2,836
Archived Theses
2
DOIs Assigned
0%
DOI Rate
Discipline
Anadolu balarısı (Apis mellifera Anatoliaca)'ndan doğal olarak elde edilen arı zehirlerinin fizikokimyasal özelliklerinin belirlenmesi
Arı zehri farmakolojik açıdan önemli bir arı ürünüdür. Arı zehrinin fiziksel özellikleri ve kimyasal bileşenlerinin karakterize edilmesine yönelik çok sayıda çalışma bulunmaktadır. Ancak Anadolu bal arısından elde edilen arı zehiri içeriklerinin belirlenmesi ve standardizasyonuna yönelik bir çalışma bulunmamaktadır. Bu nedenle bu çalışma ilk olma niteliği taşımaktadır. Bu çalışmada, Anadolu bal arısından taze olarak elde edilen arı zehiri örnekleri ile ticari olarak satılan alınan arı zehiri örnekleri kimyasal içeriklerine göre karşılaştırıldı. Denizli, Malatya ve Manisa'da arı zehiri üretimi yapan arıcılardan 3 adet arı zehiri örneği, Çin ve Bulgaristan'dan ticari olarak satılan iki adet arı zehri örneği satın alındı. Örneklerin nem içeriği ve şeker profilleri, nem analiz cihazı ve HPLC-RID kullanılarak belirlendi. Melittin, apamin ve fosfolipaz A2 içerikleri HPLC-UV yöntemi ile analiz edildi. Sonuçlar ticari olarak satılan arı zehiri örnekleri ile Anadolu arısından taze olarak toplanan arı zehiri örnekleri arasında kimyasal içerik bakımından önemli düzeyde farklılıklar olduğunu gösterdi. Ticari örneklerin, sırasıyla %0,91-1,60 ve %18,76-25,35 aralığında daha düşük miktarda apamin ve melittin içerdiği bulundu. Anadolu örneklerin ise sırasıyla %2,09-2,63 ve %36,95-43,51 aralığında daha yüksek miktarda apamin ve melittin içerdiği bulundu. Benzer şekilde, ticari numunelerin ve Türkiye'de arıcılar tarafından üretilen arı zehri numunelerinin fosfolipaz A2 aktiviteleri sırasıyla %10,52-11,00 arasında ve ticari olanların ise % 6,90-9,08 arasında bulundu. Türkiye'de üretilen arı zehri numunelerinin fosfolipaz A2 aktivitelerinin anlamlı derecede yüksek olduğu görüldü. Ayrıca ticari olarak satılan ve Anadolu arısından elde edilen örneklerin nem içeriği sırasıyla ortalama % 11,81 ve % 9,64 olarak bulundu. Numunelerin şeker profillerinde ise, Türkiye'de arıcılar tarafından üretilen numunelerde ticari olarak üretilen numunelere göre daha yüksek miktarda sakkaroz bulunması dışında anlamlı bir farklılık görülmedi.
Amerikan beyaz kelebeğinin, Hyphantria cunea (Fam: Erebidae)'nın farklı biyoinsektisitlere duyarlılığı üzerine araştırmalar
Amerikan Beyaz Kelebeği olarak bilinen Hyphantria cunea (Drury, 1773) (Fam: Erebidae) Türkiye'de fındık bitkisinin önemli zararlılarından birisidir. Ülkemizde bu böcek türüyle mücadelede daha çok sentetik insektisitler tercih edilmektedir. Biyolojik mücadele seçenekleri ise oldukça sınırlıdır. Bu çalışmada ülkemizde farklı tarım ürünlerindeki zararlı böceklere karşı kullanılan altı farklı biyoinsektisitin (Spintor, Florbac, Biobit, Delfin, Rapax, Rebound) H. cunea'ya karşı etkinliği test edilmiştir. Böylece bu böceğe karşı biyolojik mücadele seçeneklerinin artırılması amaçlanmıştır. Çalışmada etken maddeleri Spinosad (Spintor), Bacillus thuringiensis aizawai Bonnefoi & de Barjac, 1963 (Florbac) ve Bacillus thuringiensis (Bt) kurstaki Berliner, 1915 (Biobit, Delfin, Rapax, Rebound) olan farklı biyoinsektisitler H. cunea'nın farklı larva dönemlerine karşı laboratuvar ve doğal koşullarda test edilmiştir. Alan denemeleri 2019 yılında Düzce ilinde yürütülmüştür. Sonuçlara göre H. cunea'nın farklı dönem larvalarında en hızlı etki gösteren ve ölüm meydana getiren biyoinsektisit Spinosad'dır. Bunun ardından sırasıyla Bt aizawai ve Bt kurstaki suşları gelmektedir. Laboratuvar deneylerinde spinosad 96 saat sonunda H. cunea'nın 2. ve 3. dönem larvalarının %98'ini, 4. ve 5. dönem larvaların ise %83'ünü öldürmüştür. Bt aizawai 2. ve 3. dönem larvalarının %98'ini, 4. ve 5. dönem larvalarının ise %43'ünü, Bt kurstaki suşları 2. ve 3. dönem larvalarının %95'ini, 4. ve 5. dönem larvalarının ise %51'ini öldürmüştür. Alan denemelerinde de spinosad en iyi etkiyi göstermiştir. Çalışmada daha ileri dönem larvaların daha az duyarlı oldukları görülmüştür. Elde edilen sonuçlar ülkemizde H. cunea'ya karşı Bt kurstaki dışında özellikle spinosad ve Bt aizawai etken maddesine sahip biyoinsektisitlerin de kullanılabileceğini göstermiştir.
Deli bal ve grayanotoksin-III'ün fare karaciğeri üzerindeki etkilerinin moleküler düzeyde incelenmesi
Deli bal (DB), Türkiye'nin Karadeniz Bölgesinde yaygın olarak yetişen Rhododendron (ormangülü) bitkisinden elde edilen özel bir baldır. İçindeki grayanotoksin (GTX) bileşiğinden dolayı insanlarda zehirlenmelere sebep olan bu bal alternatif tıpta bazı rahatsızlıkları tedavi etmek için sıklıkla kullanılmaktadır. DB'nin birçok toksik etkisinin olduğu bilinmesine rağmen, karaciğer dokusundaki biyomoleküller üzerindeki etkileri ve etki süresi henüz bilinmemektedir. Bu çalışmanın amacı, DB ve içindeki toksik maddenin saf hali olan GTX-III'ün karaciğer dokusunda meydana getirdiği etkilerin doza ve zamana bağlı olarak araştırılmasıdır. Çalışmanın birinci bölümünde, DB'nin doza bağlı etkilerini araştırmak amacıyla Mus musculus farelere üç farklı konsantrasyonda DB (25, 50 ve 75 mg/kg) ve GTX-III (0,01 mg/kg) uygulanmış ve 24 saat sonra bu farelerin karaciğerleri çıkartılarak Azaltılmış Toplam Yansıma-Fourier Dönüşüm Kızılötesi (ATR-FTIR) spektroskopisi ile incelenmiştir. Birinci bölümün sonuçları, 25 ve 50 mg/kg DB'nin karaciğer dokusunda glikojen miktarındaki azalma dışında herhangi anlamlı bir değişiklik meydana getirmediğini ancak 75 mg/kg DB ve GTX-III uygulamasının glikojen miktarındaki azalmayla birlikte, doymuş lipit ve protein miktarında artışa, lipit peroksidasyonuna, membran düzeninde azalmaya, membran akışkanlığında artışa, proteinlerin ve nükleik asitlerin yapı ve konformasyonlarında değişikliklere sebep olduğunu göstermiştir. Çalışmanın ikinci bölümünde, 75 mg/kg DB ve GTX-III'ün karaciğerde meydana getirdiği zararlı etkilerin 48 saat içinde normale dönüp dönmediğini araştırmak amacıyla bu iki dozun uygulandığı fare karaciğerleri 24 ve 48 saatlik uygulama süreleri sonunda incelenmiş ve sonuçlar birbiriyle karşılaştırılmıştır. İkinci bölümün sonuçları, 48 saatlik süre sonunda, glikojen miktarındaki azalışın hem 75 mg/kg DB hem GTX-III grubunda, doymuş lipit miktarındaki artışın sadece 75 mg/kg DB grubunda normale döndüğünü, ancak lipit peroksidasyonu, protein ve nükleik asitlerin yapı ve konformasyonlarındaki, membran düzen ve akışkanlığındaki değişikliklerin normale dönmesi için 48 saatlik sürenin hiçbir grupta yeterli olmadığını göstermiştir. Tüm bu sonuçlar, DB ve GTX-III'ün karaciğer dokusunda doza bağlı yapısal ve fonksiyonel değişikliklere sebep olduğunu ve bu zararlı etkilerin hepsinin normale dönmesi için 48 saatlik sürenin yeterli olmadığını ortaya çıkarmıştır.
The investigation of effects of herbal exosomes on hepatic lipid metabolism in obese rats
The increase in obesity is unprecedented worldwide. Obesity is associated with many chronic diseases resulting from an imbalance between a strong metabolic syndrome and energy intake and physical activity. Hypertension and obesity are considered significant risk factors in the development of cardiovascular morbidity and mortality. Extracellular Vesicles are potential biomarkers and therapeutic agents due to their function as an intercellular mediator for cellular communication within the liver and other organs. Many studies examining medicinal plants report that they are beneficial in treating diabetes, obesity, and other chronic diseases. This study aims to update data on potential anti-obesity herbaceous plants and review scientific data, including experimental methodologies that include active ingredients and mechanisms to work against obesity in humans. The present invention relates to a product containing a garlic exosome that used to treat diseases. In this study, obesity formation was observed in rats fed a high-fat diet and the effect of garlic exosome on obesity was also investigated. This work focuses on the data that supports the role of extracellular vesicles in liver pathophysiology and potential roles as targets of new biomarkers for these cases. In the study carried out in the experimental research center, 42 Wistar albino rats were used. After adaptation to laboratory conditions, rats were divided into 6 groups with 7 animals in each group. Groups: Control; Control + Exosome I (400 µg/kg); Control + Exosome II (800 µg/kg); High Fat Diet (HFD); High Fat Diet (HFD) + Exosome I (400 µg/kg); High fat diet (HFD) + exosome II (800 µg/kg) in form. The diet in the groups was prepared to be isocaloric. It was calculated to consist of approximately 12% of the energy in the control group and 42% in the HFD groups. According to the results, body weight increased after using the high-fat diet plus Exosome I&II. Glucose, bilirubin, total protein, albumin, globulin, A/G ratio, liver enzymes, TBIL, MDA levels increased significantly (P<0.05) after a high-fat diet. Levels of AP2, LPL, NFĸB, Nrf2, PPAR-α, SREBP-1c, and TNF-α significantly increased (P < 0.05) after using high-fat diet and Exosome I&II. After using a high-fat diet, large accumulation of lipid droplets and degeneration were observed in hepatocytes. Histological study showed typical structure of liver tissues after using Exosome I&II. In conclusion, this study shows the positive effects of garlic exosome in obesity model in rats fed a high-fat diet.
Kastamonu ilinde yayılış gösteren bazı araneae türlerinin dişi bireylerinde üreme sistemlerinin morfolojik incelenmesi
Örümceklerin morfolojisi ve üreme sistemleri diğer araknit gruplardan bir takım farklılıklar taşır. Yürüme bacaklarına benzer pedipalplerin yardımıyla erkek bireyden dişi bireye sperm aktarımı yapılır. Dişi örümceğin epijin yapısına göre bu aktarım farklı şekillerde olabilir. Döllenme entelejin ve haplojin tipi epijinlerde değişiklik gösterir. Haplojin tipi epijinler basit yapılı iken entelejin tipi epijinler daha karmaşık bir yapıdadır. Örümcek genital yapıları hibrit tür oluşumunun önüne geçmek için anahtar-kilit uyumu gösterir. Örümcekler kendi türüne ait bireyleri bir takım titreşim ve kur danslarıyla tanırlar. Örümceklerde cinsel dimorfizm vardır. Dişi birey erkek bireyden çok daha büyüktür. Bu tez çalışmasında, Kastamonu ilinde yayılış gösteren bazı arenae türlerinin dişi bireylerinde üreme sistemlerinin morfolojik olarak incelemesi yapılmıştır. Görüntülerde toplanan örümcek üreme yapılarının her türde farklı olduğu görülmüştür.
Noktalı inci balığı alburnoıdes coskuncelebıı asarsuyu deresi (Düzce) populasyonunun yaşam döngüsü özelliklerinin belirlenmesi
Alburnoides cinsi, hızlı akan ve iyi oksijenlenmiş berrak sularda yaşayan, küçük boyutlu bir cyprinid türlerini içermektedir. Alburnoides cinsine ait türler, su kirliliğine karşı toleransı düşük olduğu için, çevre kalitesinin biyolojik bir indikatörü olarak kabul edilmektedir. Alburnoides coskuncelebii ekonomik açıdan önemli bir balık türü olmadığından, bu türün yaşam döngüsü özelliklerine ilişkin bilgiler oldukça kısıtlıdır. Sunulan çalışmada; Türkiye'nin Batı Karadeniz bölgesinde yer alan Büyük Melen Nehri'nin kollarından biri olan Asarsuyu Deresi'nde yaşayan endemik A.coskuncelebii populasyonunun yaşam döngüsü incelenmiştir. Çalışma kapsamında, elektroşok yöntemi kullanılarak Temmuz 2018-Haziran 2019 döneminde aylık periyotlarla 296 adet A. coskuncelebii örneği avlanmıştır. İncelenen örneklerin total boylarının 28,24-117,51 mm, ağırlıklarının ise 0,201-19,314 g yaşlarınının arasında 0-IV arasında değiştiği saptanmıştır. Örneklemde E:D oranı 1:1,04 olarak hesaplanmıştır. Beklenen Mendel oranı olan 1:1'den sapmasının önemli olmadığı saptanmıştır. İncelenen örneklerin boy ağırlık ilişkisinde b değeri 3'ten büyük bulunmuş, dolayısıyla A. coskuncelebiii popülasyonunda büyümenin pozitif allometrik tipte olduğu belirlenmiştir. GSI ve yumurta çapı ölçümlerinden elde edilen verilere göre populasyonun üreme dönemi Nisan-Ağustos ayları arasında olduğu tespit edilmiştir.
Ornithogalum oligophyllum E. D. Clarke ve Ornithogalum orthophyllum Ten. karyolojik yönden incelenmesi
Bu çalışmada, Asparagaceae familyasının önemli cinslerinden biri olan Ornithogalum cinsine ait iki tür (Ornithogalum oligophyllum E. D. Clarke ve Ornithogalum ortophyllum Ten.) karyolojik yönden incelenmiştir. Sitotaksonomik çalışmalar için toplanan örneklerin soğanlarından yararlanılmıştır. Bölünür somatik hücrelerde yapılan çalışmalar sonucunda, türlerin kromozom sayımları ve karyotip analizleri yapılarak idiyogramları çizilmiştir. Kromozom sayıları Ornithogalum oligophyllum türünde 2n=20 ve Ornithogalum orthophyllum türünde 2n=14 olduğu tespit edilmiştir.
