Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı

PEG-interferon + ribavirin tedavisi başarısız HCV genotip 1 ile enfekte karaciğer transplant alıcılarında tedavi öncesi ve sonrasında viral genomda ortaya çıkan mutasyonların incelenmesi

NS3-NS4A serin proteaz,kronik hepatit C virüs enfeksiyonu için geliştirilmekte olan direk etkili antiviral (DEA) ilaçların temel hedeflerinden biridir. HCV enfeksiyonu sırasında lökosit hücre antijenleri tarafından oluşturulan seçici baskının sonucu olarak, viral genomda yüksek seviyede nükleotit mutasyonu gözlenmekteve viral kaçış mutasyonlarının meydana çıkmasına neden olmaktadır. Bu çalışmanın amacı, proteaz inhibitöreleri yönünden naif, HCV genotip 1b ile enfekte karaciğer alıcılarında, daha önce proteaz bölgesinde ilaç direnciyle ilişkilendirilmiş amino asit değişimlerini ve CTL epitoplarındaki değişimleri karakterize etmektir. Dirençle ilişkilendirilen varyantlar 3 hastada bulunmuştur (3/5). Toplam 14 serum örneğinde 3 farklı (155G,168A ve 168G) dirençli varyant bulunmuştur. Sonuçlarımız, HCV ile enfekte ve proteaz inhibitörü kullanmayan karaciğer organ alıcılarında kendiliğinden oluşan dirençli varyantların varlığını göstermiştir. İki farklı veri bankasından NS3 bölgesinde bulunan ve HCV genotip 1 olarak bildirilen CTL epitopları indirilmiştir. Transgenik memeli hücrelerinden gelen epitoplar ve HLA tipi belirsiz olanlar dışlanmıştır. Beş hastadan elde edilen 14 serum örneğinin CTL epitoplarının korunmuşluk oranları %28 ile %57.3 arasındadır. HCV ile enfekte karaciğer organ alıcılarında kendiliğinden oluşan dirençli varyantların proteaz inhibitörleriyle üçlü sağaltıma başlanmadan önce tanımlanması, sağaltıma yanıtı tahmin etmede yardımcı olabilir. Bağışık yanıttan kaçış ve ilaç direnci profillerinin karakterizasyonu, kişinin ilaç rejiminin belirlenmesinde önemli bilgiler sağlayabilir.

Latent tüberküloz infeksiyonunun tanısında tüberkülin deri testi ile spesifik T hücre temelli bir test olan T-spot? .TB yönteminin karşılaştırılması

ÖZETTüberküloz infeksiyonun epidemiyolojisinde, LTBI' nun önemi çok büyüktür çünküLTBI' luların yaklaşık %10'unda hayatlarının bir döneminde aktif tüberküloz hastalığıgelişmektedir. Ancak; LTBI' nun tanısında, yüzyılı aşkın bir süredir kayda değer bir gelişmemeydana gelmemiştir. Tanıda duyarlılığı, özgüllüğü ve yorumlanması halen daha tartışmalıolan TDT kullanılmaktadır. Yakın zamanda tanımlanan, M. tuberculosis'in RD1 genbölgesinde kodlanan spesfik antijenlere karşı oluşan immun yanıt ile ilgili çalışmalarda umutverici sonuçlar elde edilmektedir.Çalışmamızda; RD1 gen bölgesinden elde edilen ESAT-6, CFP-10 proteinlerine karşıimmun yanıtla oluşan IFNγ, ELISPOT yöntemiyle araştırılmıştır. Bu amaçla, ?T-SPOT™.TB? (Oxford İmmunotec Ltd. Oxon/England) ticari kitleri kullanılmıştır. Elde edilensonuçlar aynı deneklere uygulanan TDT sonuçlarıyla kıyaslanmıştır.Çalışmamızda tüberküloz infeksiyonu tanısında, T-SPOT™.TB testinin TDT' denanlamlı olarak, daha duyarlı (%92.9, %78.6) ve özgül (%89.3, %46.4) olduğu saptandı. Riskgruplarında BCG ile TDT arasındaki uyum (%57.4), BCG ile T-SPOT™.TB arasındakiuyumdan (%27.0) daha yüksek bulundu. Testler arasındaki en yüksek uyum, aktif akciğertüberkülozlu olguların bulunduğu Grup 1'de %85.7 (K= 0.681, p<0.001)) olarak saptandı.Grup 3'te her iki testin arasında, düşük oranda (%63.6(K= 0.305, p=0.006)) uyum olmasınarağmen, Grup 2'den (%53.6 (K= 0.011, p>0.05)) anlamlı olarak daha yüksek olaraksaptandı.Sonuç olarak; ülkemizde olduğu gibi aşılamanın rutin olarak yapıldığı ülkelerde; TDTile birlikte ve/veya TDT' nin doğrulanması amacıyla uygulanabileceği, yüksek riskgruplarında TDT ile BCG arasındaki pozitif uyumun (%41.0) yüksek olması nedeniyle, T-SPOT™.TB testinin yapılmasının uygun olacağı, klinik olarak tüberküloz düşünülen ancakdirek mikrobiyolojik yöntemlerle (Direkt mikroskobi, kültür) tanı konulamayan vakalardayüksek duyarlılığı ve özgüllüğü nedeniyle tanıda faydalanılabileceği, düşünülmüştür.38

Kan kültüründe üreyen gram pozitif koklarda identifikasyon, mecA ve van genlerinin hızlı yöntemle belirlenmesi

Septisemik hastaların kan kültürlerinden bakteriyel izolatların tespiti diagnostik mikrobiyolojide hasta morbidite ve mortalitesi açısından önemli bir role sahiptir. Hastalardaki bakteriyel patojenlerin hızlı rapor edilmesinin sonuçlar ve hastane maliyetleri açısından pozitif etkisi önceden ifade edilmiştirŞu an kullandığımız otomatize kan kültür sistemleri bakterilerin tespit edilme zamanını kısaltmıştır. Ancak bununla birlikte optimum tedaviye yönlenmek için hızlı identifikasyon sistemleri gerekmektedirGenotype teknolojisi biotinlenmiş primerlerle DNA'nın multiplex amplifikasyonunu takiben membrana bağlı problar kullanılarak hibridizasyona dayalı, sepsisin hızlı tanısı için kullanılan hızlı bir genetik testtir. Çalışmamızda yeni Genotype® BC grampositive test kitleri (Hain Life Science, Germany) kullanılmıştır. Bu test 17 Gram pozitif bakteri türünün identifikasyonu yapmakta, aynı zamanda metisilin ve vankomisin direncini (mecA ve van genleri) belirleyebilmektedir. Vankomisin direncini kodlayan genler olan vanA, vanB, vanC1 ve vanC2/C3 genleri metisilin direncini kodlayan gen olan mecA geninde olduğu kadar iyi bir şekilde ve aynı basamakta tespit edilebilmektedirÇalışma BACTECTM Plus kan kültür şişeleri (aerobic ve pediatrik ) kullanılarak pozitif olan 55 kan kültüründe yapılmıştır. ilk olarak Gram boyama yapıldı ve Gram pozitif kok morfolojisi görülen şişelerden Genotype®BC grampositive test ile identifikasyon, aynı zamanda örneklerin subkültürleri yapılarak PHOENIX PMIC/ID Panel (Becton Dickinson Diagnostic Instrument Systems, Spark, Md, USA ) ile identifikasyon ve antibiyotik duyarlılıkları belirlenmiştir. Operasyon prosedürü gayet kolaydır ve küçük bir miktar başlangıç materyali gerektirmektedir (15 ?l kan kültürü). Sonuçlar mikroskobik analizden 4.5 saat sonra değerlendirilebilmiştir. Sonuçlar PHOENIX otomatize sistemindeki sonuçlarla karşılaştırıldığında genel olarak doğru bulunmuştur. İki Staphylococcus saprophyticus izolatı strip üzerindeki spesifik probların eksikliğinden dolayı identifiye edilememiştir. Ayrıca 5 örnekte otomatize sistemle tespit edilemeyen polimikrobiyal infeksiyonlar bu testle identifiye edilebilmektedir. Polimikrobiyal infeksiyonların tespitinde bu test üstün bulunmuştur. vanA geni taşıyan bir Enterococcus faecium izolatı bu testle doğru bir şekilde ayırt edilebilmiştirBu çalışma BACTEC kan kültür şişelerinden Genotype®BC grampositive test ile ilk değerlendirmeyi sağlamaktadır. Sonuç olarak değerlendirilen GenoType kan kültür testi, direk olarak pozitif kan kültür şişelerinden, en önemli Gram pozitif sepsis patojenlerini, mecA ve van genlerini hızlı ve güvenilir bir şekilde tespit ettiği ispat edilmiştir. Sonuçlarımıza dayanarak sepsis düşünülen hastalarda DNA strip teknolojisine dayalı bu testin kolay bir şekilde rutin tanıda kullanılabileceği kanısına vardık.

Mikrobiyoloji laboratuvarında izole edilen maya mantarlarının Vıtek 2 Compact System ile identifikasyonu ve antifungal duyarlılıklarının tespiti

Maya mantarları doğada yaygın olarak bulunurlar. İnsanlarda fırsatçı patojen olarak karşımıza çıkan maya mantarları arasından Candida türlerine sıklıkla rastlanmaktadır. Cryptococcoceae ailesi içinde yer alan Candida türleri vücutta gastrointestinal sistem başta olmak üzere mukokutanöz membranlarda bulunurlar. İmmün sistemi ya da anatomik engelleri yetersiz kılan durumlar, invaziv girişimler, sitotoksik kemoterapi gibi durumlar fırsatçı mikozların sıklığını arttırmıştır. Buna bağlı olarak ampirik antifungal tedavi uygulamalarının artmasıyla diençli Non-albicans türleri ortaya çıkmıştır. Bütün bunlar mayaların identifikasyon ve duyarlılık testlerinin önemini ortaya çıkarmıştır.İdentifikasyon ve duyarlılık tespitini otomatize olarak yapan VITEK 2 compact system konvansiyonel yöntemlere göre kullanım kolaylığı olan, kısa zamanda sonuç veren ve daha az ekipman gerektiren bir sitemdir. Çalışmamızda kullandığımız VITEK 2 compact system ile izole ettiğimiz 129 maya mantarının identifikasyon sonuçlarına göre türlerin %48.06 'sı C.albicans idi. En sık olarak tespit edilen C.albicans dışındaki türlerin %17.82'si C.glabrata, %11.62'si C.tropicalis, %7.75'i C.parapsilosis, %6.20'si C.kefry, %3.10'u C.lipolytica, %3.10'u C.dupliniensis ve %2.32'si C.krusei olarak tespit edildi. Tespit edilen antifungal duyarlılık durumlarına göre, Flukonazol' e %3.87 direnç, Vorikonazol'e %0.775 ve Amfoterisin B'ye %0.775 direnç tespit edilmiştir. Flusitozin %100 duyarlı bulunmuştur.Çalışma sonuçları literatürlerle uyumlu olup hastanemizdeki tür dağılımı ve direnç oranları konusunda fikir vermiştir. İdentifikasyon ve antifungal duyarlılık sonuçlarının tespiti sayesinde ülke ekonomisi ve üniversite kaynaklarının etkin ve sağlıklı kullanılmasına yardımcı olabileceği öngörülmektedir.

Helicobacter pylori enfeksiyonunda primer tetrasiklin ve levofloksasin direncinin belirlenmesi

Antimikrobiyal direnç Helicobacter pylori (H. pylori) tedavi başarısızlığında rol oynayan en önemli faktördür. H. pylori direnç prevalansı ülkeden ülkeye, bölgeden bölgeye, hatta aynı bölgede dönemden döneme değişebilmektedir. Bu nedenle yerel antimikrobiyal direnç prevalansının belirlenmesi uygun empirik tedavinin yönlendirimesi için gereklidir. H. pylori eradikasyonunda PPI, klaritromisin, amoksisilin veya metronidazol içeren ilk sıra standart empirik tedavi kullanılmaktadır. Klaritromisin direncinin >%15 olduğu bölgelerde ilk sırada bizmut, PPI, tetrasiklin, amoksisilin veya metronidazol içeren dörtlü tedavi veya bizmut içermeyen dörtlü tedavi (konkomitant tedavi) önerilmektedir. Ayrıca ikinci sıra tedavide önerilen levofloksasin içeren üçlü tedavi levofloksasin direncinin düşük olduğu bölgelerde ilk sırada kullanılabilmektedir. Çalışmamızda, eradikasyon tedavisi almamış hastalarda primer tetrasiklin ve levofloksasin direncinin yanısıra klaritromisin, amoksisilin ve metronidazol direncinin gradient diffüzyon (E-Test) yöntemi ile belirlenmesi amaçlanmıştır. Dispeptik yakınmalı endoskopi endikasyonu konulan 115 hastanın (63 kadın, 52 erkek, 47,8±14.8 yaş) antrum ve korpus biyopsi örneklerine HÜT uygulandı. Ayrıca endoskopistin gerekli gördüğü durumda rutin histopatolojik inceleme için gastrik biyopsi örnekleri alındı. HÜT pozitif ve histopatolojik incelemede Helicobacter-benzeri organizmalar en az iki pozitif antrum ve korpus biyopsi örnekleri kültüre alındı. Kültürde izole edilen H. pylori suşlarının tetrasiklin, levofloksasin, klaritromisin, amoksisilin ve metronidazol antimikrobiyal duyarlılıkları gradient diffüzyon (E-test) yöntemi ile yaygın MİK sınır değerler ve EUCAST MİK sınır değerlerine göre belirlendi. Toplam 115 hastadan, en az iki test pozitifliğinde 57 hasta (%49.5, 50.1 ± 12.2 ) H. pylori enfeksiyonu pozitif saptandı. En az iki test pozitifliğinde sadece cinsiyet ve H. pylori enfeksiyonu arasında ilişki saptandı (p=0.007, p=0.090). Kültür bulguları HÜT ve histopatoloji birlikte pozitifliğine göre değerlendirildiğinde 48 hastadan 42 (%88)'si, HÜT pozitifliğine göre 56 hastadan 51 (%91.1)'i, HÜT ve/veya histopatoloji HLO ++ veya HLO0 +++ pozitifliğine göre 72 hastadan 51 (% 70.8)'i kültür pozitif saptandı. Antrum ve korpus kültür pozitifliği ile intestinal metaplazi arasında istatistiksel olarak anlamlı bir ilişki saptandı (sırasıyla p=0.008, p=0.000). Tetrasiklin direnci %0, levofloksasin direnci %37.3, klaritromisin direnci %11.8, amoksisilin %2 ve metronidazol direnci %55 oranında saptandı. EUCAST sınır değerlerine göre tetrasiklin, levofloksasin, klaritromisin, amoksisilin ve metronidazol direnç oranları sırasıyla %3.9, %37.3, %11.8, %5.9 ve %55 oranında saptandı. Çoklu ilaç direnci %37.1 oranında bulundu. Çoklu ilaç direnci %22.6 oranında levofloksasin-metronidazol, %11.4 oranında klaritromisin-levofloksasin-metronidazol ve %2.9 oranında klaritromisin-levofloksasin-metronidazol-amoksisilin olmak üzere üç fenotipte saptandı. Ayrıca, levofloksasin dört (%7.8), klaritromisin bir (%2) ve metronidazol yedi (%13.7) hastada antrum ve korpusta farklı profilde duyarlı ve dirençli olarak miks enfeksiyon ile heterodirenç saptandı. Antrum ve korpus MİK değerleri arasında istatistiksel olarak anlamlı bir farklılık saptanmadı. Yaş, cinsiyet ve endoskopik bulguların antimikrobiyal duyarlılık ile, ayrıca MİK değerleri arasındaki ilişki istatistiksel olarak değerlendirildi. Yaş ve cinsiyet ile MİK değerleri arasında istatistiksel olarak anlamlı bir ilişki bulunmadı. Sadece levofloksasin direnci ve yaş (ortlama yaş 55.3) arasında istatistiksel ilişki bulundu (p=0.026). Tetrasiklin direnci saptanmadı. Levofloksasin ve metronidazol direnci yüksek oranda saptanırken, klaritromisin direnci Türkiye verilerine göre düşük oranda bulundu. Düşük klaritromisin direncinin görülmesi, direnç oranlarındaki bu farklılıkların saptanması antimikrobiyal duyarlılık sürveyans çalışmalarının yürütülmesinin ve akılcı ilaç kullanımının önemini göstermektedir. Ayrıca duyarlılık sınır değerlerinde farklılıklar tetrasiklin ve amoksisilin direnç prevalansını etkilemekle birlikte direnç oranları her iki değerlendirmeye göre düşük saptanmıştır, ancak H. pylori için duyarlılık kategorilerindeki bu farklar etkin tedavilerin belirlenmesini etkileyebilir. Çalışmamız Türkiye'ye ve bölgemize özgü H. pylori tedavisinde sıklıkla kullanılan antimikrobiyallerin tümü için duyarlılık prevalans verisi sağlayarak empirik tedavilerin düzenlenmesine yardımcı olması ve ülkemizde sıklıkla kullanılan antimikrobiyallerin tümünü içeren duyarlılık çalışmalarının çok az sayıda olması yönünden önemlidir. Anahtar kelimeler: Helicobacter pylori, tetrasiklin direnci, levofloksasin direnci, çoklu ilaç direnci

Tüberküloz tanısında LED floresan mikroskop yöntemi ve Ziehl-Neelsen yönteminin karşılaştırılması

Bu çalışmada Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji Laboratuvarına direk mikroskopi ve kültür işlemleri için gönderilen 758 klinik örnek alınmıştır. Bu örnekler EZN boyama yöntemi, Auramin-O boyama yöntemi, BACTEC MGIT sıvı besiyeri kültür sistemi ve Löwenstein-Jensen katı besiyeri kültür yöntemi ile çalışılmış; aside dirençli basilleri saptamada bu testlerin etkinliği araştırılmıştır. Çalışmada fluorokrom yöntem olarak tek bir aparat ile ışık mikroskobuna uygulanabilen LED-FM kullanılmıştır. İncelenen 758 klinik örneğin 102'si (%13.4) kültür pozitif olarak değerlendirilmiş ve bunun 50'si (%49) EZN ile, 66'sı (%64.7) Auramin-O ile pozitif olarak tespit edilmiştir. EZN yöntemi ile pozitif olarak bulunan 1 örnek, Auramin-O ile pozitif bulunan 24 örnek kültür negatif olarak belirlenmiştir. Boyama yöntemlerinin kültür yöntemleri referans test alınarak yapılan karşılaştırılmada, EZN boyama yöntemi için duyarlılık, özgüllük, pozitif prediktif değer ve negatif prediktif değer sırasıyla %49.02, %99.85, %98.08, % 92.64 olarak saptanmıştır. Auramin-O için duyarlılık, özgüllük, pozitif prediktif değer ve negatif prediktif değer sırasıyla %64.7, %96.3, %73.33, % 94.6 olarak saptanmıştır. Çalışmada LED-FM yönteminin EZN yöntemine göre sensitivitesi yüksek, spesifitesi düşük olarak değerlendirilmiştir. Sonuç olarak LED-FM, yüksek sensitivitesinden dolayı iş yükü fazla olan laboratuvarlarda EZN'ye alternatif olarak kullanılabilir ve aside dirençli basil şüphesi olan preparatların EZN ile doğrulanması gerekir. Anahtar sözcükler: Erlich-Ziehl-Neelsen, Auramin-O, LED-FM, MGIT, Löwenstein-Jensen.

