Afyonkarahisar ilindeki Anadolu mandalarında genetik karakterizasyonu

Bu proje, Afyonkarahisar ili manda popülasyonunun heterozigotluk / homozigotluk düzeyini belirlemek, Türkiye'deki manda popülasyonları arasındaki ilişkileri açıklamaya yönelik çalışmalara zemin oluşturmak, Manda ebeveyn tayini için kullanılabilecek test paneli geliştirmek, incelenen lokuslar yardımıyla ebeveyn kontrolü de yaparak Afyonkarahisar ilinde T.C. Gıda, Tarım ve Hayvancılık Bakanlığı TAGEM tarafından yürütülen "Mandaların Halk Elinde Islahı Projesine" genetik analizlerle destek olarak seleksiyon hızını artırmak amacıyla yapılmıştır. Bu çalışmada 21 mikrosatellit lokus kullanılmıştır ve bu mikrosatellit lokuslardan 2 (AME ve CCMB154) lokus dışında 19 (BMS922, CCMB005, CCMB113, CCMB116, CCMB117, CCMB125, CCMB126, CCMB159, CCMB164, CCMB168, DIK1129, DIK1182, DIK1192, DIK2204, DIK2700, DIK3023, DIK3028, IOBT34 ve TGLA23) lokus da Anadolu mandalarında polimorfizm belirlenmiştir. İncelenen 19 mikrosatellite lokusunda toplam 155 farklı allel belirlenmiştir. Allel sayısı CCMB113 ve TGLA23 lokusunda en yüksek (13 allel), DIK3028 lokusunda ise en düşük (4 allel) bulunmuştur. Lokus başına düşen ortalama allel sayısı 8,158 olarak hesaplanmıştır. Ortalama Heterozigotluk değerleri; CCMB113 lokusunda en yüksek (0,839), DIK3023 lokusunda ise en düşük (0,143) tespit edilmiştir. Çalışılan 19 mikrosatellit lokusları birlikte değerlendirildiğinde ortalama heterozigotluk değeri; 0,651 olarak hesaplanmış ve bu değerin oldukça yüksek olduğu belirlenmiştir. Bunun nedeni incelenen lokusların heterozigotluk değerleri Anadolu mandalarında genetik varyasyonun yüksek olduğu kanısına varılmıştır. Her bir lokus bakımından exact test sonucu beklenen ve gözlenen değerler arasındaki farklar 14 mikrosatellit lokusta (P<0,001, P<0,01 ve P<0,05) önemli ilişki bulunurken; 5 mikrosatellit lokusta (CCMB126, DIK2204, DIK2700, DIK3023 ve DIK3028) önemsiz bulunmuştur. Bu çalışmada kullanılan mikrosatellit markerların polimorfizm bilgi içerikleri (PIC) genel anlamda yüksek bulunmuştur. Polimorfizm bilgi içeriği (PIC) değeri en yüksek CCMB113 lokusunda (0,817), DIK3023 lokusunda ise en düşük (0,139) olarak tespit edilmiştir. DIK3023 lokusunun PIC değeri düşük olduğu için Anadolu mandalarında yapılacak genetik çalışmalarında kullanılmasının çok faydalı olmayacağı söylenebilir. İncelenen tüm malakların ortalama PIC değeri 0,607 olarak bulunmuştur ve kullanılan lokusların polimorfizm belirlenmesinde yüksek oranda bilgi verici olduğu ve bu lokusların mandalarda genetik karakterizasyon çalışmalarında kullanılabileceği sonucuna varılmıştır. Dışlama gücü (DG-1 ve DG-2) değerleri sırasıyla; en yüksek ise; CCMB113 ve TGLA23 lokuslarında (0,726 ve 0,842), en düşük DIK3028 lokusunda (0,328 ve 0,504) olduğu tespit edilmiştir. Bu çalışmada kullanılan mikrosatellit lokusların toplam DG-1 ve DG-2 değerleri 0,999 ve 1,000 olarak hesaplanmıştır. Sonuç olarak, mandaların genetik yapılarını belirlemede, koruma/ıslah programlarında sürüdeki mandaların genetik olarak incelemesinde polimorfik mikrosatellit lokuslarının kullanılabileceği; manda popülasyonlarını karşılaştırmada ortalama heterozigotluk değerlerinden, exact test olasılıklarından ve PIC değerinin kullanılabileceği kanısına varılmıştır. PIC değerinin yüksek çıkması ve kullanılan mikrosatellite lokusların bir veya iki multipleks PCR ile çoğaltılabilmesi bu lokusların mandalarda pedigri analizlerinde kullanılabileceğini göstermektedir. Anahtar kelimeler : Manda, Mikrosatellit, Heterozigotluk, Allel frekansı, Exact Test, PIC