Molecular genetic
144 theses under this subject heading
Üçlü negatif meme kanseri hastalarında neoadjuvan kemoterapiye yanıt ve prognoz ile FHIT ifadesi arasındaki ilişkinin araştırılması
Meme kanseri dünya genelinde kadınlarda en sık görülen ve ölüm oranı en fazla olan kanser türüdür. Üçlü negatif meme kanseri (TNBC), en agresif ve prognozu kötü meme kanseri alt tipidir. Östrojen, progesteron ve HER2 reseptörü ifadesi olmadığından hedefli bir tedavi tanımlanmamıştır. Bu nedenle bugün sadece kemoterapiyle tedavi edilebilmektedir. Neoadjuvan tedavi ile nüks riskinin azaltılması, cerrahi müdahale şansının artırılması, cerrahi sonrası komplikasyon riskinin azaltılması ve hayat kalitesinin artırılması sağlanmaktadır. TNBC neoadjuvan kemoterapiye en iyi tümöral, nodal ve patolojik tam yanıt pCR veren alt gruplardan biridir. Bu çalışmanın amacı TNBC hastalarında Fhit ifadesinin hem neoadjuvan kemoterapiye yanıt hem de klinik patolojik verilerle ilişkisini araştırmaktır. FHIT, FRA3B frajil bölgede olup tümör baskılayıcı gendir. Meme kanserinde sıklıkla Fhit ifade kaybı görülmektedir. Çalışmaya TNBC'li 50 hasta dahil edildi. Parafin bloklu preparatlarda Fhit ifadesi immünohistokimyasal (IHC) olarak değerlendirildi. İfade yüzdeleri ve skorları, klinik patolojik ve sağkalım verileri ile karşılaştırıldı. Fhit ifade kaybının görüldüğü hastalarda, T evresinin arttığı belirlendi ve istatistiksel olarak anlamlı bulundu (p=0,003). Çalışmamızda Fhit ifadesinin TNBC'de, T evresi dışındaki klinik patolojik ve prognostik faktörlerle anlamlı ilişkisi bulunmadı (p>0,05). Ancak Fhit ifade kaybının genel sağkalım üzerine negatif korelasyonda prognostik belirteç olabileceği gösterildi. Fhit ifade kaybıyla TNBC ilişkisinin daha net ortaya konulabilmesi için ileri çalışmalar gerekmektedir. Çalışmamızdan elde ettiğimiz sonuçlar literatürle uyumlu olup yeni verilerle alana katkı sağlayacak ve bu konudaki gelecekteki araştırmalara ışık tutacak niteliktedir.
Over kanserinde WDR12 ifadesinin klinik öneminin araştırılması
Over kanseri, farklı klinik patolojik ve benzersiz genomik özelliklere sahip heterojen yapıda bir jinekolojik malignitedir. Farklı histopatolojik alt tipleri olmasına rağmen tek bir hastalık olarak ele alınır. Çoğu olgu geç evrelerde (Evre III - IV) teşhis edildiğinden genel sağkalım oranları düşüktür. Geleneksel olarak kemoterapiye dayalı tedavi uygulanır. Bu bağlamda alt tipleri arasında farklı moleküler patogenezin tanınmasının ve over kanserinin genetik profiline bağlı moleküler hedefli tedavi stratejilerinin gerekli olduğu vurgulanmaktadır. Over kanserinde ribozom biyogenezinin rolü tanımlanmış olup tedaviye yönelik çalışmaları mevcuttur. Ribozom biyogenezi sürecinde etkin olan PeBoW kompleksinin son tanımlanan üyesi WDR12, birçok insan malignitesinde mRNA ve protein düzeyinde aşırı ifade edildiği gösterilen bir onkogendir. Düzensiz ve yüksek ifadesi kötü prognoz ile ilişkilidir. Bu çalışmamızın amacı over kanseri tanılı olguların WDR12 ifadesinin klinik patolojik özellikleri ile ilişkisini araştırmaktır. Çalışmamıza over kanser tanılı 39 kadın olgu dahil edildi. Parafine gömülü doku bloklarında WDR12 ifadesi, ters transkripsiyon-kantitatif polimeraz zincir reaksiyonu (RT-qPCR) yöntemi ile incelendi. Göreceli ifade düzeyleri ile olguların klinik patolojik özellikleri istatistiksel olarak karşılaştırıldı. Elde edilen verilere göre WDR12 ifadesi düzeylerinin ortalaması ile olguların histopatolojik alt tipleri ve arasında istatistiksel olarak anlamlı bir ilişki görülmedi (p=0,063). Ancak müsinöz olgularda, WDR12 ifadesi ortalamanın altında kalan olgu sayısı ortalamanın üstünde kalana göre fazla olarak belirlendi. WDR12 ifadesi ile over olgularında görülen komorbidite durumu arasında istatistiksel olarak anlamlı bir ilişki saptandı (p=0,041). Ancak olguların diğer klinik özellikleri ile istatistiksel olarak anlamlı bir ilişki olmadığı tespit edildi (p>0,05). Sonuçlarımız, over kanserinin çeşitli klinik özelliklerinde WDR12 ifadesi düzeylerinin etkin olduğunu düşündürmektedir. WDR12 ifadesinin, over kanseri klinik patolojik özellikler ile ilişkisinin daha iyi anlaşılabilmesi için ileri çalışmalara ihtiyaç duyulmaktadır.
Image, sequence and interactome based prediction of subcellular localization of proteins
Knowledge of subcellular localization (SL) of proteins is essential for drug development, systems biology, proteomics, and functional genomics. Due to the high costs associated with experimental studies, it has become crucial to develop computational systems to accurately predict proteins' SLs. With different modes of biological data (e.g., biomolecular sequences, biomedical images, unstructured text, etc.) becoming readily available to ordinary scientists, it is possible to leverage complementary types of data to increase both the performance and coverage of predictions. In this study, we propose HoliLoc, a new method for predicting protein SLs via multi-modal deep learning. Our approach makes use of three different types of data (i.e., 2D confocal microscopy images, amino acid sequences, and protein protein interactions – PPIs) to predict SLs of proteins in a multi-label manner for 22 different cell compartments using protein language models, graph embeddings and convolutional and feed forward neural networks. The system was trained in an end to-end manner, and the performances were calculated on the unseen hold-out test dataset. The average test performance of individual models (each using a single data type) was 0.18 (macro F1-score) and 0.55 (accuracy), whereas for HoliLoc (the fusion of 3 modalities) it was observed to be 0.26 (F1-score) and 0.60 (accuracy), indicating the effectiveness of the multi-modal learning approach proposed. According to our comparison against state-of-the-art SL predictors, HoliLoc displays highly competitive performance. HoliLoc is distributed as an open-access programmatic tool, which is anticipated to benefit life science researchers by reducing the cost and time required for wet-lab experiments by accurately predicting the SLs of the protein of interest in advance.
