838
Arşivlenen Tez
0
DOI Atanmış
0%
DOI Oranı
Anabilim Dalı
Catharanthus roseus l. bitki özütlerinin 3t3-l1 fare hücre hatlarında bazı obezite ve insülin direnci markörlerine olan etkisi
Obezite günümüzde giderek artan bir halk sağlığı problemi haline gelmiş ve obez bireylerin sayısı geçen 20 yıl içerisinde iki kat artmıştır. Obezite beraberinde gelen kardiyovasküler hastalıklar, kanser, astım, insülin direnci ve bunun neden olduğu Tip II diyabet büyük sağlık sorunlarına yol açmıştır. Obezite ve insülin direncinin tedavisinde birçok farmakolojik yaklaşım bulunmaktadır. Fakat farmakolojik ilaçların beraberinde gelen yan etkiler araştırmacıları daha güvenli ve etkili alternatif tedavi yolları aramaya yöneltmiştir. Catharantus roseus bitki özütleri Malezya, Hindistan, Nijerya, Meksika ve birçok ülkede halk arasında insülin direnci ile ilişkili olan Tip II diyabeti iyileştirmek amacıyla kullanılmaktadır. Diyabetik ve yüksek fruktozla beslenmiş farelerde yapılan in vivo çalışmalar, bitkinin kan şekeri ve lipit metabolizması üzerine olumlu etkisi olduğunu kanıtlamıştır. Ancak bitkinin, aşırı yağ birikimiyle kendini gösteren obezite ve kan şekerinin dolaşımdaki seviyesinin artışıyla karakterize insülin direnci üzerindeki etkisi ile ilgili moleküler mekanizmalara etki şekli açısından çalışmalara gereksinim duyulmaktadır. Bu amaca yönelik olarak preadiposit fare 3T3-L1 hücre hattı adipositlere diferansiye edilmiştir. Adiposit hücreler Catharantus roseus bitki özütü ile muamele edilmiş, muamele edilen hücrelerde obezite (LPL, FAS) ve obeziteyle ilişkili ekstra selüler matriks bileşeni (Kolajen-V), insülin direnci (GLUT-4) ve inflamasyon (IL-6) markör genlerinin ekspresyon analizi Real-time PCR aracılığı ile yapılmıştır. Analiz 18S ile normalize edilmiştir. Çalışma sonucunda Catharantus roseus bitkisinin toprak üstü bölgesinden elde edilen ekstraktın 12,5 µg/ml dozunun hücrelere 24 ve 48 saat uygulanması, ekstrakt uygulanmamış kontrol grubuna kıyaslandığında obezite ve insülin direnci durumunda ortaya çıkan inflamasyon markörü IL-6'nın ekspresyonunu düşürmüştür. Obezite durumunda ekspresyonları artan LPL ve FAS genlerinin 24 saat ekstrakt uygulamasından sonra ekspresyonlarında anlamlı bir düşüş gözlemlenmesine karşın 48 saat ekstrakt uygulamasından sonra bu etki gözlemlenememiştir. Yine obezitede ekspresyonu artış gösteren ekstraselüler matriks bileşeni Kolajen V'te ekstraktın hem 24 saati hem 48 saati artan ekspresyon seviyelerini düzenlemede etkili olmuştur. İnsülin direnci markörü GLUT-4 üzerinde bitki ekstraktının etkisi bulunamamıştır.
Holothuria tubulosa türünden elde edilen kloroform özütünün potansiyel sitotoksik ve antioksidan etkileri
Doğal ürünler çok eski çağlardan beri çeşitli hastalıkların tedavisi için kullanılmaktadır. Deniz ortamı zengin biyoçeşitliliği ile yeni ve öncü biyoaktif bileşikler için önemli bir kaynak durumundadır. Bu çalışmada ülkemizin Muğla/Gökova Körfezi' nden toplanan H. tubulosa deniz hıyarından elde edilen kloroform (HTK) özütünün kanser hücreleri üzerindeki potansiyel sitotoksik etkisinin yanı sıra özütün potansiyel antioksidan aktivitesi ve fenolik bileşik içerikleri araştırılmıştır. A549, HeLa, MCF-7, PC-3 insan kanser hücre hatları ve HEK-293 hücre hattı üzerinde HTK özütünün konsantrasyon (1-0.0078 mg/mL) ve zamana (24, 48 ve 72 saat) bağlı olarak hücre canlılığı üzerindeki etkisi MTT testi ile değerlendirilmiştir. Bu deneyden elde edilen sonuçlara göre özütün test edilen her hücredeki IC50 değeri her inkübasyon zamanı için ayrı ayrı hesaplanmıştır. HTK özütünün 48 saat için A549 ve HeLa hücre hatları üzerindeki apoptotik etkisini saptamak için Anneksin V/FITC yöntemine başvurulmuştur. Ayrıca özütün A549 ve HeLa hücrelerindeki hücre döngüsü analizi flow sitometri ile gerçekleştirilmiştir. HTK özütünün antioksidan aktivitesini belirlemek amacıyla özütün DPPH serbest radikal giderim aktivitesi, ABTS radikal katyonu giderim aktivitesi, β-karoten/linoleik asit toplam antioksidan akvitesi, fosfomolibdenyum antioksidan aktivitesi ve demir iyonu indirgeme gücü antioksidan aktivitesi araştırılmış ayrıca özütün toplam flavonoid ve toplam tanen miktar analizleri yapılmıştır. HTK özütünün içeriğindeki fenolik bileşikleri HPLC analizi ile belirlenmiştir. Hücre hatları için hesaplanan IC50 değerleri dikkate alındığında kanser hücreleri arasında en düşük IC50 değeri (35.62 µg/mL) 72 saatte A549 hücre hattı için belirlenmiştir. A549 ve HeLa hücrelerinde özüt konsantrasyonu artışına bağlı olarak toplam apoptotik hücre yüzdesinin arttığı belirlenmiştir. Toplam apoptotik hücre yüzdesi 1 mg/mL konsantrasyondaki özüt ile muamele edilen A549 hücrelerinde %73.7 olarak belirlenirken HeLa hücrelerinde %87.5 olarak belirlenmiştir. 0.5 mg/mL konsantrasyondaki HTK özütünün ise kontrol hücrelerine kıyasla A549 ve HeLa hücrelerinde apoptotik hücre yüzdesinde sırasıyla yaklaşık %21.6 ve %40.9 oranında artışa neden olduğu görülmüştür. 0.125 mg/mL özüt ile muamele edilen A549 hücrelerinde G1 evresindeki hücre yüzdesi %53' ten %62' ye HeLa hücrelerinde G1 evresindesi hücre yüzdesi ise %52' den %82' ye artmıştır. HTK özütünün DPPH serbest radikal giderim aktivitesi, ABTS radikal katyonu giderim aktivitesive β-karoten/linoleik asit yöntemi ile belirlenen toplam antioksidan aktivitesi pozitif kontrol olarak kullanılan BHA' nın antioksidan kapasitesinden düşük bulunmuştur. Özütün fosfomolibdenyum yöntemi ile belirlenen antioksidan kapasitesi Askorbik aside eşdeğer olarak 32.511 mg AAE/g özüt bulunurken demir iyonu indirgeme gücü antioksidan kapasitesi ise Troloksa eşdeğer olarak 30.406 mg TE/g özüt olarak bulunmuştur. HTK özütünün toplam flavonoid ve toplam tanen miktarı ise sırasıyla kuersetine eşdeğer olarak 8.5 mg QE/g özüt ve kateşine eşdeğer olarak 9.668 mg CE/g özüt olarak belirlenmiştir. HPLC analizinde standart olarak 15 fenolik bileşik kullanılmıştır. Özütün içeriğinde 7 adet fenolik bileşiğin miktarıbelirlenmiştir. Bu bileşikler arasında en yüksek miktardaki bileşik elajik asit (482.293 µg/g özüt) ve en düşük miktardaki bileşik 4-hidroksibenzoik asit (0.411 µg/g özüt) olarak bulunmuştur. Tüm verilere bakıldığında H. tubulosa' nın kanser tedavisinde kullanılabilecek potansiyel ajan kaynağı olabileceği söylenebilir. Anahtar kelimeler: Antikanser, Holothuria tubulosa, Apoptoz, Antioksidan, HPLC
Anopheles superpictus popülasyonlarında insektisit direnç alellerinin mevsimsel değişimlerinin belirlenmesi
Sivrisinekler, omurgalı bir konakçıdan aldıkları virüsler, bakteriler, protozoanlar ve nematodlar gibi tıbbi olarak önemli patojenlerin vektörüdürler. Bu patojenler sarı humma, dengue humması, batı nil virüsü, ensefalitis ve sıtma gibi hastalıklara neden olmaktadır. Sıtma, sadece Anopheline sivrisinekleri tarafından bulaşır. Anopheles superpictus türü ülkemizde önemli bir sıtma vektörüdür. Sıtma gibi sivrisinek kaynaklı hastalıklardan korunmada öncelikli olarak sivrisinek mücadele yöntemleri uygulanmaktadır. Bu yöntemler arasında en yaygın olarak kullanılan yöntem insektisit temelli kimyasal kontrol yöntemidir. İnsektisitler genel olarak organoklorin, organofosfat, karbamat ve piretroitler olarak 4 ana grupta sınıflandırılabilir. Dünya Sağlık Örgütü (DSÖ), insektisit direncini, sivrisineklerin standart dozda bir insektisite maruz kalarak fizyolojik veya davranışsal adaptasyonun sonucu hayatta kalma özelliği olarak tanımlamaktadır. Direnç gelişimi ile ilgili en temel mekanizmalardan biri hedef bölge duyarsızlaşmasıdır. Bu çalışmada Ege bölgesinde An. superpictus popülasyonlarında organofosfat direncinden sorumlu olan Ace gen ürünü ve piretroid direncinden sorumlu olan Vssc gen ürününde hedef bölge duyarsızlaşması bazında dirence sebep olan Ace G119S ve Vssc L1014F mutasyon seviyelerinin üç farklı mevsimsel dönemde (2018 ilkbahar ve sonbahar, 2019 ilkbahar) değişiminin takip edilmesi amaçlanmıştır. Yapılan çalışmalar sonucunda Ace geninde üç dönem boyunca direnç kazanımına yol açan değişimler homozigot olarak saptanamamıştır. Mutasyon frekansı birinci dönem 0,002, ikinci dönem 0,002 ve üçüncü dönem 0,00 olarak saptanmıştır. Vssc geninde düşük oranlarda mutasyon saptanmıştır. Mutasyon frekansı birinci dönem 0,025, ikinci dönem 0,013 ve üçüncü dönem 0,024 olarak saptanmıştır.
Hypericum perforatum'da tuz stresinin kallus oluşumuna etkisinin incelenmesi ve elde edilen kalluslarda UPLC-MS/MS ile fenolik bileşiklerin analizi
Ekvator kuşağından İskandinav ülkelerine kadar dünyanın farklı coğrafyalarında yayılış gösteren ve halk arasında sarı kantaron, kan otu, kılıç otu gibi farklı isimler ile bilinen Hypericum perforatum L. dünya genelinde geleneksel tıpta yüzyıllardan beri sinir hastalıkları, adet krampları, siyatik, eklem iltihabı ve midevi rahatsızlıklardan kaynaklanan ağrıların giderilmesinde ve bazı cilt hastalıklarının tedavisinde kullanılmaktadır. Ayrıca H. perforatum bitkisi içerdiği fitokimyasallar bakımından zengin bir kaynaktır. Bu bileşikler phloroglucinol türevleri, hiperforin, adhyperforin, naftodianthrones hiperisin, psödohiperisin, flavonoid, hiperosit, rutin, kuersitrin, kersetin, biapigenin, fenilpropan kafeik asit ve klorojenik asit içeren uçucu yağlar olduğu düşünülmektedir. H. perforatum başta olmak üzere Hypericum türleri son 30 yıldır farmakolojik ve kimyasal anlamda yoğun olarak çalışılmakta, bu bitkilerin tıbbi özellikleri ve önemleriyle ilgili bilimsel çalışmalara her geçen gün bir yenisi eklenmektedir ancak giderek artan sıcaklık değişimine bağlı kuraklıktan kaynaklanan toprak tuzluluğu her gün H perforatum için daha ciddi bir sorun haline gelmektedir ve bu alanda yapılan bir çalışma bulunmamaktadır. Esas olarak Sodyum Klorür (NaCl)'den kaynaklanan tuzluluk, bitki büyümesini ve üretkenliğini etkileyen en önemli çevresel faktörlerden biridir. Tuzu temizleyemeyen az yağış, toprak neminin daha hızlı buharlaşmasına neden olan sert yazlar ve gübre uygulamalarının sık ve yanlış yapılması nedeniyle çevremiz hızla kötüleştiğinden, tuzluluk giderek ciddi bir sorun haline gelmiştir. Bu çalışmada tuz stresinin etkilerinin H. perforatum bitkisinde kallus gelişimini nasıl etkilediği incelenmiştir. İlk olarak doğadan toplanan bitkinin tohumları bitki doku kültür ortamında kültüre alınmıştır. Çimlenen bitkiciklerin yaprak gelişimini sağlamak için BA ilaveli besin ortamına alınması sağlanmıştır. Kallusların farklı konsantrasyonlarda tuz içeren besin ortamlarında gelişimleri gözlenmiştir. Farklı besi ortamları altında büyüme ve gelişimleri izlenen bitkiler sonrasında ağırlık ve büyüklük bakımından karşılaştırılmış UPLC-MS-MS analizleri yapılarak fenolik bileşiklerinin değişimleri incelenmiştir. Çalışma sonucunda bitki büyüme ve gelişimindeki azalmalar gözlenmiş ve bu değişimler istatistiki olarak anlamlı bulunmuştur.
Mentha x piperita L. bitkisinde soğuk stres toleransında etkili olduğu düşünülen bazı genlerin transkripsiyonel düzeyde ekspresyonlarının real-time PCR ile tespit edilmesi
Lamiacea ailesine ait en önemli tıbbi aromatik bitkilerden biri olan Mentha x piperita L., su nanesi ile kıvırcık nanenin çaprazlanmasından oluşan hibrit bir türdür. İçerdiği sekonder metabolitler ile birçok ilacın etken maddesini oluşturmasının yanı sıra, değerli uçucu yağları sayesinde baharat olarak gıda sektöründen kozmetik endüstrisine geniş bir yelpazede kullanılmaktadır. Fakat, geçmişten günümüze iklim koşullarında meydana gelen sıcaklıklardaki ani değişimler gibi abiyotik faktörler ve antropojenik faaliyetler birçok bitki türünü olumsuz etkilemektedir. Bitkilerin üreme, büyüme ve gelişmelerini negatif etkileyen bu durumlarla başa çıkmak adına bitki stres tolerans mekanizmalarının ve sinyal yolaklarında rol alan moleküllerin keşfedilmesi gerekmektedir. Tıbbi ve ekonomik açıdan oldukça önemli olduğu bilinen M. piperita'nın tohumla üretilememesi ve ani bir şekilde değişen çevre şartlarından kolay etkilenmesi bir yana henüz bitkide soğuk stres üzerinde herhangi bir gen ekspresyon çalışması olmaması bu alanda çalışmaların yapılması gereksinimini ortaya koymaktadır. M. piperita bitkisinin farklı parametreler denenerek uzun süreli olarak koruma sağlayan kriyoprezervasyon uygulamasından sonra başarılı bir şekilde rejenere olduğu yapılan çalışmalar sonucunda belirlenmiş olup M. piperita bitkisi için kriyoprezervasyonda soğuk alıştırmanın etkili olup olmadığını bilinmemektedir. Bu amaç doğrultusunda M. piperita bitkisinde soğuk stresiyle ilişkisi olduğu düşünülen altı genin ekspresyon seviyeleri Real-Time PCR ile tespit edilmiştir. Bunun için ilk olarak M. piperita'da soğuk stres genlerine ilişkin bir sekans verisi olmadığından model organizma olan Arabidopsis thaliana'da soğuk stresle ilişkili genler tespit edildi ve ardından NCBI veritabanında iki tür arasında BLAST yapılarak hedef genlere en çok eşleşen sekanslar belirlendi. Bu sekanslara özgü primerler yine NCBI veritabanı kullanılarak tasarlandı. İlgili genlerin M. piperita bitkisinde soğuk stresiyle korelasyonunu transkripsiyonel düzeyde belirlemek adına, in vitro ortamda yetiştirilen deney materyalleri 24, 72 ve 168 saat boyunca soğuk strese maruz bırakıldı. Üç farklı deney grubu ile kontrol grubuna ait yaprak ve gövde örneklerinden total RNA izolasyonu gerçekleştirildi. Real-time PCR'da kullanılmak üzere reverse transkriptaz enzimi ile total RNA'lardan cDNA sentez edildi. Hedef genlerin mRNA ekspresyon seviyelerini kantitatif olarak tespit etmek amacıyla Real-Time PCR yapıldı. Sonuçlardan elde edilen CT değerleri, 2-ΔCT yöntemi kullanılarak 18S rRNA normalizasyonu ile altı genin kontrol grubuna kıyasla mRNA ekspresyon grafikleri oluşturuldu. Sonuçların anlamlılığı için TTEST yapıldı ve p ≤ 0.05 değerinde olanlar anlamlı kabul edildi.
