Adıyaman ili badem ağaçlarında önemli prunus virüslerinin DAS-ELISA ve RT-PCR analizleri ile saptanması ve karakterizasyonu

Dünyada ve ülkemizde ekonomik önemi yıldan yıla artan badem ağaçlarında ekonomik kayıplara yol açan virüsler içerisinde elma mozaik virüsü (ApMV), prunus nekrotik halkalı leke virüsü (PNRSV), erik cücelik virüsü (PDV) şarka virüsü (PPV) ve elma klorotik yaprak leke virüsü (ACLSV) en yaygın görülenlerdir. Ticari amaçla yapılan badem yetiştiriciliği Adıyaman ili için yeni bir ürün olmakla birlikte kapama bahçelerin sayısı her geçen gün artmakta ve üretim de teşvik edilmektedir. Bu çalışma kapsamında Adıyaman ilinde badem bahçelerinde ApMV, ACLSV, PDV, PNRSV ve PPV'nin varlığı Double Antibody Sandwich–Enzyme Linked Immuno Sorbent Assay (DAS-ELISA) ve Ters Traskripsiyon-Polimeraz Zincir Reaksiyonu (RT-PCR) yöntemleri ile araştırılmış, belirlenen bazı izolatların biyolojik ve moleküler karakterizasyonu yapılmıştır. Badem ağaçlarında görülen bu 5 virüsün varlığını belirlemek amacıyla yapılan DAS-ELISA testleri sonucunda 34 tane örnek PDV ile enfekteli bulunmuş ancak ACLSV, ApMV, PNRSV ve PPV tespit edilememiştir. RT-PCR analizleri ile testlenen 110 badem örneğinde sadece PDV'üne ait beklenen uzunluktaki (756 bp) DNA fragmenti 34 örnekte çoğaltılırken, testlenen örneklerde yine ApMV, ACLSV, PNRSV ve PPV saptanamamıştır. Testlenen badem örneklerinin PDV ile enfeksyion oranı %30.90 olarak saptanmıştır. RT-PCR yöntemiyle çoğaltılan PDV izolatları doğrudan dizilenerek nükleotid ve kodladıkları amino asit dizileri analiz edilerek Adıyaman'dan elde edilen PDV izolatlarının birbirleriyle ve Gen Bankasına kayıtlı diğer ülkelerin izolatlarıyla karşılaştırması yapılmış ve benzerlik oranları ile filogenetik ilişkileri ortaya konulmuştur. PDV izolatlarına ait NJ (Neighbor Joining) dendogramı incelendiğinde Adıyaman PDV badem izolatlarının birbirine çok benzediği ve filogenetik ağaçta aynı grup içinde yer aldığı, gen bankasına kayıtlı diğer PDV izolatlarından ayrı bir grupta kümelendiği belirlenmiştir. Yapılan bu çalışma ile PDV ilk kez Adıyaman ili badem plantasyonlarında saptanmıştır. Anahtar Kelimeler: Adıyaman, badem, DAS-ELISA, RT-PCR, sekans analizi, virüs