385
Archived Theses
6
DOIs Assigned
2%
DOI Rate
Discipline
Amyotrophik lateral sklerosis hastalarında mikro rna gen ekspresyon profilinin araştırılması
Amyotrophik Lateral Sklerosis hastalığı istemli kasların kontrolünden sorumlu nöronları etkileyen dünyadaki insidansı yıllık 2/100.000 olan nörodejeneratif bir hastalıktır. Son on yılda yapılan çalışmalarda, ALS hastalığının klinik ve genetik olarak heterojen dağılım gösterdiği rapor edilmiştir. MikroRNA (miRNA)'lar kodlanmayan RNA'lar sınıfındaki moleküllerden olup protein sentezinin transkripsiyon sonrası düzenleyicileri olarak tanımlanıp translasyonu susturma fonksiyonu yaparlar. miRNA genlerinin tanımlanması ile miRNA'ların biyobelirteç olarak kullanılması önem kazanmıştır. Reaktif oksijenler proteinlere, lipitlere ve DNA'ya oksidatif olarak hasarlara yol açabilir. Başta süperoksitdismutaz, katalaz ve glutatyon peroksidaz olmak üzere antioksidan mekanizmalar ile bu reaktif oksijen türleri hücrelerden temizlenir. ALS hastalarında SOD düzeyinin ölçüldüğü çalışmalar sonrası SOD gen mutasyonları ve ekspresyon düzeylerinin araştırılması ile ilgili çalışmalar artmıştır. Bu çalışmada Çukurova bölgesindeki ALS hastalarında ilk defa miRNA ekspresyon düzeyi ölçülerek biyobelirteç olarak kullanılabilirliği araştırılmıştır. Bu amaçla Çukurova bölgesindeki toplamda 20 ALS hastasından kan örnekleri alınarak RT- PCR yöntemi ile miRNA125b ekspresyon düzeyi belirlenmiştir. ALS hastalığının tanısında miRNA125b biyobelirtecinin kullanılmasının olası olduğu kanıtlanmıştır. Anahtar Kelimeler: Amyotrophik lateral sklerosis, Süperoksit Dismutaz, Reaktif Oksijen Türleri, miRNA125b
Bazı avokado (Persea americana Mill) anaçlarının mikroçoğaltım olanaklarının araştırılması
Avokado (Persea americana Mill.), Lauraceae familyasına ait olan tropik ve subtropik bölgelerde yetişen bir meyve türüdür. Avokado yetiştiriciliği dünyada hızlı bir şekilde gelişmektedir. Artan avokado talebini karşılamak için bitki doku kültürü çalışmalarından faydalanılmaktadır. Bu tez çalışmasında, tarımsal üretim açısından değerli olan bazı avokado anaçlarının in vitro koşullarda mikroçoğaltımı ve köklenmesi üzerine farklı bitki büyüme düzenleyicileri ve farklı besin ortamlarının etkilerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Tez çalışmasında bitkisel materyal olarak Mexicola, Topa Topa, ve Duke anaçları kullanılmıştır. Mikroçoğaltım çalışmalarında MS ve WPM besin ortamları ile BA, GA3, TDZ ve Kinetin bitki büyüme düzenleyicilerin farklı konsantrasyon ve kombinasyonlarının kullanılmıştır. Ayrıca Plantform geçici daldırma biyoreaktör sisteminin katı kültür ile karşılaştırıldığı bir deneme de kurulmuştur. Mikroçoğaltım denemelerinde, kardeş sayısı (kardeş/bitki) ve bitki boyuna (cm) ait veriler incelenmiştir. Mikroçoğaltım denemeleri değerlendirildiğinde, en başarılı anacın Mexicola, bitki büyüme düzenleyicinin ise kinetin (3 mg/L) olduğu belirlenmiştir. Plantform geçici daldırma biyoreaktör sisteminden elde edilen bitkilerin daha iyi geliştiği gözlenmiştir.
Hipoksiyle indüklenen faktörlerin küçük hücreli dışı akciğer kanseri hücrelerinde telomeraz ve epitelyal mezankimal geçiş genleri ekspresyonuna etkisinin incelenmesi
O2 aerobik solunum yapan organizmaların hücre metabolizmalarını ve homeostazilerini korumaları açısından önemli bir moleküldür. Oksijenin hücrelerde normal düzeyin altına düşmesi Hipoksi olarak tanımlanmaktadır. Hipoksik koşullarda, soliter kanser hücrelerinde, Hipoksiyle İndüklenen Faktörler (HIFs) aktive olmaktadır. Böylece tümör hücrelerinde; Anjiogenez (VEGF), glukoz transportu (GLUT), metastaz, invazyon gibi süreçler hızlanarak tümör agresif bir hal almaktadır. Bu araştırmada A549 hücrelerinde HIF-1 beta transfeksiyonunun gerçekleştirilmesiyle hücreler 150 μM CoCl2'ye 4 saat maruz bırakılarak hipoksik koşul oluşturulmuştur. Böylelikle Hipoksiyle İndüklenen Faktörlerin (HIFs); Telomeraz (hTERT) ve Epitelyal Mezenkimal Geçiş (EMT) genleri ekspresyonu üzerine etkisi incelenmiştir. Araştırma sonucunda, Hipoksik koşullarda HIF-1 beta'nın (ARNT) susturulmasıyla (siARNT); mezenkimal hücrelerin belirteci olan Zeb1, Snail gibi genlerin ekspresyonlarında azalma görülürken; epitelyal hücrelerin belirteci E-cadherin ekspresyonunda artış görülmüştür. Öte yandan anjiyogenezin göstergesi olan; VEGF, GLUT1 ve hTERT'in ekspresyon düzeylerinde azalma meydana geldiği gözlemlenmiştir. Bu veriler HIF'lerin (HIFs); Telomeraz (hTERT) ve EMT ekspresyonu üzerine etkili olduğunu; kanser hücrelerinin invazyon, metastaz, ölümsüz özellik ve ilaca karşı direnç kazanma özellikleri konusunda yapılacak başka araştırmalarla desteklenmesi suretiyle yeni yaklaşımlar sunabileceğini göstermektedir. Anahtar Kelimeler: KHDAK, Hipoksi, HIF, EMT, hTERT
CRISPR-Cas9 aracılı PIK3CA gen modifikasyonunun kanser hücreleri üzerindeki terapötik etkilerinin araştırılması
Genom düzenleme metotlarında birinci sırada yer alan CRISPR-Cas teknolojisi en çok kanser etyogenezi, ilaç etkinlik çalışmaları, tümör mikroçevresi çalışmaları ve yeni biyobelirteç tespiti ile yeni tedavi stratejilerinin geliştirilmesine yönelik çalışmalarda kullanılmaktadır. Meme kanserinde kanser hücrelerinin apoptozdan kaçması, hücre büyümesi ve sınırsız proliferasyonunda PI3K/Akt/mTOR yolağının etkisi bilinmekte olup literatürde bu yolağın özellikle hedefe yönelik ilaç çalışmalarında büyük bir öneme sahip olduğu ve hedefe yönelik tedaviler için yüksek potansiyel taşıdığı öngörülmektedir. Yapılan bu tez çalışmasında da Çukurova Üniversitesi AGENTEM ve Çukurova Teknokent İnfoGenom altyapısı kullanılarak, karsinogenezde etkinliği bilinen bu yolak üzerindeki PIK3CA geninin CRISPR-Cas9 aracılı modifikasyonun tüm yolak üzerindeki etkisinin ortaya konması ve bu etki altında kanser hücrelerinin davranışının değerlendirilmesi hedeflenmiştir. MCF-7 hücre hattı ile gerçekleştirilen çalışmalarda transfeksiyon metodu olarak elektroporasyon yöntemi kullanılmış olup elektroporasyonun optimizasyonu, floresan mikroskobu ve akım sitometri aracılığıyla hücre canlılığı ve transfeksiyon etkinliği değerlendirilerek yapılmıştır. Etkinliği kanıtlanan protokoller ile CRISPR-Cas9 aracılı PIK3CA gen modifikasyonunun kanser hücreleri üzerindeki etkisi ise invert mikroskop, akım sitometri, gerçek zamanlı PZR aracılı ekspresyon çalışması ve ile gösterilmiştir. Elde edilen sonuçlar CRISPR-Cas9 aracılı PIK3CA geninin susturulmasının hücre ölümünü indüklediği ve yeni terapötik yaklaşımların geliştirilmesi için potansiyel taşıdığını göstermiştir. Bu tez çalışması ile özellikle PIK3CA geninin CRISPR-Cas9 temelli modifikasyonu ilişkili yeni tedaviler için literatüre katkı sağlanması amaçlanmıştır.
In vıtro klonal muz üretiminde yeni nesil doku kültürü sistemlerinin kullanılması
Bu araştırmada, Grande Naine ve Azman muz çeşitlerinin in vitro koşullarda hızlı, ucuz ve kitlesel olarak çoğaltılması, köklendirilmesi ve dış koşullara aktarılması amacıyla katı kültür yöntemi ile Plantform ve Setis geçici daldırma biyoreaktör sistemleri karşılaştırmalı olarak kullanılmıştır. Mikroçoğaltım aşamasında, 8 altkültür boyunca çoğalma katsayısı, bitki boyu, yaprak sayısı, yaş ve kuru ağırlık parametreleri incelenmiştir. Köklenme aşamasında ise köklenme oranı, bitki boyu, yaprak sayısı, kök sayısı, kök uzunluğu, yaş ve kuru ağırlık parametreleri incelenmiştir. Tüm denemeler boyunca fotosentetik pigment analizleri ve stoma incelemeleri yapılmıştır. Mikroçoğaltım aşamasında, Grand Naine çeşidinde katı kültüre göre Plantform sisteminde %20, Setis sisteminde %12 artış, Azman çeşidinde ise Plantform sisteminde %82, Setis sisteminde %98 artış tespit edilmiştir. Köklenme aşamasında, biyoreaktör sistemlerinden katı kültüre göre daha yüksek veriler elde edilmiştir. Sera aşamasında biyoreaktör sistemlerinden gelen bitkiler dış koşullara daha hızlı adapte olmuş ve gelişimleri daha sağlıklı ilerlemiştir. Biyoreaktör sistemlerinde stomaların daha aktif ve pigment birikiminin daha yüksek olduğu belirlenmiştir. Muz klonal çoğaltımında en önemli konulardan birisi de altkültürler boyunca oluşan genetik varyasyonlardır. Başlangıç aşamasından sera aşamasına kadar her adımda alınan örnekler ile bitkilerde varyasyon olup olmadığı SSR markırları kullanılarak test edilmiş ve herhangi bir varyasyona rastlanılmamıştır. Sonuç olarak biyoreaktör sistemlerinin muz kitlesel üretiminde önemli bir alternatif olduğu belirlenmiştir.
Çilekte kurşuni küf hastalığı (botrytis cinerea) ile ilişkili kantitatif özellik lokuslarının belirlenmesi
Çilek çok geniş ekolojik sınırlar içerisinde yetiştirilebilen, güzel görünümü, rengi, kokusu ve lezzeti ile albenisi yüksek olan ve üretimi giderek artan bir meyve türüdür. Bu tezde Akdeniz ülkelerinde önemli bir yere sahip olan çilek yetiştiriciliğinde, ticari kayıplara neden olan Botrytis cinerea hastalık etmeninin neden olduğu kurşuni küf hastalığı ile ilgili hastalık şiddetlerinin ve Kantitatif Özellik Lokusları (QTL) belirlenmiştir.52 çilek genotipin in vitro yöntemlerle Botrytis Cinerea'ya duyarlılıkları taranmıştır. Bu çeşitler arasında Fortuna çilek çeşidi en tolerant, Rubygem çilek çeşidi Botrytis Cinerea' ya hassasiyet gösterdiği ve iki çeşidin ülkemizde ticari öneme sahip çeşitler olması nedeniyle ebeveyn olarak seçilmiştir. Fortuna x Rubygem popülasyonuyla elde edilen 180 F1 birey çoğaltılarak, fenotipik verilerden hastalık indeksleri ve hastalık şiddetleri belirlenmiştir. Bu çalışmada yaprakta ve meyvede kurşuni küf (Botrytis cinerea) hastalığı ile bağlantılı kantitatif özellik lokus analiz sonuçları belirlenmiştir. Yaprakta kurşuni küf (Botrytis cinerea) hastalığına tolerans bakımından bir adet QTL bölgesi belirlenmiştir. Tespit edilen QTL bölgesi LOD değeri 2.19 olan 0.02 önem seviyesinde LG16'da Rubygem haritasında belirlenmiştir. Meyvede kurşuni küf (Botrytis cinerea) hastalığına tolerans ile ilgili QTL bölgeleri Rubygem genetik haritasında tespit edilmiştir. Tespit edilen QTL bölgeleri p<0.05 önem seviyesinde LG3 ve LG12'de iki (2) farklı bölgede belirlenmiştir.. Diğer yandan p<0.01 eşik değerine göre LG16'da belirlenen QTL bölgesinin LOD değeri 2.93 olan ve p<0.003 önem seviyesinde m184033341 ve m184047067 markörleri arasında kalan 14 cM bölgede belirlenmiştir.
MİR-105-5P'nin apoptoz ve kök hücre ilişkili genlere etkisinin A549, MCF7 ve hela hücre hatlarında karşılaştırılması.