Gölyaka (Düzce) yöresinde etnobotanik bir araştırma
Bu çalışma Düzce'nin Gölyaka ilçesinde yerel halk tarafından çeşitli amaçlarla kullanılan bitkilerinin belirlenmesi ve bölgenin etnobotaniğinin ortaya çıkarılması amacı ile yapılmıştır. Arazi çalışmaları Mart 2019-Mayıs 2020 tarihleri arasındaki dönemi kapsayan bu çalışmada, Gölyaka ilçesine bağlı 10 köy araştırma alanı olarak seçilmiş, bu yörede yaşayan halkın kullandığı bitkilerin, bunların yöresel ve bilimsel isimlerinin, halkın bu bitkilerden yararlanma şekillerinin ortaya çıkartılması ve kayıt altına alınması hedeflenmiştir. Yapılan araştırma sonucunda 44 familya ait 114 takson belirlenmiştir. Bölgede belirlenen bu bitkilerin yerel halk tarafından etnobotanik kullanım alanlarına bakıldığında 67'sinin gıda, 64'ünün halk hekimliği, 24' ünün hayvan yemi, 11' inin diğer kullanım, 9' unun süs, 4' ünün yakacak, 2' sinin boyama ve 2' sinin veteriner halk hekimliği amaçlı olarak kullanıldığı belirlenmiştir. En çok kullanılan bitkilerin ağırlıklı olarak Asteraceae, Rosaceae, Fabaceae, Lamiaceae ve Apiaceae familyalarına ait olduğu saptanmıştır. Gölyaka'da teşhisi yapılan bitkiler için 189 farklı yöresel ismin kullanıldığı, bu bitkilerin geleneksel adlandırılmasında en yaygın kullanılan yaklaşımın renk özelliklerinden yararlanılarak olduğu belirlenmiştir.
Glaucium seçmenii yıld. türü üzerinde taksonomik incelemeler
Bu çalışmada, Glaucium seçmenii cinsi morfolojik, anatomik, karyolojik ve palinolojik özellikleri bakımından incelenmiştir. Glaucium seçmenii türünün morfolojik yapıları incelenmiş ve ölçümleri yapılmıştır. Türün anatomik özellikleri kök, gövde ve yapraktan alınan kesitlerle belirlenmiştir. Çalışılan türün anatomik yapı olarak bu cinse ait diğer türlerden belirgin farklılıklar göstermediği tespit edilmiştir. İncelenen türün, kromozom çalışmaları için tohumlarından yararlanılmıştır. Bölünür somatik hücrelerde yapılan çalışmalar sonucunda türün kromozom sayımları ve karyotip analizleri belirlenerek ideogramları çizilmiştir. Glaucium seçmenii türünün kromozom sayısı 2n=2x=12 olduğu tespit edilmiştir.
Karasu deresi'nin (Kastamonu) bazı fiziksel ve biyolojik (Bentik makroomurgasızlar) özelliklerinin incelenmesi
Bu çalışma Karasu deresinin (Kastamonu) su kalitesini, fiziksel ve biyolojik parametreler kullanarak değerlendirmek için mevsimlik olarak (Ağustos ve Ekim 2019, Şubat ve Nisan 2020) yapılmıştır. Bu amaçla 16 örnekleme noktası seçilmiş, fiziksel parametreler arazide ölçülmüş ve bentik makroomurgasız örnekleri toplanmış, ayrılmış ve daha sonra laboratuarda teşhis edilmiştir. Su kalitesini değerlendirmek ve belirlemek için biyotik indeksler (İspanyol BMWP, ASPT) ve çeşitlilik indeksleri (SWDI, SDI, EPT indeksi, EP indeksi, % EPT indeksi) uygulanmıştır. Çalışma sonucunda Karasu deresi boyunca 15 istasyondan ve Gökırmak nehrinde 1 istasyondan 14 748 bentik makroomurgasız örneği toplanmış ve 41 takson teşhis edilmiştir. Bu taksonların 13'ü Diptera'ya, 9'u Trichoptera'ya, 5'i Ephemeroptera'ya, 5 takson Plecoptera'ya, 4'ü Coleoptera'ya, 1 takson Odonata, Lepidoptera, Amphipoda, Hirudinea ve Oligochaeta'ya aittir. En fazla örnek S6 örnekleme istasyonunda (1 309 örnek), en az örnek S11 örnekleme istasyonunda (185 örnek) toplanmıştır. Bu çalışma sonucunda, Karasu deresinin su kalitesi T.C. Orman ve Su İşleri Bakanlığı tarafından verilen Yüzeysel Su Kalitesi Yönetimi Yönetmeliği (SWQMR) kriterlerine göre çok iyi/iyi olarak belirlenmiştir. Ayrıca, İspanyol BMWP ve ASPT biyotik endekslerine göre su kalitesi ya kirlenmemiş/hafif kirli (13 örnekleme istasyonunda), ya orta derecede kirli (S14 ve S15 örnekleme istasyonlarında) veya S16 örnekleme istasyonunda olduğu gibi kirli/aşırı kirli olarak belirlenmiştir. Karasu deresinin alt kısmındaki nispeten orta ile yüksek kirlilik baskısı izlenmeli ve kirlilik baskısını azaltmak için gerekli önlemlerin alınması gerekmektedir.
Bazı karayosunlarının antimikrobiyal, antioksidan ve antibiyofilm aktivitelerinin belirlenmesi
İnsanlar tarih boyunca çeşitli yöntemleri ve ilaçları kullanarak hastalıklar ile mücadele etmiştir. Yüzyıllar boyunca hastalıklara karşı sürdürülen bu mücadelede kullanılan ilaçların hammaddelerini çoğunlukla doğal ürünler oluşturmuştur, fakat gelişen teknoloji ile artan ilaç talebi sentetik ilaç üretiminin doğmasını ve yaygınlaşmasını sağlamıştır. Günümüzde hastalıklara karşı kullanılmakta olan sentetik ilaçların yetersiz kalmaya başlaması, bakterilerin antibiyotiklere karşı dirençlerinin artması nedeniyle antibiyotiklerin kullanılabildikleri sürenin oldukça azalması ve aynı zamanda kullanılmakta olan ilaçların yan etkilerinin tespit edilmesi, daha düşük yan etki spektrumuna sahip doğal ürünlerin tespit edilme zorunluluğunu arttırmıştır. Sentetik ilaçların yetersiz kalması ile ortaya çıkan durum sonucunda dünya genelinde bilim insanları tarih boyunca geleneksel tıpta kullanılan ve doğada bulunan farklı bitkilerin farmakolojik aktiviteleri üzerine araştırmalar yapmaya başlamıştır ve araştırılan bitki gruplarından birisi de karayosunlarıdır. Çinli ve Amerika yerlileri karayosunlarının yaraların iyileşmesinde etkili olduğunu ve yaralardaki enfeksiyonları azalttığını yüzyıllar önce keşfetmişlerdir. Bu keşiften itibaren günümüze kadar karayosunları hakkında pek çok araştırma yapılmış ve çeşitli alanlarda kullanılmıştır. Karayosunları farklı sistematik ekollere göre değişmek ile birlikte, 1 036 cins ve yaklaşık 18 409 türe sahip Bryophyta divizyosu içerisinde bulunmaktadır. Çok sayıda türe sahip olan karayosunları gösterdikleri güçlü farmakolojik etkileri basit yapıları ve kültüre alınabilme potansiyelleri ile günümüzde ilaçların içinde bulunduğu yetersiz durumdan çıkış için umut vaat etmektedir. Bu tez çalışmasında 6 farklı karayosunu örneğinin 20 farklı suş üzerinde antimikrobiyal etkisi ve DPPH yöntemi ile antioksidan kapasitesi in vitro olarak incelenmiştir. Ayrıca karayosunu örneklerinin Listeria innocua suşuna karşı antibiyofilm aktiviteleri belirlenmiştir.
Rosmarinus officinalis'in biyolojik aktivitesinin araştırılması
Tıbbi ve aromatik bitkilerden biri olan biberiye, Lamiaceae familyasındaki antioksidan özelliğe sahip bir bitkidir. Bu çalışmada, biberiye (Rosmarinus officinalisL.) bitkisi Gaziantep ilinde yetişen türlerinden toplanıp uygun koşullarda gölgede kurutulmuştur. Biberiye bitkisinin uygun koşullarda hekzan, diklorometan, metanol ve su özütleri elde edilmiştir. Farklı çözücülerden elde edilen ekstraklarda oksidan durumları, DNA koruyucu aktivite, antimikrobiyal özelliği, toplam flavonoid miktarları, toplam fenolik madde miktarları gibi bazı biyolojik aktiviteleri değerlendirilmiştir. Biberiye bitkisinin oksidan durumlarını belirlemek amacı ile Rel Assay Diagnostics kitleri (TAS, TOS) ve antiradikalik aktivite tayini için de DPPH yöntemi kullanılmıştır. DNA koruyucu aktivite için pBR322 plazmid DNA'sı ve UV-C yöntemi kullanılmıştır. Antimikrobiyal aktivitesinin ölçülmesi için CLS klavuzuna uygun olarak mikrodilüsyon yöntemi tercih edilmiştir. Bu araştırma sonucunda; Hekzan özütünün 0.02 µg/ml konsantrasyonda serbest radikal süpürücü etkisini maksimuma çıkardığı ve bu etkinin % 75 civarlarında olduğu açıkça görülmüştür. Biberiye bitkisi DNA'yı Hidrojen peroksit ve UV_C'ye karşı koruyucu etki göstermiştir. Biberiye bitkisinden elde edilen özütlerimizde antimikrobiyal etki saptanmamıştır. Ayrıca en yüksek fenolik ve flavonoid bileşenlerinin biberiye bitkisinin su özütünde olduğu görülmektedir. Bu çalışma sonucunda biberiye bitkisinin antioksidan, fenolik, flavonoid içerikleri ve DNA 'ya karşı koruyucu özellikte aktif bileşiklere sahip olduğu ortaya konulmuştur. Anahtar Kelimeler: Rosmarinus officinalis, antimikrobiyal aktivite, biyolojik aktivite, DPPH,pBR322, H2O2, UV-C, DNA
Rubus L. meyvesinin DNA koruyucu aktivitelerinin ve Stenotrophomonas maltophilia üzerine etkilerinin araştırılması
Enfeksiyon hastalıklarının tedavisinde kullanılan antibiyotiklere giderek artan çoklu direnç mekanizmalarının gelişmesi yeni antibiyotik moleküllerinin arayışını hızlandırmıştır. Çalışmada, böğürtlen (Rubus L.) meyvesi'nin DNA koruyucu aktivitesi ve hastane enfeksiyon etkeni olan Stenotrophomonas maltophilia suşları üzerine etkilerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Farklı konsantrasyonlarda hazırlanan meyve metanol özütü ile pBR322 plazmid DNA'sı farklı sürelerde H2O2 ve UV ışığına maruz bırakılmış sonuçlar jelde görüntülenmiştir. Elde edilen sonuçlar, yüksek konsantrasyonlu Rubus L. meyve özütlerinin oksidatif nedenli hasarlardan DNA'yı koruma özelliğinde olduğunu ortaya koymuştur. S. matophilia suşları üzerinde yapılan disk difüzyon ve mikrodilüsyon test çalışmaları sonucunda, metanol özütlerin bakterileri inhibe ederek antibakteriyal etki gösterdiği tespit edilmiştir. Elde edilen sonuçlar, ileride kozmetik endüstrisinde krem yapımı ve yeni antibiyotik molekülü olarak değerlendirilebilir.
Bal kabağı (Cucurbita moschata) kabuğu ile Cu+2 arıtımının adsorpsiyon kinetiği
KOH ön işlenmiş Cucurbita moschata ile bakır metalinin arıtımında adsorpsiyon ka-pasitesinin belirlenmesi araştırılmıştır. KOH ön işlenmiş C. moschata ile bakır gideri-minde başlangıç pH değerinin, sıcaklığın, başlangıç metal konsantrasyonunun ve etki-leşim zamanının etkileri çalışılmıştır. FTIR-ATR ve SEM ile adsorbentin karakterizas-yonu yapılmıştır. Adsropsiyon işlemi 0,5 g/L adsorbent miktarında ve pH 6'da des-teklenmiştir. Sıcaklığın artışı ile adsorpsiyon düzeyinde artış gözlenmiştir ve süreç ekzotermiktir. Başlangıç metal miktarının artması ile adsorpsiyon kapasitesi önemli ölçüde artmıştır. Çalışmada, adsorpsiyon işlemi etkileşim zamanının ilk 10 dakikasın-da büyük ölçüde tamamlanmıştır ve 30 dakikada sabitlenmiştir. Pseudo ikinci derece ve Logistik kinetik modelleri deneysel verilere uygulanmıştır. Logistik modelin, elde edilen adsorpsiyon verilerini mükemmel bir şekilde tanımladığı görülmüştür. Denge modellemesi için Langmuir ve Freundlich izotermleri kullanılmıştır. Korelasyon kat-sayıları (R2) ve toplam hataların karesi (SSE) değerleri doğrultusunda, Langmuir den-ge modelinin C. moschata ile bakır adsorpsiyonunu açıklamak için uygun olduğu gö-rülmüştür. C. moschata ile 473,37 mg g-1 maksimum bakır arıtım kapasitesi elde edil-miştir. Sonuçlar, çevre ile dost bir işlem olan bakır arıtımında KOH ön işlenmiş C. moschata'nın yüksek bir potansiyele sahip olduğunu göstermiştir.
Akşamsefasının (Mirabilis jalapa L.) büyüme ve mineral madde içeriğine kurşun uygulamalarının etkileri
Bu çalışmada, Pb uygulamalarının M. jalapa'da mineral nutrient (K, Ca, Mg, Fe, Zn, Cu ve Mn) alınımı ile Pb'nin büyüme üzerindeki etkileri araştırılmıştır. M. jalapa fidelerine Pb'nin 0, 10, 100 ve 1000 mg/L'lik derişimleri uygulanmıştır. Bitki tarafından alınan Pb, eşit olamayan şekilde organlar arasında dağılım göstermiştir. Bitki organları karşılaştırıldığında, en fazla Pb köklerde biriktiği belirlenmiştir. Kurşun uygulaması bitkinin büyüme ve gelişmesini olumsuz şekilde etkilemiştir. Bitkinin Fe, Zn, Mn ve Mg içerikleri Pb etkisinde genelde azalamalar göstermiştir. Köklerin Cu içeriği 10 ve 100 mg/L Pb etkisinde önemsiz değişim göstermiş iken, 1000 mg/L Pb derişiminde önemli düzeyde azalmıştır. Gövdelerin Cu içeriği Pb uygulamaları ile birlikte artmış; fakat yapraklarda ise azaldığı belirlenmiştir. Kök ve yapraklarının Ca içeriği Pb etkisinde azalmıştır. Gövdelerin Ca içeri ise 100 mg/L Pb etkisinde artmış iken 1000 mg/L Pb derişiminde ise azalmıştır. Bitki organlarının K içeriği Pb'den farklı şekilde etkilenmiştir. Sonuç olarak, Pb toksisitesi, besin elementlerinin alımını ve translokasyonunu bozmuş ve besin dengesizliğini indüklemiştir.
