783
Archived Theses
0
DOIs Assigned
0%
DOI Rate
Discipline
Obruk baraj gölünün bakteriyolojik özelliklerinin çevre koşulları ile değerlendirilmesi
Su kalitesi, insan, hayvan ve bitki sağlığında önemli bir role sahiptir. Özellikle gastrointestinal hastalıkların bulaşmasının önde gelen nedenlerden biridir. Bu nedenle, insan tüketimine yönelik suyun, hastalığa neden olabilecek mikroorganizmalardan ve kimyasal maddelerden arınmış olması gerekmektedir. Su kalitesi çalışması, su kütlesinin kimyasal, fiziksel ve biyolojik özelliklerini tanımlama ve suyun kalitesini kötü yönde etkileyecek olası kirlilik kaynaklarını tespit etme aşamalarını kapsamaktadır. Çalışmamızda Obruk baraj suyunun su kalitesi mikrobiyolojik ve fizikokimyasal olarak çevre koşullerı ile birlikte değerlendirildi. Bu tez çalışması Obruk Barajı hakkında yapılan ilk bilimsel araştırmadır. Çalışmamız kapsamında Obruk baraj suyundan Ekim 2017 ve Şubat 2018 tarihlerinde belirlenen 11 istasyondan yüzeyel ve derin su örnekleri araştırmalar yürütüldü. Su örneklerinde fekal bakteri etkenleri ve bazı fizikokimyasal parametreler incelendi. Elde ettiğimiz verilere göre, baraj suyunun özellikle bazı lokasyonlarında mikrobiyal kontaminasyon ve fizikokimyasal parametrelerde normal sınırlardan sapmalar tespit edildi. Sonuç olarak, obruk barajı önemli bir lokasyona sahiptir. Baraj sularının kullanım alanları dikkate alındığında, belirli dönemlerde su kalitesi incelenmeli ve kirlilik kaynakları dikkatle belirlenmeli, halk sağlığı açısından kirliliğe neden olan etkenlerin ortadan kaldırılması için gerekli önlemler alınmalıdır.
Probiyotiklerin kolon kanseri hücreleri üzerindeki etkisinin in vitro ko-kültür modelinde araştırılması
Hücrelerin, genetik ve çevresel etkiler ile değişime uğraması sonucu kontrolsüz çoğalmasına genel olarak kanser denilmektedir. Bağırsak kanseri ise kalın bağırsak (kolon) kanseri ve kolorektal kanser olarak da bilinir. Kanser türleri arasında, kolorektal kanserler yaygın görülen ve mortal seyreden bir kanser türüdür. Ülkemizde ve dünyada sık görülen kolorektal kanserlerdeki artışta beslenme alışkanlığının ciddi boyutlarda etkisi gözlenmektedir. Bu sebeple bilim insanları özellikle kanser riskini azaltan ek gıda takviyeleri geliştirmek ve optimum beslenme dizaynının önemini ortaya koymak için halihazırda çalışmaktadır. Bu çalışmada iki farklı probiyotik suş ve onlardan elde edilen postbiyotikler kullanılarak, kolon kanseri hücre hatlarına uygulanmıştır. Çalışmada hem kanser hücrelerinin canlılığı üzerine etkilerine, hem de migrasyon üzerine etkilerine beraber bakılmıştır. Uygulama sonuçlarımız, probiyotiklerin ve postbiyotiklerin önemli ölçüde hücre canlılığına ve migrasyonuna etkisini göstermiştir.
Hibernasyondaki Spermophilus xanthoprymnus, Spermophilus taurensis ve Spermophilus citellus (Mammalia: Rodentia) türlerinin böbrek histolojisi
Hibernasyon sabit vücut ısılı canlıların kışın besin yetersizliği ve olumsuz hava koşullarına karşı geliştirdikleri bir adaptasyon çeşididir. Hibernatörler vücut sıcaklıklarını, enerji metabolizmalarını düşürerek bu olumsuz koşullara karşı hayatta kalıyorlar. Bu araştırmada 2019 yılında Türkiye'den (Karaman ili Büyükyayla, Niğde ili Meydan Yaylası ve Edirne ili Enez İlçesi) toplanan Spermophilus cinsinin 3 farklı hibernatör türüne aittir (Spermophilus citellus, Spermophilus xanthoprymnus ve Spermophilus taurensis). 2019-2020 yılında Çorum ilinde, kontrolsüz laboratuvar ortamında gerçekleştirilen çalışmalarda yersincablarının; hibernasyon öncesi, hibernasyon sırasında ve hibernasyon sonrasında böbrek dokuları alınıp hemotoksilen-eozin ve PAS boyama prosedürüyle boyandı ve dijital ortama aktarıldı. Daha sonra böbrek dokularında proksimal tübül,tübül lümeni,glomerül,renal korpüskül ve bowman boşluğunun çap,çevre ve alan ölçümleri Image J (Rasband, W.S., US National Institutes of Health, Bethesda, MD) yazılımı ile analiz edildi. Sonuçlar birbirleriyle istatistiksel olarak karşılaştırıldı. Yapılan çalışmalar sonucunda Spermophilus citellus türünün labotaratuvar ortamına uyum sağlamadığı ve en çok ölümün bu türde olduğu gözlemlenmiştir. Renal korpüskül alanının, çevre ve çap ölçümlerinin S.citellus türlerinin grupları arasında anlamlı bir fark gözlemlenmezken, S.taurensis ve S. xanthoprymnus türlerinin kendi bireyleri arasında (hibernasyon öncesi, hibernasyon sırasında ve hibernasyon sonrası) anlamlı farklar kaydedildi. Bowman boşluğunda ise hibernasyon sonrası S.taurensis ve S.xanthoprymnus türlerinde artış gözlenirken, S.citellus grubunda gözlemlenmedi. Proksimal tübül alanında ise Spermophilus türlerinin kendi bireyleri arasında (hibernasyon öncesi, hibernasyon esnasında ve sonrasında) anlamlı fark gözlenirken, türler arasında bir anlamlı fark gözlemlenmedi.
Kombucha ve sirkeden selüloz üreten mikroorganizmaların izolasyonu ve identifikasyonu
Bakteriyel selüloz bakteriler tarafından üretilen bir biyopolimerdir. Benzersiz özelliklere sahiptir ve bitki selülozuna göre oldukça saf olarak elde edilmektedir. Biyoteknolojideki gelişmelerle beraber bakteriyel selülozun önemi ve kullanım alanı çeşitliliği gün geçtikçe artmaktadır. Bu nedenle çalışmamızın birinci hedefi ev yapımı sirke ve SCOBY (Symbiotic Colony of Bacterias and Yeasts) olarak da bilinen kombucha mantarı çayından, selüloz üreticisi olan mikroorganizmaların izole ve identifiye edilmesidir. Çalışmamızın ikinci hedefi ise tanımlanan bu bakterilerden bakteriyel selüloz üretiminin varlığının gösterilmesidir. Bu çalışmada, sirke ve kombucha mantarından kültür yöntemi ile mikroorganizmaların izolasyonu yapılmıştır. İzolasyon için Hestrin Schramm (HS) kültür ortamında 30°C'de ve pH 6,0±0,02 kullanılmıştır. İzole edilen suşların identifikasyonu için klasik ve biyokimyasal testler uygulandı. Test sonuçlarına göre Gluconacetobacter cinsine ait oldukları belirlenen bakterilerin belirli oranlarda bakteriyel selüloz ürettikleri gözlenmiştir. Üreme süresince kültür ortamı pH'sı değişmiş ve kültür yüzeyinde membran tespit edilmiştir. Kalınlaşan membranların karakterizasyonu FTIR analizi ile yapılmıştır. Bakteriyel selüloz olduğu saptanan membranların lif kalitesini anlamak amacıyla kurutulup ağırlığı ölçüldükten sonra distile su içerisine daldırılıp yaş ağırlıkları ölçülüp su absorbsiyon oranları belirlenmiştir. Çalışmamız sonucunda hedeflenen bakteri türleri izole edilmiş ve selüloz üretimi gözlenmiştir. Çalışmamızda elde edilen bakteriler hakkında daha detaylı bilgi elde edildikten sonra ürettikleri bakteriyel selülozun kalitesini artırmak için gerekli çalışmalar sonrasında, ham madde olarak kullanılabilecek yeni bir ürün geliştirilmesi düşünülmektedir.
Türkiye'de yayılış gösteren Spermophilus Cuvier, 1825 (Mammalia: Rodentia) cinsi türlerinin sitogenetik analizleri
Türkiye'de dağılım gösteren Spermophilus Cuvier, 1825 cinsine ait üç türe ait sitogenetik analizler araştırılmıştır (S. citellus, S. xanthoprymnus ve S. taurensis). Anadolu'da geniş bir yayılış alanına sahip olan S. xanthoprymnus'un farklı altpopulasyonlarında ortaya çıkan farklı kromozomal özellikler ve S. citellus'un Türkiye popülasyonlarındaki bantlanmış kromozom çalışmalarının olmaması ve halen S. taurensis popülasyonundaki farklı kromozom morfolojilerine rastlanması bizi bu çalışmanın yapılmasına yönlendirmiştir. Bu çalışma ile Bolkar Dağları'ndan örneklenen S. xanthoprymnus ve S. citellus'un G, C ve Ag-NOR bantlaması yapılmıştır. Türkiye Trakyası'ndan elde edilen S. citellus'un G, C ve Ag-NOR bantlanmış kromozom özellikleri Türkiye'den ilk kez verilmiştir. Ayrıca endemik bir tür olan S. taurensis'a ait yeni kromozomal özellikler de bu tezde sunulmuştur. Bu çalışmada, S. xanthoprymnus türünün diploid kromozom sayısı (2n) 42, temel kromozom sayısı (NF) 82, otozomal kromozom sayısı (NFa) 78 olarak belirlenirken, C bantlama sonucu bir kromozomda heterokromatin bölge saptanmıştır. S. xanthoprymnus türünün Ag-NOR boyama sonucunda erkek bireylerde sekiz adet NOR boyası belirlenmiş, dişi bireylerde ise altı adet NOR boyası tespit edilmiştir. S. citellus türünde 2n=40, NF= 77, NFa= 74 olarak belirlenirken, C bantlama sonucu iki kromozomda heterokromatin alan belirlenmiştir. S. citellus türünün Ag-NOR boyama sonucunda ise yedi adet NOR boyanması saptanmıştır. S. taurensis türü ile yapılan çalışmamızda 2n=40, NF= 80, NFa= 76 olarak belirlenmiştir. Sonuç olarak, bu tezde türler arasında NOR sayı farklılığı, kromozom kol sayı farklılığı ve farklı heterokromatin blok alanlar saptanmıştır. Bu üç türe ait temel kromozom sayıları diğer çalışmalarla benzerlik gösterse de kromozom morfolojileri farklılık göstermektedir. Bu farklılığın ise coğrafi izolasyonlar, bazı mutasyonlar ve habitat farklılığı gibi etkenlerden kaynaklandığı düşünülmektedir.
Aloe vera ve Cocos nucifera'nın antimikrobiyal, antioksidan ve HepG2 hücre hattı üzerindeki antitümoral etkinliğinin belirlenmesi
Kanser, günümüzün en önemli hastalıklarındandır. Kanser mekanizma, tanı ve tedavi yöntemleri en çok araştırılan çalışmalar listesinde yerini korumaktadır. Tedavisinde kimyasal ilaçların, cerrahi operasyonların ve nakillerin kullanımı çok yaygındır. Bu tedavi yöntemlerine ek olarak yapılan çalışmalar doğal ve bitkisel türevli maddelerin etkilerini kapsamaktadır. Fitoterapi olarak adlandırılan bu çalışmalarda çeşitli maddeler kullanılmaktadır. Çalışmamızda Aloe vera ve Cocos nucifera'nın hepatosellüler karsinoma ve sağlıklı hücre hatları üzerindeki etkisinin ve biyolojik aktivitelerinin belirlenmesi amaçlandı. ÇalışmamızdaAloe vera ve Cocos nucifera gibi doğal ve bitkisel türevli maddelerin farklı konsantrasyonları L929 Fibroblast hücre hattı ve Hep-G2 Hepatoselüler Karsinom hücre hattı üzerindeki sitotoksik etkileri araştırıldı. Bu çalışmalara ek olarak çeşitli patojenler üzerindeki biyolojik aktiviteleri, probiyotik mikroorganizmalar üzerinde prebiyotik etkileri ve antioksidan kapasiteleri değerlendirildi. Çalışma sonuçlarına göre, A. vera ve C. nucifera Hep-G2 Hepatoselüler Karsinom hücre hattında sitotoksik etki göstermiş ve L929 hücrelerin prolifere olmasını sağlamıştır. Biyolojik aktivite testlerinde ise antioksidan etkilerinin olduğu saptanırken, test edilen mikroorganizmalara karşı antimikrobiyal etkileri tespit edilememiştir.
Ceviz (Juglans regia L.) sütünün çeşitli kanser hücreleri üzerindeki sitotoksik etkinliğinin antimikrobiyal, antioksidan ve prebiyotik aktivite ile birlikte değerlendirilmesi
İnsan sağlığı açısından oldukça önemli olduğu bilinen ve sıklıkla tüketilen besin kaynaklarımızdan biri ceviz (Juglans regia L.)' dir. Günümüzde, insan beyninin sağlığının korunmasında ve öğrenmede etkili, kolesterol oksidiyonuna karşı etkin, kronik yüksek tansiyonun düzenlenmesi, damarlarda kasılma ve krampların azaltılması, karsinogeneze mekanizmasına karşı etkin, enfeksiyöz rahatsızlık etkenleri, atopik astım, immün sistem ve sinir sisteminde tedavide rol oynadığı düşünülen birçok fonksiyonel özelliği araştırılmaktadır. Çağımızın en sık görülen hastalıklarından biri olan kanser ile ilgili çok sayıda araştırma sürdürülmektedir. Kanser, hücrede fonksiyonel işlevleri denetleyen genlerde epigenetik değişiklikler veya mutasyonlar sonucu ortaya çıkan genetik bir hastalıktır. Bu çalışmada Çorum'un Oğuzlar ilçesinde yetiştirilen yerli ceviz (Juglans regia L.) kullanıldı. Cevizden elde edilen sütün farklı konsantrasyonlarının meme karsinoma (MCF-7), hepatoselüler karsinoma (HepG-2) ve sağlıklı fare fibroblastı (L929) hücre hatları üzerinde antitümoral ve proliferatif etkinliğinin araştırılması amaçlandı. Aynı zamanda çalışmamızda ceviz sütünün bazı biyolojik etkinliklerinin de ortaya konması hedeflendi. Çalışmamızda elde edilen verilere göre, ceviz (Juglans regia L.) sütünün bazı konsantrasyonlarının 24 saatte L929 ve MCF-7 hücre hatlarında proliferatif etki gösterdiği, HepG-2 hücre hattında ise 500 ve 250 µg/ml konsantrasyonlarında proliferatif etki gösterirken, diğer konsantrasyonlarda sitotoksik etkinliğe sahip olduğu belirlendi. L929, MCF-7 ve HepG-2 hücre hatlarında 48 saat inkübasyon sonunda ise 500 µg/ml dışındaki tüm konsantrasyonlarda sitotoksik etkinlik tespit edildi. Biyolojik etkinlik çalışmalarında deneylerde kullanılan test mikroorganizmaları üzerinde inhibisyon etkinliği saptanmamıştır. Prebiyotik çalışmalarında ise L. rhamnosus ATCC 53103 ve L. reuteri DSMZ 17938 suşları üzerine proliferatif etki tespit edilmiştir. Antioksidan aktivite tayininde ceviz (Juglans regia L.) sütünün antioksidan aktivitesi 8,89 mg/ml olarak belirlenirken, total antioksidan miktarı (TAS) 1,9 mmol/L olarak tespit edildi. Çalışmamızda ceviz sütünün farklı konsantrasyonlarının sitotoksik ve prebiyotik etkinliğe ve bir miktar antioksidan aktiviteye sahip olduğu belirlendi. Ceviz sütünün farklı konsantrasyonlarının bazı kanser hücrelerinin inhibe edilmesinde etkin olabileceği, ancak daha fazla araştırma yapılmasının gerekli olduğu, antioksidan ve prebiyotik etkinliği sayesinde ise vücut savunmasında destekleyici rol oynayabileceği düşünülmektedir.
