410
Archived Theses
0
DOIs Assigned
0%
DOI Rate
Discipline
Klebsiella pneumoniae izolatlarının antibiyotik duyarlılık profillerinin kapsül genotipleriyle ilişkisinin araştırılması
Klebsiella pneumoniae'nin enfeksiyon etkeni olarak sık görülmesinde en önemli sebeplerden biri bakteriyi fagositozdan ve serum bakterisidal proteinlerden koruyan majör virülans faktörü olan kapsül yapısıdır. Bir diğer sebep de bakterinin β-laktam antibiyotiklerine karşı ürettiği β-laktamaz enzimleridir. Çalışmamızda çeşitli klinik örneklerden izole edilen K. pneumoniae izolatlarının kapsül genotipleriyle antibiyotik duyarlılık profilleri arasındaki muhtemel ilişki araştırıldı. Bu amaçla; klinik örneklerden izole edilen Klebsiella pneumoniae izolatlarında spesifik primerler kullanılarak Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) yöntemi ile kapsül genotipleri (K1, K2, K5, K20, K54, K57) belirlenlendi. Antibiyotik duyarlılıkları fenotipik olarak disk difüzyon, moleküler olarak da PCR yöntemi ile Geniş Spektrumlu β-laktamaz (GSBL) (CTX-M1, CTX-M2, CTX-M9, CTX-M 8/25, KPC, NDM-1, OXA-48 like) genlerinin varlığı araştırıldı. Çalışmamıza Anabilim Dalımızda daha önce yürütülen çalışmada kapsül genotipleri belirlenmiş olan karbapeneme dirençli 27 K. pneumoniae izolatı ve kapsül genotipleri belirlenecek olan çeşitli klinik örneklerden izole edilen 180 K. pneumoniae izolatı dahil edildi. Çalışmamıza dahil ettiğimiz karbapeneme dirençli 27 K. pneumoniae izolatından 1 izolatın K1, 5 izolatın K2, 15 izolatın K5, 4 izolatın K20, 1 izolatın K54, 1 izolatın da K57 kapsül genotipine ait olduğu doğrulanırken, 180 K. pneumoniae izolatından 7'sinde K2, 3'ünde K20, 1'inde ise K1 kapsül genotipileri belirlendi. CTX-M1 geni kapsüler genotip K20'ye ait 3 izolatta tespit edildi. NDM-1 geni kapsüler genotip K5'e ait 3 izolatta ve K2'ye ait 1 izolatta belirlendi. OXA-48 like geni 24 izolatta kapsüler genotipler arasında heterojen dağılım gösterdi. CTX-M2, CTX-M9, CTX-M 8/25, KPC direnç genleri hiçbir izolatta tespit edilmedi. CTX-M1 genin K20 kapsül genotipiyle ilişkisi, AMC, TPZ, FOX, ETP antibiyotiklerinin K5 kapsül genotipiyle direnç ilişkisi, AMC, TPZ, IPM, TE, SXT antibiyotiklerinin K20 kapsül genotipleriyle duyarlılık ilişkisi, istatistiksel olarak anlamlı bulundu. Sonuç olarak, kapsül genotipleriyle GSBL direnç genleri arasındaki muhtemel ilişkinin bölgesel ve çok sayıdaki izolatın dahil edileceği çalışmalarla daha iyi aydınlatılacağını ve bu çalışmaların ilerdeki aşı çalışmalarına da ışık tutacağını düşünmekteyiz.
Gebelerde candida vajinitinin epidemiyolojisi
Giriş: Her dört kadından üçünün hayatları boyunca en az bir kez maruz kaldığı Candida vajinitinin (CV) en önemli risk faktörlerinden birisi de gebeliktir. Sunulan bu çalışmada hastanemize başvuran gebelerde CV'nin prevalansının, trimesterlere göre dağılımının, en sık görülen mantar türlerinin belirlenmesi ve tanı yöntemlerinin karşılaştırılması amaçlandı. Gereç ve Yöntem: Nisan 2021–Haziran 2021 tarihleri arasında Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi Balcalı Hastanesi Kadın Hastalıkları ve Doğum Polikliniğine başvuran rastgele seçilmiş 250 gebeden alınan posterior forniks sürüntü örneği, 2ml Sabouraud glikoz broth içerisinde aynı gün mikrobiyoloji laboratuvarına ulaştırıldı. Örnekler; direk mikroskop değerlendirmesi, Gram boyama, mantar kültürleri (CHROMAgar Candida [CAC] ve Sabouraud glikoz agar [SGA]) ile değerlendirildi. İzole edilen maya mantarları germ-tüp testi, mısır unlu-tween 80 agarda yapısal özelliklerinin değerlendirilmesi, CAC'da üreme özellikleri ve MALDI-TOF MS yöntemi ile identifiye edildi. Aynı zamanda, CAC besiyerinin identifikasyon performansı, MALDI-TOF MS yöntemi referans alınarak değerlendirildi. Bulgular: Hastanemize başvuran gebelerde mantar vajinitlerinin prevalansı %43.2 idi. Mantar vajinitli 108 olgunun 22'si (%20.4) rekürren vajinit tarif etti ve %82.4'ü ikinci ve üçüncü trimesterda idi (p > .05). SGA ve CAC besiyerleri arasında izolasyon performansı yönünden fark bulunmadı. En çok izole edilen mantar türü C. albicans (%49.6) olup diğer türler ise C. glabrata (%35.3), C. krusei (%7.5), C. kefyr (%3.4), C. tropicalis (%1.7), S. cerevisiae (%1.7) ve C. dubliniensis (%0.8) idi. Germ-tüp testinin C. albicans için duyarlılık ve özgüllüğü, sırası ile, %88.1 ve %98.3 idi.10 olguda (%9.3) polifungal popülasyon belirlendi. Polifungal popülasyonlar arasında en sık görülen C. albicans + C. glabrata (%60) birlikteliği idi. CAC besiyerinin doğru tanı değerleri C. albicans, C. glabrata ve C. krusei için, sırası ile, %99.1, %97.5 ve %99.2 bulundu. Sonuç: Gebe popülasyonunda CV önemli bir halk sağlığı sorunu olarak ortada durmaktadır. Son yıllarda mantar vajinitlerinin, özellikle albicans-dışı Candida vajinitlerinin prevalansındaki artış endişe verici boyutlara ulaşmıştır. Kromojenik besiyerlerinin tek plakta izolasyon ve identifikasyon sağlaması ve polifungal popülasyonu tanıma olanağı mantar vajinitlerinin hızlı ve doğru tanısında kolaylık sağlar. Gebelerde CV, doğru ve tam tedavi edilmediğinde koryoamniyonit ve takiben erken doğum gibi gebelik komplikasyonlarına sebep olabileceğinden gerek hasta ve gerekse hekimlerin bu konuda eğitilmesi ve bilinçlenmesi gerekir.
Klinik örneklerden izole edilen anaerob bakterilerin tiplendirilmesi ve antibiyotik direnç profillerinin belirlenmesi
Sunulan bu çalışmada, anaerobik enfeksiyondan şüphelenilen hastaların çeşitli klinik örneklerinden izole edilen anaerop bakterilerin tanımlanması ve antibiyotik direnç profillerinin belirlenmesi amaçlandı. Çalışma Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi Balcalı Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarında, 15 Ocak 2021-1Kasım 2021 tarihleri arasında gerçekleştirildi. Toplam 863 örnekten anaerob kültür istemi yapıldı. Anaerob kültür için uygun olan sadece 213 örnek çalışmaya alındı. Anaerob bakteri izolasyonu yapılan 22 (%10.3) örnekten, 17'sinde (%7.98) sadece anaerob bakteri, 5 örnekte (%2.3) hem aerob hem de anaerob bakteri üremesi oldu. 74 örnekte (%34.7) sadece aerob/fakültatif anaerob üremesi görüldü, 119 örnekte (%55.86) ise üreme görülmedi. İzole edilen anaerop gram-negatif basiller, konvansiyonel yöntemler ve otomatize tanı sistemi (VITEK 2, bioMerieux, Fransa) ile tanımlandı. Çalışmada izole edilen anaerob bakteriler çoğunlukla apse (11/22; %50) materyallerinden idi. Kültüre alınan 213 örneğin 164'ü (%77) apse idi ve apse örneklerinin 11'inde (%6.7) anaerobik bakteri izole edildi. Toplam 22 anaerob bakteri izolatının 12'si erkek (%54.5) ve 10'u kadın hastalardan (%45.5) elde edildi. Anaerob bakteri üremesi olan hastalardan 2'si (%9) 18 yaş altı, 17'si (%77.2) 18-60 yaş arası ve 3'ü (%13,6) 60 yaş üstü idi. Anaerob izolatların 6'sının (%27.2) gram negatif, 16'sının (%72.7) gram pozitif (bunlardan 12'sinin (%54.54) gram pozitif basil, 3'ünün (%18.18) gram pozitif kok) olduğu görüldü. En yaygın izole edilen organizmalar sırası ile Cutibacterium türleri (%22.7 n= 5), Actinomyces türleri (%18.1 n=4), Prevotella türleri (%13.6 n=3), Bacteroides türleri (%9 n=2), Anaerococcus türleri (%9 n=2), Clostridium türleri (%9 n=2) idi. Ampisillin, klindamisin, sefoksitin, metronidazol, moksifloksasin, meropenem, klindamisin, piperasilin-tazobaktam ve amoksisilin-klavulanik asit duyarlılıkları her izolat için antibiyotik konsantrasyon gradiyent yöntemi (E test, bioMerieux, Fransa) ile belirlendi. En aktif antimikrobiyal ajanlar moxifloksasin (%95.5), piperasilin-tazobaktam (%95.5) ve amoksisilin-klavulanik asit (%95.5) idi. Daha az aktif olanlar sırasıyla sefoksitin (%90.9), meropenem (%90.9), klindamisin (%77.3), ampisillin (%59.1) ve metronidazol (%22.7) idi. Antibiyotik duyarlılık testi yapılan anaerob izolatların ampisillin duyarlılık oranı %59.1 idi. Gram pozitif basil ve koklara karşı toplam duyarlılık yüzdesi %81.25 (gram pozitif basiller %91.7, gram pozitif koklar %50) iken, gram negatif anaerob bakterilerin hepsinde (%100) direnç gözlemlendi. Meropenem antibiyotiğine %90.9 duyarlılık görüldü. Gram pozitif bakterilerin %87.5'inin (gram pozitif basiller %91.7, gram pozitif koklar %75), gram negatif bakterilerin %100'ünün duyarlı olduğu gözlemlendi. Metronidazol antibiyotiğine ise %22.7 oranında duyarlılık görüldü. Direnç esas olarak gram pozitif anaerob bakterilerde (%100) gözlemlenmesine karşın metranidazol gram negatif basillerin çoğuna karşı (%83.3) iyi aktivite göstermiştir. Klindamisine duyarlılık %77.3 oranında gözlemlendi. Bu oran gram pozitif ve gram negatif izolatlar arasında değişmekte olup, gram pozitif bakterilerin %81.3'ü (gram pozitif basiller %75, gram pozitif koklar %100), gram negatif basillerin ise %50'si duyarlıdır. Sefoksitine duyarlılık %90.9 oranında görüldü. Gram pozitif bakterilerin %87.5'i (gram pozitif basiller %91.7, gram pozitif koklar %100), gram negatif bakterilerin %66.7'si duyarlı, %33.3'ü ise orta hassas olarak görüldü. This study was conducted to identify anaerobic bacteria isolated from various clinical specimens obtained from patients with suspected anaerobic infection and to determine their antibiotic resistance profiles. The study was carried out in Adana Çukurova University Balcalı Hospital Medical Microbiology Laboratory between January 15, 2021 and November 1, 2021. Anaerobic culture was requested from a total of 863 samples. Routine anaerobic culture was performed on all of the samples requested in our laboratory. However, only 213 samples suitable for anaerobic culture were included in the study. Anaerobic bacteria were isolated in 22 (10.3%) of 213 samples included in the study: only anaerobic bacteria were isolated in 17 samples (7.98%), and both aerobic and anaerobic bacteria were isolated in 5 samples (2.3%). Only aerobic/ facultative anaerobic growth was observed in 74 specimens (34.7%), and no growth was observed in 119 specimens (55.86%). Isolated anaerobic gram-negative bacilli were identified using conventional methods and an automated diagnosis system (VITEK 2, bioMerieux, France). In the study, anaerobic bacteria were mostly isolated from abscess materials. 164 (77%) of the 213 cultured samples were abscesses and anaerobic bacteria were isolated in 11 (6.7%) of the abscess samples. Of the 22 samples with growth, 11 (50%) were abscess samples. A total of 22 anaerobic bacteria isolates were obtained from 12 male (54.5%) and 10 female (45.5%) patients. The number of anaerobic isolates obtained from patients under 18 years of age was 2/22 (9%), 17/22 (77.2%) between 18-60 years of age and 3/22 (13.6%) above 60 years of age. Of the anaerobic isolates, 6 (27.2%) Gr (-) anaerobic bacteria, 16 (72.7%) Gram (+) anaerobic bacteria (12 (54.54%) gram positive bacilli, 3 (18.18%) gram positive bacteria coke) has been observed. The most commonly isolated organisms were Cutibacterium spp. (22.7% n= 5%), followed by Actinomyces spp. (18.1% n=4), Prevotella spp. (13.6% n=3), Bacteroides spp. (9% n=2), Anaerococcus spp. ( 9% n=2), Clostridium spp. (9% n=2). The susceptibilities of ampicillin, clindamycin, cefoxitin, metronidazole, moxifloxacin, meropenem, piperacillin-tazobactam and amoxicillin-clavulanic acid were determined for each isolate by antibiotic concentration gradient method (E test, bioMerieux, France). The most active antimicrobial agents were moxifloxacin (95.5%), piperacillin-tazobactam (95.5%) and amoxicillin-clavulanic acid (95.5%). Less active were cefoxitin (90.9%), meropenem (90.9%),clindamycin (77.3%), ampicillin (59.1%), and metronidazole (22.7%), respectively. The ampicillin susceptibility rate of anaerobic isolates that underwent ADT was 59.1%. The percentage of total susceptibility to Gram positive bacilli and cocci was 81.25% (Gram positive bacilli 91.7%, Gram positive cocci 50%), and Gram negative anaerobic bacteria were all resistant (100%). A sensitivity to meropenem antibiotic was 90.9%. It was observed that 87.5% of Gram positive bacteria (Gram positive bacilli 91.7%, Gram positive cocci 75%) and 100% of Gram negative bacteria were susceptible. Sensitivity to metronidazole antibiotic was 22.7%. Resistance was mainly observed in Gram-positive anaerobic bacteria (100%), showing good activity against most Gram-negative bacilli (83.3%). Sensitivity to clindamycin was observed at a rate of 77.3%. This ratio varies between Gram positive and Gram negative isolates, and 81.3% of Gram positive bacteria (Gram positive bacilli 75%, Gram positive cocci 100%) and 50% of Gram negative bacilli are susceptible. Sensitivity to Cefoxitin was observed at a rate of 90.9%. 87.5% of Gram-positive bacteria (Gram-positive bacilli 91.7%, Gram-positive cocci 100%), 66.7% of Gram-negative bacteria were susceptible and 33.3% were moderately susceptible.
Normal ve anormal servikal sitolojili kadınlarda human papillomavirus prevalansı ve genotip dağılımı
Servikal kanser bütün dünyada kadınlar arasında görülen en yaygın ikinci kanserdir. Human papillomavirus (HPV) servikal kanserin primer etyolojik ajanıdır. HPV infeksiyonu cinsel yolla bulaşan en yaygın viral infeksiyonlardan biri olup kadınların %50'den fazlası yaşamları boyunca HPV infeksiyonu ile karşılaşır. Dünyada her yıl 470.000'den fazla yeni servikal kanser vakası tanınmakta ve servikal kansere bağlı yaklaşık 270.000 ölüm bildirilmektedir. Servikal kanser vakalarının çoğu yaklaşık %80'i servikal kanser tarama programlarının etkili bir şekilde yapılmadığı veya uygulanamadığı gelişmekte olan ülkelerde görülür. Erken tanı etkilidir, çünkü prekanseröz lezyonlar invaziv kansere çok yavaş, genellikle 10 yıldan uzun bir sürede ilerler. Servikal kanser, prekanseröz lezyonların tespiti ve tedavisi ile büyük oranda (>%90) önlenebilir bir hastalıktır. Bu çalışma Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi Jinekoloji ve Onkoloji bölümüne başvuran normal ve anormal servikal sitolojili kadınlarda human papillomavirus prevalansı ve genotip dağılımını tespiti için yapılacaktır. Kadınlara ait servikal sürüntü örneklerinin transportu fosfat tamponlu tuzlu su *phosphate buffered saline (PBS)] içerisinde yapılacaktır. Servikal sürüntü örneklerinden viral DNA ekstraksiyonu için Viral Nükleik Asit Ekstraksiyon kiti kullanılacaktır. HPV DNA tanısı MY09/11 ve GP5+/6+ konsensus primerlerinin kullanıldığı PCR (polymerase chain reaction) testi ile gerçekleştirilecektir. HPV DNA testi pozitif bulunan örneklerde yüksek risk HPV genotiplerinin tayini için HPV Genotypes 14 Real-TM Quant PCR kit (16, 18, 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58, 59, 66 and 68) kullanılacaktır. Sonuç olarak bölgemizde normal servikal sitolojili ve servikal prekanseröz lezyonu olan anormal sitolojili kadınlarda baskın HPV genotipleri dağılımının belirlenmesi günümüzde HPV aşılarının etkinliğinin değerlendirilmesi için önemlidir. Ayrıca HPV DNA pozitifliği servikal kanser için riskte olan kadınların tanınmasına katkıda bulunacaktır ve böylece yüksek riskli hastaların zamanında tespitiyle tedavinin yönlendirmesinde yardımcı olur.