Yeni bir Serratia fonticola EBS19 izolatının karakterizasyonu ve botrytis cinerea' ya karşı biyolojik kontrol ajanı olarak kullanılabilme potansiyelinin araştırılması
Botrytis cinerea, dünya çapında 100 milyar dolarlık ekonomik kayba yol açabilen gri küf hastalığına sebep olan bitki patojeni bir fungustur. Mücadelede kullanılan yüksek doz fungisitlere karşı genetik yapısını değiştirebilme ve hızla fungisit direnci oluşturabilme kabiliyetine sahiptir. Biyolojik kontrol, patojen üzerinde istenilen inhibitör etkinin yanı sıra mücadele uygulamalarında kullanılan çevreye ve insan sağlığına zararlı etkilere sahip kimyasalların olumsuz etkilerini azaltır. Bu çalışmada, patojene yönelik biyokontrol amaçlı kullanılabilecek bir Serratia fonticola bakterisinin, toprak florasından izole edilerek Botrytis cinerea'nın spor süspansiyonu üzerinde antibiyoz etkisi olduğu tespit edilmiştir. Fenol ile muamele edilerek, ortama çıkan metabolitlerin hücresiz antibiyoz etkisinden fungus sporunun büyümesini engellendiği gözlenmiştir. Patojen büyümesi üzerindeki inhibisyon sonuçları yapılan tek katlı agar ve çift tabakalı agar deneme sonuçları ile doğrulanmıştır. Daha sonra spektrofotometrik analizlere göre belirlenen optimum konsantrasyon (hücre/ml), minimal inhibisyonu konsantrasyonu (MK) ve inhibisyon yüzdesi tespit edilmiştir. In vitro testlerde kontrole kıyasla inokulasyondan 3. günde %85 ve 10. günde %65 inhibisyon etkisi oluştuğu gözlenmiştir. Bakteri suşu (EBS19), tüm genom dizi analizi ile tür ve cins düzeyinde Serratia fonticola olarak tanımlanmış ve NCBI veritabanına yüklenmiştir (Acc. Nr: PRJNA788871). KEGG veritabanı kullanılarak yapılan karşılaştırmalı analizler, patojen büyümesi üzerinde baskılayıcı rol oynayan enzimleri kodlayan genleri sınıflandırılarak genom içerisinde yerleri ileride yapılması düşünülen gene spesifik klonlama çalışmaları için tespit edilmiştir. Bu enzimlerden öne çıkan endoglukanaz/selülaz enzimlerinin aktif olarak bakteri suşu tarafından üretilip üretilmediği in vitro denemelerle de doğrulanmıştır. Ayrıca, Biolog sistemiyle yapılan analiz ile söz konusu biyolojik ajanın uygulama sonrası toprak mikroflorasıyla etkileşimi esnasında diğer mikroorganizmalara göre karbon kaynağı bakımında seçicilik yaratabilecek karbon kaynakları belirlenmiştir. Bu verilerin etkili biyopreparat bileşiminin hazırlanması bakımından ileride uygulamaya yönelik avantajlar sağlayacağı düşünülerek söz konusu biyolojik ajan adayının in vitro deneylerle teyit edilmiş kullanabileceği spesifik karbon kaynakları da belirlenmiştir.
Adipositlere farklılaştırılmış 3T3-L1 hücre hatlarında obezite ve meme kanseri ile ilişkili markörlerin ın vıtro şartlarda transkripsiyon ve translasyon düzeyinde analizi
Obezite; disfonksiyonel bir yağ kütlesiyle ilişkili, kronik düşük dereceli enflamasyon ile karakterize olan epidemik bir hastalık olup, dünya genelinde en önemli sağlık sorunu olarak kabul edilmektedir. Obezite durumunun bir sonucu olarak, beyaz adipoz dokunun patolojik yeniden şekillenmesi ve adipositokinlerin artan seviyeleri, meme kanserinin ayırt edici özelliği olan sürekli proliferatif sinyalizasyon, enflamasyon, anjiyogenez, invazyon ve metastaz ile ilişkilendirilmiştir. Yapılan çalışmalarda obezite ve meme kanseri arasındaki ilişkinin, enflamatuar sitokinleri içeren adipoz doku etrafındaki mikroçevreye bağlı olduğu gösterilmiştir. Fakat mikroçevrenin meme kanserini nasıl etkilediği tam olarak anlaşılamamıştır. Bu çalışmada, obezite ve meme kanseriyle ilişkili seçilen markörlerin, adipoz dokunun önemli bir bileşeni olan adiposit hücrelerindeki özelleşmiş farklılaşmasına bağlı ekspresyon seviyelerindeki değişimi analiz etmek amacıyla, 3T3-L1 preadiposit hücreleri kullanılmıştır. Non-diferansiye ve diferansiye hücrelerde; obezite ile ilişkili LPL, FAS ve PPAR-γ; meme kanseri ile ilişkili BRCA1, BRCA2 ve HER2 (erbB-2) markörlerinin transkripsiyonel ve translasyonel düzeyde ekspresyon seviyeleri analiz edilmiştir. Bu markörlerin transkripsiyon ve/veya translasyon düzeyinde ekspresyonlarının, kontrollere kıyasla farklılaşmış adiposit hücrelerinde arttığı görülmektedir.
Biyodegradasyon ve pestisit etkinliği üzerine sinerjistik etki yaratabilen mikroorganizmaların tespiti ve moleküler karakterizasyonu
Günümüzde giderek büyüyen sanayi sektörü ve artan nüfus ile birlikte doğada çok çeşitli kimyasallar birikmiştir. Doğaya salınan bileşikler arasında pestisitler, hem modern tarımda hem de gıda işleme, depolama, nakliye ve pazarlamada yaygın olarak kullanılmaktadır. Biyoremediasyon teknolojisinde oldukça tercih edilen mikroorganizmalar pestisitleri de içeren çeşitli çevresel kirleticileri parçalamak veya detoksifikasyona uğratmak için ilgili reaksiyonları aktive edecek şekilde genetik olarak evrilmişlerdir. Bakteriyel biyoremediasyon odaklı bu çalışmada, pestisitleri metabolize ettiği tespit edilen ve GBS19 olarak adlandırılan suşun, 16 S rRNA analizi ile S. marcescens' in bir straini olduğu tespit edilmiştir. S. marcescens GBS19 suşunun tüm genom sekans analizi bilgisi ile KEGG veri tabanında bulunan birçok degradasyon yolağıyla ilişkilendirilmiştir. LC-MS kromatografik analizleri ile 25 pestisit etken maddesi üzerinde yapılan çalışmalar; Serratia marcescens GBS19 suşunun bazı etken maddeler üzerinde % 67' ye varan oranlarda biyobozunma sağladığını, bazı etken maddeler üzerinde ise sinerjistik etki sağlayarak, % 29' a varan oranlarda derişimi artırır şekilde etki ettiği tespit edilmiştir. Sonrasında, bakterinin herbisiti parçalamasını doğrulamak için S. marcescens GBS19 suşunun genomunda AtzF geninin kodladığı allophanate hydrolase gen bölgesinin üzerinden protein modellemesi yapılmıştır. Bu modellemeden alınan ligand (atrazin), protein-ligand interaksiyonu bakımından incelenmiş ve "kör yerleştirme" yapılarak 7 ayrı alt üniteden oluşan hydrolase enzimi üzerinde Atrazinin en fazla Hydrolase A alt ünitesine bağlanabildiği koordinatları ile tespit edilmiştir. Bağlanma afinite değerleri kcal/mol ölçekli protein üzerinde nerelere bağlanabileceği ligand dönme olasılıklarına göre yerleştirme programlarıyla tespit edilmiştir. Daha sonra elde edilen sonuçlar bu amaç için kullanılan açık erişimli server sonuçları ile bir kez daha uluslararası ölçekli karşılaştırılarak teyit edilmiştir. Mevcut çalışmalarımızın bakteriyel biyoremediasyon süreçlerinin ve mekanizmalarının gen ve protein düzeyinde etkileşim boyutunda, ileriye dönük bilimsel bulgular taşıdığına inanmaktayız. Anahtar kelimeler: Serratia marcescens, Serratia marcescens GBS19, Mikrobiyal biyoremediasyon, Moleküler yerleştirme, LC-MC, KEGG
Bacillus amyloliquefaciens türüne ait EU07 izolatının (NCBI Accession: PRJNA743875 ID: 743875) toprak mikrobiyomuyla etkileşiminin metagenomik haritalanması ve ICP
Gelişmekte olan ülkeler başta olmak üzere tarım, ülkemizde ve dünyada çok önemli bir stratejik konumdadır. Birçok ülkenin, ekonomisinin büyük bir bölümü tarım sayesinde karşılanmaktadır. Tarımın popülerliğine paralel olarak pestisit kullanımında da artışlar görülmektedir. Tarımda istihdam edenler kısa sürede çok ve sağlıklı ürün alabilmek için pestisit kullanmayı tercih etmektedirler. Ancak pestisit ve pestisit kalıntılarının içinde yaşayan canlılarla birlikte çevreye birçok zararı vardır. Toprakta yaşayan yararlı mikroorganizmalar, bitkiler için zararlı olan mantarlar ve bakterilerle etkileşim halindelerdir. Bu etkileşim sonucunda pestisitlere ihtiyaç duyulmaksızın, bitkilerle simbiyotik ilişkiler kurarak bitki gelişimine katkı sağlamaktadırlar. Mevcut tez çalışması, toprakta yaşayan yararlı mikroorganizma olan Bacillus amyloliquefaciens türüne ait EU07 izolatını(NCBI Accession: PRJNA743875 ID: 743875) toprak ile muamele ederek pestisitler yerine biyolojik kontrol olarak kullanılabilir mi sorusundan yola çıkılarak yürütülmüştür. Tez çalışmasında dört farklı toprak denemesi kurulmuştur: kontrol, pozitif kontrol (EU07 ile muamele edilmiş), negatif kontrol (Fusarium oxyporum f.sp. radicis lycopersici ile enfekte edilmiş) ve muamele edilmiş (hem EU07 hem Fusarium oxyporum f.sp. radicis lycopersici ile enfekte edilmiş). Her denemeye eş zamanlı olarak domates fideleri ekilmiştir. Toprak denemelerinden 4. ve 7. günlerde alınan toprak örneklerinden metagenom analizi, 7. günün sonunda domates fidelerinin yapraklarından alınan örneklerle de ICP-MS analizi yapılarak bitki besleme yönünden elementlerin değişimi takip edilmiştir. Toprak denemeleri sonucundan en iyi bitki gelişimini EU07 izolatı uygulanan pozitif kontrol toprak denemelerinde büyütlen domates fideleri göstermiştir. Negatif kontrol olan domates fidelerinin yapraklarında sararmalar, kurumalar ve kök boğazında siyahlaşmalar görülmüştür. Muamele edilmiş toprak denemesinde ilk başta hastalık etmenin etkisiyle kurumaya yakın olan örnekler toprağa EU07 izolatının eklenmesiyle beraber hastalık ilerlemesinin durduğu ve EU07 muamele edilen bitkilerin çiçek açma eğilimine girdiği görülmüştür. Metagenom analizi doğrultusunda toprakta bulunan yararlı mikroorganizmalar (Acidobacteria vb.) pozitif kontrolde yüzdesel olarak artarken negatif kontrolde ise azalmıştır. Bu artış muamele edilmiş toprak demesinde de meydana gelmiştir. Ancak pozitif kontrolde olduğu kadar yüksek oranda gerçekleşmemiştir. ICP-MS analizlerine göre EU07 izolatı uygulanan bitkilerinin yapraklarında bitki besleme açısından önemli element yüzdeleri kontrole göre daha yüksek bulunmuştur. Bu çalışmalar EU07'nin Fusarium oxysporum f. sp. radicis lycopersici'ye karşı engelleyici etkisinin yanısıra toprak mikroflorasına da bitki besin elementlerinin bitkiye taşınımında da olumlu etkileri olduğu belirlenmiştir.
HT-29 insan kolon kanseri hücre hattında Eriodictyol ve Brusatol'un 5-Florourasil ile kullanımının hücre canlılığı ve apoptoz üzerindeki potansiyel etkilerinin araştırılması
Kanser önemli ölüm nedenlerinden biridir. Kanserin tedavisi için kullanılan geleneksel yöntemlerin yan etkileri nedeniyle, kanseri önlemek veya tedavi etmek için yeni stratejiler geliştirilmesine yönelik çalışmalar hız kazanmıştır. Son zamanlarda yapılan çalışmalarda kanser tedavisinde kombine yaklaşımın önemi vurgulanmıştır. Çok eski çağlardan beri insanoğlunun başvurduğu doğa aktif ve güvenli anti-kanser ajanları için büyük bir zenginliğe sahiptir. Kolorektal kanser en sık teşhis edilen kanserler arasındadır. Bu hastalığın tedavisinde geleneksel olarak cerrahi yöntem ve kemoterapinin yanı sıra tedaviyi geliştirmenin ve yan etkileri ertelemenin potansiyel bir yolu olarak kombinasyon veya çok bileşenli tedavi gösterilmektedir. Bu çalışmada bildiğimiz kadarıyla ilk defa ticari Eriodictyol ve Brusatol'ün insan kolon kanseri/kolorektal kanser hücre hattında (HT-29 hücre hattı) 5-FU antikanser ilacı ile birlikte kullanımlarının hücre canlılığı üzerindeki etkilerinin belirlenmesinin yanı sıra apoptoz üzerindeki potansiyel etkilerinin de değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Bu amaçla öncelikle etken maddelerin ayrı ayrı ve kombine uygulamalarının HT-29 hücre hattında hücre canlılığı üzerindeki etkileri doz ve zamana bağlı olarak MTT deneyi ile araştırılmıştır ve her bir etken maddenin IC50 değeri belirlenmiştir. IC50 değerleri dikkate alınarak etken maddelerin ayrı ayrı ve kombine uygulamalarının HT-29 hücre hattında hücre canlılığı üzerindeki etkileri 24, 48 ve 72 saat için değerlendirilmiştir ve kombinasyon indeksi değerleri hesaplanmıştır. Brusatol veya Eriodictyol'ün IC50 ve IC50/2 konsantrasyonları ile 5-FU'nun IC50 konsantrasyonları ile yapılan kombinasyon uygulamalarının apoptoz üzerindeki etkisi ise Annexin V/PI boyama ve apoptotik genlerin Real-Time PCR analizi ile 48 saat için araştırılmıştır. Ayrıca etken maddelerin tek başına ve kombin uygulamalarının hücre döngü profili üzerindeki etkisi de 48 saat için incelenmiştir. En düşük IC50 değerleri Brusatol için hesaplanmıştır. Brusatol'ün 24, 48 ve 72. saatler için hesaplanan IC50 değerleri sırasıyla 109.5, 1.15 ve 0.96 µM'dır. Kombinasyon uygulamalarında hesaplanan Kİ değerleri farklılık göstermektedir. Brusatol ve 5-Florourasil'in yapılan kombin uygulamaları arasında Brusatol'ün IC50 ve IC50/2 değerindeki konsantrasyonları ile 5-FU'nun IC50 ve IC50/2 değerindeki konsantrasyonları ile yapılan kombin uygulamaların ortak olarak 24 ve 48 saatte sinerjik etki gösterdiği belirlenmiştir. 48 saatte Eriodictyol'ün IC50/2 değerindeki konsantrasyonu ile 5-FU'nun IC50 ve IC50/2 değerindeki konsantrasyonlarının yanı sıra Eriodictyol'ün IC50 ve 5-FU'nun IC50/2 değerindeki konsantrasyonları ile yapılan kombin uygulamaların etkisinin sinerjik olduğu görülmüştür. Brusatol'dan farklı olarak Eriodictyol'ün 5-FU ile 72 saat kombin uygulamalarında sinerjik etki belirlenmiştir. Brusatol, Eriodictyol ve 5-FU'nun test edilen üçlü kombinasyonlarının ise her inkübasyon zamanı için antagonist olduğu tespit edilmiştir. Brusatol'ün 5-FU ile denenen kombin uygulamalarında toplam apoptotik hücre yüzdesinin etken maddelerin tek başlarına neden olduğu toplam apoptotik hücre yüzdesine kıyasla daha fazla olduğu belirlenmiştir. Real time PCR analizi sonuçlarına göre test edilen genler içerisinde bax ve kaspaz-3 apoptotik gen seviyesindeki anlamlı artış Brusatol ve 5-FU'nun IC50 değerindeki konsantrasyonları ile yapılan kombinasyonda tespit edilmiştir. Bununla birlikte Brusatol ve Eriodictyol'ün tek başlarına HT-29 hücrelerinde kontrole kıyasla özellikle S evresindeki hücre yüzdesinde artışa neden olduğu belirlenmiştir. Brusatol'ün 5-FU ile kombinasyon uygulamalarında yine özellikle S evresindeki hücre yüzdesinin kontrole kıyasla daha fazla olduğu görülmüştür. 48 saat için yapılan deneylerden elde edilen veriler Eriodictyol'e göre Brusatol'ün tek başına veya 5-FU ile kombinasyon halinde HT-29 hücrelerinde apoptotik hücre yüzdesinde artışa neden olabileceğini göstermiştir. Bu çalışmadan elde edilen veriler özellikle kolon kanserine karşı kombin veya diğer alternatif yaklaşımlarına temel veri sağlayabilir. Yapılacak in vivo çalışmalar bu etken maddelerin kullanımına yönelik çalışmalara katkı sağlayacaktır.
