32
Archived Theses
0
DOIs Assigned
0%
DOI Rate
Discipline
Konya bölgesinde bovine papillomavirus kaynaklı siğillerin moleküler teşhisi
Bovine papillomaviruslar sığırlarda papillomatozis olarak adlandırılan bulaşıcı bir viral hastalığa neden olmaktadır. Bu tez çalışmasında Konya ilinde yetiştirilen sığırlarda papillomavirus varlığının moleküler varlığını ortaya koymak için yapılmıştır. Bu maksatla Konya ilinin Ahırlı, Bozkır ve Yalıhüyük ilçelerinde süt ve et üretimi amacıyla yetiştirilen 25 sığıra ait baş, boyun ve meme başı bölgelerinde gelişen toplam 25 papillom lezyonu örneklenmiştir. Bu lezyonlar, moleküler düzeyde konvansiyonel PCR yöntemi kullanılarak FAP 59/64 ve MY11/09 konsensüs primerleri ile analiz edilmiştir. FAP 59/64 primer çifti ile gerçekleştirilen analizlerde hiçbir örnekte pozitiflik saptanmazken, MY11/09 primeri ile yapılan incelemede 25 örneğin 2'sinde (%8) pozitif sonuç elde edilmiştir. Tüm örneklerde tip spesifik primerler kullanılarak gerçekleştirilen ikinci aşama analizde, 25 örneğin 24'ünde (%96) Bovine Papillomavirus (BPV) tipleri tespit edilmiştir. Hiçbir örnekte BPV-3, BPV-5 ve BPV-11 tiplerine rastlanmamıştır. Tip spesifik primerlerle belirlenen BPV tipleri; BPV-1, BPV-2, BPV-4, BPV-6, BPV-8, BPV-9, BPV-10 ve BPV-12 olarak saptanmıştır. Genel dağılımda en yaygın tipin BPV-12 (%95,83) olduğu belirlenmiştir. Tip spesifik primerler ile pozitif sonuç veren 24 örneğin 19'unda (%79,16) birden fazla BPV tipi ile ko-enfeksiyon tespit edilmiştir. Ko-enfekte örneklerde ikili, üçlü ve dörtlü tip kombinasyonlarının bulunduğu belirlenmiş olup, bunlar arasında en sık ikili ko-enfeksiyonlar (%50; 12 örnek) gözlenmiştir. Makroskobik inceleme sonucunda lezyonların %52'si tipik morfolojik formda değerlendirilmiştir. Lezyonların makroskobik görünümü, anatomik lokalizasyonu ve tespit edilen BPV tipleri arasında istatistiksel olarak anlamlı bir ilişki bulunmamıştır (p>0,05). Sonuç olarak Konya ilinde yetiştirilen sığırlarda papillomatozis hastalığına neden olan çeşitli BPV tiplerinin mevcut olduğu belirlenmiştir.
BCoV ile enfekte hücrelerde ivermectin'in antiviral aktivite ve bazı sitokin seviyeleri üzerine İn Vitro etkisi
Bovine coronavirus (BCoV), sığırlarda enterik ve solunum yolu hastalıklarına neden olan önemli bir viral etkendir. BCoV'nin çeşitli hayvan hastalıklarına yol açması, insan coronavirusları ile yakın ilişkili olması nedeniyle hem sığır yetiştiricileri hem de araştırmacılar tarafından büyük ilgi görmektedir. Günümüzde BCoV enfeksiyonlarının kontrolü için etkili antiviral tedavi seçenekleri sınırlıdır. Bu çalışmada, İvermectin'in (IVM) BCoV ile enfekte Madin-Darby Bovine Kidney (MDBK) hücrelerindeki antiviral aktivitesi ve Tümör nekrozis faktör-α (TNF-α), Interferon Regulatory Factor 3 (IRF-3), interferon- γ (IFN-γ), Nuclear Factor kappa β (NF-Kβ), interlökin-1β (IL-1β), interlökin-10 (IL-10), interferon-β (IFN-β) ve interlökin-8 (IL-8) gibi sitokinler üzerindeki immünmodülatör etkilerinin in vitro olarak değerlendirilmesi amaçlandı. Ayrıca, elde edilen veriler doğrultusunda, hücre kontrol (HK), virus kontrol (VK), madde kontrol (MK), IVM+BCoV gibi gruplar arasında gen ekspresyon seviyelerinin karşılaştırmalı analizi yapılarak, hücre hatlarında salınan ve inhibe olan sitokinlerin işlevsel rollerinin ortaya konulması hedeflendi. Bu bağlamda, öncelikle sitotoksik olmayan IVM konsantrasyonunun (5 µM) BCoV'un hücreye tutunma ve replikasyon aşamalarındaki antiviral etkinliği, titrasyon testi kullanılarak değerlendirildi. Bununla birlikte, IVM'nin BCoV ile enfekte hücrelerde yukarıda belirtilen sitokin seviyeleri üzerindeki immünmodülatör etkileri, real-time quantitative Polymerase Chain Reaction (Real time-qPCR) kullanılarak 2-ΔΔCt yöntemi ile incelendi. Bu araştırmada IVM'nin BCoV replikasyonunu ortalama %95,6 oranında inhibe ettiği ve proinflamatuar sitokinlerden özellikle IL-8 ve IL-1β'yı düzenleyerek bağışıklık yanıt üzerine etki gösterebileceği ortaya kondu. Çalışılan tüm grupların hücresel gen ekspresyon düzeylerindeki kat değişimleri zamana ve kıyaslandığı gruba bağlı olarak oldukça farklılık gösterdi. Sonuç olarak, bu çalışmanın, gelecekte yapılması planlanan invivo ve klinik çalışmalara temel oluşturabileceği ve BCoV enfeksiyonlarına yönelik tedavi yöntemlerine antiviral ve/veya immünmodülatör olarak katkı sağlayabileceği ifade edilebilir.
Feline herpesvirus 1 (FHV-1) enfeksiyonlarının virolojik ve serolojik olarak araştırılması
Feline herpesvirus tip 1 (FHV-1) Herpesviridae ailesinin Alphaherpesvirinae alt ailesinin Varicellovirus genusunda yer alan, çift iplikcikli ve zarf içeren bir virusdur. Etken özellikle üst solunum yollarında ve korneada replike olarak rhinitis ve konjuktivitisin yaygın olduğu üst solunum yolu ve göz enfeksiyonlarına neden olmaktadır. FHV-1 diğer Alphaherpesviruslarda olduğu gibi primer enfeksiyonun ardından ganglionlarda yaşam boyu latent kalabilmektedir. Latent enfekte kediler virus taşıyıcısı ve saçıcısı olarak rol oynamaktadır. Araştırmada solunum yolu enfeksiyonu klinik belirtilerine sahip kedilerden toplanan solunum salgı ve svap örneklerinde FHV-1 antijen varlığı, hızlı test ve PCR ile araştırılmıştır. Bu çalışma ile hastalığın solunum yolu enfeksiyonları arasında prevalansının değerlendirilmesi ve laboratuvar imkanlarının sınırlı olduğu saha şartlarında kullanımı son yıllarda gittikçe artan hızlı test kitlerinin duyarlıklarının belirlenmesi amaçlandı. Ayrıca solunum yolu enfeksiyonu klinik belirtileri göstermeyen hayvanlardan kan örneklemeleri de alınarak hayvanların FHV-1 yönünden seroprevalansının ortaya konulması amaçlandı. Araştırmada, solunum yolu enfeksiyonu belirtileri gösteren 45 adet kedinin oküler/nasal svabı PCR ve hızlı test ile, sağlıklı görünen 92 kedinin ise serum örnekleri ELISA yöntemi ile analiz edildi. PCR testiyle 45 svap örneğinden 17'sinde (%38) FHV-1 DNA'sı pozitif saptandı. Hızlı test kitiyle aynı örneklerden 10'u pozitif bulundu. Her iki test karşılaştırıldığında istatistiki olarak anlamlı bir ilişki bulunamadı. Prevalans araştırması için kullanılan antikor ELISA testinde, sağlıklı görünen 92 kedinin 80'inde (%87) FHV-1'e karşı antikor pozitifliği saptandı. Bu çalışma, FHV-1'in üst solunum yolu enfeksiyonlarının önemli bir etkeni olduğunu ve klinik olarak belirti göstermeyen kedilerde de yüksek oranda seropozitiflik bulunduğunu ortaya koymuştur. Sonuç olarak klinik pratiğe yönelik çalışmalarda, tanı testlerinin güvenilir testlerle birlikte kullanılması gerektiği kanısına varılmıştır.
Sığırlarda bovine viral diyare virusunun (BVDV) saptanması, moleküler karakterizasyonu ve BVDV genotiplerinin araştırılması
Sığırların viral ishali (Bovine viral diarrhea -BVD), Flaviviridae ailesindeki Pestivirus genusunda yer alan bovine viral diyare virusu (BVDV) tarafından oluşan, sığırlarda sindirim, solunum ve reproduktif bozukluklara neden olan ve akut, subklinik ve persiste seyredebilen bir hastalıktır. Persiste infekte (Pİ) hayvanların tespitindeki güçlükler, bu hayvanların sürü içinde devamlı virusu yayması ve BVDV kontrol programlarının eksik uygulandığı durumlarda, BVDV infeksiyonunun prevalansı çiftlik bazında ve bölgesel bazda yüksek olabilmektedir. BVDV pozitif hayvanların tespit çalışmalarının yapılmaması ve BVDV'nin eradikasyonu ile ilgili strateji ve programların etkin bir şekilde oluşturulamamasından dolayı, hayvanlarda süt veriminde azalma, bağışıklığın düşmesi ile sekonder infeksiyonların oluşması, üreme performansının azalması ve doğum anomalileri gibi sebeplerle ekonomik kayıplar oluşmaktadır. Bu çalışmada, Trakya'da bulunan sığırlarda BVDV'nin real time RT-PCR ile saptanması, moleküler karakterizasyonu, sığırlarda sirküle olan genotiplerin belirlenmesi ve virusun izolasyonu amaçlandı. Bu amaca yönelik olarak Marmara Bölgesi, Trakya'daki sığır çiftlikleri ziyaret edildi. Ziyaret edilen çiftliklerde bulunan, solunum problemleri ve ishal semptomları gözlenen 533 hayvandan nazal svab ve dışkı örnekleri alındı. Bu hayvanlardan 258 adetinde sadece solunum problemi, 156 tanesinde sadece ishal ve 119 adetinde ise ishal ile birlikte solunum problemleri gözlendi. Örneklerin real time RT-PCR ile incelenmesini takiben, pozitif bulunan örneklerden RT-PCR yapılarak sekans ve filogenetik analizler yapıldı. Ct değeri düşük olan örneklerden MDBK hücre kültüründe virus izolasyonu çalışmaları yapıldı. Çalışmada, görülen semptomlara istinaden dışkı svabı alınan 274 örnekten 50'sinde (%18.2) ve nazal svab alınan 259 örnekten 45'inde (%17.4) real time RT-PCR testi ile Pestivirus-RNA'sı saptandı. Filogenetik analizler sonucunda sekanslanan 9 tanesinin BVDV-1a subgenotipi, 1 tanesinin BVDV-1f subgenotipi ve 1 tanesinin de BVDV-3 genotip olduğu bulundu. Nazal svabların bir tanesinden BVDV-1f subgenotipi izole edildi. Sonuç olarak, real-time RT-PCR testinin çiftliklerde BVDV varlığının saptanması için ilk tarama testi olarak kullanılmasında yarar vardır. Ülkemizin diğer bölgelerinde olduğu gibi Trakya'da da BVDV-1a ve BVDV-1f subgenotipleri sirküle olmaktadır. Bu çalışma BVDV-3 genotipinin Trakya'da varlığına dair ilk rapordur. Elde edilen verilerle bu tez çalışması, ilerleyen yıllarda Türkiye'de BVD hastalığının takibi ile ilgili yapılan çalışmalara ve bölgesel bazda yapılabilecek koruma-kontrol çalışmalarına katkı sağlayacaktır.