Meme kanseri ön tanılı hastalarda human papilloma virus araştırılması
Meme kanseri tüm dünyada ve ülkemizde kadınlarda kanser kaynaklı ölümlerin en sık nedenidir. HPV serviks kanseri başta olmak üzere birçok kanser türünün etyolojisinde suçlanmaktadır. Çalışmalar meme kanserinde HPV prevalansının dünya çapında %1.6-86.2 arasında değiştiğini göstermektedir. Bu çalışmada malign ve benign meme lezyonları olan hastaların meme biyopsi örneklerinde HPV varlığını araştırmak ve HPV ile meme kanseri arasında bir ilişki olup olmadığını ortaya koymak amaçlanmıştır. Manisa Celal Bayar Üniversitesi Tıp Fakültesi Radyodiagnostik AD'nda tru-cut biyopsi ile alınan 116 meme kanseri ve 63 benign meme lezyonu taze doku örneği HPV DNA saptanması, ayrıca HPV 16, 18 ve diğer 12 tip yüksek riskli HPV için havuz olarak tiplendirilmesi amacıyla real time PCR ile araştırılmıştır. 116 meme kanseri dokusunun birinde (%0.86) HPV pozitif olarak saptanırken, benign lezyonlardan oluşan 63 kontrol örneğinin de birinde (%1.58) HPV pozitif olarak tespit edilmiştir ve aradaki fark anlamlı bulunmamıştır (p=1.000). Kanserli meme dokunun histopatolojik sonucu invaziv papiller karsinom olup, HPV 16 tespit edilirken, benign örneğin histopatolojik sonucu granülomatöz mastit olarak tespit edilmiş ve diğer yüksek riskli HPV olarak belirlenmiştir. Meme kanseri olan hastaların yaş ortalamaları daha yüksek olup, aradaki fark istatistiksel olarak anlamlı bulunmuştur (p<0.001). Çalışmamızda HPV ile meme kanseri arasında bir ilişki saptanmadı. Yaş arttıkça kanser riskinin arttığı tespit edildi. Ayrıca, literatürde daha önce granülomatöz mastitte yüksek riskli HPV varlığını gösteren bir çalışma bulunmamakta olup, çalışmamız bu veriyi bildiren ilk çalışma olma özelliğindedir. Günümüzde meme kanseri etyolojisinde HPV'nin rolünün olup olmadığı hala tartışmalıdır. HPV'nin meme kanseri gelişimi ve progresyonuna katkısı olup olmadığını netleştirmek için daha ileri epidemiyolojik ve deneysel çalışmalara ihtiyaç vardır. Bununla birlikte, bu çalışmaların benign meme lezyonlarında HPV ilişkisini inceleyen araştırmalarla da desteklenmesi gerekmektedir. Anahtar kelimeler: HPV, meme kanseri, PCR, etyoloji
SARS-CoV-2 pandemisini takiben akut solunum yolu enfeksiyonu ile başvuran çocuklarda viral ve bakteriyel solunum patojenlerinin temporal eğilimleri ve etkileşimleri
Bu çalışmanın amacı, SARS-CoV-2 pandemisini takiben akut solunum yolu enfeksiyonu şikayetleriyle Manisa Celal Bayar Üniversitesi Çocuk Acil Servisine başvuran 1-15 yaş arası çocuklarda enfeksiyona neden olan patojenlerinin temporal eğilimlerininin ve etkileşimlerinin araştırılması, ASE ilişkili risk faktörlerinin belirlenmesidir. Hastanemize 01.06.2021-31.05.2022 tarihleri arasında ASE semptomları ile başvuran 314 hastadan bakteriyel kolonizasyon ve viral etkenler açısından sürüntü örnekleri alınmıştır. Viral etkenler multiplex PCR, bakteriyel etkenler ise otomatize identifkasyon sistemi ile tanımlanmıştır. Katılımcıların demografik verileri ve olası ASE risk faktörleri anket formlarına kaydedilmiştir Çalışmada, çocukların %77,3' ünde viral etken saptanmış olup, en sık enfeksiyona neden olan etken RV /EV (%36,3) olup, onu İnfluenza virüsleri (%11,2) ve SARS-CoV-2 (%10,5) virüsleri takip etmiştir. RV/EV pozitifliği, el temizliği alışkanlığı orta ve altı olarak değerlendirilen çocuklarda (p<0,001) daha yüksek saptanırken, İnfluenza pozitifliği okul/okul öncesi kuruma devam edenlerde (p<0,001) ve annesi tam zamanlı bir işte çalışanlarda (p<0,001) daha yüksekti. RSV pozitifliği annenin sigara kullanımı (p=0,013) ve ev içi aşırı kalabalık (p=0,014) ile ilişkili bulundu. Hem bakteriyel hem viral etken için sürüntü alınan 284 çocuktan 33 (%11,6)'ünde bakteriyel kolonizasyon saptandı. En sık saptanan etken S. aureus (%60,6) ve P. aeruginosa (%15,2) oldu. Kardeş varlığı (p= 0,008) ve annenin sigara içmesi (p=0,012) bakteriyel etken saptanması ile ilişkiliydi. Pandemiyi takiben yapılan bu çalışmada, en sık saptanan etkenler ve mevsimsel özellikleri pandemi öncesi döneme benzer bulunmuştur. Bölgesel etiyolojinin ve risk faktörlerinin bilinmesi gerekli kontrol ve koruyucu önlemlerin alınmasına katkı sağlayacağı düşünülmüştür. Anahtar kelimeler: akut solunum yolu enfeksiyonları, etiyoloji, risk faktörleri
Akciğer kanserli hastaların bronkoalveolar lavaj sıvılarında akciğer mikrobiyotasının belirlenmesi
Bütün dünyada yüksek morbidite ve mortaliteye sebep olan akciğer kanseri kansere bağlı ölümlerin yaklaşık %20'sinden sorumlu tutulmaktadır. Günümüzde, onkoloji alanındaki çok önemli gelişmelere rağmen, kanser hala tamamen tedavi edilebilir hastalıklar kategorisinde değildir. İnsan vücudunda doğumdan itibaren kolonize olan mikroorganizma türlerinin ya da hastaneden veya çevreden kazanılan fırsatçı patojen mikroorganizmaların, kanser tedavisine verilen bireysel yanıtlar ve toksisite dahil olmak üzere kompleks karsinogenez aşamalarında rol oynadığı gösterilmiştir. Bu sebeple biz bu çalışmada, akciğer kanser tanısı alan ve almayan hastaların akciğer mikrobiyotasında bulunabilecek mikroorganizmaların varlığını araştırmayı ve bu mikrobiyota kompozisyonlarını karşılaştırmayı amaçladık. Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi Balcalı Hastanesinde Aralık 2019 –Ekim 2020 tarihleri arasında akciğer kanseri tanısı alan 31 hastadan ve pulmoner nodülü olan fakat akciğer kanseri tanısı almamış 13 kontrol grubu bireyden bronkoalveolar lavaj (BAL) örneği alındı. Örneklerden DNA izolasyonu sonrası 16S rRNA gen bölgesi hedef alınarak yeni nesil dizileme (YND) ile akciğer mikrobiyom analizi yapıldı. Ayrıca konvansiyonel kültür yöntemleri kullanılarak örneklerden bakteri identifikasyonu yapıldı. Çalışmamızda kültürde hasta grubunda Neisseria ve Streptococcus cinsi bakteriler, kontrol grubunda da Haemophilus, Streptococcus cinsi bakteriler baskın olarak izole edilmişken, YND ile mikrobiyom analizinde her iki grupta da Prevotella ve Veillonella gibi anaerop bakteri cinslerinin baskın olduğu tespit edilmiştir. Lactococcus, Pediococcus, Anaerobacillus ve Friedmanniella cinsi bakterilerin akciğer kanseri gelişimi ile yakın bir ilişki içinde bulunduğu görüldü. Çalışmamız Ülkemizde akciğer kanserli hastaların akciğer mikrobiyotasının incelendiği ilk çalışma özelliğini taşımaktadır. Aynı zamanda, dünyada da YND ile akciğer mikrobiyom analizinin kültürde izolasyon ile birlikte değerlendirildiği az sayıda çalışmalardan biridir. Bu sebeple, çalışmamızın akciğer kanserinin mikrobiyota ile ilişkisini aydınlatmaya yönelik çalışmalara ışık tutacağını düşünmekteyiz. Mikrobiyotanın hastalıklarla ilişkisini belirlemek için yapılan çalışmalarda, gerektiğinde YND ile mikrobiyom analizinin uygun besiyerleri kullanılarak konvansiyonal kültür yöntemleri ile de desteklenmesinin, ayrıca akciğer mikrobiyotası ile birlikte bağırsak mikrobiyotasının da incelenmesinin daha faydalı olacağı kanaatindeyiz.
Sepsis tanılı hastalarda nötrofil CD-64, CRP ve prokalsitonin düzeylerinin tanı değerlerinin kıyaslanması
Sepsis erken tanı ve tedavi gerektiren, yüksek mortalite ve morbidite oranına sahip bir halk sağlığı problemidir. Kesin tanısı kan kültüründe bakteri üremesinin gösterilmesi ile konulur. Fakat kan kültürlerinin sonuçlanmasının zaman alması ve yanlış negatif sonuçlanabilmesi gibi problemler tanıyı güçleştirmekte ve tedavide gecikmeye neden olmaktadır. Erken tanı amacıyla yaygın kullanılan biyobelirteçler C-reaktif protein (CRP) ve prokalsitonindir (PCT). Bu çalışmada yaygın olarak kullanılan bu biyobelirteçlere ek olarak yeni bir biyobelirteç olan nötrofil CD64 düzeyinin sepsis tanısındaki yeri ve önemini değerlendirmeyi amaçladık. Çalışmaya, 2020-2022 yılları arasında, Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi Balcalı Hastanesi Pediatri Bölümü'ne başvurmuş, sepsis şüphesi gösteren, yenidoğan dönemi hariç pediatrik yaş grubunda olan 77 hasta dahil edilmiştir. Hastalardan gönderilen periferik kan örnekleri prospektif olarak değerlendirilmiştir. Kontrol grubu olarak polikliniklere başvuran sağlıklı 25 çocuktan alınan kan örnekleri kullanılmıştır. Alınan örneklerden, BACTEC FX (Becton Dickinson) hemokültür cihazı kullanılarak kan kültürü çalışılmıştır. Üreme olan örneklerin katı besiyerlerine ekimi yapılarak mikroorganizmaların Biomeriux VİTEK 2 otomatize tanı sistemi ile identifikasyonu yapılmıştır. Biyokimyasal tetkiklerden CRP düzeyi immunnefelometrik yöntemle kantitatif olarak belirlenmiş, PCT düzeyi ise elektrokemiluminesans yöntemiyle çalışılmıştır. CD64 düzeyinin belirlenmesi flowsitometrik yöntemle NAVİOS, Beckman Coulter/France cihazı ile CD45 KO, CD64 APC A750 monoklonal antikorları kullanılarak yapılmıştır. Nötrofil CD64 indeksinin sepsis tanısında duyarlılığı %94,4 ve seçiciliği %100, eğri altında kalan alan 0,981, youden indeksi 0,986 p değeri 0,001 olarak bulunmuştur. CRP için duyarlılık %93,5 seçicilik %100, eğri altında kalan alan 0,978, youden indeksi 0,935 p değeri 0,001'dir. PCT için ise duyarlılık %90,9, seçicilik %92, eğri altında kalan alan 0,952, youden indeksi 0,829 p değeri 0,001'dir. Çalışmamızda, pediatrik sepsis tanısında, nötrofil CD64 düzeyi, CRP ve PCT düzeylerine göre daha yüksek tanısal doğruluk oranı göstermiştir. Sepsis tanısında, nötrofil CD64 düzeyinin tek başına veya diğer biyobeliteçlerle birlikte kullanılması erken tanı olanağı sağlayan değerli bir parametre olarak görülmektedir. Ancak pediatrik yaş grubunda yapılan çalışmaların sayısı sınırlıdır ve daha çok sayıda hasta içeren çalışmalarla desteklenmesi gerekmektedir.
Sağlık çalışanlarında kızamık, kızamıkçık, kabakulak, suçiçeği, difteri, tetanos ve HBV antikor düzeylerinin belirlenmesi
Bu çalışmada, Celal Bayar Üniversitesi Hafsa Sultan Eğitim ve Araştırma Hastanesi'nde görev yapan sağlık personelinin, kızamık, kızamıkçık, kabakulak, suçiçeği, difteri, tetanoz ve hepatit-B antikor düzeyleri ELISA yöntemi ile belirlenmiştir. Ayrıca, bir anket yardımı ile katılımcıların demografik özelliklerinin yanı sıra, hastalık geçirme öyküsü, aşılanma ve kesici/delici alet ile yaralanma durumları değerlendirilmiştir.Çalışmaya katılan 309 sağlık personelinin %54'ünün meslekte bulundukları süre içinde en az bir kez mesleki yaralanmaya maruz kaldıkları ve yaralanmaların %78,3'nün iğne batması şeklinde gerçekleştiği saptanmıştır. Yaralanma oranlarının mesleklere göre doktor ve hemşirelerde, bölümlere göre pediatri ve cerrahi bölümlerinde daha fazla görüldüğü tespit edilmiştir.Serolojik test sonuçları değerlendirildiğinde, hastanemiz sağlık çalışanlarında anti-HBs pozitifliğinin %84.1 oranında olduğu, katılımcıların %71,5'nin işe başlamadan önce koruyucu önlem olarak HBV aşısı yaptırdıkları ve aşılanma durumunun eğitim düzeyi ile doğru orantılı olduğu belirlenmiştir. Genel olarak, kızamık, kızamıkçık, kabakulak ve suçiçeği için yüksek seropozitiflik oranları elde edilirken, difteri ve tetanoz antikor düzeylerinin yaşla anlamlı olarak azaldığı, sağlık çalışanlarının bağışıklık durumunu belirlemede hastalık geçirme ve aşılanma öykülerinin güvenilir olmadığı saptanmıştır.Sonuç olarak, elde edilen bulgular doğrultusunda hastanemiz sağlık çalışanlarında evrensel korunma önlemlerine uyumun artırılması, DKAY'na yönelik düzeltici ve önleyici faaliyetlerin bölüm ve mesleklere göre düzenlenmesi, hepatit B aşılanma oranlarının arttırılması, riskli bölümlerde çalışan sağlık personelinin bağışıklık durumunun serolojik testlerle desteklenmesi, difteri tetanoz aşılarının 10 yılda bir rapel şeklinde uygulanması gerektiği sonucuna varılmıştır.
Çeşitli klinik örneklerden soyutlanan tüberküloz dışı mikobakterilerin DNA dizi analizi ile identifikasyonu
Çalışmanın amacı Celal Bayar Üniversitesi Mikobakteriyoloji Laboratuvarı?nda çeşitli klinik örneklerden soyutlanan Tüberküloz Dışı Mikobakterilerin (TDM) hsp65 ve 16S rDNA gen bölgeleri hedef alınarak altın standart yöntem olan DNA dizi analizi ile identifikasyonunun yapılması ve elde edilen verilerin epidemiyolojik yönden tartışılmasıdır. 2007-2011 yılları arasında tüberküloz ön tanısı ile gönderilen 5122 örneğin 126?sında (%2.46) TDM üretilmiş ve bu suşlardan 101?i DNA dizi analizi ile çalışılmıştır. DNA dizi analizi sonuçları RIDOM ve GenBLAST veri tabanları kullanılarak değerlendirilmiş ve sıklık sırası ile M. porcinum (%39.60), M. lentiflavum (%35.64), M. abscessus (%5.64), M. peregrinum (%4.95), M. gordonae (%3.96), M. fortuitum (%2.97), M. chelonae (%1.98), M. alvei (%0.99), M. scrofulaceum (%0.99) ve M. kansasii-M. gastri (%0.99) türleri tanımlanmıştır. İki suş ise veri tabanlarındaki diğer mikobakterilerle %95-98 arasında uyumlu bulunmuş olup, kesin olarak tanımlanamamıştır. Çalışılan 98 suşun etken olduğu kanıtlanamamış, üç M. abscessus suşu ise etken olarak kabul edilmiştir. Sonuç olarak 16S rDNA dizi analizi ile birlikte hsp65 gen bölgesi de analiz edilerek 101 TDM suşunun 99?u başarı ile tanımlanmıştır. Laboratuvarımızda en sık olarak tespit edilen TDM tür dağılımı ülkemizin değişik bölgelerinden bildirilen çalışmalara göre kısmen farklılık göstermektedir. Çalışmamızda en sık izole edilen iki tür olan M. lentiflavum ve M. porcinum?un antibiyotiklere direnç göstermesi ve insan infeksiyonları ile ilişkili olduklarının bilinmesi nedeni ile dikkate alınmaları gerekmektedir. TDM?lerin etken veya kontaminant oldukları ayırt edilememesi kısıtlayıcı olmakla birlikte, çevresel mikobakterilerin hastane infeksiyonlarına yol açabildiği bilindiğinden, elde edilen verilerin bölgemizdeki TDM infeksiyonlarının epidemiyolojisine ait bilgilere katkı sağlayacağı düşünülmüştür. Anahtar kelimeler: Tüberküloz Dışı Mikobakteri, identifikasyon, DNA dizi analizi, epidemiyoloji
Kandan izole edilen kandida türleri ve antifungal duyarlılıkları
Bu çalışmada, Celal Bayar Üniversitesi Tıp Fakültesi Hafsa Sultan Hastanesinde ,çeşitli servislerden gönderilen kan kültürleride maya soyutlanan örneklerin; maya mantarlarının tür tayinleri ve antifungal duyarlılık testlerinin yapılması amaçlandı. Bu amaçla hastanemizde kan kültürü alınıp bakterioloji laboratuvarına gönderilen ve kandidemi saptanan materyalden izole edilen maya mantarları incelemeye alındı. Çalışmaya alınan örneklerden soyutlanan maya mantarları; germ tüp testi, mısır unu tween 80 ve ıntegral system yeasts plus ticari (Liofilchem Diag, İtalya) sistemi kullanıldı. Maya mantarlarının antifungal duyarlılıkları amfoterisin B, vorikonazol, ketakonazole, kaspofugin, flukonazol ve itrakonazol için sistemi E-test yöntemi kullanılarak yapıldı. Çalışılan Kandida türleri içinde en sık izole edilen tür C. tropicalis olup Non-albicans suşlar daha fazla oranda bulundu. Tür düzeyinde tiplendirilen suşlar içinde C. tropicalis 53 (%62,4), C. albicans 23 (%27), C. glabrata 6 (%7), C. parapsilosis 1 (%1,2), C.guilliermondii 1 (%1,2) ve C.krusei 1 (%1,2) olarak bulundu.Üreyen etkenler içinde C. albicans 23 (%27) ve non-albicans 62 (%73) olarak saptandı. Çalışmamızda, antifungal duyarlılık testlerinde sadece kaspofungin direnci görülmezken, 85 suşun sadece bir tanesinde (%1,8) Amfoterisin B direnci saptandı. Flukonazole 28 suşta (%32,9), itrakonazole 22 suşta (%25,9), ketakonazole 15 suşta (%17,6), vorikonazole ise 9 suşta (%10,6) direnç saptandı. Bu çalışmada; nonalbicans Kandida türlerinin sıklığının giderek artması ve antifungal ajanlara karşı gittikçe artan direnç oranları nedeniyle, tedavi planlamasında duyarlılık testlerinin önemi bir kez daha vurgulandı. Bu sonuçların hastanemiz klinisyenlerine ampirik tedavi düzenlemelerinde yardımcı olabiliceği düşünüldü. Anahtar kelimeler: Kandida, Kan kültürü, identifikasyon, Antifungal duyarlılık
Tüberküloza duyarlılıkla IL-17A, IL-17F ve IL-23R gen polimorfizmleri ile Irak-1 ve Irak-3 doğal bağışıklık regülatörlerinin ilişkisi
Tüberküloza (TB) yatkınlık ve hastalığın prognozu, bakteriyel ajan, konakçı bağışıklık sistemi, çevresel ve genetik faktörler arasındaki etkileşimlere bağlıdır. Yapılan çalışmalarda sitokin gen polimorfizmlerinin TB ile ilişkili olduğu gösterilse de, etki mekanizmaları tam olarak aydınlatılamamıştır. Bu vaka kontrollü çalışmada, IL-17A, IL-17F ve IL-23R genlerindeki tek nükleotid polimorfizmlerinin TB'a yatkınlıktaki rolü ve insan doğal immün cevabının TB' a duyarlılıkla ilişkisini araştırmayı amaçladık. Çalışmaya katılmayı kabul eden 50 sağlıklı kontrol grubu (21 (%42)'i erkek ve 29 (%58)'u kadın) ve 50 hasta (31 (%62)'i erkek ve 19 (%38)'u kadın) dahil edildi. Hasta ve sağlıklı kontrol grubu cinsiyet dağılımları karşılaştırıldığında anlamlı bir fark bulundu (p=0,045). Çalışmaya katılan sağlıklı kontrol grubunun yaş ortalaması 37,34±11,519 ve hasta grubunun yaş ortalaması 45,82±13,002'dir. Hastaların ve kontrollerin yaş ortalaması karşılaştırıldığında istatistiksel olarak anlamlı bir fark tespit edildi (p=0,001). Hasta ve kontrol grupları arasında sigara kullanma alışkanlıkları değerledirildiğinde %70 gibi yüksek bir oran bulundu ve istatistiksel olarak karşılaştırıldığında anlamlı bir fark bulundu (p=0,001). Hasta ve kontrol gruplarından EDTA'lı tüplere kan örnekleri alındı ve kan örneklerinden ilk olarak DNA ekstraksiyonu yapıldı. Ardından IL-17A genindeki (rs2275913) ve IL-17F genindeki (rs763780) polimorfizmler Amplification Refractory Mutation System-Polymerase Chain Reaction (ARMS-PCR) yöntemi ile IL-23R genindeki (rs11209026) polimorfizim varlığı Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP) yöntemi ile incelendi. Kalan kan örneklerinden mononükleer hücre izolasyonu sonrası RNA ekstraksiyonu ve elde edilen RNA'lardan cDNA ekstraksiyonu yapıldı. Ardından doğal immun cevap regülatörleri arasında bulunan IRAK-1 ve IRAK-3 doğal bağışıklık regülatörlerinin mRNA seviyeleri kantitatif Real-Time PCR yöntemi ile incelendi. Tüm sonuçlar elde edildikten sonra gen polimorfizmleri ile IRAK-1 ve IRAK-3 regülatör genleri arasındaki ilişki istatistiksel olarak karşılaştırıldı. IL17/IL23'ün farklı hastalıklarla ilişkisini araştıran birçok çalışma yapılmıştır. Fakat çalışmamız tüberküloz ile ilişkiyi araştıran ülkemizdeki ilk çalışmadır. Çeşitli ülkelerde bulunan farklı sonuçlar için çalışmamızın verilerinin literatürler açısından çok önemli olacağının, yeni tanı ve tedavi çalışmalarına referans olacağının kanaatindeyiz.