Endemik Thymus cilicicus Boiss. & Bal. bitkisinin meristem kültürü yöntemiyle genetik kararlı in vitro çoğaltımı ve germplazmının kriyojenik yöntemlerle uzun süreli koruma altına alınması
Lamiaceae ailesinin ilaç, kozmetik ve gıda sektöründe oldukça önemli olan Thymus spp. (kekik) türlerinin içerdiği fenolik bileşikler, pek çok araştırmacının ilgisini çekmiştir. Ancak kekik bitkisi üzerine yapılan çalışmalar genellikle fenolik bileşenlerin tanımlanması ve mikrobiyolojik etkilerinin değerlendirilmesi odaklı kalmıştır. Oysa, büyük bir sekonder metabolit potansiyeli taşıyan bu değerli bitki çeşitliliğinin korunması ve devamlılığının sağlanması oldukça önemlidir. Bu anlamda, kültür bitkileri ve onların yabani ırklarına ait genetik çeşitliliğin geniş bir çerçevede in situ veya ex situ germplazma koleksiyonları olarak korunması ve sürekliliğinin sağlanması gerekmektedir. Tohumla çoğaltılmasının getireceği ana materyalin karakteristik özelliklerinde oluşabilecek kayıpları elimine etmek adına, endemik ve tıbbi aromatik bir bitki olan Thymus cilicicus (Kılçık kekiği) bitkisine ait eksplantların meristem kültürü yöntemiyle klonal çoğaltımı için en uygun ortamın geliştirilmesi bu çalışmada incelenmiştir. Ardından in vitro klonal çoğaltım sonrası örneklerin genetik kararlılığı ISSR primerleriyle belirlenerek gösterilmiştir. Nispeten kısa süreli bir saklama sağlayan in vitro koruma yöntemlerinde, stokların korunmasının ekonomik olmaması, geniş alanlar gerektirmesi, kontaminasyon ve somaklonal varyasyon riski gibi problemlerle karşılaşılabilmektedir. Buna karşılık, kriyoprezervasyon yöntemi ile canlı hücre ve dokuların -196°C'de sıvı nitrojen içerisinde uzun süre bozulmadan saklanabilmesini sağlar ve minimum besiyeri ile alanda bitki germplazmının uzun süreli korunması için uygun bir yöntemdir. Mevcut tez çalışmasında endemik bir kekik türü olan Thymus cilicicus bitkisinden alınan meristematik dokular farklı besi ortamı, bitki gelişim düzenleyicileri, aktif kömür kombinasyonlarından alınan sonuçlara göre, KIN ve Charcoal içeren yarı-katı OM besiyeri rejenerasyonu yüksek verimli olduğu belirlenmiştir. Kriyoprezervasyon işlemi sırasında kullanılan PVS2 solüsyonuyla muamele süresi ve çözdürme sonrası rejenerasyon ve canlılığı nasıl etkilediği incelenmiştir. 0.4M sükroz önkültürü sonrası 90 dk PVS2 solüsyonu muamelesinde kriyoprezervasyon sonrası rejenerasyonun yüksek olduğu belirlenmiştir.
Poli(D,L-Laktik-ko-glikolik asit) enkapsüle juglon nanopartiküllerinin biyolojik aktivitesinin incelenmesi
Bu tezde, antimikrobiyal aktiviteye sahip bir sekonder metabolit olan juglon molekülü, tekli emülsiyon çözücü uçurma yöntemi ile poli(D,L-laktik-ko-glikolik asit) (PLGA) içine enkapsüle edilerek nanopartiküler sistemler hazırlanmış ve karakterize edilmiştir. Üretilen nanopartiküllerin Candida albicans biyofilmi üzerindeki etkisi; XTT, kristal viyole, standart Petri sayımı, konfokal mikroskopi ve membran depolarizasyon analizleri gerçekleştirilerek serbest juglon ile karşılaştırmalı olarak değerlendirilmiştir. Sonuç olarak; turuncu-kahverengi bir boyar madde olan juglonun, XTT ve kristal viyole analizlerinin sonuçlarında sapmaya sebep olduğu belirlenmiştir. Standart Petri sayımı ve konfokal mikroskopi çalışmalarında ise anlamlı ve birbiriyle uyumlu sonuçlar elde edilmiştir. Serbest juglon ve juglon enkapsüle PLGA nanopartiküler sistemlerinin, uygulanan tüm dozlarda, C. albicans biyofilminin oluşumunu ve önceden oluşturulmuş 6 saatlik biyofilmleri yüksek oranda (% 98 - 100) inhibe ettiği tespit edilmiştir. Ayrıca, membran depolarizasyon analizi ile juglon ve juglon-PLGA nanopartiküllerinin C. albicans membran yapısı üzerinde etkili olduğu gösterilmiştir. Juglon-PLGA nanopartiküllerinin antibiyofilm etkisinin aynı konsantrasyonda kullanılan juglon ile benzer olması; kontrollü salıma bağlı olarak çok daha az etken madde kullanılarak benzer etkinin sağlanmış olması ve literatüre göre PLGA nanopartiküler sistemin toksisiteyi azaltmasından dolayı son derece önemlidir. İlaveten; bu çalışma, diğer antimikrobiyal etken maddelerin biyofilm üzerindeki etkisinin araştırılmasında faydalı bir model olabilir.
Corylus avellena L ve corylus colurna L fındık türlerinde korunmuş bazı MikroRNA'ların gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu ile analizi
Fındık içerdiği besin değerleriyle, özellikle sağlık açısından faydaları bulunan ve gıda sektörü, boya sanayi, odunculuk ve hayvan yemleme gibi birçok alanda kullanılan önemli bir bitki türüdür. Ekonomik değere sahip Corylus avellena ve anaç olarak kullanılan Corylus colurna en yaygın yetiştirilen türler arasında yer almaktadır. Şimdiye kadar birçok bitkide mikroRNA(miRNA) çalışmaları yapılmasına rağmen fındıkta henüz bir çalışma mevcut değildir. Bu çalışmada, transkripsiyon sonrası düzenlemelerde rol oynayan korunmuş miRNA'ların fındıkta da tespit edilmesi amaçlanmıştır. miRNA'lar 18-25 nt uzunluğunda, kısa, tek zincirli non-coding RNA'lardır. Transkripsiyon sonrası gen düzenleyicileri olarak da adlandırılan miRNA'lar, mRNA ile etkileşim içerisine girerek, hedeflerinin baskılanmasına veya yıkımına neden olurlar. Bitkilerde özellikle hedef mRNA'nın yıkımını gerçekleştirerek, bitkinin gelişim süreçlerinde, biyotik ve tuz, kuraklık, soğukluk veya UV gibi abiyotik streslere cevap oluşturmada görev almaktadırlar. Korunmuş miRNA'lar farklı bitki türlerinde aynı fonksiyona sahip ve çok eski zamanlardan günümüze kadar var olan miRNA'lardır. Bu çalışmada Giresun Fındık Araştırma Enstitüsünden elde edilen Corylus avellena L. ve Corylus colurna L. fındık türlerinde korunmuş bazı miRNA'ların ( miR159, miR160, miR171, miR396, miR2919 ve miR8123 ) Real-Time PCR yöntemi ile tespitini amaçladık.
Bazı endemik Centaurea l. (asteraeceae) türlerinin fitokimyasal özelliklerinin belirlenmesi ve ilaç sanayinde kullanılabilirliğinin araştırılması
Bilindiği kadarıyla bu çalışma Centaurea sivasica Wagenitz, Centaurea haussknechtii Boiss ve Centaurea tomentella Hand.-Mazz'nın uçucu yağ bileşimi ve yağ asidi profili üzerine ilk rapordur. C. sivasica Wagenitz, C. haussknechtii Boiss ve C. tomentella Hand.-Mazz'nın uçucu yağ ve yağ asidi bileşimi gaz kromatografisi-kütle spektrometresi (GC-MS) ile analiz edildi. C. sivasica Wagenitz uçucu yağlarının ana bileşenleri hekzadekanoik asit (%12.707), heptakosan (%3.288), karyofilen oksit (%2.800), dodekanoik asit (%2.792), diisobütil ftalat (%2.671), nor-kopaanon (%2.036) ve spathulenol (%2.00) olarak belirlendi. C. sivasica Wagenitz yağ asidinin ana bileşenleri (Z,Z)-9,12 oktadekadienoik asit metil ester (%18.287), (Z,Z,Z)-9,12,15- oktadekatrienoik asit metil ester (%16.715) ve hekzadekanoik asit metil ester (%15.337) olarak bulundu. C. haussknechtii Boiss'nin uçucu yağının ana bileşenleri hekzadekanoik asit (%19.418), heptakosan (%3.744), karyofilen oksit (%3.323), tetradekanoik asit (%3.293), dodekanoik asit (%2.947), fitol (%2.181) ve nonaik asit (%2.00) olarak bulundu. C. haussknechtii Boiss yağ asidinin ana bileşenleri (Z)-9- oktadekanoik asit metil ester (%45.682), (Z,Z)-9,12- oktadekanoik asit metil ester (%37.85) ve hekzadekanoik asit metil ester (%15.802) olarak bulundu. C. tomentella Hand.-Mazz uçucu yağının ana bileşenleri hekzadekanoik asit (%21.586), heptakosan (%4.993), dodekanoik asit (%3.415), karyofilen oksit (%3.00), fitol (%2.624) ve tetradekanoik asit (%2.390), (%2.947) olarak bulundu. C. tomentella Hand.-Mazz yağ asidinin ana bileşenleri (Z)-9-oktadekanoik asit metil ester (%28.402), hekzadekanoik asit metil ester (%19.450) ve (Z,Z)-9,12- oktadekanoik asit metil ester (%14.809) olarak bulundu. Yapılan DPPH testi sonucunda üç bitkinin hem ham ekstresi için hem de yağ asitleri için antioksidan aktivite gözlemlenmemiştir. Antimikrobiyal aktivite için yapılan MİK testi sonucunda C. hausknechtii yağ asidi ve C. tomentella Hand.-Mazz uçucu yağı antimikrobiyal etki göstermiştir.
Yara iyileşmesinde skar doku oluşumunu önlemek üzere yara örtü malzemesi geliştirilmesi ve in vitro ortamda değerlendirilmesi
Yara; mekanik, termal, elektriksel ve kimyasal zedelenmeler ya da tıbbi veya fizyolojik rahatsızlıkların altında yatan nedenler sonucu doku bütünlüğünün kaybolması olarak tanımlanabilir. Yara örtülerinin amacı, yara iyileşme sürecini hızlandırmak ve iyileşmenin kalitesini artırmaktır. Enflamasyon yara iyileşmesi için olmazsa olmazdır. Bununla birlikte enflamatuar sürecin normal ve anormal yara iyileşmesi üzerinde doğrudan etkileri vardır. Çalışmalar, hipertrofik skar oluşumunun, fibroblastların aşırı bir fonksiyonu ve yara iyileşmesi sırasında hücre dışı matrisin (ECM) aşırı birikimini içeren, anormal bir yara iyileşmesi şekli olduğunu göstermiştir. Skar dokuyu engellemek için sistemik anti-enflamatuar ilaç kullanımının proliferasyonu baskıladığı ve dolayısıyla yara iyileşmesine olumsuz yönde etki ettiği gösterilmiştir. Bununla birlikte lokal ve transdermal uygulamalarda yara direncini ve yara kontrastını azalttığı da belirlenmiştir. Bu çalışmada yara örtü malzemesi olarak hümik asit içeren aljinat doku iskeleleri hazırlanmıştır. Hümik asit yapısındaki fenoller, karboksilik asitler ve kinonların varlığı nedeni ile antioksidan, antimutajenik, anti-enflamatuar, antifungal ve bakterisidal etkilere sahiptir. Projede, hümik asit özellikle anti- enflamatuar etkisinden dolayı tercih edilmiştir. Projede sentezlenen yara örtü malzemesinin ana iskeleti olarak aljinat kullanılmıştır. Aljinat yara örtü malzemeleri yüksek sıvı absorblama kapasitesine sahiptir. Aljinat yara örtüleri yara lezyonunun, ideal nem ve sıcaklıkta kalmasını sağlar. Bu özellikleri aljinat yara örtülerini özellikle yara eksudası fazla olan yaralar için ideal bir örtü malzemesi yapmaktadır. Bu çalışmada hümik asit ve aljinat kullanılarak sentezlenen yara örtü malzemesinde aljinat ve hümik asit molekülleri kovelent çapraz bağlanarak hümik asit-aljinat bazlı bir hidrojel elde edilmiştir. Karakterizasyon çalışmalarında elde edilen biyomalzemenin şişme profili, degradasyon profili değerlendirilmiştir. Bununla birlikte malzemenin morfolojik özellikleri ve yüzey karakterizasyonu belirlenmiştir. Ayrıca, hücre kültür ortamında sitokinler kollajen tip 1 ve tip 3 salımı üzerine etkisi belirlenmiştir. Yara örtülerinin yüzey karakterizasyonu Taramalı Elektron Mikroskobu (SEM) ile görüntülenmiştir. Hazırlanan malzemenin insan deri hücreleri (keratinosit HaCaT hücre hattı) ve fibroblast hücreleri (L929) üzerine sitotoksisiteleri incelenecektir. Hümik asitin enflamasyon sürecine etkisi in-vitro modelleme ile belirlenmiştir. Modellemede monosit-makrofaj hücre hattı (THP-1) kullanılacaktır. Yara örtülerinin pro-enflmatuar sitokinlerden Tümör Nekroz Faktörü-alfa ve interlökin-1β salımı üzerine etkisi incelenmiştir. Hümik asitin ECM üzerine etkisinin belirlenmesi amacı ile L929 hücre hattı kullanılmıştır. L929 hücrelerinin kollajen tip I ve tip III sentez seviyeleri belirlenmiştir. Anahtar Kelimeler: Aljinat, Hümik Asit, Yara Örtüsü, Biyouyumluluk
Fibroblast hücrelerinden oktadesilamin bazlı katı lipid nanopartikül ile uyarılmış pluripotent kök hücrelerin eldesi
Uyarılmış pluripotent kök hücreler (UPKH), laboratuvar koşullarında yetişkin somatik hücrelerin çeşitli transkripsiyon faktörleri kullanılarak genetik olarak yeniden kodlanması ile elde edilen pluripotent özellik kazandırılmış hücrelerdir. Sahip olduğu pluripotens özelliği sayesinde hemen hemen tüm hücre tiplerine dönüşebilme yeteneğine sahiptirler. Rejeneratif tıpta kullanımı etik sorunları ortadan kaldıran ve embriyonik kök hücreye alternatif bir kaynak olarak birçok hastalığın tedavisinde kullanılabilecek hücre kaynağıdır. Bu çalışmada fibroblast hücrelerden pluripotent kök hücreler elde edilmiştir. Hücrelere pluripotent kök hücre özelliği kazandıran Oct4, Sox2, Klf4 ve v-Myc transkripsiyon faktörleri ile birlikte yeşil floresan protein (GFP) geni içeren plasmid E.coli JM109 suşunda çoğaltılıp saflaştırılmıştır. Laboratuvarımızda önceki çalışmalarda sentezlediğimiz oktadesilamin bazlı katyonik lipid nanopartikülün (OLN) karakterizasyon çalışmaları yapılmış ve sitotoksisitesi L929 hücre hattı üzerinde yapılan MTT deneyi ile ölçülmüştür. OLN ile etkileştirilen plazmidler L929 hücre hattına aktarılmış, fibroblast hücrelerdeki transfeksiyon süreci invert mikroskopta GFP ışımasının takip edilmesi ile gerçekleştirilmiştir. Hücrelerdeki Oct4, Sox2, Klf4 ve v-Myc genlerinin ekspresyon varlığı RT-qPCR yöntemi ile belirlenmiştir. Elde edilen UPK hücreleri, yara iyileşmesinde kullanılmak üzere, laboratuvarımızda önceki çalışmalarda elde edilen selüloz bazlı hidrojel özellikte yara örtü malzemesi üzerine yüklenmiştir.
Diosgeninin glioblastoma multiforme hücre hatlarında sitotoksik ve apoptotik etkilerinin belirlenmesi
Glioblastoma Multiforme (GBM) merkezi sinir sisteminde ortaya çıkan, agresif ve malign özelliklere sahip, yaygın olarak görülen ölümcül beyin tümörlerinden biridir. Erişkinlerde en sık görülen beyin tümörüdür. GBM'nin tedavisinde radyoterapi, kemoterapi ve immünoterapi gibi yöntemler kullanılmaktadır. Bitkisel kaynaklı yeni ajanların keşfedilmeye çalışılması tedaviye yönelik yapılan araştırmalardan biridir. Diosgenin, bitkiler tarafından sentezlenen sekonder metabolitler grubuna aittir ve GBM'nin tedavisinde kullanılabilecek bitkisel bileşenlerdendir. Kanser türlerinin bazılarında anti-invaziv, anti-proliferatif, anti-metastatik ve anti-kanserojen etkiye sahiptir. Çalışmanın amacı, T98G ve LN18 hücre hatlarında diosgeninin sitotoksik etkisini, apoptoz mekanizmalarına, invazyona ve koloni oluşumuna etkisini belirlemektir. Diosgeninin hücre canlılığına etkisi XTT yöntemi ile belirlendi. LN18 ve T98G hücreleri için IC50 değeri her hücre hattında 24. Saatte 30 µM olarak bulundu. Apoptozda görev alan genlerin ekspresyon seviyelerindeki değişim gerçek-zamanlı PCR ile belirlendi ve iki hücre hattında pro-apoptotik genlerin ekspresyonları artarken, anti-apoptotik genlerin ekspresyon seviyelerinin azaldığı tespit edildi. Hücrelerin invazyon ve migrasyon yeteneklerinin azaldığı matrijel-invazyon yöntemi kullanılarak bulundu. Diosgenin uygulanmış LN18 hücrelerinin koloni oluşturma kapasitelerinin azaldığı belirlendi. Bu çalışma ile diosgeninin GBM üzerine olası etkisi ilk defa ortaya konmuştur. Elde edilen sonuçlara göre, diosgenin GBM için potansiyel bir ajan olarak gözükmektedir. Diosgeninin, GBM tedavisinde uygulanabilirliğinin test edilmesi için geniş kapsamlı çalışmalara ihtiyaç vardır.
