5.151
Arşivlenen Tez
2
DOI Atanmış
0%
DOI Oranı
Anabilim Dalı
In vitro şartlarda mutant AVPR2 proteinlerinin yarı ömür ve glikozilasyon özelliklerinin araştırılması
Diabetes insipidus (DI), aşırı miktarda idrar oluşumu (poliüri) ve aşırı miktarda susama (polidipsi) ile karakterize olmuş bir hastalıktır. Sebeplerine göre Gestasyonel DI, primer polidipsi, Nefrojenik DI (NDI) ve Santral DI (CDI) olmak üzere sınıflara ayrılır. NDI hastalığı kazanılmış veya kalıtsal olabilir. Kalıtsal NDI, %90 oranla X kromozomu (Xq28) üzerinde bulunun AVPR2 genindeki mutasyonlardan kaynaklıdır. AVPR2 proteinin 371 amino asitlik kodlanan DNA'sında gerçekleşen bir mutasyon, farklı semptomlarla gözlemlenebilen bu hastalığın ortaya çıkmasına neden olur. Ortaya çıkan bu mutasyonlar nedeniyle, AVPR2 proteini yanlış katlanır ve degradasyona yönlendirilir. Bu durum, proteinin yarı ömrünü değiştirmektedir. Hücre içi proteomun yarı ömrü, birkaç dakika ile birkaç ay arasında değişiklik gösterir. Bu değişikliğin sebebi ise hücre döngülerinde ve çeşitli çevresel/fizyolojik durumlarda verilen hücresel cevaba bağlı olarak protein degradasyon oranının farklılık göstermesinden kaynaklanmaktadır. Mutasyon sebebiyle gerçekleşen degradasyon hızının artışı veya azalışı ise proteinin geçirdiği glikozilasyon modifikasyonlarıyla bağlantılıdır. AVPR2 geninde meydana gelen, grubumuz tarafından tanımlanan G12E, H80Y, V88M, V88L, R106C, V215M ve L219P mutasyonlarına ait yarı ömür zamanlarını ve glikozilasyon modifikasyonlarını ortaya koymak, yapılan bu tezin amacıdır. Bu kapsamda yapılan deneysel çalışmalarda, yabanıl tip kodlayıcı AVPR2 dizisi taşıyan ifade vektörü kullanılarak, site-directed mutagenez yöntemi ile ilgili mutant AVPR2 gen dizilerini içeren ifade vektörleri hazırlanmıştır. COS-7 hücrelerinde ifade olması sağlanan mutant proteinlerin hücre içi olgunlaşma sürecinin karakterizasyonun araştırılması için deglikozilasyon deneyleri gerçekleştirilmiştir. Ayrıca proteinlerin yarı ömürlerinin belirlenmesi amacıyla, siklohekzimid analizi yapılmış ve hem deglikozilasyon deneyleri hem de siklohekzimid deneylerine ait sonuçlar immünblot analizi ile değerlendirilmiştir. Böylece mutant proteinlerin degradasyon durumları ve geçirdiği glikozilasyon modifikasyonları arasındaki ilişki ortaya koyulmuştur. Sonuç olarak her mutantın, ER'de farklı düzeylerde takılı kaldığı görülmektedir. Yarı ömür zamanlarının, direkt olarak proteinin işlevselliği ve oluşturduğu sinyal cevabı ile ilişkili olmadığı ve glikozilasyon modifikasyonlarıyla birlikte değerlendirildiğinde bir anlam taşıdığı düşünülmektedir. Yarı ömür değerleri için mutantlar ile yabanıl tip karşılaştırmaları, her mutant için istatistiksel olarak anlamlı bulunmuştur. Elde edilen sonuçlara göre L219P en düşük yarı ömür değerine sahiptir ve deglikozilasyon sonuçları ile değerlendirildiğinde büyük bir kısmının ER'de takılı kaldığı görülmüştür. R106C mutantına ait yarı ömür değerinin arttığı ve bu durumun degradasyon mekanizmalarının inhibisyonu ile ilişkili olabileceği önerilmiştir. H80Y mutant proteinin ise en uzun yarı ömür uzunluğuna sahip olmasına rağmen, deglikozilasyon analizi ile değerlendirildiğinde büyük bir kısmının ER'de takılı kaldığı gözlemlenmiştir. Yarı ömür uzunluğunun yabanıl tipe yakınlık göstermesi ise mutant proteinin ER'den çıkışa ve degradasyona direnç göstermesiyle ilişkilendirilmiştir. AVPR2 proteininin farklı noktalarında ve farklı amino asit değişimleriyle meydana gelen bu mutasyonlar, farklı etki mekanizmalarına sahip olup bu durum, kalıtsal NDI'nın, hastalar arasında değişim gösteren semptomlarını açıklamaya yardımcı olabilecektir.
Günlük hayatta sıklıkla kullanılan fitalatların metabolitleri mono etil hekzil fitalat ((MEHP) ve mono bütil fitalatın (MBP) olası etkilerinin ın vivo ve in vitro yöntemlerle araştırılması
Endokrin bozucular, endokrin sistem tarafından sentezlenen hormonların etkilerini değiştirerek, engelleyerek ya da taklit ederek, canlı organizma üzerinde önemli etkiler oluşturan kimyasallardır. Fitalatlar, endokrin bozucu kimyasalların başında gelmektedir. Geçtiğimiz 10 yıl içinde diyabet görülme oranı artarak 3 katına yaklaşmıştır. Önümüzdeki 20 yılda ise diyabetli hasta sayısının 300 milyondan fazla olacağı öngörülmektedir. Endokrin bozucuların metabolizma, üreme ve yağ dokusu ile olan ilişkileri göz önüne alındığında diyabetle ilişkili olmaları olası görünmektedir. Di bütil fitalat (DBP) ve Di-etilhekzil fitalat (DEHP) en çok kullanılan fitalatların başında gelmektedir. Fitalatların emilimi ve metabolizması memelilerde oldukça hızlıdır ve yapılan çalışmalarda açığa çıkan metabolitlerin birçoğunun ana maddeye kıyasla daha toksik olduğu gösterilmiştir. Bu yüzden bu çalışmada en çok maruz kalınan fitalatların (DEHP ve DBP) metabolitleri mono 2-etil hekzil fitalat (MEHP) ve monobütil fitalat (MBP)'ın in vivo ve in vitro etkileri araştırılmıştır. Bu amaçla, INS-1 β hücreleri, 5 farklı konsantrasyonda (0,001 μM, 0,01 μM, 0,1 μM, 1 μM or 10 μM olacak şekilde) MEHP ve MBP metabolitlerine maruz bırakılmış ve 24, 48 ve 72. saat sonundaki etkileri MTT sitotoksisite testi ile gösterilmiştir. Ayrıca total oksidan ve antioksidan seviyeleri ölçülmüştür. Beta hücre proliferasyonu ile ilişkili olarak FOXO-1 ve PDX-1 genleri, beta hücre fonksiyonları ile ilgili olarak SIRT-1, İnsulin-1 ve İnsulin-2 genleri, apoptoz ile ilgili olarak da p53, Bcl-2 ve Bcl-XL genlerinin mRNA ifade düzeyleri analiz edilmiştir. INS-1 hücrelerinden insülin salınımı ölçülmüştür. Sonuçlarda MEHP ve MBP için doz artışına bağlı olarak hücre canlılığında istatistiksel olarak azalma görülmüştür. Hücrelerden salgılanan insülin miktarında da, MEHP ve MBP uygulamalarından sonra kontrol grubuna göre azalma gözlenmiştir. Total oksidan seviyelerinde, zamana bağlı olarak hem MEHP hem MBP uygulaması sonucunda artış görülmüştür. Total antioksidan seviyelerinde ise azalmanın olduğu tespit edilmiştir. İn vivo çalışmada her grupta 6 sıçan olacak şekilde 1 adet yağ kontrol, 5 adet MEHP (mono 2-etilhekzil fitalat) doz uygulama grubu ve 5 adet MBP (mono bütil fitalat) doz uygulama grubu olmak üzere 11 grup yer almıştır. Çalışmada 6 haftalık erkek sıçanlardan oluşan toplam 66 hayvan kullanılmıştır. MEHP uygulama gruplarından 1. gruba 25 mg/kg/gün, 2. gruba 50 mg/kg/gün, 3. gruba 100 mg/kg/gün, 4. gruba 200 mg/kg/gün ve 5. gruba 400 mg/kg/gün 28 gün boyunca her sabah oral gavaj yoluyla uygulanmıştır. MBP uygulama gruplarından 1. gruba 25 mg/kg/gün, 2. gruba 50 mg/kg/gün, 3. gruba 100 mg/kg/gün, 4. gruba 200 mg/kg/gün ve 5. gruba 400 mg/kg/gün oral gavaj yoluyla 28 gün boyunca her sabah uygulanmıştır. Deney süresince sıçanlarda yem ve su tüketimlerinin yanı sıra vücut ağırlıkları da ölçülmüştür. Deney bitiminde sıçanlardan alınan serum örneklerinde biyokimyasal analizler için aspartat transaminaz (AST), alanin aminotransferaz (ALT), trigliserit, üre, glikoz, kreatinin, total protein miktarları ölçülmüştür. Deney sonunda alınan kanda insülin hormonu ölçülmüş ve hematolojik analizler yapılmıştır. Ayrıca pankreas, karaciğer ve böbrek dokularında histopatolojik incelemeler yapılmıştır. İnsülin hormonu, 200 ve 400 mg/kg/gün MEHP doz grubunda, yağ kontrol, 25 ve 50 mg/kg/gün gruplarına göre azalma göstermiştir. MBP doz gruplarında da yağ kontrol grubuna göre insülin miktarında azalma olmuştur. ALT ve AST enzimleri, trigliserit ile glikoz ölçümleri 100, 200 ve 400 mg/kg/gün MEHP ve MBP doz gruplarında artış göstermiştir. 200 ve 400 mg/kg/gün MEHP doz grubunda karaciğerde sinüzoidal dejenerasyon, böbrekte glomerulus dejenerasyonu, pankreasta langerhans adacıklarında dejenerasyon görülmüştür. 400 mg/kg/gün MBP doz grubunda karaciğerde sinüzoidal dejenerasyon görülmüştür. Elde edilen sonuçlara göre MEHP ve MBP, pankreatik β hücreleri ve pankreas üzerinde negatif etkiye sebep olmuştur.
Drosophila simulans populasyonlarında kışlama ile ilgili gen ve karakterlerde enlemsel varyasyonların araştırılması
Alel frekansları ve kantitatif karakterlerde görülen klinler adaptif evrimin kanıtı olarak görülmektedir. Klinal varyasyonların çalışılması ise lokal adaptasyonun anlaşılmasında oldukça önemlidir. Kozmopolit türlerin sahip olduğu yüksek adaptasyon yeteneği, bu türlerin farklı iklimsel ve coğrafi alanlara kolonize olabilmelerini sağlamaktadır. Geniş coğrafyalara yayılan kozmopolit türlerde görülen enlemsel klinler ise bu türleri adaptif evrim çalışmalarının merkezine koymaktadır. Kozmopolit bir tür olan Drosophila simulans lokal adaptasyon çalışmaları için siblingi Drosophila melanogaster kadar popüler bir tür olmadığından sahip olduğu adaptasyon mekanizmaları hakkındaki bilgi kısıtlıdır. D. simulans'ın nasıl kışladığı hakkında ise farklı teoriler mevcuttur. Çalışmamızda D. simulans'ın farklı enlemlerden toplanmış Kampala, Hayfa, Hatay, Ankara ve Napoli populasyonlarında kış adaptasyonunu anlamak için kışlama ile ilişkili ve D. melanogaster ile yapılan çalışmalarda enlemsel klin gösterdiği bilinen; reprodüktif diyapoz frekansı, soğuk komasından kurtulma süresi ve kuru vücut ağırlığı karakterleri ve bu karakterler ile ilişkili olduğu düşünülen "Insulin like receptor" (InR) geni incelenmiştir. Elde edilen sonuçlara göre populasyonlar, seçilen fenotipik karakterler ve InR gen bölgesi bakımından farklılaşmış ve populasyonlar arası varyasyon enlem ile ilişkili olabileceği bulunmuştur. Ayrıca D. simulans'ın farklı coğrafi bölgelerde iki karakter için aynı seçilim baskısı altında olduğunu gösteren ve bu tür için ilk defa ortaya konulan paralel klinler tanımlanmıştır. İncelenen karakterlerin ve InR gen bölgesinin, D. simulans populasyonlarının bulunduğu enlemde kış mevsimine gösterdiği lokal adaptasyonda rol alabileceği yönündeki bulgularımız populasyonların göç etmeksizin bulunduğu bölgede kışlayabileceği teorisini desteklemektedir.