Latent tüberküloz tanısında gama interferon salınım testinin etkinliğinin araştırılması
Çalışmamızda, latent tüberküloz enfeksiyonu tanısında QuantiFERON-TB Gold Plus (QFT-Plus) testinin etkinliğinin araştırılması amacıyla Mayıs 2019-Mayıs 2021 tarihleri arasında Çukurova Üniversitesi Tropikal Hastalıkları Araştırma Merkezi Bölge Tüberküloz Laboratuvarına gönderilen, numunelerin sonuçları araştırılarak testin etkinliğinin araştırılması amaçlanmıştır. Çalışmamıza 50 sağlıklı ve 75 hasta grubu olmak üzere 125 kişi dahil edilmiştir. Her iki gruptaki hastalardan toplam 15'inde pozitiflik belirlendi. Sağlıklı gruptan 7'si (%14) QFT-Plus testinde pozitif, 43'ü (%86) negatif olarak tespit edildi. Hasta grubuna dahil edilen 75 hastadan 8'i (%10.7) pozitif ve 67'si (%89.3) negatif olarak belirlendi. İki hasta grubu arasında istatistiksel olarak anlamlı fark bulunmamıştır. Latent tüberküloz enfeksiyonunun tanısında altın standart bir testin olmayışı nedeniyle QFT plus testi maliyetinin yüksek olmasına rağmen daha sık kullanımının tanıda yardımcı ve aynı zamanda taramalarda da kullanılabilmesinden dolayı hastaların tanı ve tedavilerinin gecikmesini önlemek amacıyla faydalı olabileceği sonucuna varıldı.
Diyabetik hastalarda glans penisin mantar florası ve balanit/ balanopostit etkenlerinin araştırılması
Amaç: Dünya genelinde prevalansı giderek artan diyabetik populasyonunun glans penis örneklerinin incelenmesi ve bu olgularda hem flora hem de mantar balaniti varlığının ortaya konulması amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Diabetes mellitus (DM) tanısı ile izlenen 151 hasta ile DM tanısı olmayan 50 kişilik kontrol grubundan imprint yöntemiyle alınan glans penis örnekleri modifiye Dixon agar (MDA) ve CHROMagar™ Malassezia (CAM) (Paris, Fransa) besiyerlerine inoküle edildi. Örnekler 32°C'de bir hafta süre ile inkübe edildi. Bulgular: Hastaların yaş dağılımı kontrol ve diyabet gruplarında istatistiksel olarak anlamlı bir farklılık göstermedi (p=0.759). Yine gruplar arasında medeni duruma göre farklılık bulunmadı (p>0.999). Açlık kan şekeri (AKŞ), HbA1c, insülin, HOMA-IR ve BUN diyabet grubunda daha yüksek düzeylerde dağılmakta idi (sırası ile, p<0.001, p<0.001, p<0.001, p<0.001 ve p=0.032). Gruplar arasında kreatinin değerleri açısından istatistiksel olarak anlamlı bir farklılık yoktu (p=0.633). Çalışmaya alınan hastalarda MDA veya CAM da üremeleri incelendiğinde diyabet grubunda 93 (%62), kontrol grubunda 36 (%72) hastada Malassezia veya Candida üredi ve istatistiksel olarak anlamlı fark bulunmadı (p=0.18). Yine besiyerleri, MDA ve CAM, üremeleri yönünden karşılaştırıldığında gruplar arasında anlamlı fark olmadığı görüldü (p= 0.65/0.54). Çalışmaya alınan hastaların hiçbirinde balanit izlenmedi. Sonuç: Candida ve Malassezia'ların normal penis florasında yüksek oranda bulunması diyabet gibi enfeksiyona yatkın kişilerde balanite daha yüksek oranlarda neden olabileceği düşüncesini güçlendirmektedir.
Ağız yıkama çözeltisindeki candida türlerinin belirlenmesi için multiplex PCR tanı kitlerinin geliştirilmesi
AMAÇ: Sağlıklı insanların ağız florasında maya mantarları da dahil olmak üzere birçok mikroorganizma denge ve uyum içerisinde bulunur. Bu denge halinin bozulması maya mantarlarının kolonizasyonuna veya ağız içi kandidoza sebep olabilir. Ağız boşluğunda sık görülen beş Candida türü (Candida albicans, Candida tropicalis, Candida krusei, Candida parapsilosis ve Candida dubliniensis) bilinmektedir. Candida türlerinin doğru belirlenmesi antifungal tedavi ve epidemiyolojik yönden çok önemlidir. Sunulan çalışmada, tıbbi önemi olan Candida türlerinin belirlenmesi ve tanımlanması için polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) temeline dayalı yeni bir Real-time PCR yönteminin geliştirilmesi amaçlanmıştır. GEREÇ VE YÖNTEM: Çukurova Üniversitesi Diş Hekimliği Fakültesinden yaşları 19–36 arasında olan 200 öğrenci bu çalışmaya katıldı. Gönüllü öğrencilerin her biri 15 ml distile su ile ağzını çalkaladı, örnekler 3000 rpm de 10 dakika santrifüj edildi. Çökelti 200 µL steril distile su içinde karıştırılarak CHROMAgar Candida besiyerine inoküle edildi. Genomik DNA izolasyonu Fungal Mini prep kiti ile yapıldı. İzolatların identifikasyonunda CHROMAgar Candida besiyeri, MALDI-TOF MS ve RT-PCR yöntemleri kullanıldı. Gen amplifikasyonu için iki çift spesifik primer kullanıldı. Analiz 7 farklı Candida referans suşunun ITS-2 dizileri üzerinden gerçekleştirildi. Sunulan çalışmada, Candida türlerini belirlemek için real-time polimeraz zincir reaksiyonu (RT-PCR) ve erime sıcaklığı analizi (MCA) ile çalışan yeni bir RT PCR-MCA yöntemi geliştirildi. BULGULAR: Toplam 52 (%26) klinik örnekten 71 maya izole edildi. Bu 71 maya mantarından 64'ü (%90.1) Candida spp. olup izole edilen türler, sıklığa göre, 22 C. albicans (%34.4), 16 C. parapsilosis (%25), 9 C. dubliniensis (%14.1), 6 C. lusitaniae (%9.4), 5 C. kefyr (%7.8), 2 C. lambica ve 4 (%6.9) diğer Candida türleri [1 C. krusei, 1 C. tropicalis, 1 C. inconspicua ve 1 C. pararugosa] idi. Toplam 64 Candida izolatına ilişkin MALDI-TOF MS verileri CAC ve iki ayrı RT-PCR sonuçları ile karşılaştırıldı. CAC besiyerinde 1 C. tropicalis kökeni yeşil koloni oluşturdu ve yanlış olarak C. albicans olarak identifiye edildi. RT-PCR yöntemi ile çalışmada izole edilen altı Candida türü MCA yöntemi ile tanımlandı, ancak iki tür, C. albicans ve C. kefyr, Tm sıcaklığına göre birbirinden ayırt edilemedi. Ayrıca, MALDI-TOF MS ile C. lambica olarak belirlenen iki izolat RT-PCR ile amplifiye edilemedi. TARTIŞMA: Candida türlerinin geleneksel yöntemler ile belirlenmesi ve birbirinden ayırt edilmesi 2–3 gün sürebilmektedir. Candida türlerinin bir gün içerisinde real-time PCR'ı takiben erime sıcaklığı (MCA) analizi basit, ucuz ve çabuk bir yöntemdir. Ancak, bu çalışmada Candida türlerinin kesin tanısı için yeterli olmadığı anlaşılmıştır. Anahtar kelimeler: Candida, chromogenic agar, identifikasyon, MALDI-TOF MS, PCR, Real-time PCR
Yeni benzimidazol türevlerinin karbapenem dirençli klinik öneme sahip gr negatif çomaklar üzerine in vitro etkinliğinin tespiti
Karbapenemler, özellikle kritik hastalar ve/veya antimikrobiyotiklere dirençli Gram negatif bakterilerin neden olduğu enfeksiyonların tedavisi için kullanılan son antibiyotik olarak kabul edilen, geniş spektrumlu β-laktam antibiyotiklerdir. Ancak karbapenemlere karşı direncin giderek artması yeni tedavi seçenekleri arayışına sebep olmuştur. Dünya Sağlık Örgütü özellikle karbapenem dirençli Acinetobacter baumanni, Klebsiella pneumonia ve Eschericia.coli 'den oluşan üç patojene dikkat çekmekte ve bu dirençli patojenlerin önümüzdeki yıllarda ciddi sağlık problemlerine sebep olacağını bildirmektedir. Bu sebeple yeni antibiyotiklerin araştırılması ve mevcut olanların iyileştirilmesi için değiştirilmesi modern tıbbın yöneldiği ana konulardan biridir. Benzimidazol, bakteri hücre duvarı, nükleik asit ve protein biyosentezi için çok önemli olan pürin için bir biyoizoster görevi görebilir. Ayrıca, klinik kullanımda olan benzimidazol ilaçları yerleşik bir güvenlik ve etkinlik profiline sahiptir. Dolayısıyla literatür gözden geçirildiğinde, bir dizi farklı fonksiyonel grubun etkisini inceleyerek, antimikrobiyal aktiviteye sahip ek benzimidazol türevlerinin tasarımı olduğu görülmektedir. Bu sebeple, Bir pilot çalışma niteliğinde olan araştırmamızda farklı yapıdaki yeni benzimidazol türevlerin klinik örneklerden izole edilen karbapenem dirençli ve duyarlı suşlar üzerinde in vitro antimikrobiyal etkinliğinin, broth mikrodilüsyon yöntemiyle tespit edilmesi amaçlanmıştır. Broth mikrodilüsyon metodu ile MIK değeri belirlenen benzimidazol türevlerinin etkileri karbapenem duyarlı suşlarda tespit edilmişve MİK değerleri ile karşılaştırılmıştır. KD E. coli klinik izolatlarına S1 molekülünün S2'den nispi olarak daha etkili olduğunu ancak S3 molekülünün çok düşük bakteriyostatik etkiye sahip olduğu bulunmuştur. Bununla birlikte KR E. coli izolatlarında da S1 molekülünün S2'den daha güçlü bakteriyostatik etkiye sahip olduğunu ve S3 bileşiğinin ise bir etkisi bulunmadığı tespit edilmiştir. S1 ve S2 molekülünün KR K. pneumonia suşlarına karşı antibakteriyel etkinlikleri birbirlerine yakın bulurken S3'ün bu bakteri grubunda da etkinliğinin düşük olduğunu ve daha yüksek konsantrasyonlarda (MİC: 800 μg/mL) daha etkili olduğu gösterilmiştir. Hem KR hem de KD A. Baumannii izolatlarında S1 ve S2 bileşiklerinin antibakteriyel etkinlikleri yakın bulunurken, S3 bileşiğinin ise bu suşlara karşı etki göstermemesi de dikkat çekici bulgularımızdan biridir. Çalışma sonunda elde edilen verilere dayanarak karbapenem dirençli gram negatif çomaklara alternatif bir antimikrobiyal ajan eldesi oluşturulmuştur.
Sağlık Bakanlığı Adana Bölge Tüberküloz Laboratuvarında izole edilen rifampisin dirençli mycobacterium tuberculosis kompleks suşları üzerine halojen rezidülerine sahip yeni benzimidazol türevlerinin antimikobakteriyel etkinliğinin incelenmesi
Tüberküloz, hayatı tehdit eden en eski enfeksiyonlardan birisidir. İlaca dirençli Mycobacterium tuberculosis'in neden olduğu tüberküloz yükü giderek artmaktadır. M. tuberculosis klinik izolatlarında tedavi amacı ile kullanılan majör ve minör antibiyotiklere karşı giderek artan dirence karşılık yeni antimikobakteriyel ilaçların üretilememiş olması çoklu ilaca dirençli ve kapsamlı ilaca dirençli suşların giderek yayılmasına sebep olmuştur. Bu bağlamda M. tuberculosis suşlarına karşı etkili yeni ilaçları üretilmesi bir zorunluluk haline gelmiştir. Bu çalışmada, 3 farklı benzimidazol türevi bileşiğin, M. tuberculosis tedavisindeki potansiyel rollerini tespit amacı ile Sağlık Bakanlığı Adana Bölge Tüberküloz Laboratuvarında klinik örneklerden izole edilen rifampisin dirençli tüberküloz suşları ile referans suş H37Rv, üzerine antimikobakteriyel aktivitesinin tespiti amaçlandı. Benzimidazol çekirdeği içeren bileşiklerin rifampisin dirençli 35 M. tuberculosis izolatı ve H37Rv suşlarında antimikobakteriyel aktiviteleri in vitro şartlarda BACTEC MGIT 960 sistemi kullanılarak test edildi. Ayrıca etkili olan S2'nin InhA enzimini inhibe etme potansiyeli moleküler doking ile incelenmiştir. Çalışma sonucunda sadece S2 bileşiğinin yalnız M. tuberculosis H37Rv suşuna karşı antimikobakteriyel aktivite gösterdiği, RIF dirençli suşlara karşı aktivitesinin olmadığı belirlendi. S1 ve S3 bileşiğinin hem klinik hem de referans suşa karşı antimikobakteriyel aktivitesi görülmedi. Moleküler doking sonuçları S2'nin InhA ile bağlandığı ve dolayısıyla da onu inhibe ederek antimikobakteriyel etkisini gösterebileceği belirlenmiştir. Sonuç olarak S2 bileşiğinin TB tedavisinde yeni ajan olarak sunulması için daha ileri çalışmalara ihtiyaç vardır.
Pediatrik onkoloji hastalarında, IMMY kiti ile cryptococcus antijenvarlığının araştırılması
Cryptococcus neoformans kapsüllü bir mantar olup AIDS'li hastalarda meningoensefalit etkeni olması sebebi ile infeksiyonları önem kazanmıştır. Ancak, onkoloji hastalarında Cryptococcus infeksiyonlarına ilişkin bilgiler ve veriler sınırlıdır. Son yıllarda, kriptokokkozun lösemi ve lenfoma gibi hematolojik maligniteler başta olmak üzere birçok malignite türünde görülme sıklığında artış olduğu bildirilmiştir. Bu sebeple risk grubunda bulunan onkoloji hastalarında; hastalığın önlenmesi veya erken tanısı için antijenemi araştırmaları önem kazanmıştır. Sunulan çalışmada, Cryptococcus hastalığının erken tanısını hızlı, düşük maliyetli ve pratik bir şekilde mümkün kılan, Cryptococcus antijenini (CrAg) serumda yüksek duyarlılık ve özgüllükte saptayabilen hasta-başı serolojik test olan lateral flow antijen (LFA; yanal akış testi) testi kullanıldı. Bu test için Amerikan Gıda ve İlaç Dairesi (FDA) tarafından, onaylanan tek immünokromatografik ölçüm testi olan IMMY CrAg® LFA CrAg Lateral Flow Assay tercih edildi. Ayrıca, hastaların demografik bilgileri, kemoterapi durumu ile hastalığın ekolojik kaynakları olan güvercin vb. kuş türlerine temas ile ökoliptus ve benzeri ağaca temas durumları belirlendi. Çalışmada, Pediatri Onkoloji polikliniğine başvuran, takipte ya da yeni tanı almış 168 çocuk onkoloji hastası ile malignite-negatif kontrol grubu olarak seçilen malignitesi olmayan 100 çocuk CrAg yönünden test edildi. Hasta grubunda 112'si erkek 56'sı kız idi. Ortalama yaş 8 yaş 2 ay olarak hesaplandı (yaş aralığı; 1 yaş 2 ay-18 yaş). Ayrıca bu hastaların 133 (%79) en az 3 aydır kemoterapi almakta idi. Diğer 35 (%21) hasta ise yeni tanı konulmuş olup henüz kemoterapiye başlanılmamıştı. Ayrıca, kontrol grubundaki malignite negatif olan 100 çocuğun 59'u kız 41'i erkek idi. Her iki grupta da Cryptococcus antijeni varlığı tespit edilemedi. Sonuç olarak, pediatri onkoloji hasta grubu ve kontrol grubunda antijenemi prevalansı %0 olarak belirlense de başka çalışmalar ile verilerimizin desteklenerek ülkemize ait çocukluk dönemini temsil eden kriptokokkoz prevalansı tespit edilmelidir. Bu çalışmalar, aseptomatik Cryptococcus hastalığı olan çocuklarda bakımın iyileştirilmesi yanında ailelerinin ve sağlık personelinin bilinçlendirilmesini ve ülkemize ait Pediatrik Onkoloji tedavi rehberlerine CrAg araştırılmasının eklenmesi sağlanacaktır.
Çeşitli klinik örneklerden izole edilen salmonella SPP. suşlarında biyofilm varlığının tespit edilmesi ve antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi
Dünya çapında genellikle en yaygın olan Salmonella serovarları, S. enterica subsp. enterica ve S. enterica serovar typhimurium ve S. enterica serovar enteritidis'tir. Sanayileşmiş ülkelerde Salmonella spp. enfeksiyonları, tifo dışı salmonellozun daha sık görüldüğü dört farklı klinik tabloya neden olur. Bunlar, gastorenterit olguları, tifo-paratifo, sepsis ve lokal organ enfeksiyonlarıdır. Salmonella'rın diğer mikroorganizmalar gibi antibiyotiğe dirençli olgusu halk sağlığı için ciddi bir tehdittir. Aynı zamanda bu bakterilerin biyofilm oluşturma yeteneği konusu da göz önüne alındığında, antibiyotik direnci sorununu daha ciddi hale getirmektedir. Çalışmamıza, çeşitli hastanelerin merkez laboratuvarlarına gönderilen Ocak 2020- Aralık 2022 arasında çeşitlik klinik örneklerden izole edilen 101 Salmonella spp. suşunun, biyofilm varlığının tespit edilmesi ve antibiyotik duyarlılıkları incelenmiştir. İzolatların antibiyotik duyarlılık testleri Vitek-2 compact sistemle çalışılmış, Eucast 2022 MİK değerlerine göre belirlenmiştir. Suşların biyofilm özellikleri mikroplak yöntemi ile belirlenmiştir. Salmonella spp. izolatlarının % 39.60'ında biyofilm gelişimi gözlenmiş % 60.40'ında biyofilm gözlenmemiştir. En hassas antibiyotikler Trimetoprim / Sülfametaksezol (% 99.00), Amikasin (%99.00), Ertapenem (% 99.00), Meropenem (% 99.00), Piperasilin / Tazobaktam (%98.01), Seftazidim (% 97.02), Sefepim (% 97.02), Gentamisin (% 97.02), Kolistin (%96.03), Seftriakson (% 95.04), Sefoksitin (% 94.05), Amoksisilin / Klavulanik Asit (% 90.09), Ampisilin (% 87.12) ve Siprofloksasin (% 83.16) iken en direçli olan antibiyotikler Siprofloksasin (% 16.83), Ampisilin (% 12.87), Amoksisilin / Klavulanik Asit (% 9.90), Sefazolin (% 5.94), Seftriakson (% 4.95), Kolistin (% 3.96), Sefoksitin (% 2.97), Seftazidim (% 2.97), Gentamisin (% 2.97), diğerleri (% 0.99) şekilde sıralanmıştır Çalışmamızdaki bulguların Salmonella'nın virülansla ilişkili bazı özellikleri kimyasal dezenfektanlara ve antibiyotiklere direnç gibi, bakterinin adezyonu, abiyotik yüzeylerde biyofilm oluşumunu, antibiyotik direnci ile bakterilerin biyofilm oluşturma yeteneği arasında yol gösterici olacağı düşünülmektedir. Anahtar Sözcükler: Antibiyotik duyarlılığı, biyofilm, salmonella, salmonelloz, Vitek-2
Otoimmün hastalıklarının tanısında antinükleer antikor tarama testlerinin değerlendirilmesi
Antinükleer antikorlar (ANA) otoimmün hastalıkların tanısında kritik bir role sahiptir. Serolojik tanı algoritmasına göre HEp-2 hücrelerinde indirekt immün flöresan (IIF) testi veya tarama enzyme-linked immunosobent assay (ELISA) tarama amaçlı olarak kullanılır, pozitif bir sonuç durumunda sorumlu antikor tespit etmek üzere ekstrakte edilen nükleer antijenlerin kullanıldığı genellikle immünblot (örneğin line blot [LB]) veya ELISA ile test edilir. IIF test bir tarama testi olarak altın standart olarak kabul edilmesine rağmen, uzmanlık ihtiyacı, öznelliği ve standardizasyon eksikliği gibi bazı sorunları mevcuttur. ELISA'nın IIF testi ile iyi bir uyum sergileyen alternatif bir tarama testi olduğu bildirilmesine rağmen, antikorları tespitte kısıtlılıkları bulunmaktadır. Bu çalışmada otoimmün hastalıkların tanısında kullanılan IIF testinin sonuçlarını ilk defa çok merkezli olarak ortay çıkarmayı ve ELISA'nın etkinliğini belirlemeyi amaçladık. Celal Bayar Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Seroloji Laboratuvarı'nda uygun şartlarda saklanan 287'si LB testi pozitif ve 313'i IIF tesi ve LB testi negatif bulunan toplam 600 serumdan IIF testi yapıldı. Testler 1/100 dilüsyonda çalışıldı ve aynı bölgede bulunan ve IIF testlerde en az 5 yıl deneyimli, 3. basamak hizmet veren dört üniversite hastanesi seroloji laboratuvarında çift kör olarak değerlendirildi. Merkezlerin sonuçları, patern tanıları ve flöresan yoğunluk düzeyleri birbirleriyle ve LB testi ile karşılaştırıldı. LB testinde ELISA'nın tanımlayamadığını sonuçları veren 600 serumdan altmış beşi ELISA testi için çıkarıldı, böylece 535 serum otomatik ELISA analizöründe 10 antikoru tarayan ANA screen ELISA kiti tarafından test edildi. 53 Paternler gözardı edilerek, LB testi ile merkezlerin IIF sonuçları arasındaki uyum, Merkez 1, 2, 3, 4 için sırasıyla %81.8, %80.0, %79,8, %78.7 bulundu. Paternler de gözönüne alınırsa, pozitif sonuçlar göreceli düşüktü, sırasıyla %,54.4 %,49.8, %,44.9 ve %,60.0'dı, negatifler dahil edildiğinde ise genel uyum sırasıyla %70.8, %72.2, % 69 ve %64 sonuçları elde edildi. Merkezler arasındaki uyum 392 (%65.3) sonuçta elde edildi, ancak pozitif sonuçlarda uyumu sadece %39.3'dü. IIF testte yarı nicel olarak rapor edilen, (3+) maksimum, flöresan yoğunluğu en yüksek (3+) seviyesinde görüldü. Dört merkez arasındaki 100 uyumlu sonucun 87'si (3+) düzeyindeydi ve bunların 73'ü LB ile uyumluydu. 148 (66.7) pozitif ve 303 (%96.8) negatif ANA screen ELISA test sonucu LB ile uyumluydu ve genel uyum %84.3'dü. Sonuç olarak, IIF testinde patern değerlendirmelerinin LB sonuçlarını öngörmede beklenenden düşüktü. Dört merkezin patern ve flöresan yoğunluğu tanımadaki uyumu yüksek titrede tatminkardı. ELISA negatif sonuçlarda yüksek uyum göstermesine rağmen, pozitif serumda iki merkezde IIF teste göre daha düşük uyum gösterdi. ELISA ve IIF test sonuçları, otoimmün hastalıkların serolojik tanısında, düşük antikor titrelerinde zayıf performans sergiledi. Anahtar kelimeler: Otoimmün hastalık, indirekt immün flöresan test, ELISA, patern.
