Bacillus amyloliquefaciens EU07 izolatının turunçgil kahverengi çürüklük ve gövde zamklanması hastalığı etmeni Phytophthora citrophthora'ya karşı antagonistik etkinliği ve etki mekanizmalarının moleküler karakterizasyonu

Tarım, dünyanın besin ihtiyacını karşılamasınn yanı sıra sanayi için hammadde sağladığından ülkelerin ekonomisindeki değeri gün geçtikçe artmaktadır. Rutaceae familyasında önemli yere sahip olan narenciye bitkileri sadece besin ihtiyacını karşılamada değil kozmetikte, endüstride ve tıpta kullanımı oldukça yaygındır. Narenciye hastalıkları, narenciye üretiminde büyük bir sorundur. Omycetes grubundan olan P. citropthora'nın neden olduğu kahverengi çürüklük ve gövde zamklanması hastalığı turunçgillerde ekonomik kayıplara neden olur. Hastalığın kontrolünde genellikle kimyasal mücadale yöntemleri kullanılmaktadır. Ancak bu yöntemler yeterli olmamakta ve çevre kirliliğine neden olmaktadır. Bu nedenle biyolojik yöntemlerin önemi dikkat çekmektedir. Bu çalışmada, B. amyloliquefaciens EU07'nin patojen üzerindeki antagonistik etkisi, in vitro da ikili kültür deneyleri ile incelenmiştir. EU07, 14 günlük inokülasyonun sonunda in vitro analizlerinde misel büyümesi üzerinde %69,2 oranında baskı olduğunu göstermiştir. Daha sonraki çalışmalarda, EU07 suşu tarafından üretilen hücre duvarını parçalayabilen peptit metabolitleri ve majör enzimlerin etkisi, P. citrophthora'nın misel büyümesi üzerinde gözlenen bu baskılamada rollerinin olup olmadığı araştırılmıştır. Bu rekabeti gözlemlemek için her iki mikroorganizma da uygun karbon kaynakları açısından eşit büyüme şansı verilerek aynı sıvı kültürde büyütülmüştür. EU07'nın kültür filtratı, etanol çökeltmesinden sonra enzimatik aktivite için kullanılmıştır. EU07, kültür ortamında tek başına kıyasla patojen ile karşılaştığında 1.61 U kat daha yüksek proteaz aktivitesi göstermiştir. EU07 suşu genomunda saptanan minör hücre dışı proteaz Vpr, NCBI aracılığla BLAST karşılaştırmasına göre B. amyloliquefaciens türlerine ait S8 ailesi serin proteazlara yüksek benzerlik göstermiştir. Bu aktivite, proteaz aktivitesi ile patojenin RXLR efektör proteini arasındaki olası etkileşim ile ilişkilendirilmiştir. HADDOCK sunucusu yardımıyle yapılan hesaplamalı analiz, -48.2 +/- 14.9 kJ/mol ile Van der Waals Enerjisi aracılığıyla bağlanma olanağına sakip olduğunu göstermiştir. Bu veriler, EU07'nin daha yüksek proteaz aktivitesi nedeniyle patojeni inhibe edebildiğini kanıtladı. Gelecekteki çalışmalarda, EU07'nin diğer Omycetes grubuna ait fungusların kontrolü için biyolojik kontrol ajanı olarak daha ayrıntılı şekilde inhibe edici potansiyeli araştırılacaktır.