ALS hastalarındaki nörofilament ve makrofaj migrasyon inhibitör faktörü protein düzeylerinin araştırılması
Amyotrofik lateral skleroz (ALS) hastalığı yetişkin başlangıçlı, ilerleyici ve ölümcül bir nörodejeneratif hastalıktır. Motor kortekste yer alan üst motor nöronların ve omurilik ve beyin sapında bulunan alt motor nöronların ölmesi sonucu istemli kas atrofisi meydana gelmektedir. Hastalığın insidansı 4-8/100.000/yıl olmakla beraber prevalansı ise 3-8/100.000 olduğu varsayılmaktadır. ALS hastalığı ekstremite, bulbar ya da gövde başlangıçlı olabilmektedir. Hastalığın ilerleyen dönemlerinde ise solunum kaslarında tutulum sonucu ölüm meydana gelmektedir. ALS'nin etyolojisi tam olarak bilinmese de genetik faktörler, oksidatif stres, RNA metabolizması bozuklukları, endoplazmik retikulum stresi, nöroinflamasyon ve protein çökelmeleri gibi mekanizmaların hastalığın oluşumunda rol oynadığı düşünülmektedir. ALS, özgün diyagnostik bir test bulunmamasından dolayı tanısı güç olan bir hastalıktır. Biyobelirteçler, hastalık süresince biyokimyasal yolaklardaki değişimlerin göstergesi olan moleküllerdir. Belirteçler hastalığın teşhisi ve prognozunu takip için kullanılmaktadır. Ayrıca ilaç geliştirilmesi ve yeni ilaç hedefleri tanımlama süreçlerinde önemlidirler. ALS için çalışılan aday biyobelirteçlerden biri nörofilamentlerdir. Nörofilamentler, nöronlara özgün sitoiskeletin önemli elemanlarıdır ve akson yapısının oluşturulmasında görev alırlar. ALS hastalığının oluşumunda nöroinflamasyonun ve immün sistem ile ilgili moleküllerin seviyesinde değişimlerin ortaya çıktığı bilinmektedir. Bu moleküllerden biri MİF olarak kısaca adlandıran makrofaj migrasyon inhibisyon faktörüdür. MİF, immün cevabın oluşturulmasını sağlayan sitokin benzeri bir moleküldür. Ayrıca enzim gibi davranarak bazı hücresel olaylara müdahale edebilmektedir. Bu çalışmada biyobelirteç adayı olarak fosfonörofilament ağır zincirinin ve MİF proteinlerinin ALS hastaları, sağlıklı kontrol ve nörolojik kontrol grupları arasındaki farkların incelenmesi amaçlandı. Bu amaç doğrultusunda, hasta ve kontrollerden alınan kanlardan plazma kısmı elde edildi. Plazmalardaki protein seviyelerinin ölçümü için ELISA sandviç yöntemi kullanıldı. Elde edilen veriler SPSS 23.0 programı ile analiz edildi. Fosfonörofilament ağır zincir proteininin seviyesinin sağlıklı kontrol grubuna göre ALS hasta grubunda istatistiksel olarak farklı olduğu görüldü (p<0.05). Bu proteinin seviyesinin ALS hasta grubunda daha yüksek olduğu tespit edildi. Ayrıca MİF proteini seviyesi de ALS hasta grubunda sağlıklı kontrol grubuna göre istatistiksel olarak farklı bulundu (p<0.05). MİF proteininin seviyesinin ALS hasta grubunda kontrol grubuna göre daha yüksek seviyede olduğu görüldü. Korelasyon analizi sonucunda ise fosfonörofilament proteini ile MİF proteini seviyeleri arasında güçlü bir pozitif korelasyon olduğu bulundu (p<0.01). Sonuç olarak; bu proteinlerin seviyesi sağlıklı kontrol gruplarına göre ALS hasta grubunda daha yüksek seviyede seyretmektedir. Yapılan çalışmada nörolojik kontrol grubu heterojen bir hasta grubundan oluşmaktadır. Bu hasta grubu ile ALS hasta grubu arasında MİF ve fosfonörofilament protein seviyeleri arasında istatistiksel olarak anlamlı bir fark elde edilememiştir. Anahtar Kelimeler: Fosfonörofilament, pNFH, MİF, Makrofaj Migrasyon İnhibe Edici Faktör, ELISA, ALS
Juglon allelokimyasalının salatalıkta polifenol oksidaz enzim aktiviteleri ve gen ifadeleri üzerine etkileri
Allelopati, bir bitkinin ürettiği özgün bir maddeyle, başka bir bitkiyi etkilemesi şeklinde görülen bitkiler arasındaki doğal etkileşimleri ifade eder. Ceviz (Juglandaceae) ailesinin birçok üyesi juglon (5-hydroxy-1,4-naphthoquinone) denilen bir allelokimyasal üretir. Juglon bu bitkilerin birçok kısmında doğal olarak oluşur. Az sayıda bitki türü juglona toleranslı olup ceviz ağaçlarının yakınında büyüyebilse de bazı duyarlı bitkiler ceviz ağaçlarından olumsuz yönde etkilenebilmektedirler. Juglon'un hıyar (Cucumis sativus L.) bitkisinin yaprak ve kök dokusunda polifenol oksidaz enzimin aktiviteleri üzerindeki etkileri incelenmiştir. Ayrıca juglonun bu enzimleri kodlayan genlerin ifadeleri üzerindeki etkisine bakılmıştır. Hıyar tohumları 0.01 mM ,0.1mM, 0.25mM ve 0,5mM juglon içeren veya kontrol (saf su) ortamında çimlendirilmiştir. Çimlenen tohumlardan çıkan fidelerin kök ve gövde kısımları ayrılarak bunlardan total protein ve total RNA izolasyonları yapılmıştır. Enzim aktivite analizleri ilgili enzimin spesifik substratı kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Gen ifadelerindeki değişimlerin analizi için Gerçek Zamanlı PCR kullanılmıştır. Juglon salatalık tohumlarının çimlenmesini fazla etkilemezken, fidelerin kök ve gövde büyümesini engellemiştir. Polifenol oksidaz enzim aktivitesi ve gen anlatımı salatalık fidelerinde juglon tarafından artırılmıştır.
Semen antioksidan kapasitesi, sperm DNA hasarı ve sperm mitokondrial dna mutasyon analiz yöntemleri optimizasyonu
Dünya Sağlık Örgütü (DSÖ) tarafından bir yıllık korunmasız cinsel ilişkiden sonra gebe kalınmaması durumu olarak tanımlanan infertilite, gelişmiş ve gelişmekte olan ülkelerde çiftlerin% 10-15'ini etkilemektedir. Ancak rutin infertilite tanısında kullanılan semen analizi çok düşük oranda tanı konulmasını sağladığından infertilite olgularının tanılanmasında başka ilave tekniklere, yeni yaklaşımlara ve daha kapsamlı kombine test uygulamalarına ihtiyaç duyulmaktadır. Sunulan çalışma da varikosel olmayan infertil erkeklerde tanı amaçlı kullanılmak üzere; semen analizi, semen-antioksidan kapasite, nDNA paketleme ve fragmantasyon, mtDNA hasarını içeren sperm biyobelirteçler paneli oluşturulmuştur. Panelde test edilecek parametrelerin analiz metodları optimize edilerek 5 normal ve 2 infertil erkek hastada değerlendirilmiştir. Panelde yer alan parametreler; semen analizi DSÖ kriterleri esas alınarak, semen-antioksidan kapasite sORP analizi ile, nDNA paketleme ve fragmantasyon TUNEL ve Anilin mavi testleri kullanılarak, mtDNA hasarı PZR yöntemiyle "common delesyon" gen bölgesi ve bu bölgenin içerisinde yer alan ATPase6, ND3, primer shift gen bölgelerinin amplifikasyonu ile değerlendirilmiştir. Çalışma sonuçları; sadece 6 nolu infertil hastada sperm sayısının düşük olduğunu ve sORP değerinin yüksek olduğunu göstermiştir. Sunulan tez çalışmasında erkek infertilitesinin tanılanması amacıyla kombine test yaklaşımıyla dört parametreden oluşan bir panel çalışması için kullanılacak analiz metodlarının optimize edilmesi sağlanmıştır. Uygulanılacak tekniklere yönelik optimizasyon çalışmalarının tamamlanmış olması ileride eldesi planlanan infertil erkek hastaların değerlendirilmesinin önünü açmış ve kolaylaştırmıştır. Ayrıca bu parametrelerin bir bütün olarak değerlendirilmesi, başarısız hamilelik süreci ve yardımcı üreme teknik uygulamalarının yaşanmamasını da sağlayacaktır. Anahtar Kelimeler: Erkek infertilite, sperm, mtDNA, delesyon, oksidatif stres, motilite, ROS, sperm DNA
Fare meme tümör virüsü-dönüşüm büyüme faktörü-α farelerine ait RNA-sekans verilerinden belirlenen kanser ilişkili genlerin ekspresyonlarının timus dokusunda gösterilmesi
Meme kanseri, yüksek ölüm oranlarına sahip bir kanser türüdür. Fare meme tümör virüsü-dönüşüm büyüme faktörü-alfa (MMTV-TGF-α) transgenik fareleri, meme kanseri araştırmalarında kullanılır. Bunlar, ömürlerinin ikinci yılından itibaren meme kanseri geliştiren deney hayvanlarıdır. Genlerin ekspresyonlarındaki değişimler, kanser oluşumunda kritik rol oynar. Gen ekspresyon değişimlerinin belirlenmesinde, RNA-seq yaygın kullanılan bir yöntemidir. Kalori kısıtlaması, güçlü bir beslenme müdahalesidir. Yetersiz beslenmeye yol açmadan, alınan kalorinin sınırlandırılması olarak bilinir. Canlılar üzerinde, yaşam sürelerini arttırmak, tümör oluşumunu engellemek ve immün fonksiyonu güçlendirmek gibi etkileri kaydedilmiştir. Beslenme kısıtlamasına karşı timüs ve diğer lenfoid organlar hızlı tepki verirler. Kalori kısıtlaması ile timüs dokusundaki ifadesi değişen kanser ilişkili genler bu çalışmanın odak noktasıdır. Çalışmanın amacı, RNA-seq ile tespit edilmiş olan "farklı oranda ifade edilen genlerin" (DEGs), Gerçek Zamanlı PCR ile elde edilen sonuçlarla kıyaslanması, RNA-seq verilerinin onaylanması ve ileriki haftalarda ekspresyon miktarlarının takip edilmesidir. Bu çalışmada, daha önceki bir çalışmada elde edilen RNA-seq verileri referans olarak kullanıldı. RNA-seq'de kullanılan RNA'lar, 10. haftadan itibaren ad libitum beslenme, kronik kalori kısıtlanmış beslenme ve aralıklı kalori kısıtlanmış beslenme gruplarına ayrılan, MMTV-TGF-a farelerin, 17.-18. haftada sakrifiye edilip alınan timüs dokularından izole edildiği bildirilmiştir. Bu çalışmada, kullanılan RNA'lar yine aynı protokolle yetiştirilmiş farelerin 17.-18., 49.-50. ve 80.-81. haftalarda sakrifiye edilip alınan timüs dokularından izole edildi. RNA-seq verilerinde, kalori kısıtlaması uygulanmış bireylerde, anlamlı olarak totalde 6091 "farklı miktarda ifade edilen genler" (DEGs) (p<0.05) tespit edilmiştir. Seçilen 21 meme kanseri yönlendirici gen, DEGs verilerinde tarandı. 6 tanesinin ifadesindeki değişimlerin istatistiksel olarak önemli olduğu sonucuna ulaşıldı. Bu genlerin 3'ünün ifade edilme oranlarındaki değişimler Gerçek Zamanlı PCR ile valide edildi. Aynı miktarda enerji girdisi olup farklı kalori kısıtlaması türleri uygulanmış farelerde gen ifadesinde farklılıklar olduğu kaydedildi. Böylece, kalori kısıtlamasının yanı sıra, beslenme tipinin de tümör oluşumunun engellenmesinde etkili olduğu düşünülmektedir.
Üretim ve saklanmalarında farklılık gösteren biber ve domates salçalarında aflatoksin miktarlarının yüksek performanslı sıvı kromatografisi ve elisa yöntemleri ile tayini
Bu çalışmanın amacı İstanbul ilinde semt pazarlarında satılan domates ve biber salçalarındaki toplam aflatoksin ve aflatoksin B1 miktarlarını ölçmek ve aflatoksin konsantrasyonunun standartlarının içinde olup olmadığı ve halk sağlığını tehlikeye sokacak seviyelerde olup olmadığını değerlendirmektir. Bu amaçla İstanbul ilinin bazı ilçelerinin semt pazarlarından 34 adet domates salçası ve 53 adet biber salçası olmak üzere toplam 87 adet örnek temin edilmiş olup, üretim ve saklanmalarında farklılık gösteren domates ve biber salçalarında toplam aflatoksin ve aflatoksin B1 miktarlarının tayini amaçlanmıştır. Aflatoksin miktarlarının saptanmasında HPLC (Yüksek Performanslı Sıvı Kromatografisi) ve ELISA yöntemi kullanılmıştır. Elde edilen bulgulara göre ELISA yöntemi ile analizi yapılan 87 örneğin % 44,82'sinde toplam aflatoksin (35 örnekte 1 ppb, 4 örnekte 1-2,5 ppb) ve bunun % 53,85'inde ise AFB1 (1 ppb) tespit edilmiştir. HPLC yöntemi ile analiz yapılan toplam 64 örneğin % 32,81 'inde toplam aflatoksin (0,21-2,34 ppb değerleri arasında) , %25'inde ise AFB1 (0,22-2,34 ppb değerleri arasında) varlığı tespit edilmiştir. HPLC (Yüksek Performanslı Sıvı Kromatografisi) ve ELISA yöntemi sonuçları arasında anlamlı farklılığın olduğu belirlenmiştir. Her iki yöntemde de toplam aflatoksin ve aflatoksin B1 düzeylerinin Türk Gıda Kodeksi (TGK) sınır değerleri içinde olduğu ve halk sağlığı açısından herhangi bir tehlike içermediği saptanmıştır. Anahtar kelimeler: Toplam aflatoksin, aflatoksin B1, Salça örnekleri, ELISA, HPLC.
Obruk baraj gölünün bakteriyolojik özelliklerinin çevre koşulları ile değerlendirilmesi
Su kalitesi, insan, hayvan ve bitki sağlığında önemli bir role sahiptir. Özellikle gastrointestinal hastalıkların bulaşmasının önde gelen nedenlerden biridir. Bu nedenle, insan tüketimine yönelik suyun, hastalığa neden olabilecek mikroorganizmalardan ve kimyasal maddelerden arınmış olması gerekmektedir. Su kalitesi çalışması, su kütlesinin kimyasal, fiziksel ve biyolojik özelliklerini tanımlama ve suyun kalitesini kötü yönde etkileyecek olası kirlilik kaynaklarını tespit etme aşamalarını kapsamaktadır. Çalışmamızda Obruk baraj suyunun su kalitesi mikrobiyolojik ve fizikokimyasal olarak çevre koşullerı ile birlikte değerlendirildi. Bu tez çalışması Obruk Barajı hakkında yapılan ilk bilimsel araştırmadır. Çalışmamız kapsamında Obruk baraj suyundan Ekim 2017 ve Şubat 2018 tarihlerinde belirlenen 11 istasyondan yüzeyel ve derin su örnekleri araştırmalar yürütüldü. Su örneklerinde fekal bakteri etkenleri ve bazı fizikokimyasal parametreler incelendi. Elde ettiğimiz verilere göre, baraj suyunun özellikle bazı lokasyonlarında mikrobiyal kontaminasyon ve fizikokimyasal parametrelerde normal sınırlardan sapmalar tespit edildi. Sonuç olarak, obruk barajı önemli bir lokasyona sahiptir. Baraj sularının kullanım alanları dikkate alındığında, belirli dönemlerde su kalitesi incelenmeli ve kirlilik kaynakları dikkatle belirlenmeli, halk sağlığı açısından kirliliğe neden olan etkenlerin ortadan kaldırılması için gerekli önlemler alınmalıdır.
Probiyotiklerin kolon kanseri hücreleri üzerindeki etkisinin in vitro ko-kültür modelinde araştırılması
Hücrelerin, genetik ve çevresel etkiler ile değişime uğraması sonucu kontrolsüz çoğalmasına genel olarak kanser denilmektedir. Bağırsak kanseri ise kalın bağırsak (kolon) kanseri ve kolorektal kanser olarak da bilinir. Kanser türleri arasında, kolorektal kanserler yaygın görülen ve mortal seyreden bir kanser türüdür. Ülkemizde ve dünyada sık görülen kolorektal kanserlerdeki artışta beslenme alışkanlığının ciddi boyutlarda etkisi gözlenmektedir. Bu sebeple bilim insanları özellikle kanser riskini azaltan ek gıda takviyeleri geliştirmek ve optimum beslenme dizaynının önemini ortaya koymak için halihazırda çalışmaktadır. Bu çalışmada iki farklı probiyotik suş ve onlardan elde edilen postbiyotikler kullanılarak, kolon kanseri hücre hatlarına uygulanmıştır. Çalışmada hem kanser hücrelerinin canlılığı üzerine etkilerine, hem de migrasyon üzerine etkilerine beraber bakılmıştır. Uygulama sonuçlarımız, probiyotiklerin ve postbiyotiklerin önemli ölçüde hücre canlılığına ve migrasyonuna etkisini göstermiştir.