Sığırlarda ı̇nfluenza D vı̇rusunun saptanması, ı̇zolasyonu, moleküler karakterı̇zasyonu ve oluşan ı̇mmun yanıtın araştırılması
İnfluenza D virusu (IDV) sığırlarda solunum yolu infeksiyonlarına neden olmaktadır. Dünya çapında farklı ülkelerde ve ülkemizde tespit edilen IDV, farklı oranlarda morbidite göstermiş ve sığırlarda önemli ekonomik kayıplara neden olan sığırların kompleks solunum yolu hastalığı (Bovine Respiratory Disease Complex=BRDC) ile ilişkili bulunmuştur. Günümüzde henüz IDV aşısı yoktur ve bu nedenle IDV için uygulanan koruma ve kontrol stratejileri hijyen ve iyi yönetim uygulamaları şeklinde yapılmaktadır. Bu tez çalışmasında IDV'nin saptanması, izolasyonu, moleküler karakterizasyonu ve immun yanıtının araştırılması amacıyla ülkemizde Marmara Bölgesi'nden örnekler toplandı. Solunum yolu hastalık belirtileri gösteren sığırlardan (n=279) alınan nazal svab ve kan örneklerinde moleküler ve serolojik yöntemler kullanılarak İnfluenza D virusu ve oluşan immun yanıt araştırıldı. Real time RT-PCR ile IDV yönünden pozitif bulunan örneklerde HRT-18 hücreleri ve embriyolu tavuk yumurtaları kullanılarak virus izolasyon çalışmaları yapıldı. Virus izolasyonu sonrasında kısmi ve tüm HEF geni temelinde sekanslama yöntemi ile filogenetik analizler gerçekleştirildi. İzole edilen virusun hemaglutinasyon (HA) titresi belirlendi ve viral proteinleri SDS-PAGE ile ayrıştırıldı ve protein bantları görüntülendi. Alınan kan örneklerinde antikor taraması amacıyla ELISA testi yapıldı. Antikor tespiti yapılan serum örneklerinde hemaglütinasyon inhibisyon (HI) testi ile titre tespiti gerçekleştirildi. Yüksek HI titresi saptanan bir serumla, IDV infeksiyonu sonucu oluşan antikorların virusun hangi ağırlıktaki (kDa) proteinlerine karşı immun yanıt oluşturduğu Western blotting yöntemiyle araştırıldı. Yapılan çalışmalar sonucunda, solunum sistemi belirtileri gösteren 279 sığırdan toplanan nazal svab örneklerin 5 tanesinde IDV-RNA'sı tespit edildi (%1,79). RT-PCR ile pozitif bulunan örneklerle HRT-18 hücre kültüründe ve embriyolu tavuk yumurtasında virus izolasyonu çalışması yapıldı. Beş (5) nazal svab örneğinden IDV izole edildi. Bu örneklerin hepsinde kısmi HEF geni ve 4 tanesinde tüm HEF geni sekanslandı. IDV'nin HEF genine ait farklı bölge ve ülkelerden araştırmacıların bildirdiği sekanslar GenBank'tan temin edildi ve bu tez çalışmasında elde edilen sekans dizileri ile filogentik analiz yapılarak soyağacı oluşturuldu. Pozitif saptanan örneklerden 2020-2021 yıllarında toplanan örnekler D/OK genogrubunda kümelenirken 2024 yılında toplanan örnekler D/Yama2019 genogrubunda kümelendiği bulundu. ELISA ile yapılan antikor tarama çalışmalarında, 279 hayvana ait serumlardan 79 tanesinde IDV antikorları tespit edildi (%28,3). Antikor saptanan örneklerde hemaglutinasyon inhibisyon testi yapılarak bu serumların HI titreleri belirlendi. Serum örneklerinde HI değerleri 128-512 HI ünitesi arasında değişkenlik gösterdi. İzole edilen virusun SDS-PAGE yöntemiyle viral proteinleri ayrıştırıldı ve bantlar görüntülendi. Yüksek HI titresi saptanan bir serumla yapılan Western blotting ile antikorların virusun hangi kDa proteinlerine bağlandığı araştırıldı ve IDV'nin 100 kDa civarında bir proteinine bağlandığı tespit edildi. Sonuç olarak, Marmara Bölgesi'nde sirküle olan IDV'lerin ülkemizde izolasyonu ilk kez yapıldı ve viruslara karşı oluşan serolojik yanıt ELISA, HI ve Western blotting ile ilk kez araştırıldı ve yüksek oranda (%28,3) seropozitiflik bulundu. Western immunobloting çalışmalarında saha infeksiyonu sonucu oluşan antikorların IDV'nin 100 kDa ağırlığındaki proteinine karşı reaksiyon verdiği görülmüş olması, aşı çalışmalarında bu proteinin dikkate alınması gerekliliğini ortaya koymuştur. Ayrıca, HEF geninin tüm genom çalışmaları sonucunda, virusun D/OK ve D/Yama2019 suşuna benzer olduğu tespit edildi. Bu nedenle, ülkemize özgün otojen aşı üretilmesi durumunda bu virusların kullanılması aşılama stratejileri açısından önem arz etmektedir.
İnsan ve hayvanlarda kullanılan bazı antibakteriyel ve antiparaziter ilaçların insanların DNA'lı ve RNA'lı viruslarına karşı antiviral etkinliklerinin araştırılması.
Viral enfeksiyonlara karşı antiviral tedavide kullanılan etken maddelerin sınırlı olması ve yeni antivirallerin geliştirilmesinin uzun sürmesi COVID-19 pandemisinde de görüldüğü gibi antiviral sınıfında olmayan ilaçların denenmesini zorunlu kılmıştır. Bu tedavi denemelerinde bazı antibiyotiklerin, antiparaziterlerin, antioksidanların da antiviral tedavide etkili sonuç verme potansiyelleri görülmüştür. Bu çalışmada veteriner hekimlikte kullanılan antiparaziterlerden ivermektin (IVM) (Ağırlıklı olarak veteriner tıbbında kullanılsa da insanlarda da kullanımı var.) ve selamektin (SLM) ile antibiyotiklerden enrofloksasin ve tulatromisinin etken maddelerine ek olarak; hem beşeri hem de veteriner tıpta kullanılan azitromisinin insanlarda enfeksiyona neden olan bazı viruslar (Human HSV-1, Human Adenovirus ve Human Poliovirus) ile Coronaviridae ailesinden de Sığır coronavirusu üzerindeki antiviral etkinlikleri in-vitro olarak araştırıldı. Bunun için önce etken maddelerin hücre kültürlerinde canlılık etkinliği oranları saptandı ve sonra antiviral etkinlik için üç farklı yöntem kullanıldı. Yöntem 1'de virusla etken madde bir saate temas ettirildikten sonra virus-etken madde karışımı hücreye verildi. Yöntem 2'de hücreye virus eklendi, bir saat inkübasyondan sonra etken madde hücreye eklendi. Yöntem 3'te hücreye etken madde eklenip bir saat temas ettirildikten sonra etken madde uzaklaştırıldı ve hücreye virus eklendi. Test sonuçları hücrelerdeki sitopatik etkiler (CPE) gözlemlenerek değerlendirildi ve sonuçlar Sperman-Karber metoduna göre hesaplandı. Her bir test dört tekrarlı olarak yapıldı ve ortalama TCID50 log. değerlerindeki azalmalara göre; HAdV için yöntem 2 antiviral etkinlikte ivermektinin etkinliğinin en yüksek olduğu bulundu (Ortalama 4,25 log inhibisyon). HSV-1 için yöntem 1 antiviral etkinlik deneyinde IVM ve SLM en etkili bulundu (Ortalama 6 log inhibisyon). Human Poliovirus için yöntem 2 antiviral etkinlik deneyinde AZM en etkili bulundu (Ortalama 3.75 log inhibisyon). BCoV için sadece yöntem 1 antiviral etkinlik testinde tüm ilaçlar en fazla 1.25 log inhibisyona neden olduğu saptandı. COVID-19 pandemisi gibi yeni pandemilerde ya da antivirallerin yetersiz kalındığı durumda veteriner hekimlikte ticari olarak satılan ve kullanılan bu ilaçların etken maddelerinin beşeri tıp için de geliştirilmesi ve AR-GE çalışmalarında kullanılması düşünülmelidir.
