51
Archived Theses
0
DOIs Assigned
0%
DOI Rate
Discipline
Güneydoğu Anadolu bölgesi popülasyonunda Y kromozomu STR varyasyonlarının incelenmesi
Bu çalışmada, Güneydoğu Anadolu popülasyonunda 17 Y-STR lokusunun allel ve haplotip frekanslarının belirlenmesi ve Y Kromozom Haplotip Referans Veritabanı (YHRD) 'nda yer alan haplotip verilerinin analizi ile popülasyonlar arası genetik ilişkinin incelenmesi amaçlanmıştır. Y-STR lokusları periferik kandan izole edilen DNA örneklerinde AmpFlSTR® Yfiler? PCR kiti kullanılarak çoğaltılmış ve genotiplendirme ABI PRISM® 3130 Genetic Analyzer ile yapılmıştır. Verilerin analizi için ?GeneMapper Software v. 3.2? (Applied Biosystems, FosterCity, CA, USA) ve Arlequin (Versiyon 3.5) programları kullanılmıştır. Sonuç olarak, 86 bireyde 79 farklı haplotip gözlenmiş, tüm lokuslar için haplotip çeşitliliği ve ayrım gücü (DC) sırasıyla 0.99 ve 0.92 olarak hesaplanmıştır. YHRD' de yer alan farklı popülasyonlara ait haplotip verileri bu çalışmanın sonuçları ile birlikte analiz edilmiş ve en düşük genetik uzaklık değeri Güneydoğu Anadolu popülasyonu ile İran popülasyonları arasında bulunmuştur.Anahtar Kelimeler: Y-STR, Güneydoğu Anadolu, polimorfizm, genetik uzaklık
Kanserde ferroptoz direnci ile ilişkili füzyon genlerinin araştırılması
Kanser, genetik anormalliklerin neden olduğu hücresel büyüme kontrolünün kaybıyla karakterize olan karmaşık bir hastalıktır. Kanser tedavisinde, ilaç direnci gibi zorluklarla karşılaşılmaktadır. İlaç direnci, kanser hücrelerinin tedaviye yanıt verme yeteneğini kaybetmesi durumunu ifade eder. İlaç direnci sorununu alt etmede feroptoz, potansiyeli olan moleküler bir mekanizmadır. Feroptoz, hücre zarı yapılarında lipid peroksidazların demire-bağımlı olarak birikimiyle karakterize olan bir çeşit programlı hücre ölümü mekanizmasıdır. İlaç direnci geliştiren kanser hücreleri feroptoza daha hassas hale getirilerek kanser tedavisinde hasta lehine avantajlar sunulabileceği değerlendirilmektedir. İlaç direncinin yanında, kanser hücrelerinde görülen bir başka anormallik yapısal genetik değişikliklerin yol açtığı füzyon transkriptlerinin oluşumudur. Füzyon transkriptleri, genetik materyalin anormal birleşmesi sonucu ortaya çıkan RNA dizileridir. Füzyon transkriptleri, kanser tedavisinde yeni ilaç hedeflerinin keşfedilmesine yardımcı olabilir. Füzyon transkriptlerinin keşfinde kullanılan en başarılı moleküler yöntem RNA sekanslamadır (RNAseq'tir). RNAseq yöntemleri, kanserde özelleştirilmiş tedavi planlarının oluşturulmasında önemli bir rol oynar. Bu çalışmada, halka açık olarak erişilebilen kanser hücre hatlarının RNAseq verilerini analiz ederek ifadesi artan veya azalan feroptoz direnci veya hassasiyeti ile ilişkili füzyon transkriptlerini belirlemeyi hedefledik. Belirli sayıda füzyon genin bulunduğunu ancak bu genlerin işlevleri ve sonuçları hakkında çok fazla bilgiye ulaşılmadığını tespit ettik. Bazı füzyon genlerin sadece sınırlı sayıda ilaçla klinik deneylerde test edildiği görülmüştür. Bu nedenle, kanser hücre hatlarında feroptoz yolaklarıyla ilişkili genlerin ifadeleriyle belirli ilaçların hassasiyet verilerini kullanarak in-silico analizler yaptık. Bu analizler sonucunda, gelecekte araştırılabilecek feroptozla ilişkili potansiyel gen-ilaç kombinasyonları için değerli veriler topladık. Toplanan veriler ışığında, POR geninin Gemcitabine, BCL2L1 geninin vinorelbine ile ve NOX4'ün docetaxel, vinorelbine ve cisplatin ile pozitif korelasyon gösterdiği belirlendi. Buna karşılık, RPL8 ve VHL genlerinin sorafenib, KEAP1 geninin etoposide ile ve BAP1 geninin ise cisplatin ve gemcitabine gibi ilaçlarla negatif korelasyon ilişkisi içerisinde olduğu tespit edilmiştir. Bu korelasyonlar, ilgili genlerin ilaçlara karşı potansiyel terapötik adaylar olabileceğini düşündürmektedir. Bunların yanında, klinik veri setlerinin hayatta kalım verilerini kullanarak Log-Rank analizleri yaptığımızda genel hayatta kalım süreleriyle ve hastalıktan yoksun hayatta kalım süreleriyle ilişkili çok sayıda feroptoz geni belirledik.
ClPB geninin meme kanserlerindeki ifadesi, hasta sağ kalimina etkisi ve genetik/epigenetik regülasyonu
Dünya çapında kadınlarda en çok görülen kanser çeşidi meme kanseridir. Kemoterapi direnci meme kanseri tedavisinde sık karşılaşılan bir sorundur. Bu doğrultuda tanı ve tedaviye doğru yaklaşım sağlayabilmek için biyobelirteçlerin, anti-kanser ilaçların ve yeni hedef genlerin belirlenmesi oldukça önemlidir. CLPB geni, daha önce yapılan çalışmalarda kanserle ilişkilendirilmiştir. Anti-apoptotik özellik gösteren CLPB proteini, lösemi hücrelerinde ilaç direnci geliştirmiştir ve ayrıca hücre büyümesini destekleyici etkiler de göstermiştir. Melanoma hücrelerinde ise CLPB ifadesinin baskılanması, proliferasyon, invazyon ve migrasyon süreçlerini inhibe etmiştir. Bu çalışmada, meme kanseriyle henüz ilişkilendirilmediğini bildiğimiz ATPase AAA süper ailesine ait CLPB geninin meme kanserindeki ifade seviyeleri ve genetik/epigenetik alterasyonları araştırıldı. Meme kanseri hastalarında CLPB geninin ifade düzeyleri ve prognostik özellikleri, UALCAN ve bc-GenExMiner in-silico araçları kullanılarak analiz edildi. CLPB genine ait mRNA ifade seviyeleri, normal meme dokusu ile tüm meme kanseri alt tipleri karşılaştırıldığında, meme kanseri alt tipleri anlamlı olarak yukarı regüle edilmiştir. Yüksek CLPB ifadesi, üç farklı sağ kalım türü olan tam sağ kalım (OS), hastalıksız sağ kalım (DFS) ve uzak metastazsız sağ kalım (DMFS) ile olumsuz ilişkilidir. CLPB ifadesinin yüksek olması, bazal benzeri, luminal A ve HER2 pozitif alt tiplerinde sağ kalımı olumsuz etkilemektedir. CLPB geninin mRNA ifadesi, farklı alt tiplere sahip meme kanseri hücre hatlarında Multiplex-Semi-Q-RT-PCR ve Q-RT-PCR yöntemleri ile incelenmiştir. Meme kanseri hastalarında somatik mutasyon ve kopya sayısı varyasyonlarının (CNV) insidansı düşüktür. CLPB geninin promotor bölgesi hem tümör örneklerinde hem de hücre hatlarında, sırasıyla UALCAN ve COBRA (kombine bisülfit restriksiyon analizi) ile yapılan analizlerde hipometile bulunmuştur. CLPB genini meme kanserinde potansiyel bir tedavi hedefi ve biyobelirteç adayı olarak öneriyoruz. Meme kanserinde yüksek CLPB ifadesi ve olumsuz sağ kalım sonuçlarına ilişkin bulgularımız, bu genin melanoma ve lösemide gösterilen onkogenik rolüyle uyumludur. Genetik alterasyonlar CLPB'nin regülasyonuna ve/veya işlevine katkıda bulunmuyor gibi görünse de promotor hipometilasyonu, meme kanserinde yüksek ifadesinin nedenlerinden biri olabilir.
Dnaja1 ve dnaja2 genlerinin meme kanserindeki ifadeleri ve genetik/epigenetik alterasyonları
Kadınlarda en sık görülen kanser türü olan meme kanserini hedef alan biyobelirteçlerin ve anti-kanser ilaç hedeflerinin belirlenmesi oldukça önemlidir. Bu çalışmada, Isı Şoku Proteinleri (Heat-Shock Proteins, HSP) ailesinden DNAJA1 ve DNAJA2 genlerinin meme kanserindeki ifade düzeyleri ve genetik/epigenetik alterasyonları araştırıldı. DNAJA1 ve DNAJA2, kanserleşme ile ilişkilendirilmiş ama meme kanserlerinde daha önce çalışılmamış genlerdir. Bu çalışmada, meme hücre hatlarında ve meme kanseri klinik örneklerindeki DNAJA1 ve DNAJA2 ifadesi, Q-RT-PCR, semi-kantitatif RT-PCR, UALCAN web aracı ve immunohistokimya yöntemleri ile araştırıldı. Ardından, bu genlerin meme kanseri hastalarındaki genetik alterasyonları Sanger-COSMIC veri tabanında incelendi. İncelenen genlerin promotor metilasyonu gibi epigenetik etmenlerle regüle edilip edilmediği, birleşik bisülfit restriksiyon analizi (COBRA) yöntemi ve in-siliko araçlarla (UALCAN, Morpheus) araştırıldı. Çalışma sonunda, DNAJA1 geninin mRNA ifadesinin, meme hücre hatlarında regüle olduğu bulunmuştur. DNAJA1 mRNA ifadesi tümör örneklerinde (n=1097) normal örneklere (n=114) göre anlamlı olarak yüksek bulunmuştur (P<1e-12). DNAJA1 protein ifadesi invaziv duktal karsinoma örneklerinde (n=115), normal meme örneklerine (n=26) kıyasla anlamlı oranda daha sık görülmektedir (P<0,0001). DNAJA1 mRNA ifadesi meme kanseri hastalarında zayıf tam-sağ kalım (n=1402), nüksetmeden sağ kalım (n=3955) ve uzak metastazsız sağ kalım (n=1747) ile ilişkili bulunmuştur (sırasıyla; P=0,00027, P=2e-14, P=9,2e-05). Meme kanseri klinik örneklerinde DNAJA1 geninin genetik alterasyonları nadirdir. Meme hücre hatlarında ve klinik örneklerde DNAJA1 promotor bölgesi hipometiledir. Meme hücre hatları arasında DNAJA2 mRNA ifadesinde dikkate değer bir fark gözlenmedi. DNAJA2 mRNA ifadesi tümör örneklerinde (n=1097) normal örneklere (n=114) göre anlamlı olarak düşük bulunmuştur (P=4.36e-05). DNAJA2 protein ifadesine ise hem invaziv duktal karsinoma örneklerinde (n=115), hem de normal meme örneklerinde (n=21) sık rastlanmıştır (sırasıyla, %90,48; %88,7). DNAJA2 mRNA ifadesi meme kanseri hastalarının tam sağ kalım (n=626) ve nüksetmeden sağ kalımları (n=1764) için olumsuzdur (sırasıyla; P=0,047, P=0,00033). Meme kanseri klinik örneklerinde DNAJA2 geninin genetik alterasyonları nadirdir. DNAJA2 promotor bölgesi meme hücre hatlarında ve meme kanseri klinik örneklerinde hipometiledir. Sonuç olarak, DNAJA1 geni meme kanserinde fazla ifade olmaktadır ve hasta sağ kalımı için olumsuzdur. Bu bakımdan DNAJA1 ifadesi prognostik biyobelirteç olarak kullanılabilir. DNAJA1 geni, promotor metilasyonu dışında başka bir epigenetik mekanizma ile regüle ediliyor olabilir. DNAJA2 mRNA ifadesi meme kanserinde prognostik öneme sahiptir. Meme kanserinde DNAJA2 genetik alterasyonları nadirdir ve promotor hipometilasyonu yolu ile regüle ediliyor olabilir. DNAJA1 ve DNAJA2 genlerinin meme karsinogenezindeki rollerini daha iyi anlamak için yüksek hasta sayılı klinik çalışmalara ve fonksiyonel çalışmalara ihtiyaç vardır.
Yeni nesil RNA sekanslama ve mikrodizin verilerinin analizi ile kanserde transkriptomik bilgilerin eldesi
RNA sekanslama yöntemi son yıllarda hızla gelişen yeni nesil sekanslama teknolojilerinin bir çeşididir. RNA sekanslama (RNA-Seq) yönteminde biyolojik materyalin (örneğin kanser hücre hattının) transkribe ettiği gen bölgelerinin transkriptlerinin sekansları elde edilir. Bu sekanslar ya da diğer bir deyişle RNA-Seq veri setleri araştırmacıların kolaylıkla ulaşabileceği internet veri tabanlarında mevcuttur. Bu çalışmanın konusu, genel çerçevede kanser biyolojisidir. Daha derine inildiğinde ise in silico yollarla ulaşılabilen yeni nesil RNA sekanslama ve gen ifadesi mikrodizin verilerinin biyoinformatik yöntem ve araçlar kullanılarak analiz edilmesiyle kanser hücre hatlarına ait transkriptomik verilerin elde edilmesi olarak tanımlanabilir. Aynı kanser hücre hattının farklı laboratuvarlarda çoğaltılması ve bu kanser hücre hattına ait kontrol gruplarının RNA sekanslama sonucu oluşan RNA-Seq veri setleri arasında gen ifadesi, alternatif ekson kullanımı gibi farklıların olup olmadığı analiz edildi. İnternet veri tabanları kullanılarak çalışmak istediğimiz kanser hücre hatlarına ait RNA-Seq veri setleri indirilip, o veri setine ait sekansların kaliteleri uygun biyoinformatik araçlar kullanılarak denetlenmiştir. İyi sekans okuması kalitesine sahip veriler insan referans genomuna hizalandırıldı. Hizalama sonucu oluşan dosyalar, görselleştirme aracı kullanılarak kanser hücre hatlarının insan genomuna hangi düzeyde hizalandığı kontrol edildi. Çalışmamızın diğer basamağında hücre hatlarındaki gen ifadesi farklılıkları, alternatif ekson kullanımı analizleri yapıldı. Sonuç olarak, aynı hücre hattı olmasına rağmen farklı laboratuvarlarda büyütülüp, pasajlanmış olan kanser hücre hatları arasında gen ifadesi ve alternatif ekson kullanımı bakımından ciddi farklar tespit ettik.