Spermophılus citellus'un hibernasyon ve hibernasyon sonrası karaciğer ve sindirim kanalı'nın histolojik ve sitolojik yapılarının incelenmesi
Doğal ortamlarından alınan Spermophilus citellus'lar deneyler esnasında laboratuvar şartlarında beslenmiş ve korunmuştur. Hibernasyonda olan ve hibernasyon sonrasındaki deney grupları anestezi altında disekte edilerek hem ışık mikroskobu hem de elektron mikroskobunda incelenmek üzere karaciğer ve ince bağırsaktan doku örnekleri alınmıştır. S. citellus'un hibernasyon esnasında ve sonrasında ince bağırsak ve karaciğer dokularında bazı değişiklikler gözlenmiştir. İnce bağırsakta hibernasyon esnasında villusların boylarında ve kript derinliğinde azalma, epitel hücrelerinde parçalanma ve inflamasyon alanlarının (özellikle kan damarları çevresinde) oluştuğu tespit edilmiştir. Villus uzunluğundaki azalma en çok duodenumda ve en az ileumda gözlenmiştir. Karaciğerde ise hibernasyon esnasında glikojen taneciklerinin azalması ve hibernasyon sonrası duruma göre bu taneciklerin toplu halde bulunması, hibernasyon sonrasında yıldız şeklinde görülen glikojen taneciklerinin hibernasyon esnasında yuvarlaklaştığı tespit edilmiştir. Ek olarak karaciğerde hibernasyon esnasında çekirdek ve endoplazmik retikulum etrafında glikojen taneciklerinin sayılarının azalması, mitokondrilerin küçülmesi, endoplazmik retikulum yapılarının bozulması, kupffer hücrelerinin artması, hepatik venlerin lümeninin daralması gibi değişiklikler hibernasyon esnasında tespit edilmiştir. Hibernasyon esnasında ince bağırsak ve karaciğerde meydana gelen bu değişiklikler hibernasyon sonrası ortadan kalkmıştır.
Obruk baraj gölü'nde (Çorum) kışlayan su kuşları
Kuşların mevsim şartlarının değişmesi, besin miktarının azalması ve uygun koşullarda üreyebilmek gibi nedenlerden dolayı üreme ve kışlama alanları arasında her yıl düzenli olarak yaptıkları uzun yolculuklar şeklinde göç etmektedirler. Bu çalışmada Çorum İli sınırlarında bulunan Obruk Barajı'nda kışlayan su kuşları türleri ve populasyon büyüklüklerinin ortaya çıkarılması amaçlanmıştır. Bu kapsamda 2018, 2019 ve 2021 yıllarında kış ortası su kuşu sayımları yapılmış, 2020 yılında ise olumsuz koşullar nedeniyle kısa gözlemler gerçekleştirilmiştir. Kış ortası su kuşu sayımları önceden belirlenmiş 8 farklı gözlem noktasından nokta sayım metodu ile gerçekleştirilmiştir. 2018 yılında 7 aileden 14 tür, 2019 yılında 8 aileden 18 tür ve 2021 yılında 8 aileden 16 tür sayılmıştır. 2020 yılında yapılan kısa gözlemlerde ise 7 aileden 7 tür su kuşu tespit edilmiştir. 2018 yılında 26 975, 2019 yılında 13 158, 2021 yılında 20 138 su kuşu bireyi sayılmış olup, 2020 yılında ise 11 597 su kuşu gözlemlenmiştir. Elde edilen sayım sonuçları neticesinde Obruk Barajı'nın su kuşları için yeni bir kışlama alanı meydana getirdiği görülmüştür.
Tuberoinfundibular dopaminerjik yolağın kadın infertilitesindeki rolü: SLC6A3 (DAT1) gen varyantlarının infertilite ile ilişkisi
İnfertilite, üreme çağındaki çiftlerde 12 aylık düzenli, korunmasız cinsel ilişkiden sonra klinik gebeliğin sağlanamaması olarak tanımlanmaktadır. İnfertilitenin, dünya çapında üreme çağındaki çiftlerin %8-12'sini etkilediği tahmin edilmektedir. Kadın hastalıklarından kaynaklanan infertilite hasta sayısı erkeklere oranla çok daha fazladır. İnfertilite enfeksiyon, oksidatif stres, obezite, diyet, kadın veya erkek hastalıkları gibi faktörlerden etkilenmektedir ve yapılan çalışmalar genetik faktörlerin infertilite üzerinde oldukça etkili olduğunu göstermektedir. Kadın fertilitesi ile yakından ilişkili ve ovaryum üzerinde doğrudan etkisi olan prolaktin (PRL), ön hipofiz bezinden salınan protein yapıda bir hormondur. Dopaminerjik yolaklardan olan tuberoinfundibular yolak PRL salınımını düzenlemektedir. Hücre dışı dopamin (DA) seviyesinin düzenlenmesi; intrasinaptik enzim parçalanması ve presinaptik dopamin transporter (DAT) tarafından presinaptik hücreye geri alımı ile gerçekleşmektedir. Tuberoinfundibular yolak ve dopamin nörotransmisyonu ile doğrudan ilişkili olan DAT proteini, DA fonksiyonunun ve nörotransmisyonunun anlaşılması açısından çok önemlidir. Bu tez çalışmasının amacı Türk popülasyonunda kadın infertilitesi ile SLC6A3 (DAT1) gen varyantları arasındaki ilişkinin belirlenmesidir. Bu çalışmaya 90 infertil ve 98 fertil kadın dahil edildi ve DAT1 VNTR varyantları Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) yöntemi ile analiz edildi. İnfertil alt gruplarında Açıklanamayan İnfertilite hastalarının en büyük çoğunluğu oluşturduğu, AMH değerleri ve yaşları arasında anlamlı bir ilişki varken FSH ve E2 değerleri arasında anlamlı bir farklılık olmadığı tespit edilmiştir. İnfertil ve fertil gruplarının karşılaştırılması sonucunda ise, SLC6A3 (DAT1) genindeki VNTR polimorfizmi ile kadın infertilitesi arasında istatistiksel açıdan anlamlı bir ilişki olmadığı tespit edilmiştir (p=0,425). SLC6A3 (DAT1) genindeki VNTR polimorfizmi ile kadın infertilitesi arasındaki ilişkiyi araştıran farklı popülasyon çalışmalarına ve örneklem büyüklüğünün artırılmasına gerek duyulmaktadır. Çalışmamızın dopaminerjik sistemin infertilite üzerindeki etkilerini araştıran yeni çalışmalara katkı sağlayacağı düşünülmektedir.
Alzheimer hastalığı ile MAPT gen mutasyonu ve bazı biyokimyasal biyobelirteçler arasındaki ilişkinin araştırılması
Alzheimer, dünya genelinde gittikçe yaygınlaşan ve henüz etkin bir tedavisi bulunmayan multifaktöriyel nörodejeneratif bir hastalıktır. Genellikle yaşın ilerlemesi ile ortaya çıkan Alzheimer hastalığının yaşlı nüfusun artmasıyla sosyal ve ekonomik kaynaklar üzerinde daha ağır yüklere yol açacağı öngörülmektedir. Bu nedenle hastalığın önlenmesi ya da tedavisinin bulunması oldukça önem arz etmektedir. Hastalığın erken tanısı da tedavisi kadar önemlidir ancak erken tanıda kullanılabilecek biyobelirteçler yok denecek kadar azdır. Hastalığın tanısında kullanılan beyin omurilik sıvısı yeterli düzeyde değildir ve alınması oldukça zordur. Bunun için daha az maliyetli, daha az invaziv, kolay ulaşılabilen ve uzun süreli çalışmalarda kullanılabilecek kan biyobelirteçleri daha iyi alternatif olacaktır. Çalışmamıza dahil ettiğimiz homosistein, folat, CRP ve ürik asit seviyelerindeki değişiklerin Alzheimer hastalığında biyobelirteç olarak kullanılma potansiyelleri henüz bilinmemektedir. Ayrıca, literatürde Alzheimer hastalığı ile MAPT gen mutasyonu (P301L) arasındaki ilişkiyi açıklayan herhangi bir çalışma bulunmamaktadır. 101 Alzheimer hastasının ve 101 sağlıklı bireyin dahil edildiği çalışmamızda homosistein, folat, CRP, ürik asit seviyelerindeki değişiklikler ve MAPT gen mutasyonu (P301L) ile Alzheimer hastalığı arasındaki ilişki araştırıldı. Hasta ve kontrol grupları arasında homosistein (p=0,771), folat (p=0,366), CRP (p=0,759) ve ürik asit (p=0,860) bakımından anlamlı bir fark bulunmadı. Hasta ve kontrol grupları arasında MAPT gen mutasyonu (P301L) bakımından genotipler karşılaştırıldı ve istatistiksel açıdan anlamlı bir fark bulunamadı (p=0,081). Diğer taraftan, hasta ve kontrol grupları arasında yaş bakımından istatistiksel açıdan anlamlı bir fark bulundu (p=0,006). Alzheimer hastalığı ile MAPT gen mutasyonu ve bazı biyokimyasal belirteçler arasındaki ilişkinin daha kapsamlı araştırılması için örneklem büyüklüğünün artırılmasına ve farklı etnik gruplarda yeni çalışmalara gereksinim duyulmaktadır.
Akut gastroenterit şikâyeti bulunan 5 yaş altındaki çocuklarda norovirüs enfeksiyon sıklığı
Norovirüs tüm dünyada özellikle gelişmiş ve gelişmekte olan ülkelerde mühim bir sağlık sorunudur. Günümüzde yetişkin ve çocuk gastroenteritlerin önemli sebepleri arasında yer alır. Norovirüsler, genogroup I (GI), genogroup II (GII) gibi GV'e kadar insan enfeksiyonlarının çoğuna neden olan beş farklı genogrup olarak sınıflandırılabilir. Bu çalışmada 5 yaş altı akut gastroenteritli çocuklarda norovirüs insidansının araştırılması amaçlanmıştır. Çalışmamızda akut gastroenterit tanısı bulunan, 5 yaş altındaki 192 çocuktan alınan gayta örneğinde ELISA yöntemi ile (RIDASCREEN® Norovirus (C1401) 3rd Generation, R-Biopharm, Almanya) norovirus antijen pozitifliği araştırılmıştır. Çalışma sonuçlarına göre, 192 örneğinden %7,2 (14)'sinde nörovirüs antijen pozitifliği tespit edilmiştir. Elde edilen veriler doğrultusunda, akut gastroenteritli çocuklarda %7,2 olarak tespit edilen norovirus GI/GII prevalans değerinin, ülkemizdeki epidemiyolojik verilere katkısı olabileceği düşünülmektedir. Ayrıca ülkemizde epidemiyolojik verilerin artması için testlerin çoğaltılmasıyla birlikte viral gastroenterit etkenleriyle ilgili daha çok çalışmaya ihtiyaç duyulmaktadır.
Morus alba L. yaprak ekstraktlarının caco-2 hücreleri üzerindeki sitotoksik etkinliğinin antioksidan aktivite ile birlikte değerlendirilmesi
Tıbbi bitkiler, türevli ilaçlar ve tedavi metotlarıyla ilgili araştırmalar bitkilerin kullanım şeklini, alanını ve etki mekanizmasını belirlemek açısından önemli bir yere sahiptir. Tıbbi bitkiler çoğu toplumda çeşitli sebeplerle kullanılmaktadır. Aynı zamanda da ilaç endüstrisinde ciddi bir öneme sahiptir. Tıbbi açıdan önemli olduğu bilinen bitkilerden biri de Morus alba L.' dir. Çalışmamızda Bolu ve Çorum illerinden toplanan Morus alba L. yaprak ekstraktlarının kolon kanser hücre hattı (Caco-2) üzerindeki sitotoksik etkinliğinin antioksidan aktivite ile birlikte değerlendirilmesi amaçlandı. Ekstraktların Caco-2 hücre hattı üzerinde sitotoksik etkinliği 3-4,5-dimetil-tiyazolil-2,5-difeniltetrazolyum bromür (MTT) sitotoksisite deneyleri ile antioksidan aktivite çalışmaları 1,1-difenil-2-pikrilhidrazil (DPPH) ve total antioksidan seviye (TAS) spektrofotometrik yöntemler ile araştırıldı. Elde ettiğimiz veriler doğrultusunda, Morus alba L. yaprak ekstraktlarının Caco-2 hücre üzerinde konsantrasyon ve zaman bağımlı olarak değişen oranlarda sitotoksik etkinlikten çok proliferatif etkinliğe ve yüksek antioksidan aktiviteye sahip olduğu tespit edildi. Çalışma sonuçlarımız ile, tıbbi bitkilerden yararlanılırken mutlaka üzerinde bilimsel çalışmalar yapılmış, verileri kanıtlanmış ve konsantrasyonları belirlenmiş ürünlerin kullanılması hususu vurgulanmaktadır.
Türk popülasyonunda ACAN geni VNTR polimorfizmi ile Alzheimer hastalığı arasındaki ilişkinin araştırılması
Alzheimer hastalığı, en yaygın demans türü olup nöronların dejenere olmasına neden olan multifaktöriyel bir hastalıktır. Giderek dünya nüfusunun büyük bir bölümünü etkileyen Alzheimer hastalığı sinsi bir şekilde ilerlemektedir. Hastalığın patolojisinde amiloid plaklar ve nörofibril yumaklar yer almaktadır. Genetik olarak APP, PSEN1, PSEN2 genlerindeki mutasyonlar ve APOE varyantları hastalığın ortaya çıkmasında rol oynamaktadır. Hastalığın kesin tanı ve tedavisi bulunmamaktadır. Ölüm sonrası beynin incelenmesi sonucu kesin tanı konulabilmektedir. Alzheimer hastalığının tedavisinde kullanılan ilaçlar sadece hastalığın semptomlarını hafifletmeye yöneliktir. Hâlihazırda kullanılan biyobelirteçler tanı ve tedavi için yeterli düzeyde değildir. Hastalığın patofizyolojisinde yer alan faktörlerin kapsamlı şekilde araştırılması hastalığın daha iyi anlaşılabilmesi, tanı ve tedavisinin daha sağlıklı yapılabilmesi için büyük önem taşımaktadır. Çalışmamızda ACAN genindeki VNTR polimorfizminin Alzheimer hastalığı ile ilişkisi araştırılmıştır. ACAN geninde bulunan VNTR polimorfizmi genellikle disk dejenerasyonları ile ilişkilendirilmiştir. Ancak ACAN geninin kodladığı agrekan proteini beyinde perinöral ağların (PN) yapısına katılmaktadır. Çalışmalarda PN'lerin, Alzheimer patogenezinde yer alan amiloid plaklar ve nörofibril yumakların nöronlara zarar vermesini engellediği görülmektedir. Çalışmamızda 102 Alzheimer hastası ve 101 sağlıklı bireylerden alınan kan örnekleri incelenmiştir. Alzheimer hastalığı ile ACAN VNTR polimorfizmi arasında anlamlı bir ilişki bulunmuştur (p=0.000). Hasta grubunda 30R ve 31R allelleri, kontrol grubunda ise 33R allelli en çok tekrar eden allellerdir. Aynı zamanda 13R, 21R, 24R gibi daha kısa alleller hasta grubunda kontrol grubuna kıyasla daha fazla tekrar etmektedir. Yaptığımız çalışma ile Alzheimer hastalığı ve ACAN genindeki VNTR polimorfizmi arasındaki ilişki ilk defa araştırılmıştır. İlişkinin daha net anlaşılabilmesi için farklı popülasyonlarda ve daha büyük örneklem grupları ile çalışma yapılması gerekmektedir.
Astragalus membranaceus'dan yeşil sentez ile hazırlanan gümüş nanopartiküllerin antimikrobiyal ve antikanser etkinliğinin incelenmesi
Gümüş, geçmişten günümüze sterilizasyon ya da yanık, ülser gibi hastalıkların tedavisi gibi pek çok farklı alanda kullanılmıştır. Gümüş nanopartiküller (AgNP) ise bakteri, virüs gibi mikroorganizmalar üzerinde kullanılan doza bağlı olarak üremelerini inhibe edici özelliklerinden ötürü pek çok çalışmada kullanılmıştır. Son yıllarda çevre kirliliği gibi küresel sorunlar nedeniyle çevre dostu olan yeşil sentez (biyosentez) yöntemi oldukça önemli bir konum kazanmış olup basit ve düşük maliyetli olması, toksik madde kullanımını gerektirmemesi nedeniyle popüler hale gelmiştir. Yeşil sentez yöntemiyle zehirli indirgeme ajanları yerine, çevre dostu indirgeme ajanları kullanılarak metal nanoparçacık, metal oksit ve manyetik parçacıklar gibi nanoürünlerin sentezi yapılabilmektedir. Astragalus membranaceus (Geven), çin tıbbında yüzyıllardır teşhis ve tedavi amaçlı kullanılan temel bitkilerden birisidir. Bu nedenle birçok çalışmada terapötik etkileri araştırılmıştır. Bu bilgilerden yola çıkarak tez çalışmamızda Astragalus yaprak ve kökünden elde edilen ekstraktlar kullanılarak yeşil sentez yöntemi ile gümüş nanopartiküller elde edilmiş, elde edilen nanopartiküllerin karakterizasyonları yapılmış, disk difüzyon yöntemi ile seçilen mikroorganizmalara karşı antimikrobiyal etkisi tayin edilmiş, sağlıklı fibroblast hücrelerinde biyouyumlulukları ve meme kanseri hücre hattı üzerinde potansiyel in vitro sitotoksik etkileri analiz edilmiştir. Tez çalışmamızın sonuçlarına göre, Astragalus kök ve yaprağından elde edilen ekstraktlar ile gümüş nitratın indirgenme reaksiyonuna bağlı olarak gümüş nanopartiküller yeşil sentez yöntemi ile elde edilmiştir. Astragalus kökünden sentezlenen gümüş nanopartiküllerin partikül büyüklüğü 14 nm, yapraktan sentezlenen gümüş nanopartiküllerin partikül büyüklüğü ise 55 nm olarak tayin edilmiştir Sentezlenen bu nanopartiküller ile yapılan antimikrobiyal aktivite ve antikanser etkinlik analizleri çalışmalarında, nanopartiküllerin kullanılan doza bağlı olarak sitotoksik etki gösterdiği bulunmuştur. Ayrıca sağlıklı fibroblast hücrelerinde yapılan biyouyumluluk analizlerinde ise gümüş nanopartiküllerin sitotoksik etki göstermediği bulunmuştur. Bu tez çalışması ile Astragalus bitkisi kullanılarak yeşil sentez yöntemi ile gümüş nanopartikülleri başarılı bir şekilde sentezlenmiş, nanopartiküllerin antimikrobiyal ve antikanser etkinlikleri tayin edilmiştir.