MikroRNA'lar (miRNA), 20-30 nükleotid uzunluğunda protein kodlamayan endojen küçük RNA'ların sınıfını oluşturan RNA molekülleridir. Birçok kanserde onkogen veya tümör baskılayıcı gen olarak görev aldığı birçok araştırma ile kanıtlanmıştır. Bu miRNA'lar aynı zamanda hücre düzenlenmesi, gelişim, apoptosis ve metastaz gibi birçok biyolojik sürece katkıda bulunmaktadırlar. Bunun gibi birçok özellik daha miRNA'ların çalışılmasını ilginç hale getirmektedir. Daha önce birçok miRNA üzerinde çalışmalar yapılmış fakat miR-105 ailesinin üyelerinden olan miR-105-5p miRNA'sı ile ilgili çok fazla çalışma mevcut değildir. Bu araştırmanın amacı; miR-105-5p miRNA'sının akciğer (A549), meme (MCF7) ve rahim ağzı (HeLa) kanserleri üzerindeki etkisini incelemektir. Bu amaç doğrultusunda, transfeksiyon yöntemi kullanılarak miR-105-5p'nin knokdown ve over ekspresyon koşulları sağlanmıştır. Bu koşullar altındaki hücreler; proliferasyon deneyi kurularak artış hızları, koloniformasyon deneyi ile de koloni oluşturma özellikleri açısından gözlemlenmiştir. Ayrıca RT-PCR yapılarak miR-105-5p'nin bu kanserlerdeki apoptoz ve kök hücre ilişkili genlerine etkileri de incelenmiş ve bu genleri onkogen veya tümör baskılayıcı yönden etkilediği görülmüştür. Ayrıca ekspresyonu arttırılan miR-105-5p'nin her üç hücre hattında da hücrelerin artış hızını ve koloni oluşturma özelliklerini de bastırmıştır. Bu sonuçlardan hareketle miR-105-5p'nin hedefe yönelik tedavi olarak kullanılabileceği düşünülmektedir.
Liposomal and silver encapsulation of cancer drug L24 for drug delivery system against lungs cancer
Nowadays, there has been a significant increase in the usage of different kind of nanoparticles within the biomedical field with the rapid developments in nanotechnology. Nanoparticles are actually particles ranging in size between 1 and 100 nm. Due to their biological and physicochemical therapeutic qualities, silver nanoparticles (AgNPs) have been widely exploited in biomedicine. Silver nanoparticles also have anti-inflammatory, anti-viral, anti-angiogenic, anti-fungal, anti-bacterial and anti-cancer biological activities. Because of their unique physical, chemical, and optical properties, particularly enable them to be used in a variety of applications, including the delivery of medications to a specific target inside the body, silver nanoparticles are being studied more and more. Approaches that circumvent these challenges are crucial given the drawbacks of standard cancer treatment, which include low absorption and the resultant need for high doses that have negative side effects. This study was conducted to assess the efficacy of drug L24, silver nanoparticles and coupling of Ag-L24 on human lung cancer cell line A-549. And these three treatments were also applied to Human Normal lungs epithelial cell line Beas2B to assess the viability using MTT Assay. The results of this study present an overview of silver nanoparticles as a drug carrier system, transport of anticancer drugs, specificity and compare hemolytic toxicity between free drug and drug with silver nanoparticles. The viability assay and the calculation of IC value and cell viability assay show promising results.
Varroa destructor'un Akdeniz Bölgesi izolatlarının moleküler karakterizasyonu
Varroa cinsi içerisinde V.jacobsoni, V.underwoodi, V.rindereri ve V.destructor olmak üzere morfolojik olarak birbirinden ayırt edilebilen dört akar türü bulunur. Dünya genelinde en yaygın ve patojen olan tür V.destructor'dur. V.destructor'un patojenitesi birbirinden farklı haplogrupları vardır. Bu haplogruplar içerisinde de varyantlar bulunur. Akarın en yaygın ve patojen olan haplogrubu Kore 1 (K1)'dir. Bu çalışmanın amacı V.destructor'un Akdeniz bölgesi bal arılarında (Apis mellifera) parazitlenen izolatlarının moleküler karakterizasyonunu yapmak ve ülkemizdeki varyantları belirlemekti. Bu amaçla Adana, Mersin, Antalya, Osmaniye ve Burdur illerindeki arılıklardan toplanan 125 dişi akar incelendi. Her bir akar bir izolat olarak kabul edildi. Örneklerden DNA ekstraksiyonu yapıldıktan sonra mt-COI geninin 500 bp, mt-CytB geninin ise 985 bp'lik bölgeleri PZR ile çoğaltılıp dizilendi. Elde edilen dizin verileri, GenBank'taki referans dizinlerle karşılaştırıldı. Aynı zamanda filogenetik, haplotip ve şebeke analizleri yapıldı. Yapılan analizler Akdeniz bölgesinde K1 haplogrubunda yer alan üç varyantın bulunduğunu gösterdi. Burdur izolatlarından birinin kendine özgü bir varyant olduğu ve dünyadaki diğer varyantlardan farklı bir mutasyona sahip olduğu anlaşıldı. Bu nedenle bu varyant K1 haplogrubunun Burdur 1 (K1:B1) varyantı olarak adlandırıldı. Antalya'nın Kepez, Konyaaltı ve Döşemealtı ilçelerinden elde edilen toplam 5 izolatın Sırbistan P1 varyantı olduğu belirlendi. Çalışmamızda en yaygın varyantın ise V14 olduğu görüldü. Referans dizinlerle yaptığımız analizler V14'ün aslında bir varyant grubu olduğunu ve içerisinde K1:1, K1:2, K1:3, K1:4, K1:12, K1:14, K1:15 ve Sırbistan S1 varyantlarını barındırdığını gösterdi. Çalışma sonucunda derin seviyede haplotip ve varyant analizi için mt-COI ve CytB genlerinin kısmi dizilerine ilave olarak diğer mitokondrial gen bölgelerinin (COII, COIII, Atp6, ND4, ND5, ND4L) birlikte değerlendirilmesi, ayrıca paternal kalıtımı ve muhtemel hibridizasyon olaylarını incelemeye olanak sağlayan mikrosatellit analizlerinin de yapılması gerektiğine karar verildi.
Bedaquiline delamanid, and linezolid minimum inhibitory concentration distributions and resistance-related gene mutations in multidrug-resistant tuberculosis strains isolated from south of Turkey
Delamanid, bedaquiline, and linezolid are three newer drugs that have been approved for the treatment of MDR and XDR tuberculosis (TB). The use of drug susceptibility testing is essential for correct diagnosis and treatment with these medications, and may entail quicker molecular approaches. The present study's objective is to evaluate the MICs and mutations in genes linked to resistance of MDR and completely drug-susceptible M. tuberculosis strains isolated from clinical samples of tuberculosis suspects given to THUM from the Cukurova Region of Turkey. The minimum inhibitory concentrations (MICs) of delamanid, bedaquiline, and linezolid were determined with the use of a semiautomated MGIT 960 system, EpiCenter software, and a TB eXiST module. The PCR results of 71 MTB isolates, , were sequenced and aligned with those of M. tuberculosis H37Rv.The MICs for bedaquiline, delamanid, and linezolid ranged from ≤0.025 to 6.4 mg/L, 0.005 to 0.32 mg/L, and 0.125 to 2 mg/L respectively. Multiple mutations were detected in both drug-sensitive and -resistant strains. We did not identify specific mutations involved with bedaquiline, delamanid, or linezolid resistance. However Further research is required to establish the genetic mechanisms behind these drugs' resistance.
Bacillus sp. suşlarından proteaz üretimi
Bu çalışmada küçükbaş hayvan üretimi yapılan çiftlik kesimhane toprağından izole edilen Bacillus sp. G17 suşundan proteaz üretilmiş ve enzimin karakterizasyonu gerçekleştirilmiştir. Bu amaçla izole edilen 203 suş proteolitik aktivite bakımından test edilmek üzere Skimmed Milk Agar(SMA) besiyerinde 37°C'de 48 saat inkübe edilmiştir. Koloni morfolojisi bakımından değerlendirilen örneklerden etrafında şeffaf zon oluşturan 71 suş, proteaz pozitif olarak değerlendirilmiştir. Kısmi olarak saflaştırılan proteazın 50°C ve pH 8,0'de optimum aktivite gösterdiği saptanmıştır. Enzimin karakterizasyon sonuçlarına göre pH 4,0-6,0 aralığında ortalama %95 aktiviteye sahip olması asidik ortamda çalışılmaya elverişli olduğunu göstermiştir. 20°C-40°C aralığında yüksek oranda kararlılık da sağladığı belirlenmiştir. Farklı kimyasalların proteolitik aktiviteye olan etkisi test edildiğinde 5 mM TEMED ile proteaz aktivitesinin arttığı, Triton X-100, Tween 80 ve EDTA nın 1 mM ve 5 mM konsantrasyonlarının tümünün enzimi inhibe ettiği görülmüştür. 1 mM CaCl2 ve MnCl2 nin enzim aktivitesini sırasıyla %9 ve %5 artırdığı gözlenmiştir. Elde edilen bulgular, Bacillus sp. G17 suşundan üretilen proteaz enziminin endüstriyel kullanım potansiyeline sahip olduğunu göstermektedir.
Çeşitli kaynaklardan izole edilen laktik asit bakterilerinin bazı patojenlere karşı inhibisyon etkisinin belirlenmesi
Bu tezde, farklı kaynaklardan (anne sütü, anne sütüyle beslenen bebeklerin dışkısı ve ev yapımı turşu) izole edilen laktik asit bakterileri türlerinin tanılanması yapılarak, izolatların bazı patojenlere karşı inhibisyon etkisinin belirlenmesi, biyofilm oluşturma potansiyelleri, antibiyotik duyarlılığı ve hücre dışı enzim üretiminin belirlenmesi amaçlanmıştır. Seçilen 10 izolatın moleküler tanılanması, 16S rRNA gen bölgesi dizi analizi yöntemi ile yapıldı. Bu yönteme göre, BST01, BST02-05, BST02-07, BST02-10, BD01-05, BD02-02 izolatları L. fermentum, TU01-01 izolatı L. plantarum, BD03-01, BD04-05 izolatı L. rhamnosus, BD04-03 izolatı ise E. faecalis türleri tanımlanmıştır. Tanılanması yapılan izolatlar, Ulusal Biyoteknoloji Bilgi Merkezi'ne (NCBI) kaydedilmiştir. Agar spot testinde, suşu hariç izolatların tamamına yakını referans izolatlara karşı inhibisyon etkisi göstermiştir. Kuyu difüzyon testinde, BST02-07 izolatı hariç, tüm izolatlar P. aeruginosa izolatını inhibe etmiştir. Çapraz çizgi testinde, TU01-01, BD02-02 izolatları E. coli'e karşı en fazla inhibisyon etkisi gösterdiği belirtmiştir. Çalışmada elde edilen izolatların tümünün proteaz enzim aktivitesine sahip olduğu belirlenmiştir. BST01, BST02-05, BST02-07, BD01-05 izolatlarının orta derecede biyofilm oluşturma yeteneğinde olduğu tespit edilmiştir. Anahtar Kelimeler: Anne sütü, bebek dışkısı, turşu, 16S rRNA, enzim aktivitesi
Seçilmiş interlökin 1-beta inhibitörlerinin ADAMTS5 üzerine etkilerinin In Siliko analizleri
Osteoartrit (OA) inflamatuar sürecinde içinde yer aldığı dejeneratif eklem hasarıdır. OA tedavisinde inflamatuar yanıtı azaltmak ve durdurmak için birçok küçük molekülden faydalanılmaya çalışılmaktadır. Sunulan çalışmada, seçilmiş IL-1β inhibitörlerinin ADAMTS5 üzerine etkilerinin in siliko analizlerinin yapılması amaçlanmıştır. Bu amaçla, IL-1β inhibitör özelliği taşıyabilecek Apigenin, Bütein, Kurkumin, Gallik asit, Harpagosit, Oleuropein, Hiperforin, Quercetin, Wogonin, EGCG ve Resveratrol molekülleri ADAMTS5 inhibitörü olan Aldumastat ile affinite ve ADMET özellikleri yönünden karşılaştırılmıştır. Autodock Vina programı ile moleküler docking analizleri ve affinite değerleri hesaplanmış olup, seçilmiş moleküllerin ADAMTS5 ile 3B kompleks yapıları oluşturulmuştur. Moleküllerin ADAMTS5 bağlanma bölgeleri ve bağ türleri BIOVIA Discovery Studio yazılımı ile karşılaştırmalı olarak incelenmiştir. Docking sonrası Swis-Pdb Viewer yazılımı ile ADAMTS5 protein-ligand toplam enerji hesaplamaları yapılmıştır. Seçilmiş moleküllerin Absorbsiyon, Dağılım, Metabolizma, Ekskresyon, Toksikolojik (ADMET) özellikleri admetSAR yazılımı ile değerlendirilmiştir. EGCG, Apigenin, Oleuropein ve Wogonin'in ADAMTS5 'in aktif bölgesine negatif affiniteleri en yüksek olarak hesaplanmış ve bu moleküllerden ADMET özellikleri bakımından oral biyoyararlanımı ve bağırsak emilimi en yüksek hepatotoksik ve nefrotoksik özellikleri en düşük olarak Oleuropein ve Wogonin molekülleri bulunmuştur. Elde edilen bulguların in vitro ve in vivo çalışmalar için bir kılavuz niteliğinde olduğu ve in siliko analiz sonucunda ADAMTS5 inhibitörü potansiyeline sahip bu moleküllerin in vitro ve in vivo şartlar altında daha detaylı moleküler analizlerle incelenmesi gerektiği kanaatindeyiz. Anahtar Kelimeler: Osteoartrit, ADAMTS5, IL-1, In siliko, Autodock
