Su ve toprak örneklerinden biyoteknolojik potansiyele sahip bdellovibrio ve benzeri organizmaların izolasyonu ve filogenetik olarak tanımlanması

BALO (Bdellovibrio ve benzeri organizmalar) genellikle gram negatif ve bazı durumlarda gram pozitif bakterileri avlayarak hayatta kalabilen zorunlu predatörlerdir. Bu predatör mikroorganizmalar, her konak bakteriyi başarılı şekilde avlayamadıkları için, habitatlarından alınan örneklerden yapılan izolasyonlarda tüm popülasyon üyeleri belirlenememektedir. Ancak farklı ortamlarda birçok patojen bakteriye karşı predasyon sergiledikleri bilinmektedir. Bu çalışma, BALO'ın su ve toprak numunelerinden izolasyonunu ve tanımlanmasını kapsamaktadır. Belli zaman aralıklarında topraktan ve Manisa Saruhanlı Atık Su Arıtım Tesisinin farklı kısımlarından (ön çökeltim çıkış suyu, atık su arıtma tesisi giriş suyu ve geri devir pompa suyu) atık su örneklemeleri yapılarak, bu örneklerden diferansiyel santrifüjleme ve filtrasyon işlemlerinin uygulanması ile çift katmanlı agar plaka yöntemiyle BALO izolasyonları gerçekleştirilmiştir. Toprak numunelerinden yapılan tüm izolasyonlarda predatör bakteri varlığı tespit edilememiştir. İzolasyonlar için kullanılan 8 farklı konak bakteriler; E.coli ML35, E.coli S17, E.coli ATCC 29998, E.coli DH5α, E.coli Stbl3, Pseudomonas aureginosa, Pseudomonas syringae pv. morsprunorum ve Erwinia amylovora olup, en verimli litik plak oluşumu E.coli ML35'e karşı gözlemlenmiştir (Pseudomonas aureginosa hariç). Seyreltme plaka yöntemiyle mevsimsel olarak litik plakların sayısının, sırasıyla en çok yazın (4.5x103 pfu/mL), en az ise kışın (1.4x102 pfu/mL) oluştuğu tespit edilmiştir. Ayrıca, E.coli ML35'e karşı litik plak oluşturan predatör bakterilerin diğer konak bakterilerle ilişkisi belirlenmiştir. Katı ve sıvı ortamda yapılan denemelerde predatör bakteri üyeleri (Bdellovibrio sp., Bacteriovorax sp., ve Peredibacter sp.)'nden sadece Bdellovibrio sp. ve Bdellovibrio bacteriovorus bazı konak bakterilere karşı litik plak oluşturabilmiştir. Aynı zamanda predatör bakteri-konak ilişkisi taramalı elektron mikroskobu (SEM) ile görüntülenerek doğrulanmıştır. Farklı litik plaklardan alınan örneklerden predatör bakterilerin DNA izolasyonu gerçekleştirilmiş, spesifik 4 farklı primer seti (BbsF216, BbsR707, Bac676F, Bac1442R, Per676F, Per1443R, Mic431F, Mic996R) kullanarak PCR ile 16S rRNA ürünleri elde edilmiştir. PCR ürünlerinin sekans analizleri yapıldıktan ve elde edilen verilerin düzenlenmesinden sonra gen bankasındaki verilerle karşılaştırılması gerçekleştirilmiştir. Toplamda 25 predatör bakterinin sekans verilerinin karşılaştırılmasıyla, %56'sının Peredibacter sp., %28'inin Bdellovibrio bacterivorus, %8'inin Bdellovibrio sp. ve %8'i ise Bacteriovorax sp. olarak tanımlanmış ve filogenetik dendogramları oluşturulmuştur. Sonuç olarak BALO izolasyonu ve tanımlanmasıyla ülkemizin predatör bakteri çeşitliliğine katkıda bulunulmuştur. Bu predatör bakterilerin ilerde yapılacak olan farklı biyoteknolojik araştırmalarda ve özellikle de patojen bakterilerin biyokontrolünde kullanılabileceği varsayılmaktadır.