Parkinson hastalığı ile ilişkili bazı genlerdeki yüksek riskli zararlı snp'lerin etkilerinin in siliko yöntemlerle belirlenmesi
Nörodejeneratif bir hastalık olan Parkinson hastalığı oldukça kompleks bir etiyolojiye sahiptir. Belli çevresel faktörlere karşı genetik yatkınlığı olan bireylerde, maruz kalınan çevresel faktörlerin kliniği ortaya çıkardığı düşünülebilir. Bununla birlikte genetik faktörlerin tek başına hastalığın etiyolojisinde çok önemli bir rol oynadığı bilinmektedir. Parkinson hastalığı için belirtilmiş genetik faktörler arasında mutasyonlar ve polimorfizmler yer almaktadır. Bu tez çalışmasında,Parkinson hastalığı ile ilişkili olduğu düşünülen SNCA, CD38, GBA, LRP10, EIF4G1, VPS35, PLA2G6, PINK1, LRRK2, UQCR1 ve MMRN1 genlerinde bulunan tek nükleotid polimorfizmlerinin (SNP) çeşitli biyoinformatik araçlar kullanılarak proteinlerin fonksiyonu, yapısı, stabilizasyonu, evrimsel korunumu üzerine olan olası etkilerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Sonuç olarak MMRN1 geni için rs1046993 (L982S), rs61734879 (N1075K), rs1432306000 (8G274), rs147438202 (R1057M), rs147438202 (G16R), rs147451161 (R1227L), rs148141919 (Q394R), rs149261966 (S1155R), rs189386556 (S414P), rs199716183 (Y1097H), rs200526047 (P651H), rs201006967 (P1140L), rs201761344 (N1084S), rs369001499 (M1100K), rs370732997 (D726Y), rs373754512 (D225G), rs374677318 (C592Y), rs376506594 (C211Y) polimorfizmlerinin zararlı etkili olabileceği belirlendi. UQCR1 geni için rs201911056 (R276C), rs145869559 (G312S), rs191821836 (R165S), rs200354059 (R378C) varyantlarının ve LRRK2 geni için ise rs4640000 (P1262A), rs33995463 (L119P), rs150050676 (N246H) varyantlarının zararlı olabileceği belirlendi. Belirlenen zararlı etkili SNP'lerin çeşitli biyolojik süreçlerde rol alan proteinlerin yapısal ve fonksiyonel değişikliklerine neden olabileceği ve bu değişikliklerin sonucunda biyolojik süreçleri olumsuz olarak etkileyebilecekleri tahmin edildi. Bu çalışmada patojenik olarak tanımlanan missense SNP'ler Parkinson hastalığı için risk faktörü olarak değerlendirilmiştir.Bu patojenik missense SNP'lerin biyobelirteç olarak kullanılma potansiyelleri teşhis ve tedavi için bir temel oluşturabilir. Bu tez çalışmasından elde edilen sonuçların Parkinson hastalığı ile ilgili yapılacak in vitro ve in vivoileriçalışmalar tarafından doğrulanması gerekmektedir.
Aegeobuthus gibbosus ham venomunun HT-29 kolorektal kanser hücresi epitelyal mezenkimal geçiş (EMT) üzerine etkilerinin araştırılması
Kanser, hücrelerin kontrolsüz bir şekilde çoğalması ve büyümesi sonucunda ortaya çıkan, genetik ve çevresel faktörlerin etkisiyle şekillenen karmaşık bir hastalıktır. Kolorektal kanser kolon veya rektumun epitel dokusundan kaynaklanan malign bir tümör olup, tüm kanser türleri arasında en sık görülen üçüncü kanser türü olarak dikkat çekmektedir. Epitelyal-mezenkimal geçiş (EMT), kanser hücrelerinin metastaz yeteneği kazanmasında kritik bir süreç olarak tanımlanmaktadır. EMT, epitel hücrelerinin mezenkimal özellikler kazanarak daha hareketli ve invaziv bir fenotipe dönüşümünü ifade etmektedir. Bu biyolojik olay, kanser hücrelerinin invazyon ve metastaz potansiyelini artıran temel mekanizmalardan biri olarak öne çıkmaktadır. Akrep zehiri, biyolojik olarak oldukça aktif olan toksinlerin kompleks bir karışımından oluşmaktadır. Bu toksinler kanser hücrelerine seçici bağlanma özelliği gösteren küçük peptitler ve proteinler içermektedir. İnsanlarda toksisiteye yol açabilen bu bileşiklerin kontrollü bir şekilde kullanılması, yeni ve etkili ilaçların geliştirilmesi için önemli bir kaynak oluşturmaktadır. Günümüzde akrep toksinleri, başta kanser olmak üzere birçok hastalığın tedavisinde potansiyel terapötik ajanlar olarak değerlendirilmektedir. Bu çalışmada, Aegeobuthus gibbosus (Brullé, 1832) (Scorpiones: Buthidae) türü akrep ham zehrinin, HT-29 kolorektal kanser hücre hatlarında epitelyal-mezenkimal geçiş (EMT) üzerindeki etkileri araştırılmıştır. Elde edilen bulgular, akrep zehiri peptitlerinin kanser tedavisinde alternatif bir yaklaşım sunabileceğini göstermektedir. Aegeobuthus gibbosus venomunun HT-29 hücre hatları üzerinde yüksek sitotoksik etkiye sahip olduğu tespit edilmiştir. Bu çalışma, kolorektal kanser tedavisinde yeni terapötik stratejilerin geliştirilmesine yönelik önemli katkılar sağlamaktadır.
Telomeraz ile ilişkili bazı genlerdeki yüksek riskli zararlı SNP'lerin biyoinformatik yöntemlerle belirlenmesi
Telomerler, genomik bütünlüğü korumak için kromozomal uçlarda koruma sağlar. Shelterin proteinleri ile kompleks halinde olan proksimal çift sarmallı ve distal tek sarmallı bölgeleri içerir ve yüksek düzeyde korunmuştur. Telomer bölge gen ekspresyonunda, yaşlanmada, tümör oluşumunda ve hücre çoğalmasında rol oynar. Telomerlerin kromozomların diğer kısımlarından farkı, telomerik DNA'nın hücre döngüsüne bağlı kaybı ve yeniden oluşturulmasıdır. Telomeraz, telomerik DNA dizilerini sentezleyen ve sınırsız çoğalma potansiyeli için moleküler temeli sağlayan bir RNA-bağımlı DNA polimeraz olup çoğu ökaryotta doğrusal kromozom uçlarının bakımı için gerekli olan temel ters transkriptazdır. Telomeraz, integral bir RNA alt birimi olan telomeraz RNA'sı (TER, hTR, TERC), katalitik bir protein alt birimi olan telomeraz ters transkriptaz (TERT) ve türlere özgü birkaç yardımcı protein içeren benzersiz bir hücresel ters transkriptazdır. Bu tez çalışmasında telomeraz enzimi ile ilişkili genler olan TERT, Diskerin Psödouridin Sentaz 1 (DKC1), Isı Şoku Proteini 90 Alfa Ailesi Sınıf A Üyesi 1 (HSP90AA1), Ribozomal Protein L22 (RPL22), Telomeraz Proteini Bileşeni 1 veya Telomeraz İlişkili Protein 1 (TEP1), Staufen1 (STAU1) genlerinde bulunan tek nükleotid polimorfizmlerinin (SNP) çeşitli biyoinformatik araçlar kullanılarak proteinlerin fonksiyonu, ikincil yapısı, stabilizasyonu, evrimsel korunumu üzerine etkilerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Bu tez çalışması sonucunda ise telomeraz enzimi ile ilişkili TERT, DKC1, STAU1 genlerinde bulunan SNP'lerin çeşitli biyoinformatik araçlar kullanılarak proteinlerin fonksiyonu, ikincil yapısı, stabilizasyonu, evrimsel korunumu üzerine etkileri belirlenmiştir. Sonuç olarak ise DKC1 geni için rs121912293 (F36V), rs121912295 (G402E), rs121912298 (M350I), rs121912300 (M350T), rs146700772 (S280R), rs199422248 (K314R), rs199422249 (D359N), rs199422250 (P384S), rs2728534 (I226S), rs17850575 (V285F) varyantlarının; TERT geni için rs19422293 (R486C) varyantının; STAU1 geni için iv rs61748376 (L165P), rs369362574 (N286S) varyantlarının yüksek riskli zararlı etkili olabileceği belirlenmiştir. Bu zararlı etkilere protein stabilitesinin azaltılması, asetilasyon kaybı, metilasyon kaybı örnek verilebilir. Bu çalışmada belirlenen zararlı etkili SNP'lerin telomeraz enziminin dahil olduğu biyolojik süreçleri olumsuz yönde etkileyebileceği tahmin edilmektedir. Bu patojenik varyantların telomer biyolojisi hastalıklarının patogenezinde risk faktörü olarak değerlendirilebileceğini düşünmekteyiz. Bu tez çalışmasında elde edilen sonuçların in vitro ve in vivo ileri çalışmalarla doğrulanması gerekmektedir.
Kadın infertil hastaların foliküler sıvı örneklerinde micro-rna122 ekspresyon düzeylerinin araştırılması
İnsan üremesi; folikülogenezi, oogenezi, embriyo bölünmesi/gelişimi, blastosist oluşumu, implantasyon ve canlı doğumu içeren karmaşık bir süreçtir. Bu süreçlerden herhangi birinin anormal olması veya durması, üreme sorunlarına yol açabilmektedir. Dünya Sağlık Örgütü (DSÖ) infertiliteyi, başarılı bir gebelik olmaksızın 12 ay içinde gebelik elde edilememesi olarak tanımlamaktadır. İnfertilite, dünya genelinde üreme çağındaki çiftlerin %8 ila %12'sini etkilemekte ve küresel ölçekte önemli bir üreme sağlığı sorunu oluşturmaktadır. İnfertiliteye genetik ve epigenetik faktörlerin etki ettiği bilinmekle birlikte, patobiyolojik mekanizmaları hala tam olarak aydınlatılamamıştır. Bu nedenle, hastalığın tanı ve tedavisinde yeni biyobelirteçlerin belirlenmesi önem arz etmektedir. Son çalışmalar, foliküler sıvıdaki miRNA'ların üreme potansiyeli ve folikül sağlığı hakkında fikir verebileceğini ortaya koymuştur. Bu çalışmanın amacı, Türk popülasyonunda folikül sıvı örneklerinde Grade 1 (yüksek kalite) ve Grade 2 (düşük kalite) embriyo skorlarına göre microRNA-122 ekspresyon profilini karşılaştırmak, düzenleyici RNA molekülünün infertiledeki rolünü belirlemek ve biyobelirteç olma potansiyelini araştırmaktır. Bu çalışmada, Türk popülasyonunda açıklanamayan infertilite tanısı alan 100 kadına ait foliküler sıvı örneği incelenmiştir. Katılımcılar, düşük kalite embriyo (hasta grubu) ve yüksek kalite embriyo (kontrol grubu) olmak üzere iki gruba ayrılmıştır. Yüksek ve düşük kaliteli embriyoya sahip kadınlarda klinik ve biyokimyasal parametreler ile foliküler sıvıda miR-122 ekspresyon seviyeleri karşılaştırılmıştır. Normal dağılım analizlerinde, folikül uyarıcı hormon (FSH) dışındaki tüm değişkenlerin normal dağılıma uymadığı belirlenmiş ve buna göre uygun istatiksel testler uygulanmıştır. Gruplar arasında yaş, folikül uyarıcı hormon (FSH), luteinleştirici hormon (LH), östrodiol (E2), anti-müllerian hormon (AMH) ve antral follikül sayı (AFC) değerleri açısından anlamlı farklılıklar saptanmamıştır (p>0.05). Buna karşın, yüksek kaliteli embriyo grubunda oosit sayısı (OC) (p=0.030), pronükleer (PN) sayısı (p<0.001) ve embriyo sayısı (p=0.008) anlamlı derecede yüksek bulunmuştur. Bu bulgular, yüksek kaliteli embriyo grubunda üreme potansiyelinin daha güçlü olabileceğini göstermektedir. Gruplar arasında foliküler sıvıda miRNA-122 ekspresyon düzeyleri arasında anlamlı bir fark tespit edilmemiştir (p>0.05). Bu sonuç, çalışmada incelenen Türk popülasyonunda foliküler sıvıdaki miR-122 ekspresyonunun embriyo kalitesi ile doğrudan ilişkili olmadığını göstermektedir. Sonuç olarak, oosit, PN ve embriyo sayılarının embriyo kalitesi ile ilişkili olduğu, ancak foliküler sıvı miR-122 ekspresyonunun biyobelirteç adaylığına dair kanıt sunmadığı bulunmuştur. Daha geniş örneklemli ve farklı etnik grupları içeren çalışmalar, bu bulguların doğrulanması için gereklidir.
Doksorubisin dirençli ER+ meme kanserinde lncRNA UCA1'in PI3K/AKT/mTOR sinyalizasyonuna etkisi
Tez çalışmasında, meme kanserinde (BC) doksorubisin (Dox) direncinin gelişiminde uzun kodlanmayan RNA (lncRNA) UCA1'in PI3K/AKT/mTOR sinyalizasyonu üzerindeki etkisinin araştırılması hedeflenmiştir. Öncelikle, MCF-7 hücrelerinde doksorubisin direnci indüklenmiş, hücrelerde direnç 0,64 µM seviyesine ulaşılmıştır. Dirençli hücrelerde (MCF-7/Dox) direnç oluşumu; hücre morfolojisinin incelenmesi, çoklu ilaç direnci ile ilişkili protein 1 (MRP1) gen ekspresyonunun değerlendirilmesi ve PI3K/AKT/mTOR sinyal yolunun regülasyonu ile doğrulanmıştır. Hücrelerin iğsi şekil aldığı, uzunluklarının arttığı ve sitoplazmalarında birden fazla vezikül bulunduğu gözlemlenmiştir. İlaca direncin, MRP1 gen ekspresyon seviyesinin transkript düzeyinde 4 kat artmasıyla oluştuğu gösterilmiştir. Ayrıca, direnç geliştiren hücrelerin mezenkimal özellik kazandığını desteklemek amacıyla epitelyal-mezenkimal dönüşüm (EMD) sürecine ilişkin genlerin (E-kaderin, Okludin, Klaudin-1, N-kaderin, Twist-1, Vimentin) ekspresyon seviyeleri kantitatif PCR (qPCR) yöntemiyle analiz edilmiştir. MCF-7/Dox hücrelerinde E-kaderin, Okludin ve Klaudin-1 gen ekspresyon seviyelerinin azalırken, N-kaderin, Twist-1 ve Vimentin gen ekspresyon seviyelerinin anlamlı derecede arttığı belirlenmiştir. Bu bulgular, direnç geliştiren hücrelerin mezenkimal özellik kazandığını ortaya koymaktadır. MCF-7/Dox hücrelerinde doksorubisinin hücre canlılığı üzerindeki etkisini incelemek amacıyla MTT testi yapılmış ve MCF-7/S ile MCF-7/Dox hücrelerinin inhibitör konsantrasyonu 50 (IC50) değerleri sırasıyla 1,65 µM ve 128,5 µM olarak belirlenmiştir. MCF-7/Dox hücrelerinin, MCF-7/S hücrelerine kıyasla doksorubisine karşı 78 kat daha yüksek direnç gösterdiği tespit edilmiştir. Ayrıca, Dox direnci gelişen hücrelerde UCA1 gen ekspresyonunun arttığı ve PI3K/AKT/mTOR sinyal yolunun upregüle olduğu, bu sinyal yolunda görev alan Akt1, Akt2, mTOR ve PTEN genlerinin ekspresyon seviyelerindeki artışa bağlı olarak gösterilmiştir. Çalışmanın ilerleyen aşamasında, lipofektamin yöntemi kullanılarak siUCA1 hücrelere transfekte edilmiştir. qPCR analizleri, siUCA1 transfeksiyonu sonrasında UCA1 gen ekspresyonunun kontrol grubuna kıyasla istatistiksel olarak anlamlı düzeyde (%50) azaldığını göstermiştir. siUCA1 transfeksiyonu, hem MCF-7/Dox hem de MCF-7/S hücrelerinde IC50 değerlerini anlamlı şekilde azaltmıştır. Bu sonuç, UCA1'in doksorubisin direncini tersine çevirmede potansiyel bir aday olabileceğini göstermektedir. Ayrıca, UCA1'in susturulmasının PI3K/AKT/mTOR sinyal yolunu baskıladığı ve hücrelerin motilite yeteneğini anlamlı derecede azalttığı saptanmıştır. Sonuç olarak, lncRNA UCA1'in meme kanserinde doksorubisin direncinin tersine çevrilmesinde PI3K/AKT/mTOR sinyal yolu ile ilişkili olabileceği, literatürde ilk kez bu tez çalışması ile tanımlanmıştır.