Yumurtacı tavuklarda Gumboro hastalığına karşı farklı aşılama stratejilerinde aşı etkinliğinin ve potansiyel aşı genotiplerinin araştırılması
İnfeksiyöz bursal hastalık ya da Gumboro hastalığı, kanatlı endüstrisinde ciddi ekonomik kayıplara neden olan viral bir infeksiyondur. Kanatlı endüstrisinin gelişmiş olduğu Avrupa, Amerika, Afrika, Avusturalya ve Asya ülkelerinde infeksiyonun varlığı bildirilmiştir. Epidemiyolojik çalışmalar, yıllar içinde varyant ve reasortant suşların baskın hale gelmeye başladığını göstermiştir. Virus, kanatlılarda bağışıklık sisteminin önemli bir bileşeni olan bursa Fabricius'ta ve lenfositlerde meydana getirdiği malformasyonlarla bağışıklık sisteminin baskılanmasına ve infekte olan hayvanların patojenlere karşı dirençsiz kalmasına neden olmaktadır. Tüm dünyada infeksiyöz bursal hastalıkla mücadele etmek için aşılama uygulamaları yapılmaktadır. Buna karşın halen tek ve doğru bir aşılama stratejisi bildirilmemiştir. Bu tez çalışmasında Gumboro hastalığına neden olan İnfeksiyöz Bursal Hastalık Virusunun (Infectious Bursal Disease Virus =IBDV) Reverse Transcriptase Polimerase Chain Reaction (=RT-PCR) ile tanısı, virusun VP-2 geninin RT-PCR ile çoğaltılıp sekans ve filogenetik analizleri yapılarak ülkemizdeki ve diğer ülkelerde bulunan IBDV viruslarının genlerinin karşılaştırılması, tespit edilen Çok Virulent İnfeksiyöz Bursal Hastalık (Very Virulent Infectious Bursal Disease Virus =vvIBDV) suşlarından izolasyon çalışmasının yapılması ve potansiyel aşı suşlarının ortaya konulması hedeflenmiştir. Yapılan RT-PCR analizlerinde incelenen 70 adet örneğin 33'ünde pozitiflik saptanmıştır. Marmara Bölgesi'nde %50, Ege Bölgesi'nde %60, İç Anadolu Bölgesi'nde %25 oranda pozitif sonuç elde edilmiştir. Bununla birlikte, çiftliklerden toplanan serum örnekleriyle farklı aşılara karşı gelişen antikor yanıtlarının karşılaştırılması yapılmıştır ve bu serum örneklerinin tamamında seropozitiflik saptanmıştır. Yapılan filogenetik incelemeler neticesinde üç çiftlik, yapılan aşı uygulamalarıyla uyumlu olarak referans aşı suşlarıyla aynı grupta yer almıştır. Bir çiftlik, vvIBDV referans suşlarıyla yakınlık göstermiştir. Bir çiftlik ise uygulanan aşı suşundan farklı bir aşı suşu ile yakınlık göstermiştir.
Ege Bölgesinde yetiştirilen sparus aurata (çipura)türlerinde lenfokistis hastalığının moleküler yöntemlerle araştırılması
Sparidae familyasının bir üyesi olan çipura (Sparus aurata), doğal olarak Akdeniz bölgesinde ve Britanya Adaları'ndan Güney Senegal'e kadar olan bölgede bulunur. Türkiye, Yunanistan ve İspanya, Akdeniz'deki çipura üretiminin %70'inden fazlasını oluşturan başlıca ülkelerdir. Lenfokistis hastalığı (LCD), Güney Atlantik ve Akdeniz bölgelerindeki çipura çiftliklerinde en sık bildirilen viral infeksiyondur. LCD, balıkların bağ dokusunda fibroblastik hücrelerin hipertrofisine neden olan, dermiste ve bazen iç organlarda beyazımsı, kırmızımsı veya gri renkli hipertrofik fibroblastik hücre nodüllerinin oluşmasıyla karakterize, kendi kendini sınırlayan bir hastalıktır. Lenfokist veya lenfokistis hücreleri olarak adlandırılan bu hipertrofik hücreler genellikle deride ve yüzgeçlerde görülür, ancak bazı iç organlarda da (mide, dalak, karaciğer, böbrek ve kalp) tanımlanmıştır. Çipurada, LCD ile ilişkili lezyonlar yalnızca etkilenen balıkların derisinde ve yüzgeçlerinde gözlemlenmiş ve genellikle su sıcaklığına bağlı olarak 20-45 gün sonra kaybolduğu rapor edilmiştir. Bu çalışmada Türkiye'nin kültür balıkçılığının dolayısı ile çipura (Sparus aurata) üreticiliğinin yoğunlaştığı Muğla, Aydın ve İzmir illerindeki balık çiftliklerinden elde edilen klinik semptom gösteren ve subklinik vaka şüphesi olan örneklerde LCD virusu moleküler yöntemlerle araştırılmıştır. Bahsedilen 3 ildeki 6 kültür balıkçılığı işletmesinden 2 ayrı sezonda elde edilen toplam 298 numune soğuk zincirde İÜC (İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa) Veteriner Fakültesi Viroloji laboratuvarına ulaştırılmış, DNA ekstraksiyonlarını takiben PCR, sekans analizleri ve filogenetik incelemeleri yapılmıştır. Elde edilen bulgular lenfokistis hastalığının ülkemizde çipura yetiştiriciliğinin yapıldığı Muğla, Aydın ve İzmir İllerindeki çiftliklerde yoğun olarak gözlemlendiği ve ekonomik kayıplara yol açabileceğini göstermiştir. Balıkların LCDV yönünden gerçek zamanlı PCR ile taranması, özellikle deri lezyonu olmayan ama kontamine sulardaki subklinik infeksiyonu ortaya koymuştur. PCR ve sonrasındaki dizileme çalışmaları ile virusun sahadaki suşları belirlenmiştir. Bu bulgular daha sonraki aşı hazırlama stratejilerine veri girişi sağlayacaktır.
Ruminant parapox virus arşiv materyallerinde ORFV011 (B2L), ORFV059 (F1L), ORFV020 (VIR), ORFV127 (VIL-10) genlerinin moleküler tekniklerle araştırılması
Poxviridae ailesinin Parapoxvirus genusunda yer alan ve ruminantları enfekte eden viral etkenler, aynı zamanda zoonotik öneme sahiptirler. Parapoxvirus genusu üyeleri; koyun ve keçiler başta olmak üzere, sığır ve diğer ruminant türlerinde de enfeksiyon meydana getirmeleri yanısıra, çiftçiler, hayvan bakıcıları, veteriner hekimler gibi hayvanlarla çalışan insanlar için de risk oluşturmaktadır. Bu yüksek lisans tezinde, arşiv materyallerinde Poxviridae ailesinin Parapoxvirus genusunda bulunan viral etkenlerin, nükleik asit temelli PCR tekniği kullanılarak araştırılması hedeflenmiş olup, bu amaçla Parapoxvirusların 4 adet gen bölgesine (ORFV011-B2L, ORFV059-F1L, ORFV020-VIR ve ORFV127-vIL-10) spesifik primerler kullanılarak arşiv materyalleri (n=10) PCR ile araştırılmıştır. Tüm pozitif örnekler ilgili gen bölgelerine yönelik olarak dizin analizine tabi tutulmuştur. Yapılan filogenetik analizler ile GenBank veri tabanında bulunan hem cinsleri ile yakınlık ve uzaklıkları belirlenmiştir. Bu retrospektif çalışma sayesinde 2003 ila 2021 yılları arasında sirküle olan saha viruslarının değişimleri araştırılmıştır. Bu tez çıktılarının, Türkiye'de sirküle olan saha viruslarının yaklaşık 20 yıllık geçmişine ışık tutucu verilerinin; parapoxvirusların mücadelesinde kullanılabilecek programlara hizmet edeceği kanaatindeyiz.
Canine Parvovirus-2 ile doğal enfekte köpeklerin klinik ve hematolojik verileri ile hastalık prognozu arasındaki ilişkinin değerlendirilmesi
Amaç: Bu araştırma, Canine Parvovirus-2 ile doğal enfekte köpeklerin klinik ve hematolojik verileri ile hastalık prognozu arasındaki ilişkinin değerlendirilmesi amacıyla yapıldı. Gereç ve Yöntem: Araştırmanın hayvan materyalini, Aydın İlinde bulunan Aydın Yaprak Veteriner Kliniği ve diğer serbest veteriner kliniklerine getirilen, farklı ırk, yaş ve cinsiyetten parvoviral enteritli 50 köpek oluşturmuştur. Hasta hayvanlar hızlı test kiti ile tespit edilmiş olup, genel muayene bulguları kaydedilmiştir. Devamında hematolojik olarak değerlendirilip tedaviye alınmıştır. Tedavi süresi boyunca iyileşme ve ölüm oranları günlere göre tespit edilmiştir. Tüm bu bulgular kayıt altına alınmıştır. Bulgular: Köpeklerin %76 'sı tedaviye yanıt vermiş ve iyileşmiştir. Köpeklerin hastalığa yakalanma yaşı ortalama olarak 4,34 aylık olduğu belirlenmiştir. Köpekler %68 oranında erkek, %32 oranında ise dişi cinsiyettedir. Köpekler %56 oranında saf ırk, %44 oranında ise melez ırktır. Vakaların neredeyse tamamına yakını Yaz ve Sonbahar aylarındadır. Köpeklerin tamamında iştahsızlık, konjunktivada solgunluk, değişen derecelerde dehidrasyon vücut kondisyonunda azalma ve hemorajik ishal tespit edilmiştir. Köpeklerin ortalama vücut sıcaklığı 38,2°C'dir. WBC değeri 7,46 (10^9/L), lenfosit 18,30 (%), monosit 9,16 (%), RBC 6,18 (10^12/L), HGB 13,29 (g/dL), HCT 38,9 (%), PLT 393,93 (10^9/L), RDW 16,01 (%), MCV 62,07 (fL), MCHC ise 354,28 (g/L) olarak tespit edilmiştir. Sonuç: Parvoviral enteritis yavru köpekler için oldukça bulaşıcı ve öldürücü bir hastalıktır. Şiddetli klinik bulgular ve hematolojik olarak Lökopeni ile seyretmektedir. Anahtar kelimeler: Canine Parvovirus-2, Köpek, Canine Parvovirus.
