73 gen ekspresyon durumlarının karşılaştırılması ve bu değişimlerin, hastalara ait klinik ve patolojik özellikler ile ilişkisinin araştırılması amaçlanmıştır. Çalışmamızda mide kanserli 111olgu ile, kansersiz 110 olgu ele alındı. Kanserli olgular total ya da subtotal gastrektomi materyallerinden, kansersiz olgular ise mide küçültme operasyonu uygulanmış sleeve gastrektomi materyallerinden oluşmakta idi. Hastalara ait demografik veriler ile tümörlere ait histopatolojik veriler ve tümör evrelemesi ile ilgili sonuçlar hastane kayıt sistemi ve patoloji raporlarından elde edildi. Arşivdeki lamlar üzerinden olgular H.pylori yönünden tekrar değerlendirildi. Uygun görülen bloklar seçilerek yapılan kesitlere immünhistokimyasal (İHK) olarak p73, EBV varlığı için de in-situ hibridizasyon (ISH) yöntemi ile EBER uygulandı. Olguların %68,5'i erkek, %31,5'i kadındır. Erkeklerde en küçük yaş 37, kadınlarda 34'dür. Tümör yerleşimi %54,1 ile en sık distal bölge, %45,9 ile de proksimal yerleşimlidir. Tümörler %72,1 diffüz tipteyken, %27,9 intestinal tiptedir. Tümör evreleri incelendiğinde %15,3'ünün evre I, %12,6'sının evre II, %65,8'inin evre III ve %6,3'ünün evre IV olduğu görülmüştür. %36,9 hastada H. pylori ve %7,2 hastada EBV pozitiftir. İnvazyon durumlarına bakıldığında tümörlerin %75,7 lenfatik, %56,1 kan damarı, %73,5 perinöral ve %37,0 pleksus invazyonu yaptıkları görülmüştür. %81,9 lenf nodu tulumu vardır. Hasta ve kontrol grubu arasında p73 yoğunluğu açısından anlamlı bir farklılık bulunmuştur. Ancak EBV ve H.pylori varlığının p73 yoğunluğu ile anlamlı bir farklılık oluşturmadığı gözlenmiştir. Diğer taraftan, kan damarı invazyon varlığına göre p73 yoğunluğu açısından anlamlı fark saptanırken diğer parametrelerle anlamlı fark belirlenememiştir. Tümör yerleşim yerine göre p73 yoğunluğu açısından da anlamlı fark saptanamamıştır. Cinsiyetler arasında yaş ve tümör çapı açısından istatiksel olarak anlamlı bir farklılık gözlenmemiştir. p73 geninin gastrik karsinomlarda aday bir tümör süpresör gen olduğu belirtilmektedir. Çalışmamızda elde ettiğimiz bulgular, normal mide dokularında saptanmazken, mide karsinomu gelişiminde p73 gen ürünü olan bu proteinin etkili olduğunu göstermiştir. Ancak bulgularımız EBV ve H.pylori varlığının gastrik kanserlerde p73 salınımını arttırdığını yeterli düzeyde ortaya koyamamıştır. Olgu sayısının arttırılması ve diğer aday tümör süpresör genlerin de araştırılması bu alanda yapılabilecek ileri çalışmaları gerektirmektedir. Anahtar kelimeler: Gastrik karsinom, mide kanseri, Helicobacter pylori, Epstein Barr virüsü, p73.