Mikrobiyal selüloz üretimi ve üretim koşullarının araştırılması
Bu çalışmada, ev yapımı sirkelerden izole edilen selüloz üreten mikroorganizmaların tanımlanması ve bu mikroorganizmalar ile bitki çayları kullanılarak, düşük maliyetli mikrobiyal selüloz üretimi, mikrobiyal selüloz üretimine etki eden faktörlerin araştırılması ve selülozun özelliklerinin belirlenmesi amaçlandı. Sirke örneklerinden izole edilen mikroorganizmalardan, selüloz üretim miktarı en yüksek olan bakteri ve mayanın belirli oranlarda bir araya getirilmesiyle karışık kültürler oluşturuldu. Elde edilen kültürlerin mikrobiyal selüloz üretim miktarları karşılaştırıldı. Mikrobiyal selüloz üretimindeki en etkili kültürün Komagataeibacter europaeus ve Zygosaccharomyces parabailii'nin 2:1 oranında bir araya getirilmesi ile hazırlanan karışık kültür olduğu belirlendi. Hazırlanan bu kültür ile üç farklı bitki çayı (siyah çay, yeşil çay ve hibiskus çayı) üretim ortamı olarak kullanılarak, mikrobiyal selüloz üretim miktarları karşılaştırıldı. Bu bağlamda; mikrobiyal selüloz üretimi için alternatif üretim ortamı olarak en etkili bitki çayının %10 oranındaki yeşil çay olduğu belirlendi. Farklı karbon kaynaklarındaki (glukoz, sukroz, laktoz, maltoz ve fruktoz) mikrobiyal selüloz üretim miktarları karşılaştırılarak, en yüksek mikrobiyal selüloz üretiminin yeşil çay besiyerinde %10 glukoz ile gerçekleştiği belirlendi. Yeşil çay ve glukoz ile hazırlanan temel besiyerine üretimin arttırılması amacıyla ilave azot kaynakları eklendiğinde, mikrobiyal selüloz üretiminde önemli oranda bir artış saptanmadı. Mikrobiyal selüloz üretimine etki eden uygun fizyolojik koşulların belirlenmesi ve üretimin arttırılması amacıyla farklı pH, ekim oranı, sıcaklık, çalkalama hızları ve farklı inkübasyon sürelerinde mikrobiyal selüloz üretimi araştırıldı. %10 yeşil çay ve %10 glukoz ile hazırlanan besiyerinde, mikrobiyal selüloz üretimi için en uygun fizyolojik koşulların; pH 5, %20 kültür konsantrasyonu, statik koşul, 30°C ve 168 saatlik inkübasyon olduğu belirlendi. Bu çalışmalar sonucunda, Hestrin & Schramm besiyerinde elde edilen mikrobiyal selüloz miktarının yeşil çay besiyerinde 14,7 g/L'den 43,75 g/L'ye yükseldiği belirlendi. Işık faktörünün üretim üzerindeki etkisinin belirlenmesi amacıyla karanlık ve aydınlık ortamlarda üretim gerçekleştirildi ve ışığın mikrobiyal selüloz üretiminde bir etkisinin olmadığı belirlendi. Bunlara ek olarak, üretimin arttırılması amacıyla besiyerine askorbik asit ve bitkisel yağlar ilave edildi. Selüloz üretim miktarının, besiyerine %1 v/v oranı ile eklenen %1 askorbik asit ile %2,4 artarak 44,8 g/L'ye ulaştığı belirlenirken, besiyerine ilave edilen %2 zeytinyağı ile üretimin %3,5 artarak 45,35 g/L olduğu belirlendi. Aynı zamanda zeytinyağı, ayçiçek yağı ve hindistancevizi yağının %2,5 konsantrasyona kadar mikrobiyal selüloz üretimini arttırdığı saptandı. Çalışmada kullanılan ve atık durumuna geçen yeşil çay aynı üretim ortamında tekrar kullanımı ile yüksek miktarda mikrobiyal selüloz üretimi gerçekleştirildi ve düşük maliyetli yeşil çayın mikrobiyal selüloz üretiminde 10 kez üst üste kullanılabilirliği gösterildi. Çalışmamızda üretilen selüloz SEM (Taramalı Elektron Mikroskobu) görüntüsü ve FTIR (Fourier Dönüşümlü Kızılötesi Spektroskopisi), TGA (Termogravimetrik Analiz), analizleri ile karakterize edildi. Çalışma sonunda ev yapımı sirkelerden izole edilen mikroorganizmalar ile oluşturulan karışık kültür ile yeşil çay ortamında mikrobiyal selüloz üretiminin düşük maliyet ile sağlanabildiği gösterildi. Anahtar Kelimeler: Mikrobiyal Selüloz, Komagataeibacter europaeus, Biyopolimer, Sirke, Yeşil çay
Karragenanın insan meme kanseri hücre hatlarında sitotoksik etkisinin incelenmesi
Bu tez çalışmasında, karragenanın belirlenen dozlarda MCF-7, MDA-MB-231, SKBR-3 meme kanseri hücre hatları ve sağlıklı meme epitel hücre hattı olan SVCT üzerinde doza ve zamana bağlı olarak sitotoksik etkileri incelenmiştir. Karragenan, deniz yosunlarından elde edilen, galaktoz ve anhidrogalaktoz alt birimlerinin glikozidik bağlar ile birleşmesinden oluşan, sülfatlanmış polisakkarit yapısında büyük molekül ağırlıklı bir moleküldür. Karragenanlar gıda endüstrisinde yaygın olarak kullanılmakla beraber, son yıllarda farmasötik ve medikal amaçlı kullanımları da yaygınlaşmaktadır. Yapılan çalışmalar, karragenanın, immünomodülatör, antikoagulant, antitrombotik, antiviral ve anti-tümöral etkilerinin de olduğunu göstermektedir. Bu tez çalışmasında, karragenanın olası anti- tümoral etkilerinin incelenmesi için in vitro modelde bir sitotoksisite çalışması yapılmıştır. Hücre canlılığı, (3-(4,5- dimethylthiazol- 2-yl)-2,5- diphenyltetrazolium bromide) MTT yöntemi ile test edilmiş; akridin orange/proidium iodide (AO/PI) boyama yöntemi ile ölü ve canlı hücreleri florasan boyama yöntemi ile incelenmiştir. Tez çalışmasında L929 fare fibroblast hücreleri 96-kuyucuklu kültür kaplarında altı tekrarlı olacak şekilde inkübe edilerek, belirlenen dozlarda (I. Dilüsyon: 1000 µg/ml, II. Dilüsyon: 250 µg/ml, III. Dilüsyon: 62.5 µg/ml, IV. Dilüsyon: 15.62 µg/ml ve V. Dilüsyon: 3.90 µg/ml) besi ortamı içinde hazırlanan karragenan, MCF-7, MDA-MB-231, SKBR-3 ve sağlıklı meme epitel hücre hattı olan SVCT ile inkübe edilmiştir. Karragenan uygulanmayan grup kontrol olarak belirlenmiş; inkübasyonun 24., 48. ve 72. saatlerinde MTT analizi ve AO/PI boyamaları yapılmıştır. Elde ettiğimiz sonuçlarda karragenanın yüksek dozlarda sitotoksik etkisinin olduğu gösterilmiştir ve bu hücrelerde apoptotik hücre ölümüne doğru bir etki gösterdiği bulunmuştur. Bu sonuçlar doğrultusunda, karragenanın kanser oluşumu ve ilerlemesinin önlenmesi için terapilerde güvenli, daha az toksik bir madde olduğu sonucuna ulaşılabilmektedir. Ancak bu konuda kuşkusuz in vitro ve in vivo çalışmanın yapılması gerektiği açıktır. Dünyada ve ülkemizde yaygın olarak görülen meme kanseri için kullanılabilirliğinin araştırılmasında in vitro basamak olarak ilk adımı oluşturacağı düşünülmektedir. Klinik açıdan kullanılabilmesi için in vivo ve in vitro çalışmalarla desteklenmesi gerekmektedir.
Hava yolu epitel hücrelerinde dektin-1 reseptörlerin rolü
Astım, çocukluk çağında daha sık görülmekle beraber her yaştan ve cinsiyetten kişileri etkileyen hava yolunun kronik inflamatuar hastalığıdır. Sanayinin ve kentleşmenin hızla arttığı çağımızda, astım prevelansı artış göstermektedir. Hastalığın başlangıcında ve gelişmesinde genetik ve çevresel faktörler görev almaktadır. Sigara dumanı, beslenme alışkanlıkları, hava kirliliği gibi alerjen olmayan çevresel faktörlerin yanı sıra, ev tozu akarı, polenler ve mantarlar gibi alerjik faktörler, bu tür alerjenlere hassasiyet gösteren bireylerde astımın başlangıcı, gelişimi ve şiddetiyle ilişkilendirilmiştir. Doğal çevremizde sıklıkla karşılaştığımız ve özellikle sıcaklık değişiklerine karşı dayanıklı olan mantarlar, mantar hassasiyeti olan bireylerde ciddi solunum yolu rahatsızlıklarına sebep olabilmektedir. Isı değişikliğine dirençli (termotolerant) mantarlar arasında yüksek patojenite özelliği taşıyan Aspergillus fumigatus türü mantarların, mantar duyarlı şiddetli astım (SAFS) ve alerjik bronkopulmoner aspergillosiz (ABPA) hastalıklarında birincil rol oynadığı yapılan klinik çalışmalarda gösterilmiştir. Küçük sporları vasıtasıyla solunum yollarına yerleşen bu mantar türü, salgıladığı proteaz enzimleri ile epitel hücre hasarı ve inflamasyon oluşumuna katkı yapmaktadır. Bu mantarların proteaz aktiviteleri haricinde, hücre duvarında bulunan β-glukan, kitin gibi yapılarının da inflamasyonda etkili olduğuna dair literatür bilgileri mevcuttur. Mantar hücre duvarının temel bileşeni olan β-glukan scavenger reseptörleri ve komplementer reseptör 3 tarafından tanınsa da ana reseptörü Dektin-1'dir. C-tipi lektin benzeri reseptör ailesinin Tip II membran proteini grubunda olan Dektin-1 reseptörü, ilk olarak fare dendritik hücrelerinde keşfedilmiştir. Daha sonrasında yapılan çalışmalarda ise bu reseptörün lökosit, makrofaj, nötrofil ve T hücreleri gibi inflamatuar hücrelerin yanı sıra epitel hücreler gibi yapısal hücrelerde de bulunduğu gösterilmiştir. Tez çalışması kapsamında Aspergillus fumigatus türünden elde edilen β-glukan ile uyarılan BEAS-2B hücrelerinde Dektin -1 reseptörü ifadesi RNA ve protein düzeyinde incelenmiştir. Th2 tip sitokin (IL4 + IL13) varlığında β-glukan uyarımının Dektin-1 ifadesi üzerine etkisi araştırılmıştır. Ayrıca çalışmamızda β-glukan ile uyarılan hücrelerde meydana gelen proinflamatuar ve anti inflamatuar sitokin ve kemokin profilinin belirlenmesi için; IL-6, IL-8, Rantes, IL-25, IL-33 ve TSLP sitokin ve kemokinlerinin ifadeleri gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) yöntemi ile RNA düzeyinde incelenmiştir. Tez çalışmasında Aspergillus fumigatus'tan elde ettiğimiz β-glukan ile uyarılan hücrelerde Dektin-1 ifadesinin arttığı bulunmuştur Ayrıca Th2 sitokinler olan IL-4 ve IL-13 varlığında bu artışın daha da yükseldiği tespit edilmiştir. Protein düzeyinde hem Western Blot hem de immünofloresan boyama sonuçlarında Th2 tip sitokinler ile olan uyarımda Dektin-1 varlığının arttığı gösterilmiştir. β-glukan ile uyarım sonucunda kontrol grubuna göre IL-6 ve IL-25 gen ifadelerinde artış, IL-8 gen ifadelerinde ise azalış tespit edilmiştir. Yüksek doz β-glukan ile karşılaşmanın RANTES ifadesini arttırdığı bulunmuştur.
E vitamininin A-tokoferol ve A-tokotrıenol formlarının beyinde oluşan beta amiloid plak birikimine karşı koruyucu etkilerinin karşılaştırılması
Bu tez çalışmasında, güçlü bir antioksidan olan E vitamininin α-tokoferol ve α-tokotrienol formlarının beta amiloid kaynaklı nörodejenerasyona karşı koruyucu etkileri hücre kültürü yöntemleri kullanılarak iki boyutlu in vitro nörodejenerasyon modeli üzerinde deneysel olarak incelenmiş ve karşılaştırılmıştır. Çalışmada E vitamininin α-tokoferol ve α-tokotrienol türevlerinin beta amiloid birikimi sonucu oluşan hücre ölümüne karşı koruyucu etkisinin incelenmesine ve bu iki E vitamini türevinin ortaya çıkardığı koruyucu etkilerin birbirleri ile karşılaştırılmasına odaklanılmıştır. Bu kapsamda iki boyutlu bir nörodejenerasyon modeli kurulabilmesi için primer nöron izolasyonu yapılmış ve elde edilen primer nöronlar üzerine beta amiloid uygulanmıştır. Ardından 3-(4,5-dimethylthiazol-2-yl)-2,5-diphenyl tetrazolium bromide analizi ile hücre canlılığı, nötral kırmızısı analizi ile sitotoksisite, Kongo Kırmızısı analizi ile beta amiloid birikim miktarı ve Akridin Orange / Propidium Iodide analizi ile yüzde apoptoz ve yüzde nekroz tespit edilmiştir. Gerçek Zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu ile beta amiloid kaynaklı nörodejenerasyon mekanizmasında ifadesi artış gösteren Voltaj kapılı L-tip kalsiyum kanalı ve Beta sekretaz 1 genlerinin ifade edilme miktarları ölçülmüştür. Deneysel çalışmalar altı adet dişi ve bir adet erkek sıçanın çiftleştirilmesi sonucu elde edilen 17-18 günlük sıçan yavruları kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Elde edilen bulgulara göre E vitamininin α-tokoferol ve α-tokotrienol türevleri 48 ve 72 saatlik uygulamalarda beta amiloid kaynaklı nörodejenerasyona karşı koruyucu etki göstermiştir. Yapılan Gerçek Zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu analizi sonucu α-tokoferol ve α-tokotrienolün Voltaj kapılı L-tip kalsiyum kanalı ve Beta sekretaz 1 mekanizması üzerinde etkili olduğu ortaya çıkmıştır. E vitaminin bu iki türevinin Voltaj kapılı L-tip kalsiyum kanalı geninin ifadesini anlamlı bir şekilde azalttığı gözlemlenmiştir. Buna karşın Beta sekretaz 1 ifadesi üzerinde gözlemlenen düşüş istatistiksel olarak anlamlı değildir. α-tokoferol ve α-tokotrienolün beta amiloid kaynaklı nörodejenerasyona karşı gösterdiği koruyucu etki, hücre canlılığı ve sitotoksisite bakımından 48 ve 72 saatlik uygulamalarda farklı seviyelerde gözlemlenmiştir. Bu kapsamda α-tokoferol ile α-tokotrienolün beta amiloid kaynaklı nörodejenerasyona karşı gösterdiği koruyucu etkiler arasındaki fark ve E vitamininin Beta sekretaz 1 geni ifadesi üzerindeki etkisinin daha iyi anlaşılabilmesi için gelecekte daha detaylı çalışmalar yapılması gerekmektedir.
Lactobacillus plantarum'un moleküler yöntemler ile tanılanması ve genomik anti-faj sistemleri
Laktik asit bakterileri (LAB), endüstriyel gıda fermentasyonlarında en sık kullanılan mikoorganizmalardır. LAB'ın probiyotik özelliği, çoklu ilaç dirençliliği, bakteriyosin üretimi, çeşitli enzim aktiviteleri gibi özelliklerinin yanı sıra bakteriyofajlara karşı dirençliliği de endüstriyel kullanım alanlarında önem arz etmektedir. Mikroorganizmalar evrimsel süreçte çeşitli hayatta kalma stratejileri geliştirmişlerdir. Bunlardan biri de genomik anti-faj sistemi olan CRISPR-Cas (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats) savunmasıdır. CRISPR düzenli aralıklarla kümelenmiş kısa palindromik tekrarlar olarak tanımlanmaktadır. Bu tekrar dizileri arasına yerleştirilen yabancı genetik elemanların DNA dizileri ile CRISPR ilişkili (cas) genlerinin iş birliği ile gerçekleşen RNA temelli bir immün sistemdir. Bu çalışmada 40 Lactobacillus sp. izolatından Lactobacillus plantarum türlerinin hızlı tanısı, türe spesifik prob ve primerler ile Real-Time PCR 'da gerçekleştirilmiştir. İzolatlardan 25'i Lactobacillus plantarum olarak tespit edilmiştir. Tespit edilen 25 Lactobacillus plantarum için moleküler ve biyoinformatik yöntemler ile genomik anti-faj sistemi olan CRISPR-Cas lokuslarının varlığı araştırılmıştır. L.plantarum'un crispr dizilerine spesifik primer dizaynı gerçekleştirilmiştir. Klasik pcr denemeleri ile L. plantarum izolatlarından 14 'ünde Crispr lokusu saptanmıştır. Sonuçlar NCBI-Blast, CRISPRFinder ve CrisprTarget veritabanları kullanılarak analiz edilmiştir. Lactobacillus plantarum subsp. plantarum nF1-FD straininde 6 repeat ,5 spacer dizisi bulunmuştur. Diğer izolatlarda ise Crispr ilişkili proteinler (Dead/Deah box helikazlar) tespit edilmiştir. Anahtar sözcükler: L.plantarum, anti-faj, CRISPR-Cas
Türbelinaz'da (Alanya/Antalya) yaşayan Lyciasalamandra atifi (Başoğlu, 1967) (Urodela: Amphibia)nin populasyon yoğunluğunun hesaplanması
Bu çalışmada Lyciasalamandra atifi türünün Türbelinaz (Alanya)'daki populasyonunun yoğunluğunun hesaplanması, populasyonu tehdit eden faktörlerin saptanması ve bunlara karşı koruma stratejilerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Lyciasalamandra atifi'nin Türbelinaz (Alanya) populasyonundaki bireyler farklı günler süresinde yakalanıp, fotoğraf yoluyla markalanmıştır. Markalanmış olan bireylerin sayıları kullanılarak populasyonun yoğunluğu tespit edilmiştir. Türbelinaz, Alanya merkezinden 35 km uzaklıkta bulunan bir yayladır. Doğal markalama yöntemi kullanılarak bölgedeki populasyon çalışılmıştır. Araştırma yapılan alanın koordinatları alınmış ve ''Google Earth'' aracılığıyla işaretlenerek ölçümü yapılmıştır. Çalışmalar sonucu elde ettiğimiz veriler ile son olarak populasyon yoğunluğu hesaplanmıştır. Elde edilen populasyon yoğunluğu benzer türler ile kıyaslanarak populasyonun durumu tespit edilmiştir. Türbelinaz'da (Alanya) yakalanan türün yoğunluğu 8 birey /ha olarak hesaplanmıştır. Benzer tür olan Lyciasalamandra luschani'nin Meis adasındaki populasyonunda hektar başına 10000 birey olan populasyon yoğunluğuyla kıyaslandığında Lyciasalamandra atifi'nin Türbelinaz (Alanya) populasyonun oldukça az olduğu tespit edilmiştir.