Tüberkülin deri testinin sonraki interferon gama salınım testi sonuçlarına etkisi
Günümüzde LTBE tanısında kullanılan yöntemler TDT ve İGST'dir. Belirli gruplarda yaygın olarak kullanılan iki basamaklı yaklaşımda TDT sonrası İGST uygulanmaktadır. Çalışmada TDT'nin, TDT'den sonra uygulanan İGST sonuçlarına etkisinin araştırılması, böyle bir etki var ise etkinin başlama ve sonlanma süresinin saptanması amaçlanmıştır. Başlangıç İGST sonucu negatif ve TB temas riski düşük olan 44 kişiye TDT ve TDT sonrası 3, 7, 30, 90. günlerde İGST uygulanmıştır. Çalışmada İGST olarak Quantiferon Gold Plus testi (Qiagen GmbH, Hilden, Germany) kullanılmıştır. 3, 7, 30, 90. günlerdeki İGST sonuçları 0. gün sonuçları ile karşılaştırılmıştır. Çalışmaya alınan 44 kişinin 0. gün kantitatif IFN-gama seviyeleri TB1 ve TB2 tüpü için ayrı ayrı 3. gün sonuçları ile karşılaştırıldığında (p=0.490, p=0.601), 30. gün sonuçları ile karşılaştırıldığında (p=0.060, p=0.721) ve 90. gün ile karşılaştırıldığında (p=0.407, p=0.982) anlamlı bir fark olmadığı bulunmuştur. 7. günde ise TB1 tüpü için anlamlı booster etki gözlenirken (p=0.028), TB2 tüpü için anlamlı artış gözlenmemiştir (p=0.910). Aynı günler için IFN-gama yanıtlarının test sonuçlarına kategorik etkisi karşılaştırıldığında, çalışma boyunca 43 kişinin tüm günler için sonuçları negatif devam ederken sadece bir kişinin (% 2.7) 7. günde pozitifleşip, 30. günde pozitifliğin devam ettiği ve 90. günde negatifleştiği görülmüştür. Bir kişide görülen konversiyonun istatistiksel olarak anlamlı olamadığı hesaplanmıştır (p=0.314). Sonuç olarak TDT'den sonra uygulanan İGST'de IFN-gama yanıtında 7. günde başlayan, bir ay sonra zayıflayan ve üç ay sonra kaybolan bir artış görülmekle birlikte, bu artışın test sonucunu etkilemediği saptanmıştır. LTBE tanısında TDT sonrası üçüncü günde İGST için kan alınmasının ideal olduğu, ancak daha sonra ki günlerde de İGST uygulanabileceği düşünülmüştür. Anahtar kelimeler: LTBE, TDT, İGST, booster etki, konversiyon
Klinik Mikrobiyoloji Laboratuvarı çalışanları arasında SARS-CoV-2 Eenfeksiyonu aşılama antikor düzeylerinin araştırılması
COVID-19, Dünya Sağlık Örgütü (DSÖ) tarafından 11 Mart 2020'de pandemi olarak ilan edilen SARS-CoV-2, virüsünün sebep olduğu hastalıktır. Çalışmamızda, Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi çalışanlarında, SARS-CoV-2 enfeksiyonunu, aşılama durumunu ve aşı sonrası antikor düzeyini belirlemeyi amaçladık.. Çalışmaya, 235'i (%76,5) kadın, 72'si (% 23,5) erkek, yaş ortalamsı 39.0 yıl (yaş aralığı: 18.0-66.0 yıl ) olmak üzere 307 gönüllü sağlık çalışanı katılmıştır. edilmiştir. 03.12.2021 , 20.04.2022 ve 28.09.2022 tarihlerinde serum örnekleri alınmıştır. Serum örneklerinde anti-S-RBD IgG seviyeleri kantitatif olarak, SNIBE Diagnostic MAGLUMI SARS-CoV-2 S-RBD IgG (CLIA) kiti ile yapılmıştır. 307 sağlık çalışanına 493 doz (%47,54) Sinovac(CoronaVac) aşısı, 542 doz (% 52,26 ) Pfizer-BioNTech(BNT162b2) aşısı, 2 doz (% 0,19) AstraZeneca aşısı yapılmıştır. Anti-S-RBD-IgG Medyan Değeri (MD); cinsiyete göre kadınlarda daha yüksek olsa da, anlamlı değildir (p=0,096) ve kronik hastalık durumuna göre de anlamlı farklılık göstermemiştir (p=0,598). Yaş gruplarına göre anti-S-RBD-IgG dağılımı anlamlı bulunmamıştır (p=0,740). Aşı dozuna göre anti-S-RBD IgG MD'leri; iki doz aşı (%24,4) olanlarda 104,5 AU/mL, üç doz aşı (%29,3) olanlarda 111,6 AU/mL, dört doz aşı (%29,6) olanlarda 107, 8 AU/mL, 5 doz aşı(%16,6) olanlarda 108,9 AU/mL olarak tespit edilmiştir ve anlamlı bir fark göstermemiştir (p=0,103). Sağlık çalışanlarının %34,2'si homolog %65,8'si heterelog aşılama olmuştur. Heterolog aşılama olanların anti-S-RBD-IgG MD'nin homolog aşılama olanlara göre daha yüksek düzeyde olduğu görülmüştür (p<0,001). Aşı durumuna göre, %12,7'si homolog-S (77,5 AU/mL) , %21,8'i homolog-B (113.7 AU/mL), %19,5'i heterolog-SSB ( 120,8 AU/mL), %29,3'ü heterolog-SSBB (107,9 AU/mL), %16,6'sı heterolog-SSBBB (108,9 AU/ml)'dir. Homolog-S- durumunda anti-S-RBD IgG MD, daha düşük bulunmuştur (p<0,001). Aşı sonrası geçen süre ≤12 hafta (135,7AU/mL) ve 13-24 hafta (119,4 AU/mL) olanların anti-S-RBD-IgG MD'nin, 25-48 hafta (104,7AU/mL) ve 49+ hafta (97,8AU/mL) olanlardan daha yüksek olduğu belirlenmiştir (p<0,001). Sağlık çalışanları arasında, %53,7'si hiç, %14,65'i aşı öncesi, %41,0'ı bir kez, % 5,2'si iki kez kovid enfeksiyonu (PCR pozitif) geçirmiştir. Covid geçirme durumuna göre anti-S-RBD-IgG dağılımında anlamlı bir farklılık saptanmamıştır (p=0,359). 307 sağlık çalışanının covid enfeksiyonu geçirme oranları, 03.12.2021 tarihinekadar %24,10; 04.12.2021 ve 20.04.2022 tarihleri arasında %20,52 iken; 21.04.2022 ve 28.09.2022 tarihleri arasında %7,81'e düşmüştür. En sık bildirilen yan etkiler; Sinovac aşısı için, aşı kolu-ağrı(%12,98), halsizlik(% 4,86) ve baş ağrısı(%4,05), yorgunluk(%2,63),sırt ağrısı(%2,02; Biontech aşısı için aşı kolu-ağrı (%45,2), aşı yeri-ağrı (%10,7), yorgunluk (%8,67), halsizlik (%15,12), ateş/titreme (%11,07), baş ağrısı (%8,67), kas ağrısı (%4,24), eklem ağrısı(%7,74) olmuştur. Sonuç olarak, Biontech aşısı olanlar, Sinovac aşısına göre daha fazla oranda yan etki bildirmişlerdir. Aşılarla ilgili ciddi yan etkiler ise çok nadir olarak bildirilmiştir. Heterolog aşılamada, homolog aşılamaya göre daha yüksek antikor yanıtı oluştuğu tespit edilmiştir. Homolog-B ve Heterolog SB aşılama ile, 48 haftaya kadar 100,00 AU/mL üzerinde yüksek anti-S-RBD-IgG seviyeleri gözlenmiştir. Aşılama ile 12 haftaya kadar elde edilen yüksek antikor düzeyleri, 48 haftaya kadar önemli ölçüde korunmuştur. Çalışmaya katılan sağlık çalışanları covid enfeksiyonuna yakalanmıştır, ancak hiçbiri hastanede yatarak tedavi edilecek düzeyde ağır enfeksiyon geçirmemiştir. Aşılama ile sağlık çalışanlarında SARS-CoV-2 enfeksiyonuna karşı koruyucu antikor düzeyleri oluşmuştur. Aşılama, yaşamı tehdit eden covid enfeksiyonundan korumuştur.
Akut ve rekürren candida vajinitinde klinik ve mikolojik bulguların karşılaştırılması
Akut ve Rekürren Candida Vajinitinde Klinik ve Mikolojik Bulguların Karşılaştırılması Amaç: Candida vajiniti (CV), üreme dönemindeki kadınlarda yaygın görülen önemli bir küresel bir halk sağlığı sorunudur. Ancak, genellikle mikolojik bilgi olmadan tanı alır ve tedavi edilir. Sunulan çalışmada, CV'nin epidemiyolojisi, laboratuvar tanısı ve antifungal duyarlılık profillerinin aydınlatılması amaçlandı. Gereç ve yöntem: Çalışmaya Çukurova Üniversitesi Kadın Hastalıkları ve Doğum polikliniğine başvuran rastgele seçilmiş 300 kadın (100 gebe, 200 gebe olmayan) dahil edildi. Katılımcılara sağlık anketi çalışması uygulandı ve mikroskop incelemesi ve mantar kültürleri için vajina sürüntü örnekleri alındı. Mikroskop incelemesinde lam-lamel arası ve gram boyalı preparatlar; tür tanımlanmasında CHROMAgar Candida, MALDI-TOF MS ve RT-PCR HRMA değerlendirildi. Antifungal duyarlılık testleri CLSI M44-A2 belgesinin önerileri doğrultusunda pH 7 ve pH 4'te gerçekleştirildi. Bulgular: Mantar kültürlerinde üreme olan 106 (%35,3) kadının; 92'si (%86,8) CV ve 14'ü (%13,2) Candida kolonizasyonu tanısı aldı. CV tanısı alan kadınların %55,4'ü akut CV (ACV) ve %44,6'sı rekürren CV (RCV) idi ve ailede alerji öyküsü her iki grup için anlamlı düzeyde risk oluşturdu. Çalışmada C. albicans, C. glabrata ve C. krusei en sık olmak üzere toplam 115 maya mantarı izole edildi. CHROMAgar Candida, en sık rastlanan üç CV etkeninin tanısında %91,3 tanı doğruluğu sağladı ve HRMA yöntemi de bu türlerin ayırıcı tanısında tutarlılık gösterdi. Antifungal duyarlılık sonuçları pH ile değişkenlik gösterdi: pH 4'te, flukonazol, itrakonazol ve ketokonazole duyarlılık azalırken; mikonazol duyarlılığı arttı. Sonuç: Bulgularımız, CV'nin etkili bir şekilde yönetilmesi için bir tanı algoritmasının oluşturulmasının ve klinisyenler ile mikrobiyologlar arasında işbirliğine duyulan ihtiyacın altını çizmektedir. Gram boyama, CHROMAgar Candida, MALDI-TOF MS ve antifungal duyarlılık testlerin her iki pH'da değerlendirilmesini önermekteyiz.
Klinik E. Coli izolatlarında plazmit aracılı MCR gen bölgelerinin varlığının araştırılması ve bu genlerin yakın ilişkilerinin tespiti
E. coli, hastane kaynaklı enfeksiyonlarda en sık izole edilen gram negatif bakterilerden biridir. Normal flora üyesi olmasının yanında sebep olduğu sistemik enfeksiyonlar ile de bilinir. Bu enfeksiyonları önemli kılan ana etken ise bakterilerin rutin tedavide kullanılan antibiyotiklere karşı geliştirdiği dirençtir. Kolistin, gram negatif bakterilere karşı kullanılan son seçenek antibiyotiklerden birisidir. Kullanımı nefrotoksisite ve nerotoksisitesi nedeniyle kısıtlanmasına karşın, son zamanlarda özellikle çoklu ilaç direnci geliştiren suşların ortaya çıkmasıyla yeniden önem kazanmıştır. Ancak kolistinin bilinçsiz kullanımı bu antibiyotiğe karşı da direnç gelişmesine neden olmuştur. Günümüze kadar bilinen kolistin direncinin sadece intrinsik genlerdeki mutasyonlar nedeniyle olduğu düşünülmekteydi. Ancak mobil kolistin direnç (mcr) genlerinin keşfiyle, kolistin direncinin plazmid aracılığıyla suşlar arasında aktarılabildiği keşfedilmiştir. Bu genlerin tanımlanan 10 farklı alleli vardır. Çalışmamızda, bugüne kadar plazmid üzerinde tanımlanan tüm mcr allellerinin varlığını araştırarak bölgemizdeki plazmid aracılı direncin prevalansını ve tespit edilen genlerin birbirleriyle olan ilişkisini belirlemeyi amaçladık. Bu amaçla çalışmamıza, Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı'nda izole edilen ve ardışık sırayla seçilen 26 klinik E. coli suşu dahil edildi. Bu izolatlardan 2'si (%7,69) kolistine dirençli idi. 26 E. coli suşu konvansiyonel yöntemlerle doğrulandıktan sonra kolistin direnç profilleri sıvı mikrodilüsyon testi ile doğrulandı. İzolatlardan kit kullanılarak plazmid izole edilip, real-time PCR yöntemi ile mcr gen bölgelerinin varlığı incelendi. Bir dirençli izolatta mcr-1 geni tespit edilirken, diğer mcr allellerine hiçbir izolatta rastlanmadı. Çalışmanın sonucunda mcr-1 pozitif izolat oranı %3,8 (1/26), dirençli suşlar içerisindeki oranı ise % 50 (1/2) olarak bulundu. İzolatlarda mcr-1 geni haricinde hiçbir mcr alleli bulunamaması nedeniyle genler arası ilişkiler tespit edilememiştir. Kolistin direnç prevelansının düşük olması ve kolistin dirençli bir izolattaki mcr-1 dışında mcr genlerine rastlanmaması bölgemizdeki antibiyotik direnci için riskin henüz düşük olduğunu göstermektedir. Çalışmamız aynı zamanda bölgemizde E. coli izolatlarında tüm plazmid aracılı mcr allellerinin birlikte bakıldığı ilk çalışmadır.
Trüf mantarı Terfezia claveryi'nin ekstraktı ile işlem görmüş gümüş nanopartiküllerin adenovirus tip 8 üzerine antiviral etkisinin araştırılması
Adenovirus (ADV), enfeksiyöz konjonktivitin en yaygın sebebidir. Adenoviral konjonktivitin şiddetli formu, genellikle adenovirus genotip 8'in neden olduğu epidemik keratokonjonktivittir. Adenoviral keratokonjonktivitin tedavisi için onaylanmış spesifik bir antiviral ilaç bulunmamaktadır (1). Bu bakımdan, doğal kaynaklar kullanılarak viruslara karşı antiviral tedavi geliştirilmesi önemlidir. Bu çalışmanın amacı, trüf mantarı Terfezia claveryi ekstraktı ile muamele edilen gümüş nanopartiküllerin adenovirus tip 8 üzerindeki antiviral aktivitesini araştırmaktır. Literatürde Terfezia claveryi ve gümüş nanopartiküllerin adenovirus tip 8 üzerine antiviral etkinliği ile ilgili bir çalışmaya rastlanmamış olup çalışmamız bu yönüyle özgündür. Trüf mantarları yeraltında yetişen yenilebilir mantarlar olup antioksidan, antiviral, anti-inflamatuvar, antimikrobiyal, hepatoprotektif ve antikanser olarak yüksek besin değerine sahiptir (2). Terfezia cinsindeki bazı trüf mantarlarının antiviral etkiye sahip olduğu tespit edilmiştir (3). Son zamanlarda, gümüş nanopartiküllerin antiviral etkileri bazı viruslara karşı gösterilmiştir. Gümüş nanopartiküller viral yüzey glikoproteinlerine bağlanarak konak hücrelere girebilir ve ardından viral genom ile etkileşime girerek virusidal aktivitelerini gösterebilirler (4). Bu çalışmada Terfezia claveryi mantarının farklı çözücülerle elde edilen ekstraktları ile muamele edilmiş gümüş nanopartiküllerin adenovirus tip 8'e karşı antiviral etkinliği araştırılacaktır. Mantarın etanol ve metanol ile ekstraksiyonu için soxhlet cihazı ve su ile ekstraksiyonu için manual yöntem kullanılacaktır. Daha sonra, elde edilen ürünler ile gümüş nanopartikülleri muamele edilecektir ve antiviral etkinlik MTT testi ile belirlenecektir. Adenovirus tip 8 özellikle mevsimsel konjonktival salgınlardan sorumludur. Adenovirus tedavisinde kullanılabilecek antiviraller için yüksek maliyet, yan etki ve antiviral direnç gelişimi söz konusu olabilir. Bu sebep ile çalışma sonucunda antiviral etkinlik tespit edilirse etken madde veya maddeler belirlenebilir ve topikal olarak uygulanabilecek ilaç üretiminde kullanılabilir.