Rosa canina ve Lycium barbarum bitki özütlerinin DNA koruyucu aktivitelerinin ve Stenotrophomonas maltophilia üzerine etkilerinin araştırılması
Rosaceae familyası 3.000 – 4.000 türü içeren büyük bir bitki familyasıdır. Rosaceae cinsi 4 alt familyaya ayrılır: Amygdaloideae, Maloideae, Rosoideae ve Spiraeoideae. Solanaceae familyasının üyeleri ise yaklaşık 90 cins ve 2500 tür bulundurmaktadır. Halk arasında Rosa canina kuşburnu olarak bilinirken, Lycium barbarum ise goji berry olarak kullanılmaktadır. Rosa canina besleyici özelliğinden ve C vitamini bakımından zengin olmasından dolayı tüketilmektedir. Lycium barbarum ise zayıflama çayı olarak ve tedavi amaçlı kullanılmaktadır. Rosa canina ve Lycium barbarum türlerinin literatürde DNA koruyucu aktivitesine yönelik çalışma mevcut değildir. Rosa canina ve Lycium barbarum bitkilerinin metanol özütleri hazırlanmıştır. Bu özütlerin Stenotrophomonas maltophilia bakterisine karşı antimikrobiyal etkileri ve DNA koruyucu aktiviteleri çalışılmıştır. Antimikrobiyal aktivite iki farklı parametre olan MIK (Minimum İnhibisyon Konsantrasyonu) ve Disk Difüzyon yöntemiyle çalışılmıştır. DNA koruyucu aktivite pBR322 plazmid DNA'sı ile H2O2 ve UV-C kullanılarak çalışılmıştır. Antimikrobiyal açıdan her iki parametrede de özütler aktivite göstermezken, DNA koruyucu aktivite bakımından oldukça yüksek aktivite gösterdikleri saptanmıştır.
Anadolu'da kültürü yapılan bazı asma (Vitis vinifera L.) çeşitlerinin anatomik özelliklerinin karşılaştırılması
Anatomik çalışmalar hem bitkilerin hem de hayvanların ontogenik ve filogenik gelişimlerinin anlaşılması açısından oldukça önemlidir. Bitkilerde iletim demetlerinin dağılımı ve çeşidi gibi anatomik karakterlerin üst sistematik taksonların belirlenmesinde, hücresel düzeyde boyutlar, salgı kanallarının sayısı, iletim demetlerinin dağılım şekli ve sayısı gibi karakterlerin ise birbiri ile yakın ilişkili taksonların belirlenmesinde etkili olduğu birçok çalışma ile gösterilmiştir. Üzüm, insanlık tarihi boyunca önemli bir bitki olmuş, ticari öneminin yanısıra birçok kültür için kutsal kabul edilmiştir. Hem ticari değeri hem gıda olarak geniş çeşitliliğe sahip kullanımı nedeniyle dünyanın hemen hemen her bölgesindeki bağlarda tarımı yapılmaktadır. Bu kadar geniş bir coğrafyaya yayılması birçok çeşidinin elde edilmesini sağlamıştır. Bu çalışmada Kırşehir ilinin merkezine bağlı Toklümen köyündeki bağlarda yetiştirilmekte olan 8 farklı asma çeşidinden (Öküzgözü, Narince, Syrah, Boğazkere, Kalecik Karası, Viognier, Malbec, Sauvignon Blanch) alınan 3'er bitki örneğinin gövde, yaprak, yaprak sapı, meyve sapı ve tohum yapıları anatomik olarak incelenmiştir. Anatomik inceleme parafin metodu kullanılarak ışık mikroskobu altında yapılmıştır. Anatomik incelemelerde gövde için 16, yaprak için 13, yaprak sapı için 7, meyve sapı için 5 ve tohum için 10 adet olmak üzere toplam 51 farklı karaktere odaklanılmış, bunun yanında dikkat çeken diğer yapılarda açıklanmaya çalışılmıştır. Çalışma sonucunda incelenen birçok karakter için türler arasında istatiksel açıdan anlamlı farklılıklar tespit edilmiştir. Elde edilen bulgular literatür ile karşılaştırıldığında anatomik karakterlerin aynı alanda yetiştirilen farklı çeşitlerde anlamlı farklılıklar gösterdiği bununla birlikte çevresel etkiler ile de değişkenlik gösterebildiği tespit edilmiştir.
Nohut ascochyta yanıklığı etmeni Didymella rabiei'nin filogenetik analizleri
Ülkemizin önemli bir tarımsal ekonomik gelir kaynağı olan nohutta verim ve kaliteyi sınırlandıran Ascochyta yanıklığı etmeni Didymella rabiei'nin populasyon karakterizasyonu önem arz etmektedir. Bu çalışmada, nohut yetiştiriciliği yapılan alanlardan elde edilmiş olan farklı virülenslik seviyesine sahip (Patotip I, Patotip II, Patotip III, Patotip IV ve düşük virület) toplamda 50 adet D. rabiei izolatında, 15 adet RAPD ve 9 adet ISSR primeri kullanılarak genetik çeşitliliğin belirlenmesi amaçlanmıştır. RAPD ve ISSR markırlarından tekrarlanabilir nitelikte bant profili toplamda 8 adet primer ile sağlanmıştır. RAPD primerlerinden 1 adet, ISSR primerlerinden 3 adet olmak üzere toplamda 4 adet markırda polimorfik bant profili elde edilmiştir. Kullanılan markır sistemleri ile D. rabiei izolatlarının patotipleri, coğrafik dağılımı ve eşleşme tipi arasında korelasyon saptanmamıştır.
İslahiye ilçesi (Gaziantep) örümcek faunası sistematiği ve ekolojisi
2014-2016 yıllarının Nisan-Ekim döneminde gerçekleştirilen bu çalışmada, İslahiye (Gaziantep) ilçesinin örümcek örnekleri toplanmıştır. Çalışma sonucunda, bölgede 18 familya ve 15 cinse ait 23 tür tespit edilmiştir. Türler faunastik, ekolojik ve sistematik açıdan incelenmiştir. Araştırma alanının konumu ve örümcek faunası ile ilgili önceki bilgiler belirtilmiş ve toplama metodları açıklanmıştır. Çalışma alanından kayıt edilen her taksonun tanımı yapılmış, teşhis anahtarı hazırlanmış ve ilgili şekiller gösterilmiştir. Ayrıca her bir türün taksonomik referansı, sinonimleri, habitatı, ekolojisi, Türkiye'deki ve Dünyadaki dağılışı ile incelenen materyalin toplama bilgileri verilmiştir. Ayrıca 3 tür (Pterotricha pseudoparasyriaca, Pardosa occidentalis veAlopecosa pinetorum) Türkiye için yeni kayıt olarak belirlenmiştir.
Nevşehir atmosferinde polen konsantrasyonunun incelenmesi
Bu çalışmanın konusu Nevşehir (Merkez) ilinin atmosferik polenlerinin araştırılmasıdır. Polen örnekleri 1 Ocak 2014 - 31 Aralık 2019 tarihleri arasında völümetrik Burkard cihazı ile toplanmıştır. Nevşehir atmosferinde polenlerine rastlanan taksonlar ve onlara ait polen konsantrasyonu günlük 1 m3'teki miktar olarak belirlenmiş, günlük konsantrasyonların toplanması ile haftalık, aylık ve yıllık polen verileri hazırlanarak tablo ve grafik ve takvimler ile sunulmuştur. Ayrıca dominant takson verilerinin meteorolojik parametrelerle ilişkileri Pearson korelasyon testi kullanılarak araştırılmıştır. Toplanan örneklerin analizi verilerine göre, 6 yıllık dönemde Nevşehir atmosferinde 30 farklı taksona ait toplam 64 067 polen tespit edilmiştir. 30 taksondan 19'u ağaçsı taksonlar ve 11 tanesi ise otsu taksonlardan olşmaktadır. Toplam polen miktarının 54 688'i (% 85,4) ağaçsı taksonlara, 9 379'u (% 14,6) otsu taksonlara aittir. 2014 yılı içerisinde 30 taksona ait toplam 7 937 polen tespit edilirken. 2015 yılında 30 taksona ait toplam 11 332 polen belirlenmiştir. 2016 yılı içerisinde 30 taksona ait toplam 10 349 polen; 2017 yılında 29 taksona ait toplam 14 408 polen; 2018 yılında 30 taksona ait toplam 8 610 polen ve son olarak 2019 yılında ise 30 taksona ait toplam 11 431 polen sayılmıştır. Altı yıllık verilere göre Nevşehir atmosferinde Pinaceae (% 35, 0), Cupressaceae (% 34,1), Amaranthaceae (% 5,7), Quercus (% 4,4), Poaceae (% 2,3), Artemisia (% 2,3), Ambrosia (% 1,6), Populus (% 1,5), Betula (% 1,5), Salix (% 1,3) ve Fraxinus (% 1,2) türleri polenlerine en çok rastlanan taksonlar olarak belirlenmiştir. Yıllara göre en yüksek aylık toplam polen miktarı ise 2014'ten 2017'ye kadar Mayıs; 2018'de Şubat ve 2019'da ise Nisan ayında kaydedilmiştir. Sonuç olarak çalışma süresince yıllara göre en yüksek polen miktarı 2017 yılına ve aylık olarak en yüksek polen miktarı ise Mayıs ayında kaydedilmiştir. Çalışma ile Nevşehir'in altı yıllık polen takvimi hazırlanmıştır. ANAHTAR KELİMELER: Nevşehir, Polen Takvimi, Polen, Atmosfer, Meteorolojik Parametreler
Bazı mantar ekstraktlarının antimikrobiyal aktivitesi ve zaman-öldürme kinetiklerinin gözlemlenmesi
Doğal ürünler, çeşitli hastalıklara karşı kullanılabilen bileşikler üretme potansiyeline sahiptir. Yaygın bakteriyel ilaç direnci göz önüne alındığında yeni antimikrobiyal maddelerin araştırılması önemlidir. Bu çalışmada, Fomes fomentarius (L.) Fr., Phellinus hartigii (Allesch. & Schnabl) Pat. ve Fomitopsis pinicola (Sw.) P. Karst., adlı üç makromantarın, altı farklı çözücü (su, metanol, kloroform, aseton, petrol eteri ve n-hekzan) kullanılarak elde edilen ekstraktlarının biri adet standart suş (E. coli ATCC 25922) ve on biri farklı direnç profiline sahip klinik izolat olan toplam on iki farklı Escherichia coli suşuna karşı antimikrobiyal aktiviteleri incelenmiştir. Ekstraktların antimikrobiyal aktivitesini belirlemek için minimum inhibisyon konsantrasyonu (MİK) ve minimum bakterisidal konsantrasyon (MBK) testleri kullanılmıştır. Ayrıca, seçilen ekstraktlar için zaman öldürme kinetiği testi yapılmıştır. Sonuç olarak, ekstraktların E. coli suşlarına karşı hem bakteriyostatik, hem de bakteriyosidal aktiviteye sahip olduğu görülmüştür. Ekstraktların kimyasal bileşimini ve etki şeklini belirlemek için daha fazla araştırma yapılması gerekmektedir.
Nevşehir il merkezi atmosferindeki alerjik mantar spor konsantrasyonunun incelenmesi
Mantar sporları atmosferdeki alerjenlerin en önemli gruplarında birini oluşturmaktadır. Atmosferdeki mantar spor konsantrasyonunun saptanması duyarlı bireylerin tedavilerinin planlanması, yaşam kalitelerinin arttırılmasının yanı sıra tedavi giderlerinin azaltılması ve iş gücü kayıplarının önlenmesi açısından da önem arz etmektedir. Bu amaçla Nevşehir ili atmosferinde bulunan mantar sporları Ocak 2014-Aralık 2019 tarihleri arasında Hirst tipi volümetrik Burkard tuzağı ile çalışılmıştır. 72 aylık dönemde yapılan analizlerde, 35 mantar taksonuna ait 407 309 spor saptanmıştır. Atmosferde belirlenen taksonların toplam spor konsantrasyonu içerisindeki oranı Cladosporium %55,4; Leptosphaeria %8,9; Alternaria %6,9; 1-septalı askospor %3,4; Periconia 2,6; Ustilago %2,5; Pleospora %2,4; Coprinus %1,8; Xylaria %1,5; Melanomma %1,4; Exosporium %1,3; Nigrospora %1,1; Didymella %1 ve Puccinia %1 olarak saptanmış, ayrıca toplam spor miktarı içerisindeki oranı %1'in altında kalan 21 taksona ait sporların toplamının ise %8,8 olduğu tespit edilmiştir. Ayrıca dominant takson verilerinin meteorolojik parametrelerle ilişkileri Pearson korelasyon testi kullanılarak araştırılmıştır. En düşük spor konsantrasyonu 311 spor ile 2017 Ocak ayında rastlanırken en yüksek spor konsantrasyonu 20587 spor ile 2016 Haziran ayında saptanmıştır. Her taksonun 1 m3 havadaki spor miktarlarının günlük, haftalık ve aylık değerleri çizelgeler halinde verilmiştir. Bu veriler kullanılarak Nevşehir iline ait spor takvimi hazırlanmıştır
Biyojenik gümüş nanoparçacık içeren polisülfon nanofiberlerin marin ortamda Nikel ve Kobalt metallerini mikrobiyal korozyondan koruma etkinliğinin belirlenmesi
Korozyon birçok endüstri alanında sıklıkla karşılaşılan ciddi bir sorun olup korozyonun önlenmesi önemlidir. Korozyon önleme yöntemleri arasında sıklıkla yüzey kaplama yöntemi kullanılmaktadır. Bu kaplamaların uygulama maliyetlerinin yüksek olması ve özellikle çevre için toksik yan ürünler içermeleri sebebiyle farklı kaplama yöntemlerine ihtiyaç duyulmaktadır. Son yıllarda nanoteknoloji ile üretilen malzemelerin metal ya da alaşımları korozyondan koruma potansiyelleri çalışmalar ile gösterilmiştir. Özellikle, nanoparçacıklar ile yüklenmiş nanofiberlerin (Nf) kullanım potansiyeli yüksektir. Tez çalışmasında, bakteri süparnatantı kullanılarak biyojenik gümüş nanoparçacık (AgNP) üretilmiş, üretilen AgNP içeren Polisülfon (PSU) polimerinden elektro eğirme yöntemi ile eş zamanlı olarak, Nikel (Ni) ve Kobalt (Co) yüzeyleri nanofiber ile kaplanmıştır. Nanoparçacık ve nanofiberler Taramalı Elektron Mikroskobu (SEM), Geçirimli Elektron Mikroskobu (TEM), Enerji Dağılım X ışını spektrometresi (EDX) ve Zayıflatılmış Toplam Yansıma –. Fourier Dönüşümlü Kızıl Ötesi Spektrometresi (ATR-FTIR) ve Endüktif Eşleşmiş Plazma Kütle Spektrometresi (ICP-MS) ile karakterize edilmiştir. Mikrometre kalınlığında nanofiber ile kaplanan yüzeyler, Ni için yapay deniz suyu ortamında model biyofilm bakterisi olan Pseudomonas aeruginosa, Co metali için mineral su ortamında Aeromonas eucrenophila bakterisine karşı korozyon ölçümleri elektrokimyasal yöntemler ve ağırlık kaybı yöntemleri ile araştırılmıştır. Korozyon sonrası yüzeyler ve nanofiberdeki morfolojik değişim SEM analizi ile görüntülenmiştir. Elektrokimyasal ve yüzey analizleri sonucunda, üretilen ve antibakteriyel özellik gösteren AgNP taşıyan PSU-Nf kaplamaların Ni ve Co metallerini korozyon ve mikrobiyal korozyondan koruduğu belirlenmiştir. Sonuç olarak, üretilen gümüş nanoparçacık içeren polisülfon nanofiberlerin metalleri korozyon ve mikrobiyal korozyondan korunmasında kullanım potansiyeli taşımaktadır.