Ege Bölgesi'nde Aralık, Ocak ve Nisan aylarında üretilen salgı ve çiçek ballarının''%nem, ph, asitlik, iletkenlik ve şeker bileşenleri (fruktoz, glukoz, sakkaroz, maltoz) analizleri'' açısından karşılaştırmalı incelenmesi.
Bu tez çalışması, Ege Bölgesi'nde Aralık, Ocak ve Nisan Aylarında üretilen farklı salgı ve çiçek ballarının % nem, pH, asitlik, iletkenlik ve şeker bileşenleri (fruktoz, glukoz, sakkaroz, maltoz) analiz sonuçlarının değerlendirilip karşılaştırılması amacıyla yapılmıştır. Balın oluşumu ve bileşiminin yörelere ve buralardaki bitki çeşitliliğine göre önemli farklılıklar gösterdiği saptanmıştır. Aralık ve Ocak aylarında Ege Bölgesi'nin farklı yörelerinde üretilen 5 adet salgı ve 5 adet çiçek balı, oda sıcaklığında bekletilip, bekleme süreleri de göz önüne alınarak Şubat ayında analiz edilmiştir. Nisan ayında üretilen ballar ise, aynı şekilde oda sıcaklığında bekletilip Mayıs ayında analiz edilmiştir. Yapılan analizler sonucunda, aynı bölgede üretilen ballarda bile % nem, pH, serbest asitlik, elektriksel iletkenlik, şeker bileşenleri (fruktoz, glukoz, sakkaroz, maltoz) sonuçlarının birbirlerinden farklı olduğu tespit edilmiştir. Ballar arasındaki bu farklılıkların her balın kendine özgü kimyasal ve fiziksel özelliklerinden kaynaklandığını düşünüyoruz.
Rizosferik aktinomiset izolatları tarafından üretilen agroaktif ve biyoaktif bileşiklerin taranması ve üretim ortamı optimizasyonu
Bu tez çalışmasında, karasal ve sucul habitatlardaki farklı bitkilerin rizosfer bölgelerinden izole edilen aktinomisetlerden agroaktif ve biyoaktif bileşik üretimi kalitatif ve kantitatif olarak taranmış olup, en yüksek üretimlerin gerçekleştiği besiyerleri belirlenmiştir. Çalışma kapsamında izole edilen 42 aktinomiset arasından, farklı aktiviteler açısından en yüksek üretimleri gerçekleştiren 6 izolat moleküler olarak tanılanmıştır. Biyoaktif bileşik üretiminin birincil ve ikincil taramalarında, izolatların antibakteriyel ve antifungal aktiviteleri 6 bakteriyel (Bacillus cereus, Staphylococcus aureus, Enterecoccus faecalis, Pseudomonas aeruginosa, Echerichia coli ve Salmonella typhimurium) ve 2 fungal patojene (Aspergillus niger ve Candida albicans) karşı gösterdikleri inhibisyon zonları ile belirlenmiştir. Bu taramalar sonucunda en iyi antibakteriyel ve antifungal aktiviteye sahip izolatlar, sırasıyla Streptomyces labedae izolat CYP25 (Accesion No: MK254642) ve Streptomyces sp. izolat CYP30 (Accession No: MK254643) olarak belirlenmiş ve optimizasyon aşamaları için seçilmiştir. Optimizasyon aşamasında etil asetat ekstrakları ile yapılan taramalarda, Streptomyces labedae izolat CYP25 (Accesion No: MK254642), en yüksek antibakteriyal aktiviteyi S. aureus'a karşı (18 mm) Aktinomiset İzolasyon sıvı besiyerinde (AİB) göstermiştir. Streptomyces sp. izolat CYP30 (Accession No: MK254643) ise, en yüksek antifungal aktiviteleri, C. albicans (60 mm) ve Alternaria sp. (52 mm) izolat D21'e karşı Glikoz Soya Unu (GSUB) sıvı besiyerinde ve A. niger'e karşı (16 mm) ise ISP-3 (International Streptomyces Project-3) sıvı besiyerinde göstermiştir. İzolatlar, agroaktif bileşik üretimi açısından kalitatif ve kantitatif olarak taranmıştır. IAA (indol asetik asit) üretimi taramalarında, en yüksek üretimi Nocardiopsis sp. izolat CYP39 (Accesion No: MK254645) (51,04 µg/ml) gerçekleştirmiştir. Bu izolat ile IAA üretiminin optimizasyon aşamasında farklı Ltriptofan konsantrasyonları kullanılarak yapılan denemelerde en yüksek üretim (76,5 µg/ml) % 0,9 g L-triptofan içeren ortamda 13. günde gerçekleşmiştir. 42 izolattan 32'si Chrome azurol S (CAS) indikatör boyasını içeren katı besiyerindeki taramalar sonucunda siderofor üreticisi olarak belirlenmiştir. Glisin ile desteklenmiş ISP-2 katı besiyerinde gerçekleştirilen denemelerde, en iyi HCN (hidrojen siyanür) üreticisi Nocardiopsis sp. izolat CYP15 (Accesion No: MK254640) olmuştur. Fosfat çözünürlüğünün kalitatif taramalarında, en yüksek halo-zon çapını oluşturan iki izolat (Streptomyces moderatus izolat CYP35 (Accesion No: MK254644), Streptomyces chartreusis izolat CYP19 (Accesion No: MK254641)) kantitatif taramalara tabi tutulmuştur. Bu denemelerde ise, 9. günde elde edilen 196,4 µg/ml değeriyle en yüksek aktiviteyi Streptomyces moderatus izolat CYP35 (Accesion No: MK254644) gerçekleştirmiştir. Anahtar kelimeler: Rizosfer, aktinomiset, agroaktif bileşik, biyoaktif bileşik
Çeşme yarımadası Akdeniz geçici sulak alanlarının florası ve ekolojik özellikleri
Birçok ülkede korunması öncelikli habitat tipleri (Annex code: 3170) arasında yer alan Akdeniz geçici havuzları, kuru ve ıslak fazın birbirini takip ettiği, yüksek koruma değerine sahip habitatlardır. Ülkemizde ilk kez bu çalışmayla ele alınan bu habitatlar Çeşme Yarımadasında 3 lokalitede (13 havuzda) biyoçeşitlilik ve ekololojilerinin ortaya konulması amacıyla çalışılmıştır. Bu amaçla arazi çalışmalarında havuzların toprak ve su pH- sıcaklık değerleri ölçülerek, alınan toprak örneklerinde fiziksel ve kimyasal analizler gerçekleştirilmiştir. Meteoroloji verileri değerlendirilerek alanın iklimi belirlenmiş, ayrıca flora elemanlarını belirlemek için bitki örnekleri toplanmış ve teşhis edilmiştir. Yapılan çalışma sonucunda 45 familyaya ait 228 vasküler bitki taksonu tespit edilmiştir. Çalışılan alanın Nemli – Sulu – Kuruma – Kurak fazlar geçirdiği belirlenmiş olup, tespit edilen taksonların genellikle havuzlar etrafında kuşaklanma gösterdiği bulunmuştur. Çalışma alanımız volkanik kökenli andezit anakaya içeren, kireç, tuz ve organik madde bakımından fakir, asidik karakterli kolüvyal toprağa sahiptir. Buna ek olarak habitata özgü sembolik türleri (Pilularia minuta, Isoetes spec nova) içermesiyle Gölobası lokalitesi tipik Akdeniz geçici sulak alan olarak belirlenmiştir. Çalışma alandaki drenaj kanalları, RES enerji nakil hatları kaynaklı yangınlar, otlatma baskısı gibi antropojenik baskıların habitatı tehdit ettiği belirlenmiştir. Bu çalışma ile habitatın kilit türlerinden olan ve küresel ölçekte CR kategorisinde yer almasına rağmen ülkemizde koruma sınıfı bulunmayan Pilularia minuta için CR kategorisi önerilmiştir. Ayrıca Isoetes cinsinden şüpheli bir sucul eğrelti türü toplanmıştır. Habitatın üst zon karakteristiği olan Cistus monspeliensis ülkemizde VU kategorisinde yer almaktadır. Bu sebeple bu çalışma, hassas ve nadir türler içeren bu habitatlar için koruma önlemlerinin alınması ve bu alandaki çalışmaların artılması gerekliliğini ortaya koymuştur.
Arabidopsis thaliana'nın süksinat dehidrogenaz (SDH) (kompleks II) eksik bitkilerinde tuz stresi altında hücresel redoks düzenlemesinin araştırılması
Tuz stresi, bitki performansını olumsuz etkileyen bir abiyotik stres türüdür. Tuz stresiyle birlikte hücrede çeşitli metabolik süreçler arasındaki dengenin bozulması nedeniyle reaktif oksijen türleri (ROS) üretimi artmakta, bu moleküller belirli bir seviyeye kadar sinyal görevi görmekte ancak aşırı üretilmeleri ise biyolojik moleküllerde zarar oluşturmaktadır. Sonuçta oluşan oksidatif stres fotosentez ve solunumu olumsuz etkileyerek büyümeyi yavaşlatmakta, stresin ileri safhalarında ise hücre ölümünü tetiklemektedir. Mitokondri, kloroplast ile birlikte hücrede önemli ROS kaynaklarından biridir. Mitokondriyal kompleks II (süksinat dehidrogenaz, SDH) mitokondri iç zarına periferal olarak yerleşen, hem elektron taşıma zincirinde (ETS) hemde sitrik asit döngüsünde görev alan bir enzimdir. Daha önce memelilerde ve bitkilerde yapılan çalışmalarda SDH kökenli ROS'ların hücrede sinyal görevi gördüğü, hücre büyümesini ve savunma yanıtlarını düzenlediği ortaya konmuştur. Ancak bu kompleksin hücre redoksunun düzenlenmesi üzerine etkileri hakkında literatürde bilgi yoktur. Bu çalışmada kompleks II kökenli ROS'ların, SDH inhibitörü olan malonat kullanılarak, tuz stresi altında hücre redoksunu nasıl etkilediğinin araştırılması amaçlanmıştır.
Culex pipiens'te fat body hücrelerinin farklı histokimyasal teknikler kullanılarak gösterilmesi
Fat body, böceklerde bir veya iki hücre kalınlığındaki ince tabakadan oluşan mezodermal orijinli, biyosentetik ve metabolik aktiviteye sahip olan yapıdır. Fat body böcekler için bir endokrin organ olup, omurgalılardaki karaciğere eşdeğer olduğu bilinmektedir. Bu çalışma ile insanlarda birçok bulaşıcı hastalığın sebebi olan sivrisinek Culex pipiens'in larva, pupa ve erginlerine ait fat body'lerin histolojik yapısı ilk kez belirlenmiştir. Farklı tespit solüsyonları ve çeşitli spesifik histokimyasal boyama yöntemleri kullanılarak fat body'nin yapısı, hücre tipleri ve bu hücrelerin içerikleri gösterilmiştir. Fat body'a ait hücreler, bazı bölgelerinde bir veya iki sıra halinde, bazı bölgelerinde ise gruplar halinde belirlenmiştir. Farklı boyalarla boyanmış kesitlerde fat body dokusundaki hücreler ayrıntılı bir şekilde gösterilmiştir. Bu hücrelerden en çok bulunanları trofositler ve fat body ile ilişkili olan önositlerdir. Fat body hücrelerinin dağılımı ve içeriklerin hangi evrelerde ve hayvanın hangi bölgelerinde yoğunlaştığını bilmek, onun fizyolojisiyle ilgili olayları anlamada oldukça önem kazanacaktır.