Piperazinin Galleria mellonella L. (Lepidoptera: Pyralidae)'nın hemolenf dokusundaki bazı biyokimyasal özellikleri üzerine etkisi
Laboratuvar şartlarında böcek kültürü oluşturma ve beslenme fizyolojisi çalışmalarında mikrobiyal kontaminasyonları önlemek amaçlı yapay besin ortamlarına sıklıkla antibakteriyal ve antifungal maddeler eklenmektedir. Son zamanlarda böcekler ile yapılan beslenme çalışmalarında yeni kuşak bazı antibakteriyel, antifungal ve antihelmintik maddeler kullanılmaya başlanmıştır. Bu çalışmada klinik öneme sahip, heksahidropirazin grubu bir antihelmintik olan Piperazinin Galleria mellonella L.'nın yapay besinine ilave edilerek böceğin hemolenf dokusu üzerine oksidatif etkisi araştırıldı. G. mellonella larvaları 100g besinde 0,001g, 0,01g, 0,1g ve 1g piperazin bulunan besi yerlerinde 7. evreye kadar yetiştirildi. 7. evre larvalarından toplanan hemolenf kullanılarak oksidatif stres belirteçlerinden olan lipit peroksidasyonu son ürünü malondialdehit (MDA) ve protein oksidasyonu ürünü protein karbonil (PCO) miktarı ile detoksifikasyon enzimi glutatyon S-transferaz (GST) aktivitesi ölçüldü. Elde edilen sonuçlara göre kontrol grubu ile denenen piperazin konsantrasyonları karşılaştırıldığında böceğin hemolenfinde MDA ve PCO miktarlarında, GST aktivitesinde istatistiksel olarak anlamlı farklar tespit edildi. MDA miktarı kontrol grubunda 0,01 ± 0,0021 nmol/mg protein iken en yüksek konsantrasyonda (0,0231 ± 0,0050 nmol/mg proteine) bu oran yaklaşık iki kat arttı. PCO miktarı ise kontrol grubunda 104,46 ± 18,95 nmol/mg protein olarak ölçüldü. 0,1g piperazin konsantrasyonunda PCO değeri 179,97 ± 22,42 nmol/mg proteine yükseldi. GST aktivitesinde ise kontrol grubu (142,63 ± 28 µmol/mg protein/dk) ile en yüksek piperazin konsantrasyonu (261,16 ± 45 µmol/mg protein/dk) karşılaştırıldığında istatistiksel olarak anlamlı bir artışın olduğu tespit edildi. Bu çalışma test edilen piperazin konsantrasyonlarının böceğin hemolenf dokusundaki detoksifikasyon kapasitesi ve oksidatif stres belirteçleri üzerinde önemli değişikliklere sebep olduğunu göstermiştir.
IL-18 gen polimorfizmlerinin şizofreni hastalarında etkinliğinin araştırılması
Şizofreni; bireyin duygularını yöneltme, karar verme, sosyal ilişkiler kurma becerilerine müdahale eden bir düşünce bozukluğudur. Epidemiyolojik çalışmalar şizofreni patofizyolojisinde hem genetik hem de çevresel faktörlerin şizofreni üzerinde etkili olduğunu bildirmiştir. Sitokinlerinde psikiyatrik hastalıklarda etkinliğini gösteren birçok çalışma bulunmaktadır. Bunlardan IL-18 düzeyinin tüm şizofreni hastalarında normal seviyelerin üstünde olması dikkat çekicidir. Bu çalışmada ise, IL-18 rs1946518 (-607C/A) ve rs187238 (-137 G/C) promoter polimorfizmlerinin şizofreniye yatkınlıkla ilişkisi, şizofreninin tanı ve erken dönem şizofreni tanısında kullanılabilecek genetik biyobelirteçlerin bulunması amaçlanmıştır. Çalışmada 140 şizofreni hastası ve 104 sağlıklı kontrol grubundan EDTA'lı tüplere kanlar toplandıktan sonra DNA izolasyonu yapıldı. rs1946518 ve rs187238 polimorfizmleri polimeraz zincir reaksiyonları-restriksiyon parça uzunluk polimorfizmi (PCR-RFLP) yöntemiyle tespit edildi. Bant boyutları dikkate alınarak genotiplendi ve SPSS20 istatistik programı ile p<0.05 anlamlılık düzeyinde değerlendirildi. Genotip frekansları, rs1946518 polimorfizmi için allel frekansları incelendiğinde şizofreni hastalarında %69.5 (194)'i C alleli, %30.7 (88)'si ise A alleli taşıdığı bulundu. Kontrol grubunun ise %63.5 (132)'i C alleli, %36.5 (76)'i A alleli taşıdığı tespit edildi ve A allelinin hastalığa karşı koruyucu etkisi olduğu düşünülmektedir. İstatistiksel olarak değerlendirildiğinde gruplar arasında anlamlı bir fark bulundu (p<0.035). Aile öyküsü açısından incelendiğinde ailesinde şizofreni veya benzeri bozukluk olan hastaların %28.0 (7)' ı CC genotipli, %56.0 (14)'ı CA genotipli, %16.0 (4)' ı ise AA genotipli olarak tespit edildi. Ailesinde şizofreni veya benzeri bozukluk öyküsü olmayan hastaların %57.4 (66)'ü CC genotipli, 29.6 (34)'ü CA genotipli, 13.0 (15)'ı AA genotipli olarak saptandı. Kontrol grubunda ise aynı sıra ile genotip dağılımları %47.1 (49), %32.7 (34), %20.2 (21) olarak tespit edildi. İstatistiksel olarak incelendiğinde gruplar arasında anlamlı bir ilişki olduğu tespit edildi (p<0.035). Ailesinde şizofreni veya benzeri bozukluk olan hastaların %28.0 (7)'ı CC genotipli, %56.0 (14)'ı CA genotipli, %16.0 (4)'ı ise AA genotipli olarak tespit edildi. Ailesinde şizofreni veya benzeri bozukluk öyküsü olmayan hastaların %57.4 (66)'ü CC genotipli, 29.6 (34)'ü CA genotipli, 13.0 (15)' ı AA genotipli olarak saptandı. Kontrol grubunda ise aynı sıra ile genotip dağılımları %47.1 (49), %32.7 (34), %20.2 (21) olarak tespit edildi. İstatistiksel olarak incelendiğinde gruplar arasında anlamlı bir ilişki olduğu tespit edildi (p<0.045). Allel frekansları incelendiğinde ailede benzer hastalık olan bireylerde % 56.0 (28)' i, benzer hastalık olmayanlarda ise % 72.2 (166) C alleli taşıdığı tespit edildi. Benzer hastalık olan bireylerde % 44.0 (22)' i, benzer hastalık olmayanlarda ise %27.8 (64) A alleli taşıdığı bulundu. Kontrol grubunun ise %63.5 (132)' i C alleli, %36.5 (76)' i A alleli taşıdığı tespit edildi. İstatistiksel olarak değerlendirildiğinde gruplar arasında anlamlı fark bulundu (p<0.035). Başlangıç yaşına göre değerlendirildiğinde allel frekansları incelendiğinde erken başlangıçlı hastaların %64.3 (27)'i ve geç başlangıçlı hastaların %70.2 (167)' si C alleli taşıdığı, erken başlangıçlı hastalarda % 35.7 (15)' i ve geç başlangıçlı hastalarda % 29.8 (71) A alleli taşıdığı tespit edildi. Kontrol grubunun ise % 63.5 (132)' i C alleli, %36.5 (76)' i A alleli taşıdığı tespit edildi. İstatistiksel olarak değerlendirildiğinde gruplar arasında anlamlı fark bulundu (p<0.035). rs187238 polimorfizmi için de şizofreni grubunda %57.9 (81)' u GG genotipli, %34.3 (48)' ü GC genotipli ve %7.9 (11)' u CC genotipli olarak tespit edildi. Kontrol gruplarında %45.2 (47) GG genotipli, %41.3 (43)'ü GC genotipli, %13.5 (14)' i CC genotipli olarak saptandı. Şizofreni grubunda G alleli %75 (210) kontrol grubunda ise %65.9 (137) bulundu. Sonuçlar SPSS 20 istatistik programı ile incelendiğinde ve rs1946518 polimorfizminin şizofreni yakınlığına etkisi olmadığı bulundu (p>0,05). Buna karşın rs1946518 polimorfizmi için alel düzeyinde şizofreni hastaları ve kontrol grubu arasında istatistiksel olarak anlamlı bir ilişki olduğu (p<0.05) ve A allelinin koruyucu etki gösterdiği bulundu. IL-18 rs187238 gen polimorfizmi için ise genotip frekansları (p>0.05) açısından şizofreni hastaları ve kontrol grubu arasında istatistiksel olarak anlamlı bir ilişki bulunamamış ancak alel frekansları açısından şizofreni hastaları ve kontrol grubu arasında istatistiksel olarak anlamlı bir fark olduğu ve C allelinin koruyucu etki gösterdiği bulundu (p<0.05). Bu araştırma, Türk şizofreni hastalarında yapılan ilk çalışma olması açısından orijinal bir çalışmadır. Sonuçlarımız, rs1946518 ve rs187238 promoter polimorfizmlerinin dünyada beraber bakıldığı ilk çalışma olup IL18 için alel düzeyinde hastalığa karşı yatkınlığı gösteren ilk çalışmadır. Anahtar Kelimeler: Şizofreni, Sitokin, Polimorfizm, İnterlökin 18
DNAJC9 geninin meme kanserindeki ifadesi, genetik/ epigenetik alterasyonları ve prognostik değeri
Meme kanseri, dünyada kadınlar arasında görülme sıklığı en yüksek kanser türüdür. Heterojen yapıda ve kemoterapiye direnç mekanizmaları geliştirebilen bir kanser türü olması sebebiyle, meme kanserinin tedavisine, tanısına ve prognozuna yönelik hedef genlerin belirlenmesi önemlidir. Isı şoku proteinleri (HSP) son yıllarda sıklıkla kanserlerle ilişkili gösterilmektedir ve birçoğu biyobelirteç ve anti-kanser ilaç hedefi olarak önerilmiştir. DNAJC9, HSP ailesi üyesidir ve önceki çalışmalarda DNAJC9 ifadesi karsinogenez ve radyoterapi direnci ile ilişkili bulunmuştur. Bu çalışmada, DNAJC9 geninin ifadesi, genetik alterasyonları, promotor metilasyon düzeyi ve meme kanserinde sağ-kalıma etkisi meme hücre hatlarında ve meme kanseri klinik örneklerinde analiz edilmiştir. DNAJC9 geninin mRNA ifadesi, meme hücre hatlarında (BT-20, SK-BR-3, MDA-MB-231, ZR-75-1, MCF 10A) multipleks semi kantitatif-RT-PCR ve kantitatif-RT-PCR (Q-RT-PCR) yöntemleri ile incelenmiştir. MDA-MB-231 hücre hattındaki DNAJC9 mRNA seviyesi, tümörijenik olmayan meme epitel hücre hattına (MCF 10A) göre yüksek (>2kat) bulunmuştur. BT-20, ZR-75-1, SK-BR-3 hücre hatlarında, MCF 10A 'ya kıyasla anlamlı bir ifade farklılığı gözlenmemiştir. Meme kanseri klinik örneklerindeki DNAJC9 ifadesi, meme kanseri alt tiplerini de kapsayacak şekilde Breast Cancer Gene-ExpressionMiner (bc-GenExMiner v4.8) in siliko aracını kullanarak incelenmiştir. DNA mikroarray ve RNA-seq verisetlerine göre; DNAJC9 mRNA ifadesi, basal-benzeri, HER2-E, luminalB alt tiplerinde, normal meme-benzeri örneklere kıyasla anlamlı olarak daha yüksek bulunmuştur (P < 0.0001). DNAJC9 geninin genetik alterasyonları meme hücre hatlarında ve meme kanseri klinik örneklerinde, sırasıyla, dizileme yoluyla ve Sanger-COSMIC veri tabanında araştırılmıştır. Meme hücre hatlarında, DNAJC9 geninin kor promotor bölgesinde mutasyon tespit edilmemiştir. Sanger COSMIC (v95) veri tabanındaki bilgilere göre meme kanseri klinik örneklerinde de mutasyon oranı oldukça düşüktür (<%1). DNAJC9 geninin promotor bölgesi metilasyon durumu, birleşik bisülfitrestriksiyon analizi (COBRA) yöntemi ile meme hücre hatlarında analiz edilmiş ve metilasyon tespit edilmemiştir. Promotor metilasyon düzeyi, UALCAN in siliko aracı ile klinik örneklerde de incelenmiştir. Meme kanseri klinik örneklerinde, alt tiplere ait örneklerde ve normal örneklerde promotor bölgesi hipometile bulunmuştur (beta değeri<0.25). Çalışmanın son kısmında, DNAJC9 geninin mRNA ifadesinin hasta sağkalımına etkisi, DNA mikroarray ve RNA-seq veri setlerinde, Breast Cancer Gene-ExpressionMiner (bc-GenExMiner; v4.8) in siliko aracını kullanarak incelenmiştir. DNAJC9 mRNA ifadesi, meme kanseri hastalarında, tam sağ kalım (OS), hastalıksız sağ kalım (DFS) ve uzak metaztazsız sağ kalım (DMFS) değerlerini olumsuz etkilemektedir. Sonuç olarak, yüksek DNAJC9 ifadesi meme kanserinde olumsuz sağ kalım değerleri ile ilişkilidir ve bir biyobelirteç adayı olarak önerilebilir. Promotor metilasyonunun DNAJC9 gen ifadesine etkisinin olmadığını düşünmekle birlikte, histon modifikasyonları, miRNA'lar, antisens-RNA'lar gibi diğer epigenetik etmenlerin DNAJC9 ifadesine olan etkileri araştırılmalıdır. DNAJC9 geninin meme karsinogenezindeki öneminin daha iyi anlaşılması için fonksiyonel araştırmalara da ihtiyaç vardır.
Griseofulvinin drosophila melanogaster (Diptera: Drosophiladae) ın ergin evresindeki oksidatif etkisi
Drosophila melanogaster, laboratuvar ortamında kültürünün devamının kolay olması, farklı ekolojik koşullara adaptasyon gösterebilmesi, kısa sürede ve fazla sayıda yavru döller vermesi gibi avantajları sebebiyle en çok tercih edilen model organizmalardandır. Model organizmaların laboratuvar ortamında yapay besinler kullanılarak kültüre alınması ve bu kültürlerin devamlılığının sağlanması önemlidir. Önceki çalışmalar, yapay besin ortamına eklenen antibakteriyel, antifungal ve antihelmintik maddelerin, mikrobiyal kontaminasyonun önlenmesi ve laboratuvar koşullarında sağlıklı bireyler elde edilmesi için kullanıldığını göstermektedir. Bu çalışmada kullanılan griseofulvin antifungal bir madde olup, 50, 100, 200, 400 ve 800 mg/L konsantrasyonları D. melanogaster yapay besinine eklenerek böceğin larva, pup ve ergin evrelerinin yaşama oranı ve gelişme süresine etkileri araştırılmıştır. Ayrıca D. melanogaster ergin bireylerine aynı griseofulvin konsantrasyonları uygulanmıştır. Bu uygulama sonucu ergin bireylerde oksidatif stres belirteçleri olan protein karbonil (PCO) miktarı, malondialdehit (MDA) miktarı ve detoksifikasyonda görevli bir enzim olan glutatyon-S-transferaz (GST) aktivesi ölçülmüştür. Uygulanan tüm konsantrasyonlar, kontrole oranla, larva, pup ve ergin evrelerin tümünde yaşama oranının düşmesine; 200, 400 ve 800 mg/L konsantrasyonlar, gelişme süresinin uzamasına sebep olmuştur. MDA miktarı, griseofulvinin en yüksek konsantrasyonları olan 400 mg/L ve 800 mg/L'de kontrol ile karşılaştırıldığında önemli derecede yükselmiş, bu konsantrasyonlarda GST aktivitesinde artış olduğu gösterilmiştir. 50, 100 ve 200 mg/L griseofulvin konsantrasyonunda ise PCO miktarının kontrole oranla arttığı gösterilmiştir. Bu sonuçlara göre, böcek üzerinde griseofulvinin özellikle denenen en yüksek konsantrasyonlar olan 200,400 ve 800 mg/L'de olumsuz etkisi olduğu görülmüştür.
İodo benzoyl PHB bileşeninin, X-ışını absorbansının, in vivo ve in vitro etkilerinin değerlendirilmesi
Radyokontrast maddeler, radyolojik görüntülemelerde vücutta görünür olmayan doku veya organları kontrast etki yaratarak görünür hale getirmek amacı ile kullanılmaktadır. Kontrast ajanların uygulanması sonrasında tedavi alan kişilerde yan etki ve hasarlara yol açtığı bilinmektedir. Bu doğrultuda alternatif bir kontrast madde potansiyeli olabilecek biyouyumlu ve toksik olmayan bir polimer olan iyotlu polihidroksi bütiratın (PHB) radyoopasitesi değerlendirilmiştir. Geliştirilen radyoopak bileşen, radyoopasite tayininde iki farklı formuyla değerlendirilmiş ve görüntüleme bulgularına göre radyoopak olduğu sonucuna varılmıştır. Bununla beraber in vivo stabilite ve hücre canlılığı deneyleri yapılmıştır. Simüle edilmiş biyolojik sıvılarda polimerlerin dayanıklılığı test edilmiş ve sıvılarda etkileşime girmeyip ağırlık kaybına uğradığı görülmüştür. Hücre canlılığı ve IC50 değerlerine göre polimerlerin düşük konsantrasyonunun hücreler üzerinde toksik etki yaratmayacağı bulunmuştur. Polimerlerin, in vivo hayvan deneyleri gerçekleştirilmiş ve gastrointestinal sisteme enjekte edildiğinde bağırsak lümeninde radyoopasite tespit edilmiştir. Bağırsak florasında bulunabilecek mikroorganizmalara olan etkisinin tespiti için antimikrobiyal özellikler disk difüzyon, seri dilüsyon ve zaman öldürme (time kill) yöntemi ile incelenmiş ve elde dilen sonuçlara göre radyoopak polimerlerin antimikrobiyal etkisi olmadığı belirlenmiştir.