Scytodes thoracica (Latreille 1802) türünün morfolojik özelliklerinin taramalı elektron mikroskopla belirlenmesi (Arachnida: Araneae)
Örümcekler, dünyada 120 familya, 4144 cins ve 48301 tür ile Arachnida sınıfının en büyük takımını oluştururlar. Ülkemizde örümcekler üzerine çalışmalar 1967 yılında Karol ile başlamıştır ve Türkiye'ye ait olan 119 cins ve 302 türü tanımlayıp ülkemizin ilk örümcek listesini oluşturmuştur. Örümcekler morfolojileri ve anatomik özellikleri bakımından farklılıklar gösterir. Scytodes thoracica (Latreille 1802) kozmopolit dağılıma sahiptir. S. thoracica türü Avrupa çapında dağılım gösterir. 219 geçerli tür adını kapsar ve S. thoracica, Türkiye'de de yaygındır. S. thoracica, erkek bireylerde boy 3 ila 5 mm, dişi bireylerde ise 4 ila 6 mm olarak görülür. Baş ve göğüs sarı renkte ve küreseldir. Başın ön kısmı çıkıntılıdır. Kabukta kahverengi lekeler görülür. Ayaklar kahverengi halkalarla sarılı ve incedir. Karın oval, sarı-beyaz, kahverengi kısa tüylerle kaplıdır. Sırtın arka yarısında 2 sıra siyah dairesel işaretler vardır. Gözler, üç çift halinde düzenlenmiştir. Maksillaları sivri uçludur. Dişi üreme sistemi haplojin ve basit yapıdadır. Ekstremitelerinde duyu kılları vardır. Torasik yarık belirgin değildir. Örü memeleri küçük ve koniktir. Scytodes'in sefalotoraksı oval-geniş, dışbükey ve subglobulous, geniş bir şekilde yuvarlatılmış, öne eğimli ve zayıflatılmış, ön kenar oldukça dar ve kare kesilmiş, genellikle köşelerde bile hafifçe çıkıntılı; tamamen çizgi içermez. Keliserleri kitin membranlı ve uç kısmında fang vardır. Bu tez çalışmasında S. thoracica türünün taramalı elektron mikroskobu aracılığıyla morfolojik özellikleri belirlenmiştir.
Aromatik ve alifatik yan zincirli bazı aminoasitlerin hidrojen peroksit ile oksidatif hasar oluşturulan Saccharomyces cerevisiae L. üzerindeki biyokimyasal etkileri
Bu çalışmada alifatik ve aromatik zincirli amino asitlerin, kültür ortamına hidrojen peroksit (H2O2) ilave edilen Saccharomyces cerevısıae'nin antioksidan enzimler, lipofilik vitaminler, yağ asidi bileşimi ile malondialdehit (MDA), glutatyon (GSH) ve yükseltgeniş glutatyon (GSSG) düzeyleri üzerindeki etkileri incelendi. Deney kapsamı içinde kontrol, H2O2, lösin, valin, fenilalanin ve triptofan ile bunların H2O2 ilaveli grupları kullanıldı. Bulgularımıza göre total protein ve MDA düzeylerinin kontrol grubuna göre lösin ve valin gruplarında azaldığı halde, H2O2 ilave edilen gruplarda yükseldiği belirlendi. H2O2 verilen gruplarda da GSH düzeyi de azaldığı tespit edildi. Fenilalanin ve triptofan ilave edilen grupların MDA ve GSH sonuçlarının da lösin ve valin gruplarına benzer olduğu gözlendi. Katalaz enzim düzeyinin kontrol grubuna göre fenilalanin ve triptofan verilen gruplarda hem de H2O2 verilen gruplarda yükseldiği belirlendi. Yağ asitlerinden palmitik asit düzeyinin kontrol grubuna göre lösin ve valin grupları ile H2O2 ilave edilen gruplarında azaldığı tespit edildi. Stearik, oleik ve linoleik asit miktarları artarken, H2O2 verilen gruplarda yalnızca linoleik asit miktarının yükseldiği belirlendi. Fenilalanin ve triptofan ile H2O2 verilen gruplardaki palmitik asit sonucu lösin ve valin gruplarına benzer gözlendi. H2O2 verilen gruplarda stearik asit ile linoleik asit miktarlarında yükselme tespit edildi. α-tokoferol miktarının lösin ve valin gruplarında kontrol grubuna göre azaldığı halde, ergosterol ve stigmasterol düzeylerinde arttığı gözlendi. Fenilalanin ve triptofan verilen gruplardaki ergosterol ve stigmasterol değişiminin benzer olduğu bulundu. Ayrıca α-tokoferol miktarı H2O2 verilen fenilalanin ve triptofan gruplarında kontrol grubuna göre yükseldiği gözlendi. Sonuç olarak S. cerevisiae'nın kültür ortamına amino asit ilave edilmesinin H2O2 toksititesine karşı antioksidan savunma üzerinde etkili olmadığı ve lipid biyosentezi ve diğer metabolik yollardaki enzimler üzerinde de negatif ya da pozitif yönde etkili olmadığı gözlendi.
Determining the essential oil composition of endemic Origanum acutidens (Hand.-Mazz.) ietswaart and antimicrobial activities
In this study the essential oil composition of the Origanum acutidens (Lamiaceae) plant, endemic species, and the antimicrobial activity were tested against the some selected bacteria and fungi species. The essential oil of the plant has obtained by using clevenger apparatus and the yield of the oil has determined as 1.5(v/w). The essential oil composition were analysed by using GC and GC – MS system quantittively and qualitatively. Carvacrol (32.11%), P – cymene (19.11%), Gamma terpinene (6.91%), Ethyl benzene (5.28%), Borneol (4.11%) components were found as major compounds in the Origanum acutidens essential oil. The antimicrobial activity of the essential oil of Origanum acutidens plant was tested against some selected bacteria Staphylococcus aureus ATCC25923, Bacillus megaterium DSM32; Escherichia coli ATCC25322, Klebsiella pneumoniae ATCC700603, Pseudomonas aeruginosa DMS50071, and some fungi and dermatophyte fungi strains, Candida albicans FMC17, Candida glabrata ATCC66032, Epidermophyton sp. and Trichophyton sp. by using Disc Diffusion and MIC (Minimal Inhibition Concentration) methods. In the antimicrobial activity of the Origanum acutidens essential oil, the oil has shown strong activity on the Staphylococcus aureus and middle activities on the Escherichia. coli, Bacillus megaterium from bacteria and Candida albicans and also Epidermophyton sp. Fungi. The results showed that the volatile oil of Origanum acutidens will be used as antibacterial and may be antifungal agent.
Deneysel ülseratif kolit modelinde, Lycium barbarum'un (goji berry) apoptozis ve otofajideki rolü
Ülseratif kolit dünyada sıklıkla görülen bağırsak hastalıkları içerisinde yer almaktadır. Lycium barbarum (Goji Berry) antioksidan, antimikrobiyal, antiaging, antiinflamatuar etkileri olan, alternatif tıpta sıklıkla kullanılan bir meyve türüdür. Lycium barbarum'un (LB) bağırsak hastalıklarına etkisi kapsamlı olarak araştırılmasına rağmen ülseratif kolit modelinde, apoptozis ve otofajik yolak üzerindeki etki mekanizması henüz tam olarak aydınlatılamamıştır. Bu çalışmada; ülseratif kolit modeli üzerinde LB'un apoptozis ve otofaji yolağa etkisi araştırılmıştır. Araştırmada Wistar albino cinsi erkek sıçanlar, ülseratif kolit modeli oluşturmak için DSS kimyasalı, kolit oluşumunu engellemek amacıyla LB kullanılmıştır. Çalışmamızda DSS grubuna kıyasla LB+DSS grubunda; p53 ve Beclin 1 protein ekspresyon seviyelerinin arttığı, TIGAR protein ekspresyon seviyesinin azaldığı, MDA düzeyinin azaldığı, GSH düzeyinde ve katalaz aktivitesinde ise artış olduğu, ayrıca histopatolojik sonuçlarda ise LB+DSS grubunda ülseratif kolitin oluşmadığı belirlenmiştir. Genel olarak bulgularımız LB'un ülseratif kolit oluşumunu engellediği, oluşan hasarı azalttığı, savunma ve apoptozis/otofaji mekanizmalarını aktifleştirdiğini göstermektedir. Çalışmada elde ettiğimiz sonuçlar, bir bütün olarak değerlendirildiğinde LB'un ülseratif kolit oluşumunu engelleyen umut verici potansiyele sahip olduğunu söyleyebiliriz.
Insan pankreas kanserinin biyoinformatik araçlar ile genom boyu ifade analizi
Pankreas kanseri, tanısı ve tedavisi oldukça zor olan, yüksek derecede metastatik özellikte olup oldukça kötü prognozlu ve sağkalım oranı düşük bir malignitedir. Pankreatik duktal adenokarsinom (PDAC), pankreas kanserleri içinde en sık görülen tip olup oldukça kötü prognoza sahip bir kanserdir. Bir yıllık sağ kalım oranı yaklaşık %18'dir. Hastalık, erken dönemde belirti vermediği için teşhis edildiğinde genellikle 3. veya 4. evrede olmaktadır. Erken teşhisin çok önemli olduğu bu tür patolojilerde, hastalık teşhisinden kısa süre sonra (6-12 ay) hasta kaybedilmektedir. Bu durumun en önemli sebebi, pankreas kanserinin erken teşhisinde kullanılabilecek invazif olmayan moleküler biyobelirteçler (genler) tespit edilememiş olması bundan dolayı da hastalığın genellikle ileri veya metastatik safhada tespit edilebilmesidir. Bu anlamda, pankreas kanseri tanısı konulmuş hastaların sadece %20 'si cerrahi rezeksiyon için uygunluk gösterir. Çünkü teşhis esnasında hastaların çoğunda lokal ve uzak metastaz görülür. Pankreas kanserinin teşhisinde kullanılabilecek invazif olmayan bir tarama testi yoktur. Pankreas kanserinde CA 19-9, P53, K-ras ve mikro RNA'lar en sık incelenmiş ve pankreas kanseri ile ilişkilendirilmiş tümör markerlarıdır. Tanıda en çok tercih edilen CA 19-9 serum markırıdır. Ancak bu belirtecin pankreas kanserine spesifitesi ve hassasiyeti şüphelidir. Serum karbohidrat antijeni CA 19–9 (CA 19–9) tümör ilişkili bir antijen olup, Lewis a-antijeni olarak da bilinir. CA 19–9 normal şartlarda pankreas, safra kanalı hücreleri, mide, kolon, endometrium, tükrük bezleri ve bronşiyal epitelyum hücrelerinden salgılanır. CA 19–9, pankreas kanseri tanısında en yaygın olarak kullanılan tümör markeridir. CA 19–9, sadece pankreas adenokarsinomları için spesifik olmayıp gastrointestinal sistemin de neden olduğu birçok tümörde de yükselebilir. Aynı zamanda CA 19-9'un kan grubu antijenleri ile de ilişkisi vardır. CA 19-9 sentezi genotip olarak Lewis a-b- olan kişilerde, oluşmaz. Bu nedenle bu hasta grubu yanlış sonuçlarla değerlendirilebilir. Son yıllarda yeni tümör markerları üzerine çalışmalar yapılmaktadır. Hücre çoğalması ve büyümesinde oluşan genetik değişikliklerin kanser gelişimindeki etkisi bilinmektedir. Onkogenlerin fonksiyonu, uyarılmasındaki artışı, tümör baskılayıcı genlerin inhibe olması, DNA tamir mekanizmalarında meydana gelen değişimler ve apoptozdan sorumlu genlerdeki bozukluklar kanserin temel moleküler patolojisinden sorumludur. Diğer bir belirteç olan K-ras ise bir guanin nükleotid bağlanma proteini olarak büyüme faktörü sinyal iletiminde görev alır. Bu fonksiyonu ile hücre çoğalması artar ve apoptoza karşı direnç gelişir. K-ras insan kanserleri içerisinde en sık tespit edilen mutasyona uğramış onkogendir. Pankreatik duktal orijinli kanserlerin yaklaşık %90'ında K-ras onkogeninde mutasyon tespit edilir ve karsinogenezin özellikle ilk evrelerinde önem kazanır. K-ras mutasyonu sadece pankreas doku hücrelerinde değil, pankreatik sıvıda duodenal fırça biopsilerinde, kan ve gaita örneklerinde tespit edilebilir. Günümüzde pankreas kanserinin tanısında; Ultrason, EUS, CT, ERCP, MR ve ince iğne aspirasyonu kullanılmaktadır. Ancak bu yöntemler, hastalığın erken teşhisi için bir ipucu vermemektedir. Yaptığımız çalışmada öncelikle NCBI GEO DataSet veri bankasında bulunan transkriptom ham verileri kullanılarak in siliko analizler yapılmıştır. Bu analizlerde Pankreas kanseri ile normal doku ve kan örneklerinin ifade profilleri karşılaştırılmış ve bu iki grup arasında ifade düzeyi farklılık gösteren genler belirlenmiştir. Farklı veri setlerinden gelen bu gen listeleri kullanılarak Gene Set Enrichment Analysis, Hierarchical Cluster Analizleri ve Yolak Analizleri yapılmıştır. Bu biyoinformatik analizler sonucunda belirlenen aday gen listesinde bulunan genlerin validasyonu ise pankreas kanseri hastaların hem kan hem de tümör doku örnekleri kullanılarak QRT-PCR ile valide edilmiştir. Bu şekilde hem pankreas kanserinin oluşumunda hem de prognoz sürecinde rol oynayan moleküler mekanizmalar hakkında bilgi edinilmekte hem de pankreas kanserinin moleküler alt tipleri hakkında önemli veriler elde edilebilmektedir. Bu çalışmaların bazılarında bu kanserin 3 farklı moleküler alttipi olduğu bazılarında ise dört farklı moleküler alttipi olduğu ifade edilmiştir. Ancak bu konuda yapılan çalışmalar daha çok yeni olduğu için bu konuda yeterince veri bulunmamaktadır. Bundan dolayı gelecek açısından pankreas kanserine spesifik olan, invazif olmayan, klinik uygulamaya geçme potansiyeli yüksek doğru ve özgül olabilecek bir moleküler biyobelirtecin geliştirilmesi büyük önem arz etmektedir.