Primer immün yetmezliklerde sinyal molekülleri için referans değerlerin belirlenmesi
Yılmaz, K., Primer İmmün Yetmezliklerde Sinyal Molekülleri İçin Referans Değerlerin Belirlenmesi, Hacettepe Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü İmmünoloji Programı Yüksek Lisans Tezi, Ankara, 2025. Bu tez çalışmasında STAT1, STAT3 ve PI3K sinyal yolakları ilişkili Doğuştan İmmün Yetmezlik Kusurlarının fosfo-akım sitometrik tanı açısından sağlıklı kontrol bireylerde yaşa göre referans değerlerin belirlenmesi amaçlanmıştır. Çalışma için belirlenen bireylerin T ve B lenfositler ile periferik kan mononükleer hücrelerinde (PKMH) uyarımsız ve uyarımlı koşullar altında sinyal ilişkili moleküllerin ifade düzeyleri ile uyarım cevapları değerlendirilmiştir. STAT1 fosforilasyonu için B lenfositlerde bazal seviyede "0-2 Yaş", "11-17 Yaş" grupları (sırasıyla p=0,005, p=0,004) ve T lenfositlerde IFN-γ uyarım varlığında ise "3-6 Yaş" ve "11-17 Yaş" grupları, "18 Yaş ve Üzeri" grubu ile anlamlı farklılıklar gösterdi (sırasıyla p=0,004, p=0,000). Bazal STAT3 ifadesi "18 Yaş ve Üzeri" erişkin grubuna kıyasla "0-2 Yaş", "3-6 Yaş" ve "11-17 Yaş" grubunun B lenfositlerinde anlamlı yüksek (sırasıyla p=0,005, p=0,000, p=0,000) ve "3-6 Yaş" grubunun PKMH'lerinde yüksek bulundu (p=0,000). IL-6 ile uyarım varlığında "3-6 Yaş" ve "11-17 Yaş" grubunun PKMH (sırasıyla p=0,000, p=0,003) ve B lenfositlerinde (sırasıyla p=0,003, p=0,001) STAT3 proteinin ifadesinin "18 Yaş ve Üzeri" grubundan anlamlı olarak yüksek olduğu görüldü. IL-6 ile uyarılan T lenfositlerde STAT3 ifadesinde (p=0,017) ve B lenfositlerde STAT3 ifadesine bağlı uyarım cevaplarının hastalar ve sağlıklı kontroller arasında fark gösterdiği bulundu (p=0,014). PI3K sinyal yolağı analizleri kapsamında PKMH'lerde bazal pAKT ifadesinin "3-6 Yaş" grubunda "0-2 Yaş" grubuna kıyasla yüksek olduğu görüldü (p=,004). CD40 ile uyarlan PKMH'lerin p-mTOR ifadesinin "0-10 yaş" grubunun "11-17 yaş" grubuna kıyasla anlamlı derecede yüksek olduğu görüldü (p=0,019.) . PKMH'lerdeki bazal p-mTOR ifadesi sağlıklı ve hasta bireyler arasında fark gösterdi (p=0,017). Sağlıklı ve hasta bireylerin, B lenfositlerindeki bazal pAKT seviyesi (p=0,024), PMA-Ion ve IL-4 ile uyarılan PKMH hücrelerindeki p-mTOR ifadesi (p=0,028) ile B lenfositlerdeki p-AKT ifadesi (p=0,027) anlamlı düzeyde farklılık gösterdi. Anahtar Kelimeler: Doğuştan İmmün Yetmezlik Kusurları, Fosfo-akım Sitometri, Hücre İçi Sinyal Yolakları, İmmün Fonksiyonel Analiz BAP Hızlı Destek Projesi / Proje ID:21708
Sınıflandırılamayan siliyopatilerden etkilenmiş hastalarda tüm ekzom dizileme yöntemiyle moleküler etiyolojinin belirlenmesi
Siliyopatiler, silya ve sentrozom ile ilişkili proteinleri kodlayan genlerdeki mutasyonlara bağlı olarak ortaya çıkan geniş bir hastalık grubudur. Bu çalışmanın amacı, siliyopati şüphesi ile izlenen hastalarda yeni nesil dizileme teknolojisi kullanarak moleküler etiyolojiyi aydınlatmak, genotipik-fenotipik spektrumu genişletmektir. Çalışma, Hacettepe Üniversitesi Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Anabilim Dalı, Çocuk Genetik Hastalıkları Bilim Dalı'nda gerçekleştirilmiştir. Çalışmaya çoklu anomali, global gelişme geriliği, dismorfik bulgular veya tekrarlayan akciğer enfeksiyonu nedeniyle siliyopati grubu hastalık ön tanısı ile izlenen sekiz hasta dahil edilmiş; demografik özellikler, klinik öykü, laboratuvar ve radyolojik bulgular kaydedilmiştir. Hastalara ait periferik kan örneğinden DNA izole edilerek bu örneklerde tüm ekzom dizileme gerçekleştirilmiştir. Çalışmamızda sekiz hastanın beşinde (%62,5) altta yatan moleküler etiyoloji aydınlatılmıştır. Tanı konulan hastalarda nedensel varyant saptanan genler BBS10, TTC26, CC2D2A ve CEP290 olarak belirlenmiştir. Bu genlerde saptanan toplam altı varyanttan, üçünün daha önce bildirilmediği tespit edilmiştir. Hastalarda saptanan bulgulardan tuba uterina atrezisi BBS10 geniyle ilişkili ve obezite ve hemofagositik sendrom CC2D2A geniyle ilişkili olabilecek daha önce tanımlanmamış klinik bulgular olarak belirlenmiştir. Moleküler tanı konulamayan hastalardan ikisinde herhangi bir aday varyant saptanamazken, bir hastada KRT71 geninde hastadaki saç bulgularını açıklayabilecek bir aday varyant tespit edilmiştir. Bulgularımız siliyopati grubu hastalıklar ile ilgili fenotipik ve genotipik spektrumun genişletilmesine katkıda bulunmuştur.
Alpinik Phyllolepidum cyclocarpum (Boiss.) L. Cecchi subsp. cyclocarpum'un (Brassicaceae) biyocoğrafyası, popülasyon genomiği ve numerik taksonomisi
Bu çalışmada, Toros ve Anadolu Diyagonali Dağları'nın (Toros Yolu) alpinik kayalıklarında yaşayan ve Türkiye'ye endemik olan Phyllolepidum cyclocarpum subsp. cyclocarpum (Kayaincisi) taksonunun popülasyon dinamiklerinin genom düzeyinde örnekleme yöntemini kullanan RADSeq verileri yardımıyla doğu ile batı popülasyon grupları arasındaki ilişkileri belirleyip türün demografik yapısını ortaya çıkarmak amaçlanmıştır. Bu doğrultuda, ilgili bitkinin literatürde taranan lokalite bilgileri ve bulunabileceği habitatlar dikkate alınarak, Toros Yolu üzerindeki dağlık bölgelerde arazi çalışmaları gerçekleştirilmiştir. Morfolojik analizler için, toprak üstü özelliklerden sadece sayısal ölçülebilecek karakterler dikkate alınmış ve elde dilen veri seti Temel Bileşenler Analizi (TBA-PCA) ile değerlendirilmiştir. Bunun yanında, RADSeq dizileme yöntemi kullanılarak 15 popülasyona ait 140 birey dizilenmiştir. Genomik veri hem Tek Nükleotid Polimorfizmi (SNP) hem de snakeRAD kullanılarak elde edilen lokuslarla değerlendirilmiştir. Lokus tabanlı filogenetik analizler için hem parsimoni bilgi verici 50 lokus hem de rasgele örneklenmiş 3 tane 50 lokusluk veri seti kullanılmıştır. Hem lokus verisi ile gerçekleştirilen koalesent tabanlı ve zamanla kalibre edilmiş filogenomik analizler, hem de SNP verisi ile gerçekleştirilen PCA ve karışım analizleri doğu ve batı popülasyon grupları arasında belirgin bir farklılaşmayı ortaya koymuştur. Genomik veriden elde edilen bulgular morfolojik verilerle de desteklenmiştir. Ayrıca, popülasyonlar arası ve içi farklılaşma sonuçları da doğu popülasyonları içerisinde genetik farklılaşmanın yüksek, batı popülasyonları içerisinde ise genetik çeşitliliğin oldukça düşük olduğunu göstermiştir. Her iki popülasyon grubu arasında ise oldukça yüksek bir genetik farklılaşma tespit edilmiştir. Son olarak, doğu, batı ve tüm popülasyonlar için gerçekleştirilen demografik analizlerde doğu ve batı popülasyonlarında sırasıyla Son Buzul Maksimumu ve erken Dryas Dönemi buzullaşmalarından sonra belirgin bir şekilde popülasyon daralması tespit edilmiştir.