Türkiye'de dağılım gösteren Pipistrellus kaup, 1829 (Chiroptera: vespertilionidae) türlerinin moleküler filogenisi
Yarasa türlerinin sistematiği, morfolojik benzerlikler ve kriptik tür komplekslerinin varlığı nedeniyle taksonomik açıdan önemli belirsizlikler barındırmaktadır. Bu kapsamda, moleküler biyoloji temelli yaklaşımlar, klasik morfolojik tanımlamaların ötesine geçerek tür içi ve türler arası ilişkilerin daha sağlıklı anlaşılmasına olanak tanımaktadır. Özellikle Sitokrom b (Cytb) gibi mitokondriyal belirteçlerin kullanıldığı çalışmalar, Pipistrellus cinsine ait türlerin genetik çeşitliliğini ve filogenetik yapılarını ortaya koymada önemli katkılar sağlamıştır. Bu tez çalışmasında, Türkiye'de yayılış gösteren dört Pipistrellus türü (P. pipistrellus, P. pygmaeus, P. kuhlii ve P. nathusii) incelenmiş; türlerin mitokondriyal Cytb gen bölgesi dizilerine dayalı olarak moleküler filogenetik analizleri gerçekleştirilmiştir. Türkiye'nin farklı coğrafi bölgelerinden toplanan örneklerden DNA izolasyonu yapılmış, PCR amplifikasyonu ve dizileme sonrası filogenetik analizler gerçekleştirilmiştir. Ayrıca, türlerin Türkiye'deki yayılış desenleri değerlendirilmiş, kladlar arası ve klad içi genetik farklılıklar istatistiksel olarak analiz edilmiştir. Analizler sonucunda, P. pipistrellus bireylerinin üç ana klada ayrıldığı ve bazı lokalitelerde doğu ve batı kladlarının birlikte bulunduğu tespit edilmiştir. P. kuhlii bireylerinde ise P. k. lepidus ve P. k. kuhlii alt tür gruplarına ait genetik izler belirlenmiş ve Türkiye'nin bu soy hatları arasında bir geçiş alanı olduğu gösterilmiştir. P. nathusii için Trakya ve Karadeniz Bölgeleri'nde Avrupa kökenli soy hatlarıyla benzerlik gösteren bireyler gözlenmiştir. P. pygmaeus olarak tanımlanan bazı bireylerin moleküler olarak P. pipistrellus ile eşleşmesi, morfolojik tanımlamaların sınırlılığını ortaya koymuştur. Sonuçlar, Türkiye'nin yalnızca bir yayılış alanı değil, aynı zamanda filogenetik çeşitliliğin yoğunlaştığı ve evrimsel süreçlerin aktif olduğu bir bölge olduğunu ortaya koymaktadır.
Chelidonium majus'dan yeşil sentez ile hazırlanan gümüş nanopartiküllerin antimikrobiyal antioksidan aktivitesi ve kolorektal kanser üzerindeki antikanser etkinliğinin değerlendirilmesi
Gümüş nanopartiküller (AgNP'ler), biyomedikal uygulamalarda bulunan birkaç metalik nanopartikül arasında en önemli nanomalzemelerden biridir. AgNP'lerin, nanobilim ve nanoteknolojide, özellikle nanotıptaki yeri oldukça mühimdir. Çeşitli soy metaller, farklı amaçlar için kullanılsa da AgNP'ler kanser teşhisi ve tedavisindeki potansiyel uygulamalara odaklanmıştır. Kimyasal sentez aşamasında kullanılan kimyasallar, çevreye ve canlılara ciddi zarar verebilmektedir. Bu sayılan dezavantajlar nedeniyle fiziksel ve kimyasal yöntemlerin kullanımı sınırlıdır. Bu metotlar, yerini daha çevre dostu ve ucuz bir metot olan biyolojik metoda bırakmaktadır. Biyolojik metotta bulunan yeşil sentez için bitkiler, bakteriler, mantarlar ve algler nanopartiküllerin sentezinde genellikle bulunmaktadır. Biyolojik yöntemlerle nanoparçacık sentezi kısa sürede tamamlanabilmektedir. Bunun yanı sıra, bu yöntem yüksek verim sağlarken üretim maliyetlerini de kayda değer biçimde azaltmaktadır.
Streptozotosin (STZ) ile indüklenmiş tip I diyabet modelinde Transakonitik Asit'in karaciğer üzerindeki etkisi
Diabetes Mellitus (DM), prevalansındaki artış ve yol açtığı sistemik komplikasyonlar nedeniyle günümüzde en sık karşılaşılan endokrin bozukluklardan biri olarak kabul edilmekte ve bu durum hastalığın tedavisine yönelik araştırmaları öncelikli hale getirmektedir. Akonitik asit (propen-1,2,3-trikarboksilik asit), doğada özellikle şeker kamışı (Saccharum officinarum) ve tatlı sorgum (Sorghum bicolor) gibi bitkilerde yüksek konsantrasyonlarda biriken altı karbonlu bir organik asit olup antioksidan ve antiinflamatuar özelliğe sahiptir. Bu nedenle bu tez çalışmasında Tip I diyabet modeline karşı Trans-akotinik asit (TAA)'in potansiyel iyileştirici etkisi in vitro ve in vivo çalışmalarla araştırılmıştır. İn vitro analizlerde α-amilaz ve DPPH testi uygulanırken in vivo analizlerde Streptozotosin (STZ) ile indüklenerek Tip I Diabetes Mellitus (TIDM) modeli oluşturulup farklı dozlardaki (30-60mg/kg) Trans-akonitik asidin (TAA) iyileştirici etkinliği akarboz ile karşılaştırmalı olarak değerlendirildi. Çalışmada toplam 54 adet erkek Wistar albino sıçan altı gruba ayrıldı: Grup I: Kontrol grubu, Grup II: 60 mg/kg TAA uygulanan grup, Grup III: STZ uygulanan grup, Grup IV: STZ+30 mg/kg TAA uygulanan grup, Grup V: STZ+60 mg/kg TAA uygulanan grup ve Grup VI: STZ+20 mg/kg Akarboz uygulanan grup. Diyabetik gruplara TIDM oluşturmak amacıyla 50 mg/kg STZ tek doz intramüsküler uygulanıp enjeksiyondan beş gün sonra kuyruk kanından glukometre ile açlık glukoz düzeyleri ölçülerek 200 mg/dL üzeri değerler diyabetik kabul edildi. 28 gün boyunca ilgili gruplara Serum Fizyolojik, TAA ve akarboz gastrik gavaj yolla verilip sıçanların vücut ağırlıkları, yem ve su tüketimleri günlük takip edildi. Deney süresi sonunda serum ve karaciğer dokuları toplanarak biyokimyasal analizler gerçekleştirildi. Serumdan Serum Glukoz (SG), Serum İnsülin (SI), Glikolize Hemoglobin (HbA1c), Alanin aminotransferaz (ALT), Aspartat aminotransferaz (AST), Malondialdehit (MDA), Total Kolesterol (TC) ve Trigliserit (TG) v düzeyleri; karaciğer dokusundan ise MDA, Toplam Süperoksid dismutaz (SOD) ve Katalaz (CAT) aktiviteleri analiz edildi. Histolojik incelemeler kapsamında karaciğer ve pankreas dokuları incelenerek Hematoksilen-Eozin, Periyodik asit–Schiff ve Gomori's boyaması yapıldı. Moleküler incelemelerde ise Nükleer Faktör kappa B p 65 subunit (NF-κB p65 subunit), Tümör Nekroz Faktör alfa (TNFα), İnterlökin-6 ve Aktin beta (Actβ) gen ekspresyon seviyeleri incelendi. Ardından Western Blotlama analizleri gerçekleştirilerek NF-κB p65, TNFα ve Actβ protein miktarları belirlendi. İn vitro analizlerde DPPH testiyle antioksidanlığı gallik aside göre düşük bulunan TAA'nın α-amilaz inhibisyon testinde 2,5 mg/mL konsantrasyonda enzimi %94,8 oranında inhibe ettiği tespit edildi. Potansiyel antidiyabetik etkinliği belirlenen TAA'nın in vivo çalışmalarında ise in vitro sonuçları destekleyici bulundu. Biyokimyasal analizlerde; 60 mg/kg TAA grubunun kontrol grubuna göre SG, SI ve TG seviyelerini anlamlı arttırdığı tespit edildi. Diyabet grubunun kontrol grubuna kıyasla, SG, HbA1c, ALT ve AST seviyelerinde istatistiksel olarak anlamlı artış tespit edilirken; SI, Toplam SOD ve TG seviyelerinde anlamlı azalma belirlendi. Diyabet grubu ile Diyabet+30 mg/kg TAA ve Diyabet+60 mg/kg TAA grubu değerlendirildiğinde; tedavi gruplarında, HbA1c ve AST seviyelerinde anlamlı azalma tespit edildi. Diyabet+20 mg/kg Akarboz grubunda, diyabet grubuyla karşılaştırıldığında; SI seviyelerinde anlamlı artış belirlenirken SG, HbA1c, AST ve TG seviyelerinde anlamlı azalma tespit edildi. Histolojik analizlerde; karaciğer kesitlerinde diyabetik durumda hepatositlerde dejenerasyon, vena santralisten perifere doğru hepatositlerin lokalizasyonunda bozulma, vakuol oluşumu ve hepatosit sınırlarının bozulduğu; pankreasta diyabetik durumda adacık yapılarının daraldığı ve dejenerasyonu arttığı tespit edildi. TAA tedavisi sonrasında ise bu histopatolojik değişiklerin azalmaya başladığı gözlemlendi. TIDM'e bağlı karaciğer ve pankreas hasarına karşı TAA'nın iyileştirici etkinliği bulunduğu ortaya koyuldu. Histolojik açıdan TAA ve akarboz uygulanan grup arasında belirgin farklılığın olmadığı tespit edildi. Moleküler analizlerde ise NF-κB p65 subunit gen ekspresyon seviyesindeki artış kontrol grubu ve diyabet grubu arasında anlamlı bulunmazken TNFα ve IL-6 arasındaki artış anlamlı tespit edildi. Ek olarak TAA tedavi gruplarındaki azalışta IL-6 ve TNFα gen ekspresyon seviyelerinde kontrol grubuna göre anlamlı bulundu. WesternBlot analizlerinde ise TNFα gen ekspresyon seviyeleri protein miktarları ile benzerlik gösterdiği belirlendi. NF-κB için ise tedavi gruplarında ekspresyon seviyeleri düşük olmasına rağmen protein miktarı daha yoğun tespit edildi. Sonuç olarak TAA'nın 30 ve 60 mg/kg dozlarında biyokimyasal etkisi sınırlı olsa da histolojik ve fiziksel bulgular diyabetik hasarın iyileştirilmesinde potansiyel taşıdığını göstermektedir. Gen ekspresyonu ve protein miktarları ise inflamasyon yolaklarında doz bağımlı ve heterojen bir yanıt profiline işaret etmektedir.
Paklitaksel yüklü hipoksi duyarlı kitosan nanopartiküllerin meme kanseri hücre hattında etkinliğinin değerlendirilmesi
Bu tez çalışmasında, hipoksiye duyarlı nitroimidazol grupları ile modifiye edilen kitosan nanopartiküllerine paklitaksel yüklenmiş ve bu sistemin meme kanseri tedavisinde kontrollü ilaç salımına yönelik potansiyeli incelenmiştir. Nanopartiküller, iyonik jelasyon yöntemi kullanılarak sentezlenmiş ve ortalama partikül boyutu, polidispersite indeksi (PDI) ve zeta potansiyel gibi karakteristik özellikler detaylı bir şekilde analiz edilmiştir. Yapılan karakterizasyon sonuçlarına göre nanopartiküllerin ortalama partikül boyutu 115-190 nm arasında, PDI değerleri 0.18-0.30 arasında, zeta potansiyel değerleri ise +20 mV üzerinde bulunmuştur. Bu sonuçlar, nanopartiküllerin biyomedikal uygulamalar için uygun stabilite ve homojeniteye sahip olduğunu göstermiştir. İn vitro ilaç salım deneyleri, nanopartiküllerin tümör mikroçevresindeki düşük pH (pH 5.5) ve hipoksik koşullara duyarlı olarak salım hızını artırdığını ortaya koymuştur. Normoksik koşullara kıyasla hipoksik ortamda paklitaksel salımı %70-80 seviyelerine ulaşmıştır. Bu durum, hipoksik tümör bölgelerinde ilacın etkinliğinin artırılabileceğini göstermektedir. Sonuç olarak, bu tez çalışması, kitosan-nitroimidazol tabanlı nanopartiküllerin kontrollü ve hedefe yönelik ilaç salım sistemleri için umut verici bir aday olduğunu göstermektedir. İlerleyen çalışmalarda farklı hücre hatları ve in vivo modellerde yapılacak deneyler, sistemin klinik uygulanabilirliğini destekleyebilir ve meme kanseri tedavisinde daha etkili tedavi stratejilerinin geliştirilmesine katkı sağlayabilir.
Meme kanseri tedavisinde kullanılmak üzere pH-duyarlı lipid-polimer hibrit nanopartiküllerin tasarlanması ve optimizasyonu
Bu tez çalışmasında, pH duyarlı fosfatidilkolin ile kaplanmış kitosan bazlı nanopartiküller sentezlenmiş ve paklitaksel yüklü formülasyonların meme kanseri tedavisindeki potansiyeli değerlendirilmiştir. Nanopartiküller, iyonik jelasyon yöntemi ile hazırlanmış ve fosfatidilkolin ile kaplama ince film yöntemi ile gerçekleştirilmiş olup, kaplama FTIR ve XPS analizleri ile doğrulanmıştır. In vitro salım deneyleri tümör mikroçevresini simüle eden pH 5.5, 6.5 ve fizyolojik pH'da tayin edilmiştir. Nanopartiküllerin fosfatidilkolin ile kaplandığı, FTIR spektrumunda P=O ve C-H gerilme titreşimlerinde belirgin değişiklikler ve XPS analizinde fosfor (P2p) pikinin ortaya çıkmasıyla doğrulanmıştır. Paklitaksel yüklü kitosan nanopartiküllerin ortalama boyutu 198.7 ± 6.8 nm, PDI değeri 0.245 ± 0.018 ve zeta potansiyeli +28.3 ± 2.1 mV olarak belirlenirken, fosfatidilkolin kaplaması sonrası partikül boyutu 230.1 ± 6.3 nm, PDI 0.235 ± 0.014 ve zeta potansiyeli +24.6 ± 2.0 mV olarak belirlenmiştir. Kitosan nanopartiküllerinde yükleme kapasitesi %12.4±1.2, enkapsülasyon verimi %76.8±3.5; fosfatidilkolin ile kaplanmış nanopartiküllerde yükleme kapasitesi %18.6±1.5, enkapsülasyon verimi %85.2 ± 2.8 olarak ölçülmüş olup, kaplamanın ilaç tutulumunu artırdığı gözlemlenmiştir.
MEFV gen mutasyonları taşıyan bireylerde yeni nesil dizileme yöntemi ile elde edilmiş yaygın ve yeni varyantların veri tabanlarında analizleri: Retrospektif çalışma
MEFV geni 16. Kromozomun kısa kolu üzerinde 115 kb'lık bir bölge üzerindedir. Bu gen yaklaşık 3.7 kb uzunluğunda bir transkript kodlar. Genin ürünü 781 aminoasitlik pirin proteinidir. Pirin sadece olgun granülositlerde ifade olur. Pirinin görevi nötrofil aktivasyonunu azaltıp inflamasyonu baskılamaktır. Pirinin dört domaininden biri olan B30.2'dur. B30.2 bölgesinin ekspresyonu ile kaspaz-1 aktivasyonu olur ve IL-1b üretimini azaltır. Pirin mutasyona uğrayınca sıradan uyarıcılara cevap olarak aşırı derecede IL-1b üretimine neden olur. Çalışmalar atak döneminde İnterlökin IL–2, IL–6, IL–8 veTümör Nekroz Faktör-alfa (TNF-α) düzeylerinin yüksek olduğu saptanmıştır. FMF (familial mediterranean fever) hastalığı MEFV genindeki mutasyonlar sonucu ortaya çıkan otoinflamatuar hastalıkların en sık görülenidir. Hastalık ani başlayan ateş ve seröz zarların inflamasyonu ile karakterizedir. Akdeniz çevresinde yaygın olan hastalık Seferadik Yahudier, Ermeniler, Araplar ve Türkler arasında yaygındır. Bu çalışmanın amacı FMF hastalığına sebep olan MEFV geni varyantlarını tespit etmek, sınıflandırmak ve yeni varyantlar tespit edip varyant sınıflandırmasına kazandırmaktır. Çalışmaya katılan 673 erkek, 841 kadın toplam 1514 hastadan alınan kan örnekleriyle NGS dizilime yardımıyla gen analizi yapılmıştır. Sophia DDM progamıyla analizi sonucun da 75 tanesi ekzonda 29 tanesi intronda olmak üzere 104 varyant tespit edilmiştir. Tespit edilen bu varyantların 7 tanesi ekzonik 6 taneside intronik olmak üzere 13 tanesi novel varyanttır. Sonra elde edilen bu varyantlar çeşitli insilico analizler kullanarak patojenik özellikte olup olmadığına göre çeşitli sınıflandırmalara tabi tutulmuştur. Ayrıca birçok veritabanıyla analiz edilerek posttranslasyonel modifikasyonlarda rolü olup olmadığı anlaşılmaya çalışılmıştır. Elde edilen varyantların allel frekansı üzerine çalışılarak ne kadar sıklıkla görüldüğü hakkında bilgi edinilmeye çalışılmıştır.
