Apoptoz, otofaji ve retrograde transkripsiyonun CYC1, SUC2 ve GPD1 genlerinin ekspresyonlarına etkilerinin incelenmesi

Apoptoz hücrenin fizyolojik ve patalojik şartlarda kendini ortadan kaldırmasını sağlayan, bir programlanmış hücre ölüm mekanizmasıdır. Otofaji ise hücrede açlık durumlarında veya farklı uyaranların etkisi ile hasarlı organellerin ve bazı proteinlerin otofagosom denilen bir çift katlı membran yapısı içinde biriktirilerek geri dönüştürülmesidir. Retrograd kontrol ise mitakondriden nükleusa sinyal iletim mekanizması olup mitokondriyel hasarlar veya Krebs döngüsü bozuklukları ile aktive edilebilir. Bu sinyallere bağlı olarak aktive edilen transkripsiyon faktörleri nükleusa girerler ve hedef genleri ekspres ederek mitakondriyel hasarların onarılmasını sağlarlar. S. cerevisiae'da GPD1, CYC1 ve SUC2 genleri sırasıyla gliserol-3-fosfat dehidrojenaz enzimini, sitokrom-c, izoform-1 proteinini ve invertaz enzimini kodlarlar. Bu araştırmada S. cerevisiae'da apoptoz, otofaji ve retrograd kontrolün, GPD1, CYC1 ve SUC2 genlerinin transkripsiyonuna etkileri incelendi. Apoptoz koşullarının aktivasyonu ile GPD1, CYC1 ve SUC2 genleri transkripsiyonlarının baskıladığı görüldü. Otofaji koşullarında ise yaban tip maya suşunda GPD1 geni transkripsiyonunda düşük seviyelerde azalma görülürken, CYC1 geni transkripsiyonu etkilenmedi. SUC2 geni ekspresyonunun ise 3-kat baskılandığı görüldü. Apoptoz ve otofaji koşullarında Hog1p ve Tor1p kinazlarının bu genlerin transkripsiyonlarına farklı etkileri olduğu görüldü. İnvertaz aktivitesi ölçüldüğünde apoptozun invertaz sekresyonunu tamamen önlediği otofaji aktivasyonunun ise invertaz sekresyonuna önemli etkisi olmadığı bulundu. Retrograd kontrol mekanizmasının transkripsiyon faktörleri olan Rtg1/3p kompleksi retrograd hedef genlerinin promotorlarında R kutusu denilen sekansa bağlanmaktadır. GPD1, CYC1 ve SUC2 genlerinin promotorları R-kutusu sekansları için biyoinformatik araçlar ile analiz edildi. GPD1, CYC1 ve SUC2 genlerinin promotor bölgelerinde çok sayıda R-kutusu sekansı olduğu bulundu. Bu sonuçlar hücrede önemli metabolik işlevleri olan GPD1, CYC1 ve SUC2 genlerinin transkripsiyonlarının apoptoz, otofaji ve retrograd sinyal mekanizmalarına bağlı olarak belirli derecelerde kontrol edildiğini göstermektedir.