Alzheimer hastalığı için γ-sekretaz inhibitör potansiyeline sahip bazı bitkisel kökenli etken maddelerin In Siliko analiz ile değerlendirilmesi
Bu çalışma, Alzheimer Hastalığı için potansiyel tedavi yöntemleri arasında yer alan γ-sekretaz enzimini inhibe eden bitki kaynaklı bileşenleri incelemektedir. Ginkgolide B, özellikle Presenilin-1 ile yüksek bağlanma affinitesi göstererek dikkat çekmektedir. Withaferin-A, TRP 203 ve LEU 200 ile belirgin etkileşimler sergileyerek γ-sekretaz inhibitörü olarak potansiyelini vurgulamıştır. EVP-0015962, APH-1A'daki kalıntılar ile olumlu etkileşimler göstererek ileri araştırmalar için potansiyelini göstermiş ve karşılaştırmalı analizler sağlamıştır.Asiatik Asit potansiyel γ-sekretaz inhibitörü olarak ön plana çıkmaktadır. Ginsenosidler Presenilin-1 ile güçlü bağlar kurarak önemli bir bağlanma göstermiştir. Avagacestat, özellikle LEU 201 ile yüksek bir bağlanma affinitesi sergileyerek γ-sekretaz inhibitörü olarak potansiyelini vurgulamıştır. Huperzin-A, γ-sekretaz kompleksi içinde çeşitli etkileşimler sergileyerek hem PEN-2 hem de Presenilin-1 ile önemli bağlar oluşturmuştur. Semagacestat özellikle belirgin bir etkileşim sergilemiştir. Rozmarinik Asit Nicastrin ile önemli etkileşimler sergilemiştir. Bu kapsamlı in silico analiz, bu bitki kaynaklı bileşenlerin Alzheimer Hastalığı için potansiyel γ-sekretaz inhibitörleri olarak değerlendirilmesinde önemli bir adımı temsil etmektedir. Çalışmamız, AutoDock Vina programı kullanılarak yapılan moleküler docking analizleri ve affinite değerleri hesaplamaları ile gerçekleştirilmiş; potansiyel γ-sekretaz inhibitörleri ile γ-sekretaz'ın 3D kompleks yapıları oluşturulmuştur. Moleküler docking analizi öncesinde son kontroller PyMOL aracılığıyla yapılmıştır. Potansiyel inhibitörlerin γ-sekretaz'a bağlanma bölgeleri ve bağ türleri, BIOVIA Discovery Studio yazılımı kullanılarak karşılaştırmalı olarak incelenmiştir. Docking sonrası γ-sekretaz komplekslerinin toplam enerji hesaplamaları Swiss-Pdb Viewer yazılımı ile gerçekleştirilmiştir. Seçilen moleküllerin Absorbsiyon, Dağılım, Metabolizma, Ekskresyon, Toksikolojik (ADMET) özellikleri, admetSAR yazılımı kullanılarak değerlendirilmiştir. Ginkgolide B, Withaferin-A, Asiatik Asit ve Ginsenosid'in aktif bölgesine negatif affiniteleri en yüksek olarak hesaplanmış ve bu moleküllerin ADMET özellikleri bakımından oral biyoyararlanımı ve bağırsak emilimi en yüksek, hepatotoksik ve nefrotoksik özellikleri ise en düşük olarak belirlenmiştir. Elde edilen bulgular, in vitro ve in vivo çalışmalar için bir kılavuz niteliği taşımakta olup, in silico analiz sonucunda γ-sekretaz inhibitörü potansiyeline sahip bu moleküllerin in vitro ve in vivo şartlar altında daha detaylı moleküler analizlere tabi tutulması gerektiği kanaatindeyiz. Anahtar Kelimeler: Alzheimer Hastalığı, EVP-0015962,Semagacestat, Avagacestat
Kronik böbrek yetmezliği olan kedilerde adipoz doku kaynaklı mezenkimal kök hücre uygulamasının bazı hematolojik ve biyokimyasal parametreler ile SDMA düzeyleri üzerine etkileri
Evcilleştirme süreci nedeniyle kedilerin ömrü uzamıştır, ancak yaş ilerledikçe kronik hastalıkların görülme sıklığı da artmaktadır. Kronik böbrek yetmezliği (KBY), yaşlı kedi popülasyonunda daha yaygındır. Yaşam kalitesinin yönetilmesi amacıyla semptomatik ve palyatif tedaviler uygulanmaktadır. Son yıllarda yağdan türetilmiş mezenkimal kök hücreler (ADK-MKH), antiinflamatuar aktivitelerinden dolayı destekleyici tedavi olarak kullanılmaktadır. Bu nedenle, ADK-MKH ile tedavi edilen KBY hastası kedilere ait bazı klinik laboratuvar parametrelerini değerlendirmek amaçlanmıştır. Genel muayenenin ardından kronik böbrek hastalığı tanısı alan, 4-17 yaş arası, kısır, erkek, 6 melez kediye, hasta sahibinin bilgilendirilmiş onamıyla konvansiyonel tedavinin yanı sıra ADK-MKH ile tedavi edildi. Kilogram başına allojenik 1x106 hücre ADK-MKH (CellPro+, MarStem Cell Tech., İstanbul) 14 gün aralıklarla intravenöz yolla iki kez uygulandı. Tedavilerden önce ve tedaviden 24 saat sonra toplam kan ve serum toplandı ve etkinliğin taranması için kırmızı kan hücreleri (RBC), kan üre nitrojeni (BUN) ve kreatin (Crea) seviyeleri değerlendirildi. Tedaviler sonunda RBC seviyeleri artarken (p<0.05), BUN ve Crea seviyeleri azaldı (p<0.05). ADK-MKH tedavisinden sonra kedilerin genel durumunun iyi olduğu gözlendi. Bugüne kadar KBY'ne yönelik kök hücre tedavileri ve protokolleri konusunda hâlâ bir fikir birliği bulunmamaktadır. Bu çalışmada ADK-MKH'lerin kedilerde KBH'lerin tedavisinde ek tedavi olarak faydalı etkileri olduğu kanatine varılmıştır. Ancak standardizasyon için klinik çalışmalarda uzun süreli izleme yapılması gerekmektedir.
Çeşitli kaynaklardan izole edilen laktik asit bakterilerinin in vitro biyoaktif özelliklerinin değerlendirilmesi
Bu tezde, farklı kaynaklardan (at dışkısı, toprak, tavuk dışkısı ve balık bağırsağı ve balık bağırsak içeriği) izole edilen laktik asit bakterilerinin in vitro biyoaktif özelliklerinin değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Örneklerden, at dışkısından 31, topraktan 7, tavuk dışkısından 3, balık bağırsağı 23 ve balık bağırsak içeriğinden 27 olmak üzere 91 adet laktik asit bakterisi izole edildi. Bunlar arasından, gram boyama, katalaz ve hücre morfolojileri dikkate alınarak özelliklerinin incelenmesi için 6 izolat seçildi. Seçilen 6 izolatın moleküler tanılanması, 16S rRNA gen bölgesi dizi analizi yöntemi ile yapıldı. Bu yönteme göre, ATD02-03, ATD04-01, TOP01-01, BI02-03, BB03-10 izolatları P. acidilactici, ATD05-02 izolatı ise L. plantarum olarak tanımlandı. Tanılanması yapılan izolatlar, Ulusal Biyoteknoloji Bilgi Merkezi'ne (NCBI) kaydedildi. Bakteriyosin üretim özelliklerinin belirlenmesi testinde, hücre içermeyen süpernatant A. hydrophila hariç tüm referans izolatlarda inhibisyon etkisi gösterdi. Çapraz çizgi yöntemi testinde, en yüksek etkinliği ATD05-02 izolatı Lactococcus garvieae'e karşı gösterdi. ATD 05-02, TOP 01-01, BI 02-03, BB 03-10 izolatlarının proteaz enzim aktivitesine sahip olduğu belirlendi. Anahtar Kelimeler: Pediococcus, Lactiplantibacillus, bakteriyosin, 16S rRNA, enzim aktivitesi
Production of haploid plants in cucumber (Cucumis sativus L.) via gynogenesis
Cucumber (Cucumis sativus L.) is a widely grown creeping vine plant belonging to Cucurbitaceae family. The haploidization technique is modern and improved breeding technique used to enhance economically essential crops including cucumber to meet consumers' preferences and needs worldwide. The aim was to analyse the effects of factors such as genotype, thermal pre-treatments and nutrient media combinations that are considered in haploid production via ovary culture process in four commercial cucumber varieties. A total of seventeen nutrient media and commercial cucumber varieties (three F1 and one open-pollinated cucumber varieties) haploid plant production performed through ovary culture process. Effects of temperatures pre-treatments as well as heat 35°C/3 days and cold 4°C/4 days pre-tretments with eight induction media and nine embryo maturation/regenerations nutrient media were evaluated in two distinct experiments of this study. In experiment one: Results of study demonstrated that embryo-like structures (ELSs) formation rate was high in induction medium 2 (IM2) contained of 2 mg L-1 6-Benzylaminopurine (BAP), 0.5 mg L-1 and 1-Naphthaleneacetic acid (NAA) was successful in all varieties Ptk40 (20%), Botanik (20%), Beith Alpha (16%), and Sardes (13.3%) respectively compared to other induction medium combination used in this study. Due to findings of this study, nutrient medium containing KIN and 2,4-D seem to be successful during induction of haploid embryo formation in cucumbers. There was no plant formation occurred in this experiment. Experiment two's results demonstrated that embryo formation rate was high IM8 (2,4-D, PUT) induction media for all varieties [Botanik (88%) Sardes (60%), Ptk40 (32 %) and Beith alpha (20%). The 117-plantlets from Botanik variety, twelve from sardes and two of Ptk40 regenerated within IAA, BAP medium combination. 57 plants were germinated in 0.1 mg L-1 IBA. 19 diploids and 1 tetraploid of them were determined by flow cytometry. Based on findings of study, 2,4-D, PUT in nutrient medium was successful in this experiment. Further studies are required to optimise the embryo regeneration medium composition due to the cucumber growing seasons, genotypes, and mediums.
Antioxidant and antimicrobial effects of Spirulina platensis supplemented with magnesium and zinc
This study was carried out to investigate the effect of different levels of magnesium (Mg) and zinc (Zn) on the growth, bioaccumulative capacity, protein and amino acid content, phytochemical content, antioxidant activity and antimicrobial activity of S. platensis, a cyanobacterium. The aim is to produce Spirulina by exposing it to mineral stress conditions to enrich its magnesium and zinc content while enhancing the production of organic and bioactive compounds, followed by evaluating its antioxidant and antimicrobial activity. These results show that magnesium and zinc mineral enrichment did not significantly affect Spirulina cell density throughout the experiment. Optic density values in the control group (0,230 ± 0,000) were generally similar or close to those of the mineral enrichment treatments, while the control group had the highest protein content (70,34%). The total phenol content of the magnesium-enriched groups was significantly higher than that of the zinc-enriched and control groups. Spirulina biomass enriched with Zn-5 mg/L, showed the highest degree of DPPH inhibition 101,346±9,274% for the methanol extract and 103,941±13,81% for the ethanol extract. All extracts showed antimicrobial activity against E. coli, K. pneumonia, S. aureus, B. cereus, C. albicans and A. flavus at a concentration of 100 mg/mL. Gram-positive S. aureus was the most sensitive bacterial species to Mg-200 mg/L methanolic extracts, followed by Zn-5 mg/L and Mg-100 mg/L with inhibition zones of 20 ± 1,31; 20 ± 0,00 and 19,5 ± 0,61 mm diameter, respectively.