Hibernasyondaki Spermophilus xanthoprymnus, Spermophilus taurensis ve Spermophilus citellus (Mammalia: Rodentia) türlerinin böbrek histolojisi
Hibernasyon sabit vücut ısılı canlıların kışın besin yetersizliği ve olumsuz hava koşullarına karşı geliştirdikleri bir adaptasyon çeşididir. Hibernatörler vücut sıcaklıklarını, enerji metabolizmalarını düşürerek bu olumsuz koşullara karşı hayatta kalıyorlar. Bu araştırmada 2019 yılında Türkiye'den (Karaman ili Büyükyayla, Niğde ili Meydan Yaylası ve Edirne ili Enez İlçesi) toplanan Spermophilus cinsinin 3 farklı hibernatör türüne aittir (Spermophilus citellus, Spermophilus xanthoprymnus ve Spermophilus taurensis). 2019-2020 yılında Çorum ilinde, kontrolsüz laboratuvar ortamında gerçekleştirilen çalışmalarda yersincablarının; hibernasyon öncesi, hibernasyon sırasında ve hibernasyon sonrasında böbrek dokuları alınıp hemotoksilen-eozin ve PAS boyama prosedürüyle boyandı ve dijital ortama aktarıldı. Daha sonra böbrek dokularında proksimal tübül,tübül lümeni,glomerül,renal korpüskül ve bowman boşluğunun çap,çevre ve alan ölçümleri Image J (Rasband, W.S., US National Institutes of Health, Bethesda, MD) yazılımı ile analiz edildi. Sonuçlar birbirleriyle istatistiksel olarak karşılaştırıldı. Yapılan çalışmalar sonucunda Spermophilus citellus türünün labotaratuvar ortamına uyum sağlamadığı ve en çok ölümün bu türde olduğu gözlemlenmiştir. Renal korpüskül alanının, çevre ve çap ölçümlerinin S.citellus türlerinin grupları arasında anlamlı bir fark gözlemlenmezken, S.taurensis ve S. xanthoprymnus türlerinin kendi bireyleri arasında (hibernasyon öncesi, hibernasyon sırasında ve hibernasyon sonrası) anlamlı farklar kaydedildi. Bowman boşluğunda ise hibernasyon sonrası S.taurensis ve S.xanthoprymnus türlerinde artış gözlenirken, S.citellus grubunda gözlemlenmedi. Proksimal tübül alanında ise Spermophilus türlerinin kendi bireyleri arasında (hibernasyon öncesi, hibernasyon esnasında ve sonrasında) anlamlı fark gözlenirken, türler arasında bir anlamlı fark gözlemlenmedi.
Kombucha ve sirkeden selüloz üreten mikroorganizmaların izolasyonu ve identifikasyonu
Bakteriyel selüloz bakteriler tarafından üretilen bir biyopolimerdir. Benzersiz özelliklere sahiptir ve bitki selülozuna göre oldukça saf olarak elde edilmektedir. Biyoteknolojideki gelişmelerle beraber bakteriyel selülozun önemi ve kullanım alanı çeşitliliği gün geçtikçe artmaktadır. Bu nedenle çalışmamızın birinci hedefi ev yapımı sirke ve SCOBY (Symbiotic Colony of Bacterias and Yeasts) olarak da bilinen kombucha mantarı çayından, selüloz üreticisi olan mikroorganizmaların izole ve identifiye edilmesidir. Çalışmamızın ikinci hedefi ise tanımlanan bu bakterilerden bakteriyel selüloz üretiminin varlığının gösterilmesidir. Bu çalışmada, sirke ve kombucha mantarından kültür yöntemi ile mikroorganizmaların izolasyonu yapılmıştır. İzolasyon için Hestrin Schramm (HS) kültür ortamında 30°C'de ve pH 6,0±0,02 kullanılmıştır. İzole edilen suşların identifikasyonu için klasik ve biyokimyasal testler uygulandı. Test sonuçlarına göre Gluconacetobacter cinsine ait oldukları belirlenen bakterilerin belirli oranlarda bakteriyel selüloz ürettikleri gözlenmiştir. Üreme süresince kültür ortamı pH'sı değişmiş ve kültür yüzeyinde membran tespit edilmiştir. Kalınlaşan membranların karakterizasyonu FTIR analizi ile yapılmıştır. Bakteriyel selüloz olduğu saptanan membranların lif kalitesini anlamak amacıyla kurutulup ağırlığı ölçüldükten sonra distile su içerisine daldırılıp yaş ağırlıkları ölçülüp su absorbsiyon oranları belirlenmiştir. Çalışmamız sonucunda hedeflenen bakteri türleri izole edilmiş ve selüloz üretimi gözlenmiştir. Çalışmamızda elde edilen bakteriler hakkında daha detaylı bilgi elde edildikten sonra ürettikleri bakteriyel selülozun kalitesini artırmak için gerekli çalışmalar sonrasında, ham madde olarak kullanılabilecek yeni bir ürün geliştirilmesi düşünülmektedir.
Türkiye'de yayılış gösteren Spermophilus Cuvier, 1825 (Mammalia: Rodentia) cinsi türlerinin sitogenetik analizleri
Türkiye'de dağılım gösteren Spermophilus Cuvier, 1825 cinsine ait üç türe ait sitogenetik analizler araştırılmıştır (S. citellus, S. xanthoprymnus ve S. taurensis). Anadolu'da geniş bir yayılış alanına sahip olan S. xanthoprymnus'un farklı altpopulasyonlarında ortaya çıkan farklı kromozomal özellikler ve S. citellus'un Türkiye popülasyonlarındaki bantlanmış kromozom çalışmalarının olmaması ve halen S. taurensis popülasyonundaki farklı kromozom morfolojilerine rastlanması bizi bu çalışmanın yapılmasına yönlendirmiştir. Bu çalışma ile Bolkar Dağları'ndan örneklenen S. xanthoprymnus ve S. citellus'un G, C ve Ag-NOR bantlaması yapılmıştır. Türkiye Trakyası'ndan elde edilen S. citellus'un G, C ve Ag-NOR bantlanmış kromozom özellikleri Türkiye'den ilk kez verilmiştir. Ayrıca endemik bir tür olan S. taurensis'a ait yeni kromozomal özellikler de bu tezde sunulmuştur. Bu çalışmada, S. xanthoprymnus türünün diploid kromozom sayısı (2n) 42, temel kromozom sayısı (NF) 82, otozomal kromozom sayısı (NFa) 78 olarak belirlenirken, C bantlama sonucu bir kromozomda heterokromatin bölge saptanmıştır. S. xanthoprymnus türünün Ag-NOR boyama sonucunda erkek bireylerde sekiz adet NOR boyası belirlenmiş, dişi bireylerde ise altı adet NOR boyası tespit edilmiştir. S. citellus türünde 2n=40, NF= 77, NFa= 74 olarak belirlenirken, C bantlama sonucu iki kromozomda heterokromatin alan belirlenmiştir. S. citellus türünün Ag-NOR boyama sonucunda ise yedi adet NOR boyanması saptanmıştır. S. taurensis türü ile yapılan çalışmamızda 2n=40, NF= 80, NFa= 76 olarak belirlenmiştir. Sonuç olarak, bu tezde türler arasında NOR sayı farklılığı, kromozom kol sayı farklılığı ve farklı heterokromatin blok alanlar saptanmıştır. Bu üç türe ait temel kromozom sayıları diğer çalışmalarla benzerlik gösterse de kromozom morfolojileri farklılık göstermektedir. Bu farklılığın ise coğrafi izolasyonlar, bazı mutasyonlar ve habitat farklılığı gibi etkenlerden kaynaklandığı düşünülmektedir.
Aloe vera ve Cocos nucifera'nın antimikrobiyal, antioksidan ve HepG2 hücre hattı üzerindeki antitümoral etkinliğinin belirlenmesi
Kanser, günümüzün en önemli hastalıklarındandır. Kanser mekanizma, tanı ve tedavi yöntemleri en çok araştırılan çalışmalar listesinde yerini korumaktadır. Tedavisinde kimyasal ilaçların, cerrahi operasyonların ve nakillerin kullanımı çok yaygındır. Bu tedavi yöntemlerine ek olarak yapılan çalışmalar doğal ve bitkisel türevli maddelerin etkilerini kapsamaktadır. Fitoterapi olarak adlandırılan bu çalışmalarda çeşitli maddeler kullanılmaktadır. Çalışmamızda Aloe vera ve Cocos nucifera'nın hepatosellüler karsinoma ve sağlıklı hücre hatları üzerindeki etkisinin ve biyolojik aktivitelerinin belirlenmesi amaçlandı. ÇalışmamızdaAloe vera ve Cocos nucifera gibi doğal ve bitkisel türevli maddelerin farklı konsantrasyonları L929 Fibroblast hücre hattı ve Hep-G2 Hepatoselüler Karsinom hücre hattı üzerindeki sitotoksik etkileri araştırıldı. Bu çalışmalara ek olarak çeşitli patojenler üzerindeki biyolojik aktiviteleri, probiyotik mikroorganizmalar üzerinde prebiyotik etkileri ve antioksidan kapasiteleri değerlendirildi. Çalışma sonuçlarına göre, A. vera ve C. nucifera Hep-G2 Hepatoselüler Karsinom hücre hattında sitotoksik etki göstermiş ve L929 hücrelerin prolifere olmasını sağlamıştır. Biyolojik aktivite testlerinde ise antioksidan etkilerinin olduğu saptanırken, test edilen mikroorganizmalara karşı antimikrobiyal etkileri tespit edilememiştir.
Ceviz (Juglans regia L.) sütünün çeşitli kanser hücreleri üzerindeki sitotoksik etkinliğinin antimikrobiyal, antioksidan ve prebiyotik aktivite ile birlikte değerlendirilmesi
İnsan sağlığı açısından oldukça önemli olduğu bilinen ve sıklıkla tüketilen besin kaynaklarımızdan biri ceviz (Juglans regia L.)' dir. Günümüzde, insan beyninin sağlığının korunmasında ve öğrenmede etkili, kolesterol oksidiyonuna karşı etkin, kronik yüksek tansiyonun düzenlenmesi, damarlarda kasılma ve krampların azaltılması, karsinogeneze mekanizmasına karşı etkin, enfeksiyöz rahatsızlık etkenleri, atopik astım, immün sistem ve sinir sisteminde tedavide rol oynadığı düşünülen birçok fonksiyonel özelliği araştırılmaktadır. Çağımızın en sık görülen hastalıklarından biri olan kanser ile ilgili çok sayıda araştırma sürdürülmektedir. Kanser, hücrede fonksiyonel işlevleri denetleyen genlerde epigenetik değişiklikler veya mutasyonlar sonucu ortaya çıkan genetik bir hastalıktır. Bu çalışmada Çorum'un Oğuzlar ilçesinde yetiştirilen yerli ceviz (Juglans regia L.) kullanıldı. Cevizden elde edilen sütün farklı konsantrasyonlarının meme karsinoma (MCF-7), hepatoselüler karsinoma (HepG-2) ve sağlıklı fare fibroblastı (L929) hücre hatları üzerinde antitümoral ve proliferatif etkinliğinin araştırılması amaçlandı. Aynı zamanda çalışmamızda ceviz sütünün bazı biyolojik etkinliklerinin de ortaya konması hedeflendi. Çalışmamızda elde edilen verilere göre, ceviz (Juglans regia L.) sütünün bazı konsantrasyonlarının 24 saatte L929 ve MCF-7 hücre hatlarında proliferatif etki gösterdiği, HepG-2 hücre hattında ise 500 ve 250 µg/ml konsantrasyonlarında proliferatif etki gösterirken, diğer konsantrasyonlarda sitotoksik etkinliğe sahip olduğu belirlendi. L929, MCF-7 ve HepG-2 hücre hatlarında 48 saat inkübasyon sonunda ise 500 µg/ml dışındaki tüm konsantrasyonlarda sitotoksik etkinlik tespit edildi. Biyolojik etkinlik çalışmalarında deneylerde kullanılan test mikroorganizmaları üzerinde inhibisyon etkinliği saptanmamıştır. Prebiyotik çalışmalarında ise L. rhamnosus ATCC 53103 ve L. reuteri DSMZ 17938 suşları üzerine proliferatif etki tespit edilmiştir. Antioksidan aktivite tayininde ceviz (Juglans regia L.) sütünün antioksidan aktivitesi 8,89 mg/ml olarak belirlenirken, total antioksidan miktarı (TAS) 1,9 mmol/L olarak tespit edildi. Çalışmamızda ceviz sütünün farklı konsantrasyonlarının sitotoksik ve prebiyotik etkinliğe ve bir miktar antioksidan aktiviteye sahip olduğu belirlendi. Ceviz sütünün farklı konsantrasyonlarının bazı kanser hücrelerinin inhibe edilmesinde etkin olabileceği, ancak daha fazla araştırma yapılmasının gerekli olduğu, antioksidan ve prebiyotik etkinliği sayesinde ise vücut savunmasında destekleyici rol oynayabileceği düşünülmektedir.
Spermophılus citellus'un hibernasyon ve hibernasyon sonrası karaciğer ve sindirim kanalı'nın histolojik ve sitolojik yapılarının incelenmesi
Doğal ortamlarından alınan Spermophilus citellus'lar deneyler esnasında laboratuvar şartlarında beslenmiş ve korunmuştur. Hibernasyonda olan ve hibernasyon sonrasındaki deney grupları anestezi altında disekte edilerek hem ışık mikroskobu hem de elektron mikroskobunda incelenmek üzere karaciğer ve ince bağırsaktan doku örnekleri alınmıştır. S. citellus'un hibernasyon esnasında ve sonrasında ince bağırsak ve karaciğer dokularında bazı değişiklikler gözlenmiştir. İnce bağırsakta hibernasyon esnasında villusların boylarında ve kript derinliğinde azalma, epitel hücrelerinde parçalanma ve inflamasyon alanlarının (özellikle kan damarları çevresinde) oluştuğu tespit edilmiştir. Villus uzunluğundaki azalma en çok duodenumda ve en az ileumda gözlenmiştir. Karaciğerde ise hibernasyon esnasında glikojen taneciklerinin azalması ve hibernasyon sonrası duruma göre bu taneciklerin toplu halde bulunması, hibernasyon sonrasında yıldız şeklinde görülen glikojen taneciklerinin hibernasyon esnasında yuvarlaklaştığı tespit edilmiştir. Ek olarak karaciğerde hibernasyon esnasında çekirdek ve endoplazmik retikulum etrafında glikojen taneciklerinin sayılarının azalması, mitokondrilerin küçülmesi, endoplazmik retikulum yapılarının bozulması, kupffer hücrelerinin artması, hepatik venlerin lümeninin daralması gibi değişiklikler hibernasyon esnasında tespit edilmiştir. Hibernasyon esnasında ince bağırsak ve karaciğerde meydana gelen bu değişiklikler hibernasyon sonrası ortadan kalkmıştır.
Obruk baraj gölü'nde (Çorum) kışlayan su kuşları
Kuşların mevsim şartlarının değişmesi, besin miktarının azalması ve uygun koşullarda üreyebilmek gibi nedenlerden dolayı üreme ve kışlama alanları arasında her yıl düzenli olarak yaptıkları uzun yolculuklar şeklinde göç etmektedirler. Bu çalışmada Çorum İli sınırlarında bulunan Obruk Barajı'nda kışlayan su kuşları türleri ve populasyon büyüklüklerinin ortaya çıkarılması amaçlanmıştır. Bu kapsamda 2018, 2019 ve 2021 yıllarında kış ortası su kuşu sayımları yapılmış, 2020 yılında ise olumsuz koşullar nedeniyle kısa gözlemler gerçekleştirilmiştir. Kış ortası su kuşu sayımları önceden belirlenmiş 8 farklı gözlem noktasından nokta sayım metodu ile gerçekleştirilmiştir. 2018 yılında 7 aileden 14 tür, 2019 yılında 8 aileden 18 tür ve 2021 yılında 8 aileden 16 tür sayılmıştır. 2020 yılında yapılan kısa gözlemlerde ise 7 aileden 7 tür su kuşu tespit edilmiştir. 2018 yılında 26 975, 2019 yılında 13 158, 2021 yılında 20 138 su kuşu bireyi sayılmış olup, 2020 yılında ise 11 597 su kuşu gözlemlenmiştir. Elde edilen sayım sonuçları neticesinde Obruk Barajı'nın su kuşları için yeni bir kışlama alanı meydana getirdiği görülmüştür.
Tuberoinfundibular dopaminerjik yolağın kadın infertilitesindeki rolü: SLC6A3 (DAT1) gen varyantlarının infertilite ile ilişkisi
İnfertilite, üreme çağındaki çiftlerde 12 aylık düzenli, korunmasız cinsel ilişkiden sonra klinik gebeliğin sağlanamaması olarak tanımlanmaktadır. İnfertilitenin, dünya çapında üreme çağındaki çiftlerin %8-12'sini etkilediği tahmin edilmektedir. Kadın hastalıklarından kaynaklanan infertilite hasta sayısı erkeklere oranla çok daha fazladır. İnfertilite enfeksiyon, oksidatif stres, obezite, diyet, kadın veya erkek hastalıkları gibi faktörlerden etkilenmektedir ve yapılan çalışmalar genetik faktörlerin infertilite üzerinde oldukça etkili olduğunu göstermektedir. Kadın fertilitesi ile yakından ilişkili ve ovaryum üzerinde doğrudan etkisi olan prolaktin (PRL), ön hipofiz bezinden salınan protein yapıda bir hormondur. Dopaminerjik yolaklardan olan tuberoinfundibular yolak PRL salınımını düzenlemektedir. Hücre dışı dopamin (DA) seviyesinin düzenlenmesi; intrasinaptik enzim parçalanması ve presinaptik dopamin transporter (DAT) tarafından presinaptik hücreye geri alımı ile gerçekleşmektedir. Tuberoinfundibular yolak ve dopamin nörotransmisyonu ile doğrudan ilişkili olan DAT proteini, DA fonksiyonunun ve nörotransmisyonunun anlaşılması açısından çok önemlidir. Bu tez çalışmasının amacı Türk popülasyonunda kadın infertilitesi ile SLC6A3 (DAT1) gen varyantları arasındaki ilişkinin belirlenmesidir. Bu çalışmaya 90 infertil ve 98 fertil kadın dahil edildi ve DAT1 VNTR varyantları Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) yöntemi ile analiz edildi. İnfertil alt gruplarında Açıklanamayan İnfertilite hastalarının en büyük çoğunluğu oluşturduğu, AMH değerleri ve yaşları arasında anlamlı bir ilişki varken FSH ve E2 değerleri arasında anlamlı bir farklılık olmadığı tespit edilmiştir. İnfertil ve fertil gruplarının karşılaştırılması sonucunda ise, SLC6A3 (DAT1) genindeki VNTR polimorfizmi ile kadın infertilitesi arasında istatistiksel açıdan anlamlı bir ilişki olmadığı tespit edilmiştir (p=0,425). SLC6A3 (DAT1) genindeki VNTR polimorfizmi ile kadın infertilitesi arasındaki ilişkiyi araştıran farklı popülasyon çalışmalarına ve örneklem büyüklüğünün artırılmasına gerek duyulmaktadır. Çalışmamızın dopaminerjik sistemin infertilite üzerindeki etkilerini araştıran yeni çalışmalara katkı sağlayacağı düşünülmektedir.