Biyomalzemelerin antimikrobiyal aktivitesini değerlendirmek için in vitro yöntemlerin karşılaştırılmalı incelenmesi
Son yıllarda, biyomalzemelerin mikrobiyal etkinliğinin araştırılması ve geliştirilmesi konusunda artan bir ilgi vardır. Biyomalzemelerin mikrobiyal etkinliğini sıklıkla değerlendirilen bir parametredir. Öte yandan mikrobiyal etkinliğin değerlendirilmesinde kullanılan antimikrobiyal etkinlik testleri mevcuttur. Bu nedenle, antimikrobiyal aktivite tarama ve değerlendirme yöntemlerine daha fazla dikkat edilmelidir. Biyomalzemenin türüne göre (metal, polimer, seramik kaplama), kimyasal formuna göre (sıvı, katı) mikrobiyal etkinlik testlerinin seçilmesi gerekmektedir. Bu çalışmada; biyomalzemenin türüne ve kimyasal formuna göre en uygun mikrobiyal etkinlik testinin tercih edilebilmesi için gerekli olan karşılaştırılmalar yapılmak istenmektedir. Çalışmada metal (Titanyum, çinko, demir), alaşım (Ti6Al4V, demir mangan), polimer (polimetilmetakrilat, polihidroksi bütirat, Polikaprolakton, polilaktikasit), Seramik (Hidroksiapatit, titayumdioksit, çinkooksit) ve kompozit (Çinkotitanyumoksit) materyalleri üzerinde, gram pozitif özellikli Staphylococcus aureus, Bacillus subtilis, Staphylococcus epidermidis, Enterococcus faecalis, gram negatif özellikli; Escherichia coli, Klebsiella pneumonae, Pseudomonas aeruginosa, Salmonella typhi ve fungus türü olan Candida albican kullanılarak, 1-Difüzyon yöntemleri ( Agar disk difüzyon yöntemi, 2 - Antimikrobiyal gradyan yöntemi (Etest) , 3- Seri dilüsyon, 4-Time-Kill testi (zaman öldürme eğrisi), 5- Plak sayma metodu yöntemleri için mikrobiyal etkinlik testlerinin avantajları ve sınırlamaları hakkında ayrıntılı bir değerlendirme yapılmıştır. Bu değerlendirme sonucunda antimikrobiyal aktivite yöntemlerinin kendi aralarında ve yöntem için avantaj dezavantaj durumu belirlenmiştir. Plak sayma ve time-kill testi yöntemlerinin diğer yöntemler ile doğrusal bir korelasyon oluşturması sonucunda maddelerin testlere elverişli olma özelliklerinin geniş bir yelpazede değerlendirilmesi yapılmıştır. Özellikle çinko temelli kompozit malzemelerinde, PHB, R - PLA ve PHB-V'nin ve metal tabanlı biyomalzemelerin birden fazla test yönteminde beklenen etkin sonuçlar gözlemlenmiştir.
Geliştirilen uzun süreli ağrı kesicinin in vitro ve in vivo değerlendirilmesi
Opioid bir analjezik olan morfinin, güçlü bir analjezi sağlamasına rağmen metabolizma süresi sınırlıdır. Günümüzde, morfinin salım süresinin sınırlı olmasından dolayı yeni formülasyonlar için çalışmalar yapılmaktadır. Bu doğrultuda, Poli (hidroksi-butirat) (PHB) omurgasına ilaç ekleme konusundaki literatürdeki bilgilere dayalı olarak, uzun süreli analjezi sağlamak üzere morfin salımını kontrol etmek için morfin bazlı bir PHB polimeri (PHB-MRP) sentezlenmiştir. Sentezlenen morfin bazlı PHB'nin fizikokimyasal karakterizasyon çalışmaları, in vitro biyostabilite çalışmaları, in vitro sitotoksisite çalışmaları, analjezik etkinin in vivo değerlendirilmesi üzerine çalışmalar ve in vitro biyo-afinite çalışmaları yapılmıştır. Fizikokimyasal karakterizasyon çalışmaları sonucunda, PHB-MRP'nin karakteristik sinyal dizilerini içerdiği ve herhangi bir kontaminasyon olmadığı gözlemlenmiştir. Sitotoksisite çalışmaları sonucunda ise, ticari olarak temin edilen morfin ile sentezlenmiş olan PHB- MRP'nin in vitro sitotoksisiteleri değerlendirilmiş olup anlamlı bir farklılık gözlemlenmemiştir ve PHB-MRP'nin fibroblast hücreleri için sitotoksik olabileceği doz belirlenmiştir. PHB-MRP'nin analjezik etkisi, in vivo hayvan deneyleri ticari morfin ile karşılaştırılarak, sıçanlar üzerinde test edilmiştir ve çalışmalar sonucunda, serbest morfinin analjezik zaman penceresinin 2 katından fazla, 15 güne kadar sürekli analjezi sağladığı gösterilmiştir. İn vitro ilaç salım çalışmaları ile karşılaştırıldığında, PHB-MRP'nin hidrolizi in vivo olarak daha yavaş görünmüştür. PHB-MRP'nin DNA afinite çalışmaları sonucunda, PHB-MRP'nin DNA ile olan etkileşiminin değerlendirilerek ticari alınan morfin ile karşılaştırılması yapılmıştır, çalışmada kullanılan DNA'lar üzerinde, PHB-MRP'nin herhangi bir denatürasyona yol açmadığı gözlemlenmiştir ve ticari morfin ile aynı sonuçlara ulaşılmıştır.
Gemifloksasinin drosophila melanogaster (Meigen) (Diptera: drosophilidae)'in bazı biyolojik özellikleri üzerine etkisi
Zararlı böcekler ile mücadelede, çevreye ve yararlı organizmalara olumsuz etkisi olan sentetik organik insektisitler yoğun olarak kullanılmaktadır. Bu amaçla toksik olmayan veya daha az çevresel zararı olan kimyasalların kullanılması konusunda çalışmalar yapılmaktadır. Bu çalışmada antibakteriyel bir antibiyotik olan gemifloksasin (mesilat tuzu) Drosophila melanogaster (Meigen)larvalarını yetiştirmek için kullanılan yapay besin ortamına eklenerek, böceğin yaşam oranı, gelişim süresi, ergin erkek ve dişi ömür uzunlukları üzerine etkisi laboratuvar koşullarında incelendi. Ayrıca, bu florokinolon sınıfı kimyasal maddenin, D. melanogaster'indişi bireylerinden elde edilen yumurtalarda lipid peroksidasyonu ürünü, malondialdehid (MDA) miktarı, protein oksidasyonu ürünü protein karbonil (PCO) miktarı ve glutatyon S-transferaz (GST) aktivitesi üzerine etkisi incelendi.Birinci evre larvaları 150, 300, 600 ve 900 mg/L gemifloksasin içeren besin ortamlarına bırakılarak ergin evreye kadar beslendi. Kontrol besininde 3. evreye ulaşan larva oranı % 88,00 ± 2,00 iken denenen en yüksek konsantrasyon olan 900 mg/L'de bu oran % 7,00 ± 2,17'ye düştü. Benzer etki pup olma oranı üzerinde de elde edildi. Kontrol besininde 3. evreye ulaşma süresi 3,29 ± 0,21 gün iken, en yüksek konsantrasyonda bu süre 5,75 ± 1,70 güne uzadı. Gemifloksasin ergin evreye kadar gelişme süresi ile ergin dişi ve erkek ömür uzunluğu üzerinde önemli bir etki yaptı. Kontrol besininden elde edilen dişilerdeergin ömür uzunluğu süresi 18,31 ± 3,50 gün olaraktespit edilirken, 150mg/L besinde bu değer 31,83 ± 1,37 güne uzadığı, en yüksek konsantrasyon olan 900 mg/L'de ise 10,82 ± 3,19 güne gerilediği belirlendi. Gemifloksasinin en düşük konsantrasyonu böceğin yumurtalarındaki MDA miktarını kontrol besinine göre istatistiki olarak önemli derecede azalttı. Böceğin yumurtalarındaki PCO ve GST aktivitesi incelendiğinde ise, gemifloksasin içermeyen kontrol besinindeki PCO miktarı ile en düşük konsantrasyondaki miktar karşılaştırıldığında önemli bir artış gözlenirken, en yüksek konsantrasyonda bu oksidatif stres parametrelerinin azaldığı tespit edildi.
Hashimoto tiroiditi ile toll like reseptör 2 (TLR 2) ve toll like reseptör 4 (TLR 4) arasındaki ilişkinin araştırılması
Hashimoto tiroiditi(HT) otoimmun bir hastalık olup hipotiroidinin en sık görülen nedenidir. HT'li hastalarda tiroid bezinde görülen yaygın lenfosit infiltrasyonu ve vücudun kendi tiroid antijenlerine karşı intolerans gelişmesi, tiroid hücrelerinin harabiyetine ve tiroid fonksiyon bozukluğuna yol açmaktadır. HT, bağışıklık sisteminin bir bozukluğu sonucunda ortaya çıkar ve nedeni tam olarak bilinmemektedir. Toll Like Reseptör(TLR)'ler doğal immunitenin parçaları olan makrofaj ve dendritik hücreler tarafından eksprese edilen tip 1 transmembran proteinleridir. TLR'lerin, PAMP'lere veya DAMP'lerle bağlanmasıyla, TLR'lerin intrasitoplazmik domaini aracılığı ile bir dizi sinyal iletim yolağı aktifleşir. Bunun sonucu olarak antimikrobiyal protein ve inflamatuvar sitokinler üretilir. TLR'ler inflamatuvar ve immün sistem cevabının başlatılmasında oldukça önemli bir role sahiptirler. TLR gen polimorfizmleri ile HT arasındaki ilişkiyi araştıran bir çalışma bulunmamaktadır. Çalışmamızda, HT hastalarında ve sağlıklı gönüllülerde TLR2 geni Arg677Trp, Arg753Gln, 196-174del ve TLR4 geni Asp299Gly, Thr399Ile gen polimorfizm frekansları, TLR-2, TLR-4 serum düzeyleri belirlenmiştir. HT tanısı konan 100 hasta ve herhangi bir inflamatuvar hastalığı olmayan 100 sağlıklı birey çalışmaya dahil edilmiştir. TLR-2 ve TLR-4 serum düzeyleri açısından HT hastalarında, kontrol grubuna göre anlamlı düzeyde yüksek olduğu belirlenmiştir. Ancak TLR2 geni Arg677Trp, Arg753Gln ve 196-174del ve TLR4 geni Asp299Gly, Thr399Ile gen polimorfizmleri genotip frekansları ve alel frekansları dağılımı açısından hasta ve kontrol grupları arasında istatistiksel olarak anlamlı bir farklılık saptanmamıştır. Sonuç olarak; TLR2 geni Arg677Trp, Arg753Gln, 196-174del ve TLR4 geni Asp299Gly, Thr399Ile gen polimorfizmleri HT hastalığının gelişiminde etkili olduğu görünmemektedir. Fakat çalışmamızda HT hastalarında, TLR-2 ve TLR-4 serum düzeylerinin kontrollere oranla yüksek seviyede olduğu bulunmuştur. Bu bulgular TLR2 ve TLR4'ün HT hastalığın patogenezinde etkili olabileceğini düşündürmektedir
Doğal konak üzerinde yetiştirilen Pimpla turionellae L. (Hymenoptera: Ichneumonidae)'nin yaşama ve gelişimine neomisinin etkisi
Aminoglikozit bir antibiyotik olan neomisin doğal olarak Streptomyces fradies bakterisi tarafından üretilmektedir. Bakteriyel ribozomların 30 S alt birimine bazı durumlarda da 50 S alt birimine bağlanması sonucu protein sentezini başlangıç ve uzama aşamasında inhibe ederek etkilerini göstermektedir. Bu çalışmada Büyük bal mumu güvesi Galleria mellonella L. yapay besin ortamında neomisin ile beslenerek elde edilen puplar deneysel gruplarda Pimpla turionellae için doğal konak olarak kullanıldı. Deney grubunda G. mellonella birinci evre larvaları antibiyotiğin 0,005, 0,01 ve 0,5 g'larını içeren yapay besinler (g/100 gr besin) ile beslendi ve konak olarak kullanıldı. Kontrol grubunda ise neomisin içermeyen yapay besinle beslenen larvalardan elde edilen puplar konak olarak kullanıldı. Bu çalışmada, neomisin ile muamele edilen yalancı konak G. mellonella pupları ile beslenerek, uzun dönem fizyolojik stres biyoindikatörleri olarak P. turionellae larvalarının 5. evreye ulaşma oranı, pup evresine ulaşma oranı ve ergin olma oranı ile bu evrelere ulaşma süreleri belirlendi. Neomisinin farklı konsantrasyonları ile beslenen G. mellonella pupları ile yetiştirilen P.turionellae bireylerinin 5. evreye ulaşan larva oranı, pup ve ergin olma oranı kontrol besine göre önemli derecede düşmüştür. Kontrol grubu konak puplar ile yetiştirilen P. turionellae larvalarının % 86,6'sı 5.evreye ulaşırken neomisinin % 0,005 ve 0,01'i ile beslenen konak puplarda yetiştirilen larvaların sırasıyla % 31,6 ve % 28,2'si 5. larval evreye ulaşmıştır. Neomisin içermeyen besinler ile beslenen konak puplarda yetiştirilen P. turionellae larvalarının % 79,9'u pup evresine ulaşırken neomisinin diğer konsantrasyonları bu parasitoidin pup olma oranını yaklaşık % 50 oranında düşürmüştür. Kontrol grubu ile karşılaştırıldığında neomisinin % 0,01'i de P. turionellae'nın pup olma oranını önemli derecede düşürmüş olup % 23'e indirmiştir. Neomisin içermeyen besinler ile beslenen G. mellonella konak puplarında yetiştirilen P. turionellae larvalarının % 78,3'ü ergin evreye ulaştığı halde neomisinin diğer konsantrasyonları ile yetiştirilen Pimpla larvalarının ergin evreye ulaşma oranlarını yaklaşık olarak 1/3 oranında azalmıştır. Neomisin 5. evreye ulaşma süresini önemli derecede kısaltmasına karşın larva sonrası evrelerde gelişme süresi üzerine önemli dercede etkili olmamıştır. Neomisinin en yüksek konsantrasyonu (% 0,5) P. turionellae birinci evre larvalarının 5. evreye ulaşma süresini ortalama 2 gün kısaltmıştır. Kontrol grubu konak puplar ile yetiştirlen P. turionellae larvaları ortalama 9,6 günde 5. evreye ulaştığı halde en yüksek antibiyotik konsantrasyonunda larvalar ortalama 7,4 günde 5. evreye ulaşmışlardır. Bu sonuçlar P. turionella'nın konağı aracılığıyla neomisine maruz kaldığı ve bu antibiyotiğin daha çok parazitoidin larval evresinde etkili olduğunu göstermiştir.
