Bağdat'ta klinik izolatlardan metisiline dirençli Staphylococcus aureus'un virülans faktör profili ve bakteriyofaj tespiti üzerine araştırma

Deri, yumuşak dokular, akciğerler, idrar yolları ve kemikler dahil olmak üzere vücudun herhangi bir bölgesi Staphylococcus aureus ile enfekte olabilir. Bir stafilokok enfeksiyonu fırsatçı enfeksiyonlara, sepsise ve septik şoka neden olabilir. Metisilin direncine sahip S. aureus, insan vakalarıyla ilişkili önemli bir patojendir. Metisiline dirençli S. aureus'un (MRSA) insanların burunlarında, derilerinde ve gastrointestinal sistemlerinde yaşadığı bilinmektedir. Kolonizasyon, MRSA enfeksiyonlarına yakalanma riskini artırmaktadır. Bu çalışmada, Özel laboratuvar ve Ulusal Eğitim Laboratuvarı Merkezi (NCTL) ile Bağdat Eğitim Hastanesi ve Gazzi Al-Harrii Hastanesi'ne başvuran hastalardan farklı kilinik örnekler alınmıştır. Her iki cinsiyetten toplam 200 farklı klinik (yara sürüntüleri, idrar, yanık, kulak, balgam) örnek toplanmıştır. Klinik örneklerden S. aureus'un tanımlanması kültür ve biyokimyasal testler ile belirlenmiş, ardından VITEK 2 kompakt sistemi ile doğrulanmıştır. Sonuçlar, S. auerus'un sırasıyla 96/200 (%48,0) ve 32/200 (%16,0) ile en çok yara ve idrar örneklerinden elde edildiğini göstermiştir. S. auerus'un 50/200'ünün (%25) MRSA olduğu, izolatların disk difüzyon yöntemi kullanılarak CLSI tarafından önerilen oksasilin (1 µg) ve sefoksitin (30 µg) diskine karşı test edilmesiyle doğrulanmıştır. Bu 50 MRSA izolatı Gentamisin (%88) ve Rifampin'e (%72,5) karşı yüksek duyarlılık, Penisilin (%100), Azitromisin (%80,4) ve Eritromisin'e (%80,4) karşı direnç göstermiştir. Makrolid antibiyotik gruplarına karşı fenotiplendirme direncine bakıldığında, sadece 10/50 (%20) izolat S-fenotipi, 13/50 (%26) izolat R fenotipi ve 27/50 (%54) izolat D-fenotipi belirlenmiştir. MRSA'nın biyofilm tespiti Kongo kırmızısı agar (CRA), tüp yöntemi ve mikrotitre plak kullanılarak gerçekleştirilmiştir. CRA yönteminin sonuçları, 35/50 (%70) MRSA'nın tüp yöntemi kullanılarak 18/50 (%36) biyofilm üreticisi olduğunu göstermiştir. Mikrotitre plak yöntemi kullanıldığında ise sadece 8/50 (%18) izolat güçlü biyofilm üreticisi, 14/50 (%28) izolat orta derecede biyofilm üreticisi, 12/50 (%24) izolat zayıf biyofilm üreticisi ve 16/50 (%32) izolat ise biyofilm üretmeyen izolat olarak sınıflandırılmıştır. Bu çalışmanın sonuçları ayrıca, MRSA izolatlarına (N=50) karşı Pencillin ve Cephalosporins antibiyotiklerinin antibiyotik duyarlılık durumu ile biyofilm oluşumu skoru arasında anlamlı olmayan bir fark olduğunu bildirmiştir. Cyprus rotundus, Oreganum vulgare ve i Syzygium aromaticum yağının antimikrobiyal etkisi, (N=21) MRSA izolatları için disk difüzyon yöntemi ve mikrotitre plak yöntemi kullanılarak değerlendirilmiştir. Disk difüzyon yöntemlerinde %100, %50 ve %25 olmak üzere 3 konsantrasyonda, sonuçlar, cyperus ve clove yağının artan dilüsyonu ile zon inhibisyon çaplarında (ZID'ler) bir artış olduğunu ve üç konsantrasyon arasında oldukça anlamlı farklılıklar olduğunu göstermiştir (P-değeri≤0,0001). Microtiter plaka yöntemlerinde ise %50-%0,3 konsantrasyonları arasındaki sonuçlar tüm konsantrasyonlarda oldukça anlamlı (p değeri≤0,0001) bulunmuştur. Bitki ekstraktı ve güçlü biyofilm üreticisi MRSA izolatları (n=8) üzerindeki etkisi ile ilgili olarak, disk difüzyon ve mikrotiter plaka yöntemleri ile sonuç disk difüzyon yönteminde %100 ve %50 konsantrasyonda yüksek derecede anlamlı (p-değeri≤0,0001), mikrotiter plaka yöntemlerinde ise tüm konsantrasyonlarda (%50 %0,3) yüksek derecede anlamlı (p-değeri≤0,0001) çıkmıştır. Tüm MRSA izolatları mecA, blaDHA-1 genlerini barındırma açısından taranmıştır. Sonuçlar tüm MRSA izolatlarının 50/50'sinin (%100) mecA geni taşıdığını, sadece 17/50 izolatın blaDHA-1 geni taşıdığını göstermiştir. Makrolid antibiyotik gruplarına karşı fenotipleme direnci göz önüne alındığında, MRSA izolatları sırasıyla 10/50 (%20), 13/50 (%26), 27/50 (%54) S, R, D fenotiplemesi göstermiştir. Genotipleme tespiti için her gruptan (S, R, D) sadece 6 izolat için fenotipleme yapılmıştır. ermA, B, C genleri üç MRSA izolat grubunda yüksek prevalans göstermiştir. Biyofilm oluşumuyla ilgili olarak, 50 MRSA izolatından yalnızca 8'i güçlü biyofilm üreticisi olarak değerlendirilmiş, beş gen (fnbA, fnbB) ve icaA, C ve D barındırmıştır. Tüm MRSA izolatları (N=50) plak testi yöntemi kullanılarak faj varlığına tabi tutulmuştur. Sonuçlar hiçbir MRSA izolatının faj taşıyamadığını göstermiştir