Bazı tarımsal atıklar üzerinde kültürü yapılan Pleurotus djamor (Rumph. ex Fr.) boedijn ve Pleurotus citrinopileatus singer'in besin içeriği ve tıbbi özelliklerinin belirlenmesi
Bu çalışmada; bazı lignoselülozik atıkların Pleurotus djamor (Rumph. Ex Fr.) Boedijn ve Pleurotus citrinopileatus Singer'in kültüründe değerlendirilebilmesi ve elde edilen basidiokarpların besin değerleri ile tıbbi aktivitelerine etkileri araştırılmıştır. Farklı atıklar üzerinde kültürü yapılan P. djamor ve P. citrinopileatus'un miselyum yetiştirme dönemleri, primordium oluşum dönemleri, hasat dönemleri ve verimleri 11.5-12.8 gün, 20.3-36.5 gün, 50.0-90.5 gün ve 12.0-29.6 g/100g olarak belirlenmiştir. Farklı kültür ortamlarındaki P. djamor ve P. citrinopileatus'un % 89.9-91.9 kuru madde, % 8.1-10.1 nem, 250.8-307.8 kcal enerji, % 22.0-44.9 ham protein, % 1.1-2.3 ham yağ, % 5.8-10.5 ham kül, % 20.3-46.8 karbonhidrat, % 81.1-84.1 organik madde, 543-857 mg/L K, 1.77-55 mg/L Ca, 1.08-3.8 mg/L Na, 1.22-3.2 mg/L Fe, 1.45-2.7 mg/L Zn, 0.17-0.36 mg/L Mn, 1.32-13.0 mg/L Cu, 0.21-0.73 mg/kg A vitamini, 18.49-59.00 mg/kg E vitamini, 112.1-732.4 mg/kg C vitamini ve 122.3-561.7 mg/kg MDA içerdiği, fakat Cr, Cd, Co, Ni ile Pb gibi toksik metaller ise saptanmamıştır. Antioksidan etkilerinin; 3.125-25 mg/ml konsantrasyondaki DPPH radikali süpürücü etkisi % 2.06-84.20, TAS 0.96-2.70 mmol/l ve TOS 7.43-11.98 µmol/l olarak değiştiği tespit edilmiştir. Farklı konsantrasyonlardaki (100 µg/ml ve 200µg/ml) metanol ekstraklarının kontrol gruplarıyla karşılaştırıldığında her iki türün de B. subtilis, P. aeruginosa, Trichophyton sp., S. aureus, P. vulgaris ve E. coli'nin gelişimi daha fazla engelledikleri belirlenmiştir. İki türün BS'den elde edilen bazidiokarplarının 400 μg/ml konsantrasyonda sırasıyla MDA-MB-231 (% 2.2) ve A-549 (%2.7) hücre hattına karşı en iyi sitotoksik etki göstermiştir. Örneklerin 25 mg/ml'lik metanol ekstrelerinin DNA koruyucu etkiye sahip olduğu tespit edilmiştir.
Libya'daki tıbbi atıkların çevresel durumunun değerlendirilmesi
1990'lardan itibaren farmasötik kirliliğinin çevremizde yaygın bir şekilde ortaya çıkmaya başlamıştır. Dünyanın bir çok ülkesinde bu tür kirliliği gidermek için araştırmalar başlamış durumdadır. Farmasötik kirliliğin bir kısmı süresi bitmiş ilaçları teşkil etmektedir. Libya gibi bir süre çatışma ve savaş durumu yaşamış bir ülke olarak her yıl 1,2 ton/yıl tıbbi atık üretmektedir ve bu atıkların çoğu özel, devlet hastaneleri ve eczanelerden kaynaklanmaktadır. Bu tür kirliliği azaltmak ve gidermek için adımları, azaltma, yeniden kullanım ve geri dönüşüm, uygun bertarafdır. Diğer taraftan Tıbbı atıklar kendi içinde farklı kategörilere ayrılmaktadır: Enfeksiyon potansiyeli olan atıklar, patolojik atıklar, kesici ve delici atıklar, farmasötik atıklar, sitotoksik atıklar, kimyasal atıklar, radyoaktif atıklar ve tehlikesiz atıklar olarak sınıflandırılır. Bu çalışmada, Ejdabia şehrinden başlayıp Tobrok kentinde son bulan 405 örnek üzerinde durulmaktadır (Şekil 3.1). Örneklem, 15 hastane, 29 poliklinik, 29 özel tıp merkezi, 235 eczane ve 90 tıbbi mağaza içermektedir. Sonuç olarak hastanelerden kaynaklanan tıbbi atıkları artmaktadır, kliniklerden üretilen atık miktarları kişi başı 3,5 kg/gün, yıllık tonajları ise yaklaşık 563 tondur.
Investigation of cytotoxic activities of Terfezia and Picoa extracts and molecular effects on cancer cell lines
The cytotoxic and apoptosis-inducing activities of Terfezia and Picoa species were investigated on three different cancer cell lines. Human pancreas adenocarcinoma cell line (PANC-1), human breast adenocarcinoma cell line (MDA-MB 231), and human lung adenocarcinoma cell line (A549) were used. MTT assay was applied for detecting the cytotoxic activity of water, methanol, and acetone extracts, with exposure of each cancer cell line to concentrations of 400, 200, 100, and 50 μg/well. Hoechst 33342 (HO) and Propidium Iodide (PI) stains were applied for differentiation between necrotic and apoptotic cancer cells. Four target genes; BAX, Bcl-2, P21, P53, and one reference gene; GAPDH was included. Quantitative real-time PCR (QRT-PCR) was performed to analyze gene expression. In the results, cytotoxic effects of water, methanol, and acetone extracts from Terfezia claveryi, T. boudieri, T. olbiensis, Picoa juniperi, and P. lefebvrei were determined. The impacts were observed in a dose-dependent manner (400, 200, 100, and 50 μg/ml). HOPI double-stains revealed that the extracts effectively induced apoptosis rather than necrosis in the treated cell lines. p21, p53, and BAX genes were significantly (p<0.001) up-regulated in treated cancer cells by more than 3-fold changes. While the Bcl2 gene was significantly (p<0.001) down-regulated by more than 0.3-fold changes when compared to untreated cancer cells. Finally, the inhibitory effects of Terfezia and Picoa water extracts on the PANC-1 cell line, MDA-MB 231 cell line, and A549 cell line can be considered functional natural products.
Dysdera crocata C.L Koch, 1838 türünün, zehir bezinin morfolojik yapısının taramalı elektron mikroskopla belirlenmesi (Arachnida: Araneae)
Bu çalışmada Dysdera crocata C.L Koch, 1838 örümcek türünün, zehir bezinin morfolojik yapısı taramalı elektron mikroskop kullanılarak (SEM) incelenmiştir. Prosoma'da yer alan zehir aygıtı, bir çift keliser ile bir çift zehir bezinden oluşmuştur. Keliserlerin her biri, kıllarla kaplı olan şişkin bir bazal parça ve hareketli bir zehir dişine sahiptir. Dişin uca yakın kısmında bir zehir deliği yer almaktadır. Zehir dişinin dış yüzeyinde düzgün ve paralel dizilmiş oluklar bulunmaktadır. Bu oluğun her iki tarafı kutikular dişler ile örtülüdür. Zehir bezleri silindirik yapıdadır. Bezlerin etrafı tamamen çizgili kas lifleri ile sarılmıştır. Bu kas liflerinin kasılmasıyla zehir bezinde üretilen zehir bir kanal vasıtasıyla zehir dişine gelmekte ve burada yer alan zehir deliğinden dışarıya verilmektedir.
Bazı Allium türlerinin karyolojik yönden incelenmesi
Bu çalışmada, Amaryllidaceae familyasının önemli cinslerinden biri olan Allium cinsine ait beşi endemik 8 tür (Allium armerioides, Allium colchicifolium, Allium dumanii, Allium muratozelii, Allium orientale, Allium stamineum, Allium subakaka, Allium tuncelianum) karyolojik yönden incelenmiştir. Sitotaksonomik çalışmalar için toplanan farklı örneklerin soğanlarından yararlanılmıştır. Bölünür somatik hücrelerde yapılan çalışmalar sonucunda, türlerin kromozom sayımları ve karyotip analizleri yapılarak ideogramları çizilmiştir. Kromozom sayıları Allium armerioides, Allium colchicifolium, Allium muratozelii, Allium orientale, Allium stamineum, Allium subakaka, Allium tuncelianum türlerinde 2n=16 ve Allium dumanii türünde 2n=16+2B olduğu tespit edilmiştir.
Bazı Iris türlerinin sitotaksonomik yönden incelenmesi
Bu çalışmada, Iridaceae (süsengiller) familyasına ait önemli cinslerden biri olan Iris cinsine ait ikisi endemik beş tür (Iris aucheri, Iris persica, Iris peshmeniana, Iris reticulata var. reticulata ve Iris sari) sitotaksonomik yönden incelenmiştir. Sitotaksonomik çalışmalar için farklı populasyonlardan toplanan bitkilere ait soğanların çimlendirilmesiyle elde edilen kök uçları kullanılmıştır. Bölünür somatik hücrelerde yapılan çalışmalar sonunda, bu türlerin kromozom sayımları ve karyotip analizleri yapılarak ideogramları çizilmiştir. Kromozom sayılarının Iris persica 2n=18, Iris sari 2n= 20, Iris aucheri ve Iris peshmeniana 2n=24, Iris reticulata var. reticulata 2n= 36, şeklinde oldukları tespit edilmiştir. Anahtar Kelimeler: Iris, Iridaceae, Kromozom sayıları, Sitotaksonomi, Karyotip
Deneysel multiple skleroz oluşturulan sıçanlarda farklı biyotin formlarının MİR-21, MİR-107 VE MİR-122 ile PI3K/AKT sinyal yolağı üzerine etkilerinin araştırılması
Bağışıklık sistemi hücrelerinin miyelin kılıfına ve merkezi sinir sistemi yapılarına zarar vermesi sonucu gelişen Multiple Skleroz (MS), en sık görülen nörolojik hastalıktır. Biyotin takviyesi MS hastalığının ilerlemesini geciktirerek bireylerin yaşam kalitesini arttırmaktadır. Magnezyum (Mg) sinir hücrelerinde iletimi sağlayan nörotransmitter maddelerin alınım ve salınımının kontrolünde rol oynar. Ancak, Mg ve Biyotinin kombine kullanımı ile ilgili çalışmalara literatürde rastlanılmamıştır. Bu çalışmada, sıçanlarda lizolesitin (LPC) ile oluşturulan demiyelinizasyon sonrası deneysel MS modelinde Biyotin ve Magnezyum Biyotinatın (MgB) etkileri araştırılmıştır. Çalışmada, toplam 42 adet Wistar albino sıçan 6 gruba ayrıldı. i: Kontrol; tek doz % 0.9 fizyolojik serum verilen sıçanlar. ii: LPC; tek doz % 0.9 fizyolojik serum içerisinde % 1 oranında hazırlanmış LPC verilen sıçanlar. iii: LPC+BI: LPC ve 0.9 mg D-biyotin verilen sıçanlar. iv: LPC+BII: LPC ve 9 mg D-biyotin verilen sıçanlar. v: LPC+MgBI: LPC ve 0.9 mg biyotin (MgB) verilen sıçanlar. vi: LPC+MgBII: LPC ve 9 mg biyotin (MgB) verilen sıçanlar. D-biyotin ve MgB, 7 hafta süreyle günlük oral gavaj olarak uygulandı. miR-21 ekspresyonu kontrol ve tedavi gruplarına göre LPC grubunda belirgin bir şekilde artarken, miR-107 ve miR-122 ekspresyonları ise belirgin bir şekilde düşmüştür (p<0.0001). PI3K, Akt1, Nrf2, HO-1 ve Bcl-2 protein düzeylerinde kontrol ve tedavi gruplarına göre LPC gruplarının düzeyleri düşerken NF-ĸB, Bax ve Kaspaz-3 protein düzeylerinde ise protein seviyeleri artmıştır (p<0.0001). Sonuç olarak, sıçanlarda LPC ile indüklenen MS hastalığında, MgB takviyesinin miR-21, miR-107 ve miR-122 ile NF-ĸB, Nrf2/HO-1 ve apoptotik sinyal yolaklarını regüle ederek MS hastalığının ilerlemesini geciktirebileceği düşünülmektedir.
Anadolu körfaresinin (Nannospalax xanthodon, 2n= 52 Sitotipi: RODENTIA) dağılım ve demografik özelliklerinin incelemesi
Populasyonların dağılım ve demografi çalışmaları, tür ekolojisini daha iyi anlamak için önemli veriler sağlamaktadır. Biyolojileri hakkında fazla bilgimiz olmayan memeli türlerinden biri olan Anadolu körfareleri sadece Türkiye sınırları içerisinde 30'dan fazla kromozomal varyasyona sahiptir. Anadolu'daki habitat çeşitliliği ile ilişkili görünen bu türün biyolojisi de merak uyandıran bir çeşitlilik potansiyeli barındırmaktadır. Yapmış olduğumuz çalışma ile Anadolu körfareleri olarak bilinen Nannospalax xanthodon'un demografik, dağılım ve dispersal özellikleri incelenmiştir. 2019 ve 2020 yılları Mayıs ve Temmuz ayları arasında, Bolu-Gerede ilçesindeki 300x600 m boyutlarında tarıma kapalı bir araziden yapılan çalışmada ilk yıl 44 adet ikinci yıl ise 29 birey yakalanıp yakalanmış, elektronik markalama yöntemi ile etiketlenmiş ve doku alımı işleminden sonra yuvalarına geri bırakılmıştır. Bireyler yavru, genç ve ergin olarak gruplandırılmış, sadece genç ve ergin bireylere ait demografik veriler değerlendirilmiştir. İlk örneklem sezonunda markalanan toplam 43 genç ve ergin bireyden 10 tanesi bir sonraki yıl tekrar yakalanırken daha önce diğer markalanmış olan diğer bireylere rastlanmamıştır. Eşey oranlarının her iki örneklem sezonunda da dişiler lehine olduğu belirlenmiştir. Üreme davranışı dişi bireylerde genellikle iki yaşından itibaren görülmektedir. Körfarelerin dağılımları anne yuvasından, haziran ayının sonlarında başlayıp temmuz ortalarında sona erer. Populasyon içerisinde bireylerin hareketi veya birbirlerine göre konumlarının değişmesi erkek bireylerde daha fazla yüksek olup dişilerde ise daha durağandır. 2019 yılı örnekleminde çalışma alanında bulunmadığı halde ikinci sezon çalışma alanının dışından gelen ergin erkek bireylere rastlanmıştır. Bireylerin birbirlerine konumları tekdüze olup yoğunluk dekar başına ilk örneklem sezonunda 2,4 ve ikinci örneklem sezonunda ise 2,1 birey olarak bulunmuştur. Populasyona ait Kullanmış olduğumuz 8 adet mikrosatellit markörlerden ancak 5 tanesi yeterli miktarda polimorfizm ortaya çıkarmış ve alellerin Hardy-Weinberg dengesinde olmadıkları bulmuştur. Yeterli derecede polimorfik markörlerin bulunmaması nedeniyle ebeveynlik testleri gibi detaylı bir akrabalık ilişkisi incelemesi yapılamasa da mikrosatelit markörlere dayalı hesaplanan iki farklı akrabalık ilişkisi katsayısının hesaplanmasıyla ( ve ) bireylerin akrabalık düzeyleri hakkında kabaca bir fikir edinmiş bulunmaktayız.