Flukanazol etkisi altında Candida albıcans ve Candida dubliniensıs' ın yağ asidi profillerinin değerlendirilmesi

Candida dubliniensis, C. albicans'la yakın ilişkisi olan bir maya olarak belirlenmiştir. Her iki Candida türü de HIV-enfekte bireylerde görülen ağız kandidiyozunun etkeni olabilirler. Candida dubliniensis izolatları Candida albicans' a göre genelde poliyen ve azollere daha yüsek duyarlılık gösterirler. Ancak Candida dubliniensis flukonazole daha hızlı direnç geliştirir ve bu özellik de profilaktik ve tedaviyi gerektiren uygulamalarda önemlidir. Mantar enfeksiyonlarının sıklığının ve öneminin artması antifungallerin sıklıkla kullanılmasına neden olmaktadır. ATCC 10231 Candida albicans ve CD36 Candida dubliniensis suşlarının flukonazol etkisinde olası yağ asiti değişimlerinin belirlenmesi amaçlanmıştır Anahtar Kelimeler: ATCC 10231 Candida albicans ve CD36 Candida dubliniensis, yağ asiti, flukonozol

Tüberküloz tanısında Erlich Ziehl-Neelsen, fluorokrom boyama yöntemleri ile Bactec ve Lowenstein-Jensen kültür yöntemlerinin sonuçlarının değerlendirilmesi

ÖZET Bu çalışmada 340 klinik örnek, tüberküloz yönünden Ziehl-Neelsen, fluorokrom boyama ve Bactec, Lowenstein-Jensen kültür yöntemleri ile incelenmiş ve fluorokrom yönteminin tanıdaki değeri araştırılmıştır. incelenen 340 klinik örneğin 34'ünden (%10) pozitif kültür sonucu alınmış ve 34 kültür pozitif örneğin 13'ü (%3,8) Ziehl-Neelsen ile; 18'i (%5.3) fluorokrom boyama yöntemi ile pozitif olarak bulunmuştur. Uygulanan NAP idantifikasyon deneyi sonucunda 34 susun 32 'si (94.1) M. tuberculosis kompleks, 2'si (%5.9) MOTT basilleri olarak tanımlanmıştır. İzole edilen 32 M. tuberculosis complex susunun streptomisin, INH, rifampin ve etambutole duyarlılıkları Bactec sistemi ile değerlendirilmiştir. Bu suşlann 4'ü (%12.5) streptomisine dirençli, 9'u (%28.1) INH'a dirençli,7'si (%21.8)rifampine dirençli 6'sı (%18.7) etambutole dirençli olarak bulunmuştur. Total ilaç direnci %43.7 olarak bulunmuştur.6 suş (%18.7) bir ilaca, 5 suş (% 15.6) iki ilaca, 2 suş (%6.2) üç ilaca ve 1suş (%3.1) dört ilaca dirençli bulunmuştur. 64

İnvitro Fe+2 (demir) sınırlandırılmasının bazı bakterilerin (S.aureus, S. epidermitis, E.coli, P.aeruginosa) üremeleri ve antibiyotik duyarlılıkları üzerine etkisi

Çalışmada S.aureııs, S.epidermidis, E.coli ve P. aeruginosa bakterilerinin değişik klinik materyallerden izole edilen 3 6' şar adet susu kullanıldı. Bu suşlarm EDDHA katılarak demir kısıtlanması oluşturulan MHA ile standart MHA'lı ortamın antibiyotikler üzerinde etkisini izlemek amacıyla zon çaplan istatistiksel olarak değerlendirildi. Çalışmamızda içerisine 50 ug/ml EDDHA ekleyerek demir sınırlanması yaratılan MHA ile standart MHA besiyerinde bakterilerin antibiyotiklerle olan etkileşimlerini inceledik. S.aureııs ve S.epidermidis için meropenem (10 ug), imipenem (10 ug), ceftriaxone (30 ug), piperacillin /tazobactam (75/10 ug), levofloxacin (5 ug) diskleri kullanıldı. E.coli ve P.aeruginosa için meropenem (10 ug), imipenem (10 ug), ceftriaxone (30 ug), piperacillin/tazobactam (75/10 ug), ofloxacin (10 ug) diskleri kullanıldı. S.aureus suşlannm imipenem, piperacillin/tazobactam ve levofloksasin için antibiyotik zon çaplan arasındaki fark istatistiksel olarak anlamlı bulunmuş, ceftriaxone ve meropenem için zon çaplan arasında farklılık olmadığı görülmüştür. S.epidermidis suşlannın meropenem, imipenem, ceftriaxone, piperacillin/tazobactam ve levofloksasin için antibiyotik zon çaplanndaki fark istatistiksel olarak önemli bulunmuştur. E.coli suşlannm ceftriaxone, piperacillin/tazobactam için istatistiksel olarak antibiyotik zon çaplan arasındaki fark önemli bulunmuş, meropenem, imipenem ve ofloxacin için ise antibiyotik zon çaplan arasında farklılık olmadığı görülmüştür. P, aeruginosa suşlannın karbapenem grubu antibiyotiklerden meropenem ve imipenem İçin istatistiksel olarak önemli bulunmuş, ceftriaxone, piperacillin/tazobactam, ofloxacin için ise antibiyotik zon çaplan arasında farklılık olmadığı görülmüştür.

Bactec kan kültür sistemi ile izole edilen aerop bakterilerin identifikasyonu ve antibiyotik duyarlılık sonuçlarının değerlendirilmesi

Bu çalışmada Mayıs 2003-Nisan 2004 tarihleri arasında Dicle Üniversitesi Merkez Laboratuvarı'na gelen kan kültürlerinin BACTEC 9050(Becton Dickinson ,Sparks, MD, USA) sistemi ile değerlendirilmesi amaçlandı.Üreyen aerop bakterilerin antibiyotik duyarlılıkları ve identifikasyonları Sceptor (Becton Dickinson ,Sparks, MD, USA) mikrodilüsyon sistemi ile yapıldı. Toplam 1366 kan kültür örneğinin 958'inde (%70.14) üreme olmazken,408'inde (%29.86) üreme saptandı. Üreyen etkenlerin %75.00'i gram-pozitif bakteri, %17.40'ı gram-negatif bakteri, %4.65'i maya ve %2.95'i kontaminasyon olarak kabul edildi. Gram-pozitif bakteriler içerisinde en sık olarak koagülaz negatif stafilokoklar (%74.50) ve S.aureus (% 17.64) izole edildi. S.aureus suşlarının %46'sı , koagülaz negatif stafilokok türlerinin ise %72'si metisiline dirençli olarak bulundu.Vankomisin ve teikoplanin stafilokoklar için en etkili antibiyotikler olarak saptandı. Gram-negatif mikroorganizmalar içerisinde ise E.coli (% 25.35) ,Klebsiella spp. (% 23.94) ve Acinetobacter spp. (%14.08) en sık olarak izole edilen etkenlerdir.Amikasin ve imipenem gram-negatif bakteriler için en etkili antibiyotikler olarak bulunurken , ampisilline karşı yüksek oranda direnç saptandı.

Koyun atık fetuslarından Campylobacter Spp. izolasyonu-identifikasyonu ve antibiyotiklere olan direnci

Bu çalışmada, Diyarbakır ve çevresinden temin edilen atık koyun fetuslarından Campylobacter spp.'nin izolasyonu ve identifikasyonu amaçlandı. Bakterinin izolasyonu için konvansiyonel yöntemler kullanıldı, izole edilen suşların identifikasyonu için ise bakterinin biyokimyasal, üreme ve tolerans özelliklerinden faydalanıldı. 25 farklı yerleşim biriminden getirilen 100 koyun atık fetusunun 10 adetinde (%10) Campylobacter spp. izole edildi. Bulunan mikroorganizmaların 7'si C. fetus subsp. fetus, 3'ü C. jejuni olarak identifiye edildi. Identifiye edilen suşlar üzerinde yapılan antibiyotik duyarlılık testlerinde tüm suşlar penisiline dirençli bulunurken, 9 suş streptomisine orta derecede duyarlı, 8 suş tetrasikline orta derecede duyarlı ve gentamisin ile neomisine duyarlı, 7 suş eritromisine duyarlı, tüm suşlar ise %100 oranında enrofloksasine duyarlı bulundu. Anahtar Kelimeler: Koyun, Atık, Campylobacter spp., Antibiyotik direnci.

Rose-bengal testi (+), serum tüp aglütinasyon testi (-) ve coombs testi (-) olan ve klinik olarak bruselloz şüpheli hastaların serumunda brucella DNA'nın real time PCR yöntemiyle aranması

ÖZETBrucella cinsi bakterilerin etkeni olduğu bruselloz; dünyada önemli halk sağlığıproblemi oluşturmaktadır. Hastalığın ciddiyeti ve insanlar için uygun aşının yokluğundandolayı biyoterörizm ajanı olarak kullanılabilmektedir.Brusellozda genel infeksiyon belirtilerinin yanında özgül klinik belirtilerininolmamasından dolayı laboratuvar tanı yöntemleri ön plana çıkmıştır. Bruselloz tanısında;mikroorganizmanın izolasyonundaki güçlüklerden dolayı serolojik yöntemlerden daha fazlayararlanılmaktadır. Serolojik testlerde endemik bölgelerde yaşayan sağlıklı kişilerde depozitiflik görülebilmekte ve ayrıca 1/20 ve 1/160 arasındaki titreleri yorumlamak güçolmaktadır. Ancak son yıllarda moleküler yöntemler hastalığın tanısında yaygın olarakkullanılmaya başlanmıştır.Bu çalışmada; Dicle üniversitesi Tıp Fakültesi klinik ve polikliniklerden brusellozön tanısı ile Merkez Laboratuvarına gönderilen hasta serum örneklerinden, Rose Bengal testipozitif, Standart Tüp Aglütinasyon testi titresi 1/160'tan düşük ve Coombs testi negatifolanlarda, Brucella DNA'nın real time PCR yöntemiyle aranması amaçlandı.Çalışmaya alınan RBT pozitif olan toplam 90 serum örneğinin 21 tanesi (%23.3)1/20 titrede, 41 tanesi (%45.5) 1/40 titrede ve 28 tanesi de (%31.1) 1/80 titrede pozitifbulunmuştur. real time PCR ile 90 serum örneğinde yapılan çalışmada ise 3 hastada (%3.3)Brucella DNA pozitif bulundu. Çalışmamızda saptadığımız pozitif PCR sonuçlarının;bölgemizde sık rastladığımız kronik veya tam tedavi görmemiş hastalara ait serumlarolduğunu düşünmekteyiz.40PCR testinin; duyarlılığının yüksek olması, hızlı olması, herhangi bir vücutdokusunda uygulanabilmesi, bulaştan 10 gün sonra bile pozitif sonuç vermesi, laboratuvardapersonele bulaş riskinin diğer yöntemlere göre az olmasından dolayı, yöntemin çalışmasındatam bir standardizasyon sağlandıktan sonra rutin laboratuvar tanısında kullanılması önemli birgelişme olarak kabul edilmektedir.41

İçme suyu pompalarında Escherichia coli'nin oluşturduğu biyofilm yapısının incelenmesi ve oluşmasının önlenmesi

Hücrelerin birbirlerine, canlı veya cansız yüzeylere yapışarak oluşturdukları mikroorganizma kümesine biyofilm denmektedir. Koli basili olarak bilinen Escherichia coli, memeli hayvanların kalın bağırsak florasını oluşturan bakteriler arasında yer almakla birlikte birçok hastalığa da sebep olmaktadır. Su arıtım tesislerinde E.coli su kirliliğinin "göstergeci" olarak kullanılmaktadır. Canlı ve cansız yüzeylerde biyofilm oluşturma yeteneğine sahiptir. Oluşturduğu biyofilm yapısıyla zorlu çevre koşullarına, antibiyotiklere ve dezenfektanlara dirençli hale gelir. Böylece hastalık oluşturma riski artmaktadır.Çalışmamızda, toplumda içme suyu olarak sıkça kullanılan damacanalardaki pompaların yüzeyinde deneysel olarak oluşturulan E.coli'nin biyofilm yapısı, taramalı elektron mikroskobu (TEM) ve kristal viyole ile boyama yöntemi kullanılarak birinci, dördüncü ve yedinci günlerde incelendi. Ayrıca halk sağlığını tehdit eden biyofilm yapısının giderimi için mekanik ve kimyasal dezenfeksiyon yöntemlerinin etkileri araştırıldı. Örnekler (n: 192) iki grupta incelendi. Doksan altı adet örnek sadece kimyasal olarak sodyum hipoklorit solüsyonu (n:48, 500 ppm ve n:48, 5000 ppm) ile dezenfekte edildi. Diğer 96 adet örnek ise önce mekanik olarak fırçalanıp daha sonra kimyasal olarak sodyum hipoklorit solüsyonu (n:48, 500 ppm ve n:48, 5000 ppm) ile dezenfekte edildi. Tüm örnekler; birinci ve dördüncü gün, taramalı elektron mikroskobu ve kristal viyole ile boyama yöntemi kullanılarak incelendi. Elde edilen sonuçlar istatistiksel olarak karşılaştırıldı.Sonuç olarak, E.coli'nin birinci gün biyofilm yapısını oluşturmaya başladığı, dördüncü gün en yoğun biyofilm yapısını oluşturduğu, yedinci gün yoğunluğun giderek azaldığı saptandı. Dezenfeksiyon uygulandığında ise, hem sadece kimyasal dezenfeksiyon uygulanan, hem de fiziksel ve kimyasal dezenfeksiyonun birlikte uygulandığı örneklerde bakteri saptanmadı. Ayrıca sodyum hipokloridin 500 ppm ve 5000 ppm'lik konsantrasyonları arasında da fark gözlenmedi. Bu sonuçlar ışığında, içme suyu damacanalarındaki su pompalarının dezenfeksiyonu için sodyum hipokloridin 500 ppm (%0,05)'lik konsantrasyonunun dört günde bir 20 dakika uygulanması önerilmektedir.

Hepatit C virüs zarf glikoproteininin saflaştırılarak elde edilmesi

Hepatit C Virüsü (HCV) enfeksiyonu önemli bir halk sağlığı sorunudur. HCV kronikleşmeye eğilim gösterir ve ilerleyen dönemde siroz ile hepatosellüler karsinoma gibi ağır klinik tablolar gelişebilir. Virüs populasyonunun türümsü oluşumuna yatkın doğası sayesinde konak bağışık yanıtından kaçabilen varyantların seçilmesi kronik enfeksiyona gidişin göstergelerinden biridir. Zarf glikoproteinlerinin (E1 ve E2) sürekli şeçilim baskısı altında olması antikor yanıtından kaçabilen seçilmiş viral varyantların ortaya çıkmasıyla sonuçlanır. E1 proteini, hedef hücrelere virüsün bağlanması ve girişi yanı sıra konak immün yanıtının modülasyonunda da önemli rol oynar. Bu çalışmada, genotip 1b'ye ait bir HCV E1 molekülünün klonlanması ve prokaryotik sistemde ifade ettirilmesini raporladık.HCV E1 proteininin E. coli içinde ifadesi için, 1b genotipindeki bir klinik izolattan tam uzunlukta ve C-terminali kesilmiş E1 dizileri PZT yoluyla amplifiye edilmiştir. Elde edilen ürünler pQE30 vektörüne takılıp klonlandıktan sonra His-etiketlenmiş proteinler olarak E. coli içinde ifade edilmiştir. E1 proteinleri SDS-PAGE ile karakterize edildikten sonra proteinlerin immün reaktivitesi anti-HCV pozitif serum örnekleri kullanarak Western Blot (WB) analizi ile değerlendirilmiştir. Tam uzunlukta ve kesilmiş C-terminal E1 hexa-histidin-etiketli rekombinant füzyon proteinleri olarak prokaryotik sistemde başarıyla ifade edilmiştir. Rekombinant E1 proteinlerinde, HCV ile enfekte hastaların poliklonal serumLarı kullanılarak immünolojik reaksiyon belirlenmiştir.Tam uzunlukta viral zarf proteinlerinin prokaryotik ifadesi zor olabilir. Bu çalışmada Türkiye'de ilk kez, immünolojik reaktif olan tam uzunlukta ve kesilmiş E1 proteinlerin başarılı ifadesi raporlanmıştır. Bu çalışmada elde edilen rE1 proteinleri tanısal ve immünolojik ileri çalışmalarda önemli araçlardan olabilir.Anahtar kelimeler : HCV zarf proteini 1; Rekombinant proteinler; Escherichia coli