Bazı HIV-1 düşük düzey viremi suşlarında etravirin'e karşı dirençlerin in-silico ve in- vitro yöntemlerle araştırılması
İnsan İmmünyetmezlik Virüsü (HIV) konağın immün sistem hücrelerine genetik materyalini aktaran ve kontrol altına alınamadığında Kazanılmış İmmünyetmezlik Sendromu (AIDS) isimli klinik durumuna yol açan önemli bir virüstür. HIV enfeksiyonun kontrol altına alınabilmesi ve bulaştırıcılığının ortadan kaldırılması için antiretroviral tedavi (ART) ajanları kullanılmaktadır. Bu ajanlar HIV proteinlerini inhibe etmektedir. Etravirin (ETR) nükleozit olmayan ters transkriptaz enzim inhibitörlerinden birisidir. Düşük Düzey Viremi (LLW); ART devam eden HIV pozitif bireylerde, viral yükün devamlılığının olması durumudur. Viral yükün devamlılığı HIV pozitif bireylerin bulaştırıcılığının devam ettiği ve ilerleyen süreçte AIDS ile sonuçlanabilecek önemli problemlerden biridir. LLW durumunun, virolojik başarısızlık, ilaç emilim problemleri ve mutasyon sebepli ilaç direnci durumu olduğu düşünülmektedir. Çalışmamız kapsamında ETR direncinin in-silico yöntemlerle araştırılmamış Lys104Gln, Lys102Gln, Lys101Arg-Lys104Arg, Ser191Phe, Ile94Leu-Lys104Arg, Lys104Glu-His235Leu, Ala98Ser ve Val179Ile mutasyonları kullanılmıştır. Bu mutasyonlar LLW durumundaki HIV pozitif bireylerden elde edilen suşlardan analiz edilmiş RT enziminde ETR inhibisyon bölgesi ve çevresinde yer alan mutasyonlardır. Lys104Gln, Lys102Gln, Lys101Arg-Lys104Arg, Ser191Phe, Ile94Leu-Lys104Arg, Lys104Glu-His235Leu, Ala98Ser ve Val179Ile mutasyonlarının ETR direnci; homoloji modelleme, moleküler yerleştirme ve protein-ligand etkileşim analizi yöntemleriyle araştırılmıştır. Çalışmamız sonucunda in-silico yöntemlerle analiz edilmemiş; Ala98Ser ve Val179Ile mutasyonlarının ters transkriptaz enziminin ETR bağlanma bölgesinde konformasyonel değişiklik oluşturarak, düşük düzeyde ETR direncine yol açtığı düşünülmektedir. Anahtar Kelimeler: Protein Yapısı, Biyoinformatik, Tıbbi Genetik, Moleküler Biyoloji, Mikrobiyoloji, İlaç Direnci
Anadolu Orta Çağ–Geç Osmanlı dönemine ait cüzzamlı bireylerde Mycobacterium leprae bakterisinin antik DNA yöntemleriyle analizi
Enfeksiyon hastalıkları, tarihin çoğu döneminde pandemi veya epidemilere yol açarak, insan popülasyonlarının sosyal ve genetik arka planlarında köklü değişimlere sebep olmuştur. Bu nedenle enfeksiyon hastalıklarının tarihi, farklı disiplinlerden araştırmacıların ilgisini çekmiştir. Cüzzam veya leprosi, etmenleri Mycobacterium leprae ve Mycobacterium lepromatosis bakterileri olan ve kronik enfeksiyon sonucunda çevresel sinir sistemi, iskelet sistemi ve deri yüzeyinde çeşitli lezyonların meydana geldiği, bulaşıcı bir hastalıktır. Özellikle Orta Çağ'dan bu yana farklı coğrafyalarda etkin bir yayılım göstererek popülasyonların geçmişlerinde derin izler bırakmıştır. Hastalığın kökeni ve yayılım rotalarına ilişkin çeşitli hipotezler ortaya atılmış olsa da henüz bu sorular tam olarak çözülememiştir. Bu tez çalışmasında, Anadolu'daki kazı çalışmaları sonucunda İznik Roma Tiyatrosu (n=1), Salattepe Höyüğü (n=2), Kovuklukaya (n=5) ve Kadıkalesi'nden (n=1) elde edilen ve cüzzamla ilişkili kemik değişimleri taşıdığı düşünülen iskelet örnekleri, disiplinlerarası bir yaklaşımla hem paleopatolojik hem de arkeogenomik açıdan incelenmiştir. Örneklemde bulunan 4 bireyin ileri derecede cüzzama özgü lezyonlar taşıdığı tespit edilmiş, bunlardan 2'si Bizans Dönemi'ne, 1'i ise Geç Osmanlı tarihlenen toplam 3 örnekte 0,64x ile 4,19x kapsam aralığında antik M. leprae DNA'sı elde edilmiştir. Yapılan filogenetik analizler sonucunda, Bizans Dönemi örnekleri atasal suş tipi olan 3K-0 ile gruplanırken, Geç Osmanlı Dönemi Salattepe örneği ise 2F suşlarıyla birlikte iç dallarda konumlanmıştır. Literatürdeki antik DNA örnekleminin Avrupa Orta Çağında yoğunlaştığı düşünüldüğünde, bu tez çalışmasında ilk kez benzer döneme tarihlenen Avrupa dışından M. leprae tüm genomu sunulmuştur. Öte yandan, Geç Osmanlı dönemine tarihlenen Salattepe örneği de sınırlı sayıda bulunan Geç Modern Dönem örneklerinin bir temsilcisi olarak literatürdeki yerini alacaktır.
Türkiye denizlerinde bulunan mazak kırlangıcı Trigloporus lastoviza (Bonnaterre, 1788) populasyonlarının genetik analizi
Bu çalışmada, mazak kırlangıç balığının (Trigloporus lastoviza) Marmara, Ege ve Akdeniz populasyonlarının genetik yapısını araştırmak için mitokondriyal DNA 16S rRNA gen dizilimi kullanılmıştır. T. lastoviza, Marmara Denizi'ini temsilen Mudanya, Ege Denizi'ni temsilen İzmir Körfezi ve Akdeniz'i temsilen İskenderun Körfezi'nden olmak üzere üç farklı denizden toplanmıştır. Toplam genomik DNA, standart fenol-kloroform ekstraksiyon yöntemi kullanılarak izole edilmiştir. MtDNA'nın 16S rRNA bölgesi, evrensel primerler kullanılarak PCR vasıtasıyla çoğaltılmıştır. İstatistiksel analiz için BioEdit, Mega kullanılmıştır. Analiz edilen 16S rRNA bölgesinin uzunluğu 757 bc'den oluşmaktadır. Timin (T), sitozin (C), adenin (A) ve guaninin (G) ortalama nükleotid kompozisyonu sırasıyla % 19.8, % 27.7, % 31.2 ve % 21.3 olarak belirlenmiştir. 16S rRNA'nın, 46 bç'lik kısmı değişken bölge iken, 27 bç'lik bölge ise parsimoni anlamlı bölge görevi görmüştür. 16S rRNA'nın dizi analizi sonucu 21 farklı haplotip saptamıştır. Populasyonlar arasındaki ortalama haplotip çeşitliliği 0.94 bulunmuştur. En düşük genetik çeşitlilik Ege Denizi populasyonunda (0,054), en yüksek ise (0,0180) Akdeniz populasyonunda görülmüştür. Populasyonlar arasındaki genetik farklılık ise, Marmara ve Akdeniz populasyonları arasında en düşük (0.007), Marmara Denizi ve Akdeniz populasyonları arasında en yüksek (0.016) olarak tespit edilmiştir. Komşu katılımlı ağaç analizinde, İskenderun Körfezi popülasyonu diğer popülasyonlardan oldukça farklı; Marmara ve Ege Denizi popülasyonları ise birbirine yakın özellik göstermiştir.