Nöral hücre hattında reelin glikoproteininin glikan profilinin belirlenmesi
Reelin, nöral gelişmede çok önem taşıyan iyi korunmuş bir ekstraselüler glikoproteindir. Reelin proteinindeki bozukluklar ve RELN geninde meydana gelen mutasyonlar sonucu oluşan nöral hastalıklara ilişkin birçok çalışma yapılmıştır. Ancak, bu hastalıklarda Reelin'in yapısında bulunan glikanların olası rolü hakkında herhangi bir bilgi bulunmadığı gibi, Reelin'in yapısında yer alan glikanlar hakkındaki bilgiler de çok sınırlıdır. Glikoproteinlerin yapısında yer alan farklı glikan birimleri proteinlerin mikroçevresini değiştirerek görevlerini kontrol edebilirler. Böylece, hücrenin neredeyse tüm işlevlerinde doğrudan veya dolaylı olarak görev alırlar. Aynı aminoasit sıralarına sahip iki proteindeki glikozilasyon değişiklikleri proteinin işlevini doğrudan değiştirebildiği için, Reelin glikoproteininin glikan zincirlerinin de molekülün işlevi üzerinde etkili olması yüksek bir olasılıktır. Bu nedenle bu tez çalışmasında; SH-SY5Y nöroblastoma hücre hattından Reelin glikoproteinini ve önemli fragmanlarını izole etmek ve bu izolatların uç glikan profillerini lektin blotlama ile, bu glikanların yapı (monosakkarit) analizlerini ise CapLC-ESI-MS/MS ile belirlemek amaçlanmıştır. Bu amaçla, SH-SY5Y nöroblastoma hücre hattı kullanılmıştır. Hücreler uygun koşullar altında kültüre edikten sonra total ve sitoplazmik protein ekstraksiyonları yapılmıştır. Western Blotlama ile hangi bandın/bantların Reelin proteinine ait olduğu belirlenmiştir. Bu bantların taşıdığı uç glikan birimlerini saptamak için SNA, MAA, GNA, PNA ve DSA lektinleri kullanılarak lektin blotlama yapılmıştır. Hücre hattından immün çöktürme tekniği ile, Reelin glikoproteini izole edilmiştir. İzole edilen Reelin fragmanının monosakkarit analizi, CapLC-ESI-MS/MS sistemi ile gerçekleştirilmiştir. SH-SY5Y nöroblastoma hücre hattının total protein profili SDS-PAGE ile üç farklı lizis tampon (Ripa, NucBuster, IP-lysis) kullanılarak gösterilmiş, her üçünde de çok yakın sonuçlar elde edilmiştir. Reelin, 400, 310, 250 ve 85 kDa ağırlıklarında olmak üzere dört fragman şeklinde elde edilmiştir. Reelin glikoprotein fragmanlarında uç glikan olarak, α2,6 ve α2,3 bağlı sialik asitler, β-Galaktoz, α-Mannoz, β-GlcNAc saptanmıştır. Bant alan yoğunluğu bakımından en yüksek değer 400 kDa Reelin fragmanındaki α2,3 bağlı sialik asit bandında, 601 birim olarak bulunmuştur. Dört Reelin fragmanındaki toplam bant alan değerleri fazladan aza doğru sırasıyla α2,3 bağlı sialik asit (1224 birim), β-Galaktoz (1165 birim), α2,6 bağlı sialik asit (764 birim), β-GlcNAc (672 birim) ve α-Mannoz (205 birim) şeklindedir. Reelin glikoproteininin saflaştırılması transfeksiyon yapılmamış hücrelerden immün çöktürme tekniği ile gerçekleştirilmiş ve 250 kDa'luk Reelin fragmanı saf olarak izole edilmiştir. Bu izolatın monosakkarit analizi sonucu, miktarları fazladan aza doğru sırasıyla; N-asetilgalaktozamin, N-asetilglukozamin, galaktoz, glukoz ve mannoz olarak belirlenmiştir. Sonuç olarak, pek çok hastalık, glikokonjugatlardaki glikozilasyon değişmeleriyle ve/veya glikanların tanınmasıyla ilgili olarak ortaya çıkar. Reelin'in bir glikoprotein olduğunun bilinmesine karşın, glikan profiline ilişkin literatür bilgisi çok sınırlıdır. LC-MS/MS gibi yüksek analitik tekniklerle Reelin glikan analizleri, ilk kez gerçekleştirilmiştir. Ayrıca, Reelin üretimi için transfeksiyon sistemi kullanılmadan doğal formda saflaştırma yapılması, olası glikan değişimlerini engellemesi açısından önemlidir ve literatürde rastlanmamıştır. Belirlediğimiz Reelin fragmanlarından 85 kDa'luk fragman da ilk kez ifade edilmiştir. Yüksek miktarda aminli glikan birimlerinin (GlcNAc ve GalNAc) belirlenmesi, Reelin üzerinde N-glikanların yanı sıra O-glikanların da önemli bir yerinin olabileceğini göstermektedir. Bu sonuçların ve devamında yapılacak çalışmaların, nöropsikiyatrik hastalıkların mekanizmasının daha detaylı anlaşılmasına ve glikobiyoloji bakış açısıyla bu hastalıkların teşhis ve tedavisi için yapılan araştırmalara katkı sağlaması beklenmektedir.
Küçük semender (Lissotriton vulgaris) deri salgısının biyoaktivitelerinin belirlenmesi ve bazı kanser hücreleri üzerindeki etkileri
Bu tez çalışmasında, İzmir ilinde dağılış gösteren Küçük Semender (Lissotriton vulgaris) deri salgısı ile çalışılmıştır. Bu kapsamda hedef türün bulunabilmesi ve deri salgısı elde edilebilmesi için detaylı arazi çalışması düzenlenmiştir. Bireylerden, küçük şiddetli elektrik akımları verilerek toplanan deri salgısı örnekleri, bir araya getirilmiştir ve yapılacak olan biyoaktivite testlerinde kullanılmak üzere liyofilize edilmiştir. Bireylerden alınan deri salgıları için protein miktarı belirlenmiş ve protein profili (SDS-PAGE) ortaya konulmuştur. Ayrıca antimikrobiyal aktivite, sağlıklı hücre hattı ve kanser hücre hatları üzerindeki antikanserojenik etkileri belirlenmiştir. Tez çalışmasında deri salgının kan hücreleri üzerindeki hemolitik etkileri de araştırılmıştır. L. vulgaris deri salgısının total protein miktarı 1775 μg/ml olarak belirlenmiştir. Yapılan poliakrilamid jel elektroforezi işlemi sonucu deri salgısının 9-265 kDa aralığında 18 protein fraksiyonu içerdiği tespit edilmiştir. Gerçekleştirilen MIC testi sonucunda ham deri salgısı E. coli ve C. albicans üzerinde 7.8 μg/ml değerinde bir antimikrobiyal etki göstermiştir. MBC ve MFC testleri sonucunda deri salgısı E. coli ve C. albicans üzerinde 31.25 μg/ml değerinde bir etki göstermiştir. Yapılan sitotoksisite testi sonucunda ham deri salgısı 1.58 ve 4.99 μg/ml IC50 değerleri ile sırasıyla MDA-MB-231 (meme bezi) ve PC-3 (prostat) kanser hücre hattı üzerinde yüksek sitotoksik etki göstermiştir. Hemolitik aktivite testi sonucunda sadece en yüksek konsantrasyon olan 50 μg/ml değerinde %13'lük bir hemolitik etki saptanmıştır. Tez çalışmasının sonucunda, L. vulgaris deri salgısının yüksek biyoaktiviteye sahip olduğu belirlenmiştir. Aynı zamanda, içeriği bakımından ileriye dönük yapılacak olan ilaç geliştirme çalışmaları arasında yerini alabilecek potansiyel sonuçlar vermiştir.
Anthemis tricolor Boiss. bitkisinin Macrovipera lebetina Obtusa venomu ile indüklenen enflamasyon üzerine anti-enflamatuvar etkisinin araştırılması
Yılan ısırığı uzuv kaybından ölüme kadar birçok sonuç doğurabilen önemli bir sağlık konusudur. Isırılma vakalarında özellikle ısırık bölgesinde güçlü bir enflamasyon ve yara gelişimi söz konusu olmaktadır. Türkiye'deki en büyük engerek türü olan Koca Engerek (Macrovipera lebetina) ısırığı ile ölüme ve ciddi yaralanmalara sebep olabilir ve venomu temelde hemolitik toksinler içerir. Tedavide ise, standart olarak anti-venomlar kullanılmaktadır. Bununla birlikte anti-venom tedavisi, yılan zehrinin lokal etkilerini yok etmede yeteri kadar etkili olmamakta ve bazı riskler taşımaktadır. Ekibimiz tarafından yapılan çalışmalarda, Kıbrısa endemik Anthemis tricolor bitkisinin kloroform ekstraktının NfKb, iNOS, NAG-1 ve güçlü antioksidan özelliğe sahip olduğu dolayısıyla yılan ısırığı gibi güçlü bir enflamasyonun indüklendiği olgularda kullanım potansiyelinin yüksek olacağı öngörülmüştür. Bu çalışmada Macrovipera lebetina obtusa venomunu ile enflamasyon oluşturulduktan sonra A. tricolor bitkisinin kloroform ekstresinin venom indüklü enflamasyona olan anti-enflamatuvar etkisinin in vivo olarak belirlenmiştir. Farmakolojik potansiyelin daha iyi anlaşılabilmesi için aynı çalışma karragenin ile yapılmış ve karşılaştırılmıştır. Antienflamatuvar aktivite, sıçanlarda yılan zehri indüklü pençe ödem testi ile değerlendirilmiştir. M. l. obtusa venomunun %70 oranında bir hacim artışına sebep olduğu, kullanılan kloroform ekstresinin tüm dozlarında hacim artışının %20'lere düştüğü, karragenin ile oluşturulan enflamasyona karşı denenen üç dozda da hacim artışının %1'de kaldığı görülmüştür. A. tricolor'un anti-enflamatuvar etkileri ve M. l. obtusa zehrinin enflamatuvar etkileri in vivo çalışmalarla literatürde ilk kez belgelenmiştir. A. tricolor, yılan ısırması vakalarında anti-enflamatuvar tedavisinde kullanılacak ilaçlar için önemli bir kaynak olabilir.
Termofilik bir aktinomiset olan Thermobifida fusca EFTL 17 suşundan ksilanaz geninin klonlanması ve rekombinant proteininin üretilmesi
Bu tezde, Thermobifida fusca EFTL 17 suşundan ksilanaz geninin izole edilmesi, ökaryotik (Kluyveromyces lactis) ve prokaryotik (Escherichia coli) konukçular kullanılarak ksilanaz geninin klonlanması ve rekombinant proteinin üretilmesi incelenmiştir. Tezde ilk olarak, Thermobifida fusca EFTL 17 suşu ksilan içeren modifiye ksilan (+) termoaktinomiset ortamında geliştirilmiştir ve ksilanazın farklı koşullar altındaki enzim aktivitesi kontrol edilmiştir. Enzimin optimum aktiviteyi ksilan (+) TA ortamında, 55oC'de ve pH 7,2 da gösterdiği ve 166,5 U/mL olduğu belirlenmiştir. Tezin bu aşamasında ise, Thermobifida fusca EFTL 17 'nin ksilanazı transkripte eden gen bölgesi E. coli'ye klonlanmış ve transformasyon miktarı ve koloni sayısının beklenenden daha düşük olduğu belirlenmiştir.
Yapay su örneklerindeki ağır metal içeriği ve biyolüminesans arasındaki etkileşim
Bu tez çalışmasında şehir şebekelerinde kullanılan suda bulunan ağır metal oranlarını belirlemek için kimyasal bazlı pahalı ve gelişmiş cihazlara alternatif biyolojik bir yöntem olarak biyoluminesen bakterilerin kullanılabilirliği araştırılmıştır. Ege Üniversitesi Fen Fakültesi Biyoloji Bölümü Temel ve Endüstriyel Mikrobiyoloji Anabilim Dalından temin edilen dört ayrı genusa ait on bir farklı luminoz bakteri kullanılmış ve bu bakterilerin farklı konsantrasyonlarda ağır metaller ile etkileşimleri test edilip ışıma oranındaki değişimler luminometre kullanılarak ölçülmüştür. Sonuç olarak, en yüksek duyarlılığa sahip suş olarak Photobacterium kishitanii seçilmiştir. P.kishitanii' nin seçilmesinin ardından, normal şartlar altında bu luminoz bakterinin üreme ve ışıma oranını gözlemlemek amacı ile spektrofotometre kullanılarak bir büyüme eğrisi çıkarılmıştır. Organizmanın en çok çoğaldığı ve ışıma yaptığı zaman aralığı belirlenip bu zaman aralığında ağır metaller ile etkileşimi sağlanmıştır. Ağır metal örnekleri ve oranları olarak 640 mM Arsenik, 80 mM Bakır ve 80 mM Demir seçilerek bu metallere ait farklı konsantrasyonlar hazırlanmış ve özellikle halk sağlığı açısından içme ve kullanma suyunda maksimum olarak bulunabilirliği göz önüne alınmıştır. Sonuç olarak farklı konsantrasyonlardaki ağır metal ortamları ile etkileşime sokulan luminoz bakterinin ışımasındaki değişimler luminometre kullanılarak üç günlük periyotlarla ölçülmüştür. Normal şartlar altında ışıma oranı 300 RLU'ya ulaşırken yüksek konsantrasyonda ışıma görülmemiştir. Halk sağlığı açısından içme suyunda bulunabilecek değer ve altı değerler ortalama olarak sırasıyla arsenik için 200 RLU, bakır için 138 RLU ve demir için 100 RLU olarak gözlenmiştir.
Denizel türevli Trichoderma pleuroticola 08ÇK001 izolatindan ksilanaz üretiminin optimizasyonu
Recent biotechnological research has focused on the synergistic integration of different approaches to maximize the benefits of a process. The enzyme industry is a clear example of this strategy, and the infinite possibilities that are being evaluated to establish more efficient, environmentally friendly and cheaper means of production have marked the path of a new innovative era. This research investigates three important aspects that are coupled to lay the groundwork for a process at the forefront of the mentioned characteristics. The purpose of the research was the evaluation and application of the statistical methods (Taguchi methodology and the Surface Response Methodology) to optimize the production and activity of the xylanase enzyme isolated from the marine-derived strain Trichoderma pleuroticola 08ÇK001 using as substrates agricultural residues which are discarded as non-valuable materials. The results were found satisfactory in terms of the increase in xylanase activity and the optimal predicted process conditions. The optimum compounds and values were as follows: carbon source; pistachio hull (18.48 g/l), nitrogen source; tryptone (11.15 g/l), fermentation time; 24 h, salt concentration; 50 g/l, pH; 8.0, inoculum quantity; 2.5 ml and spore concentration: 5x106 spores/ml. At the end of the research, the total increment in the activity, compared to the values measured at the beginning of the experiment, was 117.2% and 314.1%. The final optimized experimental specific activity was 147.8 U/mg. The enzymatic activity and the general results of the research are promising for industrial applications, especially in the paper bleaching industry due to its alkaline nature or in the seafood sector, due to its halotolerance.
Batı Anadolu'da dağılış gösteren Dolichophis caspius (Gmelin, 1789) (Serpentes: Colubridae)'un morfolojisi üzerine araştırmalar
Bu çalışmada, daha önceki yıllarda toplanmış ve ZDEU (Zoology Department, Ege University) koleksiyonunda kayıtlı bulunan Hazer Yılanı, Dolichophis caspius'a ait toplam 64 örnek morfolojik (pholidosis, vücut ölçüm ve oranları) olarak değerlendirilmiştir. Elde edilen bulgulara göre; Batı Anadolu'da D. caspius'un ortalama vücut boyu 796,27 (321- 1689,2) mm olarak tespit edilmiştir. Ventral plaklar 190-211 arasında değişmekte ve ortalaması 200,06'dir. Subcaudal plak çiftleri 90-113 arasında değişmekte olup ortalaması 104, 57'dir. İncelenen örneklerin tamamında gövde ortası pul sırası 19 olarak sayılmıştır. İncelenen örneklere ait morfolojik karakterlerin ortalama biyometrik değerleri ile önceki çalışmalarda bildirilen değerler arasında anlamlı bir fark yoktur. Bu çalışmada incelenen örneklerin, morfolojik özellikler ve pholidosis bakımından literatür ile uyum içerisinde olduğu sonucuna varılmıştır.