Hipofiz adenomlarında beclin-1 protein ekspresyonunun prognostik önemi
Giriş ve Amaç: Hipofiz adenomları tüm kafa içi tümörlerin yaklaşık %15'ini oluştururlar. Glioma ve menenjiomdan sonra en yaygın üçüncü kafa içi tümörüdür. Beclin 1, tümör baskılayıcı rolü olan ve son zamanlarda birkaç çalışmayla birlikte tanınan bir otofaji genidir. Bu çalışmanın amacı, hipofiz adenomlu hastalarda otofaji belirteci olan Beclin 1 protein ekspresyonu ile klinik ve patolojik parametreler arasındaki ilişkiyi aydınlatmaktır. Gereç ve Yöntem: Çalışmamıza Mart 2016 – Ekim 2022 tarihleri arasında Bezmialem Vakıf Üniversitesi Beyin ve Sinir Cerrahisi Kliniğinde ameliyat olmuş, hastanemiz sisteminde ameliyat öncesi manyetik rezonans görüntülemesi mevcut olan ve Patoloji Anabilim Dalı'nda DSÖ 2017 kriterlerine göre hipofiz adenomu tanısı almış vakalar dahil edildi. Yaş, cinsiyet, hipofiz adenomu boyutu, primer ve nüks ayrımı, hipofiz hormonal değerleri, radyolojik sınıflandırma bulguları, patoloji değerlendirme sonuçları ve immünohistokimyasal boyanma özellikleri verilerine hastane otomasyon sisteminden ulaşıldı. Bu değerler ile Beclin 1 ekspresyon düzeyi arasındaki ilişki istatistiksel yöntemler kullanılarak değerlendirildi. Bulgular: Toplam 78 hastadan 75'i makroadenom ve 3'ü mikroadenomdu. Hipofiz makroadenomlu olguların 34'ü (%45,3) kadın ve 41'i (%54,7) erkek olgulardı. Beclin 1 ekspresyonu 13 hastada gözlenmedi. Hafif derecede boyanma 10, orta derece boyanma 25, yoğun derecede boyanma 30 hastada gözlendi. Beclin 1 ekspresyon durumu boyanma durumuna göre 4 (0,1,2,3) ve 2 (0-1, 2-3) farklı derecede gruplandırılarak karşılaştırmalar yapıldı. Tümör hacmi ve 4 derecede incelenmiş Beclin 1 ekspresyon düzeyi arasında istatistiksel olarak anlamlı ilişki bulunmamıştır. (p=0,214) Fakat tümör hacmi ve 2 derecede (0-1, 2-3) incelenmiş Beclin 1 ekspresyon düzeyi arasında istatistiksel olarak anlamlı ilişki bulunmuştur. (p=0,044) Tümör hacmi daha yüksek olan adenomlarda, tümör hacmi daha az olanlara göre anlamlı ölçüde daha fazla Beclin 1 ekspresyonu gözlenmiştir. Çalışmaya dahil ettiğimiz 78 hastadan 49 tanesi fonksiyonel olmayan hipofiz adenomuna sahipken, 29 tanesi fonksiyonel (hormonal ve klinik aktif) hipofiz adenomuna sahipti. Tümör fonksiyonu ve 4 derecede incelenmiş Beclin 1 ekspresyon düzeyi arasında istatistiksel olarak anlamlı ilişki bulunmamıştır. (p=0,051) Fakat tümör fonksiyonu ve 2 derecede incelenmiş Beclin 1 ekspresyon düzeyi arasında istatistiksel olarak anlamlı ilişki bulunmuştur. (p=0,022) Fonksiyonel olmayan tümörlerde, fonksiyonel olan tümörlere göre ekspresyon düzeyi daha fazla gözlenmiştir. Knops hipofiz adenomu radyolojik sınıflandırması ve 4 derecede incelenmiş Beclin 1 ekspresyon düzeyi arasında istatistiksel olarak anlamlı ilişki bulunmamıştır. (p=0,315) İnvazyon durumuna göre gruplandırılmış Knops hipofiz adenomu radyolojik sınıflandırmasıyla 4 derecede (p=0,411) ve 2 derecede (p=0,170) incelenmiş Beclin 1 ekspresyon düzeyi arasında istatistiksel olarak anlamlı ilişki bulunmamıştır. Hardy-Wilson modifiye hipofiz adenomu radyolojik sınıflandırması ve 4 derecede incelenmiş Beclin 1 ekspresyon düzeyi arasında istatistiksel olarak anlamlı ilişki bulunmamıştır. (p=0,579) Suprasellar uzantının simetrik-asimetrik olma durumuna göre gruplandırılmış Hardy-Wilson modifiye hipofiz adenomu radyolojik sınıflandırmasıyla 4 derecede (p=0,885) ve 2 derecede (p=0,456) incelenmiş Beclin 1 ekspresyon düzeyi arasında istatistiksel olarak anlamlı ilişki bulunmamıştır. Primer/nüks hipofiz adenomu olma durumu ve 4 derecede (p=0,233) ve 2 derecede (p=0,723) incelenmiş Beclin 1 ekspresyon düzeyi arasında istatistiksel olarak anlamlı ilişki bulunmamıştır. Ki-67 proliferasyon indeksi ve 4 derecede incelenmiş Beclin 1 ekspresyon düzeyi arasında istatistiksel olarak anlamlı ilişki bulunmamıştır. (p=0,413) Ki-67 proliferasyon indeksi %3'ün altı ve üst olacak şekilde 2 gruba ayırıp, 2 derecede incelenmiş Beclin 1 ekspresyon düzeyi ile karşılaştırdığımızda istatistiksel olarak anlamlı ilişki bulunmamıştır. (p=0,412) Sonuç: Hipofiz adenomu hacmi arttıkça ve fonksiyonel olmayan hipofiz adenomlarında fonksiyonel olanlara göre Beclin 1 ekspresyon düzeyindeki artış durumu istatistiksel olarak anlamlı bulundu. Hipofiz adenomu Ki-67 proliferasyon indeksi, Knops ve Hardy-Wilson radyolojik sınıflandırması ve primer-nüks tümör durumu ile Beclin 1 ekspresyon düzeyi arasında istatistiksel olarak anlamlı fark bulunmadı. Anahtar Kelimeler: Hipofiz adenomu, Beclin 1, Knops ve Hardy-Wilson radyolojik sınıflandırması, Ki-67
Klinik proteus izolatlarında kümelenmiş kodlanan gen ifadeleri üzerine nanopartiküllerin etkileri çalışması
Çalışmamızda, nanopartiküllerin (özellikle gümüş nanopartiküller) P. mirabilis ve P. vulgaris'te FliL ve UmoD genlerinin ekspresyonu üzerindeki etkisinin belirlenmesi amaçlanmaktadır. Bu sebeple Thi-Qar ili/Irak'taki AL-Hussein Eğitim Hastanesinde bulunan idrar yolu enfeksiyonu (60 hasta) ve yara enfeksiyonu (40 hasta) olan toplam 100 hastadan örnek alınmıştır. Örnekler Mayıs 2020-Mayıs 2021tarihleri rasında toplanmıştır. Bakteri türlerinin teşhisi; morfolojik özellikler, biyokimyasal testler ve PCR tekniği ile belirlenmiştir. Ag nanopartiküllerin antibakteriyel aktiviteleri seri dilüsyon (2,5, 5, 7,5, 10, 12,5, 15, 17,5, 20, 22,5, 25) kullanılarak incelenmiştir. Ag nanopartiküller, P. mirabilis ve P. vulgaris'in büyümesine karşı 9 mg/mL minimum inhibe edici konsantrasyona sahiptir. Yara ve İYE örneklerinden izole edilen P. mirabilis ve P. vulgaris izolatları UmoD ve RffG genleri için pozitif sonuç vermiştir. Antibiyotik duyarlılık testi sonuçlarında Proteus izolatlarının tamamının ampisilin, siprofloksasin ve amoksisilin/klavulanik asit'e dirençli (% 100) olduğunu, Proteus türlerinin yaklaşık % 95'inin ise seftriaksone ve Imipenem'e duyarlı olduğunu göstermiştir.