Japon bıldırcınlarında (Coturnix coturnix Japonica) GH, VIPR-1 ve PRL gen bölgeleri üzerindeki polimorfizmler ile bazı verim özellikleri arasındaki ilişkilerin araştırılması
Gerçekleştirilen doktora tezinde toplam 150 adet Japon bıldırcınında GH (MspI), VIPR-1 (BsrDI ve HpyCH4IV) ve PRL (Csp6I) genleri üzerindeki bazı polimorfizmler PCR RFLP yöntemi kullanılarak incelenmiş, tespit edilen polimorfizmlerin bazı verim özellikleri ve farklı büyüme modelleri parametrelerine etkileri araştırılmıştır. Yumurta verimi, ortalama yumurta ağırlığı, yumurta iç ve dış kalite özellikleri; kuluçka sonuçları; iki farklı yaşta kesim ağırlığı ve karkas ağırlığı ile karkas randımanı ve 3 farklı büyüme modelinde parametre tahminleri incelenmiştir. İncelenen gen bölgelerinden VIPR-1 (HpyCH4IV) ve PRL (Csp6I) için polimorfizm tespit edilememiş ve bu bölgeler monomorf bulunmuştur. Bu iki bölge monomorf olduğu için verim özellikleri ile ilişki analizi yapılamamıştır. GH geni MspI polimorfizmine ait A (%52) ve B (%48) allelleri ile AA (%28), AB (%48) ve BB (%24) genotipleri belirlenmiştir. VIPR-1 (BsrDI) polimorfizmine ait G (%68) ve T (0.32) allelleri GG (%48), GT (0.39) ve TT (0.13) genotipleri belirlenmiştir. Popülasyonun polimorfizm görülen genler bakımından Hardy-Weinberg dengesinde olduğu bulunmuştur. Her bir gene ait genotip yapıları ile verim özellikleri arasında yapılan ilişki analizleri sonucunda GH (MspI) geni ile yumurta verimi arasında önemli (p<0.05) ilişki olduğu belirlenmiştir. GH (MspI) ve VIPR-1 (BsrDI) genlerinin diğer verim özellikleri bakımından istatistik olarak önemli etkisinin olmadığı tespit edilmiştir. Verim özellikleri değerlendirildiğinde kesim yaşının ve cinsiyetin kesim ağırlığı, karkas ağırlığı ve randımanını etkilediği belirlenmiştir (p<0.05). Sürü yaşının kuluçka randımanı ve döllülük oranına etkisinin olduğu (p<0.05) fakat çıkış gücüne ise etkisinin istatistik olarak önemli olmadığı bulunmuştur. Büyüme eğrisi modellerinde BNY ve BNA parametreleri arasındaki farklar istatistik olarak önemli bulunmuştur (p<0.05).
Escherichia coli suşlarının genotipik profillerinin PFGE moleküler yöntemiyle belirlenmesi
Enterobacteriaceae ailesinden olan Escherichia Coli ( E. Coli) özellikle hastanelerde, ortak kullanılan toplumsal alanlarda gün geçtikçe önem kazanan patojen bir bakteridir. Ürettikleri geniş spektrumlu beta laktamlar (ESBL) sayesinde genellikle çoklu dirençli olup bağırsak ve idrar yolu enfeksiyonlarında sık görülür. Umumi alanlardan çapraz kontaminasyonu azaltmak ve söz konusu bakterilerin genotip yapısını inceleyip açığa çıkarmak yani suşların parmak izlerine, alt tip dizilerine, ulaşmak büyük önem arz eder. Yapılan çalışmada seçilen 50 E. Coli suşlarının Puls Alan Jel Elektroforezi ile tiplendirilmesi sağlandı.
İç Ege Bölgesinde üretilen yerli kaz genotiplerinin genetik çeşitliliğinin PFGE yöntemiyle analizi ve yetiştirici koşullarındaki kazların (Anser anser) yumurta, kesim ve karkas kalite özelliklerinin belirlenmesi
Bu çalışma, Ege Bölgesi'nin Uşak, Afyonkarahisar ve Kütahya illerinde halk elinde yetiştirilen yerli kazların genetik çeşitlilik, kesim, karkas ve yumurta kalite özelliklerinin belirlenmesi amacıyla yapılmıştır. Yumurta kalite özelliklerinin belirlenmesi amacıyla her ilin 4 farklı noktasından 38-44 haftalık yaştaki kazlardan temin edilen toplam 96 adet yumurta, kesim ve karkas özelliklerinin belirlenmesinde ise, 28-32 haftalık yaştaki toplam 48 adet (24 adet erkek, 24 adet dişi) kaz kullanılmıştır. Genetik çeşitliliğin saptanmasında ise 4 farklı noktadan toplam 40 yerli kazdan kan örnekleri alınmıştır. İller arasında yumurta kalite özelliklerinden; kabuk kalınlığı ve yumurta sarısı renk değeri önemli (p<0,05), yumurta ağırlığı, kabuk oranı, şekil indeksi değerlerinin çok önemli (p<0,01) olduğu görülmüştür. Kesim ve karkas özelliklerinden; canlı ağırlık, kan, but, göğüs ve sırt ağırlığı anlamlıyken (p<0,05), sıcak ve soğuk karkas ağırlığı, boyun ve kanat ağırlığı çok önemli bulunmuştur (p<0,01). Cinsiyet bazında değerlendirildiğinde erkeklerde; karaciğer ağırlığı önemsiz, diğer özelliklerde sonuçlar istatistiksel olarak çok önemli (p<0,01) tespit edilmiştir. Kesim ve karkas oranları bakımından; kan, karaciğer oranı anlamlı (p<0,05), tüy, kalp, taşlık, boyun, oranı çok önemli (p<0,01) bulunurken diğerlerinin önemsiz olduğu görülmüştür. Cinsiyete göre ise erkekler dişilerle karşılaştırıldığında kan, tüy, taşlık, boyun, kanat, but oranı önemli (p<0,05), baş, ayak ve göğüs oranı çok önemli (p<0,01) farklılık gösterirken, diğer özellikler benzerlik göstermiştir. Üç ilde tüm örnekler birbirleri ile PFGE profili olarak ilişkili bulunmuştur. Bir major PFGE pulsotip'i tespit edilmiş, bu ana profil ise 3 alt kümeye ayrılmıştır. Uşak ili kan örnekleri I. küme; Afyonkarahisar II. küme ve Kütahya III. küme grubunu oluşturmuştur. Sonuçlar PFGE tekniğine göre değerlendirildiğinde bütün örnekleri genetik olarak ilişkili olduğu görülmüştür. Tespit edilen ortalamalar arasında görülen farklılıklar; başta besleme, bakım, yaş, genotip, iklimsel farklılıklar, yumurtaların depolanma koşulları, ölçüm hataları, kesim ve karkas parçalamada uygulanan tekniklerin değişkenlik göstermesi gibi faktörlerin etkisi altında olmasıyla açıklanabilir.