Psöriazisin patogenezinde Granülizin'in rolü
Psöriazis etyolojisi net olarak bilinmeyen keskin sınırlı, eritemli, sedefi beyaz skuamlarla karakterize otoinflamatuvar bir dermatozdur. Psöriazis etiyopatogenezinde en çok kabul edilen mekanizma keratinosit hiperproliferasyonu ile inflamasyonun tetiklenmesidir. Granülizin, insan sitotoksik T lenfositleri (CTL'ler) ve doğal öldürücü (NK) hücrelerin granüllerinden granzim ve perforin ile birlikte salgılanan sitolitik bir antimikrobiyal peptid (AMP) olup, psöriazis lezyonlarında granülizin ekspresyonunun artmış olduğu immünohistokimyasal olarak kanıtlanmıştır. Ancak GNLY gen polimorfizmleri ile psöriazis arasındaki ilişkiyi araştıran bir çalışma bulunmamaktadır. Çalışmamıza psöriazis tanısı konmuş, akraba olmayan 100 hasta ve herhangi bir inflamatuvar hastalığı olmayan 100 sağlıklı birey dahil edilmiştir. GNLY rs7908 ve GNLY rs10180391 gen polimorfizm sıklıkları PCR ve RFLP metodu kullanılarak tespit edilmiş olup sonuçlar ki-kare testi ve lojistik regresyon ile analiz edilmiştir. GNLY rs7908 genotip frekansı hasta grubunda GG, GC ve CC genotipleri için % 51, % 41, % 8; kontrol grubunda % 37, % 44, % 19'dur. GNLY rs10180391 genotip frekansı hasta grubunda CC, CT ve TT genotipleri için % 41, % 47, % 17; kontrol grubunda % 44, % 41, % 15'tir. Yaptığımız analizler sonucunda GNLY rs7908 CC genotipinin ve C allelinin psöriazis için koruyucu etki gösterdiği ve hastalığın şiddetini düşürdüğü, rs10180391 SNP'sinin ise psöriazis patogenezinde etkin bir rolünün olmadığı tespit edilmiştir. GNLY rs7908 ve GNLY rs10180391 gen polimorfizmlerinin psöriazis gelişim riski ve hastalık seyri üzerine olan etkileri ile igili yapılacak fonksiyonel çalışmalarla psöriazis hastalığına karşı yeni tedavi metodları geliştirilmesine yol gösterici olacaktır.
Oksiklozanidin Galleria mellonella L. (lepidoptera: pyralidae)'nın yaşama, gelişimi ve toplam proteini üzerine etkileri
Büyük bal mumu güvesi, Galleria mellonella L., birinci evre larvaları 0,003, 0,03, 0,3 ve 1,5 g/100 g oksiklozanid içeren yapay besinler ile beslendi. Belirlenen konsantrasyonların böceğin farklı gelişme evrelerinin (7. evre larvası, pup ve ergin) yaşama oranı, gelişme süresi, ergin ömür uzunluğu ve toplam protein miktarı üzerine etkileri araştırıldı. Oksiklozanid içermeyen kontrol besini ile deneyde kullanılan tüm konsantrasyonlar karşılaştırıldığında bu antihelmintik ilaç G. mellonella'nın 7. evreye ulaşan larva, pup ve ergin olma oranını önemli derecede düşürmüştür. Oksiklozanid içermeyen kontrol besininde 7. evreye ulaşan larvaların oranı % 91,25 ± 6,21 iken, % 0,3' lük oksiklozanid konsantrasyonunda bu oran % 28,75 ± 3,24 olarak tespit edilmiştir. Oksiklozanidin son evre larvasına ulaşma, pup ve ergin olma süreleri üzerine etkisi istatistiksel olarak anlamlı çıkmamıştır. Oksiklozanidin böceğin toplam protein miktarı üzerine etkisine bakıldığında ise kontrol besinine göre denenen tüm konsantrasyonlarda artış gözlenmiştir. Bu önemli artış özellikle % 0,003 ve 0,03'lük oksiklozanid konsantrasyonlarında kontrol besinine göre tüm evrelerde yaklaşık iki katı oranında artmıştır.Elde edilen sonuçlar oksiklozanidin G. mellonella'nın yaşama, gelişimi, ergin ömür uzunluğu ve toplam protein miktarı üzerinde önemli değişikliklere neden olduğu belirlenmiştir.
Niklozamidin drosophıla melanogaster'in bazı biyolojik ve biyokimyasal özelliklerine etkisi
Drosophila melanogaster'in yapay besin ortamına salisilanilid türevi bir antihelmintik olan niklozamidin belli oranlarda eklenerek beslendi; böceğin yaşama oranı, gelişme süresi ve ergin ömür uzunluğu üzerine etkisi incelendi. Ayrıca bu antihelmintik ilacın böceğin son evre larvaları (3. evre), pup ve erginlerinde oksidatif stresin önemli indikatörleri lipid peroksidasyonu ürünü malondialdehid (MDA), protein oksidasyonu ürünü protein karbonil (PCO) miktarları ve detoksifikasyon enzimi glutatyon S-transferaz (GST) aktivitesi üzerine etkisi belirlendi. Kontrol besini ile karşılaştırıldığında, bu antihelmintik maddenin belirtilen konsantrasyonları 3.evreye ulaşan larva oranını, pup ve ergin olma oranını önemli derecede azaltmıştır. Kontrol besininde % 94,00 ± 1,00 oranında 3.evre larvası elde edilmesine karşın en yüksek konsantrasyon olan 800 mg/L'de bu oran % 14,00 ± 1,73'e düşmüştür. Kontrol besininde erginlerin 42,08 ± 0,50'si yaşarken en yüksek konsantrasyon olan 800 mg/L'de bu süre 2,30 ± 0,15 güne düşmüştür. Niklozamidin tüm konsantrasyonları D. melanogaster'in son evre larvalarında, pup evresinde ise 100 mg/L, 200 mg/L ve en yüksek niklozamid konsantrasyonlarında MDA miktarını kontrol grubuna göre önemli derecede azalttığı tespit edilmiştir. Son evre larvalarında protein karbonil miktarı düşük niklozamid konsantrasyonlarında düşmüştür. 400 m/L niklozamid konsantrasyonu pup evresinde GST aktivitesini önemli derecede yükseltmiştir. Araştırmada elde edilen sonuçlar, Niklozamidin oksidatif stres belirteçlerindeki artışa sebep olması D. melanogaster'in biyolojik özellikleri ve detoksifikasyon enzimi üzerine de olumsuz yönde etkisini göstermektedir.
Farklı azot ve fosfor konsantrasyonlarının Acutodesmus deserticola türünün kültür büyümesi ve biyokimyasal kompozisyonu üzerine etkileri
Bu tez çalışmasında Acutodesmus. deserticola türü 5 farklı stres koşullarında bold basal ortamında (BBM) 24 gün boyunca kültür büyüme parametreleri açısından incelenmiş ve 24. günün sonunda, farklı kültür ortamlarında en yüksek hücre sayısı değeri K (6100x104) grubunda, en düşük hücre sayısı ise N- (405x104) grubunda; en yüksek kuru ağırlık değeri K (0,011 mg/L) grubunda, en düşük kuru ağırlık değeri N+(0,0047 mg/L) grubunda; en yüksek OD680 (optik yoğunluk) değeri K grubunda (2,139 abs) en düşük OD değeri N- (1,256 abs) grubunda; en yüksek klorofil-a değeri N+ (8,660 mg/L) en düşük klorofil a değeri ise N- (1,434 mg/L) grubunda tespit edilmiştir. Biyokimyasal analiz sonuçları değerlendirilirken N+ grubunun protein içeriği maksimum değerde (kuru biyokütlenin %8,517'si) görülmüştür. Amino asit sonuçları, Arg ve Lys amino asitleri hariç en yüksek değerler fosforca zengin (P+) grupta görülmüştür. Total yağ analizi sonuçlarına bakıldığında en yüksek değerlerin %7,1 ile yüksek azot içeren (N+) grupta olduğu gözlenmiştir. Yağ asitleri sonuçları incelendiğinde, azot bakımından kısıtlı grupta (N-) (%35,605) linoleik asit seviyesinin kontrol grubuna (%6,814) göre oldukça yüksek olduğu görülmektedir. Antioksidan aktivite sonuçları, uygulanan tüm stres parametreleri altında DPPH süpürme aktivitesi, 87-700 μg/mL konsantrasyon aralığında 37,61-75,83% scv süpürme aktivitesi gözlenmiştir. Yapılan çalışmanın sonuçları, A. deserticola türünün azot ve fosfor konsantrasyonu düşük olan ortamlarda hızlı bir şekilde çoğalabildiğini göstermektedir. Farklı ortamlardaki kültür büyüme parametrelerine bakıldığında klorofil a değeri dışındaki tüm parametreler kontrol grubunda daha yüksek sonuçlar vermiştir. Çalışmanın sonucunda azot ve fosforun ortamdaki varlığı ve yokluğu A. deserticola türünün kültür büyüme parametrelerine ve türün biyokimyasal kompozisyonu üzerine farklı etkilerinin olduğunu göstermektedir. Bu çalışmadan elde edilen bulgular, mikroalglerin biyoteknolojik uygulamalarda optimal kültür koşulları açısından yol gösterici olması düşünülmektedir
Streptomisinin Drosophila melanogaster'in yaşama, gelişim ve bazı biyokimyasal özellikleri üzerine etkisi
Aminoglikozid bir antibiyotik olan streptomisin Drosophila melanogaster (Meigen) larvalarını yetiştirmek için kullanılan yapay besin ortamına eklenerek, böceğin yaşam oranı, gelişim süresi, ergin ömür uzunlukları üzerine etkisi laboratuvar koşullarında incelendi. Ayrıca, bu antibakteriyal maddenin, D. melanogaster'ın tüm gelişim evrelerinde lipid peroksidasyonu ürünü, malondialdehid (MDA) miktarı, protein oksidasyonu ürünü protein karbonil (PCO) miktarı ve süperoksit dismutaz (SOD) aktivitesi üzerine etkisi incelendi. Birinci evre larvaları 600, 1200 ve 1800 mg/L streptomisin içeren besin ortamlarına bırakılarak ergin evreye kadar beslendi. Kontrol besininde 3. evreye ulaşan larva oranı % 95,00 ± 3,02 iken denenen en yüksek konsantrasyon olan 1800 mg/L'de bu oran % 43,75 ± 2,72'ye düştü. Benzer etki pup olma oranı üzerinde de elde edildi. Kontrol besininde ergin olma süresi 7,73 ± 0,29 gün iken, en yüksek konsantrasyonda bu süre 9,65 ± 0,65 güne uzadı. Streptomisin ergin ömür uzunluğu üzerine de önemli bir etki yaptı. Kontrol besininden elde edilen erginlerin ömür uzunluğu süresi 21,89 ± 2,46 gün olarak tespit edilirken, en yüksek konsantrasyon olan 1800 mg/L'de ise 8,16 ± 0,77 güne gerilediği belirlendi. Streptomisinin en yüksek konsantrasyonu böceğin ergin evresindeki MDA miktarını kontrol besinine göre istatistiki olarak önemli derecede arttırdı. Böceğin tüm gelişim evrelerindeki PCO miktarları incelendiğinde ise, streptomisin içermeyen kontrol besinindeki PCO miktarı ile denenen tüm konsantrasyondaki PCO miktarı karşılaştırıldığında önemli bir artış gözlemlendi. Streptomisinin D. melanogaster'ın tüm evrelerinde denenen tüm konsantrasyonlarda SOD aktiviteleri önemli derecede azaldı. Böceğin larva ve pup evresinde de CAT aktivitesinde benzer bir sonuç elde edildi.
Bazı incir (Ficus carica L.) çeşitlerinin rakıma bağlı olarak antioksidan vitaminler, glutatyon ve malondialdehit düzeylerinin araştırılması
Aydın ilinin farklı rakımlarında toplanan taze incir (Ficus carica L.) varyetelerindeki A, E ve C vitaminleri ile Glutatyon ve Molondialdehit düzeyleri araştırılmıştır. Antioksidan vitaminler, Glutatyon ve Malondialdehit düzeyleri High Performance Liquid Chromatograpy (HPLC) ile tespit edilmiştir.Elde ettiğimiz sonuçlara göre yüksek rakımdan toplanan incir örneklerinden Akça (p<0,001), Sarı Zeybek (p<0,05), Kara Yaprak (p<0,001), A vitamini düzeyi bakımından 60 metrede yetişen aynı çeşit incirlere oranla daha yüksek olduğu; Kuşadası Bardakçı (p<0,001), Siyah Orak (p<0,001), Akça (p<0,05), Mor Güz (p<0,05), Sultan Selim (p<0,01), Kara Yaprak (p<0,01), çeşitlerinde saptanan vitamin E değerlerinin aynı çeşidin düşük rakımdan toplanan incirlere göre daha fazla miktarda olduğu; Kuşadası Bardakçı (p<0,05), Mor Güz (p<0,01), Sultan Selim (p<0,05), Siyah İncir 208 (p<0,05), Kara Yaprak (p<0,05) çeşidi incirlerde belirlenen vitamin C değerlerinin aynı çeşidin düşük rakımdan toplanan örneklerine göre daha fazla miktarda olduğu saptanmıştır. Glutatyon değeri açısından yüksek rakımdaki Akça (p<0,001) ve Mor Güz (p<0,001) çeşitlerinde rakım artışı ile birlikte bir artış saptanmış olup, okside glutatyonun artan rakımla beraber düşük rakımda yetişen çeşitlerine göre Siyah Orak (p<0,001), Akça (p<0,001), Gök Lop (p<0,01), Sarı Lop (p<0,01), Mor güz (p<0,05), Sarı Zeybek (p<0,05), Sultan Selim (p<0,001), Kara Yaprak (p<0,01), çeşitleri önemli bir fark yaratacak kadar yüksek olduğu tespit edilmiştir. Rakımın MDA düzeyi açısından etkili bir faktör olmadığı saptanmıştır. Bitkinin bu şekilde strese bağlı olarak artış gösteren serbest radikallere karşı antioksidan vitamin düzeyini artırarak mukavemet kazandığı sonucuna varılmıştır.
Atkestanesi özütünün kanser hücreleri üzerindeki antiproliferatif etkileri
Kanser, tüm dünyadaki insanlar için büyük sorun ihtiva eden hastalıkların başında gelmekte ve hücre büyüme ve bölünmesini kontrol eden genlerin hasar görmesiyle ortaya çıkan kompleks bir hastalık olarak tanımlanmaktadır. Kanser tıp alanındaki yapılan çalışmalar ve ilerlemelere rağmen önemini halen korumaktadır. Kanser çeşitlerinden biri olan prostat kanseri, prostat dokusunda gelişmeye başlayan kötü huylu (malign) hücrelerin sebep olduğu ölümlerde 2. sırada yerini korumaktadır. Vücudumuz kanser tedavilerinde kullanılan ajanlara karşı direnç gösterme eğilimindedir. Bu direnç sonucunda yeni ilaçlar ve yeni yöntemlere ihtiyaç duyulmaktadır. Escin (Aescin), Aesculus hippocastanum'un (atkestanesi ağacı) ana aktif bir bileşenidir. Yapılan çalışmalarda escinin yapısında %5-6 protein, %30-40 nişasta, %5.5-7.7 yağ, flavonlar, antioksidan maddeler, glikozitler(aesculin, esculin), saponinler(aescin, escin), B1, C ve K vitaminleri bulunduğu gösterilmiştir. Bu çalışmamızda prostat kanseri tedavisi için Du145 prostat kanseri hücreleri üzerinde escin ve yeni sentezlenen escin yüklü katı lipid nanopartiküllerin potansiyel apoptotik, sitotoksik, antiproliferatif etkileri ve sebep olduğu morfolojik değişiklikler konfokal mikroskobi ve akış sitometri yöntemleri kullanılarak araştırılmıştır.