Kan dışı örneklerde hepatit C virus RNA'sının araştırılması

Hepatit C virus (HCV) enfeksiyonu kronik hepatit, karaciğer sirozu ve hepatoselüler karsinomun en önemli nedenlerinden biridir. Hepatit C, yüksek oranda (%70-80) kronikleşen ve yıllarca asemptomatik seyreden bir enfeksiyondur.Kronik hepatit C enfeksiyonunda patogenez ve interferon+ribavirin tedavisinde yanıtsızlığa yol açan etkenler net olarak ortaya konamamıştır. Ekstrahepatik hepatit C virusu (HCV) replikasyonun bulaşmada, bağışık yanıttan kaçışta ve tedavi başarısızlğında yol oynayabileceğine ilişkin çelişkili veriler bulunmaktadır. Bu alandaki verilere katkı yapmak amacı ile planlanan çalışmada, kronik HCV hastalarından alınan farklı örneklerde (idrar, tükürük, dışkı), HCV RNA varlığı araştırıldı, pozitif bulunması durumunda kantitasyon ve HCV genotipi açısından aynı hastaya ait plazma örneğinden elde edilen sonuçlar ile karşılaştırıldı. Araştırmanın hipotezi; Hepatit C ile enfekte hastalarda vücudun farklı kompartmanlarında Hepatit C virusunun bulunduğu ve bu kompartmanlardaki viral yükler arasında bir fark olmadığıdır.On beş adet kronik hepatit C enfeksiyonu olan kişiden alınan plazma, tükürük, idrar ve dışkı örnekleri kantitatif izlenebilir (?real-time?) ters transkriptaz polimeraz zincir tepkimesi (RT-PZT) yöntemi kullanılarak HCV RNA açısından incelendi. Nükleik asit ekstraksiyonu QIAamp® Viral RNA Mini Kit (Qiagen, Almanya) ile yapıldı. Plazma dışı örneklerde farklı modifikasyonlar ile duyarlılığı en iyi yöntem araştırıldı. RT-PZT işlemi artus HCV RG RT-PCR Kit (Qiagen, Almanya) kullanılarak, Rotor-Gene 3000 (Corbett Research, Avusturalya) cihazında gerçekleştirildi. Aynı hastaya ait olan plazma ve plazma dışı örneklerde pozitiflik saptanması durumunda, restriksiyon enzim analizi yöntemi kullanılarak viral genotip belirlendi.İncelenen on beş hasta plazmasından on tanesinde HCV RNA pozitif olarak saptandı. Plazmasında viral RNA saptanan hastalardan birinde tükürük, birinde idrar ve bir diğerinde dışkı örneğinde plazma viral yüküne eşdeğer veya daha düşük miktarda HCV RNA saptandı. Plazma örneklerindeki virus, genotip 1 olarak belirlendi. Tükürük, idrar ve dışkı örneklerinin genotiplendirmesi düşük virus miktarı nedeniyle gerçekleştirilemedi. Sonuç olarak, HCV RNA serum dışındaki örneklerde de bulunmakta ve saptanabilmektedir.Anahtar Kelimeler: Hepatit C Virusu, Polimeraz Zincir Tepkimesi, Genotipleme

Türkiye Batı bölgelerinde hantavirus araştırılması: Trakya bölgesi kemiricilerinde hantavirus varlığının polimeraz zincir tepkimesi ile araştırılması

Hantaviruslar, üç segmentli genomları negatif iplikli olan RNA viruslarıdır. İnsanlarda iki önemli sendroma sebep olurlar. Birincisi Asya ve Avrupa? da görülen renal sendromlu kanamalı ateş (HFRS), diğeri ise Amerika? da hantavirus pulmoner sendromudur (HPS). Hantaviruslar, kemirici türleri tarafından taşınırlar ve her bir kemirici türü bir hantavirus türüne spesifiktir. Hantavirus tanısı için serolojik ve moleküler yöntemler kullanılır. Serolojik yöntemlerde en çok; IFAT, ELISA, Fokus Redüksiyon Nötralizasyon Testi ve Strip İmmunoblot yöntemi kullanılırken epidemiyolojik çalışmalarda ise IFAT ve ELISA özellikle yüksek aviditedeki IgG antikorlarını tespit etmeye yönelik kullanılır. Moleküler yöntemler ise hantavirus enfeksiyonlarının 12 ile 24 saat içinde ölüme gidebilen tablosundan ötürü hızlı tanıda önem kazanmaktadır. İnsan ve rodent doku örneklerindeki viral RNA? nın düşük seviyelerde bulunmasından ötürü, yüksek homolojiye sahip bölgeler için seçilmiş primerler kullanılarak gerçekleştirilen yuvalanmış ters transkripsiyon polimeraz zincir tepkimesine (nested-RT-PCR) gerek duyulmaktadır. Bu çalışmada, Trakya Bölgesi? nden toplanan kemiriciler optimize ettiğimiz yuvalanmış-RT-PCR yöntemi kullanılarak Dobrava, Saarema ve Puumala virüs varlığı açısından taranmıştır. Optimizasyon çalışması öncesi her üç türe özgü öncüller tasarlanmış ve sentezlettirilmiştir. Rodent dokuları ekstraksiyon kiti üreticisinin talimatlarına göre RNA ekstraksiyon işlemine tabi tutulmuş ve RNA? lardan cDNA sentezlettirilerek, sentezlenen cDNA?lar PZT ile taranmasına kadar -80 0C? de saklanmışlardır. PZT tepkimesinin yuvalı olmasına literatürler ışığında karar verilmiş ve Dobrava virüs için sırasıyla MgCl2 konsantrasyonu, cDNA konsantrasyonu, DMSO konsantrasyonu, öncül konsantrasyonu, ürün konsantrasyonu ve Tm optimizasyonu yapılmış ve bu koşullar Saaremaa ve Puumala için de denenerek üç virüs için de yöntem optimizasyonu oturtulmuştur. Daha sonra ise dokulardan ekstrakte edilen RNA? lardan elde edilen cDNA?lar üç virusun varlığı açısından ayrı ayrı taranmıştır. Tarama sonucunda üç serotip için de pozitif sonuç bulunamamıştır. Bu çalışmada optimize edilen PZT yöntemi, tanısal ve immünolojik ileriki çalışmalarda da kullanılabilir. Anahtar Kelimeler: Hantavirus, nested RT-PCR, optimizasyon

Hastane infeksiyonu etkeni olan metisilin dirençli staphylococcus aureus suşlarının antibiyotik hassasiyet testleri, plazmid profil analizi ve polimeraz zincir reaksiyonu ile tiplendirilerek epidemik suşların belirlenmesi

Hepatit C Virusu'na ait rekombinant NS3 proteininin saflaştırılarak oluşturduğu IFN-?, IL-10 ve IL-4 yanıtlarının araştırılması

Dünya çapında yaygın bir infeksiyon etkeni olarak görülen hepatit C virus (HCV) önemli bir halk sağlığı sorunudur. Dünya üzerinde halen yaklaşık olarak 180 milyon insanın HCV ile infekte olduğu öngörülmektedir. İnfekte hastaların %80 kadarının kronikleşmesi ve bunun zemininde zamanla önce siroz daha sonra da hepatoselüler karsinom (HCC) gelişme oranlarının HCV ile infekte olmayan insanlara göre çok yüksek olması dikkat çekicidir. HCV 11 farklı protein ürünü oluşturan yaklaşık 3011 aa'lik tek bir poliproteini kodlar. Bu poli proteinin çeşitli proteazlar tarafından kesilerek işlemlenmesi sonucunda ortaya çıkan NS3 (non-structural protein 3) proteini serin proteaz, NTPaz/helikaz işlevlerine sahip 631aa'lik en büyük proteinlerinden biridir. HCV NS3 proteininin hücre içi yolakların inhibisyonuna katılması ve immun sistemden kaçışta oynadığı rolün araştırılması ile ilgili çok sayıda çalışma bulunmasına karşın NS3'e karşı oluşan immun yanıtlarla ilgili veriler yetersizdir.Bu çalışmada Türkiye'de ilk kez yerel bir HCV kökenine ait NS3 proteininin saflaştırılması ve bu proteinin NS3'e karşı sitokin yanıtı çalışmalarında kullanılabilirliğinin gösterilmesi amaçlanmıştır. Bunun için Dokuz Eylül Üniversitesi Hastanesi Merkez Laboratuvarı'ndan tanısal araştırma amacıyla elde edilmiş HCV genotip 1 taşıdığı bilinen hastadan izole edilen HCV RNA kalıp olarak kullanılmıştır. HCV-RNA'nın NS3 kodlayan bölgesi RT-PZT ile çoğaltıldıktan sonra bir ekspresyon vektörü aracılığı ile klonlanmış ve tam uzunlukta HCV NS3 proteini Escherichia coli M15 hücrelerinde eksprese edilmiştir. Ekspresyon vektörü olarak 6x His-tag dizisi içeren pQE30 plazmiti kullanılmıştır. Rekombinant protein nikel?nitrilotriasetik asit (Ni?NTA) agaroz afinite kromatografisi ile denatüre edici şartlarda saflaştırılmıştır. Sitokin yanıtı çalışmaları için sağlıklı 4 erkek ve 3 kadından oluşan çalışma grubunun tam kan ve periferik kan mononükleer hücreleri rekombinant NS3 ile uyarılmıştır. Uyarılan hücrelerin ve kontrollerin bulunduğu ortam süpernatanlarında IFN?, IL-4, IL-10 sitokin yanıtları kantitatif ELISA yöntemi ile değerlendirilmiştir. Rekombinant NS3 proteinine karşı uyarım sonrası yanıtlar değerlendirildiğinde özellikle uyarılan tam kan örneklerinde belirgin bir IL-10 yanıtı ortaya çıktığı gözlenirken IFN? ve IL-4 için aynı durum gözlenmemiştir. Sonuç olarak şimdiye dek ülkemizde ve uluslar arası literatürde yayınlanmış veriler üzerinde yaptığımız taramalarda ilk kez ülkemizden bir HCV genotip 1b kökenine ait NS3 proteini saflaştırılmış olup sitokin yanıtları ile ilgili optimizasyon ve standardizasyon çalışmaları devam etmektedir.

Diyareli hastalarda campylobacter spp. ve enterohemorajik escherichia coli sıklığının araştırılması

Amaç: Dokuz Eylül Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi ve Behçet Uz Çocuk Hastalıkları Eğitim ve Araştırma Hastanesi mikrobiyoloji laboratuvarlarına diyare öntanısı ile gönderilen dışkı örneklerinde, Campylobacter spp. ve Enterohemorajik Escherichia coli'nin prevalansını belirlemek ve üreyen izolatların antibiyotik duyarlılıklarını incelemektir.Yöntem: Çalışmamızda, Haziran 2007- Mayıs 2008 tarihleri arasında, 775 dışkı örneğinden m CCDA besiyeri ve hipurat hidrolizi testi kullanılarak 85 adet Campylobacter jejuni ve 12 adet Campylobacter coli izole edildi. Moleküler tanımlama için PZR ile Campylobacter spp. 16S rRNA geni ile hipurikaz geni varlığı araştırıldı. Ayrıca, hipurat negatif izolatlar ile hipurat testi pozitif olan 5 izolatın tür tanımlanması ApiCampy ile de doğrulandı. İzolatların antibiyotik duyarlılıklarının saptanması için; E-Test yöntemi ile meropenem, gentamisin, doksisiklin, eritromisin ve siprofloksasin duyarlılıklarına bakıldı. Çalışmanın EHEC izolasyonunu kapsayan ikinci kısmında, akut ishal yakınması ile başvuran ve yapılan dışkı kültürlerinde herhangi bir patojen bakteri (Salmonella, Shigella, Campylobacter vb.) üremediği halde E. coli üremesi olan toplam 171 örnek işleme alındı.Sonuç: Çalışma süresince toplam 97 Campylobacter spp. üretildi ve tanımlama protokolü rutin laboratuara yerleştirildi. C. jejuni'lerde eritromisin ve doksisikline % 11.8, gentamisine % 4.7, siprofloksasine % 51.8 oranında direnç tespit edildi. İzolatların tümü meropeneme duyarlı idi. C. coli izolatlarında ise, meropenem, gentamisin ve doksisikline direnç saptanmazken, eritromisine % 17 ve siprofloksasine % 50 oranında direnç tespit edildi. EHEC saptanmasında; üreyen 171 E. coli'den beş tanesi O:157-H7 antiserumu ile reaksiyon verdi ve Enterohemorajik Escherichia coli olarak adlandırıldı. Escherichia coli'lerin tamamı stx-1 ve stx-2 genleri açısından PZR ile incelendi ve hiçbir suşta stx-1 ve/veya stx-2 geni saptanamadı. Tartışma: Bu verilere göre bölgemizde Enterohemorajik E. coli O:157-H7 serotip dışında diğer serotiplerin diyare etkeni olması sözkonusu olabilir. Bu nedenle, diğer E. coli`nin serotiplerinin de araştırılması uygun olacaktır. Diyare etkenleri arasında önemli bir ajan olduğu anlaşılan Campylobacter spp.'nin laboratuar tanısı bölgemizdeki sıklığı ve antimikrobiyal duyarlılığının tespiti büyük önem taşımaktadır.

Metisiline dirençli Staphylococcus aureus izolatlarının ?Staphylococcal Cassette Chromosome mec?(SCCmec) analizi ile moleküler tiplendirilmesi

Amaç: Staphylococcus aureus, gerek virulans mekanizmaları gerekse antimikrobiyal ajanlara karşı hızla direnç kazanma yeteneğinde olması nedeniyle yaşamı tehdit eden ciddi enfeksiyonlara yol açabilen bir mikroorganizmadır. Metisiline dirençli Staphylococcus aureus (MRSA) suşları birçok ülkede hastane enfeksiyonlarının başlıca sebebidir. MRSA klonlarının sınır tanımadan yayılma özelliğinden dolayı bu klonların genotipik özelliklerinin ve evrimsel gelişiminin, farklı coğrafik bölgelerden izole edilen suşların genetik ve evrimsel ilişkilerinin araştırılması önem kazanmıştır. Bu çalışmada, 2006-2009 yıllarında Dokuz Eylül Üniversitesi, İstanbul Üniversitesi İstanbul Tıp Fakültesi, Marmara Üniversitesi ve Hacettepe Üniversitesi (Çocuk) Hastanelerinde çeşitli klinik örneklerden izole edilmiş MRSA izolatlarının ?Stafilokok Kaset Kromozom mec? (Staphylococcal Casette Chromosome (SCC) mec) tiplerinin belirlenmesi,?Panton-Valentine Lökosidin? (pvl) gen varlığının araştırılması, aynı merkez ve farklı merkezlerdeki moleküler epidemiyolojik ilişkilerin makrorestriksiyon analiz yöntemi ile saptanması amaçlanmıştır.Yöntem: Çalışmaya, Dokuz Eylül Üniversitesi Hastanesi'nden 100 izolat, İstanbul Üniversitesi İstanbul Tıp Fakültesi Hastanesi'nden 21 izolat, Marmara Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi'nden 34 izolat ve Hacettepe Üniversitesi Çocuk Hastanesi'nden 52 izolat olmak üzere, her hastadan tek bir izolat olacak şekilde, toplam 207 izolat dahil edilmiştir. İzolatların identifikasyonu, her merkezin kendi mikrobiyoloji laboratuarlarında yapılmıştır. Tüm izolatların metisilin direnci ?CLSI? (Clinical and Laboratory Standarts Institute) önerilerine uygun olarak merkezimizde tekrar çalışılmıştır. SCCmec tipleri ve PVL varlığı iki farklı multipleks polimeraz zincir tepkimesi (PZT) kullanılarak araştırıldı. İzolatlar arasındaki klonal ilişki ve merkezlerin kendi içlerindeki moleküler epidemiyolojik durumu SmaI enzimi ile restriksiyonu takiben PFGE yöntemi ile belirlenmiştir.Bulgular: Çalışmaya alınan izolatların 1'i (%0.5) SCCmec tip II, 7'si (%3.4) SCCmec tip III, 179' u (%86.5) SCCmec tip III varyantı, 14' ü (% 6.7) SCCmec tip IV ve 6' sı (% 2.9) SCCmec tip IVE olarak saptanmıştır. İzolatların 5'inde (% 2.4) pvl gen varlığı tespit edilmiştir. PVL pozitif suşların tümü tip IV SCCmec elemanı taşımaktadır. Ancak tüm SCCmec tip IV/IVE' lerin tümü pvl geni taşımamaktadır. Tip IV dışındaki diğer SCCmec tiplerinde pvl geni bulunmamıştır. PFGE paternlerine göre izolatların, 13 farklı pulsotipe ayrıldığı saptanmıştır. İzolatların tümü değerlendirildiğinde %87.4' ünün dominant bir klona (A klonuna) ait olduğu belirlenmiştir. Bu durum özellikle SCCmec tip III varyantı taşıyan izolatlar için geçerlidir. Buna karşın, tip IV/IVE SCCmec elemanı taşıyan suşların hiçbirinin bu klona ait olmadığı saptamıştır. SCCmec tip IV/IVE taşıyan izolatların %55'inin K pulsotipi içerisinde yer aldığı belirlenmiştir.Sonuç: Farklı merkezlerden izole edilen MRSA izolatlarının büyük bir çoğunluğunun SCCmec tip III varyantı taşıdığını saptadığımız çalışmamızda, SCCmec tip IV/IVE taşıyan izolatların tespit edilmesi ve bu izolatların sadece bir kısmının pvl geni taşıması çalışmamızın dikkat çekilmesi gereken noktalarıdır. Hastane kökenli MRSA'larda, toplum kökenli MRSA SCCmec tipi olarak bilinen tip IV/IVE SCCmec elemanın bulunması, MRSA epidemiyolojisindeki değişimi yansıtmaktadır. SCCmec tip IV MRSA izolatlarının virülans faktörü olan pvl geninin, izolatların bazılarında tespit edilmemesi de SCCmec tip IV ile PVL arasındaki bağlantının kesinliğinin sorgulanması gerektiğini göstermektedir.