Buzağılarda norovirus enfeksiyonunun virolojik olarak araştırılması
Amaç: Bovine Norovirus (BNoV) ve Bovine Nebovirus (BNeV), birlikte Bovine Enteric Calicivirus (BEC) olarak isimlendirilir. BEC'ler buzağılarda duodenum ve jejenum villöz epitel hücrelerini etkileyerek hemorajik olmayan enterit, diyare, iştahsızlık, anoreksi ve malabsorpsiyon gibi semptomlara sebep olur. Fekal-oral yolla bulaşan bu viruslar genellikle mix enfeksiyon şeklinde seyreder. Buzağı ishalleri gelişim geriliği, bu eksikliği kapatmak için kullanılan tamamlayacı yemler, ölüm ve ilerleyen dönemde düşük süt verimi gibi ciddi ekonomik kayıplara neden olur. Bu çalışmada, Aksaray ve Aydın illerinde bulunan ve ishal vakaları görülen sığırlarda (BNoV) ve BNeV enfeksiyonlarının moleküler virolojik olarak araştırılması amaçlanmıştır. Bunun yanı sıra hastalığın görülmesinde yaş, cinsiyet, ırk faktörlerinin etkileri araştırılmıştır. Gereç ve Yöntem: Aksaray ve Aydın illerinde sığır yetiştiriciliği yapan küçük aile işletmeleri ve entansif işletmelerdeki ishal klinik belirtisi olan buzağılar ve 1 yaş üstü sığırlardan toplam 103 adet dışkı örneği alındı. Aksaray ilindeki buzağılardan 71 örnek alınırken, Aydın ilinde ise ishal vakalarının gözlendiği bir organize süt sığırcılığı işletmesinden bir yaş altı ve bir yaş üstü sığırlardan 32 örnek alındı. Alınan örnekler, virusların RdRp bölgelerini hedef alan nested RT-PCR yöntemi ile test edildi. Pozitiflik tespit edilen örnekler arasından seçilen 8 örneğin PCR ürününün Sanger yöntemi ile kısmi RdRp bölgesinin dizi analizleri yapıldı. Bulgular: Nested RT-PCR yöntemi ile test edilen toplam 103 örneğin 26 tanesi (%26,2) BNoV yönünden, 2 tanesi (%1,9) BNeV yönünden pozitif bulundu. Aksaray ilinden toplanan 71 örnekten 3 tanesi (%4,3) BNoV yönünden, 2 tanesi (%2,9) BNeV yönünden pozitif tespit edildi. Aydın ilinden alınan 32 örneğin 23 adedinin (%71,8) BNoV yönünden pozitif olduğu saptandı. Aksaray ilinde tespit edilen BNoV ve BNeV pozitif örneklerin dizi analizi sonucu, sırasıyla BNoV GIII-genotip I ve BNeV Nebraska grubunda olduğu belirlendi. Aydın ilinde bulunan BNoV pozitif örneklerin ise GIII.2 grubunda olduğu belirlendi. İstatistik analizleri ile yaş, cinsiyet, ırk yönünden enfeksiyon oranları incelendiğinde, 6 aydan büyük hayvanlarda ve dişilerde BNoV enfeksiyon oranının arttığı, ırklar arasında ise anlamlı bir farklılık tespit edildi. Sonuç: Aksaray ve Aydın illerinde sırasıyla BNoV'nin GIII-1 ve GIII-2 genotipleri tespit edilmiştir. Ayrıca, çalışmada buzağıların bir enfeksiyonu olarak kabul edilen BNoV enfeksiyonu için, ırklar arasında duyarlılık farklarının olabileceği, dişilerde daha sık görülebileceği ve virus, konakçı ve çevre faktörlerine bağlı olarak her yaştaki hayvanlarda rastlanabileceği, gözlenmiştir. Çalışma ve literatür verileri, BNoV enfeksiyonlarının her geçen gün daha sık görüldüğünü ve büyükbaş hayvan yetiştiriciliği için önemli bir potansiyel tehlike olabileceği kanısını desteklemektedir. İshal vakalarında BEC enfeksiyonlarının göz ardı edilmemesi gerektiği ve bu enfeksiyonlara karşı önlemlerin alınması ve mücadele stratejilerinin geliştirilmesinin gerekli olduğu sonucuna varılmıştır. Bu virusların diğer enfeksiyöz ajanlarla birlikte bulunduğu durumlarda daha kolay yayılma ve daha şiddetli seyretme ihtimali olduğundan dolayı çiftliklerde bakım ve hijyen koşullarına dikkat edilmesi önerilebilir. Anahtar kelimeler: Bovine Norovirus, Buzağı, İshal, Nebovirus, RT-PCR.
Hatay ilinde halk elinde yetiştirilen mandalarda pestivirus enfeksiyonunun virolojik ve serolojik metotlarla araştırılması
Hatay ili Kırıkhan ilçesinde halk elinde yetiştirilen 18 adet aile tipi işletmelerdeki sağlıklı görünüşlü 3 aylıktan büyük 150 adet mandadan tesadüfi örnekleme yoluyla serum ve 100 adet genital sürüntü örneği alındı. Yapılan çalışmada sağlıklı görünümlü mandalardan alınan kan ve sürüntü örneklerinin hiçbirinde pestivirus nükleik asiti tespit edilmedi. Araştırmada örneklenen 150 mandadan 84 adedinde (%56) pestivirus spesifik antikor varlığı saptandı. Genel olarak işletme düzeyindeki seropozitiflik oranları %0-100 arasında belirlendi. Yetiştirme tiplerine göre, hem karma hem de sadece manda yetiştiriciliği yapılan işletmelerde %56 seropozitiflik oranları tespit edildi. Seropozitif hayvanlardan, dişi hayvanların %58'i (47/81) ve erkek hayvanların %53,6'sında (37/69) virus spesifik antikor varlığı saptandı. Yaş gruplarına göre, 3-6 aylık yaşlılarda %45,7 (16/35) ve 6 aylıktan büyük mandaların %59,1 (68/115)'inde seropozitiflik tespit edildi. Yapılan çalışmanın sonucu olarak ülkemizde farklı bir ruminant türü olan mandalarda pestivirus enfeksiyonunun yüksek yaygınlığa sahip olduğu gösterilmiştir. Gelecekte enfeksiyonun manda popülasyonundaki epidemiyolojik dinamiklerinin daha iyi anlaşılmasını sağlayacak geniş ölçekli epidemiyolojik çalışmalara ihtiyaç duyulmaktadır.
Goose parvovirus (GPV) VP2 geni temelli rekombinant subunit proteinin üretilmesi
İlk kez 1960'lı yıllarda Avrupa'da Derzsy's hastalığı olarak tanımlanan Goose parvovirusu (GPV), su kuşu endüstrisinde büyük ekonomik kayıplara ve yüksek mortalitelere sebebiyet vermektedir. Bu nedenle hastalıkla mücadele noktasında korunma/kontrol hedeflerinin oluşturulması oldukça önemlidir. GPV genomu yaklaşık 5.1 kilobaz (kb) uzunluğunda olup iki açık okuma çerçevesi (ORF) içerir. Virüsün yapısal proteinleri olan VP1, VP2 ve VP3 aynı ORF'nin alternatif uçbirleştirme (splicing) mekanizmaları ile meydana getirilir. Bunlardan VP2 proteini en fazla ifade edilen protein olup konakçı immün yanıtını en güçlü şekilde uyaran proteindir. Bu nedenle tez çalışmasında, GPV'ye karşı rekombinant aşı veya hızlı test kiti geliştirilmesinde aday antijen olarak kullanılması hedeflenen VP2 proteininin Baculovirus ekspresyon vektör sisteminde (BEVS) üretilmesi amaçlanmıştır. Bu amaçla öncelikle GPV'ye yönelik spesifik primerler kullanılarak yapılan PCR ile VP2 geninin amplifikasyonu gerçekleştirildi. Elde edilen VP2 amplikonu saflaştırıldıktan sonra ticari pENTR™/TEV/D-TOPO™ entry vektörüne klonlandı. Daha sonra pENTR™/TEV/D-TOPO™ vektörü bünyesinde bulunan hedef gen, LR Rekombinasyonu aracılığı ile linear N-Term BaculoDirect™ DNA'sına aktarıldı. Oluşturulan bu yapı Spodoptera frugiperda (Sf9) insekt hücrelerine transfekte edilerek baculoviral virionlar elde edildi. VP2 geninin BaculoDirect™ Linear DNA'ya aktarılıp aktarılmadığını doğrulamak amacıyla hem VP2 genine hem ekspresyon vektörüne yönelik eksternal primer setleri kullanılarak yapılan PCR amplifikasyonu sonucunda yaklaşık 600 bp uzunluğunda band elde edildi. Rekombinant protein üretimini doğrulamak amacıyla, üretilen proteinin N ucunda bulunan V5 epitopundan yararlanılarak Western Blot analizi yapıldı. Analiz sonucunda VP2 genine ait beklenen moleküler ağırlıkta (~65 kDa) band görüldü. Rekombinant baculovirus ile enfekte Sf9 hücrelerinde protein ekspresyonun tespiti için ise aynı epitoptan yararlanılarak IFA analizi yapılmıştır. Ekspresyonu doğrulanan protein, proteinde bulunan 6×His tag kuyruğundan faydalanılarak Ni-NTA nikel şelatlayıcı resin kiti ile saflaştırıldı. Son olarak füzyon etiketli rekombinant protein AcTEV proteazı ile kesilerek His ve V5 epitoplarından arındırıldı. Bu tez çalışması ile BEVS tekniği kullanılarak doğala en yakın rekombinant proteinin elde edilmesi hedeflenmiştir. Üretilen bu proteinin seroloji temelli hızlı tespit kitlerinin veya aşı niteliği taşıyabilecek rekombinant subunit partiküllerin geliştirilmesine öncü olabileceği düşünülmektedir.
Aşı adayı yerel BVD virus suşlarında inaktivasyon kinetiğinin belirlenmesi ve deney hayvanlarında immunizasyon çalışmaları
Bovine viral diarrhea virus (BVDV) ülkemizde ve dünyada yaygın olarak görülmekle birlikte hastalığa karşı koruma ve kontrol stratejileri geliştirilmektedir. Koruma kontrol programlarında ön plana çıkan önlemlerden biri de aşılama olarak görülmektedir. Tez çalışmasında aşı adayı yerel BVDV suşlarının çoğalma karakterizasyonlarının, inaktivasyon kinetiğinin ve farklı adjuvantlarla hazırlanan inaktif BVDV aşı formülasyonlarının deney hayvanlarındaki serolojik yanıtlarının belirlenmesi amaçlandı. BVDV TR-21, TR-26 ve TR-15 suşlarının optimum MOI değerleri sırasıyla 1, 0,1 ve 0,1 MOI olarak tespit edildi. Ayrıca TR-21, TR-26 ve TR-15 suşlarının çoğalma eğrileri oluşturularak virus ekimini takiben en yüksek titrelere sırasıyla 48., 12., ve 36. saatlerde ulaştığı saptandı. Kimyasal olarak BEI maddesi kullanılarak yapılan inaktivasyon kinetiği çalışmasında TR-21, TR-26 ve TR-15 suşları sırasıyla 16., 10., ve 10. saatte tamamen inaktive olduğu tespit edilmiştir. Yağ bazlı, AlOH3 bazlı ve saponin adjuvantları kullanılarak oluşturulan formülasyonlarla kobay ve farelere immunizasyon işlemi gerçekleştirildi. Aşı sonrası gelişen humoral immun yanıtı belirlemek için in-house ELISA ve nötralizasyon testi uygulanarak verilerin birbirini teyit ettiği gösterildi. AlOH3 bazlı adjuvant gruplarına nazaran yağ bazlı adjuvant gruplarının aşıda etkili şekilde çalıştığı belirlendi. Yağ bazlı adjuvant gruplarında F-3 formülasyonunun 21. ve 51. günlerdeki antikor titreleri yüksek olsa da 81. ve 111. günlerde F-4 grubunun aşağısında kaldığı tespit edilmiştir. Aynı zamanda F-4 grubunda kullanılan adjuvantın yapısı gereği (w/o/w) aşı formülasyonu aşamasında kullanımının daha rahat olması açısından kolaylık sağlayacağı düşünülmektedir. Aşılarda bulunan yerel suşların önemiyle beraber homolog ve heterolog suşlara karşı etkinlikleri ortaya koyulmuştur. İleriki süreçlerde inaktif yerel aşı üretimi için uygulanabilir güncel veriler elde edilmiştir.