Çinko eksik koşullarda yetiştirilmiş Hordeum spontaneum C. Koch gövdesinden kurulmuş baskılayıcı çıkarım hibridizasyon kütüphanesinden seçilen cDNA'ların moleküler ve biyoinformatik analizleri
Çinko bütün organizmalar için önemli bir mikrobesindir ve 1000'den fazla enzim ve proteinin temel bileşenidir. Canlı hücrelerde protein, karbohidrat ve lipid metabolizmasında, replikasyon ve transkripsiyonda, biyomembranların yapısal ve fonksiyonel bütünlüğü için kritik rolleri vardır.Çinko eksikliği tüm canlılarda bir çok bozukluğa neden olur. Düşük çinko koşullarında yetişen bir bitkide cüce gövde, genç yapraklarda kıvrılma ve yuvarlanma, yaprak uçlarının ölümü ve klorozis görülür. Memelilerde ise, çinkonun yetersiz olduğu bir beslenme şekli anemi, savunma sistemi bozuklukları ve gelişimsel problemlere neden olur. Bu nedenle, organizmalarda çinko düzeylerini iyi bir şekilde kontrol eden ve beklenmeyen eksikliklere veya fazlalıklara anında tepki oluşturan hücresel mekanizmalar gelişmiştir.Tüm dünyada yaygın bir sağlık problemi olan çinko eksikliğinin giderilmesi için çinkonun eksik olduğu bilinen tarım alanlarında bu strese dayanıklı ürünler yetiştirilmelidir. Bitki türleri arasında çinko alım etkinliği bakımından genotipik varyasyonlar görülmektedir. Bu varyasyonlar çinkonun alımı, taşınımı ve depolanmasında görev alan proteinleri kodlayan genlerin farklı anlatımından kaynaklanmaktadır. Araştırma grubumuzda çinko eksikliğinde anlatımı olan genlerin yüksek verimlilikle identifikasyonu için Türkiye topraklarına iyi adapte olmuş Hordeum spontaneum C. Koch kullanılmıştır. Önceki projelerimizde, çinko eksik koşullarda yetiştirilmiş Hordeum spontaneum C. Koch yaprak, kök ve gövdesinden elde edilmiş RNA'lar kullanılarak, toplam 5808 klon içeren, üç farklı baskılayıcı çıkarım hibridizasyon (Suppression Subtractive Hybridization=SSH) kütüphanesi kurulmuştur. Yaprağa ait 960 klon ve köke ait 384 klonun dizin ve biyoinformatik analizleri tamamlanmıştır.Bu çalışmada ise gövde SSH kütüphanesinde bulunan cDNA'ların izolasyon ve identifikasyonlarının gerçekleştirilmesi amaçlandı. Bu amaçla, 672 klon rastgele olarak seçilip dizin analizleri gerçekleştirildi. Ham dizin verileri biyoinformatik araçlar kullanılarak işlendi. Öncelikle, düşük kaliteli dizinler, vektör dizinleri ve rekombinant olmayan klonlar, Cygwin yazılımı ile kullanılabilen Phred ve Cross-Match programlarıyla uzaklaştırıldı. Daha sonra, CAP3 ve Phrap programlarıyla kontig ve singletler oluşturulup, her iki program için sonuçlar karşılaştırıldı. Kontig ve singlet dizinlerinin nükleotid ve protein BLAST analizleri gerçekleştirildi. BLAST analizlerinde dizinlerin, metabolizma, savunma ve stres cevabı, yapı ve hücresel organizasyon, transkripsiyon, translasyon, sinyal iletimi ve apoptosisde görev aldığı düşünülen çeşitli genlere benzediği bulundu. Bu genlerden bazılarının yapısal ve fonksiyonel olarak iyi karakterize edilmiş genlerdir. Bunlar içinde Ribuloz-1,5-Bifosfat karboksilaz/oksigenaz (RuBisCO), Lipid Transfer Protein (LTP), BLT4 protein, kitinaz, aktin, patojen-ilişkili protein, UDP-glukoz pirofosforilaz, papain-benzeri sistein proteinaz ve CPN60 proteinlerini kodlayan genler yer almaktadır.
Çam fidelerinin büyümesi üzerinde bazı süs bitkilerinin allelopatik etkileri
Bu çalışma, süs bitkilerinin (Pelargonium zonale, Begonia toran, Vinca rosea, Impatiens walleriana ve Petunia hybrida) kara çam(Pinus nigra Arnold. subsp. pallasina (Lamb.) Holmboe) fidelerinin büyümesi üzerindeki allelopatik etkilerini belirlemek amacıyla yapılmıştır. Süs bitkilerinden elde edilen sulu özütler laboratuvar şartlarında çam fidelerine sulama suyu olarak uygulanmış ve onların etkileri 10 hafta boyunca haftalık olarak çam fidelerinin gövde ve dal uzamalarının ölçülmesi suretiyle tespit edilmiştir. Sonuç olarak; çam fidelerinin hem gövde hem de dal büyümeleri çalışmada kullanılan süs bitkisi özütlerinin tamamı tarafından ?t? testine göre kontrol gruplarıyla yapılan karşılaştırmada önemli derecede azaltılmıştır. Nispi büyüme dikkate alındığında; en yüksek büyüme engelleyici etki sardunya (Pelargonium zonale)özütleriyle görülürken, bu etki petunyayla ( Petunia hybrida)daha düşüktü.
Yıldız Teknik Üniversitesi Davutpaşa Kampusu Fen Edebiyat Fakültesi avlusundaki çamların kurumasında çimlerin allelopatik rolünün araştırılması
Bu çalışma, Yıldız Teknik Üniversitesi Davutpaşa Kampüsü Fen Edebiyat Fakültesi avlusunda yetişen Kara çam (Pinus nigra) ağaçlarının kurumasında aynı bahçede ekilmiş olan çim (Lolium perenne, Festuca rubra, Festuca arundinacea) bitkilerinin rolünü araştırmak için gerçekleştirilmiştir. İlgili çim bitkileri laboratuvarda yetiştirildi ve bunlardan özütler elde edildi. Bu özütler ve bahçedeki çimlerden elde edilen yıkantı suyu laboratuvar şartlarında çam (Pinus nigra Arnold. subsp. pallasina (Lamb.) fidelerine sulama suyu olarak uygulanmış ve onların etkileri 10 hafta boyunca haftalık olarak çam fidelerinin gövde ve dal uzamalarının ölçülmesi suretiyle tespit edilmiştir. Sonuç olarak; çam fidelerinin hem gövde hem de dal büyümeleri çalışmada kullanılan çim özütlerinin tamamı tarafından ?t? testine göre kontrol gruplarıyla yapılan karşılaştırmada önemli derecede azaltılmıştır. Ancak çim yıkantı suyu çam fidelerinin büyümesinde önemli bir büyüme engelleyici etki göstermemiştir. Çim türleri arasında en yüksek büyüme engelleyici etki Lolium perenne özütüyle görülürken, bu etki Festuca arundinacea özütüyle daha düşüktü. Anahtar Kelime: Allelopati, Özüt, Lolium perenne, Festuca rubra, Festuca arundinacea, Karaçam.
Bazı asteraceae familyası bitkilerinin yağ asitleri profilinin ve biyoaktivitelerinin araştırılması
Sivas, Erzincan, Gümüşhane, Trabzon yörelerinden toplanan Asteraceae familyası bitkilerinden Achillea biserrata Bieb., Centaurea polypodiifolia Boiss. var. polypodiifolia Boiss., Centaurea pyrrhoblephara Boiss., Senecio cilicius Boiss., Sonchus palustris L.' in toprak üstü kısımlarının hekzan ekstreleri hazırlanmıştır. Bu ekstrelerin yağ asitleri kromatografik ve spektral yöntemlerle tayin edilmiş olup, sitotoksik ve insektisit aktiviteleri incelenmiştir. Achillea biserrata bitkisinin toprak üstü hekzan ekstresinden toplam yağ asidi miktarının %6.42' si α-linolenik asit olmak üzere 9 farklı yağ asidi [YAME] elde edilmiştir. Bunların toplam yağ asitleri fraksiyonuna oranı %25.15 olarak belirlenmiştir. Centaurea polypodiifolia' nın toprak üstü hekzan ekstresinden 2 farklı yağ asidi [YAME] elde edilmiştir. Bu yağ asitlerinin miktarı toplam yağ asitleri fraksiyonunun %6.44' ünü oluşturmaktadır. Centaurea pyrrhoblephara bitkisinin toprak üstü hekzan ekstresinden toplam yağ asidi miktarının %14.05' i α-linolenik asit olmak üzere toplam 8 farklı yağ asidi [YAME] elde edilmiştir. Bu yağ asitlerinin miktarı toplam yağ asitleri fraksiyonunun %49.94' ünü oluşturmaktadır. Senecio cilicius' un toprak üstü hekzan ekstresinde 7 farklı yağ asidi [YAME] tespit edilmiştir. Bu yağ asitlerinin miktarı toplam yağ asitleri fraksiyonunun %19.97' sidir. Sonchus palustris bitkisinin toprak üstü hekzan ekstresinde tüm yağ asitlerinin %39.80' i olmak üzere 6 farklı yağ asidi [YAME] bulunmuştur. HeLa kanser hücrelerindeki sitotoksik aktivite gerçek zamanlı sitotoksisite analiz sistemi (xCELLingence RTCA) ile analiz edilmiştir. Düşük konsantrasyonda yüksek oranda sitotoksik aktivite Centaurea polypodiifolia göstermiştir. İnsektisit aktivitelerde yapılan tek doz tarama testleri sonucunda Sitophilus granarius üzerinde en yüksek aktiviteyi %93.33 ile Centaurea polypodiifolia' nın toprak üstü hekzan ekstresi göstermiştir.
Bazı apıaceae familyası bitkilerinin yağ asitleri profilinin ve biyoaktivitelerinin araştırılması
Sivas, Tokat, Erzurum yörelerinden toplanan Apiaceae familyası bitkilerinden Bupleurum rotundifolium, Ferulago longisitylis, Ferulago platycarpa'nın topraküstü kısımlarının hekzan, ekstreleri hazırlanmıştır. Bu ekstrelerin yağ asitleri kromatografik ve spektral yöntemlerle (GC-MS) tayin edilmiş ve ekstrelerin antimikrobiyal ve insektisit aktiviteleri incelenmiştir. Bupleurum rotundifolium bitkisinin toprak üstü hekzan ekstresinden toplam yağ asidi miktarı %72.04 olmak üzere 9 farklı yağ asidi elde edilmiştir. Ekstrede -linolenik asit (ALA) (ω-3) ve linoleik asit (LA) (ω-6) sırasıyla %14.47 ve %14.64 oranlarında bulunmuştur. Ferulago longistylis bitkisinin toprak üstü hekzan ekstresinden elde edilen 7 adet yağ asidi, mevcut uçucu bileşiklerin %86.27'sini oluşturmaktadır. Ekstreden %24.94 oranında linoleik asit ve %19.99 oranında α-linolenik asit elde edilmiştir. Ferulago platycarpa bitkisinin toprak üstü hekzan ekstresinde toplam uçucu yağlar fraksiyonunun %81.90'ını oluşturan 9 adet yağ asidi tespit edilmiştir. Bunların %19.55'ini linoleik asit, %9.12'sini α-linoleik asit oluşturmaktadır. Her üç bitkide de en çok rastlanılan yağ asidi palmitik asittir [%23.44, %30.87, %22.65]. Mikrodilüsyon yönteminde ekstreler farklı konsantrasyonlarda denenmiş böylece minimum toksisite konsantrasyonu bulunmaya çalışılmıştır. Denenen en yüksek konsantrasyon 1.25 mg/ml'dir. Kontrol olarak bakteriler için kloramfenikol, mantarlar için flukanazol kullanılmıştır. Her üç bitki ekstresi de Pseudomonas aeruginosa ATCC 27853, Bacillus cereus NRRL B-3711 ve Serratia marcescens NRRL B-2544 suşlarına karşı en iyi antimikrobiyal aktiviteyi göstermiştir (156.25-625 µg/ml). Ancak belirtilen ekstreler Escherichia coli NRRL B-3008 ve Staphylococcus epidermidis ATCC 12228 suşlarına karşı çok etkili olmamıştır. Candida albicans ÖGÜ-Klinik mayasına karşı sadece Ferulago longistylis ekstresi antikandidal etki göstermiştir (625 µg/ml). İnsektisit aktivitelerde yapılan tek doz tarama testleri sonucunda Sitophilus granarius böceğine karşı F. longistylis bitki ekstresi %85.59 ve F. platycarpa bitki ekstresi %83.58 oranlarında oldukça yüksek insektisidal aktivite göstermiştir. Her ne kadar kontrolden farklı olsa da, S. granarius'a karşı B. rotundifolium bitki ekstresinin insektisidal aktivitesi çok düşük düzeyde kalmıştır (%7.71).
Konvansiyonel fasulye (Phaseolus vulgaris L.) yapraklarından SSH yöntemiyle izole edilen genlerin tanımlanması
Dünya nüfusunun büyük bir çoğunluğu beslenme alışkanlıklarında protein ihtiyaçlarını tahıllardan sağlamaktadırlar. Bitkisel protein kaynakları arasında en fazla protein, yemeklik tane baklagillerden alınmaktadır. Fasulye, yemeklik tane baklagiller arasında ekim alanı ve üretim miktarı bakımından dünyada ilk sırayı almaktadır. Ülkemizde ise TÜİK 2014 verilerine göre 91.000 ha alandan 215.000 ton fasulye üretimi gerçekleştirilmiştir. Konvansiyonel tarım, kimyasal ilaç, gübre, hormon ve GDO'lu tohum kullanımını mümkün kılan tarımsal üretim biçimidir. Konvansiyonel tarımda amaç birim alandan maksimum verimi en ekonomik şekilde elde etmektir. Bu çalışmada konvansiyonel koşullarda yetiştirilmiş fasulye ( Phaseolus vulgaris ) bitkisinde anlatımı artan genler, organik koşullarda yetiştirilen fasulyede anlatımı artan genlerle karşılaştırılarak klonlanmıştır. Baskılayıcı çıkarım hibridizasyonu(SSH) yöntemi kullanılarak, Phaseolus vulgaris yapraklarından cDNA kütüphanesi kurulmuştur. Yaprak kütüphanesinden 58 klon için dizin analizi yaptırılmıştır. cDNA dizinlerinin EST dizinleri olarak değerlendirilmesi için biyoinformatik analizler yapılmıştır. Dizinler NCBI (National Center for Biotechnology Information)'a ait GenBank veritabanıyla BlastN ve BlastP uygulaması kullanılarak karşılaştırılmıştır. Blast sonuçları incelendiğinde elde edilen dizinlerinin; 5-metiltetrahidropteroltri-glutamat-homosistein metil transferaz, asit fosfataz, aktin, endopeptidaz, kallus proteini, sisteince zengin salım proteini, Klorofil A- B binding, Klorofil manganez stabilizasyon proteini, sitokrom, D-alanin-D-alanin ligaz, DNAj protein, ekstraselüler dermal protein, format dehidrogenaz, fruktoz bifosfat aldolaz, gliseraldehit-3-fosfat dehidrogenaz, histon, endopeptidaz, late embryogenesis abundant hydroxyproline-rich glycoprotein, metiyonin sentaz, patogenez ilişkili protein, proteaz, sintaksin, s-adenozil metiyonin dekarboksilaz, tohum olgunlaşma proteini, squamous hücreli karsinoma antijen recognized by T-cell like, tioredoksin, transkripsiyon faktörü MYB44, translationally-controlled tumor protein like, universal stress protein, vignain protein kodlayıcı genlere benzerlik gösterdiği bulunmuştur. Bulunan proteinlerin, fotosentez ve karbonhidrat metabolizmasında görev alan ve hücre yapısına katılan proteinler olduğu tespit edilmiştir. Bunlardan özellikle; gliseraldehit-3 fosfat dehidrogenaz, fruktoz bifosfat aldolaz enzimleri; bitkinin karbonhidrat ve protein metabolizmasında görev almasından, tohum olgunlaşma proteini ise, bitkide embriyo gelişimini sağlamasından dolayı önemlidir.