Brassıca juncea (L.)'da kroma (Cr) duyarlı genlerin ve mikroRNA'ların analizi
Brassica juncea, yaygın olarak Hint veya kahverengi hardal olarak bilinir ve dünya çapında önemli bir endüstriyel yağ bitkisidir. Hayvan yemi, biyodizel, yemeklik yağ ve ilaç gibi birçok endüstri için hammadde sağlaması nedeniyle ekonomik değeri yüksektir. B. juncea, yüksek biyokütlesi, hızlı büyümesi, orta düzeyde metal birikimi, hasat kolaylığı ve metal toleransı sayesinde krom (Cr) ile kirlenmiş toprakların fitoremediasyonunda önemli bir potansiyel göstermektedir. Son zamanlarda, mikroRNA'lar bitkilerin farklı metal streslerine karşı yanıtların düzenlenmesinde önemli roller üstlenmeleri nedeniyle daha fazla araştırılmaktadır. Ancak, B. juncea'nın krom (Cr) stresine karşı yanıtta mikroRNA'ların rolü hakkında sınırlı bilgi bulunmaktadır. Bu çalışmada, krom toleranslı B. juncea var. Early raya ve krom duyarlı B. juncea var. Sindh raya bitkilerinin transkriptomik yanıtı, RNA dizileme yöntemi kullanılarak araştırılmıştır. Cr toksisitesi toleransında rol oynayan spesifik genlerin ekspresyonu, RT-qPCR ile daha detaylı bir şekilde incelenmiştir. Fizyolojik büyüme analizinde, yüksek krom (1000 µM) uygulamasına karşı, Early raya'nın kök-gövde uzunluğu, gövde yaş ağırlığı, kök yaş ağırlığı ve kök-gövde kuru ağırlığı gibi büyüme parametreleri, diğer B. juncea varyetelerine kıyasla daha az etkilenmiştir. Buna karşın, Sindh raya, yüksek krom (1000 µM) etkisine karşı aynı büyüme parametrelerinde daha belirgin olumsuz etkiler göstermiştir. Ayrıca, Cr uygulamasından sonra yüksek Cr alımının köklerde gerçekleştiği ve kök Cr içeriğinin toprak üstü kısımlara göre önemli ölçüde yüksek olduğu tespit edilmiştir. Early raya, iki hafta (15 gün) boyunca Cr³⁺ (1000 µM) uygulandığında köklerde yüksek krom biriktirmiş ve diğer Brassica juncea varyetelerine kıyasla yüksek krom toleransı göstermiştir. 1000 µM Cr uygulanan Early raya bitkilerinin köklerinde, kontrol bitkilerine (Cr- uygulanmayan) kıyasla toplam 70 genin farklı şekilde ifade edildiği tespit edilmiştir. Bu genlerden 27'sinin ifadesi istatistiksel olarak anlamlı bulunmuştur (p<0,05). Anlamlı fark gösteren genlerin 19'u yukarı düzenlenen, 8'i ise aşağı düzenlenen genler olarak tespit edilmiştir. Diğer taraftan, iki hafta (15 gün) boyunca Cr³⁺ uygulanan Sindh raya bitkisi düşük krom toleransı göstermiştir; bu bitkide kontrol grubuna kıyasla toplam 80 genin farklı şekilde ifade edildiği ve bu genlerden sadece 50'sinin istatistiksel olarak anlamlı olduğu tespit edilmiştir (p<0.05). Bu genler arasında, 28'i yukarı düzenlenen, 22'si ise aşağı düzenlenen genler olarak tespit edilmiştir. RT-qPCR analizi için transkriptom dizileme sonuçlarına göre ROS ile ilişkili mekanizmalarda yer alan ve önemli ölçüde diferansiyel ekspresyon gösteren üç gen seçilmiştir. Kontrol grubu ile karşılaştırıldığında, Cr uygulanan deney gruplarında incelenen APX, Fe-SOD ve RBOH genleri yukarı düzenlendiği bulunmuştur. Bu tez çalışması, B. juncea'da miRNA ve mRNA profillemesi aracılığıyla Cr³⁺ stresine yanıtta ilişkili potansiyel olarak önemli miRNA'ları, hedef genleri ve yolakları tanımlamaktadır. Tanımlanan yolaklar, hedef genler ve miRNA'lar, B. juncea'da krom toleransını arttırmada gelecekteki omik araştırmalar için önemli hedefler olacaktır. Ayrıca, B. juncea'da krom stresine tolerans ve transkriptom düzeyindeki değişiklikler üzerine yapılan kapsamlı ve öncü bir araştırma olarak değerlendirilmektedir. Bu çalışma, Yükseköğretim Kurulu'nun (YÖK) 100/2000 (Bitki Genetiği ve Tarımsal Biyoteknoloji Programı) Doktora Burs Programı ve Türkiye Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Kurumu'nun (TÜBİTAK) 2211-A Yurt içi Doktora Programı tarafından desteklenmiştir. Ayrıca, Uşak Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Koordinasyon Birimi tarafından (BAP) Prof. Dr. Abdülrezzak Memon'a verilen (proje no: 2024/MF002) proje ile desteklenmiştir.
Hepatoselüler karsinomda mitofajik genlerin rolü ile genetik ve epigenetik profilinin araştırılması
Hepatoselüler karsinom (HCC) en sık ve mortalite oranı en yüksek olan karaciğer kanseridir ve dünyada kansere bağlı ölümlerde 2. Sırada yer alır. Normal süreçte hücrenin genetik materyalinde bir hasar olduğunda ve bu hasar tamir edilemezse hücre ölüm mekanizmaları aktifleşir. Bu mekanizmalardan biri olan otofajinin alt tipi olan ve mitokondriyal kalite kontrolü sağlayan mitofaji ise hücrede kanser oluşumunu engelleyen bir olaydır. Karsinogenez süreci içerisinde genetik değişiklikler dışında DNA dizilerinde kalıcı değişikliklere yol açmayan Epigenetik mekanizmalarda oluşan anomaliteler de kansere neden olmaktadır. Epigenetik mekanizmalardan birisi olan DNA metilasyonu karsinogenez sırasında hipermetile olarak tümör baskılayıcı genleri susturarak kanserleşmeye sebep olabilir. Mitofajide rol alan AMBRA1, FUNDC1, PGAM5 ve LC3 genlerinin HCC karsinogenezindeki rollerini aydınlatmayı amaçladığımız çalışmada HepG2 ve HUVEC hücre hatlarına ait örneklerde AMBRA1, FUNDC1, PGAM5 ile LC3 genlerinin mRNA ekspresyonu, metilasyon ve protein seviyeleri qRT-PCR, QMSP ve ELISA yöntemleriyle incelenmiştir. AMBRA1 için tümör örnekleri ile normal örnekler kıyaslandığında protein seviyesinde azalma ile birlikte mRNA ekspresyonu açısından örneklerin %60 (3/5)'ında artış, %20'sinde (1/5) azalma gözlenirken %20 (1/5)'sinde ise değişiklik gözlemlenmedi. Tümör örneklerinin %40 (2/5)'ında ve normal örneklerin %80 (4/5)'inde AMBRA1 geninin promotör bölgesine ait hipermetilasyon tespit edilmiştir. FUNDC1 için protein seviyesi istatistiksel olarak anlamlı bir şekilde azalma gözlemlenirken (p=0.024), mRNA ekspresyonunda %80 (4/5) ekspresyon artışı, %20 (1/5) azalma gözlemlendi. Promotör hipermetilasyonuna bakıldığında yalnızca tümör örneklerinin %20 (1/5)'sinde promotör hipermetilasyonu gözlemlendi. Tümör örneklerinde PGAM5'in hem protein seviyesi de anlamlı şekilde azalırken (p=0.0005) hem de mRNA ekspresyonunda %80 (4/5) PGAM5 ekspresyonunda artış gözlemlendi. Promotör metilasyonu ise hem tümör hem normal örneklerin %40 (2/5) ve %40 (2/5)'ında tespit edildi. LC3 geninin tümör hücrelerinin %60(3/5)'ında mRNA ekspresyonunda azalma gözlemlenirken %20 (1/5)'sinde ekspresyon artışı gözlemlendi ve %20(1/5)'sinde ise ekspresyonda değişim gözlemlenmedi. Protein seviyelerine bakıldığında tümör grubundaki protein seviyesi normal gruba kıyasla artmıştır. Tümör örneklerinin %40 (2/5)'ında, normal örneklerin ise %80 (4/5)'inde LC3 geninin promotör bölgesine ait hipermetilasyon tespit edilmiştir. AMBRA1, FUNDC1, PGAM5 ve LC3'ün protein ve metilasyon seviyeleri arasında istatistiksel anlamlılık bulunmuştur (sırasıyla p<0.0001, p=0.001, p=0.002, p<0.0001). İn vitro olarak incelenen bu mitofajik genlerin diğer genlerle olan etkileşimlerinin daha geniş hasta kohortlarında çalışılması hem terapötik hem de biyobelirteç stratejilerin oluşturulmasında kullanılabilir