Canine ve feline parvoviruslarının VP2 gen bölgesi bazlı moleküler karakterizasyonu ve filogenetik analizi
Amaç: Canine ve feline parvoviruslar köpek ve kedilerde sıklıkla enfeksiyon oluşturan, genellikle gastroenteritle seyreden ve küçük yaşlarda ölüme yol açabilen viruslardır. Tek iplikçikli DNA'ya sahip olan feline parvovirus'un VP2 gen bölgesindeki mutasyonlara bağlı konakçı bariyeri kırılarak köpeklerde CPV-2 ortaya çıktığı varsayılmaktadır. Sürekli gerçekleşen mutasyonların olması, dönüşüm içinde olan parvovirusların araştırılmasını gerekli kılmaktadır. Bu çalışmada eş zamanlı olarak feline ve canine parvovirusların moleküler ve filogenetik açıdan araştırılması hedeflenmiştir. Gereç ve Yöntem: Toplamda 25 kedi ve 25 köpeğe ait parvovirus şüpheli 50 numune toplanmıştır. Moleküler olarak araştırılması için PCR testi uygulanarak, pozitif numunelerin VP2 gen bölgesinin tamamı (1755 bp) sekans analizi yapılmştır. Data programları aracılığıyla sekans verileri değerlendirilmiştir. Genotiplendirmeleri ortaya konulup, aminoasit değişiklikleri gözlenerek filogenetik açıdan analizi yapılmıştır. Filogenetik analiz iki farklı metot (ML, NJ) kullanılarak yapılmış ve benzer sonuçların bulunması doğruluğu desteklemiştir. Ayrıca amino asit ifadelerine bakılan sekanslarda konakçı değişiminde rol oynayan kritik noktalar incelenmiştir. Bulgular: 50 adet numunede 4'ü (%16) köpeğe ait; 3'ü (%12) kediye ait olmak üzere toplam 7 (%14) tanesinde parvovirus pozitif tespit edilmiştir. Filogenetik ağaçta CPV 2a, 2b ve 2c olarak, FPV ise G1 ve G2 olarak alt gruplara ayrılmıştır. FPV sekansları G1 genogrubunda yer alırken, CPV sekansları 2a ve 2b genogrubunda bulunmuştur. VP2'nin 426. amino asit noktası halen en kritik konakçı belirleme ve genotiplendirme faktörü olarak saptanmıştır. Ayrıca VP2 üzerindeki 5, 297, 324 ve 370. amino asitlerde değişiklikler dikkat çekmektedir. Sonuç: Filogenetik analiz sonucunda dallanmanın kediler için FPV, köpeklerde CPV-2 şeklinde türe özgü olduğu görülmüştür. Feline ve canine parvovirusların eş zamanlı örneklenerek aynı çalışmada moleküler ve filogenetik değerlendirmenin yapılması sağlanmıştır. Aydın ilinden ilk defa feline ve canine parvovirus sekansına ait veriler Genbank'a tanımlatılmıştır. CPV ve FPV üzerine yapılan moleküler ve filogenetik araştırmalar gelecekte olası konakçı değişikliklerinin saptanması, kullanılan aşıların etkinliğinin gözlenmesi açısından önemli veriler sağlayacaktır.
Alphaherpesvirinae alt ailesine mensup viruslarda CRISPR//CAS9 aracılı eş zamanlı virülens gen silinmesi ve heterolog gen eklenmesi
CRISPR aracılı hassas gen düzenleme, prokaryotik konakçı-virüs ilişkisi üzerine yapılan araştırmalar neticesinde keşfedilmiş, devrim niteliği taşıyan, önemli bir teknoloji olarak kabul edilmiştir. Biyoloji biliminin birçok alanında olduğu üzere günümüzde viroloji ve antiviral terapide sıklıkla başvurulan, güvenilir ve etkin bir araç haline gelmiş, özellikle viral gen knockout ve knock-in çalışmalarında kullanım alanı bulmasıyla öne çıkmıştır. Bu tez çalışmasında, Alphaherpesvirinae familyasına mensup Bovine alphaherpesvirus 1 (BHV-1) ve Gallid alphaherpesvirus 1 (GaHV-1) model olarak alınmış, bu virüsler için sırasıyla timidin kinaz (tk) ve dUTPaz genleri CRISPR hedef bölgesi olarak seçilmiştir. Sözkonusu bölgelere BHV-1 için bir kırmızı floresan protein geni (rfp) olan DsRed, GaHV-1 için ise DsRed ve Newcastle hastalığı virüsüne ait füzyon (F) geninin insersiyonu hedeflenmiş, bu amaçla insersiyon kasetleri donör plazmid üzerine yerleştirilen tuzak sekansları üzerinden aynı yöntem ile kesilerek serbest bırakılmıştır. Neticede GaHV-1 için DsRed ve F insersiyonu gerçekleştirilmiştir. Ardından Cre-Lox Rekombinasyon metotu kullanılarak reporter geni çıkarılmış, geriye kalan heterolog F gen kasedinin başarılı bir biçimde eksprese olduğu ispatlanmıştır. Ayrıca son ürün rekombinant virüsün, tk defektif ve çift heterolog gen taşıyan virüslere göre plak oluşturma ve zamana bağlı çoğalma kapasitesinde azalmanın olmadığı ortaya konulmuştur. Sonuç olarak çalışmada CRISPR-Cre-Lox metodolojisi birlikte kullanılarak, GaHV-1 üzerinde eşzamanlı gen delesyon ve insersiyon gerçekleştirilmiş, böylelikle virüsün virülens faktörü silinerek attenüe edilirken aynı zamanda heterolog gen (F geni) taşıyan bir multivalan viral vektör elde edilmiştir. Bununla beraber BHV-1'de CRISPR aracılı gen düzenlemenin gerçekleştirilebilmesi için yöntemin geliştirilerek uyarlanacağı yeni çalışmalara ihtiyaç olduğu ortaya çıkmıştır.
Feline coronavirusun (FCoV) moleküler tekniklerle karşılaştırmalı analizi
Feline coronavirus (FCoV) enfeksiyonu, kedilerde Feline Enfeksiyöz Peritonit (FIP) gibi ölümcül bir hastalığa yol açabilmesi nedeniyle kedi sağlığını tehdit eden önemli bir viral hastalıktır. Bu çalışmada, FIP şüpheli kedilerde FCoV'un tespiti için, özgün olarak tasarlanan bir Ters Transkriptaz Döngü Aracılı İzotermal Amplifikasyon (RT-LAMP) yönteminin tanısal performansının, standart bir nested PCR (nPCR) yöntemiyle karşılaştırmalı olarak değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Bu amaçla, FIP şüpheli 50 adet kediden alınan asites sıvısı (n=25), kan (n=17) ve rektal sürüntü (n=8) örnekleri kullanıldı. Tüm örnekler, referans yöntem olarak kabul edilen nested PCR (nPCR) ve çalışmamızda FCoV S2 gen bölgesini hedef alacak şekilde geliştirilen florimetrik ve kolorimetrik RT-LAMP yöntemleri ile FCoV RNA varlığı yönünden analiz edildi. Analiz edilen 50 örneğin 15'i (%30) nPCR ile pozitif olarak saptanırken, geliştirilen RT-LAMP yöntemiyle 23'ü (%46) pozitif olarak bulundu. RT-LAMP testinin, nPCR ile pozitif bulunan tüm örnekleri tespit etmesinin yanı sıra, nPCR ile negatif bulunan 8 örnekte daha pozitif sonuç verdiği gözlemlendi. Her iki testte de en yüksek pozitiflik oranı asites sıvısı örneklerinde saptandı. Ayrıca, kolorimetrik ve florimetrik RT-LAMP sonuçları arasında tam bir uyum (%100) olduğu gözlemlendi. Bu araştırma sonucunda, geliştirilen RT-LAMP yönteminin, FIP şüpheli örneklerde FCoV RNA'sının saptanmasında standart nPCR yöntemine göre daha yüksek bir saptama oranına sahip olduğu ortaya konulmuştur. Ayrıca, kolorimetrik LAMP'ın pratikliği ve güvenilirliği, bu testin özellikle klinik koşullarda hızlı tanı için önemli bir potansiyel taşıdığını göstermiştir.
Tank sütlerinde Hepatit E Virusu' nun serolojik değerlendirilmesi
Hepatitis E Virus hem gelişmekte olan hem de sanayileşmiş ülkelerde görülen akut viral hepatit vakalarının başlıca etkenlerinden biridir. Etkenin neden olduğu gıda kaynaklı enfeksiyonlar, küresel ölçekte halk sağlığını tehdit etmekte ve aynı zamanda birçok ülkede ekonomik kalkınmayı da olumsuz yönde etkileyebilmektedir. Bu tez çalışması Burdur iline bağlı köylerden alınan tank sütü örneklerinde Hepatit E Virus enfeksiyonunun varlığının saptanması ve bu yöredeki olası yaygınlığına dair bilgi elde edilmesi amacıyla yürütülmüştür Araştırmada söz konusu yöreden 80 adet tank sütü numunesi usule uygun olarak toplandı. Toplanan numuneler indirekt ELISA yöntemi ile analiz edildi. Toplamda %1,25 (1/80) oranında Anti-HEV IgG pozitifliği belirlendi. Sonuç olarak ülkemizde süt sığırcılığında önemli bir yere sahip olan Burdur ilinde gıda güvenliğinde kritik bir role sahip olan HEV enfeksiyonunun varlığı ELISA yöntemi ile tespit edildi, bu enfeksiyonun kontrolü amacıyla ciddi önlemlerin alınması gerektiği kanaatine varıldı. Bu çalışma Burdur ilinde tank sütlerinde HEV varlığını serolojik olarak ortaya koyan ilk bilimsel rapor olma niteliği taşımaktadır. Gıda güvenliğini sağlamaya yönelik izleme ve kontrol stratejilerinin geliştirilmesi, bölgesel ve ulusal düzeyde HEV'nin yayılımının önlenmesi açısından önem arz etmektedir.