Organik koşullarda yetiştirilmiş fasulyede (Phaseolus vulgaris L.) anlatımı artan genlerin SSH yöntemiyle izolasyonları
Fasulye, yemeklik tane baklagiller arasında ekim alanı ve üretim miktarı bakımından dünyada ilk sırayı almaktadır. 2013 yılı verilerine göre Dünya'da 21.365.119 ton, ülkemizde ise 632.301 ton fasulye üretilmiştir. Fasulye önemli bir besin kaynağı olmasının yanı sıra hayvan yemi olarak kullanılabilmesi ve azot fiksasyonu yapabilmesinden dolayı hem ekonomik açıdan hem de bilimsel araştırmalarda kullanılması açısından öneme sahiptir. Çevre kirliliğinin önlenmesi, biyoçeşitliliğin korunması, fosil yakıtlarının tüketiminin azaltılması ve daha besleyici ürünlerin yetiştirilmesi gibi avantajları nedeniyle organik tarıma olan ilgi artmaktadır. Organik ürünlerin besin içerikleriyle ilgili yapılmış çalışmalar olmasına rağmen bunlara temel oluşturan moleküler farklılıkları ortaya çıkaran araştırma yok denecek kadar azdır. Bu çalışmada, organik şartlarda yetiştirilmiş fasulyede (Phaseolus vulgaris L.) konvansiyonel olarak yetiştirilmiş fasulyeden farklı anlatım yapan genlerin izolasyonu yapılmıştır. Baskılayıcı çıkarım hibridizasyon yöntemi kullanılarak, Phaseolus vulgaris yapraklarından cDNA çıkarımlı cDNA kütüphanesi kurulmuştur. Kütüphaneden 94 klon için dizin analizi yaptırılmıştır. cDNA dizinlerinin EST dizinleri olarak değerlendirilebilmesi için biyoinformatik analizler yapılmıştır. Dizinler NCBI' a ait (National Center for Biotechnology Information) GenBank veritabanıyla BlastN, BlastP ve BlastX uygulaması kullanılarak karşılaştırılmıştır. BLAST sonuçları incelendiğinde elde edilen cDNA dizilerinin Fruktoz aldolaz, Rubisco, tRNA ligaz, Hidrolaz, Işık düzenleyiciler, F-box, ADP-ribosilasyon, Protein kinaz, Tümör proteinleri, Isı şoku proteinleri, Klorofil bağlayıcı protein ve Glisin dehidrogenaz kodlayıcı genlere önemli derecede benzerlik gösterdiği bulunmuştur. Anahtar kelimeler: Fasulye (Phaseolus vulgaris L.), Organik Tarım, Baskılayıcı Çıkarım Hibridizasyonu (SSH), Gen İfadesi
Oleanolik asitin model organizma drosophila melanogaster ve kanser hücre hatları üzerinde sitotoksik ve moleküler etkisinin araştırılması
Daha Sonra DoldurulBilim insanları son yıllarda bitkilerin yapısında doğal olarak bulunan ve bitkilerde sekonder metabolit olarak salgılanan bileşiklere giderek ilgi duymaktadır. Bu bileşiklerden elde edilen maddelerin günlük kullanımı yanı sıra kanser gibi hastalıklara karşı tedavisinde terapötik olarak kullanılabilinmesine yönelik çalışmalar yapmaktadır. Bu bileşiklerden biri olan oleanolik asit betulinik aside bağlı doğal olarak oluşan bir pentasiklik triterpenoiddir. Triterpenoid bileşiklerin farmokolojik etki potansiyeline sahip olduğu yapılan çalışmalarda ortaya sunulmuştur. Oleanolik asitin de anti kanser, antioksidan, antifungal, antimikrobiyal ve antiflamatuar etkileri bilinmektedir. Yapılan çalışmada oleanolik asidin insan meme hücre hattı üzerine sitotoksik etkiler belirlenerek ve aynı zamanda iyi bir model organizma olan Drosophila melanogaster larvaları üzerine öldürücü etkisi belirlenmesi hedeflenmiştir. Çalışmada oleanolik asidin 1, 5, 10, 20 mM konsantrasyonlarında çözeltiler yabanıl tip D.melanogaster III. Instar larvalarına uygulanmıştır. 10 dişi ve 10 erkek taze besiyerinde 25 °C ve % 60 nem ortamında 24 saat inkübe edilmiştir. Konsantrasyonlarda bulunan maddeler doğrudan larvalar üzerine uygulanmıştır ölüm oranları LC 50 ve LC 99 değerleri 10,4 mM ve 32,5 mM olarak belirlenmiştir. Oleanolik asidin D. melanogaster üzerinde CG15530, AKT-1, DR-PN gen ifade düzeyleri kontrol grubuna göre uygulanan bütün konsantrasyonlarda anlamlı olarak belirlenmiştir. Ancak DR-Buffy gen ifade düzeyinde kontrol grubuna göre herhangi bir anlamlılık görülmemiştir. MCF-7 hücre hatlarında ise BAD, BCL-2, H-prune ve AKT-1 gen ifade düzeyi sonuçlarında ise H-prune ve BCL-2 genlerinde anlamlılık tespit edilmiştir.
Investigation of the mechanistic effects of cisplatin and metformin in cancer cell lines
Cancer, which is one of the most common diseases today, has been the subject of many studies. Due to its high mortality rate, this subject has been studied frequently and various treatment methods have been investigated. Cancer neither can be treated with a single method nor can it be treated with a single drug. Therefore, many studies have been carried out on various drugs. This study aims to investigate the effects of Metformin, one of the important discoveries of recent years, and Cisplatin drugs, which are used in cancer treatment, on the cancer cell line. According to the results of the toxicity analysis, Metformin LD50 value: 43 mM, Cisplatin LD50 value: 23 μM. Over these values, the multiples of Metformin and Cisplatin drugs were studied individually and in combination on the HeLa cell line. HeLa cell lines have been used by raising as 3D and 2D cell models. 3D cell models have been preferred because they are an alternative to in vivo studies. In this study, the drug doses applied to 2D cell lines do not show their effect in the 3D model structure. Similar to the systemic structure, it has been concluded that higher doses are needed for the death of cancer cells. In the light of studies on 2D and 3D model structures, it has been observed that Metformin is effective on cervical cancer and may be a potential drug. The fact that the effect of metformin is more dominant when given in combination with cisplatin also shows the efficacy of this drug.
Koroner bypass cerrahisi uygulanan hastalarda aterosklerozun mitokondriyal dna gen mutasyonu ile ilişkisinin araştırılması
Ateroskleroz atar damarları etkileyen patolojik sürecin sonucudur. Atardamarlar da plak adı verilen yapılar ile dolaşıma engel olan sistematik bir hastalıktır. Hayati öneme sahip kalp, beyin gibi organlarda yeterli perfüzyon sağlanmayarak kalıcı hasarlara neden olmaktadır. Mitokondriyal Deoksiribo Nükleik asit (mtDNA) ökaryotik canlılarda Deoksiribo Nükleik asit (DNA) 'in küçük bir bölümüdür. Hücrelerin çekirdek kısmı dışında mitokondri organellerinde bulunan bağımsız bir DNA parçasıdır. Çekirdekte bulunan DNA 'da iki yönlü bilgi akışı olduğu için bazı kodlamaların eksik, yetersiz olması sonucu bilgiler anlamsız hale gelebilmektedir. Mitokondriyal kalıtımın döllenme evresinde sperm mitokondri tarafından itici güç ile kuyruk kısmında bulunmakta ve bazen de kaybolmaktadır. Kalıtımın çoğu zaman maternalik yapı oluşturması ile evrim takip edilerek çok önemli bilgilere ulaşılabilmektedir. Son yıllarda yapılan çalışmalarda ateroskleroz mtDNA mutasyonu ile ilişkisi farklı gen bölgelerinde olduğu ispatlanmıştır. Yeni keşfedilen bu mutasyonlar hakkında daha detaylı bilgi edinmek için daha çok araştırma yapılması ve bilinmeyen özelliklerinin ortaya çıkarılması gerekmektedir.
NDM-1 karbapenemaz üreten klinik Klebsiella pneumoniae izolatlarında antibiyotik direncinin ve virülans genlerin karakterizasyonu
Klebsiella pneumoniae, sağlık hizmeti ile ilişkili enfeksiyonlarda en önemli patojenlerden biridir. Karbapenemler genellikle Genişletilmiş spektrumlu β-laktamazlar (GSBL) üreten K. pneumoniae'lerin neden olduğu enfeksiyonları tedavi etmek için kullanılır. Ancak, yüksek ölüm oranlarıyla ilişkilendirilen karbapenem dirençli K. pneumoniae'nin (KDKp) prevalansı son yıllarda artmaktadır. Bu durum dünya çapında önemli bir halk sağlığı sorunu haline gelmiştir. Son zamanlarda, durumu daha da karmaşık hale getiren birkaç hipervirülant ve karbapenemaz üreten izolatlar rapor edilmiştir. Direnç ve virülans mekanizmalarını daha iyi anlamak ve dolayısıyla çoklu ilaca dirençli K. pneumoniae'nin neden olduğu enfeksiyonlara yönelik etkili tedavi stratejileri geliştirmek için daha kapsamlı genomik ve fenotipik verilere ihtiyaç vardır. Gerçekleştirdiğimiz bu tez çalışmasında; çeşitli klinik örneklerden izole edilen ve Vitek-2 otomatize sistem ile tanımlanan 108 KDKp izolatı Kırşehir Ahi Evran Üniversitesi Eğitim ve Araştırma Hastanesi, Mikrobiyoloji Laboratuvarı stoklarından temin edildi. Karbapenem dirençli 108 izolatın 53'ünün blaNDM-1 direnç genine sahip olduğu belirlendi ve bu izolatlar çalışmaya dahil edildi. KDKp izolatlarının GSBL (blaTEM, blaSHV, blaCTX-M1, blaCTX-M2, blaOXA-1, blaPER-1, blaGES, blaVEB), karbapenemaz (blaVIM, blaIMP, blaNDM-1, blaKPC, blaOXA-48), plazmit aracılı florokinolon direnç genleri (qnrA, qnrB, qnrS, aac(6')-ıb-cr) ve Sınıf-1 integron içeriği spesifik primerler kullanılarak PZR yardımı ile belirlendi. KDKp izolatlarının hipermukoviskoz özellikleri string testi ile, virülans gen taşıyıcılığı (rmpA, magA, wcaG, uge, wabG, ycfM, fimH, mrkD, kpn, allS, ureA, entB, fepA, iroD, iroN, ybtA, fyuA, iutA, kfuBC, cnf-1) multipleks ve simpleks PZR yardımı ile belirlendi. pLVPK-türevi lokuslarının (iutA, rmpA, iroN) varlığını hipervirülant izolatların belirlenmesinde kullanıldı. KDKp izolatlarının K-antijen tiplendirmesi wzi gen sekansları kullanılarak tespit edildi. İzolatlar arasındaki genetik akrabalık rep-PZR ile belirlenirken, epidemiyolojik olarak klonal benzerlikleri MLST analizi ile belirlendi. Gerçekleştirilen bu tez çalışması sonucunda KDKp izolatlarının tümünün blaCTX-M1 ve aac-6'-Ib-cr genlerini taşıdğı tespit edildi. Bunu sırasıyla % 92.45 ile blaTEM, % 90.56 ile qnrS, % 88.67 ile blaSHV ve blaOXA-1, % 71.69 ile blaOXA-48, % 20 ile blaCTX-M2, % 9.43 ile qnrB ve % 4 ile blaVEB takip etmektedir. Gerçekleştirilen çalışmada hiçbir izolatda qnrA, blaPER-1, blaGES, blaVIM, blaIMP, ve blaKPC genleri tespit edilemedi. Sınıf-1 integron içerikleri incelendiğinde izolatların % 77.35'i In27 (dfrA12–orfF–aadA2) olarak sınıflandırıldı. KDKp izolatlarının % 63.37'si pLVPK-türevi lokusları (iutA, rmpA, iroN) beraber içerdiğinden hipervirülant olarak değerlendirildi. Gerçekleştirilen string test sonucunda izolatların % 9.43'ünün hipermukoviskoz fenotipe sahip olduğu tespit edildi. Aynı zamanda KDKp izolatlarında en yaygın K-antijen tipi % 84.90 oranı ile wzi64 olarak tespit edildi. MLST analizleri sonucunda KDKp izolatları arasında en yaygın ST tipi 53 izolatın 38'inde (% 71.69) belirlenen ST2096 tipidir. Bu çalışma, K. pneumoniae izolatlarında karbapenem direncinin, virülans faktörlerinin, K-antijen tipinin ve epidemiyolojik olarak izolatların klonal benzerliklerinin bir arada araştırıldığı detaylı bir çalışmadır. Gerçekleştirilen bu tez çalışması hem karbapenem dirençli enfeksiyonların yayılmasını önlemek hem de etkili tedaviler geliştirmeyi planlamak açısından önemlidir.
Klinik Escherichia coli izolatlarında plazmit aracılı kinolon direnç genlerinin araştırılması
Escherichia coli (E. coli) kaynaklı enfeksiyonların tedavisinde kullanılan kinolon grubu antibiyotiklere duyarlık giderek azalmaktadır. Buna bağlı olarak, kinolon dirençli izolatların dünya genelinde daha fazla rapor edildiği görülmektedir. Bakterilerde kinolon direnç gelişimi kromozomal veya plazmit kaynaklı olabilir. Plazmit aracılı kinolon direncinden qnr genleri, aac(6′)-Ib-cr geni ve qepA/oqxAB genleri sorumludur. Kinolonlara duyarlılığı azaltan bu genlerin ayrıca bakterilerde kromozomal mutasyon oluşumunu tetikleyici rol oynadıkları ve bu durumun yüksek düzey kinolon direncine yol açarak tedaviyi zorlaştırdığı belirlenmiştir. Genellikle konjugatif plazmitler üzerinde taşınan bu genlerin bakteriler arasında konjugasyon yoluyla horizontal aktarımının kinolon direncinin hızlı bir şekilde yayılmasında önemli rol oynadığı gösterilmiştir. Fenotipik testlerle saptanamayan plazmid aracılı kinolon direncinin moleküler tespiti ve prevalansının takibi hastanelerde kinolon direnç yayılımının önlenmesi açısından son derece önemlidir. Bu tez çalışmasında, siprofloksasine dirençli klinik E. coli izolatlarında plazmit aracılı qnrA, qnrB, qnrS ve aac(6')-Ib-cr genlerinin varlığının araştırılması ve bu genlerin konjugatif plazmitler ile taşınıp taşınmadığının belirlenmesi amaçlanmıştır. Bu amaçla, Eylül 2018-Ocak 2019 tarihleri arasında Kırşehir Ahi Evran Üniversitesi Eğitim ve Araştırma Hastanesi (KAEÜEAH) servis ve yoğun bakım ünitelerinde yatan hastaların klinik örneklerinden izole edilmiş 59 klinik E. coli izolatı Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarına'ndan temin edildi. Vitek-2 otomatize sistemi ile identifikasyonu ve antibiyotik direnci tayini yapıldıktan sonra hastane kültür koleksiyonunda saklanmış olan E. coli izolatları, laboratuvarımızda uygun besiyerinde canlandırıldı. İzolatların total DNA'ları elde edildi ve en yaygın plazmid aracılı kinolon direnç genleri olan qnrA, qnrB, qnrS ve aac(6')-Ib-cr'nin varlığı PCR yöntemiyle araştırıldı. İzolatlarda konjugatif plazmitlerin varlığını saptamak ve direnç genlerinin aktarılabilirliğini belirlemek için konjugasyon deneyleri gerçekleştirildi. Çalışılan 59 E. coli izolatının hiçbiri (%100) qnrA, qnrB ve qnrS genlerini taşımazken, 39 (%66,1) izolat aac(6′)-Ib-cr geni için pozitif bulundu. Bu bulgu, aac(6′)-Ib-cr geni taşıyan E. coli izolatlarının, qnr genleri taşıyan izolatlardan önemli ölçüde daha yaygın olduğunu gösteren ulusal ve uluslararası çalışmaların sonuçlarıyla uyumluydu. Konjugasyon deneylerinin sonuçları, 59 E. coli izolatından Ec15, Ec20, Ec22, Ec64, Ec82, Ec87, Ec131, Ec104, Ec117 ve Ec146 olarak anılan 10'unun (%16.9) konjugatif bir plazmit taşıdığını gösterdi. Daha sonra, bu E. coli izolatlarından konjugatif plazmidlerin aktarıldığı E. coli J53-2 transkonjugant hücrelerin antibiyotik duyarlılık paternleri disk difüzyon yöntemi ile araştırıldı. Sonuçlar, her transkonjugant hücrenin fenotipik olarak kendi yaban tip E. coli izolatı ile aynı antibiyotik direnç profilini sergilediğini gösterdi. Son olarak, E. coli izolatlarından E. coli J53-2 transkonjugant hücrelere aktarılan konjugatif plazmitlerde aac(6')-Ib-cr geninin varlığını araştırmak için transkonjugant hücrelerden plazmitler izole edildi ve aac(6')-Ib-cr geni PCR ile çoğaltıldı. Sonuçlar 7 transkonjugant hücrenin aac(6')- Ib-cr pozitif, diğer 3 hücrenin ise negatif olduğunu gösterdi. Antibiyogram ve PCR bulguları birlikte, aac(6')-Ib-cr pozitif Ec15, Ec20, Ec22, Ec64, Ec82, Ec131 ve Ec146 izolatlarında aac(6')-Ib-cr geninin çoklu antibiyotik direnci taşıyan konjugatif plazmitler üzerinde yer aldığını gösterdi. Öte yandan, aac-(6')-Ib-cr negatif Ec87, Ec104 ve Ec117 izolatlarından konjugatif plazmitlerin aktarıldığı E. coli J53-2 transkonjugant hücrelerde fenotipik olarak kinolon direnci saptanmasına rağmen, konjugatif plazmitlerde aac-(6')-Ib-cr geni mevcut değildi. Bu gözlem, bu 3 izolatın konjugatif plazmitlerinin, diğer 7 izolatta bulunan aac-(6')-Ib-cr geninden farklı kinolon direnç geni veya genlerine sahip olduğunu düşündürdü. Gerçekleştirilen bu tez, hastanemizde enfeksiyona neden olan klinik E. coli izolatlarında plazmit aracılı kinolon direncinin kapsamlı olarak araştırıldığı ilk çalışmadır. Sonuçlar, plazmit aracılı aac(6′)-Ib-cr genini içeren izolatların prevalansının oldukça yüksek (%66,1) olduğunu göstermiştir. Ayrıca aac(6′)-Ib-cr geninin bazı izolatlarda konjugatif plazmitler üzerinde çoklu antibiyotik direnç genleriyle birlikte taşındığısaptanmıştır. Çoklu antibiyotik direnç geni taşıyan konjugatif plazmitler içeren izolatların varlığı, hastanemizde E. coli enfeksiyonlarının tedavi seçeneklerini sınırlayabilecek önemli bir sorundur. Son olarak çalışmamız, enfeksiyöz mikroorganizmaların antibiyotik direnç profillerinin belirlenmesinde fenotipik testlerin yanı sıra genotipik testlerin de kullanılmasının faydalı olacağını vurgulamaktadır. Anahtar Kelimeler: E. coli, PCR, Plazmid aracılı kinolon direnci (PMQR), Konjugatif plazmit, qnrA, qnrB, qnrS, acc-6'-Ib-cr
Effect of nanoparticles on the gene expression of virulence factors of Pseudomonas aeruginosa
Pseudomonas aeruginosa, an opportunistic pathogen, is a primary contributor to illness and death among burn patients and individuals with compromised immune systems. There is a growing need for the exploration and advancement of alternative therapeutic approaches that offer fresh avenues to combat P. aeruginosa infections. This demand is continuously increasing, with heightened attention directed towards this area of research. This study included One hundred and twenty clinical specimens collected from patients with different infections from four hospitals in Baghdad, which were cultured on Cetrimide agar, Blood agar, and MacConkey agar plates for isolation and identification of P. aeruginosa. According to morphological and biochemical tests, 55 Pseudomonas aeruginosa isolates (45.8%) were found in all samples. The prevalence of these isolates was 28 (50.9%) in female patients, compared to 27 (49.0%) in male patients, as shown in table (4-1); the highest rate of bacterial infection was within the age group 31 (20-30 year), followed by 12 (31-40 year), 10 (41-50 year), and 2 (61-70 year) respectively. In the present study, results of biofilm formation by the microtiter plate method showed that ten isolates from 55 isolates (18.2%) were strong biofilm producers. Also, it was found that 21(38.2%) isolates were moderate biofilm producers, and the other isolates (n=24; 43.6%) were weak to produce the biofilm Prior to the introduction of Zinc oxide nanoparticles, Pseudomonas aeruginosa exhibited a considerably greater (p<0.01) biofilm formation compared to the post-addition of Zinc oxide nanoparticles. The results of the antibiotic susceptibility test, conducted using the disc diffusion method, revealed variations in antibiotic resistance among all P. aeruginosa isolates included in this study. According to the findings of this study, the antibiotics Levofloxacin, Ceftazidime, Imipenem, Tobramycin, and Aztreonam had the highest resistance to antibiotics: 89%, 89%, 80%, 73%, and 71% respectively. The isolates of P. aeruginosa were the strong, moderate, and weak biofilm used in this study and detected by PCR technique using the rspL gene as the housekeeping gene of P. aeruginosa. All the tested P. aeruginosa clinically contained the rspL gene. The results showed that the last gene was found in 80% of isolates that produce strong biofilm, while the rhlI gene was found in all potent biofilm isolates. Ten isolates from 55 isolates were potent biofilm producers, and 8 contained both lasI genes (80%), while rhlI was found in all these isolates. The quantitative PCR reaction experiment involved six highly proficient biofilm producer isolates of Pseudomonas aeruginosa, each containing two biofilm genes. These isolates were deliberately selected with varying sub-MIC values to ZnO-np. In this study, the mRNA expression of biofilm genes was examined through a quantitative RT-PCR assay, comparing the samples treated with ZnO-np to those left untreated, using concentrations below the minimum inhibitory concentration (MIC) for each sample during bacterial growth. The results revealed a significant down-regulation in biofilm genes in the present of ZnO-np. The results showed a significant positive correlation between gene expression of RSPL, lasI, and rhlI genes and biofilm formation using Pearson correlation analysis which included all the tested isolates before and after the treatment with ZnO-np.