Alzheimer hastalığı ile MAPT gen mutasyonu ve bazı biyokimyasal biyobelirteçler arasındaki ilişkinin araştırılması
Alzheimer, dünya genelinde gittikçe yaygınlaşan ve henüz etkin bir tedavisi bulunmayan multifaktöriyel nörodejeneratif bir hastalıktır. Genellikle yaşın ilerlemesi ile ortaya çıkan Alzheimer hastalığının yaşlı nüfusun artmasıyla sosyal ve ekonomik kaynaklar üzerinde daha ağır yüklere yol açacağı öngörülmektedir. Bu nedenle hastalığın önlenmesi ya da tedavisinin bulunması oldukça önem arz etmektedir. Hastalığın erken tanısı da tedavisi kadar önemlidir ancak erken tanıda kullanılabilecek biyobelirteçler yok denecek kadar azdır. Hastalığın tanısında kullanılan beyin omurilik sıvısı yeterli düzeyde değildir ve alınması oldukça zordur. Bunun için daha az maliyetli, daha az invaziv, kolay ulaşılabilen ve uzun süreli çalışmalarda kullanılabilecek kan biyobelirteçleri daha iyi alternatif olacaktır. Çalışmamıza dahil ettiğimiz homosistein, folat, CRP ve ürik asit seviyelerindeki değişiklerin Alzheimer hastalığında biyobelirteç olarak kullanılma potansiyelleri henüz bilinmemektedir. Ayrıca, literatürde Alzheimer hastalığı ile MAPT gen mutasyonu (P301L) arasındaki ilişkiyi açıklayan herhangi bir çalışma bulunmamaktadır. 101 Alzheimer hastasının ve 101 sağlıklı bireyin dahil edildiği çalışmamızda homosistein, folat, CRP, ürik asit seviyelerindeki değişiklikler ve MAPT gen mutasyonu (P301L) ile Alzheimer hastalığı arasındaki ilişki araştırıldı. Hasta ve kontrol grupları arasında homosistein (p=0,771), folat (p=0,366), CRP (p=0,759) ve ürik asit (p=0,860) bakımından anlamlı bir fark bulunmadı. Hasta ve kontrol grupları arasında MAPT gen mutasyonu (P301L) bakımından genotipler karşılaştırıldı ve istatistiksel açıdan anlamlı bir fark bulunamadı (p=0,081). Diğer taraftan, hasta ve kontrol grupları arasında yaş bakımından istatistiksel açıdan anlamlı bir fark bulundu (p=0,006). Alzheimer hastalığı ile MAPT gen mutasyonu ve bazı biyokimyasal belirteçler arasındaki ilişkinin daha kapsamlı araştırılması için örneklem büyüklüğünün artırılmasına ve farklı etnik gruplarda yeni çalışmalara gereksinim duyulmaktadır.
Akut gastroenterit şikâyeti bulunan 5 yaş altındaki çocuklarda norovirüs enfeksiyon sıklığı
Norovirüs tüm dünyada özellikle gelişmiş ve gelişmekte olan ülkelerde mühim bir sağlık sorunudur. Günümüzde yetişkin ve çocuk gastroenteritlerin önemli sebepleri arasında yer alır. Norovirüsler, genogroup I (GI), genogroup II (GII) gibi GV'e kadar insan enfeksiyonlarının çoğuna neden olan beş farklı genogrup olarak sınıflandırılabilir. Bu çalışmada 5 yaş altı akut gastroenteritli çocuklarda norovirüs insidansının araştırılması amaçlanmıştır. Çalışmamızda akut gastroenterit tanısı bulunan, 5 yaş altındaki 192 çocuktan alınan gayta örneğinde ELISA yöntemi ile (RIDASCREEN® Norovirus (C1401) 3rd Generation, R-Biopharm, Almanya) norovirus antijen pozitifliği araştırılmıştır. Çalışma sonuçlarına göre, 192 örneğinden %7,2 (14)'sinde nörovirüs antijen pozitifliği tespit edilmiştir. Elde edilen veriler doğrultusunda, akut gastroenteritli çocuklarda %7,2 olarak tespit edilen norovirus GI/GII prevalans değerinin, ülkemizdeki epidemiyolojik verilere katkısı olabileceği düşünülmektedir. Ayrıca ülkemizde epidemiyolojik verilerin artması için testlerin çoğaltılmasıyla birlikte viral gastroenterit etkenleriyle ilgili daha çok çalışmaya ihtiyaç duyulmaktadır.
Morus alba L. yaprak ekstraktlarının caco-2 hücreleri üzerindeki sitotoksik etkinliğinin antioksidan aktivite ile birlikte değerlendirilmesi
Tıbbi bitkiler, türevli ilaçlar ve tedavi metotlarıyla ilgili araştırmalar bitkilerin kullanım şeklini, alanını ve etki mekanizmasını belirlemek açısından önemli bir yere sahiptir. Tıbbi bitkiler çoğu toplumda çeşitli sebeplerle kullanılmaktadır. Aynı zamanda da ilaç endüstrisinde ciddi bir öneme sahiptir. Tıbbi açıdan önemli olduğu bilinen bitkilerden biri de Morus alba L.' dir. Çalışmamızda Bolu ve Çorum illerinden toplanan Morus alba L. yaprak ekstraktlarının kolon kanser hücre hattı (Caco-2) üzerindeki sitotoksik etkinliğinin antioksidan aktivite ile birlikte değerlendirilmesi amaçlandı. Ekstraktların Caco-2 hücre hattı üzerinde sitotoksik etkinliği 3-4,5-dimetil-tiyazolil-2,5-difeniltetrazolyum bromür (MTT) sitotoksisite deneyleri ile antioksidan aktivite çalışmaları 1,1-difenil-2-pikrilhidrazil (DPPH) ve total antioksidan seviye (TAS) spektrofotometrik yöntemler ile araştırıldı. Elde ettiğimiz veriler doğrultusunda, Morus alba L. yaprak ekstraktlarının Caco-2 hücre üzerinde konsantrasyon ve zaman bağımlı olarak değişen oranlarda sitotoksik etkinlikten çok proliferatif etkinliğe ve yüksek antioksidan aktiviteye sahip olduğu tespit edildi. Çalışma sonuçlarımız ile, tıbbi bitkilerden yararlanılırken mutlaka üzerinde bilimsel çalışmalar yapılmış, verileri kanıtlanmış ve konsantrasyonları belirlenmiş ürünlerin kullanılması hususu vurgulanmaktadır.
Türk popülasyonunda ACAN geni VNTR polimorfizmi ile Alzheimer hastalığı arasındaki ilişkinin araştırılması
Alzheimer hastalığı, en yaygın demans türü olup nöronların dejenere olmasına neden olan multifaktöriyel bir hastalıktır. Giderek dünya nüfusunun büyük bir bölümünü etkileyen Alzheimer hastalığı sinsi bir şekilde ilerlemektedir. Hastalığın patolojisinde amiloid plaklar ve nörofibril yumaklar yer almaktadır. Genetik olarak APP, PSEN1, PSEN2 genlerindeki mutasyonlar ve APOE varyantları hastalığın ortaya çıkmasında rol oynamaktadır. Hastalığın kesin tanı ve tedavisi bulunmamaktadır. Ölüm sonrası beynin incelenmesi sonucu kesin tanı konulabilmektedir. Alzheimer hastalığının tedavisinde kullanılan ilaçlar sadece hastalığın semptomlarını hafifletmeye yöneliktir. Hâlihazırda kullanılan biyobelirteçler tanı ve tedavi için yeterli düzeyde değildir. Hastalığın patofizyolojisinde yer alan faktörlerin kapsamlı şekilde araştırılması hastalığın daha iyi anlaşılabilmesi, tanı ve tedavisinin daha sağlıklı yapılabilmesi için büyük önem taşımaktadır. Çalışmamızda ACAN genindeki VNTR polimorfizminin Alzheimer hastalığı ile ilişkisi araştırılmıştır. ACAN geninde bulunan VNTR polimorfizmi genellikle disk dejenerasyonları ile ilişkilendirilmiştir. Ancak ACAN geninin kodladığı agrekan proteini beyinde perinöral ağların (PN) yapısına katılmaktadır. Çalışmalarda PN'lerin, Alzheimer patogenezinde yer alan amiloid plaklar ve nörofibril yumakların nöronlara zarar vermesini engellediği görülmektedir. Çalışmamızda 102 Alzheimer hastası ve 101 sağlıklı bireylerden alınan kan örnekleri incelenmiştir. Alzheimer hastalığı ile ACAN VNTR polimorfizmi arasında anlamlı bir ilişki bulunmuştur (p=0.000). Hasta grubunda 30R ve 31R allelleri, kontrol grubunda ise 33R allelli en çok tekrar eden allellerdir. Aynı zamanda 13R, 21R, 24R gibi daha kısa alleller hasta grubunda kontrol grubuna kıyasla daha fazla tekrar etmektedir. Yaptığımız çalışma ile Alzheimer hastalığı ve ACAN genindeki VNTR polimorfizmi arasındaki ilişki ilk defa araştırılmıştır. İlişkinin daha net anlaşılabilmesi için farklı popülasyonlarda ve daha büyük örneklem grupları ile çalışma yapılması gerekmektedir.
Astragalus membranaceus'dan yeşil sentez ile hazırlanan gümüş nanopartiküllerin antimikrobiyal ve antikanser etkinliğinin incelenmesi
Gümüş, geçmişten günümüze sterilizasyon ya da yanık, ülser gibi hastalıkların tedavisi gibi pek çok farklı alanda kullanılmıştır. Gümüş nanopartiküller (AgNP) ise bakteri, virüs gibi mikroorganizmalar üzerinde kullanılan doza bağlı olarak üremelerini inhibe edici özelliklerinden ötürü pek çok çalışmada kullanılmıştır. Son yıllarda çevre kirliliği gibi küresel sorunlar nedeniyle çevre dostu olan yeşil sentez (biyosentez) yöntemi oldukça önemli bir konum kazanmış olup basit ve düşük maliyetli olması, toksik madde kullanımını gerektirmemesi nedeniyle popüler hale gelmiştir. Yeşil sentez yöntemiyle zehirli indirgeme ajanları yerine, çevre dostu indirgeme ajanları kullanılarak metal nanoparçacık, metal oksit ve manyetik parçacıklar gibi nanoürünlerin sentezi yapılabilmektedir. Astragalus membranaceus (Geven), çin tıbbında yüzyıllardır teşhis ve tedavi amaçlı kullanılan temel bitkilerden birisidir. Bu nedenle birçok çalışmada terapötik etkileri araştırılmıştır. Bu bilgilerden yola çıkarak tez çalışmamızda Astragalus yaprak ve kökünden elde edilen ekstraktlar kullanılarak yeşil sentez yöntemi ile gümüş nanopartiküller elde edilmiş, elde edilen nanopartiküllerin karakterizasyonları yapılmış, disk difüzyon yöntemi ile seçilen mikroorganizmalara karşı antimikrobiyal etkisi tayin edilmiş, sağlıklı fibroblast hücrelerinde biyouyumlulukları ve meme kanseri hücre hattı üzerinde potansiyel in vitro sitotoksik etkileri analiz edilmiştir. Tez çalışmamızın sonuçlarına göre, Astragalus kök ve yaprağından elde edilen ekstraktlar ile gümüş nitratın indirgenme reaksiyonuna bağlı olarak gümüş nanopartiküller yeşil sentez yöntemi ile elde edilmiştir. Astragalus kökünden sentezlenen gümüş nanopartiküllerin partikül büyüklüğü 14 nm, yapraktan sentezlenen gümüş nanopartiküllerin partikül büyüklüğü ise 55 nm olarak tayin edilmiştir Sentezlenen bu nanopartiküller ile yapılan antimikrobiyal aktivite ve antikanser etkinlik analizleri çalışmalarında, nanopartiküllerin kullanılan doza bağlı olarak sitotoksik etki gösterdiği bulunmuştur. Ayrıca sağlıklı fibroblast hücrelerinde yapılan biyouyumluluk analizlerinde ise gümüş nanopartiküllerin sitotoksik etki göstermediği bulunmuştur. Bu tez çalışması ile Astragalus bitkisi kullanılarak yeşil sentez yöntemi ile gümüş nanopartikülleri başarılı bir şekilde sentezlenmiş, nanopartiküllerin antimikrobiyal ve antikanser etkinlikleri tayin edilmiştir.
Parkinson hastalığı ile ilişkili bazı genlerdeki yüksek riskli zararlı snp'lerin etkilerinin in siliko yöntemlerle belirlenmesi
Nörodejeneratif bir hastalık olan Parkinson hastalığı oldukça kompleks bir etiyolojiye sahiptir. Belli çevresel faktörlere karşı genetik yatkınlığı olan bireylerde, maruz kalınan çevresel faktörlerin kliniği ortaya çıkardığı düşünülebilir. Bununla birlikte genetik faktörlerin tek başına hastalığın etiyolojisinde çok önemli bir rol oynadığı bilinmektedir. Parkinson hastalığı için belirtilmiş genetik faktörler arasında mutasyonlar ve polimorfizmler yer almaktadır. Bu tez çalışmasında,Parkinson hastalığı ile ilişkili olduğu düşünülen SNCA, CD38, GBA, LRP10, EIF4G1, VPS35, PLA2G6, PINK1, LRRK2, UQCR1 ve MMRN1 genlerinde bulunan tek nükleotid polimorfizmlerinin (SNP) çeşitli biyoinformatik araçlar kullanılarak proteinlerin fonksiyonu, yapısı, stabilizasyonu, evrimsel korunumu üzerine olan olası etkilerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Sonuç olarak MMRN1 geni için rs1046993 (L982S), rs61734879 (N1075K), rs1432306000 (8G274), rs147438202 (R1057M), rs147438202 (G16R), rs147451161 (R1227L), rs148141919 (Q394R), rs149261966 (S1155R), rs189386556 (S414P), rs199716183 (Y1097H), rs200526047 (P651H), rs201006967 (P1140L), rs201761344 (N1084S), rs369001499 (M1100K), rs370732997 (D726Y), rs373754512 (D225G), rs374677318 (C592Y), rs376506594 (C211Y) polimorfizmlerinin zararlı etkili olabileceği belirlendi. UQCR1 geni için rs201911056 (R276C), rs145869559 (G312S), rs191821836 (R165S), rs200354059 (R378C) varyantlarının ve LRRK2 geni için ise rs4640000 (P1262A), rs33995463 (L119P), rs150050676 (N246H) varyantlarının zararlı olabileceği belirlendi. Belirlenen zararlı etkili SNP'lerin çeşitli biyolojik süreçlerde rol alan proteinlerin yapısal ve fonksiyonel değişikliklerine neden olabileceği ve bu değişikliklerin sonucunda biyolojik süreçleri olumsuz olarak etkileyebilecekleri tahmin edildi. Bu çalışmada patojenik olarak tanımlanan missense SNP'ler Parkinson hastalığı için risk faktörü olarak değerlendirilmiştir.Bu patojenik missense SNP'lerin biyobelirteç olarak kullanılma potansiyelleri teşhis ve tedavi için bir temel oluşturabilir. Bu tez çalışmasından elde edilen sonuçların Parkinson hastalığı ile ilgili yapılacak in vitro ve in vivoileriçalışmalar tarafından doğrulanması gerekmektedir.
Aegeobuthus gibbosus ham venomunun HT-29 kolorektal kanser hücresi epitelyal mezenkimal geçiş (EMT) üzerine etkilerinin araştırılması
Kanser, hücrelerin kontrolsüz bir şekilde çoğalması ve büyümesi sonucunda ortaya çıkan, genetik ve çevresel faktörlerin etkisiyle şekillenen karmaşık bir hastalıktır. Kolorektal kanser kolon veya rektumun epitel dokusundan kaynaklanan malign bir tümör olup, tüm kanser türleri arasında en sık görülen üçüncü kanser türü olarak dikkat çekmektedir. Epitelyal-mezenkimal geçiş (EMT), kanser hücrelerinin metastaz yeteneği kazanmasında kritik bir süreç olarak tanımlanmaktadır. EMT, epitel hücrelerinin mezenkimal özellikler kazanarak daha hareketli ve invaziv bir fenotipe dönüşümünü ifade etmektedir. Bu biyolojik olay, kanser hücrelerinin invazyon ve metastaz potansiyelini artıran temel mekanizmalardan biri olarak öne çıkmaktadır. Akrep zehiri, biyolojik olarak oldukça aktif olan toksinlerin kompleks bir karışımından oluşmaktadır. Bu toksinler kanser hücrelerine seçici bağlanma özelliği gösteren küçük peptitler ve proteinler içermektedir. İnsanlarda toksisiteye yol açabilen bu bileşiklerin kontrollü bir şekilde kullanılması, yeni ve etkili ilaçların geliştirilmesi için önemli bir kaynak oluşturmaktadır. Günümüzde akrep toksinleri, başta kanser olmak üzere birçok hastalığın tedavisinde potansiyel terapötik ajanlar olarak değerlendirilmektedir. Bu çalışmada, Aegeobuthus gibbosus (Brullé, 1832) (Scorpiones: Buthidae) türü akrep ham zehrinin, HT-29 kolorektal kanser hücre hatlarında epitelyal-mezenkimal geçiş (EMT) üzerindeki etkileri araştırılmıştır. Elde edilen bulgular, akrep zehiri peptitlerinin kanser tedavisinde alternatif bir yaklaşım sunabileceğini göstermektedir. Aegeobuthus gibbosus venomunun HT-29 hücre hatları üzerinde yüksek sitotoksik etkiye sahip olduğu tespit edilmiştir. Bu çalışma, kolorektal kanser tedavisinde yeni terapötik stratejilerin geliştirilmesine yönelik önemli katkılar sağlamaktadır.
