Aminoasit bazlı biyomoleküller üzerine radyasyon etkisinin moleküler dinamik simülasyonla incelenmesi

Canlı organizmalarının yapı taşları olan aminoasit bazlı biyomoleküller, proteinler, canlı organizmalarda birçok görev almakla birlikte birçok görevi ve etkisi hala belirlenememiştir. Bununla birlikte radyasyonun canlı organizmalar üzerine etkilerini belirlemek için moleküler düzeyde yapılan çalışmalar proteinler üzerine yoğunlaşmaktadır. Deneysel yöntemle çalışılamayan ve atomik seviyede yapılacak simülasyon çalışması ile proteinlerin termodinamik özelliklerinin ve radyasyonun proteinler üzerinde oluşturacağı yapısal değişikliklerin incelenebileceği hipotezi ile yapılan bu tez çalışmasında moleküler dinamik simülasyonu kullanılmıştır. Proteinlerin termodinamik özelliklerini, sıcaklığın ve ultraviyole radyasyonun oluşturduğu yapısal değişiklikleri inceleyerek analizler yapılmıştır. Moleküler Mekanik kuvvet alanı yöntemi ile CHARMM parametreleri kullanılarak farklı atom sayılarına sahip 25 biyomolekül için model yapı oluşturulmuş ve bu yapılar için LAMMPS moleküler Dinamik simülatörü kullanılarak simülasyonlar yapılmıştır. Yapılan simülasyonlar ile aminoasitlerden 17 tanesinin termodinamik özellikleri belirlenmiş ve elde edilen parametreler deneysel parametrelerle karşılaştırılmıştır. Simülasyon sonuçları ile deneysel parametreler arasında %2,57'lik fark olan hesaplamalar yapılmıştır. Deca-alanin ve hücreye nüfuz eden peptitlerden birinin termodinamik özellikleri ve radyasyonun oluşturduğu yapısal değişiklikler incelenmiştir. İnsan hemoglobini protein yapısı için sıcaklığa bağlı termodinamik özellikler ve radyasyonun oluşturduğu yapısal değişiklikler incelenmiştir. 2019-nCoV proteaz proteinleri için sıcaklığa bağlı termodinamik özellikler araştırılmış ve 2019-nCoV spike protein yapısı için termodinamik özellikler incelenerek spike proteine radyasyonun oluşturduğu yapısal değişiklikler incelenerek analiz edilmiştir.