Bal arılarinda deforme kanat virus, siyah kraliçe hücre virus ve akut arı felci virus enfeksiyonlarinin reverz transkriptaz–polymerase chain reaction (RT-PCR) tekniği kullanilarak araştirilmasi
Bu çalışmada, Burdur yöresinde arıcılık işletmelerinden toplanan bal arılarında Akut arı felci virus (ABPV), Siyah kraliçe hücre virus (BQCV) ve Deforme kanat virus (DWV) enfeksiyonlarının varlığı/yaygınlığı RT-PCR metodu ile araştırıldı. Burdur yöresinde örnekleme yapılan işletmelerden toplanan 31 örnekte viral etkenlerin prevalansları DWV %74,19 (23/31), BQCV %25,81 (8/31) ve ABPV %74,19 (23/31) olarak tespit edildi. Toplanan örneklerde morfolojik inceleme sonucunda varroa paraziti de görüldü. Araştırmada, Burdur ilinde viral enfeksiyonların bal arılarını enfekte ettiğini, ABPV ve DWV için yüksek prevalans oranlarının olduğunu göstermiştir. Tez çalışmasında bu 3 virus (BQCV, DWV ve ABPV) Burdur ili için, ilk olarak görülmektedir.
Honamlı keçi ırkında akabane virus enfeksiyonunun seroepidemiyolojisi
Bu araştırmada, Burdur ilinde halk elinde bulunan saf ırk özelliğine sahip Honamlı keçilerinde Akabane Virus (AKAV) enfeksiyonunun varlığı araştırıldı. Bu amaçla 6 ay ve üzeri, dişi ve erkek sağlıklı görünüme sahip 425 adet keçiden kan örneklemesi yapıldı. Yapılan çalışmada Honamlı ırkı keçilerin enfeksiyona karşı hassasiyetlerinin ortaya konması amaçlandı. Araştırmada, Burdur ilinin ilçelerinden toplanan kan numunelerine Enzyme Linked Immunosorbent Assay (ELISA) testi uygulanarak AKAV antikorları yönünden kontrol edildi. Test edilen 425 keçi kan serumunun 9'u (%2,12) seropozitif olarak belirlendi. Yerleşim yerlerine göre seropozitiflik oranları %6,67-%0 arasında tespit edildi. Pozitifliğin yaşa göre dağılımı ise 4 yaş grubundaki keçilerde %3,66 (3/82), 5 yaş grubundaki keçilerde %3,70 (3/81), 6 yaş grubundaki keçilerde %3,45 (2/58) ve 7 yaş grubundaki keçilerde de %1,33 (1/30) oranında belirlendi. Farklı yaş gruplarında, erkek ve dişilerde ve ilçeler de belirlenen seropozitiflik oranları arasındaki farklılığın istatistik olarak önemsiz (p>0.05) olduğu tespit edildi. Bu araştırma sonucunda Honamlı keçi ırkında AKAV enfeksiyonunun varlığı/yaygınlığı serolojik olarak ortaya konulmuştur.
Solunum sistemi problemli sığırlarda viral enfeksiyona neden olan etkenlerin araştırılması
Bu çalışmada Afyonkarahisar ve Burdur illerindeki mezbahalarda kesilen solunum sistemi problemli sığırlarda önemli viral patojenlerden bovine herpesvirus 1 (BoHV-1), bovine viral diarrhea virus (BVDV), bovine respiratory syncytial virus (BRSV) ve bovine parainfluenza virus tip 3 (BPIV-3) etkenlerinin tespit edilmesi hedeflenmiştir. Bu amaçla solunum sistemi problemli olarak mezbahaya kesime gelen 55 sığırdan kesim sonrası akciğer doku örneği alındı. Toplanan akciğer doku örnekleri antijen-ELISA kiti kullanılarak viral patojenler yönünden incelendi. Çalışma sonucunda BoHV-1 için 2 (%3,63) örnekte antijen pozitif, BVDV için 3 (%5,44) örnekte antijen pozitif, BRSV için 2 (%3,63) örnekte antijen pozitif ve BPI-3 için 1 (%1,81) örnekte viral antijen pozitif tespit edilmiştir. Örneklerin toplandığı iki şehir arasında ve her yaş grubunda ki hasta hayvan sayıları arasında istatistiksel olarak fark yoktur. Bu araştırmada viral hastalık tespit edilen simmental ırkı sığır sayısının, çalışmada yer alan toplam simmental ırkı sığırlara oranı arasında istatistiksel olarak anlamlılık tespit edilmiştir. Sonuç olarak, sığırlarda solunum sistemi enfeksiyonuna sebep olan etkenler arasında virusların önemli bir yere sahip olduğu belirlenmiştir.
Honamlı keçi ırkında pestivirus enfeksiyonunun seroepidemiyolojisi
Bu araştırmada, halk elinde bulunan saf ırk özelliğine sahip Honamlı keçilerinde pestivirus enfeksiyonunun varlığı araştırıldı. Bu amaçla 1 yaş ve üzeri, dişi ve erkek sağlıklı görünüme sahip 251 adet keçiden kan örneklemesi yapıldı ve enfeksiyona karşı hassasiyetlerinin ortaya konması amaçlandı. Araştırmada, Burdur ilinin ilçelerinden toplanan kan numunelerine indirekt Enzyme Linked Immunosorbent Assay (ELISA) testi uygulanarak pestivirus p80 proteini antikorları yönünden kontrol edildi. Test edilen 251 keçi kan serumunun 115 adeti (%45,82) seropozitif olarak belirlendi. Yerleşim yerlerine göre seropozitiflik oranları %85,42-%8 arasında tespit edildi. Pozitifliğin yaşa göre dağılımı ise 1 yaş grubundaki keçilerde %46,15 (12/26), 2 yaş grubundaki keçilerde %40,74 (33/81), 3 yaş grubundaki keçilerde %51,72 (45/87), 4 yaş grubundaki keçilerde %39,39 (13/33), 5 yaş grubundaki keçilerde 46,15 (6/13) ve 6 yaş ve üzeri keçilerde de %54,55 (6/11) oranında belirlendi. Farklı yaş grupları ve cinsiyet bazında belirlenen seropozitiflik oranları arasındaki farklılığın istatistiki açıdan önemsiz (P>0,05), ilçeler bazında belirlenen seropozitiflik oranları arasındaki farklılığın ise önemli (P<0,05) olduğu tespit edildi. Bu araştırma sonucunda Honamlı keçi ırkında ilk defa Pestivirus enfeksiyonunun varlığı/yayginlığı serolojik olarak ortaya konulmuştur.
Çiğ süt satışı yapan küçük aile işletmelerinin süt güğümlerinde norovirüs (GI, GII) ve Hepatitis A virus varlığının real-time RT-PCR testi ile araştırılması
Bu çalışmada Burdur-Merkez'de çiğ süt satışı yapan küçük aile işletmelerinin 24 ay ve üzeri yaşlardaki süt ineklerinin sütlerinin toplandığı süt güğümlerinde Norovirus (NoV) GI, NoV GII ve Hepatitis A Virus (HAV) varlığı araştırıldı. Bu amaçla, 100 adet işletmedeki süt güğümlerinden 2 adet 15 ml ve 50 ml'lik steril tüplere süt örnekleri toplandı. Steril tüplere 15 ml kadar alınan süt örneklerinde Real-Time RT PCR ile NoV GI, NoVGII ve HAV varlığı araştırılırken, 50 ml steril tüplere alınan süt örneklerinde somatik hücre sayımı (SCC) gerçekleştirildi. Örneklemenin yapıldığı işletmelerde sağım ve hijyen koşullarına yönelik anket uygulaması da yapıldı. İşletmelerde sağım ve hijyen koşullarına yönelik yapılan anket çalışması sonucunda; Hayvanların sağımının en çok aile bireylerince ve anne tarafından yapıldığı, sağımların yaygın olarak makine ile gerçekleştirildiği, sağım alanı ve ahırlarda çevresel kontaminasyon oluşturacak vektörün en fazla haşereler olduğu, sağım alanı ve ahırların genel olarak aylık temizliğinin yapıldığı, sağım alanlarının da günlük temizliğinin yapıldığı, süt güğümlerinde kullanım sonrası ve günlük temizliğin (soğuk su ve bir kez sudan geçirerek yapılması) yapıldığı ancak sağım makineleri ve güğümlerde haftalık dezenfeksiyon işleminin gerçekleştirildiği, işletmelerde sabun-su kullanımının ve sağım öncesi ve sonrası el yıkama alışkanlığının yaygın olduğu fakat el dezenfektan kullanımının yaygın olmadığı, sağım alanına girişte ve ahıra girişte önlük kullanımının yaygın olarak uygulanmadığı, sağım işlemi sırasında çalışanlarda takı kullanımının yaygın olduğu, çalışanların çiğ süt hijyeni ile ilgili herhangi bir eğitim alma oranının oldukça düşük düzeyde olduğu, işletmelerin yıllık süt analizlerinin yılda bir kez yaptırıldığı tespit edildi. Burdur-Merkezde çiğ süt satışı yapan 100 adet küçük aile işletmelerinden alınan süt örneklerinde NoV ve HAV varlığının tespiti için yapılan Real-Time RT-PCR analizinde; %16 NoV GI, %12 NoV GII, %8 HAV pozitiflik tespit edildi. Ko-enfeksiyon olarak elde edilen sonuçlarda; %4 NoV GI + NoV GII ve %8 NoV GI + NoV GII + HAV olarak belirlendi. Bu çalışmada çiğ süt satışı yapan küçük aile işletmelerinde toplanan sütlerde yüksekten düşüğe NoV GI, NoV GII ve HAV varlığı tespit edildi. Çalışmada elde edilen sütlerdeki SCC ortalaması 339.020+249.230,9 olarak belirlendi. Bu çalışmada, NoV GI, NoV GII ve HAV pozitif bulunan örneklerin SCC ortalamaları negatif örnek ortalamalarından istatistiksel olarak daha düşük bulundu (p<0,05). NoV GI pozitif saptanan örneklerde ortalama SCC 225.375+60.018,9 (p=0,005), NoV GII saptanan pozitif örneklerde ortalama SCC 251.166,7+42.994,9 (p=0,01) ve HAV saptanan pozitif örneklerde ortalama SCC 248.750+49.969,1 (p=0,04) belirlendi. Sütlerde NoV GI, NoV GII ve HAV varlığının SCC'yi etkilemediği ve sütlerde bir viral varlığın göstergesi olarak kullanılamayacağı sonucuna varıldı.