Telomeraz ile ilişkili bazı genlerdeki yüksek riskli zararlı SNP'lerin biyoinformatik yöntemlerle belirlenmesi
Telomerler, genomik bütünlüğü korumak için kromozomal uçlarda koruma sağlar. Shelterin proteinleri ile kompleks halinde olan proksimal çift sarmallı ve distal tek sarmallı bölgeleri içerir ve yüksek düzeyde korunmuştur. Telomer bölge gen ekspresyonunda, yaşlanmada, tümör oluşumunda ve hücre çoğalmasında rol oynar. Telomerlerin kromozomların diğer kısımlarından farkı, telomerik DNA'nın hücre döngüsüne bağlı kaybı ve yeniden oluşturulmasıdır. Telomeraz, telomerik DNA dizilerini sentezleyen ve sınırsız çoğalma potansiyeli için moleküler temeli sağlayan bir RNA-bağımlı DNA polimeraz olup çoğu ökaryotta doğrusal kromozom uçlarının bakımı için gerekli olan temel ters transkriptazdır. Telomeraz, integral bir RNA alt birimi olan telomeraz RNA'sı (TER, hTR, TERC), katalitik bir protein alt birimi olan telomeraz ters transkriptaz (TERT) ve türlere özgü birkaç yardımcı protein içeren benzersiz bir hücresel ters transkriptazdır. Bu tez çalışmasında telomeraz enzimi ile ilişkili genler olan TERT, Diskerin Psödouridin Sentaz 1 (DKC1), Isı Şoku Proteini 90 Alfa Ailesi Sınıf A Üyesi 1 (HSP90AA1), Ribozomal Protein L22 (RPL22), Telomeraz Proteini Bileşeni 1 veya Telomeraz İlişkili Protein 1 (TEP1), Staufen1 (STAU1) genlerinde bulunan tek nükleotid polimorfizmlerinin (SNP) çeşitli biyoinformatik araçlar kullanılarak proteinlerin fonksiyonu, ikincil yapısı, stabilizasyonu, evrimsel korunumu üzerine etkilerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Bu tez çalışması sonucunda ise telomeraz enzimi ile ilişkili TERT, DKC1, STAU1 genlerinde bulunan SNP'lerin çeşitli biyoinformatik araçlar kullanılarak proteinlerin fonksiyonu, ikincil yapısı, stabilizasyonu, evrimsel korunumu üzerine etkileri belirlenmiştir. Sonuç olarak ise DKC1 geni için rs121912293 (F36V), rs121912295 (G402E), rs121912298 (M350I), rs121912300 (M350T), rs146700772 (S280R), rs199422248 (K314R), rs199422249 (D359N), rs199422250 (P384S), rs2728534 (I226S), rs17850575 (V285F) varyantlarının; TERT geni için rs19422293 (R486C) varyantının; STAU1 geni için iv rs61748376 (L165P), rs369362574 (N286S) varyantlarının yüksek riskli zararlı etkili olabileceği belirlenmiştir. Bu zararlı etkilere protein stabilitesinin azaltılması, asetilasyon kaybı, metilasyon kaybı örnek verilebilir. Bu çalışmada belirlenen zararlı etkili SNP'lerin telomeraz enziminin dahil olduğu biyolojik süreçleri olumsuz yönde etkileyebileceği tahmin edilmektedir. Bu patojenik varyantların telomer biyolojisi hastalıklarının patogenezinde risk faktörü olarak değerlendirilebileceğini düşünmekteyiz. Bu tez çalışmasında elde edilen sonuçların in vitro ve in vivo ileri çalışmalarla doğrulanması gerekmektedir.
Kadın infertil hastaların foliküler sıvı örneklerinde micro-rna122 ekspresyon düzeylerinin araştırılması
İnsan üremesi; folikülogenezi, oogenezi, embriyo bölünmesi/gelişimi, blastosist oluşumu, implantasyon ve canlı doğumu içeren karmaşık bir süreçtir. Bu süreçlerden herhangi birinin anormal olması veya durması, üreme sorunlarına yol açabilmektedir. Dünya Sağlık Örgütü (DSÖ) infertiliteyi, başarılı bir gebelik olmaksızın 12 ay içinde gebelik elde edilememesi olarak tanımlamaktadır. İnfertilite, dünya genelinde üreme çağındaki çiftlerin %8 ila %12'sini etkilemekte ve küresel ölçekte önemli bir üreme sağlığı sorunu oluşturmaktadır. İnfertiliteye genetik ve epigenetik faktörlerin etki ettiği bilinmekle birlikte, patobiyolojik mekanizmaları hala tam olarak aydınlatılamamıştır. Bu nedenle, hastalığın tanı ve tedavisinde yeni biyobelirteçlerin belirlenmesi önem arz etmektedir. Son çalışmalar, foliküler sıvıdaki miRNA'ların üreme potansiyeli ve folikül sağlığı hakkında fikir verebileceğini ortaya koymuştur. Bu çalışmanın amacı, Türk popülasyonunda folikül sıvı örneklerinde Grade 1 (yüksek kalite) ve Grade 2 (düşük kalite) embriyo skorlarına göre microRNA-122 ekspresyon profilini karşılaştırmak, düzenleyici RNA molekülünün infertiledeki rolünü belirlemek ve biyobelirteç olma potansiyelini araştırmaktır. Bu çalışmada, Türk popülasyonunda açıklanamayan infertilite tanısı alan 100 kadına ait foliküler sıvı örneği incelenmiştir. Katılımcılar, düşük kalite embriyo (hasta grubu) ve yüksek kalite embriyo (kontrol grubu) olmak üzere iki gruba ayrılmıştır. Yüksek ve düşük kaliteli embriyoya sahip kadınlarda klinik ve biyokimyasal parametreler ile foliküler sıvıda miR-122 ekspresyon seviyeleri karşılaştırılmıştır. Normal dağılım analizlerinde, folikül uyarıcı hormon (FSH) dışındaki tüm değişkenlerin normal dağılıma uymadığı belirlenmiş ve buna göre uygun istatiksel testler uygulanmıştır. Gruplar arasında yaş, folikül uyarıcı hormon (FSH), luteinleştirici hormon (LH), östrodiol (E2), anti-müllerian hormon (AMH) ve antral follikül sayı (AFC) değerleri açısından anlamlı farklılıklar saptanmamıştır (p>0.05). Buna karşın, yüksek kaliteli embriyo grubunda oosit sayısı (OC) (p=0.030), pronükleer (PN) sayısı (p<0.001) ve embriyo sayısı (p=0.008) anlamlı derecede yüksek bulunmuştur. Bu bulgular, yüksek kaliteli embriyo grubunda üreme potansiyelinin daha güçlü olabileceğini göstermektedir. Gruplar arasında foliküler sıvıda miRNA-122 ekspresyon düzeyleri arasında anlamlı bir fark tespit edilmemiştir (p>0.05). Bu sonuç, çalışmada incelenen Türk popülasyonunda foliküler sıvıdaki miR-122 ekspresyonunun embriyo kalitesi ile doğrudan ilişkili olmadığını göstermektedir. Sonuç olarak, oosit, PN ve embriyo sayılarının embriyo kalitesi ile ilişkili olduğu, ancak foliküler sıvı miR-122 ekspresyonunun biyobelirteç adaylığına dair kanıt sunmadığı bulunmuştur. Daha geniş örneklemli ve farklı etnik grupları içeren çalışmalar, bu bulguların doğrulanması için gereklidir.
Doksorubisin dirençli ER+ meme kanserinde lncRNA UCA1'in PI3K/AKT/mTOR sinyalizasyonuna etkisi
Tez çalışmasında, meme kanserinde (BC) doksorubisin (Dox) direncinin gelişiminde uzun kodlanmayan RNA (lncRNA) UCA1'in PI3K/AKT/mTOR sinyalizasyonu üzerindeki etkisinin araştırılması hedeflenmiştir. Öncelikle, MCF-7 hücrelerinde doksorubisin direnci indüklenmiş, hücrelerde direnç 0,64 µM seviyesine ulaşılmıştır. Dirençli hücrelerde (MCF-7/Dox) direnç oluşumu; hücre morfolojisinin incelenmesi, çoklu ilaç direnci ile ilişkili protein 1 (MRP1) gen ekspresyonunun değerlendirilmesi ve PI3K/AKT/mTOR sinyal yolunun regülasyonu ile doğrulanmıştır. Hücrelerin iğsi şekil aldığı, uzunluklarının arttığı ve sitoplazmalarında birden fazla vezikül bulunduğu gözlemlenmiştir. İlaca direncin, MRP1 gen ekspresyon seviyesinin transkript düzeyinde 4 kat artmasıyla oluştuğu gösterilmiştir. Ayrıca, direnç geliştiren hücrelerin mezenkimal özellik kazandığını desteklemek amacıyla epitelyal-mezenkimal dönüşüm (EMD) sürecine ilişkin genlerin (E-kaderin, Okludin, Klaudin-1, N-kaderin, Twist-1, Vimentin) ekspresyon seviyeleri kantitatif PCR (qPCR) yöntemiyle analiz edilmiştir. MCF-7/Dox hücrelerinde E-kaderin, Okludin ve Klaudin-1 gen ekspresyon seviyelerinin azalırken, N-kaderin, Twist-1 ve Vimentin gen ekspresyon seviyelerinin anlamlı derecede arttığı belirlenmiştir. Bu bulgular, direnç geliştiren hücrelerin mezenkimal özellik kazandığını ortaya koymaktadır. MCF-7/Dox hücrelerinde doksorubisinin hücre canlılığı üzerindeki etkisini incelemek amacıyla MTT testi yapılmış ve MCF-7/S ile MCF-7/Dox hücrelerinin inhibitör konsantrasyonu 50 (IC50) değerleri sırasıyla 1,65 µM ve 128,5 µM olarak belirlenmiştir. MCF-7/Dox hücrelerinin, MCF-7/S hücrelerine kıyasla doksorubisine karşı 78 kat daha yüksek direnç gösterdiği tespit edilmiştir. Ayrıca, Dox direnci gelişen hücrelerde UCA1 gen ekspresyonunun arttığı ve PI3K/AKT/mTOR sinyal yolunun upregüle olduğu, bu sinyal yolunda görev alan Akt1, Akt2, mTOR ve PTEN genlerinin ekspresyon seviyelerindeki artışa bağlı olarak gösterilmiştir. Çalışmanın ilerleyen aşamasında, lipofektamin yöntemi kullanılarak siUCA1 hücrelere transfekte edilmiştir. qPCR analizleri, siUCA1 transfeksiyonu sonrasında UCA1 gen ekspresyonunun kontrol grubuna kıyasla istatistiksel olarak anlamlı düzeyde (%50) azaldığını göstermiştir. siUCA1 transfeksiyonu, hem MCF-7/Dox hem de MCF-7/S hücrelerinde IC50 değerlerini anlamlı şekilde azaltmıştır. Bu sonuç, UCA1'in doksorubisin direncini tersine çevirmede potansiyel bir aday olabileceğini göstermektedir. Ayrıca, UCA1'in susturulmasının PI3K/AKT/mTOR sinyal yolunu baskıladığı ve hücrelerin motilite yeteneğini anlamlı derecede azalttığı saptanmıştır. Sonuç olarak, lncRNA UCA1'in meme kanserinde doksorubisin direncinin tersine çevrilmesinde PI3K/AKT/mTOR sinyal yolu ile ilişkili olabileceği, literatürde ilk kez bu tez çalışması ile tanımlanmıştır.
Türkiye'de dağılım gösteren Pipistrellus kaup, 1829 (Chiroptera: vespertilionidae) türlerinin moleküler filogenisi
Yarasa türlerinin sistematiği, morfolojik benzerlikler ve kriptik tür komplekslerinin varlığı nedeniyle taksonomik açıdan önemli belirsizlikler barındırmaktadır. Bu kapsamda, moleküler biyoloji temelli yaklaşımlar, klasik morfolojik tanımlamaların ötesine geçerek tür içi ve türler arası ilişkilerin daha sağlıklı anlaşılmasına olanak tanımaktadır. Özellikle Sitokrom b (Cytb) gibi mitokondriyal belirteçlerin kullanıldığı çalışmalar, Pipistrellus cinsine ait türlerin genetik çeşitliliğini ve filogenetik yapılarını ortaya koymada önemli katkılar sağlamıştır. Bu tez çalışmasında, Türkiye'de yayılış gösteren dört Pipistrellus türü (P. pipistrellus, P. pygmaeus, P. kuhlii ve P. nathusii) incelenmiş; türlerin mitokondriyal Cytb gen bölgesi dizilerine dayalı olarak moleküler filogenetik analizleri gerçekleştirilmiştir. Türkiye'nin farklı coğrafi bölgelerinden toplanan örneklerden DNA izolasyonu yapılmış, PCR amplifikasyonu ve dizileme sonrası filogenetik analizler gerçekleştirilmiştir. Ayrıca, türlerin Türkiye'deki yayılış desenleri değerlendirilmiş, kladlar arası ve klad içi genetik farklılıklar istatistiksel olarak analiz edilmiştir. Analizler sonucunda, P. pipistrellus bireylerinin üç ana klada ayrıldığı ve bazı lokalitelerde doğu ve batı kladlarının birlikte bulunduğu tespit edilmiştir. P. kuhlii bireylerinde ise P. k. lepidus ve P. k. kuhlii alt tür gruplarına ait genetik izler belirlenmiş ve Türkiye'nin bu soy hatları arasında bir geçiş alanı olduğu gösterilmiştir. P. nathusii için Trakya ve Karadeniz Bölgeleri'nde Avrupa kökenli soy hatlarıyla benzerlik gösteren bireyler gözlenmiştir. P. pygmaeus olarak tanımlanan bazı bireylerin moleküler olarak P. pipistrellus ile eşleşmesi, morfolojik tanımlamaların sınırlılığını ortaya koymuştur. Sonuçlar, Türkiye'nin yalnızca bir yayılış alanı değil, aynı zamanda filogenetik çeşitliliğin yoğunlaştığı ve evrimsel süreçlerin aktif olduğu bir bölge olduğunu ortaya koymaktadır.
Chelidonium majus'dan yeşil sentez ile hazırlanan gümüş nanopartiküllerin antimikrobiyal antioksidan aktivitesi ve kolorektal kanser üzerindeki antikanser etkinliğinin değerlendirilmesi
Gümüş nanopartiküller (AgNP'ler), biyomedikal uygulamalarda bulunan birkaç metalik nanopartikül arasında en önemli nanomalzemelerden biridir. AgNP'lerin, nanobilim ve nanoteknolojide, özellikle nanotıptaki yeri oldukça mühimdir. Çeşitli soy metaller, farklı amaçlar için kullanılsa da AgNP'ler kanser teşhisi ve tedavisindeki potansiyel uygulamalara odaklanmıştır. Kimyasal sentez aşamasında kullanılan kimyasallar, çevreye ve canlılara ciddi zarar verebilmektedir. Bu sayılan dezavantajlar nedeniyle fiziksel ve kimyasal yöntemlerin kullanımı sınırlıdır. Bu metotlar, yerini daha çevre dostu ve ucuz bir metot olan biyolojik metoda bırakmaktadır. Biyolojik metotta bulunan yeşil sentez için bitkiler, bakteriler, mantarlar ve algler nanopartiküllerin sentezinde genellikle bulunmaktadır. Biyolojik yöntemlerle nanoparçacık sentezi kısa sürede tamamlanabilmektedir. Bunun yanı sıra, bu yöntem yüksek verim sağlarken üretim maliyetlerini de kayda değer biçimde azaltmaktadır.