Kan kültürlerinde ideal örnek alma zamanı, sayısı ve ateşle ilişkisinin araştırılması
Tüm dünyada olduğu gibi ülkemizde de hastane kaynaklı kan dolaşımı enfeksiyonları (KDE) yoğun bakım ünitelerinde (YBÜ) yatan hastalarda önemli morbidite ve mortalite nedeni olmaya devam etmektedirler. Günümüzde KDE düşünülen hastalarda, kan kültürü etiyolojik ajanın saptanmasında ve tanının doğrulanmasında hala en önemli tanı araçlarından biri olarak değerlendirilmektedir.Son yıllarda kan kültürü teknolojisinde büyük ilerlemeler olmuş, mikroorganizmaların saptanma zamanları kısalmıştır. Ancak tüm gelişmelere rağmen kan kültürü pozitiflik oranınlarının hala yeterli düzeyde olmadığı bildirilmektedir. Bu nedenle kan kültürü gibi çok önemli bir tanı aracının, daha verimli kullanılabilmesi için çeşitli çalışmalar yapılmaktadır.Kan kültürü almak için endikasyonlar çeşitlidir ve henüz standardize edilmemiştir. Günümüzde, kan kültürü alınmasının en sık endikasyonu hastanın ateşininin yükselmesidir. Ancak bazı çalışmalarda ateşle kan kültürü pozitifliğinin ilişkisinin bulunmadığı da gösterilmiştir.Bu çalışmada, Celal Bayar Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Anestezi Yoğun Bakım Ünitesinde (AYBÜ) yatan ve kan dolaşımı enfeksiyonu düşünülen hastalarda örnek alma zamanının ve sayısının ateşle ilişkisinin araştırılması, izole edilen mikroorganizmaların antibiyotiklere direnç durumlarının belirlenmesi ve hastanemiz AYBÜ'de yatan hastaların ampirik tedavi protokollerinin oluşturulmasına yardımcı olunması amaçlanmıştır.Çalışmaya Haziran 2010 - Mayıs 2011 tarihleri arasında AYBÜ yatan 45 hasta dahil edilmiştir. Hastalardan, birinci örnek klinik hekimin uygun gördüğü saatte (0. saat) ve ilk örnekten sonraki ikinci ve dördüncü saatlerde olmak üzere toplam 300 kan kültürü örneği alınmıştır. Örnek alımıyla eş zamanlı olarak hastaların ateşleri kaydedilmiştir.Kan dolaşımı enfeksiyonu ataklarında, klinisyenin uygun gördüğü zamanda alınan ilk örneklerin (0. saat örnekleri) sadece 39'unda (%39) üreme saptanırken, 2. saatte alınan örneklerinin 49'unda (%49), 4. saat örneklerinin ise 44'ünde (%44) bakteriyel üreme saptanmıştır. Ayrıca 0. ve 2. saat örneklerinde toplam pozitiflik oranı % 55'e ve 0., 2. ve 4. saatlerde alınan örneklerdeki toplam pozitiflik oranının ise % 62'ye çıktığı saptanmıştır.Ateşin yükselme döneminde olduğu 30 KDE atağında alınan 90 örneğin % 50'sinde, ateşin düşüş döneminde olduğu 43 KDE atağında alınan 129 örneğin % 53,5'inde üreme saptanırken, ateşi olmayan 27 KDE atağında alınan 81 kan örneğinde de % 22,2 oranında üreme tespit edilmiştir.Sonuç olarak, KDE düşünülen hastalarda ilk örnek klinisyen hekimin uygun gördüğü zamanda olmak üzere, 2 saat ara ile 3 kan kültürü örneği uygulaması ile kan kültürlerinde etken saptama oranlarında artış olduğu gözlemlenmiştir. Bu nedenle ateşe bakılmaksızın belli aralıklarla örnek alınmasının KDE tanısında yararlı olacağı düşünülmüştür. Aynı zamanda örnek sayısını artırarak yapılacak ileri çalışmalarla ve bu çalışmaların birbiriyle karşılaştırılması ile kan kültürü gibi çok önemli ve faydalı bir tanı aracının daha verimli kullanımının sağlanabileceği düşünülmüştür.Anahtar Kelimeler: Kan Dolaşımı Enfeksiyonu, Kan Kültürü, Pozitiflik Oranı
Tüberküloz basillerinin izolasyonunda, identifikasyonunda ve antimikrobiyal direncin saptanmasında bactec mgıt 960 ve bactec 460tb kültür sistemlerinin karşılaştırılması
Çalışmada BACTEC MGIT 960 ve BACTEC 460TB kültür sistemlerinin, klinik örneklerden M.tuberculosis kompleks (MTBC) izolasyonu, identifikasyonu ve antitüberküloz ilaç duyarlılık test performanslarının karşılaştırılması amaçlanmıştır.Çalışmaya alınan 694'ü solunum, 372'si solunum yolu dışı olmak üzere toplam 1066 klinik örneğin MGIT 960 ve BACTEC 460TB sisteminde ve Löwenstein-Jensen (LJ) besiyeri kullanılarak yapılan kültürlerinde MTBC izolasyon oranı MGIT 960, BACTEC 460TB ve LJ besiyerinde sırasıyla % 86,5 (n=32), % 83,8 (n=31) ve % 54,0 (n=20) olarak bulunmuştur. Ortalama izolasyon süresi aynı sıra ile 13,7 (5-35) gün, 14,6 (4-26) gün ve 20,7 (12-43) gündür. Kontaminasyon oranları ise % 6,6 ,% 2,6 ve % 7,7 olarak hesaplanmıştır. İdentifikasyon karşılaştırması için 30'u MTBC ve 21'si Tüberküloz Dışı Mikobakteri (TDM) olmak üzere toplam 51 mikobakteri suşunun her iki sistem ile kültür sonrası yapılan identifikasyonlarında TBc ID testi (BD MGIT TBc Identification Test) ve NAP testi (BACTEC NAP TB Differentiation Test) ile tamamı doğru olarak tanımlanmıştır. Elli M.tuberculosis suşunun streptomisin (SM), izoniazid (INH), rifampisin (RIF) ve etambutole (EMB) karşı duyarlılıkları her iki sistemle araştırılmış, duyarlılık test sonuçları arasında uyum SM, INH, RIF ve EMB için sırasıyla %82, %100, %100, %96 bulunmuştur.Sonuç olarak her iki sistem arasında, klinik örnekten MTBC izolasyonu ve identifikasyon performansları yönünden istatistiksel fark olmadığı, ancak BACTEC MGIT 960 sisteminde kontaminasyon oranının anlamlı düzeyde yüksek olduğu görülmüştür. Duyarlılık açısından ise iki sistem arasında sadece SM sonuçlarının istatistiksel olarak anlamlı düzeyde farklı olduğu görülmüştür.Anahtar kelimeler: Mycobacterium tuberculosis kompleks, BACTEC MGIT 960, BACTEC 460TB, kültür, identifikasyon
İnfektobezite: Adenovirüslerin çocuklarda obezitedeki rolü
Amaç: Son 20 yıl içerisinde obezitenin yetişkinlerde 2 kat çocuklarda ise 3 kat arttığı ve tüm dünyada epidemiye benzer bir yayılım gösterdiği gözlenmiştir. Epidemiyi açıklamada sadece diyet ve yaşam şeklindeki davranış değişiklikleri yeterli olmayıp epideminin infeksiyöz nedenlerle özellikle de virüslerle ilişkili olabileceği düşünülmektedir. Bazı adenovirüs serotiplerinin [Adenovirüs serotip 36 (Ad-36)] insan obezitesiyle, bazılarının ise (Ad-5 ve Ad-37) hayvan obezitesiyle ilişkili olduğu bildirilirken diğer adenovirüs serotiplerin obeziteyle ilişkileri saptanamamıştır.Bu çalışmada, çeşitli merkezlerden sağlanan klinik örneklerden farklı adenovirüs serotiplerinin elde edilmesi, daha sonra bu serotipler kullanılarak adenovirüslerin çocuk obezitesindeki rollerinin ortaya konması, ayrıca serum lipit ve leptin düzeyleriyle ilişkilerinin araştırılması amaçlanmıştır.Gereç-Yöntem: Çalışma iki aşamalı olacak şekilde tasarlandı. Birinci aşamada hem toplumda dolaşan adenovirüs serotiplerini belirlemek, hem de çalışmanın ikinci aşamasında uygulanacak mikro-nötralizasyon testinde kullanmak amacıyla Celal Bayar Üniversitesi'nden (solunum-kan, n=88), Kocaeli Üniversitesi'nden (göz-çevresel, n=94) ve Ege Üniversitesi'nden (göz-solunum, n=18) sağlanan klinik örneklerde adenovirüs pozitifliği PZR yöntemiyle, tiplendirme ise sekans analizi ile araştırıldı.Örneklerden DNA ekstraksiyonu yapıldıktan sonra, Lu ve Erdman'ın tanımladığı Adhex F1 ve Adhex R1 primerleri ile amplifiye edildi. Agaroz jel elektroforezinde pozitif saptanan örnekler pürifiye edildi. Negatif örneklere nested PCR uygulandı. ABI 310 cihazında dizileme yapılarak blast analizi ile tiplendirildi. Solunum örneklerinde saptadığımız Ad-5, göz sürüntü örneklerinde saptadığımız Ad-8 ve LGC S Standards'tan temin ettiğimiz Ad-36 (ATCC VR-1610) serotipleri mikro-nötralizasyon testinde kullanılmak amacıyla hücre kültüründe üretilerek ikinci aşamada kullanılmak üzere-80°C'de stoklandı. Araştırmanın ikinci aşamasında ise Celal Bayar Üniversitesi Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Endokrin Polikliniği'nden obez (n=60) ve obez olmayan (n=60) 120 çocuktan, 10'ar ml kan örneği alındı. Bu örneklerde adenovirüs spesifik IgG, IgA, IgM antikorları (Radim, İtalya) ve leptin düzeyi (Invitrogen, ABD) mikroEIA; HDL, LDL, trigliserid ve kolesterol düzeyleri (Beckman Coulter,İrlanda) kemilümünesan; Ad-5, Ad-8, Ad-36 serotip spesifik antikorları mikro-nötralizasyon yöntemiyle araştırıldı. Verilerin analizinde t testi ve ki kare testi kullanıldı. p?0.05 anlamlılık düzeyi olarak belirlendi.Bulgular: Üç ayrı merkezden sağlanan 200 klinik örneğin 84'ünde adenovirüs pozitif, 116'sında negatif bulundu. pozitif örneklerin 11'i tiplendirilemezken, 60'ı serotip 8 (56 göz örneği, 2 çevresel örnek, 2 solunum örneği), 7'si serotip 3 (solunum örneği), 4'ü serotip 4 (3 göz, 1 solunum örneği) ve 2'si serotip 5 (1 göz, 1 solunum örneği) olarak belirlenmiştir. Obez grubun adenovirüs IgM, IgG ve IgA pozitiflikleri sırasıyla %3.3, %100 ve %3.3; obez olmayan grubun %8.3, %93.3 ve %5.0 idi. Obez grupta adenovirüs IgG pozitifliği obez olmayan gruba göre yüksekti (p?0.05). Obez grubun HDL, LDL, kolesterol, trigliserid ve leptin düzeyi ortalama ±SS'ları sırasıyla 44.6±10.2, 93.2±28.6, 159.5±34.7, 107.1±58.8, 373.5±262.3 iken, obez olmayan grupta 52.3±12.9, 84.8±23.9, 155.7±25.3, 96.8±42.0, 206.1±176.1 bulundu. Obez gruptaki HDL düzeyi obez olmayan gruba göre düşük, leptin düzeyi ise yüksekti (p?0.05).Obez grupta Ad-36 ve Ad-5 nötralizan antikor pozitiflik oranları, obez olmayan gruba göre anlamlı bulunurken (p?0.05); Ad-8 nötralizan antikor pozitifliği açısından iki grup arasında anlamlı bir ilişki saptanmadı (p?0.05).Sonuç: Ülkemizde adenovirüslerle ilgili araştırmalar sınırlı sayıdadır ve obezite ile ilişkilerini araştıran herhangi bir çalışma günümüze kadar yapılmamıştır. Yaptığımız çalışma sonucunda Ad-5 ve Ad-36 serotiplerinin çocuklardaki obeziteyle ilişkili olduğu belirlenmiştir. Araştırmamız; Ad-36'nın insan obezitesiyle ilişkisine işaret eden ülkemizdeki ilk çalışma özelliğini taşırken, Ad-5'in insan obezitesiyle ilişkisine işaret eden dünyadaki ilk çalışma olma özelliğini taşımaktadır. Bu nedenlerle araştırmamız sonuçlarının ülkemiz ve dünya literatürüne önemli katkılarının olabileceğini düşünmekteyiz.Anahtar kelimeler: Çocuk, obezite, infeksiyon, adenovirüsler.
Hematoloji onkoloji hastalarında deri, burun, boğaz, idrar ve anorektal bölge floraları ile enfeksiyon hastalıklar arasındaki muhtemel ilişkinin tespiti
Pediatrik hematoloji-onkoloji hastalarında tedavi komplikasyonu olan febril nötropeni, hastane enfeksiyonu riskini artırarak morbidite ve mortalite oranlarını yükseltmektedir. Bu hastalarda, hospitalizasyon süresi ve uygulanan ampirik tedavileri dikkate alarak, mikrobiyal flora parçası olan potansiyel patojenlerle enfeksiyon hastalıkları arasındaki olası ilişkileri belirlemeyi amaçladık. Febril nötropenili 35 çocuk kanser hastasından, hastaneye girişte, üçüncü günde ve taburculukta olmak üzere üç farklı zamanda alınan boğaz, burun, deri sürüntüleri, anorektal ve idrar örneklerinden potansiyel patojen kolonizasyonu karakterize edildi. En sık izole edilmiş tür olan E.faecium izolatlarından vankomisine dirençli olanları (VREfm)'nda direnç ve virülans genlerinin varlığı PCR yöntemiyle, üç zaman diliminde de VREfm izole edebildiğimiz 4 hastaya ait 12 izolat arasındaki olası genetik ilişkiler MLST yöntemiyle araştırıldı. İzolatların %62,85 (340/541)'inin Gram pozitif bakteri (GPB) olduğu, GPB kolonizasyonunun taburculukta azaldığı, Gram negatif bakteri (GNB)'lerin dalgalı bir seyir izlediği ve mantarların kademeli olarak azaldığı gözlendi. McNemar testi, E.faecium, Micrococcus luteus ve C.albicans kolonizasyonunda hospitalizasyon süresince anlamlı farklılıklar saptamıştır. Lojistik regresyon analizine göre, anorektal (OR=15,4) ve orofaringeal bölgeler (OR=4,48) kolonizasyon riskinde artışla ilişkilendirimişken, risk taburculukta azalmıştır (OR=0,265). GNB'lerde %76,92'sı meropeneme dirençli olan S.maltophilia dışında düşük bulunan karbapenem direnci 3. günde zirveye ulaşıp sonra azalmıştır. S.aureus izolatlarının tamamı metisiline dirençliyken, E.faecium izolatlarında vankomisin direnci yüksek ve stabil idi. VREfm izolatlarının %58,33'ü vanA direnç geni pozitifken, vanB hiçbir izolatta saptanmamış, virülans genlerinden yalnızca esp (%52,08) ve cylA (%2,08) pozitif bulunmuştur. MLST ile, hospitalizasyon süresince atpA, ddl ve pstS lokuslarında yeni mutasyonların ortaya çıktığı saptanmıştır. Hastane ortamında klonal persistans ve adaptif evrimin birlikteliğine işaret eden bu bulgular, hastane enfeksiyonlarının sürveyans çalışmalarına önemli veri sunacaktır.
Servisit ve üretritli hastalarda cinsel yolla bulaşan etkenlerin multipleks PCR yöntemiyle araştırılması
Servisit ve üretritli hastalarda cinsel yolla bulaşan etkenlerin multipleks PCR yöntemiyle araştırılması amacıyla gerçekleştirilen bu çalışmaya Gaziantep Üniversitesi Şahinbey Araştırma ve Uygulama Hastanası Kadın Hastalıkları ve Doğum Kliniği ve Üroloji kliniğine başvuran servisit ve üretritli toplam 100 hasta dahil edilmiştir. Çalışma sonucunda C.trachomatis, N.gonorrhoeae, M.genitalium ve HSV-2 etkenleri saptanmıştır. Yapılan çalışma neticesinde erkek hastaların 7'sinde (%36.8), kadın hastaların ise 3'ünde (%3.7) etken tespit edilmiştir. Yine yapılan çalışmadan elde edilen verilerin analizi neticesinde etkenlerin çoğunlukla 15-24 ve 25-39 yaş arasındaki hastalarda tespit edildiği görülmüştür. Medeni duruma göre etkenlerin dağılımına bakıldığında ise evli olan 92 hastanın 7'sinde, bekar olan 8 hastanın da 5'inde etken tespit edilmiştir. Yine yapmış olduğumuz çalışmadan elde edilen verilerin analizi neticesinde yaşayan 1 çocuğu olan hastaların hiçbirinde etken saptanmamış iken 2 çocuğu olan 20 hastanın yalnızca birinde (%5), 3 ve daha fazla çocuğu olan 55 hastanın da 3'ünde (%5.5) etken tespit edilmiştir. Sigara kullanma durumuna göre etkenlerin dağılımları incelendiğinde sigara kullanan 20 hastanın 3'ünde, sigara kullanmayan 80 hastanın ise 7'sinde etken tespit edildiği görülmüştür. Semptomlara göre etkenlerin dağılımına bakıldığında kaşıntı olan 52 hastanın yalnızca 2'sinde, kaşıntı olmayan 48 hastanın 8'inde, akıntısı olan hastaların 3'ünde, dizürisi olan 59 hastanın 6'sında etken tespit edilmiştir. Abortus ve abdominal ağrı varlığına göre etkenlerin dağılımı incelendiğinde abortus yapan 24 hastanın hiçbirinde herhangi bir etken saptanmaış iken abortus yapmayan 57 hastanın 2'sinde C.trachomatis ve HSV-2 tespit edilmiştir. Abdomnal ağrısı olmayan 36 hastanın 2'sinde, abdominal ağrısı olan 45 hastanın ise yalnızca birinde etken tespit edilmiştir. CYBE'ların tanısında kullanılan konvansiyonel yöntemler uygulanması zor ve zaman alıcı olduğundan Multipleks PCR tanıda büyük önem arz etmektedir. Hastalara laboratuvar tanısı olmadan verilen ampirik tedavilerin etkene yönelik olmaması gereksiz ilaç kullanımını ve maliyet yükünü arttırmaktadır. Bu nedenle hızlı tanı önemli olduğundan maliyet etkinliği gözetilmeksizin Multipleks PCR yönteminin kullanılması avantajlı görünmektedir. Anahtar kelimeler: Servisit, Üretrit, Cinsel Yolla Bulaşan Etkenler, Multipleks PCR
Çukurova Bölgesi'ndeki Mycobacterium tuberculosis suşlarının filogenetik ilişkisinin SNP ile incelenmesi
Tüberküloz, küresel ölçekte en önemli enfeksiyon hastalıklarından biri olmayı sürdürmektedir ve etkeni olan Mycobacterium tuberculosis(M. tuberculosis), yüksek genetik kararlılığına rağmen zaman içinde çeşitli mutasyonlara uğramaktadır. Bu mutasyonlardan özellikle tek nükleotid polimorfizm (SNP)'ler, bakterinin virülans mekanizmaları üzerinde belirleyici etkilere sahip olabilir. SNP'ler insersiyon, delesyon ve substitüsyon gibi farklı tiplerde ortaya çıkabilmekte ve protein yapısı, gen ekspresyonu ya da regülasyon yolları üzerinden patojenin biyolojisini etkilemektedir. Bu çalışmada, Çukurova Bölgesi'nde izole edilen, en az bir antitüberküloz ilaca dirençli M. tuberculosis suşlarının virülansla ilişkili olduğu öngörülen mce1R, mce1A, yrbE1A, yrbE1A, phoP ve phoR gen bölgelerinde SNP varlığının araştırılması, varsa suşlar arasındaki filogenetik ilişkinin incelenmesi amaçlandı. Bunun için DNA Dizi Analizi yöntemi uygulandı. NCBI veritabanına dayanılarak, H37Rv ve H37Ra referans suşlarındaki bu gen dizilimlerinin karşılaştırılması sonucunda yalnızca phoP geninde tek bir noktada transversiyon (C→T) olduğu belirlenmiş olup, bütün klinik izolatlarımız bu pozisyonda virülan H37Rv suşu ile aynı dizilimi gösterdi. phoR geninde, H37Rv referans suşunun 852910. pozisyonundaki C nükleotidinin bütün klinik örneklerimizde T ile yer değiştirdiği, ayrıca farklı klinik örneklerimizde yrbE1A geni başta olmak üzere bütün gen bölgelerinde çeşitli SNP'ler tespit edildiği gözlendi. Sonuç olarak, bu tez kapsamında mce1 gen kümesi ve phoPR sistemi üzerinde yapılan SNP analizleri, insersiyon, delesyon ve substitüsyon şeklindeki bu farklı SNP tiplerinin M. tuberculosis'in virülans mekanizmalarını etkileyebileceğine dair ön veriler sağlamıştır.