Termofilik Bacillus izolatlarınca üretilen alfa-amilaz enzimlerinin kısmi karakterizasyonu
Bu çalışmada, Çukurova Üniversitesi kampüs alanı içinden alınan toprak numunelerinden üç adet termofilik Bacillus sp. bakterisinin izolasyonu gerçekleştirilmiştir. İzole edilen bakteriler sırasıyla Bacillus sp. izolat SD1, SD2 ve SD3 olarak adlandırılmıştır. Bakteriler tarafından üretilen α-amilaz enzimlerinin izolasyonu ve kısmi karakterizasyonu gerçekleştirilmiştir. Enzimlerin optimum aktivite gösterdiği sıcaklık değerleri SD2 ve SD3 izolatları için 50 ℃, SD1 izolatı için ise 40 ℃ olarak belirlenmiştir. SD1 α-amilazı optimum aktivitesini 8.0 pH değerinde gösterirken, SD2 ve SD3 α-amilazları 6.0 pH değerinde göstermişlerdir. Bakterilerin besiyerlerine inokülasyonlarından itibaren SD2 α-amilazı 24. saatte en yüksek aktivite seviyesine ulaşırken, SD1 ve SD3 α-amilazları 48. saatte ulaşmışlardır. Her üç enzim de 30 ve 40 ºC'de 15 dk. ön inkübasyon sonrasında aktivitelerini tamamen korumuşlardır. 50 ºC'den sonra ise 15 dk ön inkübasyon sonrasında kalan aktivite kayıpları meydana gelmiş, 100 ºC'de ise aktivitelerinin büyük bir kısmını kaybetmişlerdir. Kimyasal maddelerden Ca, Mg ve Co her üç enzim üzerinde de değişik oranlarda stimülatör etki ortaya koyarken, K ve EDTA inhibisyon etkisi göstermiştir. 16S rDNA dizileme analizi Bacillus sp. SD1 ve SD2 suşunun suşunun büyük oranda benzerlik gösterdiğini ortaya koymuştur. Anahtar Kelimeler: Bacillus sp., alfa-amilaz, izolasyon, karakterizasyon
Buğday tanelerinden aflatoksijenik Aspergillus section Flavi izolatlarının moleküler karakterizasyonu
Türkiye'de en çok üretilen tahıl olan buğday, hasat, taşıma, depolama ve işleme süreçlerinde Aspergillus section Flavi üyeleri (Aspergillus flavus, A. parasiticus, A. nominus, A. niger) tarafından kontamine olmaktadır. Bu çalışmada A. section Flavi üyelerinin buğdaylarda yaygınlığı ve toksin üretme potansiyellerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Bu amaçla A. section Flavi üyelerine ait türlerin izolasyonu, morfolojik ve moleküler olarak tanımlamaları gerçekleştirilmiştir. Bunun için ilk olarak buğday taneleri PDA besiyerine yerleştirilmiş ve 25℃'de 5-7 gün inkübasyona bırakılmıştır. İnkübasyonun ardından şüpheli Aspergillus izolatları PDA besiyerinde saflaştırılmıştır. Morfolojik olarak tanımlamalar sonucunda elde edilen 25 izolatın tamamı şüpheli A. flavus olarak tanımlanmıştır. Bu izolatların moleküler tanımlamaları ITS, β-tubulin, IGS gen bölgeleri taranarak gerçekleştirilmiştir. Bunun yanı sıra aflatoksin üretim genleri olarak norA, norB, pksA, ver-1, afIR de değerlendirmeye alınmıştır. PCR analizleri sonucunda, ITS, β-tubulin ve IGS gen bölgesi için sırasıyla 600 bp, 340 bp, 674 bp; norA, norB, pksA, ver-1 ve afIR genleri için ise sırasıyla 759 bp, 452 bp, 416 bp, 785 bp, 798 bp büyüklüğünde bantlar elde edilmiştir. Çalışmaya RFLP analizi ile devam edilmiş ve bu amaçla ITS1/ITS4 primerleriyle çoğaltılan 25 PCR ürünü HhaI restriksiyon enzimi ile kesilmiştir. Sonuç olarak ITS gen bölgesinden farklı boyutlarda dört fragman elde edilmiştir. Bu PCR ürünleri A. flavus olarak değerlendirilmiştir. Rastgele seçilen beş A. flavus izolatının β-tubulin ve ITS gen bölgeleri amplifiye edilerek BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) analizine tabi tutulmuş ve GenBank veri tabanındaki türlerle karşılaştırıldığında %99-100 aralığında nükleotid benzerliği göstermiştir. β-tubulin ve ITS gen bölgelerinden elde edilen DNA dizilerinin, MEGA X programı yardımıyla Neighbor-Joining metodu kullanılarak oluşturulan filogenetik ağaçta filogenetik ilişkileri gösterilmiştir. Bu çalışmada, buğday tanelerinden elde edilen Aspergillus izolatlarının yapılan analizler sonucunda A. flavus olduğu görülmüştür. Bunun yanı sıra aflatoksin üretim gen bölgelerinin gösterilmesi, bu izolatların aflatoksijenik A. flavus olma ihtimalini düşündürtmüştür. Anahtar Kelimeler: Aspergillus section Flavi, buğday, aflatoksin, aflatoksin biyosentez genleri
Trakya İlkeren ve Black Magic üzüm çeşitlerinin kuraklığa dayanımlarının in vitro' da PEG ile belirlenmesi
Kuraklık, dünya genelinde tarımsal üretimi ve bitkilerin morfolojik, fizyolojik ve biyokimyasal özelliklerini etkileyen önemli çevresel etkenlerden birisidir. Bu çalışmada, Trakya İlkeren ve Black Magic üzüm çeşitlerinde, PEG 6000'in farklı konsantrasyonlarıyla oluşturulan yapay kuraklık stresinin bitkiler üzerindeki etkileri incelenmiştir. Çalışmanın başlangıcında, üzüm çeşitlerinin tek gözlü mikro çelikleri, 1 mg L⁻¹ BAP içeren MS ortamında 4-5 hafta süreyle kültüre alınmıştır. Elde edilen sürgünler, 1 mg L⁻¹ IBA içeren MS ortamında 4 hafta süreyle kültüre alınmış ve köklendirilmiştir. Daha sonra, köklü bitkilerin yaklaşık 2 cm uzunluğundaki sürgün uçları kuraklık stresi uygulamaları için kullanılmıştır. Bu sürgün uçları, 1 mg L⁻¹ IBA ilaveli MS ortamında PEG 6000'in %0, %0.25, %0.50, %1.0, %2.0, %3.0 ve %4.0 konsantrasyonlarını içeren besi ortamlarına dikilmiştir. Elde edilen sonuçlara göre, uygulanan tüm PEG konsantrasyonlarında; bitki boyu, boğum sayısı, bitki yaş ve kuru ağırlığı, kök yaş ve kuru ağırlığı, kök sayısı, kök uzunluğu, yaprak oransal su içeriği, membran geçirgenliği, SPAD indeksi, bitki zararlanma oranı, sürgün ve kök tolerans oranı ile sürgün ve kök tolerans indeksi gibi parametrelerde kontrol ile PEG konsantrasyonları arasında anlamlı farklılık tespit edilmiştir. Bulgular, Trakya İlkeren ve Black Magic üzüm çeşitlerinin kuraklık stresine karşı oldukça duyarlı olduğunu ortaya koymuştur. Sonuçta, bu çeşitlerin kuraklığa dayanıklılıklarının daha ayrıntılı bir şekilde belirlenebilmesi için, gelecekte yapılacak çalışmalarda daha farklı PEG konsantrasyonlarının ve besi ortamlarının denenmesi önerilmiştir.
Evcil kedilerde feline panlökopeni enfeksiyonunun immünokromatografik ve moleküler yöntemler ile araştırılması
Kedi Panlökopeni (FP), hem evcil hem de yabani kedigillerde yüksek bulaşıcılık ve ölüm oranları ile seyreden, Feline Panlökopeni Virüsü (FPV) tarafından oluşturulan ölümcül bir viral hastalıktır. FPV, Parvoviridae ailesine ait, zarfsız, küçük boyutlu, tek sarmallı bir DNA virüsüdür. FPV, özellikle hızla bölünen hücreleri hedef alarak bağırsak epitel hücrelerinde hasar, kemik iliği baskılanması ve lenfoid dokuların yıkımına yol açar. Klinik olarak panlökopeni, enteritis ve immünosupresyon belirtileri görülür. Şiddetli ishal, hızlı sıvı kaybı ve elektrolit dengesizlikleri nedeniyle yüksek ölüm oranları meydana gelir. Virüs, enfekte hayvanların dışkı, idrar, tükürük gibi vücut sıvıları yoluyla yayılır ve çevrede uzun süre bulaşıcılığını korur. Bu durum, toplu yaşam alanlarında kontrolü zorlaştırır. FP enfeksiyonlarının önlenmesinde etkin koruma sağlayan inaktive veya modifiye canlı FPV aşıları yaygın olarak kullanılmaktadır. Aşıların düzenli uygulanması, hastalığın görülme sıklığını ve ölüm oranlarını azaltmıştır. Tedavi doğrudan antiviral bir yöntem içermese de erken tanı, iyi bakım ve destekleyici tedaviler mortaliteyi azaltabilir. Tanıda dışkı örnekleri tercih edilir. Virüs izolasyonu, ELISA, PCR, RT-PCR, immünofloresan ve lateral immünokromatografik testler gibi yöntemler kullanılır. Çalışmamızda, aşısız ve doğal olarak enfekte olmuş kedilerden alınan dışkı örneklerinde FP enfeksiyonu araştırılmıştır. Lateral immünokromatografik test ile %23,8; RT-PCR ile %26,19 pozitif sonuç elde edilmiştir. RT-PCR, az miktarda virüs varlığında dahi hassas bir tanı sunarken, lateral immünokromatografik testler, ekonomikliği ve pratik kullanımıyla öne çıkmaktadır. Bu yöntemlerin kombinasyonu, erken tanı ve hastalık kontrolünde etkili araçlar olarak veteriner hekimlik pratiğinde önemli bir yer tutmaktadır. Anahtar Kelimeler: Feline Panlökopeni Virüsü (FPV), Kedi Gençlik Hastalığı, Kedi Parvovirüs, RT-PCR, İmmünokramotografi
FortunaXRubygem F1 çilek populasyonunda aroma bileşikleri ile bağlantılı QTL analizleri
Ticari olarak yetiştiriciliği yapılan çilek (Fragaria x ananassa) çeşitlerinin meyvelerinde 350'den fazla uçucu organik bileşiğin (VOC) varlığı nedeniyle karmaşık bir aromaya sahiptir. Aromanın iyileştirilmesi çilek yetiştiricileri ve özellikle ıslahçılar için en önemli hedeflerdendir. Hem tatlı hem de aromalı meyve eti sert yola ve muhafazaya dayanım gibi birkaç özellik çilekte en önemli ancak en karmaşık özelliklerdendir. Moleküler destekli ıslah, özellikle ıslah süreci sırasında çeşitli ilgi çekici özelliklerle bağlantılı belirteçlerle birleştirildiğinde, geleneksel fenotipik değerlendirmelere ek olarak aroma gibi karmaşık özelliklerin seçiminde büyük kolaylık sağlayacaktır. Bununla birlikte, anahtar uçucu bileşikler (KVC) yada temel uçucu bileşikler olarak adlandırılan 19 bileşiğin karışımının ana çilek aromasını verdiği bilinmektedir. Yetiştirilen çilek çeşitlerinin genetik yapısının özellikle kromozom sayısının 2n = 8x =56 ve aromanın poligenik özellik göstermesi nedeniyle kolay değildir. Bu araştırmada Fortuna X Rubygem çeşitlerinin melezlenmesiyle elde edilen F1 populasyonuna ait 160 genotip ve bunların ebeveynleri farklı derim dönemlerinde iki yıl süre ile HS/SPME/GC/MS tekniği ile uçucu aroma bileşikleri açısından fenotiplendirilmiştir. Toplam 76 ester bileşiği, 15 terpen bileşiği, 12 aldehit bileşiği, 14 asit bileşiği, 37 alkol bileşiği bir lakton ve bir furan bileşiği olmak üzere 7 farklı kimyasal sınıf tanımlanmıştır. Toplam 28 aroma uçucu bileşiği için 229 QTL (LOD > 2.0) bulunmuştur.
Antepfıstığında (Pistacia vera L.) ilişkili haritalama yöntemi kullanılarak bazı meyve kalite özellikleri ile bağlantılı lokusların belirlenmesi
Antepfıstığı (Pistacia vera L.) Anacardia familyasına ait olan birçok türe sahip olan sert kabuklu meyve türlerinden bir tanesidir. Protein, yağ, yağ asitleri, lif, vitaminler, minareller açısından zengin besin içeriğine sahip olması sebebiyle insan sağlığı üzerinde pozitif etkileri mevcuttur. Antepfıstığının ıslahı esnasında karşılaşılan en önemli problemler peryodisiteye sahip olması, gençlik kısırlığı, dioik karakterde olmasıdır. Moleküler ıslah çalışmaları ile bu problemlerinin üstesinden gelinebilmektedir. Bu sebeple markör destekli seleksiyonun önemi oldukça fazladır. Bu çalışma kapsamında 2018 yılında hasat edilmiş 149 adet ve 2020 yılında hasat edilmiş 136 adet dişi çeşit ve genotipte % yağ içeriği, yağ asit içerikleri (Miristik asit, Palmitik Asit, Stearik asit olmak üzere toplam doymuş yağ asit içerikleri ve palmitoleik asit, oleik asit olmak üzere toplam tekli doymamış yağ asit içerikleri, linoleik asit, alfa linoleik asit olmak üzere toplam çoklu doymamış yağ asit içerikleri) , protein içerikleri ve tokoferol (alfa tokoferol ve gama tokoferol) içerikleri ile bağlantılı lokuslar belirlenmiştir. Toplam 14 adet fenotipik veri ile genotipik veriler arasındaki ilişki R programının GAPIT fonksiyonu kullanılarak MLM (mixed linear model) yaklaşımıyla belirlenmiştir. Çalışılan biyokimyasal özelliklerle bağlantılı lokusların belirlenmesi için Bonferroni testi p=0.01 olarak uygulanmıştır. Yapılan analizlerin neticesinde p=10-4 seviyesinde ilişkili lokuslar seçilmiştir. İlişkili haritalama sonucunda ise 9 adet fenotipik özellik ile ilişkili 2018 yılında 30,441 adet ilişkili markör 2020 yılında ise 11,163 adet ilişkili markör tespit edilmiş ve 2018 ile 2020 yıllarında 65 adet ortak markör belirlenmiştir. Elde edilen SNP lokuslarının validasyonu yapıldıktan sonra biyokimyasal özellikler için antepfıstığı ıslah programlarında kullanılabilecektir.
Chandler x kaplan-86 F1 ceviz populasyonunda QTL-seqharitalama yöntemi kullanılarak hasat tarihi ile bağlantılıDNA markörlerinin geliştirilmesi
Ceviz (Juglans regia L.) ülkemizin en önemli sert kabuklu meyve türlerinden biridir. Cevizin gençlik kısırlığı süresinin çok uzun olması nedeniyle erken seleksiyonun yapılabilmesi oldukça önemlidir. İşte bu çalışmada QTL-seq haritalama yöntemini kullanarak cevizde hasat tarihi ile bağlantılı DNA markörü geliştirilmesi hedeflenmiştir. Bu çalışma kapsamında 175 adet ceviz F1 genotipi 4 yıl süresince hasat tarihi özelliği bakımından fenotipik gözlemleri kullanılmıştır. QTL-seq analizlerinde ebeveynlerden biri ve iki adet bulk DNA 20x sekanslama yoğunluğunda (yaklaşık 10Gb) Illumina HiSeq 2500 yeni nesil sekanslama yöntemi ile PE150 (çift yönlü) dizileri elde edilmiştir. QTL-seq yazılımı kullanılarak hasat tarihi ile bağlantılı markörler ve QTL bölgeleri tespit edilmiştir. QTL-seq analizleri ile ceviz genomuna haritalanması sonucunda toplam 229,307 SNP ve 45,223 InDel belirlenmiştir. QTL-seq analizleri sonucunda 'Chandler x Kaplan-86' populasyonunda belirlenen ilişkili markörler genom anotasyonu Annovar programı ile yapılmıştır ve yapılan genom anotasyonu sonucunda kromozom 2 ve kromozom 11'de yüksek ilişkili lokuslar tespit edilmiştir. Ayrıca yüksek bağlantılı markörlerin sağındaki ve solundaki baz dizileri kullanılarak fonsiyonel anotasyonları ile GO ve KEGG yolakları tespit edilmiştir. Yüksek ilişkili lokusların sağından ve solundan alınan sekanslar kullanılarak HRM (High Resolution Melting) ve SCAR primerleri tasarlanmıştır. Tüm primerlerin doğrulaması hem 'Chandler x Kaplan-86' F1 populasyonunda hem de genetik kaynaklara ait çeşit ve genotiplerde yapılmıştır. Bu tezden elde edilen sonuçlar ileride yapılacak ceviz ıslah programlarında markör destekli seleksiyonda kullanılabileceği düşünülmektedir.