Streptozotosin (STZ) ile indüklenmiş tip I diyabet modelinde Transakonitik Asit'in karaciğer üzerindeki etkisi
Diabetes Mellitus (DM), prevalansındaki artış ve yol açtığı sistemik komplikasyonlar nedeniyle günümüzde en sık karşılaşılan endokrin bozukluklardan biri olarak kabul edilmekte ve bu durum hastalığın tedavisine yönelik araştırmaları öncelikli hale getirmektedir. Akonitik asit (propen-1,2,3-trikarboksilik asit), doğada özellikle şeker kamışı (Saccharum officinarum) ve tatlı sorgum (Sorghum bicolor) gibi bitkilerde yüksek konsantrasyonlarda biriken altı karbonlu bir organik asit olup antioksidan ve antiinflamatuar özelliğe sahiptir. Bu nedenle bu tez çalışmasında Tip I diyabet modeline karşı Trans-akotinik asit (TAA)'in potansiyel iyileştirici etkisi in vitro ve in vivo çalışmalarla araştırılmıştır. İn vitro analizlerde α-amilaz ve DPPH testi uygulanırken in vivo analizlerde Streptozotosin (STZ) ile indüklenerek Tip I Diabetes Mellitus (TIDM) modeli oluşturulup farklı dozlardaki (30-60mg/kg) Trans-akonitik asidin (TAA) iyileştirici etkinliği akarboz ile karşılaştırmalı olarak değerlendirildi. Çalışmada toplam 54 adet erkek Wistar albino sıçan altı gruba ayrıldı: Grup I: Kontrol grubu, Grup II: 60 mg/kg TAA uygulanan grup, Grup III: STZ uygulanan grup, Grup IV: STZ+30 mg/kg TAA uygulanan grup, Grup V: STZ+60 mg/kg TAA uygulanan grup ve Grup VI: STZ+20 mg/kg Akarboz uygulanan grup. Diyabetik gruplara TIDM oluşturmak amacıyla 50 mg/kg STZ tek doz intramüsküler uygulanıp enjeksiyondan beş gün sonra kuyruk kanından glukometre ile açlık glukoz düzeyleri ölçülerek 200 mg/dL üzeri değerler diyabetik kabul edildi. 28 gün boyunca ilgili gruplara Serum Fizyolojik, TAA ve akarboz gastrik gavaj yolla verilip sıçanların vücut ağırlıkları, yem ve su tüketimleri günlük takip edildi. Deney süresi sonunda serum ve karaciğer dokuları toplanarak biyokimyasal analizler gerçekleştirildi. Serumdan Serum Glukoz (SG), Serum İnsülin (SI), Glikolize Hemoglobin (HbA1c), Alanin aminotransferaz (ALT), Aspartat aminotransferaz (AST), Malondialdehit (MDA), Total Kolesterol (TC) ve Trigliserit (TG) v düzeyleri; karaciğer dokusundan ise MDA, Toplam Süperoksid dismutaz (SOD) ve Katalaz (CAT) aktiviteleri analiz edildi. Histolojik incelemeler kapsamında karaciğer ve pankreas dokuları incelenerek Hematoksilen-Eozin, Periyodik asit–Schiff ve Gomori's boyaması yapıldı. Moleküler incelemelerde ise Nükleer Faktör kappa B p 65 subunit (NF-κB p65 subunit), Tümör Nekroz Faktör alfa (TNFα), İnterlökin-6 ve Aktin beta (Actβ) gen ekspresyon seviyeleri incelendi. Ardından Western Blotlama analizleri gerçekleştirilerek NF-κB p65, TNFα ve Actβ protein miktarları belirlendi. İn vitro analizlerde DPPH testiyle antioksidanlığı gallik aside göre düşük bulunan TAA'nın α-amilaz inhibisyon testinde 2,5 mg/mL konsantrasyonda enzimi %94,8 oranında inhibe ettiği tespit edildi. Potansiyel antidiyabetik etkinliği belirlenen TAA'nın in vivo çalışmalarında ise in vitro sonuçları destekleyici bulundu. Biyokimyasal analizlerde; 60 mg/kg TAA grubunun kontrol grubuna göre SG, SI ve TG seviyelerini anlamlı arttırdığı tespit edildi. Diyabet grubunun kontrol grubuna kıyasla, SG, HbA1c, ALT ve AST seviyelerinde istatistiksel olarak anlamlı artış tespit edilirken; SI, Toplam SOD ve TG seviyelerinde anlamlı azalma belirlendi. Diyabet grubu ile Diyabet+30 mg/kg TAA ve Diyabet+60 mg/kg TAA grubu değerlendirildiğinde; tedavi gruplarında, HbA1c ve AST seviyelerinde anlamlı azalma tespit edildi. Diyabet+20 mg/kg Akarboz grubunda, diyabet grubuyla karşılaştırıldığında; SI seviyelerinde anlamlı artış belirlenirken SG, HbA1c, AST ve TG seviyelerinde anlamlı azalma tespit edildi. Histolojik analizlerde; karaciğer kesitlerinde diyabetik durumda hepatositlerde dejenerasyon, vena santralisten perifere doğru hepatositlerin lokalizasyonunda bozulma, vakuol oluşumu ve hepatosit sınırlarının bozulduğu; pankreasta diyabetik durumda adacık yapılarının daraldığı ve dejenerasyonu arttığı tespit edildi. TAA tedavisi sonrasında ise bu histopatolojik değişiklerin azalmaya başladığı gözlemlendi. TIDM'e bağlı karaciğer ve pankreas hasarına karşı TAA'nın iyileştirici etkinliği bulunduğu ortaya koyuldu. Histolojik açıdan TAA ve akarboz uygulanan grup arasında belirgin farklılığın olmadığı tespit edildi. Moleküler analizlerde ise NF-κB p65 subunit gen ekspresyon seviyesindeki artış kontrol grubu ve diyabet grubu arasında anlamlı bulunmazken TNFα ve IL-6 arasındaki artış anlamlı tespit edildi. Ek olarak TAA tedavi gruplarındaki azalışta IL-6 ve TNFα gen ekspresyon seviyelerinde kontrol grubuna göre anlamlı bulundu. WesternBlot analizlerinde ise TNFα gen ekspresyon seviyeleri protein miktarları ile benzerlik gösterdiği belirlendi. NF-κB için ise tedavi gruplarında ekspresyon seviyeleri düşük olmasına rağmen protein miktarı daha yoğun tespit edildi. Sonuç olarak TAA'nın 30 ve 60 mg/kg dozlarında biyokimyasal etkisi sınırlı olsa da histolojik ve fiziksel bulgular diyabetik hasarın iyileştirilmesinde potansiyel taşıdığını göstermektedir. Gen ekspresyonu ve protein miktarları ise inflamasyon yolaklarında doz bağımlı ve heterojen bir yanıt profiline işaret etmektedir.
Paklitaksel yüklü hipoksi duyarlı kitosan nanopartiküllerin meme kanseri hücre hattında etkinliğinin değerlendirilmesi
Bu tez çalışmasında, hipoksiye duyarlı nitroimidazol grupları ile modifiye edilen kitosan nanopartiküllerine paklitaksel yüklenmiş ve bu sistemin meme kanseri tedavisinde kontrollü ilaç salımına yönelik potansiyeli incelenmiştir. Nanopartiküller, iyonik jelasyon yöntemi kullanılarak sentezlenmiş ve ortalama partikül boyutu, polidispersite indeksi (PDI) ve zeta potansiyel gibi karakteristik özellikler detaylı bir şekilde analiz edilmiştir. Yapılan karakterizasyon sonuçlarına göre nanopartiküllerin ortalama partikül boyutu 115-190 nm arasında, PDI değerleri 0.18-0.30 arasında, zeta potansiyel değerleri ise +20 mV üzerinde bulunmuştur. Bu sonuçlar, nanopartiküllerin biyomedikal uygulamalar için uygun stabilite ve homojeniteye sahip olduğunu göstermiştir. İn vitro ilaç salım deneyleri, nanopartiküllerin tümör mikroçevresindeki düşük pH (pH 5.5) ve hipoksik koşullara duyarlı olarak salım hızını artırdığını ortaya koymuştur. Normoksik koşullara kıyasla hipoksik ortamda paklitaksel salımı %70-80 seviyelerine ulaşmıştır. Bu durum, hipoksik tümör bölgelerinde ilacın etkinliğinin artırılabileceğini göstermektedir. Sonuç olarak, bu tez çalışması, kitosan-nitroimidazol tabanlı nanopartiküllerin kontrollü ve hedefe yönelik ilaç salım sistemleri için umut verici bir aday olduğunu göstermektedir. İlerleyen çalışmalarda farklı hücre hatları ve in vivo modellerde yapılacak deneyler, sistemin klinik uygulanabilirliğini destekleyebilir ve meme kanseri tedavisinde daha etkili tedavi stratejilerinin geliştirilmesine katkı sağlayabilir.
Meme kanseri tedavisinde kullanılmak üzere pH-duyarlı lipid-polimer hibrit nanopartiküllerin tasarlanması ve optimizasyonu
Bu tez çalışmasında, pH duyarlı fosfatidilkolin ile kaplanmış kitosan bazlı nanopartiküller sentezlenmiş ve paklitaksel yüklü formülasyonların meme kanseri tedavisindeki potansiyeli değerlendirilmiştir. Nanopartiküller, iyonik jelasyon yöntemi ile hazırlanmış ve fosfatidilkolin ile kaplama ince film yöntemi ile gerçekleştirilmiş olup, kaplama FTIR ve XPS analizleri ile doğrulanmıştır. In vitro salım deneyleri tümör mikroçevresini simüle eden pH 5.5, 6.5 ve fizyolojik pH'da tayin edilmiştir. Nanopartiküllerin fosfatidilkolin ile kaplandığı, FTIR spektrumunda P=O ve C-H gerilme titreşimlerinde belirgin değişiklikler ve XPS analizinde fosfor (P2p) pikinin ortaya çıkmasıyla doğrulanmıştır. Paklitaksel yüklü kitosan nanopartiküllerin ortalama boyutu 198.7 ± 6.8 nm, PDI değeri 0.245 ± 0.018 ve zeta potansiyeli +28.3 ± 2.1 mV olarak belirlenirken, fosfatidilkolin kaplaması sonrası partikül boyutu 230.1 ± 6.3 nm, PDI 0.235 ± 0.014 ve zeta potansiyeli +24.6 ± 2.0 mV olarak belirlenmiştir. Kitosan nanopartiküllerinde yükleme kapasitesi %12.4±1.2, enkapsülasyon verimi %76.8±3.5; fosfatidilkolin ile kaplanmış nanopartiküllerde yükleme kapasitesi %18.6±1.5, enkapsülasyon verimi %85.2 ± 2.8 olarak ölçülmüş olup, kaplamanın ilaç tutulumunu artırdığı gözlemlenmiştir.
Prostat kanseri hücrelerinde bor bileşiklerinin serin proteazlara etkisinin incelenmesi
Serin proteazlar, hücre büyümesi ve farklılaşmasında önemli rolü olan bir grup proteazdır. İnsanlarda tahmin edilen 175 üyeden oluşur. Bunların çoğu salgılanan proteazlardır. Genellikle zimojenler olarak bulunurlar ve spesifik ve sınırlı proteoliz ile aktive edilmeleri gerekir. Birkaç serin proteaz, prostat kanserinin oluşumunda yer alan önemli faktörler olarak bilinir. Prostat kanserinde PSA, MMP'ler ve diğer proteazların rolü, hücre dışı matriksin bozulması ve kanser hücrelerinin kemikler, akciğerler vb. gibi başka organlara metastaz yapmasına olanak sağlaması ile ilişkilidir. Bu serin proteazları farklı terapötik ajanlarla hedeflemek, prostat kanseri tedavisinde önemli bir strateji olabilir. Bor bileşiklerinin prostat kanseri hücreleri üzerindeki etkileri hakkında ilgili literatürden elde edilen sonuçların analizi, uygun dozlarda kullanıldığında borik asit gibi farklı bor bileşiklerinin prostat kanseri için potansiyel tedavi edici ajan olabileceğini göstermiştir. Bu nedenle, çalışmamızda LNCaP hücreleri kullanılarak, farklı kimyasal yapıya sahip olan bor bileşiklerinin (D1, D3 ve D6) prostat kanseri gelişimi ve ilerlemesinde anahtar faktörlerden biri olan serin proteazların gen ve protein düzeyleri üzerine olan etkileri sorgulanmaya çalışıldı. Bu amaçla farklı sürelerde ve farklı konsantrasyon değerlerinde bor bileşikleri hücrelere uygulanarak AR, PSA, MMP 2 ve MMP 9 gibi hedef genlerin ve proteinlerin ekspresyon seviyeleri sırasıyla QRT-PCR ve western-blot metodolojileri ile incelendi. Bor bileşiklerinin prostat kanseri hücrelerinin proliferasyonunu azalttığı, prostat kanseri gelişiminde kritik rol oynayan AR sinyalini inhibe ettiği ve MMP'ler ile serin proteazlar üzerinde gösterdiği transkripsiyonel ve translasyonel regülasyonlar aracılığıyla da hücrelerin metastatik potansiyelini azaltabileceği sonucuna varıldı. Bu bağlamda, özellikle sentetik androjen varlığında daha güçlü regülasyon gösteren bor bileşiklerinin ileri evre metastatik prostat kanseri hastalarının tedavisinde potansiyel adaylar olabileceği düşünülmektedir.
MEFV gen mutasyonları taşıyan bireylerde yeni nesil dizileme yöntemi ile elde edilmiş yaygın ve yeni varyantların veri tabanlarında analizleri: Retrospektif çalışma
MEFV geni 16. Kromozomun kısa kolu üzerinde 115 kb'lık bir bölge üzerindedir. Bu gen yaklaşık 3.7 kb uzunluğunda bir transkript kodlar. Genin ürünü 781 aminoasitlik pirin proteinidir. Pirin sadece olgun granülositlerde ifade olur. Pirinin görevi nötrofil aktivasyonunu azaltıp inflamasyonu baskılamaktır. Pirinin dört domaininden biri olan B30.2'dur. B30.2 bölgesinin ekspresyonu ile kaspaz-1 aktivasyonu olur ve IL-1b üretimini azaltır. Pirin mutasyona uğrayınca sıradan uyarıcılara cevap olarak aşırı derecede IL-1b üretimine neden olur. Çalışmalar atak döneminde İnterlökin IL–2, IL–6, IL–8 veTümör Nekroz Faktör-alfa (TNF-α) düzeylerinin yüksek olduğu saptanmıştır. FMF (familial mediterranean fever) hastalığı MEFV genindeki mutasyonlar sonucu ortaya çıkan otoinflamatuar hastalıkların en sık görülenidir. Hastalık ani başlayan ateş ve seröz zarların inflamasyonu ile karakterizedir. Akdeniz çevresinde yaygın olan hastalık Seferadik Yahudier, Ermeniler, Araplar ve Türkler arasında yaygındır. Bu çalışmanın amacı FMF hastalığına sebep olan MEFV geni varyantlarını tespit etmek, sınıflandırmak ve yeni varyantlar tespit edip varyant sınıflandırmasına kazandırmaktır. Çalışmaya katılan 673 erkek, 841 kadın toplam 1514 hastadan alınan kan örnekleriyle NGS dizilime yardımıyla gen analizi yapılmıştır. Sophia DDM progamıyla analizi sonucun da 75 tanesi ekzonda 29 tanesi intronda olmak üzere 104 varyant tespit edilmiştir. Tespit edilen bu varyantların 7 tanesi ekzonik 6 taneside intronik olmak üzere 13 tanesi novel varyanttır. Sonra elde edilen bu varyantlar çeşitli insilico analizler kullanarak patojenik özellikte olup olmadığına göre çeşitli sınıflandırmalara tabi tutulmuştur. Ayrıca birçok veritabanıyla analiz edilerek posttranslasyonel modifikasyonlarda rolü olup olmadığı anlaşılmaya çalışılmıştır. Elde edilen varyantların allel frekansı üzerine çalışılarak ne kadar sıklıkla görüldüğü hakkında bilgi edinilmeye çalışılmıştır.
Çinko eksik koşullarda yetiştirilmiş Hordeum spontaneum C. Koch gövdesinden kurulmuş baskılayıcı çıkarım hibridizasyon kütüphanesinden seçilen cDNA'ların moleküler ve biyoinformatik analizleri
Çinko bütün organizmalar için önemli bir mikrobesindir ve 1000'den fazla enzim ve proteinin temel bileşenidir. Canlı hücrelerde protein, karbohidrat ve lipid metabolizmasında, replikasyon ve transkripsiyonda, biyomembranların yapısal ve fonksiyonel bütünlüğü için kritik rolleri vardır.Çinko eksikliği tüm canlılarda bir çok bozukluğa neden olur. Düşük çinko koşullarında yetişen bir bitkide cüce gövde, genç yapraklarda kıvrılma ve yuvarlanma, yaprak uçlarının ölümü ve klorozis görülür. Memelilerde ise, çinkonun yetersiz olduğu bir beslenme şekli anemi, savunma sistemi bozuklukları ve gelişimsel problemlere neden olur. Bu nedenle, organizmalarda çinko düzeylerini iyi bir şekilde kontrol eden ve beklenmeyen eksikliklere veya fazlalıklara anında tepki oluşturan hücresel mekanizmalar gelişmiştir.Tüm dünyada yaygın bir sağlık problemi olan çinko eksikliğinin giderilmesi için çinkonun eksik olduğu bilinen tarım alanlarında bu strese dayanıklı ürünler yetiştirilmelidir. Bitki türleri arasında çinko alım etkinliği bakımından genotipik varyasyonlar görülmektedir. Bu varyasyonlar çinkonun alımı, taşınımı ve depolanmasında görev alan proteinleri kodlayan genlerin farklı anlatımından kaynaklanmaktadır. Araştırma grubumuzda çinko eksikliğinde anlatımı olan genlerin yüksek verimlilikle identifikasyonu için Türkiye topraklarına iyi adapte olmuş Hordeum spontaneum C. Koch kullanılmıştır. Önceki projelerimizde, çinko eksik koşullarda yetiştirilmiş Hordeum spontaneum C. Koch yaprak, kök ve gövdesinden elde edilmiş RNA'lar kullanılarak, toplam 5808 klon içeren, üç farklı baskılayıcı çıkarım hibridizasyon (Suppression Subtractive Hybridization=SSH) kütüphanesi kurulmuştur. Yaprağa ait 960 klon ve köke ait 384 klonun dizin ve biyoinformatik analizleri tamamlanmıştır.Bu çalışmada ise gövde SSH kütüphanesinde bulunan cDNA'ların izolasyon ve identifikasyonlarının gerçekleştirilmesi amaçlandı. Bu amaçla, 672 klon rastgele olarak seçilip dizin analizleri gerçekleştirildi. Ham dizin verileri biyoinformatik araçlar kullanılarak işlendi. Öncelikle, düşük kaliteli dizinler, vektör dizinleri ve rekombinant olmayan klonlar, Cygwin yazılımı ile kullanılabilen Phred ve Cross-Match programlarıyla uzaklaştırıldı. Daha sonra, CAP3 ve Phrap programlarıyla kontig ve singletler oluşturulup, her iki program için sonuçlar karşılaştırıldı. Kontig ve singlet dizinlerinin nükleotid ve protein BLAST analizleri gerçekleştirildi. BLAST analizlerinde dizinlerin, metabolizma, savunma ve stres cevabı, yapı ve hücresel organizasyon, transkripsiyon, translasyon, sinyal iletimi ve apoptosisde görev aldığı düşünülen çeşitli genlere benzediği bulundu. Bu genlerden bazılarının yapısal ve fonksiyonel olarak iyi karakterize edilmiş genlerdir. Bunlar içinde Ribuloz-1,5-Bifosfat karboksilaz/oksigenaz (RuBisCO), Lipid Transfer Protein (LTP), BLT4 protein, kitinaz, aktin, patojen-ilişkili protein, UDP-glukoz pirofosforilaz, papain-benzeri sistein proteinaz ve CPN60 proteinlerini kodlayan genler yer almaktadır.