Meme kanserleri ve hpv arasındaki ilişkinin araştırılması
Yüksek riskli insan papillomavirüsleri (YR-HPV), servikal, kolorektal ve baş ve boyun dahil olmak üzere çeşitli insan kanserlerinin etiyolojisinde rol oynamaktadır; ayrıca, HPV'ler meme karsinogenezisi ve metastazı için önemli risk faktörleri olabilmektedir. Meme kanserinde HPV'lerin prevalansını değerlendiren önceki çalışmalar büyük tartışmalara yol açmıştır. Bu hipoteze dayanarak, bu çalışma, invaziv meme kanseri dokularında HPV enfeksiyonunun rolünün irdelenmesi amacı ile yapılmıştır. Bu çalışma, Gaziantep Üniversitesi Tıp Fakültesi Şahinbey Araştırma ve Uygulama Hastanesi patoloji laboratuarı arşivinden temin edilen, histolojik olarak meme kanseri tanısı almış kadınlara ait parafinize doku blokları ve aynı arşivden histolojik olarak servikal intraepitelyal lezyon tanısı almış olan kadınlara ait parafinize doku blokları kullanılarak yapıldı. Meme kanseri tanısı almış hastalara ait örnekler hasta grubu, immünohistokimyasal olarak HPV varlığı gösterilmiş, Servikal intraepitelyal lezyon tanısı almış hastalar ise kontrol grubu olarak belirlendi. Hasta ve kontrol grubunda sırası ile 80 ve 13 hastaya ait, toplam 93 doku bloğu çalışmaya dahil edildi. Her iki örnek türünde PCR yöntemi ile Genotypes 14 Real-TM Quant (İtalya) kiti kullanılarak YR-HPV (16, 18, 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58, 59, 66 ve 68) genotiplerinin DNA'sı araştırıldı. Meme kanseri tanısı almış hastaların 8'inde (%10) ve kontrol grubu hastalarının 12'sinde (%92.3)'unda YR-HPV DNA'sı tespit edildi. Servikal intraepitelyal lezyon saptanan grupta HPV saptanması açısından meme kanseri olan hastalara göre istatistiki anlamlı fark bulundu (p<0.05). Meme kanseri vakalarında 45-56-68 HPV genotipleri en sık görülen genotiplerdi. Verilerimiz ile İnsan papillom virüsleri ve bazı meme kanseri türleri arasında olası bir nedensel ilişki bulunmuş olmakla birlikte daha geniş hasta gruplarında çalışılmasının faydalı olacağını düşünmekteyiz.
Paraneoplastik sendrom semptomları ile başvuran hastalarda antinöronal otoantikorların araştırılması
Primer tümörün kendisine veya metastazlarına ait fiziksel etkilerden kaynaklanmayan, fakat tümör varlığına bağlı ve paralel olarak gelişen belirti ve semptomlardan meydana gelen klinik tablo Paraneoplastik Nörolojik Sendrom (PNS) olarak adlandırılır. 1980'lerin başında PNS hastalarında ilk antinöronal antikorlar tanımlandı. Antikorların, tümör hücreleri ve sinir sistemi hücreleri tarafından eksprese edilen antijenlerle tanımlanması, PNS'nin, kanserli hastaların <%0.01'inde meydana gelen, kanserin immün aracılı uzak etkileri olarak tanınmasına neden oldu. Bu çalışmada Nöroloji kliniğine PNS semptomları ile başvuran hastaların serum örneklerinde antinöronal otoantikorların araştırılması amaçlandı. Gaziantep Üniversitesi Şahinbey Araştırma ve Uygulama Hastanesinin Nöroloji kliniğine Mayıs 2017- Mart 2019 tarihleri arasında optik nörit (ON) atağı geçirmiş PNS şüphesi ile başvuran 48 hastanın serum örnekleri alındı. Bu örneklerde indirekt immünofloresan yöntemi ve immünoblot yöntemi ile Antinükleer antikor (ANA) ve 12 farklı antijene karşı oluşan antinöronal antikorlar araştırıldı. Çalışma kapsamına alınan hastaların diğer otoimmün test sonuçları ve enfeksiyon etkenleri açısından araştırılan test sonuçları Nöroloji Kliniği otomasyon veri tabanından elde edildi. Çalışmaya dahil edilen 48 hastadan 30'u kadın (%62.5), 18'i erkekti (%37.5). Hastaların yaş ortalaması 33.56 ± 11.34 idi. Hastaların 3'ünde (%6.3) antinöronal antikor varlığı tespit edildi, bunların 2'sinde (%4.2) anti-rekoverin antikoru, 1'inde (%2.1) anti-SOX1 antikoru saptandı. İki hastada (%4.2) ANA pozitif, 46 hastada (%95.8) ise ANA negatif olarak belirlendi. Antinöronal antikor varlığı saptanan hastalarda ise ANA'nın negatif olduğu belirlendi. Çalışmamızda antinöronal antikor varlığı saptanan hastaların tümör varlığı açısından araştırıldığında tümör varlığına rastlanmadı. Ancak litaratürler doğrultusunda değerlendirildiğinde, bu hastaların önümüzdeki yıllar içerisinde tümör varlığı açısından takibinin uygun olacağı sonucuna varılmıştır.
Klinik örneklerden izole edilen corynebacterium türlerinde biyofilm oluşumunun, anti-quorum sensing aktivitesinin ve antimikrobiyal direnç durumunun araştırılması
Korinebakteriler için son on yılda artan sayıda çeşitli klinik enfeksiyonlar bildirilmiştir. Çalışmamızda izolatlar kültürdeki üreme şekline göre gruplara ayrılarak saf olarak üremeyen korinebakterilerin patojenik potansiyeli hakkında fikir sahibi olunabileceği düşünülmüştür. Düzce Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi ve İstanbul Başakşehir Çam ve Sakura Şehir Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarına Haziran 2021 ile Haziran 2022 tarihleri arasında gönderilen çeşitli klinik örneklerden izole edilen 240 adet Corynebacterium spp. izolatı kültürdeki üreme şekillerine göre saf, başka bir etken ile birlikte ve polimikrobiyal olarak üç grupta sınıflandırıldı. Antibiyotik duyarlılıkları disk difüzyon ve vankomisin için sıvı mikrodilüsyon yöntemleri ile belirlendi. İzolatların biyofilm oluşumları kantitatif olarak belirlendi. Güçlü biyofilm yapan 17 izolatın biyoaktif bileşen ekstraksiyonu yapılıp agar difüzyon yöntemi ile anti-quorum sensing aktivitesine bakılmış sonrasında viyolasin pigment üretimi kantitatif olarak ölçüldü. Çalışmaya alınan 240 adet Corynebacterium spp. izolatının; 138'i (%58) saf, 52'si (%22) etken ile birlikte ve 50'si (%20) polimikrobiyal grupta yer almıştır. İzolatların 140'ı C. striatum, 34'ü C. amycolatum, 24'ü C. afermentans olarak tanımlanmıştır. Corynebacterium izolatlarının antibiyotik direnç oranları gruplara göre incelendiğinde rifampisin ve tetrasiklin antibiyotiklerine karşı direnç oranı polimikrobiyal grupta diğer gruplara göre istatistiksel olarak anlamlı şekilde düşük olarak saptanmıştır. İzolatlarda penisilin, klindamisin, siprofloksasin, moksifloksasin, rifampisin, tetrasiklin ve linezolide karşı sırasıyla; %96,7, %88,3, %86,3, %73,8, %62,5, %59,2 ve %0,8 oranında direnç görülmüştür. Tüm izolatlar vankomisine karşı duyarlı iken iki adet C. afermentans izolatında linezolid direnci görülmüştür. Biyofilm oluşturma kapasiteleri incelendiğinde 87 (%36,3) izolat biyofilm oluşturmuştur. Polimikrobiyal gruptaki izolatların biyofilm oluşturma oranı diğer iki gruptan daha düşük oranda bulunmuştur. Biyofilm oluşturma kapasitelerine göre güçlü biyofilm oluşturan 17 adet izolatın anti-quorum sensing aktivitesine bakılmış, hiç bir Corynebacterium ekstraktının anti-quorum sensing aktivitesi bulunmamışken beş adet izolat ekstraktının antimikrobiyal etkisi görülmüştür. Antimikrobiyal etki gözlenen bakteri ekstraktlarının dört tanesi C. amycolatum bir tanesi ise C. afermentans'a ait olduğu belirlenmiştir. Sonuç olarak hem antibiyotik direnç oranlarına hem de biyofilm oluşturma oranlarına bakıldığında kültürde etken ile birlikte üreyen korinebakterilerin saf kültür olarak üreyen korinebakteriler ile benzer özellikler gösterdiği, ayrıca korinebakterilerin antimikrobiyal etkilerinin olması nedeniyle bu etkinin flora bakterilerini baskılayarak virulansını artırmada mı yoksa patojen bakterileri baskılayarak enfeksiyon oluşumunu önlemede mi rolünün olduğunun belirlenmesi için ileri çalışmalar yapılması gerekmektedir.
İndirekt immünofloresan yöntemi ile değerlendirilen otoantikor pozitifliklerine SARS-COV-2 pandemi etkisinin araştırılması
Amaç: Çalışmamızın amacı, SARS-CoV-2 enfeksiyonu ile sistemik ve organ spesifik otoimmün hastalıklar arasındaki olası ilişkinin belirlenmesidir. Gereç ve Yöntem: Çalışmamıza, Mart 2018-Mart 2022 tarihleri arasında Düzce Üniversitesi Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarı'na çeşitli kliniklerdeki hastalardan otoimmün hastalık şüphesi ile gönderilen serum örnekleri dahil edildi. İndirekt immunofloresan antikor parametreleri ve aynı hastalardan bu süreçte laboratuvarımızda COVID-19 PCR testi çalışılan örneklerin sonuçları, hastanemizin otomasyon sisteminden elde edilerek retrospektif olarak değerlendirildi. Bulgular ve sonuç: Çalışmaya, COVID-19 pandemi öncesi iki yıl ve pandemi dönemindeki iki yılda otoimmun hastalık şüphesiyle IIFA testi için mikrobiyoloji laboratuvarına serum örnekleri gönderilen 8325 hastadan herhangi bir otoantikoru pozitif saptanan 2448 hasta dahil edildi. ANA pozitifliği, toplam 2256 hastada saptanmış olup bunlardan 2038'inin tekli (1363'ü benekli patern), 218'inin çoklu patern olduğu görüldü. ANA testi çalışılmış ve COVID-19 PZR pozitifliği saptanmış olan hastaların 41'inde ANA pozitifliği tespit edilmiş olup patern olarak en sık benekli (%74) patern saptandı. Otoantikor pozitifliğinin zamana göre değişimini incelendiğinde ANA, anti-dsDNA, anti-ICA, anti-Gliadin otoantikorlarının pozitiflik oranlarında pandemi dönemini içeren iki yıllık sürede istatistiksel olarak anlamlı artışın olduğu tespit edildi. AMA, ASMA, anti-Endomisyum, ANCA otoantikorlarının pozitiflik oranlarında ise COVID-19 pandemi öncesi ve pandemisini içeren tüm dönemlerde fark olmadığı görüldü. Otoantikor pozitifliğine sahip hastaların, hastanemiz Mikrobiyoloji Laboratuvarı'nda çalışılmış COVID-19 PZR sonuçları incelendiğinde 323 hastanın COVID-19 PCR testinin pozitif, 306 hastanın ise negatif olduğu görüldü. ANAHTAR SÖZCÜKLER: İndirekt immunofloresan antikor yöntemi, otoantikor, otoimmün hastalıklar, SARS-CoV-2, COVID-19
Klinik örneklerden izole edilen candıda albıcans suşlarında flukonazol duyarlılığı, proteinaz aktivitesi ve ERG11-SAP2 ekspresyonu ilişkisinin araştırılması
Amaç: Bu çalışmada amacımız, C. albicans suşlarındaki flukonazol direncinin, suşların proteinaz aktiviteleriyle ve ERG11/ SAP2 genleri ile ilişkisi incelemektir. Gereç ve Yöntem: Çalışmamıza, 01.08.2021- 01.08.2022 tarihleri arasında Düzce Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarı'na gönderilen örneklerden, Candida albicans üremesi olan 127 örnekten izole edilen suşlar dahil edildi. İzolatların flukonazol MİK değerleri, EUCAST önerilerine göre sıvı mikrodilüsyon yöntemi ile belirlendi. Flukonazol MİK değerlerinde 48. saatte yükselme durumu ve proteinaz aktiviteleri incelendi. Çalışmaya alınan 44 adet suşun ERG11 ve SAP2 gen ekspresyon seviyeleri real time qPCR ile ölçüldü. Relatif ekpresyon seviyeleri ΔΔCT yöntemi ile hesaplandı. Bu seviyelerin birbirleri ile, flukonazol direnci ile, 48. saat MİK yükselmesi ve proteinaz üretimi ile ilişkileri incelendi. Bulgular ve Sonuç: Çalışmamızda saptanan C. albicans'ta flukonazole direnç oranı, dünyada yakın tarihte yapılan çalışmalar ile benzerdir (%3,14). ERG11 VE SAP2 gen ekpresyon seviyeleri arasında pozitif bir lineer korelasyon saptanmıştır (p<0,001). İzolatların SAP2 ve ERG11 ekpresyon seviyeleri ile flukonazol dirençleri arasında ilişki bulunmamıştır. ERG11 ekpresyon seviyeleri ve 48. saat MİK yükselmesi arasında istatiksel olarak anlamlı bir bağlantı varken (p=0,037), SAP2 seviyeleri ve 48. Saat MİK yükselmesi arasında ise istatiksel olarak anlamlı bir ilişki bulunmamıştır. Aynı şekilde izolatların proteinaz aktiviteleri ve SAP2/ERG11 ekspresyon düzeyleri arasında da istatiksel olarak anlamlı bir ilişki yoktur. Flukonazol 48. Saat MİK değerleri yükselmesinin proteinaz aktivitesiyle ilişkisiz olduğu belirlenmiştir. Çalışmamız PCR yapılan suş sayısı arttırılarak ve dirençli duyarlı suş eşitliği sağlanarak tekrarlanabilir. Gelecekte, Candida enfeksiyonlarının önlenmesi ve kontrolü, SAP ailesi gibi virülans faktörlerini inhibe etmek için özel olarak modüle edilmiş farmakolojik veya immünolojik araçlarla sağlanabilir.
Borik Asit'in antimikrobiyal ve dezenfektan etkinliğinin araştırılması
Borik asit doğada bileşikler halinde bulunan ve birçok alanda etkinliği gösterilmiş olan bir elementtir. İnsan için ve çevre için toksik olmaması ve doğal yollardan elde edildiğinden ekonomik olması dikkat çeken başlıca özelliklerindendir. Bu çalışma borik asitin invitro olarak antibakteriyel etkinliğinin ve kontamine edilmiş yüzeylerde dezenfektan etkinliğinin araştırılması amacı ile yapılmıştır. Borik asitin farklı konsantrasyonlarda (%1, 2, 4, 6) S. aureus ATCC 29213, E. coli ATCC 25922, P. aeruginosa ATCC 27853, E. faecalis ATCC 29212, S. mutans ATCC 25175 izolatları ve kan kültürü örneklerden izole edilen farklı direnç paternine sahip 20 farklı mikroorganizma (A. baumannii, P. aeruginosa, K. pneumoniae, E. coli, S. aureus, S. epidermidis, E. faecalis C. albicans, C. parapsilosis, S. mitis/oralis) olmak üzere toplam 25 izolata karşı kalitatif süspansiyon yöntemi ve yüzey kontaminasyonu yapılarak dezenfektan etkinliği araştırıldı. Kalitatif süspansiyon yönteminde farklı konsantrasyondaki bor maddesi (%1, 2, 4, 6) ile seçilen bakteriler 1, 2, 5, 10, 30 dakikalık ürelerde temas ettirildi. Temas süreleri sonunda, ekimlerden önce maddelerin etkilerinin durdurulması için nötralizan çözeltisi ilave edildi ve ardından %5 koyun kanlı agara ekim yapıldı. 24 saat inkübasyon sonunda bakterilerin üreyip üremedikleri değerlendirildi. Yüzey kontaminasyonu için fayans yüzeye 0.5 MacFarland konsantrasyonda hazırlanmış bakteri süspansiyonundan 100 µL steril eküvyon çubuğu ile yayıldı. 15 dakika kuruması için beklendi. Kuruyan yüzeyler borik asitin %1, 2, 4, 6'lık süspansiyonları ile eküvyon çubuğu kullanılarak temizlendi. 1-2 dakika yüzeyin kuruması beklendikten sonra steril serum fizyolojik ile ıslatılmış eküvyon çubuk tüm yüzeye sürüldükten sonra %5 koyun kanlı agara ekim yapıldı. Plaklar 37 °C'de 24 saat inkübe edildi. Her çalışmada negatif kontrol yüzeyi (bakteri ekimi yapılmamış yüzey), pozitif kontrol yüzeyi (bakteri ekimi yapılmış, borik asit ile muamele edilmemiş yüzey) ve etkinlik kontrol yüzeyi (bakteri ekimi yapılmış ve %70'lik etil alkol ile muamele edilmiş yüzey) kullanılarak bu yüzeylerden de işlem sonrası ekim yapıldı. Kalitatif süspansiyon yönteminde borik asitin %1 konsantrasyonda ve test edilen sürelerde etkinliği saptanmadı. %2 konsantrasyonda 5 dakikalık temasla bakterilerin çoğuna ve 10. dakikada tümüne, %4 konsantrasyonda 5. dakikadan itibaren tümüne ve %6 konsantrasyonda 1. dakikadan itibaren tümüne karşı etkin olduğu bulundu. Candida türlerinde %1 konsantrasyonda etkinlik saptanmazken, %2'lik konsatrasyonda 1. dakikadan itibaren tümüne etkin bulundu. Yüzey kontaminasyonunda; borik asitin %2 konsantrasyonda test edilen Candida türlerinin tümüne ve %6 konsantrasyonda test edilen tüm bakterilere karşı dezenfektan etkinliğinin olduğu saptandı. Borik asit düşük konsantrasyonda dahi bakteri ve Candida türlerine karşı etkili antimikrobiyal bir kimyasal madde olup, dezenfektksiyon amacı ile kullanımına yönelik ileri çalışmalarının yapılması uygun olduğu sonucuna varılmıştır.
Obezite ve bakteriyel vajinoz ilişkisinin mikrobiyolojik yöntemler ve antropometrik ölçümler kullanılarak araştırılması
Anormal vajinal akıntının en sık nedenlerinden biri olan bakteriyel vajinoz (BV) doğurganlık çağındaki kadınlarda en sık görülen vajinal sendromdur. BV'li hastalarda vajinal flora değişiminin nedeni bilinmemekle beraber halen patogenezi tam olarak açıklanamamıştır. Bu çalışmada, Nugent skoru ve antropometrik ölçüm olarak beden kütle indeksi (BKİ) kullanılarak obezite ile bakteriyel vajinoz ilişkisini araştırmak amaçlanmıştır. Veriler ilimizdeki devlet eğitim ve araştırma hastanesi kadın hastalıkları ve doğum polikliniğine 1 Mayıs 2019 – 1 Kasım 2019 tarihleri arasında vajinal akıntı, kaşıntı şikâyeti ile başvuran doğurganlık çağındaki hastalardan elde edilmiştir. Gebe kadınlar, kanaması olanlar, jinekolojik kanser öyküsü olanlar, önceki üç hafta boyunca kontraseptif/antibiyotik/vajinal ilaç kullananlar, kronik hastalığı olanlar ve son iki günde cinsel ilişkide bulunanlar çalışma dışı bırakılmıştır. Toplam 106 cinsel aktif kadın araştırmaya dahil edilmiştir. Araştırmaya dahil edilen hastaların diyetisyen tarafından antropometrik ölçüleri yapılmış BKİ'leri hesaplanmıştır. İleri mikrobiyolojik inceleme için Kadın Hastalıkları ve Doğum Uzmanı tarafından steril eküvyon ile vajinal sürüntü örnekleri alınıp lama yaymaları yapılmıştır. Havada kurutulan preparatların gram boyaması yapılıp BV değerlendirilmesi için Tıbbi Mikrobiyoloji Uzmanı tarafından Nugent skorlaması yapılmıştır. Nugent skoruna göre hastalar BV, ara değer flora ve normal flora olarak sınıflanmıştır. BKİ kullanılarak ise obez (% 36,8), fazla kilolu (% 34,9), normal (% 28,3) olarak sınıflandırılmıştır. Nugent skorlama yöntemiyle 106 hastanın 33'ünün (% 31,1) ara değer flora, 45'inin (% 42,5) BV, 28'inin (% 26,4) de normal floraya sahip olduğu tespit edilmiştir. Amsel Kriterleri, Nugent skorlaması ile kıyaslandığında; Amsel kriterlerinin özgüllüğü, duyarlılığı, PPD, NPD sırasıyla % 9.84, % 100, % 45, % 100 olarak saptanmıştır. Yapılan biyoistatistik inceleme sonucunda hastaların BKİ ile BV arasında anlamlı bir ilişki olmadığı saptanmıştır.