Iraklı hastalarda üropatojenik Escherıchıa Coli'de sideroforları kodlayan genlerin araştırılması
Bu çalışma, Iraklı idrar yolu enfeksiyonu (İYE) olan hastalardan izole edilen üropatojenik Escherichia coli (UPEC) izolatlarında demir iyonlarının siderofor genlerinin (iucA, iroN ve irp2) ekspresyonu üzerine etkisini araştırmayı amaçlamaktadır. Farklı yaş gruplarından idrar yolu enfeksiyonu (İYE) şüphesi olan hastalardan idrar örnekleri (230) alınmıştır. Bu örneklerin farklı kültür ortamlarında kültürlenmesinden sonra, örneklerin 109'u (%68,81) E. coli ile enfekte olurken, örneklerin 51'i (%22,17) negatif üreme göstermiştir. Cinsiyete göre bakıldığında kadınlar erkeklere göre İYE'den daha fazla etkilenmektedir (p≤0,05) ve enfeksiyon yüzdesi sırasıyla %68,81 ve %31,19 olmuştur. Daha sonra UPEC izolatlarının antibiyotiklere direnci araştırılmış ve bunun sonucunda izolatların ampisilin ve amoksisilin/klavulanik aside yüksek dirençli (%98) olduğu görülmüştür. İYE'lerin kalıcılığı ve tekrarlanmasındaki en önemli faktör, UPEC'nin bir biyofilm oluşturma yeteneğidir ve bu çalışmadaki UPEC izolatlarının %77,5'i biyofilm üreticisi olarak tespit edilmiştir. Biyofilm üreten UPEC izolatlarında ürovirülans belirteci olarak siderofor üretimi, siderofor üretimini kodlayan genlerin, yersiniabaktin geninin (ırp2), salmokelin geninin (iroN) ve aerobaktin geninin (lucA) PCR kullanılarak yükseltilmesiyle tespit edilmiştir. Sonuçlar bakterilerde biyofilm oluşumu ile siderofor üretimi arasında pozitif korelasyon olduğunu göstermiştir. Ayrıca, UPEC izolatlarında 1 mM demir iyonlarının (Fe2 +, Fe3 +) siderofor genlerinin (irp2, iroN ve iucA) ekspresyon seviyesi üzerindeki etkisi gerçek zamanlı PCR kullanılarak araştırılmıştır. Sonuçlar, demir iyonunun siderofor üretimini kodlayan genlerin ekspresyonunu indüklediğini, özellikle iucA geninin ekspresyonunda önemli bir (p≤0,05) upregülasyon fark edildiğini göstermiştir. Buna karşılık, 1 mM demir iyonu önemli ölçüde (p≤0,05) down-regülayson edilmiş siderofor genleridir.
Escherichia coli'den özütlenen lipopolisakkaritlerin kanser hücerleri üzerine etkisi
Cancer is a hereditary illness characterized by disruption of normal cell division and growth. It spreads by mutations in cancer genes. Cervical cancer arises in the cervix cells (uterine lower portion). The aim of the study is to see how lipopolysaccharides (LPS) from Escherichia coli affect cervical cancer cells. The LPS was isolated from two E. coli strains, viz. BL21DE3 and DH5-α. The isolated LPS was quantified qualitatively. The gene expression profile and LPS action mechanism were examined in depth. E. coli BL21DE3 lipopolysaccharide was reported to be higher than E.Coli DH5-α. As a result, the LPS isolated from E. coli strain BL21DE3 was employed in the investigation. The LPS treatment raised Toll-like receptor 4 (TLR-4) expression, which boosted nuclear factor-κβ (NFκB), TIR Domain-Containing Adaptor-Inducing Interferon-β (TRIF), and Interferon Regulatory Factor – 3 (IRF3) expressions in SiHa and HeLa cervical cancer cell lines. The findings show that LPS not only promotes cancer development but also regulates inflammation and innate immunity. Immune evasion through TLR4-NFκB-LPS pathway should be researched in more depth. This pathway may lead to new medication development as a potential therapeutic target for cervical cancer.