Tekrarlayan implantasyon başarısızlığı tanısı konulan kadınlarda sekretuvar faz endometriyumda MECA-79, α4β1 integrin ve MUC-2 ekspresyonlarının immünohistokimyasal olarak incelenmesi
İmplantasyonun başarılı olabilmesi endometriyum ve blastokistin karşılıklı uyumlu etkileşimine bağlıdır. Tekrarlayan implantasyon başarısızlığı (TİB) 40 yaş altı kadınlarda en az üç in vitro fertilizasyon (IVF) döngüsünde taze veya dondurulmuş yüksek kaliteli embriyo transferi sonrası klinik olarak gebelik elde edilememesi olarak tanımlanmaktadır. Son yıllarda yapılan çalışmalar TİB nedenleri arasında blastokist ve maternal dokunun karşılıklı bozulmuş iletişiminden bahsetmektedir. TİB öyküsü olan kadınlarda IVF tedavisinde iyi kalite embriyo transferine rağmen gebelik elde edilememesi endometriyal faktörleri ön plana çıkarmaktadır. İmplantasyon penceresi olarak adlandırılan ve blastokistin kabul edildiği zaman dilimi olarak bilinen bu dönemde endometriyumda bulunan implantasyonda etkili olabileceği düşünülen bazı moleküller bulunmaktadır. Bu moleküllerin varlığı ve yoğunluğunun karşılaştırılması ile ilgili birçok çalışma bulunmasına rağmen α4β1 integrin, MUC-2 ve MECA-79 gibi önemli moleküllerin araştırıldığı karşılaştırmalı bir çalışmaya rastlanmamıştır. Bu çalışmada amaç, implantasyonda rol oynadığını düşündüğümüz adezyon moleküllerinin kontrol grubu ve TİB olan hastalarda karşılıklı immünohistokimyasal ve histolojik olarak değerlendirilmesidir. Bu nedenle Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi Balcalı Hastanesi Kadın Doğum Polikliniği'ne gelen TİB tanısı konulmuş 21 hastadan ve daha önce gebelik öyküsü olan 21 hastadan menstrüel siklusun 19-21. günleri arasında endometriyal biyopsi örnekleri alınmıştır. Alınan biyopsi materyalleri α4β1 integrin, MUC-2 ve MECA-79 belirteçleri için immünohistokimyasal olarak analiz edilirken, tüm örnekler ultrastrüktürel olarak incelendi. Yapısal olarak TİB grubunda bazı örneklerde yüzey ve bez epitelinde histolojik olarak farklılaşmalar görülmekle birlikte TİB tanılı hastaların immünohistokimyasal örneklerinde MUC-2'nin kontrol grubuna oranla anlamlı derecede yüksek çıkması dikkat çekti.
Metal nanopartikül katkılı indirgenmiş grafen oksit nanokompozitlerin yeşil sentez ile elde edilmesi, karakterizasyonu, sitotoksik, antioksidan ve elektrokimyasal potansiyellerinin belirlenmesi
Tez çalışmasında tam parazit Orobanchae aegyptiaca Perss. bitki eksraktı aracılığıyla ilk defa indirgenmiş grafen oksit ve indirgenmiş grafen oksit metal nanokompozitleri (iGO-Ag, iGO-Au, iGO-Pd) sentezlenmiştir. Elde edilen yapıların oluşumları ve özellikleri UV-Vis spektroskopisi, X ışınları kırınımlı diffraktiyometrisi (XRD), Taramalı elektron mikroskopu (SEM), Geçirimli elektron mikroskopu (TEM), X-Işınları fotoelektron spektroskopisi (XPS) ile belirlenmiştir. UV-Vis spektroskopisi sonuçları grafen oksitin ve metal tuzlarının bitki eksraktında yer alan fitokimyasallar aracılığıyla indirgendiğini ve nanokompozit yapılarının oluşumunu doğrulamaktadır. SEM ve TEM analizleri metal nanoparçacıkların iGO yüzeyinde homojen şekilde dağılım gösterdikleri gözlenmiştir.Tez kapsamında elde edilen yapıların sitotoksik, antioksidan ve elektrokimyasal potansiyelleri belirlenmiştir. Sentezlenen iGO, iGO-Ag, iGO-Au ve iGO-Pd nanokompozitleerin insan lenfosit hücre kültürlerinde farklı etkilere neden oldukları belirlenmiştir. iGO ve iGO-Pd nanokompozit yapısının diğer sentezlenen maddelere (GO, iGO-Ag ve iGO-Au) göre hücre canlılığını daha fazla oranda azalttığı tespit edilmiştir. Çalışmada ayrıca sentezlenen yapıların antioksidan potansiyelleri çeşitli in vitro testler ile belirlenmiştir. Antioksidan testler sonucunda elde edilen grafen tabanlı malzemelerin orta derecede antioksidan potansiyele sahip oldukları belirlenmiştir. iGO-Ag, iGO-Au ve iGO-Pd nanokompozitlerin elektrokimyasal potansiyelleri metronidazolün elektrokimyasal indirgenme reaksiyonunda test edilmiştir. Bu amaçla nanokompozit ile modifiye edilmiş karbon pasta elektrotlar (KPE) hazırlanmıştır. Daha sonra hazırlanan modifiye KPE′ler metronidazolün elektrokimyasal davranışının incelenmesinde kullanılmış ve hazırlanan KPE′lerin metronidazolün elektrokimyasal indirgenmesinde iyi cevap verdikleri görülmüştür.
Zirkonyum oksit nanopartiküllerinin deri fibroblast hücrelerinde sitotoksik etkisi ve oksidatif dna hasarı ile apoptoz arasındaki ilişkinin belirlenmesi
Nanopartiküller; bilim, teknoloji, iletişim, elektronik, endüstri, eczacılık, tıp, çevre, tüketici ürünleri ve askeri alanlarda yaygın olarak kullanılmaktadır. Son zamanlara kadar nanopartiküllerin insan sağlığı ve çevre üzerinde toksik ya da tehlikeli etkilere sahip olup olmadıkları hakkında çok az şey bilinmekteydi. Ancak çeşitli çalışmalar bazı nanopartiküllere maruz kalmanın canlı organizmalarda bazı olumsuz etkilere yol açabileceğini göstermiştir. Bu çalışmada zirkonyum oksit nanopartiküllerinin 10 nm ve 20 nm boyutlarının yetişkin insan deri fibroblast hücrelerinde genotoksik, sitotoksik ve apoptotik etkileri ve bu etkiler arasındaki ilişkiler test edilmiştir. Genotoksik etki tek hücre jel elektroforezi yöntemi ile, sitotoksik etki xcCELLigence sisteminde gerçek zamanlı hücre analizi yöntemi ile ve apoptotik etki kaspaz 3 ve kaspaz 8 genlerinin ekspresyon çalışması ile belirlenmiştir. Bu çalışma sonucunda tek hücre jel elektroforezi yönteminden elde edilen verilere göre 10 nm ve 20 nm boyutlarında zirkonyum oksit nanopartiküllleri uygulanan dozda yetişkin insan deri fibroblast hücrelerinde GHI ve HHY değerlerinde artış olduğu ancak bu artışın istatistiksel olarak anlamlı olmadığı gözlenmiştir. xCELLingence sisteminde gerçek zamanlı hücre analizinde 96 saat boyunca izlenen verilere göre 10 nm ve 20 nm zirkonyum oksit nanopartikülüne maruz kalmış yetişkin insan deri fibroblast hücre indeksinde negatif kontrole göre görülen artışın istatistiksel olarak anlamlı olmadığı belirlenmiştir. Apoptotik etkinin belirlenmesi için yapılan gen ekspresyon çalışmasında kaspaz 3 ve kaspaz 8 genlerinin ifade düzeyinde negatif kontrole göre bir azalma kaydedilmiştir. 10 nm zirkonyum oksit nanopartikülüne maruz kalmış hücrelerde kaspaz 3 geni aktivitesindeki azalma negatif kontrole göre istatistiksel olarak anlamlıdır (p<0,05). 10 nm zirkonyum oksit nanopartikülüne maruz kalmış hücrelerde kaspaz 8 geni aktivitesindeki azalma negatif kontrole göre istatistiksel olarak anlamlı bir değere ulaşmamıştır. 20 nm zirkonyum oksit nanopartikülüne maruz kalmış hücrelerde kaspaz 3 ve kaspaz 8 geni aktivitesindeki azalma negatif kontrole göre istatistiksel olarak anlamlı bir değere ulaşmamıştır.
Koramaz Vadisi (Melikgazi-Kayseri) briyofit florası
Bu çalışmada, Koramaz Vadisi (Kayseri) Briyofit Florası araştırılmıştır. Çeşitli habitatlardan toplanan 336 örnek zarfı içerisindeki 611 briyofit örneğinin teşhis çalışmaları sonucunda 14 familya, 35 cins ve bu cinslere ait toplam 94 takson saptanmıştır. Bu taksonlardan Tortula lingulata (Dicks.) Lindb., Türkiye'den ikinci kez kaydedilirken 7 takson B8 karesi için yeni kayıttır. Araştırma alanında en zengin familyalar Pottiaceae (36 takson), Grimmiaceae (12 takson), Orthotrichaceae (9 takson), Brachytheciaceae (8 takson) ve Bryaceae (8 takson) olurken, en zengin cinsler Syntrichia (12 takson) ve Didymodon (10 takson), Grimmia (9 takson) ve Orthotrichum (8 takson)'dur. Tortula brevissima Schiffn., Syntrichia virescens (De Not.) Ochyra ve Amblystegium serpens (Hedw.) Schimp. alandaki en yaygın türlerdir.
Türkiye karasal Isopodlarının (Crustacea: Isopoda: Oniscidea) kontrol listesi
Karasal Isopodlarla ilgili 2024 Nisan ayına kadar yayınlanmış literatür verileri incelenmiştir. Bu incelemelere göre Türkiye'de 12 familyada 27 cinse dahil 130 türün yayılış gösterdiği bunlardan 8'inin de allttür düzeyinde temsil edildiği tespit edilmiştir. Bu çalışmada; belirlenen familyalara ait türlerin harita üzerinde dağılımları verilmiştir. Karasal Isopodların (Oniscidea) genel morfolojik özelliklerini gösteren şekiller verilmiştir.
Ihlara vadisi (Aksaray) örümcekleri (Araneae) üzerine faunistik çalışmalar
Bu çalışma Mayıs, Ağustos, Ekim aylarında, 2022 ve 2023 yıllarında, Aksaray ilinin Güzelyurt ilçesinde bulunan Ihlara Vadisi üzerinde yapılan arazi çalışmalarıyla gerçekleştirilmiştir. Araştırma sonucunda; belirlenen noktalarda yapılan arazi çalışmalarında 170 (81♀, 44♂, 45 juvenil) örümcek örneği toplanmıştır. Örümcek örnekleri sistematik ve ekolojik açıdan incelenmiş, türlerin morfolojileri tanımlanmış, incelenen materyal bilgileri, sinonim ve coğrafik yayılışları verilmiştir. Erkek bireylerin çiftleşme organı (palp) ile dişi bireylerin dış genital organı (epijin) incelenmiş, tür tanımları yapılarak fotoğraflarına yer verilmiştir. Gerçekleştirilen laboratuvar çalışması sonucunda 19 örümcek familyasına ait 39 cins ve 45 tür teşhis edilmiştir. Tespit edilen örümcek türleri içerisinden 2 tür Türkiye örümcek faunası için yeni kayıttır: Bunlar, (Clubionidae), Zelotes eugenei (Kovblyuk, 2009) (Gnaphosidae) ve Leviellus kochi (Thorell, 1870) (Phonognathidae)'dir. Clubiona frutetorum (L. Koch, 1867) türü için Türkiye örümcek faunası için yeni lokalite kaydıdır. Leviellus kochi (Thorell, 1870) yeni kayıt ve Clubiona frutetorum (L. Koch, 1867) yeni lokalite kaydı makaleleri yayınlanmıştır.
Drassodes lapidosus (Araneae: Gnaphosidae) türünden elde edilen kitin ve kitosanın biyolojik aktivitelerinin araştırılması
Doğa da bulunan en önemli biyopolimerlerden biri de kitin ve türevleridir. Kitin ve onun bir türevi olan kitosan, biyolojik olarak uyumlu, toksik olmayan, çeşitli özellikleri sayesinde fen ve mühendisliğin birçok alanında oldukça yaygın olarak kullanılan bir üründür. Bu çalışmanın amacı Drassodes lapidosus türü örümcek kullanılarak elde edilecek olan kitin ve kitosanın antimikrobiyal ve antioksidan özelliklerini belirlemektir. Antimikrobiyal özellikleri belirlemek için E. coli, S. enterica subsp. enteritica, S. aureus patojen suşları kullanılmıştır. Antioksidan özellikleri belirlemek için DPPH radikal süpürücü aktivite, Bakır (II) indirgeyici kapasite ve İndirgeme gücü ölçümü yöntemleri kullanılmıştır. Elde edilen sonuçlara göre D. lapidosus örümcek türü kullanılarak elde edilen kitin ve kitosan patojen suşlar üzerinde 13-16 mm çapında zonlar oluşturarak antimikrobiyal etki göstermiştir. Ayrıca çalışılan yöntemlerle önemli düzeyde antioksidan özellikler gösterdikleri belirlenmiştir. Sonuç olarak D. lapidosus örümcek türü kullanılarak elde edilecek olan kitin ve kitosanın antimikrobiyal ve antioksidan gibi önemli biyolojik aktivite gösterdiği belirlenmiştir.
Galeodes araneoides (Pallas, 1772) (Arachnida: Solifugae) türünden kitin eldesi ve karakterizasyonu
Yenilenebilir bir kaynak ve biyopolimer olma özelliğinden dolayı kitin, son zamanlarda dünya genelinde tıptan gıdaya, ziraatten kozmetiğe, eczacılıktan atık su arıtımına ve tekstil sektörüne kadar birçok alanda kullanılabilmektedir. Bundan dolayı oldukça dikkat çeken bir biyopolimerdir ve yeni kitin kaynakları sürekli araştırılmaktadır. Bu çalışmada, Galeodes araneoides (Pallas, 1772) türünden ilk kez kitin izole edilerek SEM, FTIR, XRD ve TGA cihazlarının kullanılması ile kitin karakterize edilmiştir. Elde edilen kitinin alfa formunda, termal kararlılığının 334,7℃, Crl değerinin %51.14 olduğu gözlemlenmiş ve yüzey morfolojisinin çok sayıda por içeren fiberli bir yapı gösterdiği görülmüştür. Belirlenen fizikokimyasal özellikleri bakımından bu böğü türünün alternatif bir kitin kaynağı olabileceği düşünülmektedir.
Kütahya ili örümcek (arachnida: araneae) faunası
Kütahya ilinden, 2015 yılının Nisan ayından başlayarak 2016 yılının Ekim ayına kadar iki yıl süre ile toplanan örümcek örnekleri sistematik bakımından değerlendirilmiştir. Bu değerlendirme sonucunda Araneae takımına ait 23 familya içerisinde yer alan 146 tür tespit edilmiştir. Tespit edilen türler içerisinde Palpimanidae familyasına ait Palpimanus orientalis Kulczyński, 1909 türü Türkiye örümcek faunası için yeni kayıt olarak belirlenmiştir. Örnekler araziden aspiratör, atrap ve çukur tuzak kullanılarak toplanmıştır. Toplanan örümceklerin sinonimleri, lokaliteleri ve dünya yayılışları verilmiştir. Türkiye faunası için yeni kayıt olarak tespit edilen türün fotoğraflama işlemleri yapılmıştır. Örnekler etiketlenerek müze materyali olarak Niğde Ömer Halisdemir Üniversitesi Araknoloji Müzesi'nde muhafaza altına alınmıştır.
Altunhisar (Niğde) ve çevresindeki yerleşim birimlerinde halkın kullandığı doğal bitkilerin etnobotanik yönden araştırılması
Bu çalışmada, Niğde iline bağlı Altunhisar ilçesinin merkez ve merkeze bağlı köylerinin etnobotanik özelliklerin belirlenmesi amacıyla yapılmıştır. Araştırma süresince 40 kaynak kişi ile görüşülmüştür. Çalışmalar sonucunda 27 familya, 47 cins ve bu cinslere ait 53 tür ve türaltı taksonun yöre halkı tarafından kullanıldığı tespit edilmiştir. Bunların 39'u tıbbi, 34'ü gıda, 11'i çay, 3'ü eşya yapımı, 3'ü hayvan yemi, 2'si baharat, 1'i boya ve 1'i süs amaçlarla kullanılmaktadır. En fazla takson içeren familyalar sırasıyla; Rosaceae 9 (% 19.98), Lamiaceae 6 (% 11.3), Asteraceae 5 (% 9.4) ve Brassicaceae, Polygonaceae 3 (% 5.6) olarak belirlenmiştir.