Growth performance and tissue fatty acid change in rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) feed with different energy levels
A feeding trial was conducted in rainbow trout juveniles to assess the growth performance and feed utilization after fed the two diets with different energy levels (medium energy-ME, (18.4 kJ/kg) and low energy-LE (17.7 kJ/kg). Twenty fish (10 females and 10 males) males and females are distinguished through the head and anal fin, were randomly distributed into each cylindrical tank (300-L rearing volume) with four replicates. The fish were fed twice daily with each experimental diet until apparent satiation for 60 days. At the end of the feeding trial, the mean final weight in the LE group ranged from 385.7±21.4 to 406.0±23.6 g and the mean final weight in the ME group ranged between 424.1±22.0 g and 434.2±37.3 g. Overall, the fish fed with LE achieved the highest percentage of body weight gain of 290.34±1.99% among both treatments, with a statistically significant difference. Irrespective of gender, there was no significant difference in feed intake and FCR. No significant difference was also found in VSI which ranged from 3.83 to 4.08%. However, female fish fed with LE diet had the highest VFI than male fish fed with ME counterparts. In terms of specific fatty acids such as EPA and DHA, no significant differences were detected between experimental diets and there were no significant interactions between two factors (energy levels and gender) in EPA and DHA profile of the fillets of the experimental fish. A significant difference between genders was found in triglyceride, total protein, ALT and AST whereas the experimental diets had a significant impact on cholesterol levels in both genders. Liver histology scores in fish fed ME and LE showed no specific pathologies, normal liver structure, and no fibrous tissue increase. In the study, the expression of IL-1β and TNF-α was reduced in the liver of fish fed on ME diet, while the highest expression was found in fish fed on LE diet. Also, the expression of glucokinase increased in the liver of fish fed the LE diet. In contrast, the highest expression of IL-18 was found in the liver of fish fed the ME diet. While the lowest expression of IL-18 was in the liver of fish fed the LE diet. Key Words: Dietary energy, Growth performance, Feed intake, Liver histology, Gene expression, Immunology
Yüksek riskli endometrium kanserinde moleküler sınıflama ve klinik önemi
Bu çalışmada, yüksek riskli endometrial adenokarsinom (EK) ve fertilite koruyucu yaklaşım (FKY) uygulanan hastalarda moleküler özelliklerin belirlenmesi ve klinik-patolojik prognostik faktörlerle moleküler sınıflama arasındaki ilişkinin değerlendirilmesi amaçlandı. Çalışmada 16 FKY, 33 grade 3EK, 50 tip 2 EK (37 seröz ve 13 berrak hücreli EK) ve 33 nüks olgu olmak üzere toplamda 132 olgu değerlendirildi. Olguların klinik bilgileri, miyometriyal invazyon derecesi (Mİ), lenf nodu metastazı (LNM), lenfovasküler alan invazyonu (LVAİ), evre ve adjuvan tedavi durumları belirlendi. Olguların mismatch repair (MMR) ve p53 durumları immünohistokimyasal yöntemlerle değerlendirildi. Olgular MMR eksik (MMRd), p53 mutant (p53abn) ve p53 wild tip (p53wt) olarak 3 moleküler gruba ayrıldı. İstatistik yöntemler ile moleküler grupların prognostik özellikleri ve klinik-patolojik özellikler ile moleküler gruplar arasındaki ilişki analiz edildi. FKY grubundaki olguların tamamı p53wt grubunda idi. Yüksek riskli gruplar birlikte değerlendirildiğinde 29 olgu (%25) MMRd, 43 olgu (%37) p53abn ve 43 olgu (%37) p53wt grubunda yer aldı. Bir olgu hem MMRd hem de p53abn idi. LVAİ, Mİ, LNM ve evre açısından moleküler gruplar arasında anlamlı fark bulunmadı. Total sağkalım (OS) açısından gruplar arasında anlamlı fark saptandı (p=0,004). Hastalıksız sağkalım (DFS) açısından gruplar arasında istatistiksel anlamlı fark bulunamadı. Yüksek riskli gruplarda Mİ≥% 50, LVAİ, p53abn ve nüks varlığı bağımsız kötü prognostik faktörler olarak bulundu. p53abn grubunda bulunmak beklenen yaşam süresini 5,9 kat azaltmaktaydı. Yüksek riskli ve nüks eden olgularda, moleküler sınıflama sadece prognostik açıdan değil aynı zamanda yönetimi belirlemede de kritik rol oynamaktadır. Bu nedenle bu grup hastalara İHK ile MMR ve p53 bakılması önerilir. Anahtar Kelimeler: Endometrial Adenokarsinom; Fertilite Koruyucu Yaklaşım; Moleküler Sınıflama; Nüks Endometrial Karsinom; Yüksek Dereceli Endometrial Adenokarsinom.
Tüketime sunulan Spirulina platensis ürünlerinde mikroplastik varlığının belirlenmesi
Spirulina platensis besin içeriğinin zenginliği sebebiyle üretimi yapılan ve sağlıklı destek gıda olarak pazarlanan bir mavi-yeşil algdir. Mikroplastik (MP) bulaşmasının pekçok gıdada saptanması ve sağlığı tehdit etmesi nedenleriyle ticari olarak satılan Spirulina platensis ürünlerinde mikroplastik bulaşmasının araştırılmasına gereksinim ortaya çıkmıştır ve bu araştırma daha önce yapılmamıştır. Bu çalışma kapsamında, farklı ambalajlarda, farklı marka ve menşeilerden 29 Spirulina örneği temin edilmiş ve MP analizi mikroskobik ve μ-Raman teknikleri kullanılarak yapılmıştır. Spirulina içeriğini doğrulamak ve MP miktarı ile karşılaştırma yapmak için C-fikosiyanin seviyeleri analiz edilmiştir. Toplamda 251 MP benzeri parçacık gözlemlenmiş, 29 paketlenmiş Spirulina örneğinden 26'sının potansiyel MP içerdiği görsel inceleme ile tespit edilmiş ve bu parçacıkların 35'inin gerçekten MP olduğu doğrulanmıştır. Analiz edilen parçacıkların %73'ü gerçek MP'lerdir. Ortalama MP miktarı 13,77 ± 2,45 MP/100 g kuru ağırlık (k.a.) olarak tahmin edilmiştir. Toz, kapsül/tablet formundaki Spirulina ürünlerinde MP miktarları karşılaştırıldığında, ürünler arasında istatistiksel olarak anlamlı bir fark bulunmamıştır. İncelenen MP'lerin %38,3'ü parçacık, %61,7'si iplik şeklindedir; parçacık boyutları 0,07 ila 2,15 mm ve iplik boyutları 0,19 ila 5,691 mm olarak belirlenmiştir. Spirulina örneklerindeki MP'lerin renk dağılımı ise ağırlıklı olarak lacivert (%33,20), siyah (%25,51) ve mavi (%19,43) şeklindedir. Diğer renkler beyaz (%10,93), kırmızı (%2,83), mor (%2,43), gri (%2,0), kahverengi (%1,21), yeşil (%1,62), sarı (%0,4) ve şeffaf (%0,4) olarak sıralanmaktadır. µ-Raman analizi ile 10 farklı sentetik polimer ve selüloz tespit edilmiş, en yaygın olanlar polipropilen (%31,6) ve polistiren (%8,3) olarak belirlenmiştir. C-fikosiyanin ve MP miktarları arasında anlamlı bir korelasyon bulunamamıştır. MP varlığının, ürün paketleme ve işleme aşamalarından kaynaklandığı düşünülmektedir. Spirulina ürünlerindeki potansiyel MP kaynaklarının belirlenmesi ve insan sağlığına olası etkilerinin değerlendirilmesi büyük önem taşımaktadır.
İki boyutlu ve üç boyutlu KHDAK modellerinde hücre membran protein imzalarının normoksik ve hipoksik koşullarda araştırılması
Akciğer kanseri, kansere bağlı ölümlerin başlıca nedenlerinden biri olup, bu hastalığın tanı ve tedavisinde kullanılabilecek potansiyel biyobelirteçlerin tanımlanması veya yeni moleküler mekanizmaların aydınlatılması büyük önem taşımaktadır. Kanser kök hücreleri (KKH), kök hücre benzeri özellikler gösteren, tümörün oluşumu, prolifersyonu, invazyonu ve metastazında rol oynayan kritik hücre populasyonlarıdır. Dolayısıyla KKH'leri hedeflenmesi, başta akciğer kanseri olmak üzere pek çok kanser türünün tanı ve tedavisinde hayati bir rol üstlenmektedir. Bu çalışmada 3D (üç boyutlu) küçük hücreli dışı akciğer (KHDAK) tümöroidleri oluşturulmuş, bu tümöroidlerin KKH gelişmini indüklemek amacıyla hipoksik mikroçevreye maruz bırakılmışlardır. Hipoksik ve normoksik ortamlarda büyütülmüş tümöroidlerden zenginleştirilmiş hücre membran proteinlerin izole edilmiştir. Elde edilen zenginleştirilmiş hücre membran protein lizatı proteomik yöntemler ile analiz edilmiştir. Toplamda tüm koşullarda 2225 adet protein tanımlanmıştır. Bu tanımlanan proteinlerin önemli bir kısmı (yaklaşık %40) hücre membranına lokalizedir. Proteomik analiz sonucunda hem normoksik hem de hipoksik koşullarda KKH ilişkili (DLL1, NOTCH1 TSPAN5, THBS1, CALR, PLXNB2, ABCA5, NOTCH2NLB vb.) proteinler tanımlanmıştır. Sonuç olarak normoksik ve hipoksik mikroçevre koşullarında elde edilen bu proteinler KHDAK'de tanı ve tedaviye yönelik potansiyel biyobelirteç adayları sunmaktadır.
Akciğer kanserinde ezrin inhibitörleri ile PDL-1 inhibitörlerinin sinerjik etkinliğinin incelenmesi
Akciğer kanseri, dünya genelinde en yüksek mortaliteye sahip malignitelerden biri olup özellikle tedaviye dirençli alt tiplerinde prognoz kötüdür. Bu nedenle, hastalık seyrini ve tedavi yanıtını öngörebilecek yeni biyobelirteçlerin belirlenmesi önem taşımaktadır. Ezrin, hücre iskeleti ile plazma membranı arasında köprü görevi gören ve hücre motilitesi, invazyon ve metastazda rol oynayan bir proteindir. Ezrin aktivasyonu, PI3K/AKT/mTOR yolunu uyararak hücre proliferasyonunu artırırken, PD-L1 ekspresyonunu yükselterek tümör hücrelerinin immün kaçışına katkı sağlar. PD-L1 ise T hücre aktivitesini baskılayan bir immün kontrol noktası molekülüdür ve inhibitörleri antitümör immün yanıtı yeniden aktive eder. Bu tez çalışmasında, ezrin inhibitörü (NSC668394) ve PD-L1 inhibitörü (Atezolizumab) kombinasyonunun A549, Calu-1 ve LLC1 akciğer kanseri hücre hatlarındaki etkileri araştırılmıştır. Hücre proliferasyonu, göçü, koloni oluşumu ve sinerjik etkiler MTT, yara iyileşme ve koloni formasyon analizleriyle; sinyal yolaklarındaki değişimler Western blot ile değerlendirilmiştir. Elde edilen bulgular, özellikle Calu-1 hücre hattında kombinasyon tedavisinin tekli uygulamalara kıyasla hücre proliferasyonu ve göçünü daha etkili biçimde baskıladığını göstermektedir. Sonuç olarak, ezrin ve PD-L1'in eşzamanlı hedeflenmesinin akciğer kanseri tedavisinde güçlü bir sinerjik potansiyel taşıdığı düşünülmektedir.
Adana ilinde serbest dolaşan köy tavuklarında enfeksiyöz bronşit virüsünün epidemiyolojisi, moleküler tanısı ve filogenetik analizi
Avian enfeksiyöz bronşit (IB), enfeksiyöz bronşit virüsü (IBV) tarafından oluşturulan ve kümes hayvancılığı endüstrisinde ciddi ekonomik kayıplara yol açan oldukça bulaşıcı bir hastalıktır. Bu çalışma, Türkiye'nin Adana ilindeki köy tavuğu sürülerinde IBV dolaşımını araştırmıştır. Adana ilinin on iki ilçesinden alınan toplam 390 trakeal ve sekal svap örneği, 65 havuzda birleştirilerek RT-PCR yöntemiyle test edilmiştir. Genel olarak 15 örnek (%23,07) IBV pozitif olarak belirlenmiştir. En yüksek prevalans Yumurtalık, Karataş ve Pozantı ilçelerinde tespit edilirken, bazı ilçelerde ise pozitif sonuca rastlanmamıştır. Sahadan elde edilen on beş pozitif izolat dizilenmiş ve GenBank veri tabanına (PP970560.1–PP970574.1) kaydedilmiştir. IBV'nin kısmi S1 gen bölgesine yönelik filogenetik ve BLAST analizleri, yüksek nükleotid benzerliği gösteren kümeler (>%95) ile İsrail-benzeri suş IS/1494/06'ya düşük benzerlik gösteren, ancak diğer izolatlarla yüksek BLAST skorlarıyla ayrışan soyların birlikte varlığını ortaya koymuştur. Bu sonuçlar, Adana ilindeki serbest dolaşan tavuk sürülerinde farklı IBV genotiplerinin bir arada bulunduğunu doğrulamaktadır. Elde edilen bulgular, sahada dolaşımda bulunan IBV'nin yeni veya aşıdan kaçan varyantlarının tespitine yönelik moleküler tarama ve tanımlama çalışmalarının düzenli olarak yapılmasının önemini ve gerekliliğini desteklemektedir. Anahtar Kelimeler: Avian enfeksiyöz bronşit virüsü, IBV, Moleküler epidemiyoloji, RT-PCR, Sanger sekanslama, BLAST analizi, Filogenetik analiz
Sepsis hastalarının tanısında kullanılacak biyobelirteçlerin araştırılması
Sepsis, dünya genelinde yüksek mortalite ve morbiditeye yol açan, erken tanı ve tedavinin prognoz açısından kritik rol oynadığı sistemik bir inflamatuvar yanıttır. Lökosit sayımı (WBC), C-reaktif protein (CRP) ve prokalsitonin (PCT) gibi geleneksel laboratuvar parametrelerinin tanısal gücü sınırlı olduğundan, son yıllarda yeni biyobelirteçler gündeme gelmiştir. Bu çalışmada, sepsisin erken tanısında ve prognozunun öngörülmesinde soluble triggering receptor expressed on myeloid cells-1 (sTREM-1), pentraxin 3 (PTX3), neopterin (NEOP) ve soluble urokinase plasminogen activator receptor (suPAR)'un önemlerinin araştırılması amaçlandı. Serum örnekleri sepsisli 31 hastadan ilk gün, bu hastaların yedinci güne kadar hayatta kalan 21'inden yedinci gün ve sağlıklı 31 gönüllüden toplandı. Biyobelirteçler Sandwich ELISA yöntemi ile incelendi. Sepsisli hastaların hem ilk gün hem de yedinci gün örneklerinde, ayrıca hem yedinci günden önce vefat edenlerin hem de yedinci gün hayatta kalanların ilk gün örneklerinde biyobelirteçlerin herbirinin sağlıklı kontrollere göre istatistiksel olarak oldukça anlamlı derecede yüksek bulunması tanısal değerlerinin çok güçlü olduğunu gösterdi. Sepsisli hastaların WBC, CRP ve PCT ile birlikte PTX3 ve NEOP düzeylerinin de yedinci günde azalması ve bu azalmaların NEOP dışındakilerde istatistiksel olarak anlamlı bulunması prognostik önemlerini vurguladı. Sepsisli hastaların ilk günkü sTREM-1 ve NEOP düzeylerinin yedinci günden önce vefat edenlerde yedinci gün hayatta kalanlara göre daha yüksek olması, ancak bu farkların istatistiksel olarak anlamlı bulunmaması (sırasıyla p değerleri: 0,093 ve 0,195) mortalite ile ilgili yine de ipucu verebileceklerini düşündürdü. Literatürde bu belirteçlerin hem erken tanı hem de mortalite öngörüsünde değer taşıdığı; özellikle kombine kullanımın tanısal doğruluk ve prognostik öngörü gücünü artırdığı gösterilmiştir. Bu çalışmada elde edilen sonuçlar da bu verilere önemli katkı sunmaktadır. Daha geniş popülasyonlarla yapılacak olan çalışmalar bu biyobelirteçlerin prognostik değerlerini ortaya çıkarabilecektir. Gelecekte yapay zekâ destekli biyobelirteç panellerinin klinik kararlara entegre edilmesi, sepsis yönetiminde yeni ufuklar açacaktır.