Antikanser tedavisi olarak kanser hücrelerinde bakteriyel otofajiyi indükleyen lipopolisakkaritler
Escherichia coli (ATCC 8739) lipopolysaccharides (LPS) extracted from this stain were determined to be the most abundant in comparison to the DH5alpha- stain. So, the LPS obtained from E. coli (ATCC 8739) was tested on breast cancer cell lines to see whether it had any impact. LPS treatment has mixed outcomes on the MCF-7 and MDA-MB-231 cell lines. LPS-treated breast cancer cells also demonstrated up-regulation of Toll-like receptor (TLR) stimulation pathway genes (TLR-4 and NFkβ) and autophagy associated genes (PI3KC3). Toll-like receptor 4 ligand LPS may thereby alter immune responses in many malignancies. It is possible to considerably enhance the effectiveness of chemotherapy by using LPS in conjunction with other medicines. Translational oncology research for breast cancer treatment may benefit from the use of LPS, according to our results. The aim of the present study was to evaluate effect of E. coli isolated LPS on various breast cancer cells. ATCC 8739 and DH5alpha- were the two E. coli strains used for LPS isolation. Various biochemical approaches were used to estimate the extracted LPS in terms of both quality and quantity. Keywords: Autophagy, Breast cancer, Toll-like receptors, Lipopolysaccharide, Gene expression
Nöroblastomlu hastalarda Sfingozin 1- Fosfat 4 gen ekspresyonunun sağlam çocuklar ile karşılaştırılması
Amaç: Hücre migrasyonuna neden olan apoptozisi engelleyici özellikteki sfingozin 1-fosfat reseptör 4 gen ekspresyonunun nöroblastom tanılı çocuk hastalar ile normal çocuklardaki değerlerle karşılaştırmak.Gereç ve Yöntem: Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi Çocuk Onkoloji bölümünde Ocak 2007 ile Ocak 2011 yılları arasında nöroblastom tanısı almış 37 hasta ve kontrol grubunu oluşturan 25 sağlıklı çocuk çalışmaya alındı. Kan örneklerinden lökosit ayırımı yapıldıktan sonra RNA izolasyonu ve cDNA oluşturuldu.Bulgular: 21'i kız (% 56,8), 16'sı (% 43,2) erkek nöroblastom tanısı almıştı. 25 (% 67,6)'i 4 yaş altındaki; 12 (% 32,4)'si 4 yaş ve üzerindeydi. Tümörün % 81,1'i (30) sürrenal yerleşimliydi. 4 kişi (% 10,8) Evre I, 2 kişi (% 5,4) Evre IIb, 2 kişi (% 5,4) Evre III, 28 kişi (% 75,7) Evre IV ve 1 kişi (% 2,7) E IVS bulundu. 4 kür kemoterapi sonrası ilk değerlendirmede 9 (% 24,3) hasta CR, 1 (% 2,7) hasta VGPR, 13 (% 35,1) hasta PR, 9 (% 24,3) hasta NR ve 1 (% 2,7) hasta PD olarak olarak değerlendirildi. 11 (% 29,7) hasta idame tedavisi alıyordu, 5 (% 13,5) hasta yoğun KT almakta ve 16 (% 43,2) hasta ise kemoterapisi bitmiş olup ayaktan takip edilmektedir. 4 hasta (% 10,8) ise hiç kemoterapi başlatılmayan hastalardı. İdame tedavisine başlanan 11 hastanın ikinci değerlendirmesinde 1'i (% 9,1) CR, 9'u(% 81,8) PR, 1 (% 9,1) hasta PD olarak tespit edildi. Hastaların 20'si (% 54,1) hastalıklı yaşıyorken, geri kalanı hastalıksız yaşamaktaydı. Bir hastamız exitus olmuştu. Nöroblastom hastalarında ortalama S1P4 gen ekspresyon değeri 0,0387±0,0647 iken, 0,0366±0,0238 sağlam çocuklarda bulundu. Aralarındaki ilişki istatistiksel olarak anlamlıydı (p=0,028). İdame tedavisinde olan hastalar, sfingozin 1-fosfat reseptör 4 gen ekspresyon için 0,0230±0,0148 