Staphylococcus aureus üzerine Vankomisinin subminimal inhibitör konsantrasyon ve minimal inhibitör konsantrasyonlarda virulansa etkisi

Amaç vankomisinin Staphylococcus aureus ATCC 25923'ün virulansını nasıl etkilediğini gözlemlemektir. Virulans faktörleri değerlendirilirken vankomisinin minimum inhibitör konsantrasyonun (MİK) üst değerleri (supra-MİK), MİK değerleri ve sub-MİK değerlerinde, yumurtalı besiyeriyle lipaz, yağsız süt tozlu besiyeriyle proteaz, %5 koyun kanlı besiyeriyle hemoliz özellikleri incelenmiştir. Tüp koagülaz yöntemiyle salınan koagülaz, lam koagülaz yöntemiyle bağlı koagülaza ve lateks aglutinasyon ile protein A ve kümeleştirici faktörün (?clumping factor?) varlığına bakılmıştır. Biyofilm oluşumu kristal viyole yöntemi ile incelenmiştir.Mikrodilusyon yöntemi ile Staphylococcus aureus ATCC 25923 için vankomisinin en düşük baskılayıcı yoğunluğu (MİK'i, minimal inhibisyon konsantrasyonu) 1µg/ml bulunmuştur. . Proteaz supra-MİK, MİK ve sub-MİK'lerde pozitif gözlenmiştir. Hemoliz supra-MİK, MİK ve sub-MİK'lerde pozitif gözlenmiştir. Lam koagülaz vankomisinin MİK(1µg/ml), %50 MİK (0,5 µg/ml), %25 MİK (0,25 µg/ml) ve %12,5 MİK (0,125 µg/ml) değerlerinde pozitif bulunmuştur. Lateks aglutinasyon %50 MİK (0,5 µg/ml), %25 MİK (0,25 µg/ml) ve %12,5 MİK (0,125 µg/ml) değerlerinde pozitif bulunmuştur. Tüp koagulaz %50 MİK (0,5 µg/ml), %25 MİK (0,25 µg/ml) ve %12,5 MİK (0,125 µg/ml) değerlerinde 2. saatten itibaren pozitif bulunmuştur. Biyofilm %50 MİK (0,5 µg/ml), %25 MİK (0,25 µg/ml) ve %12,5 MİK (0,125 µg/ml) değerlerinde pozitif bulunmuştur.Çalışmamızda, Staphylococcus aureus'un mikroçevre koşullarını oluşturan vankomisinin varlığında, bakterinin davranışlarının (fizyopatolojisinin) değişmediği gözlemlenmiştir. Vankomisinin kullanmanın ?son çare olduğu? klinik durumlarda vankomisin konsantrasyonlarında Staphylococcus aureus' un üremesi, bakteri virülansının etkilenmeyeceğini göstermektedir. Buna bağlı olarak vankomisinin bakterinin davranışlarını genotipik ve fenotipik olarak etkilemediğini söylemek mümkündür.Anahtar kelimeler: Staphylococcus aureus, vankomisin, eksoenzimler, yüzey proteinleri, biyofilm

Capd peritoniti olgularında etkenlerin belirlenmesi

Akdeniz Üniversitesi Tıp Fakültesi hastanesinde yatan hastalardan izole edilen pseudomonas aeruginosa`nın antibyotiklere direnç özellikleri

Hemodiyaliz hastalarında legionella pneumonphila antikorlarının araştırılması

Klinik örneklerden izole edilen enterokok türlerinin identifikasyonu, antibiyotiklere duyarlılıkları, yüksek düzey gentamisis direnç özelliklerinin ve beta laktamoz aktivitelerinin araştırılması

Riskli gebelerde sitomegalovirüs infeksiyonlarının serolojik ve moleküler yöntemlerle araştırılması

Amaç ve Hipotez: Sitomegalovirüs viral intrauterin infeksiyonların en sık sebebidir. Gebelerdeki primer ve rekürren CMV infeksiyonları, anne ve bebeğinde ciddi sonuçlara neden olabileceğinden iyi tanımlanması ve buna göre korunma ve tedavi şekillerinin belirlenmesi önem taşımaktadır. Bu çalışmada riskli gebelerde sitomegalovirüs IgG ve IgM antikorlarının seropozitiflik oranlarını belirlemek ve amniyon sıvısında CMV-DNA varlığını tespit etmek amaçlanmıştır.Yöntem: Bu çalışma Mart 2006-Aralık 2008 tarihleri arasında Adnan Menderes Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı laboratuvarında yapılmıştır. Çeşitli obstetrik nedenlerden dolayı amniyosentez yapılan 100 gebenin kan ve amniyon sıvı örnekleri incelenmiştir. Kan örneklerinde CMV IgG ve IgM antikorlarının varlığı CMV IgM ?-capture ve IgG ELISA (Meddens Diagnostics BV) testi ile, avidite indeksi, CMV IgG avidite ELISA (Radim SpA, Pomezia-Roma-İtalya) testi ile araştırılmıştır. Gebeler CMV IgM antikor varlığına göre seropozitif ya da seronegatif ve avidite indeksine göre primer ya da rekürren infeksiyon olarak gruplandırılmıştır. Kan ve amniyon sıvı örneklerinde CMV DNA varlığı ?RoboGene Human Cytomegalovirus (HCMV) Quantification Kit? (RoboGene®AJ Roboscreen GmbH, Germany) ile ?ABI PRISM 7000?(Applied Biosystems, USA) cihazında real-time PZR yöntemi ile araştırılmıştır.Bulgular: Gebelerde seropozitiflik oranı %95, seronegatiflik oranı ise %5 olarak bulunmuştur. Fetal infeksiyon oranı %1 oranında saptanmıştır. Bir gebenin amniyon sıvı örneğinde PZR yöntemi ile CMV DNA tespit edilmiş, bu gebenin ve bebeğinin ve ayrıca CMV IgM pozitifliği olan diğer gebenin kan örneklerine yapılan CMV IgG avidite testinde, avidite indeksleri yüksek bulunmuştur. Kan örneklerinin hiçbirinde CMV DNA tespit edilememiştir.Sonuç: Bölgemizde seropozitiflik oranının yüksek olması nedeniyle fetal infeksiyon oranı düşük bulunmuştur. Gebelikte serokonversiyon geliştiğinde ya da CMV IgM antikor pozitifliği saptandığında, gebelerin CMV açısından serolojik yönden taranmalı ve sonuçlar avidite testi ile desteklenmelidir. Akut infeksiyon durumunda, 21-22 gebelik haftasında amniyon sıvısından yapılacak CMV PZR testi ve/veya kültür uygulanabilir. Sonuç olarak riskli gebeler CMV infeksiyonu yönünden taranmalıdır. Riskli gebeliklerde 21-22. haftadan önce alınan amniyon sıvısında CMV DNA'nın negatif saptanabileceği akılda tutulmalıdır.Yazışma Adresi: Dr. Gonca EVCİLAdnan Menderes Üniversitesi Tıp FakültesiMikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim DalıTel: (+90) (256) 444 12 56 / 517E-posta: goncaevcil@mynet.com

Servikal örneklerde chlamydia trachomatis infeksiyonlarının polimeraz zincir reaksiyonu ve direkt floresan antikor yöntemleri ile araştırılması

ÖZETServikal Örneklerde Chlamydia trachomatis nfeksiyonlarının Polimeraz ZincirReaksiyonu ve Direkt Floresan Antikor Yöntemleri le Araştırılması(Dr. Alper KAPDAĞLI)Klamidya infeksiyonları, en sık görülen bakteriyel infeksiyonlardandır ve dünyaekonomisine önemli bir yük getirmektedir. Bunu önlemek amacı ile birçok ülkede riskgrupları dikkate alınarak ulusal tarama programları geliştirilmiştir. Mukopürülan akıntısıolan doğurganlık çağındaki kadınlarla, genelev çalışanları bu risk gruplarından ikisidir.Çalışmamızda Aydın yöresindeki Chlamydia trachomatis infeksiyonu açısından riskgruplarında çalışma yapıp, bu bölgedeki prevalans değerleri hakkında veri elde etmek veileride daha kapsamlı çalışmalar için zemin oluşturmak amaçlanmıştır.Çalışmamıza Aydın genelevinde kayıtlı 49 genelev kadınının yanısıra ADÜ TıpFakültesi Kadın Hastalıkları ve Doğum Anabilimdalı polikliniğine ve Kadın-doğumhastanesi polikliniğine gelen, mukopürülan akıntısı olan 47 ve kontrol grubu olarakmukopürülan akıntısı olmayan 44 olmak üzere, 15-45 yaş arası 91 hasta dahil edildi. Buçalışma gruplarından alınan endoservikal örneklerde C. trachomatis tanısı amacı ilePolimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ve direkt floresan antikor (DFA) testleri çalışıldı.Aynı hastaların serviks ağzından alınan örneklerin kanlı agar, Eozin metylene Blue(EMB), çukulatamsı agar ve Sabouraud dextrose agar (SDA)'da kültürleri değerlendirildive Gram boyama ile direkt mikroskobik bakıları yapıldı. Ayrıca iki ayrı eküvyon ile arkaforniks'den örnekler alınıp biri ile hasta başında indikatör şeritler kullanılarak pHölçüldü, diğeri ile servikal direkt mikroskobik bakı yapıldı ve Whiff testi uygulandı.Polimeraz zincir reaksiyonu testi, 1 kişinin endoservikal örneğinde pozitif sonuçvermiş olup prevalans %0.7 (n=140) olarak belirlendi. Direkt floresan antikor testindecut-off değeri her alanda 10'un üzerinde elementer cisimciğinin (EB) görülmesi kabuledildiğinde, 127 örneğin hepsi negatif olarak değerlendirildi. Buna karşın her alanda 6-10EB'nin görülmesi pozitiflik kabul edildiğinde prevalans oranı % 7,1, 2-5 EB'ningörülmesinde ise %16 olarak bulundu.Kültür bakılarında; 140 örneğin 100 (%71.4)'ünde normal vajen floraelemanlarına rastlandı, 19'unda (%13.5) üreme görülmedi. Kültürlerin 8'inde (%5.7)2Gardnerella vaginalis, 3'ünde (%2.1) Streptococcus agalactiae, 7'sinde (%5) Candidaalbicans, 3'ünde (%2.1) Escherichia coli, birinde (%0.7) Neisseriae gonorrhoeae üredi.Onbeş (%10.7) hastanın örneklerinden yapılan testlerde bakteriyel vajinoz teşhisi kondu.Üç hastanın (%2.1) direkt mikroskobisinde Trichomonas vaginalis trofozoitlerinerastlandı.Bölgemizde genelev çalışanlarının yanısıra mukopürülan akıntısı olan kadınlardaC. trachomatis görülme oranı yönteme ve cut-off değerine bağlı olarak farklı değerlerdesaptanmıştır. Daha sağlıklı verilere ulaşmak için çok daha kapsamlı çalışmalarınyapılması gerektiği düşünülmektedir.

Dışkı örneklerinde gastroenterit etkenlerinin araştırılması

Amaç ve Hipotez: Gastroenterit; tüm dünyada oldukça sık görülen, önemli bir halk sağlığı sorunudur. Gastroenteritlerde etkenin belirlenmesi ve tedavinin antibiyotik duyarlılık testi sonucuna göre belirlenmesi, mortalite ve morbiditeyi azaltmasının yanı sıra antibiyotik kullanım politikasını belirleyeceğinden önem taşımaktadır. Bu çalışmada hastanemize başvuran olgularda akut gastroenterit nedeni olan başlıca bakteriyel ve viral etkenlerin sıklığının, yaş ve aylara göre dağılımının, antibiyotiklere direnç durumunun saptanması, bölgemizdeki gastroenteritli hastalara yaklaşımda yol gösterecek verilerin elde edilmesi amaçlanmıştır.Yöntem: Bu çalışma 1 Ocak 2007-15 Şubat 2008 tarihleri arasında Adnan Menderes Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Laboratuvarında yapılmıştır. Gastroenterit semptomları bulunan 200 olgu ve kontrol grubunu oluşturmak üzere semptomsuz hastalardan alınan 80 dışkı örneği incelenmiştir. Alınan örneklerde kültür ile Campylobacter türleri, Aeromonas türleri, Yersinia enterocolitica, EHEC, V. cholerae, Shigella türleri, Salmonella türleri, immünokromatografik yöntem ile rotavirüs ve adenovirüs antijenleri (VIKIA Rota-Adeno, BioMérieux) araştırılmıştır. Campylobacter kökenleri klasik yöntemler, API Campy (BioMérieux) ticari kiti ve polimeraz zincir reaksiyonu ile tanımlanmıştır.Bulgular: Gastroenterit ön tanılı olgulardan alınan dışkı örneklerinin kültüründe dokuz (% 4,5) Campylobacter jejuni, beş (% 2,5) Salmonella spp. saptanmış, Aeromonas spp., Yersinia enterocolitica, enterohemorajik Escherichia coli, Vibrio cholerae üretilmemiştir. Bu grupta 22 (% 11) örnekte rotavirüs, üç (% 1,5) örnekte adenovirüs antijeni saptanmıştır. Kontrol grubunu oluşturan 80 olguda aranılan patojenlerin hiçbirine rastlanmamıştır. Campylobacter jejuni kökenlerinde E-test yöntemi ile ofloksasine direnç % 56 oranında tespit edilirken, test edilen diğer antibiyotiklere (trimetoprim-sülfametoksazol, tetrasiklin, eritromisin) dirençli köken saptanmamıştır.Sonuç: Çalışmamızda araştırılan gastroenterit etkenleri arasında ilk sırayı alan rotavirüsler, çocukların yanı sıra erişkinlerde de en sık görülen etken olmuştur. Campylobacter jejuni'nin en sık saptanan bakteriyel etken olması nedeni ile bölgemizde rutin dışkı kültüründe bu bakterinin de araştırılması gerektiği düşünülmektedir.Anahtar Kelimeler: Campylobacter türleri, Gastroenterit, Salmonella türleri, rotavirüs, PZR.

Hepatit B virus DNA polimeraz geni mutasyonlarının saptanması

HBV, dünya nüfusunun üçte birinin karşılaştığı ve 350 milyondan fazla taşıyıcısı olan önemli bir sağlık sorunu etkenidir. Kronik B hepatiti, siroz ve hepatosellüler karsinomaya ilerleme potansiyeli nedeniyle tedavi edilmesi gereken ciddi bir hastalıktır. Tedavide interferon ve nükleozit analogları kullanılmaktadır. Nükleozit analogları arasında, etkinliği yüksek, iyi tolere edilen, ciddi yan etkisi olmayan ve diğer ilaçlara göre daha ucuz olan lamivudin (LAM), sık tercih edilen bir ilaçtır. LAM tedavisi sırasında ortaya çıkan ve dirence yol açan mutasyonlar, genellikle tedavinin 6-8. ayından sonra görülmeye başlanmakta ve ilacın kullanıldığı süreyle orantılı olarak yıllar içerisinde artış göstermektedir. Tedavi başarısını izlemek ve başarısızlık halinde alternatif ilaçlarla tedaviye devam edebilmek için lamivudine karşı direnç gelişiminin saptanması önemlidir.Tedavi sırasında HBV pol geninde saptanan değişikliklerin izlenmesi ve bildirilmesi, yeni ilaç direnç paternlerinin ve klinik sonuçlarının tanımlanmasını sağlayacaktır. Bu bilgilerden yola çıkarak planladığımız çalışmamızda,1) LAM direnç mutasyonlarının gelişme sıklığının ve zamanının belirlenmesi,2) HBV polimeraz geninde oluşan YMDD motif mutasyonlarının saptanması için dizi analizi (DA), restriksiyon enzim analizi (REA) ve strip hibridizasyon (LiPA) yöntemlerinin karşılaştırılması,3) LAM direnç mutasyonu saptanan olgularda, mutasyonun saptanma zamanı ile viral yük / ALT değerlerindeki artış arasındaki ilişkinin belirlenmesi,4) LAM direnç mutasyonları ile çakışan bölgedeki S mutasyonlarının incelenmesi,5) HBV-DNA polimeraz geninde oluşan diğer sekans değişikliklerinin belirlenmesi6) Olguların viral genotip ve subtiplerinin belirlenmesi amaçlanmıştır.Çalışma grubumuz, Dokuz Eylül Üniversitesi Tıp Fakültesi Gastroenteroloji Bilim Dalı'nın izlediği kronik B hepatiti nedeniyle lamivudin tedavisi başlanan olgulardan oluşturulmuş ve iki alt grupta değerlendirilmiştir.·Grup A: En az bir yıl izlenen, tedavi öncesi ve tedavinin 3, 6, 9, 12. ayına ait seri serum örneği bulunan 30 olgu ve·Grup B: Seri örnekleri olmayan ancak tedavinin farklı zamanlarına ait serumları bulunan 16 olgu. Bu gruptaki 11 olgunun 12. ay, 14 olgunun 24. ay ve 9 olgunun 36. ay serum örneği vardı.Grup A'da yıllar içinde dizi analizi yöntemi ile YMDD mutantı gelişme oranları değerlendirildi. YMDD mutantı saptanan olgu sayısı, tedavinin birinci yılında 6/30 (%20), ikinci yılında 8/20 (%40), üçüncü yılında 4/10 (%40) idi. Grup A ve Grup B olgularının tümü için dizi analizi ve LiPA yöntemleri ile saptanmış olan YMDD mutantlı olguların oranı lamivudin tedavisinin birinci yılı sonunda %23.1 (9/39 olgu), 2. yılı sonunda %36.4 (12/33 olgu), 3. yılı sonunda %35.0 (7/20 olgu) idi.Lamivudin tedavisi alan olguların izlemi ile elde edilen ve tedavinin farklı basamaklarına ait (tedavi öncesinde, sırasında ve sonrasında) toplam 123 serum örneğinin dizi analizi sonuçları, LiPA ve REA yöntemlerinin sonuçları ile karşılaştırıldı. Varyantları saptamada LiPA testinin, DA ve REA'dan daha başarılı olduğu gözlendi. LiPA testi kodon 204 için minör viral populasyonları saptamada, DA'ne göre 4/123 örnekte (%3,25) daha duyarlıydı. LiPA testi, REA'ya göre, kodon 180 için 64/123 örnekte (%52), kodon 204 için 63/123 örnekte (%51,2) daha duyarlı bulundu. DA ve LiPA sonuçları, kodon 180 için %99,9 (122/123 örnek), kodon 204 için %94,3 (116/123 örnek) oranında birbiriyle uyumlu saptandı. LiPA testi, genellikle minor popülasyonları yakalamada daha başarılı olmakla birlikte, kodon 180 için bir, kodon 204 için bir olmak üzere toplam iki örnekte, karışık viral populasyonlardan birini saptayamadı. Bir hastanın iki örneğinde ise DA ile rtM204I mutasyonu belirlenirken, LiPA ile 204. kodona ait yabanıl ve mutant diziye özgü problardan hiçbirinde hibridizasyon bandı oluşmamıştı.REA yönteminin 103 kopya/ml'nin altındaki HBV DNA düzeylerinde sonuç veremediği saptandı ve 62 örneğin (%50.4) sonucu elde edilemedi. DA yönteminin karışık viral populasyona sahip örnekleri saptamada, REA ile karşılaştırıldığında, kodon 180 için %52.0 (64/123 örnek), kodon 204 için %52.8 (65/123 örnek) oranında daha duyarlı olduğu saptandı. Bu örneklerde REA yöntemi ile ya viral yüke bağlı olarak hiç sonuç alınamamış veya karışık viral populasyonlu örneklerdeki minör tipler saptanamamıştı. Çalışmamızda REA yönteminin, DA'ne göre kodon 204 için sadece bir örnekte, LiPA'ya göre kodon 180 için 1, kodon 204 için 1 örnekte karışık viral populasyonları tanımlamada daha başarılı olduğu saptandı.Çalışmamızda, hasta grubunun %50'sinde YMDD mutantı saptanırken, YMDD mutantına sahip olguların %80'inde (12/15 olgu) viral direnç geliştiği gözlendi. YMDD mutantı gelişen olgularda, mutasyonlar ortalama 18,8. ayda belirlendi. Mutasyonlar en erken (bir olguda) tedavinin 3. ayında saptandı. YMDD mutantlarının saptanmasından ortalama 5 ay sonra viral yükte anlamlı artış olduğu görüldü. ALT yükselmesi, genellikle (11 olgu) viral yük artışından sonra gelişti ve tedavinin ortalama 26. ayından sonra saptandı.Lamivudin tedavisinden önce Grup A' ya ait 30 olgudan sadece 1'inde (%3.3) dizi analizi (DA) ve LiPA yöntemleri ile YMDD mutantı saptandı. Örnekte, rtM204I mutasyonu, minör populasyonu oluşturmaktaydı ve baskın yabanıl tip ile birlikteydi. Tedaviden önce saptanan YIDD mutantının, tedavinin başlamasıyla kaybolduğu, tedavinin 30. ayında DA ve LiPA yöntemleri ile tekrar saptandığı görüldü. Tedavi öncesi örnekte, DA ve LiPA yöntemleri ile saptanmış olan YMDD ve YIDD dizili viral populasyonların varlığı, klonal analiz ile doğrulandı. Tedavinin 9. ayındaki serum örneğinden yapılan klonal analizde ise elde edilen yedi klonun tümünün YMDD dizisi taşıdığı saptandı.Çalışmamızda, A grubu olgularda lamivudin tedavisi sırasında ilk gözlenen YMDD mutasyonları sıklık sırasıyla, YIDD (6 olgu), YMDD+YIDD (4 olgu), YMDD+YIDD+YVDD (3 olgu), YIDD+YVDD (1 olgu), YVDD (1 olgu) olarak belirlendi. Mutasyon saptanan beş olgunun izleminde, mutasyonlardaki ardışık değişiklikler benzer bir patern gösteriyordu. Bu olgularda yabanıl tip viruslar yerini öncelikle YIDD mutantlarına bırakıyor, bir süre sonra YIDD mutantlarından YVDD mutantlarına geçiş gözleniyordu. Olgularımızda, kompansatuar rt L180M mutasyonu, YVDD/YIDD mutasyonu ile aynı zamanda veya daha sonra saptandı. On iki olguya ait 16 örnekte saptanan rtL80I/V mutasyonlarının 13'ünde YIDD, üçünde YIDD + YVDD bulunuyordu.Lamivudin tedavisine direnç geliştiren olgularımızda rtM204I, rtM204V, rtV173L polimeraz mutasyonlarının, S bölgesinde sırasıyla W196L/S, I195M, E164D mutasyonlarına yol açtığı saptandı.Lamivudin direnç mutasyonu saptanan olgularda; HBV DNA pol/rt geninde dizi analizi yöntemi ile N76D (3 olgu), R110G (2 olgu), L115Y, S117Y, N123D, G127R, T128N (2 olgu), T128I, N139K, L144C, L145M, T184I, V214E, S219A, F221Y, T225N L229W, L231V, P237H, N238H, Y245H, K270R değişiklikleri gözlendi.30 olgunun serum örneğinde, dizi analizi yöntemi kullanılarak HBV genotipleri değerlendirildi. Filogenetik analiz sonucu; tüm olgulara ait dizilerin, Genotip D dizileriyle birlikte kümelendiği görüldü. Olgulardan 7'sinin (%23,3) ayw3, 23'ünün (%76,7) ayw2 subtipi ile infekte olduğu belirlendi.