Yeşil kahvenin A549 ve SPC-212 kanser hücreleri üzerindeki biyolojik etkileri
Kanserin önlenmesi ve tedavisi için araştırılan etken maddelerin sentetik kimyasallardan ziyade organik bileşenler olması tercih edilmektedir. Bu çalışmada, daha önce farklı yönlerden biyolojik aktiviteleri incelenmiş olan yeşil kahvenin ekstresi ve fraksiyonlarının A549 ve SPC-212 hücreleri üzerinde apoptotik etkileri araştırılmıştır. Yeşil kahve ekstre ve fraksiyonlarının sitotoksik etkileri MTT ve Nötral red boya alımı testleriyle belirlenmiş, hücre morfolojisindeki değişimler ise AO/EB çift boyama yöntemiyle floresan mikroskopta incelenmiş ve apoptotoik indeks hesaplanmıştır. Hücre zarında meydana gelen değişim ise Anneksin V/FITC-PI boyaması yapılarak flow sitometride incelenmiştir. Kaspaz enzim aktivasyonu ise kaspaz-3,-8,-9 kolorimetrik kit kullanılarak elizada ölçülmiştür. A549 hücre hattındaki IC50 değerleri; metanol ekstresinde 3 mg/ml, N-butanol, etil asetat ve sulu fraksiyonlarda, sırasıyla, 1, 0.45 ve 2.75 mg/ml ve demlenmiş yeşil kahvede ise 10 mg/ml dozlarında tespit edilmiştir. SPC-212 hücre hattında ise metanol ekstresinde 0.60 mg/ml, N-butanol, etil asetat ve sulu fraksiyonlarda yine sırasıyla, 0.30, 0.28 ve 0.80 mg/ml ve demlenmiş yeşil kahvede ise 5 mg/ml IC50 değerleri olarak belirlenmiştir. Morfolojik görüntülere göre belirlenen apoptotoik indeksler ise, etil asetat fraksiyonda, SPC-212'de % 25.20 ve A549'de, % 34.53'dir. Demlemede ise SPC-212'de % 19.40 ve A549'da % 36'dır. Anneksin V/FITC-PI boyaması sonucuna göree ise, A549 hücresinde etil asetat fraksiyonu ve demlemede sırasıyla % 28.7 ve % 32.4 oranında apoptotik hücre gözlemlenmiştir. SPC-212 hücrelerinde ise etil asetat fraksiyonunda %24.7, demlemede %31.2 oranında apoptotik hücrede gözlenmiştir. Kaspaz-8'in her iki hücrede de yaklaşık 1.5 katlık artışı dikkat çekmektedir. Yeşil kahvenin ekstre ve 3 fraksiyonunun, A549 ve SPC-212 hücrelerinin proliferasyonunda azalmaya ve apoptoza sebep olduğu gözlenmiştir. Her iki hücre hattında da etil asetat fraksiyonunun ve demlenmiş yeşil kahvenin apoptoza etkisinin, diğerlerine göre daha yüksek olduğu belirlenmiştir. İki hücre hattını karşılaştırdığımızda; SPC-212 hücrelerinin A549 hücrelerine göre sitotoksik ve apoptotic etkiler bakımından daha hassas olduğu görülmüştür. Anahtar Kelimeler: Sitotoksite, A549, SPC 212, Yeşil Kahve.
Omurgasızlarda yeni bulunan ATP bağımlı DNA Ligaz II ((LİGII) alt-ailesinin ilk üyesi tetrahymena thermophila TtLigII-1 enziminin hücresel görevinin tanımlanması
Genomların korunması, tamiri ve genetik çeşitliliğinde DNA Ligaz enzimleri görev alır. Omurgalı canlılarda ATP bağımlı DNA Ligaz I, III ve IV bulunurken mitokondriyal genom replikasyonu ve tamirinde görev alan Ligaz III omurgasız ökaryotlarda bulunmaz. Omurgasız ökaryot grubunda yer alan tek hücreli ve silli bir model organizma olan Tetrahymena thermophila kalıtımsal ve yaşamsal olayları yöneten mikroçekirdek (MİK) ve makroçekirdeğe (MAK) ile mitokondriyal genoma sahiptir. Eşeyli üremede yoğun genom düzenlenmesi ile MİK'den MAK oluşur. T. thermophila genomunda iki Ligaz I, bir Ligaz IV ile bir de hipotetik Ligaz geni bulunur. Bu tez kapsamında; hipotetik Ligaz geninin in silico, in vivo ve in vitro yöntemlerle ligasyon kabiliyeti, çekirdekte genom düzenlenmesi ile mitokondriyal genomun replikasyon ve tamirindeki olası görevlerinin araştırılması amaçlanmıştır. Filogenetik ağaç analizi; sadece omurgasız ökaryotik canlılarda bulunan bu çalışma ile Ligaz II adı verilen yeni bir ligaz alt ailesinin varlığını ve bu hipotetik ligaz enziminin (TtLigII) bu ailt ailenin üyesi olduğunu ortaya koymuştur. T. thermophila'da rekombinant üretilerek saflaştırılan TtLigII-6xHis enzimi in vitro DNA ligaz aktivite reaksiyonunda, yapışkan uçlu DNA parçalarını birleştirme aktivitesine sahiptir. TtLigII-sfGFP füzyon proteini mitokondrilerde ve konjugatif hücrelerin MİK ve MAK'larına lokalize olmuştur. Bu tez çalışması ile ökaryotik ATP bağımlı DNA Ligaz ailesinin LigI, LigIII ve LigIV alt aileleri yanında LigII alt ailesine de sahip olduğu; ilk üye TtLigII'nin ise çekirdek ile mitokondrilerde DNA tamirinde görev alabileceği sonucuna varılmıştır.
Ayçiçeği bitkisinde (Helianthus annuus L.) kombine uygulanan borik asit ve sıcaklık stresinin bazı ekolojik parametreler, antioksidan enzimler ve gen ifadeleri üzerine etkisi
Değişen iklim koşulları özellikle bitkilerin ekolojik, fizyolojik ve moleküler düzeydeki metabolik faaliyetleri üzerinde olumsuz etkiler oluşturmakta; bitki verimi, kalitesi ve üretimini olumsuz yönde etkilemektedir. Sıcaklığın yanı sıra bitkilerde abiyotik strese sebep olan bir diğer faktör ise toprakta bulunan makro ve mikro besin elementlerinin miktarlarıdır. Mikro besin elementleri içerisinde yer alan bor elementi, bitkilerin en fazla tepki gösterdiği elementler arasındadır. Bor elementi, bitkide zar geçirgenliği, kök büyümesi, nükleik asit ve ATP sentezi gibi önemli metabolik olaylarda etkilidir. Borun bitkiler üzerindeki bu etkileri, başka bir abiyotik stres faktörünün etkisini inhibe ya da teşvik edebileceğini düşündürmektedir. Bu çalışmada sıcaklık ve bor uygulamasının hem ayrı ayrı hem de kombine etkileri araştırılmıştır. 15, 25 ve 40°C'de yetiştirilen, 10 mM ve 25 mM borik asit uygulanan ayçiçeği bitkisinde kök ve gövde uzunluğu, kök ve gövde yaş-kuru ağırlığı, kök ve gövde biyokütlesi, borik asit tolerans indeksi, lipit peroksidasyonu, toplam protein miktarı, SOD, CAT, APX enzim aktiviteleri ve bu enzimlerin gen ekspresyon seviyelerindeki değişimleri belirlenmiştir. Sonuç olarak 25 ve 40°C'deki örneklerin artan borik asit konsantrasyonuna bağlı olarak kök ve gövdeye ait ekolojik parametrelerde azalmanın olduğu 15°C'deki örneklerde ise literatürde yer alan düşük sıcaklıkla ilgili çalışmaların aksine kök ve gövdeye ait ekolojik parametrelerin olumlu etkilendiği ve artış gösterdiği tespit edilmiştir. 40°C'deki kök ve yaprak örneklerinin antioksidan enzim aktiviteleri ve mRNA seviyelerinin arttığı belirlenmiştir. 15°C'de ise antioksidan enzim aktiviteleri ve mRNA seviyelerinin kök örneklerinde arttığı, yaprak örneklerinde azaldığı tespit edilmiştir. Ekolojik parametreler incelendiğinde düşük sıcaklıkta yüksek bor uygulamasının ilginç bir şekilde bitki büyümesini teşvik ettiği, antioksidan enzim aktiviteleri ve mRNA ekspresyon seviyeleri incelendiğinde ise bitkinin düşük sıcaklığı tolere etmesinde oldukça etkili olduğu ortaya konmuştur.
İmatinib dirençli K562R hücre hattında kemoterapötik ajanların oluşturduğu reaktif oksijen türlerinin sığla yağı ile ortadan kaldırılması
Sweetgum Oil (SO), Liquidambar orientalis'in yaralı gövdesinden elde edilen "Sığla Yağı" adıyla yerel olarak isimlendirilen reçineli bir eksüdattır. SO'nun antibakteriyel, antioksidan, antiseptik ve antienflamatuar özellikleri birçok çalışmada bildirilmiştir. Bu çalışmada dirençli K562R ve duyarlı K562S kronik myeloid lösemi hücre hatlarında ROS oluşumu üzerine farklılıkların belirlenmesi ve ROS'un otofaji üzerindeki etkilerinin gözlenmesi amacıyla sitotoksik dozda Tirozin Kinaz İnhibitörleri (TKİ) ile sığla yağı kombinasyonu hücre hatlarına uygulanmıştır. K562R ve K562S hücre hatlarında sitotoksisite, ROS oluşumu, DNA hasarı, otofaji ve otofaji ile ilişkili proteinlerden otofagozom oluşumunda rol oynayan LC3α/β proteini ile ROS oluşumuna bağlı olarak inaktif hale gelen Atg4A proteininin ekspresyon seviyelerine etkileri incelenmiştir. Sitotoksisite çalışmalarında sığla yağının K562R hücrelerinde IC50 değeri 250 μg/ml, K562S hücrelerinde IC50 değeri 150 μg/ml olarak belirlenmiştir. H2DCFDA boyama ile sığla yağı kullanımında oluşan ROS'un K562R hücrelerinde ponatinibe kıyasla %28,8 oranında, K562S hücrelerinde ise imatinibe göre %23,8 oranında daha az olduğu görülmüştür. Kombine uygulamalarında ise sığla yağının tekli uygulamalarına göre ROS'un K562R hücrelerinde %67,56 oranında, K562S hücrelerinde ise %60,9 oranında azaldığı görülmüştür. K562R hücrelerinde, K562S hücrelerine göre %21,9 daha fazla ROS gözlenmiştir. Oluşan ROS'a bağlı olarak tirozin kinaz inhibitörleri ile tedavi edilen hücrelerde sığla yağı ile tedavi edilen hücrelere göre daha fazla DNA hasarı meydana gelmiştir. K562R hücrelerinde sığla yağının otofaji aktivasyonunda azalmaya neden olduğu K562S hücrelerinde ise otofaji aktivasyonunda artış sağladığı floresan mikroskop ile gözlenmiştir. Western blot deneyinde sığla yağı uygulanmış hücrelerde Atg4A ekspresyonunun daha fazla olduğu ve ROS'un fazla olduğu diğer gruplarda ise Atg4A ekspresyonunun azaldığı görülmüştür. LC3-I ekspresyonu ise sığla yağı uygulandığında K562R hücrelerinde azalmış, K562S hücrelerinde ise artış göstermiştir.
Escherichia coli W3110'un porin protein mutantlarında biyofilm ile ilgili genlerin ifadelerinin araştırılması
Biyofilm oluşumu, birçok farklı mekanizmanın ve düzenleyici genlerin dahil olduğu oldukça kapsamlı ve çok hücreli bir oluşumdur. Bu oluşum, besin varlığı, sıcaklık, nem ve pH gibi birçok faktörün varlığından etkilenmektedir. Bu çalışmamızda, Escherichia coli'nin sahip olduğu dış zar proteinlerinden ompA, ompC ve lamB porin mutantlarında, biyofilm oluşumunda rol alan genlerin ifade düzeylerindeki değişim araştırılmıştır. Çalışmamızda kullandığımız yabani tip E. coli W3110 suşu ve bu suşun phoE mutantı, denediğimiz hiçbir koşulda biyofilm oluşturmamakla birlikte, bu suşun ompA ve ompC mutantları pH 6, 7 ve 8'de, lamB mutantı ise sadece pH 7'de biyofilm oluşturmuştur. Mutantlardaki biyofilm mekanizmasının aydınlatılması için pH 6, 7 ve 8'de büyütülen yabani tip E. coli W3110 ve porin mutantlarının, biyofilmle ilişkili olan genlerinin (csgD, csrA, rcsB, pgaC, qseB, qseC, sdiA) ekspresyon seviyelerindeki değişimler incelenmiştir. Buna göre, çalışılan her pH değerinde ompA ve ompC mutantlarında, csrA ve rcsB genlerinin azalış gösterdiği, csgD, pgaC ve sdiA genlerinin ise, yabani tipe göre artış gösterdiği belirlenmiştir. Aynı zamanda, ompA ve ompC mutantlarında, flagellar genlerin düzenleyicisi qseB ve qseC'nin pH 6 hariç, diğer pH'larda azalış gösterdiği tespit edilmiştir. qseB geni pH 6'da her iki mutantta da bir miktar artış gösterirken, qseC geni, ompA mutantında artış gösterip, ompC mutantında azalış göstermiştir. Fazla ekspresyonu biyofilm oluşumunu olumsuz etkileyebilen qseB ve qseC genlerinin, pH 6'da biraz artış göstermesi, ompA ve ompC porin mutantlarında biyofilm oluşumunun pH 7 ve 8'e göre biraz azalmasına sebebiyet vermiştir. pH 7'de diğer mutantlarla benzer gen ekspresyonları veren lamB mutantında, qseBC genlerinin pH 6'da aşırı eksprese olduğu ve pH 8'de ise csgD geninin düşük eksprese olduğu tespit edilmiştir. Bu durumların lamB mutantında biyofilm oluşumunu inhibe ettiği belirlenmiştir. Elde edilen ekspresyon verilerinin ışığında, mutantları biyofilm oluşumuna götüren mekanizmalar hakkında görüşler ortaya koyulmuştur. Bu görüşlere göre, ompA, ompC ve lamB mutantlarının biyofilm oluşturmasında biyofilm ile ilişkili genlerin ekspresyonlarının biyofilm oluşturmaya uygun şekilde artış ve azalış gösterdiği belirlenmiştir. Ancak bu verilerden biyofilm oluşumunu porinlerin mutant olmasının nasıl indüklediği hususunda henüz bir bilgi elde edinilememiştir.
Kurşun ve bakır uygulamasının Cucurbita moschata Duch.'nın bazı ekofizyolojik parametreleri ve antioksidan savunma sistemi üzerine etkileri
Jeolojik etmenler, antropojenik faaliyetler, madencilik ve tarımsal uygulamalar tüm dünyada önemli bir ekolojik bir sorun haline gelen ağır metal kirliliğine sebep olmaktadır. Sesil doğaları gereği bu abiyotik stresten en fazla bitkiler etkilenmektedir. Ağır metal stresine maruz kalan bitkilerin ürünlerinde kalite kaybı ve verimliliklerinde azalma görülmektedir. Bu nedenle bitkiler, ağır metallerle kontamine olmuş topraklarda yaşayabilmek için ekolojik, fizyolojik ve moleküler düzeyde çeşitli mekanizmalar geliştirmişlerdir. Bu çalışmada, iki farklı konsantrasyonda kurşun (25 mM ve 50 mM) ve bakır (50 mM ve 100 mM) uygulamalarının bal kabağı bitkisi üzerindeki etkileri araştırılmıştır. Kurşun ve bakıra maruz bırakılan bal kabağı örneklerinde kök ve gövde uzunluğu, kök ve gövde yaş-kuru ağırlığı, kök ve gövde biyokütlesi, kurşun ve bakır tolerans indeksi, klorofil a, b ve toplam klorofil miktarı, lipid peroksidasyonu, toplam protein miktarı, SOD, CAT, APX enzim aktiviteleri ve bu enzimlerin gen ekspresyon seviyelerindeki değişimler belirlenmiştir. Sonuç olarak, kurşun ve bakır stresinin bal kabağında gövdeye ait ekolojik parametreleri olumlu, köke ait ekolojik parametreleri ise negatif şekilde etkilediği belirlenmiştir. Her iki metal uygulamasının da klorofil a, b ve toplam klorofil miktarlarını artırdığı ancak sadece yüksek konsantrasyonlarda metal uygulamalarının (50 mM Pb ve 100 mM Cu) MDA içeriğini artırdığı tespit edilmiştir. Kurşun ve bakır uygulanan tüm deney gruplarında SOD ve CAT enzimlerinin aktivitelerinin ve gen ifadelerinin artış gösterdiği, APX aktivitesinin ve gen ifadesinin ise 50 mM Pb ve 100 mM Cu konsantrasyonlarında arttığı tespit edilmiştir. Elde edilen ekolojik, fizyolojik ve moleküler parametreler incelendiğinde bal kabağı bitkisinin yüksek bir antioksidan savunma gücüne sahip olduğu, uygulanan kurşun ve bakır konsantrasyonlarına ise oldukça yüksek bir tolerans gösterdiği ortaya konmuştur.
