İki boyutlu ve üç boyutlu KHDAK modellerinde hücre membran protein imzalarının normoksik ve hipoksik koşullarda araştırılması

Akciğer kanseri, kansere bağlı ölümlerin başlıca nedenlerinden biri olup, bu hastalığın tanı ve tedavisinde kullanılabilecek potansiyel biyobelirteçlerin tanımlanması veya yeni moleküler mekanizmaların aydınlatılması büyük önem taşımaktadır. Kanser kök hücreleri (KKH), kök hücre benzeri özellikler gösteren, tümörün oluşumu, prolifersyonu, invazyonu ve metastazında rol oynayan kritik hücre populasyonlarıdır. Dolayısıyla KKH'leri hedeflenmesi, başta akciğer kanseri olmak üzere pek çok kanser türünün tanı ve tedavisinde hayati bir rol üstlenmektedir. Bu çalışmada 3D (üç boyutlu) küçük hücreli dışı akciğer (KHDAK) tümöroidleri oluşturulmuş, bu tümöroidlerin KKH gelişmini indüklemek amacıyla hipoksik mikroçevreye maruz bırakılmışlardır. Hipoksik ve normoksik ortamlarda büyütülmüş tümöroidlerden zenginleştirilmiş hücre membran proteinlerin izole edilmiştir. Elde edilen zenginleştirilmiş hücre membran protein lizatı proteomik yöntemler ile analiz edilmiştir. Toplamda tüm koşullarda 2225 adet protein tanımlanmıştır. Bu tanımlanan proteinlerin önemli bir kısmı (yaklaşık %40) hücre membranına lokalizedir. Proteomik analiz sonucunda hem normoksik hem de hipoksik koşullarda KKH ilişkili (DLL1, NOTCH1 TSPAN5, THBS1, CALR, PLXNB2, ABCA5, NOTCH2NLB vb.) proteinler tanımlanmıştır. Sonuç olarak normoksik ve hipoksik mikroçevre koşullarında elde edilen bu proteinler KHDAK'de tanı ve tedaviye yönelik potansiyel biyobelirteç adayları sunmaktadır.