Meme kanserinde ETV5 geninin östrojen reseptör (ER) ile ilişkisi
Meme kanseri, dünya çapında kadın sağlığı için ciddi bir tehdit oluşturmakta ve en sık rastlanan kanser türlerinden biri olarak kabul edilmektedir. Her sekiz kadından birinin hayatının belli bir döneminde bu hastalıkla karşılaşma riski vardır. Meme kanseri, akciğer kanserinden sonra kadınlarda ikinci en yüksek ölüm oranına sahip kanser türüdür. Ancak, erken teşhis ve müdahale, tedavi başarısını önemli ölçüde artırabilir. Bu çalışma, meme kanserinin moleküler patogenezinde kritik bir rol oynayan E26 transformation-specific (ETS) transkripsiyon faktörleri ailesi üzerine odaklanmaktadır. Bu faktörler, hücre büyümesi, farklılaşma ve gelişim gibi temel biyolojik süreçlerde etkili olup, kanser gelişimi ve ilerlemesi üzerinde önemli etkilere sahiptir. ETS faktörleri arasında yer alan ETV5 geni, hücre büyümesi ve farklılaşmasında önemli roller üstlenmektedir. Meme kanseri dahil olmak üzere çeşitli kanser türlerinde ETV5 gen ifade düzeylerindeki değişiklikler, hastalığın seyri ve prognozu açısından değerli bilgiler sunabilir. Bu çalışma, ETV5 gen ifadesinin östrojen reseptörü (ER) pozitif (ER+) ve üçlü negatif meme kanseri (TNBC) dokularında farklılık gösterip göstermediğini araştırmaktadır. İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa Tıbbi Patoloji Anabilim Dalında saklanan invaziv duktal meme karsinomu dokuları kullanılarak ETV5 gen ifade düzeyleri, gerçek zamanlı polimeraz zincir tepkimesi (GZ-PZT) yöntemiyle ölçülmüştür. Sonuçlar ETV5 ifadesinin meme kanseri dokularında normal meme dokularına kıyasla önemli ölçüde azaldığını ortaya koymuştur. Ayrıca, ETV5 ifadesi, ER (+) meme kanseri dokularında TNBC dokularına kıyasla daha düşük bulunmuştur. Bu bulgular, ETV5 geninin ER (+) meme kanserinde bir onkogen olarak değil, aksine bir tümör baskılayıcı gen olarak işlev görebileceğini düşündürmektedir, ancak bu etki TNBC kanserlerde görülmemektedir. Yani, ER varlığı, ETV5 ifadesini azaltıyor olabilir. Bu da bir transkripsiyon faktörü olan ETV5'in reseptörü kodlayan genlerle ilişkili olabileceğini düşündürebilir. ETV5 ifadesindeki azalma; transkripsiyonel düzenleme, tümör mikroçevresinin etkileri, kanser hücrelerinin moleküler özellikleri ve post-transkripsiyonel süreçler gibi çeşitli faktörlere bağlı olabilir. Anahtar kelimeler: ER pozitif, üçlü negatif, meme kanseri, duktal karsinom
Yüksek moleküler ağırlıklı hyaluronik asit ile uyarılmış WWOX''un baş ve boyun kanserindeki rolünün araştırılması
Bu tez çalışmasında, yüksek moleküler ağırlıklı hyaluronik asit (HMW-HA)'in baş ve boyun kanserindeki biyolojik etkileri ve bu etkinin tümör baskılayıcı WWOX geni ile ilişkisi araştırılmıştır. SCC-25 kanser ve HET-1A normal hücre hatlarında yapılan uygulamalarda, HMW-HA'nın hücre canlılığı, sitotoksisite, apoptoz göstergeleri ve hyaluronidaz (HYAL1) düzeyleri üzerindeki etkileri analiz edilmiştir. Moleküler yerleştirme çalışmaları ile HMW-HA'nın WWOX proteini ile olası bağlanma bölgeleri belirlenmiş; RT-qPCR ve Western blot analizleri ile WWOX ve ilişkili genlerin ifade düzeyleri değerlendirilmiştir. Bulgular, HMW-HA'nın WWOX ifadesini artırdığını ve bazı apoptozla ilişkili genlerin ifadesini değiştirdiğini göstermiştir. Bu sonuçlar, HMW-HA ve WWOX'un birlikte hedeflenmesinin baş ve boyun kanserlerinde potansiyel bir tedavi stratejisi olabileceğine işaret etmektedir.
Nanopore sekanslama teknolojisi kullanılarak, kişi tanımlama kiti geliştirilmesi
Amaç: İnsan Deoksiribo Nükleik Asidi (DNA) bilinen en stabil biyolojik materyallerden bir tanesi olup, kişiye özel bir çok tanımlama bölgesi içermektedir. Son yıllarda, DNA üzerindeki belirli Tek Nükleotid Polimorfizm'lerinin (Single Nucleotide Polymorphism-SNP) genotiplendirilmesi, özellikle kimliklendirme çalışmalarında giderek yaygınlaşan ve yüksek ayrım gücü sunan bir yöntemdir. Genotiplendirme işlemi, yeni nesil dizi analizi teknolojisindeki hızlı ilerlemeler sayesinde giderek pratikleşmiş olsa da bu cihazların birçoğunun uzun sürede sonuç vermesi ve büyük veri analizleri gerektirmesi, özellikle hızlı kimliklendirme gereken durumlarda büyük bir dezavantaj oluşturmaktadır. Bununla birlikte, 4. nesil olarak geçen Oxford Nanopore teknolojisini kullanan bir cihazın (Minion) uzun okumalar yapması, hızlı analiz ve küçük boyutları sayesinde sahada kullanıma imkan sağlaması, bu dezavantajları ortadan kaldırmıştır. Bu projede; Oxford Nanopore sekanslama platformuna uyum sağlayacak, teknolojik ve pratik SNP temelli bir kişi tanımlama prototipi geliştirilmesi amaçlanmıştır. Gereç ve yöntem: Ticari DNA kullanılarak, literatürde kişi tanımlama için sıklıkla kullanılan 52 SNP bölgesi multipleks Polimeraz Zincir Reaksiyonu (Polymerase Chain Reaction-PCR) metodu ile amplifiye edilmiştir. Bu amplikonlar Oxford Nanopore Minion cihazı ile sekanlanmıştır. Sekans verilerine göre özgün bir biyoinformatik iş akışı tasarlanmıştır. Bulgular: Üç ticari DNA örneği üzerinden yapılan çalışmalarda Nanopore verilerinin 52 SNP bölgesinde de tam olarak doğru sonuç verdiği gözlenmiştir. Toplam süre 1 saatin altında tamamlanmıştır. Sonuç: Bu tez sonucunda 52 adet SNP bölgesi Oxford Nanopore Minion cihazıyla başarılı bir şekilde sekanslanmıştır. Aynı zamanda SNP temelli kişi tanımlama için dünya üzerinde erişilmiş en hızlı süre elde edilmiştir.