Tuz stresine maruz bırakılan Helianthus annuus L. ve Brassica napus L.'ta sükroz uygulamasının antioksidan savunma sistemi, prolin içerikleri ve büyüme parametreleri üzerine etkisi
Tuz stresi, bitkilerin büyümesini ve mahsul verimliliğini sınırlayarak dünya çapında her geçen gün artan bir tehdit haline gelmektedir. Küresel bir sorun olan tuzluluk, bitkilerin ozmotik ve iyonik dengelerini bozarak nihayetinde bitkinin ölümüyle sonuçlanabilen ozmotik stres, iyonik stres ve besin dengesizliklerine yol açmaktadır. Bitkiler, tuzun zararlı etkileriyle başa çıkmak için tuza tolerans düzeylerini artırabilen ekolojik, fizyolojik ve moleküler mekanizmalarını harekete geçirmektedir. Bitkilerin tuzluluğa toleranslarının artırılması amacıyla uygulanan sükroz, trehaloz, glisin betain, prolin gibi çeşitli ozmoprotektanların ekzojen takviyeleri de, bitkilerde tuz stresinden kaynaklanan olumsuz etkilerin iyileştirilmesinde son derece etkili rol oynamaktadır. Bu çalışmada, iki farklı konsantrasyonda tuz uygulamasının (75 ve 150 mM NaCl) ve bu konsantrasyonlarla birlikte uygulanan ekzojen sükrozun (75 mM NaCl+Sükroz ve 150 mM NaCl+Sükroz) ayçiçeği ve kanola bitkileri üzerindeki etkileri incelenmiştir. Tuz ve ekzojen sükroz uygulanan ayçiçeği ve kanola bitkilerinin kök ve gövde uzunlukları, kök ve gövde yaş-kuru ağırlıkları, kök ve gövde biyokütleleri, tolerans indeksleri, klorofil miktarları, lipid peroksidasyonları, prolin içerikleri, toplam protein miktarları, SOD, CAT, APX enzim aktiviteleri ve antioksidanların gen ekspresyon seviyesindeki değişimleri belirlenmiştir. Sonuç olarak, tuz stresinin her iki bitki türünde de büyüme parametrelerini olumsuz etkilediği, klorofil miktarlarını azalttığı, MDA, prolin ve toplam protein miktarlarını ise artan tuz konsantrasyonuna bağlı olarak artırdığı belirlenmiştir. Tuz uygulanan ayçiçeği ve kanola örneklerinde kontrole göre SOD aktivitesinin arttığı, CAT aktivitesinin azaldığı, APX aktivitesinin ise önemli bir değişime uğramadığı tespit edilmiştir. Antioksidanlara ait P5CS, SOD-Mn ve APX gen ifadelerinin arttığı, CAT gen ifadesinin ise anlamlı düzeyde değişmediği kaydedilmiştir. Ayçiçeği ve kanola bitkilerine uygulanan ekzojen sükroz takviyesinin ise, tuz stresine maruz kalan örneklerin ekolojik parametrelerini iyileştirdiği, klorofil miktarlarını artırdığı, MDA, prolin ve toplam protein miktarlarını ise azalttığı tespit edilmiştir. Ekzojen sükroz uygulamasının, sadece tuz uygulanan örneklere kıyasla bitkilerin SOD aktivitesini azaltırken, CAT ve APX aktivitelerini artırdığı gözlenmiştir. Tuz stresi altında sükrozun, ayçiçeğinde antioksidanlara ait gen ifadelerini farklı şekilde etkilerken, kanolada antioksidanların mRNA ekspresyon seviyelerini artırdığı saptanmıştır. Bitkilerin tuzluluğa gösterdikleri toleranslar çok farklı olmasa da ayçiçeğinde büyümeye bağlı tuz toleransının nispeten kanoladan daha fazla olduğu gözlenmiştir. Ekzojen sükrozun da tuz toleransını ayçiçeğinde kanolaya göre daha fazla artırdığı ortaya konmuştur. Ekofizyolojik ve moleküler düzeyde elde edilen sonuçlar doğrultusunda, ekzojen sükrozun hem ayçiçeği hem de kanolada tuz stresinin olumsuz etkilerini hafifleterek iyileştirici bir etki oluşturduğu tespit edilmiştir.
Dna konformasyonel değişikliklerin rodentlerde yaşam uzunluğu ve kanser direnci üzerine etkilerinin incelenmesi
Günümüzde güncel araştırmalar, DNA genetik kodunun ötesine geçerek kanser, kalıtsal hastalıklar, yaşlanma süreci ve gen ekspresyonunu önemli ölçüde etkileyen yapısal varyasyonlara odaklanmaktadır. DNA'nın B formundan A veya Z formuna geçişi gibi konformasyonel değişiklikler, molekülün esnekliği, stabilitesi ve hasara karşı direnci üzerinde belirleyici rol oynar. Şeker halkası büzülmeleri ve DNA metilasyonu gibi moleküler faktörler bu yapısal dönüşümlerde etkili olmaktadır. Bu çalışma, iki farklı kemirgen türünde DNA konformasyonel değişiklikleri ile yaşam süresi ve kanser direnci arasındaki olası ilişkileri inceleyen ilk çalışmadır. Uzun ömürlü ve doğal kanser direnci yüksek Nannospalax xanthodon ile nispeten daha kısa ömürlü ve kanser duyarlılığı daha fazla olan Rattus rattus'a ait karaciğer DNA örnekleri, kızılötesi spektroskopisi ve temel bileşen analizi (PCA) ile değerlendirilmiştir. Analizler, N. xanthodon'da DNA'nın A formundan B ve Z formlarına geçişlerin daha yaygın olduğunu, her iki türde de baskın formun B formu olduğunu göstermiştir. N-tipi (C3-endo) şeker büzülmeleri N. xanthodon'da belirgin şekilde fazla iken, B tipi DNA'ya özgü S-tipi büzülmeler bu türde daha düşük düzeylerde saptanmıştır. Ayrıca, nükleobaz metilasyonuna bağlı yapısal modifikasyonlardaki türler arası varyasyonlar nicel olarak ortaya konmuştur. Elde edilen bulgular, N. xanthodon'un uzun ömürlülüğü ve kanser direnci ile sahip olduğu DNA yapısal özellikleri arasında anlamlı bir ilişki olabileceğini desteklemekte; farklı DNA konformasyonları ile omurga ve baz-şeker bileşenlerinin, yaşlanma ve kanser gelişimini baskılama süreçlerinde önemli roller oynayabileceğine dair yeni ipuçları sunmaktadır.
Adli tıpta kullanılan moleküler genetik yöntemler ve uygulamaları
Adli Tıpta ebeveyn tayini, kimlik tespiti, cinayet ve tecavüz vakalarında suçluların tespiti gibi çalışmalarda ve daha birçok alanda DNA temeline dayalı pek çok moleküler genetik yöntem ve yeni teknolojiler kullanılmaktadır. Bu çalışmanın amacı yaygın olarak kullanılan moleküler yöntemlerin adli kullanımlarını değerlendirmektir. Türkiye'nin çeşitli bölgelerinden İstanbul Adli Tıp Kurumu Başkanlığı Biyoloji İhtisas Dairesi'ne gelen adli örneklerden manuel ve M48 biorobot izolasyon protokollerine uygun olarak DNA izolasyonu yapıldı. Ancak değerlendirmeler otomatik izolasyon sonuçlarına göre yapılmıştır. Elde edilen DNA izolatları, Qigen marka izolasyon kit'i kullanılarak touch down PCR protokolü'ne göre çoğaltılmıştır. Tipleme ABI Prism 3130x cihazında kapiller elektroforez yöntemi ile yapılmıştır. Değerlendirme adli vakalarda talep edilen analize bağlı olarak RFLP ( Restriction Fragment Lentht Polymorphism), PCR(Polymerase Chain Reaction ), VNTR ( Variable Number Tandem of Repeat Polymorphism), ASO ( Allel Specific Oligonücleotid Reverse Dot Blot Analysis ), STR (Short Tandem Repeat Polymorphism), X-STR, Y-STR yöntemleri baz alınarak yapılmıştır. Bu çalışmada intikal eden vakaların büyük çoğunluğunda olay yeri materyali ile şüpheliye ait örneklerden elde edilen kapiller elektroforez görüntülerinin birebir örtüştüğü bulunmuştur. Adli Tıp'ta identifikasyon uygulamalarında PCR, STR, X-STR, Y-STR yöntemlerinin diğer yöntemlere göre daha çok kullanıldığı sonucuna varılmıştır.Anahtar Kelimeler: Moleküler Genetik Yöntemler, PCR, RFLP, VNTR, ASO, STR,X-STR, Y-STR,
Ağrı yöresel beyaz peynirlerden laktik asit bakterilerinin izolasyon ve karakterizasyonu
Laktik asit bakterileri genelde besin değeri yüksek olan et, sebze ve süt ürünlerinde bulunan ve çevrelerin mevcut karbohidratları kullanarak fermente ürünlerin oluşmasını sağlayan önemli mikroorganizmalardır. Bu mikroorganizmalar laktik, asetik ve sitrik asit gibi özel bileşikler üreterek hem fermente ürünleri korur hem de daha sağlıklı ve uzun ömürlü olmasını sağlar. Bu bilgiler ışığında, bu çalışmada Ağrı İli'ni temsil eden 7 farklı bölgeden toplanan 14 yerel beyaz peynir örneğinden 55 bakteri izolatı elde edilmiştir. Bu izolatların tanımlanması için morfolojik, fizyolojik ve biyokimyasal testlerin yanı sıra, safra tuzu toleransı, antibiyotik duyarlılık ve antagonistik aktivite parametreleri de yapılmıştır. Moleküler testler kapsamında 55 izolatın DNA izolasyonu, 16S rDNA gen bölgesinin amplifikasyonu ve 16S rDNA gen bölgesinin dizi analizi yapılmıştır. 16S rDNA gen bölgesinin dizi analizine göre beş farklı cinse (Streptococcus, Enterococcus, Lactococcus, Leuconostoc ve Lactobacillus) ait izolatlar LAB olarak tanımlandı. Ayrıca peynir yapım süreçlerinden geçebilecek on farklı bakteri cinsi de (Staphylococcus, Microbacterium, Phyllobacterium, Micrococcus, Hafnia, Shigella, Serratia, Leifsonia, Stenotrophomonas ve Paenibacillus) belirlenmiştir.
Yeni sentezlenmiş aril (3-metil-benzofuran-2-il) keton türevlerinin ve vulpinik asitin sitotoksik ve apoptotik etkisinin normal ve kanserli hücrelerde ın vıtro araştırılması
Benzofuranlar pek çok doğal bileşende yaygın olarak bulunduğu için ilgi toplamış bileşiklerdendir. Vulpinik asit biyolojik etkisi olduğu bilinen liken metabolitlerindendir. Bu tezde yeni sentezlenmiş üç aril (3-metil-benzofuran-2-il) keton türevlerinin HepG2 ve F2408 hücreleri üzerine sitotoksik, apoptotik ve bazı mikroorganizmalar üzerinde antimikrobiyal etkisi araştırıldı. Sonuçta hücre canlılığını azaltıcı, mikroorganizmal büyümeyi inhibe edici etki gözlenmedi. Vulpinik asitin aynı hücre hatları üzerine sitotoksik, apoptotik ve apoptoz yolağı ile ilgili 84 genin anlatımına olan etkisi araştırıldı. Sonuçta vulpinik asitin her iki hücre hattı üzerinde zamana ve doza bağlı toksik etki gösterdiği bulundu. Hücrelerin 48 saat 200 µM vulpinik asitle muamelesinin AO/EB ikili boyamasıyla belirlenen apoptotik hücre oranını anlamlı düzeyde artırdığı gözlendi. Ayrıca vulpinik asitin HepG2?lerde TP53, TNFRSF21, TRAF4, RIPK2, BIRC2, TNFRSF10B genleri anlatımını kontrol grubuna göre 2 ile 4 kat artırdığı BAK1 geni anlatımını ise yarıdan daha az seviyeye düşürdüğü bulundu. Bu bulgular vulpinik asitin TP53 geni anlatımını artırarak hücrelerde apoptoza neden olduğunu düşündürmektedir.
Tek veya ikili patojen ilişkili moleküler kalıplarla yüklü lipozomal aşıların in vivo uygulamaları
Nucleic acid-based pattern recognition receptor (PRR) agonists are promising adjuvants and immunotherapeutic agents. Combination of PRR ligands potentiates immune response by providing synergistic immune activity via triggering different signaling pathways and may impact antigen dependent T-cell immune memory. However, the duration of short circulation due to nuclease attacks is hampering their clinical performance. Liposomes enable protein and nucleic acid based compounds to have high encapsulation efficiency. Herein, we aimed to develop liposomal carrier systems that co-encapsulating single TLR9 or combinations with TLR3 or STING ligands and assess their potential as adjuvants and immunostimulatory agents in in vivo applications. Liposomal dual nucleic acid formulations induced synergistic innate immune activation, enhanced cytokine production along with internalization capacity of ligands. In anti-cancer vaccine study, CpG ODN and poly(I:C) co-encapsulation significantly increased OVA-specific Th1-biased immune even after eight months post-booster injection. Challenge with OVA-expressing tumor cell line, E.G7, demonstrated that mice immunized with liposomes co-encapsulating CpG ODN and poly(I:C) had significantly slower tumor progression dependent on OVA-specific cytotoxic memory T-cells. In our second in vivo application, liposomal CDN and TLR9 therapy led to 80% remission of established melanoma tumor. Increased IgG2c/IgG1 ratio in mice treated with liposomal formulations indicating the development of antigen specific Th1-biased immunity was observed. Furthermore, along with the treatment, IFN-γ producing CD8+ T-cells significantly increased and M2-type macrophages decreased at the tumor bed. In conclusion, co-encapsulating dual ligands into liposomes enhanced the anti-tumor activity of single ligands. In the third part, immunization with CpG ODN loaded liposomal formulations together with antigens increased antigen-specific humoral response against FMDV and Helicobacter. In addition, the liposomal CpG ODN reduced bacterial gastric colonization by antigen-dependent Th1 and Th17 immune responses after helicobacter challenging.
ROBO2?ye bağlı hücresel fenotipe özel odakla SLIT-ROBO yolağı üyelerinin hepatoselüler karsinom tanı ve takibinde araç olarak analizi
Hepatocellular carcinoma is the sixth most common cancer in the world, with an annual incidence exceeding half a million. It is associated mainly with hepatitis B and C viral infections; and is the main cause of death among cirrhotic patients. Aflatoxin B1 exposure, chronic alcohol consumption and virtually all cirrhosis-inducing conditions are of the other etiologies. For early diagnosis of HCC, surveillance of the risk groups is a crucial task requiring the development of novel markers for HCC with stronger sensitivity and specificity. In addition, description of biomarkers specific to hepatocellular carcinoma subtypes could identify novel targets for therapy. In this study, we analyzed members of the SLIT-ROBO gene families as novel diagnostic and prognostic markers in hepatocellular carcinoma. Wedefined an expression signature for members of the SLIT-ROBO gene families in HCC cell lines and tissues by real-time quantitative RT-PCR analysis. We showed that ROBO1 was overexpressed as stage and differentiation of the HCC proceeds. Furthermore, ROBO4 downregulation and SLIT2 overexpression marked late stage and poorly differentiated HCCs. Our results suggest that the expression of ROBO1 and ROBO4 can be used in early diagnosis of HCC. As another focus, we stably knockdowned ROBO2 expression in a model AFP positive cell line Huh7 and characterized the associated cellular phenotype. ROBO2 downregulation caused a significant decrease in proliferation rate whereas in wound-healingassay no significant difference in migration rate was observed. In addition, we performed a microarray experiment and found the differentially expressed genes between stable ROBO2 knockdown and negative clones. In this analysis, we found an overexpression of CK19, CD44, ABCG2/ BCRP1 hepatic progenitor cell markers and CD133 that is also a putative cancer stem cell marker of HCC, in stable ROBO2 knockdown clones. In addition KLF4 expression was augmented in these ROBO2 knockdown clones. We propose a genetic association between SLIT-ROBO pathway and CD133 at transcriptional level.