Pseudomonas aeruginosa enfeksiyonu gelişiminde, etken-konak etkileşiminin karşılıklı kinetiği

Biyotik ve abiyotik yüzeylere yerleşebilen ve fırsatçı bir patojen olan Pseudomonas aeruginosa; dünyada olduğu kadar ülkemizde de hastane infeksiyonlarının önemli bir kaynağıdır.Mikroorganizmaların kendi aralarında haberleşme sistemleri olan Çoğunluğu Algılama (ÇA; Quorum Sensing), virulans etkenlerinin üretiminin yeniden düzenlenmesinde de etkin olmaktadır. Bakteriler, hücre dışı sinyal molekülleri ile çalışan bu sistemleri lokal yoğunluklarını belirlemek amacı ile de kullanırlar.Konak (in vitro sistem) ve değişik antibiyotik konsantrasyonları (subminimal inhibitör konsatrasyonlar =sub-MİK) ile karşılaşmış Pseudomonas arasındaki ilişkinin tanımlanması sağaltımın planlanmasında önem kazanmaktadır.Günümüzde Pseudomonas enfeksiyonlarının sağaltımında antibakteriyeller yanı sıra, bakterinin genotipik ve fenotipik tiplendirilmesinin de büyük önemi olduğu düşünülmektedir.Bu çalışmada; minimum inhibitör konsantrasyonları (MİK) belirlendikten sonra gentamisin, netilmisin ve amikasinin MİK ve sub-MİK konsantrasyonları ile karşılaşmış biri ÇA olumlu, diğeri ÇA olumsuz iki klinik Pseudomonas aeruginosa ve standart Pseudomonas aeruginosa ATCC 27853 (ÇA olumlu) suşlarının ÇA sistemleri, biyofilm oluşumu, alkalen proteaz, jelatinaz, oksidaz, katalaz üretimi, kinetikleri belirlenen zaman aralıklarında değerlendirilmiştir.Sonuç olarak Pseudomonas sağaltımında ÇA' nın yeni, olası ?sağaltım hedefleri? deki rolünün anlaşılmasında; ÇA olumlu ve ÇA olumsuz Pseudomonas aeruginosa suşları ile konak arasındaki ilişki, ÇA sistemlerinin patojenite üzerine olası etkileri, bu etkilerin zamanlamalarının saptanması gibi birçok etmenin yer aldığı kanısına varılmıştır.Anahtar kelimeler: Pseudomonas aeruginosa, ?Quorum Sensing?, subminimal konsantrasyonları,

Dispeptik hastalarda ELISA ve Western blot yöntemleri ile Helicobacter pylori'nin antijenik varyasyonlarının araştırılması

Helicobacter pylori (H. pylori) gastrik mukozada kolonize olan spiral, mikroaerofilik, Gram-negatif bir bakteridir. H. pylori enfeksiyonu gelişmiş ülkelerde nüfusun % 20-50'inde, gelişmekte olan ülkelerde nüfusun % 80-90'nında ortaya çıkan en yaygın kronik bakteriyel enfeksiyondur. H. pylori kronik gastrit, duodenal ve gastrik ülser, gastrik adenokarsinoma mukoza ilişkili lenfoid doku (MALT) lenfoma gibi birçok üst gastrointestinal sistem hastalıklarıyla ilişkilidir ve sınıf 1 karsinojeni olarak sınıflandırılmıştır. Dispeptik hasta serum ve idrar örneklerinde anti-H. pylori antikor (IgG, IgA/IgG, CagA IgG) varlığı Enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA), Western blot, URINELISA ve RAPIRUN yöntemleri ile araştırıldı. Ayrıca anti-H. pylori pozitif hasta serumlarında Western blot yöntemi ile saptanan virülans faktörlerinden sitotoksin ile ilişkili gen A (CagA), vakuol oluşturucu sitotoksin A (VacA) ve diğer H. pylori antijenlerine karşı oluşan antikorların görülme sıklığı ve bu antijenlere karşı oluşan antikorların histopatoloji bulguları ile ilişkisi karşılaştırıldı. Bu hasta grubunda antijenik varyasyonun moleküler düzeyde belirlenmesinde ileri araştırmalar yapılabilmesi amacıyla da altın standart yöntem olan H. pylori kültür optimizasyonu yapıldı.Nisan 2006 ve Temmuz 2008 tarihleri arasında dispeptik yakınmaları nedeniyle Dokuz Eylül Üniversitesi Tıp Fakültesi Gastroenteroloji Polikliniği'ne başvuran ve endoskopi endikasyonu konulan 136 olgu (102 kadın, 34 erkek yaş ortalaması 46.57 ± 12.63 standart deviasyonu (SD); yaş aralığı 21-78) çalışmaya alındı. Hastalardan alınan dört biyopsi örneğine (iki antrum, iki korpus) hızlı üreaz testi (HUT) ve histopatolojik inceleme uygulandı.H. pylori enfeksiyonu histopatoloji ve/veya hızlı üreaz testi olumluluğu, H. pylori enfeksiyonu negatifliği ise her iki testin olumsuzluğu ile belirlendi. Morfolojik olarak ?Helicobacter-like organisms (HLO)?, gastrik aktivite ve H. pylori bakteriyal dansitesi yönünden Güncelleştirilmiş Sydney Sistemine göre değerlendirildi.Serum ve idrar örneklerinde H. pylori antikorları; anti-H. pylori IgG ELISA, anti-H. pylori CagA IgG ELISA (EUROIMMUN Medizinische Labordiagnostika, Lübeck), H. pylori IgA/IgG ELISA (BIOHIT, Finland), anti-H. pylori IgG Western blot (EUROIMMUN Medizinische Labordiagnostika, Lübeck), anti-H. pylori IgG URINELISA ve RAPIRUN (Otsuka Pharmacautical, Tokyo, Japan) testleri kullanılarak araştırıldı.Toplam 136 hastanın; 103'ü (% 75.7) altın standart yöntemlere göre H. pylori enfeksiyonu olumlu, 33'ü (%24.3) olumsuz bulundu. 115'i (% 84.5) anti-H. pylori IgG ELISA testi ile olumlu, 21'i (% 15.5) olumsuz saptandı. Duyarlılık % 91.1; seçicilik % 34.3, olabilirlik oranı (LR) 0.77, olumlu öngörü değeri (PPV) % 80, olumsuz öngörü değeri (NPV) ise % 57.2 olup, altın standart yöntemler ile istatistiksel anlamlı fark gözlendi (p=0.02). 47'si (% 34.6) anti-H. pylori CagA IgG ELISA testi ile olumlu, 89'u (% 65.4) olumsuz saptandı. Duyarlılık % 35.6; seçicilik % 65.7, LR 0.44, PPV % 76.6, NPV ise % 25.9 olup, altın standart yöntemler ile istatistiksel anlamlı fark gözlendi (p=0.00). 100' ü (% 73.5) H. pylori IgA/IgG ELISA testi ile olumlu, 36' sı (% 26.5) olumsuz saptandı. Duyarlılık % 85.2; seçicilik % 60, LR 0.89, PPV % 86, NPV ise % 58.3 olup, altın standart yöntemler ile istatistiksel anlamlı fark gözlenmedi (p=1). 72' si (% 52.9) anti-H. pylori IgG URINELISA testi ile olumlu, 64' ü (% 47.1) olumsuz saptandı. Duyarlılık % 66.3; seçicilik % 85.7, LR 0.71, PPV % 93.1, NPV ise % 46.9 olup, altın standart yöntemler ile istatistiksel anlamlı fark gözlendi (p=0.00). 70' i (% 51.4) RAPIRUN testi ile olumlu, 66' sı (% 48.6) olumsuz saptandı. Duyarlılık % 65.4; seçicilik % 82.9, LR 0.69, PPV % 91.6, NPV ise % 45.3 olup, altın standart yöntemler ile istatistiksel anlamlı fark gözlendi (p=0.00).Anti-H. pylori IgG Western blot testi ile 95'i (% 69.8) olumlu, 25'i (% 18.4) olumsuz, 16' sı (% 11.8) belirsiz olarak saptandı. Belirsiz sonuçlar dahil edilmediğinde; duyarlılık % 85.7; seçicilik % 44.8, LR 0.76, PPV % 82.9, NPV ise % 50 bulundu.H. pylori enfeksiyonu tanısında altın standart yöntem kültürün, H. pylori standart suş NCTC 11637 kullanılarak %10 insan serumlu Columbia agar, %7 at kanlı Columbia agar, %7 koyun kanlı Columbia agar besiyerlerinde optimizasyonu gerçekleştirilmiş ve ileri araştırmalar için deoksiribonükleik asit (DNA) ekstraksiyonu da yapılmıştır.Çalışmamızda anti-H. pylori IgG ELISA testlerinin karşılaştırılmasında duyarlılığın literatür ile uyumlu, seçiciliğin düşük bulunması ve dünyanın farklı bölgelerindeki H. pylori izolatlarının antijenik yapıları bölgesel farklılık gösterdiği için serolojik testlerin populasyonların antijenik özelliklerine göre uyarlanmasının önerilmesi gerektiği sonucuna varıldı.Anahtar kelimeler: Helicobacter pylori, ELISA, Western blot, kültür

Mycobacterium tuberculosis suşlarının MIRU-VNTR ve ETR-VNTR yöntemiyle moleküler tiplendirmesi

Dünyada Mycobacterium tuberculosis suşlarının epidemiyolojisi ile ilgili yaygın şekilde araştırmalar yapılmasına karşın, ülkemizde bu konuda yeterli veri bulunmamaktadır. Moleküler tiplendirme yöntemleri M. tuberculosis suşlarının epidemiyolojik çalışmalarında önemli yer tutmaktadır. Birçok moleküler tiplendirme yöntemi bulunmasına karşılık son yıllarda yapılan çalışmaların sonuçlarına göre Mycobacterial Interspersed Repetitive Unit (MIRU) - Variable Number Tandem Repeats (VNTR) yöntemi; ayrım gücü ile tekrarlanabilirliği yüksek, uygulaması kolay, çok merkezli çalışmalara uygun ve otomatize edilebilir bir yöntemdir. MIRU-VNTR yönteminin tüberkülozla ilişkili moleküler epidemiyolojik çalışmalarda kullanımı giderek artmakta, yakın gelecekte diğer yöntemlerin yerine geçeceği düşünülmektedir. Ülkemizdeki diğer moleküler yöntemlerde olduğu gibi MIRU-VNTR profilleri konusunda da yeterli veri bulunmamaktadır. Bu çalışmada, bölgemizden soyutlanan 152 M. tuberculosis izolatının MIRU-VNTR yanısıra ETR-VNTR yönteminin de kullanılarak tiplendirilmesi amaçlanmış ve ETR gen bölgesi primerlerinin çalışmaya eklenmesinin, sadece MIRU gen bölgesi primerleri kullanılarak ortaya çıkan ayrım gücüne etkisi araştırıldı.QBASIC 4.5 programlama diliyle bu çalışma için hazırlanmış bir bilgisayar programı yardımıyla 152 MIRU-VNTR ve ETR-VNTR sonucu retrospektif olarak analiz edildi. Bu program aracılığıyla, 12 MIRU ve 3 ETR gen bölgesinin her primerinin ve primer kombinasyonlarının ayrım gücü yanı sıra oluşan küme sayıları ve tek izolatlar belirlendi.Elde edilen sonuçlara göre primer setleri tek başlarına değerlendirildiklerinde en yüksek ayrım gücü MIRU 26 primeriyle saptanırken, en düşük ayrım MIRU 39 primeriyle elde edildi. 12 MIRU gen bölgesi primerine 3 ETR gen bölgesi primeri eklendiğinde ortaya çıkan küme sayısının 111 den 122 ye çıktığını ve ETR gen bölgesi primerlerinin ayrıma önemli katkı sağladığı görülmektedir. 12 MIRU gen bölgesi primerlerinin kullanımıyla ek olarak 3 ETR gen bölgesi primerlerinin kullanımı yani 15 primerin toplu kullanımı karşılaştırıldığında; ilk dört sırada tercih edilen primerlerde (MIRU 26, MIRU 40, MIRU 16 ve MIRU 10) değişiklik olmadığı saptandı (Tablo 4-5). Fakat gerekli ayrımı sağlamak için kullanılması gereken 5. primer olan MIRU 23'ün yerini ETR-A gen bölgesinin aldığı belirlendi.Bir tiplendirme yönteminin ayrımı güçlü bir şekilde yapmasının yanında hızlı sonuç vermesi ve ekonomik olması da önemlidir. M. tuberculosis'in moleküler olarak tiplendirilmesi gerektiğinde ve epidemiyolojik çalışmalarda yöntemin daha hızlı sonuç vermesi ve ekonomik olması için MIRU ve ETR gen bölgeleri primerlerinin kademeli bir şekilde kullanılması gerektiği sonucuna varıldı.Anahtar Sözcükler: Mycobacterium tuberculosis, moleküler tiplendirme, MIRU-VNTR, ETR-VNTR

Staphylococcus aureus suşlarında panton valentin lökosidin (PVL) varlığının polimeraz zincir tepkimesi ile araştırılması