Kopya sayısı varyasyonlarının makine öğrenme yöntemi ile analiz edilmesi
Kopya sayısı varyasyonları insan genomunun yaklaşık yüzde ikisinde bulunan belirli bir DNA bölgesinin kayıp veya kazançlarıdır. Yapısal varyasyonlar arasında yer alan bu grup sağlıklı popülasyonda bulunabileceği gibi ilgili bölgenin kayıp veya kazançları klinik tablolarla ilişkilendirilebilir. Tespit edilen kopya sayısı varyasyonunun klinik olarak yorumlamak aile çalışmasını da gerektiren, klinik ve genetik verinin değerlendirme sürecidir ve her zaman doğru bilgiye ulaşılamamaktadır. Kullanımı artan makine öğrenme algoritmaları tıp alanında da kullanılmakta ve özellikle büyük veri setlerinin bulunduğu genetik gibi alanlarda giderek önem kazanmaktadır. Bu çalışma ile kopya sayısı varyasyonlarının klinik açıdan değerlendirilmesinde makine öğrenme algoritmalarının kullanımı amaçlanmıştır. ClinVar veri seti ile birden fazla çok sınıflı makine öğrenme algoritmaları kullanılarak makine öğrenme modelleri oluşturulmuştur. Daha küçük veri seti ile yapılan modelde çok sınıflı karar ağacı ile ortalamada 0,96 doğruluğa ulaşılırken ana veri setinde yine çok sınıflı karar ağacı ile 0,86 doğruluğa ulaşılmıştır. Çalışmada sık karşılaşılan tanımlı varyantların daha yüksek başarı ile tanımlandığı, yine iki sınıflı benign patojenik ayrımında modelin daha başarılı olduğu gösterilmiştir. Bu çalışma kopya sayısı varyantlarının klinik değerlendirilmesinde kullanılabilecek ve tanıyı otomatikleştirebilecek öncül bir makine öğrenme modeli oluşturulabileceğini göstermiştir.
Dikkat eksikliği hiperaktivite bozukluğunda (DEHB), yavaş bilişsel tempo (YBT) semptomlarının dopaminerjik yolak ile ilişkisinin genetik açıdan incelenmesi
Amaç: Dikkat Eksikliği ve Hiperaktivite Bozukluğu (DEHB), yüksek kalıtsallık gösteren, multifaktöriyel, poligenik bir hastalıktır. Şimdiye kadar DEHB tanısıyla ilişkilendirilmiş varyantlar patogenezin çok küçük bir kısmını açıklayabilmektedir. Buna da en büyük sebep olarak DEHB olgularındaki fenotipik heterojenite gösterilmektedir. DEHB heterojenitesini azaltmaya yönelik çalışmalar yavaş bilişsel tempo (YBT) kavramını araştırmaya dair ilgiyi arttırmıştır. Bu çalışmadaki amacımız DEHB hastalarında saptanan genetik varyantların biyobelirteç olarak temsil gücünü arttırmak için, DEHB klinik heterojenitesini azaltmak ve bu varyantların YBT tanısı ile olan ilişkisini incelemektir. Gereç ve Yöntem: Çalışmamızda 26 YBT tanılı olgu, 69 YBT-DEHB tanılı olgunun verileri 147 DEHB tanılı olgu ve 92 sağlıklı kontrolün verileriyle karşılaştırıldı. YBT tanısı alan olgularda, DEHB tanısı alan olgularda ve sağlıklı kontrollerde DAT1 (3'UTR bölgesinde 40 bç tekrar bölgesi), DRD4 geni (ekzon 3' te meydana gelen 48 bç tekrar bölgesi) VNTR bölgeleri incelendi. Bunun yanı sıra, BDNF (rs6265), SNAP-25 (rs3746544-rs1051312) ve SYN3 (rs133945-rs133946) polimorfizmleri ise RFLP yöntemi ile değerlendirildi. Bulgular: DAT1, DRD4 ve BDNF genlerinde gruplar arasında istatiksel olarak anlamlı farklılık saptanırken (p<0,05), SNAP-25 ve SYN3 genlerinde anlamlı düzeyde farklılık bulunmamıştır (p>0,05). DAT1 geni için 10R/10R genotipi, DRD4 geni için 7R alleli ve BDNF geni için A alleli en yüksek oranda YBT olgularında saptanmıştır. Sonuç: YBT semptomları olan olguların DEHB tedavisinde kullanılan metilfenidat tedavisine yanıtsız olduğu önceki çalışmalarda belirtilmiştir. DEHB ile ilişkili farmokogenetik çalışmalarda azalmış metilfenidat yanıtıyla ilişkili genetik belirteçler DAT1 geni için 10R/10R genotipi, DRD4 geni için 7R alleli ve BDNF geni için A allelidir. Çalışmamızda metilfenidata yanıtsızlıkla ilişkili bulunan allellerin tümü YBT olgularında hem sağlıklı kontrollerden hem de DEHB olgularından yüksek saptanmıştır. Çalışmamızın sonuçları sonraki yapılacak DEHB aday gen çalışmaları ve farmakogenetik çalışmalarında, DEHB ile birlikte YBT semptomlarının da araştırılması gerekliliğini göstermektedir. YBT tanı grubuna yönelik yapılmış ilk aday gen çalışması olup bulguların farmakogenetik çalışmalarla desteklenmesine ihtiyaç duyulmaktadır.
Saanen ırkı keçilerde alfa-laktalbumin ve büyüme hormon gen polimorfizminin incelenmesi
Bu çalışmada Saanen ırkı keçilerde LALBA (alfa-laktalbumin) ve GH (büyüme hormonu) gen polimorfizminin incelenmesi amaçlanmıştır. Ege Üniversitesi Ziraat Fakültesi Zootekni Bölümü Küçükbaş Hayvan Araştırma ve Uygulama Biriminde yetiştirilen Saanen ırkı keçilerden toplam 72 baş hayvan, materyal olarak kullanılmıştır. LALBA geni üçüncü ekzon ile GH geni ikinci, üçüncü ekzon bölgelerindeki polimorfizmler, PCR-RFLP yöntemiyle sırasıyla MvaI ve HaeIII restriksiyon enzimleri kullanılarak incelenmiştir. LALBA/MvaI lokusunda A1A1 (128 bç, 140 bç) genotipi, GH/HaeIII lokusunda ise AA (366 bç, 56 bç) ve AB (422 bç, 366 bç ve 56 bç) genotipleri belirlenmiştir. LALBA/MvaI lokusu monomorfik bulunmuştur. GH/HaeIII lokusu bakımından GH-A ile GH-B olmak üzere iki farklı allel belirlenmiştir. Popülasyonda, GH-A allel frekansı 0.77 ile GH-B alleline göre yüksek bulunmuştur. Ele alınan popülasyonun GH lokusu bakımından Hardy-Weinberg dengesinde olmadığı tespit edilmiştir. Anahtar sözcükler: Keçi, Saanen, GH, LALBA, polimorfizm, PCR-RFLP, MvaI, HaeIII.