Wnt/β-katenin sinyal yolağının zebrabalığı modeli kullanılarak beyin rejenerasyonundaki rolünün araştırılması
Regeneration ability is highly limited in the mammalian central nervous system. On the contrary, one of the teleost models zebrafish has enormous brain regeneration capacity among vertebrates. Taking the brain regeneration ability of adult zebrafish as an advantage, elucidation of molecular mechanisms of brain regeneration has a pivotal role for regenerative medicine research. Wnt signaling is one of the tightly regulated signaling pathways that involve in organ regeneration and tissue homeostasis. Dysregulation and certain mutation in both components and downstream targets of Wnt signaling lead to improper tissue regeneration and cancer. Identification of novel Wnt modulators paves the way for the treatment of various Wnt signaling dependent diseases. In the scope of this thesis, traumatic brain injury model was performed in the adult zebrafish telencephalon. Reporter activity was measured by q-PCR in both injured and uninjured hemispheres of the telencephalon in Wnt reporter line at two separate stages; early-stage and proliferative stage. In addition, localization of Wnt signaling was detected in the regions of telencephalon by immunohistochemistry staining. RNA Sequencing was also performed to identify Wnt modulators which involve in brain regeneration. In conclusion, novel Wnt modulators and their potential interactors have been identified at two crucial stages of brain regeneration.
Tam reseptör tirozin kinaz ailesinin farklı ligandlara karşı seçiciliği
TAM (Tyro3, Axl, Mer) proteins belong to the receptor tyrosine kinase family. One of the prominent TAM activation pathways involves the interaction of TAM's extracellular Ig domains with a ligand. The most commonly studied TAM ligands are two paralogous Vitamin K-dependent proteins, i.e. Gas6 and Pros1. Although Gas6 and Pros1 sequences are significantly similar, Gas6 can bind to all TAM receptors (with the highest affinity towards Axl) while Pros1 can interact only with Tyro3 and Mer (with little or no affinity towards Axl). Expanding on this knowledge, in this thesis, we aim at characterizing the molecular grounds of Axl's ligand selectivity through a structure-based approach. For this, we modeled the complex structures of all possible TAM-ligand interactions, by using the available Axl-Gas6 complex structure as a template. This process was followed by refinement of each complex with HADDOCK. Strikingly, HADDOCK score of each complex, obtained at the end of each refinement session, correlated very well with the observed experimental binding affinities. In order to have a deeper understanding of Axl-ligand selectivity, we later focused on two extremities: the best binder, i.e. Axl-Gas6 and the worst one, i.e. Axl-Pros1. To that end, we run four parallel 200 ns molecular dynamics simulations yielding 800 ns ensembles of Axl-Gas6 and Axl-Pros1. Detailed interaction analyses of these pairs highlighted that electrostatic interactions are dominating Axl's partner selection, which disappear in the case of Axl-Pros1. By combining these results with the conservation and comparative analysis, we identified three specificity determining positions directing Axl's ligand selectivity, i.e. ARG 48Axl, GLU 70Axl and GLU 83Axl.
Bolu'da tüketime sunulan balık ve kıymalarda hareketli Aeromonas türlerinin varlığının ve bazı patojenite kriterlerinin belirlenmesi
Motile Aeromonas species, A. hydrophila, A. caviae and A. veronii biovar sobria were found among the bacteria causing foodborne gastroenteritis. They are recognized as potential foodborne pathogens because of their wide spread in the environment. They have been frequently isolated from foods such as seafood and food of animal origin. In the present study, the presence and incidence of motile Aeromonas species were investigated in fish and ground beef. Motile Aeromonas spp. were isolated from 49 (44.1 %) of the 111 samples tested. Other Aeromonas spp. were also isolated from 89 (80.1 %) out of the 111 samples. In general, among motile Aeromonas spp., A. caviae was detected in 31 (27.9%) of the samples, followed by A. hydrophila in 9 (8.1%) and A. veronii biovar sobria in 9 (8.1%). In this research, the 138 isolated Aeromonas spp. were examined for extracellular enzyme activities, virulence characteristics and antimicrobial resistance. Lecithinase, protease on calcium caseinate and skim milk agar, lipase, DNase, hemolysin, siderophore and slime activity were found in 85.8%, 96%, 75.5%, 100%, 96%, 53.1%, 30.6%, and 93.9% of motile Aeromonas isolates, respectively. The activities of lecithinase, protease on calcium caseinate and skim milk agar, lipase, DNase, hemolysin, and siderophore and slime production were common among other Aeromonas spp. Besides all motile Aeromonas isolates showed 100% of resistance to ampicillin. In addition, the highest resistances encountered were 91.8% to vancomycin. In contrast, more than 90% of the isolates were susceptible to ceftriaxone, cefotaxime, piperacillin/tazobactam, piperacillin, imipenem, chloramphenicol, enrofloxacin, amikacin, gentamicin, polymyxin B, and ciprofloxacin. In general, all 138 Aeromonas isolates showed high levels of the resistance to ampicillin (94.9%) and vancomycin (88.4%). Multi-drug resistance pattern was shown in 63% of the 138 Aeromonas isolates to at least three or more antimicrobial agents. In this study, Aeromonas spp., exhibiting the extracellular enzymes and virulence factors which play role in the pathogenicity and antimicrobial resistance, were isolated mainly from fish and ground beef. The presence of Aeromonas spp. from these sources may be a health threat for consumers.
Nükleik asit temelli yanal akış testi (LFT) ile COVID-19 teşhisi
The new coronavirus, official name was determined by the WHO as SARS-CoV-2, is thought to have first appeared in the seafood market in Wuhan, China, in late December 2019. The virus is highly contagious and fatal, especially older age groups. Many studies continue to be developed for viral diagnosis. The most common and reliable one is the RT PCR recommended by WHO, and it is especially aimed at the N gene regions. This region has been important in molecular diagnosis as it is the most conserved and specific region. However, rapid tests have an important place in relieving laboratory and controlling antibody development. Among rapid tests, LFTs are the most common and practical. In long time, there will always be the possibility of viral contamination and the need for practical diagnostic tests will continue. For this purpose, our study aimed to identify the N gene regions specific to SARS-CoV-2 with a LFT platform. The LFT platform is designed on the basis of hybridization with sandwich model based on Gold nanoparticles (AuNP). The designed LFT platform was designed specifically for the conserved regions of the N gene. AuNP was conjugated with DNA oligonucleotides complementary to N gene. Sequences that will hybridize to this conjugation product were drawn on the nitrocellulose membrane as test lines. The sample containing the target sequence hybridizes with the sequences in the test lines based on the capillary flow principle when applied to the sample pad. A red color formation from AuNP can be seen with the naked eye. According to the research findings, the designed LFT specifically recognized the SARS-CoV-2 N gene regions and it was revealed that it could be an alternative to molecular diagnosis.
Soğuk stresi ve diyete bağlı olarak bazı sıçan dokularında vasküler endotelial büyüme faktörü ve endostatin düzeylerinin araştırılması
Çağımızın hastalığı olan obezite, vücutta fazla miktarda yağ dokusu olması ile ortaya çıkan bir durumdur. Obezite sadece basitçe kilo artışı ile ilgili endişeli bir durum değildir. Kalp hastalığı, diyabet, yüksek tansiyon ve bazı kanserler gibi diğer hastalık ve sağlık sorunları riskini artıran tıbbi bir sorundur. Bu tezde soğuk stresi, yüksek yağlı diyet ve propolisin vasküler endotelyal büyüme faktörü (VEGF) ve endostatin düzeylerine etkisi araştırıldı. Yapılan çalışmada İnönü Üniversitesi Deney Hayvanları Üretim ve Araştırma Merkezi'nde üretilen 3 aylık 36 adet Wistar dişi sıçan kullanıldı. Çalışmada her grupta altı sıçan olmak üzere altı gruba ayrıldı. Propolis uygulaması, suda çözünmüş propolis iki hafta boyunca her gün 2 mL gavaj yoluyla sıçanlara verildi. Sıçan ağırlıklarında %20 artış olduğunda ötenazi yapılarak kalp, karaciğer, akciğer, kahverengi ve beyaz yağ dokuları alındı. Dokular homojenize edildikten sonra enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) yöntemiyle endostatin ve vasküler endotelyal büyüme faktörü (VEGF) seviyeleri ölçüldü. Çalışmada kahverengi yağ dokusunda VEGF düzeyi artarken endostatin düzeyleri azalmıştır. Kalp ve beyaz yağ dokusunda endostatin düzeylerinde artarken akciğer ve karaciğer dokusunda azalma saptanmıştır. VEGF düzeyleri ise kalp dokusu hariç diğer dokularda artış gösterdiği bulunmuştur.
Kalp ilacı olan verapamil'in insan flora bakteriler üzerine etkisi, DNA ile etkileşiminin in vitro ve in siliko analizi
Sentetik bir papaverin türevi olan Verapamil, ülkemizdeki yüksek tansiyon ve kalp hastalıklarının tedavisinde milyonlarca hasta tarafından yaygın olarak kullanılmaktadır. Kalsiyum kanal blokörü olan antihipertansif ilaçlar kimyasal olarak heterojenite gösterdiklerinden son yıllarda yan etkileri bakımından üzerinde en çok tartışılan ilaç grubu olmuştur. Verapamil-DNA etkileşimini analiz etmek için Verapamil ile süpersarmal plazmid DNA muamele edilmiş ve agaroz jel elektroforezinde analizi yapılmıştır. Bu deney askorbik asit, hidrojen peroksit, demir, demir artı hidrojen peroksit, bakır, bakır artı askorbik asit varlığında tekrarlandı. Verapamil-DNA etkileşimleri UV-Vis spektrofotometre yöntemi ve in siliko analizi yapılarak incelenmiştir. Verapamil'in bazı insan bağırsak flora bakterileri üzerindeki etkisine Broth seyreltme metodu ve agar disk difüzyon metodu kullanılarak bakılmıştır. Agaroz jel elektroforez sonuçlarına göre Verapamil, süpersarmal plasmid DNA üzerinde doğrudan herhangi bir hasara neden olmadı ve demir ve bakır kaynaklı DNA hasarlarına karşı da hiçbir koruma etkisi göstermedi. UV-Vis spektrofotometre analizinde Verapamil, DNA ile herhangi bir etkileşim göstermedi. Buna karşın, in siliko analizi ilacın 6 hidrojen bağı, hidrofobik etkileşimleri ve -7,3 bağlanma enerji değeri ile çift sarmal DNA'nın ÖZET (devam ediyor) minör oluğuna bağlandığını gösterdi. Enterococcus faecalis'in (gram pozitif suşu) ve Escherichia coli'nin (gram negatif suşu) büyümesini 9, 18 ve 25 mM ilaç derişimleri % 90'a kadar inhibe etmiştir. 9 mM olan ilaç derişimi iki bakteri suşu için hem MİK hem de MBC değeri olarak belirlenmiştir.
Flukonazol ilacının flora bakteriler üzerine etkisinin araştırılması, DNA'ya bağlanmasının in vitro ve in siliko metot ile analizi
Flukonazol, antifungal bir ilaç olarak dünya çapında özellikle ülkemizde yaygın olarak kullanılmaktadır. İlacın toksik etkileri hakkında bazı çalışmalar olmasına rağmen, çalışmamıza göre Flu-DNA etkileşimleri ve antibakteriyel etkisi ile ilgili bir çalışma bulunmamaktadır. Bu çalışmada, Flukonazol'un oksidatif ve antioksidatif etkileri, Flukonazol-DNA etkileşimi; UV-Vis spektrofotometresi, agaroz jel elektroforezi ve in-siliko metodu kullanılarak incelenmiştir. Ek olarak, ilacın bazı insan flora bakteri suşları üzerindeki etkisi disk difüzyon ve sıvı besiyerinde seyreltme yöntemleri ile incelenmiştir. İlaç, süpersarmal plazmid DNA üzerinde hidroksil radikallerinin kırma etkisine karşı bir miktar koruyucu etki gösterirken; demir, bakır, askorbik asit ve bakır artı askorbik asit varlığında DNA üzerinde herhangi bir etki göstermedi. Flukonazol-DNA etkileşiminin UV Titrasyon metodu ile analizinde, absorbanstaki artış, ilacın DNA ile bazı etkileşimlere sahip olduğunu göstermiştir. Bu yöntemde ilacın DNA ile bağlanma sabiti 179 M-1 olarak elde edildi. In-siliko analizi, -3.09 bağlanma enerjisi ile 3 hidrojen bağı ve hidrofobik bağlar yaparak ilacın süpersarmal DNA'nın minör oluğuna tutunduğunu göstererek UV Titrasyon yönteminin sonucunu doğruladı. İlacın 24 mM konsantrasyonu, Enterococcus faecalis, Proteus mirabilis, Enterobacter cloacae ve Escherichia coli suşlarının büyümesini sırasıyla %35, %22, %20 ve %20 olarak inhibe etti.
Deksametazon ilacının antibakteriyel etkilerinin araştırılması, DNA'ya bağlanmasının in vitro ve in siliko analizi
Anti-inflamatuar etki gösteren bir ilaç olan deksametazon (Dex) dünya çapında yaygın olarak kullanılmaktadır. Bu nedenle bu çalışmada ilacın DNA ve bazı flora bakteriyel suşları üzerindeki etkisi araştırıldı. Dex'in DNA kırılmalarına etkisi, süpersarmal plazmid DNA'sının Dex ile muamele edilmesi ve ardından agaroz jel elektroforezi ile analiz edildi. Analiz demir, hidrojen peroksit, askorbik asit, demir artı hidrojen peroksit, bakır ve bakır artı askorbik asit varlığında tekrar edilmiştir. Ek olarak, ilaç-DNA etkileşimleri UV-Vis spektrofotometresi ve in siliko yöntemleri kullanılarak çalışılmıştır. İlacın bazı flora bakteri suşları üzerindeki etkisi, disk difüzyonu ve sıvı besiyeri seyreltme yöntemleri ile araştırılmıştır. Bu in vitro çalışmada, ilaç, süpersarmal DNA'yı insan plazmasında bulunanlardan daha yüksek konsantrasyonlarda (1700, 170, 17, 1,7 ve 0,42 µM) bile kırmamıştır. Dex'in DNA üzerindeki etkisi, Asc, H2O2, demir ve bakır varlığında değişmedi. İlacın DNA ile bağlanma sabiti, 7256 1/M olarak elde edildi. İn siliko analizi, ilacın, -5.84'lük bir bağlanma enerjisi ile çift sarmal DNA'nın minör oluğuna bağlandığını, 3 hidrojen bağı ve hidrofobik bağlar yaptığını gösterdi. İlacın 2264 µM'si, E. cloacae, E. coli, E. faecalis ve P. mirabilis koloni oluşturan birimlerini (CFU) sırasıyla % 10, % 23, % 42 ve % 10 arttırmıştır. Aynı zamanda, ilacın 1132 µM'si, E. coli ve E. faecalis'in CFU' sunu sırasıyla % 30 ve % 19 arttırmaktadır. Sonuç olarak, deksametazon, bazı flora bakterilerinde bir artışa neden olurken, in vitro durumda DNA üzerinde herhangi bir etki göstermemektedir.