Staphylococcus aureus, virulans faktörlerine bağlı olarak insanda deri infeksiyonlarından septisemiye kadar değişen pek çok infeksiyona yol açabililen bir patojendir. S. aureus'un virulans faktörlerinden Panton-Valentin lökosidin (PVL), doku nekrozuna yol açan bir sitotoksindir. PVL aynı zamanda son yıllarda çeşitli ülkelerde ortaya çıkan toplum kökenli MRSA (metisiline dirençli S. aureus) suşlarının önemli bir virulans faktörüdür. Bu suşlar, sağlıklı çocuklar ve genç erişkinlerde nekroz ile seyreden yumuşak doku ve akciğer infeksiyonları oluşturma özelliğindedir. Bu tip infeksiyonlardaki doku nekrozunun PVL salınımının bir sonucu olduğu bildirilmektedir. Bu çalışmada amacımız farklı şehirlerde (İzmir, Ankara, İstanbul) üretilmiş klinik izolatlarda, pvl genine ait 433 bp uzunluktaki, bir bölgeye özgü primerler kullanılarak ilgili genin varlığını araştırmak ve PVL-pozitif bulunan suşların klonal ilişkilerini ?pulsed-field gel electrophoresis? (PFGE) tekniği ile değerlendirmektir.Çalışmamızda, luk-PV-1 ve luk-PV-2 primerleri ile S. aureus'a özgü DNAaz genine ait nuc-1 ve nuc-2 primerleri kullanılarak nuc ve pvl genlerini eş zamanlı olarak saptayan bir multipleks PZT yöntemi uygulanmıştır. Dokuz Eylül Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi, Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Çocuk Hastanesi ve İstanbul Üniversitesi Çapa Tıp Fakültesi Hastanesi'nden 2005-2007 yıllarında klinik örneklerden izole edilen toplam 299 Staphylococcus aureus suşu (99 MRSA 200 MSSA) bu yöntemle incelenmiştir. Ayrıca PVL üreten izolatların genellikle kısa süreli klonal ilişkilerin ortaya konmasında ?altın standart? olarak kabul edilen PFGE yöntemi ile klonal ilişkileri araştırılmıştır.Çalışmaya alınan 299 izolatın 11'i (1 MRSA, 10 MSSA) (% 3.67) PVL-pozitif olarak saptanmıştır. Metisiline heterorezistan izolatların rutin duyarlılık testlerinde saptanmalarında güçlük olabildiği için PVL-pozitif izolatların tümüne aynı zamanda 16S/mec/nuc multipleks PZT uygulanmış ve metisilin direnci değerlendirilmiştir. Bunun sonucunda Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Çocuk Hastanesi'nden MSSA olarak gönderilmiş bir izolatın mec geni taşıdığı yani MRSA olduğu saptanmıştır. MRSA izolatları arasındaki oran % 1 (1/99), MSSA izolatları arasındaki oran % 5 (10/200)`tir. PVL-pozitif tek MRSA izolatı Hacettepe Üniversitesi Çocuk Hastanesi'nden gelen bir kan örneğinden üretilmiştir. PVL-pozitif MSSA izolatlarının merkezlere göre dağılımı; Dokuz Eylül Üniversitesi Tıp Fakültesi hastanesi'nden 6 izolat, Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Çocuk Hastanesi'nden 3 izolat, İstanbul Üniversitesi Çapa Tıp Fakültesi Hastanesi'nden 1 izolat şeklindedir. Gönderilen MSSA suş sayısına göre oranlar; Dokuz Eylül Üniversitesi Tıp Fakültesi'nde % 10 (6/59), Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Çocuk Hastanesi'nde MSSA için % 4.8 (3/62) ve MRSA için % 2.6 (1/38), İstanbul Üniversitesi Çapa Tıp Fakültesi Hastanesi'nde % 1.25 (1/79) olarak belirtilmiştirPVL-pozitif izolatların % 18'i (2/11) kandan (1 MSSA, 1MRSA), % 82'si (9/11) yara kültürlerinden izole edilmiştir. Dokuz Eylül Üniversitesi PVL-pozitif izolatlarının kliniklere göre dağılımı % 50 (3/6)'si Kadın Hastalıkları ve Doğum, % 16.6 (1/6)'sı Kulak Burun Boğaz, % 16.6 (1/6)'sı Beyin Cerrahisi ve % 16.6 (1/6)'sı Plastik Cerrahi servislerindendirPVL-pozitif izolatların PFGE ile klonal ilişkileri incelenmiştir. Dokuz Eylül Üniversitesi izolatlarının dördü birbiri ile ilşkili bulunmuştur. Bu izolatların makrorestriksiyon paternleri ikili gruplar halinde birbirleri ile identiktir. Her iki grup arasında da bir bant fark bulunmaktadır. İdentik izolatlardan ikisi iki aylık bir süre içerisinde farklı servislerden izole edilmiştir. Hacettepe Üniversitesi izolatlarından birinin makrorestriksiyon paterni de bu gruplar ile benzerdir. Diğer izolatlar tamamen farklı suşlar olarak değerlendirilmiştirSonuç olarak; özellikle toplum kökenli metisiline dirençli Staphylococcus aureus (CA-MRSA) suşlarının bir göstergesi olan Panton-Valentin lökosidin (PVL)'in, farklı merkezlerden toplanan MSSA ve MRSA izolatlarındaki oranları sırasıyla % 1.3-10 ve % 0-2 olarak bulunmuştur. Bu oranlar yüksek olmamakla birlikte; klonal olarak birbirleriyle ilişkili izolatların saptanması PVL-pozitif suşların yayılma potansiyelinin bir göstergesi olabilir. Metisilin direncinin rutin yöntemlerle gösterilmesi zor olabileceği için PVL-pozitif izolatlarda mecA genine yönelik moleküler yöntemlerin uygulanması toplum kökenli MRSA suşlarının tanımlanmasında yardımcı olmaktadır.Anahtar Kelimeler: Panton-Valentin Lökosidin (PVL), metisiline dirençli Staphylococcus aureus (MRSA), metisiline duyarlı S. aureus (MSSA), pulsed field gel electrophoresis (PFGE)

Kan bankası donörlerinde tekrarlayan sifiliz pozitifliğinin değerlendirilmesi

Kan merkezlerinde güvenli kan transfüzyonu için sifiliz enfeksiyonunun uygun test yöntemiyle doğru ve hızlı olarak tanımlanabilmesi gerekmektedir. Kan merkezleri için önerilen algoritmalarda tarama testlerinde saptanan pozitifliklerin ileri inceleme yöntemleri ile doğrulanması önerilmektedir. Bu çalışmanın temel amacı, yöntem olarak CMIA teknolojisini kullanan ?Architect® Syphilis TP? testi için doğrulama testlerine olan gereksinimi ortadan kaldıran indeks S/Co değerini saptamaktır. İkincil amaçlar ise ?Architect® Syphilis TP? testi ile pozitif saptanan örneklerin RPR test sonuçlarının değerlendirilmesi ve referans yöntemde kullanılan treponemal antijenlere (TpN15, TpN17, TpN47 ve TmpA) verilen antikor yanıtlarının analizini yapmaktır. Elde edilen veriler doğrultusunda kan merkezlerinde ?Architect® Syphilis TP? testi ile sifiliz taraması için uygulanabilecek bir algoritma önerisi hazırlanmıştır.Çalışmada, 20.07.2006/10.11.2008 tarihleri arasında ?Architect® Syphilis TP? testiyle tekrarlayan pozitif bulunan toplam 177 serum örneğinde WB IgG/IgM ve RPR testleri çalışıldı. Sonuçlar ROC analizi ile değerlendirilerek indeks S/Co değeri belirlendi.ROC analizinde indeks olarak 7.19 S/Co değeri saptandı. Çalışma sonuçlarına göre, örneklerin 107'sinin (% 60.5) S/Co değerleri ?<7.19? un altında bulundu. Bu örneklerin yalnızca 3 tanesi (%. 4.6) doğrulandı, geriye kalan 104 örnekte (% 92.9) EIA'nın yalancı pozitif sonuç verdiği düşünüldü. S/Co değeri ??7.19? olan örneklerin ise % 95.4'ü doğrulandı. WB testi ile pozitif bulunan örneklerin % 69.8'inde dört antijen bölgesinin tümünde reaktiflik saptandı. Reaktiflik en sık TpN47, en az da TmpA antijen bölgelerinde gözlendi. RPR testi ile toplam 39 (%22) serum örneğinde pozitiflik saptandı. S/Co indeks değerine göre pozitifliklerin 7'si (% 18) ?<7.19? S/Co grubunda bulundu ve bu örneklerin hiçbiri WB testi ile doğrulanmadı. RPR testi ile pozitif bulunan ??7.19? grubundaki 32 (% 82) örneğin ise 31'inde (% 96.8) WB testleri de pozitifti. Tüm serum örnekleri değerlendirildiğinde RPR testi WB G/M testleri ile pozitif bulunan örneklerin yalnızca 31'inde (% 48) pozitif sonuç vermiştir.Sonuç olarak ?Architect® Syphilis TP? testi için saptanan ?7.19? S/Co indeks değerine göre bir tanı algoritması önerildi. RPR testinin tarama testi olarak kullanılmasının özellikle kan merkezleri için donör taramasında uygun olmadığı düşünüldü.

Serumda hepatit B virus DNA kantitasyonu için ?real-time? PCR testi geliştirilmesi

Hepatit B virusu, dünyada iki milyar kişinin karşılaştığı, bunların 400 milyonunda kronik enfeksiyona yol açmış önemli bir enfeksiyon etkenidir. Ülkemiz, ortalama %5'lik (bölgelere göre %1 - 14,3 arasında değişmektedir) HBsAg pozitifliği ile orta endemisite ülkeleri arasında yer almaktadır.HBV infeksiyonunun virolojik tanısı ve izlenmesi, özgül antikorların, antijenlerin ve nükleik asidin saptanması ve nükleik asitin kantitasyonu ile yapılmaktadır. HBV DNA'nın kanda gösterilmesi aktif HBV infeksiyonunun güvenilir bir göstergesidir ve infeksiyon tanısında, evrelendirilmesinde, tedaviye karar vermede ve tedavi başarısının izlenmesinde önemli rol oynamaktadır. HBV DNA, HBsAg'den 3-5 hafta önce kanda saptanabildiği için erken tanıda önemli bir parametredir ve kan bankacılığında, donor taramasında kullanımı gündeme gelmiştir.Günümüzde HBV DNA saptamada, sıklıkla, nükleik asit amplifikasyon testlerinden olan PZT esaslı testler kullanılmaktadır. Kalitatif konvansiyonel PZT testlerine bakıldığında, duyarlılıklarının yüksek olması, tekrarlanabilirliklerinin düşük olması, ?carryover? kontaminasyon oranlarının yüksek olması gibi nedenlerle kullanımları sınırlıdır. Gerçek zamanlı PZT yönteminde amplifikasyon sırasında saptama yapıldığından kontaminasyon riski, klasik PZT yöntemine göre daha azdır. Ayrıca amplifikasyon sırasında her döngüde prob sinyali ölçülerek, eşik değeri aşan döngüye (ct) göre kantitatif değer belirlendiğinden, gerçek zamanlı PZT yöntemiyle, klasik PZT yöntemine göre daha doğru kantitatif sonuçlar elde edilebilmektedir. Dinamik aralığının geniş olması da gerçek zamanlı PZT yönteminin avantajlı yönlerindendir. Böylece kanda geniş bir aralıkta saptanabilen HBV DNA'nın (> 9 logaritma) takibi yapılabilmektedir.Bu çalışmada, rutin hasta hizmetinde kullanılabilecek, maliyeti ticari testlerden daha düşük, gerçek zamanlı PZT yöntemiyle HBV DNA kantitasyonu yapabilen, internal kontrol içeren, tüm HBV genotiplerini saptayabilen ve ticari kitlerin performansına sahip bir test geliştirilmesi hedeflenmiştir.Çalışmamızda internal kontrol olarak, insanlarda enfeksiyon yapmayan, zarflı bir DNA virusu olan, hücre kültüründe üretilmiş bovin herpes virus tip 1 (BHV-1) kullanılmış ve örneğe ekstraksiyondan önce eklenmiştir. Böylece yalancı negatifliğe yol açabilecek ekstraksiyon ve amplifikasyon basamaklarındaki sorunlar izlenebilmiştir.Standart olarak kullanılmak üzere, tez primerleriyle elde edilen ürünü taşıyan plazmid oluşturulmuş ve Escherichiae coli' de çoğaltılmıştır. Absolü kantitasyon yöntemi kullanılan testte, her çalışmaya alınan beş adet plazmid dilüsyonu ile elde edilen standart eğri kullanılmıştır.Yeni testin dinamik aralığı 5x101 - 5x1010 IU/ml ve en düşük saptama sınırı 48 IU/ml (32 ? 129) olarak saptanmıştır. Bu parametreler, HBV infeksiyonu tanısı ve izlemi için uygun bulunmuştur.Testin tekrarlanabilirliği sonuçların güvenilirliği ve hasta izleminde anlam ifade edecek değişiklik miktarının belirlenmesinde önemlidir. Ct değerleri üzerinden yapılan değerlendirmede, yeni testte % CV değerleri, test içi değerlendirmede % 0,7 - % 4,1; testler arası değerlendirmede % 0,3 - % 1,9 olarak saptanmıştır. Bu değerler ticari testlerle karşılaştırıldığında kabul edilebilir sınırlar içindedir.A, B, C, D, E, G genotiplerini içeren genotip panelindeki tüm örnekler yeni testle saptanmıştır. Ancak genotip B ve C içeren panel üyelerinde beklenen değerin yaklaşık iki logaritma altında kantitatif sonuçlar elde edilmiştir. Bu sorunun nedeni tez süresi sonlandığından aydınlatılamamıştır. Ülkemizdeki çalışmalarda sadece genotip D saptanmaktadır. Bu nedenle yeni testin genotip B ve C'deki kısmi kantitasyon sorununun rutin hizmette soruna yol açmayacağı varsayılabilir.Doğruluk çalışmasında 2007 HBV DNA dış kalite kontrol panelinin (QCMD, İngiltere) yeni testle çalışılması ile elde edilen sonuçlar, beklenen değerlerle uyumlu olarak saptanmıştır (R2 = 0.92).Ticari testle HBV DNA pozitif saptanan 180 adet, HBV DNA negatif saptanan 80 adet plazma örneği yeni testle de çalışılmıştır ve her iki test arasındaki uyum değerlendirilmiştir. Kalitatif değerlendirmede, ticari test altın standart olarak alındığında yeni testin duyarlılığı % 99, özğüllüğü % 94 olarak saptanmıştır. Her iki testle de HBV DNA pozitif saptanan örneklerde iki testin uyumu lineer regresyon analizi ile değerlendirilmiş, aralarında güçlü ve anlamlı bir korelasyon olduğu saptanmıştır (r= 0.86, p=0.000, R2= 0.74).Yalancı pozitiflik olasılığını değerlendirmek için HCV RNA pozitif, HBsAg negatif 26 örnek yeni test ile çalışılmıştır. Tümü HBV DNA negatif saptanmıştır.Maliyet analizine göre yeni test, ticari teste göre, test başına 45 TL daha ucuzdur. Laboratuvarımızda yılda yaklaşık 1500 HBV DNA testi yapıldığı göz önüne alındığında, yeni testin rutinde kullanılması durumunda elde edilecek yararın yaklaşık 67500 TL/yıl olacağı hesaplanmıştır.Sonuç olarak, gerçek zamanlı PZT yöntemini kullanan, internal kontrol içeren kantitatif bir HBV DNA testi geliştirilmiştir. Testin duyarlılık, özgüllük, tekrarlanabilirilik ve doğruluk çalışmalarında elde edilen başarılı sonuçlar ve taşıdığı maliyet avantajı, rutinde kullanıma uygun olduğunu göstermiştir.

İshalli dışkılarda Microsporidium spp. ve Cryptosporidium spp.'nin saptanması,PCR yöntemi ile tür tayininin yapılması

Amaç: Ülkemizde boyama yöntemi ile tespiti henüz standardize edilememiş olan Microsporidium spp.'nin Weber'in trichrome boyama yöntemi ile saptanması, ishalli dışkılarda Microsporidium spp. ve Cryptosporidium spp.'nin tanısında mikroskobi ve PCR yöntemlerinin karşılaştırılması ve her iki parazitin tür ayrımının yapılmasını hedefledik.Gereç-Yöntem: Ekim 2005- Ocak 2009 tarihleri arasında, Dokuz Eylül Üniversitesi Tıp Fakültesi'nin çeşitli kliniklerine başvuran ve İzmir'in Buca ilçesine ait bir köyde saptanan ishal salgınından elde edilen 162 ishalli dışkı örneği çalışma kapsamına alındı. Tüm örnekler Cryptosporidium spp.'nin saptanması için Kinyoun acid fast ve Microsporidium spp.'nin saptanması için Weber'in trichrome boya yöntemleri ile mikroskobik olarak değerlendirildi. Ayrıca PCR yönteminin geçerliliğinin belirlenebilmesi için her iki parazite bu yöntem uygulandı. Bir sonraki aşamada Cryptosporidium ve Microspordium spp'nin tür ayrımlarının yapılabilmesi için RFLP yöntemi uygulandı.Bulgular: Kinyoun acid fast boya yöntemi ile 18 olgunun dışkı örneğinde Cryptosporidium spp. ookistleri saptandı. PCR yöntemi ile bu 18 olgudan 15'inde ve boya yöntemi ile negatif olarak değerlendirilen 6 olguda Cryptosporidium spp.'ye özgü bant saptandı. PCR ile parazit saptanan olgulara RFLP yöntemi uygulandı. Olgulardan birinde Cryptosporidium meleagridis'e, 20 olgunun dışkı örneğinde ise Cryptosporidium parvum'a özgü bantlar saptandı.Weber'in trichrome boya yöntemi ile 4 olgunun dışkı örneğinde Microsporidium spp. sporları saptandı. PCR yöntemi ile bu olgulardan sadece birinde Microsporidium spp.'ye özgü bantlar saptandı. PCR amplifikasyonunda tüm türlere yönelik primerler olan ?panmicrosporidian primerler? kullanılarak tür ayrımı yapıldı. PCR ile parazit saptanan olgunun dışkı örneğinde Encephalitozoon intestinalis'e özgü bantlar saptandı.Sonuç: Cryptosporidium spp.'nin tanısında PCR yönteminin önemli bir yeri olduğuna, özellikle parazitin yoğun olduğu dışkılarda paraziti saptama gücünün yüksek olduğuna karar verildi. Microsporidium spp.'nin saptanmasında ise boya yönteminin tanıda geçerliliğini koruduğu, uygun DNA ekstraksiyon prosedürünün oluşturulmasına yönelik moleküler çalışmaların yapılması gerektiği düşünüldü.Anahtar kelimeler: Cryptosporidium spp., Microsporidium spp., Kinyoun acid fast, Weber'in trichrome boyası, PCR-RFLP.

AKÜ Ahmet Necdet Sezer Araştırma ve Uygulama Hastanesinde yoğun bakımdan izole edilen bakterilerde GSBL oranının yıllara göre dağılımı

Yoğun bakım üniteleri genellikle altta yatan ağır hastalığı bulunan hastaların yatırıldığı, invaziv girişimlerin sıkça uygulandığı birimlerdir. Yoğun bakım ünitelerinde infeksiyon hızının yüksek olmasının sebepleri arasında, sıklıkla uygulanan invaziv girişimler ve hastane infeksiyonları ile alet kullanım oranları arasında pozitif bir korelasyon olması yer alır.Bu çalışmanın amacı; yoğun bakım ünitelerinde karşılaşılan direnç sorunlarının ve GSBL pozitifliğinin hastanemizde yıllara göre saptanma oranını belirlemek ve gerekli önlemlerin alınmasına yardımcı olmaktır. Antibiyotik duyarlılıklarını belirlemek için Kirby Bauer Disk Diffüzyon Tekniği ile CLSI kriterleri esas alınarak incelenmiştir. GSBL pozitifliğini anlamak amacıyla ise Çift Disk Sinerji Testi uygulanmıştır.Bizim yaptığımız 5 yıllık çalışma periyodunda yoğun bakım ünitelerinden 629 suş saptanmıştır. Saptanan bu suşların %15.2'si kan, %28.5'i trakeal aspirat, %23.7'si idrar, %24.1'i yara yeri, %1.7'si balgam, %4.8'i kateter, %2'si de sonda ucu kültürlerinden izole edilmiştir. Örneklerin servislere göre oranları ise; %35.1'i anestezi, %23.5'i dahiliye, %10.8'i kalp-damar, %2.5'i beyin cerrahisi, %16.7'si genel cerrahi, %10.2'si göğüs, %1'i çocuk servisi şeklindedir.Çalışmamızda GSBL dağılımı (Toplam 629 suş için) yıllara göre 2004 %17, 2005 %21.8, 2006 %27.3, 2007 %18, 2008 %16.5 oranında gerçekleşti. Etkene göre dağılımı ise E.coli %13.3, Klebsiella %1.5, Enterobacter %0.4 ve Pseudomonas %3.8 oranında saptanmıştır.Çalışmamızda; 2006 yılındaki GSBL artış sebebinin o yıl hastanede yapılan onarımdan kaynaklandığı sonucuna varılmıştır. 2007 ve 2008 yıllarındaki artışların sebebi ise hastanemizdeki yatak sayısının üç katına çıkmış olmasıdır. Yoğun bakım ünitelerindeki GSBL oranlarının düşürülmesi ve kontrol altına alınabilmesi için Hastane Enfeksiyon Kontrol Komitesinin daha etkin çalışması, kontrol periyotlarının sıklaştırılması gerektiği kanısına varılmıştır.Anahtar kelimeler: GSBL, bakteri direnci, antibiyogram, yoğun bakım.