Atık problemi olan koyun ve keçi işletmelerinde border disease enfeksiyonunun araştırılması
Bu çalışma ile Burdur ilinde küçük ruminant hayvan sürülerinden toplanan kan ve kulak çentiği örneklerinde pestivirus enfeksiyonun varlığı ve yaygınlığının araştırılması amaçlanmıştır. Örnekler, il merkezine bağlı küçük ruminant hayvan yetiştiriciliğinin yoğun olarak yapıldığı köylerde bulunan işletmelerden toplanmıştır. Bu amaçla çalışmanın yürütüldüğü toplam 37 küçük ruminant işletmesi Nisan 2021 – Nisan 2022 tarihleri arasında ziyaret edilmiştir. İşletme sahiplerinden alınan anamnez bilgileri doğrultusunda işletmelerde kayıtlı 6445 küçük ruminant hayvandan 74 adedi koyun, 26 adedi keçi olmak üzere toplam 100 adet tam kan ve kulak çentiği numunesi alınmıştır. Numuneler Pestivirus yönünden Ag-ELISA ve RT-PCR tekniği ile incelenmiştir. Ag-ELISA testi ile toplam 100 küçük ruminant hayvandan alınan tam kan numunelerinin sadece 3 adedi (%3) pestivirus antijen varlığı yönünden pozitif bulunmuştur. Keçilerde pestivirus antijen varlığı yönünden pozitiflik oranı %11,5 (3/26) iken koyunların hiçbirinde pestivirus antijen varlığı saptanmamıştır. Keçilerdeki 1-3 yaş arası pestivirus enfeksiyon oranı %15,3 (2/13), 4 yaş ve üzeri keçilerdeki enfeksiyon oranı %7,7 (1/13) saptanmıştır. Kulak çentiği numunelerinin Ag-ELISA testi ile incelenmesi sonucunda her iki hayvan türünde de pestivirus antijen varlığına rastlanmamıştır. RT-PCR testi ile toplam 100 küçük ruminant hayvandan alınan tam kan numunelerinin 40 adedi (%40) pestivirus nükleik asit varlığı yönünden pozitif bulunmuştur. Koyunlarda pestivirus nükleik asit varlığı yönünden pozitiflik oranı %51,3 (38/74) iken, keçilerde bu oran %7,7 (2/26) olarak saptanmıştır. Koyunlardaki 1-3 yaş arası pestivirus enfeksiyon oranı %52,3 (22/42), 4 yaş ve üzerinde ise %50 (16/32) bulunmuştur. Keçilerde 1-3 yaş arasında pestivirus enfeksiyonuna rastlanmazken, 4 yaş ve üzeri keçilerdeki enfeksiyon oranı %15,3 (2/13) bulunmuştur. RT-PCR testi ile toplam 100 küçük ruminant hayvandan alınan kulak çentiği numunelerinin 22 adedi (%22) pestivirus nükleik asit varlığı yönünden pozitif bulunmuştur. Bu oran koyunlarda %27 (20/74) iken keçilerde %7,7 (2/26) olarak saptanmıştır. Koyunlardaki 1-3 yaş arası pestivirus enfeksiyon oranı %33,3 (14/42), 4 yaş ve üzerinde ise %18,75 (6/32) bulunmuştur. Bir ve üç yaş arasındaki keçilerde enfeksiyon oranı %15,3 (2/13) bulunurken, 4 yaş ve üzeri keçilerde enfeksiyona rastlanmamıştır. Çalışmada sadece 1 erkek koyundan numune alınmış ancak pestivirus antijen ve nükleik asit varlığına rastlanmamıştır. Erkek keçilerden numune alınmamıştır. Sonuç olarak bu çalışma ile enfeksiyonun küçük ruminant işletmelerinde varlığı tespit edilmiş olup, ileride yapılması planlanan yeni çalışmalara, alınacak koruma ve kontrol stratejilerine katkı sağlayacağı düşünülmektedir.
Neonatal buzağı ishallerine karşı ticari bovine rotavirus aşısı ile aşılanan gebe sığırlardan doğan buzağılarda pasif bağışıklık düzeyinin araştırılması
Bu araştırmada, inaktif polivalan ticari aşı (Rocodoll, Dollvet, Türkiye) ile aşılanan gebe sığırlarda Bovine Rotavirus (BRV) spesifik bağışıklığın düzeyi ile bunların yeni doğan buzağılarında BRV'ye özgü pasif bağışıklığın durumu incelendi. Bu amaçla, gebelik yaşlarına göre seçilen, 10 adedi aşı (Rocodoll, Dollvet, Türkiye) uygulanan (Grup I) ve 10 adedi aşı uygulanmayan (Grup II) (kontrol grubu) olmak üzere toplam 20 gebe sığır kullanıldı. Grup I'deki sığırlar ticari aşı (Rocodoll, Dollvet, Türkiye) prospektüsüne göre gebeliğin son trimesterinde aralarında 21 gün (3 hafta) olacak şekilde iki kez aşılandı. Her iki aşılamaya paralel olarak Grup I ve Grup II'deki sığırlardan doğum yaptıkları gün (1. gün) ve doğum sonrası 3. 7. 14. 21. 28. günlerde kan ve kolostrum/süt ve bu hayvanlardan doğan buzağılardan kolostrum almadan önce (1. gün) ve 3. 7. 14. 21. 28. günlerde kan örnekleri alındı. Toplanan bütün kan ve kolostrum/süt örnekleri BRV spesifik antikor varlığı/titresi yönünden ELISA yöntemi ile kontrol edildi. Belirlenen verilere göre, aşı uygulanmayan ve aşı uygulanan gebe sığırlara ait kan serumu ve kolostrum/süt numunelerindeki antikor düzeyi ile yeni doğan buzağıların da pasif bağışıklık seviyesi ve aşılanmayan hayvanlarda hastalığa maruz kalma durumu değerlendirildi. Aşı uygulanan bütün gebe sığırlarda BRV ye spesifik antikor yanıtta belirgin bir artış (≥1/1024 – 1/256) tespit edildi. Buna paralel olarak aşılı sığırların kolostrum almış yeni doğan buzağılarında da BRV pasif bağışıklık seviyesinin yüksek (1/1024 – 1/128) olduğu belirlendi. Aşı uygulanmayan grupta yer alan üç gebe sığırda doğal BRV enfeksiyonu şekillendiği ve bu hayvanlarda da pasif immunizasyon oluştuğu belirlendi. Sonuç olarak, maternal bağışıklık yoluyla BRV kaynaklı neonatal buzağı ishallerini önlemek için sığırlara gebeliğin son döneminde, prosedüre uygun şekilde iki doz BRV aşı uygulamasının yararlı olduğu ortaya koyulmuştur. Anahtar Kelimeler: Aşı, Bovine Rotavirus, Maternal Bağışıklık, Neonatal Buzağı, Sığır
Kedilerde göz enfeksiyonlarına neden olan viral etkenlerin prevalansının araştırılması
Bu çalışma, Burdur ilindeki kedilerde göz enfeksiyonuna sebep olan Feline Herpesvirus-1 (FHV-1), Feline Calicivirus (FCV),Feline Infectious Peritonitis (FIP)'e sebep olan Feline Corona Virus (FCoV), Feline Leukemia virüs (FeLV), Feline Immunodeficiency (FIV) virus enfeksiyonlarında etken varlığının moleküler olarak (Polimeraz Chain Reaction: PCR) saptanması ve bu bölgedeki yaygınlığı hakkında bilgi edinilmesi amacıyla yapılmıştır. Araştırmada, farklı yaş, ırk ve cinsiyetten toplam 100 adet kediden kan örneği, ora-farengial ve okuler swap örnekleri alınmıştır. Örneklenen kedilerde gözlenen klinik bulgular ve yaşadıkları çevresel koşullar detaylı olarak araştırılmıştır. Bu çalışmada, kedilerin %59'u (59/100) beş virustan en az bir patojene maruz kalmış olup, FCoV, FHV-1, FeLV, FCV ve FIV virolojik prevalans oranları sırasıyla %28, %11, %10, %7 ve %3 olarak tespit edilmiştir. Sonuç olarak, yaş (0-6 ay) ile FCoV'e yakalanma sıklığı arasındaki ilişkinin istatistiksel açıdan önemli olduğu belirlenmiştir ( p=.032792) Çalışmada, mono enfeksiyonların oranının(%33), mix enfeksiyonların oranından (%26) yüksek olduğu saptanmıştır Sonuç olarak, kedilerde göz enfeksiyonuna sebep olan ve izole edilen viral etkenlerden FCoV enfeksiyonunun diğer etkenlerden daha yaygın olarak bulunduğu ve bu enfeksiyona karşı ciddi kontrol/mücadele önlemlerinin alınması gerektiği kanaatine varılmıştır.
Evcil hayvan pansiyonlarında barındırılan köpeklerde Canine parvovırus enfeksiyonunun virolojik araştırılması
Canine parvovirus (CPV) enfeksiyonu, dünya genelinde sıkça görülen bir hastalıktır ve özellikle 4-8 haftalık köpek yavrularında yüksek morbidite ve mortalite oranına sahiptir. Bu araştırmada, evcil hayvan pansiyonlarında gastroenterit tablosu gösteren köpeklerde parvovirus enfeksiyonunun varlığının ve yaygınlığının belirlenmesi amaçlanmıştır. Araştırmada söz konusu enfeksiyona karşı aşılanmış/aşılanmamış farklı ırk, cinsiyet ve yaş da bulunan 6 ay yaştan büyük 188 köpekten dışkı örneklemesi yapıldı. Toplanan dışkı numuneleri CPV antijen (Ag) varlığı yönünden direkt Enzyme Linked Immunosorbent Assay (ELISA) yöntemi kullanılarak kontrol edildi. Yapılan analizler sonucunda, toplanan örneklerin %18,62'inde (35/188) canine parvovirus antijen varlığı tespit edildi. Cinsiyet bazında ve farklı yaş gruplarında belirlenen antijen pozitiflik oranları arasındaki farklılığın istatistiksel olarak önemsiz (P˃0.05) olduğu görüldü. Bu araştırma sonucunda evcil hayvan pansiyonlarında barındırılan köpeklerde CPV enfeksiyonunun varlığı/yaygınlığı virolojik olarak ortaya koyulmuştur. Bu bulgular, evcil hayvan pansiyonlarında köpeklerde parvovirüs enfeksiyonunun koruyucu önlemlere rağmen hala önemli bir sağlık riski olduğunu göstermektedir.
