Adana ili domates üretim alanlarında hastalıklara neden olan bitki patojeni fitoplazma etmenlerinin saptanması ve filogenetik ilişkilerinin ortaya konulması

Domates bitkisi yetiştiriciliğinde dünya çapında önemli ölçüde verim ve kalite kayıplarına yol açan çok sayıda hastalık etmeni bulunmaktadır. Bu hastalık etmenlerinden fitoplazmalar, önemli bir patojen olarak ciddi verim kayıplarına neden olmaktadır. Ayrıca, domates bitkisi fitoplazma etmenleri için ara konukçu özelliği taşıyarak, başka kültür bitkilerinde infeksiyona yol açabilecek fitoplazmalar için patojen kaynağı oluşturmaktadır. Araştırma, Adana ili domates üretim alanlarında hastalıklara neden olan bitki patojeni fitoplazma etmenlerinin saptanması ve filogenetik ilişkilerinin ortaya konulması amacıyla yürütülmüştür. Diğer yandan, belirlenen etmenin Dünyadaki diğer Ca. Phytoplasma izolatları ile olan filogenetik ilişkisinin ortaya konulması hedeflenmiştir. Bu amaçlar için araştırmanın yürütüldüğü kapalı ve açık üretim alanlarında domates bitkileri simptomolojik olarak incelenmiştir. Yapılan surveylerde fitoplazmadan kaynaklanabileceğinden şüphelenilen yapraklarda sararma, kızarma, yaprak deformasyonları, bitkide geriye doğru ölüm, bodurlaşma, buruşuk meyve belirtileri görülmüştür. Simptom gösteren bitkilere odaklanılmış ve bu bitkilerden örnekler toplanmıştır. Ayrıca sağlıklı bitkilerden de örnek alınmıştır. Simptom odaklı surveyler sonucunda toplanan ve laboratuvara getirilen bitkilerin föelmlerini içeren yaprak orta damarı ve bitki gövdelerinden moleküler analizlerde materyal olarak kullanılmak üzere DNA izolasyonu yapılmıştır. Elde edilen DNA karışımında fitoplazma etmeninin varlığı üniversal primerler kullanılarak iki aşamalı olarak yapılan doğrudan ve nested PZR (Polimeraz zincir reaksiyonu) çalışmaları ile kontrol edilmiştir. Nested PZR ürünlerinin DNA dizilerinin elde edilmesi ile yapılan karşılaştırma ve filogenetik analizler, araştırma alanlarında bulunan ve belirti gösteren domates bitkilerinde Candidatus phytoplasma trifolii ile iliişkili bir fitoplazma olduğunu ortaya koymuştur. In-slico RFLP ile bu araştırma kapsamında saptanan izolatın alt grup analizleride ortaya konulmuştur. Bu araştırma Adanada domates üretim alanlarında fitoplazmaların varlığını ortaya koyan ilk çalışmadır. Anahtar Kelimeler: Domates, Fitoplazma, 16SrDNA, Filogenetik ilişki, RFLP