1BL.1RS translokasyonuna sahip Mv179 ekmeklik buğday hattının 1RS kromozom kolunun sekanslanması ve 1RS kromozom kolu için DNA markörlerinin geliştirilmesi
Çavdar (Secale cereale L.) 1RS kromozom kolu, ekmeklik buğdayda (Triticum aestivum L.) hastalık dayanımı, verim ve stres toleransı açısından önemli bir gen kaynağıdır. Bundan dolayı bu çalışmanın amacı, Kriszta çavdar çeşidi kökenli 1BL.1RS translokasyonuna sahip Mv179 ekmeklik buğday hattının 1RS kromozom kolunu sekanslamak, bu bölgeyi buğday ve çavdar genomlarıyla karşılaştırmak ve 1RS koluna özgü DNA markörleri geliştirmektir. Bu kapsamda Mv179 1BL.1RS kromozomu "de novo" sekans birleştirme (de novo assembly), tekrar analizi, homoloji karşılaştırmaları, varyant çağırımı ve fonksiyonel anotasyon basamaklarını içeren bütüncül bir yaklaşımla ayrıntılı olarak karakterize edilmiştir. Elde edilen bulgular, 1RS kısa kolunun yüksek oranda LTR retrotranspozon içeren heterokromatik yapısını koruduğunu ve Ty3/Gypsy ile Ty1/Copia süper ailelerinin bu bölgede baskın olduğunu göstermiştir. Homoloji ve anotasyon analizleri, 1BL.1RS kromozomunda hem buğday 1B hem de çavdar 1R kromozomlarından taşınan, metabolik süreçler, sinyal iletimi, stres yanıtı ve savunma mekanizmalarıyla ilişkili geniş bir gen repertuvarının yer aldığını ortaya koymuştur. NLR genlerinin filogenetik analizi, Mv179 1BL.1RS kromozomunun 1 RS bölgesindeki birçok genin çavdar NLR genlerine ve bilinen dayanıklılık genlerine (ör. Lr21, Pm2, Sr21, Lr34, Yr36, Pm21, Sr35, Sr50) filogenetik olarak yakın konumlandığını göstermiştir. Bu sonuç, 1RS kolunda yeni dayanıklılık allellerinin bulunabileceğini göstermiştir. Mv179 1RS bölgesine özgü varyantlara dayanarak geliştirilen 30 adet InDel primeri çiftinin 24'ü güvenilir bulunmuş, bu markörlerin 18'i genetik çeşitliliği belirlemede ve 6'sı yalnızca 1BL.1RS translokasyonunun doğrulanmasında etkili olduğu belirlenmiştir. Sonuç olarak, bu çalışma ile 1RS kromozomunun sekans bilgisi elde edilmiş, bu bölgenin abiyotik ve biyotik stres faktörleri karşısında buğday ıslahında kullanılabilirliği değerlendirilmiş ve bu gen kaynağının ekmeklik buğday ıslahı programlarında hızlı ve etkin biçimde değerlendirilmesi gerektiği sonucuna varılmıştır.
Farklı kanser tipleri üzerinde Morus nigra eksozomlarının anti kanser etkisi
Eksozomların keşfi ve hücre-hücre arası biyolojik işlevlerinin öneminin anlaşılması bu nanoveziküllerin birçok hastalıkta terapötik ajan olarak kullanılmasının önünü açmıştır. Bu hastalıkların başında kanser yer almakta; erken tanı, tedavi, ilaç taşıma ve daha birçok amaçla kanser araştırmalarında kullanılmaktadır. Bu bilgilerden yola çıkarak bu çalışmada Morus nigra (Karadut, urmu dut) eksozomları izole edilerek kolon kanseri ve akciğer kanseri hücre hatları üzerindeki etkileri araştırılmıştır. M. nigra meyvesinin kanser üzerindeki etkilerini inceleyen bir araştırma daha önce yapılmamıştır. Bu nedenle bu meyvenin eksozomlarının izole edilerek kolon ve akciğer hücrelerine verilip kanser üzerine etkilerinin araştırılması ile günümüzün en ciddi ve giderek yaygınlaşan problemi olan kansere alternatif bir tedavi keşfedilebileceği düşünülmektedir. Bu tezde, akciğer kanseri (A549) ve kolon kanseri (HCT 116) gibi farklı kanser tipleri üzerine kurulu in vitro modellerinde (MDA-MB 231) apoptozu indükleyerek bitki kaynaklı eksozomların olası terapötik potansiyeli değerlendirilmiştir. M. nigra' dan elde edilen eksozomlar, NTA analizi ile karakterize edilmiştir. Kanserli hücreler üzerinde varsayılan sitotoksik etkiyi değerlendirmek için, 25 ila 250 ug/mL arasında değişen 7 farklı konsantrasyonda 24 saat, 48 saat ve 72 saat zaman noktalarında 3 gün boyunca eksozom preparatları ile inkübe edilmiş hücreler üzerinde hücre canlılık deneyi (WSTI) analizi yapılmıştır. Bulgularımıza göre, HCT 116 hücre hatları ile inkübe edilen eksozomlar kontrol hücrelerine göre kanserli hücrelerin canlılığını %46 oranında etkilemiştir. Öte yandan, A549 hücre hatlarında ise 250 μg/mL'da 72. saatte %28 oranında canlılık gözlenmiştir. Sonuç olarak yaptığımız bu çalışma, bitki kaynaklı eksozomların gelecekteki kanser tedavisinde umut vaadeden terapötik ajanlar olabileceğini göstermekte ve daha sonraki çalışmalar için önemli bir kaynak oluşturmaktadır.
Görüntü işleme tekniği ile solüsyon yoğunluk analiz programı geliştirilmesi
Görüntü işleme, bilgisayarlarla bütünleşik olarak birçok endüstriyel uygulamalarda kullanılabilen bilgisayar programıdır. Görüntü işleme bir dizi işlemlerden oluşmaktadır. Bu işlemler görüntünün yakalanması ile başlar, görüntü iyileştirme teknikleriyle analiz öncesi hazırlıklar yapılır ve nesne belirleme işlemleri gerçekleştirilir. Bu çalışmada, laboratuvar ortamlarında hazırlanan Elisa mikro plakasının görüntü işleme teknikleri kullanılarak yorumlanması konusunda bilgiler verilmiştir. Çalışmanın amacı; süregelen mevcut analiz yöntemleri dışında görüntü işleme programı vasıtasıyla alternatif analiz ve sentezleri sunmasıdır. Görüntü analiz programı kullanılarak ilgili örneklerin analizlerinin yapılmasının mevcut tespit yöntemlerine alternatif olabileceği düşünülmektedir. Ayrıca program sayesinde daha kısa sürede ve daha kesin bilgilere ulaşmanın mümkün olunacağı gösterilmiştir. Preparatların analiz ve sentez aşamalarının sistematik bir şekilde ortaya koyulduğu ve preparatlardan alınan resimlerin analizinin kolayca yapılması, görüntü işleme tekniklerinin günümüz teknoloji dünyasında her alanda olduğu gibi sağlık alanında da oldukça önemli bir yere sahip olduğunu bizlere açıkça göstermektedir.
Gıda atıklarının geri dönüşüm/kazanım olanaklarının biyoteknolojik açıdan karşılaştırılması
Köyden kente göç etmek, modern çağa ayak uydurmak, dünya popülasyonunun artışı gibi yaşamsal faktörler neticesinde gıda tüketimindeki aşırı seçicilik, yiyecek tüketiminin kontrolsüzlüğü, israfın artışı, atıkların yaşantıda yer bulamaması gibi sebeplerle kendi neslimizi ve gelecek nesillerin hayatlarını, enerji ve doğal kaynakların sürdürülebilirliğini, canlı yaşamlarını tehdit eden gıda atıklarının etkileri görülebilir boyutlara ulaşmıştır. Tüm dünyanın çözmek için el ele verdiği iklim krizine sebep olan etmenlerden biri de gıda atıklarının varlığıdır. Bu atıkların geri dönüşümü hayati önem taşımaktadır. Gelişen teknoloji sayesinde gıda atıklarının biyoteknolojik yöntemler kullanılmasıyla ekonomik değere sahip biyoürünlerin üretilmesi mümkündür. Hammadde, biyokütle, substrat olarak belirlenen biyoatıkların piroliz teknolojisi, kompost uygulaması, katı hal fermantasyonu ve biyokütle enerji dönüşümü proseslerinin uygulanması ile tarım, hayvancılık, ulaşım, endüstri, enerji, ekonomi, sağlık gibi birçok alana katkı sağlayabilecek ürünler elde edilmektedir. Bu tez çalışmasında biyokütle dönüşümü, piroliz, katı hal fermantasyonu ve kompost teknolojileri karşılaştırılarak gıda atıklarından elde edile biyoürünler ve ürünlerin kullanıldığı alanlar araştırılmıştır. Biyokütle dönüşüm prosesleri ile üretilen ürünler kinetik enerjiye, piroliz ile üretilen ürünler biyoenerjiye, katı hal fermantasyonu ile üretilen ürünler biyomedikal ve temizlik alanına, kompostlaştırma ile biyodinamik tarıma katkı sağlamaktadır. Yayımlanan raporlardan, uluslararası yapılan uygulamalı veya teorik bilimsel çalışmalardan, ulusal yönetmeliklerden, deneysel girişim araştırmalarından, istatistiksel verilerden faydalanarak dönüştürülebilir ya da kazandırılabilir atıkların hangi özelliğe sahip olması gerektiği ve hangi biyoteknolojik yöntemlerin uygulanabilirliği ile biyoürün elde edilebileceğine dair bilgiler bir araya toplanarak bireysel, toplumsal, kurumsal bilinç düzeylerinde artışa sebep olacak örnekler bir arada toplanmıştır.
Endemik Gundelia dersim ekzozomlarının farklı kanser tipleri üzerinde anti kanser etkisi
Eksozomlar, kalıtsal metaryal taşıma, hücreler arası iletişimi sağlama, bağışıklığı düzenleme ve sinyal iletme gibi özelliklere sahip olan EV' lerin (Ekstrasellüler Vezikülller) en küçük alt grubunu oluşturan, kendilerine ait biyogenezleri, lipit yapıları ve kargo içerikleriyle diğer EV' lerden ayrılan, nano boyutlardaki (30- 100 nm) biyoaktif keseciklerdir. Bu keseciklerin başlangıçta sadece hücredeki atıkları uzaklaştırmakta görevli oldukları düşünülse de daha sonra birçok görevlerinin olduğu belirlenmiştir. Yapıları anlaşılmaya başlandıkça hücrelerin, bu nano vezikülleri, salgılandıkları hücreyi ayırt etmeksizin hücre içine alabildiğini göstermiş ve bu veziküllerin teröpatik ajanlar olarak kullanılma potansiyelleri ortaya çıkmıştır Bu bilgilerin ışığında çalışmamızda, anti-kanser özelliğe sahip Gundelia' nın bir alt türü olan Gundalia dersim bitkisinden eksozomlar izole edilerek, bu ekzozomların kanser hücreleri üzerindeki etkilerinin araştırılması amaçlanmıştır. İzole edilen eksozomlar nano parçacık izleme analiziyle (NTA) görüntülenmiştir. BCA (Bikinkoninik asit) protein analizi yapılmıştır. Eksozomlar HCT116 (kolon kanseri) ve A549(insan akciğer kanseri) hücre hatlarına uygulanmıştır. WST1 (Suda çözünür tetrazolyum tuzu – 1) analizi yapılıp bu hücre hatlarında eksozomun sitotoksik etkisine bakılmıştır. Elde ettiğimiz bulgulara göre, endemik tür olan Gundelia dersim bitkisinden elde edilen eksozomların artan konsantrasyonları HCT 116 hücre hatlarında 24, 48 ve 72 saatlik periyodun 25 ve 50μg/mL'deki değerleri hariç hücre canlılığını azaltarak sitotoksik bir etki göstermiştir. A549 hücre hatlarında ise eksozomların 24 ve 48 saatlik inkübasyonda sitotoksik etki gösterdiği, 72 saatlik inkübasyonda ise hücre canlılığını arttırarak sitotoksik etki göstermediği tespit edilmiştir. Sonuç olarak, Gundalia dersim eksozomlarının daha ileri çalışmalarla desteklenmesi durumunda anti kanser etki gösterebileceği düşünülmektedir.