Karadeniz'de avlanan balıklarda betanodavirus enfeksiyonunun epidemiyolojisi
Dünyada Viral Nervöz Nekrozis (VNN) viral hastalıklar arasında önemli bir konumdadır ve salgınlarla büyük kayıplara neden olmaktadır. Türkiye'de Karadeniz'de yabani hayatla ilgili bir VNN çalışması bulunmamaktadır. Bu sebeple; Orta ve Doğu Karadeniz Bölgesinde 6 ilde doğal yolla avlanan 8 balık türünde VNN viral nükleik asidi yönünden araştırma yapıldı. Sinop, Samsun, Ordu, Giresun, Trabzon ve Rize illerinden doğal yolla avlanan istavrit, barbunya, mezgit, zargana, hamsi, levrek, alabalık ve kefal balıklarından toplamda 1265 adet balık örneği toplandı. Toplanan balık örneklerinden her bir havuzda 5 balık örneği olacak şekilde gruplandı. Balıkların, virusun tropizmi olduğu bilinen, beyin ve göz dokularından homojenatlar hazırlandı.Toplanan balıklardan elde edilen doku örnekleri real-time reverse transcriptase PCR (rtRT-PCR) metodu ile viral nükleik asit yönünden araştırıldı. Yapılan moleküler tarama sonucunda örneklenen balık türlerinden Samsun ilinden alınan barbunya balık türü havuzlarından bir örnek VNNV nükleik asit yönünden pozitif bulundu. Yapılan sekans analizi sonucunda bulunan virusun Akdeniz'de endemik olan RGNNV genotipine ait olduğu belirlenmiştir. Bu tez çalışması sonucunda Türkiye'de yabani hayatta ilk kez Betanodavirus tespiti yapılmıştır.
Orta Karadeniz bölgesi sığır ve koyunlarında yerli izolat bovıne herpesvirus tip-1 (BHV-1 trsamsun2019/2B) seroprevalansının araştırılması
BHV-1 sığırlarda IBR/IPV/IBP olarak bilinen latent seyirli bir enfeksiyon oluşturmaktadır.Virus yalnız solunum sistemi (IBR) ya da genital sistemi (IPV/IBP) enfeksiyonlarına neden olabildiği gibi solunum ve genital sistemde aynı anda enfeksiyon da oluşturabilir. Enfekte olan hayvanlar, virusun latent seyirli bir enfeksiyon oluşturması nedeni ile sürü içinde yayılmanın en önemli kaynağıdır. Bunun sonucu olarak yetiştiriciye et, süt üretimi ve döl verimine etki etmesi nedeni ile büyük eknomik kayıplara neden olmaktadır. Bu çalışmada coğrafik olarak Orta Karadeniz Bölgesinde yer alan 5 ilde bulunan sığır ve koyun işletmelerinde IBR/IPV/IBP enfeksiyonun serolojik varlığının bölgemizde izole edilen yerli BHV-1 suşu (TRSAMSUN2019/2B) kullanılarak araştırılması amaçlanmıştır. Bu amaçla Sinop, Samsun, Ordu, Amasya ve Tokat illerinden 2018-2020 tarihleri arasında Samsun Veteriner Kontrol Ensititüsü Müdürlüğüne incelenmesi için gönderilen ve daha sonra arşivlenen 1089 adet sığır ve 631 adet koyun kan serumu olmak üzere toplamda 1720 adet kan serumu kullanılmıştır. Bu kan serumları öncelikle her havuzda 10 kan serumu olacak şekilde havuzlar oluşturarak Serum Nötralizasyon testi ile serolojik olarak taranmışdı. Daha sonra antikor pozitif olarak değerlendirilen havuzlar açılarak havuzdaki tüm örneklere tekrar Serum Nötralizasyon testi yapıldı. Yapılan Serum Nötralizasyon testi sonucunda antikor pozitif olarak değerlendirilen örnekler antikor titre değeri SN50 testi yapılarak değerlendirildi ve toplamda 75 adet sığır ve 44 adet koyun kan serumunda antikor varlığı tespit edildi. Çalışmada antikor varlığı pozitif kabul edilen sığır kan serumlarının alınan örneklere oranı %6,9 koyun kan serumlarının alınan örneklere oranı ise %7,0 olarak hesaplandı. Bu yapılan çalışma ile geçmişte bölgede yapılan çalışmalarla günümüzdeki hastalığın durumu karşılaştırmış ve yerli Bovine Herpes Virus Tip-1'in seroprevalansı hakkında bilgi edinilmiştir. Ayrıca sığırlara özgü bir hastalık olmasına rağmen küçük ruminantlarda bu virusun serolojik durumu ortaya çıkarılmıştır.
Steviosidin sığır parainfluenza 3 virusun in vitro replikasyonuna etkisi
Bu yüksek lisans tezi ile daha önce insan virusları üzerinde antiviral etkinliği gösterilmiş olan son yılların popüler bitkisi stevianın içeriğindeki steviosidin BPIV-3 üzerindeki antiviral etkisi ilk kez araştırıldı ve ülke ekonomisi açısından önemli kayıplar oluşturan ve aşı ile de istenilen kontrolün sağlanamadığı BPIV-3 enfeksiyonu ile mücadelede bir seçenek olup olamayacağı elde edilen yeni verilerle ortaya kondu. Bu amaçla stevianın MDBK hücre kültüründeki nonsitotoksik dozu sitotoksite testi ile belirlendikten sonra BPIV-3 üzerindeki antiviral etkisi stevia ile muamele edilen ve edilmeyen BPIV-3 titreleri, titrasyon testi ile belirlendi. Sonuç olarak bu yüksek lisans tezi ile MDBK hücrelerinde stevianın belirlenebilen minimum ve maksimum non sitotoksik dozlarının 10μmol/L ve 5000 µmol/L olduğu ve bu oranlardada sulandırılan stevianın MDBK hücre kültüründe üretilerek titresi 10-3,7/0,1 ml olarak ölçülen BPIV-3 titresini sırasıyla 10-1/0,1 ml ve 100/0,1 ml ye düşürerek antiviral etki gösterdiği belirlendi.
Orta Karadeniz bölgesi sığır ve koyunlarında solunum sistemi enfeksiyonlarına neden olan viruslerin serolojik olarak araştırılması
Türkiye'de yıllardır Sığır Solunum Hastalıkları Kompleksi (BRDC/BRD) çiftlik hayvanları yetiştiriciliğinde önemli ekonomik kayıplara neden olmuştur. Bu nedenle, bu kompleks içindeki viral etiyolojik patojenleri tanımlamak için birçok serolojik ve virolojik çalışma yapılmıştır. Bovine Herpes Virus Tip 1 (BoHV-1), Bovine Viral Diarrhea Virus (BVDV), Bovine Respirovirus Tip-3 (BPIV-3), Bovine Respiratory Sinsityal Virus (BRSV), Bovine Adenovirus (BAV) ve Bovine Corona Virus (BCoV) gibi virusların BRDC'nin ana etkenleri olduğu düşünülmektedir. Bu viruslarla ilgili yapılan araştırmaların çoğunda uluslararası referans suşlar kullanılmıştır. Bu çalışmada BRDC etkeni olan üç önemli patojenin (BoHV-1, BRSV ve BPIV-3c) yerel suşları kullanılmıştır. Türkiye'nin kuzeyinde yakın zamanda BRDC enfeksiyonu sonucu ölen hayvanların akciğerlerinden alınan örnekler, izole edilerek moleküler karakterizasyonu yapılmıştır. Bu çalışmada, geçmişten günümüze Türkiye'nin Orta Karadeniz bölgesindeki serolojik varlığının araştırılması ve BRDC viruslarının durumu hakkında kapsamlı veri toplanmasını amaçladık. Bu amaçla, aynı bölgeden tarafımızca tespit edilen ve moleküler olarak karakterize edilen saha izolatları kullanılarak bu doktora çalısmasında 2018-2020 yılları arasında 1750 arşivlenmiş serum örneği (1000 Sığır ve 750 koyun) kullanıldı. Araştırmamızda izlenen serolojik yöntem olan 1750 serum numunesinin tamamına yapılan nötralizasyon testleri sonucunda 143 BRSV, 182 BoHV-1 ve 247 BPIV-3c antikor pozitif serum numunesi tespit edilmiş ve BRSV, BoHV-1 ve BPIV-3c için genel seropozitiflik oranı sırasıyla (%8.17), (%10.40) ve (%14.11) olarak değerlendirilmiştir. Sonuç olarak, Orta Karadeniz bölgemizde incelenen serum örneklerinde sığır ve koyunlarda en çok BPIV-3'e karşı immunyanit saptanırken, tüm incelenen serum örneklerinde BRSV ve BoHV-1 patojenlerinin de farklı seviyelerdeki varlığı gösterilmiştir.
Yerli canine parvovirus izolatlarının identifikasyonu ve moleküler karakterizasyonu
Şiddetli gastrointestinal sistem semptomları ile seyreden, oldukça bulaşıcı ve ölümcül bir enfeksiyona neden olan Canine Parvovirus tip-2 (CPV-2), ülkemizde ve dünyada özellikle genç yaştaki köpeklerde yaygın olarak görülmektedir. Karadeniz bölgesinde CPV-2 varlığının ilk kez araştırılması ve moleküler karekterizasyonun yapılması amacı ile planlanan bu tezde Samsun Ondokuz Mayıs Üniversitesi Veteriner Fakültesi Hayvan Hastanesi kliniklerine kusma ve ishal şikayeti ile getirilen köpekler örneklendi. Bu amaçla CPV-2 şüpheli 45 adet köpekten alınan kan, dışkı, rektal swap ve doku örnekleri Real-Time PCR yöntemi ile incelendi ve test sonucunda 24 adet örnekte viral nükleik asit varlığı saptandı.Pozitif tespit edilen örneklerinVero hücre hattında yapılan etken izolasyon çalışmalarında 8 adet örnekte virus izolasyonu gerçekleştirildi. Ayrıca Yeni nesil dizileme (NGS) yöntemi ile 6 adet izolatın tüm genom sekans analizleri yaptırılarak izolatların CPV-2a varyantında olduğu tespit edildi ve hem ülkemizde hem de dünyada daha önce tespit edilen CPV-2 izolatları arasındaki yeri ortaya konuldu.