Glycyrrhiza glabra ile hazırlanan kombuchanın biyolojik aktivitelerinin araştırılması
Kombucha, hafif ekşimsi-tatlı lezzete sahip, şekerli çayın fermentasyonu ile elde edilen bir içecektir. Kombucha fermentasyonu çeşitli bakteri ve mayaların simbiyotik birlikteliği ile elde edilmektedir. Bu tez çalışmasında geleneksel olarak kullanılan yeşil çay (Camellia sinensis) ile meyan (Glcyrrhiza glabra) bitkisinin kökleri kullanılarak kombucha hazırlanmıştır. Fermentasyonun 2., 7. Ve 14. Gününde alınan örneklerinin pH'sı ölçülmüş ve total fenolik madde içerikleri ile DPPH, CUPRAC metotları kullanılarak antioksidan özellikleri test edilmiştir. Kombucha fermentasyonu sonucunda fermentasyon süresine bağlı total fenolik madde içeriğinde ve antioksidan özellikte artış belirlenmiştir. Ayrıca hazırlanan kombuchanın antioksidan ve total fenolik madde içeriği açısından geleneksel olarak hazırlanan kombuchaya alternatif bir ürün olacağı belirlenmiştir. Kombuchanın halk arasında yaygın olarak tüketilen bir fermentasyon ürünü olduğundan alternatif olarak G. glabra bitkisinin kökleri kullanılarak da bir kombucha üretilebileceği sonucuna varılmıştır.
Nevşehir ili, Ürgüp ve çevresi Lobesia botrana (Schiff. and Den. 1775) (Lepidoptera: Tortricidae) türünün biyotaksonomisi, ekolojisi ve kontrolü üzerine araştırmalar
Salkım güvesi, Lobesia botrana (Denis & Schiffermüller) (Lepidoptera: Tortricidae), türünün biyotaksonomisi, ekolojisi, ve konrolü üzerine yapılan bu çalışma 2021 ve 2022 yıllarında Nevşehir İli Ürgüp ilçesine bağlı Ulaşlı ve Çökek köyü bağ alanlarında yürütülmüştür. Çalışma da, L. botrana'nın popülasyon dinamiklerinden ilk ergin uçuşu, popülasyon dalgalanması, popülasyonun yoğun olduğu dönemler, son ergin uçuşu, doğal şartlarda tahmini nesil sayısı ve bağlardaki bulaşma oranının belirlenebilmesi için başlangıçta ergin popülasyon değişimi delta tipi takip tuzakları kullanılarak gözlemlenmiştir. Tuzaklar, çiçeklenme döneminden önce ve sıcaklığın 12 dereceye ulaşmasından sonra belirlenen omcalara asılmıştır. Tuzaklar da ilk böcek görülene kadar 2, ilk böcek görüldükten sonra hafta da 1 kez olmak üzere sayım yapılmıştır. L. botrana erginlerinin nisan sonundan itibaren ilk kez görülmeye başladıkları ve ekim ayının ilk yarısına kadar doğada aktif oldukları belirlenmiştir. Popülasyon yoğunluğu gözlem altına alındıktan sonra kontrole başlanması gereken dönem tespit edilmiştir. Bu tarihler 2021 yılı için 15 Mayıs, 2022 yılı için ise 17 Mayıs olarak belirlenmiş olup, bu tarihler iklimin yıldan yıla farkı, böceğin hayat döngüsü ve bitkinin fenolojisine göre de değişim göstermektedir.
Nevşehir ve Samsun ili çevresi coccinellidae (Insecta : Coleoptera) türleri üzerine biyoekolojik ve faunustik araştırma
Nevşehir ve Samsun ili çevresi Coccinellidae (Insecta: Coleoptera) türleri üzerine biyoekolojik ve faunustik araştırma adlı tez çalışmamızın arazi incelemeleri 2021-2022 yılları arasında Samsun ve Nevşehir illerinde gerçekleştirilmiştir. Bu çalışmada Coccinellidae familyası üyelerİ: biyolojik, ekolojik ve faunistik bakımdan araştırılmıştır. Arazi çalışmaları ağırlıklı olarak 2021 yılını kapsamaktadır. Toplanan örneklerin laboratuvar ortamında teşhisi yapılmış ve Coccinellidae familyasına ait 9 tür tespit edilmiştir. Bu türlerden 4'ü Samsun, 5'i ise Nevşehir habitatlarında bulunmuştur. Literatür taraması ve türlerin daha önce yapılan çalışmalarla karşılaştırılmaları yapılmış ve Samsun ili içi yeni olan iki, Nevşehir ili için beş yeni kayıt tespit edilmiştir. Arazi çalışmaları yapılırken ekolojik veriler; sıcaklık, nem, yağış, rüzgâr hızı, basınç, 5 cm ve 10 cm toprak sıcaklığı gibi ekolojik veriler de değerlendirilmiştir. Tez çalışmamız ile Nevşehir ve Samsun illerinin Coccinellidae familyası faunası; taksonomik ve biyoekolojik bakımdan katkı sağlanılması amaçlanarak özellikle, bu familya taksonlarının biyolojik kontrol rollerinin tespiti istenmiştir.
Anchusa L. (Boraginaceae) cinsine ait bazı taksonların Anchusa undulata L. subsp. hybrida (Ten.) Coutinho, Anchusa azurea Miller var. azurea, Anchusa leptophylla Roemer & Schultes subsp. incana (Ledeb.) Chamb.) yaprak sapı anatomisi
Bu çalışmada, Türkiye'de yayılış gösteren Anchusa L. (Boraginaceae) cinsine ait üç taksonun (A. leptophylla Roemer & Schultes ssp. incana (Ledeb.) Chamb. , A. azurea Miller var. azurea, A. undulata L. ssp. hybrida (Ten.) Coutinho, yaprak sapı anatomik yapıları incelenmiştir. Taksonlara ait örneklerin yaprak saplarından alınan kesitler, preparat haline getirilmiş ve ışık mikroskobunda (LM) incelenmiştir. Türlere ait anatomik kesitlerin fotoğrafları kameralı ışık mikroskobuyla çekilmiştir. Çekilen bu fotoğraflar üzerinden LASEZ adlı programda hücre çap ölçümleri yapılmıştır. Varyasyonların daha iyi belirlenebilmesi amacıyla, yapılan yaprak sapı anatomik ölçümlerinin en yüksek (maximum) ve en küçük (minimum) değerleri de tespit edilerek, türlerin yaprak sapı anatomik özellikleri belirlenmiştir. Yapılan çalışma sonucu türlere göre yaprak sapı şekilleri değişmektedir. A. leptophylla ssp. incana ve A. azurea var. azurea'da, genişçe oluklu ve köşeleri uzamış keskin kenarlı, A. undulata ssp. hybrida'da düz ve hafif konkavdır. Tek sıralı epidermis üzerinde bir kutikula tabakası bulunmaktadır. Epidermis tek sıralı A. leptophylla ssp. incana'da çeperleri kalın, hücreler köşeli veya ovaldir. Türlerde epidermis tabakası altında bir veya birkaç sıralı hücrelerden oluşan klorenkima tabakasına rastlanmıştır. Kollenkima tabakası yaprak sapı köşelerinde çok sıralıdır. Parankima tabakası tüm türlerde geniş bir bölgeyi kaplamaktadır. Yaprak sapı ortasında tek, şekli türlere göre değişen (A. leptophylla ssp. incana'da ve A. undulata ssp. hybrida yay şeklinde, A. azurea var. azurea'da genişçe yaysı şeklinde) büyük bir iletim demeti bulunmaktadır. Köşelere doğru irili ufaklı ve genellikle yuvarlak şekilli değişik sayıda küçük iletim demeti bulunmaktadır. İletim demeti kapalı kollateral tiptedir. Ayrıca türlerin epidermisleri üzerinde örtü ve salgı tüyleri bulunmaktadır.
Gara Hamilton, 1822 türleri vücut şekli varyasyonunu geometrik morfometri ile değerlendirilmesi
Bu çalışma Türkiye'de dağılım gösteren bazı Garra Hamilton, 1822 türlerinin gösterdiği vücut şekli varyasyonunu, türler ve havzalar bazında değerlendirmek ve geometrik morfometri yöntemi ile standardize ederek daha net sonuçlara ulaşmak amacı ile gerçekleştirilmiştir. Çalışmada kullanılan örnekler 2014-2022 yıllarında gerçekleştirilen arazi çalışmaları süresince toplanmıştır. Örnekler sol yan görünümden fotoğraflanarak geometrik morfometri analizleri ile birlikte Temel Bileşenler Analizi (PCA) ve Ayırıcı Fonksiyon Analizi (DFA) ile tür içi ve türler arası benzerlik ve farklılıkların değeri belirlenmiştir. Çalışma sonucunda elde edilen verilere göre; tür içi varyasyonun en fazla görüldüğü türler G. turcica ve G. variabilis iken en az görüldüğü tür ise G. rufa olarak belirlenmiştir. Garra orontesi ile G. turcica'nın birbirine en yakın türler olduğu belirlenmiştir. Değerlendirilen türler için en fazla varyasyonun burun ucu, gözün konumu, kuyruk sapının yüksekliği, vücut yüksekliği ve operculum başlangıcı olmuştur. Türlerin fenotipik plastisite aralığının geniş olduğu, popülasyonların kesişme bölgelerinde bu varyasyonun daha da arttığı, aynı zamanda coğrafik olarak uzak olan popülasyonlarda plastisite seviyesinin de arttığı gözlemlenmiştir.
Tarımsal alanlarda kullanılan bazı pestisitlerin genotoksik etkilerinin allium ve SMART yöntemleriyle belirlenmesi
Tarım arazilerinde kullanılan pestisitlerin rastgele ve aşırı dozda uygulanması, çevre ve insan sağlığı üzerinde olumsuz etkilere sebep olmaktadır. Bu sebeple pestisitlerin etki mekanizmalarının ve genotoksisite potansiyellerinin anlaşılması büyük bir öneme sahiptir. Bu amaçla, bu tez çalışması ile thiram ve methoxyfenozidin genotoksisite potansiyeli Allium ve Somatik Mutasyon ve Rekombinasyon Testi (SMART) yöntemleriyle değerlendirilmiştir. Allium yönteminde soğan kök uçları pestisitlerin konsantrasyonlarına 24 saat maruz bırakılmıştır. Süre sonunda kök uçlarından preparatlar hazırlanmış mikroskop altında mitotik indeks (Mİ) ve kromozom anomalileri (KA) tespit edilmiştir. Allium testi sonuçları, Thiram ve Methoxyfenozid konsantrasyonlarındaki artışa bağlı olarak Mİ değerinin negatif kontrole kıyasla azaldığını göstermiştir. Negatif kontrolde Mİ %6,94 ± 0,43 iken bu değer thiramın en yüksek konsantrasyonu olan 1 g/L de %3,72 ± 0,35'e düştüğü kaydedilmiştir. Benzer şekilde, methoxyfenozid için negatif kontrolde belirlenen %7,28 ± 0,32 Mİ değeri, en yüksek konsantrasyon olan 0,002 mL/L uygulamasında %3,97 ± 0,47'ye düşmüştür. İki pestisitin de düzensizlik, köprü oluşumu, vagrant, yapışıklık ve kutup kayması, multipolarite tipi kromozomal anomalilerinin oluşumunu teşvik ettiği belirlenmiştir. SMART yönteminde mwh erkek ve flr3 virgin dişilerin standart çaprazlamasından elde edilen 72 ± 4 saatlik transheterezigot larvalar pestisitlerin belirlenen konsantrasyonları ile hazırlanan hazır besiyer ortamında pestisitlere maruz bırakılmıştır. Bu ortamda ergine gelen Drosophila kanatlarından preparatlar hazırlanarak klon indüksiyon frekansları ve farklı kanat trikomları değerlendirilmiştir. SMART deneyinde thiram ve methoxyfenozid konsantrasyonlarındaki artışın klon indüksiyon frekanslarında bir artışa neden olduğu kaydedilmiştir. Pestisitlerin, transheterozigot ergin bireylerin kanatlarında sıklıkla küçük tek tip klonlar az da olsa büyük tek tip klonlar ve ikiz klonların oluşumunu uyardığı kaydedilmiştir. Bulgular, Thiram ve Methoxyfenozid'in bitki ve hayvan sistemlerinde genotoksisite potansiyeline sahip olduğunu göstermiştir. Sonuç olarak, pestisitlerin genotoksisite potansiyellerinin ayrıntılı şekilde anlaşılması ve bu potansiyelin çevresel etkileri üzerindeki olası sonuçlarının kapsamlı bir şekilde değerlendirilmesi, tarım uygulamalarının sürdürülebilirliği ve insan sağlığının korunması açısından son derece kritik bir öneme sahiptir.
Kapadokya Bölgesi'nin ekosistem tip modelinin belirlenmesi
Habitatı karakterize eden ve diğer ekolojik faktörlere göre habitat üzerinde daha etkili olan belirleyici faktörün nicel olarak belirlenmesi için günümüzde ordinasyon metotları (PCA, DCA vb.) kullanılmaktadır. EUNIS (Avrupa Doğa Bilgi Sistemi) habitat sınıflandırma sistemine göre Türkiye'de tanımlanması gereken çok fazla habitat bulunmaktadır. Bu çalışmada kendine has jeolojik yapısıyla öne çıkan ve peribacalarıyla dünyaca tanınan ve UNESCO tarafından Dünya Mirası Listesi'nde yer alan Kapadokya bölgesinin habitat tipleri belirlenmeye çalışılmıştır. Kapadokya bölgesinin habitat tiplerinin belirlenerek özellikle EUNIS (Avrupa Doğa Bilgi Sistemi) habitat sınıflandırma sitemine dâhil edilmesi alanın öncelikli olarak korunarak gelecek nesillere aktarılması için gereklidir. Alanın habitat tiplerini belirlemek için alanda daha önce yapılan çalışmaların sonuçları arazi gözlem verileri ile birleştirilerek jeolojik, edafik, iklimsel ve antropojenik yönden değerlendirilmiş ve alandaki habitat tiplerinin belirleyici faktörünün jeolojik yapıya bağlı tüf malzemenin erozyonu olduğu tespit edilmiştir. Bu faktöre göre habitat tiplerine ayrılarak harita üzerinde gösterilmiştir. Belirlenen bu habitat tiplerinin antropojenik baskı altındaki Kapadokya bölgesinin doğallığının korunmasına katkı sağlayacağı düşünülmektedir. Ayrıca tez daha küçük bir alanda, habitatların birbiri içerisine girdiği sadece doğal alanları içeren ayırıcı olarak karayosunlarının kullanıldığı ilk çalışmadır. Bu tez ilerde koruma önceliği olan benzer alanlarda uygulanabilecek yeni yöntemlere de öncü niteliğinde olacaktır.