Psoriasis ile Sitokin Sinyal Baskılayıcıları (SOCS) arasındaki ilişkinin araştırılması
Psoriasis, keskin sınırlı, plak veya papüller üzerinde yerleşmiş parlak, sedefi skuamlarla karakterize, tekrarlayan seyirli, inflamatuar bir cilt hastalığıdır. Dünya çapında görülme sıklığı etnik, coğrafik ve çevresel faktörlere bağlı olarak değişkenlik göstermektedir ve her yaştan kadın ve erkeği etkileyebilmektedir. Hem genetik hem de tetikleyici faktörler hastalığın etiyolojisinde yer almaktadır. Psoriasis lezyonlarındaki özellikler, epidermiste ve dermiste T lenfositlerinden oluşan inflamatuar hücre infiltrasyonu, keratinosit hiperproliferasyonu, doku inflamasyonu şeklindedir. İmmün sistemin aktivasyonu sonucu bu değişiklikler ortaya çıkmaktadır. Sitokin sinyal baskılayıcıları (SOCS), çeşitli sitokinler tarafından tetiklenen proinflamatuar yolakların endojen inhibitörleri olarak işlev gören sekiz hücre içi protein ailesidir. Sitokinler yapısal olarak birbirleriyle ilişkili olup immunite ve inflamasyonunun düzenlenmesinde görev alır. SOCS proteinleri sitokin sinyalinin inhibitörleridir ve ekspresyonları JAK/STAT yolağı ile indüklenir. Bildiğimiz kadarıyla SOCS gen polimorfizmleri ile psoriasis arasındaki ilişkiyi araştıran bir çalışma bulunmamaktadır.Çalışmamıza psoriasis tanısı konmuş, akraba olmayan 100 hasta ve herhangi bir inflamatuar hastalığı olmayan 100 sağlıklı birey dahil edildi. SOCS3 rs4969169 ve SOCS7 rs3748726 polimorfizmleri polimeraz zincir reaksiyonu-restriksiyon parça uzunluk polimorfizmi (PCR- RFLP) yöntemiyle tespit edildi. SOCS3 rs4969169 genotip frekansı; CC ve CT genotipleri hasta grubunda %67, %33; kontrol grubunda %73, %27'dir. SOCS7 rs3748726 genotip frekansı; TT, TC ve CC genotipleri hasta grubunda %89, %9, %1; kontrol grubunda %91, %8, %1'dir. SOCS3 rs4969169 ve SOCS7 rs3748726 polimorfizmlerinin psoriasis patogenezinde etkin bir rolünün olmadığı tespit edilmiştir. Psoriasiste rs4969169 ve rs3748726 etkisinin araştırıldığı ilk çalışma olması sebebiyle çalışmanın daha fazla sayıda hasta ve sağlıklı bireyle farklı etnik popülasyonlarda tekrar edilmesi faydalı olacaktır.
Akciğer kanseri patogenezinde Sirtuin'in rolü
GLOBOCAN 2018 verilerine göre, akciğer kanseri, en sık rastlanan kanser türlerinden biri olmakla birlikte, kanserden ölümlerin yaklaşık beşte birinden sorumludur. Akciğer kanserinde, SIRT1 ekspresyonunun arttığı ve kötü prognozla ilişkili olduğu, SIRT2 ekspresyonunun ise azaldığı bulunmuştur. Akciğer adenokarsinomlarında çoğunlukla KRAS proto-onkogen mutasyonları görülürken, küçük hücreli akciğer karsinomunda tümör baskılayıcı gen p53 mutasyonu ile EGFR amplifikasyon ve mutasyonu daha sık görülür. SIRT1 ekspresyonunun ve/veya aktivitesinin artmasının, p53'ü ve potansiyel olarak başka tümör baskılayıcı genleri inhibe ederek kanser riskini arttırabileceği öngörülmektedir. Genel olarak, SIRT2 aşırı ifadesinin ise, hücre proliferasyonunu azalttığı ve DNA hasar stresine cevap olarak hücre ölümünü düzenlediği bulunmuştur. Ayrıca, SIRT2'nin akciğer adenokarsinomlarında sıklıkla görülen KRAS proto-onkogenini deasetile ettiği ve aktivitesini düzenlediği bilinmektedir. Memeli sirtuinleri hücrenin strese karşı direncinde ve hücre ölümünün düzenlenmesinde önemli rol oynar. Sirtuinlerin, NAD+ bağımlı deasetilaz ya da mono-ADP-ribozil-transferaz aktiviteleri bilinmektedir. Çeşitli transkripsiyon faktörlerinin ve enzimlerin deasetilasyonu ile birçok hücresel mekanizmayı düzenlemektedir. Memelilerde Sirtuin ailesinin farklı hücresel bölmelerde lokalize olan ve çeşitli etkilere sahip yedi üyesi bulunmaktadır (SIRT 1-7). Bu çalışmada Sirtuin ailesi üyelerinden sırasıyla SIRT1 ve SIRT2'ye ait iki polimorfizmi (rs11596401 C/T ve rs2015 A/C) araştırdık. Çalışma popülasyonu 100 akciğer kanserli hasta ve 100 sağlıklı kontrolden oluşmaktaydı. EDTA içeren tüplere kanlar toplandıktan sonra genomik DNA izolasyonu yapıldı. Genetik polimorfizmler; polimeraz zincir reaksiyonu- restriksiyon parça uzunluk polimorfizmi (PCR- RFLP) yöntemiyle tespit edilmiş olup sonuçlar ki-kare testi ve lojistik regresyon ile analiz edildi. Yaptığımız analizler sonucunda SIRT1 rs11596401 (C/T) gen polimorfizmi için genotip dağılımı (p=0.593) ve alel dağılımı (p=0.617) arasında istatiksel olarak anlamlı bir farklılık bulunamadı. SIRT2 rs2015 (A/C) gen polimorfizmi için elde ettiğimiz verilere göre genotip (p=0.306) ve alel dağılımı (p=1.0) arasında da anlamlı bir farklılık bulunamadı. Sirtuin gen polimorfizmleri ile akciğer kanseri arasındaki ilşkiyi araştırdığımız bu çalışmanın sonucunda SIRT1 rs11596401 (C/T) ve SIRT2 rs2015 (A/C) gen polimorfizmleri ile insan akciğer kanseri arasında anlamlı bir ilişki saptanamamıştır.
Bazı domates alanlarında insektisidal Bacillus thuringensis izalasyonu ve tanımlanması
Bu çalışmada; domates bitkisinde zarara neden olan domates güvesi zararları üzerine Bacillus thuringiensis bakterilerin izolasyonu ve karakterizasyonu için Ankara ilinin farklı domates ekim alanlarından alınan toprak, zarar görmüs dal yaprak ve meyve (domates) örneklerinden gerçekleştirildi. Toplanan örneklerden Nutrient Agar büyüme ortamında sporlanma özelliği olan 11 Gram-pozitif bakteri izolasyonları yapıldı. Kolorimetrik ve mikroskopik identifikasyon neticesinde morfolojik, fizyolojik ve biyokimyasal özellikleri (Gram +/-, hemoliz, indol, katalaz, oksidaz vb.) tanımlanarak Bacillus cinsine ait izolatlar belirlendi. Bakteri tanımlama sonunda 7 Bt izolatımızın domates ekim alanlarında güve ile biyolojik mücadelede kullanılabilir entomopatojen Bacillus türü izolatlar olabileceği gözlendi.
Multipl skleroz hastalarından ve sağlıklı bireylerden uyarılmış pluripotent kök hücre hatlarının üretimi ve karakterizasyonu
Multiple Sclerosis (MS) is an autoimmune disease characterized by inflammation, demyelination, and axonal damage resulting in neurodegeneration in the central nervous system (CNS). Relapsing-remitting MS (RRMS) is the most common form of the disease known to affect more than 2 million individuals globally, and the prevalence of the disease is increasing worldwide. As a chronic condition without a cure, RRMS manifests in a relapsing-remitting form with sporadic attacks suddenly appearing, causing neurological dysfunction to proceed by a recovery phase where all symptoms suddenly disappear. Although the factors causing or contributing to MS initiation/progression are not well understood, previous literature has implicated many potential risk factors for the etiology of the disease, including Epstein-Barr virus, smoking, and Vitamin D deficiency. Another potential risk factor implicated in RRMS is sex. Epidemiological studies strongly suggest that MS is a sexually biased disease that is more common in females. Moreover, the disease progression and severity appear to be sexually dimorphic since the progression and the symptoms are worse in males; however, more inflammatory in females. Importantly, research suggests that biological sex differences beyond gender-related factors may be crucial in RRMS; however, how biological sex differences affect the disease initiation or progression remain unknown. The hallmark of MS is demyelination, which is the loss of the myelin sheath around axons in the CNS. Oligodendrocytes are the glial cells generating myelin sheath to axons in CNS. It is well established that autoimmune response in MS leads to damage and potentially loss of oligodendrocytes, eventually leading to neurodegeneration. Current therapeutic approaches for MS are only limited to eliminating the symptoms caused by the autoimmune attacks. While such disease-modifying therapies help suppress autoimmune attacks and eventually lower the frequency of attacks, there are no available therapeutics to induce remyelination. Clearly, there is a need for more advanced approaches in MS that would induce remyelination besides immunosuppression. To develop effective therapeutic options that can induce remyelination to complement existing immunosuppressive drugs, a better understanding of cellular processes in remyelination is needed. To facilitate such studies, reliable model systems are necessary for mechanism and drug discovery studies. Human induced pluripotent stem cells (iPSCs) based approaches can provide such systems. Due to their nature and ability to form every possible cell type from the three embryonic germ layers, they can now be easily generated from patients' somatic cells to generate patient-specific cell types. iPSCs can be utilized to obtain cell types that are normally very hard to obtain on a large scale, especially for CNS disease modeling. Indeed, numerous studies have demonstrated that iPSCs can be successfully differentiated to neuronal and glial cells, and importantly such cells exhibit disease-specific phenotypes in culture. MS iPSCs have also been generated by various groups, and cells differentiated from the iPSCs exhibit disease characteristics, suggesting that these cells can be utilized for MS studies. The main goal in this thesis was to generate and fully characterize iPSC lines from male and female patients and matched controls to facilitate future studies. Towards this goal, blood samples were obtained from age, and sex-matched RRMS patients (3 females and 3 males) and 6 healthy individuals (3 females and 3 males) and Peripheral Blood Mononuclear Cells (PBMCs) were isolated. Following, the PBMCs were reprogrammed using Sendai virus-based reprogramming method, and a total of 12 iPSC lines were established, and their pluripotent characteristics were experimentally characterized. The established iPSC lines will serve as excellent tools for modeling RRMS, enabling us to test multiple approaches to understand the mechanisms governing sex-specific differences and remyelination.
Trabzon ve Giresun illerindeki çeşitli hastanelerde izole edilen Klebsiella pneumoniae suşlarında antibiyotik direnç profillerinin belirlenmesi ve beta-laktamaz genlerinin araştırılması
Antibiyotiklerin klinik kullanıma girmesinin ardından kullanıma bağlı olarak zaman içerisinde bakterilerde antibiyotiklere karşı direnç meydana gelmiştir. Bunların içerisinde en yaygın olan grup beta laktamazlardır. Bu çalışma da Trabzon ve Giresun illerindeki hastalardan izole edilen Klebsiella pneumoniae suşlarının antibiyotik direnç profillerinin belirlenmesi ve bu iki ildeki betalaktamaz genlerinin çeşitlerinin ve sıklığının araştırılması amaçlanmıştır. Bu çalışmada, 2013-2014 yılları arasında Akçabat Haçkalı Baba Devlet Hastanesi ve Giresun Devlet Hastanesi'nin çeşitli kliniklerinden RTEÜ Fen Ed. Fak. Biyoloji Bölümü Moleküler Biyoloji Laboratuvarı'na gönderilen örneklerden izole edilen 81 adet Klebsiella pneumoniae suşları 16S rRNA gen sekansı ile doğtulandıktan sonra PZR yöntemi ile betalaktamaz genleri tespit edildi. Klonlama sonucu elde edilen plazmitler sekans için Macrogen'e gönderildi ve sekans sonuçları değerlendirildi. Akçaabat Haçkalı Baba Devlet Hastanesinde çalışılan 26 örneğin Ampisilin-sulbaktam ve trimetoprim-sulfometaxazol antibiyotiklerine yüksek oranda dirençlilik gösterdiği, imipenem ve meropenem antibiyotiklerine karşı oldukça duyarlı olduğu gözlendi. Giresun Devlet hastanesi'nde çalışılan 55 örneğin seftazidim ve sefazoline dirençlilik gösterdiği ayrıca Akçaabat Haçkalı Baba Devlet Hastanesinde çalışılan örneklerle benzer olarak imipenem ve meropenem antibiyotiklerine karşı duyarlı olduğu saptandı. Ayrıca yapılan çalışma sonunda blaIMP, blaOXA-48, blaOXA-58, blaPER-2, blaGES, blaVIM, blaVEB, blaNDM-1 direnç genleri tespit edilemezken, 40 suşta blaSHV, 10 suşta blaTEM,10 suşta blaCTX-M1,1 suşta blaCTX-M2,9 suşta blaOXA-23, 2 suşta bla0XA-24 ve 2 suşta blaOXA-51 saptandı.
Rize ili'ndeki çeşitli hastanelerden izole edilen Klebsiella pneumoniae suşlarında antibiyotik direnç profilerinin belirlenmesi ve beta- laktamaz genlerinin araştırılması
Bu çalışma Rize Devlet Hastanesi ve Recep Tayyip Erdoğan Üniversitesi Eğitim ve Araştırma Hstanesi'ndeki hastalardan alınan örneklerin beta-laktamaz varlığını araştırmak amacıyla E testi yöntemiyle belirlenmiştir. Recep Tayyip Erdoğan Üniversitesi Eğitim ve Araştırma Hastanesi ve Rize Devlet Hastanesi 2011-2013 yılları arasında 121 hastaya ait 121 örnekte hastane enfeksiyonu kökenli Klebsiella pneumoniae izole edilmiştir. Recep Tayyip Erdoğan Üniversitesi Fen Edebiyat Fakültesi Biyoloji Bölümü Moleküler Biyoloji Laboratuvarı'na gönderilen örnekler PZR yöntemi ile beta-laktamaz genleri tespit edildi. Klonlama sonucu elde edilen plazmitler DNA dizi analizi için Macrogen'e gönderildi ve sekans sonuçları değerlendirildi. Rize'deki hastanelerden izole edilen 121 örneklerden bir kısmında meropenem ve imipenem antibiyotiklerine duyarlılık gösterirken ampisiline yüksek oranda dirençlilik gösterdiği saptandı. Yapılan PZR çalışmaları sonunda blaIMP, blaOXA-48, blaOXA-58, blaPER-2, blaGES, blaVIM, blaVEB, blaNDM-1 direnç genleri tespit edilemezken 42 suşta blaSHV, 19 suşta blaTEM, 9 suşta blaCTX-M1, 2 suşta blaCTX-M2, 25 suşta blaOXA-23 ve 10 suşta blaOXA-51 saptanmıştır
Generation of bone-cartilage interface in microfluidic system
Bone-cartilage interface is one of the most affected areas in bone and cartilage disorders. In this regard, tissue engineering approaches have been extensively utilized to regenerate the damaged skeletal tissues. Despite the significant progress in clinics, there is still unmet need for in vitro osteo-chondral models to study the mechanisms of these diseases. In their native environments, cells are spatially organized within complex structures known as the extracellular matrix. Current in vitro 2D culture platforms have limited capacity to recapitulate physiological clues. Bioengineered systems with 3D cell culture potential provide new venues for generating in vitro disease models. Microfluidic systems enable scientists to mimic native niche of organ and tissues in microscale. Such engineered systems are perfect platforms to examine the natural responses of the tissues, like their native microenvironments. Some of advantages using tissue and organ models as, i) minimizing the number of animals used in research, ii) identification novel therapeutics, iii) defining the drug administration techniques. This study, aims to generate a novel in vitro disease model for bone-cartilage defects by combining 3D cell culture systems with stem cell technologies. Here, we design a microfluidic system that allows for the direct differentiation of ADMSCs in hydrogel-based 3D micro environment. The capacity of the novel microfluidic system provides simultaneous formation of osteogenic and chondrogenic tissues in the same microenvironment.