Türkiye'de aşı karşıtlığı ile ilgili yapılan makale çalışmaları üzerine bir içerik analizi
Tarihsel süreç içerisinde yaşanan pek çok salgın hastalık görülmektedir. Günümüzde yaşanan Covid-19 pandemisiyle aşı ve aşı çalışmalarının önemi artmıştır. Yaşanan pandemiler sebebiyle aşı uygulamalarının önemi ortaya çıksa da aşı olmayı kabul etmeyen bireylerin sayısı da gün geçtikçe artmaktadır. Bu çalışmanın amacı; Türkiye'de aşı karşıtlığı üzerine 2010-2021 yılları arasında yapılan çalışmaların incelenmesidir. Araştırmada Dergi Park ve Google Akademik veri tabanlarında yapılan aram sonucu 38 adet çalışmaya ulaşılmıştır. Makaleler içerik analizi yöntemiyle analiz edilmiştir. Araştırma kapsamında incelenen makaleler; yayım yıllarına, yazar kişi sayısına, yazarların cinsiyetine, sayfa sayılarına, illere göre dağılımları, türlerine göre, yayınladığı dergilere, kaynak sayılarına, kaynak güncelliğine, kaynak türlerine göre dağılımları açısından incelenmiştir. İncelenen makale çalışmalarına kodlar verilmiş ve yapılan kodlamalar sonucunda elde edilen veriler Excel programına aktarılmıştır. Verilerin yüzdeleri hesaplanmış, grafik ve tablolar oluşturulmuştur. Araştırma sonucunda en fazla makale çalışmaları 2020 yılında yapılmıştır. Makale çalışmalarında en fazla yazar sayısı 2 yazar tarafından, en fazla makale çalışmalarını yayınlayan Güncel Pediatri Dergisi yayınladığı, makale çalışmalarında kullanılan kaynakların %92,11'inin güncel kaynak olduğu tespit edilmiştir. Makale çalışmalarında kaynak olarak kullanılan referansların %63,16'sı yabancı kaynaklardan meydana geldiği sonucuna ulaşılmıştır.
Akciğer kanserinin makine öğrenme teknikleri ile analizi
Bu çalışmada, akciğer tomografisi, akciğer hücresi histopatolojisi ve ışık mikroskobundan alınan görüntüler ile daha iyi akciğer kanseri teşhisi hedeflenmiştir. Ayrıca elde edilen görüntüler iyi ve kötü huylu olmak üzere iki tip görüntü kullanılmıştır. Bu iki çeşit görüntülere ait optimum özellikler elde edebilmek için çeşitli boyut azaltma yöntemleri kullanılmıştır. Bu yöntemler Temel Bileşenler Analizi (TBA), Genelleştirilmiş Diskriminant Analizi (GDA), Doğrusal Diskriminant Analizi (DDA), Yerel Doğrusal Gömme (YDG), Klasik Çok Boyutlu Ölçekleme (KÇBÖ), Komşuluk Koruyan Gömme (KKG), Stokastik Yakınlık Gömme (SYG) yöntemleridir. Sınıflandırıcı olarak ise Naive Bayes (NB), Rastgele Orman (RO), Karar Ağaç (KA) yöntemleri kullanılmıştır. Ayrıca bu sınıflandırıcı yöntemlerinin her birine Maksimum Durağan Ekstrem Bölgeler (MDEB), Hızlandırılmış Sağlam Özellikler (HSÖ), Yönlendirilmiş Gradyanlar Histogramı (YGH) özellikleri eklenerek doğruluk değerinin durumu incelenmiştir. Akciğer kanserinin erken ve doğru teşhisi için çeşitli yöntemler geliştirilmiştir. Bu çalışmada metodlar için toplam 240 adet görüntü kullanılmıştır. Bu görüntüler 60 adet hastadan, her biri için 4 adet kesit alınarak elde edilmiştir. Kullanılan görüntüler ile her bir sınıflandırıcının, her bir boyut azaltma yönteminin ve her bir özelliğin birbirine göre doğruluk oranının kıyaslanması yapılmıştır. Ayrıca en yüksek doğruluk oranına sahip yöntemler bulunmuştur. Kullanılan yöntemlerin bazıları ile %100 doğruluk oranına sahip sonuçlar bulunmuştur. Böylece en yüksek doğruluk oranını sağlayan yöntemler sayesinde iyi huylu ve kötü huylu tümörlerin ayrımı sağlanmıştır. Dünyada en fazla ölüm oranına sahip kanser türlerinden biri olan akciğer kanserinin erken teşhisi için doğruluk oranının yükseltilmesi de amaçlanmıştır. Böylece bilgisayar destekli tanı sistemlerine yüklenen akciğer görüntüleri bu sistemde çeşitli aşamalardan geçirilerek doğru bir sonucun elde edilmesi sağlanmıştır. Anahtar Kelimeler: Akciğer Kanseri, Makine Öğrenme, Sınıflandırma, Görüntü İşleme, Histopatoloji, Akciğer Tomografisi, Bilgisayar Destekli Tanı, Bilgisayarlı Tomografi.
Tıbbi ve ekonomik değeri olan bazı bitkilerin antimikrobiyal aktiviteleri, antioksidan aktiviteleri, aroma maddeleri ve mineral içeriklerinin belirlenmesi
Tüm dünyada olduğu gibi ülkemizde de halk arasında birçok bitki, sağlık problemlerini önlemek, tedavi etmek, ve daha kaliteli bir yaşam sürmek amacıyla eskiden beri kullanılmaktadır. Bu çalışmada, Hypericum scabroides, Verbascum diversifolium ve Alcea calverti türlerinin çiçek ve yapraklarının antioksidan, antimikrobiyal, aromatik madde analizi, toplam fenolik madde bileşimi ve ağır metal analizi araştırılmıştır. Bu çalışmada bitkilerin antioksidan aktivitelerini belirlemek için metal şelatlama aktivitesi, serbest radikal (DPPH) giderme aktivitesi, indirgeme kuvveti tayini gibi spektrofotometrik yöntemler kullanılmıştır. Antimikrobial aktiviteler ise mikrodilüsyon broth yöntemi ile belirlenmiştir. Aromatik madde analizi GC-MS cihazı ile, ağır metal analizi ise ICP-OES cihazı ile belirlenmiştir. Söz konusu bitkilerin sonuçlarına göre, bitkilerin iyi derecede antioksidan kapasiteye sahip oluğu, içerdiği toplam fenolik madde bileşimlerinin ise iyi miktarda olduğu tespit edilmiştir. Bitki ekstrelerinin antimikrobiyal aktivite sonuçlarıda farklı organizmalara karşı mikroorganizmaların gelişimini önlemede iyi derecede aktivite gösterdiği tespit edilmiştir. Bitkilerin ağır metal içerikleri ise bir biyoakümülatör olabileceğinin göstergesi olduğunu düşündürmektedir. Bitkilerin analiz sonuçları, gerek gıda gerekse gıda dışı endüstrilerde, önemli bir kaynak olarak kullanım potansiyeline sahip olabileceğini açık bir şekilde ortaya koymuştur. Anahtar Kelimeler: Hypericum scabroides, Verbascum diversifolium, Alcea calverti, DPPH, Fenolik madde, Biyoakümülatör.
Kitosan katkılı Zn esaslı hidroksiapatit numunelerin ın vitro biyoaktivitelerinin araştırılması
Bu çalışmada, sol-jel metodu ile üretilen Çinko (Zn) esaslı kitosan katkılanmış hidroksiapatit (HAp) örneklerinin kristal yapıları, fonksiyonel grupları, morfolojik yapıları, elementel bileşimler, antimikrobiyal aktiviteleri ve yapay vücut sıvısı (SBF) içindeki yapısal değişimleri araştırıldı. Sentezlenen örneklerin kristal yapıları, XRD analizi tekniği ile fonksiyonel gruplar ise Fourier dönüşümlü kızılötesi (FTIR) spektroskopisi ile saptandı. Enerji dağılımlı X-ışını (EDX) spektroskopisi ile donatılmış taramalı elektron mikroskopisi (SEM) cihazıyla, örneklerin morfolojileri ve elementel bileşimleri belirlendi. Çalışma sonunda, sentezlenen numunelerin antimikrobiyal aktiviteye sahip oldukları gözlendi. Kitosan katkılanması ve SBF etkisi sonucunda kristalleşme yüzdelerinin değiştiği saptandı. Morfolojik olarak ise kayda değer herhangi bir değişiklik gözlenmedi.
Serebrovasküler hastalarda tiroid fonksiyon testlerinin ve lipid düzeylerinin araştırılması
Bu çalışmada tiroid fonksiyon bozuklukları ile hiperlipidemi hastalarının serebrovasküler hastalıklar arasındaki literatüre katkı sağlaması ve ilişkinin incelenmesi amaçlanmaktadır. İstanbul Erenköy Ruh ve Sinir hastalıkları Eğitim ve Araştırma Hastanesi Nöroloji Polikliniği'ne serebrovasküler hastalık teşhisiyle başvuran 379 kişiden, 250'si hasta grubu 129'u kontrol grubu olarak retrospektif incelenmesi ile hasta seçimi yapılmıştır. Tiroid fonksiyon testlerinden T3, T4 TSH ve lipid parametrelerinden kolesterol LDL-K HDL-K VLDL-K ve trigliserit testlerine Abboot Marka Ci4100 Otoanalizör Cihazında kan serum düzeyinde mm kan alınarak kendine ait test kitleri ile küvetlerde birleştirilerek fotometrik olarak rutin bakılmıştır. Hasta ve kontrol grubu kan lipid düzeyleri açısından değerlendirildiğinde HDL düzeyleri hasta grubunda kontrol grubuna oranla anlamlı olarak düşük saptandı. VLDL ve TG düzeyleri hasta grubunda kontrol grubuyla karşılaştırıldığında anlamlı olarak yüksek saptandı. LDL düzeyleri açısından hasta ve kontrol grubu arasında istatiksel olarak anlamlı fark saptanmadı. Kolesterol düzeyleri hasta grubunda kontrol grubuna göre anlamlı olarak yüksek yüksek saptandı. Hasta ve kontrol grubu karşılaştırıldığında T3 değeri hasta grubunda kontrol grubuna göre istatiksel anlamlı olarak düşük saptanmıştır. T4 ve TSH değerleri açısından hasta ve kontrol grubu arasında istatiksel olarak anlamlı farklılık bulunamadı. Bu bilgiler ışığında özellikle Hipertansiyon, kalp hastalığı, atrial fibrilasyon gibi bilinen risk faktörlerinin yanı sıra belli belirsiz sistemik şikayetlerle hastaneye başvuran tüm hastaların tiroid ve lipid değerleri açısından araştırılması gerektiğini düşünüyoruz. Özellikle hipertiroidi, hipotiroidi ve hiperlipidemi gibi bazı olgularda ciddi klinik belirti göstermeyebilir, bu durum bu incelemelerin önemini arttırmaktadır. Saptanan tiroid fonksiyon bozukluğu ve dislipidemi tedavilerinin akut inme prevalansını azaltacağı ve prognozunu iyileştireceği kanaatindeyiz.
Mide kanserinin makine öğrenme teknikleri ile analizi
Bu tez çalışmasında mide hücresi histopatoloji görüntüleri kullanılmıştır. Bu histopatolojik görüntüler ışık mikroskobu yardımıyla elde edilmiştir. Elde edilen bu görüntüler normal, iyi huylu ve kötü huylu olmak üzere üç çeşittir. Alınan bu görüntüler ile daha yüksek doğrulukta mide kanseri tespiti ve teşhisi hedeflenmiştir. Bu görüntülerin özellik çıkarımı için dalgacık dönüşüm yöntemleri, sınıflandırılma için ise yapay sinir ağları ve karar ağaç yöntemleri kullanılmıştır. Dalgacık dönüşüm yöntemleri ise haar, daubechies, biorthogonal, coiflets, symlets, ters biorthogonal yöntemleri kullanılmıştır. Yöntemlerde kullanılması için, 90 adet hastadan alınan dokulardan her biri için 4 adet kesit görüntü elde edilmiştir. Toplam doku görüntü sayısı 360 adettir. Bu tezde kullanılan yöntemlerden elde edilen doğruluk oranları kıyaslaması yapılarak hangi yöntemin daha iyi sonuç verdiği belirlenmiştir. Mide kanserinin tespiti için elde edilen yüksek doğruluk oranı sayesinde normal, iyi huylu ve kötü huylu tümörlerin ayrılması sağlanmıştır. Bu sebeple, mide görüntülerinin bilgisayar destekli tanı sistemlerinde kullanılması için çeşitli aşamalardan geçirilerek elde edilen sonuçlar sayesinde yüksek doğruluk oranı bulunmuştur.