Fenil alanin hidroksilaz ( PAH) genindeki nükleotid yer değişimlerinin enzim aktivitesi ile ilişkisi
Hyperphenylalaninemia (HPAs), en sık görülen ve doğuştan gelen metabolizma bozukluğudur (1: 10.000), resesif kalıtımlı ve fenilalanin hidroksilaz (PAH) genini kodlayan mutasyonlar sonucunda meydana gelmektedir. PAH L-Fenilalanini , L-Tyrosine dönüştürmektedır. PAH süprese olmasıs L-Phe ve toksik metabolitlerin birikimine yol açmaktadır . HPAs Phe serum seviyelerine uygun olarak üç grupta incelenmektedir : 1. Klasik PKU 2. Hafif PKU 3.Hafif HPA . kromozom 12 üzerinde yer alan PAH geni, 171 kb ve 13 eksondan oluşmaktadır. Bugüne kadar PKU için 600'den fazla etken mutasyonlar , tüm PAH genine tarif edilmekte olup , bunlardan : %62 missens mutasyon ; %14 delesyon ; %11splise sit mutasyon %6 nonsens mutasyon ;%2 insersiyondur . PAH, hepatik monooksijenaz ve 452 amino asitli 6R-L-eritro-5,6,7,8-tetrahidrobiopterin (BH4) ve moleküler oksijen kullanarak L-Phe , L-Tyr dönüşümünü kataliz etmektedir. PAH üç domaindan oluşur : 1. N-terminal düzenleyici domain 2. Geniş katalitik domain 3. C-terminal tetramerizasyon domain . Ayrıca HPA ilk tanımlanan metabolik bozukluğudur ve klinik semptomları önlemek için kısıtlı-Phe diyeti tedavi olarak saptanmıştır. Benim tezin amacı 25 PKU hastalarında ve 25 taşıyıcılarda PAH geninin moleküler analizi gerçekleştirmek için yapılmiştır. PAH mutasyonlarının analizi ve PAH geninin moleküler epidemiyolojisini tanımlayabilmek ve Ege'nin diğer bölgelerinden gelenlerden elde edilen verileri karşılaştırmak amaçlandı. PAH geninin analizi, amplifikasyon ve tüm gen direk sekanslama ile, periferal kandan genomik DNA ekstraksiyon yoluyla gerçekleştirilmiştir. Çalışmanın son aşamasında, optimize edilmiş negatif hastalarda PKU etken mutasyonların tespitlenmesi, intron ve düzenleyici bölgeler dahil olmak üzere tüm PAH geninin dizi analizi yapılmıştır. Sonuç olarak, bizim çalışmamızda, hastalarda PAH geninin taşıyıcı veya kalıcılık riski mutasyonların epidemiyolojisi ve aile içinde PKU prenatal tanı, PKU hastalarında BH4 duyarlılığı, mutasyonları ve fenotip ile hastalığın ilişkisi saptandı . Veri görünümünde, ülkemizde meydana gelen çeşitli yerleşimler tarihsel ve antropolojik noktanın yenilenmesine yardımcı olabilirliği amaçlanmıştır.
Genetic diversity of almonds (Prunus dulcis) of Datça
Anatolia?s agricultural biodiversity, which has evolved with the contributions of many different cultures over thousands of years, is today being rapidly eroded as a result of climate change, population growth, globalization and agricultural policies. On the other hand, in every part of Anatolia, there are fruit varieties that are adapted to local soil and climate conditions, resistant to local pests and diseases, and require no irrigation, artificial fertilizer or pesticides. Unfortunately, most of these fruit varieties are today threatened by urbanization, soaring land prices and marketing problems in addition to agricultural policies. These fruit varieties are important genetic resources essential for the food security in the face of climate change and with their diverse flavors and traditional uses they are a significant part of Turkey?s cultural heritage. Since 2007, as a part of the "FRUIT LANDRACES OF MUĞLA: CULTURAL HERITAGE, DATABASE AND CONSERVATION PROJECT?, 96 almond landraces (Prunus dulcis) has been recorded in Datça. Molecular characterization and the genetic diversity of these almonds is the subject of this thesis. Using microsatellite (SSR) markers, molecular data were gathered in the form of DNA fingerprints and phylogenetic relatedness of these varieties was constructed on a dendrogram. From this data 82 unique almond varieties were identified. DNA fingerprints could allow the registration of these unique varieties as Datça?s landraces. Moreover, this data can be used for the selection of proper varieties for agricultural hybridization studies for the development of new and better cultivars.
Identification of novel genes involved in planar cell polarity establishment in the Drosophila eye
In multicellular organisms proper functioning of tissues requires precise patterning of cells, which is acquired by apical-basal and planar cell polarization. To establish planar cell polarity (PCP), cells have to organize themselves along the plane of the epithelium. The mechanisms leading to this organization include several signalling pathways and cytoskeletal arrangements. Although general aspects of PCP have been elucidated, a complete view has not been established yet. It is known that genetic control of planar cell polarization is highly conserved among vertebrates and invertebrates. The Drosophila eye is a remarkable model system to study PCP, which is evident in organization of photoreceptors (PRs) into trapezoidal structures pointing to opposite directions in different halves of the eye. In the process of polarization, PR clusters require correct specification of R3/R4 cells, followed by chirality establishment and ommatidial rotation. We aimed to identify novel genes involved in PCP establishment by following two approaches. In the first approach, effects of six putative R3/R4 specific genes (CG33259, cropped, faint sausage, polychaetoid, Stubble, taranis) were analyzed by RNAi down-regulation, and faint sausage (fas) was determined as a promising candidate. Then, we generated recombinant fas-mutant flies to use in further mutant analyses. In the second approach, R3/R4 cells were sorted by FACS and analyzed by RNA-Seq in order to identify differentially expressed (DE) genes that might have role in PCP establishment. From this analysis, ets domain lacking (edl) appeared to be an interesting candidate. Additionally, we used this dataset to predict putative transcription factors that might be regulating differentially expressed genes. These analyses yielded six putative regulators of the DE genes in R3/R4: Trithorax-like, Grainy head, Jim, DNA replication-related element factor, Cropped, and CG7928. Furthermore, gene regulatory network data were used to dissect the Svp targetome, hypothesizing that this targetome might be containing genes contributing to PCP in the eye. Out of four putative targets that were selected for validation (couch potato, bruchpilot, futsch, pebbled), only one, pebbled, was verified as being regulated by Svp.
Identification of novel genes involved in the etiology of benign neonatal/infantile epilepsy syndromes and genetic epilepsy with febrile seizures plus (GEFS+)
Epilepsy is among the most prevalent episodic neurological disorders. Genetic factors play a major role in the etiology of epilepsy. This thesis included analysis of families with distinct epilepsy phenotypes in order to delineate their complex genetic background using advanced and highthroughput current technologies. The first part of the thesis comprised a large family with BFIS phenotype which was analyzed and found to have a synonymous change in the SCN1B gene affecting splicing efficiency as shown in neuronal cell culture and by in silico tools. It was the first time SCN1B gene was shown to be associated with the BFIS phenotype. Several patients in the family also had KCNQ2 gene copy number gain and a frameshift mutation in the PRRT2 gene. The lower penetrance of these two BFIS associated gene mutations indicated the oligogenic nature of the disease. Additional families with BFIS phenotype were also analyzed for point mutations in the SCN1B and PRRT2 genes. A frameshifting 2 bp deletion in the PRRT2 gene was found in one family and rare SNPs in SCN1B genes were identified in other families. Five BFNS patients with neonatal disease onset, on the other hand, had inherited KCNQ2 gene copy number gain mutations suggesting that KCNQ2 duplications mutations may also be implicated in the etiology of BFIS/BFNS phenotypes. In the second part of the study a large multiplex, multigenerational kindred with epilepsy similar to GEFS+ phenotype and with patients having idiopathic generalized or partial epilepsy subtypes was analyzed by current genomic technologies and found to have a VNTR expansion on the mir137 gene in significantly higher numbers in individuals with epilepsy phenotypes. The VNTR expansion disrupts the expression of mir137 that targets all the genes involved in schizophrenia, synapses formation and important ion channel genes involved in epilepsy.