Kayseri (Türkiye) merkezindeki aktar ve halk pazarlarında bulunan bitkilerin etnobotanik özellikleri
Bu çalışma, Kayseri merkezdeki aktarlarda ve halk pazarlarında bulunan bitkiler üzerinde etnobotanik araştırmaları kapsamaktadır. Çalışmada 20 farklı aktar ve halk pazarı belirli aralıklarla ziyaret edilmiş ve en az 20 kaynak kişi ile görüşmeler yapılmıştır. Toplanan bitkiler başta Türkiye Bitkileri adlı temel kaynak ve diğer yardımcı kaynaklardan yararlanılarak, teşhis edilmiştir. Adlandırılan bitkilerin değerlendirilmesiyle 68 aile ve 170 takson belirlenmiştir. Çalışmalardan elde edilen sonuçlara göre en fazla takson içeren ilk beş aile sırasıyla; Papatyagiller (Asteraceae) 16 bitki, Ballıbabagiller (Lamiaceae) 13 bitki, Maydanozgiller (Apiaceae) 12 bitki, Gülgiller (Rosaceae) 11 bitki ve Baklagiller (Fabaceae) 8 bitkidir. Bitkilerin kullanılan kısımları en çoktan aza doğru tohum (%20), yaprak (%20), çiçek (%17), meyve (%17), kök (%10), toprak üstü kısımları (%10), bitkinin tamamı (%3) ve kabuk (%3)'dur. Çalışma sonucuna göre etnobotanik değerleri tespit edilen bitkilerden 160'ı tıbbi, 38'i gıda, 7'si nazarlık ve diğerleri değişik amaçlarla (temizlik, tütsü, süs vb.) kullanılmaktadır. Bitkilerin kullanım biçimleri, demleme % 57, toz halinde % 16, kaynatma % 15, çiğ % 10, baharat %8, kaynatma demleme %7 ve % 4'de diğer kullanım şekillerinden nazarlık, süs, tütsü ve balık tutmadır. Bu çalışmanın il envanteri için önemli bir veri oluşturacağı ve ayrıca aktar kültürünün korunmasına ve tanınmasına katkı sağlayacağı düşünülmektedir.
Kapadokya bölgesi Derinkuyu ilçesi tarımsal alanlar ve çevrelerinde Insecta (Arthropoda) taksonlarının biyotaksonomik, ekolojik ve faunistik bakımdan araştırılması
Bu tez çalışması; 2023-2024 yılları, Mart-Ekim ayları arasında, Kapadokya Bölgesi'nde yer alan Derinkuyu ilçesi, tarımsal alanlar ve çevrelerinde, Insecta (Arthropoda) taksonlarının biyotaksonomik, ekolojik ve faunistik bakımdan araştırılması amacıyla yürütülen arazi ve sonrasında gerçekleştirilen laboratuvar çalışmalarına dayanmaktadır. Çalışma kapsamıda, ilçeye özgü tarımsal faaliyetlerin yapıldığı; patates (Solanum tuberosum L.), çilek (Fragaria sp. L.), kabak (Cucurbito pepo L.), fasulye, (Phaseolus vulgaris L.) ekim alanları ve çevrelerindeki mevcut habitatlarda, arazi ve gözlem çalışmaları yapılarak, çoğunlukla atrap yardımıyla böcek örnekleri toplanmıştır. Toplanan örnekler teşhis işlemleri sonucunda değerlendirildiğinde, cins ve tür seviyesinde 62 takson tespit edilmiştir. Bu taksonlardan, 58'i araştırma sahasından yeni kayıt olup, bunlardan 16'sı predatör tür olarak belirlenmiştir. Tespit edilen taksonlar arasında tür sayısı ve örnek yoğunluğu bakımından; Coleoptera, Diptera, Hymenoptera, Hemiptera, Lepidoptera, Orthoptera takımları daha yüksek biyoçeşitlilik gösterirken; Dermaptera, Odonata ve Neuroptera takımları daha düşük biyoçeşitlilik göstermektedir. Derinkuyu ilçesi, tarımsal ürünler ve böcek taksonları etkileşimleri bağlamında; kabak ve çilek ekim alanları daha yüksek, patates ve fasulye ekim alanları daha düşük nicel etkileşim göstermekle birlikte genel anlamda çok büyük farklılıklar oluşmadığı görülmektedir. Ayrıca tez çalışma sürecinde; sıcaklık, nem, yağış, toprak sıcaklığı, rüzgar hızı gibi bazı ekolojik faktörlerin etkileri de değerlendirilmiştir. Burada; böcek taksonlarının, popülasyon yoğunluklarını etkileyen en öncelikli ekolojik faktörlerin; sıcaklık ve nem olduğu tespit edilmiştir. Buna göre, sıcaklık ve nem dengesinin gerçekleşebildiği özellikle Haziran ve Temmuz aylarında fauna çeşitliliği ve yoğunluğu artış göstermektedir. Mevcut ekolojik tespitlerimize ek olarak böcekler, tarımsal alanlarda polinasyon, zararlı kontrolü ve organik madde dönüşümü gibi önemli süreçlerde de yer alarak tarımın sürdürülebilirliğine katkıda bulunmaktadır. Ancak tarımsal faaliyetler sırasında kullanılan pestisitler ve yoğun tarım uygulamaları böcek popülasyonları üzerinde olumsuz etkilere neden olabilmektedir.
The bryophyte flora of Sorgun Valley ((Mersin/İçel)
As a biodiversity element, bryophytes, like other plants, maintain the balance of the ecosystem and ensure the continuation of life on earth. Therefore, it is necessary to understand bryophyte diversity well in order to protect biodiversity in the world. In this study, bryophyte samples were collected from Sorgun Valley located on the southern slope of the Bolkar Mountains between 2023 and 2024. 548 bryophyte samples collected from 38 different localities in Sorgun Valley located in Erdemli district of Mersin province were identified. As a result, 15 taxa belonging to 11 families and 12 genera belonging to Marchantiophyta (Liverworts) divisio and 114 taxa belonging to 20 families and 55 genera belonging to Bryophyta (leaved mosses) divisio were found. It was determined that 34 of these were new records for Mersin province. In addition, ecological analyses were performed for 4 vegetation layers (SAVK, AAVK, ÜAVK and ADVK) determined depending on the altitude, climate and vegetation in the research area and indicator bryophyte taxa were determined for each layer. For this purpose, the "Indicator Species" analysis in the Mutivariete analyses was used in the PAST 4.17c program. In this study, Didymodon acutus (Brid.) K. Saito, Didymodon vinealis (Brid.) R.H.Zander, Grimmia pulvinata (Hedw.) Sm., Homalothecium sericeum (Hedw.) Schimp., Ptychostomum capillare (Hedw.) Holyoak & N.Pedersen, Tortula muralis Hedw. and Trichostomum crispulum Bruch taxa were suggested as indicator taxa.
Rosaceae familyasına ait bazı türlerden elde edilen ekstraktların, pestisit genotoksisitesine karşı antigenotoksik etkisinin araştırılması
Bu çalışmada, semikarbazon grubu insektisitlerden olan Metaflumizon (Mtf)'un potansiyel genotoksik etkisinin, Rosaceae familyasına ait Laurocerasus officinalis (LO) ve Agrimonia eupatoria (AE) bitkilerinden elde edilen yaprak ekstreleriyle giderilmesinin, Allium cepa kök ucu ve Drosophila melanogaster kanat somatik mutasyon ve rekombinasyon test (SMART) sistemleri ile araştırılması hedeflenmiştir. Allium test sisteminde, soğan kök uçları 24 ve 48 saat süreyle Mtf, LO ve AE'ye maruz bırakılmıştır. Süre sonunda pestisit, bitkisel özütler ve bunların birlikte kullanıldığı uygulamaların mitotik indeks (Mİ) ve faz frekans değerlerinde ve kromozom anomalilerinde değişimlere sebep olduğu tespit edilmiştir. Allium testi sonuçları, Mtf'nin konsantrasyonlardaki doz artışına bağlı olarak negatif kontrole kıyasla Mİ değerinin azaldığını göstermiştir. Mtf'nin genotoksik etkisine karşı belirlenen konsantrasyonlarda LO ve AE yaprak metanol ekstrelerin genotoksik etkisini azalttığı bulunmuştur. SMART yönteminde; Mtf, bitkisel özütler ve bunların birlikte verildiği uygulamaların belirlenen konsantrasyonlarda maruz bırakılan mwh♂flr3 standart çaprazlamalarından elde edilen 72±4 saatlik transheterozigot larvalarda genotoksik/antigenotoksik etkisi SMART ile saptanmıştır. Gelişen ergin Drosophila kanatlarından hazırlanan preparatlarda klon indüksiyon frekans yüzdeleri değerlendirilmiştir. Mtf'nin farklı konsantrasyonlarındaki istatistiksel değerlendirilmesinde negatif kontrol grubuna kıyasla klon indüksiyon frekanslarının arttığı belirlenmiştir. Bulgular normal kanatlarda negatif kontrole göre tüm deney gruplarında toksik etki gösterdiği görülmüştür. Mtf'nin genotoksik etkisini gidermek için farklı konsantrasyonlarda LO ve AE yaprak metanol ekstrelerin birlikte verildiği karışımlar besi ortamına eklenerek gelişen ergin sineklerin kanatlarındaki mutant trikomların sayıları kontrol grubuyla karşılaştırılarak değerlendirilmiştir. Sonuç olarak, uzun yıllardan beri kullanılmakta olan kimyasal pestisitlerin mücadelesinde olumsuz etkileri göz önünde bulundurarak, mevcut organizmalara karşı entegre mücadele yöntemlerin tercih edilmesiyle birlikte çevre ve insan sağlığının da bir nevi güvence altına alınmasının sağlanacağı düşünülmektedir. Pestisitlerin ve kullanılan bitkilerle ilgili mekanizmaların ve yapısındaki bileşenlerin daha ayrıntılı olarak tanımlanması gerektiği ve böylece uluslararası bir alternatif mücadeleye katkı sağlayabileceği öngörülmektedir.
Asteraceae familyasına ait bazı türlerden elde edilen ekstraktların, pestisit genotoksisitesine karşı antigenotoksik etkilerinin araştırılması
Bu çalışmada tarımsal alanlarda sıklıkla kullanılan Fluazinam fungusitinin genotoksik etkisi ve Cyanus depressus (M.Bieb.) Soják ile Tussilago farfara L. bitkilerinin antigenetoksik etkileri Allium ve SMART (Somatik Mutasyon ve Rekombinasyon) yöntemleri kullanılarak belirlenmeye çalışılmıştır. Allium yönteminde soğan kök uçları 24 ve 48 saat süre ile Fluazinam, C. depressus ve T. farfara özütlerine maruz bırakılmıştır. Fluazinam'ın bitki özütleri ile uygulamaları 24 saat uygulama yapılmıştır. Uygulama sonucunda kromozom anomalileri tespit edilmiş, mitotik indeks, mikronükleus frekansı ve genotoksisite frekansları hesaplanmıştır. Fluazinam, C. depressus ve T. farfara uygulamalarında konsantrasyon artışına bağlı olarak genotoksisite indeksi negatif kontrol grubuna göre artış göstermiş ve anlamlı bulunmuştur (p≤0,05). Fluazinam'ın, C. depressus ve T. farfara karışım uygulamalarında, Fluazinam konsantrasyonunun genotoksik etkisine karşı bitki ekstraktlarının genotoksisiteyi azalttığı ve bu azalışın anlamlı olduğu bulunmuştur (p≤0,05). SMART yönteminde mwh erkek ve flr3 virgin dişilerin standart çaprazlamasından elde edilen 72 ± 4 saatlik transheterezigot larvalar Fluazinam, C. depressus ve T farfara' nın belirlenen konsantrasyonları ile muamele edilmiştir. Ergin hale gelen Drosophila'ların kanat preparatları yapılarak klon indüksiyon frekansları ve oluşan klon tipleri analiz edilmiştir. SMART deneyinde Fluazinam konsantrasyonlarında klon indüksiyon frekansının negatif kontrole kıyasla azaldığı ve toplam benek sayısı bakımından (-) genotoksik etki göstermediği ya da genotoksik etkinin önemsiz olduğu belirlenmiştir. C. depressus konsantrasyonlarında toplam klon sayısında negatif ve solvent kontrol ile en yüksek konsantrasyon arasında istatiksel olarak önemli bir fark bulunamamıştır (p≥0,05) fakat diğer deney grupları arasındaki fark anlamlı bulunmuştur (p≤0,05). Toplam benek sayısı bakımından negatif kontrole göre tüm deney gruplarında belirlenen konsantrasyonlarda genotoksik etki göstermediği görülmüştür. T. farfara' nın konsantrasyonlarında yapılan değerlendirmede negatif kontrole göre toplam benek sayısı bakımından tüm konsantrasyonlarda (+) genotoksik etki gösterdiği görülmüştür. Negatif kontrol grubu ile deney grupları arasında ve deney grupları kendi aralarında karşılaştırıldıklarında aralarındaki farkların istatistiksel olarak anlamlı olduğu görülmüştür (p≤0,05). Fluazinam ve bitki ekstraktlarının birlikte uygulaması sonucu negatif kontrole göre toplam benek sayısı bakımından belirlenen konsantrasyonlarda (-) genotoksik etki göstermediği ya da genotoksik etkinin önemsiz olduğu belirlenmiştir.
Nevşehir ili'nde biyolojik çeşitliliğe dayalı geleneksel bilginin belirlenmesi
Bu çalışmada, Nevşehir ilinde biyolojik çeşitliliğe dayalı geleneksel bilgi (BGB) sistematik bir yöntemle tespit edilmiş ve kapsamlı biçimde değerlendirilmiştir. Araştırma, 13 Nisan 2020 ile 5 Ekim 2021 tarihleri arasında yürütülen ve toplam 30 günü kapsayan saha çalışmaları sonucunda gerçekleştirilmiştir. Çalışma kapsamında, Nevşehir iline bağlı 8 ilçedeki toplam 30 köyde incelemeler yapılmıştır. Bu süreçte, 101 erkek ve 61 kadın olmak üzere toplam 162 kişiyle yüz yüze görüşmeler gerçekleştirilmiştir. Görüşmeler sonucunda, tekrarlar hariç 142 farklı geleneksel kullanım biçimi kaydedilmiştir. Kategorik dağılım incelendiğinde bu bilgilerin; 106'sının sağlık, 14'ünün beslenme, 16'sının endüstriyel, 3'ünün tarım ve hayvancılık, 3'ünün ise diğer kullanım alanlarına ait olduğu belirlenmiştir. Saha verilerine ek olarak yapılan literatür taraması sonucunda 874 adet ek veri toplanmış ve saha verileriyle birlikte toplam 1573 ham BGB kaydı elde edilmiştir. Tekrarlar ayıklandığında ise 172 tekil geleneksel bilgi tespit edilmiştir. Bu verilerin dağılımı; 120 sağlık, 17 beslenme, 22 endüstriyel, 8 tarım ve hayvancılık, 5 diğer alanlar şeklindedir. Floristik açıdan değerlendirildiğinde, çalışma sonucunda 74 familya, 161 cins ve 188 türden oluşan bir taksonomik çeşitlilik belirlenmiştir. Bu türlerden 168'i bitki, 16'sı hayvan, 4'ü mantar olup, bunlar arasında 3 adet endemik tür yer almaktadır. En fazla tür, Asteraceae (19 takson) familyasında kaydedilmiş; bunu Rosaceae (15), Apiaceae (11), Lamiaceae (11), Fabaceae (9) ve Brassicaceae (9) familyaları takip etmiştir. Sonuç olarak, saha ve literatür verileri bir arada değerlendirildiğinde, 349 bitki, 17 hayvan ve 5 mantar türüne ait toplam 371 takson kayıt altına alınmıştır. Bu taksonlar, 86 familya ve 239 cins içerisinde sınıflandırılmıştır.
