Antepfıstığında (Pistacia vera L.) yeni nesil tekrar-sekanslama verilerinde biyoinformatik araçlarla mutasyonların tespiti ve meyve özellikleri ile bağlantılı lokusların ilişkili haritalama yöntemi ile belirlenmesi

Antepfıstığı (Pistacia vera L.) ülkemizin en önemli sert kabuklu meyve türlerinden biridir. Antepfıstığının gençlik kısırlığı süresinin çok uzun olması nedeniyle erken seleksiyonun yapılabilmesi oldukça önemlidir. İşte bu çalışmada ilişkili haritalama yöntemini kullanarak antepfıstığında meyve özellikleri ile ilişkili lokusların genom seviyesinde belirlenmesi hedeflenmiştir. Bu çalışma kapsamında 150 adet antepfıstığı çeşit ve genotipi 2 yıl süresince hasat tarihi ve 25 farklı meyve pomolojik özelliği bakımından karakterize edilmiştir. Aynı zamanda, 150 adet antepfıstığı çeşit ve genotipinin 15x yoğunluğundaki (yaklaşık 10 Gb) tüm genom dizisi elde edilmiştir. Toplam 150 adet antepfıstığı çeşit ve genotipinden elde edilen diziler Siirt çeşidinin tüm genom dizisine haritalanmış ve toplam SNP sayısı ise 21,794,564 olarak ve toplam InDel sayısı ise 6,123,840 olarak hesaplanmıştır. Toplam lokus sayısı (SNP+InDel) 27,918,404 olarak hesaplanmış ve eksik veri oranı %5 ve minör allel frekansına (MAF=0.05) göre filtrelenmiştir. Toplam 2,685,844 SNP markörü haritalamada kullanılmak üzere elde edilmiştir. Antepfıstığı çeşit ve genotiplerinin populasyonun yapısı ADMIXTURE programı ile ortaya çıkarılmış muhtemel populasyon sayısı K=10 olarak belirlenmiştir. İlişkili haritalama sonucunda dokuz farklı özellikte toplam 113 adet yüksek bağlantılı lokus belirlenmiştir. Ayrıca lokuslar arası korelasyon bağlantı denksizlik (Linkage Disequilibrium) analizi ile belirlenmiş ve ortalama r2 değeri 100 kb genom aralığında 0.60 gibi yüksek oranda lokuslar arası korelasyon hesaplanmıştır. İlişkili lokusların genom anotasyonu sonucunda en fazla intergenik bölgelerde en az ise UTR3, UTR5 ve upstream:downstream bölgelerinde olduğu belirlenmiştir. Eksonik bölgelerde bulunan varyantların fonksiyonel anotasyonları sonucunda ise çıtlama oranı özelliği ile ilişkili olan pistachio.v30011260 genin hücre bölünmesinden kardeş kromatitlerin ayrılmasına kadar birçok biyolojik süreçte görev aldığı belirlenmiştir. Elde edilen sonuçların antepfıstığı ıslahında ileriki çalışmalarda markör destekli seleksiyonda kullanılabileceği düşünülmektedir.