değerlerine sahipti. Tedavisiz takip edilen hastalarımızın ortalama değerlerinden düşüktü. Bu iki grup arasındaki fark istatistiksel olarak anlamlıydı (p=0,023).Sonuç: Sfingozin 1-fosfat reseptör 4 gen ekspresyon değerlerinin nöroblastom tanısı almış hastalarda normal çocuklara göre yüksek olması, sfingozin 1-fosfat reseptör 4 geninin hasta çocuklarda fazla eksprese edildiğini refere edebilir. Dolayısıyla, bu sonuçla kanser hücrelerinin migrasyonunun artabileceği ve/veya hücrelerin apoptozise gidişi engellenebileceği sonucu çıkabilmektedir. Buna ilave olarak, idame tedavisi sırasında kemoterapi ile sfingozin 1-fosfat reseptör 4 gen ekspresyon değerlerinin baskılanması, kemoterapisiz takipte değerlerin yükselmesi, kemoterapinin nöroblastom hastalarında hücre migrasyonunun azalmasına ve/veya apoptozise gidişinin artmasına neden olduğu anlamına gelebilir.Anahtar Kelimeler: Nöroblastom, sfingozin 1-fosfat, kanser, migrasyon, apoptozis
Erken ve ileri evre gastrointestinal stromal tümör olgularında DOG1 ve ki-67 doku belirteçlerinin tanısal ve prognostik önemi
Amaç: Gastrointestinal stromal tümör , gastrointestinal sistemin en sık görülen mezenkimal neoplazisidir ve beningden maligne kadar değişkenlik gösteren geniş bir patolojik patern spektrumu ve klinik özellikleri mevcuttur. Erken evre hastalarda sonucu ön görmede tümör boyutu ve mitotik indeks iyi bilinen parametreler olmasına rağmen; ileri evre GİST?li hastalarda rekurrens ya da metastaz olması, medikal tedaviye direnç olması ve mutasyon analizi prognostik faktörlerdir. Bu çalışmanın amacı DOG1 ve Ki-67 gibi yeni ve daha pratik doku belirteçlerinin GİST tanısındaki yerini belirlemek ve aynı zamanda hem lokalize ve hem de ileri evre GİST?li hastalarda sonucu ön görmedeki yerini araştırmaktır. Gereç ve yöntem: Çalışmaya hastane verilerinden, 1999 yılından 2013 yılına kadar son 14 yıldır histopatolojik olarak GİST tanısı almış 111 hasta alındı. Hastaların parafin blok örneklerinden immunohistokimyasal olarak DOG1 ve Ki-67 ekspresyonu Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi?ndeki iki farklı patolog tarafından değerlendirildi. Hastalar cerrahi sonrası lokalize hastalığı olan hastalar ve ileri ya da metastatik hastalığı olan hastalar olarak iki gruba ayrıldı. Her iki grupta da DOG1 ve Ki-67 ekspresyonu diğer tanısal ve prognostik histopatolojik markerlarla ve klinik sonuçlarla karşılaştırıldı. Sonuçlar: DOG1?in GİST tanısındaki spesifitesi ve sensitivitesi sırasıyla % 94.1 ve % 42.9 olarak bulundu. DOG1 ekspresyonu özellikle c-kit negatif olguların tanısında anlamlıydı. Ki-67 toplam sağkalım için istatiksel olarak anlamlı bir prognostik faktör olarak bulunmamasına karşın, lokalize hastalık için iyi bilinen prognostik faktör olan mitotik indeks ile arasında kuvvetli korelasyon bulundu. Tartışma: DOG1, klinik olarak GİST şüphesi olan, tümör c-kit ekpresyonu negatif olan hem erken hem de ileri evre hastaların tanısında önemli bir araç olarak görülmektedir. Diğer taraftan Ki-67 ise mitoz fazı dışındaki proliferatif hücreleri de göstermesi ile mitotik indeks yerine kullanılabilecek güçlü bir prognostik faktör belirteç adayı olabilir ancak bu sonucun daha fazla sayıdaki hastalarda yapılan çalışmalarla doğrulanması gerekmektedir.