Anne sütünde bulunan lactobacillus türlerinin PCR yöntemi ile araştırılması
Bu çalışmada anne sütünde bulunan Lactobacillus türlerinin PCR yöntemiyle araştırılması amaçlanmıştır. Çalışmaya yaşları 18-45 arasında olan, tekil, sağlıklı, tam süreli bir bebek doğurmuş olan, laktasyon periyodu 0-240 gün arasında olan toplam 72 kadın dahil edilmiştir. Normal doğum (n:36) ve sezaryen doğum (n:36) yapmış annelerden alınan süt örnekleri kolostrum (n:12), geçiş (n:12) ve olgun süt (n:12) şeklinde üç gruba ayrılmıştır. Süt örneklerinden real time PCR ile Lactobacillus türleri araştırılmıştır. DNA izolasyonu Qiagen Stool Fast Kit (Qiagen,Hilden) kullanılarak ve amplifikasyon Primer Design Genesig (UK) marka tür tanımla kitleri ile Rotor gene (Qiagen, Germany) cihazında yapılmıştır. Çalışmada örneklerin 70'inde (%97.2), Lactobacillus saptanırken, sezeryan doğum olan kadınlardan alınan örneklerin 2'sinde (%2.8) saptanmamıştır. Normal doğum yapan kadınların geçiş süt örleklerinin tümünde L. acidophilus ve L. rhamnosus aynı anda saptanmış olup 84 Lactobacillus türü tespit edilmiştir. Saptanan türler sırası ile 33 (%39.3), 25 (%29.8) Lactobacillus spp. ve 24 (%28.6) L. acidophilus olarak bulunmuştur. Normal doğum yapan kadınlardan alınan süt örneklerindeki L. acidophilus tespit edilme oranının sezaryen doğum yapan kadınlardan alınan süt örneklerinde saptanan göre anlamlı şekilde yüksek olduğu görülmüştür (p<0.05). Anne sütü bebeğin immune sisteminin gelişimi ve barsak florasının oluşumunda önemli bir fonksiyona sahiptir. Probiyotik bakterilerden biri olan Lactobacillus türlerinin anne sütünde yoğun olarak bulunduğu saptanmıştır.
Pneumocystis jiroveci tanısında giemsa, toluidine blue o (TBO), direk floresan antikor (DFA) ve gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) yöntemlerinin karşılaştırılması
Pneumcystis jiroveci bağışıklık sistemi baskılanmış hastalarda özellikle akciğer tutulumu ile seyreden fırsatçı bir patojendir. Son yıllarda AIDS hastalarındaki artış ile birlikte sıkça karşılaşılan etkenin in vitro üretilmesi mümkün olmadığı için tanısı zordur. Hastalığın tedavisi uzun ve yan etkileri fazladır. Tanı konulmadan ampirik tedavi uygulamalarında problemler yaşanabilmektedir. Tedavinin gecikmesi ise hasta için ölümcül olabilmektedir. Sonuç olarak PCP tanısında hızlı ve güvenilir yöntemlere ihtiyaç vardır.Çalışmamızda risk grubundaki 57 hastanın 57 klinik örneğinde Giemsa, TBO, DFA ve GZ-PZR ile etken araştırılmıştır. Giemsa ile beş (%8.7), TBO ile dört (%7), DFA ile yedi (%12.3) ve GZ-PZR ile 57 hastadan yedisinde (%12.3) P. jiroveci gösterilmiştir. Örneklerden sadece bir tanesi GZ-PZR ile negatif, DFA ile pozitif olarak bulunmuştur. Bu örnekte DFA boyamasında yoğun olmayan ve içi boş kistler görülmüştür. Klinik bulgularla doğrulandığında gerçek zamanlı PZR ile en fazla pozitif sonuç elde edilmiştir. Giemsa, TBO ve DFA'nın GZ-PZR ile kıyaslandığında duyarlılığı ve özgüllüğü sırasıyla %72 - %100, %57 - %100, %86 - %98 olarak bulunmuştur.Sonuç olarak PCP tanısı ve tedavisi zor olan ölüm ve sakatlık riskinin yüksek olduğu fırsatçı bir pnömoni etkenidir. Hızlı ve doğru tanısında GZ-PZR yönteminin kullanılmasının uygun olacağı düşüncesindeyiz.
Vulvovajinal infeksiyonlarda tanı yöntemlerinin karşılaştırılması ve predispozan faktörleri incelenmesi
Çalısmamızın amacı vulvovajinal infeksiyonların tanısında kullanılanyöntemleri karsılastırarak, infeksiyon prevalansını ve predispozan faktörlerinetkilerini belirlemektir. Kadın Hastalıkları ve Doğum polikliniklerine vajinal akıntısikayetiyle basvuran 250 hasta ile akıntı sikayeti olmayan 50 hastanın vajinalörneklerinde pH, KOH bakılmıs olup, direkt bakı, Gram ve giemsa boyama, kültüryapılmıstır. Predispozan faktörlerin etkilerinin incelenmesi amacı ile hastalarınkisisel bilgileri, eğitim durumları, hijyenik durumları, doğum kontrol durumları veyakınmaları ile ilgili bilgileri içeren anket formu yüz yüze görüsülerekdoldurulmustur.Vulvovajinal infeksiyonlar üreme çağındaki kadınlarda daha sık saptanmıstır.Hastaların eğitim, çalısma ve medeni durumlarının, bazı hijyen özelliklerinin,haftalık cinsel iliski sayılarının infeksiyon etkeni varlığını değistirmediğibelirlenmistir. Kontrasepsiyon yöntemlerinin genel olarak vajinal infeksiyonlar içinrisk faktörü olabileceği düsünülmüstür. Çalısmamızda 106 hastada (% 35.3) G.vaginalis, 85 hastada (% 28.3) T. vaginalis, 84 hastada ( % 28) Candida türleri tespitedilmistir. G. vaginalis için Gram boyama yöntemi referans test olarak alındığındadirekt bakının duyarlılığı % 72.6, T. vaginalis için direkt bakı yöntemi referans testolarak alındığında Gram boyamanın duyarlılığı % 95.2; giemsa boyamanınduyarlılığı % 68.2, Candida türleri için kültür yöntemi referans test olarakalındığında direkt bakının duyarlılığı % 42.8; Gram boyamanın duyarlılığı % 60.7olarak belirlenmistir. Kültür ile 185 (% 61.6) potansiyel patojen saptanmıstır. Üreyenmikroorganizmalar % 30.2 C. albicans, % 30.2 G. vaginalis, % 15.6 E. coli, % 8.64non albicans candida, % 1 S. aureus, % 1 enterokok ve % 0.5 grup B streptokokolarak tespit edilmistir.Sonuç olarak, klinik belirtilerin güvenilir diagnostik parametreler olmadığı velaboratuar arastırmasının vajinal infeksiyonların doğru tanısı için gerekli olduğudüsünülmüs olup, etkenleri arastırmaya yönelik hiçbir testin tek basına yeterliolmadığı sonucuna varılmıstır.Anahtar Sözcükler: G. vaginalis, T. vaginalis, Candida türleri, kültür, KOH, pH
Üriner sistem infeksiyonlarının tanısında kullanılan mikrobiyolojik yöntemlerin karşılaştırılması
Bu çalışmada, üriner sistem infeksiyonu (ÜSİ)'nun hızlı ve güvenilir tanısında, gram boyama, thoma lamında lökosit sayımı, nitrit testi ve lökosit esteraz testinin etkinliği, ÜSİ tanısında altın standart olan idrar kültürü ile karşılaştırılmıştır. Ayrıca, üriner infeksiyonu etkeni olan mikroorganizmaların sıklığı, antibiyotiklere direnç profili ve genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz (GSBL) oranı belirlenmiş olup, bazı predispozan faktörlerin ÜSİ görülme sıklığı üzerine etkisi araştırılmıştır.Çalışmamızda, Düzce Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı'na Mayıs 2010?Kasım 2010 tarihleri arasında, polikliniklerden başvuran ya da yatan, 0?106 yaş aralığındaki, ÜSİ'yi düşündüren semptomları olan ve klinik bilgilerine ulaşılabilen hastalardan gönderilen 658 idrar örneği incelenmiştir. Üreyen mikroorganizmalar klasik yöntemler ve APİ idendifikasyon sistemleri kullanılarak saptanmış olup, antibiyotiklere direnç durumunun değerlendirilmesi için Kirby-Bauer disk difüzyon yöntemi uygulanmıştır.Örneklerin 137 (% 21.7)'sinde üreme tespit edilmiş, 143 (% 21.7)'ü ise kontaminasyon olarak değerlendirilmiştir. Kültürde en sık E.coli (% 67.2) üremiş olup, Gram negatif bakterilerdeki GSBL oranı % 19 olarak değerlendirilmiştir. Diyabetik hastalarda ÜSİ sıklığı % 32.9, gebelerde % 16; 66 yaş ve üzerindeki hastalarda % 31.4 olarak bulunmuştur. Gram boyamanın sensitivitesi % 82.2, spesifitesi % 96.8, yanlış pozitifliği % 32, yanlış negatifliği % 17.8 olarak saptanmış olup, bu oranlar sırasıyla thoma lamında lökosit sayımı için, % 40.1, % 95.8, % 18.5, % 21.2; nitrit testi için, % 40.1, % 95.8, % 42, % 59.9; lökosit esteraz testi için, % 88.1, % 34.1, % 65.9, % 11.9 olarak tespit edilmiştir.Gram boyamanın, sensitivite ve spesifitesinin oldukça yüksek, yanlış pozitif ve yanlış negatifliklerinin diğer yöntemlere oranla düşük, uygulanabilirliğinin de kolay olması nedeniyle, üriner sistem infeksiyonunun hızlı tanısında kullanılabilecek en uygun yöntem olduğu sonucuna varılmıştır. Ayrıca, ileri yaş, diyabet ve gebeliğin ÜSİ'ye zemin hazırlayan faktörler olduğu görüldüğünden, bu hastalarda tedavi ve takiplerin düzenli olarak yapılması gerektiği düşünülmüştür.
Antimikrobiyallerin subinhibitör konsantrasyonlarının Pseudomonas aeruginosa virülansı üzerine etkilerinin moleküler düzeyde incelenmesi
Pseudomonas aeruginosa hastane enfeksiyonlarına yol açan fırsatçı patojenlerin başında yer almaktadır. P. aeruginosa'ya ait bazı virülans faktörlerinin salınımı Quorum Sensing (QS) olarak adlandırılan hücre yoğunluğuna bağımlı bir mekanizma ile kontrol edilmektedir. Bakterinin önemli virülans faktörlerinden biri olan biyofilm oluşturması ve antimikrobiyalerin biyofilme penetrasyonundaki zorluklar P. aeruginosa enfeksiyonlarının tedavisini güçleştirmektedir.Bu çalışma ile Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Laboratuvarı'nda çeşitli klinik örneklerden izole edilen P. aeruginosa suşlarının biyofilm yapma yeteneklerinin antimikrobiyallerin subinhibitör konsantrasyonları varlığındaki değişimin ortaya konması, biyofilm oluşumu ile ilişkili QS genlerinin varlığının araştırılması ve biyofilm yapım şiddeti ile QS genleri arasında ilişki olup olmadığının gösterilmesi amaçlanmıştır.Çalışmaya dahil edilen 24 P. aeruginosa suşunun 2 tanesi balgam örneklerinden (%8.3), 2 tanesi trakeal aspirat örneklerinden (%8.3), 5 tanesi idrar örneklerinden (%20.9), 6 tanesi yara örneklerinden (%25) ve kalan 9 tanesi de (%37.5) çeşitli klinik örneklerden (kan, biyopsi, gaita v.b.) izole edildi. Kontrol olarak P. aeruginosa ATCC 27853 suşu kullanıldı.P. aeruginosa ATCC 27853'ün biyofilm absorbans değerlerine göre, suşlardan 5 tanesinin (%20.8) %50 ve altında (zayıf), 6 tanesinin (%25) %50-%100 arasında (orta kuvvetli), 13 tanesinin (%54.2) %100'ün üzerinde (kuvvetli) biyofilm yaptıkları saptandı.Çalışmaya alınan 24 suşun MİK değerleri, mikrodilüsyon yöntemiyle, siprofloksasin için 0.125-32 ?g/ml, piperasilin/tazobaktam için ise 2-256 ?g/ml aralığında saptandı. Her iki antibiyotiğin de, sub-MİK konsantrasyonlarında, (MİK/2, MİK/4, MİK/8) antibiyotiksiz durum ile karşılaştırıldığında, biyofilm yapımını doz bağımlı olarak azalttığı saptandı. Sub-MİK dozlarda antibiyotik uygulamaları sonrasında her iki antibiyotik için en fazla biyofilm oluşumunun azaldığı konsantrasyon MİK/2 olarak tespit edildi. Bu sonuç taramalı elektron mikroskobu kullanılarak da doğrulandı.Quorum sensing'de rol alan lasI, lasR, rhlI ve rhlR genlerinin varlıklarını göstermek amacıyla kullanılan polimeraz zincir reaksiyonu yöntemi ile P. aeruginosa ATCC 27853'e göre kuvvetli ve orta kuvvetli biyofilm yaptığı saptanan suşların hepsinde (%100) lasI/lasR genlerine rastlanırken zayıf biyofilm yapan 5 suşun 4'ünde (%80) lasI/lasR genleri saptandı. Çalışmaya dahil edilen tüm suşlarda (%100) rhlI gen varlığı tespit edildi. Kuvvetli biyofilm yapan suşların 6 tanesinde (%46.2) rhlR geni saptanırken orta kuvvetli biyofilm yapan suşların 4 tanesinde (%66.7), zayıf biyofilm yapan suşların 3 tanesinde (%60) rhlR geni tespit edildi. RhlR geninin bazı suşlarda gösterilememesi; bu gende meydana gelen mutasyonlara bağlanmıştır. Bu suşlardaki mutasyon varlığının ileri moleküler incelemelerle aydınlatılmasının yararlı olacağı düşünülmektedir.Sonuç olarak; antimikrobiyallerin subinhibitör konsantrasyonlarının yeni tedavi stratejileri açısından dikkate alınması ile P. aeruginosa enfeksiyonlarının iyileşme sürecinde olumlu sonuçlar alınacağı düşünülmektedir. Ayrıca P. aeruginosa'da QS sisteminin biyofilm oluşumu ile önemli ilişkisi olduğu ancak biyofilm yapımının tek başına QS gen varlığına bağlı olmadığı, çevresel ve suşa ait özelliklerin de biyofilm oluşum mekanizmalarını etkilediği düşünülmektedir.
Fungal enfeksiyonlarda dendritik hücrelerden ifadelenen toll-lıke ve kemokin reseptörlerinin rolü
Bağışıklık sistemi baskılanmış hastaların her geçen gün artış göstermesi, geniş spektrumlu antibiyotiklerin daha yaygın kullanımı, organ nakillerinin çok daha sık yapılması gibi nedenler bu tür hastalarda Candida enfeksiyonlarının gelişiminde artışa neden olmaktadır.Candida enfeksiyonlarına karşı immün cevapta nötrofil, makrofaj ve DH' ler ile bu hücrelerin aktive ettiği Th1 hücreler rol oynamaktadır. Bu nedenle, mayalara karşı doğal ve kazanılmış immünite birlikte görev alır. Doğal bağışıklık, kandidoza karşı koruyucu mekanizmadır. Nötrofiller ile monosit ve türevlerinin fonksiyonel bozuklukları sistemik kandidoz ile ilişkilidir. Doğal bağışıklığın elemanları, mayanın fagosite edilmesi, öldürülmesi ya da T hücrelere sunumu ile görevlidir. Kazanılmış bağışıklık, doğal savunmadan daha sonra gelişen ikinci ve daha önemli olan koruyucu mekanizmadır. Doğal bağışıklık aşıldığı takdirde kazanılmış bağışıklık vücudu korumak üzere devreye girer. Candida enfeksiyonlarından korunmada sorumlu immün mekanizmalar hem hücresel hem de sıvısal cevabı içerir. Candida' ya karşı hücresel ve sıvısal bağışıklık gelişir fakat hücresel bağışıklığın rolü daha fazladır.Bu çalışmada, Candida türleri ile uyarılan dendritik hücre kültürlerinde PCR ve ELISA yöntemleriyle Toll-like ve kemokin reseptörlerinin ifadelenmesi ve sekresyonu araştırılarak, Candida enfeksiyonlarında bu reseptörlerin rolünün belirlenmesi amaçlanmıştır.Çalışmamızdaki enfeksiyon modeli, invitro olarak C. albicans ve C. krusei ile uyarılan dendritik hücre kültürü ile oluşturulmuştur. Ayrıca maya içermeyen ve sadece maya içeren kuyucuklar da kontrol grubu olarak138belirlenmiştir. İnkübasyon sürelerinin ardından hücreler ve üst sıvılardaki TLR ve kemokin düzeyleri incelenmiştir.Çalışmamızın sonuçlarına göre, kontrol grupları ile kıyaslandığında Candida türleri DH' lerden yüksek oranda TLR2, TLR4, TLR6 ifadelenmesi ve sekresyonuna neden olmaktadır. Kemokin reseptörleri değerlendirildiğinde, enfeksiyonla birlikte CCR5 ve CXCR4 üretimi artarken, CX3CR1 üretiminde değişiklik oluşmadığı görülmüştür. Ayrıca, C. albicans, C. krusei' ye oranla TLR sekresyonunda daha belirgin artışa neden olurken, C. krusei daha etkin kemokin artışına neden olmuştur.Sonuç olarak, Candida enfeksiyonu sırasında ilk olarak antijen sunucu hücrelerden dendritik hücrelerin görev aldığı, maya ile etkileşim sonucunda çeşitli reseptörleri aktive ederek immün sistem cevabını yönlendirdiği sonucuna varılmıştır.
Hipopigmente veya hiperpigmente deri lezyonlarıyla başvuran hastalardan alınan örneklerden malassezia cinsi mayaların izole edilmesi ve tür tanımı
Malassezia türleri, normal cilt florasında bulunan lipofilik mantarlardır. Bunun yanında, pityriasis versicolor, seboreik dermatit, follikülit, atopik dermatit gibi birçok yüzeyel deri hastalığında etken olarak saptanmaktadır. Malassezia mantarlarının tür ayrımı, kültürü yapılarak, morfolojik, fizyolojik ve biyokimyasal özellikleri kullanılarak yapılabilir. Bu konvansiyonel metodlarla beraber, son yıllarda uygulanan moleküler yöntemlerle tür adı kesin olarak konulabilmektedir.Çalışmamızda Gazi Üniversitesi Hastanesi'ne hipopigmente veya hiperpigmente deri lezyonlarıyla başvuran hastalardan alınan örneklerden Malassezia cinsi mantarların üretilmesi ve moleküler yöntemlerle kesin tür ayrımının yapılması amaçlanmıştır. Çalışmamıza pityriasis versicolor'lu 35 hasta dahil edilmiştir. Hastalardan alınan bütün örneklerin (n=35) direk mikroskobik incelemesinde Malassezia cinsi mantarlara ait maya hücreleri ve hif yapıları görülmüştür (%100). Örneklerin 26'sında Leeming Notman agarda Malassezia spp. üremesi olmuştur (%74,28). Hastalardan izole edilen suşların tümünün PZR ile tür tanımı yapılmıştır. En sık saptanan tür M.globosa (17; %65,38) iken bunu M. sympodialis (6; %23,08) ve M. furfur (3; %11,54) takip etmektedir.Çalışmamızın en önemli sonucu hipopigmente veya hiperpigmente deri lezyonları ile karakterize olan pityriasis versicolor etkeni olarak en sık M. globosa türü mayaların izole edilmiş olmasıdır. Ayrıca, moleküler yöntemlerden PZR ile tür tanımının kolaylıkla yapılabildiği, zahmetli ve uzun süre alan tween deneylerine gerek kalmadan tür tanımının yapılabildiği gösterilmiştir.