Doksorubisin ve Omeprazol etken maddelerinin MCF-7 kanser hücre hattı üzerine eş etkin ve hücre zehirlenme etkilerinin araştırılması
Meme kanseri, dünya çapında kadınlar arasında en sık görülen malign hastalık türüdür. Gelişmekte olan ülkelerde son birkaç yılda bu tip kanser insidansında artış görülmüştür. Günümüzde meme kanseri, kansere bağlı ölümlerin ikinci önde gelen nedenidir. Kanser tedavisinde mevcutta uygulanan tedavi yöntemleri yan etkiyi de beraberinde getirdiğinden yeni tedavi yöntemlerine ihtiyaç duyulmaktadır. Bu amaçla iki veya daha fazla ilacın kombine olarak kullanılması kanser tedavisinde etkili bir yol olarak karşımıza çıkmaktadır. Bu çalışmada doksorubisin ve omeprazol etken maddeleri MCF-7 hücreleri üzerine tekli ve kombine şekilde doza ve zamana bağımlı uygulanmıştır. Kombine kullanımda terapötik etkiyi artırmak, kemoterapötik ajana geliştirilen direnç ve yan etkileri azaltmak amaçlanmıştır. Doksorubisin, bir antrasiklin antibiyotiği olup tümör hücresi apoptozunu indüklemek için birçok kanserde yaygın olarak kullanılan bir antikanser ajandır. Omeprazol ise gastrik proton pompası inhibitörü özelliğinde ilaçtır. MCF-7, meme kanseri çalışmalarında yaygın olarak kullanılan hücre hattıdır. Bu çalışmanın amacı, anti kanser ajan doksorubisin ve proton pompası inhibitörü omeprazolün MCF-7 hücreleri üzerindeki ayrı ayrı ve kombine kullanımlarının hücreler üzerindeki sitotoksik ve sinerjetik etkinliklerini araştırmaktır. Ek olarak bu çalışma, proton pompası inhibitörünün meme kanserinde kullanılan sitotoksik ajanın etkinliğini artırıp artırmayacağını araştırmak için tasarlanmıştır. Bu sebeple etken maddelerin tekli ve kombine uygulanması sonucu MTT testi ile IC50 dozları belirlenmiştir. Ardından sinerjetik etki hesaplanarak qPCR deneyleri için RNA izolasyonu ve cDNA sentezi deneyi gerçekleştirilmiştir. Etken maddelerin apoptoz üzerindeki etkileri akış sitometri ile tespit edilmiştir. Doksorubisin ve omeprazol ayrı ayrı ve kombine kullanımının MCF-7 hücre hattı üzerindeki qPCR deneyi sonuçlarında anlamlı değişim gösteren mRNA'ların hangi yolakta rolü olduğu belirlenmiştir. MCF-7 meme kanseri hücre hattında apoptotik etkiye sebep olan proton pompası inhibitörünün sinyal yolaklarında gen ifade düzeyindeki etkileri gösterilmiştir. Sonuç olarak doksorubisinin antikanser etkinliğinin proton pompası inhibitörü ile arttığı gösterilmiştir. Kombine uygulamanın tekli uygulamaya göre hücreler üzerinde daha kuvvetli bir sitotoksik etki gösterdiği gözlemlenmiştir. Etken maddelerin tek başına ve kombine kullanımının hem doz artımı hem de zamana bağlı olarak apoptozisi indüklediği görülmüştür.
İdrar yolu enfeksiyonlarından izole edilen Enterobacteriaceae'lerde antibiyotik direnç genlerinin moleküler karakterizasyonu
Bu tez çalışmasında idrar yolu enfeksiyonlarına sebep olan klinik Enterobacteriaceae izolatlarında beta laktam ve kinolon antibiyotiklerine karşı direnç oluşumunu sağlayan genlerin belirlenmesi ve bu genlerin konjugatif plazmitler üzerinde aktarılabilirliğinin gösterilmesi amaçlandı. İdrar Yolu Enfeksiyonu şikayeti ile başvuran hastalardan alınan idrar örneklerinden kültür yöntemleri ile izole edilmiş ve Vitek-2 otomatize sistem ile tanımlanmış yetmiş Gram-negatif Enterobacteriaceae izolatı Eylül-Aralık 2018 tarihleri arasında Kırşehir Ahi Evran Üniversitesi Eğitim ve Araştırma Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarından temin edildi. Gerçekleştirilen antibiyogram testleri sonucunda 13 Enterobacteriaceae izolatının çoklu ilaç direncine sahip olduğu tespit edildi ve bu izolatlar çalışmaya dahil edildi. İzolatların moleküler tanımlanması 16S rRNA gen dizileri kullanılarak gerçekleştirildi. Beta-laktam antibiyotiklerine direnç sağlayan plazmit aracılı β-laktamaz (blaTEM, blaSHV, blaCTX-M1, blaCTX-M2, blaOXA-1, blaPER-1) ve kinolon antibiyotiklerine dirençsağlayan plazmit aracılı kinolon direnç genleri (aac(6′)-Ib-cr, qnrA, qnrB, qnrS) PCR yardımı ile belirlendi. Direnç genlerinin transfer edilebilirliğini belirlemek için konjugasyon deneyleri gerçekleştirildi. Moleküler tanımlama sonucunda izolatlar Proteus mirabilis (Pr3, 6, 8, 9, 11 ve 17), Citrobacter koseri (Pr4 ve Pr5), E. coli (Pr10, 12 ve 13), Proteus sp. (Pr19) ve Klebsiella pneumoniae (Pr20) olarak tanımlandı. İzolatların tamamının çoklu ilaç direncine sahip olduğu tespit edildi. Enterobacteriaceae izolatlarının tümü (%100) β-laktam, β-laktam/β-laktamaz inhibitörü, kinolon ve sülfonamid grubu antibiyotikler olan ampisilin, sulbaktam/ampisilin, nalidiksik asit ve trimethoprim/sülfametoksazol antibiyotiklerine dirençli olduğu tespit edildi. İzolatlardaki plazmit aracılı direnç genlerinin varlığı incelendiğinde, izolatların tümünün (%100) blaCTX-M1 ve aac(6′)-Ib-cr genleri bakımından pozitif olduğu tespit edildi. İzolatların %85'i blaTEM, %38'i blaCTX-M2, %8'i blaSHV pozitif bulundu. Hiçbir izolatda blaOXA-1 ve blaPER-1 genleri tespit edilemedi. Konjugasyon denyleri sonucunda, Proteus mirabilis Pr17 izolatının konjugatif bir plazmit içerdiği belirlendi. PCR çalışmaları göstermiştirki; blaTEM, blaCTX-M1, qnrA ve aac(6′)-Ib-cr direnç genleri ve Sınıf-1 integron gen kaset yapısının bu konjugatif plazmitte taşınmaktadır. Halk sağlığı açısından ilimizde moleküler yöntemler ile antibiyotik direncinin gösterilmesi, direnç mekanizmasının anlaşılması ve dirençli bakterilere karşı etkin korunma ve kontrol önlemlerinin geliştirilmesinde yardımcı olacağı düşünülmektedir.
Dermatofitlerin izolasyonu ve moleküler tanımlanması ve bununla ilişkili bazı çevresel faktörlerin incelenmesi
Bu çalışmanın amacı, dermatofitlerin laboratuvarda fungal test yöntemleriyle izole edilmesi ve teşhis edilmesi, ortaya çıkan türlerin tanımlanması ve mevcut yerel izolatların Ulusal Biyoteknoloji Bilgi Merkezi (NCBI) tarafından sağlananlarla karşılaştırılmasıdır. Dermatofitlere çoğunlukla Trichophyton, Microsporum ve Epidermophyton gibi birbiriyle yakından ilişkili bir grup cins neden olmaktadır. Bu mantar grupları deri, saç ve tırnakların stratum corneum'unu istila eder. Örnekler, Musul - Irak'taki Ibn Al-Atheer Hastanesi'nde dermatofitlerle enfekte olmuş 100 hastadan toplanmıştır. Her numunenin bir kısmı mikroskobik olarak incelenmiş ve her numunenin geri kalanı kloramfenik ve gentamisin (SDACG) ile desteklenmiş Saboraud Dekstroz Agar plakaları üzerinde kültüre edilmiştir. Sonuçlar, 100 dermatofit vakasından sadece 70'inin (%70) doğrudan KOH testi ve kültür ile pozitif olduğunu gösterirken, örneklerin 30'unda (%30) yanlış negatif sonuçlar kaydedilmiştir. Örnek kültür sonuçları altı dermatofit türünün tanımlandığını göstermiştir. Trichophyton spp, Scopulariopsis brevicaulis ve Candida spp %40 ile en yüksek insidansı gösterirken, bunu %30 insidans ile Trichophytonspp, ardından hiç görülmeyen 20 örnek ile S. brevicaulis ve %10 insidans ile Trichophyton spp izlemiştir. Diğer 20 örnek hiç görülmezken, mantar enfeksiyonu insidansı değişiklik göstermiştir. En yaygın klinik tip tinea korporis olmuştur. Erkekler kadınlardan daha fazla etkilenmiştir. Sonuçlar ayrıca 6-9 aylık yaş grubunun deri mantarları ile enfekte olma olasılığının daha yüksek olduğunu göstermiştir. Dermatofit izolatları, kolonilerinin makroskopik ve mikroskopik özellikleri incelenerek tanımlanmıştır. Teşhislerinin doğruluğundan emin olmak için, PCR tekniği kullanılarak elde edilen sonuçlar, primerlerin (ITS1, ITS4) incelenen mantarların genomlarını çoğalttığını ve çoğaltılan bantların (600 baz çifti) arasında değiştiğini göstermiştir. Bu çalışmadaki 1.2.3.4 numaralı izolatlar, izolatlarla benzerlik göstermektedir. Genbank'ta OP752127 numarasıyla kayıtlı Candida albicans. 5.6.7.8.9 numaralı izolatlar da OP752433 numaralı GenBank'ta kayıtlı C. glabrata izolatları ile benzerlik göstermektedir. 10.11.12 numaralı türler OP712459 numaralı GenBank'ta kayıtlı C. tropicalis izolatları ile benzerlik göstermektedir. 13.14.15 ve 16 numaralı izolatlar GenBank OP712621'de kayıtlı T. mentagrophytes izolatları ile benzerlik göstermektedir. 17 ve 18 numaralı izolatlar da S. brevicaulis ile benzerlik göstermektedir ve Genbank OP752128'de kayıtlıdır.
Klinik klebsiella pneumoniae izolatlarında virülans genlerin belirlenmesi
Klebsiella pneumoniae, memelilerin mukozal yüzeylerinde ve çevrede yaygın olarak (toprak, su vb.) bulunan Gram negatif kapsüllü bir bakteridir. İnsanlarda, bu bakteri gastrointestinal sistemde ve daha seyrek olarak nazofarenkste kolonize olur ve buradan dolaşıma girerek diğer dokuları enfekte edebilir. Patojenik K. pneumoniae suşları, idrar yolu, solunum yolu ve kan enfeksiyonları dahil olmak üzere çok çeşitli bulaşıcı hastalıklara neden olma potansiyeline sahiptir. Bu bakteri aynı zamanda patojenitesine katkıda bulunan farklı virülans faktörlerine sahiptir. Konakçı savunmalarının üstesinden gelmelerini sağlayan kapsüller, fimbrialar, lipopolisakkaritler (LPS) ve sideroforlar bu virülans faktörlerinden en önemlileridir. Çalışmamızda klinik örneklerden izole edilen ve Vitek-2 otomatize sistem ile K. pneumoniae olarak tanımlanan 24 adet izolat Kırşehir Ahi Evran Üniversitesi Eğitim ve Araştırma Hastanesi, Tıbbi Mikrobiyoloji laboratuvarı stoklarından alınmıştır. İzolatların total DNA'ları kaynatma yöntemi ile izole edilmiştir. İzolatların kapsül oluşumu ile ilgili rmpA, magA ve wcaG genleri, LPS ile ilgili uge ve wabG genleri, tip-I ve Tip-II fimbria ile ilişkili fimH ve mrkD genleri, nitrojen mekanizması ile ilgili ureA ve allS genleri ve siderofor üretimi ile ilgili iutA, iroD, ybtA ve entB genlerinin varlığı ve kapsül serotipleri spesifik primerler kullanılarak PZR yardımı ile araştırılmıştır. Bunun yanı sıra izolatların hipermukoviskozite (hmv) özelliği string test ile fenotipik olarak belirlendi. Gerçekleştirilen çalışmalar sonucunda sadece Kp12 izolatının hmv özelliğine sahip olduğu tespit edildi. Gerçekleştirilen PZR çalışmaları sonucunda izolatların tamamında wabG ve uge genlerini, % 96 (23/24)'sında entB geni, %87,5 (21/24)'inde mrkD ve ureA genleri, %62,5 (15/24)'inde ybtA geni, %8 (2/24)'inde allS geni ve %4 (1/24)'ünde rmpA geni tespit edilmiştir. Buna karşın hiçbir izolatta wcaG, magA, iutA, iroD ve fimH genleri ve kapsül tespit edilememiştir. Enfeksiyon etkeni K.pneumoniae izolatlarında kapsül, LPS yapı, adezinler, sideroforlar ve hispermuskovizkozite özelliği bu izolatların patojenitelerinin temelini oluşturmaktadır. K.pneumoniae'ya bağlı enfeksiyonların kontrolünde antibiyotik direncinin yanı sıra bu virülans faktörlerinin sürekli takibi bu bakteri tarafından neden olunan enfeksiyonların önlenmesi, teşhisi ve tedavisinde yeni stratejiler geliştirmeye yardımcı olabilir.