Akut ishal yakınmalı çocuklarda rotavirus, enterik adenovirus ve nörovirus sıklığı

Giriş ve amaç: Enterik virüsler (özellikle Rotavirüs, norovirus ve adenovirüs) bakteriyel olmayan akut gastroenteritlerin en sık nedeni olarak bildirilmiştir. Bu çalışmada gastroenteritli çocuklarda neden olan viruslerin sıklığının belirlenmesi amaçlanmıştır.Yöntem: Çalışma, Afyon ilindeki ishal etkeni virüsleri belirlemek üzere Ocak ve Aralık 2009 tarihleri arasında toparlanan örneklerde gerçekleştirilmiştir. Altı yaş altında (yaş ortalaması 2.18 ± 1.64 yıl) 150 çocuktan alınan dışkı örnekleri standart kültür yöntemleri ile patojen bakteriler ekarte edildikten sonra ELISA ile rotavirus / adenovirus ve norovirus (Ridascreen ve Biomeriux) açısından test edilmiş, yine 95 hasta örneği de RT PCR ile rotavirus açısından değerlendirilmiştir.Bulgular: 2009 yılında Afyonkarahisar ilinde gastroenterit nedeniyle hastaneye getirilen 6 yaş altı 150 çocuğun %40'ında rotavirus, 92 çocuğun %22.8'inde norovirus ELISA ile pozitif saptanmış, rotavirusun RT PCR ile araştırıldığı 95 olgunun da %15.8'inde pozitiflik belirlenmiştir. Viral gastroenterit ile gelen çocukların % 6.5'unda da karışık norovirus-rotavirüs enfeksiyonu gözlenmiştir. Çalışılan 122 hastanın altısında adenovirus pozitif bulunmuştur(%4.91). Adenovirus, Rotavirus birlikte pozitifliği 1 örnekte, Rotavirus, Nörovirus beraberliği 4 örnekte bulunmuştur.Tartışma: Rotavirus, gastroenteritlerin halen en sık etkendir. Norovirus kusmanın ön planda olduğu olgularda daha sık etken olabilmektedir. Norovirus için enfeksiyonun şiddeti düşük olmakla beraber rotavirus ile ortak enfeksiyonda artış gözlenmektedir.

Enterokoklarda antibiyotik direnç profilinin belirlenmesi

Bu çalışmada Şubat 2009-Mayıs 2010 tarihleri arasında Ahmet Necdet Sezer Araştırma ve Uygulama Hastanesi Mikrobiyoloji laboratuarımıza gönderilen çeşitli klinik örneklerden izole edilen 100 enterokok suşunun antibiyotik direnç profilleri çalışmada incelenmiştir.Bu suşların türleri Vıtek2(Biomeriux, Fr) otomatize cihaz ile belirlenmiş daha sonra E-test metodu ile tekrar çalışılmış direnç profilleri ve antibiyotik duyarlılıkları saptanmıştır. İzole edilen 100 enterokok suşunun 56'sı E.fecalis, 40'ı E.faceum, ikisi E.casseliflavus, biri E.gallinarum, biri E.avium olarak belirlenmiştir.Enterokok İzole edilen hastaların 77(%77) yatan hasta 23(%23) ayaktan poliklinik hastası idi. Suşların 43'ü idrar, 25'i yara, 26`sı kan, 6'sı periton mayi, biri vajen mataryelinden izole edilmiştir. Suşlardan yirmisi yoğunbakım, ondokuzu genel cerrahi, onbeşi çocuk hastalıkları, onikisi dâhiliye, onu enfeksiyon, beşi göğüs hastalıkları, üçü kardiyoloji, üçü kalp damar cerrahisi, biri kadın hastalıkları ve doğum kliniklerinde izlenen hastalardan izole edilmiştir.İncelenen antibiyotiklerden AMP, CN, IPM, CIP, MOX, E, CL, TEC, LZD, VA, TE ait direnç profili ve antibiyotik duyarlılıkları Vıtek2 cihazı ile incelendi. Yanısıra AMP, CN, İMP, P, CİP, VA, LZD, TEC, MIC değerleri E ?test ile belirlendi; direnç dağılımı ise söyle sıralanıyordu: %60 P, %58 AMP, %56 CN, %49 IPM, %47 CİP. Buna karşın VA, LZD ve TEC ise direnç görülmemiştir.Enterokokların önemli nozokomiyal patojenler den biri olduğu göz önüne alındığında tür tayininin, antibiyotik duyarlılığının, araştırılması gerektiği açıktır. Sonuçlardan orta duyarlı veya dirençli suşlar saptandığında MIC değerlerinin belirlenmesinin mutlaka gerekli olduğu belirtilmiştir. Hastanemiz verilerindeki yüksek direnç oranları da bu duruma işaret etmektedir.Anahtar kelimeler: E.fecalis, E.faceum, Vitek2, E-test, Glikopeptit direnci.

Klinik Acinetobacter baumannii izolatlarında direnç genlerinin moleküler yöntemlerle araştırılması

Karbapenemleride içeren çok geniş bir spektrumda birçok antimikrobiyal ajana genellikle dirençli olan Acinetobacter baumannii önemli nozokomiyal infeksiyon etkenlerindendir. Karbapenemler çoklu ilaç direncine (ÇİD) sahip suşlar ile oluşan Acinetobacter infeksiyonlarının tedavisinde önemli bir seçenek olarak kabul edilirler ve genişlemiş spektrumlu ß-laktamazlar gibi ß-laktamaz enzimlerinin çoğundan etkilenmezler. Bununla birlikte oksasilinazlar (OXA) gibi karbapenem hidrolize eden enzimlerin görülmesiyle etkinlikleri giderek azalmaya başlamıştır. Acinetobacter türlerinde karbapenem direncinin temel sebebi OXA-türü ß-laktamazlardır ve bunlardan OXA-51 türevleri, OXA-58 ve OXA-23 en çok görülenidir. Özellikle bu enzimlerin birden fazlasının bir arada olması ÇİD fenotipinin ortaya çıkmasına neden olur.Bu çalışmada, bir yıllık süreçte hastanemizde toplanan A. baumannii suşlarının antimikrobiyal duyarlılıkları ve karbapenem dirençli suşların epidemiyolojisi değerlendirilmiş yanısıra bu dirençten sorumlu olası mekanizmalardan biri olan OXA türü karbapenemazların varlığı araştırılmıştır.Temmuz 2008 - Haziran 2009 tarihleri arasında Afyon Kocatepe Üniversitesi Araştırma Uygulama Hastanesinde, farklı kliniklerden gönderilen çeşitli örneklerden izole edilen 121 A. baumannii suşu bu çalışmaya alınmıştır. İzolatların tümü konvansiyonel yöntemlerle tanımlanmış, otomatize sistemlerle doğrulanmıştır. Antibiyogram duyarlılık testleri Kirby-Bauer disk difüzyon yöntemi ve otomatize sistemlerle birlikte gerçekleştirilmiştir.Bakterinin DNA'sı iki farklı yöntemle izole edilmiş, öncelikle konvansiyonel PCR ile blaOXA genleri için optimizasyon çalışmaları yapılmıştır. Optimizasyonu takiben real time PCR ile OXA karbapenamaz enzimlerinden 4 gruba ait (blaOXA-23, blaOXA-24, blaOXA-51 ve blaOXA-58) genlerin varlığı araştırılmıştır.Duyarlılık testleri sonucunda, izolatların çoğu kolistin ve tigesiklin dışındaki birçok antimikrobiyal ajana dirençli bulunmuştur. ÇİD suşlarla oluşan infeksiyonlarda genellikle tercih edilen karbapenem grubu antibiyotiklere direnç oranlarının da oldukça yüksek olduğu gözlenmiştir. Karbapenem direncinden sorumlu OXA türü enzimlerden tür spesifik blaOXA-51 geni izolatların tümünde, yanısıra blaOXA-58 geni izolatların %19, blaOXA-23 genide izolatların %17,4 kadarında saptanmıştır.Sonuç olarak, bu suşlarda yaygın klinik kullanıma sahip olan antibiyotiklere direnç oranlarının oldukça yüksek olduğu gözlenmiş, karbapenem direncinin temel nedeni olarak blaOXA genlerinin varlığı gösterilmiştir. Bu çalışma hastanemizdeki ilk çalışma olup A. baumannii izolatlarında karbapenem direnci ve epidemiyolojisi ile ilgili yapılacak diğer çalışmaların öncüsü niteliğindedir.

Klinik örneklerden izole edilen klebsiella suşlarının antibiyotiklere duyarlılıkları

Klebsiella pneumoniae izolatlaı ; üriner sistem enfeksiyonları, üst solunum yolu enfeksiyonları ve hastane enfeksiyonlarının önemli bir ajanıdır. Çalısmamızda; Şubat 2010 ? Aralık 2010 tarihleri arasında, Afyonkocatepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji Laboratuarı Bakteriyoloji Bölümüne çeşitli kliniklerden gönderilen ve enfeksiyon süpheli hastalardan alınan idrar.balgam.trekeal aspirat,katater ucu ve yara örneklerinden toplam 98 adet K. Pneumoniae ve 2 K.oxytoca suşu izole edilmis ve bazı antibiyotiklere karsı direnç durumları ve Genişlemiş Spektrumlu Beta Laktamaz (GSBL) üreten suş sayıları belirlenmiştir.İncelenen tüm suşlar ticarcillin (%100) ve Piperacilline (%92.5) dirençli bulunmuştur.Aminoglikozid grubu antibiyotiklerden Amikacine GSBL üreten suşlarda %2 direnç gözlenmiş, GSBL üretmeyen suşlarda ise direnç gözlenmemiştir, Tobramycine GSBL üreten suşlar %58 oranında dirençli iken GSBL üretmeyen suşlarda direnç gözlenmemiştir ve Gentamicine GSBL üreten suşların %45, GSBL üretmeyen suşların ise %13 oranında dirençli oldukları görülmüstür.Sefalosporin grubu antibiyotiklerden Ceftazidime GSBL üreten suşların %83,GSBL üretmeyen suşların %20, Ceftriaxona GSBL üreten suşların %90 GSBL üretmeyen suşların %23 oranında dirençli oldukları görülmüstür.Karbepenem grubu antibiyotiklerden Ertapeneme GSBL üreten suşlarda %46,GSBL üretmeyen suşlarda %15, İmipenem ve Meropeneme GSBL üreten suşların % 34 , GSBL üretmeyen suşların %9 oranında dirençli oldukları görülmüştür.Çalışmamızda incelenen Klebsiella suşlarının % 55 oranında GSBL varlığı tespit edilmiştir. En fazla örnek Anestezi Yoğun Bakım Ünitesinden (%44) gelmiş, en fazla GSBL pozitifliği ise Göğüs Hastalıkları servisi ve Beyin Cerrahisinden (%71) gelen örenklerde tespit edilmiştir.En yüksek GSBL tespit ettiğimiz klinik örnek ise trakeal aspirat olmuştur.GSBL üreten suşlarda diğer antibiyotiklere direnç oranındada artış olduğu sonucuna varılmıştır. Dolayısıyla bu tip suşların özellikle yoğun bakım ünitelerinde düzenli izlenmesi ve kontrol önlemlerinin alınması gerekmektedir.

Klinik örneklerden izole edilen pseudomonas aerugınosa suşlarının antimikrobiyal ajanlara direnci

P. aeruginosa hastane infeksiyonuna neden olan önemli bir etkendir ve çoklu direnç gösteren izolat sıklığı giderek artmaktadır. Çalışmamızın amacı, klinik örneklerden izole edilen P.aeruginosa suşlarının çeşitli antibiyotiklere direncinin belirlenmesidir.Yapmış olduğumuz çalışmada Afyon Kocatepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Araştırma ve Uygulama Hastenesinde çeşitli servislerden gelen örneklerden Ocak 2010 ve Eylül 2011 tarihleri arasında izole edilen P. aeruginosa suşlarının çeşitli antibiyotiklere karşı duyarlılık durumları incelenmiştir. Bakterilerin izolasyonu için konvansiyonel biyokimyasal test prosedürleri kullanılmıştır. Tüm izolatların antimikrobiyal direnç durumları CLSI önerilerine uygun olarak Mueller-Hinton besiyerinde disk difüzyon yöntemiyle ve VITEK 2 Compact ile değerlendirilmiştir.Toplam 218 P. aeruginosa suşu idrar, balgam, trakeal aspirat, kateter, yara yeri ve diğer örneklerden izole edilmiştir. İncelenen suşların duyarlılık oranları aşağıdaki gibidir; Amikasin %85,8, Gentamisin %86,2, Siprofloksasin %74,8, Levofloksasin %59,6, Meropenem %61, İmipenem %61,9, Seftriakson %3,2, Sefotaksim %3,2, Seftazidim %5, Trimetroprim/Sulfametoksazol %4,6, Sefoprerazon/Sulbactam %9,2, Piperasilin/Tazobaktam %8,7, Amoksisilin/Klavulanat %4,6, Sefepim %44 ve Tetrasiklin %4,1.Bu duyarlılık oranlarının, önceki yıllara göre gösterdiği değişim, en uygun tedaviyi planlamak ve dirençli suşların seleksiyonunu önlemek için antibiyotik duyarlılık testlerinin sonuçları mutlaka göz önünde bulundurulması gerektiğine işaret etmektedir.Anahtar Kelimeler : P. aeruginosa, antibiyotik direnci.

Hastane kökenli gram-negatif bakterilerde PER-1 enziminin moleküler epidemiyolojisi

Amaç: Yaklaşık beş yıllık bir dönemde Dokuz Eylül Üniversitesi Hastanesinde izole edilenseftazidime dirençli Gram-negatif bakterilerde, blaPER-1'in görülme sıklığını ortaya koymak vebu genin genetik yerleşimini araştırmak hedeflenmiştir.Yöntem: 1998-2003 yılları arasında izole edilen 289 adet seftazidime dirençli Gram-negatifbakteride blaPER-1 varlığı PZT ile araştırıldı. PER-1 üreten bakterilerin klonal yakınlıkları ERIC-PZT yöntemiyle belirlendi. blaPER-1'in genetik yerleşimini anlamak için, konjugasyon,plazmitten kurtarma deneyi ve integron-PZT gerçekleştirildi. Her ERIC-PZT paternine ait örneksuşlarda, blaPER-1 ve sınıf-1 integronların korunmuş bölgelerine özgü primerler kombine edilerekgerçekleştirilen PZT ile blaPER-1 geninin integronla ilişkisi araştırıldı. Elde edilen PZTürünlerinin, doğrudan iki yönlü olarak DNA dizi analizi yapıldı.Bulgular ve Sonuç: ncelenen suşlarda PER-1 üretim oranları, 98-2000 dönemi, 2001, 2002 ve2003 yılları için sırasıyla, % 32.3, % 33.9, %14.9 ve %37.9 olarak saptandı. P. aeruginosasuşlarının % 46.2'sinde ve A. baumannii suşlarının % 35.9'unda blaPER-1 varlığı belirlenirken birA. faecalis izolatında da blaPER-1 saptandı. ERIC-PZT sonuçları, P. aeruginosa (X ve Y) ve A.baumannii (A ve B) izolatları arasında belirlenen iki ana klonun, saptanan yüksek prevalanstansorumlu olduğunu ortaya koydu. Farklı ERIC-PZT paternlerini temsil eden suşlardagerçekleştirilen konjugasyon ve plazmitten kurtarma deneyleri, blaPER-1'in kromozomal kaynaklıolduğuna işaret ediyordu. Bir P.aeruginosa izolatında, sınıf-1 integron ve blaPER-1'e özgüprimerlerin kombinasyonu ile gerçekleştirilen PZT sonucunda ürün elde edilmesi ve sonrasındayapılan doğrulama çalışmaları, bu izolatta blaPER-1 geninin bir sınıf-1 integronla ilişkili olduğunugösterdi. Hastanemizde izole edilen seftazidim-dirençli P. aeruginosa ve A. baumannii suşlarındaPER-1 enziminin yaygın olduğu, bu enzimi üreten birçok suşun ?klonal ilişkili? oluşununhorizontal yayılıma işaret ettiği, blaPER-1'in ilk defa sınıf-1 integronlarla ilişkili olduğunungösterilmesinin, bu genin yayılımını hızlandırabileceği sonucuna varıldı.Anahtar kelimeler: Gram-negatif, PER-1, epidemiyoloji, sınıf-1 integron

Kan örneklerinde polimeraz zincir tepkimesi yöntemi ile Candida DNA'sının saptnması

It is known that even after appropriate treatment, the prognosis of candidemia is poorand candidemia has high mortality rates. The blood culture which is accepted as the goldstandard for the diagnosis, can remain negative in %42 of the cases. Therefore rapid andreliable diagnosis of candidemia is very important to start the antifungal treatment. The aim ofour study was to standardize the polymerase chain reaction (PCR) method by using simulatedsamples in order to detect Candida species in blood samples of candidemia suspected cases.In this study, simulated samples were prepared by using blood samples of healthyvolunteers which were inoculated into tubes with EDTA and BACTEC 9240 blood culturebottles in which no growth was detected and standard strains as C. albicans ATCC 90028, C.tropicalis ATCC 1021, C. parapsilosis ATCC 90018, C. krusei ATCC 6258, Escherichia coliATCC 35218, Staphylococcus aureus ATCC 25923 and clinical isolates of Aspergillusfumigatus, C. kefyr, C. glabrata, C. lusitaniae, C. guilliermondii, Rhodotorula sp.Furthermore, blood culture samples of 23 patients whose blood culture bottles signaled aspositive and showed growth of Candida in agar plates were examined.DNA extraction of all samples were performed according to the standard procedureproposed by the MN Nucleospin Tissue Kit (Macherey-Nagel, Germany) for tissue samples;following the pre-treatment with erythrocyte, leukocyte and fungus cell wall lysis buffers.DNAs were amplified with the PCR method, using synthetic oligonucleotide primers selectedfrom the 5S rDNA region and PCR products were ?electrophoresed? in 2% agarose gel.Presence of a 105 base pair product was considered as positive.The lowest detection limit of PCR has been determined as 100-1000 CFU/ml Candidafor our simulated samples. The presence of a 105 bp band has been observed in samplesprepared with all Candida strains included in the study. Blood samples spiked with E. coli, S.aureus, A. fumigatus and Rhodotorula sp. and negative blood samples has been found asnegative in terms of Candida DNA. The same 105 bp product has been observed in the PCRproducts of blood culture samples with Candida growth.The PCR method applied in this study takes approximately 7 hours, whereas thedetection of Candida growth takes at least 24-48 hours by routine blood culture method. Alsothe application of this method to both blood samples and samples obtained from BACTEC9240 blood culture bottles seems to be an advantage. The cost of this method per patient isdetermined to be approximately 8 YTL and this amount is very small when compared with thecost of wrong or unnecessary antifungal therapy and hospital expenses.As a result, it has been determined that Candida DNA from either blood or BACTECblood culture samples, taken from candidemia suspected cases, can be detected in a shortertime by PCR using PCon 1 and PCon 2 primers which are spesific for 5S rDNA gene.Key words: Candida, blood, PCR