Metisiline dirençli stafilokoklarda azalmış vankomisin duyarlılığının araştırılması
Stafilokoklar, insan normal florasında bulunmakla birlikte nozokomiyal ve toplumdan kazanılmış enfeksiyonların en önemli etkenlerindendir. Özellikle metisilin dirençli S.aureus suşlarının neden olduğu enfeksiyonların tedavisinde büyük sıkıntılar yaşanmaktadır. Metisilin dirençli S.aureus suşları beta-laktam ve beta-laktam dışı antibiyotiklerin çoğuna karşı dirençlidir. Bu nedenle, glikopeptit antibiyotikler metisilin dirençli S.aureus'un neden olduğu ciddi enfeksiyonların tedavisinde ilk seçenektir. Metisilin dirençli stafilokoklarda vankomisin direncinin araştırılmasının amaçlandığı bu çalışma, Ocak 2010-Kasım 2013 tarihleri arasında yapıldı. Düzce Üniversitesi Tıp Fakültesi Araştırma ve Uygulama Hastanesi Mikrobiyoloji laboratuvarına gönderilen çeşitli klinik örneklerden (idrar, balgam, kan, yara sürüntüsü, bronş lavaj sıvısı, katater... vb.) izole edilen edilen toplam 331 stafilokok suşu incelemeye alındı. Sadece metisilin dirençli S.aureus'lar ve metisilin dirençli koagülaz negatif stafilokoklar çalışmaya dahil edildi. Metisilin direncini tespit etmede oksasilin agar tarama, sefoksitin disk difüzyon testi; vankomisin direncini saptamada vankomisin agar tarama, standart e test, makro e test ve PAP yöntemleri kullanıldı. S. aureus izolatlarının 115 (% 54,2)'i metisilin dirençli S.aureus; koagülaz negatif stafilokok izolatlarının 66 (%51,2)'sı metisilin dirençli koagülaz negatif stafilokok olarak bulundu. Kullanılan vankomisin agar besiyerine ekilen 181 metisilin dirençli stafilokok suşunun ilk 24 saatte sadece ikisinde üreme saptandı. Üreme saptanan suşların her ikisi de S. aureus idi. Bu metisilin dirençli S.aureus suşları standart E Test ve Makro E Test incelemelerinde vankomisine duyarlı olarak bulundu. PAP yöntemi ile hiçbir suşta üreme saptanmadı. Bu veriler sonucunda hastanemizde VIS ve h/VIS olmadığı kanaatine varıldı. Metisilin dirençli S.aureus enfeksiyonu düşünülen hastalarda tedavide glikopeptid kullanımının ileride hVISA ve VISA gelişimine sebep olabileceği akılda tutulmalı ve tedaviye yanıt vermeyen hastalarda vankomisin direnci için tarama mutlaka yapılmalıdır. Sonuç olarak bu seçkin antibiyotiğin kullanımında özenli olunması ve gerek tedavi öncesi, gerekse tedavi sırasında hastaların mikrobiyolojik yönden yakın izleminin önemli ve gerekli olduğu düşünülmüştür. Anahtar Kelimeler: Staphylococcus aureus, koagülaz negatif stafilokok, metisilin, vankomisin, direnç, hVISA, VISA.
Trıchosporon türlerinde bazı virulans faktörlerinin araştırılması
Trichosporon türlerinin birçoğu doğada (toprak, su ve bitki) yaygın olarak bulunur. Ayrıca insanda deri, solunum yolları, gastrointestinal ve genitoüriner sistemde normal flora üyesi olarak da yer alabilir. Trichosporon türlerinin duyarlı hasta gruplarında, özellikle immunsuprese, sitotoksik kemoterapi alan ve organ transplantasyonu uygulanan hastalarda yaşamı tehdit eden ciddi enfeksiyonlara yol açmaları ve antifungal tedaviye göreceli olarak daha dirençli olmaları nedeni ile önemi giderek artmaktadır. Trichosporon kökenlerinin enfeksiyon patogenezinde rol oynayan olası virulans faktörlerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. 2010 - 2012 yılları arasında Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesinde Mikoloji laboratuvarına maya tiplendirme için gelen kültür örneklerinden, Trichosporon spp. olarak sonuçlanan 20 köken ve Dr Takashi Sugita?dan temin edilen 20 köken çalışmaya alınmıştır. 40 Trichosporon kökeninde salgısal asit proteaz, fosfolipaz, esteraz, hemolitik aktivite ve koagülaz enzim aktivite varlığı araştırılmıştır Çalışmaya alınan 40 Trichosporon kökeninin; 24 tanesi (%60) Trichosporon asahii, altı tanesi (%15) Trichosporon inkin, bir tanesi (%2,5) Trichosporon aquatile, bir tanesi (%2,5) Trichosporon asteroides, bir tanesi (%2,5) Trichosporon coremiiforme, bir tanesi (%2,5) Trichosporon cutaneum, bir tanesi (%2,5) Trichosporon dermatis, bir tanesi (%2,5) Trichosporon faecale, bir tanesi(%2,5) Trichosporon japonicum, bir tanesi (%2,5) Trichosporon montevideense, bir tanesi (%2,5) Trichosporon mucoides, bir tanesi (%2,5) Trichosporon ovoides dir. Çalışmaya alınan 40 kökenin hiçbirinde salgısal asit proteinaz ve fosfolipaz enzim aktivitesi tespit edilememiştir. Tüm kökenlerde esteraz enzim aktivitesi pozitif olarak tespit edilmiştir. Hemolitik enzim aktivitesi 15 kökende (%37,5) pozitif olarak bulunmuştur. T. asahii türü ile Trichosporon non-asahii türleri arasında hemolitik aktivite varlığı açısından anlamlı bir fark bulunamamıştır. Koagülaz enzim aktivitesi, insan plazması kullanılarak yapılan testlerde iki kökende (%5), tavşan plazması kullanılarak yapılan testlerde ise 11 kökende (%27,5) pozitif olarak bulunmuştur. Sonuç olarak Trichosporon türlerinin hastalık oluşturma patagenezinde esteraz, hemolizin ve koagülaz enzimlerinin rol alabileceği düşünülmüştür. Anahtar kelimeler:Trichosporon, virulans faktör, patogenez
Süper antijen niteliğindeki stafilokok toksinlerinin ve protein A'nın kronik sinuzit etiyolojisindeki rolünün incelenmesi
Süper antijen niteliğindeki stafilokok toksinlerinin ve protein A?nın kronik sinüzit etyolojisindeki rolünün incelenmesi Kronik sinüzit, 12 haftadan uzun süren nazal ve paranazal mukozanın semptomatik inflamasyonudur. Kronik sinüzit, hastanın yaşam kalitesini düşüren ve tedaviye direnci nedeniyle yüksek maliyetlere yol açan bir hastalıktır. Kronik sinüzitin oluş mekanizması tam bilinmemekle beraber bakterilerin bu olayda en önemli rolü oynadıkları düşünülmektedir. Son yıllarda nazal mukozaya kolonize olmuş S.aureus tarafından oluşturulan süper antijen özelliği gösteren toksinlerin sinüzit ile ilişkili inflamasyonun gelişiminde rol oynadığı konusunda hipotezler ileri sürülmüştür. Ayrıca S.aureus?ta bulunan protein A (SpA)?nın nazal dokuda histamin salınımına yol açması lokal allerjik reaksiyonlara neden olmaktadır. Bu etkileri nedeniyle S.aurues?un kronik sinüzit gelişiminde en önemli rolü oynadığı düşünülmektedir. Bu çalışmada, kronik sinüzitli hastalardan ve kontrol grubundan alınan endoskopik sinus biyopsi örnekleri ile burun sürüntüsü örneklerinde S.aureusbulunma sıklığı, izole edilen bakterilerde süper antijen niteliği gösteren toksin genlerinin varlığı, ayrıca bu bakterilerde SpA bulunma sıklığı ve düzeylerinin incelenmesi ve bu parametrelerin kronik sinüzit gelişimindeki rollerinin değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Kronik sinüzitli hastalardan alınan 30 biyopsi örneğinden 6?sında (%20) S.aureus üretilmişken, kontrol grubu örneklerinin hiçbirinde S.aureus üretilememiştir. Kronik sinüzitli 210 hastanın burun sürüntü örneğinin 44?ünde (%21), kronik sinüziti olmayan 442 hasta örneğinin ise 50?sinde (%11) S.aureus üretilmiştir. Hasta grubunda kontrol grubuna göre daha yüksek sayıda bakteri izole edilmiş ve aradaki fark önemli bulunmuştur. Realtime PCR yöntemiyle kronik sinüzitli hastalardan soyutlanan 50 S.aureus suşunun 27?sinde (%54) enterotoksin A, 16?sında (%32) enterotoksin B, 8?inde (%16) enterotoksin C ve 8?inde (%16) enterotoksin D geni saptanmışken, kontrol grubundan soyutlanan 50 S.aureus suşunun 23?ünde (%46) enterotoksin A, 12?sinde (%24) enterotoksin B, 7?sinde (%14) enterotoksin C ve 7?sinde (%14) enterotoksin D geni bulunmuştur. Hasta grubunda dört enterotoksin tipide daha fazla bulunmuş ancak kontrol grubu değerlerine göre bu fark istatistiksel anlamda önemli bulunmamıştır. Hasta grubundan izole edilen bakterilerde TSST-1 gen varlığı % 20 oranında bulunurken bu oran kontrol grubu bakterilerinde % 46 oranında bulunmuş ve bu fark önemli görülmüştür. Enzim immuno assay yöntemiyle hasta grubundan soyutlanan S.aureus suşlarının % 88?inin, kontrol grubundan soyutlanan S.aureus suşlarının ise % 90?ının SpA yaptığı saptanmış ve aradaki farkın önemsiz olduğu bulunmuştur. Hasta grubu stafilokoklarının üst sıvılarında ortalama 1171 pg/ml SpA bulunmuşken, kontrol grubu bakterilerinde bu değer 1248 pg/ml olarak belirlenmiş ve aradaki farkın önemli olmadığı görülmüştür. Sonuç olarak kronik sinüziti olan hastaların endoskopik sinus biyopsisi ve burun sürüntüsü örneklerinden kontrol grubuna göre daha yüksek sayılarda S.auerus üretilmiş ancak hastaların çoğundan bu bakteri soyutlanmadığı için bu bakterinin çok sayıdaki etken mikroorganizmadan sadece biri olduğu sonucuna varılmıştır. Hasta ve kontrol grubundan izole edilen stafilokoklarda saptanan enterotoksin ve TSST-1 geni bulunuş sıklığına göre bu ekzotoksinlerin de kronik sinzuit gelişimi için mutlaka gerekli olmadıkları anlaşılmıştır. Aynı şekilde bu bakterilerde belirlenen SpA bulunma oranları ve düzeylerine göre, SpA?nın kronik sinüzit gelişimi için mutlak bir şart olmadığı görülmüştür. Süper antijen niteliğindeki ekzotoksinlerin ve SpA?nın ortamda bulunması durumunda fizyolojik etkileri ile hastalık tablosunun alevlenmesine ve tablonun ağırlaşmasına neden olabilecekleri düşünülmüştür.
İshalli olgularda Microsporidia sıklığının calcofluor beyazı ve Uvitex 2B kemilüminesans boyama yöntemleriyle araştırılması ve moleküler tiplendirilmesi
Zorunlu hücre içi paraziti olan Microsporidia, ilk kez 1857? de Nageli tarafından tanımlanmıştır. Microsporidia şubesinde 170 cins ve 1.400 tür bulunmaktadır. Microsporidia? nın böcekler, balıklar ve memeliler gibi geniş bir konak yelpazesi vardır. Hayvanlar dışında insanları da enfekte edebildiği ve insanlarda hem semptomatik hemde asemptomatik olarak bulunabildiği gösterilmiştir. İnsanı enfekte eden sekiz cins bulunmaktadır. Bu cinsler; Anncaliia (Brachiola, Nosema), Encephalitozoon, Entrocytozoon, Microsporidium, Nosema, Pleistophora, Trachipleistophora ve Vittaforma? dır. Yapılan çalışmalarda HIV pozitif, immün süpresif, homoseksüel olan bireyler, seyahat edenler ve sağlıklı bireyler araştırma grubunu oluşturmaktadırlar. İnsanlarda en sık enfeksiyon oluşturan türler Encephalitozoon intestinalis ve Enterocytozoon bieneusi ` dir. Çalışmada iki farklı kemilüminesans boya olan Uvitex 2B ve Calcofluor ile Microsporidia sıklığının belirlenmesi ve moleküler olarak tiplendirilmesi amaçlanmıştır. Bu çalışmada 2011- 2012 yılları arasında Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Mikrobiyoloji Laboratuvarı? na ve Ankara Numune Eğitim ve Araştırma Hastanesi Mikrobiyoloji Labaratuvarı? na gönderilen 200 hastanın ishalli dışkı örnekleri ile çalışılmıştır. Dışkı örnekleri kemilüminesan boya olan Uvitex 2B ve Calcofluor yöntemleri ile boyanmış ve microsporidia sıklığı %38.5 (77/ 200) olarak saptanmıştır. Kemilüminesans boya olan Uvitex 2B ve Calcofluor arasında Microsporidia saptanma açısından istatistiksel olarak mükemmel bir uyum olduğu belirlenmiştir (Kappa= 0.881) Uvitex 2B ile Calcofluor? un mikroskop sahasındaki Microsporidia sporların sayısal yoğunluğuna ( az, çok) ve sporların parlaklıklarına ( soluk, parlak ) göre uyumlulukları istatistiksel olarak belirtilmiştir. İki boya arasında sayısal yoğunluğu açısından orta düzeyde uyum belirlenirken (Kappa= 0.354), sporların parlakları açısından herhangi bir uyuma saptanmamıştır (Kappa= 0.001). Çalışmada microsporidia sıklığının yaş grupları ve kliniklere göre anlamlı bir fark saptanmamıştır (p > 0.05). Cinsiyete göre microsporidia sıklığının kadınlarda (%50) erkeklere (%30.8) göre daha fazla olduğu saptanmıştır (p ? 0.05). Çalışmamızda Uvitex 2B ve Calcofluor ile pozitif saptanan 77 örnekte multipleks nested PZR yapılmış ve ilk basamakta cins ayrımı yapabilmek için E. bieneusi ve Encephalitozoon spp. olarak sınıflandırılmıştır ve yedi (%9.1) tane E. bieneusi, 70 (%90.9) tane Encephalitozoon spp.olarak belirlenmiştir. Microsporidia cinsleri göz önüne alındığında yaş, cinsiyet ve gönderilen kliniklere göre Microsporidia sıklığında istatistiksel olarak anlamlı bir fark saptanmamıştır (p ? 0.05) Çalışmamızda saptanan 70 adet Encephalitozoon spp. cinsi tür ayrımı yapabilmek için ikinci tur multipleks nested PZR ile E. intestinalis, E. cuniculi ve E. hellem olarak tiplendirilmiştir. Buna göre 70 adet Encephalitozoon spp.? de; 44? ü (%62.9) E. intestinalis, 22? si (%31.4) E. cuniculi, ve dördü ise (%5.7) E. hellem olarak belirlenmiştir. Encephalitozoon türlerinin yaş, cinsiyet ve kliniklerine göre sıklığında istatistiksel olarak anlamlı bir fark saptanmamıştır (p ? 0.05) Dışkı örneklerin Microsporidia tanısında kemilüminesans boya olan Uvitex 2B ve/ veya Calcofluor boyama yöntemlerinin ilk tarama testi olarak kullanılmasının yararlı olacağı sonucuna varılmış ve multipleks nested PZR yönteminin cins ve tür tayininde yararlı olduğu belirlenmiştir. Ülkemizde Microsporidia ile ilgili az sayıda çalışma bulunmaktadır. Yapılan çalışmalarda mikroskobik yöntemler kullanılmıştır. Bu çalışma ülkemizde multipleks nested PZR ile microsporidia tanısı tür tayininin yapıldığı ilk çalışmadır. Tedavi seçeneklerinin belirlenmesi ve Microsporidia epidemiyolojisi açısından türlerinin tespiti için moleküler yöntemlerin yaygınlaşması gerekmektedir. Anahtar sözcükler: Microsporidia, kemilüminesans boya, multipleks nested PZR
Farede oluşturulan Leishmaniasis modelinde konvansiyonel yöntemlerle enfeksiyon takibinin yapılması
Leishmaniasis, Dünya Sağlık Örgütü Tropikal Hastalıkları Araştırma Merkezi'nin önemli kabul ettiği altı hastalıktan birisidir. Bu hastalıkta; Visseral Leishmaniasis (VL), Kutanöz Leishmaniasis (KL) ve Mukokütanöz Leishmaniasis (MKL) olmak üzere üç farklı klinik tablo ortaya çıkmaktadır. VL; öldürücü leishmaniasis parazit hastalığı olup, tropikal ve subtropikal bölgelerde görülür. L.donovani Batı Afrika ve Hindistan?da, L.infantum ise Avrupa, Kuzey Afrika ve Latin Amerika?da yaygın suş olarak görülmekte olup, ilaca direncin giderek artması nedeniyle erken tanı, tedavide büyük önem taşımaktadır. VL tanısı zor ve invazivdir. Dalak aspirasyonu tanıda duyarlılığı yüksek olmasına rağmen hayati riski taşımakta, lenf ve kemik iliği aspirasyonu ise invaziv yöntemlerdir. Dünya Sağlık Örgütünün yayınladığı (Leishmaniasis Worldwide and Global Estimates of Its Incidence) raporunda her yılı yaklaşık 0.2 - 0.4 milyon VL vakası rapor edilmektedir. VL vakalarının %10 kadarı ölümle sonuçlanmaktadır. Tahmini olarak yılda 20.000 - 40.000 VL nedeniyle kişi hayatını yitirdiği bildirilmektedir. Çalışmamızda Leishmania infantum (MONI/EP126) suşu ile BALB/C farelerde VL fare modeli oluşturmak ve enfekte farelerdeki enfeksiyonun mikroskobik, kültür ve serolojik olarak ELISA yöntemiyle üç aylık sürede takibinin yapılması amaçlandı. Parazitin farklı promastigot formlarının immun yanıt üzerine etkisi, farelerdeki anti-leishmania IgG yanıtının ELISA yöntemiyle spektrofotometrik olarak saptanan OD düzeylerinin ölçümleriyle yapıldı.Enfektif fare grupları prosiklik promastigot (PP), metasiklik promastigot (MP) ve her iki formu içeren total promastigotlarla (TP) enfekte edildi. Aynı zamanda kontrol grubu olarak sağlıklı fareler kullanıldı. MP ile enfekte edilen grupta Geimsa boyama ve mikrokültür yöntemiyle PP formla enfekte edilen gruba göre daha erken enfeksiyon oluşturduğu tespit edilmiştir. Çalışmamızda aynı anda kan örneklerine uyguladığımız direkt mikroskobinin duyarlılığı %25 - 81.8 mikrokültür yönteminin ise duyarlılığı %72.5 - 100 arasında saptanmıştır. Mikrokültür yöntemi leishmaniasis tanısında kısa sürede sonuçlanan, pratik, güvenilir ve düşük maliyeti olan bir yöntem olup, direk mikroskobik incelemeye ve klasik kültür yöntemine göre daha üstündür. ELISA sonuçlarında birinci ayda üç grupta da kontrol grubuna göre antikor yanıtının yüksek olduğu, ancak birinci PP ve TP gruplarının OD düzeylerinin MP grubundan yüksek olduğu gözlenmiştir. İkinci ayda MP grubunun OD düzeyinin diğer iki gruptan da yüksek olduğu, üçüncü ayda ise MP ve TP gruplarının OD düzeylerinin PP grubundan daha yüksek olduğu saptandı. MP ile enfekte grupta ilk ayda diğer enfekte gruplara göre antikor düzeyinin daha düşük saptanması, enfeksiyon sonrasındaki ilk dönemde MP?in immun sisteminden kaçış mekanizmaları ve makrofaj içerisinde sinyal yolaklarını, gen ekspresyonu gibi fonksiyonları inhibe etmesinden kaynaklandığı düşünülmektedir. Deneysel çalışmalarda aşı üretimi için parazitin formlarının eldesi ve aşı hedefi olarak aday gen bölgelerinin belirlenmesi amacıyla faklı promastigot formların üzerinde çalışmaların sürdürülmesi faydalı olacaktır.