Kırşehir ili ve çevresi Coccinellidae (Coleoptera) eko-faunası üzerine araştırmalar
Bu tez çalışması; 2024 yılı, Nisan-Kasım ayları arasında Kırşehir ili ve ilçelerinde Coccinellidae familyasına ait türlerin, ekolojik ve faunistik bakımdan araştırılması amacıyla yapılan saha ve sonrasında gerçekleştirilen laboratuvar çalışmalarına dayanmaktadır. Çalışma kapsamındaki örnekler Kırşehir merkez, Akçakent, Akpınar, Boztepe, Çiçekdağı, Kaman ve Mucur ilçelerindeki çeşitli habitatlardan ağırlıklı olarak atrap yardımıyla toplanmıştır. Tez çalışması sonucunda Coccinellidae familyasına ait, Coccinellinae ve Chilocorinae altfamilyaları içerisinde yer alan, 6 cinse bağlı 10 tür tespit edilmiştir. Bu türlerden altısı, Kırşehir il faunası için yeni kayıttır. Tez çalışması kapsamında ayrıca; sıcaklık, nem, yağış, toprak sıcaklığı gibi ekolojik faktörleri içeren değerlendirmeler de yapılmıştır. Anahtar kelimeler: Coccinellidae, Coleoptera, Ekoloji, Fauna, Kırşehir
"bombyx mori (L.,1758) kozasından elde edilen serisin ile çapraz bağlı aljinat bazlı hidrojellerin yara örtü malzeme potansiyelinin araştırılması"
Doku mühendisliği ve yenileyici tıp alanlarında, biyouyumluluğu yüksek malzemelere duyulan ihtiyaç giderek artmakta ve bu kapsamda doğal polimer-bazlı hidrojeller; biyomimetik ve doku bütünlüğünü destekleyici özellikleriyle ön plana çıkmaktadır. Doğal bir polimer olan ve Bombyx mori (L., 1758) ipek böceği kozasından elde edilen ipek serisin proteini; yüksek biyouyumluluk, antibakteriyel, nem tutucu ve elastisite özellikleriyle vücuda kolay uyumlanabilen yapısıyla yara örtü malzemesi olarak kullanım optansiyeli taşımaktadır. Bu tez çalışması kapsamında, iyi biyouyumluluğu, kolay biyoçözünürlüğü ve jel oluşturabilme yeteneği nedeniyle doğal bir polisakkarit olan aljinat (Alg) temelli hidrojeller, Bombyx mori kozasından sentezlenen ipek serisin proteiniyle entegre edilerek geliştirilmiş ve deri dokusunda yara örtü malzemesi olarak kullanılması amaçlanmıştır. Ayrıca, hidrojellerin antimikrobiyal özelliklerini arttırmak için çinko oksit (ZnO) nano-partiküller ile yüklenerek geliştirilen Alg-Ser-ZnO hidrojeller yara örtü malzemesi olarak ilk kez araştırılmıştır. Hidrojeller morfolojik, kimyasal ve biyolojik (in-vitro şişme davranışı, antibakteriyel etkinlik, biyouyumluluk ve yara iyileşmesi) analizleri ile karakterize edilmiştir. Gliserol katkısı ile modifiye edilerek elastikiyet kazandırılan hidrojeller, antibakteriyel performansa sahip, etkin yara iyileşmesi sürecini yöneten fonksiyonel bir yara örtü malzemesi potansiyelinde geliştirilmiştir. Geliştirilen kompozit hidrojeller çapraz bağlı poroz bir morfolojide ve toplam %90-95 poroziteye sahiptir. Hidrojeller %150 ve üzerinde şişme gösterirken ZnO ilavesi ile şişme miktarı bir miktar azalarak numunelerin stabilitesi artmıştır. ZnO yüklü hidrojeller (Alg-Ser-ZnO), Staphylococcus aureus ve Escherichia coli bakterilerine karşı disk difüzyon yönteminde 8-10 mm civarında önleyici zon oluşturmuştur. Alg-Ser hidrojellerin fibroblast canlılığını ve migrasyonunu anlamlı biçimde desteklediği, ZnO yüklemesinin ise konsantrasyon arttıkça doz-zaman bağımlı sitotoksisite ve migrasyon baskılaması oluşturduğu görülmüştür. Anahtar Kelimeler: Bombyx mori kozası, Biyomalzemeler, İpek, Serisin, Yara örtüsü.
Yeni sentezlenen Benzotiyofen türevlerinin anti-karsinojenik ve anti-inflamatuar etkilerinin belirlenmesi
Heterosiklik bileşikler, ilaç keşfi ve geliştirilmesinde önemli bir rol oynamaktadır. Benzotiyofenler, kükürt içeren heterosiklik bileşiklerdir. Bu bileşikler birçok temel doğal ve sentetik bileşiğin temel yapısal iskeletlerinde yer almaktadır. Benzotiyofen ve benzotiyofen bazlı bileşikler anti-mikrobiyal, anti-kanser, anti-anjiyojenik anti-inflamatuar, anti-oksidan gibi çeşitli biyolojik aktiviteler sergilemektedir. Bu çalışma, yeni sentezlenen benzotiyofen bileşiklerin sitotoksisite, apoptoz ve anti-inflamatuar etkilerini araştırmak amaçlanmıştır. Bu bileşiklerin A549, LnCaP ve MCF-7 hücre hatlarında sitotoksisite ve apoptoz etkilerini incelemek üzere kullanılmış ve kontrol olarak sağlıklı embriyonik hücre hattı (HEK293) kullanılmıştır. Bu hücre hatlarında EC50 veren bileşiklerin apoptoz analizleri, Annexin FITC/PI boyaması ile yapılmış, apoptoz ilişkili genlerin (Bax, Bcl2, Casp3, Casp8 ve Casp9) seviyelerini ölçmek üzere mRNA izole edilmiş ve qRT-PCR ile gerçekleştirmiştir. Ayrıca anti-inflamatuar etkilerini ortaya çıkarmak için RAW264.7 hücre hattı LPS ile indüklenerek nitrik oksiti, Griess yöntemiyle; inflamasyonda rol oynayan genlerin ekspresyon seviyeleri ise qRT-PCR kullanarak değerlendirilmiştir. Elde edilen sonuçlara göre, AD3 ve AD5 bileşikleri kanser hücre hatlarında (A549, LnCaP ve MCF-7) önemli sitotoksisite etkileri olmadığı, AD1, AD7 ve AD3S1 bileşikleri ise iyi sitotoksisite sergilediği ve Bax, Casp3, Casp8 ve Casp9 genleri aktifleşerek apoptozu indüklediği saptanmıştır. Ayrıca kullanılan AD1, AD3, AD5, AD7 ve AD3S1 bileşiklerinin proinflamatuar genleri (TNF-a, COX-2, iNOS, IL-6) inhibe ettiği ve anti-inflamatuar geni (IL-10) teşvik ettiği ayrica anti-inflamatuar etkiye sahip olduğu saptanmıştır. Sonuç olarak; benzotiyofen türevlerinin, akciğer kanseri, prostat kanseri ve meme kanseri tedavileri için gelecek vaadeden ilaçların tasarlanması ve sentezlenmesinde önemli rol oynayacağı ve anti-inflamatuar ilacı olarak da potansiyele sahip olabileceği düşünülmektedir.
İsrafil deresi'nin (Denizli) bentik makroomurgasız faunası ve su kalitesi durumunun belirlenmesi
Bu çalışmada, kar suları ile beslenen ve dik bir eğimle akan İsrafil Deresi'nin (Denizli) su kalitesi bentik makroomurgasızlar kullanılarak belirlenmeye çalışılmıştır. Su kalitesinin değerlendirilmesi sürecinde bentik makroomurgasızların saprobiyotik koşulları ve mikrohabitat tercihleri de bütüncül bir yaklaşım içerisinde değerlendirilmiştir. İsrafil Çayı'nda toplam 55 farklı bentik makroomurgasız türü tespit edilmiştir. Ortak olarak tüm örnekleme noktalarında en fazla tür Chironomidae ailesinden tespit edilmiştir. Bunlardan Diamesa türleri (D. İnsignipes, D. tonsa) özellikle karların erimesiyle akış kazanan kaynak bölgelerindedir. Chironomus riparius türü mansaba yakın yerlerde daha yoğun olarak tespit edilmiştir. Chironomus ile nipseten eşit seviyede en baskın diğer grup Gammaridae ailesi üyeleridir (Gammarus anatoliensis, G. obnixus). Yüksek rakımlı bölgelerde Plecoptera takımına ait olan türler (Chloroperla sp., Nemoura sp.) yoğun olarak görülmüştür ve tüm çay yatağı boyunca sayıları azalır. Ephemeroptera takımından Baetidae ailesi ait türler (Baetis rhodani, B. vernus, Cloeon dipterum, C. simile) çay boyunca yaygındır. Heptagenidae (Epeorus alpicola, Rhithrogena germanica, Rhithrogena semicolorata) ve Potamonthidae (Potamonthus luteus) ailesine ait türler bariz olarak yüksek rakımlı bölgelerde daha yoğun tespit edilmiştir. Biyolojik ve çevreler parametreler arasındaki ilişki Kanonik Uyum Analizi yaklaşımıyla ele alınarak %53'lük bir varyans odinasyon üzerinde gösterilebilmiştir. Biyotik indekslerin iklim değişikliği ve mevsimsel değişimleri yansıtmada nispeten yetersiz kaldığı görülmüştür.
Aldehit fonksiyonel grubu içeren yeni nesil benzotiyofen türevlerinin anti-karsinojenik ve anti-inflamatuar aktivitelerinin belirlenmesi
Kanser, fizyolojik özelliklerini kaybetmiş, DNA hasarlı yani mutasyonlu hücrelerin, kontrolsüz bir şekilde çoğalmasıdır. Kanserin birçok çeşidi vardır ve bugüne kadarki birçok ilerlemeye rağmen, tedaviye direnç mevcut bir tehdit olmaktadır ve çoğu durumda nüksetmeye yol açmaktadır. Tiyofen içeren heterosiklik bileşiklerin ise kansere özgü proteinleri hedef aldığı, önemli sinyal yolaklarının inhibisyonuna veya aktivasyonuna yol açtığı bilinmektedir. Kükürt heterosiklik ailesi, fizikokimyasal özellikler gösteren oldukça kararlı aromatik bileşikleri içermektedir. Son yıllarda, yürütülen çalışmalar ile tiyofen içeren heterosiklik bileşikler antikanser, antioksidan, antifungal, antibakteriyel, antiparazit gibi özellikleri nedeniyle sağlık alanında büyük önem taşımaktadır. Benzotiyofen en iyi bilinen heteroaromatik yapılar arasındadır ve türevleri ise ortaya çıkan farmakolojik özellikleri sebebiyle kanser araştırmalarında popüler hale gelmiştir. Raloksifen ve Tamoksifen tedavi amacıyla ilaç olarak kullanılan Benzotiyofen türevlerine örnek oluşturmaktadır. Bu tez çalışmasında Aldehit fonksiyonel grubu içeren yeni nesil Benzotiyofen türevlerinin İnsan Akciğer Kanseri (A549), İnsan Serviks Kanseri (HeLa), İnsan Kolorektal Kanseri (CaCo-2), İnsan Meme Kanseri (MDA-MB-231) hücre hatlarında sitotoksik, anti-karsinojenik ve anti-inflamatuar aktiviteleri belirlenmiştir. Sentezlenen Q18, Q19, Q20 bileşikleri Caco-2, MDA, HeLa hücre hatlarında önemli apoptotik etkiye sahipken Q21 bileşiğinin çalışmada kullanılan hücrelere karşı sitotoksik etkisi olmadığı saptanmıştır. mRNA düzeyleri Gerçek Zamanlı PZR yöntemi ile kantite edilerek elde edilen sonuçlarda Q18, Q19, Q20 bileşikleri HeLa ve MDA hücre hattında apoptoz ile ilişkili genleri (BAX, BCL-2, CASP3, CASP8, CASP9) indüklediği saptanmıştır. Ayrıca kullanılan bileşiklerin tümü proinflamatuar genlerin (COX-2, iNOS, IL-6, TNF-ɑ) ekspresyon seviyelerini yüksek oranda inhibe ettiği saptanmıştır. Çalışma sonucu belirtilen benzotiyofen türevlerinin apoptoz indüksiyonuna sebep olduğu ve sitotoksik etki gösterdiği ortaya çıkarılmıştır. Sonuçta, bu tez çalışması için sentezlenen benzotiyofen türevlerinin kanser tedavisinde ve anti-inflamauar olarak kullanılma potansiyeli olabileceğini göstermiştir.
Denizli'de yayılış gösteren bazı nadir ve endemik taksonlar üzerinde palinolojik araştırmalar
Bu tez çalışmasında Denizli ili sınırları içinde dar bir yayılışa sahip olan nadir ve endemik türlerin [Colchicum figlalii (Varol) Parolly & Eren, Linum punctatum C. Presl. subsp. pycnophyllum (Boiss. & Heldr.) Gustavsson, Thlaspi leblebicii Gemici & Görk, Noccaea cariensis (Carlström) Parolly, Nordt & Aytac ve Echinops emiliae P.H.Davis] polen morfolojilerinin tanımlanması amaçlanmıştır. Türlerin polen morfolojisi ışık mikroskobu (LM) ve polen örneklerinin ayrıntılı yüzey ornamentasyonları incelenmesinde taramalı elektron mikroskobu (SEM) kullanılmıştır. C. figlalii türünün polen şeklinin genellikle oblat nadiren peroblat, polar eksen uzunluğunun (P) 27,31 ± 3,27 (22,04‒34,29) µm ve ekvatoral eksen uzunluğunun (E) 47,69 ± 3,88 (41,20‒55,50) µm olduğu tespit edilmiştir. L. punctatum subsp. pycnophyllum'un polen şekli genellikle suboblat nadiren oblat-sferoidal olarak ve polar eksen uzunluğu (P) 51,85 ± 3,41 (47,40‒58,03) µm ve ekvatoral eksen uzunluğu (E) 59,38 ± 4,32 (51,36‒67,03) µm olarak ölçülmüştür. T. leblebicii türünün polenlerinin anizopolar ve bilateral simetrili olduğu belirlenmiştir. Polar eksen uzunluğu (P) 16,10 ± 1,91 (13,64‒20,56) µm, ekvatoral eksen uzunluğu (E) 17,12 ± 0,83 (15,20‒18,63) µm'dir. N. cariensis türün polen şekli oblat-sferoidal nadiren prolat-sferoidal olarak belirlenmiş, polar eksen uzunluğu (P) 15,32 ± 0,84 (13,90‒17,21) µm, ekvatoral eksen uzunluğu (E) 16,30 ± 0,70 (15,16‒18,03) µm'dir. Echinops emiliae türünün polen şekli oblat sferoidal nadiren prolat sferoidal olarak belirlenmiştir. Polar eksen uzunluğu (P) 59,54 ± 4,61 (50,04‒68,65) µm, ekvatoral eksen uzunluğunun (E) 58,60 ± 4,11 (48,04‒66,72) µm olduğu ortaya gösterilmiştir.