Güneydoğu Anadolu Projesi ve çevresel etki araştırması
Ill ÖZET Yüksek Lisans Tezi GÜNEYDOĞU ANADOLU PROJESİ VE ÇEVRESEL ETKİ ARAŞTIRMASI Nilüfer NACAK Fırat Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Biyoteknoioji Anabilim Dalı 1991, Sayfa 12? Kalkınma amaçlı en buyuk yatırımlardan biri olan Güneydoğu Anadolu Projesi, ülkemizde bugüne kadar gerçekleştirilen projelerin en buyııgudtır Bu proje Fırat ve Dicle Nehirlerinin aşağı kesimleri ile bu nehirler arasında uzanan ovaları kapsamaktadır Proje kapsamı içerisinde Adıyaman, Diyarbakır, Gaziantep, Mardin, Siirt, Şanlıurfa, Batman ve Şırnak illerinin tamamı veya bir kısmı bulunmaktadır Güneydoğu Anadolu Projesi, bölgede tasarlanan enerji ve sulama amaçlı 13 adet projeden oluşmaktadır Bu projelerden 7 adedi Fırat. 6 adedi de Dicle havzasında yer almaktadır Proje ile 22 baraj, 19 hidroelektrik santrali inşa edilecektir. Projenin uygulama programında ongoruldugu şekilde tamamlanması ile 1 800,000 hektar arazı sulu tarıma açılacak ve 22 Milyar kilovatt-saat hidroelektrik enerjisi üretilecektir. Gerek sulanan alanlar, gerekse su kuvvetinden üretilen enerji açısından. Türkiye'nin bugünkü kapasitesini iki katına çıkarabilecek olan proje, uluslararası etkileri açısından da özel Önem taşımaktadır Bu araştırmada amaç, bölgede projenin uygulanması ile meydana gelecek fiziksel değişmelere bağlı olarak, doğal kaynakların korunmasının yanısıra. sağlıklı bir çevre yaratılması ve çevre üzerindeki olumsuz sonuçların en aza indirilip, alternatif çözümlerin belirlenmesini sağlamaktır., Yapılan bu çalışmada oluşturulmakta olan aktivitenin çevre üzerindeki etkileri tespit edilerek, yakın gelecekteki muhtemel durum belirlenmiş ve bu hususta alınacak önlemler için önerilerde bulunulmuştur. ANAHTAB KELİMELER : Güneydoğu Anadolu Projesi (GAP), çevresel etki değerlendirme, tarımsal uygulamalar, sulama ve drenaj, gübreleme, pestisidler, toprak işleme, nüfus, sosyal ve ekonomik durum, yerleşim alanları, endüstriyel faaliyetler
Balık pastırması üretimi ve kalite parametrelerinin belirlenmesi
Bu araştırmada "Balık pastırması" adı altında yeni bir 1irün elde edildi. Ürünün elde edilmesinde kırmızı et pastırması için verilen yöntem uygulandı ve dört değişik çemen formulasyonu kullanıldı. Uygulanan teknolojik işlemlerin her bir aşamasında kimyasal ve mikrobiyolojik kalite kontrolleri yapıldı. Ayrıca ürün olgunlaşma işleminin sonunda panelistler tarafından duyusal test tekniği ile değerlendirilerek tüketici tercihleri belirlendi. Sonuçta balık pastırması olarak adlandırılan ürünün kimyasal ve mikrobiyolojik bakımdan kaliteli, duyusal olarak ta tüketiciler tarafından kabul edilebilirliği yüksek bir ürün olduğu tespit edildi. ANAHTAR KELİMELER: Balık pastırması, Kimyasal kalite, Mikrobiyolojik kalite, Duyusal test,
Doğu ve Güneydoğu Anadolu Bölgelerinde kentsel katı atıkların giderilmesinde optimizasyon
Ill ÖZET Doktora Tezi DOĞU VE GÜNEYDOĞU ANADOLU BÖLGELERİNDE KENTSEL KATI ATIKLARIN GİDERİLMESİNDE OPTIMIZASYON Nilüfer (NACAR) KOÇER Fırat üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Biyoteknoloji (Çevre Teknolojisi) Anabilim Dalı 1997, Sayfa : 112 Son yıllardaki ekonomik ve teknolojik gelişmelere paralel olarak, hem evsel hem de endüstriyel katı atıkların miktarı ve çeşidi gittikçe artmaktadır. Ayrıca, bu atıklar, teknik ve hijyenik koşullara uygun şekilde yönetilmedikleri zaman hava, su ve toprak kirlenmesine neden olmaktadır. Bu çalışma, katı atık depolama sahasının seçiminde, planlanmasında, işletilmesinde ve bu sahaların, çevreye olan etkilerinin en az seviyede tutulmasında; toplama, taşıma, depolama, yeniden kullanma ve değerlendirme teknikleri esas alınarak yapılmıştır. Doğu Anadolu Bölgesi'nde Elazığ, Malatya, Bingöl; Güneydoğu Anadolu Bölgesi'nde Diyarbakır, Gaziantep ve Şanlıurfa kent merkezlerinde belediyeler, hastaneler, küçük sanayi siteleri ve organize sanayi bölgelerinde anketler yapılmıştır. Katı atıkların geri kazanılmasına yönelik uygulanan tekniklerin mevcut yönetmeliklerle kıyaslanması sonucunda, bunların yönetmeliklere uymadıkları anlaşılmıştır. Bu kent merkezlerindeki belediye ve hastanelerden kaynaklanan katı atıkların depolanması için düşünülen en uygun katı atık depolama tesisinin kesiti çıkarılarak, bu atıkların değerlendirilmesinde uygun yöntemler araştırılmıştır. Ayrıca, hastanelerden kaynaklanan atıkların yakılarak giderilmesi ve kent merkezlerinde, hastaneler için ortak bir katı atık yakma fırını kurulması önerilmiştir. Sonuç olarak; kent merkezlerinde geri kazanma teknolojisi geliştirildiği takdirde, kaynak israfı önlenecek ve katı atıklar değerlendirilmiş olacaktır. ANAHTAR KELİMELER: Katı atık, depolama alanı, geri kazanma teknolojisi, yönetmelik, optimizasyon.
Eskişehir Tephromela m. choisy cinsi liken türlerinin antioksidan, antimikrobiyal etkisinin i̇ncelenmesi ve moleküler i̇dentifikasyonu
In this study, antimicrobial activities of Tephromela atra (Huds.) Hafellner lichen extracts obtained with acetone, dichloromethane, petrol ether and methanol solvents against various microorganisms were investigated using disc diffusion and microdilution method. In addition, α- alectoronic acid, atranorin, and α-collatolic acid were identified as bioactive substances and isolated using TLC plate technique. MIC values of these substances were determined by using broth microdilution method with 96-well microtiter plates. Also, the antioxidant activity of the methanol extracts was analyzed using the DPPH free radical method. The results showed that Tephromela atra extracts have antimicrobial activity against both gram-positive and gram-negative bacteria. In addition, all extracts were found to show remarkable activity against all Candida species except Candida krusei. MIC values of α-alectoronic acid and α-collatolic acid had a significant effect in different concentrations on tested microorganisms. The antioxidants results show a high level of absorptions, scavenging effect, and antioxidants activity for all extracts, they exhibited strong antioxidant DPPH radical scavenging activity and the results show more than 50% inhibition for all concentrations. In this study, molecular characterization of ITS genes of Tephromela atra and Tephromela grumosa (Pers.) Hafelner & Cl. Roux was performed. The sequences obtained were compared with the ITS sequences of the other Tephromela species recorded in GenBank and phylogenetic relationship was evaluated. The results give a perspective that Tephromela atra extracts and the natural pure substances obtained can be effectively used as a source of antimicrobial and antioxidant agents in the field of pharmaceutical industries. Keywords: Antimicrobial, Antioxidant, ITS, Lichens, Tephromela.
Profesyonel, amatör bilek güreşi sporcuları ve sedanterlerde mstn geninin rs1805086 ve rs1805065 polimorfizmleri ile antropometrik özelliklerinin incelenmesi
Bu çalışmanın amacı, milli, amatör bilek güreşi sporcuları ve sedanterlerde MSTN rs1805086 ve rs1805065 polimorfizmleri ile el ayası çevresi, el bileği çevresi ve ön kol çevresi gibi antropometrik özelliklerin incelenmesidir. Bu çalışmaya 24 milli (7 kadın, 17 erkek) Türk bilek güreşi sporcusu ve 21 amatör (7 kadın, 14 erkek) Türk bilek güreşi sporcusu ile 34 sedanter (12 kadın, 22 erkek) gönüllü olarak katılmıştır. Çalışmadaki gönüllülerin genetik altyapıları; DNA izolasyonu, Polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) ve Restriksiyon fragment uzunluk polimorfizmi (RFLP) şeklinde belirlenen bazı moleküler yöntemler aracılığıyla saptanmıştır. Ayrıca antropometrik ölçümler (el ayası çevresi, el bileği çevresi, ön kol çevresi) gullick şerit metreyle yapılmıştır. Çalışmanın sonucunda MSTN rs1805086 ve rs1805065 verileri sırasıyla incelendiğinde; hem milli Türk bilek güreşçilerde (n=24) hem de amatör Türk bilek güreşçilerde (n=21) %100.0 MSTN 153KK genotipi bulunurken sedanterlerde (n=32) % 94.12 MSTN 153KK genotipi, (n=2) %5.88 MSTN 153KR genotipi tespit edilmiştir. Çalışmada incelenen diğer MSTN rs1805065 polimorfizm verileri sonucuna göre çalışmaya katılan tüm katılımcıların (n=79, %100.0) homozigot normal genotip (yani 55AA) taşıyıcısı olduğu görülmüştür. Ayrıca, hem erkekler kategorisinde hem de kadınlar kategorisinde antropometrik özellikler açısından istatistiksel olarak anlamlı farklılıklar bulunmuştur (p<0.05). Sonuç olarak, milli ve amatör Türk bilek güreşçiler ve sedanterlerde MSTN geni özellikleri bakımından anlamlı bir farklılık saptanmasa da antropometrik özellikler açısından farklılıklar olduğu tespit edilmiştir. Bu sporcular arasında MSTN geninin değil de antropometrik özelliklerin etkili olduğu sonucuna varılmıştır.
Tekstil atık sularının arıtımında alg, liken ve organik atıkların biyosorbent olarak kullanım olanaklarının karşılaştırılması
Su, toprak ve havadaki boya gibi kirleticilerin artan sirkülasyonu ve bu kirleticilerin insan besin zincirindeki yeri önemli bir çevre sorunu olarak görülmektedir. Son yıllarda su kirliliği kontrolü büyük önem kazanmıştır. Su kaynaklarına boşaltılan boyalar da organik yük olarak bu kirliliğin bir kısmını oluşturmaktadır. Kimyasal çöktürme, iyon değişimi, ozonlama, koagulasyon-flokülasyon, adsorpsiyon gibi yöntemler boya gibi kirleticilerin giderimi için geliştirilmiştir. Ancak bu metotların yüksek reaktif ihtivası, pahalı olmaları ve toksik çamur gibi çeşitli dezavantajları vardır. Biyosorpsiyon çevre dostu, ekonomik ve etkili alternatif bir yöntem olarak ortaya çıkmıştır. Bu çalışmanın amacı iki farklı tekstil boyasının biyosorpsiyonla gideriminde ucuz biyosorbentlerin kullanım olanaklarını araştırmaktır. Çalışmada, 4 farklı organik atık (muz, çekirdek, portakal ve patates kabukları), 3 farklı liken türü (Cladonia convoluta, Pseudevernia furfuracea ve Evernia prunastri) ve 2 farklı alg türü (Phormidium animale ve Scenedesmus sp.) biyosorbent olarak kullanılmıştır. Bu biyosorbentler kullanılarak sulu çözeltilerden tekstil endüstrisinde yaygın kullanılan Acid Red P-2BX (ARP-2BX) ve Remazol Black B (RBB) boyalarının biyosorpsiyonu araştırılmıştır. Biyosorpsiyon işlemi üzerine temas süresi, pH, boya derişimi, biyosorbent miktarı ve sıcaklık etkisi incelenmiştir. Organik atıklardan en iyi giderimi yapan muz kabuğu olarak tespit edilmiş olup, ARP-2BX biyosorpsiyonu için en uygun şartlar pH 2 ve 25˚C olarak belirlenmiştir ve biyosorpsiyon verimi ise % 73,58 şeklinde hesaplanmıştır. Likenlerde ise en iyi giderimi yapan P. furfuracea'nin boya biyosorpsiyonu için en uygun şartlarının pH 2 ve 45˚C olduğu ve Remazol Black biyosorpsiyon gideriminin % 99,05 olduğu saptanmıştır. Alglerde en yüksek verimde giderim yapan ise P. animale'dir ve maksimum biyosorpsiyonu için en uygun şartlar pH 2 ve 45˚C olup, ARP-2BX biyosorpsiyon oranı % 99,70 olarak belirlenmiştir. Ayrıca boya biyosorbent arası etkileşimleri belirlemek için FT-IR ve Elemental Analizler gerçekleştirilerek elde edilen sonuçlar yorumlanmıştır. Sonuç olarak, maliyeti düşük, çevre dostu ve verimi yüksek bir arıtım yöntemi olan biyosorpsiyon ile tekstil boyası gibi kirleticilerin ucuz biyosorbentlerle giderimlerinin yüksek verimde olduğu tespit edilmiştir. Anahtar kelimeler: Biyosorpsiyon; Tekstil Boyası; Biyosorbentler; Boya
Farklı kinoa çeşitlerinin bilecik yöresine adaptasyon yeteneklerinin belirlenmesi
Bu çalışma; farklı kinoa çeşitlerinin Bilecik yöresinde adaptasyonlarını, yeşil ot verimlerinin, verim komponentlerinin, kalite ve besleme değerlerinin, besin element içeriklerinin belirlenmesi amacıyla, 2017 yılında Bilecik Şeyh Edebali Üniversitesi Ziraat ve Doğa Bilimleri Fakültesi Tarımsal Uygulama ve Araştırma alanında yürütülmüştür. Nisan ayında öncelikle tohumlar viyollere ekilmiş ve daha sonra köklenen bitkiler tesadüfü blokları deneme desenine göre 3 tekrarlamalı ve sıra arası 70 cm sıra üzeri 50 cm olacak şekilde ocaklara şaşırtılmıştır. Parseller 4 sıralı ve parsel boyu 5 m uzunluğunda planlanarak kurulmuştur. Araştırma kapsamında çıkış süresi, çiçeklenme süresi, bitki boyu, salkım sayısı, salkım uzunluğu, yaş ve kuru madde verimi, tane verimi ve kuru otta Ca, Zn, Mg, P, K besin element değerleri incelenmiştir. Araştırma sonunda, çeşitlerin çiçeklenme süreleri 58 ile 76 gün arasında değişmiştir. En yüksek tohum verimi 'Valiente' çeşidinde, en düşük tohum verimi ise 'Innia' çeşidinden tespit edilmiştir. En yüksek yeşil ot verimi, kuru madde verimi ve ham protein verimi ise 'A Heloud' çeşidinde tespit edilmiştir. Sonuç olarak Bilecik ekolojik koşullarında tane verimi ve kalitesi acısından 'Valiente', ot verimi ve kalitesi acısından 'A Heloud ve Innia' çeşitlerinin ön planı çıktığı belirlenmiştir.