Deltametrin ve Asetamipridin Thle-2 ve HepG2 hücre hatlarının antioksidan savunma sistemleri üzerine etkilerinin değerlendirilmesi
Bu çalışmada Thle-2 ve HepG2 hücre hatlarında deltametrin ve asetamiprid pestisitlerinin sitotoksik, morfolojik ve moleküler etkisinin incelenmesi hedeflenmektedir. Ayrıca sıkça kullanılan deltametrin ve asetamiprid pestisitlerinin toksik etkileri, Thle-2 ve HepG2 hücre hatlarında ilk defa kullanılması çalışmaya özgünlük katmaktadır. Tarımsal ilaç olarak kabul edilen pestisitler, böcek, mantar ve yabani otlar gibi zararlıları kontrol edebilmek için onları öldüren kimyasal bileşiklere denilmektedir. Çalışmada kullanılan iki pestisit de böcek öldürücü grubu olan insektisitlere aittir. İnsektisitlerde kimyasal yapılarına göre beş gruba ayrılırlar. Deltametrin piretroid grubu insektisit iken asetamiprid neonikotinoid grubu insektisittir. Pestisitlerin reaktif oksijen türlerinin (ROS) oluşumuna, apoptotik hücre ölümüne, DNA hasarı ve oksidatif strese neden olduğu bilinmektedir. Bu verilere dayanarak Thle-2 ve HepG2 hücre hatları üzerinde deltametrin ve asetamiprid pestisitlerinin toksik etkilerini belirlemek için belli doz aralıklarında optimizasyon çalışması yapılmıştır. Bu tezde yapılan deneyler sonucunda deltametrinin, asetamiprid pestisitinden daha toksik etkide olduğu görülmüştür. Ayrıca iki hücre hattının karşılaştırılması durumunda, normal karaciğer hücre hattı olan Thle-2, karaciğer kanseri hücre hattına (HepG2) göre daha düşük dozlarda dahi toksik etkiye maruz kaldığı gözlenmiştir.
Sisplatin dirençli ve duyarlı MDA-MB-231 hücre hatlarında etoposid ve vinkristin'in etkisinin araştırılması
Günümüzde kanser üzerinde birçok araştırma yapılan ve yeni tedavi yöntemleri üzerinde çalışılan bir hastalıktır. Çeşitli yöntemlerle tedavi edilmeye çalışan kanser birçok türü bulunan ve çoğu zaman kötü prognozla sonuçlanmaktadır. Meme kanseri, kadınlarda en sık görülen kanser türüdür. Süt kanalları ve dış lobüllerde büyüyebilir, metastaz yaparak diğer dokulara ve organlara sıçrayabilmektedir. Her ne kadar meme kanseri denince tek bir morfolojisi varmış gibi algılansa da meme kanseri morfolojileri, hasta bireylere göre değişiklik gösterebilmekte; çevre ve biyolojik faktörlere göre gidişatı şekillenmektedir. Vinkristin, vinka alkaloidleri grubuna ait olarak bilinen bir ilaçtır. Bu ilaç, mikrotübül polimerizasyonuna etki etmekte ve mitoz bölünmeyi durdurarak hücre büyümesini bloke etmektedir. Etoposid, bir topoizomeraz II inhibitörüdür. Etoposid, geç S fazında ve erken G2 fazında hücre döngüsünün durmasını indükleyebilmekte ve podofillotoksinin yarı sentetik bir türevi olarak literatürde bilinmektedir. Bu tezde, sisplatin duyarlı üçlü negatif meme kanser hücreleri (MDA-MB-231/Duyarlı) ve sisplatin dirençli üçlü negatif meme kanser hücreleri (MDA-MB-231/Sisplatin dirençli) üzerinde Etoposid ve Vinkristin'in sitotoksik ve metastatik, morfolojik ve moleküler etkileri incelenmiştir. Yapılan deneylerle, vinkristin ve etoposidin hem ayrı hem birlikte sinerijistik olarak sitotoksisite ve metastatik etkisinin araştırılması, daha sonraki çalışmalar için ön bir çalışma niteliği kazanmıştır.
Determination and comparison of the relationship between COVID-19 and breast cancer, triple negative breast cancer and clear cell renal cell carcinoma by in silico approaches
The COVID-19 epidemic has become a major health concern for people all around the world, resulting in a staggering death toll of nearly 15 million individuals worldwide. Individuals afflicted with intricate and persistent illnesses typically exhibit more severe symptoms of COVID-19 in comparison to the broader populace. More and more research suggests that COVID-19 poses a greater threat to individuals with Triple-negative breast cancer (TNBC) and clear cell renal cell carcinoma (ccRCC). However, further research is needed to explain the fundamental processes at play. Our study aims to use computational methods to identify molecular pathways shared in the pathogenesis of COVID, breast cancer, triple-negative breast cancer (TNBC), and cutaneous squamous cell carcinoma (ccRCC), all of which may increase the impact of COVID-19. The present study conducted a differential expression analysis (DEG) by analyzing public datasets (GSE164805, GSE139038, GSE45498, and GSE105261) that were obtained from the GEO database. The DEGs that were identified were subjected to further analysis in order to identify common DEGs, pathways, hub genes, transcription factors (TFs), and microRNAs (miRNAs). The present investigation has successfully identified hub genes, miRNAs, and TFs that are commonly expressed in mild and severe COVID-19-TNBC patients, mild and severe COVID-19-breast cancer patients and mild and severe COVID-19-ccRCC patients. Additionally, shared mechanisms have been identified in these patient groups. It was also observed that there exist discernible dissimilarities in potential biomarkers, mechanisms, Differences in COVID-19 miRNAs and TFs between individuals with TNBC, breast cancer and ccRCC with moderate and severe disease. This study represents the inaugural investigation into the potential commonalities in mechanisms, biomarkers, transcription factors (TFs), and microRNAs (miRNAs) between patients with COVID-19 and those with triple-negative breast cancer (TNBC) and breast cancer. Furthermore, between COVID-19 individuals and those who have ccRCC. Taking into mind the severity of the COVID-19 sickness, the results of our research may provide light on the best ways to care for patients with TNBC, breast cancer or ccRCC who are also infected with the virus.
Atorvastatin ve İrinotekan'ın meme kanseri üzerindeki etkisinin araştırılması
Statinler, keşfedilen ilk kolesterol düşürücü ajanlardır. Kolesterol kan düzeylerini önemli ölçüde düşürme yetenekleri nedeniyle, uluslararası kılavuzlar statinleri hiperkolesterolemi için birinci basamak tedavi olarak kabul etmektedir. Statinler, kolesterol ve metabolitlerinin sentezini inhibe ederek çeşitli kanser türlerinde antiproliferatif etkiler göstermiştir. Bir dizi gözlemsel çalışma, statin kullanıcılarında kanser başlangıcında bir risk azalması veya kanser sonuçlarında iyileşme olduğunu bildirmiştir. Farklı kanser türleri üzerinde gerçekleştirilen birçok in vitro ve in vivo çalışma, statinlerin kanser hücresi proliferasyonunu ve metastazı inhibe ettiği moleküler mekanizmaların altını çizmiştir. Bu mekanizmalar, statinlerin kanser tedavisi ve önlenmesinde kullanılmasının temeli olarak kabul edildi. Statinlerin antiproliferatif etkileri, hem mevalonat yolunun inhibisyonunun hem de pleiotropik etkilerinin, yani antioksidan, antiinflamatuar ve immün modülatör özelliklerinin bir sonucudur ve hastanın sağkalımı ve kanser nüksü üzerinde büyük bir etkiye sahiptir. Bu çalışmasında, Atorvastatin ve İrinotekan'ın ayrı ayrı ve birlikte, MDA-MB-231 meme kanseri hücreleri üzerindeki sitotoksik ve metastatik etkisi araştırılmıştır. Ayrıca çalışmada Bcl-2, Akt-1 ve BAD proteinleri ile moleküler kenetleme analizleri yapılarak çalışma sonuçları teorik olarak desteklenmiştir. Çalışma sonuçları bir ön çalışma niteliğinde olup ileriki çalışmalarda moleküler mekanizmaları çalışılacak ve yeni tedavi metodlarının keşfi yapılacaktır.
Irak Dhi-Qar ilindeki bebeklerde ishal enfeksiyonlarının patojenlerinin belirlenmesi
Bu çalışmanın amacı, Dhi Qar vilayetindeki yenidoğanlarda ishale neden olan çeşitli mikrobiyal türleri (mantar, bakteri ve protozoa) tanımlamaktır. Çocuk Hastanesinde Temmuz ve Ekim 2023 tarihleri arasında ishal semptomları gösteren bebeklerden 110 dışkı örneği alınmıştır. Toplanan bilgiler arasında bebeklerin isimleri, cinsiyetleri, muayene tarihleri ve antibiyotik alıp almadıkları yer almıştır. Bu çalışmada 62'si (%56.4) erkek yenidoğan ve 48'i (%43.6) kız bebek olmak üzere toplam 110 örnek alınmıştır. Bulgular, bakteriyel izolatların toplam izolatların 47'sini (%56.6) oluşturduğunu, maya izolatlarının 15'ini (%18.1) ve parazit izolatlarının 21'ini (%25.3) oluşturduğunu göstermiştir. Son bulgular ayrıca Escherichia coli enfeksiyonu prevalansının (%84.2) olduğunu ortaya koymuştur. İshalden muzdarip bebeklerin dışkılarından farklı türlerde üç ayrı izolat elde edilmiştir. Pseudomonas aeruginosa varlığı (%5.3) oranında tespit edilmiştir. İshalli bebeklerin dışkılarından farklı türlerde altı farklı izolat elde edilmiştir. Staphylococcus aureus %10.5'lik bir prevalansa sahiptir. Buna karşılık bulgular, yenidoğanlarda ishale neden olan çeşitli mikrobiyal türlerden biri olan Entamoeba histolytica'nın (%25.3) varlığını göstermiştir. E. histolytica enfeksiyonunun erkekler arasındaki prevalansı (14/21, %66.7) kadınlardakinden daha yüksektir; durum, erkek olmanın E. histolytica'ya yakalanma riskinin oldukça yüksek olduğunu göstermektedir. Candida türleri maya örneklerinde kültürel ve mikroskobik özelliklerin yanı sıra biyokimyasal testlerin incelenmesi yoluyla tanımlanmıştır. Candida ayrıca CHROM-agar Candida besiyeri kullanılarak da tanımlanmıştır. Sonuçlar, Candida türleri arasında en yüksek prevalans oranının %60.0 ile Candida albicans'a ait olduğunu, bunu % 26.7 ile Candida glabrata'nın izlediğini ve en düşük oranın ise % 13.3 ile Candida krusei'de görüldüğünü göstermektedir. Candida mayalarının tanısı altı Candida izolatı için PCR teknolojisi kullanılarak doğrulanmıştır. Bu doğrulama gerekli olmuştur çünkü fenotipik kriterlerin belirlenmesine dayanan olağan tanı yöntemleri, Candida türleri cinsine ait olanlar da dahil olmak üzere mayaların tanımlanmasında yeterli olmamıştır. Mevcut çalışmaya göre, ishal vakalarının çoğundan bakteriler, parazitler ve mantarlar gibi çeşitli mikrobik hastalıklar sorumludur. Özellikle, Escherichia coli yenidoğanlarda ishalden sorumlu en yaygın bakteri olarak bulunmuştur. Anahtar Kelimeler: Escherichia coli, Candida albicans, Entamoeba histolytica, Staphylococcus aureus
Ehrlich asit tümörü taşıyan balb/C ırkı farelerde Plantago major L. ekstraktının antitümöral etkisinin in vivo olarak araştırılması
Dünyadaki 250 000 yüksek yapılı bitkiden ancak %10'u kimyasal ve farmakolojikolarak araştırılmış vinblastin ve irinotekan gibi bitkilerden türevlenen çok etkiliantikanser ajanları geliştirilmiştir. Plantago major L.un antikanser etkisi ile ilgilibirçok in vitro çalışma bulunmasına rağmen in vivo çalışmalara rastlanmamıştır. Buçalışmada, P. major bitkisinin Ehrlich asit tümörü (EAT) taşıyan Balb/C ırkıfarelere gavaj yoluyla verilerek in vivoda antitümöral etkisi araştırılmıştır.Çalışmada 30 adet Balb/C ırkı erkek fareden oluşan üçü deney, ikisi kontrol olmaküzere beş grup oluşturulmuştur. Deney gruplarına sırasıyla 1x106 EAT hücresiperiton altına inoküle edilmiştir. İnokülasyondan sonraki günden başlanarak 10 günsüresince hayvanlara %1'lik (I.Grup), %2'lik (II.Grup) ve %3'lük (III.Grup)konsantrasyonlu P. major ekstreleri 0.1 ml/gün oral olarak verilmiştir. (+) Kontrolgrubuna sadece serum fizyolojik uygulanmış, (-) Kontrol grubuna ise sadece 1x106EAT hücresi uygulanmıştır. Deney süresince tüm grupların kilo değişimlerikaydedilmiştir. 11. günde hayvanlar sakrifiye edilerek doku örnekleri alınmış veHematoksilen-eozin boyamasını takiben patolojik incelemeleri yapılmıştır. Grup I.II. III ve (-) kontrolda tümör oluşumundan dolayı kilo artışları gözlenmiştir. Bu kiloartışları en çok (-) kontrol grubunda saptanırken en az kilo artışı ise Grup I'de tespitedilmiştir. Patolojik değerlendirmeler neticesinde de P. major ekstresinin (özellikle%1'lik konsantrasyonda) EAT oluşumunu gözle görülür bir şekilde engellediğibulunmuştur.Anahtar Kelimeler: Plantago major L., Ehrlich, antitümöral, Balb/C.
Tip 2 diabetli Türk hastalarda bazı gen polimorfizmlerinin belirlenmesi
Tip 2 diyabet ile ilişkilendirilen 2. kromozomun q bandının 37.3 bölgesinde yer alan Kalpain 10 (CAPN10) geni intron 6 bölgesinde SNP-19 (rs3842570), intron 3 bölgesinde SNP-44 (rs2975760) ve kromozom 5q31-q32 bandında yerleşim gösteren glukokortikoid reseptör (NR3C1) geni ekzon 2 bölgesinde N363S (rs6195) polimofizmlerinin taranması amacıyla PZR-RFLP yöntemiyle 125 Tip 2 diyabet hastası (T2DM) ve 112 kontrol grubu olmak üzere 237 birey incelenmiştir. Kalpain 10 geni SNP-19, SNP-44 ve NR3C1 geni N363S polimofizmleri allel frekansları ile T2DM gelişimi arasında istatistiksel olarak anlamlı bir fark bulunamamıştır (p>0,05). Tip 2 diyabet gelişimi için CAPN10 geni SNP-19 delesyon allelinin, SNP-44 C allelinin ve NR3C1 geni N363S G allelinin risk faktörü olduğu tespit edilmiştir. Kalpain 10 geni SNP-19, SNP-44 ve NR3C1 geni N363S polimofizmleri genotip frekansları ile T2DM gelişimi arasında istatistiksel olarak anlamlı bir fark bulunamamıştır (p>0,05). Tip 2 diyabet gelişimi için CAPN10 geni SNP-19 del/del, SNP-44 TC ve NR3C1 geni N363S AGT genotiplerinin risk faktörü olduğu ve CAPN10 SNP-44 TC genotipinin T2DM gelişimini 1,34 kat, kadınlarda 3 kat ve erkeklerde 5 kat artırdığı, ayrıca NR3C1 N363S AGT genotipinin T2DM gelişimi 2,41 kat, kadınlarda 2,5 kat ve erkeklerde ise 2,25 kat artırdığı tespit edilmiştir. Tip 2 diyabet hastalarında CAPN10 geni SNP-19 delesyon alleli ve del/del genotipi, SNP-44 C allleli ve TC genotipi, NR3C1 geni N363S G alleli ve AGT genotipi ile artmış vücut-kitle indeksi ile ilişkili olduğu belirlenmiştir. Bu tez çalışmasında, Tip 2 diyabetli hastalarda diyabet gelişimi ile ilişkilendirilen CAPN10 ve NR3C1 genlerinde polimorfizm analizi yapılmasıyla, diyabet tanılı bireylerin aile ve akrabalarındaki genç bireylerde hastalık belirtisi oluşmadan ve/veya hastalık ilerlemeden erken tanı konulması ve tedaviye başlanmasıyla hastalığın ilerlemesinin engellenmesi yolunda adım atılmış olacaktır.