Flukonazole dirençli candıda albıcans izolatlarında sitokrom p450 14?-demetilaz enziminde değişikliklere yol açan mutasyonların araştırılması

Yaşamı tehdit eden fungal infeksiyonların sıklığında görülen artış, günümüzde önemli bir sorun oluşturmaktadır. Özellikle flukonazolün yaygın ve tekrarlanarak kullanımı klinik yanıtsızlık ile sonuçlanan direnç sorununa yol açmıştır. Çalışmamız flukonazole dirençli C. albicans suşlarında direnç mekanizmalarının araştırılması amacıyla planlanmıştır. Çalışmamıza yedi adet flukonazole Di/DBD, 10 adet flukonazole duyarlı C. albicans suşu ile kontrol suşları dahil edilmiştir. C. albicans suşlarının antifungallere duyarlılıkları CLSI M27-A2 standartlarına uygun olarak mikrodilüsyon yöntemi ile incelenmiştir. Buna göre araştırmamıza alınan flukonazole Di/DBD yedi C. albicans suşunun biri dışında tümü flusitozine dirençli, tümü AmB'ye duyarlı, biri dışında tümü itrakonazol ve ketokonazole dirençli, diğer bir tanesi dışında yine tümü klotrimazole duyarlı olarak bulunmuştur. Çalışmaya alınan tüm suşlara polimeraz zincir tepkimesi ile çoğaltılan 673 bç'lik ürününün varlığı belirlendikten sonra PagI enzimi ile Y132H mutasyonunun varlığının belirlenmesi amacı ile kesim uygulanmıştır. İncelenen flukonazole dirençli/doza bağımlı duyarlı ve duyarlı tüm suşlarda Y132H mutasyonunun bulunmadığı sonucuna varılmıştır. Tüm suşlara dizi analizi uygulanmış ve sonuçları incelendiğinde, Di/DBD suşlardan üç tanesinde daha önce flukonazole direnç gelişiminde rolü olduğu bildirilmiş K143R, G464S, G465S ve V488I mutasyonları belirlenmiştir. Ayrıca sadece bu grup suşlarda belirlenen S412T ve R469T mutasyonlarının da dirençte rolü olabileceği ancak bu mutasyonların ileri çalışmalar ile değerlendirilmesi gerektiği düşünülmüştür. Direnç ile ilişkili diğer bir mekanizma olan atım pompalarının araştırılması için subtrat ve inhibitör etkili maddeler kullanılarak CLSI M27-A2 standartlarına uygun mikrodilüsyon yöntemi ile duyarlılık çalışması uygulanmıştır. Yapılan bu çalışma değerlendirildiğinde, üç adet D.E.U Hastanesi'nden soyutlanmış flukonazole dirençli C. albicans suşunda atım pompa ekspresyonundaki artışın direnç gelişiminde etkili olabileceği düşünülmüştür. Sonuç olarak; çalışmamıza alınan Di/DBD C. albicans suşlarında flukonazole direnç gelişiminde etkili mekanizmaların ERG11 genindeki K143R, G464S, G465S, V488I gibi mutasyonlar ile atım pompalarının fazla ekspresyonu olduğu, ancak bu suşlarda flukonazole direnç gelişiminde etkili diğer mekanizmaların da araştırılması gerektiği görüşüne varılmıştır.

Anti nükleer antikorların farklı yöntemlerle bakılması ve alt gruplarının karşılaştırılması

1ÖZETOtoimmün hastalıklar, organizmanın kendi doku ve hücrelerine karşı immünyanıt gelişmesi sonucu oluşmaktadır ve bu hastalıkların tanısında otoantikorlar büyükönem taşımaktadır. Anti nükleer antikor (ANA) adı verilen, hücre nükleusu ve/veyasitoplazmasındaki nükleer yapılara karşı gelişen otoantikorlar, bağ dokuhastalıklarında (BDH) önemli bir tanı kriteridir. Günümüzde, ANA pozitifliğininsaptanması amacıyla geliştirilmiş bir çok yöntem bulunmaktadır. Ancak, en eskiyöntem olarak bilinen indirek immünfloresans antikor (IFA) tekniği, hala en yaygınkullanılan yöntem olma özelliğini korumaktadır. Son yıllarda, serum fizyolojik ileekstrakte edilebilen nükleer antijenlere karşı gelişen antikorlarının (anti ENA),BDH'ta, hastalık tipinin belirlenmesi ve şiddetinin takibinde önem taşıdığıvurgulanmaktadır. ANA pozitifliğinin yanında, alt grupların birbirinden ayırtedilmesi amacıyla geliştirilmiş yeni tekniklere ihtiyaç duyulmaktadır.Çalışmamızda, farklı kliniklerden laboratuvarımıza gönderilen, 85 (%72.6)kadın, 32 (%27.4) erkek olmak üzere toplam 117 hasta serumunda IFA, Dot Blot veELISA teknikleriyle ANA pozitifliği araştırılmıştır. IFA referans yöntem kabuledilerek, mikroskobik boyanma şekilleri ve titreler dikkate alınmış, Dot blot tekniğiile alt grup tayini yapılmış, ELISA ile total anti ENA antikorlarına bakılmıştır.Çalışmamız neticesinde, IFA yöntemi ile 81 (%72.6), Dot Blot tekniği ile 98(%83.8) ve ELISA ile 56 (%47.9) hastada ANA pozitifliği belirlenmiştir. Duyarlılıkdeğerleri, Dot Blot için %81.2, ELISA için %71.7 olarak bulunmuştur. Özgüllükdeğerleri, Dot Blot yönteminde %50.0 iken ELISA tekniğinde %85.7 olarakhesaplanmıştır.Sonuç olarak, ANA pozitifliğinin belirlenmesinde tek bir yöntemle tanıyagidilmesinin gerçekçi bir uygulama olmadığı bilinmektedir. Dot Blot yöntemiyle,subtiplerin ayırt edilebilmesinin, hatta aynı hastada birden fazla alt grubunsaptanabilmesinin mümkün olduğu görülmüştür. Ancak IFA ile düşük titrelerde biledoğrulanamayan pozitifliklerle karşılaşılması, bu yöntemin tek başınaPDF created with pdfFactory trial version www.pdffactory.com2kullanılmasının sakıncalarını ortaya koymuştur. ELISA tekniğinde kısa süre içindefazla sayıda hasta serumuyla çalışılabilmekle beraber kalitatif bir değerlendirmeimkanı elde edilebilmiştir. Ancak, alt grupların birbirinden ayırt edilebilmesimümkün olmamıştır. Bu açıdan, IFA yöntemi ile beraber bir veya birkaç testin birarada kullanılmasının, sonuçların güvenilirliği açısından uygun olduğunudüşünmekteyiz.Anahtar Kelimeler: Anti nükleer antikor, anti ENA, indirekt immünofloresansantikor, Dot Blot, ELISA, otoimmün hastalık, otoantikor.PDF created with pdfFactory trial version www.pdffactory.com

Farklı şehirlerde izole edilen enterobacterıaceae üyelerinde CTX-M tipi genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz üretimi ve moleküler epidemiyolojisinin incelenmesi

Amaç: Bu çalışmada Kasım 2002- Temmuz 2003 arasında ülkemizdeki 7 farklı merkezden izole edilen ve genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz (GSBL) üreten Enterobacteriaceae üyesi bakteriler arasında CTX-M (Sefotaksimaz) tipi GSBL üretiminin prevalansı, yayılımdan sorumlu genetik elemanların özellikleri ve CTX-M üreten suşların klonal yakınlıkları araştırılmıştır. Yöntem: Çalışmada, Kasım 2002 ? Temmuz 2003 tarihleri arasında Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi, Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi, Dokuz Eylül Üniversitesi Tıp Fakültesi, İstanbul Üniversitesi Çapa Tıp Fakültesi, Erciyes Üniversitesi Tıp Fakültesi, Karadeniz Teknik Üniversitesi Tıp Fakültesi, Uludağ Üniversitesi Tıp Fakültesi'nde izole edilmiş ve her merkez başına rastgele seçilmiş 10 izolat olmak üzere Enterobacteriaceae ailesi üyesi 70 genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz üreten izolat kullanılmıştır. Suşların tür dağılımı 31 Escherichia coli, 24 Klebsiella pneumoniae, bir Klebsiella oxytoca, dört Enterobacter cloacae, iki Enterobacter aerogenes, beş Klebsiella ornitholytica, iki Proteus mirabilis ve bir Shigela sonnei şeklindedir. İzolatlarda blaCTX-M, blaTEM ve blaSHV varlığı Polimeraz Zincir Tepkimesi (PZT) ile araştırılmıştır. blaCTX-M pozitif izolatlar arasından seçilen 21 suşta CTX-M enziminin tipi dizi analizi ile belirlenmiştir. CTX-M üreten bakterilerin klonal yakınlıkları Enterobacterial Repetitive Intergenic Consensus ?PZT (ERIC PZT) yöntemiyle saptanmış, blaCTX-M'in geçişinden sorumlu elemanın özelliklerini anlamak için, konjugasyon ve plazmid ekstraksiyon deneyleri gerçekleştirilmiştir. Bulgular ve Sonuç: İncelenen izolatlarda sırasıyla blaCTX-M, blaTEM ve blaSHV saptanma oranları %75.7, %81.4 ve % 91.4'tür. Türlere göre dağılıma bakıldığında E.coli izolatlarının %77.4'ü K.pneumoniae izolatlarının %83.3'ü, K.ornitholytica izolatlarının %100'ü E. aerogenes izolatlarının %50'si, E.cloacae izolatlarının %50'si ile çalışmaya alınan tek S.sonnei izolatı CTX-M üretmektedir. P.mirabilis izolatlarında CTX-M saptanmamıştır. Dağılım merkezlere gore farklı olmakla birlikte CTX-M tipi enzim prevalansının % 50 (Uludağ Üniversitesi Tıp Fakültesi)-%100 (Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi) arasında değiştiği izlenmiştir. ERIC-PZT ile klonal ilişki değerlendirildiğinde merkezlerde ikili ve üçlü kümeleşmeler bulunmakla birlikte genel olarak farklı merkezlerden izole edilen suşlar arasında klonal bir yayılım saptanmamıştır. Transkonjugasyon ve plazmid ekstraksiyon deneyleri ile blaCTX-M, aktarımın 46-85 kb büyüklüğündeki plazmidlerle olduğu görülmüştür. Yapılan dizi analizi çalışması sonucunda tüm merkezlerde CTX-M-3 varlığı saptanmıştır. Sonuç olarak CTX-M tipi genişlemiş spektrumlu beta-laktamazlar ülkemizde özellikle K.pneumoniae ve E.coli suşlarında yaygın olarak bulunmaktadır. Farklı merkezler arasında ortak bir klonun yayılımı söz konusu değildir.

Okul öncesi bakımevlerinde A grubu beta hemolitik streptokok taşıyıcılığı

1ÖZETA grubu Beta hemolitik streptokoklar (AGBHS) doğal kaynağı olan insanlararasında solunum yoluyla geçebilen, sıklıkla farenjit etkeni olarak izole edilen, grampozitif bakterilerdir. Çocukluk çağında farinkste taşıyıcılık oranı coğrafi bölgeler vemevsimlere göre değişmektedir.Bu çalışma; Afyonkarahisar ili okul öncesi bakımevlerindeki 4-6 yaş grubuçocuklarda üst solunum yolu enfeksiyonlarına sebep olan AGBHS yaygınlığınısaptamak amacı ile yapıldı.İl merkezinde bulunan toplam 43 okulda 607'si erkek, 527'si kız olmak üzere1134 öğrenciden boğaz kültür örnekleri alındı. Bu öğrencilerden alınan farinkssürüntü örnekleri %5'lik koyun kanlı agarlara ekilerek 37ºC'de bir gece inkübeedildi. AGBHS'lar koyun kanlı agarda hemoliz, koloni, gram boyama morfolojisi vekatalaz negatiflik özellikleri ile ayırt edildi. AGBHS'lar, Basitrasin duyarlılığı velateks aglütinasyon yöntemleri kullanılarak identifiye edildi.İncelenen öğrenciler arasında AGBHS prevalansının %7,1 olduğu saptandı.Yaşadığı evde sigara içilen çocuklarda bu oranın %8,6, gece uyku problemiyaşayanlarda %13, üçten fazla kardeşi olanlarda %10,7 ve 6 yaşındaki çocuklarda buoranın %7,9 olduğu saptandı. Sağlık ve eğitim sektöründe çalışan annelerin çocuklarıile babası sağlık sektöründe çalışan çocuklarda AGBHS taşıyıcılık oranının diğermeslek gruplarına göre yüksek olduğu görüldü. Diğer faktörler gibi anne ve babamesleğinin de AGBHS taşıyıcılığı açısından risk faktörü olabileceği düşünüldü.Anahtar Kelimeler: AGBHS, Taşıyıcılık, Okul Öncesi BakımevleriPDF created with pdfFactory trial version www.pdffactory.com

Brucella suşlarında antibiyotik duyarlılıklarının farklı yöntemlerle belirlenmesi

ÖZETBRUCELLA SUŞLARINDA ANTİ YOTİ DUYARLILIKLARININBİ KFARKLI YÖNTEMLERLE BELİRLENMESİBruselloz, Ortadoğ ve bölgemizde hala endemik olan bir infeksiyonuğıolarak genişkitleleri etkilemektedir. Brucella türlerinin intrasellülerhastalığyerleş nedeniyle tedavide çeş sorunlar yaşimi itli anmaktadı Hastalıa bağ ciddir. lıkomplikasyonları ve relapsları önlenebilmesi için hücre içine iyi penetre olann nantibiyotiklerle kombine tedavi gereklidir.ş ınÇalımamızda temel geçim kaynağnı hayvancık olduğ Afyonlı ubölgesinden ve çevre illerden gelen brusellozlu hastaları kan kültürlerinden izolenedilen 50 B.melitensis suşunun çeş antibiyotiklere olan duyarlıkların farklıitli lı nıyöntemlerle belirlenmesi amaçlandı Brucella ş ları karş altı farklıı. uş naantibiyotiğ in vitro etkinlikleri agar dilüsyon, mikrodilüsyon ve E test olmakinüzere üç yöntem kullanılarak araşrı . Daha sonra elde edilen sonuçlar uyumtıldıı rı .açından karş tıldısı laşş ndaki uyuma bakı ğnda; streptomisin,ıÇalımamızda testler arası ldısiprofloksasin, doksisiklin ve trimetoprim/sufometoksazol için mikrodilüsyon veagar dilüsyon testleri arasındaki uyum %100, agar dilüsyon ve E test yöntemleriarasındaki uyum %100, mikrodilüsyon ve E test yöntemleri arasındaki uyumş%100, her üç test yöntemi arasındaki uyum ise %100 olarak saptanmı r.tıRifampisin için mikrodilüsyon ve agar dilüsyon testleri arasındaki uyum %78,agar dilüsyon ve E test yöntemleri arasındaki uyum %82, mikrodilüsyon ve E testyöntemleri arasındaki uyum %84, her üç test yöntemi arasındaki uyum ise %74şolarak saptanmı r. Azitromisin için mikrodilüsyon ve agar dilüsyon testleritıarasındaki uyum %100, agar dilüsyon ve E test yöntemleri arasındaki uyum %96,mikrodilüsyon ve E test yöntemleri arasındaki uyum %94, her üç test yöntemişarasındaki uyum ise %94 olarak saptanmı r.tıBu bulgulara göre; brusellozda test edilen antibiyotikler ve testlerle ilgiliuluslararası standardizasyon olmamakla birlikte, E test yönteminin daha pratikbirıtedavi yaklaş nıen kı zamandaıbir metod olduğ bruselloza karşu, mı sabelirlemede yol gösterici olabileceğkanına varı .i sı ldıAnahtar kelimeler: Brucella, agar dilüsyon, mikrodilüsyon, E test

Antibiyotiğe bağlı hastane ve toplum kökenli clostridium difficile araştırılması

7ÖZETClostridium difficile, asemptomatik taşıyıcılık, psödomembransız kolit,psödomemranöz kolit (PMC), fulminant kolit/toksik megakolon gibi çok çeşitliklinik tablolara neden olabilen gram pozitif, anaerop, sporlu bir basildir. Yoğunbakımlarda antibiyotik kullanımı ile bağırsak florasının bozulmasından C.difficilesorumlu tutulabilmektedir. Çalışmada poliklinik, klinik ve yoğun bakım hastalarındaantibiyotik kullanımına bağlı olarak gelişen ishal hastalarında C.difficile'nin etkenolup olmadığının farklı yöntemlerle araştırılması amaçlanmıştır.Çalışmaya, 2005 yılı boyunca hastanemizin polikliniklerine başvuran, klinikve yoğun bakım servislerinde yatan 18-80 yaş arası hastalar ile taşıyıcılıklarınınaraştırılması açısından yoğun bakım çalışanları ve gıda personeli dahil edilmiştir. Budönemde 45'i (% 49.4) erkek olmak üzere toplam 91 hasta ile 21'i (% 77.8) erkektoplam 27 kontrol grubundan bilgileri içeren anket formu yanı sıra dışkı örnekleritoplanmıştır. Hasta dışkı örneklerinden C.difficile; kültür, kültürde üreyenkolonilerden lateks aglütinasyon, Toksin A lateks ve Toksin A+B ELISAyöntemleriyle araştırılmıştır. Hasta dışkı örneklerinden 13'ünde (% 14.2) kültür,4'ünde (% 4.3) toksin A lateks, 13'ünde (% 14.2) ise Toksin A+B ELISA yöntemiylepozitiflik saptanmıştır.Sonuç olarak; yoğun antibiyotik kullanımına bağlı gelişen ishal hastalarındaC.difficile'nin önemli olduğu, kültür ya da Toksin A+B ELISA yöntemi ilearaştırılmasının uygun olacağı ayrıca antibiyotik kullanımı konusunda hekimlerin vetoplumun bilinçlendirilmesi gerekliliği kanısına varılmıştır.Anahtar kelimeler: İshal, Clostridium difficile, Toksin A lateks, Toksin A+BELISA.PDF created with pdfFactory trial version www.pdffactory.com