Egzersiz uygulanan ratlarda kas dokusu FOXOL/PGC-1α sinyal yolağı üzerine beta-kriptoksantin'in etkisi
Egzersiz sırasında üretilen aşırı ROS, oksidatif stresin oluşmasına ve bu da fazla egzersiz yapanlarda kas yorgunluğu ve kas hasarının gelişmesine sebep olmaktadır. Peroksizom proliferatör ile aktive edilen reseptör γ ko-aktivatör 1-α (PGC-1α) proteini, lipit peroksidasyonu ve mitokondriyal biyogenez gibi bazı hücresel süreçlerde rol alan bir transkripsiyon faktörüdür. Son zamanlarda Forkhead-Box O sınıfı proteinlerin (FoxO'lar) mitokondriyal oksidatif stresi düzenlemek için PGC-1α ile birlikte işlev gördüğü gösterilmiştir. FoxO1/PGC-1α aktivasyonunun, mitokondriyal disfonksiyonu önleyerek hem in vivo hem de in vitro ROS birikimini azalttığı bildirilmiştir. Güçlü antioksidan özellikte olduğu bilinen β-Kriptoksantin (BCX), bazı narenciye meyvelerde bulunan bir pro-vitamin A karotenoididir. Çalışmamızda, β-Kriptoksantin takviyesinin, egzersiz performansı üzerine etkilerinin aydınlatılması ve FOXO1/PGC-1α sinyal yolağı üzerine potansiyel etkisinin belirlenmesi amacıyla 28 adet 8 haftalık erkek Wistar Albino cinsi ratlar kullanılmıştır. Uygulanan egzersiz motorlu kemirgen koşu bandında, haftada beş gün 25m/45 dk şeklinde gerçekleştirilmiştir. BCX gruplarına günlük 100 μg/kg oral gavaj yoluyla uygulama yapılmıştır. Laboratuvar analizleri sonucunda, BCX uygulanan gruplarda oksidatif hasarın göstergesi olan MDA seviyelerinde kontrol grubuna kıyasla düşüş gözlemlenmiştir (P<0.05). Üstelik bu düşüşün BCX uygulaması ile birlikte egzersiz uygulanan gruplarda arttığı görülmüştür. Süperoksit dismutaz (SOD), katalaz (CAT) ve glutatyon peroksidaz (GSH-Px) değerlerinde ise kontrole kıyasla diğer uygulama gruplarında artış gözlemlenmiştir. Yapılan ölçümlerde, PGC-1α protein seviyesinde kontrole oranla özellikle egzersiz ve BCX+egzersiz uygulama gruplarında ciddi bir artış gözlemlenmiştir (P˃0.05). FOXO1 protein düzeyinin ise, hem BCX uygulama grubunda hem de BCX+egzersiz grubunda azalma gözlemlenmiştir (P<0.05). Çalışmamız sonucunda elde ettiğimiz veriler; BCX'in egzersiz performansı üzerine olumlu etkilerinin olduğunu ve egzersiz sonucu oluşabilecek olumsuz etkileri önlemek amacıyla kullanılabileceğini düşündürmektedir.
Kaya yediuyuru Dryomys laniger (Mammalia: Rodentia)'in genetik çeşitliliği ve yayılış alanının belirlenmesi
İklim değişikliklerinin, türlerin dağılımları ve genetik çeşitlilikleri üzerine dikkat çekici bir etkisi olmaktadır. Özellikle iklimin dramatik bir şekilde değiştiği buzul ve buzullar arası çağlarda çoğu tür yok olmuş, yeni türler meydana gelmiş, türlerin yayılış alanları ve genetik çeşitlilikleri değişmiştir. Dryomys laniger Anadolu'ya endemik yüksek kayalık alanlarda yayılış gösteren alpin bir türdür. Bilinen yayılış alanı parçalı ve izole populasyonlardan oluşmaktadır. Türün evrimsel tarihini belirlemek amacıyla bir mtDNA ve iki nuDNA olmak üzere üç farklı lokus üzerinden filogenetik ağaç oluşturulmuş, ayrılma zamanı hesaplanmış ve niş modelleme ile türün yayılış örüntüsünün iklim değişikliklerine verdiği cevap tespit edilmeye çalışılmıştır. Dryomys laniger'in Anadolu'da yayılış gösteren 6 populasyonundan 31 örnek toplanmıştır. Literatürde kayıtlı olan Erzurum populasyonundan örnek toplanamamıştır. Bu 6 populasyondan Subaşı yaylası (Antalya), Çiçekliboyun yaylası (Demirkazık Niğde) ve Püren geçidi (Kahramanmaraş) populasyonları tür için yeni yayılış kayıtlarıdır. Genetik mesafe sonucuna göre Tunceli ve Kahramanmaraş (Doğu soy hattı) ve Niğde, Antalya (Batı soy hattı) birbirlerinden % 7 oranında ayrılmaktadır. Cyt b verisine dayanan bu genetik mesafe ve kafatasındaki nazal genişlik, damak uzunluğu, rostrum yüksekliği ve alt molar diş dizisi uzunluğu karakterlerindeki farklılıklara dayanarak Doğu soyu yeni bir tür Dryomys anatolicus sp. nov. olarak tanımlanmıştır. İki soy evrimsel ağaçta monofiletik olarak gözükmektedir ve bu soylar arasında ortak haplotip paylaşılmamaktadır. Batı soyundaki genetik çeşitlilik (Hd: 0,9) Doğu soyundaki genetik çeşitliliğe (Hd: 0,5) göre daha yüksektir. Bu sonuç Doğu populasyonun peripatrik türleşme ile farklılaşmış ve yeni bir tür oluşturmuş olabileceğini önermektedir. Günümüzde Seyhan nehrinin oluşturduğu çöküntü alanın iki türün izolasyonunu sağladığı öngörülmektedir. Niş modeline göre ise son buzul maksimumunda (LGM) tür günümüze göre daha geniş bir alanda yayılış göstermektedir. Populasyon nötralite testlerinin gösterdiği üzere Dryomys laniger buzul çağlarda yayılış alanını genişletmiş, ancak gibi günümüzde daha dar bir yayılış alanına sahip olmuştur. Mevcut populasyonlar yüksek dağ zirvelerindeki kayalık alanlarda izole olmuş durumdadır. Literatürde mevcut ve bu çalışmada sağlanan verilere göre Dryomys laniger'in en batı yayılış sınırı Subaşı yaylası çevresi (Antalya), en doğu yayılış sınırı ise muhtemelen Saimbeyli-Tufanbeyli hattıdır. Dryomys anatolicus'un yayılış alanı ise en batıda Adana-Kahramanmaraş sınırındaki Tahtalı dağları, doğuda ise Erzurum bölgesidir. Bu çalışma Anadolu yüksek dağ ekosistemlerinin Biyolojik çeşitlilik bakımından önemini, yeni türler barındırma potansiyelini ve özenle korunması gerektiğini güçlü bir şekilde önermektedir.
Anadolu'ya endemik iki tarla faresinin (Microtus anatolicus ve M. dogramacii) genetik çeşitliliği ve yayılış alanının belirlenmesi
Biyocoğrafik modellerin tanımlanması, türlerin evrimsel tarihlerini anlamak ve koruma planlarını geliştirmek için önemlidir. Bu çalışmada Anadolu'ya endemik olduğu kabul gören Microtus anatolicus ve M. dogramacii'nin genetik çeşitliliklerinin ve yayılış alanlarının tespit edilmesi amaçlandı. Her iki tür de Socialis grubu tarla fareleri altında sınıflandırılmaktadır. Socialis grubunun Balkanlar'dan Ortadoğu'ya kadar geniş yayılış alanına sahip 10'a yakın türü tanımlanmıştır. Bu grup üzerine yapılan filogenetik çalışmalar yüksek seviyede kriptik tür çeşitliliğine işaret etmektedir. Ancak, bu grubun Anadolu'daki türlerinin populasyon yapıları ve coğrafik dağılımları hakkındaki bilgiler yetersizdir.Hedef türlerin yayılış alanlarının belirlenmesi amacıyla bilinen kayıt noktalarından başlamak üzere Anadolu boyunca 137 lokalitede örnekleme yapıldı. Ayrıca İran'dan yedi lokaliteden Microtus örnekleri temin edildi. Neticede çalışmamızda Anadolu ve İran'daki yedi farklı soya ait 87 lokaliteden 253 bireye ait mitokondriyal CYTB gen verisi ve ek olarak GenBank'tan daha önceki çalışmalarda tanımlanmış 103 dizi verisini birlikte değerlendirdik. CYTB dizilerine ek olarak iki adet nuDNA lokusu ile birlikte yedi adet polimorfik mikrosatellit markırını da çalışmaya dahil ettik. Elde ettiğimiz veriler, M. anatolicus'un, Orta Anadolu çanağının güneyine sıkışmış, dar yayılışlı bir soy olduğunu göstermektedir. M. anatolicus'a ait örnekler, Aksaray, Antalya, Karaman, Konya ve Niğde illerinden elde edilmiştir. Bu tür için yirmi yedi örneğe ait toplamda 10 adet mtDNA haplotipi tanımladık, bu haplotiplerden yedisi ilk defa bu çalışmada tanımlanmıştır. M. anatolicus'un genetik çeşitliliği, Socialis grubu içindeki diğer mtDNA kladları ile kıyaslandığında, dar yayılış alanı ile uyumlu bir şekilde düşüktür (Hd=0,809). Mitokondrial verilerle oluşturulan networkler, M. anatolicus'un populasyon yapısı sığ iki alt populasyonunun varlığını göstermektedir, yani haplotipler coğrafyaya göre net bir şekilde ayrılamamaktadır. Microtus anatolicus ile M. irani'nin simpatrik yayılışları Toroslar boyunca görülmektedir. Microtus dogramacii Anadolu dışında geniş bir yayılış alanına sahiptir. Anadolu'daki yayılışı batıda Afyonkarahisar'dan Amasya'ya kadar uzanmakta iken, doğuda Elazığ'da görülmektedir. Anadolu dışında ise Ürdün ve İran'ın kuzeyinde yayılışı bulunmaktadır. Micortus dogramacii tüm yayılış alanı içindeki haplotipler ile birlikte değerlendirildiğinde Anadolu ile Ürdün ve Doğu Anadolu (Elazığ) ile Kuzey İran olmak üzere iki alt populasyona ayrılmaktadır. M. dogramacii'nin Anadolu'daki genetik çeşitliliği Guentheri grubu içindeki diğer türlere göre daha yüksektir (Hd=0,914). Toplamda M. dogramacii için 33 örneğe ait yedi tanesi yeni olmak üzere toplamda 18 adet mtDNA haplotipi tanımlamış olduk. Bu türün Anadolu'daki yayılışı, aynı tür grubu içinde sınıflandırılan M. hartingi ile büyük ölçüde simpatriktir. Elde ettiğimiz veriler üzerinden dört genel sonuca varmak mümkündür. İlk olarak, mtDNA veri setine göre Microtus anatolicus ve M. dogramacii iyi desteklenmiş iki filocoğrafik grup oluşturmaktadır. İkinci olarak, İran'a endemik olarak tanımlanan M. qazvinensis'in Elazığ'da tanımladığımız haplotiplerinin analizine göre M. dogramacii ve M. qazvinensis aynı türden (M. dogramacii) olup yayılışı sadece Anadolu ile sınırlı olmayıp İran'a kadar devam etmektedir ve yüksek bir genetik çeşitliliğe sahiptir. Bu durumda M. dogramacii bir Türkiye endemiği değildir. Üçüncü olarak, Socialis grubu türlerinde nükleer ve mitokondriyal DNA verileri tür ayrımları açısından farklı sonuçlar vermektedir. M. anatolicus ve M. irani taksonları mtDNA'ya göre ayrı türler olarak tanımlanmış olmasına rağmen, mikrosatellit markırlara dayanılarak yaptığımız genetik analizler, bu türlerin Toroslar'da simpatrik olarak tanımladığımız populasyonları arasında üreme bariyerinin bulunmadığına ve iki taksonun hibritleştiğine işaret etmektedir. Nükleer DNA lokuslarının analizleri de benzer şekilde iki klad arasında haplotiplerin paylaşıldığını göstermektedir. Bu verilere göre M. anatolicus ve M. irani aynı tür olarak M. irani içinde birleştirilmelidir. Son olarak, verilerimize göre Microtus socialis'in Türkiye'de yayılışı bulunmamaktadır. Bu sonuçlar, M. anatolicus ve M. dogramacii'nın taksonomik statülerinin değişmesi gerektiğini ve Anadolu endemiği olmadıklarını göstermektedir. Socialis türleri mitokondriyal olarak ayrı birer tür olarak sınıflandırılmalarına rağmen, nükleer markırlar, bu türlerin tamamlanmamış soy dağılımından ya da yakın bir zamanda devam eden bir gen akışından etkilenmiş olduğunu göstermektedir. Bu çalışma, tarla faresi populasyonlarındaki genetik soyların yayılış alanlarının Anadolu içerisindeki sığınak alanlarıyla uyumlu olduğunu bildirmektedir.
Florür ile oluşturulan testiküler hasara karşı arı sütünün koruyucu etkilerinin moleküler biyolojik yönden araştırılması
Florür günlük olarak yiyecek ve içme suyu yoluyla vücuda alınır. Günlük olarak besinlerle ve içme sularıyla vücuda alınan bu elementin miktarı güvenlik eşiğini aşacak olursa florozis olarak bilinen kronik flor zehirlenmesi oluşmaktadır. Arı ürünlerinin tedavi amaçlı kullanımı çok eski zamanlara dayanmaktadır ve günümüzde de bu tedavi yöntemlerinin çeşitli hastalıklara karşı hızla iyileşme göstermesi, kullanım alanlarını ve kullananların sayılarını arttırmıştır. Bu çalışma, florür verilerek testis hasarı oluşturulmuş ratların testis dokusu üzerinde arı sütünün koruyucu özelliklerinin incelenmesi amacıyla yapılmıştır. Testis dokusunda lipit peroksidasyonu MDA (malondialdehit) analizleri ile CAT (katalaz) ve GSH (glutatyon) düzeyi spektrofotometre ile belirlenmiştir. Ratların testiküler hasar incelemeleri Tunel metoduyla değerlendirilmiştir. Sperm motilitesi, epididimal sperm yoğunluğu ve anormal sperm oranları incelenip, ışık mikroskobuyla görüntülenmiştir. Testis dokusunda Kaspaz-3, Bcl-2, Nrf-2, NF-κB, Cox-2, TNF-α ve IL1-α proteinlerinin ekspresyon seviyeleri western blot tekniği ile belirlenmiştir. Çalışma sonucunda MDA düzeyi, Bcl-2, NF-κB, Cox-2, TNF-α ve IL1-α proteinlerinin ekspresyon düzeyleri, anormal sperm oranları Florür-50 ve Florür-100 gruplarında diğer gruplara göre yüksek bulunmuştur. Ayrıca, Florür-50 ve Florür-100 gruplarında histolojik değerlendirmede diğer gruplara göre testiküler dokuda daha fazla dejenerasyon bulunmuştur. Diğer taraftan, Florür + Arı Sütü gruplarında GSH, Katalaz enzim düzeyleri, Kaspaz-3 ve Nrf-2 proteinlerinin ekspresyon düzeyleri Florür-50 ve Florür-100 gruplarına göre daha yüksek bulunmuştur. Bunun yanında, Florür + Arı Sütü gruplarının histolojik değerlendirmesinde diğer gruplara göre testiküler dokuda daha düşük dejenerasyonu bulunmuştur. Sonuç olarak, arı sütünün florür kaynaklı testiküler hasara karşı etkili bir koruma sağladığını düşünmekteyiz. Bu bağlamda arı sütünün insanlar üzerinde de denendiğinde benzer sonuçların alınacağını ümit ediyoruz.
Frequency of rota virus among children < 5 years with acute diarrhea: A hospital based study in Duhok / Iraq
Background: Rotavirus is the most important cause of diarrhea among children less than 5 years of age causing high morbidity and mortality, particularly in developing countries. Aims: The aims of the present work is to measure the prevalence of rotavirus diarrhea among children less than 5 years who visited a referral hospital suffering from acute gastroenteritis by ELISA test; and to measure the validity of ELISA test in comparison to PCR confirmatory test. Patients and Methods: Across sectional study design was adopted. Approval of the ethics committee was obtained and the procedures were carried out according to the ethical roles. The study included 310 children aged less than 5 years of both genders who diagnosed by specialist to be suffering from acute diarrhea; at a secondary care hospital in Duhok /Iraq . Stool samples were collected form those children during the period January–June, 2021, and then ELISA test was conducted for Rotavirus antigen. Information were also collected regarding: age, gender, father and mother education, crowding index in houses, urban/rural residency, feeding practice in the first year of life, vaccination to Rotavirus and attaches of diarrhea suffered in last month. The validity of ELISA test was measured by taking a sub sample of positive and negative cases who were further tested by PCR. Results: The prevalence of Rotavirus by ELISA test was found as 29%. No significant association was detected regarding age, gender, crowding index and Rotavirus infection. On the other hand there was a significant association between Rotavirus infection and; education family with higher rate among those with illiteracy or lower education and urban residency exclusive bottle feeding in the first year of life, while partial or complete vaccination gave protection to Rotavirus. The results also revealed that children who had more attacks of diarrheas in the month preceding admission had significantly lower prevalence of Rotavirus infection than those who had only one attack of diarrhea. The validity of ELISA test in comparison to PCR as gold standard was measured on 45 positive and 65 negative ELISA samples who were also tested by PCR. The results showed that the sensitivity, specificity, predictive values of a positive and a negative test, likelihood ratios of a positive and a negative were 88.89%, 100%, 100%, 92.86%, unidentified and 0.113 respectively, and the diagnostic accuracy of the ELISA test was determined as 95.45%. Conclusions: Rotavirus is an important cause of gastroenteritis, particularly among infants, in Duhok, Kurdistan Region, Iraq. All children less than 5 years who are admitted with gastroenteritis should be scanned for Rotavirus with ELISA test; which found to be a valid screening test. Also vaccination was an important measure and recommended for the control of the diseases. Background: Rotavirus is the most important cause of diarrhea among children less than 5 years of age causing high morbidity and mortality, particularly in developing countries. Aims: The aims of the present work is to measure the prevalence of rotavirus diarrhea among children less than 5 years who visited a referral hospital suffering from acute gastroenteritis by ELISA test; and to measure the validity of ELISA test in comparison to PCR confirmatory test. Patients and Methods: Across sectional study design was adopted. Approval of the ethics committee was obtained and the procedures were carried out according to the ethical roles. The study included 310 children aged less than 5 years of both genders who diagnosed by specialist to be suffering from acute diarrhea; at a secondary care hospital in Duhok, Kurdistan Region, Iraq. Stool samples were collected form those children during the period January–June, 2021, and then ELISA test was conducted for Rotavirus antigen. Information were also collected regarding: age, gender, father and mother education, crowding index in houses, urban/rural residency, feeding practice in the first year of life, vaccination to Rotavirus and attaches of diarrhea suffered in last month. The validity of ELISA test was measured by taking a sub sample of positive and negative cases who were further tested by PCR. Results: The prevalence of Rotavirus by ELISA test was found as 29%. No significant association was detected regarding age, gender, crowding index and Rotavirus infection. On the other hand there was a significant association between Rotavirus infection and; education family with higher rate among those with illiteracy or lower education and urban residency exclusive bottle feeding in the first year of life, while partial or complete vaccination gave protection to Rotavirus. The results also revealed that children who had more attacks of diarrheas in the month preceding admission had significantly lower prevalence of Rotavirus infection than those who had only one attack of diarrhea. The validity of ELISA test in comparison to PCR as gold standard was measured on 45 positive and 65 negative ELISA samples who were also tested by PCR. The results showed that the sensitivity, specificity, predictive values of a positive and a negative test, likelihood ratios of a positive and a negative were 88.89%, 100%, 100%, 92.86%, unidentified and 0.113 respectively, and the diagnostic accuracy of the ELISA test was determined as 95.45%. Conclusions: Rotavirus is an important cause of gastroenteritis, particularly among infants, in Duhok, Kurdistan Region, Iraq. All children less than 5 years who are admitted with gastroenteritis should be scanned for Rotavirus with ELISA test; which found to be a valid screening test. Also vaccination was an important measure and recommended for the control of the diseases.
Türkiye'deki Acer hyrcanum'a ait alttürlerin yaprak ve yaprak sapı anatomisi
Bu çalışmada Sapindaceae ailesine ait Acer cinsinin Türkiye'de yayılış gösteren Acer hyrcanum türünün alttürleri olan Acer hyrcanum subsp. hyrcanum, Acer hyrcanum subsp. tauricolum, Acer hyrcanum subsp. keckianum ve Acer hyrcanum subsp. sphaerocaryum taksonlarında yaprak ve yaprak sapı anatomisi incelenmiş ve bu özelliklerin sistematik açıdan önemi ortaya konmuştur. Kurutulmuş herbaryum örneklerinin yaprak ve yaprak sapından parafine gömme metodu kullanılarak kesitler alınmış ve ayrıntılı olarak çalışılmıştır. Yaprak sapı tüylülüğü, yaprak şekli, iletim demetleri etrafında sklerenkimanın düzeni, epidermis hücrelerinin dizilimi gibi kalitatif karakterler ile epidermis genişliği, yaprak sapı çapı, kollenkima hücresi sayısı, kütikula kalınlığı, iletim demetlerinin çapı gibi kantitatif karakterler değerlendirilmiştir. Sonuç olarak, bu özelliklerin yapılacak sistematik çalışmalara katkı sağlayabileceği, taksonlar arasındaki morfo-anatomik benzerlik ve farklılıkları anlamakta kullanılabileceği düşünülmektedir.
Sarı kantaronun (Hypericum perforatum) oksidatif stres koşullarında müller hücreleri üzerine etkisi
Müller hücreleri retina sağlığı ve fonksiyonunun korunmasında önemli rol oynayan ana glia hücreleridir. Müller hücreleri tüm retina boyunca yayılarak nöronlar ve kan damarları ile etkileşim halindedir. Müller hücreleri, nöronların hayatta kalması ve işlevlerini yerine getirebilmeleri için gerekli faktörleri salgılar. Hastalık durumunda Müller hücrelerinin hasara uğraması nöron fonksiyon bozukluğu ve hücre ölümüyle birlikte diyabetik retinopati gibi retinal patolojilere yol açmaktadır. Sarı kantaron olarak bilinen Hypericum perforatum L., Hypericaceae familyasının çok yıllık otsu bir bitkisidir. Farmakolojik ve klinik çalışmalar, sarı kantaronun antibakteriyel, antiviral, anti-enflamatuar, antioksidan, antidepresan, antikanser ve nöroprotektif aktiviteleri olduğunu göstermiştir. Bu çalışmada, sarı kantaron özütleri (su, etil asetat, metanol), sarı kantaron yağı ve sarı kantaron bileşenlerinden hiperisin ve hiperforinin H2O2 ile MIO-M1 hücrelerinde indüklenen oksidatif strese karşı koruyucu etkinliği irdelenmiştir. Hücre canlılığı analizi sonuçlarına göre 1000 µg/ml su özütü muamelesi ile koruyucu etkinlik tespit edilmiştir. Sarı kantaron su özütünün detaylı içerik analizi, MIO-M1 hücreleri üzerinde oksidatif strese karşı koruyucu aktiviteye sahip olan bileşenlerin belirlenmesine olanak sağlayacaktır.
Fomes fomentarius, Fomitopsis pinicola ve Phellinus hartigii'nin Antibiyofilm Aktiviteleri
Yüzyıllardan beri doğal ürünlerin insanlığa farklı alanlarda hizmet ettiği bilinmektedir. Bu sebeple, var olan doğal ürünlerin araştırılması gerekliliği söz konusudur. Birçok bitki ve mantar gibi doğada bulunan canlılar kullanılarak; antimikrobiyal, antifungal, antibiyofilm, antioksidan testleri denenmiş olmasına rağmen, keşfedilmeyi bekleyen halihazırda çok sayıda doğal ürün bulunmaktadır. Bu nedenle bu tez çalışmasında Fomes fomentarius, Fomitopsis pinicola ve Phellinus hartigii'nin etanol (EtOH) ve kloroform ekstraklarının 12 E. coli suşu, S. aureus, S. aureus MRSA ve C. albicans mikroorganizmalarına karşı olan antibiyofilm, antioksidan ve antimikrobiyal aktiviteleri araştırılmıştır. Sonuç olarak, P. hartigii-EtOH ekstraktının E. coli 7, E. coli 9, E. coli 11, E. coli 12 ve S. aureus suşlarına karşı değişen düzeylerde biyofilm üretimini aktive edici etkisi olduğu görülmüştür. Öte yandan, F. fomentarius-EtOH ekstraktının S. aureus MRSA suşuna ve P. hartigii-kloroform ekstraktının S. aureus MRSA ve C. albicans suşlarına karşı değişen düzeylerde biyofilm üretimini inhibe edici etkisi olduğu gözlenmiştir. Yapılan antioksidan çalışmalarında ise F. fomentarius-EtOH, ekstraktının IC50 değeri 0,865 mg/mL olarak bulunmuşken, IC90 değeri 322,435 mg/mL olarak hesaplanmıştır. Ayrıca, P. hartigii-EtOH ekstraktının IC50 değeri 0,427 mg/mL olarak bulunmuşken, IC90 değeri 1,839 mg/mL olarak hesaplanmıştır. F. fomentarius-kloroform, F. pinicola-EtOH, F. pinicola-kloroform ve P. hartigii-kloroform ekstraktının uygulandığı konsantrasyonlarda bir antioksidan aktivite gözlenmemiştir.
Serratia marcescens ve Pseudomonas aeruginosa'ya yönelik altın nanoparçacık glukokonjugatların sentezi ve antimikrobiyal uygulamaları
Yüzeyi fonksiyonel hale getirilmiş nanoparçacıklar hedefe yönelik dizayn edilebilmeleri nedeniyle biyolojik uygulamalar için gün geçtikçe önemli hale gelmektedirler. Bu çalışma da laboratuvarda sentezlemiş olduğumuz galaktoz, mannoz, laktoz ve sellobiyoz türevlerini kullanılarak altın (Au), gümüş (Ag) nanoparçacıklar (NPlar) ve demir metal organik çerçeve glukonkonjugatları (FeMOFlar) sentezlendi. Her ne kadar çalışmanın amacı altın nanoparçacıkların antibiyotik ve amino asit modifiye şekillerinin S.marcescens ve P.aeruginosa üzerine olan antibakteriyel etkilerini incelemek olsa da, kıyaslama amacıyla AgNPlar ve FeMOF'larda çalışmaya dahil edilmiştir. Antibakteriyel aktivitenin hedef bakterilere seçimliliği ise çalışmaya diğer gram (+) ve gram (-) bakterilerin eklenmesiyle gerçekleştirildi. Çalışma da ilk adım olarak hangi yüzey kimyasına sahip AuNP, AgNP ve FeMOF'un daha güçlü antibakteriyel etkisi olduğu belirlendikten sonra minimum inhbisyon deişimi (MIC) ve minimum bakterisidal derişimi (MBC) belirlendi. MBC değerleri μg/mL seviyesinde bulundu. S.marcescens AuNP'lara 200 μg/mL seviyeleri için herhangi bir MIC/MBC değeri vermezken, sadece L3AP_AgNP ve L5AS_FeMOF/G5AS_FeMOFlara karşı bir duyarlılık göstermiştir. Buna karşın, P.aeruginosa ise G5AS_AuNP için 50 μg/mL MIC değeri vermiştir; AgNPlar söz konusu olduğunda ise hem MIC hem de MBC değerleri olarak 25 μg/mL seviyelerine inilebilmiştir. Genel olarak bakıldığında nanoyapı glukokonjugatların antibakteriyel aktivitelerininin nanomalzemenin yüzey kimyasına bağlı olduğu bulundu.
Farklı dozlarda kitozan uygulamalarının taşköprü sarımsağında bitki gelişimi, verim ve depolama süresi üzerine etkilerinin belirlenmesi
Sarımsak (Allium sativum L.), kendine has lezzeti ile mutfakların vazgeçilmez gıdası olmakla birlikte, eski çağlardan beri Türk halk hekimliğinde birçok hastalığın tedavisinde kullanılmıştır. Çalışmanın amacı; kitozan (1000; 1500 ve 2000 ppm) uygulamalarının Taşköprü sarımsağında büyüme parametreleri, baş verimi ve depolama süresi üzerindeki etkilerini ortaya koymaktır. Bu amaçla 8 Mart 2021 tarihinde Kastamonu ili Taşköprü ilçesi Uzunkavak köyünde bir tarım arazisinde sarımsaklar ekilmiştir. Sarımsaklar 4-5 yapraklı safhaya geldiğinde yapraktan kitozan (1000; 1500 ve 2000 ppm) uygulaması yapılmıştır. Uygulamalar haftada bir kere olmak üzere dört hafta süresince yapılmıştır. Uygulama sonrası sarımsak fidelerinde boy, çap ve ağırlık; yaprak boyu, çapı, ağırlığı ve bitki başına yaprak sayısı ölçülmüştür. Temmuz ayında hasat edilen sarımsak başlarında ise ağırlık, çap, boy, diş sayısı; dişlerde boy, çap ve kabuk ağırlıkları ölçülmüştür. Ayrıca sarımsak başlarında ağırlık değişimleri üç aylık periyotlarda alınmıştır. Gövde boyu, K1 ve K2 uygulamasında kontrole göre artış gösterirken, yaprak boyu K1 uygulamasında yüksek bulunmuştur. Gövde çapı, yaprak çapı, bitki başına yaprak sayısı, gövde taze ağırlığı, yaprak ağırlığı, bitki taze ağırlığı ise kontrol gruba göre düşüktür. Sarımsak örneklerinde verimi kapsamında baş ağırlığı, çap ve uzunluğu kitozan uygulamalarından olumsuz etkilenmiştir. En düşük baş ağırlığı K2, en düşük çap K3 ve en düşük boy ise K1 uygulamasında saptanmıştır. Baş başına toplam diş sayısı K2 ve K3'te kontrole göre yüksek, K1'de ise düşüktür. Diş ağırlığı büyük dişlerde kontrole göre düşük ancak küçük dişlerde uygulamalı gruplarda yüksektir. Dişlerde boy uzunluğu K1 ve K2 grubunda yüksek kontrol grubunda düşüktür. Diş çapı büyük dişlerde K2'de kontrole göre yüksek, küçük dişlerde ise K2 grubunda kontrole göre düşüktür. Kabuk ağırlığı büyük dişlerde her üç uygulama grubunda düşük, küçük dişlerde ise sadece K2 grubunda yüksektir. Örneklerde % kül miktarı her üç uygulamada kontrole göre yüksektir. Depolama sürecinde ağırlık değişimleri I ve II dönemde kontrole göre düşük ve III dönemde ise yüksek bulunmuştur. Sonuçta kitozan uygulamaları yeşil aksamda büyüme parametreleri, baş verimi ve kabuk ağırlığında azalmaya neden olmuştur ancak küçük dişlerde verim, kuru madde, % kül miktarı ve uzun süreli depolama koşullarında olumlu etki yapmıştır.
Karadeniz bölgesinde halk arasında geleneksel olarak kullanılan bitkilerin günümüze kadar yayınlanmış literatürden derlenmesi, tasnif edilmesi ve veritabanının oluşturulması
Karadeniz Bölgesi birçok bitki türüne ev sahipliği yapmaktadır. Eski zamanlarda insanlar deneme yanılma yöntemleriyle bu bitkilerin farklı kullanım alanlarını keşfederek uzun yıllar kullanmışlardır. Bir asra yakın süre boyunca halk arasında geleneksel olarak kullanılan bu bitkileri gelecek nesillere aktarabilmek adına yayınlanmış literatürler derlenerek sınıflandırılmıştır. Çalışmamız tamamlandıktan sonra hazırlanacak web sayfasında bu bitkilerin kullanımına yönelik bilgilere yer verilerek veri tabanı oluşturulacaktır. Bu çalışmada, 1938-2022 yılları arasında Karadeniz Bölgesi'nde yer alan illeri ve bölümleri kapsayan 233 etnobotanik araştırmaya ait bulgular incelenmiştir. Literatürlerde yer alan bu bitkiler kullanım alanlarına göre 5 kategoride (tıbbi, gıda, hayvan yemi, hayvan sağlığı ve diğer) gruplandırılmıştır. İncelenen 233 çalışmanın bölgede bulunan illere göre dağılımı; Amasya 10, Artvin 20, Bartın 9, Bayburt 5, Bolu 2, Çorum 5, Düzce 19, Giresun 13, Gümüşhane 8, Karabük 7, Kastamonu 21, Ordu 17, Rize 10, Samsun 6, Sinop 13, Tokat 13, Trabzon 21, Zonguldak 4 ve Karadeniz bölgesi genelini kapsayan 30 araştırma olarak belirlenmiştir. Bu araştırmaların 65'i dergi, 84'ü makale, 34'ü tez çalışması, 24'ü kitap, 17'si bildiri kitabı, 2'si bildiri, 2'si derleme, 1'i proje, 1'i kitap bölümü ve 3'ü diploma çalışmasıdır. Yapılan inceleme sonucunda 116 araştırmanın önemli veriler içermediği saptanarak çalışmaya dahil edilmemiştir. 117 çalışmanın 87'sine ait veriler çalışmamıza kaydedilmiştir. Bu çalışmalar 50 makale, 23 tez, 1 dergi, 2 derleme, 8 bildiri kitabı, 2 kitap ve 1 kitap bölümünden oluşmaktadır. Çalışmada bitkilerin kullanım amaçlarının yer aldığı çalışmalar derlenerek familyası, bilimsel adı, yerel adı, kullanıldığı il, kullanılan bitki organı ve bitki parçaları, sağlıkta kullanım amacı, hazırlanış yöntemi ve kaynak numarası adı altında belli bir sıra ile verilmiştir. Çalışmalardan alınan veriler incelendiğinde bitkilerin 5077'si tıbbi, 1457'si gıda, 92'si hayvan sağlığı, 193'ü hayvan yemi, 734'ü diğer (boya, yakacak, süs vb.) amaçlarla kullanıldığı belirlenmiştir. Çalışmamızda tıbbi amaçlı en sık kullanılan türler sırasıyla; Urtica dioica L. (ısırgan, sırgan, cincar, zincar, cimcar, yakan ot), Juglans regia L. (ceviz), Sambucus ebulus L. (acıkokan, mürver, şahmelik, yiğidin), Hypericum perforatum L. (kantoron otu, sarı çiçek, sarı kantoron), Allium cepa L. (soğan, acımsı), Cornus mas L. (kiren, kızılcık, abgızra,abhaz) ve Rosa canina L. (kuşburnu, itburnu, köpek gülü) olduğu tespit edilmiştir. Bu bitkilerin sağlık, gıda, boyama, yakıt, alet yapımı gibi farklı kullanımları bulunmaktadır. Urtica dioica L. daha çok onkolojik hastaların tedavisinde, Juglans regia L. romatizma, Sambucus ebulus L. nezle, soğuk algınlığı, kadın hastalıkları ve hemoroid tedavisinde, Hypericum perforatum L. yara tedavisi, sakinleştirici ve kabızlık tedavisinde, Allium cepa L. tansiyon, damar sertliği ve saç dökülmesi, Cornus mas L. nezle, soğuk algınlığı, Rosa canina L. soğuk algınlıklarında sıklıkla tercih edildiği belirlenmiştir. Gıda amaçlı en çok kullanılan bitkiler ise sırasıyla Urtica dioica L. (ısırgan, sırgan, cincar, zincar, cimcar, yakan ot), Rosa canina L. (kuşburnu, itburnu, köpek gülü), Cornus mas L. (kiren, kızılcık, abgızra, abhaz), Smilax excelsa L. (kırçan, diken ucu, melücan), Rumex crispus L. (kıvırcık, efelik, labada, ekşi ot) ve Fragaria vesca L. (dağ çileği, orman çileği, azısındra)'dır. Bu çalışmanın amacı, bu bitkilerin kullanımına ilişkin bilgilerin unutulmaması ve gelecek nesillerin de bu bilgilerden yararlanmasını sağlamaktır. Bu web sayfasıyla bitkilerin kullanım amaçlarına erişim sağlamak bizler için önemli bir fırsat olacaktır. Bunun yanı sıra Eczacılık Fakülteleri, Fen Fakülteleri, Veterinerlik Fakülteleri, Ziraat Fakülteleri, Halk bilimi araştırmacıları ve ayrıca öğrencilerin yapacağı botanik araştırmalara da önemli katkılar sağlayacaktır. Bu çalışmada hedeflenen sonuç, bitkilerin kullanım alanları hakkında kapsamlı bilgilerin yer aldığı bir veri tabanı oluşturarak hem vatandaşlarımıza hem de eğitim alan öğrencilerimize önemli bir kaynak sağlamaktır.
Doğal tetraploid Trifolium pratense L.'de gümüş (Ag) nanopartikülünün in vitro biyosentezi ve fonksiyonel fide üretimi
Bu çalışma ile yüksek miktarda fenolik bileşik ve glikosidik biyoaktif makromoleküller içeren doğal tetraploid Trifolium pratense L. aracılığıyla gümüş nanopartiküllerin (AgNP) biyosentezi ve fonksiyonel fide üretimi amaçlanmıştır. Doğal tetraploid T. pratense L.'nin herba, 15 günlük aseptik fide, kallus ve hücre süspansiyon kültürleri ekstraktları ile farklı konsantrasyonlarda AgNO3 (0.16, 0.5, 0.84, 1.18, 1.52 ve 1.96 mg/ml), farklı sıcaklık (40,50,60,70,80,90,100°C) ve farklı pH (5,7,10) denemeleri oluşturularak AgNP'lerin biyosentezi gerçekleştirilmiştir. Biyolojik olarak sentezlenen AgNP'ler renk değişimi ile karakterize edilmiş, bütün örneklerde ve farklı denemelerde ekstraktın renginde şeffaftan koyu kırmızıya değişiklik gözlenmiştir. AgNP'leri karakterize etmek için UV-VIS spektroskopisi, TEM, FTIR ve XRD analizleri yapılmıştır. Biyosentezlenmiş AgNP'ler UV-VIS spektrumunda 400-500 nm dalga boyu aralığında gözlenmiştir. Çalışmamızda konsantrasyon denemelerinde herba, 15 günlük aseptik fide, kallus ve hücre süspansiyon kültürlerinde en yüksek absorbans veren 1.96 AgNO3 + 1 g/10 ml ekstraktlarıdır. 24°C'de konsantrasyon denemelerinde ortalama 55 nm boyutta, üçgen, elips ve sferik şekillerde AgNP'ler görülmüştür. Sıcaklık denemelerinde herba ve kallus kültürlerinde en yüksek absorbans veren 90°C koşuludur ve ortalama 10 nm boyutlarında sferik AgNP'ler belirlenmiştir. 15 günlük aseptik fide ve hücre süspansiyon kültürlerinde ise 100°C koşuludur ve ortalama 40 nm boyutlarında tamamen sferik AgNP'ler oluşmuştur. pH 5 ve 10 denemelerinde herba, 15 günlük aseptik fide, kallus ve hücre süspansiyon kültürlerinde ortalama 20 nm aralığında ve tamamen sferik AgNP'ler görülmüştür. Genel olarak tüm denemeler sonunda iki farklı boyut ve şekil skalasında AgNP üretimi başarılmıştır. FTIR analizi ile AgNP yüzeyindeki fonksiyonel grupların O-H hidroksil grupları, H-bağlı OH esnemesi, C-H esnemesi, -CH2 ve -CH3 fonksiyonel gruplarının -CH esnemesi, C-N ve karboksilat, alifatik fosfat ve birincil amin esnemesi ifade edilmiştir. XRD analizi ile biyosentez ürünü AgNP'lerin kristal yapıları belirlenmiştir. Biyosentezlenen AgNP'lerin DPPH ve ABTS'ye karşı antioksidan aktivitesi incelenmiştir. Herbada DPPH radikali aktivitesi en yüksek pH denemesinde %45 iken; ABTS radikali aktivitesi %78'dir. 15 günlük aseptik fidede DPPH radikali aktivitesi sıcaklık denemesinde en yüksek %49 iken; ABTS radikali aktivitesi %47'dir. Hipokotil, apikal meristem ve epikotil kallusları arasında en yüksek antioksidan aktivite hipokotil-konsantrasyon denemelerinden elde edilen AgNP'lerde görülmüş ve DPPH radikali aktivitesi %52 iken; ABTS radikali aktivitesi %68'dir. Hücre süspansiyon kültürleri arasında en yüksek antioksidan aktivite hipokotil-sıcaklık denemelerinden elde edilen AgNP'lerde görülmüş ve DPPH radikali aktivitesi %58 iken; ABTS radikali aktivitesi %66'dır. Doğal tetraploid T. pratense L.'nin aseptik fide, kallus ve hücre süspansiyon kültürleri ortamlarına eklenen iki farklı boyutta ve sferik biyosentez ürünü olan AgNP'lerin aseptik fidelerde kökten diğer dokulara translokasyonu, kallus ve hücre süspansiyon kültürlerinde ise hücre içine alınımını belirlemek amaçlanmıştır. Doğal tetraploid T. pratense L.'nin aseptik fideleri 5-13 nm AgNP içeren MS ortamında 35 gün boyunca büyütülmüştür. Yapılan TEM incelemelerinde 35 günlük AgNP'lere maruz kalan doğal tetraploid T. pratense L.'nin aseptik fidelerinde AgNP'lerin kökten yaprağa kadar taşındığı ve kök ucu, kök, hipokotil ve yapraklarda biriktiği gösterilmiş, bununla birlikte taşınım sırasında apoplastik yol izlediği belirlenmiştir. TEM mikrograflarına göre bitki organlardaki AgNP'ler 10-15 nm ve sferiktir. Aynı zamanda, ICP-MS ile kantitatif miktar analizi yapılarak kök, hipokotil ve yaprakta sırasıyla 1.263 µg/kg, 10.986 µg/kg ve 2.365 µg/kg AgNP olduğu tespit edilmiştir. TEM mikrograflarına göre AgNP'ler kallus ve hücre süspansiyon kültür hücreleri içerisine girdiğinde boyutlarının 12-24 nm'ye küçüldüğü ve sferik şekillerini koruduğu görülmüştür.
Çift tabaka antibakteriyel ve antioksidan etkili nanofiberlerin elektroeğirme yöntemi ile üretilmesi, üretilen nanofiberlerin karakterizasyonu ve gıda uygulamalarında kullanım potansiyellerinin araştırılması
Tez çalışmasının amacı antibakteriyel ve antioksidan özellik gösteren çift tabakalı nanofiber (Nf) üretilmesi, üretilen nanofiberlerin karakterizasyonu ve çift tabakalı Nf'in gıda uygulamasında kullanım potansiyelinin belirlenmesidir. Nanofiber üretilmesi amacıyla sitotoksik etkisi bulunmayan, biyobozunabilirliği kanıtlanmış, Polikaprolakton (PCL) ve Hidroksipropil Beta Siklodekstrin (HPβ-CD) polimerleri kullanılmıştır. Nanofiberlerin etkili antibakteriyel özellik göstermesi amacıyla GRAS sınıfında yer alan Nisin ve antioksidan etki için ise Çörekotu yağı (ÇOY) kullanılmıştır. Çift katlı Nf üretimi için öncelikle ÇOY ve Nisin'i taşıyabilen Nf'ler üretilmiştir. İkinci aşamada ise dual spin yönteminden yararlanarak PCL_ÇOY_HPβ-CD_Nisin-Nf'i üretilmiş ve Nf'lerin morfolojik yapısı Taramalı Elektron Mikroskop (SEM) analizleri ile değerlendirilmiştir. Üretilen çift katlı Nf'in antibakteriyel etkisi disk difüzyon yöntemi ile Staphylococcus aureus (S. aureus) bakterisine karşı araştırılmış ve 3,1± 0,36 cm inhibisyon zon çapı ile antibakteriyel etkisi gösterilmiştir. Üretilen Nf ayrıca %52,99 antioksidan etki göstermektedir. Üretilen çift katlı Nf'lerin uzun süre depolanma süreçleri sonrasında antibakteriyel ve antioksidan etkilerindeki değişim araştırılmıştır. Çift katlı Nf'lerin S. aureus bakterisine karşı 60 gün depolama süresi sonunda dahi 3,4 ± 0,2 cm inhibisyon zon çapı ile antibakteriyel etkilerini korudukları görülmüştür. Ayrıca, çift katlı Nf'lerin 7 güne kadar antioksidan etkisini korudukları da belirlenmiştir. Tez çalışmasının en son aşamasında ise çift katlı Nf'lerin gıda koruma etkinliğinin belirlenmesi için çilek ile deneme kurulmuş ve 22 gün çileklerdeki görüntü değişimleri takip edilmiştir. 22. günde kontrol grubundaki çilekler küflenmişken çift katman Nf ile temasta olan çileklerde 22. günün sonunda herhangi bir bozulma ya da küflenme görülmemiştir. Yapılan tez çalışması ile üretilen antibakteriyel ve antioksidan etki taşıyan çift katlı Nf'lerin gıda kaplama ya da paketlemede kullanım potansiyeli olduğu kanıtlanmıştır.
Adverse action assessment of immune checkpoint inhibitor treatment in PD1 expressed non small cell lung cancer patients
There is a statistically significant between Chemotherapy mean and Immunotherapy mean especially in WBC of CBC test, urea of RFT test, and PD1 test. Lung tumor is the leading cause of tumors in global deaths, with non-small cell lung tumor accounting for roughly eighty percent of cases and having a poor prognosis. PD-1 and cytotoxic T lymphocyte-related protein four are two examples of typical co-inhibitory molecules that inhibit the immune response. Cancer cells overexpress the immunosuppressive surface ligand PD-L1, which binds to T cell molecules and inhibits T cell function. Immune checkpoint inhibitors have become more popular in cancer immunotherapy in recent years. The determination of the coefficient reflects that 14% of the HBA1C variation was determined by dose, with the remaining variation reverting to other factors influencing HBA1C. The regression coefficient for dose is 0.158, meaning one unit increase for dose will raise glucose by 0.158 via retention or current cycle. Determining the coefficient reproduces that 39% of glucose variation is determined by both cycle and dose, with the remaining variation back to other factors touching glucose. The regression coefficient for dose is 0.008, meaning one unit increase for dose will increase HBA1C by 0.008. There is no statistically significant difference in the mean of immunotherapy and chemotherapy of Thyroid function tests such as T3, T4 and TSH. Results of subgroup analysis categorized based on drugs and antibodies used to evaluate immune checkpoint inhibitors, There is no statistically significant difference between the mean of immunotherapy and chemotherapy for the electrolyte, Na, K and Cl. Finally, other tests such as glucose, HBA1C, ACE and insulin, mean immunotherapy and Chemotherapy for glucose, HBA1C, ACE and insulin serum were not statistically different. Our results suggest that suppression of PD-1 proteins is an important step in the destruction of lung cancer cells.